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1. New scale insect country records for Kenya (Hemiptera: Coccomorpha) from old samples in insect collections

Author: Wanja Kinuthia, J Mulwa, Kenya Agriculture, David Ouvrard, M M Githae, Laboratoire de la Santé des Végétaux Anses, Muo Kasina, J C Achieng, Isaac Macharia, Andrew Polaszek, Hellen Heya, and Gillian W. Watson
Subjects: Physics, Scale insect, biology, Ecology, media_common.quotation_subject, Insect, biology.organism_classification, Hemiptera, media_common
Abstract: Scale insects (Hemiptera: Sternorrhyncha: Coccomorpha) are some of the least understood insects, particularly in agriculture, even though they can cause high crop losses. Due to their small size and cryptic habits they are rarely noticed at the onset of an infestation. In Kenya, efforts have been initiated to understand these pests better. Scale insects from Kenya, found in samples between 13 and 107 years old, were studied in the insect collections of the Natural History Museum, London, U.K. and the Kenya Agriculture and Livestock Research Organisation, Nairobi, Kenya. The study identified 51 new country records of scale insects including one new continental record for Africa, Ferrisia dasylirii (Cockerell) (Pseudococcidae). Of the new records, 35 species (68.6%) are native to Africa and 16 (31.4%) have been introduced from elsewhere. Six of the 51 species (11.8%) are pests in Kenya today. Amongst the introduced species, at least one (Aonidiella comperei McKenzie) could cause plant quarantine issues in trade, and four (25.0%) are pests, more than four times the frequency of pests amongst the African species (5.7%). The remaining 45 species have been present in Kenya for at least 13 years and many have not been collected again since the original samples, suggesting that either they have not survived or they are rare because they are under good natural control. Most of the introduced species listed (75.0%) have not caused economic problems in Kenya to date, so it is thought unlikely that they will do so in the future. Key words: Scale insects, introduced species, native species
Published: 2020
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2. Does seed mass drive interspecies variation in the effect of management practices on weed demography?

Author: Guillaume Fried, Olivier Gimenez, Pierre-Olivier Cheptou, Elena Kazakou, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ANR-16-CE02-0007,DEMOCOM,Effets de la gestion et du climat sur la dynamique des communautés - Développement d'une démographie multi-espèce.(2016), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité entomologie et plantes invasives, and Laboratoire de la Santé des Végétaux
Subjects: 0106 biological sciences, Population, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Bayesian hidden Markov models, seed bank, soil management practices, plant demography, Colonization, education, seed size, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Management practices, QH540-549.5, Nature and Landscape Conservation, Original Research, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Ecology, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, Tillage, Intermediate Disturbance Hypothesis, Agronomy, Habitat, Disturbance (ecology), Germination, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Weed
Abstract: Optimizing the effect of management practices on weed population dynamics is challenging due to the difficulties in inferring demographic parameters in seed banks and their response to disturbance. Here, we used a long‐term plant survey between 2006 and 2012 in 46 French vineyards and quantified the effects of management practices (tillage, mowing, and herbicide) on colonization, germination, and seed survival of 30 weed species in relation to their seed mass. To do so, we used a recent statistical approach to reliably estimate demographic parameters for plant populations with a seed bank using time series of presence–absence data, which we extended to account for interspecies variation in the effects of management practices on demographic parameters. Our main finding was that when the level of disturbance increased (i.e., in plots with a higher number of herbicides, tillage, or mowing treatments), colonization success and survival in large‐seeded species increased faster than in small‐seeded species. High disturbance through tillage increased survival in the seed bank of species with high seed mass. The application of herbicides increased germination, survival, and colonization probabilities of species with high seed mass. Mowing, representing habitats more competitive for light, increased the survival of species with high seed mass. Overall, the strong relationships between the effects of management practices and seed mass provide an indicator for predicting the dynamics of weed communities under disturbance., This is one of the very few studies determining the effect of management practices on seed bank dynamics in weed species, and notably the first one ever in vineyards. We used a long‐term plant survey between 2006 and 2012 in 46 vineyard plots in France (Champagne, Beaujolais, and Languedoc wine‐growing areas) with 883 flora surveys to test whether interspecific variation in the effects of management practices (tillage, mowing, and herbicide use) on demographic parameters could be explained by seed mass. We used a hidden Markov model (HMM) recently developed to estimate colonization, germination, and seed bank survival using presence–absence observations which we extended with a multilevel model in a Bayesian framework. The strong relationships between the intensity of the management effects and seed mass provide a reliable indicator for predicting the dynamics of weed communities.
Published: 2021
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3. Occurrence data for the two cryptic species of Cacopsylla pruni (Hemiptera: Psylloidea)

Author: Nicolas Sauvion, Jean Peccoud, Christine Meynard, David Ouvrard, Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), This data paper was conceived within the stimulating framework of the KIM RIVE (Key Initiative Montpellier: Infectious Risks and Vectors, https://muse.edu.umontpellier.fr/key-initiatives-muse/rive), supported by MUSE (Montpellier University of Excellence, https://muse.edu.umontpellier.fr/en/muse-i-site) and the RIVOC key challenge (https://muse.edu.umontpellier.fr/2021/04/19/appel-a-projets-rivoc), supported by the Occitanie Region (France). Part of this work benefitted from a postdoctoral grant to NS funded by an INRA-CIRAD SDIPS grant (Speciation and Molecular Diagnosis of Insect Pest Species Complexes).. Field and molecular work for this study were supported by several projects during 15 years:- ECOGER 'Ecologie et adaptation des insectes phytophages en gestion de leurs populations' founded by 'Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation', France, SEE-ERANET, network 'Phytoplasma epidemiology', funded by the 6th EUFramework Programme for Research and Development (ERA-CT-2004-515805), SPEED@ID 'Accurate SPEciEs Delimitation and IDentification of Eukaryotic biodiversity using DNA markers'. A project proposed by F-BoL, the French Barcode of Life initative - Genoscope Evry-France, PRIMA PHACIE 'Pest risk assessment for the European Community plant health: A comparative approach with case studies', founded by European Food Safety Authority (EFSA), grant agreement CFP⁄EFSA⁄PLH, Bilateral project PIA BOSPHORUS between TUBITAK-Turkey and le Ministère des Affaires étrangères-France 'Role of the vectors (psyllids) in the dissemination of the diseases due to phytoplasma on fruit trees', PHYLOPSYL from the project 'Bibliothèque du vivant' (BdV) funded by three French institutions (the CNRS, INRA and MNHN), E-SPACE project number 1504-004, Improving epidemiosurveillance of Mediterranean and tropical plant diseases, French Agropolis Foundation., European Project, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), INRA-CIRAD SDIPS grant (Speciation and molecular Diagnosis of Insect Pest Species complexes)2005-07: ECOGER 'Ecologie et adaptation des insectes phytophages en gestion de leurs populations' founded by le Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation-France, 2007-08: SEE-ERA.NET, network 'Phytoplasma epidemiology', funded by the 6th EU Frame-work Programme for Research and Development (contract number ERACT- 2004-515805)2009-11: SDIPS 'Mechanisms of Speciation & Molecular Diagnosis of Insect Pest Species complexes' founded by INRA-France, 2010-12: SPEED@ID 'Accurate SPEciEs Delimitation and IDentification of Eukaryotic biodiversity using DNA markers'. A project proposed by F-BoL, the French Barcode of Life initative - Genoscope Evry-France, 2010-12: PRIMA PHACIE 'Pest risk assessment for the European Community plant health: A comparative approach with case studies', founded by European Food Safety Authority (EFSA), grant agreement CFP⁄EFSA⁄PLH⁄2009⁄01, 2010-12: Bilateral project PIA BOSPHORUS between TUBITAK-Turkey and le Ministère des Affaires étrangères-France 'Role of the vectors (psyllids) in the dissemination of the diseases due to phytoplasma on fruit trees', 2011-13: PHYLOPSYL from the project 'Bibliothèque du vivant' (BdV) funded by three French institutions (the CNRS, INRA and MNHN), and 2015-2018: E-SPACE project number 1504-004, Improving epidemiosurveillance of Mediterranean and tropical plant diseases, French Agropolis Foundation.
Subjects: Asia, Insecta, Arthropoda, Cacopsylla pruni, QH301-705.5, Biodiversity & Conservation, Cacopsylla, Evolutionary biology, Horticulture, European stone fruit yellows, vector-borne plant pathogen, Hemiptera, Data analysis & Modelling, Sternorrhyncha, Systematics, Agricultural ecology, Ecology & Environmental sciences, Animalia, phytoplasma, Biology (General), 'Candidatus phytoplasma prunorum', Data Paper (Biosciences), Diseases & Pests, Biota, Psylloidea, psyllid, Europe, ' Candidatus phytoplasma prunorum', [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Psyllidae, Biogeography, Zoology & Animal Biology, Africa, species distribution, epidemiology, vecto, Americas, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Cacopsylla pruniisa psyllid that has been known since 1998 as the vector of the bacterium ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, responsible for the European stone fruit yellows (ESFY), a disease that affects species of Prunus. This disease is one of the major limiting factors for the production of stone fruits, most notably apricot (Prunus armeniaca) and Japanese plum (P. salicina), in all EU stone fruit-growing areas. The psyllid vector is widespread in the Western Palearctic, and evidence for the presence of the phytoplasma that it transmits to species of Prunus has been found in 15 of the 27 EU countries. Recent studies showed that C. pruni is actually composed of two cryptic species, which can be differentiated bymolecular markers. A literature review on the distribution of C. pruni was published in 2012, but it only provided presence or absence information at the country level and without distinction between the two cryptic species. Since 2012, numerous new records of the vector in several European countries have been published. We ourselves have acquired a large amountof data from sampling in France and other European countries. We have also carried out a thorough systematic literature review to find additional records, including all the original sources mentioningC. pruni (or its synonyms) since the first description by Scopoli in 1763. Our aim was to create an exhaustive georeferenced occurrence catalog, in particular in countries that are occasionnaly mentioned in the literature with little detail. Finally, for countries that seem suitable for the proliferation of C. pruni (USA, Canada, Japan, China, etc.), we digged deeper into the literature and reliablesources (e.g. checklist)to better subtanciateits current absence from those regions. Information on the distribution ranges of these vector psyllids is of crucial interest in order to best predict the vulnerability of stone fruit producing countries to the ESFY threat in the foreseeable future. We give free access to a unique file of 1975 records of all occurrence data in our possession concerning C. pruni, which we have gathered through more than twenty years of sampling efforts in Europe or through intensive text mining. We have made every effort to retrieve the source information for the records extracted from litterature (1201 records). Thus, we always give the title of the original reference, together with the page(s) citing C. pruni and, if possible, the year of sampling. To makethe results of this survey publicly available, we give a URL to access the literature sources. In most cases, this link allows to freely download a PDFfile. We also give access to information extracted from GBIF (162 exploitable data points on 245 occurrences found in the database), which we thoroughly checked and often supplemented to make the information more easily exploitable. We give access to our own unpublished georeferenced and genotyped record from 612samples taken over the last 20 years in several European countries (Switzerland, Belgium, Netherlands, Spain, etc.). Theseinclude two countries (Portugal and North Macedonia) for which the presence of C. pruni had notbeen reported before.Asour specimens have been genotyped (74 sites with species A solely, 202 with species B solely, and 310 with species A+B), our new data enable a better view of the geographical distribution of the two species at the Palaearctic scale.
Published: 2021
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4. The hidden diversity of the potato cyst nematode Globodera pallida in the south of Peru

Author: Magali Esquibet, Laurent Folcher, Romain Thevenoux, Josselin Montarry, Didier Fouville, Eric Grenier, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique, Conseil Régional de Bretagne, Anses, European Food Safety Authority (EFSA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nématologie, and Laboratoire de la Santé des Végétaux
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Species complex, microsatellite, Nematodes, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, lcsh:Evolution, Potato cyst nematode, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, microsatellites, 03 medical and health sciences, Genetics, lcsh:QH359-425, Globodera pallida, education, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, education.field_of_study, Genetic diversity, biology, Original Articles, genetic diversity, 15. Life on land, biology.organism_classification, Phylogeography, 030104 developmental biology, speciation, Evolutionary biology, Genetic structure, Microsatellite, Original Article, genetic differentiation, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: Our knowledge of the diversity of potato cyst nematodes in their native areas still remains patchy and should be improved. A previous study based on 42 Peruvian Globodera pallida populations revealed a clear south to north phylogeographic pattern, with five well‐supported clades and maximum diversity observed in the south of Peru. In order to investigate this phylogeographic pattern more closely, we genotyped a larger collection of Peruvian populations using both cathepsin L gene sequence data and a new set of 13 microsatellite loci. Using different genetic analyses (STRUCTURE, DAPC), we consistently obtained the same results that led to similar conclusions: the presence of a larger genetic diversity than previously known suggesting the presence of cryptic species in the south of Peru. These investigations also allowed us to clarify the geographic borders of the previously described G. pallida genetic clades and to update our knowledge of the genetic structure of this species in its native area, with the presence of additional clades. A distance‐based redundancy analysis (dbRDA) was also carried to understand whether there was a correlation between the population genetic differentiation and environmental conditions. This analysis showed that genetic distances observed between G. pallida populations are explained firstly by geographic distances, but also by climatic and soil conditions. This work could lead to a revision of the taxonomy that may have strong implications for risk assessment and management, especially on a quarantine species.
Published: 2020
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5. Image based species identification of Globodera quarantine nematodes using computer vision and deep learning

Author: A. Buisson, Laurent Folcher, Romain Thevenoux, Heloïse Villessèche, Nicolas Parisey, Eric Grenier, Van Linh Le, Marie Beurton-Aimar, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation Mathématique pour l'Oncologie (MONC), Institut de Mathématiques de Bordeaux (IMB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANSES, Conseil Régional Bretagne, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université de Bordeaux (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux (Bordeaux INP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Bergonié [Bordeaux], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nématologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)
Subjects: 0106 biological sciences, Species complex, Globodera rostochiensis, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Potato cyst nematode, Horticulture, 01 natural sciences, Convolutional neural network, Automation, Nematode taxonomy, Discriminative model, Machine learning, Globodera pallida, biology, business.industry, Landmarks, Deep learning, Forestry, Pattern recognition, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, Computer Science Applications, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Identification (biology), Artificial intelligence, business, Morphometrics, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Identification of plant parasitic nematode species is usually achieved following morphobiometric analysis, which requires a certain level of expertise and remains time consuming. Moreover, molecular and morphological discrimination of a number of emergent or cryptic species is sometimes difficult. Finding a way to achieve morphological characterisation quickly and accurately would greatly advance nematology science. Here, we developed a complete method in order to identify the two quarantine nematode species Globodera pallida and Globodera rostochiensis. First, we chose discriminative metrics on the stylet of nematodes that are able to be used by algorithms in order to build an automated process. Second, we used a custom computer vision algorithm (CCVA) and a convolutional neural network (CNN) to measure our metrics of interest. Third, we compared the CCVA and CNN predictions and their discriminative power to distinguish closely related species. Results show accurate identification of G. pallida and G. rostochiensis with the two methods, despite small-scale divergence (one to five µm depending on the metric used). However, the error rate is higher for Globodera mexicana, suggesting that the algorithms are too specific. Nonetheless, these methods represent a promising novel approach to automated morphological identification of nematodes and Globodera species in particular.
Published: 2021
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6. Legacy of plant-parasitic nematode communities from past ecosystems and shift by recent afforestation

Author: Véronique Edel-Hermann, Nadine Ali, Christian Steinberg, Gilles Granereau, Stéphane Barbier, Cécile Héraud, Elodie Chapuis, David Jimenez, Johannes Tavoillot, Stephan Plas, Elsa Rulliat, Ewa Dmowska, Grażyna Winiszewska, Odile Fossati-Gaschignard, Bernard Martiny, Thierry Mateille, Nadine Gautheron, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Tishreen University, Latakia, Syria., Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fruits et Légumes d'Aquitaine (INVENIO), Museum and Institute of Zoology PAS, Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences (PAN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de la Santé des Végétaux, CONSEIL GENERAL DES LANDES, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Office National des Forêts (ONF), Conservatoire Botanique National Sud Atlantique (CBNSA), Nutrition, Métabolisme, Aquaculture (NuMéA), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was part of the SYSBIOTEL project: Integrated management of soil-borne bioagressors in vegetable cropping systems, granted by the French agency Agence Nationale de la Recherche (no ANR-08-STRA-14) and managed by Dr. P. Lucas (INRAE, France). It was also supported by a Master grant from Tishreen University (Latakia, Syrian Arabic Republic) to N.A., ANR-08-STRA-0014,SYSBIOTEL,Gestion intégrée des bioagresseurs telluriques en systèmes de cultures légumiers(2008), Polish Academy of Sciences, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Invenio, Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Office national des forêts (ONF)
Subjects: 0106 biological sciences, Peatland, [SDV]Life Sciences [q-bio], 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Diversity index, Natural ecosystem, Moorland, Afforestation, Ecosystem, QH540-549.5, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Nature and Landscape Conservation, Plant-parasitic nematodes, Ecology, Land use, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Vegetation, Understory, 15. Life on land, Nematode community, biology.organism_classification, Geography, [SDE]Environmental Sciences, Pine forest, Pinus pinaster, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Ancient ecological legacies and past land use changes may inform on the present structure of biological communities. However, regions providing such successive ecosystems are scarce. In France, the Landes de Gascogne area provides such ecological shifts since a few ancient moorland, peatland and oak areas prior the afforestation with maritime pine (Pinus pinaster) 160 years ago still remain. Focusing on soil-borne parasites such as plant-parasitic nematodes (PPN), because forests were recently increasingly impacted by the introduction of intensive agriculture, this study is therefore aimed at comparing the diversity and the community patterns of these organisms at different scales (intra- and intersites) and between different successive ecosystems. The understory vegetation as well as the pedoclimatic characterization of the sampled sites were also considered. Common diversity indices were not impacted by this transition from ancient to past ecosystems. Although the most colonizer nematodes prevailed in all the ecosystems, PPN community structures significantly diverged between both ecosystems. In the logged pine forests, the sediment legacy could have primarily impacted the diversity. Moreover, the PPN diversity would mainly respond to the soil hydromorphicity that determined the associated understory vegetation. Consequently, a significant shift in community structure from moorlands to logged pine to logged pine forests was observed, regarding especially high pathogenic species such as Pratylenchus spp. Thus, analyzing PPN community structure highlights the PPN potential risk to consider during the introduction of intensive cropping systems.
Published: 2021
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7. A real‐world implementation of a nationwide, long‐term monitoring program to assess the impact of agrochemicals and agricultural practices on biodiversity

