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5. Characterization of VIM-4 Producing Clinical Pseudomonas aeruginosa Isolates from Western Algeria: Sequence Type and Class 1 Integron Description

Author

Manon Lounes, Salim Aberkane, Olivier Barraud, Radia Dali-Yahia, Sylvain Godreuil, Helen Jean Pierre, Abdelaziz Touati, Karima Zenati, Leila Yazi, Fatma Zohra Zaidi, Laboratoire d'écologie microbienne, Université Abderrahmane Mira [Béjaïa], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Etablissement Hospitalier Universitaire d’Oran, Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), and Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)

Subjects
Microbiology (medical), Carbapenem resistance, Immunology, MESH: beta-Lactamases, MESH: Bacteriological Techniques, Integron, medicine.disease_cause, Microbiology, MESH: Carbapenems, 03 medical and health sciences, mental disorders, MESH: Drug Resistance, Bacterial, medicine, BlaVIM-4, MESH: Bacterial Proteins, 030304 developmental biology, Sequence (medicine), Pharmacology, 0303 health sciences, MESH: Middle Aged, MESH: Humans, biology, 030306 microbiology, Pseudomonas aeruginosa, MESH: Adult, MESH: Polymerase Chain Reaction, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, MESH: Male, 3. Good health, MESH: Integrons, MESH: Multilocus Sequence Typing, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Algeria, MESH: Pseudomonas aeruginosa, biology.protein, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, MESH: Algeria, MESH: Female
Abstract

International audience; Objectives: Pseudomonas aeruginosa occupies a central position in nosocomial infections and remains a significant cause of morbidity and mortality. The aim of this study was to characterize carbapenem resistance mechanisms in P. aeruginosa isolates from clinical specimens collected at the University Hospital of Oran, western Algeria. Materials and Methods: The identification of 214 nonduplicated P. aeruginosa isolates (collected from January to December 2016) was confirmed using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry. Thirteen antibiotics were tested using the disc diffusion method. Carbapenemase-encoding genes were detected with the GeneXpert system and multiplex polymerase chain reaction (PCR). Clonal relatedness was determined using multilocus sequence typing (MLST) and the seven housekeeping genes were further used for phylogenetic analysis of imipenem-resistant P. aeruginosa using concatenated gene fragments. The flanking regions of the blaVIM-4 gene were analyzed by whole-genome sequencing. Results: Eleven isolates (5.39%) were resistant to carbapenems. PCR amplification and sequencing showed that six of these isolates (2.94%) harbored the blaVIM-4 gene that was carried on a novel class 1 integron. MLST analysis assigned the tested isolates to seven different sequence types (STs), of which two were new (ST3349 and ST3350) and five were previously described (ST244, ST499, ST709, ST809, and ST1239). Conclusion: In this study, we reported P. aeruginosa isolates producing VIM-4 in an Algerian hospital. The blaVIM-4 is harbored in class 1 integron with a new arrangement of genes cassettes.

Published
2020
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6. OXA-48-like carbapenemases producing Enterobacteriaceae in different niches

Author

Assia Mairi, Aziz Touati, Jean-Philippe Lavigne, Albert Sotto, Alix Pantel, Virulence bactérienne et maladies infectieuses (VBMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire d'écologie microbienne, Université Abderrahmane Mira [Béjaïa], and Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes)

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Livestock, 030106 microbiology, Animals, Wild, Environment, Biology, Communicable Diseases, Emerging, Microbiology, beta-Lactamases, Carbapenemase, Niches, Persistence, 03 medical and health sciences, Medical microbiology, Bacterial Proteins, Enterobacteriaceae, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Environmental Microbiology, polycyclic compounds, medicine, Animals, Humans, 2. Zero hunger, Ecological niche, Genetics, Cross Infection, business.industry, Enterobacteriaceae Infections, Outbreak, General Medicine, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, 3. Good health, Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, bacteria, Mediterranean area, business, OXA-48-like
Abstract

International audience; The emergence of carbapenem-resistant enterobacterial species poses a serious threat to public health worldwide. OXA-48-type carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases are widely distributed among Enterobacteriaceae, with significant geographical differences. To date, 11 OXA-48-like variants have been identified, with classical OXA-48 being the most widespread. These enzymes show high-level hydrolytic activity against penicillins and low-level hydrolysis towards carbapenems. Since the first description of the OXA-48 carbapenemase in Turkey, bacterial strains producing the enzyme have been extensively reported in nosocomial and community outbreaks in many parts of the word, particularly in the Mediterranean area and European countries. The rapid spread of Enterobacteriaceae producing OXA-48-like enzymes in different ecosystems has become a serious issue recently. The number of reservoirs for such organisms is increasing, not only in hospitals, but also in the community, among animals (e.g., livestock, companion animals, and wildlife) and in the environment. This review aims to summarize the main characteristics of the OXA-48-type carbapenemases, covering genetic and enzymatic traits, their epidemiology, clonality and associated genes, correlation with extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) or plasmidic AmpC (pAmpC) in different bacterial species worldwide.

Published
2017
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7. Étude comparée du rôle des exsudats racinaires de pois (Pisum sativum) et de féverole (Vicia faba) durant les premières phases d’infection par Aphanomyces euteiches, agent pathogène de la pourriture racinaire du pois

Author

Laloum, Yohana, Gangneux, Christophe, Lanoue, Arnaud, Munsch, Thibaut, Gauthier, Adrien, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Boulogne, Isabelle, Vicre-Gibouin, Maite, Driouich, Azeddine, Laval, Karine, Follet-Gueye, Marie-Laure, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Biomolécules et biotechnologies végétales (BBV EA 2106), Université de Tours, Plante - microbe - environnement : biochimie, biologie cellulaire et écologie (PMEBBCE), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université de Tours (UT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD), and Laloum, Yohana

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

International audience

Published
2018

8. Adaptation of enteric pathogenic bacteria on salad leaves and involvement of conjugative multiple-antibiotic resistance plasmids

Author

Camiade, Mathilde, Toustou, Charlotte, Buquet, Sylvaine, Laval, Karine, Pawlak, Barbara, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and Lehner, Arnaud

Subjects
[SDV.BDD.GAM] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis
Abstract

International audience

Published
2018

9. Adaptation de bactéries entériques pathogènes et/ou antibiorésistantes sur des feuilles de salade

Author

Camiade, Mathilde, Toustou, Charlotte, Buquet, Sylvaine, Laval, Karine, Pawlak, Barbara, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and Lehner, Arnaud

Subjects
[SDV.BDD.GAM] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis
Abstract

International audience

Published
2018

10. High Prevalence of Extended-Spectrum β-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae in Wild Fish from the Mediterranean Sea in Algeria

Author

Albert Sotto, Jean-Philippe Lavigne, Soumia Brahmi, Catherine Dunyach-Remy, Abdelaziz Touati, Alix Pantel, Laboratoire d'écologie microbienne, Université Abderrahmane Mira [Béjaïa], Virulence bactérienne et maladies infectieuses (VBMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), and Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes)

Subjects
0301 basic medicine, Gills, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Gene Expression, extended-spectrum beta-lactamases, Fish Diseases, wild fish, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, polycyclic compounds, Prevalence, CTX-M, Phylogeny, biology, Enterobacteriaceae Infections, Fishes, quinolone resistance, Enterobacteriaceae, 3. Good health, Citrobacter freundii, Anti-Bacterial Agents, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Fluoroquinolones, Plasmids, Microbiology (medical), Genotype, 030106 microbiology, Immunology, Microbial Sensitivity Tests, beta-Lactams, Microbiology, beta-Lactamases, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, Escherichia coli, Mediterranean Sea, Animals, 14. Life underwater, Pharmacology, virulence genes, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Gastrointestinal Tract, 030104 developmental biology, Aminoglycosides, Algeria, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Multilocus sequence typing, bacteria, Morganella morganii, Enterobacter cloacae
Abstract

International audience; AIM:We investigated the prevalence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae among wild fish from the coast of Bejaia (Algeria) in the Mediterranean Sea.RESULTS:From March 2012 to August 2013, gut and gill samples of wild fish were screened for the presence of ESBL-producing Enterobacteriaceae. Strains were characterized with regard to antibiotic resistance, β-lactamase content, plasmid-mediated quinolone resistance, aminoglycoside resistance genes, and clonality (repetitive sequence-based polymerase chain reaction profiles and multilocus sequence typing). Virulence traits were performed for Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates. Of the 300 fish studied, 64 (21.3%) isolates were screened as positive for ESBL producing by the double-disc method. The isolates corresponded to E. coli, K. pneumoniae, Enterobacter cloacae, Morganella morganii, Citrobacter freundii, and Proteus vulgaris. A predominance of blaCTX-M gene was observed with a prevalence of 60.5% (n = 46). Furthermore, our study describes the association of important coresistance and virulence factors in E. coli and K. pneumoniae. Twelve of the ESBL producers carried genes of the qnr family and oqxAB gene and six carried the aac(6')-Ib-cr gene.CONCLUSIONS:Our results highlight for the first time the diffusion of multidrug-resistant Enterobacteriaceae isolates carrying resistance and virulence genes in fish from the Mediterranean Sea in Algeria.

