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1. Qualités des viandes : influences des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d'élevage

Author: Hélène Alami-Durante, Florence Lefèvre, Françoise Médale, Sophie Prache, Cécile Berri, Geneviève Corraze, Brigitte Picard, Dominique Bauchart, Bénédicte Lebret, Justine Faure, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nutrition, Aquaculture et Génomique (NUAGE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Nutrition, Aquaculture et Génomique ( NUAGE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherches Avicoles (URA), Brigitte Picard, and Bénédicte Lebret
Subjects: 2. Zero hunger, condition d'élevage, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], composition de la carcasse, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, 0402 animal and dairy science, système d'élevage, qualité de la viande, 04 agricultural and veterinary sciences, filière, 040401 food science, 040201 dairy & animal science, qualité technologique, qualité nutritionnelle, 0404 agricultural biotechnology
Abstract: Cette synthèse présente l’influence des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d’élevage sur les qualités des viandes et des chairs des principales espèces animales d’élevage (porc, bovins, ovins, poulets, poissons). Les dimensions intrinsèques (composition des carcasses, qualités sensorielle, nutritionnelle et technologique) et extrinsèques (interactions entre productions animales et environnement, bien-être des animaux, origine des produits, authenticité des pratiques de production…) de la qualité des produits sont considérées. Dans toutes les espèces, le type génétique et la conduite alimentaire sont les principaux déterminants de la composition des carcasses. La nature de l’alimentation des animaux constitue le principal levier pour moduler la qualité nutritionnelle, toutefois le niveau d’enrichissement des viandes et chairs en acides gras, minéraux ou vitamines favorables à la santé humaine varie selon les espèces. Pour une espèce donnée, les caractéristiques des animaux, leurs conditions d’élevage et d’abattage interagissent pour déterminer les propriétés (teneurs en lipides, glycogène, myoglobine…) et le métabolisme péri et post-mortem des muscles, et consécutivement la qualité sensorielle des viandes ou chairs et de leurs produits. A l’inverse, la qualité technologique, composante importante dans les filières porc, poulet et poisson résulte essentiellement du type génétique et des conditions d’abattage des animaux et de transformation des viandes. Dans les différentes filières animales, les qualités extrinsèques des produits font partie intégrante de certaines démarches collectives ou privées et sont garanties aux consommateurs au travers des signes officiels de qualité. Elles visent à améliorer les interactions favorables entre les productions animales et l’environnement et/ou le bien-être des animaux, garantir l’origine des produits et/ou valoriser l’authenticité des méthodes de production et de transformation. Différents exemples sont développés pour illustrer la prise en compte par les acteurs des filières de cette demande croissante des consommateurs et plus largement des citoyens envers leur alimentation., This review describes the influences of the characteristics of animals and their rearing conditions on the quality of meat and flesh in the main livestock species (pig, cattle, sheep, poultry, fish). Both the intrinsic (carcass composition and sensory, nutritional and technological qualities) and extrinsic (interactions between animal production and the environment, animal welfare, origin of products, authenticity of production practices…) dimensions of quality of meat and flesh products are considered. In all animal species, the genotype and feeding practices are the main factors determining carcass composition. Feed composition is the main factor modulating nutritional quality, even though the enrichment level of meat or flesh with fatty acids, minerals or vitamins favorable for human health depends on the species considered. Within species, interactions between the characteristics of animals and their rearing and slaughtering conditions determine the properties (intramuscular fat, glycogen, myoglobin contents…) and peri and postmortem metabolism of muscles and, consequently, the sensory quality of meat or flesh and their products. Conversely, the technological quality of meat, which is important especially for pig, poultry and fish mainly results from the animal genotype and the slaughtering and processing techniques. In all meat animal chains, some productions are differentiated on claims on extrinsic qualities of products and are guaranteed to consumers by official quality schemes. They aim at improving the positive interactions between animal production and environment and/or animal welfare, or guaranteeing products origin or authenticity of production and processing methods. Some examples are described to underline the awareness of meat chain actors about the increasing demand from consumers and more generally citizens towards their diet.
Published: 2020
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2. The mutation of FSHR affects reproductive physiology and growth in zebrafish

Author: Sambroni, Elisabeth, Patinote, Amélie, Goupil, Anne-Sophie, Le Gac, Florence, Lareyre, Jean-Jacques, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA.
Subjects: fish, endocrine system, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], fsh receptor, animal fertility, [SDV]Life Sciences [q-bio], fertilité animale, poisson zèbre, physiologie de la reproduction, récepteur fsh, performance de croissance, reproduction, poisson, danio rerio, cyprinidae, danio devario
Abstract: Introduction: Fsh is a pituitary gonadotropin that regulates both gonadal functions, gametogenesis and steroidogenesis, in fish. The biological actions of Fsh are mediated through its binding to a membrane receptor (Fshr) that belongs to the superfamily of the G protein-coupled receptor (GPCR). Previous reports on in vivo disruption of the Fshr gene showed that Fsh signaling pathway was dispensable for male fertility but was required for oogenesis. In the present study we generated new mutant zebrafish lines to further investigate the role of fshr in reproductive and growth performances. Methods: We disrupted the fshr gene in zebrafish using the CRISPR/Cas9 method. We selected three CRISPR sites in the 10th exon of the gene to cause a large deletion easily detectable by a PCR-based genotyping method. Two mutant lines were generated from independent founders mated with transgenic vasa:eGFP females. The mutations were characterized by DNA sequencing in both lines. The deletions led to predicted truncated proteins enable to anchor to the membrane and to transduce Fsh signal. Results and Discussion: Heterozygous mutant males and females developed an apparently normal gametogenesis and were fertile. However heterozygous zebrafish population (fshr+/-) showed a female biased sexratio compared to the non mutated siblings. At 27 days post fertilization heterozygous mutants showed higher relative abundance of the gonadal aromatase gene (cyp19a1a) and increased levels of transcripts involved in granulosa cell differentiation (foxl2a2, gsdf, fshr, sox9a). In addition, transcripts accumulated during late oocyte growth (vasa, sox9b and nanos2) were also detected at higher levels. The relative abundance of sycp1 was unchanged indicating that meiosis initiation was normal. In contrast, in homozygous mutant meiosis was altered as revealed by decreased expression levels of sycp1. In addition, oocytes did not progress beyond the pre-follicle phase of primary growth. All adult homozygous mutants became males suggesting that impaired oogenesis during early ontogenesis caused sex reversal. Additional new phenotypes were observed in the homozygous males including lower sperm count and viability. This could result from 11-KT deficiency as revealed by decreased expression levels of cyp11b2. Perturbation of steroidogenesis could also explain the increased body weight and length observed in homozygous mutants. Conclusion: The marked phenotypic perturbations induced by the Fshr mutation confirm that Fsh and Lh have distinct functions. We showed that the loss of one fshr gene copy favours the differentiation of granulosa cells and oocyte growth. Fsh signalling pathway is dispensable for Sertoli cell differentiation but remains important for sperm quality and excretion.
Published: 2018

3. A transcriptomic comparison suggests an influence of the domestication process on egg quality in Eurasian Perch (Perca fluviatilis)

Author: Rocha de Almeida, Taina, Alix, M., Schaerlinger, B., Le Cam, Aurélie, Montfort, Jérôme, Toomey, L., Bobe, Julien, Chardard, D., Fontaine, Pascal, Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), ANR-13-BSV7-0015 - CNPq (233389/2014-8) - MESR, CNPq (233389/2014-8) - MESR, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA., ANR-13-BSV7-0015,Maternal Legacy,Portait moléculaire d'un oeuf de poisson de bonne qualité(2013), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux ( URAFPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: fish, perca fluviatilis, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], qualité des oeufs, [SDV]Life Sciences [q-bio], education, physiologie de la reproduction, humanities, reproduction, perch, oeuf de poisson, domestication, poisson, perche, percidae, arn maternel, health care economics and organizations, plant domestication
Abstract: A transcriptomic comparison suggests an influence of the domestication process on egg quality in Eurasian Perch (Perca fluviatilis). 11. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish
Published: 2018

4. Meiosis resumption and early mitosis after somatic cell nuclear transfer in non-enucleated goldfish oocytes

Author: Rouillon, Charlène, Depince, Alexandra, Le Bail, Pierre-Yves, Labbé, Catherine, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA., Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: fish, nuclear transfer, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], carassius auratus, embryo, ovocyte, cryoconservation, méïose, reproduction, transfert nucléaire, cellule somatique, poisson, cyprinidae, embryon, cryofixation, somatic cell, goldfish
Abstract: Introduction: The cryopreservation of genetic resources is of major interest for the security of biodiversity and for the sustainability of agronomic industry. Cryopreservation of somatic cells, which carry the genome of both parents, is one mean to regenerate functional breeders, but this requires the mastering of nuclear transfer. In mammals, somatic cell nuclear transfer consists in injecting the somatic nuclei into an enucleated mature recipient oocyte, in order to obtain clone which bear the genome of interest from the donor animal. However, in fish species, the oocyte structure makes the enucleation step difficult to achieve (presence of the chorion and bulk nutritive reserve), so a non-enucleated oocyte is often used for nuclear transfer. To obtain a real clone and not hybrid embryos, the oocyte chromatin must therefore be spontaneously excluded from the developing embryo. This phenomenon has been described in several studies but the mechanism involved is still unknown. Deciphering this phenomenon requires a high understanding of the first developmental steps that are meiosis resumption and early mitosis. The aim of the study is to understand the interplay between the maternal chromatin and the injected one upon nuclear transfer during these entire critical steps, in order to identify and use means to improve the success rate of nuclear transfer in fish. Methods: Fin somatic cell and mature oocytes were obtained from 2 years old goldfish (Carassius auratus) females. For nuclear transfer, the whole fin cell was injected under the micropyle. The egg activation was induced 30min after cell injection. Somatic and maternal chromatin during meiosis resumption and early mitosis was characterized by immunofluorescence (hoechst and vybrant labelling for chromatin identification and α-tubulin for spindle organization). Results and Discussion: We observed that a high proportion of clone underwent a normal polar body extrusion after activation (60% vs 96 % for the controls). We hypothesize that in most cases, maternal chromatin achieved correctly its meiosis resumption and that the maternal chromatin behavior was not disturbed by nuclear transfer. However, these observations do not augur early mitosis fitness in clone. Indeed, we observed several spindle defects in clone cells: metaphase misalignment, abnormal segregation, and multicentrosomal spindle, associated with DNA fragmentation. Conclusion: Oocyte non-enucleation for SCNT procedure did not drastically alter the meiosis resumption process, but it could be involved in the perturbation of mitosis during clone early development.
Published: 2018

5. Maternal temperature exposure triggers emotional and cognitive disorders and dysregulation of neurodevelopment genes in fish

Author: Violaine Colson, Morgane Cousture, Claudiane Valotaire, Thaovi Nguyen, Aurélie Le Cam, Julien Bobe, Danielle Zanerato-Damasceno, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0002 PReSTO’Cog, Agence Nationale de la Recherche, ANR-13-BSV7-0015, Maternal Legacy, ANR-13-BSV7-0002,PReSTO'Cog,Effets de stress prénatals sur le développement précoce des comportements et des capacités cognitives : une approche comparative(2013), ANR-13-BSV7-0015,Maternal Legacy,Portait moléculaire d'un oeuf de poisson de bonne qualité(2013), This work was supported in part by the French National Research Agency (ANR) under grant agreements ANR-13-BSV7-0002 PReSTO'Cog to VC and ANR-13- BSV7-0015 Maternal Legacy to JB, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), UR 1037 LPGP Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons, and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 0106 biological sciences, stress thermique, [SDV]Life Sciences [q-bio], développement neurologique, comportement, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Transcriptome, heat stress, adaptation comportementale, 03 medical and health sciences, oeuf de poisson, emotivity, poisson, température, genes, Gene, émotivité, 030304 developmental biology, Genetics, fish, 0303 health sciences, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], behavior, cognition animale, gène, Cognition, biology.organism_classification, Trout, egg, transcriptome, trout, stress, temperature, intergenerational, cognition, emotion, auts2, %22">Fish , expression des gènes
Abstract: Fish are sensitive to temperature, but the intergenerational consequences of maternal exposure to high temperature on offspring adaptive behaviour and underlying mechanisms are unknown. Here we show that a thermal maternal stress induces emotional and cognitive disorders in offspring. Thermal stress in mothers triggered the inhibition of fear responses and decreased spatial learning abilities in progeny. Impaired behavioural phenotypes were associated with the dysregulation of several genes known to play major roles in neurodevelopment, including auts2, a key gene for neurodevelopment, more specifically neuronal migration and neurite extension, and critical for the acquisition of neurocognitive function. In addition, our analysis revealed the dysregulation of another neurodevelopment gene (dpysl5) as well as genes associated with human cognitive disorders (arv1,plp2). We observed major differences in maternal mRNA abundance in the eggs following maternal exposure to high temperature indicating that some of the observed intergenerational effects are mediated by maternally-inherited mRNAs accumulated in the egg. Together, our observations shed new light on the intergenerational determinism of fish behaviour and associated underlying mechanisms. They also stress the importance of maternal history on fish adaptive capacities in a context of global climate changes.
Published: 2018
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6. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Author: Yon, Jérémy, Bareille, Nathalie, Bed'Hom, Bertrand, Berthelot, Xavier, Combes, Sylvie, Dameron, Olivier, Foucras, Gilles, Journaux, Alexandre, Launay, Frédéric, Le Bail, Pierre-Yves, Le Floc'h, Nathalie, Martignon, Mélanie, Nédellec, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Quillet, Edwige, Meunier-Salaün, Marie-Christine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Domaine expérimental animal du Pin ( SEA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers ( UEARF ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - 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Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Subjects: animal health, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, maladie animale, caractère phénotypique, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, livestock farms, symptôme, ontology, symptom, ontologie
Abstract: un poster présenté; L'ontologie des caractères phénotypiques ATOL, est un outil dédié aux productions animales, permettant uneannotation des bases de données phénotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitésciblées dans l’ontologie, les caractères liés à la santé ont été initialement renseignés uniquement dans la finalité Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le métaprogramme GISA, avait pour objectif de compléter ces caractères en créant une finalité «santé» avec l'ensemble des troubles détectés en élevage et susceptibles de pénaliser les autres finalités (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-être). Une démarche de co-construction a été ainsi réalisée sur la standardisation des troubles de santé, par leur dénomination et leur définition, et leur caractérisation, par leur hiérarchisation et avec une attention sur les symptômes. Le travail s’est appuyé sur quatre groupes d'experts du domaine de la santé, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bactériologie, …) et multi-espèces (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un réseau plus large incluant des scientifiques des départements Santé Animale, Génétique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de santé animale (responsables d’installations expérimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la démarche de co-construction s’est appuyée sur la liste des maladies identifiées dans le système d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caractérisation, nous nous sommes appuyés sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptômes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet décrit la finalité santé avec 3 branches principales : les maladies classées en fonction de leur type (infectieux, génétique, métabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptômes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites) et des espèces atteintes. De plus, des propriétés ont été créées pour développer la sémantique entre les différents classes (est pathogène de, a comme symptôme, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise à une utilisation de l’ontologie par différents acteurs impliqués dans les programmes de phénotypage, ainsi que pour l’évaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la création de liens entre les données du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallèle un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les propriétés entre les finalitésde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caractères ou de liens sur desméthodes de mesures en utilisant des méthodes de text-mining appliquées à la bibliographie ou à des bases de données.
Published: 2018

7. Global, regional, and national comparative risk assessment of 79 behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks or clusters of risks in 188 countries, 1990-2013

