Search

Séance : Alimentation; International audience; The objective of this study conducted on two experimental dairy sheep flocks and eight commercial farms was to evaluate the use of two blood metabolites, beta-hydroxy-butyrate (BHB) and non-esterified fatty acids (NEFA), to assess energy balance and body reserve mobilization in dairy sheep. The kinetics of blood BHB during the day confirm that the composition of the ration and the postprandial delay are major factors of variation. Finally, assays from whole blood, serum, or heparinized or EDTA plasma differed slightly. These results emphasize the need for caution in the use of BHB and NEFA values in the exploration of metabolic disorders in dairy sheep. On 9 farms, body condition scoring (BCS) was performed on 3 occasions (one month before farrowing, during lactation and after weaning at the time of the first official milk recording) for a total of 2125 ewes. In parallel, blood BHB and NEFA concentrations were measured during lactation and at the first milk check on 466 ewes in 2nd lactation in these flocks. While plasma NEFA values were found to be positively correlated with the extent of BCS loss since late gestation, no significant relationship could be demonstrated for blood BHB.; Cette étude menée sur deux troupeaux ovin lait de stations expérimentales et dans huit fermes commerciales avait pour objectif d’évaluer l’utilisation de deux métabolites sanguins, le béta-hydroxy-butyrate (BHB) et les Acides Gras Non Estérifiés (AGNE) pour explorer le statut énergétique et la mobilisation des réserves corporelles en élevage de brebis laitières. La cinétique du BHB sanguin au cours de la journée confirme que la composition de la ration et le délai post-prandial sont des facteurs majeurs de variation. Enfin, les dosages réalisés à partir du sang total, du sérum ou du plasma hépariné ou EDTA diffèrent légèrement. Ces résultats soulignent la nécessité de prudence dans l’utilisation des valeurs de BHB et des AGNE dans l’exploration des troubles métaboliques chez la brebis laitière. Dans 9 élevages, des notes d’état corporel (NEC) ont été réalisées à 3 reprises (un mois avant la misebas, durant l’allaitement et après sevrage au moment du 1er contrôle laitier officiel) pour un total de 2 125 brebis. En parallèle, les concentrations de BHB et des AGNE sanguins ont été mesurées en allaitement et au 1er contrôle sur 466 brebis en 2e lactation dans ces troupeaux. Alors que les valeurs d’AGNE plasmatiques sont apparues positivement corrélées à l’ampleur de la perte de NEC depuis la fin de gestation, aucune relation significative n’a pu être mise en évidence pour le BHB sanguin.

International audience; In France, dairy sheep and goats have developed efficient breeding schemes, whose annual genetic gain ranges from 0.10 to 0.27 genetic standard deviation of the total merit index, according to the breeds. From 2015 to 2020, the 5 dairy sheep breeds and 2 main dairy goat breeds have shifted to full genomic programs, based on reference population constituted of AI progeny-tested males. Currently, the breeding goals are similar for almost all the selected breeds and may be per se qualified as balanced, since they include efficiency criteria (milk yield and content), resilience criteria (udder health, resistance to scrapie), and adaptation to mechanic milking in order to mitigate the workload of the farmer in the milking parlour (udder morphology). There are increasing expectations for improving sustainability, robustness and resilience while still increasing efficiency. These new objectives are emphasized by the different stakeholders: the farmers, the industry, but also the consumers, the citizens. Opportunities occur to cope with these requests: a larger efficiency of selection offered by genomic programs allowing to consider new traits to select, new technologies and methods to limit the phenotyping costs (eg. use of MIR spectra), awareness and consent of all stakeholders to bring new challenges at the agenda (climate change, growing resistance to antibiotics or anthelmintics). Various recent or on-going projects (eg. iSAGE, RUSTIC, ARDI, SMARTER) are addressing the topics of adaptation, sustainability, resilience in small ruminants. Through the French dairy sheep and goat illustration, we propose to explore the following ways, that are the core objectives of the on-going SMARTER project: breeding for new efficiency and resilience traits in a context of more agro-ecological systems and pursuit of self-sufficiency in the feeding systems; benefiting from international harmonization and cooperation; tackling the genotype x environment interactions; sharing the ideas and solutions across the wider range of stakeholders.; En France, les brebis et chèvres laitières bénéficient de schémas de sélection efficaces, dont le pro-grès génétique annuel varie, selon la race, entre 0.10 et 0.27 écart-type génétique. De 2015 à 2020, les 5 racesovines laitières et les 2 races caprines en sélection ont basculé vers des schémas de sélection génomiques,basés sur des populations de référence constituées de mâles d’IA testés sur descendance. Actuellement, lesobjectifs de sélection, assez similaires d’une race à l’autre, peuvent être qualifiés d’équilibrés, car ils incluentdes critères de production et d’efficience (quantité et richesse du lait), des critères de résilience (santé de lamamelle, résistance à la tremblante) et d’adaptation à la traite mécanique (morphologie de la mamelle). Desattentes, soutenues par l’ensemble des acteurs des filières, sont fortes pour améliorer la durabilité, la robus-tesse, la résilience tout en améliorant l’efficience des animaux. Des opportunités existent pour traiter ces de-mandes : plus grande efficacité de la sélection offerte par la génomique, nouvelles technologies ou méthodes,prise de conscience et consentement des acteurs pour mettre en avant ces nouveaux challenges (changementclimatique, résistance aux antibiotiques et aux anthelminthiques). Plusieurs projets, récents ou en cours (ex.iSAGE, RUSTIC, ARDI, SMARTER), abordent les questions d’adaptation, de durabilité et de résilience en pe-tits ruminants. Au travers de l’exemple des chèvres et brebis laitières françaises, nous proposons de balise les thèmes suivants, qui sont au cœur du projet SMARTER: la sélection de nouveaux caractères d’efficienceet de résilience dans une contexte d’intérêt croissant pour des systèmes plus agro-écologiques, recherchantplus d’autonomie alimentaire; l’intérêt de l’harmonisation et de la coopération internationale; les interactionsgénotypes x milieu ; la partage des idées et des solutions par un large réseau d’acteurs et d’utilisateurs de lagénétique et de la production de petits ruminant