Author: Andrade, Camila, Villers, Alexandre, Balent, Gerard, Bar-Hen, Avner, Chadoeuf, Joël, Cylly, Daniel, Cluzeau, Daniel, Fried, Guillaume, Guillocheau, Sarah, Pillon, Olivier, Porcher, Emmanuelle, Tressou, Jessica, Yamada, Ohri, Lenne, Nicolas, Jullien, Jérôme, Monestiez, Pascal, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'études et de recherche en informatique et communications (CEDRIC), Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes 1 (UR1), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroParisTech-Université Paris-Saclay, Unité Phytopharmacovigilance et Observatoire des résidus de pesticides (UPO), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA Paris-Saclay), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Agence française pour la biodiversité
Subjects: Ecology, nontarget species, farmland biodiversity, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, agricultural practices, monitoring program, QH540-549.5, Original Research
Abstract: Biodiversity has undergone a major decline throughout recent decades, particularly in farmland. Agricultural practices are recognized to be an important pressure on farmland biodiversity, and pesticides are suspected to be one of the main causes of this decline in biodiversity. As part of the national plan for reduction of pesticides use (Ecophyto), the French ministry of agriculture launched the 500 ENI (nonintended effects) monitoring program in 2012 in order to assess the unintended effects of agricultural practices, including pesticide use, on biodiversity represented by several taxonomic groups of interest for farmers. This long‐term program monitors the biodiversity of nontargeted species (earthworms, plants, coleoptera, and birds), together with a wide range of annual data on agricultural practices (crop rotation, soil tillage, weed control, fertilizers, chemical treatments, etc.). Other parameters (e.g., landscape and climatic characteristics) are also integrated as covariates during the analyses. This monitoring program is expected to improve our understanding of the relative contribution of the different drivers of population and community trends. Here, we present the experience of setting up the 500 ENI network for this ambitious and highly complex monitoring program, as well as the type of data it collects. The issue of data quality control and some first results are discussed. With the aim of being useful to readers who would like to set up similar monitoring schemes, we also address some questions that have arisen following the first five years of the implementation phase of the program., We present a national monitoring program on biodiversity and agricultural practices, the 500 ENI monitoring program. Its objectives are to detect changes in biodiversity indicators and simultaneous changes in agricultural practices, including pesticide use. Such multi‐taxa long‐term monitoring at national scale, focused on both biodiversity and agricultural practices, has no equivalent in Europe.
Published: 2021
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8. Combining permanent aerobiological networks and molecular analyses for large‐scale surveillance of forest fungal pathogens: A proof‐of‐concept

Author: Nadine Dupuy, Olivier Fabreguettes, Claude Husson, Cyril Dutech, Céline Fourrier-Jeandel, Michel Thibaudon, Benoit Marçais, Jaime Aguayo, Cécile Robin, Emilie Chancerel, Renaud Ioos, Anne Chandelier, Marie-Laure Desprez-Loustau, Laboratoire de la Santé des Végétaux - Unité de Mycologie (LSV-Mycologie), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ministère de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Pêche, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Réseau National de Surveillance Aérobiologique (RNSA), ANR-11-LABX-0002,ARBRE,Recherches Avancées sur l'Arbre et les Ecosytèmes Forestiers(2011), European Project: 771271,HOMED, Unité de Mycologie (USC INRAE LSV-mycologie), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Ministère de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Pêche [Paris, France]
Subjects: 0106 biological sciences, medicine.medical_specialty, Scale (ratio), Aerobiology, Plant Science, Horticulture, Biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, MESH: Plant Diseases, Genetics, medicine, Hymenoscyphus fraxineus, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 15. Life on land, MESH: Forests, Data science, medicine.drug_formulation_ingredient, Proof of concept, spore trap, metabarcoding, [SDE]Environmental Sciences, Plant disease surveillance, Agronomy and Crop Science, Spore dispersal, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Forest disease management relies principally on a preventive approach in which epidemiological surveillance plays a crucial role. However, efficient and cost‐effective surveillance methods are not currently available for large spatial scales. Nevertheless, aerobiological networks have been set up for several decades in many countries to monitor pollen dispersal and provide real‐time assessments of allergenic risk. Here, we suggest that the same approach could be used for the surveillance of forest pathogens. Using molecular methods, we analysed samples from 12 sites of the French aerobiological network, at different dates. Both metabarcoding by high‐throughput sequencing (using two markers and two different bioinformatics approaches) and real‐time PCR targeting eight important forest pathogens were conducted. To validate the approach, temporal and spatial trends of spore detection were compared with field disease data. The metabarcoding approach demonstrated that many fungal plant pathogens could be found in aerobiological samples. Moreover, five of the eight targeted forest pathogens were detected by real‐time PCR, with temporal and spatial trends of spore capture consistent with field data. In particular, Hymenoscyphus fraxineus was detected at high frequency in aerobiological samples in the areas where ash dieback has been present for the longest period of time, and at lower frequency in areas with more recent invasion. Spore detection of seasonal pathogens showed a temporal pattern similar to that of disease reports. Overall, our study provides a proof of concept that permanent aerobiological networks combined with molecular methods may provide a useful tool for large‐scale surveillance of forest pathogens.
Published: 2021
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9. Weeds: Against the Rules?

Author: Jonathan Storkey, Guillaume Fried, Lucie Mahaut, Pierre-Olivier Cheptou, François Bretagnolle, François Vasseur, Cyrille Violle, François Munoz, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire Interdisciplinaire de Physique [Saint Martin d’Hères] (LIPhy ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Rothamsted Research, Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, French Foundation for Research on Biodiversity (FRB, European Research Council (ERC) starting grant project ‘Ecophysiological and Biophysical Constraints on Domestication in Crop Plants’ (grant ERC-StG-2014-639706-CONSTRAINTS), the FRB, and the European Development Fund (EDF) in the context of CESAB project ‘Causes and Consequences of Functional Rarity from Local to Global Scales’ (FREE)., Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), and Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Plant Weeds, Plant Science, Biology, Ecological systems theory, eco-evolutionary dynamics, 01 natural sciences, Novel ecosystem, 03 medical and health sciences, Anthropocene, ecological novelty, Humans, Natural (music), functional trait, Ecosystem, Ecology, Community assembly, business.industry, Eco-evolutionary dynamics, Novelty, Agriculture, Environmental ethics, 15. Life on land, Ecology and Evolutionary Biology, Biological Evolution, Functional trait, 030104 developmental biology, 13. Climate action, community assembly, Evolutionary ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Establishing laws of plant and ecosystems functioning has been an overarching objective of functional and evolutionary ecology. However, most theories neglect the role of human activities in creating novel ecosystems characterized by species assemblages and environmental factors that are not observed in natural systems. We argue that agricultural weeds, as an emblematic case of such an ‘ecological novelty’, constitute an original and underutilized model for challenging current concepts in ecology and evolution. We highlight key aspects of weed ecology and evolutionary biology that can help to test and recast ecological and evolutionary laws in a changing world. We invite ecologists to seize upon weeds as a model system to improve our understanding of the short-term and long-term dynamics of ecological systems in the Anthropocene.
Published: 2020
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10. La fusariose des épis des céréales à paille : synthèse de 10 années de recherche pour une meilleure gestion intégrée de la maladie

Author: Romain Valade, Béatrice Orlando, Claude Maumené, Valerie Laval, Anne-Sophie Walker, Renaud Ioos, Anne-Laure Boutigny, Valerie Cadot, Marie Foulongne-Oriol, Florence Forget, Vessela Atanasova-Penichon, Cyrille Saintenac, Ludovic Bonhomme, Thierry Langin, Frédéric Serre, Delphine Taillieu, Pierre Roumet, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], ARVALIS - Institut du Végétal [Boigneville], BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mycologie (USC INRAE LSV-mycologie), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe d'Etude et de contrôle des Variétés Et des Semences (GEVES), Unité de recherche Mycologie et Sécurité des Aliments (MycSA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale PHénotypage Au Champ des Céréales (UE1375) (PHACC), Florimond Desprez, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Arvalis - Institut du Végétal, ARVALIS -Thiverval-Grignon, Laboratoire de la Santé des Végétaux - Unité de Mycologie (LSV-Mycologie), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding
Abstract: International audience; Fusarium head blight (FHB) is a cereal disease caused by a complex of plant pathogenic fungal species of the genera Fusarium andMicrodochium, with different epidemiological characteristics and producing or not different toxins. The FHB causes significant yieldlosses, health issues and technological quality concerns in all temperate areas worldwide. The composition of the species complexis different according to the cereal, depending on the climate of the year and the agronomic practices. These species may havedifferent susceptibilities to the fungicides used and different behaviors towards genetic resistance. Thus, investigating thesecharacteristics is required to implement integrated pest management strategies adapted to this disease. For more than 10 years,several research programs have led to significant progress in this area. Tools have been developed to more accurately characterizefungal populations and their interactions. Models have been developed to predict the risk and to adapt control measures. Themolecular mechanisms involved in the interaction between plant genes and the pathogenicity of fungal species are beginning to bedeciphered. Phenotyping methods are being developed to help in the characterization of varietal susceptibility and direct controlmethods using biocontrol products are under investigation. The goal of this paper is to review the main results obtained in thecontext of integrated management of fusarium head blight.; La fusariose de l’épi (FHB) est une maladie des céréales causée par un complexe d’espèces de champignons phytopathogènes desgenres Fusarium et Microdochium, ayant des caractéristiques épidémiologiques différentes et productrices ou non de différentestoxines. Le FHB entraîne d’importantes pertes de rendement et des problèmes de qualité sanitaire et technologique dans toutes lesrégions tempérées du globe. La composition du complexe d’espèces est différente selon les céréales, très dépendante du climat del’année et de l’itinéraire technique. Ces espèces peuvent avoir des sensibilités différentes aux fongicides utilisés et descomportements différents vis à vis des résistances présentes dans les variétés. Ainsi, il est essentiel de connaître ces caractéristiquespour mettre en œuvre les méthodes de lutte intégrée adaptées à cette maladie. Depuis plus de 10 ans, plusieurs programmes derecherche ont permis des avancées significatives sur cette thématique. Des outils ont été développés et ont permis de caractériserplus précisément les populations fongiques selon les céréales et leurs interactions. Des modèles ont été développés pour prédire lerisque et adapter les moyens de lutte. Les mécanismes moléculaires impliqués dans l’interaction entre les gènes de la plante et lapathogénicité des espèces fongiques commencent à être décryptés. Des méthodes de phénotypage se développent pour aider à lacaractérisation de la sensibilité variétale et des méthodes de lutte directe utilisant des produits de biocontrôle sont endéveloppement. L’objectif de cet article est de synthétiser les principaux résultats acquis dans l’objectif d’une protection intégréevis‐à‐vis de la fusariose des épis des céréales.
Published: 2020

11. Seasonal and interannual variations in functional traits of sown and spontaneous species in vineyard inter-rows

Author: Garcia, Léo, Damour, Gaelle, Kazakou, Elena, Fried, Guillaume, Bopp, Marie-Charlotte, Metay, Aurelie, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Fonctionnement écologique et gestion durable des agrosystèmes bananiers et ananas (UR GECO), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), ANR-16-IDEX-0006,MUSE,MUSE(2016), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité entomologie et plantes invasives, and Laboratoire de la Santé des Végétaux
Subjects: agroecology, F40 - Écologie végétale, intraspecific trait variability, [SDV]Life Sciences [q-bio], agroécologie, sustainable viticulture, cover crop, Variation saisonnière, Agroécosystème, Plante de couverture, lcsh:QH540-549.5, trait-based approach, Vigne, lcsh:Ecology, functional traits, ecosystem services
Abstract: International audience; The trait-based approach can address questions in order to understand how the functioning of organisms scales up to that of ecosystems and controls some of the services they deliver to humans, including in agriculture. However, the importance of interspecific vs the intraspecific trait variability (ITV) for classifying species according to their traits in agrosystems on a large diversity of pedoclimatic situations and cropping systems remains still open. Here, we addressed three questions: How do measured traits vary across years and seasons? Are species rankings conserved across years and season? And which traits and species are the more stable and repeatable for sown and spontaneous species? We conducted a two-year experiment in a vineyard, and we measured four leaf and plant functional traits of 14 sown species and 43 spontaneous species that grew among sown species. Traits were measured at two key phenological stages for grapevine: budburst and flowering during two successive years with contrasted rainfall (2017 and 2018). We studied seasonal and interannual trait variations, rankings between species, and variance partitioning. The species factor explained the greatest part of trait variations across years and seasons. Sown and spontaneous species traits varied in the same way, and traits related to plant dry matter contents were the more stable across periods. Moreover, species rankings were conserved across years and seasons for all traits except plant height. Sown species showed better ranking conservation than spontaneous species overall. The trait-based approach seems promising for the comparison of various cropping systems involving sown and spontaneous species, and may help identifying service crop species related to specific agroecosystem services. Further research is needed to bring more knowledge on trait variations under a diversity of agrosystems, and to improve theoretical frameworks that would help the design of sustainable agrosystems that provide multiple ecosystem services.
Published: 2020
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12. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Unité de quarantaine (LSV Clermont-Ferrand), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Retraitée, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de bactériologie, virologie, OGM (BVO), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Anses, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10
Subjects: Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, période endophytique, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract: La bactérie Xylella fastidiosa, sous-espèce multiplex, a été identifiée pour la première fois en France en 2015. Aujourd’hui, elle est établie dans certaines communes du littoral méditerranéen de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et dans la région Corse, pour laquelle une stratégie d’enrayement est en place depuis janvier 2018.La décision d’exécution 2015/789/UE modifiée précise les dispositions visant à empêcher d’autres introductions de la bactérie Xylella fastidiosa ainsi que sa propagation dans l’UE. Conformément à l'article 9.1 de cette décision, les mouvements de végétaux spécifiés (la liste des espèces spécifiées est précisée en annexe I de la décision d’exécution 2015/789/UE) en dehors des zones délimitées (la définition d’une zone délimitée est précisée à l’article 4 de la décision d’exécution 2015/789/UE), sont interdits. Par dérogation, l’article 9.2 définit des conditions permettant à l'autorité compétente d’autoriser un opérateur à déplacer des végétaux spécifiés hors de zones délimitées. Parmi ces dispositions1, l’obligation de maintenir sous protection matérielle (en conditions « insect-proof » permanentes) le site de production du végétal spécifié pendant toute la durée de culture pose des difficultés de mise en œuvre. De ce fait, aucune dérogation n’a été délivrée, à ce jour, en France. Cela se traduit notamment par des pertes de marchés et des baisses du chiffre d'affaires chez les professionnels concernés pouvant aller jusqu'à 50 %.
Published: 2020