Published
2018
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11. A multi-criteria approach for the selection of efficient biocontrol agents against Botrytis cinerea on tomato in Algeria

Author

Yousra Bouaoud, Kamel Aissat, Abdelhamid Foughalia, Marc Bardin, Claire Troulet, Odile Berge, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie Microbienne, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, and Ministry of Higher Education and Scientific Research of Algeria

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, efficacy, Biological pest control, 01 natural sciences, Agar plate, 03 medical and health sciences, Solanum lycopersicum, Multi criteria, Botany, biocontrol, Mycelium, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Botrytis cinerea, 2. Zero hunger, gray mold, biology, Pseudomonas, fungi, food and beverages, biology.organism_classification, Spore, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 030104 developmental biology, Animal ecology, Insect Science, Pseudomonas spp, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; In order to find biocontrol agents that are both efficient against Botrytis cinerea Pers. and adapted to tomato growing conditions in Algeria, 121 bacterial strains were collected from tomato plants and nearby soils in two Bejaia greenhouses. A total of 37 strains were selected based on their ability to grow on agar medium and on their different level of B. cinerea mycelial growth inhibition in dual-culture tests. These strains were identified at the species level and those that corresponded to potential pathogens for humans or mammals were discarded. Among the remaining 25 candidates, three strains were selected among the Pseudomonas genus for their significant protective efficacy against B. cinerea on tomato, their ability to grow at 15–25 °C and their inability to grow at 37 °C. These three strains significantly reduced the development of necrotic lesion and the sporulation of B. cinerea in a dose-dependent manner. This study constitutes a first step towards the biological control of B. cinerea in tomato greenhouses in Algeria.

Published
2018
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12. Stable insertion and transient expression of green fluorescent protein in Aphanomyces euteiches, the causal agent of pea root rot disease

Author

Laloum, Yohana, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Driouich, Azeddine, Follet-Gueye, Marie-Laure, Laval, Karine, Gangneux, Christophe, Lehner, Arnaud, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)

Subjects
[SDV.BDD.GAM] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.MN] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

International audience

Published
2017

13. Genetic diversity and inoculum exchange of Botrytis cinerea between tomato greenhouses in northern Algeria

Author

Adjebli, Ahmed, Leyronas, Christel, Aissat, Kamel, Nicot, Philippe C., Laboratoire d’écologie Microbienne, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Pathologie Végétale (PV), and Université du Chili. CHL.

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, structure génétique des populations, botritis cinerea, tomato, inoculum aérien, culture légumière de plein champ, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, genêtic variation, tomate, Algérie, diversité génétique, gestion des maladies, épidémiologie végétale, pathologie végétale, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology
Abstract

To estimate the genetic diversity for a better understanding of the spread of Botrytis cinerea, we genotyped with nine microsatellite markers 174 isolates collected from four greenhouses during three growing seasons in the region of Bejaia. Four of these isolates were detected as Botrytis pseudocinerea according to the allele size at locus Bc6. For all other isolates further studied, all loci were polymorphic, with the mean number of alleles per locus ranging from 2.77 to 5.22.Considerable genetic variability was detected in all subpopulations (D*>0.87; Hnb>0.40). Based on the standardized index of association analysis, significant but low levels of clonality occurred, not excluding the possibility of recombination (rD= 0.07, P

Published
2016

14. Unraveling the interaction between pea root and the soilborne oomycete A. euteiches

Author

Laloum, Yohana, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Vicré-Gibouin, Maïté, Moussard, Anne, Driouich, Azeddine, Follet-Gueye, Marie-Laure, Laval, Karine, Gangneux, Christophe, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Lehner, Arnaud

Subjects
[CHIM.POLY] Chemical Sciences/Polymers, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BDD.GAM] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [SDV.BBM.MN] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding
Abstract

International audience

Published
2015

15. Insights into the development of fungal biomarkers for metal ecotoxicity assessment: Case ofTrametes versicolorexposed to copper

Author

Karine Laval, Isabelle Trinsoutrot-Gattin, Jérémie Lebrun, Christian Mougin, Unité de recherche Science du Sol (USS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and Lebrun, Jérémie

Subjects
Hydrolases, Mn-PEROXIDASE, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, 010501 environmental sciences, Ecotoxicology, écosystème, Risk Assessment, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, LACCASE, Trametes, LIGNIN PEROXIDASE, medicine, Soil Pollutants, Environmental Chemistry, Lignin, METAUX, FILAMENTOUS FUNGI, HYDROLASES, TRAMETES VERSICOLOR, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, Trametes versicolor, Laccase, 0303 health sciences, biology, Copper toxicity, Lignin peroxidase, biology.organism_classification, medicine.disease, champignon filamenteux, enzyme, chemistry, Biochemistry, écotoxicité, [SDE]Environmental Sciences, biology.protein, hydrolase, Ecotoxicity, Oxidoreductases, biomarqueur, Biomarkers, Copper, Peroxidase
Abstract

The relationship between the physiological state of fungi and the response of their functional system to metals is not known, limiting the use of fungal enzymes as tools for assessing metal ecotoxicity in terrestrial ecosystems. The present study attempts to establish how the development phases modulate the secretion of enzymes in the filamentous fungus Trametes versicolor after exposure to Cu. For that purpose, extracellular hydrolases (acid and alkaline phosphatases, aryl-sulfatase, beta-glucosidase, beta-galactosidase, and N-acetyl-beta-glucosaminidase) and oxidoreductases (laccase, manganese and lignin peroxidases) were monitored in liquid cultures for 2 weeks. Copper was added during either the growth or the stationary phases at 20 or 200 ppm. Results of the present study showed that Cu at the highest concentration modifies the secretion of enzymes, regardless of the development phase to which the fungus was exposed. However, the sensitivity of enzyme responses to Cu depended on the phase development and the type of secreted enzyme. In a general way, the production of hydrolases was decreased by Cu, whereas that of oxidoreductases was highly increased. Furthermore, lignin peroxidase was not detected in control cultures and was specifically produced in the presence of Cu. In conclusion, fungal oxidoreductases may be enzymatic biomarkers of copper exposure for ecotoxicity assessment.

Published
2010
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16. Molecular and functional responses of soil microbial communities under grassland restoration

Author

Anne Mercier, Karine Laval, Sylvie Barray, Pierre Plassart, Christophe Gangneux, Marthe Akpa Vinceslas, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement (LMDF-SME), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Soil microbial biomass, Microbial functional diversity, 010501 environmental sciences, Biology, complex mixtures, 01 natural sciences, Grassland, natural sciences, Organic matter, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Soil restoration, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, geography, geography.geographical_feature_category, Ecology, Soil organic matter, Management intensification, food and beverages, 04 agricultural and veterinary sciences, Mineralization (soil science), 15. Life on land, Tillage, Microbial population biology, chemistry, Soil water, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Animal Science and Zoology, Soil conservation, Agronomy and Crop Science
Abstract

International audience; The influence of ageing grassland on microbial community structure in different long-term grassland regimes compared to tillage in neighbouring fields was investigated to evaluate whether grassland restoration can be considered as a specific type of management for soil conservation in northern France. Microbial community structure was examined by analyzing the distribution of total and labile organic matter, the size of bacterial and fungal populations, and bacterial metabolic fingerprints and fungal genetic fingerprints. Results showed a gradual positive increase of total microbial biomass between the intensive management reference site and the six grassland soils, and that soil organic matter storage is associated with changes in microbial biomass. There was a large increase in fungal and bacterial populations in the permanent grassland, but bacteria were more weakly affected by agricultural management practices than the fungi. Although potential functional diversity shifts in the bacterial community seemed to be related to the ageing grassland gradient, we were not able to highlight any significant difference in bacterial genetic diversity between the sites. There was, however, a strong relationship between fungal genetic diversity and the ageing grassland. Finally, an increase in microbial activities (% mineralization) was observed according to the age of the meadow. Among agricultural management practices, grassland restoration may have a positive impact in maintaining the soil status.

