Author: "Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

Your search keyword '"Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)"' showing total 25 results

Start Over Author "Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)"

25 results on '"Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)"'

1. Suspicions of two bridgehead invasions of Xylella fastidiosa subsp. multiplex in France

Author: Enora Dupas, Karine Durand, Adrien Rieux, Martial Briand, Olivier Pruvost, Amandine Cunty, Nicolas Denancé, Cécile Donnadieu, Bruno Legendre, Céline Lopez-Roques, Sophie Cesbron, Virginie Ravigné, Marie-Agnès Jacques, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), the GET-PACBIO program (« Programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020 ») European Union (European Regional Development Fund, ERDF contract GURDT 2016-1731-0006632), Conseil Régional de La Réunion and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). Agence Nationale pour la Recherche., and ANR-17-CE35-0009,MUSEOBACT,'Une nuit au musée': mieux reconstuire les emergences de bactéries pathogènes des cultures grâce à des échantillons historiques(2017)
Subjects: MESH: France, MESH: Xylella, Medicine (miscellaneous), MESH: Italy, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, MESH: Europe, General Agricultural and Biological Sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: Of American origin, a wide diversity of Xylella fastidiosa strains belonging to different subspecies have been reported in Europe since 2013 and its discovery in Italian olive groves. Strains from the subspecies multiplex (ST6 and ST7) were first identified in France in 2015 in urban and natural areas. To trace back the most probable scenario of introduction in France, the molecular evolution rate of this subspecies was estimated at 3.2165 × 10-7 substitutions per site per year, based on heterochronous genome sequences collected worldwide. This rate allowed the dating of the divergence between French and American strains in 1987 for ST6 and in 1971 for ST7. The development of a new VNTR-13 scheme allowed tracing the spread of the bacterium in France, hypothesizing an American origin. Our results suggest that both sequence types were initially introduced and spread in Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA); then they were introduced in Corsica in two waves from the PACA bridgehead populations.
Published: 2023
Full Text: View/download PDF

2. Diversity and Geographical Structure of Xanthomonas citri pv. citri on Citrus in the South West Indian Ocean Region

Author: PRUVOST, Olivier, Richard, Damien, Boyer, Karine, Javegny, Stéphanie, Boyer, Claudine, Chiroleu, Frédéric, Grygiel, Pierre, Parvedy, Evelyne, Robène, Isabelle, Maillot-Lebon, Véronique, Hamza, Azali, Lobin, Kanta Kumar, Naiken, Marc, Vernière, Christian, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de La Réunion - Faculté des Sciences et Technologies (FST), Université de La Réunion (UR), Institut National de la Recherche pour l'Agriculture, la Pêche et l'Environnement (INRAPE), Food and Agricultural Research and Extension Institute (FAREI), National Biosecurity Agency, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), The European Union (ERDF contract GURDT I2016-1731-0006632, ERDF INTERREG IV and INTERREG V), Conseil Régional de La Réunion, the French Agropolis Foundation (Labex Agro—Montpellier, E-SPACE project number 1504-004), ANSES and CIRAD provided financial support., ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: QH301-705.5, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pathologie végétale, MESH: Xanthomonas, Xanthomonas campestris citri, molecular epidemiology, citrus, Variation génétique, copper resistance, MESH: Molecular Epidemiology, Surveillance épidémiologique, Biology (General), Variation phénotypique, H20 - Maladies des plantes, Bactérie pathogène, Xanthomonas citri pv citri, aggressiveness, Épidémiologie, Asiatic canker, Citrus medica
Abstract: A thorough knowledge of genotypic and phenotypic variations (e.g., virulence, resistance to antimicrobial compounds) in bacteria causing plant disease outbreaks is key for optimizing disease surveillance and management. Using a comprehensive strain collection, tandem repeat-based genotyping techniques and pathogenicity assays, we characterized the diversity of X. citri pv. citri from the South West Indian Ocean (SWIO) region. Most strains belonged to the prevalent lineage 1 pathotype A that has a wide host range among rutaceous species. We report the first occurrence of genetically unrelated, nonepidemic lineage 4 pathotype A* (strains with a host range restricted to Mexican lime and related species) in Mauritius, Moheli and Réunion. Microsatellite data revealed that strains from the Seychelles were diverse, grouped in three different clusters not detected in the Comoros and the Mascarenes. Pathogenicity data suggested a higher aggressiveness of strains of one of these clusters on citron (Citrus medica). With the noticeable exception of the Comoros, there was no sign of recent interisland movement of the pathogen. Consistent with this finding, the copL gene, a marker for the plasmid-borne copLAB copper resistance that was recently identified in Réunion, was not detected in 568 strains from any islands in the SWIO region apart from Réunion.
Published: 2021
Full Text: View/download PDF

3. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa - Phase 2: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Eric Verdin, Anne Sicard, Laurent Gentzbittel, Bruno Legendre, Frédéric Suffert, Gaël Thébaud, Xavier Tassus, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Anses, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Xylella fastidiosa, Arbre de décision, Gestion Risques, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Decision scheme, MESH: Xylella fastidiosa, Réglementation, [SDV]Life Sciences [q-bio], France, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Regulation, Management, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: Contrat : 2018-SA-0248; Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France); Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine; Date de signature : 2020-09-28 Les auteurs mentionnés font partie du groupe de travail (cf. p.15 du rapport) Comité d'experts spécialisé (cf. p. 15-16 du rapport) / Participation ANSES (cf. p. 4 du rapport) / Audition de personnalités extérieures (cf. p.16 du rapport); Un nouveau règlement européen relatif à la lutte contre Xylella fastidiosa (règlement d’exécution UE 2020/1201 de la Commission du 14 août 2020, relatif aux mesures visant à prévenir l’introduction et la dissémination dans l’Union de Xylella fastidiosa) propose aux États membres de l'Union européenne une approche de gestion des foyers de la bactérie plus adaptée à la pluralité des situations phytosanitaires rencontrées sur le terrain que le précédent règlement (décision d’exécution UE 2015/789 de la Commission du 18 mai 2015 modifiée, relative à des mesures visant à éviter l’introduction et la propagation dans l’Union de Xylella fastidiosa). En particulier, ce nouveau règlement assouplit les conditions dérogatoires à l'arrachage des végétaux spécifiés dans les zones infectées, de même que les conditions de replantation de végétaux spécifiés dans les zones infectées ou encore la mise en circulation des végétaux spécifiés en dehors des zones délimitées. Il revient à chaque État membre de décider d'arracher ou de maintenir certaines espèces végétales ou certains individus qui présenteraient un intérêt patrimonial particulier.Il est demandé de « construire un arbre de décision afin d’éclairer et d'apporter un appui technique et scientifique aux services de l'État qui mettent en œuvre les mesures de gestion de foyer en France métropolitaine (y compris en Corse). En particulier, il […] est demandé de lister les différents critères de risque à prendre en considération afin que les services de l’État puissent arbitrer du maintien ou non des végétaux spécifiés dans les zones infectées. Ces critères peuvent être d'ordre biologique, économique ou pédoclimatique. L'évaluation devra porter, par ordre de priorité, sur les espèces suivantes : olivier, agrumes du genre Citrus, laurier-rose, arbres fruitiers d'ornement du genre Prunus (amandier, cerisier), autres espèces spécifiées des sous-espèces multiplex et pauca » de X. fastidiosa.
Published: 2021