Under natural conditions, young ruminants develop a special bond with their dam within few hours after birth. This bond lasts beyond nursing. In France, out of the 5.5 million young dairy ruminants (calves, goat kids and lambs) born each year, the majority are separated from their mothers at birth and “artificially” fed, i.e. they receive milk or milk replacer from buckets. The early separation between the young and its dam questions citizens and some farmers regarding animal welfare. The artificial feeding of replacement females until weaning is a cost-effective practice to ensure an optimal mammary development and a good milk potential. However, suckling by the dams or other nursing females is developing, mainly in cattle dairy farms. Suckling generally results in lower quantities of saleable milk, but growth, health and welfare of calves are improved. The future of the young (mainly males) not kept for herd renewal is also questioning. Young male ruminants usually leave the farm after a few days to be fattened in specialized units in France or exported. Again, in order to meet consumer expectations and to compensate for the low economic interest of these animals, farmers and the sector are looking for alternative solutions such as on-farm fattening, new rearing methods or new markets. These alternative practices – suckling or on-farm fattening of young males – could develop thanks to the identification of their products (milk, meat) and to the consumer's willingness to pay more for them than for the standard products., Dans les conditions naturelles, les jeunes ruminants développent un lien privilégié avec leur mère dans les heures qui suivent la naissance, lien qui perdure bien au-delà de l’allaitement. Or, sur les 5,5 millions de jeunes ruminants (veaux, chevreaux et agneaux) qui naissent chaque année en France dans des élevages laitiers, la grande majorité sont séparés de leur mère à la naissance et allaités « artificiellement » au seau. La séparation mère-jeune précoce interpelle les citoyens et certains éleveurs quant au respect du bien-être de l’animal. L’allaitement artificiel des femelles de renouvellement jusqu’au sevrage permet d’assurer, à un coût maitrisé, un développement mammaire optimal et un bon potentiel laitier. Cependant, l’allaitement par les mères ou par des nourrices se développe, principalement en élevage bovin. Ce type d’allaitement entraine généralement des quantités de lait commercialisables moindres, mais la croissance, la santé et le bien-être des veaux sont améliorés. Des questions se posent aussi sur le devenir des jeunes, mâles pour l’essentiel, non conservés pour le renouvellement du troupeau. Ceux-ci quittent généralement l’élevage quelques semaines après la naissance pour être engraissés dans des ateliers spécialisés, voire exportés. Là aussi, afin de répondre aux nouvelles attentes des consommateurs et pallier le faible intérêt économique de ces débouchés, éleveurs et filières recherchent des solutions alternatives telles que l’engraissement à la ferme, de nouveaux modes d’élevage ou de nouveaux débouchés. Ces pratiques alternatives – allaitement naturel ou engraissement sur place des jeunes mâles – pourraient se développer grâce à une identification de leurs produits (lait, viande) et au consentement du consommateur à les payer plus cher que des produits standards.

International audience

International audience

International audience; Maxi’mâle project focused on male management in selection scheme of small ruminants. Tools havebeen produced for AI (Animal Insemination) centers to help them to optimize male breeding, especially:1) use of ultrasonography to detect male with abnormalities of parenchyma texture and as an earlypredictor of sexual function set up, in order to anticipate involuntary cullings 2) breeding and semencollection practices recommendations with the aim of facilitating sperm collection and reduce the rate ofmales with behavioral problems, 3) estimated breeding values to improve males genetic level onmorphology and semen production traits.; Le projet Maxi’mâle s’est intéressé à la gestion des mâles reproducteurs dans les schémas de sélectionde petits ruminants. Des outils ont été fournis aux centres d’élevage et de production de semence pourles aider à optimiser l’élevage de leurs animaux, en particulier : 1) l’utilisation de l’échographie pourrepérer les mâles présentant des anomalies structurelles au niveau du parenchyme testiculaire etcomme indicateur précoce de la mise en place de la fonction sexuelle, de façon à anticiper les réformessubies 2) des recommandations au niveau de l’élevage et des pratiques d’entraînement, afin de faciliterla collecte et de réduire le taux de mâles avec des problèmes de comportement , 3) des index pouraméliorer le niveau génétique des mâles sur des caractères de morphologie fonctionnelle et deproduction de semence

International audience

International audience; Maxi’mâle project focused on male management in selection scheme of small ruminants. Tools havebeen produced for AI (Animal Insemination) centers to help them to optimize male breeding, especially:1) use of ultrasonography to detect male with abnormalities of parenchyma texture and as an earlypredictor of sexual function set up, in order to anticipate involuntary cullings 2) breeding and semencollection practices recommendations with the aim of facilitating sperm collection and reduce the rate ofmales with behavioral problems, 3) estimated breeding values to improve males genetic level onmorphology and semen production traits.; Le projet Maxi’mâle s’est intéressé à la gestion des mâles reproducteurs dans les schémas de sélectionde petits ruminants. Des outils ont été fournis aux centres d’élevage et de production de semence pourles aider à optimiser l’élevage de leurs animaux, en particulier : 1) l’utilisation de l’échographie pourrepérer les mâles présentant des anomalies structurelles au niveau du parenchyme testiculaire etcomme indicateur précoce de la mise en place de la fonction sexuelle, de façon à anticiper les réformessubies 2) des recommandations au niveau de l’élevage et des pratiques d’entraînement, afin de faciliterla collecte et de réduire le taux de mâles avec des problèmes de comportement , 3) des index pouraméliorer le niveau génétique des mâles sur des caractères de morphologie fonctionnelle et deproduction de semence