Published
2008
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17. Lutte contre les pathogènes telluriques en contexte horticole : cas du système Choisya ternata/Phytophtora spp

Author

Manasfi, Youssef, Cannesan, Marc-Antoine, Gattin, Isabelle, Laval, Karine, Driouich, Azeddine, Vicré-Gibouin, Maïté, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), ASTREDHOR Seine Manche (ASTREDHOR), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), and École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA)

Subjects
[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract

National audience

Published
2015

18. Verticiliose sur lin textile : comprehension de la maladie et dévevelopment d’un diagnostic en sol

Author

Blum, Adrien, Bressan, Melanie, Vicré-Gibouin, Maïté, Gattin, Isabelle, Driouich, Azeddine, Laval, Karine, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), and Lehner, Arnaud

Subjects
[SDV.BDD.GAM] Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.MN] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis
Abstract

National audience

Published
2015

19. Comparison of Botrytis cinerea populations collected from tomato greenhouses in Northern Algeria

Author

Kamel Aissat, Ahmed Adjebli, Philippe C. Nicot, Christel Leyronas, Laboratoire d’écologie Microbienne, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Unité de Pathologie Végétale (PV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Ministry of Higher Education and Scientific Research of Algeria

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Genetic diversity, Veterinary medicine, Physiology, inoculum exchange, Haplotype, Locus (genetics), Plant Science, genetic diversity, grey mould, Biology, biology.organism_classification, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, microsatelite markers, Botany, Genetic structure, Genetics, Microsatellite, Genetic variability, Allele, Agronomy and Crop Science, Botrytis cinerea
Abstract

International audience; To estimate the genetic diversity and population structure for a better understanding of the spread of Botrytis cinerea, we genotyped with nine microsatellite markers 174 isolates collected from four greenhouses during three growing seasons in the region of Bejaia. Four of these isolates were detected as Botrytis pseudocinerea according to the allele size at locus Bc6. For all other isolates further studied, all loci were polymorphic, with the mean number of alleles per locus ranging from 2.77 to 5.22. Considerable genetic variability was detected in all subpopulations (D* > 0.87; Hnb > 0.40). Based on the standardized index of association analysis, significant but low levels of clonality occurred, not excluding the possibility of recombination (rD = 0.07, P < 0.001). A total of 109 haplotypes were characterized among the isolates, few of which were shared between subpopulations. This, together with moderate genetic differentiation among subpopulations according to the geographical origin (0.080 < FST < 0.167), suggested a low level of inoculum exchange among greenhouses and little carry-over of inoculum from one sampling season to the next. The importance of genetic structure of B. cinerea populations is discussed and should be taken into consideration for the management of grey mould.

Published
2015
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20. Soil microbial community structure and function relationships: A heat stress experiment

Author

Isabelle Trinsoutrot-Gattin, Xavier Latour, Karine Laval, Emilie Laroche-Ajzenberg, Marie-Paule Norini, Wassila Riah-Anglet, Fabrice Martin-Laurent, Agro-écologie, Hydrogéochimie, Milieux et Ressources (AGHYLE), UniLaSalle, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de recherche en agro-écologie des territoires (AGRI'TERR ), Institut des Sciences de la Terre d'Orléans - UMR7327 (ISTO), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM)-Observatoire des Sciences de l'Univers en région Centre (OSUC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, PSL Research University (PSL)-PSL Research University (PSL)-Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, PSL Research University (PSL)-PSL Research University (PSL)-Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Campus Rouen, Agri’Terr Unit, Laboratoire BioSol, ESITPA, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unite AgriTerr, Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, Normandie ( ESITPA ), Institut des Sciences de la Terre d'Orléans - UMR7327 ( ISTO ), Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) ( BRGM ) -Université d'Orléans ( UO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement ( LMSM ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Orléans (UO)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers en région Centre (OSUC), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Research Networks VASI from the region Haute-Normandie, French Ministry of Research, and Fonds Europeen de Developpement Regional (FEDER)

Subjects
Soil Science, complex mixtures, Actinobacteria, [ SDE ] Environmental Sciences, 03 medical and health sciences, Soil functions, Botany, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Biomass (ecology), Ecology, biology, Bacteroidetes, Soil classification, Microbial diversity Bacterial taxa Enzymatic activities Heat stress Soil land use, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, biology.organism_classification, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), Microbial population biology, Agronomy, Soil water, [SDE]Environmental Sciences, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Microcosm
Abstract

International audience; Links between the microbial community structure and soil functions are unclear. The study of these relationships requires the development of highly specific experimental approaches. In this work, the soil microbial community structure and function relationship was evaluated in relation to heat stress in a soil microcosm incubated at 17 °C and 50 °C. We selected a luvisol that included two land uses. Samples were taken from the soil of a long-term (>10 year) arable cropping plot (CC) and a permanent grassland (PG) (>25 years). The soil functions were evaluated by measuring the enzyme activities, including cellulase, N-acetyl-glucosaminidase, β-glucosidase, xylanase and dehydrogenase. The total microbial biomass was assayed by the quantification of the total DNA extracted from the microcosm soils. The abundance of total bacterial and fungal communities and different bacterial taxa were measured by qPCR rRNA genes. For both soil types, heat stress induced changes in the microbial community structure and soil functions. In most cases, the results yielded effects following heat treatment. All of the enzymes were inhibited except xylanase. Heat stress significantly reduced the total microbial biomass and fungal abundance in the soils. The abundance of the total bacterial community was not affected by heat stress. In the two soils, the dominant taxa were Actinobacteria (13–40%) and Bacteroidetes (14–32%), while Planctomycetes and Gammaproteobacteria exhibited lower abundance (0–3%). Changes in the microbial community structure and changes in the functions were correlated; the correlation was positive in the PG soil and negative in the CC soil. The changes in the CC soil structural and functional state were greater than of those observed in PG soil. Our initial hypothesis was confirmed, indeed, grassland soil is more resistant to drastic stress due to its highly abundant and highly diversified microbial community. These results represent a contribution to the understanding of soil microbial community structure and functions relationships.

Published
2015
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21. Dépollution par les noues ? Le rôle du sol et des plantes

Author

Leroy, Marie-Charlotte, Portet-Koltalo, Florence, Marcotte, Stéphane, Legras, Marc, Le Derf, Franck, Moncond'huy, Vincent, Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), INFRA Services (INFRA), and Koltalo, Florence

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM] Chemical Sciences, [SDE]Environmental Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

22. Arabinogalactan proteins of border cells: at the frontier between root and microbes

Author

Vicré-Gibouin, Maïté, Koroney, Abdoul-Salam, Boulogne, Isabelle, Nguema-Ona, Eric, Cannesan, Marc-Antoine, Plancot, Barbara, Menu-Bouaouiche, Laurence, Follet-Gueye, Marie-Laure, Driouich, Azeddine, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and Lehner, Arnaud

Subjects
[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

23. Démarche statistique pour la sélection des indicateurs par Random Forests pour la surveillance de la qualité des sols

Author

Olivier Faure, Hassani Taibi, C Thoisy-Dur, J., Patrice Lepelletier, Bodin, J., Nadia Laurent-Bennegadi, J Bessoule, J., Antionio Bispo, Bodilis, J., Rémi Chaussod, Nathalie Cheviron, Jérôme Cortet, Criquet, J., Jérôme Dantan, Samuel Dequiedt, Christophe Gangneux, Jennifer Harris-Hellal, Mickael Hedde, Hitmi, A., Le Guedard, M., Marc Legras, Guenola Peres, Repinçais, C., Rouge, L., Ruiz, N., Isabelle Trinsoutrot-Gattin, Cécile Villenave, Unité de recherche en agro-écologie des territoires (AGRI'TERR ), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bordeaux Ségalen (Bordeaux 2), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université de Bourgogne (UB), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Equipe Geosciences & Environnement, École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéochimie et écologie des milieux continentaux (Bioemco), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Elisol Environnement, LAboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes - UMR5190 (LARHRA), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Recherche Déchet et Sol, Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie, Microbiologie du Sol et de l'Environnement (MSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), INRA, UR251 PESSAC, F-78026 Versailles Cedex, France, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Agri’Terr, CS 40118, ESITPA, Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés ( PESSAC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement ( LMSM ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Université de Bourgogne ( UB ), UMR UL/INRA, 1120, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) ( BRGM ), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne ( PIAF ), Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), UMR 5200, INRA Bordeaux Aquitaine, LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre France-Nord, UMR 211 BIOEMCO, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Ouest] ), Agri’Terr, CS 40118, 76134, Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LAboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes - UMR5190 ( LARHRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Jean Moulin - Lyon III-Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), ESITPA, Ecole Superieure des Ingenieurs et Techniciens pour l'Agriculture, Mont Saint Aignan, France., École Supérieure d'Ingénieurs et Techniciens Pour l'Agriculture ( ESITPA ), Microbiologie du Sol et de l'Environnement ( MSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Ecole Supérieure d'Ingénieurs et Techniciens pour l'Agriculture ( ESITPA ), Esitpa, Mont Saint Aignan, France., Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), ESITPA, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles, Mont Saint Aignan, France., Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire BioSol, Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes ( Eco&Sols ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
Analyse discriminante, Random Forests, contaminantes orgánicos, indicateurs pédologiques, land use, organic pollutants, polluants organiques, [ SHS.ENVIR ] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS]Humanities and Social Sciences, bioindicateurs, [ SHS ] Humanities and Social Sciences, occupation des sols, sélection, méthodes statiques, bioindicadores, Random Forets, [ SHS.STAT ] Humanities and Social Sciences/Methods and statistics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS.STAT]Humanities and Social Sciences/Methods and statistics, pédologie, uso del suelo, Discriminant Analysis, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, sols, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, metal contamination, ETM, selección, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, bioindicators, análisis discriminante, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society, qualité des sols
Abstract