4. Mise en évidence et première caractérisation d'une espèce cryptique au sein du complexe Globodera pallida

Author: Thevenoux, Romain, Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agrocampus Ouest, Éric Grenier, Laurent Folcher, STAR, ABES, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, Automatic morphometry, Diversité génétique, Nématode à kyste, Morphométrie automatisée, Cyst nematodes, Integrative taxonomy, [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, Genetic diversity, Taxonomie intégrative
Abstract: Cyst Nematodes of the genus Globodera are among the most studied plant parasitic nematodes because of their economic impact on crop production. Originated from high plains of the Andes, this genus would have been imported in Europe during the late XIXth century. The existence of a cryptic species complex within G. pallida – one of the most damaging species in the genus – is questioned. The taxonomic revision of this species could have major consequences on both risk assessment and management. During this work, an integrative taxonomic approach was implemented and has involved three disciplinary fields: genetics, morphometry and biology. Genetic diversity investigation revealed two groups differing from G. pallida. This study also raises the question of the processes implied in this divergence, apparently distinct for these two groupsMorphological differentiation was also demonstrated with an automatic image analysis tool. This tool was specifically developed for this work and is an innovative approach in studying the morphometry of this genus. This differentiation is based on the combined integration of three metrics adapted to automatic morphometry. Differential study of each entity ‘s host-range showed differences between studied groups. This differentiation is observed thanks to the investigation of the quantitative aspect of the nematode multiplication. Overall, these results bring the necessary evidence to claim the existence of a new species. This discovery questions the need for adapting surveillance and management methods against nematodes of the genus Globodera., Les nématodes à kyste du genre Globodera sont parmi les phytoparasites les plus étudiés de par l’impact économique qu’ils peuvent engendrer sur les productions agricoles. Originaire des hauts plateaux de la cordillère des Andes ce genre aurait été importé en Europe à la fin du XIX siècle. L’existence d’un complexe d’espèce cryptique chez G. pallida, nématode phytoparasites d’importance au sein du genre, est questionnée. La révision taxonomique de cette espèce peut avoir des conséquences fortes en termes d’épidémiologie, d’évaluation et de gestion des risques. Durant ce travail une approche de taxonomie intégrative impliquant trois champs disciplinaires, génétique, morphométrique et biologique, a été développée sur un panel de populations sud-américaines pour délimiter de nouvelles frontières au sein de cette espèce. L’exploration de la diversité génétique a permis de révéler l’exitence de deux groupes fortement distants de G. pallidaCette étude questionne aussi les processus impliqués dans cette divergence qui semblent distincts pour ces deux groupes. L’existence d’une différenciation morphologique a été observée grâce à un outil d’analyse d’image automatisé créé spécifiquement pour ce travail. Le développement de l’outil constitue une approche novatrice pour l’étude de la morphométrie dans ce genre et plus généralement chez les nématodes. Cette différenciation s’appuie sur l’intégration combinée de trois métriques adaptées à la morphométrie automatisée. Enfin, l’étude de la capacité de ces entités à se développer aux dépens de certaines plantes a elle aussi rapporté des
Published: 2020

5. Ecological Specialization and Rarity of Arable Weeds: Insights from a Comprehensible Survey in France

Author: François Munoz, Jonathan Storkey, Sabrina Gaba, Vincent Bretagnolle, Christine Plumejeaud, Laura Armengot, Guillaume Fried, Joël Chadoeuf, Cyrille Violle, Lucie Mahaut, Bérenger Bourgeois, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LTSER «Zone Atelier Plaine & Val de Sevre» [France], Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rothamsted Research, French Foundation for Research on Biodiversity (FRB, ANR-13-AGRO-0001,AGROBIOSE,Biodiversité et services écosystémiques en agro-écosystèmes céréaliers intensifs : utilisation des concepts de l'agro-écologie pour atteindre les objectifs ECOPHYTO 2018(2013), European Project: 639706,H2020,ERC-2014-STG,CONSTRAINTS(2015), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
Subjects: 0106 biological sciences, arable fields, Arable fields, Sampling strategies, Plant Science, life form, Generalist and specialist species, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, species pool, Article, specialization, open habitats, Open habitats, Ecosystem diversity, Temporal scales, biodiversity decline, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 2. Zero hunger, Biodiversity decline, Ecology, Species pool, Botany, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, sampling strategies, Production systems, Taxon, Geography, Habitat, QK1-989, [SDE]Environmental Sciences, Biodiversity and ecosystem services, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Conservation status, Life form, Arable land, Weed, Specialization
Abstract: The definition of &ldquo, arable weeds&rdquo, remains contentious. Although much attention has been devoted to specialized, segetal weeds, many taxa found in arable fields also commonly occur in other habitats. The extent to which adjacent habitats are favorable to the weed flora and act as potential sources of colonizers in arable fields remains unclear. In addition, weeds form assemblages with large spatiotemporal variability, so that many taxa in weed flora are rarely observed in plot-based surveys. We thus addressed the following questions: How often do weeds occur in other habitats than arable fields? How does including field edges extend the taxonomic and ecological diversity of weeds? How does the weed flora vary across surveys at different spatial and temporal scales? We built a comprehensive dataset of weed taxa in France by compiling weed flora, lists of specialized segetal weeds, and plot-based surveys in agricultural fields, with different spatial and temporal coverages. We informed life forms, biogeographical origins and conservation status of these weeds. We also defined a broader dataset of plants occupying open habitats in France and assessed habitat specialization of weeds and of other plant species absent from arable fields. Our results show that many arable weeds are frequently recorded in both arable fields and non-cultivated open habitats and are, on average, more generalist than species absent from arable fields. Surveys encompassing field edges included species also occurring in mesic grasslands and nitrophilous fringes, suggesting spill-over from surrounding habitats. A total of 71.5% of the French weed flora was not captured in plot-based surveys at regional and national scales, and many rare and declining taxa were of Mediterranean origin. This result underlines the importance of implementing conservation measures for specialist plant species that are particularly reliant on arable fields as a habitat, while also pointing out biotic homogenization of agricultural landscapes as a factor in the declining plant diversity of farmed landscapes. Our dataset provides a reference species pool for France, with associated ecological and biogeographical information.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

6. Demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa Phase 2: Avis de l’AnsesRapport d’expertise collective

Author: Verdin, Eric, Sicard, Anne, Gentzbittel, Laurent, Legendre, Bruno, Suffert, Frédéric, Thébaud, Gaël, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Anses, Contrat : 2018-SA-0248, Commanditaire : Direction Générale de l’Alimentation, Type de commande : lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-29
Subjects: Xylella fastidiosa, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, olivier, Antibes, [SDV]Life Sciences [q-bio], gestion, Menton, France, olive tree, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, management, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: Les auteurs mentionnés font partie du groupe de travail (cf. p.3 du rapport) - Comité d'experts spécialisé (cf. p. 3-4 du rapport) / Participation ANSES (cf. p. 4 du rapport) / Audition de personnalités extérieures (cf. p.4 du rapport); Un nouveau règlement européen relatif à la lutte contre Xylella fastidiosa (règlement d’exécution UE 2020/1201 de la Commission du 14 août 2020, relatif aux mesures visant à prévenir l’introduction et la dissémination dans l’Union de Xylella fastidiosa) propose aux États membres de l'Union européenne une approche de gestion des foyers de la bactérie plus adaptée à la pluralité des situations phytosanitaires rencontrées sur le terrain que le précédent règlement (décision d’exécution UE 2015/789 de la Commission du 18 mai 2015 modifiée, relative à des mesures visant à éviter l’introduction et la propagation dans l’Union de Xylella fastidiosa). En particulier, ce nouveau règlement assouplit les conditions dérogatoires à l'arrachage des végétaux spécifiés dans les zones infectées, de même que les conditions de replantation de végétaux spécifiés dans les zones infectées ou encore la mise en circulation des végétaux spécifiés en dehors des zones délimitées. Il revient à chaque État membre de décider d'arracher ou de maintenir certaines espèces végétales ou certains individus qui présenteraient un intérêt patrimonial particulier.
Published: 2020

7. La fusariose des épis des céréales à paille : synthèse de 10 années de recherche pour une meilleure gestion intégrée de la maladie

Author: Romain Valade, Béatrice Orlando, Claude Maumené, Valerie Laval, Anne-Sophie Walker, Renaud Ioos, Anne-Laure Boutigny, Valerie Cadot, Marie Foulongne-Oriol, Florence Forget, Vessela Atanasova-Penichon, Cyrille Saintenac, Ludovic Bonhomme, Thierry Langin, Frédéric Serre, Delphine Taillieu, Pierre Roumet, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], ARVALIS - Institut du Végétal [Boigneville], BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mycologie (USC INRAE LSV-mycologie), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe d'Etude et de contrôle des Variétés Et des Semences (GEVES), Unité de recherche Mycologie et Sécurité des Aliments (MycSA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale PHénotypage Au Champ des Céréales (UE1375) (PHACC), Florimond Desprez, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Arvalis - Institut du Végétal, ARVALIS -Thiverval-Grignon, Laboratoire de la Santé des Végétaux - Unité de Mycologie (LSV-Mycologie), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding
Abstract: International audience; Fusarium head blight (FHB) is a cereal disease caused by a complex of plant pathogenic fungal species of the genera Fusarium andMicrodochium, with different epidemiological characteristics and producing or not different toxins. The FHB causes significant yieldlosses, health issues and technological quality concerns in all temperate areas worldwide. The composition of the species complexis different according to the cereal, depending on the climate of the year and the agronomic practices. These species may havedifferent susceptibilities to the fungicides used and different behaviors towards genetic resistance. Thus, investigating thesecharacteristics is required to implement integrated pest management strategies adapted to this disease. For more than 10 years,several research programs have led to significant progress in this area. Tools have been developed to more accurately characterizefungal populations and their interactions. Models have been developed to predict the risk and to adapt control measures. Themolecular mechanisms involved in the interaction between plant genes and the pathogenicity of fungal species are beginning to bedeciphered. Phenotyping methods are being developed to help in the characterization of varietal susceptibility and direct controlmethods using biocontrol products are under investigation. The goal of this paper is to review the main results obtained in thecontext of integrated management of fusarium head blight.; La fusariose de l’épi (FHB) est une maladie des céréales causée par un complexe d’espèces de champignons phytopathogènes desgenres Fusarium et Microdochium, ayant des caractéristiques épidémiologiques différentes et productrices ou non de différentestoxines. Le FHB entraîne d’importantes pertes de rendement et des problèmes de qualité sanitaire et technologique dans toutes lesrégions tempérées du globe. La composition du complexe d’espèces est différente selon les céréales, très dépendante du climat del’année et de l’itinéraire technique. Ces espèces peuvent avoir des sensibilités différentes aux fongicides utilisés et descomportements différents vis à vis des résistances présentes dans les variétés. Ainsi, il est essentiel de connaître ces caractéristiquespour mettre en œuvre les méthodes de lutte intégrée adaptées à cette maladie. Depuis plus de 10 ans, plusieurs programmes derecherche ont permis des avancées significatives sur cette thématique. Des outils ont été développés et ont permis de caractériserplus précisément les populations fongiques selon les céréales et leurs interactions. Des modèles ont été développés pour prédire lerisque et adapter les moyens de lutte. Les mécanismes moléculaires impliqués dans l’interaction entre les gènes de la plante et lapathogénicité des espèces fongiques commencent à être décryptés. Des méthodes de phénotypage se développent pour aider à lacaractérisation de la sensibilité variétale et des méthodes de lutte directe utilisant des produits de biocontrôle sont endéveloppement. L’objectif de cet article est de synthétiser les principaux résultats acquis dans l’objectif d’une protection intégréevis‐à‐vis de la fusariose des épis des céréales.
Published: 2020

8. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Unité de quarantaine (LSV Clermont-Ferrand), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Retraitée, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de bactériologie, virologie, OGM (BVO), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Anses, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10
Subjects: Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, période endophytique, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract: La bactérie Xylella fastidiosa, sous-espèce multiplex, a été identifiée pour la première fois en France en 2015. Aujourd’hui, elle est établie dans certaines communes du littoral méditerranéen de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et dans la région Corse, pour laquelle une stratégie d’enrayement est en place depuis janvier 2018.La décision d’exécution 2015/789/UE modifiée précise les dispositions visant à empêcher d’autres introductions de la bactérie Xylella fastidiosa ainsi que sa propagation dans l’UE. Conformément à l'article 9.1 de cette décision, les mouvements de végétaux spécifiés (la liste des espèces spécifiées est précisée en annexe I de la décision d’exécution 2015/789/UE) en dehors des zones délimitées (la définition d’une zone délimitée est précisée à l’article 4 de la décision d’exécution 2015/789/UE), sont interdits. Par dérogation, l’article 9.2 définit des conditions permettant à l'autorité compétente d’autoriser un opérateur à déplacer des végétaux spécifiés hors de zones délimitées. Parmi ces dispositions1, l’obligation de maintenir sous protection matérielle (en conditions « insect-proof » permanentes) le site de production du végétal spécifié pendant toute la durée de culture pose des difficultés de mise en œuvre. De ce fait, aucune dérogation n’a été délivrée, à ce jour, en France. Cela se traduit notamment par des pertes de marchés et des baisses du chiffre d'affaires chez les professionnels concernés pouvant aller jusqu'à 50 %.
Published: 2020

9. Development of A Nested-MultiLocus Sequence Typing Approach for A Highly Sensitive and Specific Identification of Xylella fastidiosa Subspecies Directly from Plant Samples

Author: Sophie Cesbron, Enora Dupas, Quentin Beaurepère, Maria del Pilar Velasco Amo, Marie-Agnès Jacques, Martial Briand, Miguel Montes Borrego, Blanca B. Landa, European Commission, Interprofesional del Aceite de Oliva Español, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Generalitat Valenciana, Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación y Medio Ambiente (España), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Instituto de Agricultura Sostenible - Institute for Sustainable Agriculture (IAS CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), INRA SPE division and Anses, Programa Estatal de I+D Orientada a los Retos de la Sociedad' from Spanish State Research Agency : E-RTA2017-00004-C06-02, Organizacion Interprofesional del Aceite de Oliva Espanol, CSIC Intramural Project 2018 : 40E111, 'Conselleria de Agricultura, Desarrollo Rural, Emergencia Climatica y Transicion Ecologica' from Valencia region, Ministry of Agriculture, Fisheries and Food of Spain., European Project: 727987,XF-ACTORS, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Spanish National Research Council (CSIC), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0106 biological sciences, MESH: Xylella fastidiosa, Xylella fastidiosa, Philaenus spumarius, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Subspecies, Genome, 01 natural sciences, lcsh:Agriculture, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Typing, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Direct typing technique, fungi, lcsh:S, food and beverages, 15. Life on land, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Housekeeping gene, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, MESH: Multilocus Sequence Typing, Multilocus sequence typing, Agronomy and Crop Science, Nested polymerase chain reaction, 010606 plant biology & botany, Specific identification, MLST, Nested PCR
Abstract: © 2020 by the authors., Identification of sequence types (ST) of Xylella fastidiosa based on direct MultiLocus Sequence Typing (MLST) of plant DNA samples is partly efficient. In order to improve the sensitivity of X. fastidiosa identification, we developed a direct nested-MLST assay on plant extracted DNA. This method was performed based on a largely used scheme targeting seven housekeeping gene (HKG) loci (cysG, gltT, holC, leuA, malF, nuoL, petC). Samples analyzed included 49 plant species and two insect species (Philaenus spumarius, Neophilaenus campestris) that were collected in 2017 (106 plant samples in France), in 2018 (162 plant samples in France, 40 plant samples and 26 insect samples in Spain), and in 2019 (30 plant samples in Spain). With the nested approach, a significant higher number of samples were amplified. The threshold was improved by 100 to 1000 times compared to conventional PCR. Using nested-MLST assay, plants that were not yet considered hosts tested positive and revealed novel alleles in France, whereas for Spanish samples it was possible to assign the subspecies or ST to samples considered as new hosts in Europe. Direct typing by nested-MLST from plant material has an increased sensitivity and may be useful for epidemiological purposes., ED salary was funded by INRA SPE division and Anses. This work received support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 727987 XF-ACTORS (Xylella fastidiosa Active Containment Through a multidisciplinary-Oriented Research Strategy), and from Projects E-RTA2017-00004-C06-02 from ‘Programa Estatal de I+D Orientada a los Retos de la Sociedad’ from Spanish State Research Agency and from the Organización Interprofesional del Aceite de Oliva Español, CSIC Intramural Project 2018 40E111, and from “Conselleria de Agricultura, Desarrollo Rural, Emergencia Climática y Transición Ecológica” from Valencia region, and the Ministry of Agriculture, Fisheries and Food of Spain. The present work reflects only the authors’view and the EU funding agency is not responsible for any use that may be made of the information it contains.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

10. Effectiveness of clear-cuttings in non-fragmented pine forests in relation to EU regulations for the eradication of the pine wood nematode