Author: Yong Zhao, Hadi Danawi, Bach Xuan Tran, Gene Bukhman, Vasiliki Stathopoulou, Taavi Tillmann, Nelson Alvis-Guzman, Yongmei Li, Jerry Puthenpurakal Abraham, Sudan Prasad Neupane, Jack Caravanos, Ben Schöttker, Rafael Lozano, Damian G Hoy, Yoshihiro Kokubo, Nicholas J K Breitborde, Sergey Soshnikov, Yukito Shinohara, Randall V. Martin, Michael Brainin, Fernando Perez-Ruiz, Yingfeng Zheng, Santosh Mishra, Julio Cesar Montañez Hernandez, Michael Phillips, Belinda J. Gabbe, Hebe N. Gouda, Ziad A. Memish, Rupert R A Bourne, Guoqing Hu, Emmanuel A. Ameh, Abigail McLain, Michelle L. Bell, Christopher Margono, Marissa Iannarone, Wilkister N. Moturi, Donald H. Silberberg, Carl Abelardo T. Antonio, Nataliya Foigt, Anand Dayama, Yanping Wang, Amanda J. Mason-Jones, Bolajoko O. Olusanya, Monica S. Vavilala, Katherine B Gibney, David Tanne, Sidibe S Kany Roseline, Marcella Montico, Abhishek Singh, Sarah Derrett, Alireza Esteghamati, Seok Jun Yoon, Corine Karema, Rakhi Dandona, David M. Pereira, Kazem Rahimi, Gitanjali M. Singh, Vivekanand Jha, John Hornberger, Anne M. Riederer, Kathryn H. Jacobsen, Andrea Pedroza, Lily Alexander, Fiona M. Blyth, Tommi Vasankari, Kyle J Foreman, Rana J. Asghar, Tilahun Nigatu Haregu, Yousef Khader, Rafael Alfonso-Cristancho, Suzanne Barker-Collo, Lydia S. Atkins, Simerjot K. Jassal, Mohammad Ali Sahraian, Peter Scarborough, Hans W. Hoek, E. Ray Dorsey, Muluken Dessalegn, David C. Schwebel, Gavin Shaddick, Thomas D. Fleming, Mohammad Tavakkoli, Dorairaj Prabhakaran, Mohammad H. Forouzanfar, Christopher C. Mapoma, Jost B. Jonas, Erin C Mullany, Gene F. Kwan, Johanna M. Geleijnse, Antonio Luiz Pinho Ribeiro, Roberto Tchio Talongwa, Tolesa Bekele, Jed D. Blore, Gunn Marit Aasvang, Philimon Gona, Miguel Angel Alegretti, Babak Eshrati, Mitsuru Mukaigawara, Richard F. Gillum, Odgerel Chimed-Ochir, Ubai Alsharif, Richard C. Franklin, Felix Masiye, Richard T. Burnett, Sanjay Krishnaswami, Martin McKee, John J Huang, Lucía Cuevas-Nasu, Wagner Marcenes, Walid Ammar, Knud Juel, Joseph R. Zunt, Martha M Téllez Rojo, Mamta Swaroop, Noela M Prasad, Azmeraw T. Amare, Tim Driscoll, Michael Kravchenko, Heresh Amini, Amir Sapkota, Theo Vos, Charlotte Watts, Dennis Odai Laryea, D. Alex Quistberg, Justin Beardsley, Cheng Huang, Adnan M. Durrani, Sarah V Thackway, Rita Van Dingenen, Manami Inoue, Martha Híjar, Honglei Chen, Amany H. Refaat, Yichong Li, Vineet K. Chadha, Wenzhi Wang, Louisa Degenhardt, Kingsley N. Ukwaja, Nayu Ikeda, James D. Wilkinson, Linh N Bui, Maria Hagströmer, Gonghuan Yang, Ann Kristin Knudsen, David J. Margolis, Soewarta Kosen, Hans Kromhout, Atsushi Goto, Man Mohan Mehndiratta, Thomas N. Williams, Michael Soljak, Yun Jin Kim, Hideaki Toyoshima, Jeyaraj D Pandian, Borja del Pozo-Cruz, Soufiane Boufous, Ivy Shiue, Anders Larsson, Guilherme V. Polanczyk, John Powles, Yara A. Halasa, Robin Room, Ratilal Lalloo, Carolina Batis Ruvalcaba, Panniyammakal Jeemon, Elisabete Weiderpass, Jürgen Rehm, Ejaz Ahmad Khan, Alicia Aleman, Zacharie Tsala Dimbuene, Elena Alvarez, Rachelle Buchbinder, Randah R. Hamadeh, Bryan Hubbell, Sadaf G. Sepanlou, Farhad Islami, Costas A. Christophi, Heidi Stöckl, Ismael R. Campos-Nonato, Nigel Bruce, Edward J Mills, Samuel A L Perry, Taavi Lai, Baffour Awuah, Mete Saylan, Karen J. Courville, Arindam Basu, Vanessa De la Cruz-Góngora, Teresita González de Cosío, Naohiro Yonemoto, Frida Namnyak Ngalesoni, Muluken Azage Yenesew, Atte Meretoja, Michael Brauer, Cyrus Cooper, Giorgia Giussani, Valentina S. Arsic Arsenijevic, Vasiliy Victorovich Vlassov, André Karch, Leilei Duan, Matthew M Coates, Omid Ameli, Gelin Xu, Matthias Endres, Ganesan Karthikeyan, Ione Jayce Ceola Schneider, Mohamed Hsairi, Palwasha Anwari, Mazin J. Al Khabouri, Dariush Mozaffarian, Juan R. Sanabria, Pablo M. Lavados, Sumeet S. Chugh, Johan Ärnlöv, Ivo Rakovac, Maurice Giroud, Haidong Kan, Ibrahim Abdelmageem Mohamed Ginawi, José Luis Texcalac-Sangrador, Luigi Naldi, Erica Leigh Slepak, Deena Alasfoor, James E. Saunders, Richard Matzopoulos, Talal Bakfalouni, Stein Emil Vollset, Andrea Werdecker, Lennert J. Veerman, Lorenzo Monasta, Henrica A. F. M. Jansen, Reyna A Gutiérrez, Brittany Wurtz, Luz Maria Sanchez, Lijing L. Yan, M. Patrice Lindsay, Michele Meltzer, Sanjay Basu, Steven van de Vijver, Alaa Badawi, Thomas Claßen, Young-Ho Khang, Brett M. Kissela, Jun Zhu, In-Hwan Oh, Fiona J Charlson, Maria Cecilia Bahit, Dinorah González-Castell, Rosario Cárdenas, Dan Poenaru, Sayed Saidul Alam, Mitchell T. Wallin, Harish Chander Gugnani, James Leigh, Ferrán Catalá-López, Lidia Morawska, Jim van Os, Stephanie J. London, Kaire Innos, Isabelle Romieu, Fiorella Cavalleri, Adrian Davis, Hwee Pin Phua, Chakib Nejjari, Héctor Gómez Dantés, Boris I. Pavlin, Karen Sliwa, Lynne Gaffikin, Constance D. Pond, Michael F. MacIntyre, Blake Thomson, Norberto Perico, Ronny Westerman, Samantha M. Colquhoun, Michael H. Criqui, Ana Maria Nogales Vasconcelos, Wubegzier Mekonnen, Bulat Idrisov, Ana Basto-Abreu, Andrew G. M. Bulloch, Jasvinder A. Singh, Vinod K. Paul, Emin Murat Tuzcu, Svetlana Popova, Hmwe H Kyu, Richard L. Guerrant, Mohammed I. Albittar, Srikanth Mangalam, Steven E. Lipshultz, Lela Sturua, Semaw Ferede Abera, Eduardo Bernabé, George D. Thurston, Bruno F. Sunguya, Tiffany Ku, Alejandra G. Contreras, Abdullah Sulieman Terkawi, Charles Atkinson, Ashkan Afshin, Heidi J. Larson, Abdullatif Husseini, Jose C. Adsuar, Reza Assadi, Ademola Lukman Adelekan, Joshua A. Salomon, Yousef M. Elshrek, Gokalp Kadri Yentur, Devina Nand, Narayanaswamy Venketasubramanian, Graça Maria Ferreira De Lima, Maheswar Satpathy, Fotis Topouzis, Traolach S. Brugha, Hywel C Williams, Coen H. Van Gool, Andrew H. Kemp, Awoke Misganaw, Amado D Quezada, Norito Kawakami, Bert Brunekreef, Peter Burney, Tati S. Warouw, Jongmin Lee, Inga Dora Sigfusdottir, Marcel Tanner, Solveig A. Cunningham, Benjamin O. Anderson, Tariku Jibat Beyene, Lars Barregard, Xia Wan, Giuseppe Remuzzi, Bernadette Thomas, Lilia S Pedraza, Massimo Cirillo, Alina Rodriguez, Ricky Leung, Farshad Pourmalek, K. Srinath Reddy, Charles D.A. Wolfe, Ulrich O Mueller, Neeraj Bedi, Al Artaman, Lucia Hernandez, Itamar S. Santos, C. Arden Pope, Norlinah Mohamed Ibrahim, Carlo Irwin A. Panelo, Selen Begüm Uzun, Miltiadis K. Tsilimbaris, Anwar Rafay, Daniel Dicker, Melvin Barrientos Marzan, Sajjad Ur Rahman, Mohammed O. Basulaiman, Edgar P. Simard, Mohammad T Mashal, Maysaa El Sayed Zaki, Shiwei Liu, Don C. Des Jarlais, Bo Norrving, Salvador Villalpando, Miia Kivipelto, Yang Liu, Carolina Maria Teixeira, Catalina Medina, Sudha Jayaraman, Josep Maria Haro, Diego De Leo, Angel J Paternina Caicedo, Abigail C. McKay, Eric L. Ding, Mukesh Dherani, Ljiljana Pejin Stokic, Vinay Nangia, Sukanta Saha, Juan Liang, Elisabeth Cardis, Zourkaleini Younoussi, José R Nogueira, Braden Te Ao, Vasco Manuel Pedro Machado, Lionel Racapé, Ting Wu Chuang, Shahab Khatibzadeh, E Filipa de Castro, Barthelemy Kuate Defo, Ulises Trujillo, Alan D. Lopez, Soraya Seedat, Lope H Barrero, Linhong Wang, Daniel Pope, Alexandra Brazinova, Faris Lami, Valentina Colistro, G Anil Kumar, Derek F J Fay, Haidong Wang, Hwashin H. Shin, Raimundas Lunevicius, Suzanne Polinder, Dietrich Plass, David Rojas-Rueda, Stephen S Lim, Tania G Sánchez-Pimienta, K.M. Venkat Narayan, Yuantao Hao, Jung-Chen Chang, Corina Benjet, Seyed-Mohammad Fereshtehnejad, Luciano A. Sposato, Stan Biryukov, Kunihiro Matsushita, Beth E. Ebel, Cleusa P. Ferri, Soumya Swaminathan, K. Ryan Wessells, Gustavo Velasquez-Melendez, Leslie T. Cooper, David O. Carpenter, Nancy Lopez, Bryan L. Sykes, Sandra Nolte, Murray B. Stein, Paul N. Jensen, Fabiola Mejía-Rodríguez, Xiaonong Zou, Bradford D. Gessner, Dhruv S. Kazi, Dragos Virgil Davitoiu, Alejandra Jáuregui, Pouria Heydarpour, Megan Bohensky, Harvey Whiteford, Berrak Bora Basara, Zhengming Chen, Gregory R. Wagner, Paul I. Dargan, Hermann Brenner, Nima Hafezi-Nejad, John Nelson Opio, Scott Weichenthal, Deborah Salvo, Jun She, Tea Lallukka, Carolyn C. Gotay, Stephen G. Waller, Christian Kieling, Shivanthi Balalla, Valery L. Feigin, Qing Lan, Matias Trillini, Adam D M Briggs, Sungroul Kim, Niveen M E Abu-Rmeileh, Renata Micha, Sergey Petrovich Ermakov, Ole Frithjof Norheim, Zulfiqar A Bhutta, Paul S. F. Yip, Grant Nguyen, Ralph L. Sacco, Biju Abraham, Ken Takahashi, Jixiang Ma, Peter A. Meaney, Ayse Abbasoglu Ozgoren, Kimberly Cooperrider, M Rifat Kose, Shams Eldin Ali Hassan Khalifa, Rasmus Havmoeller, Alize J. Ferrari, Kebede Deribe, Nadim E. Karam, George A. Mensah, Bongani M. Mayosi, Konrad Pesudovs, Joanna Moschandreas, Ziad Nahas, James Damsere-Derry, Nsanzimana Sabin, Tonatiuh Barrientos-Gutiérrez, Ying Jiang, Andre Pascal Kengne, Peter Allebeck, Jonas Minet Kinge, Shankuan Zhu, Guy B. Marks, Daniel C Casey, Marco A Avila, Anna Roca, Lalit Dandona, Ami R. Moore, Adansi A. Amankwaa, David Gunnell, Andre Keren, Yohannes Adama Melaku, Nhung T Nguyen, Anthony D. Woolf, Mayuree Rao, Peter J. Allen, Christina Papachristou, Karzan Abdulmuhsin Mohammad, Ravi Kumar Balu, Marie Ng, Marcello Tonelli, Maziar Moradi-Lakeh, Maigeng Zhou, Emmanuela Gakidou, Mohammed K. Ali, Amanda W Pain, Dan J. Stein, Kawkab Shishani, Fortuné Gbètoho Gankpé, Howard J. Hoffman, James Scott, Nadine Steckling, Samia Alhabib, Deborah Jarvis, Kara Estep, Arsène Kouablan Adou, Ricardo Orozco, Holly Hagan, K. C. Astha, Reza Malekzadeh, Klara Dokova, Aliya Naheed, Ernst J. Kuipers, Valeria Caso, Derrick A Bennett, Andrea B. Feigl, Uche S. Uchendu, Holly E. Erskine, Shireen Sindi, Arjun Lakshmana Balaji, Francesco Saverio Violante, Monika Sawhney, Alejandra Cantoral, Ketevan Goginashvili, Raghib Ali, Fan Jiang, Robert G. Weintraub, Homie Razavi, Myriam Tobollik, Howard Hu, Emerito Jose A. Faraon, Irma Khonelidze, Patricia M. Riccio, Eun-Kee Park, Julio Cesar Campuzano, Ibrahim Abubakar, Jürgen C Schmidt, Konstantinos Stroumpoulis, Aref A. Bin Abdulhak, Graeme J. Hankey, Natan M. Bornstein, Mouhanad Hammami, Lee Richardson, Rintaro Mori, Alanur Çavlin, Ruth W Kimokoti, Samir Soneji, Mark J. Nieuwenhuijsen, John Q. Wong, Joseph Frostad, Tom Achoki, Rahman Shiri, Ashish Bhalla, Kurt Straif, Simon I. Hay, Scott B. Patten, Kalpana Balakrishnan, Awoke Misganaw Temesgen, Chandrashekhar T Sreeramareddy, Ryan M Barber, Rosana E. Norman, JianLi Wang, Siyi Shangguan, Luke Nyakarahuka, Kovin Naidoo, Charles D. H. Parry, Mercedes Colomar, H. Ross Anderson, Carlos Magis-Rodriguez, Joan M. Nolla, Muhammad Imran Nisar, Karen Devries, Andrew L. Thorne-Lyman, Denis Nash, Marape Marape, Rajiv Chowdhury, Dima M. Qato, Luca Ronfani, Nobhojit Roy, Daniel Kim, Yuichiro Yano, Luke D. Knibbs, Margaret Robinson, Hilda L Harb, Rogelio Pérez-Padilla, Janet L Leasher, Jonathan L. Wright, Peter Brooks, Cristiana Abbafati, Belinda K Lloyd, Victor Aboyans, Nikhil Tandon, Charles R. Newton, Simón Barquera, Ted R. Miller, Kinnari S. Murthy, Habib Benzian, Glen Mola, Paulo A. Lotufo, Burcu Kucuk Bicer, Peggy Pei-Chia Chiang, Alexander Kraemer, Solomon Meseret Woldeyohannes, Saman Fahimi, Lesley Rushton, Kim Moesgaard Iburg, Vafa Rahimi-Movaghar, Logan Sandar, Bruce Neal, Teresa Shamah Levy, Karen M. Tabb, Jeffrey A. Towbin, Christopher J L Murray, Ramesh Sahathevan, Aaron Cohen, Chanda Kulkarni, Van C. Lansingh, François Alla, Tasara T. Mazorodze, Murugesan Raju, Saeid Shahraz, Uchechukwu K.A. Sampson, Rajeev Gupta, Neil Pearce, Mustafa Z. Younis, Veena S. Kulkarni, Francisco A García-Guerra, Amanda G. Thrift, Stefan Ma, Samaya Ismayilova, Evariste Gasana, Amitava Banerjee, Aslam Pervaiz, Emilie Agardh, Abraham D. Flaxman, Farshad Farzadfar, Peter W. Gething, Ileana Heredia-Pi, Boris Bikbov, Wanqing Chen, Saad B. Omer, Ruben Castro, Neeraj Bhala, Sara Sheikhbahaei, Hilton Lam, Urbano Fra Paleo, Lidia Sanchez-Riera, Alicia Elena Beatriz Lawrynowicz, Kristen Delwiche, Richard G. Ellenbogen, Max Petzold, Yuri Y Varakin, Guilherme Borges, Guohong Jiang, Francis Guillemin, Kyle R. Heuton, Yohannes Kinfu, Victoria F Bachman, Joseph A Wagner, Carlos A Castañeda-Orjuela, Leonardo Trasande, Abbas Ali Mahdi, Josef Coresh, Chuanhua Yu, Kenji Shibuya, Berrin Serdar, Laetitia Huiart, Xiaofeng Liang, Jean de Dieu Ngirabega, Takayoshi Ohkubo, Natalie Stephens, Francis Apolinary Mhimbira, Jefferson Traebert, Amiran Gamkrelidze, Kjetil Søreide, Samath D Dharmaratne, Robert P. Dellavalle, George Mugambage Ruhago, Lakshmi Vijayakumar, Joannie Lortet-Tieulent, Dipan Bose, Tania C Aburto, Saleem M Rana, Miriam Levi, Mohammad Taghi Hedayati, Rodolfo S Pagcatipunan, Ron T. Gansevoort, H. D. Hosgood, Michael Burch, Mohsen Naghavi, Vegard Skirbekk, Ayfer Pekericli, Walter Mendoza, Pengpeng Ye, Gabrielle deVeber, Ali H. Mokdad, David M. Broday, Koranteng Adofo, Zewdie Aderaw Alemu, Shifalika Goenka, Carrie Beth Peterson, Nicolas J. C. Stapelberg, Edson Serván-Mori, Anil Kaul, Foad Abd-Allah, Marek Majdan, Rahul Gupta, Giancarlo Logroscino, Kardiyoloji, Peterson, Carrie B., Laboratoire de Physique des Solides (LPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Wisconsin Division of Public Health, Laboratoire de psychologie sociale et de psychologie cognitive (LAPSCO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Erosion torrentielle neige et avalanches (UR ETGR (ETNA)), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), London South Bank University, Metropolitan Police Service, Hong Kong Baptist University (HKBU), Institut für Informatik [München/Munich] (LMU), Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Chirurgie Thoracique et Vasculaire - Médecine vasculaire [CHU Limoges], CHU Limoges, Insight Centre for Data Analytics [Galway] (INSIGHT), National University of Ireland [Galway] (NUI Galway), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Centre d'Investigation Clinique - Epidemiologie Clinique/essais Cliniques Nancy, Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Karolinska Institute, karolinska institute, Department of Molecular Biosciences, Department of Molecular Biosciences [Oslo], Faculty of Mathematics and Natural Sciences [Oslo], University of Oslo (UiO)-University of Oslo (UiO)-Faculty of Mathematics and Natural Sciences [Oslo], University of Oslo (UiO)-University of Oslo (UiO), Centro de Estudios Avanzados en Zonas Aridas (CEAZA), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Regional Genetic Service, St Mary's Hospital, Manchester, Laboratoire d'Ingénierie des Matériaux (LIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer Science Department [Bristol], University of Bristol [Bristol], Universität Mannheim [Mannheim], Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), Samsung Research &Development Institute India - Bangalore (Groupe Samsung) (SRI-B), Computational Science and Engineering Department [Daresbury] (STFC), Science & Technologie Facilities Council, Multimedia Research Center (MRC), University of Alberta, Division of Biostatistics (Biostat - MINNEAPOLIS), University of Minnesota [Twin Cities], University of Minnesota System-University of Minnesota System, University of Southampton, Imperial College London, Neurology Department, Ichilov Medical Center, Interactions, transferts, ruptures artistiques et culturels - EA 6301 (InTRu), Université de Tours, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Julius Center for Health Sciences and Primary Care, University Medical Center [Utrecht], Risk Assessment Sciences Institute, Utrecht University [Utrecht], Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Respiratory Epidemiology and Public Health, Imperial College London-Royal Brompton Hospital-National Heart and Lung Institute [UK], CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), STAR laboratory, Stanford University [Stanford], Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Tennent Institute of Ophthalmology, National University of Singapore (NUS), Centre de Robotique (CAOR), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Multidisciplinary Nanotechnology Centre, Swansea University, Cyprus International Institute for the Environment and Public Health, Harvard School of Public Health, Genomics Research Center, Academia Sinica, Neuro Rehab Services LLP [New Delhi], Department of Signal Theory and Communications (TSC), Univ. Politec. de Catalunya, King‘s College London, Dept. Mat. Engn. De Ma, Sao Carlos, Fed. Univ. Sao Carlos UFSCar, RESPEC (RESPEC), RESPEC, Advanced Laboratories on Embedded Systems [Roma] (ALES), Department of Biology [Miami], University of Miami [Coral Gables], Health Care, Minister Of Labour-Ministry of Labor, Health and Social Affairs, Department of Nephrology, University Medical Center, University of Groningen, Division of Human Nutrition, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Spatial Ecology and Epidemiology Group, University of Oxford [Oxford], College of Medicine, University of Hail, Saudi Arabia, Laboratory of Neurologic Diseases, Mario Negri Institute, Milan, Department of Civil Engineering [Hamirpur], National Institute of Technology [Hamirpur], GEMMA — Environmental Engineering and Microbiology Research Group, Department of Hydraulic, Maritime and Environmental Engineering, Universitat Politècnica de Catalunya [Barcelona] (UPC), Department of Biosciences and Nutrition, Karolinska Institutet [Stockholm], Institut National de Recherche et d'Analyse Physico-Chimique (INRAP), Institut National de Recherche et d'Analyse Physico-chimique (Ariana, Tunisie) (INRAP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM), Obesity Research Center, Research Institute for Endocrine Sciences, Shahid Beheshti University of Medical Sciences [Tehran] (SBUMS), Shahid Beheshti University-Shahid Beheshti University, Center for Applied Medical Research (CIMA), University of Tehran, Secretariat of the Pacific Community, Public Health Division, Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe (SAGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), College of Precision Instrument and Optoelectronics Engineering, Tianjin University, George Washington University (GW), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universiteit Gent [Ghent], Washington State University (WSU), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, School of Computer Science - China University of Geosciences (China University of Geosciences (East Area)), Centre de Recherche en Automatique de Nancy (CRAN), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Catholique de Louvain (UCL), Fachbereich Physik [Berlin], Freie Universität Berlin, Div Cyclotron & Radiopharmaceut Sci (DRDO, INMAS), Univ New Delhi, School of Physics and Astronomy, University of St Andrews [Scotland], University of Cape Town, Department of Neuroscience, Department of Computer Science and Engineering [Daejeon] (Chungnam National University), Lawrence University, Gastroenterology & Hepatology, Tata Research Development and Design Center (TRDDC), TCS Innovation Labs, University of Helsinki, Google Inc [Mountain View], Research at Google, Swedish Defense Research Agency (FOI), Servicio de Neurologia (SANTIAGO - Neurologie), Universidad del Desarrollo, Novartis Pharmaceutical Corporation, Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement (LGGE), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble [1985-2015] (OSUG [1985-2015]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Mechanical and Automation Engineering (CAD Laboratory), The Chinese University of Hong Kong [Hong Kong], Università degli studi di Bari, Department of Health and Human Services, National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Centre d'études et de recherche en informatique et communications (CEDRIC), Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] (Heudiasyc), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), College of Information and Electrical Engineering [Beijing] (CIEE), China Agricultural University (CAU), Thales Research and Technology [Palaiseau], THALES, Department of Rheumatology and Connective Tissue Diseases, Medical University of Lublin, Barts and The London School of Medicine and Dentistry, Queen Mary University of London (QMUL), Centre d'économie de la Sorbonne (CES), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Paris School of Economics (PSE), École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble [2013-2019] (ESPE Grenoble [2013-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Department of Mathematics, University of Iowa [Iowa City], College of Medicine, Alfaisal University, Saudi Ministry of Health, Institut national des recherches agricoles du Bénin, Centre de Recherches agricoles du Sud, Departments of Epidemiology and Nutrition, Unit of Human Nutrition, Agricultural University of Athens, Department of Animal Science, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, University of Virginia, University of Virginia [Charlottesville], Epidemiology and Biostatistics Unit, Institute for Maternal and Child Health - IRCCS ‘‘Burlo Garofolo', Jet Propulsion Laboratory (JPL), NASA-California Institute of Technology (CALTECH), Division of Cardiovascular Medicine and Channing Division of Network Medicine, Brigham and Women's Hospital [Boston], American University of Beirut [Beyrouth] (AUB), Department of Chemistry, Scientific Computing Research Unit, Department of dermatology, Milano University-Azienda Ospedaleria Ospedali Riuniti di Bergamo, Mailman School of Public Health, Columbia University [New York], The Georges Institute for International Health, The University of Sydney, Department of epidemiology and Public Health, Faculty of Medicine, Département Optique (OPT), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Télécom Bretagne-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona], Center for Research in Environmental Epidemiology (CREAL), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona]-Catalunya ministerio de salud, Nutriments Lipidiques et Prévention des Maladies Métaboliques, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Department of Neurology Lunds University Hospital Lund, Unit of Functional Bionanomaterials, School of Biosciences, University of Birmingham [Birmingham], Electrical Engineering and Computer Science Department - Case Western Reserve University, Case Western Reserve University [Cleveland], World Health Organization, Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Nordic School of Public Health, The James Hutton Institute, Horia Hulubei National Institute for Physics and Nuclear Engineering, Department of Pediatrics, University of Washington [Seattle], Institute of Public Health, Department of Physics, Clarendon Laboratory, Center for TeleInFrastruktur (CTIF), Aalborg University [Denmark] (AAU), Physikalisches Institut [Freiburg], Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Savoirs, Textes, Langage (STL) - UMR 8163 (STL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Dept.of Computer Science, Indian Institute of Technology Madras (IIT Madras), Istituto Mario Negri Bergamo, Centro Ricerche e Trapianti Villa Camozzi, Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho [São José do Rio Preto] (UNESP), Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production (LGI2P), IMT - MINES ALES (IMT - MINES ALES), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut geològic de Catalunya (IGC), Institut Geològic de Catalunya-IGC, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Politecnico di Milano [Milan] (POLIMI), Symantec, University of Oviedo, European Microsoft Innovation Center (EMIC), Microsoft Corporation [Redmond, Wash.], Technion - Israel Institute of Technology [Haifa], Laboratoire de Mécanique, Physique et Géosciences (LMPG), Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Department of Physics, Cavendish Laboratory, University of Cambridge [UK] (CAM), Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires (LPMA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Departments of Applied Physics [New Haven], Yale University [New Haven], Center for Mathematical Modeling (CMM), Department of Global Health and Development, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University of Occupational and Environmental Health [Kitakyushu] (UEOH), Department of Computer Science and Engineering [New Delhi], Indian Institute of Technology Delhi (IIT Delhi), Institut de Recherche sur les Phénomènes Hors Equilibre (IRPHE), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GlaxoSmithKline, Imperial College London-Clinical Imaging Center, Universidade Federal de Pernambuco [Recife] (UFPE), Maclean Building, Benson Lane, Crowmarsh Gifford, Centre for Ecology and Hydrology, Nanoscience Institute (NEST), Dipartimento di Fisica, Università di Pisa, Aristotle University of Thessaloniki, Laboratory Of Immune Cell Biology (LICB), JRC Institute for Environment and Sustainability (IES), European Commission - Joint Research Centre [Ispra] (JRC), Institute of Human Genetics, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] (LNCC / MCT), Occupational Health Unit, Bologna University Hospital-Sant'Orsola-Malpighi Polyclinic, Royal Institute of Technology [Stockholm] (KTH ), NICTA [Eveleigh], National ICT Australia [Sydney] (NICTA), Division of Solid Mechanics, Lund University [Lund], University of Calgary, BioWare Corp, Manchester Academic Health Sciences Centre, Institut d'Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques (IHPST), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département d'Etudes Cognitives - ENS Paris (DEC), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Ghent University [Belgium] (UGENT), Imaging Sciences and Biomedical Engineering Division [London], Guy's and St Thomas' Hospital [London]-King‘s College London, Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania [Philadelphia], Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Génie Civil et Mécanique (GeM), Université de Nantes - Faculté des Sciences et des Techniques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Physiology, Augusta University - Medical College of Georgia, University System of Georgia (USG)-University System of Georgia (USG), Neurorestoration Group, Wolfson Centre for Age-related Diseases-King‘s College London, Electronic Navigation Research Institute (ENRI), Ministry of Land, Infrastructure, Transport and Tourism, Department of Computer Science [KAIST] (CS), Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST), Centre for Undergraduate Studies, University of the Punjab, Siemens Corporate Research, Siemens AG [Munich], University of Massachusetts [Boston] (UMass Boston), University of Massachusetts System (UMASS), Department of Materials Science, Sichuan University [Chengdu] (SCU), Natl Engn Res Ctr Vegetables, Key Lab Biol & Genet Improvement Hort Crops N Chi, Beijing Acad Agr & Forestry Sci, University Hospital Puerta de Hierro, Madrid, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University (PSL), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM), Shahid Beheshti University of Medical Sciences, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MOLTECH-ANJOU (MOLTECH-ANJOU), Université d'Angers (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Santiago de Chile [Santiago] (USACH)-Universidad del Desarrollo, Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble (ESPE Grenoble), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Université Grenoble Alpes (UGA), California Institute of Technology (CALTECH)-NASA, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Santiago de Chile [Santiago] (USACH), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), King‘s College London-Wolfson Centre for Age-related Diseases, Sichuan University, Universitat de Barcelona, Interne Geneeskunde, Medische Sociologie, MUMC+: MA Psychiatrie (3), MUMC+: Hersen en Zenuw Centrum (3), Psychiatrie & Neuropsychologie, CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Bretagne-Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cardiovascular Centre (CVC), Groningen Kidney Center (GKC), RS: MHeNs - R2 - Mental Health, Laboratoire de Physique des Solides ( LPS ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de psychologie sociale et de psychologie cognitive ( LAPSCO ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Erosion torrentielle neige et avalanches ( UR ETGR ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Hong Kong Baptist University ( HKBU ), Institut für Informatik [München/Munich] ( LMU ), Ludwig-Maximilians-Universität München, Neuroépidémiologie Tropicale ( NET ), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique ( GEIST ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Université de Limoges ( UNILIM ), Insight Centre for Data Analytics (National University of Ireland Galway (NUIG)) ( INSIGHT ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), University of Oslo ( UiO ) -University of Oslo ( UiO ), Centro de Estudios Avanzados en Zonas Aridas ( CEAZA ), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne ( EPFL ), Laboratoire d'Ingénierie des Matériaux ( LIM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] ( LBNL ), Samsung Research &Development Institute India - Bangalore (Groupe Samsung) ( SRI-B ), Computational Science and Engineering Department [Daresbury] ( STFC ), Multimedia Research Center ( MRC ), University of Alberta [Edmonton], Division of Biostatistics ( Biostat - MINNEAPOLIS ), University of Minnesota [Minneapolis], University of Southampton [Southampton], Interactions, transferts, ruptures artistiques et culturels - EA 6301 ( InTRu ), Institut Jacques Monod ( IJM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University Medical Center Utrecht, Biologie Fonctionnelle et Adaptative ( BFA ), Imperial College London-Royal Brompton Hospital-National Heart and Lung Institute, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires ( VIM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), National University of Singapore ( NUS ), Centre de Robotique ( CAOR ), MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-PSL Research University ( PSL ), Department of Signal Theory and Communications ( TSC ), RESPEC ( RESPEC ), Advanced Laboratories on Embedded Systems [Roma] ( ALES ), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), Universitat Politècnica de Catalunya [Barcelona] ( UPC ), Institut National de Recherche et d'Analyse Physico-Chimique ( INRAP ), Institut National de Recherche et d'Analyse Physico-chimique (INRAP-Tunisie), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) ( FEMTO-ST ), Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ), Tehran University, Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe ( SAGE ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM - U912 INSERM - AMU - IRD ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Washington State University ( WSU ), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon ( Phys-ENS ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Chimiques de Rennes ( ISCR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de recherche en informatique de Toulouse ( IRIT ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ) -Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Automatique de Nancy ( CRAN ), Université de Lorraine ( UL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Catholique de Louvain ( UCL ), Freie Universität Berlin [Berlin], Div Cyclotron & Radiopharmaceut Sci ( DRDO, INMAS ), Institut de Physique Nucléaire d'Orsay ( IPNO ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Tata Research Development and Design Center ( TRDDC ), Laboratoire MOLTECH-Anjou [Angers] ( MOLTECH ANJOU ), Université d'Angers ( UA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University of Helsinki [Helsinki], Swedish Defense Research Agency ( FOI ), Servicio de Neurologia ( SANTIAGO - Neurologie ), Universidad de Santiago de Chile [Santiago] ( USACH ) -Universidad del Desarrollo, Novartis Pharmaceutical Corp., East Hanover NJ 07936, USA, Laboratoire de glaciologie et géophysique de l'environnement ( LGGE ), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble ( OSUG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Mechanical and Automation Engineering ( CAD Laboratory ), National Institutes of Health ( NIH ), Centre d'étude et de recherche en informatique et communications ( CEDRIC ), Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise ( ENSIIE ) -Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] ( Heudiasyc ), Université de Technologie de Compiègne ( UTC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), College of Information and Electrical Engineering [Beijing] ( CIEE ), China Agricultural University ( CAU ), Queen Mary University of London ( QMUL ), Centre d'économie de la Sorbonne ( CES ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Paris School of Economics ( PSE ), École supérieure du professorat et de l'éducation - Académie de Grenoble ( ESPE Grenoble ), Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), PennState University [Pennsylvania] ( PSU ), Jet Propulsion Laboratory ( JPL ), NASA-California Institute of Technology ( CALTECH ), American University of Beirut [Beyrouth], The University of Sydney [Sydney], Département Optique ( OPT ), Université européenne de Bretagne ( UEB ) -Télécom Bretagne-Institut Mines-Télécom [Paris], Laboratoire des signaux et systèmes ( L2S ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Center for Research in Environmental Epidemiology ( CREAL ), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Center for TeleInFrastruktur ( CTIF ), Aalborg University [Denmark] ( AAU ), Savoirs, Textes, Langage (STL) - UMR 8163 ( STL ), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Indian Institute of Technology Madras ( IIT Madras ), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita ( UNESP ), Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production ( LGI2P ), IMT - Mines Alès Ecole Mines - Télécom ( IMT - MINES ALES ), Institut geològic de Catalunya ( IGC ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Politecnico di Milano [Milan], European Microsoft Innovation Center ( EMIC ), Laboratoire de Mécanique, Physique et Géosciences ( LMPG ), Université Le Havre Normandie ( ULH ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), University of Cambridge [UK] ( CAM ), Laboratoire de Probabilités et Modèles Aléatoires ( LPMA ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Center for Mathematical Modeling ( CMM ), Universidad de Santiago de Chile [Santiago] ( USACH ), London School of Hygiene and Tropical Medicine ( LSHTM ), University of Occupational and Environmental Health [Kitakyushu] ( UEOH ), Indian Institute of Technology Delhi ( IIT Delhi ), Institut de Recherche sur les Phénomènes Hors Equilibre ( IRPHE ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Ecole Centrale de Marseille ( ECM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Universidade Federal de Pernambuco [Recife] ( UFPE ), Nanoscience Institute ( NEST ), Laboratory Of Immune Cell Biology ( LICB ), JRC Institute for Environment and Sustainability ( IES ), European Commission - Joint Research Centre [Ispra] ( JRC ), Bonn Universität [Bonn], Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] ( LNCC / MCT ), Royal Institute of Technology [Stockholm] ( KTH ), National ICT Australia [Sydney] ( NICTA ), Institut d'Histoire et de Philosophie des Sciences et des Techniques ( IHPST ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Département d'Etudes Cognitives - ENS Paris ( DEC ), École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ghent University [Belgium] ( UGENT ), Children’s Hospital of Philadelphia ( CHOP ), Univeristy of Pennsylvania Medical School, Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique ( LHEEA ), École Centrale de Nantes ( ECN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche en Génie Civil et Mécanique ( GeM ), Université de Nantes ( UN ) -École Centrale de Nantes ( ECN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Medical College of Georgia, Electronic Navigation Research Institute ( ENRI ), Department of Computer Science [KAIST] ( CS ), Korea Advanced Institute of Science and Technology ( KAIST ), Laboratoire de l'Accélérateur Linéaire ( LAL ), University of Massachusetts [Boston] ( UMass Boston ), Forouzanfar, Mohammad H, Alexander, Lily, Anderson, H. Ro, Bachman, Victoria F, Biryukov, Stan, Brauer, Michael, Burnett, Richard, Casey, Daniel, Coates, Matthew M, Cohen, Aaron, Delwiche, Kristen, Estep, Kara, Frostad, Joseph J, Kc, Astha, Kyu, Hmwe H, Moradi Lakeh, Maziar, Ng, Marie, Slepak, Erica Leigh, Thomas, Bernadette A, Wagner, Joseph, Aasvang, Gunn Marit, Abbafati, Cristiana, Ozgoren, Ayse Abbasoglu, Abd Allah, Foad, Abera, Semaw F, Aboyans, Victor, Abraham, Biju, Abraham, Jerry Puthenpurakal, Abubakar, Ibrahim, Abu Rmeileh, Niveen M. E, Aburto, Tania C, Achoki, Tom, Adelekan, Ademola, Adofo, Koranteng, Adou, Arsène K, Adsuar, José C, Afshin, Ashkan, Agardh, Emilie E, Al Khabouri, Mazin J, Al Lami, Faris H, Alam, Sayed Saidul, Alasfoor, Deena, Albittar, Mohammed I, Alegretti, Miguel A, Aleman, Alicia V, Alemu, Zewdie A, Alfonso Cristancho, Rafael, Alhabib, Samia, Ali, Raghib, Ali, Mohammed K, Alla, Françoi, Allebeck, Peter, Allen, Peter J, Alsharif, Ubai, Alvarez, Elena, Alvis Guzman, Nelson, Amankwaa, Adansi A, Amare, Azmeraw T, Ameh, Emmanuel A, Ameli, Omid, Amini, Heresh, Ammar, Walid, Anderson, Benjamin O, Antonio, Carl Abelardo T, Anwari, Palwasha, Cunningham, Solveig Argeseanu, Arnlöv, Johan, Arsenijevic, Valentina S. Arsic, Artaman, Al, Asghar, Rana J, Assadi, Reza, Atkins, Lydia S, Atkinson, Charle, Avila, Marco A, Awuah, Baffour, Badawi, Alaa, Bahit, Maria C, Bakfalouni, Talal, Balakrishnan, Kalpana, Balalla, Shivanthi, Balu, Ravi Kumar, Banerjee, Amitava, Barber, Ryan M, Barker Collo, Suzanne L, Barquera, Simon, Barregard, Lar, Barrero, Lope H, Barrientos Gutierrez, Tonatiuh, Basto Abreu, Ana C, Basu, Arindam, Basu, Sanjay, Basulaiman, Mohammed O, Ruvalcaba, Carolina Bati, Beardsley, Justin, Bedi, Neeraj, Bekele, Tolesa, Bell, Michelle L, Benjet, Corina, Bennett, Derrick A, Benzian, Habib, Bernabé, Eduardo, Beyene, Tariku J, Bhala, Neeraj, Bhalla, Ashish, Bhutta, Zulfiqar A, Bikbov, Bori, Abdulhak, Aref A. Bin, Blore, Jed D, Blyth, Fiona M, Bohensky, Megan A, Başara, Berrak Bora, Borges, Guilherme, Bornstein, Natan M, Bose, Dipan, Boufous, Soufiane, Bourne, Rupert R, Brainin, Michael, Brazinova, Alexandra, Breitborde, Nicholas J, Brenner, Hermann, Briggs, Adam D. M, Broday, David M, Brooks, Peter M, Bruce, Nigel G, Brugha, Traolach S, Brunekreef, Bert, Buchbinder, Rachelle, Bui, Linh N, Bukhman, Gene, Bulloch, Andrew G, Burch, Michael, Burney, Peter G. J, Campos Nonato, Ismael R, Campuzano, Julio C, Cantoral, Alejandra J, Caravanos, Jack, Cárdenas, Rosario, Cardis, Elisabeth, Carpenter, David O, Caso, Valeria, Castañeda Orjuela, Carlos A, Castro, Ruben E, Catalá López, Ferrán, Cavalleri, Fiorella, Çavlin, Alanur, Chadha, Vineet K, Chang, Jung Chen, Charlson, Fiona J, Chen, Honglei, Chen, Wanqing, Chen, Zhengming, Chiang, Peggy P, Chimed Ochir, Odgerel, Chowdhury, Rajiv, Christophi, Costas A, Chuang, Ting Wu, Chugh, Sumeet S, Cirillo, Massimo, Claßen, Thomas Kd, Colistro, Valentina, Colomar, Mercede, Colquhoun, Samantha M, Contreras, Alejandra G, Cooper, Cyru, Cooperrider, Kimberly, Cooper, Leslie T, Coresh, Josef, Courville, Karen J, Criqui, Michael H, Cuevas Nasu, Lucia, Damsere Derry, Jame, Danawi, Hadi, Dandona, Lalit, Dandona, Rakhi, Dargan, Paul I, Davis, Adrian, Davitoiu, Dragos V, Dayama, Anand, de Castro, E. Filipa, De la Cruz Góngora, Vanessa, De Leo, Diego, de Lima, Graça, Degenhardt, Louisa, Del Pozo Cruz, Borja, Dellavalle, Robert P, Deribe, Kebede, Derrett, Sarah, Jarlais, Don C. De, Dessalegn, Muluken, Deveber, Gabrielle A, Devries, Karen M, Dharmaratne, Samath D, Dherani, Mukesh K, Dicker, Daniel, Ding, Eric L, Dokova, Klara, Dorsey, E. Ray, Driscoll, Tim R, Duan, Leilei, Durrani, Adnan M, Ebel, Beth E, Ellenbogen, Richard G, Elshrek, Yousef M, Endres, Matthia, Ermakov, Sergey P, Erskine, Holly E, Eshrati, Babak, Esteghamati, Alireza, Fahimi, Saman, Faraon, Emerito Jose A, Farzadfar, Farshad, Fay, Derek F. J, Feigin, Valery L, Feigl, Andrea B, Fereshtehnejad, Seyed Mohammad, Ferrari, Alize J, Ferri, Cleusa P, Flaxman, Abraham D, Fleming, Thomas D, Foigt, Nataliya, Foreman, Kyle J, Paleo, Urbano Fra, Franklin, Richard C, Gabbe, Belinda, Gaffikin, Lynne, Gakidou, Emmanuela, Gamkrelidze, Amiran, Gankpé, Fortuné G, Gansevoort, Ron T, García Guerra, Francisco A, Gasana, Evariste, Geleijnse, Johanna M, Gessner, Bradford D, Gething, Pete, Gibney, Katherine B, Gillum, Richard F, Ginawi, Ibrahim A. M, Giroud, Maurice, Giussani, Giorgia, Goenka, Shifalika, Goginashvili, Ketevan, Dantes, Hector Gomez, Gona, Philimon, de Cosio, Teresita Gonzalez, González Castell, Dinorah, Gotay, Carolyn C, Goto, Atsushi, Gouda, Hebe N, Guerrant, Richard L, Gugnani, Harish C, Guillemin, Franci, Gunnell, David, Gupta, Rahul, Gupta, Rajeev, Gutiérrez, Reyna A, Hafezi Nejad, Nima, Hagan, Holly, Hagstromer, Maria, Halasa, Yara A, Hamadeh, Randah R, Hammami, Mouhanad, Hankey, Graeme J, Hao, Yuantao, Harb, Hilda L, Haregu, Tilahun Nigatu, Haro, Josep Maria, Havmoeller, Rasmu, Hay, Simon I, Hedayati, Mohammad T, Heredia Pi, Ileana B, Hernandez, Lucia, Heuton, Kyle R, Heydarpour, Pouria, Hijar, Martha, Hoek, Hans W, Hoffman, Howard J, Hornberger, John C, Hosgood, H. Dean, Hoy, Damian G, Hsairi, Mohamed, Hu, Guoqing, Hu, Howard, Huang, Cheng, Huang, John J, Hubbell, Bryan J, Huiart, Laetitia, Husseini, Abdullatif, Iannarone, Marissa L, Iburg, Kim M, Idrisov, Bulat T, Ikeda, Nayu, Innos, Kaire, Inoue, Manami, Islami, Farhad, Ismayilova, Samaya, Jacobsen, Kathryn H, Jansen, Henrica A, Jarvis, Deborah L, Jassal, Simerjot K, Jauregui, Alejandra, Jayaraman, Sudha, Jeemon, Panniyammakal, Jensen, Paul N, Jha, Vivekanand, Jiang, Fan, Jiang, Guohong, Jiang, Ying, Jonas, Jost B, Juel, Knud, Kan, Haidong, Roseline, Sidibe S. Kany, Karam, Nadim E, Karch, André, Karema, Corine K, Karthikeyan, Ganesan, Kaul, Anil, Kawakami, Norito, Kazi, Dhruv S, Kemp, Andrew H, Kengne, Andre P, Keren, Andre, Khader, Yousef S, Khalifa, Shams Eldin Ali Hassan, Khan, Ejaz A, Khang, Young Ho, Khatibzadeh, Shahab, Khonelidze, Irma, Kieling, Christian, Kim, Daniel, Kim, Sungroul, Kim, Yunjin, Kimokoti, Ruth W, Kinfu, Yohanne, Kinge, Jonas M, Kissela, Brett M, Kivipelto, Miia, Knibbs, Luke D, Knudsen, Ann Kristin, Kokubo, Yoshihiro, Kose, M. Rifat, Kosen, Soewarta, Kraemer, Alexander, Kravchenko, Michael, Krishnaswami, Sanjay, Kromhout, Han, Ku, Tiffany, Defo, Barthelemy Kuate, Bicer, Burcu Kucuk, Kuipers, Ernst J, Kulkarni, Chanda, Kulkarni, Veena S, Kumar, G. Anil, Kwan, Gene F, Lai, Taavi, Balaji, Arjun Lakshmana, Lalloo, Ratilal, Lallukka, Tea, Lam, Hilton, Lan, Qing, Lansingh, Van C, Larson, Heidi J, Larsson, Ander, Laryea, Dennis O, Lavados, Pablo M, Lawrynowicz, Alicia E, Leasher, Janet L, Lee, Jong Tae, Leigh, Jame, Leung, Ricky, Levi, Miriam, Li, Yichong, Li, Yongmei, Liang, Juan, Liang, Xiaofeng, Lim, Stephen S, Lindsay, M. Patrice, Lipshultz, Steven E, Liu, Shiwei, Liu, Yang, Lloyd, Belinda K, Logroscino, Giancarlo, London, Stephanie J, Lopez, Nancy, Lortet Tieulent, Joannie, Lotufo, Paulo A, Lozano, Rafael, Lunevicius, Raimunda, Ma, Jixiang, Ma, Stefan, Machado, Vasco M. P, Macintyre, Michael F, Magis Rodriguez, Carlo, Mahdi, Abbas A, Majdan, Marek, Malekzadeh, Reza, Mangalam, Srikanth, Mapoma, Christopher C, Marape, Marape, Marcenes, Wagner, Margolis, David J, Margono, Christopher, Marks, Guy B, Martin, Randall V, Marzan, Melvin B, Mashal, Mohammad T, Masiye, Felix, Mason Jones, Amanda J, Matsushita, Kunihiro, Matzopoulos, Richard, Mayosi, Bongani M, Mazorodze, Tasara T, Mckay, Abigail C, Mckee, Martin, Mclain, Abigail, Meaney, Peter A, Medina, Catalina, Mehndiratta, Man Mohan, Mejia Rodriguez, Fabiola, Mekonnen, Wubegzier, Melaku, Yohannes A, Meltzer, Michele, Memish, Ziad A, Mendoza, Walter, Mensah, George A, Meretoja, Atte, Mhimbira, Francis Apolinary, Micha, Renata, Miller, Ted R, Mills, Edward J, Misganaw, Awoke, Mishra, Santosh, Ibrahim, Norlinah Mohamed, Mohammad, Karzan A, Mokdad, Ali H, Mola, Glen L, Monasta, Lorenzo, Hernandez, Julio C. Montañez, Montico, Marcella, Moore, Ami R, Morawska, Lidia, Mori, Rintaro, Moschandreas, Joanna, Moturi, Wilkister N, Mozaffarian, Dariush, Mueller, Ulrich O, Mukaigawara, Mitsuru, Mullany, Erin C, Murthy, Kinnari S, Naghavi, Mohsen, Nahas, Ziad, Naheed, Aliya, Naidoo, Kovin S, Naldi, Luigi, Nand, Devina, Nangia, Vinay, Narayan, Km Venkat, Nash, Deni, Neal, Bruce, Nejjari, Chakib, Neupane, Sudan P, Newton, Charles R, Ngalesoni, Frida N, de Dieu Ngirabega, Jean, Nguyen, Grant, Nguyen, Nhung T, Nieuwenhuijsen, Mark J, Nisar, Muhammad I, Nogueira, José R, Nolla, Joan M, Nolte, Sandra, Norheim, Ole F, Norman, Rosana E, Norrving, Bo, Nyakarahuka, Luke, Oh, In Hwan, Ohkubo, Takayoshi, Olusanya, Bolajoko O, Omer, Saad B, Opio, John Nelson, Orozco, Ricardo, Pagcatipunan, Rodolfo S, Pain, Amanda W, Pandian, Jeyaraj D, Panelo, Carlo Irwin A, Papachristou, Christina, Park, Eun Kee, Parry, Charles D, Caicedo, Angel J. Paternina, Patten, Scott B, Paul, Vinod K, Pavlin, Boris I, Pearce, Neil, Pedraza, Lilia S, Pedroza, Andrea, Stokic, Ljiljana Pejin, Pekericli, Ayfer, Pereira, David M, Perez Padilla, Rogelio, Perez Ruiz, Fernando, Perico, Norberto, Perry, Samuel A. L, Pervaiz, Aslam, Pesudovs, Konrad, Peterson, Carrie B, Petzold, Max, Phillips, Michael R, Phua, Hwee Pin, Plass, Dietrich, Poenaru, Dan, Polanczyk, Guilherme V, Polinder, Suzanne, Pond, Constance D, Pope, C. Arden, Pope, Daniel, Popova, Svetlana, Pourmalek, Farshad, Powles, John, Prabhakaran, Dorairaj, Prasad, Noela M, Qato, Dima M, Quezada, Amado D, Quistberg, D. Alex A, Racapé, Lionel, Rafay, Anwar, Rahimi, Kazem, Rahimi Movaghar, Vafa, Rahman, Sajjad Ur, Raju, Murugesan, Rakovac, Ivo, Rana, Saleem M, Rao, Mayuree, Razavi, Homie, Reddy, K. Srinath, Refaat, Amany H, Rehm, Jürgen, Remuzzi, Giuseppe, Ribeiro, Antonio L, Riccio, Patricia M, Richardson, Lee, Riederer, Anne, Robinson, Margaret, Roca, Anna, Rodriguez, Alina, Rojas Rueda, David, Romieu, Isabelle, Ronfani, Luca, Room, Robin, Roy, Nobhojit, Ruhago, George M, Rushton, Lesley, Sabin, Nsanzimana, Sacco, Ralph L, Saha, Sukanta, Sahathevan, Ramesh, Sahraian, Mohammad Ali, Salomon, Joshua A, Salvo, Deborah, Sampson, Uchechukwu K, Sanabria, Juan R, Sanchez, Luz Maria, Sánchez Pimienta, Tania G, Sanchez Riera, Lidia, Sandar, Logan, Santos, Itamar S, Sapkota, Amir, Satpathy, Maheswar, Saunders, James E, Sawhney, Monika, Saylan, Mete I, Scarborough, Peter, Schmidt, Jürgen C, Schneider, Ione J. C, Schöttker, Ben, Schwebel, David C, Scott, James G, Seedat, Soraya, Sepanlou, Sadaf G, Serdar, Berrin, Servan Mori, Edson E, Shaddick, Gavin, Shahraz, Saeid, Levy, Teresa Shamah, Shangguan, Siyi, She, Jun, Sheikhbahaei, Sara, Shibuya, Kenji, Shin, Hwashin H, Shinohara, Yukito, Shiri, Rahman, Shishani, Kawkab, Shiue, Ivy, Sigfusdottir, Inga D, Silberberg, Donald H, Simard, Edgar P, Sindi, Shireen, Singh, Abhishek, Singh, Gitanjali M, Singh, Jasvinder A, Skirbekk, Vegard, Sliwa, Karen, Soljak, Michael, Soneji, Samir, Søreide, Kjetil, Soshnikov, Sergey, Sposato, Luciano A, Sreeramareddy, Chandrashekhar T, Stapelberg, Nicolas J. C, Stathopoulou, Vasiliki, Steckling, Nadine, Stein, Dan J, Stein, Murray B, Stephens, Natalie, Stöckl, Heidi, Straif, Kurt, Stroumpoulis, Konstantino, Sturua, Lela, Sunguya, Bruno F, Swaminathan, Soumya, Swaroop, Mamta, Sykes, Bryan L, Tabb, Karen M, Takahashi, Ken, Talongwa, Roberto T, Tandon, Nikhil, Tanne, David, Tanner, Marcel, Tavakkoli, Mohammad, Te Ao, Braden J, Teixeira, Carolina M, Téllez Rojo, Martha M, Terkawi, Abdullah S, Texcalac Sangrador, José Lui, Thackway, Sarah V, Thomson, Blake, Thorne Lyman, Andrew L, Thrift, Amanda G, Thurston, George D, Tillmann, Taavi, Tobollik, Myriam, Tonelli, Marcello, Topouzis, Foti, Towbin, Jeffrey A, Toyoshima, Hideaki, Traebert, Jefferson, Tran, Bach X, Trasande, Leonardo, Trillini, Matia, Trujillo, Ulise, Dimbuene, Zacharie Tsala, Tsilimbaris, Miltiadi, Tuzcu, Emin Murat, Uchendu, Uche S, Ukwaja, Kingsley N, Uzun, Selen B, van de Vijver, Steven, Van Dingenen, Rita, van Gool, Coen H, van Os, Jim, Varakin, Yuri Y, Vasankari, Tommi J, Vasconcelos, Ana Maria N, Vavilala, Monica S, Veerman, Lennert J, Velasquez Melendez, Gustavo, Venketasubramanian, N, Vijayakumar, Lakshmi, Villalpando, Salvador, Violante, Francesco S, Vlassov, Vasiliy Victorovich, Vollset, Stein Emil, Wagner, Gregory R, Waller, Stephen G, Wallin, Mitchell T, Wan, Xia, Wang, Haidong, Wang, Jianli, Wang, Linhong, Wang, Wenzhi, Wang, Yanping, Warouw, Tati S, Watts, Charlotte H, Weichenthal, Scott, Weiderpass, Elisabete, Weintraub, Robert G, Werdecker, Andrea, Wessells, K. Ryan, Westerman, Ronny, Whiteford, Harvey A, Wilkinson, James D, Williams, Hywel C, Williams, Thomas N, Woldeyohannes, Solomon M, Wolfe, Charles D. A, Wong, John Q, Woolf, Anthony D, Wright, Jonathan L, Wurtz, Brittany, Xu, Gelin, Yan, Lijing L, Yang, Gonghuan, Yano, Yuichiro, Ye, Pengpeng, Yenesew, Muluken, Yentür, Gökalp K, Yip, Paul, Yonemoto, Naohiro, Yoon, Seok Jun, Younis, Mustafa Z, Younoussi, Zourkaleini, Yu, Chuanhua, Zaki, Maysaa E, Zhao, Yong, Zheng, Yingfeng, Zhou, Maigeng, Zhu, Jun, Zhu, Shankuan, Zou, Xiaonong, Zunt, Joseph R, Lopez, Alan D, Vos, Theo, Murray, Christopher J., Cell biology, Epidemiology, Neurosciences, Health Technology Assessment (HTA), Public Health, General practice, Bachman, Victoria F., Coates, Matthew M., Frostad, Joseph J., Astha, K.C., Kyu, Hmwe H., Moradi-Lakeh, Maziar, Thomas, Bernadette A., Abbasoglu Ozgoren, Ayse, Abd-Allah, Foad, Abera, Semaw F., Puthenpurakal Abraham, Jerry, Abu-Rmeileh, Niveen M.E., Aburto, Tania C., Adou, Arsène K., Adsuar, José C., Agardh, Emilie E., Al Khabouri, Mazin J., Al Lami, Faris H., Albittar, Mohammed I., Alegretti, Miguel A., Aleman, Alicia V., Alemu, Zewdie A., Alfonso-Cristancho, Rafael, Ali, Mohammed K., Allen, Peter J., Alvis-Guzman, Nelson, Amankwaa, Adansi A., Amare, Azmeraw T., Ameh, Emmanuel A., Anderson, Benjamin O., Antonio, Carl Abelardo T., Argeseanu Cunningham, Solveig, Arsic Arsenijevic, Valentina S., Asghar, Rana J., Atkins, Lydia S., Avila, Marco A., Bahit, Maria C., Barber, Ryan M., Barker-Collo, Suzanne L., Barrero, Lope H., Barrientos-Gutierrez, Tonatiuh, Basto-Abreu, Ana C., Basulaiman, Mohammed O., Batis Ruvalcaba, Carolina, Bell, Michelle L., Bennett, Derrick A., Beyene, Tariku J., Bhutta, Zulfiqar A., Bin Abdulhak, Aref A., Blore, Jed D., Blyth, Fiona M., Bohensky, Megan A., Bora Başara, Berrak, Bornstein, Natan M., Bourne, Rupert R., Breitborde, Nicholas J., Briggs, Adam D.M., Broday, David M., Brooks, Peter M., Bruce, Nigel G., Brugha, Traolach S., Bui, Linh N., Bulloch, Andrew G., Burney, Peter G.J., Campos-Nonato, Ismael R., Campuzano, Julio C., Cantoral, Alejandra J., Carpenter, David O., Castañeda-Orjuela, Carlos A., Castro, Ruben E., Catalá-López, Ferrán, Chadha, Vineet K., Chang, Jung-Chen, Charlson, Fiona J., Chiang, Peggy P., Chimed-Ochir, Odgerel, Christophi, Costas A., Chuang, Ting-Wu, Chugh, Sumeet S., Claßen, Thomas K.D., Colquhoun, Samantha M., Contreras, Alejandra G., Cooper, Leslie T., Courville, Karen J., Criqui, Michael H., Cuevas-Nasu, Lucia, Damsere-Derry, Jame, Dargan, Paul I., Davitoiu, Dragos V., De Castro, E. Filipa, De La Cruz-Góngora, Vanessa, De Lima, Graça, Del Pozo-Cruz, Borja, Dellavalle, Robert P., Des Jarlais, Don C., Deveber, Gabrielle A., Devries, Karen M., Dharmaratne, Samath D., Dherani, Mukesh K., Ding, Eric L., Driscoll, Tim R., Durrani, Adnan M., Ebel, Beth E., Ellenbogen, Richard G., Elshrek, Yousef M., Ermakov, Sergey P., Erskine, Holly E., Faraon, Emerito Jose A., Fay, Derek F.J., Feigin, Valery L., Feigl, Andrea B., Fereshtehnejad, Seyed-Mohammad, Ferrari, Alize J., Ferri, Cleusa P., Flaxman, Abraham D., Fleming, Thomas D., Foreman, Kyle J., Fra Paleo, Urbano, Franklin, Richard C., Gankpé, Fortuné G., Gansevoort, Ron T., García-Guerra, Francisco A., Geleijnse, Johanna M., Gessner, Bradford D., Gibney, Katherine B., Gillum, Richard F., Ginawi, Ibrahim A.M., Gomez Dantes, Hector, Gonzalez De Cosio, Teresita, González-Castell, Dinorah, Gotay, Carolyn C., Gouda, Hebe N., Guerrant, Richard L., Gugnani, Harish C., Gutiérrez, Reyna A., Hafezi-Nejad, Nima, Halasa, Yara A., Hamadeh, Randah R., Hankey, Graeme J., Harb, Hilda L., Hay, Simon I., Hedayati, Mohammad T., Heredia-Pi, Ileana B., Heuton, Kyle R., Hoek, Hans W., Hoffman, Howard J., Hornberger, John C., Hosgood, H., Hoy, Damian G., Huang, John J., Hubbell, Bryan J., Iannarone, Marissa L., Iburg, Kim M., Idrisov, Bulat T., Jacobsen, Kathryn H., Jansen, Henrica A., Jarvis, Deborah L., Jassal, Simerjot K., Jensen, Paul N., Jonas, Jost B., Kany Roseline, Sidibe S., Karam, Nadim E., Karema, Corine K., Kazi, Dhruv S., Kemp, Andrew H., Kengne, Andre P., Khader, Yousef S., Ali Hassan Khalifa, Shams Eldin, Khan, Ejaz A., Khang, Young-Ho, Kimokoti, Ruth W., Kinge, Jonas M., Kissela, Brett M., Knibbs, Luke D., Kuate Defo, Barthelemy, Kucuk Bicer, Burcu, Kuipers, Ernst J., Kulkarni, Veena S., Kwan, Gene F., Lakshmana Balaji, Arjun, Lansingh, Van C., Larson, Heidi J., Laryea, Dennis O., Lavados, Pablo M., Lawrynowicz, Alicia E., Leasher, Janet L., Lee, Jong-Tae, Lim, Stephen S., Lipshultz, Steven E., Lloyd, Belinda K., London, Stephanie J., Lortet-Tieulent, Joannie, Lotufo, Paulo A., Machado, Vasco M.P., Macintyre, Michael F., Magis-Rodriguez, Carlo, Mahdi, Abbas A., Mapoma, Christopher C., Margolis, David J., Marks, Guy B., Martin, Randall V., Marzan, Melvin B., Mashal, Mohammad T., Mason-Jones, Amanda J., Mayosi, Bongani M., Mazorodze, Tasara T., Mckay, Abigail C., Meaney, Peter A., Mejia-Rodriguez, Fabiola, Melaku, Yohannes A., Memish, Ziad A., Mensah, George A., Apolinary Mhimbira, Franci, Miller, Ted R., Mills, Edward J., Mohamed Ibrahim, Norlinah, Mohammad, Karzan A., Mokdad, Ali H., Mola, Glen L., Montañez Hernandez, Julio C., Moore, Ami R., Moturi, Wilkister N., Mueller, Ulrich O., Mullany, Erin C., Murthy, Kinnari S., Naidoo, Kovin S., Narayan, K.M. Venkat, Neupane, Sudan P., Newton, Charles R., Ngalesoni, Frida N., Ngirabega, Jean De Dieu, Nguyen, Nhung T., Nieuwenhuijsen, Mark J., Nisar, Muhammad I., Nogueira, José R., Nolla, Joan M., Norheim, Ole F., Norman, Rosana E., Oh, In-Hwan, Olusanya, Bolajoko O., Omer, Saad B., Pagcatipunan, Rodolfo S., Pain, Amanda W., Pandian, Jeyaraj D., Panelo, Carlo Irwin A., Park, Eun-Kee, Parry, Charles D., Paternina Caicedo, Angel J., Patten, Scott B., Paul, Vinod K., Pavlin, Boris I., Pedraza, Lilia S., Pejin Stokic, Ljiljana, Pereira, David M., Perez-Padilla, Rogelio, Perez-Ruiz, Fernando, Perry, Samuel A.L., Phillips, Michael R., Polanczyk, Guilherme V., Pond, Constance D., Prasad, Noela M., Qato, Dima M., Quezada, Amado D., Quistberg, D. Alex A., Rahimi-Movaghar, Vafa, Ur Rahman, Sajjad, Rana, Saleem M., Refaat, Amany H., Ribeiro, Antonio L., Riccio, Patricia M., Rojas-Rueda, David, Ruhago, George M., Sacco, Ralph L., Salomon, Joshua A., Sampson, Uchechukwu K., Sanabria, Juan R., Sánchez-Pimienta, Tania G., Sanchez-Riera, Lidia, Santos, Itamar S., Saunders, James E., Saylan, Mete I., Schmidt, Jürgen C., Schneider, Ione J.C., Schwebel, David C., Scott, James G., Sepanlou, Sadaf G., Servan-Mori, Edson E., Shamah Levy, Teresa, Shin, Hwashin H., Sigfusdottir, Inga D., Silberberg, Donald H., Simard, Edgar P., Singh, Gitanjali M., Singh, Jasvinder A., Sposato, Luciano A., Sreeramareddy, Chandrashekhar T., Stapelberg, Nicolas J.C., Stein, Dan J., Stein, Murray B., Sunguya, Bruno F., Sykes, Bryan L., Tabb, Karen M., Talongwa, Roberto T., Te Ao, Braden J., Teixeira, Carolina M., Téllez Rojo, Martha M., Terkawi, Abdullah S., Texcalac-Sangrador, José Lui, Thackway, Sarah V., Thorne-Lyman, Andrew L., Thrift, Amanda G., Thurston, George D., Towbin, Jeffrey A., Tran, Bach X., Tsala Dimbuene, Zacharie, Uchendu, Uche S., Ukwaja, Kingsley N., Uzun, Selen B., Van De Vijver, Steven, Van Gool, Coen H., Van Os, Jim, Varakin, Yuri Y., Vasankari, Tommi J., Vasconcelos, Ana Maria N., Vavilala, Monica S., Veerman, Lennert J., Velasquez-Melendez, Gustavo, Venketasubramanian, N., Violante, Francesco S., Victorovich Vlassov, Vasiliy, Wagner, Gregory R., Waller, Stephen G., Wallin, Mitchell T., Warouw, Tati S., Watts, Charlotte H., Weintraub, Robert G., Whiteford, Harvey A., Wilkinson, James D., Williams, Hywel C., Williams, Thomas N., Woldeyohannes, Solomon M., Wolfe, Charles D.A., Wong, John Q., Woolf, Anthony D., Wright, Jonathan L., Yan, Lijing L., Yentür, Gökalp K., Yoon, Seok-Jun, Younis, Mustafa Z., Zaki, Maysaa E., Zunt, Joseph R., Lopez, Alan D., and Temesgen, A.M.
Subjects: Male, Fine particulate matter, Nutrition and Disease, MESH : Sanitation, Health Behavior, Diseases, MESH: Metabolic Diseases, MESH: Global Health, 030204 cardiovascular system & hematology, MESH: Risk Assessment, Global Health, MESH : Nutritional Status, MESH: Occupational Exposure, 0302 clinical medicine, Unsafe Sex, MESH: Risk Factors, Risk Factors, Voeding en Ziekte, Medicine, Air-pollution, MESH : Female, 030212 general & internal medicine, MESH : Risk Assessment, Sanitation, Wasting, 2. Zero hunger, Factors de risc en les malalties, Medicine (all), [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Public Health, Global Health, Social Medicine and Epidemiology, General Medicine, MESH : Occupational Diseases, MESH: Nutritional Status, All-cause mortality, MESH : Risk Factors, humanities, Environmental Exposure, Female, Humans, Metabolic Diseases, Nutritional Status, Occupational Diseases, Occupational Exposure, Risk Assessment, Tobacco smoking, 3. Good health, Nutritional Statu, MESH : Occupational Exposure, MESH : Metabolic Diseases, Cohort, medicine.symptom, Risk assessment, Blood-pressure, Human, MESH: Occupational Diseases, Risk factors in diseases, Coronary-heart-disease, MESH : Male, MESH: Health Behavior, MESH: Environmental Exposure, Population health, Body-mass index, 03 medical and health sciences, Household cooking, Cardiovascular-disease, Environmental health, General & Internal Medicine, parasitic diseases, Life Science, MESH: Sanitation, Risk factor, MESH : Health Behavior, VLAG, GBD2013, MESH: Humans, business.industry, Risk Factor, Global Burden of Disease Study, 79 behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks, Long-term exposure, MESH : Humans, CAUSE-SPECIFIC MORTALITY, MESH: Male, Metabolic Disease, Occupational Disease, Folkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi, MALE BRITISH DOCTORS, Years of potential life lost, Relative risk, Malalties, MESH : Global Health, OUTDOOR AIR-POLLUTION, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business, MESH : Environmental Exposure, MESH: Female
Abstract: Summary Background The Global Burden of Disease, Injuries, and Risk Factor study 2013 (GBD 2013) is the first of a series of annual updates of the GBD. Risk factor quantification, particularly of modifiable risk factors, can help to identify emerging threats to population health and opportunities for prevention. The GBD 2013 provides a timely opportunity to update the comparative risk assessment with new data for exposure, relative risks, and evidence on the appropriate counterfactual risk distribution. Methods Attributable deaths, years of life lost, years lived with disability, and disability-adjusted life-years (DALYs) have been estimated for 79 risks or clusters of risks using the GBD 2010 methods. Risk–outcome pairs meeting explicit evidence criteria were assessed for 188 countries for the period 1990–2013 by age and sex using three inputs: risk exposure, relative risks, and the theoretical minimum risk exposure level (TMREL). Risks are organised into a hierarchy with blocks of behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks at the first level of the hierarchy. The next level in the hierarchy includes nine clusters of related risks and two individual risks, with more detail provided at levels 3 and 4 of the hierarchy. Compared with GBD 2010, six new risk factors have been added: handwashing practices, occupational exposure to trichloroethylene, childhood wasting, childhood stunting, unsafe sex, and low glomerular filtration rate. For most risks, data for exposure were synthesised with a Bayesian metaregression method, DisMod-MR 2.0, or spatial-temporal Gaussian process regression. Relative risks were based on meta-regressions of published cohort and intervention studies. Attributable burden for clusters of risks and all risks combined took into account evidence on the mediation of some risks such as high body-mass index (BMI) through other risks such as high systolic blood pressure and high cholesterol. Findings All risks combined account for 57·2% (95% uncertainty interval [UI] 55·8–58·5) of deaths and 41·6% (40·1–43·0) of DALYs. Risks quantified account for 87·9% (86·5−89·3) of cardiovascular disease DALYs, ranging to a low of 0% for neonatal disorders and neglected tropical diseases and malaria. In terms of global DALYs in 2013, six risks or clusters of risks each caused more than 5% of DALYs: dietary risks accounting for 11·3 million deaths and 241·4 million DALYs, high systolic blood pressure for 10·4 million deaths and 208·1 million DALYs, child and maternal malnutrition for 1·7 million deaths and 176·9 million DALYs, tobacco smoke for 6·1 million deaths and 143·5 million DALYs, air pollution for 5·5 million deaths and 141·5 million DALYs, and high BMI for 4·4 million deaths and 134·0 million DALYs. Risk factor patterns vary across regions and countries and with time. In sub-Saharan Africa, the leading risk factors are child and maternal malnutrition, unsafe sex, and unsafe water, sanitation, and handwashing. In women, in nearly all countries in the Americas, north Africa, and the Middle East, and in many other high-income countries, high BMI is the leading risk factor, with high systolic blood pressure as the leading risk in most of Central and Eastern Europe and south and east Asia. For men, high systolic blood pressure or tobacco use are the leading risks in nearly all high-income countries, in north Africa and the Middle East, Europe, and Asia. For men and women, unsafe sex is the leading risk in a corridor from Kenya to South Africa. Interpretation Behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks can explain half of global mortality and more than one-third of global DALYs providing many opportunities for prevention. Of the larger risks, the attributable burden of high BMI has increased in the past 23 years. In view of the prominence of behavioural risk factors, behavioural and social science research on interventions for these risks should be strengthened. Many prevention and primary care policy options are available now to act on key risks. Funding Bill & Melinda Gates Foundation. Background The Global Burden of Disease, Injuries, and Risk Factor study 2013 (GBD 2013) is the fi rst of a series of annual updates of the GBD. Risk factor quantifi cation, particularly of modifi able risk factors, can help to identify emerging threats to population health and opportunities for prevention. The GBD 2013 provides a timely opportunity to update the comparative risk assessment with new data for exposure, relative risks, and evidence on the appropriate counterfactual risk distribution. Methods Attributable deaths, years of life lost, years lived with disability, and disability-adjusted life-years (DALYs) have been estimated for 79 risks or clusters of risks using the GBD 2010 methods. Risk–outcome pairs meeting explicit evidence criteria were assessed for 188 countries for the period 1990–2013 by age and sex using three inputs: risk exposure, relative risks, and the theoretical minimum risk exposure level (TMREL). Risks are organised into a hierarchy with blocks of behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks at the fi rst level of the hierarchy. The next level in the hierarchy includes nine clusters of related risks and two individual risks, with more detail provided at levels 3 and 4 of the hierarchy. Compared with GBD 2010, six new risk factors have been added: handwashing practices, occupational exposure to trichloroethylene, childhood wasting, childhood stunting, unsafe sex, and low glomerular fi ltration rate. For most risks, data for exposure were synthesised with a Bayesian metaregression method, DisMod-MR 2.0, or spatial-temporal Gaussian process regression. Relative risks were based on meta-regressions of published cohort and intervention studies. Attributable burden for clusters of risks and all risks combined took into account evidence on the mediation of some risks such as high body-mass index (BMI) through other risks such as high systolic blood pressure and high cholesterol. Findings All risks combined account for 57·2% (95% uncertainty interval [UI] 55·8–58·5) of deaths and 41·6% (40·1–43·0) of DALYs. Risks quantified account for 87·9% (86·5−89·3) of cardiovascular disease DALYs, ranging to a low of 0% for neonatal disorders and neglected tropical diseases and malaria. In terms of global DALYs in 2013, six risks or clusters of risks each caused more than 5% of DALYs: dietary risks accounting for 11·3 million deaths and 241·4 million DALYs, high systolic blood pressure for 10·4 million deaths and 208·1 million DALYs, child and maternal malnutrition for 1·7 million deaths and 176·9 million DALYs, tobacco smoke for 6·1 million deaths and 143·5 million DALYs, air pollution for 5·5 million deaths and 141·5 million DALYs, and high BMI for 4·4 million deaths and 134·0 million DALYs. Risk factor patterns vary across regions and countries and with time. In sub-Saharan Africa, the leading risk factors are child and maternal malnutrition, unsafe sex, and unsafe water, sanitation, and handwashing. In women, in nearly all countries in the Americas, north Africa, and the Middle East, and in many other high-income countries, high BMI is the leading risk factor, with high systolic blood pressure as the leading risk in most of Central and Eastern Europe and south and east Asia. For men, high systolic blood pressure or tobacco use are the leading risks in nearly all high-income countries, in north Africa and the Middle East, Europe, and Asia. For men and women, unsafe sex is the leading risk in a corridor from Kenya to South Africa. Interpretation Behavioural, environmental and occupational, and metabolic risks can explain half of global mortality and more than one-third of global DALYs providing many opportunities for prevention. Of the larger risks, the attributable burden of high BMI has increased in the past 23 years. In view of the prominence of behavioural risk factors, behavioural and social science research on interventions for these risks should be strengthened. Many prevention and primary care policy options are available now to act on key risks. Funding Bill & Melinda Gates Foundation.
Published: 2015
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8. Genome editing reveals developmental dependencies on specific types of vitellogenesis in Zebrafish (Danio rerio)