National audience; Chez les petits ruminants comme chez les bovins, l’insémination animale (IA) est un outil puissant pour créer le progrès génétique au niveau d’un noyau de sélection et le diffuser dans les élevages. Le choix des futurs mâles producteurs de semence pour l’IA est donc stratégique. Or, le pourcentage de mâles éliminés avant même leur diffusion, pour des raisons de manque de précocité, de mauvaise production de semence, de défaut de morphologie fonctionnelle ou de standard, est important (autour de 50% en ovins et en caprins), ce qui a un impact direct sur l’efficacité technico-économique des schémas. Le projet CAS DAR Maxi’mâle a pour objectif d’optimiser la gestion des mâles reproducteurs afin d’augmenter l’efficacité des schémas de sélection. En particulier, il vise à anticiper les réformes subies, par l’identification précoce des mâles qui seront capables de donner de la semence de qualité, à faciliter l’entraînement et la collecte, et à faire progresser le niveau global de la population sur des caractères liés à la fonction sexuelle. Ce projet associe tous les centres de production de semence des petits ruminants français : 9 centres ovins et le centre caprin.

International audience; In a fluctuating economic, environmental and societal context, farms of dairy small ruminants attempt to increase their autonomy in feed resources. Due to the diversity of soil and climate conditions in France, breeders develop diverse farming and feeding strategies. In order to investigate presence of G×E interactions, the first step consisted in describing dairy sheep and goats production systems to identify contrasted farms typologies. An exploration was carried out using a large set of variables present in the databases of milk-recording, genetic evaluation, technical support (describing farming and feeding systems, when available), and also geographical and meteorological data (METEOFRANCE, French official service of meteorology and climatology). The most discriminating variables were selected to conduct a multiple correspondence analysis. A classification of herds was then performed within geographic areas for sheep (440, 463 and 98 herds in Roquefort area, Western Pyrenean, and Corsica island, respectively), and within all the country for goats (1,136 herds, whose 514 in the breeding nucleus). For dairy sheep in the Roquefort area, 4 clusters of flocks in Lacaune breed were identified according to their geographical location, precocity of grass growth (in relation to altitude), and amounts of concentrate and forages distributed. In the Western Pyrenean area, 4 clusters in Basco-Béarnaise breed and 7 clusters in Blond-faced Manech breed have been highlighted on the basis of their location-altitude and of herd management criteria (rate of first lactations at 2 years, flock size). In Corsica, the study has highlighted 3 groups of flocks according to their altitude and level of production (linked to the artificial insemination rate). For goats, 4 clusters of herds were discriminated according to area of production (West / East gradient), breeding goals (fat and protein contents or milk yield), system of sales (cheese maker or deliverer to dairy industry), herd size and reproduction organization (out of season or not).

International audience; The breeding organizations of the Lacaune dairy sheep introduced genomic selection in 2015. Results from the first crop of daughters from genomically selected rams confirm its efficiency: after a genomic selection proportion of 1/3 at 3 month-old, less than 20% of AI rams born in 2015 have been culled at 2.5 year-old in 2017, versus 50% previously in classical selection, according to the total merit index threshold used to select the progeny-tested rams. This paper also highlights practical considerations that the breeding societies had to handle regarding genomic selection

En France, la filière ‘petits ruminants’ se caractérise par une très grande diversité de ses systèmes de production fortement liée à la diversité des territoires. L’élevage biologique y est particulièrement dynamique. Les systèmes mixtes, avec plusieurs ateliers, y sont très représentés et la présence d’un atelier ovin allaitant dans les exploitations de polyculture-élevage ou de poly-élevage a été considérée comme un facteur de résilience face aux aléas économiques et climatiques de 2016. Cependant, l’appui technique y est plus complexe que pour les systèmes d’élevage spécialisés et il peut y avoir des concurrences plutôt que des synergies entre ateliers. On manque également d’outils pour évaluer et objectiver les services que peuvent se rendre les différents ateliers. Un effort important autour des démarches ‘qualité’ a permis une bonne démarcation des produits (viande et fromages) vis-à-vis des produits importés. On observe une diversification croissante des produits à base de lait, considérée comme une source de résilience pour les deux filières laitières ovine et caprine. A l’inverse, en viande ovine, l’offre produit reste peu variée et l’enjeu pour le maintien, voire la reprise de la consommation, notamment par les jeunes, est le développement de nouveaux produits faciles à cuisiner., In France, the small ruminant sector is characterized by a great diversity of farming systems strongly linked to the diversity of territories. Organic farming is particularly dynamic. Mixed systems, with several productions, are frequent, and the presence of sheep in crop-livestock or multi-livestock farms was considered as a factor of resilience to the economic and climatic hazards of 2016. However, technical support is more complex than for specialized livestock systems, and there may be competitions rather than synergies between productions. There is also a lack of tools to evaluate and objectify synergies between productions. A major effort around 'quality' approaches has allowed for a good demarcation of products (meat and dairy products) with regard to imported products. There is increasing diversification of milk-based products, which is considered as a source of resilience for both sheep and goat dairy sectors. On the contrary, in lamb meat sector, the product offer remains little varied and the challenge for the maintenance, or even the recovery of consumption, especially by young people, is the development of new products easy to cook.