Author: Philippe Castagnone-Sereno, Christelle Robinet, Corinne Sarniguet, Hervé Jactel, Xavier Tassus, Géraldine Roux, Manuel Mota, Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Nemalab/ICAAM, University of Évora [Portugal], Université d'Orléans (UO), Unité de Nématologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), European Project: 771271,HOMED, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Bursaphelenchus xylophilus, Felling, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Cutting, eradication, media_common.cataloged_instance, European union, dispersal, media_common, Ecology, biology, Agroforestry, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, biology.organism_classification, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Europe, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Geography, Nematode, emergency plan, Pine wood, Spatial ecology, Biological dispersal, clear-cut, Monochamus galloprovincialis, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Biological invasion
Abstract: International audience; The invasive pine wood nematode (PWN), Bursaphelenchus xylophilus, is one of the most serious threats to pine forests across the world. Detected in Europe in 1999, it has largely spread despite containment measures. Following the European Union regulations, the requested eradication measure is to fell, remove and dispose of all susceptible plants within a clear-cut zone (CCZ) of a radius of 500 m around any infected tree. This measure is controversial since its effectiveness is questioned. An individual-based model, describing the dispersal of the nematode vector and the nematode transmission,was used to estimate the relationship between the radius and the effectiveness of the CCZ at eradicatingthe PWN.. Clear-cutting of a 500 m-radius is poorly effective in non-fragmented pine forests since it reduces the number of PWN transmissions by only 0.6 % 11.5 %. To significantly reduce the number of transmissions, the radius should be between 14 and 38 km, which is obviously not technically nor ethically feasible.Policy implications. Our results, based on model simulations at a fine spatial scale,prove that clear-cutting susceptible trees 500 m around any infested tree –as requested by EU regulation to eradicate the pine wood nematode –is not effective in large and continuous pine forests. Instead, strengthened surveillance and sanitation felling could be explored.; Le nématode du pin (PWN), Bursaphelenchus xylophilus, est l’une des plus importantes 59espèces invasives menaçant les forêts de pins dans le monde. Après avoir été détecté en Europe en 1999, il s’est rapidement propagé au Portugal puis en Espagne, malgré les mesures mises en place pour le contenir .Selon la réglementation de l’Union Européenne, la mesure relative à l’éradication consiste à abattre, retirer et éliminer tous les végétaux sensibles dans une zone de coupe à blanc (CCZ) d’un rayon de 500 m autour de tout arbre infecté par le PWN. Cette mesure est controversée car son efficacité est incertaine. Un modèle individu-centré,décrivant la dispersion de l’insecte vecteur ainsi que la transmissiondu PWN, a été utilisé pour estimer la relation entre le rayon de la coupe à blanc et son efficacité à éradiquer le PWN. Une coupe à blanc d‘un rayon de 500 m est très peu efficace dans une forêt de pins non 70fragmentée car elle ne peut réduire le nombre de transmissions du PWN que de 0.6% à 11.5 71%. Pour réduire de manière significative ce nombre de transmissions, le rayon devrait être de 14 à 38 km, ce qui n’est de façon évidente pas envisageable d’un point de vue technique ou éthique. Implications politiques. Nos résultats, issus de simulations conduites à une échelle spatiale fine, prouvent que la coupe des végétaux sensibles dans un rayon de 500 m autour de tout arbre infecté –comme demandée par la réglementation de l’Union Européenne pour éradiquer le nématode du pin–n’est pas efficace dans les grandes forêts de pins non fragmentées. À la place, le renforcement de la surveillance et des coupes sanitaires ciblées devraient être envisagé
Published: 2019
Full Text: View/download PDF

11. Estimating economic benefits of biological control of Ambrosia artemisiifolia by Ophraella communa in southeastern France

Author: Raphaëlle Mouttet, Urs Schaffner, Thomas Le Bourgeois, Michel Thibaudon, Benno A. Augustinus, Maira Bonini, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Heinz Müller-Schärer, Emmanuel Gachet, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité entomologie et plantes invasives, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CABI Europe Switzerland, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Réseau National de Surveillance Aérobiologique (RNSA), CABI, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Réseau National de Surveillance Aérobiologique [Brussieu, France] (RNSA), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: 0106 biological sciences, Ragweed, Economics, Biological pest control, Introduced species, H60 - Mauvaises herbes et désherbage, medicine.disease_cause, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ophraella communa, Désherbage, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Pollen, medicine, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ambrosia artemisiifolia, biology, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, biology.organism_classification, Economic benefits, Lutte biologique, 010602 entomology, Compétition des mauvaises herbes, Geography, Agronomy, Health, Biological control, impact économique, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Mauvaise herbe, Leaf beetle
Abstract: International audience; The North American common ragweed, Ambrosia artemisiifolia, which produces highly allergenic pollen, is invasive in different parts of the world, including Europe. In 2013, common ragweed in northern Italy was found attacked by another accidentally introduced species, the North American leaf beetle Ophraella communa, which is used for biological control of common ragweed in China. Since the establishment of O. communa, ragweed pollen concentrations in northern Italy have significantly dropped. Here we set out to estimate the potential economic benefits of establishment of O. communa in the Rhône-Alpes region in south-eastern France, where detailed data on the economic impact of common ragweed are available. Extrapolating from the change in airborne ragweed pollen concentrations in the Milan area, we estimated that establishment of O. communa in the Rhône-Alpes region will reduce the number of days with ragweed pollen concentrations at which sensitive people express symptoms by 50% and the medical costs due to common ragweed by 5.2–6.8M € annually. Our findings suggest that investments of public funds are justified to conduct a complete assessment of the potential risks and benefits associated with the accidental establishment of O. communa in Europe.
Published: 2018
Full Text: View/download PDF

12. Deux réseaux impliqués dans la santé végétale

Author: Vissac, Philippe, Andrivon, Didier, Poliakoff, Françoise, Pieron, Sophie, Pommaret, Eugénia, Chabert, André, Viguerie, Nathalie, Les instituts techniques agricoles (Acta), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Fédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles Centre Val de Loire (FREDON Centre), UIPP FRA, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Grenier, Anne-Sophie, Association de Coordination Technique Agricole (ACTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: National audience
Published: 2018

13. Demande d’avis relatif à la réalisation d’une analyse de risques relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et pour l’élaboration de recommandation de gestion: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Author: Le Bourgeois, Thomas, Chauvel, Bruno, Fried, Guillaume, Monty, Arnaud, Rossi, Jean-Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie‐hélène, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutierrez, Abraham J., Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valerie, Verheggen, Francois, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Aigueperse, Marie, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Liège, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physiologie et Biotechnologies Végétales (LPBV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Liège - Gembloux, Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum (DLR), Institut für Phytomedizin, Université d'Angers (UA), and Anses
Subjects: Ambroisie trifide, Pest risk assessment, [SDE]Environmental Sciences, Ambrosia trifida, MESH: Ambrosia, Ambrosia, Analyse de risque, Giant ragweed
Abstract: Le 22 octobre 2014, le Parlement européen et le Conseil ont publié un règlement relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE). Ce règlement prévoit, en particulier àson article 19, que les États membres mettent en place des mesures efficaces de gestion vis-à-vis d'une liste d'EEE dites préoccupantes pour l'Union Européenne (UE) qui, selon l'article 4, doit être adoptée, par voie d'actes d'exécution, par la Commission européenne début 2016. Cette liste sera régulièrement révisée. Ainsi l'inscription d'une espèce dans cette liste se traduira par la mise en place d'actions de prévention et de lutte coordonnées entre les différents États membres de l'Union européenne, visant à réduire les impacts négatifs de ces espèces en premier lieu sur la biodiversité et les services écosystémiques ainsi que d'autres impacts négatifs éventuels dans le cas de certaines EEE pouvant entraîner des impacts sur la santé humaine et/ou des impacts économiques. Pour toutes les espèces qui seront proposées pour la future liste susmentionnée, la Commission européenne doit disposer d'une analyse de risques respectant 14 normes qu'eIle a fixées dans le rapport « invasive alien species -framework forthe identification of invasive alien species of EU concern. ENV.B.2/ETU/2013/0026 ››, ainsi que 5 critères définis à l'articIe 4 du règlement. Pour un certain nombre d'espèces listées dans le rapport suscité, des analyses de risques sont déjà disponibles. Pour celles n'y figurant pas et qu'un État membre souhaiterait voir proposer dans le cadre de la révision régulière de la liste (cf. Article 4), une analyse de risque est à fournir à la Commission européenne. Parmi les espèces végétales du genre Ambrosiaprésentes en France, plusieurs constituent des espèces exotiques envahissantes à impact potentiel pour la santé puisqu'elles émettent un pollen hautement allergisant pour l'homme. C'est le cas en particulier de l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), de l'ambroisie trifide (Ambrosia trifidaL.) et de l'ambroisie à épis lisses (Ambrosia psilostachya DC.). Si pour l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), une analyse de risques est disponible dans le rapport susmentionné, tel n'est pas le cas pour l'ambroisie trifide.L'ambroisie trifide est également une adventice des cultures des plus difficiles à gérer dans sa zone d'origine, sa taille et son cycle de végétation induisant une concurrence forte avec la végétation en place. Elle a fait l'objet d'une fiche d'alerte de l'Anses en 2013 et les observations confirment son implantation en Midi-Pyrénées, sur des périmètres permettant encore d'envisager son contrôle.Par ailleurs, cette espèce est visée par plusieurs actions du 3ème plan national santé-environnement (PNSE 3), en particulier l'action n°11 visant à mieux évaluer l'exposition à l'ambroisie et surveiller son expansion géographique, et l'action n°12 qui a notamment pour objectif de renforcer et de coordonner la gestion des espèces végétales et animales dont la prolifération peut être nuisible à la santé publique..
Published: 2017