The volume of data, and the large number of biological variables to be tested (one hundred), require analytical techniques, such asRandom Forests, which can overcome the problem of multi-colinearity for the selection of indicators, sensitive to various factors.Random Forests methodology is appropriate for the selection of the most discriminant variables. So, we searched for the best wayto select them, by bringing together all biological variables, representing the Microflora and Fauna. This approach focuses on impactindicators from the Bio2 program, indicators of flora and indicators of accumulation (snails) were not included.This work has been implemented on the three factors of discrimination : land use, metallic contamination levels and organic contaminationlevels.We grouped the most discriminating variables from each RF analysis. Linear discriminant analysis was then implemented for each factor,in order to develop a predictive model., El volumen de datos definidos en el programa bioindicadores 2 (Ademe) y el muy grande numero de variables biológicas para probar(una centena) necesitan técnicas de análisis como los Random Forests que pueden liberarse del problema de multicolinealidad para laselección de indicadores sensibles a los diferentes factores estudiados.La metodología de Random Forests consiste en la selección de variables las más discriminantes. Así buscamos la mejor selección agrupandoel conjunto de las variables biológicas que representan la Microflora y la Fauna. Estos trabajos se realizaron sobre los tres factoresde discriminación : el uso de los suelos, los niveles de contaminación en ETM y los niveles de contaminación en contaminantes orgánicos.Luego, agrupamos las variables las más discriminantes derivadas de cada análisis por RF. Un análisis discriminante linear se realizodespués para cada factor con vista a elaborar un modelo predictivo. Se observaron los indicadores del grupo Flora únicamente sobreun sub-conjunto de 47 parcelas de modalidades contrastadas, así no los incluimos en nuestro estudio. Las variables “estandarizadas"del grupo Flora podrán estar integradas en un segundo tiempo., Le volume des données définies dans le programme Bioindicateurs 2 (Ademe) et le très grand nombre de variables biologiques à tester(une centaine) nécessitent des techniques d’analyse telles que les Random Forests qui peuvent s’affranchir du problème de multi-colinéaritépour la sélection d’indicateurs sensibles aux différents facteurs étudiés.La méthodologie des Random Forests consiste en la sélection des variables les plus discriminantes. Ainsi nous avons recherché lameilleure sélection en étudiant l’ensemble des variables biologiques représentant la Microflore et la Faune. Cette démarche a portésur l’ensemble des indicateurs d’effet issus du programme Bio2, les indicateurs de la flore et d’accumulation (escargot) n’ayant pas ététraités. Ces travaux ont été mis en oeuvre sur les trois facteurs de discrimination : l’usage des sols, les niveaux de contamination en ETM,et les niveaux de contamination en polluants organiques.Nous avons ensuite regroupé les variables les plus discriminantes issues de chaque analyse par RF. Une analyse discriminante linéairea ensuite été mise en oeuvre pour chaque facteur en vue d’élaborer un modèle prédictif.

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2013

24. Biofilters to improve road run-off quality : interactions between water, soil and the biosphere

Author

Portet-Koltalo, Florence, Leroy, Marie-Charlotte, Le Derf, Franck, Legras, Marc, Koltalo, Florence, Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INFRA Services (INFRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), and École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, Swales, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Heavy metals, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDE]Environmental Sciences, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, PAH, Hydrocarbons, Road run-off, Phytoremediation
Abstract

International audience; Biofilters have been widely implemented in the past few years due to combined ecological and economic advantages, such as improved road runoff quality, impervious surface reduction and low cost. However, poor is known about the role of microorganisms and plants on pollutants remediation in such infiltration systems. Thereby, we studied during one year trace elements (TE), total hydrocarbons (HC) and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) in water, soil and plant in two experimental road side biofilters, one covered with grass, the other one being planted. We also faced the challenge to build four representative large-scale outdoor mesocosms, spiked with Cd, Pb, Zn, phenanthrene, pyrene and benzo[a]pyrene,, to better understand the biofilters functioning. Four plant species were tested for remediation in the mesocosm experiments: Juncus effusus, Iris pseudacorus, Phalaris arundinacea and grass (50% Lolium perenne and 50% Festuca L.). PAHs were extracted from soils by microwave assisted extractions and analyzed by gas chromatography while microwave-acid digestion was used to extract metals, which were then analysed by ICP. Total, fungal and bacterial biomass were investigated using Q-PCR, 16S rDNA and 18S rDNA. Fluorescein diacetate (FDA) enzymatic activity allowed us to measure the total microbial activity. The passage of runoff through the experimental swale showed a significant removal of organic and inorganic pollutants in water: from 27 to 79% for Cu, 21 to 37% for Pb, 27 to 62% for Zn, and 56 to 70% for total HC. Hg, As and Cd were under their detection limits.. Phenanthrene and pyrene concentrations in the soils of mesocosms were divided by 100 in 6 months and by 5 to 10 for benzo[a]pyrene, depending on the plant species. The mesocosm experiments showed that Juncus effusus facilitated PAH degradation and that Phalaris arundinacea had the highest shoot concentration of TE. Both in the experimental swale and in the mesocosm, grass appeared to be the best filter for suspended solids (5 to 77% removal) because of its dense rhizosphere. Swales design could be improved using a mix of plants composed of grass, Juncus effusus and Phalaris arundinaceae that respectively, trap suspended solids, facilitate PAH degradation and absorb TE. These results show that biofilters could be an alternative to hydrocarbon separators to treat road runoff .

Published
2013

25. New Insights into the Use of Filamentous Fungi and Their Degradative Enzymes as Tools for Assessing the Ecotoxicity of Contaminated Soils During Bioremediation Processes

Author

Mougin, Christian, Cheviron, Nathalie, Pinheiro, Marc, Lebrun, Jérémie Daniel, Boukcim, Hassan, UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Environnement et Grandes Cultures (EGC), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), PESSAC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Valorhiz, Bat 6, Bioversity International, Absent, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Contaminated soils, 030306 microbiology, Organic chemicals, Chemistry, 15. Life on land, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Bioremediation, Enzyme, Biotransformation, Environmental chemistry, Soil treatment, Ecotoxicity, Xenobiotic, 030304 developmental biology
Abstract

Bioremediation is often described as a potent, safe, and cheap way to remediate contaminated soils. Moreover, filamentous fungi are known as potent tools to degrade organic chemicals, such as polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). In this chapter, we describe the fungal transformation of PAHs, leading in many cases to the synthesis of bioactive by-products. We report also how biomarkers (i.e., soil enzymatic activities) can be used for ecotoxicity assessment during soil treatment. Then, we show that fungal enzymatic systems often involved in xenobiotic biotransformation can be in addition efficient candidates for biomarker development. Ways for future research are finally proposed.

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2013
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26. Effect of Arabinogalactan Proteins from the Root Caps of Pea and Brassica napus on Aphanomyces euteiches Zoospore Chemotaxis and Germination

Author

Caroline Durand, Carole Burel, Marie-Laure Follet-Gueye, Christophe Gangneux, Marc Antoine Cannesan, Karine Laval, Tadashi Ishii, Maïté Vicré-Gibouin, Patrice Lerouge, Azeddine Driouich, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and Forestry and Forest Products Research Institute (FFPRI)

Subjects
0106 biological sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Physiology, Plant Science, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], 01 natural sciences, Cell wall, 03 medical and health sciences, Arabinogalactan, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Border cells, [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], Genetics, Spore germination, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Root cap, [SDV.BDD.GAM]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Gametogenesis, 030304 developmental biology, Arabinogalactan protein, 0303 health sciences, biology, food and beverages, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], Meristem, biology.organism_classification, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, Biochemistry, Aphanomyces euteiches, 010606 plant biology & botany
Abstract

Root tips of many plant species release a number of border, or border-like, cells that are thought to play a major role in the protection of root meristem. However, little is currently known on the structure and function of the cell wall components of such root cells. Here, we investigate the sugar composition of the cell wall of the root cap in two species: pea (Pisum sativum), which makes border cells, and Brassica napus, which makes border-like cells. We find that the cell walls are highly enriched in arabinose and galactose, two major residues of arabinogalactan proteins. We confirm the presence of arabinogalactan protein epitopes on root cap cell walls using immunofluorescence microscopy. We then focused on these proteoglycans by analyzing their carbohydrate moieties, linkages, and electrophoretic characteristics. The data reveal (1) significant structural differences between B. napus and pea root cap arabinogalactan proteins and (2) a cross-link between these proteoglycans and pectic polysaccharides. Finally, we assessed the impact of root cap arabinogalactan proteins on the behavior of zoospores of Aphanomyces euteiches, an oomycetous pathogen of pea roots. We find that although the arabinogalactan proteins of both species induce encystment and prevent germination, the effects of both species are similar. However, the arabinogalactan protein fraction from pea attracts zoospores far more effectively than that from B. napus. This suggests that root arabinogalactan proteins are involved in the control of early infection of roots and highlights a novel role for these proteoglycans in root-microbe interactions.

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2012
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27. Design of a large scale outdoor mesocosm to investigate heavy metals and polycyclic aromatic hydrocarbons phyto- and bio-remediation

Author

Leroy, Marie-Charlotte, Peruisset, G., Portet-Koltalo, Florence, Le Derf, F., Marcotte, Stephane, Legras, Marc, Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INFRA Services (INFRA), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Koltalo, Florence, and Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM] Chemical Sciences, [SDE]Environmental Sciences, [CHIM]Chemical Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience; Infiltration technics to catch highway and urban runoff are more and more used 1. Thereby, it is a real concern to understand the fate of pollutants in water, soil, and plants in planted trenches dedicated to infiltration to prevent groundwater contamination. 1 To access to the system behaviour under natural conditions better than microcosm experiment offers to, we designed a large-scale outdoor mesocosm experiment. A 2.7 meters-long tank, was divided in two parts: the control (not contaminated) part and the contaminated part spiked according to the method described in Zhang et al. 2 with Cd, Pb, and Zn (at 2, 100 and 300 mg.kg-1 , respectively) along with phenanthrene, pyrene, and benzo[a]pyrene (at 10 mg.kg-1 each). A drain with a diameter of 60 mm was placed at the bottom of the tank to collect infiltrated water (Figure 1). Three similar tanks were built and each was planted with one different species to reach a density of 11,1 plants/m². The setting allows the determination of soil, microorganisms, and plants (i.e. rhizosphere) contribution to the retention and degradation of heavy metals and Polycyclic Aromatic Hydrocarbons. After two weeks of equilibration, soil quality remains preserved and the contamination seemed to be homogeneous along the mesocosm. Microbial abundance and diversity investigations are in progress.