Chez les petits ruminants, les outils d’intervention et corolairement de gestion en matière d’infections mammaires, doivent être repensés en tenant compte de leurs spécificités sur le plan animal (étiologie, réponse cellulaire, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles) comme de conduite d’élevage, d’équipement ou d’organisation du travail. L’étude s’est attachée à intégrer les apports de l’observation en élevage, élément central du travail des éleveurs et des techniciens, et différentes solutions technologiques ou enregistrements automatisés, disponibles ou en développement, sur le plan diagnostique (bactériologie moléculaire, comptages cellulaires, spectres en moyen infra-rouge, examen clinique de la mamelle) et sur le plan de l’aptitude et des conditions de traite (recours aux enregistrements de cinétiques d’éjection du lait, de fluctuations de vide, de thermographie). Dans un contexte de réduction de l’usage des antibiotiques, des critères de sélection des animaux à traiter (ou réformer) ont été proposés. Des phénotypes ont été explorés en vue d’une meilleure appréhension des facteurs de risque associés à la traite. Enfin, après étude des caractères et simulations en termes de progrès génétique et d’impact économique, l’inclusion de nouveaux caractères dans les schémas de sélection a été réalisée (cellules) ou proposée en vue d’une amélioration de la résistance des animaux aux infections mammaires.

International audience; For several decades, the breeding organizations ruling the French dairy sheep breeds have developed efficient breeding programs aiming at improving the local breeds in their production area and system. This has led to an annual genetic gain ranging between 0.15 and 0.22 standard deviation unit, depending on the breed. The breeding programs have steadily included new selection criteria in addition to milk yield: milk quality, resistance to mastitis, udder morphology, scrapie resistance. Following the development and spread of genomic selection (GS) in dairy cattle in the early 2010, different research × development programs have assessed the feasibility of GS in dairy sheep: reference populations in each breed, genomic evaluation to improve GEBVs’ accuracy, conception, modelling and optimization of dairy-sheep-customized genomic breeding schemes. These achievements have resulted in the switch towards GS in 2015 in the Lacaune breed and in 2017 in the Pyrenean and Corsican breeds. This new era of GS has opened the way to great expectations. The increasing efficiency of the programs, even though not as dramatic as promised in cattle (20% additional genetic gain observed in the Lacaune breed 3 years after the starting point of GS) will make easier the inclusion of new traits in the upcoming years. In a context of feed resources autonomy and adaptation to climate changes, news traits will be related to: health resistance and resilience traits such as resistance to internal parasites, adaptation and rusticity traits such as longevity and lactation persistency, functional morphology such as feet and legs traits, feed efficiency, reproduction traits such as semen production, predicted milk fatty acid and protein composition allowed by MIR spectrometry, The breeding goals of the near future will aim at being more balanced and at improving both sustainability and cost-effectiveness of a dairy sheep production anchored in its production system and producing high quality PDO cheese. Finally, both genomic tools and balanced breeding goals will help to maintain the existing biodiversity by better managing the genetic variability of the breeds.

International audience; Chez les petits ruminants, les outils d'intervention et corolairement de gestion en matière d'infections mammaires, doivent être repensés en tenant compte de leurs spécificités sur le plan animal (étiologie, réponse cellulaire, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles) comme de conduite d'élevage, d'équipement ou d'organisation du travail. L'étude s'est attachée à intégrer les apports de l'observation en élevage, élément central du travail des éleveurs et des techniciens, et différentes solutions technologiques ou enregistrements automatisés, disponibles ou en développement, sur le plan diagnostique (bactériologie moléculaire, comptages cellulaires, spectres en moyen infra-rouge, examen clinique de la mamelle) et sur le plan de l'aptitude et des conditions de traite (recours aux enregistrements de cinétiques d'éjection du lait, de fluctuations de vide, de thermographie). Dans un contexte de réduction de l'usage des antibiotiques, des critères de sélection des animaux à traiter (ou réformer) ont été proposés. Des phénotypes ont été explorés en vue d'une meilleure appréhension des facteurs de risque associés à la traite. Enfin, après étude des caractères et simulations en termes de progrès génétique et d'impact économique, l'inclusion de nouveaux caractères dans les schémas de sélection a été réalisée (cellules) ou proposée en vue d'une amélioration de la résistance des animaux aux infections mammaires. Abstract: Toward innovative tools of intervention and decision aid to control mammary infections in small ruminants breeding In small ruminants, intervention and management tools for the control of mammary infections must be rethought, taking into account their specificities at the animal level (etiology, cellular response

National audience

International audience; The overall sustainability and innovative capacity of the sheep and goat sector in Europe have tobe improved to cope with current and future economic, environmental and societal challenges. Innovations ingenetic resource management and breeding for sheep and goat populations will be explored in the iSAGE Eu-ropean project (WP5) in order to help the industry to cope with such future challenges. In France, genetic eval-uation for small ruminants is performed in a large variability and poorly characterized environments. In this re-gard, we will consider multi-generation data from existing French breeding programs and experimental fieldstudies. Effects of herd for traits under genetic selection will be investigated in commercial farms in order tobetter characterize the production environment, particularly using meteorological data but also feeding, breed-ing system and economic criteria. Such characterization will enable to follow-up trends in animal performancesaccording to weather changes. This work could also contribute to characterize farm typologies to which a setof sustainability indicators will be tested. Then, contrasted environments will be identified and genotype by en-vironment interactions studies will be carried out aiming to improve genetic selection efficiency in a variety ofenvironments. In addition to existing data, we will explore new phenotypes considered as key functional traitsfor robustness and for which stakeholders are particularly interested. These new phenotypes will be also explored in combination with feed efficiency in experimental facilities under contrasted environments or under feedshortage challenges. Genetic and genomic studies will be performed for new phenotypes used to assess in-dividual robustness. The total merit indices will be revisited from the technical and economic point of view inorder to evaluate economic weights of each trait in the “breeding goal”, for diversified production systems.; En France, l’évaluation génétique des petits ruminants estime simultanément la valeur génétique des reproducteurs ainsi que les effets d’environnement dont le plus important est l’effet troupeau. Cette évaluation est réalisée dans des environnements variés et mal caractérisés faisant l’hypothèse d’absence d’interaction GxE. Pour tester cette hypothèse et disséquer les composantes des effets troupeaux, les environnements de production seront caractérisés à partir des données collectées en fermes (disponibles dans les systèmes nationaux d’information génétique ou collectées ponctuellement) décrivant les systèmes d’élevages et des données météorologiques. La discrimination des types d’environnements de production établis par la typologie des élevages permettra d’analyser les interactions GxE pour différentes races ovines et caprines en France. Par ailleurs, l’adaptation des petits ruminants à ces environnements variés et changeants implique entre autre leur efficacité d’utilisation des ressources et leur capacité biologique à mobiliser et reconstituer leurs réserves énergétiques sous forme de lipides. Des travaux expérimentaux seront conduits pour étudier les mécanismes biologiques et le déterminisme génétique de la dynamique des réserves corporelles en lien avec l’efficacité alimentaire. Cette approche permettra d’identifier de nouveaux phénotypes pour l’amélioration génétique de la robustesse des petits ruminants.