14. Genetic diversity of armored scales (Hemiptera: Diaspididae) and soft scales (Hemiptera: Coccidae) in Chile

Author: Géraldine Groussier, Tania Zaviezo, Paul Amouroux, P. Kreiter, J. F. Germain, Thibaut Malausa, Margot Correa, J. Ampuero, Didier Crochard, Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal [Chile], Pontificia Universidad Católica de Chile (UC), Departamento de Fruticultura y Enologia, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Xilema (ANASAC Control Biol), This project was supported by the EU FP7 Marie Curie IAPP Project 'Colbics' #324475 and by the 'Fundación para la Innovación Agraria' (FIA) #PYT-2015-0230., European Project: 324475,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-IAPP,COLBICS(2013), Departamento de Fruticultura y Enología, Facultad de Agronomía e Ingeniería Forestal, Pontificia Universidad Catolica de Chile, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fac Agron & Ingn Forestal, Dept Fruticultura & Enol, 'Fundacion para la Innovacion Agraria' (FIA) PYT-2015-0230, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0106 biological sciences, haplotype, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Science, hemiptera, Population, Zoology, sternorrhyncha, Diaspididae, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Article, Electron Transport Complex IV, scale, diaspididae, Botany, Animals, education, Phylogeny, Coccidae, Aspidiotus nerii, Genetic diversity, education.field_of_study, Multidisciplinary, biology, coccoidea, Genetic Variation, biology.organism_classification, écaille, Hemiptera, Sternorrhyncha, genêtic variation, 010602 entomology, scale insects, Genes, Mitochondrial, Haplotypes, diversité génétique, Medicine, aspidiotus nerii, Coccus hesperidum
Abstract: Scale insects (Sternorrhyncha: Coccoidea) are one of the most invasive and agriculturally damaging insect groups. Their management and the development of new control methods are currently jeopardized by the scarcity of identification data, in particular in regions where no large survey coupling morphological and DNA analyses have been performed. In this study, we sampled 116 populations of armored scales (Hemiptera: Diaspididae) and 112 populations of soft scales (Hemiptera: Coccidae) in Chile, over a latitudinal gradient ranging from 18°S to 41°S, on fruit crops, ornamental plants and trees. We sequenced the COI and 28S genes in each population. In total, 19 Diaspididae species and 11 Coccidae species were identified morphologically. From the 63 COI haplotypes and the 54 28S haplotypes uncovered, and using several DNA data analysis methods (Automatic Barcode Gap Discovery, K2P distance, NJ trees), up to 36 genetic clusters were detected. Morphological and DNA data were congruent, except for three species (Aspidiotus nerii, Hemiberlesia rapax and Coccus hesperidum) in which DNA data revealed highly differentiated lineages. More than 50% of the haplotypes obtained had no high-scoring matches with any of the sequences in the GenBank database. This study provides 63 COI and 54 28S barcode sequences for the identification of Coccoidea from Chile.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

15. Degradation of the Plant Defense Signal Salicylic Acid Protects Ralstonia solanacearum from Toxicity and Enhances Virulence on Tobacco

Author: Jonathan M. Jacobs, Florent Ailloud, Tiffany M. Lowe-Power, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Brianna Fochs, Lindow, Steven E, University of Wisconsin-Madison, Department of Plant Pathology, UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), USDA-AFRI [2015-67011-22799], ANSES (France) [11-237/BSL], U. Wisconsin-Madison College of Agricultural and Life Sciences, HHS \ NIH \ NIH Office of the Director (OD) [T32GM07215], European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, Allen, Caitilyn, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nicotiana tabacum, Type three secretion system, Acide salicylique, chemistry.chemical_compound, Solanum lycopersicum, Anti-Infective Agents, Plant defense against herbivory, Expression des gènes, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Pathogen, Biotransformation, Recombination, Genetic, 2. Zero hunger, Ralstonia solanacearum, biology, Virulence, Bacterial wilt, Mécanisme de défense cellulaire, food and beverages, QR1-502, Infectious Diseases, Metabolic Engineering, [SDE]Environmental Sciences, Salicylic Acid, Infection, Research Article, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Microbiology, 03 medical and health sciences, Genetic, Virology, Tobacco, H20 - Maladies des plantes, Génie génétique, Gene Expression Profiling, biology.organism_classification, Recombination, 030104 developmental biology, Emerging Infectious Diseases, Good Health and Well Being, chemistry, Salicylic acid
Abstract: Plants use the signaling molecule salicylic acid (SA) to trigger defenses against diverse pathogens, including the bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum. SA can also inhibit microbial growth. Most sequenced strains of the heterogeneous R. solanacearum species complex can degrade SA via gentisic acid to pyruvate and fumarate. R. solanacearum strain GMI1000 expresses this SA degradation pathway during tomato pathogenesis. Transcriptional analysis revealed that subinhibitory SA levels induced expression of the SA degradation pathway, toxin efflux pumps, and some general stress responses. Interestingly, SA treatment repressed expression of virulence factors, including the type III secretion system, suggesting that this pathogen may suppress virulence functions when stressed. A GMI1000 mutant lacking SA degradation activity was much more susceptible to SA toxicity but retained the wild-type colonization ability and virulence on tomato. This may be because SA is less important than gentisic acid in tomato defense signaling. However, another host, tobacco, responds strongly to SA. To test the hypothesis that SA degradation contributes to virulence on tobacco, we measured the effect of adding this pathway to the tobacco-pathogenic R. solanacearum strain K60, which lacks SA degradation genes. Ectopic addition of the GMI1000 SA degradation locus, including adjacent genes encoding two porins and a LysR-type transcriptional regulator, significantly increased the virulence of strain K60 on tobacco. Together, these results suggest that R. solanacearum degrades plant SA to protect itself from inhibitory levels of this compound and also to enhance its virulence on plant hosts like tobacco that use SA as a defense signal molecule., IMPORTANCE Plant pathogens such as the bacterial wilt agent Ralstonia solanacearum threaten food and economic security by causing significant losses for small- and large-scale growers of tomato, tobacco, banana, potato, and ornamentals. Like most plants, these crop hosts use salicylic acid (SA) both indirectly as a signal to activate defenses and directly as an antimicrobial chemical. We found that SA inhibits growth of R. solanacearum and induces a general stress response that includes repression of multiple bacterial wilt virulence factors. The ability to degrade SA reduces the pathogen’s sensitivity to SA toxicity and increases its virulence on tobacco.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

16. Genomic and proteomic evidence supporting the division of the plant pathogen Ralstonia solanacearum into three species

Author: Caitilyn Allen, Beth L. Dalsing, Benoit Remenant, Borja Sánchez, Philippe Prior, Florent Ailloud, Département Santé des Plantes et Environnement (DPT SPE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Universidade de Vigo, INRA, CIRAD, University of Wisconsin-Madison College of Agricultural and Life Sciences, e.b.s federative structure of the Universite de la Reunion through the MALDIV [EBSFIN13-01], European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Prior, Philippe
Subjects: Proteomics, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Identification, Phylogénie, flétrissement bactérien, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ralstonia, 01 natural sciences, Genome, Espèce, Plant pathogen, protéomique, Phylogeny, 2. Zero hunger, Phylotype, Genetics, Ralstonia solanacearum, Genomics, DNA microarray, Research Article, Biotechnology, Flétrissement, Species complex, Pouvoir pathogène, Biology, génomique, 03 medical and health sciences, Variation génétique, Bacterial wilt, Taxonomy, plante pathogène, Phylogenetics, sélection génomique, Plant Diseases, H20 - Maladies des plantes, Métabolisme de l'azote, Génome, Genetic Variation, Taxonomie, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Genome, Bacterial, 010606 plant biology & botany
Abstract: Background The increased availability of genome sequences has advanced the development of genomic distance methods to describe bacterial diversity. Results of these fast-evolving methods are highly correlated with those of the historically standard DNA-DNA hybridization technique. However, these genomic-based methods can be done more rapidly and less expensively and are less prone to technical and human error. They are thus a technically accessible replacement for species delineation. Here, we use several genomic comparison methods, supported by our own proteomic analyses and metabolic characterization as well as previously published DNA-DNA hybridization analyses, to differentiate members of the Ralstonia solanacearum species complex into three species. This pathogen group consists of diverse and widespread strains that cause bacterial wilt disease on many different plants. Results We used three different methods to compare the complete genomes of 29 strains from the R. solanacearum species complex. In parallel we profiled the proteomes of 73 strains using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF-MS). Proteomic profiles together with genomic sequence comparisons consistently and comprehensively described the diversity of the R. solanacearum species complex. In addition, genome-driven functional phenotypic assays excitingly supported an old hypothesis (Hayward et al. (J Appl Bacteriol 69:269–80, 1990)), that closely related members of the R. solanacearum could be identified through a simple assay of anaerobic nitrate metabolism. This assay allowed us to clearly and easily differentiate phylotype II and IV strains from phylotype I and III strains. Further, genomic dissection of the pathway distinguished between proposed subspecies within the current phylotype IV. The assay revealed large scale differences in energy production within the R. solanacearum species complex, indicating coarse evolutionary distance and further supporting a repartitioning of this group into separate species. Conclusions Together, the results of these studies support the proposed division of the R. solanacearum species complex into three species, consistent with recent literature, and demonstrate the utility of proteomic and genomic approaches to delineate bacterial species. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-016-2413-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