Author: Yilmaz, Ozlem, Patinote, Amélie, Nguyen, Thuy Thao Vi, Com, Emmanuelle, Pineau, Charles, Bobe, Julien, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), U1085 Protim, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Institut de recherche en santé, environnement et travail ( Irset ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: fish, animal structures, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], analyse phénotypique, gène knockout, [SDV]Life Sciences [q-bio], survie embryo larvaire, education, fungi, gène codant, vitellogénèse, poisson zèbre, physiologie de la reproduction, [SDV] Life Sciences [q-bio], reproduction, stomatognathic system, poisson, danio rerio, cyprinidae, danio devario, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, health care economics and organizations
Abstract: Genome editing reveals developmental dependencies on specific types of vitellogenesis in Zebrafish (Danio rerio). 11. International Symposium on Reproductive Physiology of Fish
Published: 2018

9. Molecular portrait of egg quality and novel maternal-effect genes

Author: Cheung, Caroline, Nguyen, Thuy Thao Vi, Le Cam, Aurélie, Patinote, Amélie, Zarski, D., Journot, L., Reynes, C., Bobe, Julien, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Warmia and Mazury, Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA). Manaus, BRA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Montpellier GenomiX ( MGX ), Institut de Génomique Fonctionnelle, ProdInra, Archive Ouverte, University of Warmia and Mazury [Olsztyn], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: fish, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], qualité des oeufs, [SDV]Life Sciences [q-bio], poisson zèbre, physiologie de la reproduction, ovogenèse, mécanisme moléculaire, [SDV] Life Sciences [q-bio], reproduction, oeuf de poisson, poisson, danio rerio, cyprinidae, gène à effet maternel, danio devario, CRISPR/Cas9, expression des gènes
Abstract: un poster présenté; International audience; Good quality or developmentally competent fish eggs are successfully fertilized and develop normally as viable, non-malformed embryos. However, the detailed mechanisms involved in egg quality remain poorly understood and, at present, no predictive markers of egg quality exist. Early developmental success relies on maternally-inherited molecules deposited in the oocyte throughout oogenesis, and over the last few years, our work has aimed at drawing the molecular picture of poorly competent (i.e. bad quality) fish eggs in order to (1) further uncover the molecular mechanisms associated with low developmental success, (2) reveal new maternal-effect genes that play important roles during early development, and (3) possibly obtain molecular signatures based on maternal mRNA profiles in fertilized eggs that could be used as predictive markers of good quality eggs. A large transcriptomic analysis was performed in zebrafish (Danio rerio) using a high number of egg clutches obtained under normal husbandry conditions that reflect naturally occurring variability in egg quality. The differentially expressed gene profile revealed dysregulation of genes involved in translation and protein synthesis. Interestingly, translation was also one of the main processes dysregulated in a similar study conducted in Sea Bass (Dicentrarchus labrax). Analysis of a smaller number of zebrafish females that consistently produced bad eggs demonstrated a much lower variability in expression profiles that resulted in a higher number of differentially expressed genes identified between good and bad quality eggs. These indicate that while common/general traits of bad quality egg exist, a multiplicity of other factors can dysregulate specific processes that ultimately lead to reduced egg quality. To gain insight into their functions, genome editing using the CRISPR/Cas9 technology was performed to create mutants of two new potential maternal-effect genes, otulina (OTU deubiquitinase with linear linkage specificity a) and slc29a1a (solute carrier family 29, member 1a), that are especially abundant in the ovary. Due to the high efficiency of this technique, mutations could not be transmitted to the next generation and the phenotype was analyzed in F0 females. We observed that both otulina and slc29a1a mutant-derived eggs had very low developmental success. Eggs from mutant females crossed with vasa:eGFP males do not contain GFP, suggesting that they cannot be fertilized. These novel findings showed for the first time that otulina and slc29a1a are essential for the developmental competence of eggs, therefore, are crucial maternal-effect genes. Finally, we applied statistical modeling using Partial Least Square (PLS) regression and genetic algorithm to our data to search for possible molecular signatures. We observed the presence of strong gene signatures, which were statistically robust both in terms of reproducibility and validation by pseudo-data, to link gene expression to the survival rate of eggs in our transcriptomic data. In summary, the molecular mechanisms that control egg quality are complex and probably variable even though some core processes including translation and proteins synthesis appear to play a key role. Yet, some maternaleffect genes have been identified that are important for fertilization. Finally, it appears possible to statistically predict developmental success based on the molecular portrait of the egg.
Published: 2018