Published
2012

28. Dégradation des HAPs et impact sur les communautés microbiennes telluriques

Author

Lefèvre, C., Dubois, C., Castel, L., Akpa-Venceslas, M, Gangneux, C., Laurent, N., Portet-Koltalo, Florence, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Bureau, Fabrice, Legras , Marc, Koltalo, Florence, École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

29. Assessing impacts of copper on soil enzyme activities in regard to their natural spatiotemporal variation under long-term different land uses

Author

Christian Mougin, Marthe Vinceslas-Akpa, Isabelle Trinsoutrot-Gattin, Jérémie D. Lebrun, Agathe Brault, Caroline Bailleul, Karine Laval, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche en agro-écologie des territoires (AGRI'TERR ), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Soil Science, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Microbiology, complex mixtures, Grassland, Terrestrial Model EcosystemsSoil qualityEnzymeBioindicators, Ecosystem, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, geography, geography.geographical_feature_category, Land use, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Contamination, Soil quality, Soil contamination, Agronomy, 13. Climate action, Intensive crop, Soil water, [SDE]Environmental Sciences, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bioindicator
Abstract

International audience; Enzymes are known to be sensitive indicators of soil quality. Nevertheless, the natural variability of their activities needs to be considered for a relevant interpretation of activity levels, especially in contaminated soils. We first monitored the variability of enzymatic activities (acid and alkaline phosphatases, β-glucosidase, N-acetyl-β-glucosaminidase, urease and dehydrogenase) in two agricultural sites in north-western France during a seasonal April–October cycle. For both sites, two types of long-term different agricultural managements, grassland and intensive cropping were considered. Our results revealed great variability of enzymatic activities in space and over time, yet more pronounced for grassland than for cropped soils. Then, we assessed the impact of copper on enzymes activity on Terrestrial Model Ecosystems (TMEs) filled with undisturbed soil, and incubated for 70 days in open-field conditions. Copper was added at two concentration levels corresponding to a regulated annual agronomic input (2 mg kg−1) or to a high soil contamination (200 mg kg−1). In comparison to effects of natural spatiotemporal variability of soil conditions, copper addition did not show significant impacts on enzymatic activities. Finally, our results confirmed that for assessing effective impacts of contaminants in soils under real field conditions, natural spatiotemporal soil variability must be considered.

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2012
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30. Promotion de croissance du riz inoculé par une bactérie fixatrice d'azote, Burkholderia vietnamiensis, isolée d'un sol sulfaté acide du Viêt-nam

Author

V. Trân Van, J. Balandreau, Thierry Heulin, Odile Berge, Patrick Mavingui, Centre de Pédologie Biologique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'écologie microbienne du sol, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)

Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, 03 medical and health sciences, 030306 microbiology, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Agronomy and Crop Science
Abstract

International audience; Inoculation of rice with TVV75, an N-2-fixing strain of Burkholderia vietnamiensis, was conducted in a Vietnamese acid-sulfate soil in pot trials. The effect of this bacterial strain was tested for 3 nitrogen fertilizer rates, 0, 45 and 90 U under outdoor conditions. The inoculated strain has been isolated as a member of the dominant N-2-fixing microflora in the rhizosphere of rice growing on the above-mentioned soil. It was selected because it exhibited a high acetylene reduction rate and high growth promotion on young plants. In the present experiment, nitrogen availability was the limiting factor for the growth of rice, which is clearly shown by the response of the plant to nitrogen fertilizer application in control pots. Under these conditions, bacterial inoculation resulted in significant increases in filler number (12%) and plant height (8%) in nursery beds, and significant increases were also observed in both shoot and root dry weights, throughout the growth cycle, leading to a higher final yield (20%). These results are promising for further applications.; Des essais d'inoculation du riz par une souche bactérienne fixatrice d'azote, Burkholderia vietnamiensis TVV75, ont été menés en pots sur un sol sulfaté acide du Viêt-nam, en conditions extérieures. L'effet de cette bactérie a été testé à 3 niveaux d'azote : 0, 45 et 90 U. La souche utilisée avait été au préalable isolée parmi les bactéries fixatrices d'azote les plus abondantes de la rhizosphère du riz cultivé sur ce même sol, et sélectionnée pour son activité réductrice d'acétylène et son activité de promotion de croissance sur jeune plante. Dans cet essai, l'azote était bien le facteur limitant, comme le montre clairement la réponse de la culture du riz à la fertilisation azotée. Dans ces conditions, l'inoculation bactérienne a entraîné des augmentations significatives du tallage (12%) et de la hauteur des plantules (8%) du peuplement herbacé en pépinière, et un accroissement significatif de la production de matières sèches racinaires et aériennes tout au long de la culture. Cette augmentation de la biomasse végétale s'est accompagnée d'une augmentation du rendement final de 20% à la récolte, expliquée par un effet de l'inoculation sur toutes les composantes du rendement. Ces résultats ouvrent la voie à des applications agronomiques très prometteuses.

Published
1994
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31. Essais inter-laboratoire pour évaluer le standard ISO 11063 ‘Qualité du sol – méthode pour l’extraction directe des acides nucléiques du sol’

Author

Ines Petric, Laurent Philippot, Cristina Abbate, Antonio Bispo, Thierry Chesnot, Sara Hallin, Karine Laval, Thierry Lebeau, Philippe Lemanceau, Corinne Leyval, Kristina Lindström, Pascal PANDARD, Esperanza Romero, Amadou Sarr, Michael Schloter, Pascal Simonet, Cornelia Smalla, Berndt-Michael Wilke, Fabrice Martin, Microbiologie du Sol et de l'Environnement (MSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Division for Marine and EnvironmentalResearch, Ruder Boskovic Institute, Sezione di Scienze Agrochimiche, DACPA, Agriculture and Forestry Department, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire Etudes et Expertises, IPL Santé, Environnement Durables Est, Department of Microbiology, Uppsala, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Plate-forme Technologique AGROSYSTEMES, Institut Universitaire de Technologie, Nancy Université, University of Helsinky, Department of Food and Environmental Sciences, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques, Environmental Protection, Spanish National Research Council (CSIC), Research Unit Comparative Microbiome Analysis (COMI), Helmholtz-Zentrum München (HZM), Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère, École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik, Julius Kühn Institute Bundesforschungsinstitut für Kultupflanzen (JKI), Department of Ecology, Technische Universitat, Microbiologie du Sol et de l'Environnement ( MSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), BP 66517, Welience Agroenvironnement, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), Department of Microbiology, Swedish University of Agricultural Sciences ( SLU ), Laboratoire BioSol, APCA/Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, Spanish National Research Council ( CSIC ), Research Unit Comparative Microbiome Analysis ( COMI ), Helmholtz-Zentrum München ( HZM ), Ampère, Département Bioingénierie ( BioIng ), École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Julius Kühn Institute Bundesforschungsinstitut für Kultupflanzen ( JKI ), Rudjer Boskovic Institute [Zagreb], Ampère (AMPERE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Agroécologie (1347).

Subjects
méthode, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], adn du sol, afnor, iso, extraction, acide nucléique, qualité biologique du sol
Abstract

L’extraction directe des acides nucléiques de microorganismes du sol est une étape cruciale de l’analyse moléculaire des communautés microbiennes du sol. Cependant, l’utilisation de nombreux protocoles d’extraction, chacun présent des biais, rendent difficile la comparaison des jeux de données. Cette déficience est d’autant plus dommageable que les méthodes moléculaires présentent un débit élevé et, en conséquence, génèrent de nombreuses données. Avec de surpasser cette problématique, en 2006 l’INRA a proposé à l’ISO une méthode d’extraction directe de l’ADN du sol. Cette méthode a été évaluée par 13 laboratoires européens indépendants au travers d’un essai interlaboratoire Français et d’un essai international. La reproductibilité de la méthode d’extraction des acides nucléiques du sol a été évaluée en comparant les quantités d’ADN, l’abondance et la structure génétique de communautés microbiennes extraits de 12 sols différents. Basés sur les résultats des essais interlaboratoires, la méthode a été approuvée à l’unanimité par les 21 pays votant à l’ISO. Le standard ISO11063 décrivant cette méthode a été publié par l’ISO. Il est en cours de traduction pour être publié en Français par l’AFNOR. Les résultats des essais interlaboratoires seront présentés et les perspectives offertes par ce nouveau standard en terme d’évaluation post-homologation de produits phytosanitaires discutées.Petric I., Philippot L., Abbate, Abbate C., Bispo A., Chesnot T., Hallin S., Laval K., Lebeau T., Lemanceau P., Leyval C., Lindstrom K., Pandard P., Romero E., Sarr A., Schloter M, Simonet P., Smalla K., Wilke B.M., Martin-Laurent F. 2011. Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 "Soil quality - Method to directly extract DNA from soil samples". J. Microbiol. Meth. 84:454-460.