13. A global database for metacommunity ecology, integrating species, traits, environment and space

Author: Ramiro de Campos, Julia Ramos Miranda, Sandrine Pavoine, Sylvain Dolédec, Joshua Adam Drew, David Mouillot, Elizabeth C. Lowe, Robin J. Pakeman, Willem Renema, Heloise Gibb, Nicole J. de Voogd, Sen-Her Shieh, Triin Reitalu, Stéphane Chantepie, Jan Żarnowiec, Guillaume Fried, Roel van Klink, Núria Bonada, Sébastien Villéger, Daniel F. R. Cleary, Anthony Eallonardo, Damian Chmura, Bjorn J. M. Robroek, William K. Cornwell, Monika Staniaszek-Kik, Christoph F. J. Meyer, Martin J. Westgate, Valérie Raevel, Cédric Frenette-Dussault, Frank Dziock, Cajo J. F. ter Braak, Alienor Jeliazkov, Nadia Barsoum, Adrià López-Baucells, Philippe Choler, Darko Mijatovic, Anik Brind'Amour, Michal Stanko, Helena Castro, Mark C. Urban, Belinda Gallardo, Maxim Zolotarev, Francesco Pomati, Alessandro Ossola, Andrés Mellado-Díaz, Luc Barbaro, Raphaël Arlettaz, R.M.A. Wegman, Thiago Gonçalves-Souza, Melanie J. Edgar, Alena Bartonova, Francisco Leonardo Tejerina-Garro, Nigel R. Andrew, Burak K. Pekin, Myles H. M. Menz, Karen M. Chong-Seng, Joan Pino, Jonathan M. Chase, Elena Belskaya, Jean-Yves Humbert, Ignacio Ribera, Oliver Purschke, Koenraad Martens, Arnaud Pocheville, Jonas O. Wolff, Boris R. Krasnov, Peter Poschlod, Ricardo Rocha, Peter Meffert, Domingo Flores Hernandez, Rebecca Spake, A. Cormont, Janet Higuti, Rodrigo Assis de Carvalho, Eric Le Saux, Natalie Robinson, Zoë Lindo, Fábio Z. Farneda, Honor C. Prentice, Bryndís Marteinsdóttir, German Centre for Integrative Biodiversity Research, German Research Foundation, Fédération Île de France de Recherche en Environnement, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (Brasil), Swiss National Science Foundation, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Alice Holt Research Station, Forest Research [Great Britain], University of South Bohemia, Grup de Recerca 'Freshwater Biology and Management' (FEM), Universitat de Barcelona (UB), Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Forest Research, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Nantes (IFREMER Nantes), Université de Nantes (UN), Centre for Functional Ecology, University of Coimbra [Portugal] (UC), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Naturalis Biodiversity Center [Leiden], Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Applied and Restoration Ecology Group, Pyrenean Institute of Ecology, Department of Ecology, State University of Maringá, Ramon Science Center and Mitrani Department of Desert Ecology, Ben-Gurion University of the Negev (BGU), University of Western Ontario (UWO), Aquatic and Terrestrial Ecology, Operational Directorate Natural Environment, Royal Belgian Institute of Natural Sciences (RBINS), Ecosystèmes lagunaires : organisation biologique et fonctionnement (ECOLAG), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The University of Sydney, Universität Regensburg (REGENSBURG), Universität Regensburg, Lund University [Lund], German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv), Laboratoire des Sciences de l'Environnement, Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], Institute of Zoology, Slovak Academy of Science [Bratislava] (SAS), Université de Montpellier (UM), Peace Research Institute Frankfurt (PRIF), Hessische Stiftung Friedens- und Konfliktforschung, Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), University of New England (UNE), Institute of Ecology and Evolution [Bern, Switzerland], University of Bern, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre for Ecosystems, Society and Biosecurity, Forest Research, Alice Holt Lodge, Biology Centre of the Czech Academy of Sciences (BIOLOGY CENTRE CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Ural Branch of Russian Academy of Sciences (UB RAS), Institute of Plant and Animal Ecology, Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB), Department de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals, University of Barcelona, Écologie et Modèles pour l'Halieutique (IFREMER EMH), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Atlantique (IFREMER Atlantique), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Universidade Estadual de Goiás (UEG), University of Bielsko-Biala, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies (CoralCoE), James Cook University (JCU), Centro de Estudos do Ambiante e do Mar (CESAM), Universidade de Aveiro, National Penghu University of Science and Technology, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Wageningen Environmental Research, Evolution and Ecology Research Centre [UNSW Sydney], School of Biological, Earth and Environmental Sciences [Sydney] (BEES), University of New South Wales [Sydney] (UNSW)-University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Laboratorio de Ictiología, Instituto Nacional de Limnología [Santa Fe] (INALI), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas [Buenos Aires] (CONICET)-Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL), Universidade Estadual de Maringà (UEM), Institute of Environmental Sciences [Leiden] (CML), Leiden University, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SUNY College of Environmental Science and Forestry (SUNY-ESF), State University of New York (SUNY), Dresden University of Applied Sciences, OBG, Part of Ramboll, The Natural History Museum [London] (NHM), State University of Rio de Janeiro, Smithsonian Tropical Research Institute, Centre for Ecology - Evolution and Environmental Changes (cE3c), Universidade de Lisboa (ULISBOA), Universidad Autónoma de Campeche, Institut de Recherches en Biologie Végétale [Montréal] (IRBV), Université de Montréal (UdeM), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Pyrenean Institute of Ecology (IPE), Spanish National Research Council (CSIC), La Trobe University [Melbourne], Rural Federal University of Pernambuco, The Jacob Blaustein Institutes for Desert Research (BIDR), Mitrani Department of Desert Ecology, Jacob Blaustein Institute for Desert Research, Museu de Ciencies Naturals de Granollers, Macquarie University [Sydney], The soil conservation service of Iceland (SCSI), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Imprint, Universidad de Murcia, Departamento de Ecología e Hidrología. Facultad de Biología. Universidad de Murcia. 30100 Murcia. Spain, Max Planck Institute for Ornithology, Max-Planck-Gesellschaft, University of Salford, School of Environmental and Life Sciences, MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), The James Hutton Institute, Istanbul Technical University (ITÜ), Avrasya Yer Bilimleri Enstitüsü = Eurasia Institute of Earth Sciences [Istanbul] (AYBE), CREAF - Centre for Ecological Research and Applied Forestries, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Swiss Federal Insitute of Aquatic Science and Technology [Dübendorf] (EAWAG), University of Regensburg, Department of Ecology and Conservation Biology, Department of Physical Geography and Ecosystem Science [Lund], Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Tallinn University of Technology (TTÜ), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF), Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC), CEXS-UPF-PRBB, National ecological observatory network, University of Colorado [Boulder], Department of Ecology and Evolutionary Biology [Boulder], University of Southampton, Providence University, School of Geography and Environmental Sciences, University of Lódź, Institute of Parasitology [České Budějovice] (BIOLOGY CENTRE CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)-Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Institute of Zoology Slovak Academy of Sciences, Centro de Biologia Aquática, Escola de Ciências Agrárias e Biológicas, Pontifícia Universidade Católica de Goiás, Biometris, University of Connecticut (UCONN), Fenner School of Environment and Society, Australian National University (ANU), This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation, DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/).The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Federation d'Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H. M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et Modèles pour l'Halieutique (EMH), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre for Functional ecology, Universiteit Leiden, Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Instituto Pirenaico de Ecologìa = Pyrenean Institute of Ecology [Zaragoza] (IPE - CSIC), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, Biodiversity, DIVERSITY, computer.software_genre, 01 natural sciences, VARIABLES, Aardobservatie en omgevingsinformatica, Biodiversiteit en Beleid, Taxonomic rank, PLANT FUNCTIONAL TRAITS, lcsh:Science, Macroecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Database, Ecology, Statistics, Community structure, Plants, PE&RC, Biota, Computer Science Applications, Geography, Biometris, Trait, LIFE-HISTORY TRAITS, Statistics, Probability and Uncertainty, COMMUNITY STRUCTURE, Information Systems, Metacommunity, Statistics and Probability, Earth Observation and Environmental Informatics, Life on Land, Ecology (disciplines), BIOLOGICAL TRAITS, MODELS, Library and Information Sciences, 010603 evolutionary biology, Biodiversity and Policy, Life history theory, Education, Database management, ddc:570, Animals, Life Science, Community ecology, Author Correction, Gestió de bases de dades, SPERMONDE-ARCHIPELAGO, Community, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, Biodiversitat, Research data, Earth and Environmental Sciences, Dades de recerca, lcsh:Q, Probability and Uncertainty, BIODIVERSITY, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, computer, RESPONSES
Abstract: The use of functional information in the form of species traits plays an important role in explaining biodiversity patterns and responses to environmental changes. Although relationships between species composition, their traits, and the environment have been extensively studied on a case-by-case basis, results are variable, and it remains unclear how generalizable these relationships are across ecosystems, taxa and spatial scales. To address this gap, we collated 80 datasets from trait-based studies into a global database for metaCommunity Ecology: Species, Traits, Environment and Space; “CESTES”. Each dataset includes four matrices: species community abundances or presences/absences across multiple sites, species trait information, environmental variables and spatial coordinates of the sampling sites. The CESTES database is a live database: it will be maintained and expanded in the future as new datasets become available. By its harmonized structure, and the diversity of ecosystem types, taxonomic groups, and spatial scales it covers, the CESTES database provides an important opportunity for synthetic trait-based research in community ecology., This work was funded by the German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv) Halle-Jena-Leipzig (funded by the German Research Foundation; DFG FZT 118). We thank Jitendra Gaikwad for his precious help with the technical aspects of the database storage and management through the iDiv Biodiversity Portal (https://idata.idiv.de/, https://doi.org/10.25829/idiv.286-21-2695) and the iDiv IT Support for their help in the CESTES website development (https://icestes.github.io/). The datasets provided by A. Jeliazkov were collected with financial support from the Fédération d’Ile-de-France pour la Recherche en Environnement (FIRE FR-3020). The dataset provided by R. Carvalho and F.L. Tejerina-Garro had financial support from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq No. 471283/2006-1) granted to FLTG. The datasets provided by R. van Klink, J.-Y. Humbert, R. Arlettaz and M.H.M. Menz were collected with financial support from the Swiss National Science Foundation (grants 31003A_125398/2 and 31003A_149656) awarded to RA.
Published: 2020
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14. Development of A Nested-MultiLocus Sequence Typing Approach for A Highly Sensitive and Specific Identification of Xylella fastidiosa Subspecies Directly from Plant Samples

Author: Sophie Cesbron, Enora Dupas, Quentin Beaurepère, Maria del Pilar Velasco Amo, Marie-Agnès Jacques, Martial Briand, Miguel Montes Borrego, Blanca B. Landa, European Commission, Interprofesional del Aceite de Oliva Español, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), Generalitat Valenciana, Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación y Medio Ambiente (España), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Instituto de Agricultura Sostenible - Institute for Sustainable Agriculture (IAS CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), INRA SPE division and Anses, Programa Estatal de I+D Orientada a los Retos de la Sociedad' from Spanish State Research Agency : E-RTA2017-00004-C06-02, Organizacion Interprofesional del Aceite de Oliva Espanol, CSIC Intramural Project 2018 : 40E111, 'Conselleria de Agricultura, Desarrollo Rural, Emergencia Climatica y Transicion Ecologica' from Valencia region, Ministry of Agriculture, Fisheries and Food of Spain., European Project: 727987,XF-ACTORS, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Spanish National Research Council (CSIC), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0106 biological sciences, MESH: Xylella fastidiosa, Xylella fastidiosa, Philaenus spumarius, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Subspecies, Genome, 01 natural sciences, lcsh:Agriculture, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Typing, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Direct typing technique, fungi, lcsh:S, food and beverages, 15. Life on land, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Housekeeping gene, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, MESH: Multilocus Sequence Typing, Multilocus sequence typing, Agronomy and Crop Science, Nested polymerase chain reaction, 010606 plant biology & botany, Specific identification, MLST, Nested PCR
Abstract: © 2020 by the authors., Identification of sequence types (ST) of Xylella fastidiosa based on direct MultiLocus Sequence Typing (MLST) of plant DNA samples is partly efficient. In order to improve the sensitivity of X. fastidiosa identification, we developed a direct nested-MLST assay on plant extracted DNA. This method was performed based on a largely used scheme targeting seven housekeeping gene (HKG) loci (cysG, gltT, holC, leuA, malF, nuoL, petC). Samples analyzed included 49 plant species and two insect species (Philaenus spumarius, Neophilaenus campestris) that were collected in 2017 (106 plant samples in France), in 2018 (162 plant samples in France, 40 plant samples and 26 insect samples in Spain), and in 2019 (30 plant samples in Spain). With the nested approach, a significant higher number of samples were amplified. The threshold was improved by 100 to 1000 times compared to conventional PCR. Using nested-MLST assay, plants that were not yet considered hosts tested positive and revealed novel alleles in France, whereas for Spanish samples it was possible to assign the subspecies or ST to samples considered as new hosts in Europe. Direct typing by nested-MLST from plant material has an increased sensitivity and may be useful for epidemiological purposes., ED salary was funded by INRA SPE division and Anses. This work received support from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 727987 XF-ACTORS (Xylella fastidiosa Active Containment Through a multidisciplinary-Oriented Research Strategy), and from Projects E-RTA2017-00004-C06-02 from ‘Programa Estatal de I+D Orientada a los Retos de la Sociedad’ from Spanish State Research Agency and from the Organización Interprofesional del Aceite de Oliva Español, CSIC Intramural Project 2018 40E111, and from “Conselleria de Agricultura, Desarrollo Rural, Emergencia Climática y Transición Ecológica” from Valencia region, and the Ministry of Agriculture, Fisheries and Food of Spain. The present work reflects only the authors’view and the EU funding agency is not responsible for any use that may be made of the information it contains.
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15. Contrasting genetic diversity and structure among Malagasy Ralstonia pseudosolanacearum phylotype I populations inferred from an optimized Multilocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis scheme

Author: Philippe Prior, Adrien Rieux, Gilles Cellier, Niry Tiana Dianzinga, Emeline Rebert, Laurent Costet, Hasina Rasoamanana, Fabien Guérin, Miharisoa-Mirana Gauche, Noura Yahiaoui, Yann Pecrix, Isabelle Robène, Stéphane Poussier, Santatra Ravelomanantsoa, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de Recherche Appliquée au Développement Rural (FOFIFA), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Ravageurs et agents pathogènes tropicaux, This project was supported by Agropolis Fondation under the reference ID 1403-011 through the 'Investissements d'avenir' program (Labex Agro: ANR-10-LABX-0001). This work was funded by the European Union: European regional development fund (ERDF, programme INTERREG V), by the Conseil Regional de La Reunion and by the Centre de Cooperation Internationale en Recherche agronomique pour le Developpement (CIRAD). HR and SR received doctoral fellowships from the Conseil Regional de La Reunion. NY was supported by a doctoral fellowship from ANSES (Agence nationale de securite sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail) and CIRAD, ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Unité Ravageurs et agents pathogènes tropicaux (RAPT), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Heredity, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Artificial Gene Amplification and Extension, Ralstonia, Polymerase Chain Reaction, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Geographical Locations, Génétique des populations, Medicine and Health Sciences, Phylogeny, 2. Zero hunger, Phylotype, 0303 health sciences, Ralstonia solanacearum, Multidisciplinary, biology, Ecology, food and beverages, Genomics, Bacterial Typing Techniques, Épidémiologie, Variable number tandem repeat, Genetic Mapping, PCR, Tandem Repeat Sequences, Genetic Epidemiology, Medicine, Research Article, Species complex, Flétrissement, Genotype, Ecological Metrics, Science, Multiple Loci VNTR Analysis, Research and Analysis Methods, 03 medical and health sciences, Variation génétique, Genetics, Madagascar, Molecular Biology Techniques, Molecular Biology, 030304 developmental biology, H20 - Maladies des plantes, Bactérie pathogène, Genetic diversity, Evolutionary Biology, Molecular epidemiology, Population Biology, 030306 microbiology, Ecology and Environmental Sciences, Genetic Variation, Biology and Life Sciences, Species Diversity, 15. Life on land, biology.organism_classification, Maladie bactérienne, Haplotypes, Evolutionary biology, Genetic Loci, People and Places, Africa, Multilocus sequence typing, Population Genetics, Multilocus Sequence Typing
Abstract: TheRalstonia solanacearumspecies complex (RSSC), composed of three species and four phylotypes, are globally distributed soil-borne bacteria with a very broad host range. In 2009, a devastating potato bacterial wilt outbreak was declared in the central highlands of Madagascar, which reduced the production of vegetable crops including potato, eggplant, tomato and pepper. A molecular epidemiology study of Malagasy RSSC strains carried out between 2013 and 2017 identifiedR.pseudosolanacearum(phylotypes I and III) andR.solanacearum(phylotype II). A previously published population biology analysis of phylotypes II and III using two MultiLocus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA) schemes revealed an emergent epidemic phylotype II (sequevar 1) group and endemic phylotype III isolates. We developed an optimized MLVA scheme (RS1-MLVA14) to characterize phylotype I strains in Madagascar to understand their genetic diversity and structure. The collection included isolates from 16 fields of different Solanaceae species sampled in Analamanga and Itasy regions (highlands) in 2013 (123 strains) and in Atsinanana region (lowlands) in 2006 (25 strains). Thirty-one haplotypes were identified, two of them being particularly prevalent: MT007 (30.14%) and MT004 (16.44%) (sequevar 18). Genetic diversity analysis revealed a significant contrasting level of diversity according to elevation and sampling region. More diverse at low altitude than at high altitude, the Malagasy phylotype I isolates were structured in two clusters, probably resulting from different historical introductions. Interestingly, the most prevalent Malagasy phylotype I isolates were genetically distant from regional and worldwide isolates. In this work, we demonstrated that the RS1-MLVA14 scheme can resolve differences from regional to field scales and is thus suited for deciphering the epidemiology of phylotype I populations.
Published: 2020
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16. Effectiveness of clear-cuttings in non-fragmented pine forests in relation to EU regulations for the eradication of the pine wood nematode

Author: Philippe Castagnone-Sereno, Christelle Robinet, Corinne Sarniguet, Hervé Jactel, Xavier Tassus, Géraldine Roux, Manuel Mota, Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Nemalab/ICAAM, University of Évora [Portugal], Université d'Orléans (UO), Unité de Nématologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), European Project: 771271,HOMED, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Bursaphelenchus xylophilus, Felling, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Cutting, eradication, media_common.cataloged_instance, European union, dispersal, media_common, Ecology, biology, Agroforestry, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, biology.organism_classification, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Europe, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Geography, Nematode, emergency plan, Pine wood, Spatial ecology, Biological dispersal, clear-cut, Monochamus galloprovincialis, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Biological invasion
Abstract: International audience; The invasive pine wood nematode (PWN), Bursaphelenchus xylophilus, is one of the most serious threats to pine forests across the world. Detected in Europe in 1999, it has largely spread despite containment measures. Following the European Union regulations, the requested eradication measure is to fell, remove and dispose of all susceptible plants within a clear-cut zone (CCZ) of a radius of 500 m around any infected tree. This measure is controversial since its effectiveness is questioned. An individual-based model, describing the dispersal of the nematode vector and the nematode transmission,was used to estimate the relationship between the radius and the effectiveness of the CCZ at eradicatingthe PWN.. Clear-cutting of a 500 m-radius is poorly effective in non-fragmented pine forests since it reduces the number of PWN transmissions by only 0.6 % 11.5 %. To significantly reduce the number of transmissions, the radius should be between 14 and 38 km, which is obviously not technically nor ethically feasible.Policy implications. Our results, based on model simulations at a fine spatial scale,prove that clear-cutting susceptible trees 500 m around any infested tree –as requested by EU regulation to eradicate the pine wood nematode –is not effective in large and continuous pine forests. Instead, strengthened surveillance and sanitation felling could be explored.; Le nématode du pin (PWN), Bursaphelenchus xylophilus, est l’une des plus importantes 59espèces invasives menaçant les forêts de pins dans le monde. Après avoir été détecté en Europe en 1999, il s’est rapidement propagé au Portugal puis en Espagne, malgré les mesures mises en place pour le contenir .Selon la réglementation de l’Union Européenne, la mesure relative à l’éradication consiste à abattre, retirer et éliminer tous les végétaux sensibles dans une zone de coupe à blanc (CCZ) d’un rayon de 500 m autour de tout arbre infecté par le PWN. Cette mesure est controversée car son efficacité est incertaine. Un modèle individu-centré,décrivant la dispersion de l’insecte vecteur ainsi que la transmissiondu PWN, a été utilisé pour estimer la relation entre le rayon de la coupe à blanc et son efficacité à éradiquer le PWN. Une coupe à blanc d‘un rayon de 500 m est très peu efficace dans une forêt de pins non 70fragmentée car elle ne peut réduire le nombre de transmissions du PWN que de 0.6% à 11.5 71%. Pour réduire de manière significative ce nombre de transmissions, le rayon devrait être de 14 à 38 km, ce qui n’est de façon évidente pas envisageable d’un point de vue technique ou éthique. Implications politiques. Nos résultats, issus de simulations conduites à une échelle spatiale fine, prouvent que la coupe des végétaux sensibles dans un rayon de 500 m autour de tout arbre infecté –comme demandée par la réglementation de l’Union Européenne pour éradiquer le nématode du pin–n’est pas efficace dans les grandes forêts de pins non fragmentées. À la place, le renforcement de la surveillance et des coupes sanitaires ciblées devraient être envisagé
Published: 2019
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17. Premiers résultats du réseau Biovigilance 500 ENI sur le suivi des effets non-intentionnels des pratiques agricoles sur la biodiversité