En France, l’évaluation génétique des petits ruminants estime simultanément la valeur génétique des reproducteurs ainsi que les effets d’environnement dont le plus important est l’effet troupeau. Cette évaluation est réalisée dans des environnements variés et mal caractérisés faisant l’hypothèse d’absence d’interaction GxE. Pour tester cette hypothèse et disséquer les composantes des effets troupeaux, les environnements de production seront caractérisés à partir des données collectées en fermes (disponibles dans les systèmes nationaux d’information génétique ou collectées ponctuellement) décrivant les systèmes d’élevages et des données météorologiques. La discrimination des types d’environnements de production établis par la typologie des élevages permettra d’analyser les interactions GxE pour différentes races ovines et caprines en France.Par ailleurs, l’adaptation des petits ruminants à ces environnements variés et changeants implique entre autre leur efficacité d’utilisation des ressources et leur capacité biologique à mobiliser et reconstituer leurs réserves énergétiques sous forme de lipides. Des travaux expérimentaux seront conduits pour étudier les mécanismes biologiques et le déterminisme génétique de la dynamique des réserves corporelles en lien avec l’efficacité alimentaire. Cette approche permettra d’identifier de nouveaux phénotypes pour l’amélioration génétique de la robustesse des petits ruminants., The overall sustainability and innovative capacity of the sheep and goat sector in Europe have to be improved to cope with current and future economic, environmental and societal challenges. Innovations in genetic resource management and breeding for sheep and goat populations will be explored in the iSAGE European project (WP5) in order to help the industry to cope with such future challenges. In France, genetic evaluation for small ruminants is performed in a large variability and poorly characterized environments. In this regard, we will consider multi-generation data from existing French breeding programs and experimental field studies. Effects of herd for traits under genetic selection will be investigated in commercial farms in order to better characterize the production environment, particularly using meteorological data but also feeding, breeding system and economic criteria. Such characterization will enable to follow-up trends in animal performances according to weather changes. This work could also contribute to characterize farm typologies to which a set of sustainability indicators will be tested. Then, contrasted environments will be identified and genotype by environment interactions studies will be carried out aiming to improve genetic selection efficiency in a variety of environments. In addition to existing data, we will explore new phenotypes considered as key functional traits for robustness and for which stakeholders are particularly interested. These new phenotypes will be also explored in combination with feed efficiency in experimental facilities under contrasted environments or under feed shortage challenges. Genetic and genomic studies will be performed for new phenotypes used to assess individual robustness. The total merit indices will be revisited from the technical and economic point of view in order to evaluate economic weights of each trait in the "breeding goal", for diversified production systems.

National audience; Over the past 50 years, dairy sheep production has increased by an average of 3.6% per year in France to reach 275 million liters. In the 1970s, three major technical obstacles to the development of production were identified: machine milking, breeding conditions and genetic level of the dairy sheep breeds. The main changes in these three areas are described., The technical solutions, based from the beginning on a strong research x development collaboration, took into account the peculiarities of sheep dairying as a one-month suckling before milking-only period, the size of the flocks, and a seasonal production based on grass production in mountain areas. Extension services to farmers are provided through an efficient global approach. The adaptation to sheep specificities, the simplification of the milking routine and more recently automations have enhanced machine milking development. Genetic improvement of the five French dairy sheep breeds is based on breeding programs in their own areas of production in connection with diversified farming systems and quality products. Even though France is the 5th producer of sheep milk at the European level, it remains a leader in terms of technical development with 60% of sheep being followed by technical assistance programs.; Au cours des 50 dernières années, la production de lait de brebis en France a progressé en moyenne de 3,6% par an pour atteindre 275 millions de litres. Partant du constat des années 1970 qui identifiait la traite mécanique, les conditions d’élevage et le potentiel génétique laitier des brebis comme les principaux verrous techniques au développement de la production, les grandes évolutions dans ces trois domaines sont retracées. Les solutions techniques, fruits d’un continuum historique entre la recherche et le développement, ont pris en compte les particularités des systèmes d’élevage de brebis laitières comme la pratique de l’allaitement avant la traite des brebis, la taille des élevages, une production saisonnée basée sur la valorisation de l’herbe dans trois territoires de montagne et se sont appuyées sur l’organisation d’un service global de conseil aux éleveurs. Les travaux d’adaptation aux spécificités ovines, de simplification des pratiques et plus récemment les automatismes ont permis de développer des systèmes de traite performants. L’amélioration génétique des cinq races de brebis laitières françaises repose sur des programmes de sélection efficaces dans leurs bassins de production respectifs en lien avec des systèmes d’élevage diversifiés et des produits de qualité. Si à l’échelle européenne, la France n’est que le cinquième pays producteur de lait de brebis, elle demeure le leader en matière d’encadrement technique avec 60% des brebis dans des élevages en suivi technique.