10. Development of Ovaries and Sex Change in Fish: Bringing Potential into Action

Author: Mateus Contar Adolfi, Alexandra Depincé, Ming Wen, Qiaowei Pan, Amaury Herpin, University of Würzburg = Universität Würzburg, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hunan Normal University (HNU), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), and European Project: 871108 ,AQUAEXCEL3.0
Subjects: Oocyte, Embryology, Fish, Plasticity, [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Ovary, Germ cells, Ovarian development, Gonadal differentiation, Developmental Biology
Abstract: Background: Encompassing about half of the 60,000 species of vertebrates, fish display the greatest diversity of sex determination mechanisms among metazoans. As such that phylum offers a unique playground to study the impressive variety of gonadal morphogenetic strategies, ranging from gonochorism, with either genetic or environmental sex determination, to unisexuality, with either simultaneous or consecutive hermaphroditism. Summary: From the two main types of gonads, the ovaries embrace the important role to produce the larger and non-motile gametes, which is the basis for the development of a future organism. The production of the egg cells is complex and involves the formation of follicular cells, which are necessary for the maturation of the oocytes and the production of feminine hormones. In this vein, our review focuses on the development of ovaries in fish with special emphasis on the germ cells, including those that transition from one sex to the other as part of their life cycle and those that are capable of transitioning to the opposite sex depending on environmental cues. Key messages: Clearly, establishing an individual as either a female or a male is not accomplished by the sole development of two types of gonads. In most cases, that dichotomy, be it final or transient, is accompanied by coordinated transformations across the entire organism, leading to changes in the physiological sex as a whole. These coordinated transformations require both molecular and neuroendocrine networks, but also anatomical and behavioural adjustments. Remarkably, fish managed to tame the ins and outs of sex reversal mechanisms to take the most advantages of changing sex as adaptive strategies in some situations.
Published: 2023
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11. Multi-tissue transcriptomic study reveals the main role of liver in the chicken adaptive response to a switch in dietary energy source through the transcriptional regulation of lipogenesis

Author: David Causeur, Cécile Berri, Magalie Houée-Bigot, Christelle Hennequet-Antier, Colette Désert, Yuna Blum, Morgane Boutin, Elisabeth Baéza, Jérôme Montfort, Sonia Métayer-Coustard, E. Le Bihan, Anne Collin, Michel J. Duclos, Sandrine Lagarrigue, M. Aite, Florence Gondret, A. le Cam, Pierre-François Roux, S. Allais, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), AGROCAMPUS OUEST [Le Rheu], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), This project received financial support from French National Agency of Research (FatInteger project, ANR-11-SVS7) and also used data from the ChickStress Project (ANR-13-ADAP)., ANR-11-BSV7-0004,FatInteger,Recherche de régulateurs clefs de la plasticité lipidique chez deux espèces monogastriques majeures (porc et poule) en combinant des données haut débit et des approches statistique, bioinformatique et phylogénique.(2011), ANR-13-ADAP-0014,ChickStress,Mécanismes d'adaptation à la chaleur et à un aliment suboptimal chez la poule pondeuse(2013), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Recherche Mathématique de Rennes ( IRMAR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST-École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), ANR FatInteger project (ANR-11-SVS7), ANR ChickStress Project (ANR-13-ADAP), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest
Subjects: 0301 basic medicine, Dietary Fiber, Transcription, Genetic, Adipose tissue, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Transcriptome, chemistry.chemical_compound, Transcriptional regulation, Beta oxidation, lipogénèse, Animal biology, 2. Zero hunger, Regulation of gene expression, Fat diet, TADA2A, amidon, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Starch, Lipid, polyunsaturated fatty acid, foie, Chicken, SREBF1, Biochemistry, Liver, fibre, Lipogenesis, animal feeding, Energy source, Biotechnology, fiber, expression des gènes, Research Article, Regulation, Meat, lcsh:QH426-470, alimentation animale, lcsh:Biotechnology, poulet, Biology, Diet, High-Fat, 03 medical and health sciences, acide gras polyinsaturé, lcsh:TP248.13-248.65, Biologie animale, Genetics, Animals, Adaptation, Gene expression, PUFA, Fatty acid synthesis, lipide, 030102 biochemistry & molecular biology, transcriptomique, lcsh:Genetics, 030104 developmental biology, chemistry, Gene Expression Regulation, liver function tests, régulation génique, Chickens
Abstract: The 178 microarrays are MIAME compliant and available in Gene Expression Omnibus (GEO) through GEO Series accession number GSE104042 andplatform number GPL19630.; International audience; Background: Because the cost of cereals is unstable and represents a large part of production charges for meattype chicken, there is an urge to formulate alternative diets from more cost-effective feedstuff. We have recently shown that meat-type chicken source is prone to adapt to dietary starch substitution with fat and fiber. The aim of this study was to better understand the molecular mechanisms of this adaptation to changes in dietary energy sources through the fine characterization of transcriptomic changes occurring in three major metabolic tissues – liver, adipose tissue and muscle – as well as in circulating blood cells.Results: We revealed the fine-tuned regulation of many hepatic genes encoding key enzymes driving glycogenesis and de novo fatty acid synthesis pathways and of some genes participating in oxidation. Among the genes expressed upon consumption of a high-fat, high-fiber diet, we highlighted CPT1A, which encodes a key enzyme in the regulation of fatty acid oxidation. Conversely, the repression of lipogenic genes by the high-fat diet was clearly associated with the downregulation of SREBF1 transcripts but was not associated with the transcript regulation of MLXIPL and NR1H3, which are both transcription factors. This result suggests a pivotal role for SREBF1 in lipogenesis regulation in response to a decrease in dietary starch and an increase in dietary PUFA. Other prospective regulators of de novo hepatic lipogenesis were suggested, such as PPARD, JUN, TADA2A and KAT2B, the last two genes belonging to the lysine acetyl transferase (KAT) complex family regulating histone and non-histone protein acetylation. Hepatic glycogenic genes were also down-regulated in chickens fed a high-fat, high-fiber diet compared to those in chickens fed a starch-based diet. No significant dietary-associated variations in gene expression profiles was observed in the other studied tissues, suggesting that the liver mainly contributed to the adaptation of birds to changes in energy source and nutrients in their diets, at least at the transcriptional level. Moreover, we showed that PUFA deposition observed in the different tissues may not rely on transcriptional changes.Conclusion: We showed the major role of the liver, at the gene expression level, in the adaptive response of chicken to dietary starch substitution with fat and fiber.
Published: 2017
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12. Animal consciousness

Author: Le Neindre, Pierre, Bernard, Emilie, Boissy, Alain, Boivin, Xavier, Calandreau, Ludovic, Delon, Nicolas, Deputte, Bertrand, Desmoulin‐Canselier, Sonia, Dunier-Thomann, Muriel, Faivre, Nathan, Giurfa, Martin, Guichet, Jean-Luc, Lansade, Léa, Larrère, Raphaël, Mormède, Pierre, Prunet, Patrick, Schaal, Benoist, SERVIERE, Jacques, Terlouw, Claudia, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environmental Studies and Animal Studies, New York University, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Centre d'économie de la Sorbonne ( CES ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ), UMR 5169 Centre de recherches sur la cognition animale, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), CAREF Ecole supérieure du professorat et de l’éducation de Beauvais, Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), UR Ritme, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), AgroParisTech, EFSA-Q-2015-00390, European Food Safety Authority, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Centre d'économie de la Sorbonne (CES), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Commanditaire : European Food Safety Authority (Italy), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Organisations européennes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], épistémologie, cognition animale, adaptation animale, conscience, Awareness, perception, consciousness, phylogeny, comportement animal, Philosophy, Neurobiology, neurobiologie, phylogénie, Behaviour, pain, animal, douleur, Adaptation, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract: After reviewing the literature on current knowledge about consciousness in humans, we present a state-of-the art discussion on consciousness and related key concepts in animals. Obviously much fewer publications are available on non-human species than on humans, most of them relating to laboratory or wild animal species, and only few to livestock species. Human consciousness is by definition subjective and private. Animal consciousness is usually assessed through behavioural performance. Behaviour involves a wide array of cognitive processes that have to be assessed separately using specific experimental protocols. Accordingly, several processes indicative of the presence of consciousness are discussed: perception and cognition, awareness of the bodily-self, self-related knowledge of the environment (including social environment). When available, specific examples are given in livestock species. Next, we review the existing evidence regarding neuronal correlates of consciousness, and emphasize the difficulty of linking aspects of consciousness to specific neural structures across the phyla because high-level cognitive abilities may have evolved independently along evolution. Several mammalian brain structures (cortex and midbrain) are involved in the manifestations of consciousness, while the equivalent functional structures for birds and fishes would likely be the pallium/tectum and midbrain. Caution is required before excluding consciousness in species not having the same brain structures as the mammalian ones as different neural architectures may mediate comparable processes. Finally, specific neurophysiological mechanisms appear to be strongly linked to the emergence of consciousness, namely neural synchrony and neural feedback. Considering the limited amount of data available and the few animal species studied so far, we conclude that different manifestations of consciousness can be observed in animals but that further refinement is still needed to characterize their level and content in each species. Further research is required to clarify these issues, especially in livestock species.
Published: 2017

13. La conscience animale: Une expertise scientifique collective de l’Inra

Author: Le Neindre, Pierre, Dunier-Thomann, Muriel, Boissy, Alain, BERNARD, Emilie, Boivin, Xavier, Calandreau, Ludovic, Delon, Nicolas, Deputte, Bertrand, Desmoulin‐Canselier, Sonia, Faivre, Nathan, Giurfa, Martin, Guichet, Jean‐Luc, Lansade, Léa, Larrère, Raphaël, Mormède, Pierre, Prunet, Patrick, Schaal, Benoist, SERVIERE, Jacques, Terlouw, Claudia, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Environmental Studies and Animal Studies, New York University [New York] (NYU), NYU System (NYU)-NYU System (NYU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Centre d'économie de la Sorbonne (CES), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, CAREF Ecole supérieure du professorat et de l’éducation de Beauvais, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), UR Ritme, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), AgroParisTech, EFSA-Q-2015-00390, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), New York University, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Centre d'économie de la Sorbonne ( CES ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ), UMR 5169 Centre de recherches sur la cognition animale, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC )
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], philosophy, neurobiology, expertise collective, conscience, bien-être animal, adaptation, consciousness, behaviour, animal welfare, neurobiologie, awareness, pain, animal, douleur, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract: Ce dossier a préalablement été publié par l’Inra sur son site : http://institut.Inra.fr/Missions/Eclairer-les-decisions/Expertises/Toutes-les-actualites/Conscience-animale; This paper presents the outcome of a scientific multidisciplinary assessment on animal consciousness carried out by Inra from 2015 to 2017. The experts, produced in a 169 pages report in English, an exhaustive analysis of the scientific and philosophical knowledge available in the international literature. It first describes the knowledge about humans in which the concepts and tools describing consciousness have been developed. The available data on animals are much less numerous, but they make it possible to draw firm conclusions, even if they still require more data. Most of the reported results were obtained on laboratory and wild vertebrates and little on livestock species. Consciousness is defined as the subjective experience that the animal has of its environment and of its own knowledge. The overall view of the behavioral, cognitive and neurobiological studies analyzed in the report tends to show the existence of elaborate consciousness contents in the species studied. The consequences for animals of the presence of consciousness on pain and on ethical behavior towards them are presented. Additional researches should complement existing ones, particularly on farmed species.; Ce dossier présente les résultats d’une expertise scientifique collective sur la conscience animale réalisée par l’Inra en 2015-2017. Les experts ont produit dans un rapport de 169 pages en anglais une analyse exhaustive des connaissances scientifiques et philosophiques disponibles dans la littérature internationale. Il décrit tout d’abord les connaissances sur les humains où ont été élaborés les concepts et les outils décrivant la conscience. Les données disponibles sur les animaux sont beaucoup moins nombreuses mais elles permettent cependant de tirer des conclusions solides, même si elles demandent à être confortées. La plupart des résultats rapportés ont été obtenus sur des vertébrés de laboratoire ou sauvages et peu sur les espèces de rente. La conscience est définie comme l’expérience subjective que l’animal a de son environnement et de ses propres connaissances. La vision d’ensemble des études comportementales, cognitives et neurobiologiques analysées dans le rapport tend à montrer l’existence de contenus élaborés de conscience chez les espèces étudiées. Les conséquences pour les animaux de la présence d’une conscience sur la douleur et sur les conduites éthiques vis-à-vis d’eux sont présentées. Des recherches supplémentaires devront compléter celles existantes, particulièrement sur les espèces d’élevage.
Published: 2017

14. The advantage of channeling nucleotides for very processive functions

Author: Philippe Chavrier, Diana Zala, Mathieu Boissan, Thomas Desvignes, Julien Bobe, Aurélien Roux, Uwe Schlattner, Laboratoire Plasticité du Cerveau (PdC), ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Paris Sciences et Lettres (PSL), Laboratoire de bioénergétique fondamentale et appliquée (LBFA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Curie, Pathologies biliaires, fibrose et cancer du foie (Inserm UMR_S 938), CHU Saint-Antoine [APHP]-Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Fondation pour la Recherche Médicale (FRM DPM20121125557), Groupement des Entreprises Françaises contre le Cancer (GEFLUC R16170DD/RAK16044DDA), Ecole Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris ( ESPCI ParisTech ), Laboratoire de bioénergétique fondamentale et appliquée ( LBFA ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Station commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement ( SCRIBE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -IFR140, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire d'acoustique de l'université du Mans ( LAUM ), Le Mans Université ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UMRS 938 : Saint-Antoine Research Center, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire Plasticité du Cerveau Brain Plasticity (UMR 8249) (PdC), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Fundamental and Applied Bioenergetics = Laboratoire de bioénergétique fondamentale et appliquée (LBFA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), University of Oregon [Eugene], Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Swiss National Centre for Competence in Research Programme Chemical Biology (NCCR-Chemical Biology), Institut Curie [Paris], Pathologies biliaires, fibrose et cancer du foie [CRSA], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Chavrier, Philippe, Pathologies biliaires, fibrose et cancer du foie [CHU Saint-Antoine], Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0301 basic medicine, GTP', ATPase, [SDV]Life Sciences [q-bio], Review, GTPase, bioenergetics, mécanisme moléculaire, chemistry.chemical_compound, atp, 0302 clinical medicine, Cell Signaling, canalisation, General Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics, glycolyse, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, gtp, Kinase, nucleoside diphosphate kinase, Articles, General Medicine, glycolysis, Nucleoside-diphosphate kinase, [SDV] Life Sciences [q-bio], pipe, ddc:540, Nucleoside triphosphate, Glycolysis, bioénergétique, medicine.drug, métabolisme énergétique, oxidative phosphorylation, Guanosine, Nucleoside diphosphate kinase, Bioenergetics, Biology, atpase, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, dynamin, medicine, creatine kinase, Oxidative phosphorylation, Creatine kinase, General Immunology and Microbiology, [ SDV.BC ] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, cell, Adenosine, ATP, Dynamin, 030104 developmental biology, chemistry, biology.protein, Biophysics, enzyme glycolytique, cellule, Neuroscience, GTP, 030217 neurology & neurosurgery, nucléoside triphosphatase, Membranes & Sorting
Abstract: [version 2]; International audience; Nucleoside triphosphate (NTP)s, like ATP (adenosine 5'-triphosphate) and GTP (guanosine 5'-triphosphate), have long been considered sufficiently concentrated and diffusible to fuel all cellular ATPases (adenosine triphosphatases) and GTPases (guanosine triphosphatases) in an energetically healthy cell without becoming limiting for function. However, increasing evidence for the importance of local ATP and GTP pools, synthesised in close proximity to ATP-or GTP-consuming reactions, has fundamentally challenged our view of energy metabolism. It has become evident that cellular energy metabolism occurs in many specialised 'microcompartments', where energy in the form of NTPs is transferred preferentially from NTP-generating modules directly to NTP-consuming modules. Such energy channeling occurs when diffusion through the cytosol is limited, where these modules are physically close and, in particular, if the NTP-consuming reaction has a very high turnover,. is i.e very processive. Here, we summarise the evidence for these conclusions and describe new insights into the physiological importance and molecular mechanisms of energy channeling gained from recent studies. In particular, we describe the role of glycolytic enzymes for axonal vesicle transport and nucleoside diphosphate kinases for the functions of dynamins and dynamin-related GTPases. Keywords
Published: 2017
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15. Composition of the Rainbow trout testicular extracellular matrix using diaPASEF

Author: Guével, Blandine, Chenais, Nathalie, Lavigne, Régis, Brionne, Aurélien, Com, Emmanuelle, Pineau, Charles, Lareyre, Jean-Jacques, EHESP-Irset (EHESP-Irset), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Plate-forme protéomique [Rennes], and Plateforme Génomique Santé Biogenouest®
Subjects: Rainbow trout, [SDV]Life Sciences [q-bio], Testis, Extracellular matrix, sexual maturation
Abstract: International audience
Published: 2023

16. Composition of the rainbow trout testicular extracellular matrix and progress towards the development of testicular organoids

Author: Chenais, Nathalie, Nobrega, Rafael Henrique, Lavigne, Régis, Brionne, Aurélien, Thomas, Manon, Porcon, Béatrice, Branthonne, Adèle, Burel, Agnès, Gouttefangeas, Francis, Com, Emmanuelle, Lareyre, Jean-Jacques, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Proteomics Core Facility (Protim), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de Microscopie Electronique à Balayage et microAnalyse (C.M.E.B.A.), and Université de Rennes (UR)
Subjects: fish, extracellular mattrix, [SDV]Life Sciences [q-bio], Proteomic, testis, organoids
Abstract: International audience
Published: 2023

17. Prédire la qualité des viandes : mythe ou réalité ? Etat des lieux des avancées récentes réalisées dans le domaine de la prédiction des qualités des viandes ; réflexion sur les perspectives d’application: Etat des lieux des avancées récentes réalisées dans le domaine de la prédiction des qualités des viandes ; réflexion sur les perspectives d’application

Author: Cécile Berri, Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Jesus Donato Andueza Urra, Antoine Vautier, Pascal Chartrin, Stéphane Beauclercq, Florence, Isabelle Legrand, Jean-François Hocquette, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service Qualité des viandes, Institut de l'Elevage, Unité de Recherches Avicoles (URA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut de l'élevage (IDELE), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: perspective d'application, viande, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], qualité, marqueur biologique, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, perspective avancee, qualité de la viande, truite, qualité de la chair, spectroscopie, tendrete de la viande, volaille, qualité nutritionnelle, meat, phénotype, viande bovine, poisson, viande porcine, produit carné, prédiction, spectroscopie proche infrarouge, modèle phénotypique
Abstract: Cette revue a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de la qualité des viandes. Elle aborde différentes démarches menées au sein des principales filières de production pour développer des équations puis des outils prédictifs basés sur différents types de marqueurs biologiques (génomiques ou phénotypiques) ou physiques (spectroscopiques). Au travers des différents exemples présentés, il apparaît que l’identification de marqueurs biologiques se confronte au déterminisme complexe des paramètres de qualité qui rend encore difficile la mise au point de tests moléculaires génériques utilisables sur le terrain. Toutefois, les avancées ont été notables ces dernières années bénéficiant des récents développements technologiques en génomique, protéomique et métabolomique. Les premières équations de prédiction de la qualité sensorielle et du potentiel technologique des viandes laissent entrevoir des possibilités d’applications dans les années à venir. Concernant la spectroscopie, les principaux résultats ont été obtenus dans le domaine de la Spectroscopie Proche Infrarouge (SPIR) avec des développements aboutis pour prédire la composition et la valeur nutritionnelle des viandes. La prédiction du potentiel technologique des viandes à l’aide de cette méthode et surtout de la qualité sensorielle est en revanche plus difficile. Enfin, l’exemple du modèle phénotypique MSA (« Meat Standards Australia ») de prévision de la qualité sensorielle de la viande bovine basée sur une combinaison de données d’amont et d’aval et dont la plus-value pour la filière a été démontrée en Australie, présente une généricité qui a déjà été éprouvée dans plusieurs pays., This review was aimed at providing an overview of recent advancements obtained in the field of meat quality prediction. The different methods used in the production sectors for the development of equations and the tools used based on different types of biological markers (genomic or phenotypic) or physical (spectroscopy) are discussed. Through the different examples that are presented, it appears that the identification of biological markers is confronted with the complex determinism of quality parameters. This makes the development of generic molecular tests to be used on the field even more difficult. However, in recent years, progress has been made, benefitting from genomics, proteomics and metabolomics technological developments. The first equations that predict the sensorial quality and the technological potential of meat hint to possible applications in the near future. Concerning spectroscopy, the main results were obtained using Near Infrared Spectroscopy (NIR) with developments obtained for the prediction of the composition and nutritional value of meats. The prediction of the technological potential of meats using this method and mainly the sensorial quality is, however, more difficult. Finally, the example of the MSA (« Meat Standards Australia ») phenotypic model which predicts the sensorial quality of bovine meat based on a combination of upstream and downstream data and whose added-value for the sector has been identified in Australia, presents a genericness that has already been proven in several countries.
Published: 2016

18. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Synthèse de l’expertise scientifique collective