Author: Fried, Guillaume, Andrade, Camilla, Villers, Alexandre, Porcher, Emmanuelle, Cylly, Daniel, Cluzeau, Daniel, Guillocheau, S., Pillon, O., Yamada, Ohri, Jullien, Jérôme, Lenne, N., Monestiez, Pascal, Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Réserve de Chizé, Unité Avifaune migratrice, Agence Française pour la Biodiversité (AFB), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sral -Grand-Est, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt (DRAAF), Unité Phytopharmacovigilance et Observatoire des résidus de pesticides (UPO), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Sral des Pays de la Loire, Direction Régionale de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Forêt du Centre (DRAAF Centre), Bureau de la Santé des Végétaux, Ministère de l'Agriculture, Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de La Rochelle (ULR), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité entomologie et plantes invasives, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Sorbonne Université, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biostatistique et Processus Spatiaux (BIOSP), UMR 7372 CEBCF, Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), La Rochelle Université (ULR), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Paysage, Agroecosystem, Pesticide drift, Herbicides, [SDV]Life Sciences [q-bio], Field margin, Landscape, Bordures de champs, Nitrogen fertilizer, Traits, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Fertilisation, Agro-écosystème
Abstract: National audience; To assess the unintended effects of agricultural practices on biodiversity, a network of 500 plots (Biovigilance 500 ENI network) was set up in metropolitan France by the public authorities. Four taxa have been monitored since 2012: earthworms, flora of field margins, beetles and birds. Here we present preliminary and descriptive results for wildlife and a more detailed analysis of the response of flora to environmental and agricultural variables. Multivariate approaches and generalized additive mixed models were used to test the links between the nature and diversity of 186 plant species traits and 12 environmental and agricultural variables. In addition to an effect of landscape diversity, field margin management frequency and field margin width, the amount of nitrogen fertilizer applied within the field has an effect on the composition of the flora of field margin favoring the most nitrophilous species. Species richness and functional diversity decrease with the Treatment Frequency Index (IFT) of herbicides and with the field area. The first results obtained are consistent and show the value of the data collected by observers of the Biovigilance 500 ENI network to identify unintended effects of farming practices on biodiversity.; Pour évaluer les effets non intentionnels des pratiques agricoles sur la biodiversité, un réseau de 500 parcelles (réseau Biovigilance 500 ENI) a été mis en place en France métropolitaine par les pouvoirs publics. Quatre taxons sont suivis depuis 2012 : les vers de terre, la flore des bordures de champs, les coléoptères et les oiseaux. Nous présentons ici des résultats préliminaires et descriptifs pour la faune et une analyse plus détaillée de la réponse de la flore aux variables environnementales et agricoles. Des approches multivariées et des modèles additifs généralisés mixtes ont été utilisés pour tester les liens entre la nature et la diversité des traits de 186 espèces végétales et 12 variables environnementales et agricoles. Outre un effet de la diversité du paysage, de la fréquence de gestion et de la largeur des bordures, la quantité d’engrais azotés apportés dans la parcelle a un effet sur la composition de la flore des bordures en favorisant les espèces les plus nitrophiles. La richesse en espèces et leur diversité fonctionnelle diminuent avec l’indice de fréquence de traitements (IFT) herbicides et avec la surface de la parcelle. Les premiers résultats obtenus sont cohérents et montrent la valeur des données récoltées par les observateurs du réseau Biovigilance 500 ENI pour identifier les effets non-intentionnels des pratiques sur la biodiversité.
Published: 2019
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18. Estimating economic benefits of biological control of Ambrosia artemisiifolia by Ophraella communa in southeastern France

Author: Raphaëlle Mouttet, Urs Schaffner, Thomas Le Bourgeois, Michel Thibaudon, Benno A. Augustinus, Maira Bonini, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Heinz Müller-Schärer, Emmanuel Gachet, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité entomologie et plantes invasives, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CABI Europe Switzerland, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Réseau National de Surveillance Aérobiologique (RNSA), CABI, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Réseau National de Surveillance Aérobiologique [Brussieu, France] (RNSA), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: 0106 biological sciences, Ragweed, Economics, Biological pest control, Introduced species, H60 - Mauvaises herbes et désherbage, medicine.disease_cause, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ophraella communa, Désherbage, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Pollen, medicine, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ambrosia artemisiifolia, biology, 15. Life on land, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, biology.organism_classification, Economic benefits, Lutte biologique, 010602 entomology, Compétition des mauvaises herbes, Geography, Agronomy, Health, Biological control, impact économique, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Mauvaise herbe, Leaf beetle
Abstract: International audience; The North American common ragweed, Ambrosia artemisiifolia, which produces highly allergenic pollen, is invasive in different parts of the world, including Europe. In 2013, common ragweed in northern Italy was found attacked by another accidentally introduced species, the North American leaf beetle Ophraella communa, which is used for biological control of common ragweed in China. Since the establishment of O. communa, ragweed pollen concentrations in northern Italy have significantly dropped. Here we set out to estimate the potential economic benefits of establishment of O. communa in the Rhône-Alpes region in south-eastern France, where detailed data on the economic impact of common ragweed are available. Extrapolating from the change in airborne ragweed pollen concentrations in the Milan area, we estimated that establishment of O. communa in the Rhône-Alpes region will reduce the number of days with ragweed pollen concentrations at which sensitive people express symptoms by 50% and the medical costs due to common ragweed by 5.2–6.8M € annually. Our findings suggest that investments of public funds are justified to conduct a complete assessment of the potential risks and benefits associated with the accidental establishment of O. communa in Europe.
Published: 2018
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19. Assessment of Passive Traps Combined with High-Throughput Sequencing To Study Airborne Fungal Communities

Author: Claude Husson, Renaud Ioos, Jaime Aguayo, Céline Fourrier-Jeandel, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), RESIPATH project (APR ERA-NET BIODIVERSA), European Cooperation in Science and Technology (COST) action PINESTRENGTH, Laboratoire de la Santé des Végétaux-LSV, Unité de Mycologie, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES ), Interactions Arbres-Microorganismes ( IAM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Unité de Mycologie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, aerobiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], champignon, Air Microbiology, protocols, dna, Barcode, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Aerobiology, law.invention, law, Methods, Environmental DNA, fungal dispersion, DNA, Fungal, comparative study, protocole, Ecology, dispersion aérienne, adn, High-Throughput Nucleotide Sequencing, genêtic variation, diversité génétique, Biotechnology, medicine.medical_specialty, Computational biology, Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, DNA sequencing, 03 medical and health sciences, étude comparative, DNA, Ribosomal Spacer, medicine, séquençage à haut débit, DNA Barcoding, Taxonomic, Internal transcribed spacer, aérobiologie, DNA Primers, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], fungi, Fungi, Genetic Variation, 15. Life on land, DNA extraction, fungal diversity, 030104 developmental biology, metabarcoding, Biological dispersal, Species richness, 010606 plant biology & botany, Food Science, Mycobiome
Abstract: Techniques based on high-throughput sequencing (HTS) of environmental DNA have provided a new way of studying fungal diversity. However, these techniques suffer from a number of methodological biases which may appear at any of the steps involved in a metabarcoding study. Air is one of the most important environments where fungi can be found, because it is the primary medium of dispersal for many species. Looking ahead to future developments, it was decided to test 20 protocols, including different passive spore traps, spore recovery procedures, DNA extraction kits, and barcode loci. HTS was performed with the Illumina MiSeq platform targeting two subloci of the fungal internal transcribed spacer. Multivariate analysis and generalized linear models showed that the type of passive spore trap, the spore recovery procedure, and the barcode all impact the description of fungal communities in terms of richness and diversity when assessed by HTS metabarcoding. In contrast, DNA extraction kits did not significantly impact these results. Although passive traps may be used to describe airborne fungal communities, a study using specific real-time PCR and a mock community showed that these kinds of traps are affected by environmental conditions that may induce losses of biological material, impacting diversity and community composition results. IMPORTANCE The advent of high-throughput sequencing (HTS) methods, such as those offered by next-generation sequencing (NGS) techniques, has opened a new era in the study of fungal diversity in different environmental substrates. In this study, we show that an assessment of the diversity of airborne fungal communities can reliably be achieved by the use of simple and robust passive spore traps. However, a comparison of sample processing protocols showed that several methodological biases may impact the results of fungal diversity when assessed by metabarcoding. Our data suggest that identifying these biases is of paramount importance to enable a correct identification and relative quantification of community members.
Published: 2018
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20. Des outils moléculaires pour caractériser la diversité réelle des thysanoptères en cultures ornementales et faciliter le diagnostic

Author: Bout, Alexandre, Marchand, Anaël, Robert, Fabien, Silvy, Emmanuelle, Crochard, Didier, Malausa, Thibaut, Ris, Nicolas, Reynaud, Philippe, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Association nationale des structures d'expérimentation et de démonstration en ... et de démonstration en horticulture ornementale (ASTREDHOR), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ministère de l’agriculture, Casdar IT1220., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Association Nationale de Structures d'Expérimentation et de Démonstration en Horticulture, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité entomologie et plantes invasives, and Laboratoire de la Santé des Végétaux
Subjects: DNA-Barcoding, sustainable agriculture, Agro-écologie, agroécosystème serre, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, molecular identification, biocontôle, identification moléculaire, ornamentals crops, Agro-ecology
Abstract: Ce numéro comprend les articles correspondant aux présentations du Colloque Casdar 2018.; National audience; Thrips are among the most important pests in greenhouses worldwide because of recurrent outbreaks of both native and invading species. Yet, their biodiversity, distribution and ecology remain still poorly documented, probably because of their small size, the high morphological similarity between taxa and their discretion apart from the outbreak in crops. In this study, we thus developed a so-called DNABarcoding approach coupling, on one side, the sequencing of some molecular markers - e.g. a part of the mitochondrial marker Cytochrome Oxidase I (COI) – and, on the other, the precise examination of some morphological characters. Thanks to a collaborative network, several thousands of samples were hence collected in or around crops and more than 1000 individuals were characterized, making it possible (i) to clarify the actual diversity of thrips in these agroecosystems, ii) to focus on some particular (risky and/or invading) species, iii) to design a fast, simple and low cost molecular diagnostic tool for their identification.; Les thrips comptent parmi les ravageurs les plus importants des agrosystèmes serres en raison des attaques récurrentes des espèces indigènes et envahissantes. Pourtant, la biodiversité, la distribution et l'écologie des différentes espèces de thrips sont encore peu documentées. Leur petite taille, la forte similitude morphologique entre les différentes espèces et leur discrétion en dehors des pullulations sur cultures expliquent probablement cette situation. Dans ce travail, nous nous sommes donc intéressés à la diversité des thysanoptères collectés en cultures ornementales en France via une approche de type « DNA-Barcoding » couplant une caractérisation moléculaire basée notamment sur une portion du gène mitochondrial cytochrome oxydase (COI) et une caractérisation précise sur des caractères morphologiques. Grâce à un vaste réseau collaboratif, plus de 1000 échantillons de thrips ont ainsi été échantillonnées parmi lesquels plusieurs centaines ont été caractérisés ce qui nous a permis i) de clarifier la diversité réelle des thrips dans ces agroécosystèmes, ii) de rechercher plus particulièrement certaines espèces spécifiques présentant des risques élevés et/ou nouvelles sur le territoire, iii) concevoir un outil de diagnostic moléculaire rapide, simple et peu coûteux pour leur identification en routine.
Published: 2018
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21. The ash dieback invasion of Europe was founded by two genetically divergent individuals

Author: Adam Vivian-Smith, Kentaro Yoshida, Halvor Solheim, Christine Fosker, Ari M. Hietala, Bernardo J. Clavijo, David Swarbreck, Gemy Kaithakottil, Lawrence Percival-Alwyn, Mark McMullan, Philip Jennings, James K. M. Brown, Diane G. O. Saunders, Matthew D. Clark, Walter Verweij, Louisa Williamson, Jonathan M. Wright, Lorelei Bilham, J. Allan Downie, Elizabeth S. Orton, Renaud Ioos, Dan MacLean, Maryam Rafiqi, Mark Blaxter, Georgios Koutsovoulos, Gonzalo Garcia Accinelli, Tsuyoshi Hosoya, Ben J. Ward, Anne Edwards, Neil Hall, Claude Husson, McMullan, Mark, Earlham Institute [Norwich], Kew Botanical Garden, John Innes Centre [Norwich], Institute of Evolutionary Biology, School of Biological Sciences, University of Edinburgh, The Sainsbury Laboratory, Department of Agrobioscience - Graduate School of Agricultural Science, Kobe University, National Museum of Nature and Science, Fera Science Limited, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Norwegian Institute of Bioeconomy Research (NIBIO), Edinburgh Genomics, The Natural History Museum [London] (NHM), Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) BB/L024055/1, CyVerse UK of the Earlham Institute National Capability in e-Infrastructure, BBSRC BBS/E/J/000CA523, Department of Environment Food and Rural Affairs (Defra) BBS/E/J/000CA523, Economic and Social Research Council, Forestry Commission, Natural Environment Research Council (NERC), Scottish Government under Tree Health and Plant Biosecurity Initiative BB/L01291X/1, French National Research Agency (ANR) of the Investissements d'Avenir programme ANR-11-LABX-0002-01, BBSRC National Capability in Genomics grant BB/J010375/1, BBSRC Institute Strategic Programme Grant for Bioinformatics BB/ J004669/1, The Sainsbury Laboratory [Norwich] (TSL), Konan University [Kobe, Japan], Unité de Mycologie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)
Subjects: 0301 basic medicine, safety, Population genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], DIVERSITY, sécurité, Introgression, Biology, Fraxinus, Article, cinder, 03 medical and health sciences, Ascomycota, DNA POLYMORPHISM, medicine, PATHOGEN HYMENOSCYPHUS PSEUDOALBIDUS, REVEALS INSIGHTS, POPULATION-STRUCTURE, cendre, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Plant Diseases, FUNGAL, Genetic diversity, GENOME EVOLUTION, PLANT-PATHOGENS, Ecology, Host (biology), Haplotype, Hymenoscyphus fraxineus, Ecological genetics, biology.organism_classification, frêne, medicine.drug_formulation_ingredient, FRAXINUS-EXCELSIOR, RESISTANCE, haploïde, 030104 developmental biology, Haplotypes, 13. Climate action, Evolutionary biology, Genome, Fungal, europe
Abstract: Accelerating international trade and climate change make pathogen spread an increasing concern. Hymenoscyphus fraxineus, the causal agent of ash dieback, is a fungal pathogen that has been moving across continents and hosts from Asian to European ash. Most European common ash trees (Fraxinus excelsior) are highly susceptible to H. fraxineus, although a minority (~5%) have partial resistance to dieback. Here, we assemble and annotate a H. fraxineus draft genome, which approaches chromosome scale. Pathogen genetic diversity across Europe and in Japan, reveals a strong bottleneck in Europe, though a signal of adaptive diversity remains in key host interaction genes. We find that the European population was founded by two divergent haploid individuals. Divergence between these haplotypes represents the ancestral polymorphism within a large source population. Subsequent introduction from this source would greatly increase adaptive potential of the pathogen. Thus, further introgression of H. fraxineus into Europe represents a potential threat and Europe-wide biological security measures are needed to manage this disease.
Published: 2018
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22. Exploratory analyses of the variables structuring the capacity of the plant-parasitic nematode communities to restrict the implantation of the quarantine nematode Meloidogyne chitwoodi

Author: Garcia , Nathan, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de la Santé des Végétaux - Unité de Nématologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agrocampus Ouest, Éric Grenier, Laurent Folcher, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, and Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort )
Subjects: Agrosystèmes, [ SDV.BV ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Plant-Parasitic nematodes, Competition, Compétition, Clefs : écologie des communautés, Prévention du risque, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Agrosystems, Community ecology, Nématodes phytoparasites, Risk assessment
Abstract: Plant-parasitic nematodes (PPN) are microscopic worms that occur in communities in almost every agricultural soils. Commonly found PPN are usually harmless for the plants. However, M. chitwoodi, a PPN highly regulated in EU can induce important yield losses. In order to improve risk assessment of M. chitwoodi implantation, we studied French native PPN communities to identify those that can limit its establishment shortly after an introduction. We firstly described PPN communities in various agrosystems, at a landscape scale and then in nine French regions. Despite the quite homogeneous species richness observed across the fields sampled, we highlighted strong PPN taxa abundance variations. Environmental variables seemed to mainly drive the PPN communities structure at a large geographic scale but cultural practices(tillage and pesticides uses) seemed to explain the communities variation at the local scale. Secondly, we studied the capacity of different PPN communities to limit M. chitwoodi development through competition. It appeared that PPN communities with high global abundance, regardless of the taxa present, are able to decrease M. chitwoodi multiplication. The results of this PhD thesis bring some elements about the structure and functioning of PPN communities in French fields and their ability to reduce the M. chitwoodi establishment in order to predict its implantation risk.; Les nématodes phytoparasites (NPP) sont des vers ronds microscopiques que l’on retrouve en communautés dans les sols agricoles. Les NPP les plus communs n’occasionnent pas de dégâts sur les cultures. Cependant M. chitwoodi, un NPP règlementé à l’échelle européenne, peut engendrer d’importantes baisses de rendement. Pour caractériser le risque de son implantation, nous nous sommes intéressés aux communautés indigènes en France afin d’identifier celles capables de le limiter suite à une introduction. Nous avons, dans un premier temps, décrit les communautés de NPP à l'échelle d'un paysage agricole, puis à l'échelle de neuf régions françaises. Ces investigations ont montré des communautés peu différenciées en termes de richesse spécifique mais variables en termes d’abondance. Si les variables environnementales expliquent le mieux la structure de ces communautés de NPP à une large échelle géographique, certaines pratiques culturales(labour, application de produits phytosanitaires) influencent fortement les communautés à l’échelle locale. Dans un second volet, nous avons étudié le potentiel de différentes communautés à limiter le développement de M. chitwoodi notamment par la compétition. Il semble que les communautés possédant les plus hauts niveaux d’abondance globale, indépendamment des taxa présents, permettent de diminuer la multiplication de M. chitwoodi. Cette thèse apporte donc des éléments de compréhension sur le fonctionnement des communautés de NPP dans les agrosystèmes français et leur potentiel à limiter le l’établissement de M. chitwoodi pour pouvoir prédire le r
Published: 2017