17. In planta comparative transcriptomics of host-adapted strains of Ralstonia solanacearum

Author: Tiffany M. Lowe, Stéphane Cruveiller, Isabelle Robène, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Florent Ailloud, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Commissariat Energie Atom & Energie Alternat, Lab Anal Bioinformat Genom & Metab, Evry, France, Partenaires INRAE, Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UAR 0865 Paris Réunion, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Paris Réunion (PARIS REUNION), European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, ANSES [11-237/BSL], NIH National Research Service Award [T32 GM07215], Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grant from the USDA National Institute of Food and Agriculture [2015-67011-22799], Prior, Philippe, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and CNRS, CNRS, UMR 8030, Genom Metab, Evry, France
Subjects: 0301 basic medicine, Identification, Phylogénie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Denitrification pathway, lcsh:Medicine, Medical and Health Sciences, Expression des gènes, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Pathotype, 2. Zero hunger, Ralstonia solanacearum, Virulence, Strain (chemistry), General Neuroscience, food and beverages, General Medicine, Genomics, Biological Sciences, Transcriptomics, Host adaptation, General Agricultural and Biological Sciences, Infection, Plante hôte, Pouvoir pathogène, 030106 microbiology, Biology, Séquence d'ARN, Microbiology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Métabolisme, Genetics, Adaptation, Gene, H20 - Maladies des plantes, Génie génétique, Comparative genomics, Transcription génique, Host (biology), transcriptomique, lcsh:R, Musa, biology.organism_classification, Gène, U30 - Méthodes de recherche
Abstract: Background.Ralstonia solanacearumis an economically important plant pathogen with an unusually large host range. The Moko (banana) and NPB (not pathogenic to banana) strain groups are closely related but are adapted to distinct hosts. Previous comparative genomics studies uncovered very few differences that could account for the host range difference between these pathotypes. To better understand the basis of this host specificity, we used RNAseq to profile the transcriptomes of anR. solanacearumMoko strain and an NPB strain underin vitroandin plantaconditions.Results.RNAs were sequenced from bacteria grown in rich and minimal media, and from bacteria extracted from mid-stage infected tomato, banana and melon plants. We computed differential expression between each pair of conditions to identify constitutive and host-specific gene expression differences between Moko and NPB. We found that type III secreted effectors were globally up-regulated upon plant cell contact in the NPB strain compared with the Moko strain. Genes encoding siderophore biosynthesis and nitrogen assimilation genes were highly up-regulated in the NPB strain during melon pathogenesis, while denitrification genes were up-regulated in the Moko strain during banana pathogenesis. The relatively lower expression of oxidases and the denitrification pathway during banana pathogenesis suggests thatR. solanacearumexperiences higher oxygen levels in banana pseudostems than in tomato or melon xylem.Conclusions.This study provides the first report of differential gene expression associated with host range variation. Despite minimal genomic divergence, the pathogenesis of Moko and NPB strains is characterized by striking differences in expression of virulence- and metabolism-related genes.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

18. Comparative genomics of pathogenic and nonpathogenic strains of Xanthomonas arboricola unveil molecular and evolutionary events linked to pathoadaptation

Author: Sophie Cesbron, Charles Manceau, Sophie Gironde, Tristan Boureau, Salwa Essakhi, Marie-Agnès Jacques, Marion Fischer-Le Saux, Martial Briand, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Terrena, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Direction Générale de l'Armement (REI project # 2010 34007), SFR QUASAV (PATHOCOM project), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Plant Health Laboratory, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, maladie bactérienne, chemorécepteur, Juglans regia, Phytopathology and phytopharmacy, chemoreceptor, Plant Science, lcsh:Plant culture, Microbiology, medicine, walnut tree, copper resistance, Blight, lcsh:SB1-1110, Bacterial blight, Original Research, Comparative genomics, Canker, Bacterial disease, biology, génomique comparative, Strain (biology), Ice, Xanthomonas arboricola, vertical oozing canker, bacterial blight, ICE, biology.organism_classification, medicine.disease, noyer, Phytopathologie et phytopharmacie, Agricultural sciences, facteur de pathogénicité, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Vertical oozing canker, Pathovar, Mobile genetic elements, effecteur type III, Sciences agricoles
Abstract: The bacterial species Xanthomonas arboricola contains plant pathogenic and nonpathogenic strains. It includes the pathogen X. arboricola pv. juglandis, causing the bacterial blight of Juglans regia. The emergence of a new bacterial disease of J. regia in France called vertical oozing canker (VOC) was previously described and the causal agent was identified as a distinct genetic lineage within the pathovar juglandis. Symptoms on walnut leaves and fruits are similar to those of a bacterial blight but VOC includes also cankers on trunk and branches. In this work, we used comparative genomics and physiological tests to detect differences between four X. arboricola strains isolated from walnut tree: strain CFBP 2528 causing walnut blight (WB), strain CFBP 7179 causing VOC and two nonpathogenic strains, CFBP 7634 and CFBP 7651, isolated from healthy walnut buds. Whole genome sequence comparisons revealed that pathogenic strains possess a larger and wider range of mobile genetic elements than nonpathogenic strains. One pathogenic strain, CFBP 7179, possessed a specific integrative and conjugative element (ICE) of 95 kb encoding genes involved in copper resistance, transport and regulation. The type three effector repertoire was larger in pathogenic strains than in nonpathogenic strains. Moreover, CFBP 7634 strain lacked the type three secretion system encoding genes. The flagellar system appeared incomplete and nonfunctional in the pathogenic strain CFBP 2528. Differential sets of chemoreceptor and different repertoires of genes coding adhesins were identified between pathogenic and nonpathogenic strains. Besides these differences, some strain-specific differences were also observed. Altogether, this study provides valuable insights to highlight the mechanisms involved in ecology, environment perception, plant adhesion and interaction, leading to the emergence of new strains in a dynamic environment.
Published: 2015
Full Text: View/download PDF

19. Comparative genomic analysis of Ralstonia solanacearum reveals candidate genes for host specificity

Author: Tiffany M. Lowe, David Roche, Gilles Cellier, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Florent Ailloud, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Institut de Génomique, Département Santé des Plantes et Environnement (DPT SPE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, ANSES [11-237/BSL], Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Phylogénie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Medical and Health Sciences, Hôte, Solanum lycopersicum, Cucumis melo, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Phylogeny, 2. Zero hunger, Genetics, 0303 health sciences, Ralstonia solanacearum, Virulence, biology, Ecotype, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Bacterial, food and beverages, Genomics, Plants, Biological Sciences, Musa paradisiaca, Plante ornementale, Host adaptation, Infection, Research Article, Biotechnology, Flétrissement, Species complex, Virulence Factors, Bioinformatics, Relation hôte pathogène, Host Specificity, génomique, 03 medical and health sciences, Bioinformatique, Genetic, Phylogenetics, Information and Computing Sciences, Polymorphism, Adaptation, Plant Diseases, H20 - Maladies des plantes, Écotype, 030304 developmental biology, Génie génétique, Comparative genomics, Polymorphism, Genetic, Génome, génomique comparative, 030306 microbiology, Human Genome, Musa, biology.organism_classification, Pourriture des racines, Genes, Genes, Bacterial, pseudomonas solanacearum
Abstract: Background Ralstonia solanacearum is a vascular soil-borne plant pathogen with an unusually broad host range. This economically destructive and globally distributed bacterium has thousands of distinct lineages within a heterogeneous and taxonomically disputed species complex. Some lineages include highly host-adapted strains (ecotypes), such as the banana Moko disease-causing strains, the cold-tolerant potato brown rot strains (also known as R3bv2) and the recently emerged Not Pathogenic to Banana (NPB) strains. Results These distinct ecotypes offer a robust model to study host adaptation and the emergence of ecotypes because the polyphyletic Moko strains include lineages that are phylogenetically close to the monophyletic brown rot and NPB strains. Draft genomes of eight new strains belonging to these three model ecotypes were produced to complement the eleven publicly available R. solanacearum genomes. Using a suite of bioinformatics methods, we searched for genetic and evolutionary features that distinguish ecotypes and propose specific hypotheses concerning mechanisms of host adaptation in the R. solanacearum species complex. Genome-wide, few differences were identified, but gene loss events, non-synonymous polymorphisms, and horizontal gene transfer were identified among type III effectors and were associated with host range differences. Conclusions This extensive comparative genomics analysis uncovered relatively few divergent features among closely related strains with contrasting biological characteristics; however, several virulence factors were associated with the emergence of Moko, NPB and brown rot and could explain host adaptation. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-015-1474-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015
Full Text: View/download PDF

20. Assessment of PCR-based tools for the specific identification of some temperate Meloidogyne species including M-chitwoodi, M-fallax and M. minor