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joel Aubin, Marc Benoit, Vincent Chatellier, Zohra Bouamra-Mechemache, Luc Delaby, Claire Delfosse, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Petr Havlik, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Bertrand Méda, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Isabelle Savini, Jonathan Hercule, Catherine Donnars, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie (LERECO CEDRAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Agroscope, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Recherches Avicoles (SRA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Collège de Direction, Unité Prospective (PROSPECTIVE), auto-saisine, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Unité de Recherches Avicoles (URA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Collège de Direction (CODIR), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Commanditaire : (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Laboratoire d'Études et de Recherches en Economie ( LERECO CEDRAN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Recherches Avicoles ( SRA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), and Unité Prospective ( PROSPECTIVE )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, cultural inheritance, nitrogen, service écosystémique, labour, patrimoine culinaire, droit de l'environnement, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, phosphorus, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, gastronomie régionale, azote, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, climat, market, patrimoine culturel, expertise collective, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, système d'élevage, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, marché, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, phosphore, évaluation de l'impact environnemental, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, travail, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe
Abstract: À la demande des ministères en charge de l’Écologie et de l’Agriculture, et de l’Ademe, l’Inra a conduit une expertise scientifique collective sur les systèmes d’élevage européens et leurs produits. Leurs rôles, leurs impacts économiques, sociaux et environnementaux, ainsi que les services marchands ou non marchands qu’ils rendent à la société ont été analysés sur la base d’un important travail de synthèse bibliographique internationale. Les résultats, qui suggèrent aussi des leviers d’action pour les différents systèmes d’élevage, sont présentés et mis en débat lors d’un colloque le 30 novembre 2016 à Paris.
Published: 2016

19. Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final

Author: Bertrand Dumont, Pierre Dupraz, Joël Aubin, Miroslav Batka, Diane Beldame, Jaume Boixadera, Alain Bousquet-Mélou, Marc Benoit, Zohra Bouamra-Mechemache, Vincent Chatellier, Michael Corson, Luc Delaby, Claire Delfosse, Catherine Donnars, Jean-Yves Dourmad, Michel Duru, Nadège Edouard, Estelle Fourat, Lise Frappier, Marine Friant-Perrot, Carl Gaigné, Agnès Girard, Jean-Luc Guichet, Nadia Haddad, Petr Havlik, Jonathan Hercule, Nathalie Hostiou, Olivier Huguenin-Elie, Katja Klumpp, Alexandra Langlais, Servane Lavenant, Sophie Le Perchec, Olivier Lepiller, Elodie Letort, Fabrice Levert, Bruno Martin, Bertrand Méda, Elise Line Mognard, Christian Mougin, Carlos Ortiz, Laurent Piet, Thierry Pineau, Julie Ryschawy, Rodolphe Sabatier, Stéphane Turolla, Isabelle Veissier, Etienne Verrier, Dominique Vollet, Hayo van der Werf, Aurélie Wilfart, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA), Chercheur indépendant, Gouvernement de Catalogne, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Toulouse School of Economics (TSE-R), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Laboratoire d'Études Rurales (LER), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Droit et changement social (DCS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Université de Nantes (UN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Amiénois de Recherche en Education et Formation - UR UPJV 4697 (CAREF), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Agroscope, Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions (EVA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Normandie Université (NU), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Université de Toulouse (UT), Unité de Recherches Avicoles (URA), Taylor’s University, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Département Santé Animale (DEPT SA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Partenaires : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), Ministère de l'Environnement, de l'Energie et de la Mer (MEEM), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toulouse School of Economics (TSE), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Isara, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Nantes - UFR Droit et Sciences Politiques (UFR DSP), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), UR 0874 Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Unité de recherche sur l'Ecosystème Prairial (UREP)-Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques (EFPA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Taylor's University, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Prospective (PROSPECTIVE), UMR : AGroécologie, Innovations, TeRritoires, Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes (UN), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Recherches Avicoles (SRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), International Institute for Applied Systems Analysis ( IIASA ), Indépendant, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Toulouse School of Economics ( TSE ), Toulouse School of Economics, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Laboratoire d’études rurales, EA 3728 LER - Institut des sciences de l’Homme, Université Lumière (Lyon 2) ( UL2 ), Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir ( CERTOP ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national universitaire Champollion - Albi ( INU Champollion ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Droit et changement social ( DCS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Nantes ( UN ), Université de Nantes ( UN ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques ( BIPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-AFSSA-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche sur l'Ecosystème Prairial, Institut de l'Ouest : Droit et Europe, UMR 6262 IODE, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ecophysiologie Végétale, Agronomie et Nutritions ( EVA ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Normandie Université ( NU ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Université de Toulouse, Recherches Avicoles ( SRA ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Département Santé Animale ( DEPT SA ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA )
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 030309 nutrition & dietetics, évaluation, [ SHS.DROIT ] Humanities and Social Sciences/Law, 03 medical and health sciences, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, appraisement, service, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, indicator, [SHS.PHIL]Humanities and Social Sciences/Philosophy, [ SHS.SOCIO ] Humanities and Social Sciences/Sociology, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, élevage, [ SHS.PHIL ] Humanities and Social Sciences/Philosophy, impact, expertise, impact économique, impact sur l'environnement, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, europe, indicateur
Abstract: Rapport de l’Expertise scientifique collective réalisée par l’INRA à la demande des ministères en charge de l'Ecologie et de l'Agriculture, et de l'Ademe; Rôles, impacts et services issus des élevages en Europe. Rapport final
Published: 2016

20. Prédire la qualité des viandes: mythe ou réalité ?

Author: Berri, Cécile, Picard, Brigitte, Lebret, Bénédicte, Andueza Urra, Jesus Donato, Vautier, Antoine, Chartrin, Pascal, Beauclercq, Stéphane, Lefèvre, Florence, Legrand, Isabelle, Hocquette, Jean-François, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service Qualité des Viandes, Institut de l'Elevage, Unité de Recherches Avicoles (URA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut de l'élevage (IDELE), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: spectroscopy, viande, qualité sensorielle, Ingénierie des aliments, qualité de la viande, truite, qualité de la chair, near-infrared, spectroscopie, tendrete de la viande, qualité nutritionnelle, meat, poisson, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food engineering, prédiction, modèle phénotypique, marqueur biologique, qualité, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, volaille, phénotype, viande bovine, quality, viande porcine, spectroscopie proche infrarouge, biological markers
Abstract: Cette revue a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de la qualité des viandes. Elle aborde différentes démarches menées au sein des principales filières de production pour développer des équations puis des outils prédictifs basés sur différents types de marqueurs biologiques (génomiques ou phénotypiques) ou physiques (spectroscopiques). Au travers des différents exemples présentés, il apparaît que l’identification de marqueurs biologiques se confronte au déterminisme complexe des paramètres de qualité qui rend encore difficile la mise au point de tests moléculaires génériques utilisables sur le terrain. Toutefois, les avancées ont été notables ces dernières années bénéficiant des récents développements technologiques en génomique, protéomique et métabolomique. Les premières équations de prédiction de la qualité sensorielle et du potentiel technologique des viandes laissent entrevoir des possibilités d’applications dans les années à venir. Concernant la spectroscopie, les principaux résultats ont été obtenus dans le domaine de la Spectroscopie Proche Infrarouge (SPIR) avec des développements aboutis pour prédire la composition et la valeur nutritionnelle des viandes. La prédiction du potentiel technologique des viandes à l’aide de cette méthode et surtout de la qualité sensorielle est en revanche plus difficile. Enfin, l’exemple du modèle phénotypique MSA (« Meat Standards Australia ») de prévision de la qualité sensorielle de la viande bovine basée sur une combinaison de données d’amont et d’aval et dont la plus-value pour la filière a été démontrée en Australie, présente une généricité qui a déjà été éprouvée dans plusieurs pays., This review was aimed at providing an overview of recent advancements obtained in the field of meat quality prediction. The different methods used in the production sectors for the development of equations and the tools used based on different types of biological markers (genomic or phenotypic) or physical (spectroscopy) are discussed. Through the different examples that are presented, it appears that the identification of biological markers is confronted with the complex determinism of quality parameters. This makes the development of generic molecular tests to be used on the field even more difficult. However, in recent years, progress has been made, benefitting from genomics, proteomics and metabolomics technological developments. The first equations that predict the sensorial quality and the technological potential of meat hint to possible applications in the near future. Concerning spectroscopy, the main results were obtained using Near Infrared Spectroscopy (NIR) with developments obtained for the prediction of the composition and nutritional value of meats. The prediction of the technological potential of meats using this method and mainly the sensorial quality is, however, more difficult. Finally, the example of the MSA (« Meat Standards Australia ») phenotypic model which predicts the sensorial quality of bovine meat based on a combination of upstream and downstream data and whose added-value for the sector has been identified in Australia, presents a genericness that has already been proven in several countries.
Published: 2016

21. How muscle structure and composition influence meat and flesh quality

Author: Anne Listrat, L. Lefaucheur, Brigitte Picard, Isabelle Louveau, Muriel Bonnet, Bénédicte Lebret, Thierry Astruc, Jéroˆme Bugeon, ProdInra, Archive Ouverte, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Qualité des Produits Animaux ( QUAPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0301 basic medicine, bovin, fibre musculaire, muscle, propriété sensorielle, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Adipose tissue, Review Article, composition du muscle, lcsh:Technology, histologie, qualité nutritionnelle, poisson, animal, Food science, lcsh:Science, Flavor, General Environmental Science, 2. Zero hunger, acide gras, food and beverages, muscle squelettique, animal d'élevage, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, structure du muscle, tendrete, Tenderness, [SDV] Life Sciences [q-bio], jutosité, medicine.anatomical_structure, Composition (visual arts), Intramuscular fat, medicine.symptom, tissu conjonctif, saveur, composition biochimique, Meat, mouton, Article Subject, biochimie musculaire, qualité sensorielle, Connective tissue, Biology, qualité de la chair, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, medicine, Animals, Humans, Muscle, Skeletal, composition des tissus, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], lcsh:T, Flesh, lcsh:R, 0402 animal and dairy science, Skeletal muscle, croissance, 040201 dairy & animal science, volaille, qualité technologique, 030104 developmental biology, lcsh:Q, tissu adipeux intramusculaire, porc
Abstract: Skeletal muscle consists of several tissues, such as muscle fibers and connective and adipose tissues. This review aims to describe the features of these various muscle components and their relationships with the technological, nutritional, and sensory properties of meat/flesh from different livestock and fish species. Thus, the contractile and metabolic types, size and number of muscle fibers, the content, composition and distribution of the connective tissue, and the content and lipid composition of intramuscular fat play a role in the determination of meat/flesh appearance, color, tenderness, juiciness, flavor, and technological value. Interestingly, the biochemical and structural characteristics of muscle fibers, intramuscular connective tissue, and intramuscular fat appear to play independent role, which suggests that the properties of these various muscle components can be independently modulated by genetics or environmental factors to achieve production efficiency and improve meat/flesh quality.
Published: 2016
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22. An ancient truncated duplication of the anti‐Müllerian hormone receptor type 2 gene is a potential conserved master sex determinant in the Pangasiidae catfish family

Author: Ming Wen, Qiaowei Pan, Elodie Jouanno, Jerome Montfort, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Carole Iampietro, Céline Roques, Olivier Bouchez, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Hugues Parrinello, Charles Poncet, Elodie Belmonte, Véronique Gautier, Jean-Christophe Avarre, Remi Dugue, Rudhy Gustiano, Trần Thị Thúy Hà, Marc Campet, Kednapat Sriphairoj, Josiane Ribolli, Fernanda L. de Almeida, Thomas Desvignes, John H. Postlethwait, Christabel Floi Bucao, Marc Robinson-Rechavi, Julien Bobe, Amaury Herpin, Yann Guiguen, Hunan Normal University (HNU), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-BioInfOmics, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Research Institute of Freshwater Fisheries (CRIFI-RIFF), Research Institute for Aquaculture, Neovia Asia, Kasetsart University (KU), Universidade Federal de Santa Catarina = Federal University of Santa Catarina [Florianópolis] (UFSC), Embrapa Amazônia Ocidental, Partenaires INRAE, University of Oregon [Eugene], Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] (SIB), National Institutes of Health : R01 OD011116, National Institutes of Health: R35 GM139635, ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-16-CE12-0035,GenoFish,Evolution des génes et des génomes après duplication compléte(2016), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), MING WEN, State Key Laboratory of Developmental Biology of Freshwater Fish, College of Life Science, Hunan Normal University, QIAOWEI PAN, INRAE, LPGP, ELODIE JOUANNO, INRAE, LPGP, JEROME MONTFORT, INRAE, LPGP, MARGOT ZAHM, Plate-forme bio-informatique Genotoul, Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse, INRAE, CÉDRIC CABAU, SIGENAE, GenPhySE, Université de Toulouse, INRAE, CHRISTOPHE KLOPP, SIGENAE, CAROLE IAMPIETRO, INRAE, CÉLINE ROQUES, INRAE, OLIVIER BOUCHEZ, INRAE, ADRIEN CASTINEL, INRAE, CÉCILE DONNADIEU, INRAE, HUGUES PARRINELLO, Montpellier GenomiX, CHARLES PONCET, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, ELODIE BELMONTE, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, VÉRONIQUE GAUTIER, GDEC Gentyane, INRAE, Université Clermont Auvergne, JEAN-CHRISTOPHE AVARRE, ISEM, CNRS, IRD, Univ Montpellier, REMI DUGUE, ISEM, CNRS, IRD, Univ Montpellier, RUDHY GUSTIANO, Research Institute of Freshwater Fisheries (CRIFI-RIFF), TRÂN THI THÚY HÀ, Research Institute for Aquaculture, MARC CAMPET, Neovia Asia, KEDNAPAT SRIPHAIROJ, Faculty of Natural Resources and Agro-Industry, JOSIANE RIBOLLI, Laboratório de Biologia e Cultivo de Peixes de Água Doce, Universidade Federal de Santa Catarina, FERNANDA LOUREIRO ALMEIDA OSULLIVAN, CPAA, THOMAS DESVIGNES, Institute of Neuroscience, University of Oregon, JOHN H. POSTLETHWAIT, Institute of Neuroscience, University of Oregon, CHRISTABEL FLOI BUCAO, Department of Ecology and Evolution, University of Lausanne, MARC ROBINSON-RECHAVI, Department of Ecology and Evolution, University of Lausanne, JULIEN BOBE, INRAE, LPGP, AMAURY HERPIN, INRAE, LPGP, and YANN GUIGUEN, INRAE, LPGP.
Subjects: Male, Male genome assembly, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Receptors, Peptide, Animals, Catfishes/genetics, Phylogeny, Receptors, Peptide/genetics, Receptors, Transforming Growth Factor beta/genetics, Y Chromosome/genetics, amhr2, evolution, male genome assembly, pangasiid catfishes, sex determination, Evolution, Pangasiid catfishes, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, Sex determination, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Peixe-gato, Y Chromosome, Genetics, Hormônio, Receptors, Transforming Growth Factor beta, Catfishes, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Biotechnology
Abstract: The evolution of sex determination (SD) mechanisms in teleost fishes is amazingly dynamic, as reflected by the variety of different master sex-determining genes identified, even sometimes among closely related species. Pangasiids are a group of economically important catfishes in many South-Asian countries, but little is known about their sex determination system. Here, we generated novel genomic resources for 12 Pangasiid species and provided a first characterization of their SD system. Based on an Oxford Nanopore long-read chromosome-scale high quality genome assembly of the striped catfish Pangasianodon hypophthalmus, we identified a duplication of the anti-Müllerian hormone receptor type II gene (amhr2), which was further characterized as being sex-linked in males and expressed only in testicular samples. These first results point to a male-specific duplication on the Y chromosome (amhr2by) of the autosomal amhr2a. Sequence annotation revealed that the P. hypophthalmus Amhr2by is truncated in its N-terminal domain, lacking the cysteine-rich extracellular part of the receptor that is crucial for ligand binding, suggesting a potential route for its neofunctionalization. Short-read genome sequencing and reference-guided assembly of 11 additional Pangasiid species, along with sex-linkage studies, revealed that this truncated amhr2by duplication is also conserved as a male-specific gene in many Pangasiids. Reconstructions of the amhr2 phylogeny suggested that amhr2by arose from an ancient duplication / insertion event at the root of the Siluroidei radiation that is dated around 100 million years ago. Altogether these results bring multiple lines of evidence supporting that amhr2by is an ancient and conserved master sex-determining gene in Pangasiid catfishes, a finding that highlights the recurrent usage of the transforming growth factor β pathway in teleost sex determination and brings another empirical case towards the understanding of the dynamics or stability of sex determination systems.
Published: 2022
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23. Sperm competition experiments reveal low prezygotic postmating isolation between parasitic and nonparasitic lamprey ecotypes

Author: Nolwenn Decanter, Romane Normand, Ahmed Souissi, Catherine Labbé, Eric Edeline, Guillaume Evanno, Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: Ecology, speciation, [SDV]Life Sciences [q-bio], postmating prezygotic barrier, reproductive isolation, sperm traits, [SDE]Environmental Sciences, cryptic female choice, ecotype, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Nature and Landscape Conservation
Abstract: International audience; The role of postmating sexual selection as a potential reproductive barrier in speciation is not well understood. Here, we studied the effects of sperm competition and cryptic female choice as putative postmating barriers in two lamprey ecotypes with a partial reproductive isolation. The European river lamprey Lampetra fluviatilis is anadromous and parasitic of other fish species, whereas the brook lamprey Lampetra planeri is freshwater resident and nonparasitic. We measured sperm traits in both ecotypes and designed sperm competition experiments to test the occurrence of cryptic female choice. We also performed sperm competition experiments either at equal semen volume or equal sperm number to investigate the role of sperm velocity on fertilization success. We observed distinct sperm traits between ecotypes with a higher sperm concentration and a lower sperm velocity for L. planeri compared with L. fluviatilis. The outcomes of sperm competition reflected these differences in sperm traits, and there was no evidence for cryptic female choice irrespective of female ecotype. At equal semen volume, L. planeri males had a higher fertilization success than L. fluviatilis and vice versa at equal sperm number. Our results demonstrate that different sperm traits between ecotypes can influence the male reproductive success and thus gene flow between L. planeri and L. fluviatilis. However, postmating prezygotic barriers are absent and thus cannot explain the partial reproductive isolation between ecotypes.
Published: 2023
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24. An end-to-end pipeline based on open source deep learning tools for reliable analysis of complex 3D images of ovaries

Author: Manon Lesage, Manon Thomas, Thierry Pécot, Tu-Ky Ly, Nathalie Hinfray, Remy Beaudouin, Michelle Neumann, Robin Lovell-Badge, Jérôme Bugeon, Violette Thermes, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and The Francis Crick Institute [London]
Subjects: Deep learning segmentation, Fish, 3D imaging, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ovary, Clearing, Cellpose, Molecular Biology, Developmental Biology
Abstract: Computational analysis of bio-images by deep learning (DL) algorithms has made exceptional progress in recent years and has become much more accessible to non-specialists with the development of ready-to-use tools. The study of oogenesis mechanisms and female reproductive success has also recently benefited from the development of efficient protocols for three-dimensional (3D) imaging of ovaries. Such datasets have a great potential for generating new quantitative data but are, however, complex to analyze due to the lack of efficient workflows for 3D image analysis. Here, we have integrated two existing open-source DL tools, Noise2Void and Cellpose, into an analysis pipeline dedicated to 3D follicular content analysis, which is available on Fiji. Our pipeline was developed on larvae and adult medaka ovaries but was also successfully applied to different types of ovaries (trout, zebrafish and mouse). Image enhancement, Cellpose segmentation and post-processing of labels enabled automatic and accurate quantification of these 3D images, which exhibited irregular fluorescent staining, low autofluorescence signal or heterogeneous follicles sizes. In the future, this pipeline will be useful for extensive cellular phenotyping in fish or mammals for developmental or toxicology studies.
Published: 2023
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25. Identification par une approche innovante de protéomique à haut débit (diaPASEF) de protéines plasmatiques différentiellement exprimées au cours de la maturation sexuelle des truites Arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)

Author: Lareyre, Jean-Jacques, Brionne, Aurélien, Com, Emmanuelle, Lavigne, Régis, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and FEAMP 'projet Sextiming'
Subjects: Rainbow trout, Proteomics analysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], sexual maturation, plasma
Abstract: International audience
Published: 2023

26. Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes

Author: Elise Parey, Alexandra Louis, Jerome Montfort, Olivier Bouchez, Céline Roques, Carole Iampietro, Jerome Lluch, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Thomas Desvignes, Christabel Floi Bucao, Elodie Jouanno, Ming Wen, Sahar Mejri, Ron Dirks, Hans Jansen, Christiaan Henkel, Wei-Jen Chen, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Andrew W. Thompson, Marc Robinson-Rechavi, Ingo Braasch, Guillaume Lecointre, Julien Bobe, John H. Postlethwait, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Oregon [Eugene], Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Hunan Normal University (HNU), Florida Atlantic University [Boca Raton], Future Genomics Technologies, Universiteit Leiden, Norwegian University of Life Sciences (NMBU), National Taiwan University [Taiwan] (NTU), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Western Michigan University [Kalamazoo], Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Génomique fonctionnelle comparative - Comparative functional genomics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche, France (ANR) on the GenoFish project, 2016–2021 (grant No. ANR-16-CE12-003) to H.R.C., C.B., J.B., J.H.P., M.R.C., and Y.G., and by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by ANR (grant No. ANR-10-INBS-09) to C.D. Part of the fellowship to E.P. was supported by funds from the European Union Horizon 2020 research and innovation program under Grant Agreement No 817923 (AQUA-FAANG). M.R.-R. was supported by the Swiss National Science Foundation grant 31003A_173048. J.H.P and I.B were supported by the National Institutes of Health under grant agreement No. R01OD011116. W.J.C. was supported by MOST grants No. 111-2611-M-002-025, 110-2611-M-002-013, and 108-2611-M-002-012-MY2., ANR-16-CE12-0035,GenoFish,Evolution des génes et des génomes après duplication compléte(2016), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 817923,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,AQUA-FAANG(2019), DYnamique et Organisation des GENomes - Equipe de l'IBENS (DYOGEN), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Institute of Oceanography [Taipei], Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-BioInfOmics, Génétique des génomes - Genetics of Genomes (UMR 3525), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Swiss National Science Foundation grant 31003A_173048, National Institute of Health under grant agreement No R01OD011116, and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
Subjects: Animals, Zebrafish/genetics, Fishes/genetics, Eels/genetics, Biological Evolution, Phylogeny, Genome, Evolution, Molecular, Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity
Abstract: Accurate species phylogenies are a prerequisite for evolutionary research. Teleosts are by far the largest and the most diversified group of extant vertebrates, but relationships among the three oldest lineages of extant teleosts remain unresolved. Based on seven high-quality new genome assemblies in Elopomorpha (tarpons, eels), we revisited the topology of the deepest branches of the teleost phylogeny using independent gene sequence and chromosomal rearrangement phylogenomic approaches. These analyses converged to a single scenario that unambiguously places the Elopomorpha and Osteoglossomorpha (bony-tongues) in a monophyletic group sister to all other teleosts, i.e., the Clupeocephala lineage. This finding resolves over 50 years of controversy on the evolutionary relationships of these lineages and highlights the power of combining different levels of genome-wide information to solve complex phylogenies.One-Sentence SummaryWhole-genome analyses place Elopomorpha (tarpons, eels) and Osteoglossomorpha (bony-tongues) as sister groups at the deepest branching of crown teleosts.
Published: 2023
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27. Comment la structure et la composition du muscle déterminent la qualité des viandes ou chairs ?