23. Detection of plant pathogens using real-time PCR: How reliable are late Ct values?

Author: Grosdidier, Marie, Aguayo, J., Marcais, Benoit, Ioos, R., Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Unité de Mycologie
Subjects: pcr en temps réel, hymenoscyphus fraxineus, [SDV]Life Sciences [q-bio], fusarium circinatum, DNA, QUANTITATIVE PCR, QUANTIFICATION, sensitivity, Youden index, VALIDATION, CHALARA-FRAXINEA, AMPLIFICATION EFFICIENCIES, INTERNAL CONTROL, receiver-operating characteristic, PHYTOPHTHORA-RAMORUM, piègeage de spores, FUSARIUM-CIRCINATUM, ASSAY, substrat, semence, real-time PCR, probability of detection, pathogen, agent pathogène
Abstract: Effective detection of pathogens from complex substrates is a challenging task. Molecular approaches such as real-time PCR can detect pathogens present even in low quantities.However, weak real-time PCR signals, as represented by high cycle threshold (Ct) values, may be questionable. Therefore, setting a reliable Ct threshold to declare a positive reaction is important for specific detection. In this study, five methods were assessed for their performance in determining a Ct cut-off value. These methods were based on the widely used probability of detection (POD) or receiver-operating characteristic (ROC) approaches. Two important forest pathogens, Hymenoscyphus fraxineus and Fusarium circinatum, were used to set up three experimental frameworks that combined two types of substrates (seed lots and spore traps) and different PCR machines. The ROC-based method emerged as the most complete and flexible method under various experimental conditions.It was demonstrated that the ROC method leads to a cut-off value below which late Ct results can reliably be considered indicative of positive test results. This cut-off value must be determined for each experimental approach used. The method based on the distribution of a previously determined set of Ct values corresponding to false-positives appeared to be better adapted to detecting false-negative results, and thus useful for testing potentially invasive pathogens.
Published: 2017
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24. Spontaneous cover-crop characterization is relevant to define a sustainable soil management strategy in vineyard

Author: Aurelie Metay, Eve Durocher, Léo Garcia, Guillaume Fried, Jean Richarte, Benedicte Ohl, Yvan Bouisson, Clément Enard, Raphaël METRAL, Christian Gary, Elena Kazakou, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), European Project: 618107,EC:FP7:KBBE,FP7-ERANET-2013-RTD,CORE ORGANIC PLUS(2013), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: vigne enherbée, green manure, organic fertilization, [SDV]Life Sciences [q-bio], gestion du sol, engrais vert, flore spontanée, cover crop, viticulture, services écosystémiques, fertilisation organique, [SDE]Environmental Sciences, weeds, adventices, ecosystem services, cultures de couverture
Abstract: Spontaneous cover cropping is a common practice in Mediterranean vineyards because it is often seen as less competitive and easier to manage than sown covercrops. However, the services provided by the spontaneous flora highly depend on the species, these latter being influenced by the soil management practices. This study analyzes the specific and functional composition of the vineyard flora as influenced by three soil management strategies. To do so, weed cover was sampled at 5 dates during two years after the settlement of the experiment in a vineyard in the South of France. The three soil management treatments were: a control treatment (C) corresponding to a spontaneous cover regularly mowed, a spontaneous cover with organic amendment application each year (OF) and a green manure (Vicia faba) sown in autumn and incorporated at budburst (GM). 122 different species corresponding to 27 families, were identified (25 to 41 different species per treatment at a date), with only five species in more than 50% of the quadrats, while a majority of species, 85 out of 122 were present in less than 10%. The functional approach allows characterizing spontaneous vegetation according to species trait values and the ecosystem services they may provide: for example, the species being uncompetitive for vineyards while improving soil fertility are Crepis foetida and Lactuca serriola. On the contrary, species such as Geranium rotundifolium are more competitive and less interesting for soil fertility. This study contributes to a first identification of the soil management practices that can drive the trajectories of the spontaneous flora towards the best composition, hereby contributing to design more sustainable grapevine systems., L’enherbement spontané est une pratique courante dans les vignobles méditerranéens, car il est souvent considérée comme peu compétitif et plus facile à gérer que les enherbements semés. Cependant, les services fournis par la flore spontanée dépendent fortement suivant les espèces. Cette étude analyse la composition spécifique et fonctionnelle de la flore du vignoble sous l'influence de trois stratégies de gestion des sols. Pour ce faire, 5 inventaires floristiques ont été réalisés sur deux ans dans un vignoble du sud de la France. Trois stratégies de gestion des sols ont été comparées: un traitement de contrôle (C) correspondant à un couvert spontané régulièrement tondu, un couvert spontané avec amendement organique annuel (OF) et un engrais vert (Vicia faba) semé en automne et détruit à débourrement (GM). 122 espèces différentes correspondant à 27 familles ont été identifiées (25 à 41 espèces différentes par traitement à une date), avec seulement cinq espèces dans plus de 50% des quadrats, alors qu'une majorité d'espèces, dont 85 parmi 122 étaient présentes à moins de 10%. L'approche fonctionnelle permet de caractériser la végétation spontanée en fonction des valeurs des caractéristiques des espèces et des services écosystémiques qu'elles fournissent: par exemple, certaines espèces recensées sont identifiées comme peu compétitives pour la vigne et utiles pour l’amélioration de la fertilité du sol : Crepis foetida ou Lactuca serriola par exemple. Vicia Faba a une position intéressante, avec la note maximale pour la fertilité des sols et une note nulle pour la compétition avec la vigne. Au contraire, des espèces parmi les plus présentes dans la flore sont plus compétitives et moins intéressantes pour la fertilité des sols comme Geranium Rotundifolium par exemple. Cette étude contribue à une première identification des pratiques de gestion des sols qui peuvent modifier la flore spontanée vers une composition plus intéressante en termes d’espèces, contribuant ainsi à concevoir des systèmes de vigne plus durables.
Published: 2017

25. Un outil moléculaire basé sur le séquençage haut débit pour caractériser les Fusarium sur céréales

Author: Boutigny, Anne-Laure, Gautier, Angelique, Basler, Ryan, Dauthieux, Florian, Leite, Stephen, Valade, Romain, Aguayo, Jaime, Ioos, Renaud, Laval, Valérie, Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay, ARVALIS - Institut du végétal [Paris], ONEMA, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech
Subjects: Blé, Fusarium head blight, Fusarium, Séquençage haut débit, Mycotoxin, Barley, [SDV]Life Sciences [q-bio], Wheat, Mycotoxines, Metabarcoding, Fusariose, High throughput sequencing, Orge
Abstract: Ce numéro comprend les articles issus du colloque de restitution Ecophyto Recherche « Des outils et des dispositifs pour éclairer les décisions, explorer les possibles et accompagner la transition vers des systèmes économes et multi-performants », qui s’est tenu à Saint-Malo, du 22 au 24 mars 2017; Fusarium head blight is a major cereal disease caused by a complex of Fusarium species reducing grainyield and quality. In addition, some Fusarium species produce mycotoxins, toxic secondary metabolites,which accumulates in the grains and are a major health and food safety concern due to their toxicity tohumans and animals. A new tool was developed for the assessment of the global Fusarium diversity infield samples by analysing barcode sequences generated by high throughput sequencing. This approachmay be used to show changes in the composition of the Fusarium complex or detect the emergence ofnew Fusarium species.; La fusariose est une maladie des céréales causée par un complexe d’espèces du genre Fusarium. Elleprovoque une baisse du rendement et de la qualité technologique des grains. Certaines espèces deFusarium produisent des mycotoxines, métabolites secondaires toxiques, qui s’accumulent dans lesgrains et sont transmises le long de la chaîne de transformation agro-alimentaire. Un outil innovant a étédéveloppé permettant de dresser un inventaire exhaustif des espèces de Fusarium présentes dans deséchantillons de céréales par l’analyse de séquences barcodes générées par séquençage haut débit.Cette approche devra permettre de détecter et gérer plus efficacement les émergences d’espèces deFusarium ou toute modification de la diversité du complexe Fusarium.
Published: 2017
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26. Degradation of the Plant Defense Signal Salicylic Acid Protects Ralstonia solanacearum from Toxicity and Enhances Virulence on Tobacco

Author: Jonathan M. Jacobs, Florent Ailloud, Tiffany M. Lowe-Power, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Brianna Fochs, Lindow, Steven E, University of Wisconsin-Madison, Department of Plant Pathology, UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), USDA-AFRI [2015-67011-22799], ANSES (France) [11-237/BSL], U. Wisconsin-Madison College of Agricultural and Life Sciences, HHS \ NIH \ NIH Office of the Director (OD) [T32GM07215], European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, Allen, Caitilyn, Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nicotiana tabacum, Type three secretion system, Acide salicylique, chemistry.chemical_compound, Solanum lycopersicum, Anti-Infective Agents, Plant defense against herbivory, Expression des gènes, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Pathogen, Biotransformation, Recombination, Genetic, 2. Zero hunger, Ralstonia solanacearum, biology, Virulence, Bacterial wilt, Mécanisme de défense cellulaire, food and beverages, QR1-502, Infectious Diseases, Metabolic Engineering, [SDE]Environmental Sciences, Salicylic Acid, Infection, Research Article, F60 - Physiologie et biochimie végétale, Microbiology, 03 medical and health sciences, Genetic, Virology, Tobacco, H20 - Maladies des plantes, Génie génétique, Gene Expression Profiling, biology.organism_classification, Recombination, 030104 developmental biology, Emerging Infectious Diseases, Good Health and Well Being, chemistry, Salicylic acid
Abstract: Plants use the signaling molecule salicylic acid (SA) to trigger defenses against diverse pathogens, including the bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum. SA can also inhibit microbial growth. Most sequenced strains of the heterogeneous R. solanacearum species complex can degrade SA via gentisic acid to pyruvate and fumarate. R. solanacearum strain GMI1000 expresses this SA degradation pathway during tomato pathogenesis. Transcriptional analysis revealed that subinhibitory SA levels induced expression of the SA degradation pathway, toxin efflux pumps, and some general stress responses. Interestingly, SA treatment repressed expression of virulence factors, including the type III secretion system, suggesting that this pathogen may suppress virulence functions when stressed. A GMI1000 mutant lacking SA degradation activity was much more susceptible to SA toxicity but retained the wild-type colonization ability and virulence on tomato. This may be because SA is less important than gentisic acid in tomato defense signaling. However, another host, tobacco, responds strongly to SA. To test the hypothesis that SA degradation contributes to virulence on tobacco, we measured the effect of adding this pathway to the tobacco-pathogenic R. solanacearum strain K60, which lacks SA degradation genes. Ectopic addition of the GMI1000 SA degradation locus, including adjacent genes encoding two porins and a LysR-type transcriptional regulator, significantly increased the virulence of strain K60 on tobacco. Together, these results suggest that R. solanacearum degrades plant SA to protect itself from inhibitory levels of this compound and also to enhance its virulence on plant hosts like tobacco that use SA as a defense signal molecule., IMPORTANCE Plant pathogens such as the bacterial wilt agent Ralstonia solanacearum threaten food and economic security by causing significant losses for small- and large-scale growers of tomato, tobacco, banana, potato, and ornamentals. Like most plants, these crop hosts use salicylic acid (SA) both indirectly as a signal to activate defenses and directly as an antimicrobial chemical. We found that SA inhibits growth of R. solanacearum and induces a general stress response that includes repression of multiple bacterial wilt virulence factors. The ability to degrade SA reduces the pathogen’s sensitivity to SA toxicity and increases its virulence on tobacco.
Published: 2016
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27. Genomic and proteomic evidence supporting the division of the plant pathogen Ralstonia solanacearum into three species

Author: Caitilyn Allen, Beth L. Dalsing, Benoit Remenant, Borja Sánchez, Philippe Prior, Florent Ailloud, Département Santé des Plantes et Environnement (DPT SPE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Universidade de Vigo, INRA, CIRAD, University of Wisconsin-Madison College of Agricultural and Life Sciences, e.b.s federative structure of the Universite de la Reunion through the MALDIV [EBSFIN13-01], European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Prior, Philippe
Subjects: Proteomics, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Identification, Phylogénie, flétrissement bactérien, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ralstonia, 01 natural sciences, Genome, Espèce, Plant pathogen, protéomique, Phylogeny, 2. Zero hunger, Phylotype, Genetics, Ralstonia solanacearum, Genomics, DNA microarray, Research Article, Biotechnology, Flétrissement, Species complex, Pouvoir pathogène, Biology, génomique, 03 medical and health sciences, Variation génétique, Bacterial wilt, Taxonomy, plante pathogène, Phylogenetics, sélection génomique, Plant Diseases, H20 - Maladies des plantes, Métabolisme de l'azote, Génome, Genetic Variation, Taxonomie, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Genome, Bacterial, 010606 plant biology & botany
Abstract: Background The increased availability of genome sequences has advanced the development of genomic distance methods to describe bacterial diversity. Results of these fast-evolving methods are highly correlated with those of the historically standard DNA-DNA hybridization technique. However, these genomic-based methods can be done more rapidly and less expensively and are less prone to technical and human error. They are thus a technically accessible replacement for species delineation. Here, we use several genomic comparison methods, supported by our own proteomic analyses and metabolic characterization as well as previously published DNA-DNA hybridization analyses, to differentiate members of the Ralstonia solanacearum species complex into three species. This pathogen group consists of diverse and widespread strains that cause bacterial wilt disease on many different plants. Results We used three different methods to compare the complete genomes of 29 strains from the R. solanacearum species complex. In parallel we profiled the proteomes of 73 strains using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF-MS). Proteomic profiles together with genomic sequence comparisons consistently and comprehensively described the diversity of the R. solanacearum species complex. In addition, genome-driven functional phenotypic assays excitingly supported an old hypothesis (Hayward et al. (J Appl Bacteriol 69:269–80, 1990)), that closely related members of the R. solanacearum could be identified through a simple assay of anaerobic nitrate metabolism. This assay allowed us to clearly and easily differentiate phylotype II and IV strains from phylotype I and III strains. Further, genomic dissection of the pathway distinguished between proposed subspecies within the current phylotype IV. The assay revealed large scale differences in energy production within the R. solanacearum species complex, indicating coarse evolutionary distance and further supporting a repartitioning of this group into separate species. Conclusions Together, the results of these studies support the proposed division of the R. solanacearum species complex into three species, consistent with recent literature, and demonstrate the utility of proteomic and genomic approaches to delineate bacterial species. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-016-2413-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2016
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28. Genetic Diversity and Origins of the Homoploid-Type Hybrid Phytophthora ×alni

Author: Aguayo, Jaime, Halkett, Fabien, Husson, Claude, Nagy, Zoltán Á., Szigethy, András, Bakonyi, József, Frey, Pascal, Marcais, Benoit, Master, E., Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Plant Protection Institute, Lorraine Region, FEDER, OTKA K61107, European Cooperation in Science and Technology (COST) FP0801 STSM, Agence Nationale de la Recherche (ANR) ANR 07-BDIV-003 ANR-11-BSV7-0007 ANR-11-LABX-0002-01, Marcais, Benoit, Master, E., Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Chercheur indépendant
Subjects: 0301 basic medicine, MICROSATELLITE MARKERS, PLANT-PATHOGENS, MULTIVARIATE-ANALYSIS, POPULATION-GENETICS, ALDER PHYTOPHTHORAS, BLACK ALDER, R-PACKAGE, HYBRIDIZATION, SPECIATION, AGGRESSIVENESS, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population genetics, Alnus, Applied Microbiology and Biotechnology, Plant Microbiology, genetique des populations, Phylogeny, polyploidy, Genetics, education.field_of_study, Ecology, biology, Europe, génération parentale, marqueur microsatellite, Genetic structure, Microsatellite, Phytophthora, Biotechnology, Genotype, Population, Phytophthora alni, DNA, Mitochondrial, 03 medical and health sciences, Polyploid, plante pathogène, polyploïdie, education, Plant Diseases, Genetic diversity, hybrid, Genetic Variation, 15. Life on land, biology.organism_classification, hybride, 030104 developmental biology, Hybridization, Genetic, phytophthora alni, microsatellite repeats, Food Science
Abstract: Assessing the process that gives rise to hybrid pathogens is central to understanding the evolution of emerging plant diseases. Phytophthora ×alni , a pathogen of alder, results from the homoploid hybridization of two related species, Phytophthora uniformis and Phytophthora × multiformis . Describing the genetic characteristics of P . × alni should help us understand how reproductive mechanisms and historical processes shaped the population structure of this emerging hybrid pathogen. The population genetic structure of P . × alni and the relationship with its parental species were investigated using 12 microsatellites and one mitochondrial DNA (mtDNA) marker on a European collection of 379 isolates. Populations of P . × alni were dominated by one multilocus genotype (MLG). The frequency of this dominant MLG increased after the disease emergence together with a decline in diversity, suggesting that it was favored by a genetic mechanism such as drift or selection. Combined microsatellite and mtDNA results confirmed that P . × alni originated from multiple hybridization events that involved different genotypes of the progenitors. Our detailed analyses point to a geographic structure that mirrors that observed for P. uniformis in Europe. The study provides more insights on the contribution of P. uniformis , an invasive species in Europe, to the emergence of Phytophthora -induced alder decline. IMPORTANCE Our study describes an original approach to assess the population genetics of polyploid organisms using microsatellite markers. By studying the parental subgenomes present in the interspecific hybrid P. ×alni , we were able to assess the geographical and temporal structure of European populations of the hybrid, shedding new light on the evolution of an emerging plant pathogen. In turn, the study of the parental subgenomes permitted us to assess some genetic characteristics of the parental species of P. ×alni , P. uniformis , and P . × multiformis , which are seldom sampled in nature. The subgenomes found in P. ×alni represent a picture of the “fossilized” diversity of the parental species.
Published: 2016
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29. An evolutionary ecology perspective to address forest pathology challenges of today and tomorrow