Published
2011

32. Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 'Soil quality - Method to directly extract DNA from soil samples'

Author

Imes Petric, Thierry Lebeau, Cristina Abbate, Karine Laval, Michael Schloter, Laurent Philippot, Kristina Lindström, Berndt-Michael Wilke, Fabrice Martin-Laurent, Philippe Lemanceau, Kornelia Smalla, Sara Hallin, Thierry Chesnot, Corinne Leyval, Esperanza Romero, Pascal Simonet, Antonio Bispo, Pascal Pandard, Amadou Sarr, Wellience Agro-Environment, Microbiologie du Sol et de l'Environnement (MSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Sezione di Scienze Agrochimiche, Università degli studi di Catania [Catania], Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire Etudes et Expertises, IPL Santé Environnement Durables Est, Department of Microbiology, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Plate-Forme Technologique Agrosystèmes, Institut Universitaire de Technologie, Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols (LIMOS), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Food and Environmental Sciences, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Estacion Experimental del Zaidín, Environmental Protection, Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] (CSIC), Department for Terrestrial Ecogenetics, German Research Center for Environmental Health, Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère, École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik, Julius Kühn-Institut Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen, Department of Ecology, Technische Universität Berlin (TUB), Estación Experimental del Zaidín (EEZ), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Ampère (AMPERE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Technische Universität Berlin (TU), ADEME (Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie), Conseil Regional de Bourgogne under the management of Welience 3CO1PR609031 0575C0022, INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) - Conseil Regional de Bourgogne (B06241), Microbiologie du Sol et de l'Environnement ( MSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie - ADEME, Swedish University of Agricultural Sciences, Laboratoire BioSol, Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols ( LIMOS ), Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques ( INERIS ), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] ( CSIC ), Environmental Microbial Genomics Group, Laboratoire AMPERE, Université de Lyon, Technische Universität Berlin ( TUB ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Microbiology (medical), DNA, Bacterial, Microbiological Techniques, Standardization, Soil test, Ribosomal Intergenic Spacer analysis, [ SDV.TOX.ECO ] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, Biology, Microbiology, DNA, Ribosomal, [ SDE ] Environmental Sciences, 03 medical and health sciences, RNA, Ribosomal, 16S, Molecular Biology, Soil Microbiology, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, Protocol (science), 0303 health sciences, 030306 microbiology, Ecology, business.industry, DNA FINGERPRINT, Reproducibility of Results, DNA, Inter-laboratory assay, 15. Life on land, Soil DNA extraction, Soil quality, DNA Fingerprinting, Biotechnology, Bacterial Typing Techniques, QPCR, DNA profiling, Soil water, [SDE]Environmental Sciences, soil DNA extraction, standardization, inter-laboratory assay, DNA fingerprint, qPCR, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, business, Soil microbiology
Abstract

International audience; Extracting DNA directly from micro-organisms living in soil is a crucial step for the molecular analysis of soil microbial communities. However, the use of a plethora of different soil DNA extraction protocols, each with its own bias, makes accurate data comparison difficult. To overcome this problem, a method for soil DNA extraction was proposed to the International Organization for Standardization (ISO) in 2006. This method was evaluated by 13 independent European laboratories actively participating in national and international ring tests. The reproducibility of the standardized method for molecular analyses was evaluated by comparing the amount of DNA extracted, as well as the abundance and genetic structure of the total bacterial community in the DNA extracted from 12 different soils by the 13 laboratories. High quality DNA was successfully extracted from all 12 soils, despite different physical and chemical characteristics and a range of origins from arable soils, through forests to industrial sites. Quantification of the 16S rRNA gene abundances by real time PCR and analysis of the total bacterial community structure by automated ribosomal intergenic spacer analysis (A-RISA) showed acceptable to good levels of reproducibility. Based on the results of both ring-tests, the method was unanimously approved by the ISO as an international standard method and the normative protocol will now be disseminated within the scientific community. Standardization of a soil DNA extraction method will improve data comparison, facilitating our understanding of soil microbial diversity and soil quality monitoring

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2011
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33. Fungal, bacterial and plant dsDNA contributions to soil total DNA extracted from silty soils under different farming practices: Relationships with chloroform-labile carbon

Author

Sabine Houot, Marthe Akpa-Vinceslas, Sylvie Desaire, Karine Laval, Helene Sauvage, Christophe Gangneux, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Environnement et Grandes Cultures (EGC), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ministere de l'Amenagement du Territoire et de l'Environnement via the GESSOL - DMostra, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
Fumigation, Soil Science, Biology, [SDV.SA.SDS]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Soil study, Microbiology, complex mixtures, microbial dsDNA, Grassland, Carbon cycle, 03 medical and health sciences, Botany, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, geography, Biomass (ecology), geography.geographical_feature_category, microbial biomass, 030306 microbiology, land management, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, Ribosomal RNA, Tillage, chloroform-labile C, 13. Climate action, Soil water, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Plant cover, champignon microscopique, grassland, real-time PCR
Abstract

Twelve differently-managed silty soils from North-Western France were chosen to compare two common methods of quantifying soil microbial biomass: Chloroform fumigation and extraction-labile carbon (CL_C) and microbial double stranded DNA (dsDNA). We also determined the contributions of each of the fungal, bacterial, and plant kingdoms to the total community dsDNA using real-time Polymerase Chain Reaction with kingdom-specific ribosomal primer sets. Regardless of the method, the highest microbial biomasses were associated with long-term untilled plots. Site (locations) specificities could also be detected, especially in conventionally cultivated lands. Regardless of site, a strong linear relationship could be drawn between CL_C and dsDNA in tilled lands (r = 0.91, n = 15, P = 0.01) and in grasslands (r = 0.78, n = 21, P = 0.01). Moreover, we propose a logarithmic model describing all of our silty soils, irrespective of management. In order to explain the non-linearity (log) of this relationship, we tested the hypothesis of a weak plant dsDNA contribution in total dsDNA in comparison with the well-documented root cell contribution to CL_C quantifications. Plant dsDNA never exceeded 2.6% of total dsDNA content for all of the soils studied. Among groups examined, the bacterial dsDNA contribution to the community dsDNA pool was the most site- and/or pedoclimatic-dependent. Fungi constituted a major component of total microbial biomass in grassland or in land with permanent plant cover where their proportion reached almost 50% of total dsDNA. More precisely, fungal dsDNA concentration was highly related to tillage. Our study demonstrated the expediency of the total microbial dsDNA quantification in agricultural silty soils rather than the time-consuming quantification of CL_C. Quantifying the relative contribution of bacterial or fungal biomass in total dsDNA by real-time PCR allows to access to a new level of knowledge of the soil microbial biomass and to reveal the balances between those two kingdoms according to soils or farming practices.

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2011
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34. Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 'Soil quality -- Method to directly extract DNA from soil samples'

Author

Petric, I., Laurent Philippot, Cristina Abbate, Chesnot, T., Hallin, S., Karine Laval, Lebeau, T., Philippe Lemanceau, Corinne Leyval, Lindström, K., Pascal PANDARD, Romero, E., Amadou Sarr, Michael Schloter, Pascal Simonet, Kornelia Smalla, M Wilke, B., Fabrice Martin-Laurent, Ampère, Publications, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Microbiologie du Sol et de l'Environnement ( MSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ), Laboratoire BioSol, Esitpa, BIOSOL, Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols ( LIMOS ), Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques ( INERIS ), GSF National Research Center for Environment and Health, Institute of Soil Ecology, Ampère, École Centrale de Lyon ( ECL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute for Plant Virology, Microbiology and Biosafety, Federal Biological Research Centre for Agriculture and Forestry (BBA), FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur (FLAVIC), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Microbiologie du Sol et de l'Environnement (MSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols (LIMOS), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Federal Biological Research Centre for Agriculture and Forestry, Berlin and Braunschweig (BBA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[ SDE ] Environmental Sciences, DNA fingerprint, [SDE] Environmental Sciences, qPCR, [SDE]Environmental Sciences, Inter-laboratory assay, Soil DNA extraction, Standardization
Abstract

International audience; Extracting DNA directly from micro-organisms living in soil is a crucial step for the molecular analysis of soil microbial communities. However, the use of a plethora of different soil DNA extraction protocols, each with its own bias, makes accurate data comparison difficult. To overcome this problem, a method for soil DNA extraction was proposed to the International Organization for Standardization (ISO) in 2006. This method was evaluated by 13 independent European laboratories actively participating in national and international ring tests. The reproducibility of the standardized method for molecular analyses was evaluated by comparing the amount of DNA extracted, as well as the abundance and genetic structure of the total bacterial community in the DNA extracted from 12 different soils by the 13 laboratories. High quality DNA was successfully extracted from all 12 soils, despite different physical and chemical characteristics and a range of origins from arable soils, through forests to industrial sites. Quantification of the 16S rRNA gene abundances by real time PCR and analysis of the total bacterial community structure by automated ribosomal intergenic spacer analysis (A-RISA) showed acceptable to good levels of reproducibility. Based on the results of both ring-tests, the method was unanimously approved by the ISO as an international standard method and the normative protocol will now be disseminated within the scientific community. Standardization of a soil DNA extraction method will improve data comparison, facilitating our understanding of soil microbial diversity and soil quality monitoring.