Author: Emilie Huchet, Anne-Claire Le Roux-Nio, Géraldine Anthoine, Sylvie Gamel, Nematology Unit, Plant Health Laboratory, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Plant Health Laboratory, French Federation of Seed Potato Growers [FN3PT], French Ministry in charge of agriculture, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Veterinary medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pcr cloning, Conventional PCR, Plant Science, Horticulture, Biology, biology.organism_classification, Non target, Nematode, Meloidogyne chitwoodi, Genus, Botany, Temperate climate, Restriction fragment length polymorphism, Agronomy and Crop Science, Accuracy, Specific identification
Abstract: International audience; Several conventional PCR tests have been developed for the identification of the European quarantine root-knot nematodes Meloidogyne chitwoodi and M. fallax but data are lacking for the evaluation of their performance in terms of sensitivity, repeatability, reproducibility and specificity against a large range of populations. This study evaluated the performance criteria of three conventional PCR tests recommended by the consensus diagnostic protocol for Meloidogyne chitwoodi and Meloidogyne fallax published by the European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO): a species-specific PCR (IGS target), a SCAR PCR, and a rDNA ITS PCR-RFLP. Evaluation was carried out with DNA extracts from juveniles, males and females according to EPPO recommendations for test validation. A minimum of 34 populations of target and non target nematode species were tested to check the specificity of these three PCR assays. The three PCR tests were ranked according to their specificity (with regard to cross reaction with other nematodes species or genus) and their sensitivity (detection of a single juvenile or mixed with other species). The species-specific PCR proved to be more sensitive but less specific than the SCAR PCR. The PCR-RFLP enables the identification of several Meloidogyne species but profile analysis can be difficult when several species are present in the mixture. Specific PCR products and RFLP profiles were also observed for M. arenaria and M. enterolobii, and described for M. minor and M. artiellia.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

21. High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis

Author: Charles Manceau, Céline Rousseau, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Jacky Guillaumes, Romain Berruyer, Frédéric Fabre, Tristan Boureau, David Rousseau, Edouard Bove, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Laboratoire d'Ingéniérie des Systèmes Automatisés (LISA), Université d'Angers (UA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la santé des végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), This work was supported by Angers Loire Métropole, Conseil Général Département de Maine-et-Loire and Région Pays de la Loire (Phenotic) and by Institut National de la Recherche Agronomique and Région Pays de la Loire., Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Boureau, Tristan, BMC, Ed., Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, détection de la maladie, fluorescence chlorophyllienne, Plant Science, Bioinformatics, 01 natural sciences, pixel, résistance des plantes aux agents pathogènes, Contrast (vision), Segmentation, logiciel r, Throughput (business), Chlorophyll fluorescence, media_common, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 0303 health sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], résistance quantitative, mise au point de technique, Thresholding, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Agricultural sciences, automatisation, Biotechnology, notation des maladies, media_common.quotation_subject, Biology, analyse d'image, Image (mathematics), 03 medical and health sciences, Genetics, Cluster analysis, imagerie quantitative, 030304 developmental biology, modélisation, bactérie phytopathogène, Pixel, business.industry, imagerie in vivo, méthode de quantification, Methodology, Pattern recognition, phaseolus vulgaris, maladie des plantes, Artificial intelligence, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, xanthomonas fuscans, Sciences agricoles, 010606 plant biology & botany
Abstract: Background: In order to select for quantitative plant resistance to pathogens, high throughput approaches that can precisely quantify disease severity are needed. Automation and use of calibrated image analysis should provide more accurate, objective and faster analyses than visual assessments. In contrast to conventional visible imaging, chlorophyll fluorescence imaging is not sensitive to environmental light variations and provides single-channel images prone to a segmentation analysis by simple thresholding approaches. Among the various parameters used in chlorophyll fluorescence imaging, the maximum quantum yield of photosystem II photochemistry (Fv/Fm) is well adapted to phenotyping disease severity. Fv/Fm is an indicator of plant stress that displays a robust contrast between infected and healthy tissues. In the present paper, we aimed at the segmentation of Fv/Fm images to quantify disease severity., Results: Based on the Fv/Fm values of each pixel of the image, a thresholding approach was developed to delimit diseased areas. A first step consisted in setting up thresholds to reproduce visual observations by trained raters of symptoms caused by Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff) CFBP4834-R on Phaseolus vulgaris cv. Flavert. In order to develop a thresholding approach valuable on any cultivars or species, a second step was based on modeling pixel-wise Fv/Fm-distributions as mixtures of Gaussian distributions. Such a modeling may discriminate various stages of the symptom development but over-weights artifacts that can occur on mock-inoculated samples. Therefore, we developed a thresholding approach based on the probability of misclassification of a healthy pixel. Then, a clustering step is performed on the diseased areas to discriminate between various stages of alteration of plant tissues. Notably, the use of chlorophyll fluorescence imaging could detect pre-symptomatic area. The interest of this image analysis procedure for assessing the levels of quantitative resistance is illustrated with the quantitation of disease severity on five commercial varieties of bean inoculated with Xff CFBP4834-R., Conclusions: In this paper, we describe an image analysis procedure for quantifying the leaf area impacted by the pathogen. In a perspective of high throughput phenotyping, the procedure was automated with the software R downloadable at http://www.r-project.org/. The R script is available at http://lisa.univ-angers.fr/PHENOTIC/telechargements.html.
Published: 2013
Full Text: View/download PDF

22. Reliability of ultrathin buried oxides for multi-VT FDSOI technology

Author: Besnard, G., Garros, X., Nguyen, P., Andrieu, F., Reynaud, Pascal, Van Den Daele, W., Bourdelle, K.K., Schwarzenbach, W., Reimbold, G., Cristoloveanu, S., Silicon-on-Insulator Technologies (SOITEC), Parc Technologique des Fontaines, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Microélectronique, Electromagnétisme et Photonique - Laboratoire d'Hyperfréquences et Caractérisation (IMEP-LAHC), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ISEP, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics
Abstract: Section 3: SOI MOSFETs - Devices and Technology; International audience
Published: 2013

23. An Optimized Duplex Real-Time PCR Tool for Sensitive Detection of the Quarantine Oomycete Plasmopara halstedii in Sunflower Seeds

Author: Denis Tourvieille de Labrouhe, Kathryn Webb, Renaud Ioos, C. Fourrier, Jean-Luc Schereffer, Veronique Wilson, Lab Sante Vegetaux, Unite Mycol, IFR 110, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), York YO41 1LZ, Food and Environment Research Agency, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), French Agency for Food, Environmental and Occupational Health Safety (ANSES), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Plant Science, Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Sensitivity and Specificity, 01 natural sciences, VALIDATION, PINE, 03 medical and health sciences, Plasmopara halstedii, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, Oomycete, 0303 health sciences, PATHOGENS, business.industry, FRUIT, Reproducibility of Results, food and beverages, DNA, biology.organism_classification, DNA extraction, Sunflower, Obligate parasite, Biotechnology, Real-time polymerase chain reaction, Oomycetes, Seeds, Helianthus, Downy mildew, Sunflower seed, business, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: Ioos, R., Fourrier, C., Wilson, V.. Webb, K., Schereffer, J.-L., and Tourvieille de Labrouhe, D. 2012. An optimized duplex real-time PCR tool for sensitive detection of the quarantine oomycete Plasmopara halstedii in sunflower seeds. Phytopathology 102:908-917. Plasmopara halstedii, the causal agent of downy mildew of sunflower, is an oomycete listed as a quarantine pathogen. This obligate parasite resides in a quiescent state in seeds of sunflower and can be spread from seed production areas to areas of crop production by international seed trade. To prevent the spread or the introduction of potentially new genotypes or fungicide-tolerant strains, an efficient method to detect P halstedii in sunflower seed is required. This work reports the optimization of a real-time detection tool that targets the pathogen within sunflower seeds, and provides statistically validated data for that tool. The tool proved to be specific and inclusive, based on computer simulation and in vitro assessments, and could detect as few as 45 copies of target DNA. A fully optimized DNA extraction protocol was also developed starting from a sample of 1,000 sunflower seeds, and enabled the detection of
Published: 2012
Full Text: View/download PDF

24. Biological and Genetic Characterization of Physostegia Chlorotic Mottle Virus in Europe Based on Host Range, Location, and Time