Author: Katherine J. Hayden, Marie-Laure Desprez-Loustau, Cécile Robin, Corinne Vacher, Cyril Dutech, Dominique Piou, Boris Jakushkin, Jaime Aguayo, Claude Husson, Benoit Marçais, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), and Laboratoire de la Santé des Végétaux
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, arbre forestier, pathologie forestière, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sustainable forest management, Forest management, facteur humain, champignon pathogène, Biology, Invasive pathogen, niche écologique, Tree breeding, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Ecological psychology, emergence de maladies, Fungal diversity, Coevolution, emerging disease, invasive pathogen, microbiota, mycoparasite, fungal diversity, coevolution, tree breeding, 2. Zero hunger, écologie évolutive, changement climatique, Resistance (ecology), Health management system, Ecology, business.industry, Microbiota, Emerging disease, Environmental resource management, Forestry, Mycoparasite, 15. Life on land, 030104 developmental biology, 13. Climate action, Identification (biology), Evolutionary ecology, business, 010606 plant biology & botany
Abstract: Key message Increasing human impacts on forests, including unintentional movement of pathogens, climate change, and large-scale intensive plantations, are associated with an unprecedented rate of new diseases. An evolutionary ecology perspective can help address these challenges and provide direction for sustainable forest management. Context Forest pathology has historically relied on an ecological approach to understand and address the practical management of forest diseases. A widening of this perspective to include evolutionary considerations has been increasingly developed in response to the rising rates of genetic change in both pathogen populations and tree populations due to human activities. Aims Here, five topics for which the evolutionary perspective is especially relevant are highlighted. Results The first relates to the evolutionary diversity of fungi and fungal-like organisms, with issues linked to the identification of species and their ecological niches. The second theme deals with the evolutionary processes that allow forest pathogens to adapt to new hosts after introductions or to become more virulent in homogeneous plantations. The third theme presents issues linked to disease resistance in tree breeding programs (e.g., growth-defense trade-offs) and proposes new criteria and methods for more durable resistance. The last two themes are dedicated to the biotic environment of the tree–pathogen system, namely, hyperparasites and tree microbiota, as possible solutions for health management. Conclusion We conclude by highlighting three major conceptual advances brought by evolutionary biology, i.e., that (i) “not everything is everywhere”, (ii) evolution of pathogen populations can occur on short time scales, and (iii) the tree is a multitrophic community. We further translate these into a framework for immediate policy recommendations and future directions for research.
Published: 2016
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30. Acizzia uncatoides (Psyllidae) et Furcaspis biformis (Diaspididae) nouveaux pour l’île de la Réunion (Hemiptera)

Author: David Ouvrard, Romuald Fontaine, Jean-François Germain, Jean-Claude Streito, Clarisse Clain, The Natural History Museum [London] (NHM), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Fédération Départementale des Groupements de Défense contre les Organismes Nuisibles de la Réunion (FDGDON Réunion), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de la Santé des Végétaux, unité entomologie et plantes invasives, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], scale insects, Reunion Island, Greece, host plant, [SDV]Life Sciences [q-bio], Botany, new records, Biology, psyllids, Psyllids
Abstract: Acizzia uncatoides (Psyllidae) and Furcaspis biformis (Diaspididae) new for Reunion island (Hemiptera). Two new Hemiptera are newly recorded from Reunion Island : Acizzia uncatoides (Ferris & Klyver, 1932) (Psyllidae) on Acacia heterophylla (Lam.) Willd. (Fabaceae) and Furcaspis biformis (Cockerell, 1893) (Diaspididae) on Agave sp. (Asparagaceae)., Deux Hémiptères nouveaux pour l’île de la Réunion sont signalés, Acizzia uncatoides (Ferris & Klyver, 1932) (Psyllidae) sur Acacia heterophylla (Lam.) Willd. (Fabaceae) et Furcaspis biformis (Cockerell, 1893) (Diaspididae) sur Agave sp. (Asparagaceae)., Ouvrard David, Streito Jean-Claude, Clain Clarisse, Fontaine Romuald, Germain Jean-François. Acizzia uncatoides (Psyllidae) et Furcaspis biformis (Diaspididae) nouveaux pour l’île de la Réunion (Hemiptera). In: Bulletin de la Société entomologique de France, volume 121 (3),2016. pp. 283-284.
Published: 2016

31. In planta comparative transcriptomics of host-adapted strains of Ralstonia solanacearum

Author: Tiffany M. Lowe, Stéphane Cruveiller, Isabelle Robène, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Florent Ailloud, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Commissariat Energie Atom & Energie Alternat, Lab Anal Bioinformat Genom & Metab, Evry, France, Partenaires INRAE, Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UAR 0865 Paris Réunion, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Paris Réunion (PARIS REUNION), European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, ANSES [11-237/BSL], NIH National Research Service Award [T32 GM07215], Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grant from the USDA National Institute of Food and Agriculture [2015-67011-22799], Prior, Philippe, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and CNRS, CNRS, UMR 8030, Genom Metab, Evry, France
Subjects: 0301 basic medicine, Identification, Phylogénie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Denitrification pathway, lcsh:Medicine, Medical and Health Sciences, Expression des gènes, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Pathotype, 2. Zero hunger, Ralstonia solanacearum, Virulence, Strain (chemistry), General Neuroscience, food and beverages, General Medicine, Genomics, Biological Sciences, Transcriptomics, Host adaptation, General Agricultural and Biological Sciences, Infection, Plante hôte, Pouvoir pathogène, 030106 microbiology, Biology, Séquence d'ARN, Microbiology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Métabolisme, Genetics, Adaptation, Gene, H20 - Maladies des plantes, Génie génétique, Comparative genomics, Transcription génique, Host (biology), transcriptomique, lcsh:R, Musa, biology.organism_classification, Gène, U30 - Méthodes de recherche
Abstract: Background.Ralstonia solanacearumis an economically important plant pathogen with an unusually large host range. The Moko (banana) and NPB (not pathogenic to banana) strain groups are closely related but are adapted to distinct hosts. Previous comparative genomics studies uncovered very few differences that could account for the host range difference between these pathotypes. To better understand the basis of this host specificity, we used RNAseq to profile the transcriptomes of anR. solanacearumMoko strain and an NPB strain underin vitroandin plantaconditions.Results.RNAs were sequenced from bacteria grown in rich and minimal media, and from bacteria extracted from mid-stage infected tomato, banana and melon plants. We computed differential expression between each pair of conditions to identify constitutive and host-specific gene expression differences between Moko and NPB. We found that type III secreted effectors were globally up-regulated upon plant cell contact in the NPB strain compared with the Moko strain. Genes encoding siderophore biosynthesis and nitrogen assimilation genes were highly up-regulated in the NPB strain during melon pathogenesis, while denitrification genes were up-regulated in the Moko strain during banana pathogenesis. The relatively lower expression of oxidases and the denitrification pathway during banana pathogenesis suggests thatR. solanacearumexperiences higher oxygen levels in banana pseudostems than in tomato or melon xylem.Conclusions.This study provides the first report of differential gene expression associated with host range variation. Despite minimal genomic divergence, the pathogenesis of Moko and NPB strains is characterized by striking differences in expression of virulence- and metabolism-related genes.
Published: 2016
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32. Do higher summer temperatures restrict the dissemination of Hymenoscyphus fraxineus in France?

Author: Renaud Ioos, M. Grosdidier, Benoit Marçais, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), French Forest Health Department, French Ministry of Agriculture and Forestry, French Agency for Food, Environmental and Occupational Health Safety (ANSES), BiodivERsA EU project RESIPATH, French National Research Agency (ANR) ANR-11-LABX-0002-01, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and Unité de Mycologie
Subjects: 0106 biological sciences, période estivale, EXCELSIOR, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biology, europe du sud, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, southern Europe, Botany, medicine, PLANTS, REAL-TIME PCR, global change, changement climatique, CLIMATE-CHANGE, Ecology, ANGUSTIFOLIA CLONES, hymenoscyphus fraxineus, Hymenoscyphus fraxineus, Forestry, 15. Life on land, medicine.drug_formulation_ingredient, ASH DIEBACK, 13. Climate action, CHALARA-FRAXINEA, France, 010606 plant biology & botany
Abstract: Hymenoscyphus fraxineus is an invasive pathogen that severely affects European ashes, jeopardizing the use of this species in forestry.However, even aggressive invasive pathogens require environmental conditions conducive to disease development. Hence, H.fraxineus survival at temperatures above 35 degrees C is limited, which could reduce its impact in southern Europe. This study examined the effect of environmental conditions, mainly summer temperatures, on ash dieback development in southeast France between 2015 and 2016. Fourteen sites were selected according to altitudinal and longitudinal gradients covering a wide range of mean summer temperatures. Disease severity, density of infected and healthy rachises in the litter and quantity of apothecia produced on infected rachises were measured.Results point to limited disease severity in this area because of the occurrence of high summer temperatures that are unfavourable to the pathogen. In a context of global warming, increases in temperatures could have a positive impact on ashes by limiting ash dieback development.
Published: 2018
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33. A new species of Dysmicoccus damaging lavender in French Provence (Hemiptera, Sternorrhyncha, Pseudococcidae)

Author: Germain, F., Matile-Ferrero, D., Kaydan, M. B., Malausa, T., Williams, D. J., Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Cukurova University, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Life Sciences, Natural History Museum [Oslo], University of Oslo (UiO)-University of Oslo (UiO), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Natural History Museum [London] (NHM), and Çukurova Üniversitesi
Subjects: mealybugs, Dysmicoccus lavandulae, Lavandula species, lavandin fields, south-eastern France, Insecta, Arthropoda, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biodiversity, Hemiptera, Lavandula, [SDE]Environmental Sciences, Animalia, pseudococcidae, Animals, Female, France, sud de la france, Taxonomy
Abstract: The species lives on Lavandula x intermedia, the cultivated form of lavender grown in the French region of Provence. In addition the mealybug species recorded in France on indigenous lavender are listed. The status of two related genera, Trionymus Berg and Dysmicoccus Ferris, is discussed., L’espèce vit sur Lavandula x intermedia cultivée pour la production d’essence de lavande en Provence. La liste des espèces de pseudococcines vivant sur les lavandes spontanées en France est dressée. Le statut des 2 genres voisins Trionymus Berg et Dysmicoccus Ferris est discuté.
Published: 2015
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34. Comparative genomic analysis of Ralstonia solanacearum reveals candidate genes for host specificity

Author: Tiffany M. Lowe, David Roche, Gilles Cellier, Caitilyn Allen, Philippe Prior, Florent Ailloud, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Department of Plant Pathology, University of Wisconsin-Madison, Institut de Génomique, Département Santé des Plantes et Environnement (DPT SPE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), European Union (ERDF), Conseil Regional de La Reunion, French Agence Nationale de la Recherche, CIRAD, ANSES [11-237/BSL], Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Phylogénie, [SDV]Life Sciences [q-bio], Medical and Health Sciences, Hôte, Solanum lycopersicum, Cucumis melo, 2.2 Factors relating to the physical environment, Aetiology, Phylogeny, 2. Zero hunger, Genetics, 0303 health sciences, Ralstonia solanacearum, Virulence, biology, Ecotype, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Bacterial, food and beverages, Genomics, Plants, Biological Sciences, Musa paradisiaca, Plante ornementale, Host adaptation, Infection, Research Article, Biotechnology, Flétrissement, Species complex, Virulence Factors, Bioinformatics, Relation hôte pathogène, Host Specificity, génomique, 03 medical and health sciences, Bioinformatique, Genetic, Phylogenetics, Information and Computing Sciences, Polymorphism, Adaptation, Plant Diseases, H20 - Maladies des plantes, Écotype, 030304 developmental biology, Génie génétique, Comparative genomics, Polymorphism, Genetic, Génome, génomique comparative, 030306 microbiology, Human Genome, Musa, biology.organism_classification, Pourriture des racines, Genes, Genes, Bacterial, pseudomonas solanacearum
Abstract: Background Ralstonia solanacearum is a vascular soil-borne plant pathogen with an unusually broad host range. This economically destructive and globally distributed bacterium has thousands of distinct lineages within a heterogeneous and taxonomically disputed species complex. Some lineages include highly host-adapted strains (ecotypes), such as the banana Moko disease-causing strains, the cold-tolerant potato brown rot strains (also known as R3bv2) and the recently emerged Not Pathogenic to Banana (NPB) strains. Results These distinct ecotypes offer a robust model to study host adaptation and the emergence of ecotypes because the polyphyletic Moko strains include lineages that are phylogenetically close to the monophyletic brown rot and NPB strains. Draft genomes of eight new strains belonging to these three model ecotypes were produced to complement the eleven publicly available R. solanacearum genomes. Using a suite of bioinformatics methods, we searched for genetic and evolutionary features that distinguish ecotypes and propose specific hypotheses concerning mechanisms of host adaptation in the R. solanacearum species complex. Genome-wide, few differences were identified, but gene loss events, non-synonymous polymorphisms, and horizontal gene transfer were identified among type III effectors and were associated with host range differences. Conclusions This extensive comparative genomics analysis uncovered relatively few divergent features among closely related strains with contrasting biological characteristics; however, several virulence factors were associated with the emergence of Moko, NPB and brown rot and could explain host adaptation. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-015-1474-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015
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35. Evidence for homoploid speciation in Phytophthora alni supports taxonomic reclassification in this species complex

Author: Renaud Ioos, Benoit Marçais, Pascal Frey, Cécile Revellin, Claude Husson, Jaime Aguayo, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy)
Subjects: Phytophthora, Species complex, Nuclear gene, [SDV]Life Sciences [q-bio], interspecific hybridization, Subspecies, Phytophthora alni, Alnus, Microbiology, Genome, Polyploidy, Botany, Genetics, Genome size, Gene, Alleles, biology, Chimera, flow cytometry, homoploid speciation, ploidy, Real-time PCR, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Ploidy
Abstract: EAMERSCT3; Alder decline has been a problem along European watercourses since the early 1990's. Hybridization was identified as the main cause of this emerging disease. Indeed, the causal agent, a soil-borne pathogen named [i]Phytophthora alni[/i] subsp. [i]alni[/i][i] (Paa)[/i] is the result of interspecific hybridization between two taxa, Phytophthora alni subsp. multiformis [i](Pam)[/i] and [i]Phytophthora alni[/i] subsp.[i] uniformis[/i] [i](Pau)[/i], initially identified as subspecies of[i] Paa[/i]. The aim of this work was to characterize the ploidy level within the [i]P. alni[/i] complex that is presently poorly understood. For that, we used two complementary approaches for a set of 31 isolates of [i]Paa, Pam[/i] and[i] Pau[/i]: i) quantification of allele copy number of three single-copy nuclear genes using allele-specific real-time PCR and ii) comparison of the genome size estimated by flow cytometry. Relative quantification of alleles of the three single-copy genes showed that the copy number of a given allele in [i]Paa[/i] was systematically half that of its parents [i]Pau[/i] or [i]Pam[/i]. Moreover, DNA content estimated by flow cytometry in [i]Paa[/i] was equal to half the sum of those in [i]Pam[/i] and [i]Pau[/i]. Our results therefore suggest that the hybrid [i]Paa[/i] is an allotriploid species, containing half of the genome of each of its parents [i]Pam[/i] and [i]Pau[/i], which in turn are considered to be allotetraploid and diploid, respectively. [i]Paa[/i] thus results from a homoploid speciation process. Based on published data and on results from this study, a new formal taxonomic name is proposed for the three taxa [i]Paa[/i], [i]Pam[/i] and [i]Pau[/i] which are raised to species status and renamed [i]P. ×alni, P. ×multiformis[/i] and[i] P. uniformis[/i], respectively.
Published: 2015
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36. A synthesis of biological invasion hypotheses associated with the introduction–naturalisation–invasion continuum