Published
2011

35. Secretion profiles of fungi as potential tools for metal ecotoxicity assessment: a study of enzymatic system in Trametes versicolor

Author

Isabelle Trinsoutrot-Gattin, Nathalie Demont-Caulet, Christian Mougin, Jérémie Lebrun, Karine Laval, Nathalie Cheviron, Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), and École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA)

Subjects
Environmental Engineering, Hydrolases, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, champignon, BIOMARKERS, Biology, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, oxydase, Extracellular, Environmental Chemistry, Soil Pollutants, Secretion, HYDROLASES, LIGNINOLYTIC OXIDASES, LACCASE, SECRETOME, METAL COCKTAIL, TRAMETES VERSICOLOR, METAUX, Milieux et Changements globaux, 030304 developmental biology, Trametes versicolor, chemistry.chemical_classification, Laccase, Trametes, 0303 health sciences, Oxidase test, 030306 microbiology, Public Health, Environmental and Occupational Health, Acid phosphatase, General Medicine, General Chemistry, biology.organism_classification, Pollution, enzyme, Secretory protein, Enzyme, Biochemistry, chemistry, Peroxidases, Metals, biology.protein, Growth and Development, hydrolase, biomarqueur, Environmental Monitoring
Abstract

The relationship between the expression of extracellular enzymatic system and a metal stress is scarce in fungi, hence limiting the possible use of secretion profiles as tools for metal ecotoxicity assessment. In the present study, we investigated the effect of Zn, Cu, Pb and Cd, tested alone or in equimolar cocktail, on the secretion profiles at enzymatic and protein levels in Trametes versicolor. For that purpose, extracellular hydrolases (acid phosphatase, b-glucosidase, b-galactosidase and N-acetyl-b-glucosaminidase) and ligninolytic oxidases (laccase, Mn-peroxidase) were monitored in liquid cultures. Fungal secretome was analyzed by electrophoresis and laccase secretion was characterized by western-blot and mass spectrometry analyses. Our results showed that all hydrolase activities were inhibited by the metals tested alone or in cocktail, whereas oxidase activities were specifically stimulated by Cu, Cd and metal cocktail. At protein level, metal exposure modified the electrophoretic profiles of fungal secretome and affected the diversity of secreted proteins. Two laccase isoenzymes, LacA and LacB, identified by mass spectrometry were differentially glycosylated according to the metal exposure. The amount of secreted LacA and LacB was strongly correlated with the stimulation of laccase activity by Cu, Cd and metal cocktail. These modifications of extracellular enzymatic system suggest that fungal oxidases could be used as biomarkers of metal exposure.

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2010
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36. Profils fonctionnels fongiques : indicateurs d’écotoxicité des métaux dans les sols

Author

Lebrun, Jérémie, Demont-Caulet, Nathalie, Gattin, Isabelle, Laval , Karine, Mougin, Christian, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

absent

Published
2010

37. Development of a molecular method to detect and quantify Aphanomyces euteiches in soil

Author

Sauvage, H., Moussart, Anne, Bois, F., Tivoli, Bernard, Barray, S., Laval, K., Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire A.BIO.C, Partenaires INRAE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Microbiologie du Froid, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, oomycetes • real-time PCR • DNA quantification •, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, QUANTIFICATION D'ADN, RT-PCR, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment
Abstract

International audience; A real-time PCR assay using 136F/211R primers and 161T TaqMan® probe for the detection and quantification of Aphanomyces euteiches in soil is presented. The specificity of primers was tested on 105 different A. euteiches isolates, mainly from France. A calibration curve was established with a plasmid pHS1 resulting from the target region cloned into the pCR4 Topo vector (Invitrogen). The target copy number was evaluated and was constant whatever the isolate. A DNA-based method was able to discriminate between different artificial infestation levels in soil with small SDs thus validating the relevance of the extraction and amplification method in soil samples. Furthermore, a good correlation was observed between inoculum quantity in soil estimated by qPCR and root rot severity in plant evaluated by bioassays. These steps are essential when considering the feasibility of using a DNA-based method as a fast and accurate way to evaluate inoculum quantity in soil.

Published
2010
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38. Le sectétome de Trametes versicolor: vers un indicateur de l’écotoxicité des sols ?

Author

Mougin, Christian, Lebrun, Jérémie, Aloui, Achref, Cheviron, Nathalie, Demont-Caulet, Nathalie, Gattin, Isabelle, Laval, Karine, ProdInra, Archive Ouverte, UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), and École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

absent

Published
2010

39. Projet RESSOLV : REstauration des Sédiments et des SOLs Vulnérables

Author

Akpa-Venceslas, M, Portet-Koltalo, F., Ammami, Mohamed-Tahar, Barray, S., Benamar, Ahmed, Bodilis, Josselin, Chauvat, Matthieu, Laval, Karine, Legras, Marc, Niepceron, Maïté, Plassart, P., Wang, H.Q., Bureau, Fabrice, Koltalo, Florence, Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), LASOC (LASOC), Sciences et Méthodes Séparatives (SMS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Laboratoire Ondes et Milieux Complexes (LOMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Le Havre Normandie (ULH), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), and École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDE]Environmental Sciences, [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience; Le projet structurant RESSOLV (REstauration des Sédiments et des SOLs Vulnérables) initié en 2008 dans le cadre du réseau SCALE (GRR SER) s'inscrit dans les préoccupations actuelles concernant la maîtrise des risques et la préservation de l'environnement. Il répond aux besoins de connaissances sur les sites et les sols pollués (reconnaissance, prévention, traitement) et aux demandes concernant l'occupation des sols, l'aménagement du territoire, les ressources en eau et les risques liés aux sols ou sédiments contaminés. La contamination des sols est une menace importante pesant sur la préservation durable de la qualité des sols et de leurs fonctions environnementales. Dans sa stratégie thématique en faveur de la protection des sols, la Commission européenne a identifié la contamination des sols comme étant l'une des menaces majeures pour la qualité des sols : le coût estimé de ce type de dégradation se situe dans une fourchette de 2,4 à 17,3 Mrd EUR par an à l'échelle européenne. En contexte Haut-Normand, les pratiques de dragage constituent, par ailleurs, un enjeu majeur pour le développement et le maintien des activités portuaires. Elles présentent également un risque de contamination des eaux côtières pouvant affecter durablement les écosystèmes. Le projet RESSOLV a donc pour objectifs à moyen et long terme : 1. d'élaborer des procédés de remédiation des sols et des sédiments contaminés de Haute-Normandie ; 2. de mettre au point des outils de suivi de la performance de ces procédés ; 3. de proposer, pour les sédiments, des voies de valorisation après atténuation de leur contamination. Il est subdivisé en 2 axes de recherche :-l'axe 1 se consacre à la restauration des sols (RESSOLV-sols),-l'axe 2 se consacre à la restauration des sédiments (RESSOLV-sédiments). L'axe RESSOLV-sols a pour but (1) l'élaboration d'un procédé de remédiation biologique de sols contaminés et (2) la mise au point d'outils de suivi de la performance de ce procédé in situ. Au-delà du procédé de bioremédiation en lui-même, cet axe a également pour finalité d'améliorer les connaissances concernant la (bio)disponibilité des polluants cibles et persistants présents dans les sols agricoles, urbains ou industriels contaminés. Ce dernier aspect est actuellement l'un des points clés de la définition du risque potentiel vis-à-vis des sols contaminés. L'axe RESSOLV-sédiments a pour but (1) le développement d'un procédé de remédiation chimique (électromigration) des sédiments pollués, (2) l'analyse du risque du dépôt à terre (relargage des contaminants) ainsi que (3) leur valorisation en matériaux de remblaiement ou de construction routière. Chaque axe est organisé en volets correspondant à un ensemble d'actions de recherche cherchant à répondre à une (ou des) question(s) scientifiques. Les volets ont une programmation pluriannuelle sur la période 2008-2016. Pour les deux axes, les polluants cibles sont les Eléments Traces Métalliques (ETM) et les Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP), contaminants toxiques présents partout dans l'environnement (air, eau, sols et sédiments) en raison de la multiplicité de leurs sources (principalement anthropogéniques) et de leur forte persistance. Les actions de recherche sont réalisées sur des échantillons provenant de sites ateliers localisés en Haute-Normandie et combinent des travaux en conditions contrôlées au laboratoire avec des travaux in situ permettant de tester les procédés de remédiation proposés.