National audience

International audience

En brebis laitières, la stratégie d’alimentation est raisonnée collectivement avec comme objectif d’ajuster les apports aux besoins d’une partie ciblée du troupeau et non individuellement à la brebis. Les expérimentations menées par l’INRA en race Lacaune ont montré que la sélection laitière pratiquée dans ce contexte de conduite alimentaire contribue à améliorer l’efficacité alimentaire brute des brebis, avec une augmentation de la capacité d’ingestion et une meilleure aptitude à mobiliser les réserves corporelles pour les meilleures laitières. A partir des 35 800 bilans technico-économiques réalisés dans les élevages du Rayon de Roquefort de 1990 à 2012, l’objectif est de décrire l’évolution des systèmes d’élevage en lien avec cette évolution génétique. Depuis 20 ans, on constate une limitation volontaire de l’expression du potentiel laitier des brebis se traduisant par des effets troupeaux à la baisse continue et un accroissement de leur hétérogénéité. L’augmentation de la production laitière n’a été que de 25 % pour atteindre 303 litres par brebis présente pour les élevages sélectionneurs (CLO) et 245 litres pour les élevages utilisateurs (CLS). Au cours de la même période, on note une baisse des quantités de fourrages achetés. Par brebis présente, cette baisse est de 30 % en CLS et de 49% en CLO. Si la quantité de concentrés distribués par brebis progresse de 20 % en CLO comme en CLS, cette augmentation s’accompagne d’une baisse de 10 % des concentrés achetés en CLO et 2% en CLS. Cette évolution se retrouve dans la comparaison des rations distribuées aux brebis entre 1992 et 2010 et se traduit notamment par une quasi-stabilité de la couverture des besoins moyens en énergie et une diminution de celle en protéines. Dans un contexte de production de lait sous signe de qualité et d’origine, marqué ces dernières années par l’importance des aléas climatiques et l’augmentation du prix des matières premières, l’amélioration génétique de la brebis Lacaune lait et l’accompagnement technique des éleveurs ont permis d’augmenter la marge sur coût alimentaire par brebis (+17% en CLO, + 18% en CLS) tout en la maintenant presque pour 1000 litres., In dairy sheep, the feeding strategy is collective with the aim of adjusting the inputs to the average needs of the flock and not to the individual need of the sheep. The experiments conducted by INRA in the Lacaune breed showed that the genetic selection done in this context improved the gross feed efficiency, with an increase in the intake capacity and a better ability to mobilize body reserves. We analyzed the relationship between the genetic improvement and evolution of the breeding systems using data from 35,800 technical and economic assessments carried out on the farms of the Roquefort area from 1990 to 2012. For the last 20 years, the voluntary limitation of the expression of milk productivity of the ewes has lowered the level of the flock effects and increased their heterogeneity. The increase in milk yield was about 25% reaching 303 liters per ewe on selection farms in official milk recording (CLO) and 245 liters per ewe on other farms (CLS). Meanwhile, there was a decline in fodder purchased by farmers. Per ewe, this decrease was 30% in CLS and 49% in CLO. Even though the amount of concentrate distributed to sheep increased by 20% in CLO as in CLS, the concentrates purchased in CLO decreased by 10%. This trend was also observed when comparing the rations distributed in CLO between 1992 and 2010 indicating a relative stability of the mean level of energy coverage and decrease in the protein coverage. In a context of climatic variations, AOP, feed price increases and stability in the price of milk, the genetic improvement of the Lacaune breed and the technical support have enabled breeders to increase the margin on feed costs per ewe (+17% CLO) and, overall, nearly maintain the margin for 1000 liters between 1992 and 2010.

National audience; The selection of French dairy sheep breeds is presently based on annual progeny-testing of 440, 50, 30 30, and 150 AI rams, respectively in Lacaune (LL), Basco-Bearnaise (BB), Corse, black-faced Manech (BFM), and redfaced Manech (RFM) breeds. Since 2010 we have been studying the feasibility of genomic selection (GS) in the above breeds. The main results are the following: (1) the size of the reference populations reached in 2013 4841 (LL), 509 (BB), 331 (BFM), 1424 (RFM) AI rams; (2) since the accuracies of different genomic evaluation methods were shown to be similar, the single step GBLUP method was chosen; (3) a gain in accuracy of genomic predictions over parent average ranged from 0.10 to 0.20, depending on the trait and breed; (4) a gain in accuracy was more limited than in large breeds like dairy cattle, in agreement with a larger effective population size in French dairy sheep breeds. The design of a genomic breeding scheme in dairy sheep is comparable to hybrid schemes implemented in small Scandinavian dairy cattle populations, which combine an initial genomic selection with a moderate phenotype selection at the arrival of the first proofs. With a genomic selection pressure between 1/3 and ¼ in 3 month-old rams, the annual genetic gain will be increased by 10 to 15 % with a reduction of the AI livestock in the range of 20-40 %, hardly balancing genotyping costs. A genomic experiment carried out in AI LL rams born in 2011 and 2012 validated such a GS pressure around 1/3. Finally, the breeding organizations decided to move towards genomic selection in 2015 in Lacaune and in a near future in Pyrenean breeds, expecting a greater flexibility from the genomic scheme. SG therefore leads to major changes in terms of selection of dairy sheep in France with upcoming changes in technical, economic and organizational aspects.; La sélection des brebis laitières en France est fondée actuellement sur le testage sur descendance de 440, 50, 30, 30 et 150 béliers d’IA par an, respectivement en races Lacaune lait (LL), Basco-Béarnaise (BB), Corse, Manech tête noire (MTN) et Manech tête rousse (MTR). Depuis 2010 nous avons conduit des programmes de recherchedéveloppement sur la faisabilité de la sélection génomique (SG) en ovins laitiers en France. Les principaux résultats sont les suivants: (1) les populations de référence atteignent en 2013 un nombre de béliers d’IA de 4841 LL, 509 BB, 361 MTN, et 1425 MTR; (2) étant donné que la précision des index génomiques varie peu avec les méthodes testées, la méthode GBLUP en une seule étape (ssGBLUP) a été retenue; (3) le gain de précision des prédictions génomiques par rapport au choix sur ascendance est compris entre 0.10 et 0.20 point, selon le caractère et la race considérés; (4) le gain de précision génomique est plus limité que celui constaté pour les grandes races bovines laitières, en accord avec des effectifs génétiques plus importants en ovins laitiers. Les schémas de sélection génomique conçus en ovins laitiers sont comparables aux schémas hybrides des petites races bovines scandinaves, qui combinent sélection génomique précoce et sélection phénotypique modérée à l’arrivée des index sur descendance. Avec une pression de sélection génomique comprise entre 1/3 et ¼ pour les jeunes béliers, le gain génétique annuel est accru de 10 % à 15 %, avec une réduction du cheptel de béliers d’IA de 20 à 40 % permettant de compenser les coûts de génotypage. Une expérimentation de sélection génomique en race LL a permis de valider les pressions de sélection minimales à réaliser pour de tels schémas hybrides. Les organisations de sélection ont décidé de basculer en sélection génomique en 2015 en race LL et dans un futur proche en races ovines laitières des Pyrénées (ROLP), misant sur une meilleure flexibilité des schémas de sélection génomique. La SG débouche donc sur des modifications majeures des modalités de sélection des ovins laitiers en France, dont nous évoquons les évolutions techniques, économiques et organisationnelles.