Author: Ella Z. Daly, Olivier Chabrerie, Francois Massol, Benoit Facon, Manon C.M. Hess, Aurélie Tasiemski, Frédéric Grandjean, Matthieu Chauvat, Frédérique Viard, Estelle Forey, Laurent Folcher, Elise Buisson, Thomas Boivin, Sylvie Baltora‐Rosset, Romain Ulmer, Patricia Gibert, Gabrielle Thiébaut, Jelena H. Pantel, Tina Heger, David M. Richardson, David Renault, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés - UMR CNRS 7058 (EDYSAN), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Tour du Valat, Research Institute for the conservation of Mediterranean Wetlands, CHU Lille, Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude et Compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universität Duisburg-Essen = University of Duisburg-Essen [Essen], Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB), Technische Universität München = Technical University of Munich (TUM), Stellenbosch University, Institute of Botany of the Czech Academy of Sciences (IB / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), The authors were supported by InEE-CNRS via a funded network dedicated to Biological Invasions (Groupement de Recherche Invasions Biologiques, InvaBio, 2014–2022, CNRS 3647). The research was funded by the ASICS project (ANR-20-EBI5-0004, BiodivERsA, BiodivClim call 2019–2020), and the French Polar Institute Paul-Emile Victor (Project 136 ‘SubAntEco', French Polar Institute). DMR acknowledges support from Mobility 2020 project no. CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_053/0017850 (Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic) and long-term research development project RVO 67985939 (Czech Academy of Sciences). TH received funding from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, German Research Foundation, project number HE 5893/8-1., ANR-20-EBI5-0004,ASICS,ASsessing and mitigating the effects of climate change and biological Invasions on the spatial redistribution of biodiversity in Cold environmentS(2020), RIOU, Christine, ASsessing and mitigating the effects of climate change and biological Invasions on the spatial redistribution of biodiversity in Cold environmentS - - ASICS2020 - ANR-20-EBI5-0004 - BiodivERsA - VALID, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), and University of Duisburg-Essen
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, niche, invasion ecology, invasiveness, alien populations, [SDE]Environmental Sciences, hypothesis, dispersal, geographic expansion, Biologie, phenotypic plasticity, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, invasibility
Abstract: International audience; With the advent of the Anthropocene, biological invasions have reached an unprecedented level, and the number of species introductions is still increasing in an ever-changing world. Despite major advances in invasion science, significant debate and lack of clarity remain surrounding the determinants of success of introduced species, the magnitude and dimensions of their impact, and the mechanisms sustaining successful invasions. Empirical studies show divergent impacts of alien populations on ecosystems and contrasting effects of biotic and abiotic factors on the dynamics of alien populations, which hinders the creation of a unified theory of biological invasions. Compounding these issues is the plethora of hypotheses that aim to explain invasion success, which can be unclear and contradictory. We propose a synthesis that categorizes hypotheses along a timeline of invasion. We sorted invasion hypotheses along the invasion timeline, and considered population, community and ecosystem levels. This temporal sorting of invasion concepts shows that each is relevant at a specific stage of the invasion. Although concepts and empirical findings on alien species may appear contradictory, when mapped onto an invasion timeline, they may be combined in a complementary way. An overall scheme is proposed to summarise the theoretical dynamics of ecosystems subjected to invasions. For any given case study, this framework provides a guide through the maze of theories and should help choose the appropriate concepts according to the stage of invasion.
Published: 2023
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37. Suspicions of two bridgehead invasions of Xylella fastidiosa subsp. multiplex in France

Author: Enora Dupas, Karine Durand, Adrien Rieux, Martial Briand, Olivier Pruvost, Amandine Cunty, Nicolas Denancé, Cécile Donnadieu, Bruno Legendre, Céline Lopez-Roques, Sophie Cesbron, Virginie Ravigné, Marie-Agnès Jacques, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), the GET-PACBIO program (« Programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020 ») European Union (European Regional Development Fund, ERDF contract GURDT 2016-1731-0006632), Conseil Régional de La Réunion and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). Agence Nationale pour la Recherche., and ANR-17-CE35-0009,MUSEOBACT,'Une nuit au musée': mieux reconstuire les emergences de bactéries pathogènes des cultures grâce à des échantillons historiques(2017)
Subjects: MESH: France, MESH: Xylella, Medicine (miscellaneous), MESH: Italy, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, MESH: Europe, General Agricultural and Biological Sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: Of American origin, a wide diversity of Xylella fastidiosa strains belonging to different subspecies have been reported in Europe since 2013 and its discovery in Italian olive groves. Strains from the subspecies multiplex (ST6 and ST7) were first identified in France in 2015 in urban and natural areas. To trace back the most probable scenario of introduction in France, the molecular evolution rate of this subspecies was estimated at 3.2165 × 10-7 substitutions per site per year, based on heterochronous genome sequences collected worldwide. This rate allowed the dating of the divergence between French and American strains in 1987 for ST6 and in 1971 for ST7. The development of a new VNTR-13 scheme allowed tracing the spread of the bacterium in France, hypothesizing an American origin. Our results suggest that both sequence types were initially introduced and spread in Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA); then they were introduced in Corsica in two waves from the PACA bridgehead populations.
Published: 2023
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38. Can quarantine plant-parasitic nematodes within wastes be managed by useful tools in a circular economy approach?

Author: Hoël Hotte, Marie-Sophie Neveux, Fabrice Ollivier, Nicolas Mariette, Laurent Folcher, Anne-Claire Le Roux, Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and This work was supported by the CASDAR program of the French Ministry of Agriculture ‘NEMATOOLS’, coordinated by FN3PT (A-C. Le Roux) in partnership with ANSES and INRAE.
Subjects: Waste stabilization ponds, Environmental Engineering, Nematoda, Swine, MESH: Waste Management, MESH: Recycling, Incineration, Management, Monitoring, Policy and Law, MESH: Nematoda, Heat treatment, Waste Management, MESH: Incineration, Animals, Humans, Chlorination, Globodera, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Recycling, MESH: Animals, MESH: Chlorine, Waste Management and Disposal, MESH: Swine, MESH: Humans, Composting, Methanation, General Medicine, MESH: Refuse Disposal, Refuse Disposal, MESH: Cattle, Quarantine, Cattle, Chlorine, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, MESH: Quarantine
Abstract: International audience; Seen as an integral part of sustainable development, circular economy represents a model of production and consumption notably based on the limitation of both resource wastage and environmental impact. Laboratories and commercial companies working on plant pathogens, in particular quarantine species, must effectively disinfect their waste to avoid disseminating these organisms. The methods used for waste disinfection can however incur high energy costs or pose environmental and human health hazards. Here, we tested the effectiveness of five disinfection methods - chlorination, heat treatment, composting, mesophilic methanation and waste stabilization ponds - on plant-parasitic nematodes belonging to the genera Globodera and Meloidogyne. For the widely used chlorination and heat treatment methods, we showed that they can be very effective in inactivating nematodes at relatively low chlorine doses and temperatures (60 °C-3 min and 50 °C-30 min), respectively. For the three other disinfection methods tested, initially designed for waste recycling, we obtained different levels of efficiency. Composting and mesophilic methanation (based on cattle or pig slurry) both led to the complete elimination of nematodes, even for short treatment durations. However, waste stabilization ponds showed contrasting results, ranging from virtually no effect to high levels of inactivation of nematodes. Our study demonstrates that it is possible to use more environmentally friendly disinfection methods to control plant-parasitic nematodes. In particular, this finding paves the way towards the treatment of infected plant materials using composting or methanation, providing that disinfection is still reached under other (real-life) treatment conditions, especially with other kinds of waste. Both composting and methanation recycle and thus valorize infected waste; they are viable alternatives to landfilling or incineration, thereby demonstrating the usefulness of a circular economy approach.
Published: 2022
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39. Présence d'[i]Ambrosia trifida[/i] en France métropolitaine : état des lieux des connaissances et du risque d'invasion

Author: Martinez, Quentin, Rodriguez, Alain, Fried, Guillaume, Chauvel, Bruno, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Station inter-instituts, Acta, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité entomologie et plantes invasives, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). USC Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (1369)., and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, espèce exotique envahissante, espèce émergente, allergie pollinique, collection d'herbiers, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: Communication orale, résumé, slides EA ECOLDUR; L'ambroisie trifide (Ambrosia trifida, L.) est une Astéracée annuelle d'origine nord-américaine introduite en France au début du XXe siècle. Décrite au départ comme une plante des milieux rudéraux, Ambrosia trifida a récemment été signalée dans des parcelles cultivées en région Midi-Pyrénées. Cette espèce étant une mauvaise herbe majeure très envahissante dans sa zone native, un état des lieux s'est révélé nécessaire et la question se pose du devenir de cette espèce en France. Peut-on parier sur une capacité réduite de la plante à s'adapter aux habitats en France avec un faible risque de naturalisation ? Ou doit-on envisager un programme d'éradication de cette espèce avant qu'elle ne colonise d'autres milieux où sa gestion serait plus complexe ? Une enquête auprès du monde agricole a été menée dans la région Midi-Pyrénées (départements de la Haute-Garonne et de l'Ariège) en 2013. En complément, une approche historique de la présence de l'espèce (bibliographie et données issues de collections d'herbiers) a été conduite sur le territoire métropolitain. Les données acquises indiquent que la gestion de l'ambroisie trifide est encore aujourd'hui un objectif réaliste à moyen terme avant qu'elle ne soit naturalisée. Cependant, les vecteurs de son introduction demandent à être précisés et sa capacité d'établissement semble élevée dans certains contextes.
Published: 2014

40. Un nouveau parasite dans les forêts de cèdre de l’Atlas : La cochenille des aiguilles Dynaspidiotus regnieri

Author: Germain, Jean-François, Boutte, Bernard, Boivin, Thomas, Chalon, Alain, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Département de la Santé des Forêts, Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (DGAL-SDQPV), Ecologie des Forêts Méditerranéennes [Avignon] (URFM 629), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), and Laboratoire de la santé des végétaux (LSV)
Subjects: Biodiversity and Ecology, cedrus, hautes alpes, Biodiversité et Ecologie, cèdre de l'atlas, dynaspidiotus regnieri, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, provence alpes côte d'azur
Abstract: En 2012, une cochenille blanche de 2,5 mm de longueur a été détectée sur les aiguilles de cèdres de l’Atlas dans un peuplement forestier sur la commune d’Antonaves (Hautes-Alpes). Cette cochenille est Dynaspidiotus regnieri, espèce jusqu’alors méconnue en France. Originaire du Maghreb (Maroc, Algérie), elle a été détectée en 1983 en Espagne (Ségovie) où elle avait entraîné la mortalité de quelques jeunes sujets. En région Provence-Alpes-Côte d’Azur, elle a depuis été observée dans les massifs du Ventoux, du Luberon, des Monts de Vaucluse et également dans les Hautes-Alpes, les Alpes-de-Haute-Provence, les Bouches-du-Rhône (Aix-en-Provence) et dans le Var. Après avoir rappelé les principaux parasites des cèdres et les cochenilles présentes sur le genre Cedrus, cet article fait le point sur les données connues et observées à ce jour : origine, description, biologie, dégâts, localisation... La détection de ce nouveau parasite, pour lequel les données biologiques sont succinctes et dont on ne connaît pas l’impact phytosanitaire en France, nécessite donc la surveillance accrue des peuplements de cèdres de l’Atlas., In 2012, a white cochineal 2.5 cm long was detected on the needles of Atlas cedar in a forest stand in the village of Antonaves (Hautes-Alpes, Eastern France). The species was Dynaspidiotus regnieri, little known up to then in France. Originally from North Africa (Morocco, Algeria), it was recorded in 1983 in Spain (Segovia) where it caused the death of several saplings. In the Provence-Alpes-Côte d’Azur region (S.-E. France), it has since been recorded in the mountain areas of the Ventoux, the Luberon and the Vaucluse as well as in the Hautes-Alpes, Alpes-de-Haute- Provence, the Bouches-du-Rhône (Aix-en-Provence) and in the Var. This article first gives a rundown of the main parasites affecting the cedar and the cochineals occurring on the Cedrus genus then provides an update on the data observed and known at present: origin, description, biology, damage caused, localisation... Thus the detection of this new parasite, for which biological data is fairly limited and whose impact on plant health in France remains unknown, highlights the need for increased monitoring in Atlas cedar stands.
Published: 2014

41. Analyse de risque phytosanitaire [i]Plasmopara halstedii[/i] agent responsable de la maladie du mildiou du tournesol

Author: Frederic Suffert, François Delmotte, Marc Delos, Valérie Grimault, Denis Tourvieille de Labrouhe, Patrick Vincourt, Veronique Wilson, Philippe Reignault, Sylvie Augustin, Nathalie Breda, Philippe Castagnone, Bruno Chauvel, Nicolas Desneux, Abraham ESCOBAR GUTIERREZ, Laurent Gentzbittel, Herve Jactel, Jean-Claude Laberche, Thomas Le Bourgeois, Guy Lemperiere, Didier Mugniery, Pierre Silvie, Stéphan Steyer, François Verheggen, Thierry Wetzel, BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Santé Végétale ( SV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ), Direction Générale de l'Alimentation, Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt ( DGAL-SDQPV ), 0971 Gip Geves SNES Angers, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Accueil GEVES ( Accueil GEVES ) -Groupe d'étude et de controle des variétés et des semences ( GEVES ) -Gip Geves SNES Angers ( Gip Geves SNES Angers ), UE 1375 Phénotypage Au Champ des Céréales, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Biologie et Amélioration des Plantes ( BAP ) -Phénotypage Au Champ des Céréales ( PHACC ), Interactions plantes-microorganismes et santé végétale, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale ( ULCO ), Unité de recherche Zoologie Forestière ( UZF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement ( EcoLab (ENSAT-Bat A) ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-PRES Université de Toulouse-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biodiversité, Gènes & Communautés ( BioGeCo ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l'Océan Indien, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Indépendant, UR Systèmes de cultures annuels, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Département Sciences du Vivant, Unité Biologie des nuisibles et biovigilance, Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), Faculté de Gembloux Agro-Bio Tech, Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, Laboratoire de Virologie Végétale, RLP-Agroscience GmbH/Alplanta-Institute for Plant Research, ARP Mildiou du tournesol, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Absent, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé Végétale (SV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (DGAL-SDQPV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Accueil GEVES (Accueil GEVES)-Groupe d'étude et de controle des variétés et des semences (GEVES)-Gip Geves SNES Angers (Gip Geves SNES Angers), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Biologie et Amélioration des Plantes (BAP)-Phénotypage Au Champ des Céréales (PHACC), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Chercheur indépendant, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Contrat : 2012-SA-0159, Superviseur : Xavier Tassus, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2014-01-08, ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Systèmes de Cultures Annuelles (UPR 102 SCA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], plasmopara halstedii, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], helianthus annuus, analyse de risque phytosanitaire, directive 2000/29/CE, mildiou du tournesol, tournesol
Abstract: absent
Published: 2014

42. Molecular and morphological identification of mealybug species (Hemiptera: Pseudococcidae) in Brazilian vineyards

Author: Aurélie Blin, Guylène Rignol, Aline Bertin, Thibaut Malausa, J. F. Germain, Vitor Cezar Pacheco da Silva, Marcos Botton, Daniel Bernardi, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento [Brasil] (MAPA), Governo do Brasil-Governo do Brasil, Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité entomologie et plantes invasives (LSV Montpellier), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), European Union [265865, 269196, 324475], French grants Agropolis Fondation (RTRA - Montpellier, BIOFIS) [1001001], Bibliotheque du Vivant, European Project: 265865,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2010-4,PURE(2011), Universidade de São Paulo (USP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Malausa, Thibaut
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, 01 natural sciences, Polymerase Chain Reaction, caractérisation moléculaire, caractérisation morphologique, Vitis, lcsh:Science, Multidisciplinary, brésil, biology, Agriculture, Genomics, Genomic Databases, Classification, Hemiptera, [SDE]Environmental Sciences, Pseudococcus maritimus, détection pcr, Dysmicoccus brevipes, Sequence Analysis, Brazil, Research Article, vignoble, 010603 evolutionary biology, Pseudococcus viburni, Electron Transport Complex IV, physiologie végétale, Pseudococcus, Species Specificity, Botany, Planococcus citri, Genetics, Animals, Mealybug, Molecular Biology Techniques, Sequencing Techniques, Molecular Biology, Plant Diseases, Evolutionary Biology, Sequence Assembly Tools, business.industry, lcsh:R, Pest control, Biology and Life Sciences, Computational Biology, 15. Life on land, biology.organism_classification, Genome Analysis, 010602 entomology, Haplotypes, pseudococcidae, identification, lcsh:Q, Pest Control, business, vigne, Zoology, Entomology, Sequence Alignment, Population Genetics
Abstract: International audience; Mealybugs (Hemiptera: Pseudococcidae) are pests constraining the international trade of Brazilian table grapes. They damage grapes by transmitting viruses and toxins, causing defoliation, chlorosis, and vigor losses and favoring the development of sooty mold. Difficulties in mealybug identification remain an obstacle to the adequate management of these pests. In this study, our primary aim was to identify the principal mealybug species infesting the major table grape-producing regions in Brazil, by morphological and molecular characterization. Our secondary aim was to develop a rapid identification kit based on species-specific Polymerase Chain Reactions, to facilitate the routine identification of the most common pest species. We surveyed 40 sites infested with mealybugs and identified 17 species: Dysmicoccus brevipes (Cockerell), Dysmicoccus sylvarum Williams and Granara de Willink, Dysmicoccus texensis (Tinsley), Ferrisia cristinae Kaydan and Gullan, Ferrisia meridionalis Williams, Ferrisia terani Williams and Granara de Willink, Phenacoccus baccharidis Williams, Phenacoccus parvus Morrison, Phenacoccus solenopsis Tinsley, Planococcus citri (Risso), Pseudococcus viburni (Signoret), Pseudococcus cryptus Hempel, four taxa closely related each of to Pseudococcus viburni, Pseudococcus sociabilis Hambleton, Pseudococcus maritimus (Ehrhorn) and Pseudococcus meridionalis Prado, and one specimen from the genus Pseudococcus Westwood. The PCR method developed effectively identified five mealybug species of economic interest on grape in Brazil: D. brevipes, Pl. citri, Ps. viburni, Ph. solenopsis and Planococcus ficus (Signoret). Nevertheless, it is not possible to assure that this procedure is reliable for taxa that have not been sampled already and might be very closely related to the target species.
Published: 2014
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43. Nematodes associated with damage in oilseed rape: new data on the biology and geographical distribution of Meloidogyne artiellia