Author: Louis Lefaucheur, Anne Listrat, Muriel Bonnet, Jérôme Bugeon, Thierry Astruc, Isabelle Louveau, Bénédicte Lebret, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Qualité des Produits Animaux ( QUAPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Brigitte Picard, and Bénédicte Lebret
Subjects: qualité technologique, qualité nutritionnelle, 2. Zero hunger, viande, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], composition des tissus, fibre musculaire, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, tissu adipeux, qualité des produits, chair de poisson, tissu conjonctif
Abstract: Les muscles squelettiques sont composés de fibres musculaires, de tissus conjonctif et adipeux. Dans cet article, nous décrivons les caractéristiques de ces différents constituants musculaires et leurs relations avec les composantes technologiques et sensorielles de la qualité de la viande chez les principales espèces terrestres d’intérêt agronomique et les poissons. Ainsi, le type contractile et métabolique, la taille et le nombre des fibres musculaires, la teneur, la composition et la distribution du tissu conjonctif au sein du muscle, la teneur et la composition en lipides du tissu adipeux intramusculaire contribuent à déterminer l’aspect, la couleur, la tendreté, la jutosité et la flaveur des viandes ou chairs de poisson. Toutefois, la relative indépendance des caractéristiques biochimiques ou structurales des fibres musculaires, du tissu conjonctif et des lipides intramusculaires suggère qu’il est possible de moduler les propriétés de ces différents constituants de manière indépendante et complémentaire par des facteurs liés à l’animal ou à sa conduite d’élevage. Il apparaît donc possible de pouvoir concilier les impératifs quantitatifs et qualitatifs de la production de viande., Skeletal muscle is composed of several tissues, such as muscle fibers, connective and adipose tissues. This review describes the features of these various muscle components and their relationships with the technological and sensory properties of meat from different livestock species. Thus, the contractile and metabolic types, the size and the number of muscle fibers, the content, composition and distribution of the connective tissue in the muscles, as well as the content and lipid composition of intramuscular fat all contribute to meat appearance, color, tenderness, juiciness, and flavor. However, the biochemical and structural characteristics of muscle fibers, intramuscular connective tissue and intramuscular fat seem to be rather independent. This suggests that the properties of these various muscle components can be modulated independently by genetics or environmental factors in order to achieve both production efficiency and quality of meat.
Published: 2015
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28. Comprendre le développement des muscles et des tissus adipeux : un préalable pour maîtriser les qualités des carcasses et des produits des animaux d’élevage

Author: Louis Lefaucheur, Isabelle Louveau, Pierre-Yves Rescan, Isabelle Cassar-Malek, Muriel Bonnet, Louveau, Isabelle, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], poisson, fibre musculaire, muscle, [SDV]Life Sciences [q-bio], oiseau, mammifère, tissu adipeux, croissance animale, adipocyte, qualité des produits, vertébré, tissu conjonctif
Abstract: Les qualités des carcasses et des viandes/chairs des espèces d’intérêt agronomique (mammifères, espèces aviaires et poissons) dépendent en grande partie des caractéristiques et des proportions relatives des différents compartiments tissulaires, principalement les fibres et le tissu conjonctif musculaires et les tissus adipeux. Dans cette revue, nous décrivons la mise en place de ces trois compartiments au cours du développement embryonnaire et foetal, ainsi que leur croissance après la naissance ou l’éclosion. Les fibres musculaires et le tissu conjonctif des muscles du tronc sont issus de domaines embryonnaires distincts de ceux à l’origine des muscles des membres et de la tête. L’origine embryonnaire des adipocytes blancs reste à établir, mais est vraisemblablement multiple et dépendante de la localisation anatomique des tissus adipeux. La croissance post-embryonnaire des muscles et des tissus adipeux implique la prolifération puis la différenciation de cellules progénitrices non-embryonnaires. Le nombre total de fibres musculaires est fixé aux deux tiers ou aux quatre cinquièmes de la gestation chez le bovin et le porc respectivement, et dès la naissance chez les volailles alors qu’il augmente encore après l’éclosion chez certains poissons. Le nombre d’adipocytes augmente durant la croissance foetale et dans une moindre mesure après la naissance. Des interactions entre tissus au cours de la croissance, auparavant suggérées, sont maintenant démontrées par l’identification de protéines sécrétées par les cellules musculaires et adipeuses qui participent au dialogue entre tissus., The qualities of carcasses and products of agronomic species depend largely on characteristics and relative proportions of the different tissue components, mainly muscle fibers, muscular connective tissue and adipose tissues. This review is devoted to the prenatal and neonatal development of these three components. The embryonic origin of myofibers and connective tissue from trunk muscle differs from that of limb and head muscles. The embryonic origin of white adipocytes remains to be established and may depend on the anatomical location of adipose tissues. The post-embryonic growth of muscles and adipose tissues involves the proliferation and then the differentiation of fetal or adult progenitors. The total number of muscle fibers is fixed at around 66% (bovine) or 80% (pig) of gestation or at birth in poultry, while it increases after hatching in some fishes. The number of adipocytes increases predominantly during fetal growth and to a lesser extent after birth. Interactions between tissues during growth, formerly suggested, have now been demonstrated by the identification of proteins secreted by muscle and adipose cells that participate in the cross-talk between tissues.
Published: 2015
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29. Differential expression patterns of three aromatase genes and of four estrogen receptors genes in the testes of trout (Oncorhynchus mykiss)

Author: Delalande , Christelle, Goupil , Anne-Sophie, Lareyre , Jean-Jacques, Le Gac , Florence, Œstrogènes, reproduction, cancer (OeReCa), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, ANR-06-GANI-0014,SPERMGEN,Génomique expressionnelle et fonctionnelle de la spermatogenèse chez la truite - Etude comparée inter-espèces des profils d'expression génique au cours de la spermatogenèse et analyse fonctionnelle dans des lignées de poissons géniques(2006), ANR 06-GANI-014 Spermgen, Œstrogènes, reproduction, cancer ( OeReCa ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Normandie Université ( NU ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: Fish Proteins, Male, cyp19, endocrine system, teleost, male gonad, Estradiol, Gene Expression, estrogen receptors, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, [ SDV.BDLR ] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, Aromatase, Receptors, Estrogen, Oncorhynchus mykiss, Testis, Animals
Abstract: Part of this work was presented at the 7th International Symposium on Fish Endocrinology, Buenos Aires, Argentina; Estrogens are implicated in male gonad function, although their physiological roles remain uncertain. In the present study, we take advantage of the original model of spatio-temporal organization of trout spermatogenesis to revisit the synthesis and action sites of estrogens in fish testis. Within this system, somatic cell and germ cell development are synchronized due to a strict seasonal spermatogenetic cycle and the cystic organization of gonads. We evaluated the expression patterns and regulation of 3 aromatase isoforms (cyp19a, cyp19b-I, and cyp19b-II) and 4 estrogen receptors (esr1a, esr1b, esr2a, and esr2b) by quantitative reverse-transcriptase PCR during testicular maturation and in isolated germ cell populations. Our data demonstrated a reciprocal relationship between cyp19a and cyp19b (I and II) expression during testicular development (cyp19a decreased while cyp19b increased with maturation). Furthermore, cyp19b is significantly expressed in late germ cells. At the protein level, aromatase was immunohistochemically identified in interstitial tissue and in germ cells. Remarkable elevation of esr1a and esr2a was observed during the final stage of spermiation, while esr1b was expressed in an early stage of spermatogenetic development. Estrogen implants reduced testicular cyp19a transcript abundance while up-regulating cyp19b levels whereas androgens up-regulated testicular esr1a, esr2a, and esr2b. Together, the distinct spatio-temporal expression profiles and regulation of aromatases and estrogen receptors suggest that estrogens have discrete physiological functions during an early step of spermatogenesis and in the final stages of germ-cell maturation and/or excretion. This article is protected by copyright. All rights reserved.
Published: 2015
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30. Stress en élevage et à l’abattage : impacts sur les qualités des viandes

Author: Claudia Terlouw, Cécile Arnould, Brigitte Picard, Cécile Berri, Bénédicte Lebret, Elisabeth Duval, Isabelle Cassar-Malek, Cécile Bourguet, Florence Lefèvre, Véronique Deiss, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Bureau d'Etudes et Travaux de Recherches en Ethologie (ETRE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherches Avicoles (URA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Bureau d'Etudes et Travaux de Recherches en Ethologie ( ETRE ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST
Subjects: 2. Zero hunger, bovin, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité de la viande, qualité de la chair, réactivité émotionnelle, abattage, sensibilité au stress, mécanisme moléculaire, volaille, mécanisme physiologique, ovin, poisson, stress d'abattage, animal, porc
Abstract: On sait depuis longtemps que lorsque les animaux sont stressés pendant la période de l’abattage, le risque de produire des viandes avec des défauts de qualité, notamment les viandes exsudatives et à coupe sombre, augmente. Des études récentes basées sur des approches comportementales, physiologiques et/ou génomiques montrent que des niveaux de stress modérés au cours de l’abattage peuvent également influencer les qualités technologiques et/ou sensorielles des viandes de porc, de bovin, d’ovin, de volaille et des chairs de poisson, expliquant jusqu’à 70% de la variabilité des composantes de qualité entre les animaux. La réactivité au stress d’abattage varie selon les individus et peut être partiellement prédite à partir de leurs réactions lors de tests de réactivité réalisés pendant l’élevage. La réactivité au stress d’un animal dépend en partie de ses expériences antérieures et de son patrimoine génétique. En plus des questions relatives au bien-être animal à l’abattage, il est nécessaire aujourd’hui de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents aux effets négatifs du stress sur les qualités des viandes. L’espèce doit être prise en considération, car les causes de stress à l’abattage et les critères de qualité de viandes optimaux varient selon l’espèce. Les mécanismes biologiques impliqués dans les effets du stress sur la viande et la chair varient également en fonction de l’espèce., It has long been known that stress during the slaughter period may result in the production of meat with major quality defects, particularly exudative and dark-cutting meat. Recent studies using behavioural, physiological and/or genomic approaches found that less extreme stress levels during slaughter may also influence technological and/or sensory qualites of meat from pigs, cattle, sheep, poultry and fish flesh, sometimes explaining over 70% of inter-animal variability in quality. Stress reactivity at slaughter varies between individuals and may be predicted from their reactions to stressful challenges during the rearing period. The stress reactivity of an animal depends partly on its earlier experiences and genetic background. In addition to slaughter-related animal welfare questions, today’s challenge is to increase our understanding of the physiological and molecular mechanisms underlying the effects of stress on meat quality. The different species should be taken into account, as the causes of stress at slaughter and criteria for optimal meat quality are species-specific. In addition, the biological mechanisms underlying the effect of stress on meat and flesh quality partly differ between species.
Published: 2015
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31. Mise en application d'algorithmes open-source de Deep-Learning pour l'analyse d'images 3D d'ovaires de Médaka

Author: Lesage, Manon, Bugeon, Jérôme, Thomas, Manon, Pécot, Thierry, Thermes, Violette, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience; En biologie de la reproduction, l’étude des mécanismes de l’ovogenèse repose en partie sur la compréhension de la dynamique de croissance des follicules (e.g ovocytes entourés de cellules somatiques de soutien) dans un contexte ovarien sain ou pathologique. L’avancée des méthodes de transparisation et d’imagerie 3D permet aujourd’hui la production de nouvelles données quantitatives, spatiales et structurelles à l’échelle de l’ovaire entier et ouvre la voie à une meilleure compréhension du développement ovarien, notamment chez le poisson1. De plus, l’analyse computationnelle de telles images a connu d’importants progrès depuis le développement d’algorithmes de deep-learning (DL) spécifiquement adaptés à divers types cellulaires ou modalités d’acquisition. Leur application reste toutefois limitée en raison d’un manque de généralisation de ces algorithmes ou de la quantité de données nécessaire à l’entrainement d’algorithmes spécialisés. Cette limitation est d’autant plus prononcée dans le cas de larges tissus en 3D qui peuvent (1) présenter une grande variabilité d’intensité des signaux fluorescents, réduisant l’efficacité des algorithmes disponibles ou (2) nécessiter un temps d’annotation considérable pour la préparation du jeu de données à entraîner.Pour analyser le contenu folliculaire des ovaires de médaka à partir d’images d’ovaires entiers et s’affranchir de ces limitations, nous avons développé une stratégie permettant d’utiliser des outils de DL disponibles en open-source adaptés au débruitage d’images (Noise2Void2) et à la segmentation de cellules (Cellpose3). Ces outils ont été intégrés à des pipelines d’analyse comprenant trois étapes principales : le pré-traitement, la segmentation et le post-traitement des images. Une étape de filtration et de combinaison des follicules segmentés a notamment permis l’utilisation de l’algorithme généraliste Cellpose sur des ovaires adultes présentant des variations extrêmes de tailles de follicules (de 20 à plus de 1000 µm de diamètre), constituant normalement une limitation majeure de ce modèle.Notre stratégie fournit ainsi des solutions abordables et efficaces pour extraire des informations quantitatives exhaustives à partir d’images d'ovaires entiers, à des stades variés du cycle de vie et présentant des modalités de fluorescence différentes4. L’application de cette méthodologie permet dorénavant l’analyse précise de la dynamique de croissance folliculaire et constitue une ressource adaptable à l’étude de modifications du contenu ovarien dans d’autres contextes génétiques ou en toxicologie.
Published: 2022

32. Myostatin and the skeletal muscle atrophy and hypertrophy signaling pathways

Author: Jean-Charles Gabillard, Iban Seiliez, Isabelle Cassar-Malek, Julie Rodriguez, Ilham Chelh, Barbara Vernus, Anne Bonnieu, Brigitte Picard, A. Hadj Sassi, Dynamique Musculaire et Métabolisme (DMEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM), Université de Montpellier (UM), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), USC2009 - 1, Avenue des Facultés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Nutrition, Aquaculture et Génomique (NUAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), ANR-08-BLAN-0267,MYOTROPHY,Le rôle de myostatine dans les voies de signalisation régulant la balance atrophie/hypertrophie dans le muscle squelettique(2008), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR Myotrophy, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamique Musculaire et Métabolisme ( DMEM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Montpellier ( UM ), Université de Montpellier ( UM ), Différenciation Cellulaire et Croissance ( DCC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Nutrition, Aquaculture et Génomique ( NUAGE ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER )
Subjects: medicine.medical_specialty, muscle differentiation, Myostatin, Protein degradation, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, growth differentiation factor-8, Muscle hypertrophy, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, Internal medicine, Myokine, medicine, Humans, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Muscle, Skeletal, Molecular Biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, PI3K/AKT/mTOR pathway, Cell Proliferation, 030304 developmental biology, Pharmacology, 0303 health sciences, biology, TOR Serine-Threonine Kinases, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Skeletal muscle, Cell Differentiation, muscle homeostasis, Hypertrophy, Cell Biology, musculoskeletal system, Muscle atrophy, Muscular Atrophy, Endocrinology, medicine.anatomical_structure, GDF11, biology.protein, protein degradation, translational machinery, mTOR, Molecular Medicine, medicine.symptom, 030217 neurology & neurosurgery, Signal Transduction
Abstract: Myostatin, a member of the transforming growth factor-β superfamily, is a potent negative regulator of skeletal muscle growth and is conserved in many species, from rodents to humans. Myostatin inactivation can induce skeletal muscle hypertrophy, while its overexpression or systemic administration causes muscle atrophy. As it represents a potential target for stimulating muscle growth and/or preventing muscle wasting, myostatin regulation and functions in the control of muscle mass have been extensively studied. A wealth of data strongly suggests that alterations in skeletal muscle mass are associated with dysregulation in myostatin expression. Moreover, myostatin plays a central role in integrating/mediating anabolic and catabolic responses. Myostatin negatively regulates the activity of the Akt pathway, which promotes protein synthesis, and increases the activity of the ubiquitin-proteasome system to induce atrophy. Several new studies have brought new information on how myostatin may affect both ribosomal biogenesis and translation efficiency of specific mRNA subclasses. In addition, although myostatin has been identified as a modulator of the major catabolic pathways, including the ubiquitin-proteasome and the autophagy-lysosome systems, the underlying mechanisms are only partially understood. The goal of this review is to highlight outstanding questions about myostatin-mediated regulation of the anabolic and catabolic signaling pathways in skeletal muscle. Particular emphasis has been placed on (1) the cross-regulation between myostatin, the growth-promoting pathways and the proteolytic systems; (2) how myostatin inhibition leads to muscle hypertrophy; and (3) the regulation of translation by myostatin.
Published: 2014
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33. Le phénotypage de la qualité des produits animaux : enjeux et innovations

Author: Jean-François Hocquette, Elisabeth Baéza, R. Talon, Joël Gautron, François Lefèvre, Catherine Larzul, M. Brochard, E. Le Bihan-Duval, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, 149, rue de Bercy, Institut de l'Elevage, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Avicoles (URA), Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut de l'élevage (IDELE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Florence Phocas, Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité de Microbiologie (MIC), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, contamination chimique, qualité sensorielle, poulet, consommateur, propriété technologique, Biology, qualité nutritionnelle, qualité organoleptique, poisson, phénotypage, Chemical contaminants, animal, produit carne, indicateur de qualité, sécurité des aliments, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, 2. Zero hunger, Alternative methods, marqueur biologique, marqueur chimique, 0402 animal and dairy science, système d'élevage, Forestry, animal d'élevage, bovin à viande, 04 agricultural and veterinary sciences, critère de qualité, 040201 dairy & animal science, lait, Agricultural sciences, oeuf, %22">Fish , contamination biologique, qualité des produits, Genomic selection, Sciences agricoles, porc
Abstract: Maîtriser la qualité des produits issus des animaux d’élevage suppose de pouvoir l’objectiver à partir de mesures fiables, faciles d’utilisation et si possible précoces et non invasives. Les programmes de recherche-développement mis en place au sein des différentes filières animales (ruminants, porcins, volailles, poissons) concernent notamment i) la détection et la quantification des contaminants biologiques ou chimiques des produits, ii) la détermination de la composition et des propriétés technologiques des produits grâce à des méthodes alternatives aux mesures analytiques de laboratoire (mesures optiques ou par imagerie, mesures physiques non invasives), et iii) la recherche de marqueurs biologiques précoces de la qualité (marqueurs génétiques, expression de gènes ou de protéines, teneurs en métabolites) et leur validation par des approches de modélisation. Appliqué à un panel de plus en plus large de critères de qualité, ce phénotypage à haut débit est nécessaire au développement de la sélection génétique ou génomique, à la biologie prédictive et à l’élevage de précision., In order to be able to control the quality of animal products, it is necessary to have reliable, easy to use and if possible early and non-invasive measurements. Research and development programs implemented in the various livestock sectors (ruminants, pigs, poultry, fish) concern i) the development and standardization of rapid methods both for the detection and quantification of biological or chemical contaminants, ii) the development of alternative methods to replace analytical measurements of the composition and functional properties of products through innovative technologies used in routine (optical or imaging methods, non-invasive physical methods...) and/or iii) the research of early biological markers of quality (genetic markers, gene expression or protein levels of metabolites) and their validation by the way of modeling. High-throughput phenotyping applied to a range of increasingly broad criteria of quality, is necessary for genetic or genomic selection, predictive biology and precision livestock.
Published: 2014

34. A controlled vocabulary for livestock phenotyping: the ATOL ontology

Author: Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Fatet, A., Golik, W., F Hocquette, J., Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Jondreville, C., Joret, L., C Meunier-Salauen, M., Vernet, J., Nedellec, C., Reichstadt, M., Chemineau, P., Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie du développement et reproduction (BDR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité Mathématique, Informatique et Génome ( MIG ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux ( URAFPA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: National audience; Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes the description of phenotypes more accurate. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The absence of such a language/reference for livestock species has led Inra, in collaboration with its international partners, to develop an ontology that is called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims are to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available on the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.
Published: 2014

35. Réduire les pertes d'azote dans l'élevage

Author: Jean-Louis Peyraud, Pierre Cellier, Catherine Donnars, Francoise Vertès, Frans Aarts, Fabrice Béline, Bockstaller, Christian C., Magalie Bourblanc, Luc Delaby, Jean-Yves Dourmad, Pierre Dupraz, Patrick Durand, Philippe Faverdin, Jean-Louis Fiorelli, Carl Gaigné, Agnès Girard, Francoise Guillaume, Peter Kuikman, Alexandra Langlais, Philippe Le Goffe, Sophie Le Perchec, Philippe Lescoat, Thierry Morvan, Christian Nicourt, Virginie Parnaudeau, Olivier Rechauchère, Philippe Rochette, Patrick Veysset, ProdInra, Archive Ouverte, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Prospective (PROSPECTIVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Agrosysteemkunde, Plant Research International, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR)-Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Unité de Recherche Gestion environnementale et traitement biologique des déchets, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre for Environmental Economics and Policy in Africa, University of Pretoria [South Africa], UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek, Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), UR 1323 Risques Travail Marché Etat, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ministère de l'Ecologie et de l'Agriculture, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR)-Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agriculture and Agri-Food (AAFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar ( LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement ( LAE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), UR 0055 Agro-Sytèmes Territoires Ressources Mirecourt, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Agro-Sytèmes Territoires Ressources Mirecourt ( ASTER Mirecourt ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Risques, Travail, Marchés, Etat ( RiTME ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agriculture and Agri-Food [Ottawa] ( AAFC ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: absent
Published: 2014

36. Des animaux plus robustes : un enjeu majeur pour le développement durable des productions animales nécessitant l'essor du phénotypage fin et à haut débit

Author: Pierre-Yves Le Bail, Bernard Charley, Nicolas Friggens, Jean-François Hocquette, Florence Phocas, Pascale Quéré, Francois Schelcher, Pierre Mormède, Loys Bodin, Jean-Yves Dourmad, Julien Bobe, Elisabeth Duval, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherches Avicoles (URA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Florence Phocas, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), UMR 1282 ISP, Université Francois Rabelais [Tours], ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires ( VIM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), UR Infectiologie animale et Santé publique ( UR IASP ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, UMR 1225 IHAP, Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 2. Zero hunger, gestion des bases de données, 0303 health sciences, biologie prédictive, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, efficacité alimentaire, 0402 animal and dairy science, adaptation animale, reproduction animale, bien-être animal, 04 agricultural and veterinary sciences, haut débit, 040201 dairy & animal science, robustesse, résilience, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, phénotypage, immunité, 030304 developmental biology, modélisation
Abstract: The major challenge of animal phenotyping is to acquire systemic knowledge of farm animal robustness. This will allow responding to a double objective in terms of exploiting the variability of animal aptitudes: selection for major objectives in order to improve efficiency and robustness of genotypes and precision farming that exploits individual variability of animals for an improved resilience on the herd level or to improve the management for a specific genotype. Two major challenges of our knowledge exist which are interdependent and common to all animal breeding, and which must be met in order to improve animal robustness. The first is understanding andpredicting the compromise amongst vital functions. By this we mean understanding how priority changes are made under specific limited resources. The second is understanding and exploiting the temporal aspects of robustness during an animal’s life in order to allow the animal to maintain its level of performance under different environments without compromising its reproduction, health or welfare. Attaining these objectives requires accomplishing the following: i) defining complex phenotypes through the integration of data obtained on the molecular or tissular scales of an animal or of one of its functions; ii) developing high-throughput technologiesto characterize at a lower cost and the most precisely as possible the largest number of animals; iii) developing important data bases and reliable methods and computing tools necessary for the treatment of information for modeling and predictive biology., L’enjeu majeur du phénotypage animal est d’acquérir une connaissance systémique de la robustesse des animaux d’élevage pour répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales : une sélection éclairée vers des objectifs majeurs pour améliorer l’efficience et la robustesse des génotypes, et un élevage de précision exploitant la variabilité individuelle des animaux pour gagner en résilience à l’échelle du troupeau, ou pour améliorer la conduite à génotype donné. Deux défis majeurs de connaissance, interdépendants et communs à toutes les filières animales, sont à relever pour améliorer la robustesse des animaux : i) comprendre et prédire les compromis entre fonctions vitales, c’est-à-dire les changements de priorités dans l’allocation de ressources limitées ; ii) comprendre et exploiter les aspects temporels de la robustesse au cours de la vie de l’animal pour lui permettre de maintenir son niveau de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa reproduction, sa santé et son bien-être. Atteindre ces objectifs nécessite de lever les verrous techniques suivants : i) définir des phénotypes complexes à partir de l’intégration de données obtenues à différentes échelles moléculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions ; ii) mettre en oeuvre des technologies à haut débit pour caractériser à moindre coût et le plus précisément possible le plus grand nombre d’animaux ; iii) développer d’importantes bases de données, des méthodes et outils informatiques performants, nécessaires aux traitements des informations à des fins de modélisation et de biologie prédictive.
Published: 2014
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37. ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worldwide?