National audience; Complete and accurate pedigree information is difficult to get in small ruminants. This results in less and less farms involved in selection schemes and in a loss of efficiency of those selection schemes. Molecular DNA markers are tools of choice for assigning parentage after animal birth. A questionnaire has been submitted to breeders and selection scheme managers and results point out their interest in such a technique which could spread out if it is proposed at a reasonable cost. Thirty French sheep populations have been genotyped with high density SNP chips (800,000 or 60,000 markers) in order to only select informative markers in these breeds. A 249 SNP panel was retained, those SNP having passed through stringent filters on call-freq, minor allele frequency, Hardy-Weinberg equilibrium, Mendelian compatibilities and their position on the genome. The SNP panel for goat assignment is under construction.; L’obtention des filiations complètes dans les filières de petits ruminants est très contraignante. Cela constitue un obstacle majeur à l’engagement des éleveurs en sélection et induit, pour certaines races, des généalogies incomplètes qui affectent l’efficacité de leurs schémas. Les marqueurs moléculaires sont de bons outils pour permettre d’assigner a posteriori les parentés des animaux. Des enquêtes menées auprès des éleveurs et gestionnaires de schémas de sélection ont confirmé l’intérêt certain pour cette technique qui pourrait être déployée sur le terrain si le coût proposé reste raisonnable. Trente populations ovines françaises ont ainsi été génotypées sur des puces à haute densité de marqueurs (800 000 ou 60 000 SNP) afin de ne retenir que les marqueurs les plus informatifs dans les races françaises. Un panel de 249 SNP a été retenu, ces SNP ayant correspondu aux critères stringents établis sur le pourcentage de typages présents, la fréquence allélique, le respect de l’équilibre de Hardy-Weinberg, les compatibilités mendéliennes ainsi que leur répartition sur le génome. La sélection d’un groupe de marqueurs pour l’espèce caprine est en cours.

National audience

International audience

International audience

Les acteurs des filières laitières bovine, caprine et ovine françaises se sont regroupés dans le programme PhénoFinlait autour d’un but commun : caractériser la composition du lait en Acides Gras (AG) et protéines afin de la maîtriser. La quantification des AG et des protéines devait être possible à grande échelle et à moindre coût avant d’identifier des leviers permettant d’adapter cette composition à la demande. PhénoFinlait s’est organisé autour de trois objectifs : i) caractériser précisément la composition du lait, ii) phénotyper et génotyper une large population de femelles sur l’ensemble du territoire français et iii) identifier les leviers génétiques et alimentaires permettant de maîtriser cette composition. La spectrométrie dans le Moyen InfraRouge (MIR) a été choisie comme méthode de quantification à haut débit des composants du lait. Elle permet la quantification précise en routine de 15 à 27 AG, des quatre caséines et des deux protéines majeures du lactosérum. Une collecte de données de grande ampleur a été mise en oeuvre dans plus de 1 500 élevages bovins, caprins et ovins. Les données de production laitière, les spectres MIR du lait, les informations sur le stade physiologique des femelles et sur la composition de l’alimentation des troupeaux ont été recueillies. Plus de 12 000 vaches, chèvres et brebis ont été génotypées. Finalement, plus de 800 000 données représentatives des situations de l’élevage français ont été stockées dans une base de données destinée à l’étude du déterminisme génétique de la composition en AG et en protéines du lait, et des facteurs d’élevage l’influençant., PhénoFinlait gathers together the actors of dairy industries including cattle, sheep and goats; around a common goal: monitoring milk Fatty Acid (FA) and protein composition. Quantifying FA and proteins by a reliable and cheap large-scale method is necessary before identifying the ways to adapt this composition to consumers’ and dairy processors’ demand. The objectives of the project were i) to characterize precisely the milk composition, ii) to phenotype and genotype a large population of females all over France, and iii) to identify the genetic and feeding levers to control this composition. Mid infrared (MIR) spectrometry has been chosen to quantify milk FA and proteins. With this method, the four caseins, the two main whey proteins, and 15 to 27 FA can be quantified routinely and precisely. A large-scale data collection has been carried out in more than 1,500 commercial dairy cattle, goat and sheep farms. Dairy production, MIR spectra, female physiological stages, and composition of the diet were collected. More than 12,000 cows, goats and ewes were also genotyped. Finally, more than 800,000 representative data are stored in a database for the study of the genetic determinism of milk FA and protein composition, and the impact of husbandry.