Author: A. Buisson, Andre Chabert, Sylvain Fournet, Laurent Ruck, Laboratoire de la Santé des Végétaux - Unité de Nématologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Claude Bourgelat (ICLB), Centre Technique Interprofessionnel des Oléagineux, des Protéagineux et du Chanvre (CETIOM), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), 'Compte d'affectation special pour le developpement agricole et rural, CasDar' of the French Ministry of Agriculture and Fisheries, Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Terres Inovia, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, Mediterranean climate, [SDV]Life Sciences [q-bio], Distribution (economics), Biology, 01 natural sciences, Brassica napus var. napus, 030308 mycology & parasitology, Heterodera schachtii, 03 medical and health sciences, Botany, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0303 health sciences, Nematology, business.industry, Sowing, Heterodera cruciferae, biology.organism_classification, Pratylenchus neglectus, Meloidogyne artiellia, Agronomy, business, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: For several years, patches of plants presenting deficiencies in growth have been observed in fields cultivated with oilseed rape. Over 3 years, 57 pairs of damaged and undamaged plants were sampled from cultivated fields on the Atlantic coast of France and around the Paris basin. Results show that two main species of plant-parasitic nematodes can be associated with the patches,Heterodera cruciferaeandMeloidogyne artiellia, and that both species probably do not occur in the same fields and regions. This means thatM. artiellia, which is considered as a Mediterranean species causing damage essentially on wheat, is also well adapted to colder climate conditions and can extensively damage oilseed rape. Monitoring the different development stages ofM. artielliain a field cultivated with oilseed rape provided more information about the life cycle and showed that only one generation can develop between the sowing in autumn and April.
Published: 2014
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44. The rising threat of climate change for arthropods from Earth’s cold regions: Taxonomic rather than native status drives species sensitivity

Author: David Renault, Camille Leclerc, Marc‐Antoine Colleu, Aude Boutet, Hoel Hotte, Hervé Colinet, Steven L. Chown, Peter Convey, Université de Rennes (UR), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes - Faculté des sciences pharmaceutiques et biologiques (UR Pharmacie), Monash University [Melbourne], British Antarctic Survey (BAS), Natural Environment Research Council (NERC), University of Johannesburg [South Africa] (UJ), Institut Polaire Français Paul Emile Victor. Grant Number: Projet IPEV 136 Subanteco, InEE-CNRS. Project ‘Long-term research on biodiversity in Antarctic and sub-Antarctic ecosystems’, Peter Convey is supported by NERC core funding to the BAS ‘Biodiversity, Evolution and Adaptation’ Team, Steven Chown is supported by ARC SRIEAS Grant SR200100005, and ANR-20-EBI5-0004,ASICS,ASsessing and mitigating the effects of climate change and biological Invasions on the spatial redistribution of biodiversity in Cold environmentS(2020)
Subjects: sub-Antarctic islands, warming, Climate Change, arachnid, MESH: Biodiversity, MESH: Invertebrates, thermal fluctuations, MESH: Arthropods, Environmental Chemistry, Animals, MESH: Ecosystem, Arthropods, Ecosystem, General Environmental Science, Global and Planetary Change, Ecology, Diptera, MESH: Climate Change, temperature, Biodiversity, Invertebrates, Coleoptera, heat exposure, Araneae, insect, ZABR, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: The R scripts and data are available at: https://doi.org/10.5281/zenodo.6809341; International audience; Polar and alpine regions are changing rapidly with global climate change. Yet, the impacts on biodiversity, especially on the invertebrate ectotherms which are dominant in these areas, remain poorly understood. Short-term extreme temperature events, which are growing in frequency, are expected to have profound impacts on high-latitude ectotherms, with native species being less resilient than their alien counterparts. Here, we examined in the laboratory the effects of short periodic exposures to thermal extremes on survival responses of seven native and two non-native invertebrates from the sub-Antarctic Islands. We found that survival of dipterans was significantly reduced under warming exposures, on average having median lethal times (LT50) of about 30 days in control conditions, which declined to about 20 days when exposed to daily short-term maxima of 24°C. Conversely, coleopterans were either not, or were less, affected by the climatic scenarios applied, with predicted LT50 as high as 65 days under the warmest condition (daily exposures at 28°C for 2 h). The native spider Myro kerguelensis was characterized by an intermediate sensitivity when subjected to short-term daily heat maxima. Our results unexpectedly revealed a taxonomic influence, with physiological sensitivity to heat differing between higher level taxa, but not between native and non-native species representing the same higher taxon. The survival of a non-native carabid beetle under the experimentally imposed conditions was very high, but similar to that of native beetles, while native and non-native flies also exhibited very similar sensitivity to warming. As dipterans are a major element of diversity of sub-Antarctic, Arctic and other cold ecosystems, such observations suggest that the increased occurrence of extreme, short-term, thermal events could lead to large-scale restructuring of key terrestrial ecosystem components both in ecosystems protected from and those exposed to the additional impacts of biological invasions.
Published: 2022
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45. High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis

Author: Charles Manceau, Céline Rousseau, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Jacky Guillaumes, Romain Berruyer, Frédéric Fabre, Tristan Boureau, David Rousseau, Edouard Bove, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Laboratoire d'Ingéniérie des Systèmes Automatisés (LISA), Université d'Angers (UA), Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de la santé des végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), This work was supported by Angers Loire Métropole, Conseil Général Département de Maine-et-Loire and Région Pays de la Loire (Phenotic) and by Institut National de la Recherche Agronomique and Région Pays de la Loire., Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Pathologie Végétale (PV), Boureau, Tristan, BMC, Ed., Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, détection de la maladie, fluorescence chlorophyllienne, Plant Science, Bioinformatics, 01 natural sciences, pixel, résistance des plantes aux agents pathogènes, Contrast (vision), Segmentation, logiciel r, Throughput (business), Chlorophyll fluorescence, media_common, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 0303 health sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], résistance quantitative, mise au point de technique, Thresholding, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Agricultural sciences, automatisation, Biotechnology, notation des maladies, media_common.quotation_subject, Biology, analyse d'image, Image (mathematics), 03 medical and health sciences, Genetics, Cluster analysis, imagerie quantitative, 030304 developmental biology, modélisation, bactérie phytopathogène, Pixel, business.industry, imagerie in vivo, méthode de quantification, Methodology, Pattern recognition, phaseolus vulgaris, maladie des plantes, Artificial intelligence, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, xanthomonas fuscans, Sciences agricoles, 010606 plant biology & botany
Abstract: Background: In order to select for quantitative plant resistance to pathogens, high throughput approaches that can precisely quantify disease severity are needed. Automation and use of calibrated image analysis should provide more accurate, objective and faster analyses than visual assessments. In contrast to conventional visible imaging, chlorophyll fluorescence imaging is not sensitive to environmental light variations and provides single-channel images prone to a segmentation analysis by simple thresholding approaches. Among the various parameters used in chlorophyll fluorescence imaging, the maximum quantum yield of photosystem II photochemistry (Fv/Fm) is well adapted to phenotyping disease severity. Fv/Fm is an indicator of plant stress that displays a robust contrast between infected and healthy tissues. In the present paper, we aimed at the segmentation of Fv/Fm images to quantify disease severity., Results: Based on the Fv/Fm values of each pixel of the image, a thresholding approach was developed to delimit diseased areas. A first step consisted in setting up thresholds to reproduce visual observations by trained raters of symptoms caused by Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff) CFBP4834-R on Phaseolus vulgaris cv. Flavert. In order to develop a thresholding approach valuable on any cultivars or species, a second step was based on modeling pixel-wise Fv/Fm-distributions as mixtures of Gaussian distributions. Such a modeling may discriminate various stages of the symptom development but over-weights artifacts that can occur on mock-inoculated samples. Therefore, we developed a thresholding approach based on the probability of misclassification of a healthy pixel. Then, a clustering step is performed on the diseased areas to discriminate between various stages of alteration of plant tissues. Notably, the use of chlorophyll fluorescence imaging could detect pre-symptomatic area. The interest of this image analysis procedure for assessing the levels of quantitative resistance is illustrated with the quantitation of disease severity on five commercial varieties of bean inoculated with Xff CFBP4834-R., Conclusions: In this paper, we describe an image analysis procedure for quantifying the leaf area impacted by the pathogen. In a perspective of high throughput phenotyping, the procedure was automated with the software R downloadable at http://www.r-project.org/. The R script is available at http://lisa.univ-angers.fr/PHENOTIC/telechargements.html.
Published: 2013
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46. Reliability of ultrathin buried oxides for multi-VT FDSOI technology

Author: Besnard, G., Garros, X., Nguyen, P., Andrieu, F., Reynaud, Pascal, Van Den Daele, W., Bourdelle, K.K., Schwarzenbach, W., Reimbold, G., Cristoloveanu, S., Silicon-on-Insulator Technologies (SOITEC), Parc Technologique des Fontaines, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Microélectronique, Electromagnétisme et Photonique - Laboratoire d'Hyperfréquences et Caractérisation (IMEP-LAHC), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ISEP, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics
Abstract: Section 3: SOI MOSFETs - Devices and Technology; International audience
Published: 2013

47. Analyse de risque phytosanitaire Ditylenchus dipsaci sur luzerne

Author: Castagnone-Sereno, Philippe, Escobar Gutiérrez, Abraham, Esquibet, Magali, Gentzbittel, Laurent, Mugniery, Didier, Reignault, Philippe, Sarniguet, Corinne, Augustin, Sylvie, Bréda, Nathalie, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Jactel, Herve, Laberche, Jean-Claude, Le Bourgeois, Thomas, Lemperière, Guy, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frederic, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Chercheur indépendant, Unité de Chimie Environmentale et Interactions sur le Vivant, Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de Nématologie, laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Zoologie Forestière (UZF), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes et Communautés, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l'Océan Indien, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest]), UR Systèmes de cultures annuels, Département Sciences du Vivant, Unité Biologie des nuisibles et biovigilance, Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Faculté de Gembloux Agro-Bio Tech, unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, Laboratoire de Virologie Végétale, RLP-Agroscience GmbH/Alplanta-Institute for Plant Research, ARP Ditylenchus dipsaci sur luzerne, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), Unité de Nématologie (LSV Rennes), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de recherche Zoologie Forestière (URZF), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Contrat : 2012-SA-0086, Superviseur : Raphaëlle Mouttet, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2013-04-16, Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères ( P3F ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Ecologie FOnctionnelle et Environnement, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Indépendant, Université du Littoral Côte d’Opale ( ULCO ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Unité de recherche Zoologie Forestière ( UZF ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations ( UMR AMAP ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Ouest] ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Centre Wallon de Recherches Agronomiques ( CRA-W ), BIOlogie GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes ( BIOGER-CPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Nématologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, risque phytosanitaire, semences, medicago sativa, luzerne, union européenne, directive2000/29/CE, analyse de risque phytosanitaire, semence, nématode des tiges et bulbes, ditylenchus dipsaci, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, analyse de risque, nématode
Abstract: Il est demandé à l’Anses de réaliser une ARP sur le nématode des tiges et bulbes (D.dipsaci) sur luzerne (M. sativa).L’ARP consiste à évaluer, selon des normes internationales1, 2 , les preuves biologiques etautres données scientifiques ou économiques pour déterminer si un organisme nuisibledoit être réglementé (ou déréglementé) et la nature des mesures phytosanitaireséventuelles à prendre à son égard. L’ARP s’attache à évaluer l'importance potentielle d'unorganisme nuisible particulier pour une zone clairement définie. Elle peut être initiée pourune ou plusieurs raisons, les plus fréquentes étant : l’identification d'une filière,l’identification d’un organisme nuisible, l’examen ou la révision d'une politique.
Published: 2013

48. A sensitive real-time PCR assay for the detection of the two Melampsora medusae formae speciales on infected poplar leaves

Author: Agathe Vialle, Renaud Ioos, Richard C. Hamelin, Anne-Laure Boutigny, Cécile Guinet, Pascal Frey, Unité de Mycologie, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Ecosystèmes Forestiers, Agroressources, Bioprocédés et Alimentation (EFABA), Université de Lorraine (UL), Laurentian Forestry Centre, Natural Resources Canada (NRCan), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Agence Nationale de Securite Sanitaire de l'Alimentation, de l'Environnement et du Travail (ANSES), Institut Federatif de Recherche (IFR) 110 (University of Lorraine), Canadian Barcode of Life Research Network from Genome Canada through the Ontario Genomics Institute, Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada, Natural Resources Canada's Canadian Biotechnology Regulatory Strategic fund, Genomic Research and Development Initiative, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Canadian Forest Serv, Laurentian Forestry Ctr, and Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Plant Science, Fungus, Melampsora, Horticulture, 030308 mycology & parasitology, law.invention, 03 medical and health sciences, Quarantine pathogen, law, Botany, Quarantine, media_common.cataloged_instance, XCOLUMBIANA, European union, Internal transcribed spacer, Pathogen, 030304 developmental biology, media_common, Urediniospore, 0303 health sciences, biology, biology.organism_classification, 3. Good health, LARICI-POPULINA, FUNGUS, Melampsora medusae, Poplar rust, HYBRID, Agronomy and Crop Science, Real-time PCR
Abstract: Melampsora medusae is a quarantine fungus in the European Union (EU) that causes a damaging leaf rust disease on poplars. Two formae speciales of the pathogen can be distinguished, M. medusae f. sp. deltoidae and M. medusae f. sp. tremuloidae, but the EU plant health directive 2000/29/EC currently in force does not make the distinction between them. EU countries must have the ability to detect and identify rapidly the introduction of these quarantine fungi and to conduct extensive surveys in case of outbreaks. Efficient detection tools are thus needed. In this study, a sensitive real-time PCR assay was developed to detect the presence of M. medusae in poplar leaf samples. A unique primer/hydrolysis probe combination targeting both formae speciales was designed using species-specific polymorphisms observed within the internal transcribed spacer region. An additional primer/hydrolysis probe combination was designed from a region of the 28S rDNA that is highly conserved in the genus Melampsora and used in a separate real-time PCR assay in order to check the quality of the DNA extracted from Melampsora urediniospores. The test developed demonstrated a high sensitivity since it enables the reproducible detection of two M. medusae urediniospore in a mixture of 2 mg of urediniospores (ca 800 000 urediniospores) of other Melampsora species. This new real-time PCR tool should be useful for laboratories in charge of official analyses since it has many advantages over the techniques currently used to monitor this quarantine pathogen in Europe.
Published: 2013
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49. Trajectories of weed communities explained by traits associated with species' response to management practices

Author: Sabrina Gaba, Guillaume Fried, Elena Kazakou, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité Entomologie et Plantes invasives, Centro de Biotecnologia y Genomica de Plantas (CBGP), Département Biologie et Ecologie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centro de Biotecnologia y Genomica de Plantas ( CBGP ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité entomologie et plantes invasives, Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biodiversity, RLQ-analysis, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, herbicides, functional groups, parasitic diseases, tillage systems, biodiversity, 2. Zero hunger, Ecology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Crop rotation, respiratory system, Weed control, Tillage, arable weeds, Agronomy, 040103 agronomy & agriculture, Trait, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Biological dispersal, Animal Science and Zoology, Ordination, Weed, Agronomy and Crop Science
Abstract: Two large-scale weed surveys conducted on winter wheat crops in France in the 1970s and the 2000s were used to determine the influence of management on weed communities. A trait-based approach was used to identify the mechanisms associated with the changing status of arable weeds over a 30 year period. A three-table ordination method (RLQ analysis) of the data set was performed to relate the environmental table to the species trait table using a species composition table to extract the joint structure (synchronic analysis). We then conducted a diachronic analysis to investigate the relationship between traits, alone or in combination, and the changing status of weeds. The synchronic analysis showed that tillage intensity filtered weeds according to height, seed weight, life forms and dispersal. Conversely, herbicides selected for species with delayed germination, which allows them to escape herbicide treatments. The diachronic analysis showed that successful weeds that have expanded were small plants, with rather light seeds, that can germinate over a long time frame during the vegetative period. This trait syndrome was probably favoured by profound changes in crop rotation and by increasing herbicide pressure. Our approach provides an excellent example of how future shifts in weed communities can be predicted and hence how weed management can be adapted so as to avoid promoting selection of problematic weeds.
Published: 2012
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50. Chalara fraxinea is an invasive pathogen in France

Author: Claude Husson, Benoit Marçais, Renaud Ioos, Nicolas Feau, O. Caël, Bruno Scala, Pascal Frey, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Unité de Mycologie (LSV Nancy), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité de Mycologie, and Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, Species complex, Population, Plant Science, Fungus, Horticulture, single-copy genes, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, chalarose, Botany, medicine, pathogenicity, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, emerging disease, education, education.field_of_study, chalara fraxinea, hymenoscyphus, biology, Inoculation, Hymenoscyphus, Hymenoscyphus fraxineus, Outbreak, ash, biology.organism_classification, pathogénicité, Ascocarp, medicine.drug_formulation_ingredient, real-time PCR, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: Decline induced by Chalara fraxinea is an emerging disease that severely affects ash stands in Europe. The disease appears to have an invasive spread from East to West of Europe in the last decade. The teleomorphic stage, Hymenoscyphus pseudoalbidus, that occurs as apothecia on ash rachis in the litter was recently described. The origin of ash decline remains unclear as a cryptic species, H. albidus, a long-established fungus in Europe, could be present in the same niche, and as in Switzerland, H. pseudoalbidus was shown to have been present long before the recent epidemic outbreak. In France, the emerging disease is very recent and clearly restrained to Northeastern France. We thus collected isolates from infected hosts and from apothecia/ash rachis both inside and outside the infected area in France in order to compare them on the basis of pathogenicity towards ash seedlings and sequences of the ITS regions and of three single-copy genes. We showed that two population types exhibiting about 2% base pair polymorphism in the sequences analysed were present in Northern France. The first type, corresponding to H. pseudoalbidus, was present on rachis and infected hosts only in Northeastern France and showed strong pathogenicity towards ash seedlings in inoculation tests. By contrast, the second type, which corresponds to H. albidus, was present throughout Northern France and showed no pathogenicity towards ash seedlings. Our study confirms the results of Queloz et al. (2010) who presented molecular evidences for the existence of two cryptic species, H. albidus and H. pseudoalbidus. The results strongly suggest that Chalara fraxinea/H. pseudoalbidus is a recent invader in France.
Published: 2011
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