Author: Coline Temple, Arnaud G. Blouin, Kris De Jonghe, Yoika Foucart, Marleen Botermans, Marcel Westenberg, Ruben Schoen, Pascal Gentit, Michèle Visage, Eric Verdin, Catherine Wipf-Scheibel, Heiko Ziebell, Yahya Z. A. Gaafar, Amjad Zia, Xiao-Hua Yan, Katja R. Richert-Pöggeler, Roswitha Ulrich, Mark Paul S. Rivarez, Denis Kutnjak, Ana Vučurović, Sébastien Massart, Unité de recherche TERRA [Gembloux], Gembloux Agro-Bio Tech [Gembloux], Université de Liège-Université de Liège, Agroscope, Research Institute for Agricultural, Fisheries and Food (ILVO), Netherlands Food and Consumer Product Safety Authority (NVWA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Julius Kühn-Institut - Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI), National Institute of Biology [Ljubljana] (NIB), Federal Public Service, Public Health, Belgium, grant agreement no. RT 18/3 SEVIPLANT, Euphresco Project ‘Phytosanitary Risks of Newly Introduced Crops (PRONC), grant agreement no. 2018-A-293., American Phytopathological Society, European Project, and European Project: 871029,H2020,H2020-INFRAIA-2019-1,EVA-GLOBAL(2020)
Subjects: European distribution, PhCMoV, food and beverages, Plant Science, Rhabdovirus, datasharing, mechanical inoculation, Emergent viruses, Host Specificity, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Solanum lycopersicum, biological characterization, high through put sequencing, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Agronomy and Crop Science, Serbia, Phylogeny, Ecosystem, Plant Diseases
Abstract: Application of high throughput sequencing (HTS) technologies enabled the first identification of Physostegia chlorotic mottle virus (PhCMoV) in 2018 in Austria. Subsequently, PhCMoV was detected in Germany and Serbia on tomatoes showing severe fruit mottling and ripening anomalies. We report here how prepublication data-sharing resulted in an international collaboration across eight laboratories in five countries, enabling an in-depth characterization of PhCMoV. The independent studies converged toward its recent identification in eight additional European countries and confirmed its presence in samples collected 20 years ago (2002). The natural plant host range was expanded from two to nine species across seven families, and we confirmed the association of PhCMoV presence with severe fruit symptoms on economically important crops such as tomato, eggplant, and cucumber. Mechanical inoculations of selected isolates in the greenhouse established the causality of the symptoms on a new indexing host range. In addition, phylogenetic analysis showed a low genomic variation across the 29 near-complete genome sequences available. Furthermore, a strong selection pressure within a specific ecosystem was suggested by nearly identical sequences recovered from different host plants through time. Overall, this study describes the European distribution of PhCMoV on multiple plant hosts, including economically important crops on which the virus can cause severe fruit symptoms. This work demonstrates how to efficiently improve knowledge on an emergent pathogen by sharing HTS data and provides a solid knowledge foundation for further studies on plant rhabdoviruses. [Formula: see text] Copyright © 2022 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license .
Full Text: View/download PDF

25. Preventing invasions of Asian longhorn beetle and citrus longhorn beetle: are we on the right track?

Author: Sofia Branco, Hervé Jactel, Eckehard G. Brockerhoff, Nicolas Desneux, Raphaëlle Mouttet, Massimo Faccoli, Géraldine Roux, Manuela Branco, Jean-Claude Streito, Emmanuel Gachet, Universidade de Lisboa (ULISBOA), Centro de Estudos Florestais, Instituto Superior de Agronomia, Universita degli Studi di Padova, Department of Agronomy, Food, Natural Resources, Animals and the Environment (DAFNAE), Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research WSL, Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Entomologie et Plantes Invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Anses, 34988, Montferrier-sur-Lez, France, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This study was supported by the HOMED project (http://homed-.project.eu), which received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 771271., European Project: 771271,HOMED, Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Instituto Superior de Agronomia [Lisboa] (ISA), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Université d'Orléans (UO), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: 0106 biological sciences, Anoplophora spp, [SDV]Life Sciences [q-bio], biological invasions, macromolecular substances, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Invasive species, pest detection, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], eradication, management strategies, Biological invasions, Management strategies, Eradication, Surveillance, biology, Agroforestry, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], 15. Life on land, biology.organism_classification, Monitoring and control, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Pest detection, 010602 entomology, surveillance, Anoplophora, Anoplophora chinensis, Agronomy and Crop Science, Longhorn beetle
Abstract: International audience; Two Asian longhorn beetles, Anoplophora glabripennis and Anoplophora chinensis, are among the most serious alien invasive species attacking forest and urban trees, both in North America and Europe. Major efforts have been put into preventing further entry and establishment of the two species as well as promoting their successful eradication. Here, we review these efforts, their progress and outcome, and scientific advancements in monitoring and control methods. The combined international activities and harmonizing legislative changes in detection and eradication methods have proven worthwhile, with more than 45% of eradication programmes successful in the last 12 years. Some countries were able to completely eradicate all populations and others managed to reduce the area affected. Although the costs of the eradication programmes can be very high, the benefits outweigh inaction. Attempts to eradicate A. chinensis have been more challenging in comparison with those targeting A. glabripennis. For both species, efforts are hampered by the ongoing arrival of new beetles, both from their native regions in Asia and from other invaded regions via bridgehead effects. The methods used for eradication have not changed much during the last decade, and host removal is still the method most commonly used. On the other hand, detection methods have diversified during the last decade with advances in semiochemical research and use of detection dogs. The next decade will determine if eradications continue to be successful, particularly in the case of A. chinensis, which has been targeted in some countries for containment instead of eradication.Key Message:• Anoplophora glabripennis and Anoplophora chinensis are invasive wood borers native to Asia• Both species are serious pests in their invaded range, attacking healthy forest and urban trees• We analyse data from 2008–2020, regarding interceptions, establishments and eradications• In Europe and North America more than 45% of eradication programmes were successful• Innovations on management strategies and recent scientific achievements are reviewed
Full Text: View/download PDF

Catalog

Books, media, physical & digital resources

See catalog results

Searchworks

Select search scope, currently: Articles

Catalog

books, media & more in Jio Institute collections

Articles

journal articles & other e-resources

Refine your results

25 results on '"Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)"'

1. Suspicions of two bridgehead invasions of Xylella fastidiosa subsp. multiplex in France

2. Diversity and Geographical Structure of Xanthomonas citri pv. citri on Citrus in the South West Indian Ocean Region

3. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa - Phase 2: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

4. Mise en évidence et première caractérisation d'une espèce cryptique au sein du complexe Globodera pallida

5. Ecological Specialization and Rarity of Arable Weeds: Insights from a Comprehensible Survey in France

6. Demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa Phase 2: Avis de l’AnsesRapport d’expertise collective

7. La fusariose des épis des céréales à paille : synthèse de 10 années de recherche pour une meilleure gestion intégrée de la maladie

8. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

9. Development of A Nested-MultiLocus Sequence Typing Approach for A Highly Sensitive and Specific Identification of Xylella fastidiosa Subspecies Directly from Plant Samples

10. Effectiveness of clear-cuttings in non-fragmented pine forests in relation to EU regulations for the eradication of the pine wood nematode

11. Estimating economic benefits of biological control of Ambrosia artemisiifolia by Ophraella communa in southeastern France

12. Deux réseaux impliqués dans la santé végétale

13. Demande d’avis relatif à la réalisation d’une analyse de risques relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et pour l’élaboration de recommandation de gestion: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

14. Genetic diversity of armored scales (Hemiptera: Diaspididae) and soft scales (Hemiptera: Coccidae) in Chile

15. Degradation of the Plant Defense Signal Salicylic Acid Protects Ralstonia solanacearum from Toxicity and Enhances Virulence on Tobacco

16. Genomic and proteomic evidence supporting the division of the plant pathogen Ralstonia solanacearum into three species

17. In planta comparative transcriptomics of host-adapted strains of Ralstonia solanacearum

18. Comparative genomics of pathogenic and nonpathogenic strains of Xanthomonas arboricola unveil molecular and evolutionary events linked to pathoadaptation

19. Comparative genomic analysis of Ralstonia solanacearum reveals candidate genes for host specificity

20. Assessment of PCR-based tools for the specific identification of some temperate Meloidogyne species including M-chitwoodi, M-fallax and M. minor

21. High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis

22. Reliability of ultrathin buried oxides for multi-VT FDSOI technology

23. An Optimized Duplex Real-Time PCR Tool for Sensitive Detection of the Quarantine Oomycete Plasmopara halstedii in Sunflower Seeds

24. Biological and Genetic Characterization of Physostegia Chlorotic Mottle Virus in Europe Based on Host Range, Location, and Time

25. Preventing invasions of Asian longhorn beetle and citrus longhorn beetle: are we on the right track?

Catalog

Searchworks

Select search scope, currently: Articles Catalog books, media & more in Jio Institute collections Articles journal articles & other e-resources

Search

Search Constraints

Refine your results

Search Limiters

Topic

Publication Year Range

Language

Journal

Database

Publisher

25 results on '"Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers)"'

Search Results

Catalog

Select search scope, currently: Articles

Catalog

books, media & more in Jio Institute collections

Articles

journal articles & other e-resources