Author: Jean Vernet, Claire Nédellec, Isabelle Hue, Catherine Hurtaud, Alice Fatet, Léa Joret, Matthieu Reichstadt, P.-Y. Le Bail, Jérôme Bugeon, Marie-Christine Meunier-Salaün, Olivier Dameron, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), U936, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du développement et reproduction (BDR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Laval. CAN., AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mathématique, Informatique et Génome ( MIG ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], condition d'élevage, production d'embryon, Context (language use), Biology, Ontology (information science), Annotation, Endocrinology, Food Animals, animal, [ SDV.OT ] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], ontologie, développement de l'embryon, Genetics, analyse sémantique, base de données, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], trait phénotypique, système d'élevage, animal d'élevage, General Medicine, Phenotypic trait, Technical documentation, Data science, Phenotype, ontologie ATOL, Metadata, Trait, Animal Science and Zoology
Abstract: Special Issue: SISpecial Issue: SI; The development and the use of ontologies contribute to a better organization and use of the huge amount of knowledge available in biology, but could even contribute better when used worldwide to share common bases when publishing morphological data or molecular phenotypes (Gene Ontology, for example). We have built ATOL (http://www.atol-ontology.com) for Änimal Trait Ontology for Livestock\" that is devoted to the definition and organization of phenotypic traits of farm animals including fish, birds and mammals. Given that phenotypes result from the action of both the genotype and the environment, a precise description of the animal rearing environments is critical. We thus created EOL for Ënvironment Ontology for Livestock\", to describe the livestock systems and the rearing conditions in a generic manner. We could however extend that for in vitro and in vivo produced embryos to define the culture media, the origins of the gametes or the statuses of the dams that carry the embryos (breed, parity, energy balance, farming conditions). The combination of embryonic traits (in ATOL) and rearing conditions (in EOL) would enable a standardized and precise annotation of phenotypic databases linked to explicit metadata. Such ontologies also appear critical resources for automated semantic analyses that retrieve accurate information from relevant scientific or technical documents. Moreover, integrative and systemic approaches based on modelling would gain from a formal representation of knowledge that could then be automatically processed. The context and the content of both ontologies, as well as their putative application to embryo production and development, will be presented.
Published: 2013
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38. Etat d'avancement d'ATOL et notion de robustesse

Author: Pierre-Yves Le Bail, Léa Joret, Olivier Dameron, Alice Fatet, Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Marie-Christine Salaun, Claire Nédellec, Matthieu Reichstadt, Jean Vernet, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INSERM U936, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mathématique, Informatique et Génome ( MIG ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), and VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, ontologie ATOL
Abstract: absent
Published: 2013

39. Unraveling the dietary diversity of Neotropical top predators using scat DNA metabarcoding: A case study on the elusive Giant Otter

Author: Quéméré, Erwan, Aucourd, Marie, Troispoux, Valérie, Brosse, Sébastien, Murienne, Jérôme, Covain, Raphaël, Le Bail, Pierre-Yves, Olivier, Jean, Tysklind, Niklas, Galan, Maxime, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecologie des forêts de Guyane (UMR ECOFOG), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Evolution et Diversité Biologique (EDB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Museum d'Histoire Naturelle [Genève] (MHN), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Réserve Naturelle Nationale de Kaw-Roura, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Financial support for this study was provided by the Direction Générale des Territoires et de la Mer (DGTM Guyane) and the French Agence Nationale de la Recherche (ANR) through the funding of the DEBIT project (ANR-17- CE02-0007) and 'Investissement d'Avenir' grants managed by ANR (CEBA: ANR-10-LABX-0025 and TULIP: ANR-10-LABX-0041)., ANR-17-CE02-0007,DEBIT,Decouplage des dimensions de la biodiversité dans les écosystèmes tropicaux(2017), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Neotropical wetland, large aquatic carnivore, [SDV]Life Sciences [q-bio], QR100-130, high‐throughput sequencing, high-throughput sequencing, molecular diet, COI, Environmental sciences, Microbial ecology, prey detection, loutre géante, 12S rRNA, GE1-350, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, trophic interactions
Abstract: International audience; Large carnivores play a pivotal regulating role in maintaining healthy and balanced ecosystems; however, most of them are rare and elusive, and knowledge about their resource consumption is scarce. Traditional methods based on morphological identification of undigested remains are labor intensive and often not sufficiently accurate, leading to errors and biased ecological inferences. Here, we developed a multi-marker DNA metabarcoding approach to analyze the dietary diversity of giant otters (Pteronura brasiliensis) from fecal DNA while controlling predator species identity. We combined two mitochondrial markers, 12S rRNA and cytochrome c oxidase 1 (COI) gene, that target the full range of potential vertebrate and invertebrate prey. We compiled a local reference database of DNA barcodes for most potentially ingested fish, which were used to evaluate the specificity of the metabarcoding primers in silico. Most prey are identified at the species level (>90%) and the dietary profiles provided independently by the two markers are highly similar, whether in terms of list of prey or frequency of occurrences, hence validating the approach. We detected a higher number of rare fish prey with the 12S primers that amplified solely Teleost species while the degenerate COI primers revealed non-fish prey (e.g., amphibians, snakes, birds, and earthworms) and confirmed predator species identity. This study demonstrated that scat DNA metabarcoding is particularly useful to provide in-depth information on elusive carnivorous dietary profile. Our methodology opens up new opportunities to understand how top carnivores diet cope with the effects of anthropogenic alteration of ecosystems and identify conflicts with humans and livestock.
Published: 2021
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40. Development of a polymerase chain reaction (PCR)-based genetic sex identification method in the chub mackerel Scomber japonicus and blue mackerel S. australasicus

Author: Reoto Tani, Tetsuro Morita, Christophe Klopp, Yann Guiguen, Ryosuke Yazawa, Marine Milhes, Wataru Kawamura, Goro Yoshizaki, Tokyo University of Marine Science and Technology (TUMSAT), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: Broodstock management, Pool-seq, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular sexing, Mackerel, Zoology, Sexing, Broodstock, Aquatic Science, 03 medical and health sciences, Blue mackerel S. australasicus, Chub mackerel, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 14. Life underwater, 030304 developmental biology, Scomber, 0303 health sciences, biology, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, 04 agricultural and veterinary sciences, Chub mackerel Scomber japonicus, biology.organism_classification, Sexual dimorphism, 040102 fisheries, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Heterogametic sex, Sex ratio
Abstract: International audience; Chub mackerel Scomber japonicus and blue mackerel S. australasicus have become important aquaculture target species in Japan. For an efficient and stable aquaculture production of mackerels, it is desirable to work with a female-biased broodstock and thus to be able to manage precisely their sex ratio. As these two mackerel species do not have any external sexual dimorphism, direct biopsy of the gonads or measurement of sex hormone plasma levels is used in research to determine their phenotypic sex. However, these methods are associated with handling stress that results in gonadal atresia. Besides, it is difficult to identify sex using these methods in immature individuals. Therefore, genetic sexing would be desirable in these species to overcome these problems. In this study, we developed molecular sex identification tools for both chub and blue mackerels using sex-specific single-nucleotide variations (SNVs) identified by pool-sequencing (pool-seq) analyses. Genomic DNA was isolated from 30 males and females, in each species, and sequenced as pooled samples. Results of these pool-seq analyses identified a clear XX/XY male heterogametic sex-determination system in blue mackerel and a ZZ/ZW female heterogametic system in chub mackerel. Using this pool-seq information, we designed primer sets for genetic sex identification in both species. Results demonstrated that these primer sets are robust and accurate in assessing the genotypic sex of both blue and chub mackerels (accuracy > 99.5% in the chub, and > 94.5% in the blue mackerel) in various geographical samples of different ages. This method can now be applied for the efficient management of sex ratios in both mackerel aquaculture populations and wild-caught animals for fisheries management.
Published: 2021
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41. Stress à l'abattage et qualités des viandes : les liens se confirment

Author: E. M. Claudia Terlouw, Cécile Bourguet, Isabelle Cassar-Malek, Véronique Deiss, Bénédicte Lebret, Florence Lefèvre, Brigitte Picard, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Bureau d'Etudes et Travaux de Recherches en Ethologie (ETRE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Bureau d'Etudes et Travaux de Recherches en Ethologie ( ETRE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Volaille, Poisson, bovin, ovin, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, food and beverages, qualité de la viande, porcin, abattage d'animaux
Abstract: Session : Bases biologiques de la qualité et génétique/génomique; It has long been known th at stress during the slaughter period may result in the production of meat with major quality defects, particularly PSE and DFD meat. Recent studies using behavioural, physiological and/or genomic approaches fou nd that Jess extreme stress levels during slaughter may a iso influence technological and/or sensory quality of meat of pigs, cattle, sheep, and fowl and of fish flesh, sometimes explaining over 70% of inter-animal variability. Stress reactivity at slaughter varies between animais and may be predicted from reactions to stressful challenges during the rearing period. The stress reactivity of an animal depends partly on its earlier experiences and genetic background. In addition to slaughter-related animal welfare questions, today's challenge is to increase our understanding of the physiological and molecular mechanisms underlying the effects of stress on meat quality. The different species should be taken into account, as the causes of stress at slaughter and criteria for optimal meat quality are species-specific. In addition, the mechanisms underlying the effect of stress on meat and flesh quality differ at !east part! y between species.
Published: 2012

42. Challenges for closing the phenomic gap in farm animals

Author: Hocquette, Jean-François, De La Torre Capitan, Anne, Meunier, Bruno, Le Bail, Pierre-Yves, Chavatte-Palmer, Pascale, Le Roy, Pascale, Mormède, Pierre, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, The Center for Sino-French Beef Production R & D (CSFB)., ProdInra, Archive Ouverte, European Association for Animal Production (EAAP). Rome, ITA., Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2012
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43. ATOL: an ontology for livestock

Author: Salaun, Marie-Christine, Bugeon, Jérôme, Dameron, Olivier, Fatet, Alice, Hue, Isabelle, Hurtaud, Catherine, Nédellec, Claire, Reichstadt, Matthieu, Vernet, Jean, Reecy, J., Park, C., Le Bail, Pierre-Yves, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), U936, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Iowa State University (ISU), European Federation of Animal Science (EAAP). INT., Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( Inserm ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mathématique, Informatique et Génome ( MIG ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Iowa State University ( ISU ), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [ SDV.BDLR ] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, phenotype, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, atol, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, eol (envionment ontology for livestock)
Abstract: Session 41. Industry session: Precision dairy and beef farmingSession 41. Industry session: Precision dairy and beef farming; The development of ontology in biology is necessary to better organize and exploit the knowledge on theindividual characteristics like his phenotype (result of the expression and regulation of the genome). Thecomputerized data processing for the characterization of each phenotype highlights the need of standardizedand explicit language, defining without ambiguity the traits used and referred by various users: geneticists,physiologists, biochemists, producers, archivists. This can be reached trough the structured collection ofterms and concepts within an ontology built to meet the user’s needs: ATOL for ‘Animal Trait Ontology forLivestock’, has been specifically dedicated to the animals breeding (fish, poultry, mammals). However, thisgeneric ontology of phenotypic traits provides characters whose aggregation can explain the components ofthe quantity and quality of cattle productions: meat, milk, effective nutritional and fertility, as well as thosetaken into account for the assessment of animal welfare. ATOL should help to annotate phenotypic databasesin order to establish more precise genotype/phenotype relationships while considering environmentaleffect on phenotype using EOL (Environment Ontology for Livestock). Moreover ATOL might contributeto a systemic, predictive approach of animal performance and using the semantics tools an access to morerelevant and precise information in document content.
Published: 2012

44. Atol: Animal Trait Ontology for Livestock. Atol: Où en sommes-nous ?

Author: Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Léa Joret, Marie-Christine Salaun, Claire Nédellec, Matthieu Reichstadt, Jean Vernet, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mathématique, Informatique et Génome ( MIG ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique, Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Rennes (UR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: phénotype, [ SDV.BDLR ] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, atol, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, animal d'élevage, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology
Abstract: Présentation exposée en PPTPrésentation exposée en PPT; absent
Published: 2012

45. Les flux d’azote liés aux élevages : réduire les pertes, rétablir les équilibres

Author: Jean-Louis Peyraud, Pierre Cellier, Frans Aarts, Fabrice Béline, Christian Bockstaller, Magalie Bourblanc, Luc Delaby, Catherine Donnars, Jean-Yves Dourmad, Pierre Dupraz, Patrick Durand, Philippe Faverdin, Jean-Louis Fiorelli, Carl Gaigné, Agnès Girard, Francoise Guillaume, Peter Kuikman, Alexandra Langlais, Philippe Le Goffe, Sophie Le Perchec, Philippe Lescoat, Thierry Morvan, Christian Nicourt, Virginie Parnaudeau, Olivier Rechauchère, Philippe Rochette, Francoise Vertes, Patrick Veysset, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agrosysteemkunde, Plant Research International, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR)-Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Unité de Recherche Gestion environnementale et traitement biologique des déchets, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre for Environmental Economics and Policy in Africa, University of Pretoria [South Africa], Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Etudes (UAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 1302 Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Agro-Systèmes Territoires Ressources Mirecourt (ASTER Mirecourt), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique (DV-IST), Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek, Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Programme 215 fonctionnel, Ministère de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche et Ministère de l'écologie, de l'énergie, du développement durable, des transports et du logement, Contrat : Etude 10.06, Financement : Ministère de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche, Commanditaire : Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable, des Transports et du Logement (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Date de signature : 2010-08-02, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar ( LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement ( LAE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Unité Prospective ( PROSPECTIVE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires ( SMART ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), UR 0055 Agro-Sytèmes Territoires Ressources Mirecourt, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Agro-Sytèmes Territoires Ressources Mirecourt ( ASTER Mirecourt ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), DIST Délégation Information Scientifique et Technique ( DV-IST ), Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UR 1323 Risques Travail Marché Etat, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Risques, Travail, Marchés, Etat ( RiTME ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agriculture and Agri-Food [Ottawa] ( AAFC ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Structures et Marchés Agricoles, Ressources et Territoires (SMART), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR)-Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Unité Prospective (PROSPECTIVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Risques, Travail, Marchés, Etat (RiTME), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Agriculture and Agri-Food (AAFC)
Subjects: 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, 04 agricultural and veterinary sciences, 010501 environmental sciences, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, 01 natural sciences, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: absent
Published: 2012
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46. Meat and fish flesh quality improvement with proteomic applications

Author: Florence Lefèvre, Brigitte Picard, Bénédicte Lebret, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Quality management, Protein biomarkers, media_common.quotation_subject, [SDV]Life Sciences [q-bio], qualité sensorielle, qualité de la viande, Biology, 03 medical and health sciences, Food Animals, technological quality, medicine, Quality (business), Food science, protéomique, skeletal muscle, 030304 developmental biology, media_common, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biomarkers, sensory quality, texture, business.industry, Flesh, trait phénotypique, 0402 animal and dairy science, food and beverages, muscle squelettique, 04 agricultural and veterinary sciences, Phenotypic trait, 040201 dairy & animal science, tendrete, Biotechnology, Tenderness, qualité technologique, %22">Fish , identification, Animal Science and Zoology, Livestock, medicine.symptom, business, chair de poisson, biomarqueur
Abstract: Proteomics technologies have been used to better understand the development of complex phenotypic traits such as meat and fish flesh quality and identify biomarkers of these quality traits. Many protein biomarkers of beef tenderness have been highlighted and are currently under validation on different muscle and animal types. Biomarkers of fish flesh firmness, and of many sensory (tenderness) and technological (drip loss and pale, soft, and exudative defect) pork quality traits, have also been identified. Expected outcomes are to provide control tools of meat quality evaluation usable in the livestock sector and meat industries in the near future.
Published: 2012
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47. ATOL: A new ontology for livestock

Author: Catherine Hurtaud, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Isabelle Hue, Marie-Christine Salaun, Matthieu Reichstadt, Alain Valancogne, Jean Vernet, James Reecy, Park, C., Pierre-Yves Le Bail, Production du lait (PL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Station commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement (SCRIBE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INSERM U936 - UPRES EA 3888 Modélisation Conceptuelle des Connaissances Biomédicales, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du développement et reproduction (BDR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Systèmes d'élevage, nutrition animale et humaine (SENAH), Unité de Recherches sur les Herbivores (URH), Department of Animal Science, Iowa State University (ISU), Université de Rennes (UR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Archive Ouverte, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Fédératif de Recherche - Génétique Fonctionnelle Agronomie et Santé (IFR 140 GFAS), Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Production du lait ( PL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Fédératif de Recherche - Génétique Fonctionnelle Agronomie et Santé ( IFR 140 GFAS ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Systèmes d'élevage, nutrition animale et humaine ( SENAH ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Iowa State University ( ISU )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Ontologie, Elevage
Abstract: Session 2 : phenotyping of complex traitsSession 2 : phenotyping of complex traits; absent
Published: 2011

48. Testicular organoids in teleost fish: current progress and perspectives

Author: Chenais, Nathalie, Henriquenobrega, Rafael, Thomas, Manon, Porcon, Beatrice, Branthonne, Adèle, Burel, Agnès, Dupont, Aurelien, Gouttefangeas, Francis, Lareyre, Jean- Jacques, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP), Biosit : biologie, santé, innovation technologique (SFR UMS CNRS 3480 - INSERM 018), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de Microscopie Electronique à Balayage et microAnalyse (C.M.E.B.A.), Université de Rennes (UR), European Project: 262336,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2010-1,AQUAEXCEL(2011), LAREYRE, Jean-Jacques, and AQUAculture infrastructures for EXCELLence in European Fish research - AQUAEXCEL - - EC:FP7:INFRA2011-03-01 - 2015-02-28 - 262336 - VALID
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], teleost fish, stem cell, [SDV]Life Sciences [q-bio], germinal niche, testicular organoids, biotechnology
Abstract: International audience
Published: 2022

49. Tissue origin of circulating microRNAs and their response to nutritional and environmental stress in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

Author: Cardona, Emilie, Milhade, Léo, Pourtau, Angéline, Panserat, Stéphane, Terrier, Fréderic, Lanuque, Anthony, Roy, Jérôme, Marandel, Lucie, Bobe, Julien, Skiba-Cassy, Sandrine, Nutrition, Métabolisme, Aquaculture (NuMéA), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Unité expérimentale du GEVES de Saint Martin de Hinx, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and This study was financially supported by the European Commission/European Fund of Maritime Affairs and Fisheries (PhenomiR project).
Subjects: Mammals, Epidermal mucus, Environmental Engineering, Tissue origin, [SDV]Life Sciences [q-bio], Carbohydrates, Blood plasma, Stress, Pollution, MicroRNAs, Stress, Physiological, Oncorhynchus mykiss, Circulating miRNA, Environmental Chemistry, Animals, HypoxamiR, Circulating MicroRNA, Hypoxia, Waste Management and Disposal, Biomarkers
Abstract: International audience; Stresses associated with changes in diet or environmental disturbances are common situations that fish encounter during their lifetime. The stability and ease of measuring microRNAs (miRNAs) present in biological fluids make these molecules particularly interesting biomarkers for non-lethal assessment of stress in animals. Rainbow trout were exposed for four weeks to abiotic stress (moderate hypoxia) and/or nutritional stress (a high-carbohydrate/low-protein diet). Blood plasma and epidermal mucus were sampled at the end of the experiment, and miRNAs were assessed using small RNA sequencing. We identified four miRNAs (miR-122-5p, miR-184-3p, miR-192-5p and miR-194a-5p) and three miRNAs (miR-210-3p, miR-153a-3p and miR-218c-5p) that accumulated in response to stress in blood plasma and epidermal mucus, respectively. In particular, the abundance of miR-210-3p, a hypoxamiR in mammals, increased strongly in the epidermal mucus of rainbow trout subjected to moderate hypoxia, and can thus be considered a relevant biomarker of hypoxic stress in trout. We explored the contribution of 22 tissues/organs to the abundance of circulating miRNAs (c-miRNAs) in blood plasma and epidermal mucus influenced by the treatments. Some miRNAs were tissue-specific, while others were distributed among several tissues. Some c-miRNAs (e.g., miR-210-3p, miR184-3p) showed similar variations in both tissues and fluids, while others showed an inverse trend (e.g., miR-122-5p) or no apparent relationship (e.g. miR-192-5p, miR-194a-5p. Overall, these results demonstrate that c-miRNAs can be used as non-lethal biomarkers to study stress in fish. In particular, the upregulation of miR-210-3p in epidermal mucus induced by hypoxia demonstrates the potential of using epidermal mucus as a matrix for identifying non-invasive biomarkers of stress. This study provides information about the tissue sources of c-miRNAs and highlights the potential difficulty in relating variations in miRNA abundance in biological fluids to that in tissues.
Published: 2022
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50. Reprogramming of fish somatic cells for nuclear transfer is primed by Xenopus egg extract

Author: Nathalie Chênais, Aurelie Le Cam, Brigitte Guillet, Jean-Jacques Lareyre, Catherine Labbé, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Rennes (UR)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Somatic cell reprogramming in vitro prior to nuclear transfer is one strategy expected to improve clone survival during development. In this study, we investigated the reprogramming extent of fish fin somatic cells after in vitro exposure to Xenopus egg extract and subsequent culture. Using a cDNA microarray approach, we observed drastic changes in the gene expression profile of the treated cells. Several actors of the TGFβ and Wnt/β-catenin signaling pathways, as well as some mesenchymal markers, were inhibited in treated cells, while several epithelial markers were upregulated. This was associated with morphological changes of the cells in culture, suggesting that egg extract drove somatic cells towards a mesenchymal-epithelial transition (MET), the hallmark of somatic reprogramming in induced pluripotent stem cells (iPSCs). However, treated cells were also characterized by a strong decrease in de novo lipid biosynthesis metabolism, the lack of re-expression of pou2 and nanog pluripotency markers, and absence of DNA methylation remodeling of their promoter region. In all, this study showed that Xenopus egg extract treatment initiated an in vitro reprogramming of fin somatic cells in culture. Although not thorough, the induced changes have primed the somatic chromatin for a better embryonic reprogramming upon nuclear transfer.
Published: 2022
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