L’accroissement attendu de la demande mondiale en lait et en viande ouvre des opportunités de développement pour les filières de ruminants mais dans le même temps les systèmes d’élevage français sont caractérisés par une grande diversité de systèmes, une productivité et une compétitivité souvent plus faible que celle des bassins de production concurrents en Europe. Ces filières sont aussi confrontées à des critiques parfois virulentes quant à leur impact sur l’environnement et la santé et le métier d’éleveur semble moins attractif que par le passé. Quelles sont les voies de progrès pour concilier performances économiques, environnementales et sociales ? Quelles sont les conditions à réunir pour développer de tels élevages à hautes performances ? Ces questions ont été traitées dans le cadre d’une étude confiée à l’INRA par le Commissariat général à la stratégie et à la prospective (CGSP) visant à déterminer les possibilités d’évolution de l’agriculture française vers des systèmes de production agricole à hautes performances. Nous relatons ici les éléments majeurs de ce travail relatif aux filières de ruminants, The expected increase of global demand for milk and meat opens opportunities for the development of ruminant production sectors but at the same time the french farming systems are characterized by very diverse systems and lower productivity and competititveness comparared to other production area in Europe. The ruminant sectors faces strong criticims owing to their impact on the environment and human health and the attractivity for livestock production is decreasing. What are the ways to improve the competitiveness of french farms? How can we reconcile economic, environmental and social performances? What are the conditons to meet for developping high-performance ruminant production systems? These questions were addressed to INRA by the General Commission on Strategy and Foresight (CSPF) to determine the potential for development of a high performing French agriculture. We report here the main results in concern with ruminant livestock farming

National audience

National audience; Each year, the breeding programs in French dairy sheep breeds progeny test around 700 rams, with variations between breeds. Since the late 1990’s, blood of AI rams was systematically stored by Labogena. Therefore, when the Illumina «OvineSNP50®» beadchip became available in 2009, genomic selection became possible in French dairy sheep. Stakeholders of the dairy sheep genetic industry, gathered together in the National Dairy Sheep Committee, in partnership with INRA and the Institut de l’Elevage, have organized themselves in the framework of the so-called UMT GENEpr. In the Lacaune breed, the purpose of the SheepSNPQTL and Roquefort’in project is to set up a reference population of 3,000 rams and to test genomic selection among 2 batches of rams. The aim of the Genomia project is to test multibreed genomic selection in the Pyrenean breeds, with a smaller reference population, except for the Manech Tête Rousse breed (MTR), , in association with the Spanish Latxa breed, based on 3,100 genotyped AI rams, including nearly 2,000 from the French populations. A point on both programs is presented and situated within the global strategy of genomic selection in French dairy sheep. Genomic evaluations were performed with the GBLUP methodology, for all the available phenotypes. The accuracy of genomic evaluation is presented in the Lacaune and MTR breeds, thanks to a cross-validation. In all cases, the genomic evaluation was more efficient than the polygenic evaluation, the range of gain varying from 10 to 41% according to the breed and trait. Alongside with these results, the managers of the breeding programs are working on the conception of a genomic breeding program, from the technical evolution required to the shift in contractual organizations between stakeholders.; Les programmes de sélection ovins laitiers français évaluent sur descendance environ 700 béliers par an, avec de fortes variations selon les races. Le stockage de sang des béliers d’IA à Labogena depuis le milieu des années 90 et la disponibilité de la puce « OvineSNP50® » d’Illumina depuis 2009 rendent envisageable la sélection génomique pour les races ovines laitières françaises. Les acteurs de la profession se sont organisés dans cette perspective, dans le cadre du Comité National Brebis Laitières, en partenariat avec l’INRA et l’Institut de l’Elevage, regroupés au sein de l’UMT génétique des petits ruminants. En race Lacaune, l’objectif des projets SheepSNPQTL et Roquefort’in est de disposer d’une population de référence d’environ 3000 béliers, et de tester la sélection génomique sur 2 cohortes de testage. Pour les races ovines laitières des Pyrénées, où les populations raciales de référence sont, à l’exception de la Manech Tête Rousse (MTR), de taille plus réduite, le projet Genomia vise à tester une sélection génomique multiraciale associant les races Manech (France) et Latxa (Espagne), grâce au génotypage de 3100 béliers d’IA en 2011 dont près de 2000 pour les populations françaises. L’état d’avancement des 2 programmes est présenté et resitué dans une stratégie globale de sélection génomique. L’évaluation génomique a été réalisée selon la méthodologie GBLUP, pour l’ensemble des phénotypes disponibles. Nous présentons les résultats de précision des évaluations génomiques réalisées, en races Lacaune et MTR, sur la base d’une population d’apprentissage respectivement de 1933 et 1002 béliers génotypés et une population de validation, respectivement de 682 et 293 jeunes béliers. Dans tous les cas, l’évaluation génomique est plus précise que l’évaluation polygénique, les gains relatifs de précision variant de 10 à 41% selon la race et le caractère considérés. Parallèlement à ces travaux, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection s’interrogent sur les évolutions techniques que supposerait la mise en place de schémas de sélection génomiques, mais aussi sur les conséquences organisationnelles et contractuelles induites.

International audience

International audience

International audience

International audience

absent

National audience; Les avancées de ces dernières années permettent d'accéder directement à l'ADN et posent les bases d'une nouvelle discipline : la génomique.

National audience

International audience

National audience

International audience