Published
2010

40. Changement d’échelle : de la parcelle au microcosme. Distribution verticale du Cuivre en microcosmes dans un sol limoneux de Haute-Normandie

Author

Thoisy-Dur, J.-C., Bailleul, Caroline, Lamy, Isabelle, Legras, Marc, Unité de recherche Science du Sol (USS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2009

41. Study of Extracellular functional system in soil fungi: fungal enzymes as exposure biomarkets to metals

Author

Lebrun, Jérémie, Demont-Caulet, Nathalie, Gattin, Isabelle, Laval, Karine, Mougin, Christian, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

absent

Published
2009

42. Towards fungal descriptors as a new tool for the assessement of the quality of agricultural soils

Author

Legras, Marc, Bailleul, Caroline, Gangneux, Christophe, Mougin, Christian, Laval, Karine, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Unité de recherche Science du Sol (USS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences
Published
2009

43. Un premier pas vers la compréhension des données biologiques

Author

Laval, Karine, Mougin, Christian, Akpa, Marthe, Barray, Sylvie, Thoisy, Jeanne-Chantal, Gangneux, Christophe, Lebrun, Jeremie, Legras, Marc, Pelletier, Patrick, Plassart, Pierre, Taibi, Salima, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Unité de recherche Science du Sol (USS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, and Partenaires INRAE

Subjects
SOL, INDICE DE QUALITE, FUNGI, INDICE DE CALIDAD, BACTERIE, [SDV.SA.SDS]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Soil study, CHAMPIGNON, ACTIVITE ENZYMATIQUE, SOIL, BACTERIA, ENZYMATIC ACTIVITY, QUALITY INDICATOR, SUELOS, BACTERIAS, HONGOS, ACTIVIDADES ENZIMATICAS
Abstract

S’il est indispensable de maîtriser la qualité des sols, les connaissances sur son fonctionnement demeurent lacunaires, notamment parce que la composante biologique à l’origine de l’ensemble des processus de transformation de la matière organique reste à décrire. Dans cet essai, l’objectif est de montrer l’intérêt d’une approche multiparamétrique pour envisager d’utiliser les microorganismes comme indicateurs de l’état des sols. Des marqueurs cellulaires, moléculaires et membranaires des communautés microbiennes (bactéries et champignons) ont été proposés afin de déterminer les abondances de ces organismes sous différentes contraintes naturelles (incluant le climat, le cycle cultural…) et anthropiques (prairie / grande culture). La mesure de ces marqueurs structurels a été complétée par la mesure des activités enzymatiques dans l’objectif d’appréhender d’éventuels liens entre structure et fonction. Des analyses de la variance à plusieurs facteurs ont permis de quantifier l’impact des facteurs environnementaux étudiés sur les marqueurs mesurés. Couplé aux analyses des corrélations entre les différents marqueurs, ce travail permet de proposer des éléments de réflexion pour le choix d’indicateurs pertinents de l’état des sols., Although the quality of soils has to be managed, knowledge about soil functioning remains incomplete particularly because the biological components at the center of the whole transformation process of the organic matter remains to be described. The objective of this essay is to demonstrate the interest of a multi-parameter approach in order to utilise the micro-organisms as indicators of the state of soils. Cellular, molecular and membrane markers of the microbial communities (bacteria and fungi) have been proposed in order to determine the abundance of these organisms under different natural (climate, soil status) and anthropogenic (grassland, cultivated land) constraints. The measurement of these structural markers was completed by measuring the enzymatic activities with the aim of understanding the eventual links between structure and function. Multiway analysis of variance (ANOVA) has allowed the quantification of the impact of environmental factors studied on the measured markers. Coupled with correlation analysis between the different markers, this work proposes elements for reflection concerning the choice of pertinent indicators of the state of the soil., Si está indispensable controlar la calidad de los suelos, los conocimientos sobre su funcionamiento quedan lacunarios en particular puesto que el componente biológico que está al origen del conjunto de los procesos de transformación de la materia orgánica queda describir. En este ensayo, el objetivo esta mostrar el interés del enfoque multiparamétrico para prever el uso de los microorganismos como indicadores del estado de los suelos. Se propusieron marcadores celulares, moleculares y membranarios de las comunidades microbianas (bacterias y hongos) para determinar las abundancias de estos organismos bajo diferentes limitantes naturales (abril, junio, octubre) y antrópicos (pradera / grandes cultivos ; aporte de contaminante - el cobre 200 ppm -). Se completo la medida de estos marcadores estructurales por la medida de las actividades enzimáticas con el objetivo de aprehender eventuales vínculos entre estructura y función. Análisis multivariados (ANOVA) permitieron cuantificar el impacto de factores ambientales estudiados sobre los marcadores medidos. Acoplados a análisis de correlaciones entre los diferentes marcadores, este trabajo permite proponer elementos de reflexión para la elección de indicadores pertinentes del estado de los suelos.

Published
2009

44. Elaboration et validation d’un indice d’état biologique des sols

Author

Laval, Katia, Akpa, Marthe, Desaire, Sylvie, Gangneux, Christophe, Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Legras , Marc, Taibi, Salima, Lepelletier, Patrice, Barray, Sylvie, Plassart, Pierre, Mougin, Christian, Belkacem, Mehdi, Brault, Agathe, Thoisy-Dur, J.-C., huard, eliane, Lebrun, Jeremie, Tessier, Daniel, Touton, Isabelle, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de modélisation statistique et analyse de données (LAMSAD), Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement (LMDF-SME), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Convention de recherche ADEME N°0475C0071, and ADEME

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences
Published
2008

45. Towards Fungal Descriptors as a New Tool for the Assessment of the Quality of Agricultural Soils

Author

Legras, Marc, Bailleul, Caroline, Gangneux, Christophe, Lepeletier, Patrice, Laval, Karine, Mougin, Christian, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, Partenaires INRAE, Unité de recherche Science du Sol (USS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, complex mixtures
Abstract

Typically, ecotoxicological studies concerning the soil ecosystem are performed using a combination of two approaches. The first one deals with the dynamics of toxic compounds in the soil, the second one concerns the effects of these compounds on selected non-target species. In addition, ecotoxicological risk assessment needs probabilistic or modelling features. Nevertheless the interpretation of the results obtained using these approaches is often difficult in the case of soil micro-organisms (the main actors of soil functioning) and can be in many cases non-conclusive. It is especially true regarding cultivated soil ecosystems because of numerous pedoclimatic and environmental situations, agricultural practices, parameters and protocols to measure their levels… Thus, for all these reasons, a biological state of reference is difficult to precise in cultivated soils. We develop an approach intended to combine physico-chemical and biological descriptors of the soil (bacterial/fungal biomass and activity) in order to (i) define characteristics of the biological status of the soil, (ii) assess/rank the effects of soil pollutants (copper) on that state, in excluding the natural variations of the microbial communities in response to pedoclimatic and agricultural conditions. Here, our work is centred on three main topics: -the development of analytical tools to characterize fungal biomass for natural (meadow) or cultivated (crop) soils, -the study of the variation of this microbial community in response to environmental (pollutions) or agronomic (practices) in microcosms, -the validation of these descriptors (ergosterol, PLFAs, 18S DNA) as indication the soil quality. The experimental data will be used for mathematic modelling in order to explain/predict the variation of the fungal biomass compare to the other compartments (bacterial communities and the activities).

Published
2007

46. Interest in the development of a soil composite indicator to establish risk models

Author

Thoisy-Dur, J.-C., Legras, M., Gangneux, Christophe, Gattin, Isabelle, Bailleul, Caroline, Akpa, Marthe, Plassart, Pierre, Barray, Sylvie, Taïbi, Salima, Massignam, Angelo Mendes, Pandolfo, Carla, Lebrun, Jeremie, Hedde, Mickael, Mougin, Christian, Laval, Karine, Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Florianópolis, Brésil, Epagri, and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Interest in the development of a soil composite indicator to establish risk models. Meeting on Soil and Wetland Ecotoxicology (SOWETOX 2007)

Published
2007

47. Evolution de la structure des communautés microbiennes telluriques sour l’effet de contraintes anthropiques

Author

Laval, Karine, Mougin, Christian, Lepelletier, Patrice, Barray, Sylvie, Tessier, Daniel, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de modélisation statistique et analyse de données (LAMSAD), Laboratoire de Microbiologie du Froid, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Evolution de la structure des communautés microbiennes telluriques sour l’effet de contraintes anthropiques. 3ème édition du colloque d’Ecologie Microbienne de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne

Published
2007

48. Enzymatic activities in crop and grassland soils and the impact of copper addition

Author

Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Vinceslas-Akpa, Marthe, Bailleul, Caroline, Mougin, Christian, Laval, Karine, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], education, fungi, food and beverages, natural sciences, complex mixtures
Abstract

Enzymatic activities in crop and grassland soils and the impact of copper addition . Third International Conference on Enzymes in the Environment

Published
2007

49. Chemical contamination versus non chemical stressors: the case study of agricultural soils

Author

Mougin, Christian, Laval, Karine, Legras, Marc, Barray, Sylvie, Taïbi, Salima, Tessier, Daniel, Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Chemical contamination versus non chemical stressors: the case study of agricultural soils. SETAC Europe 17th Annual Meeting

Published
2007

50. Activités enzymatiques et qualité des sols agricoles

Author

Trinsoutrot-Gattin, Isabelle, Vinceslas-Akpa, Marthe, Bailleul, Caroline, Mougin, Christian, Laval, Karine, Laboratoire d’écologie microbienne (BioSol), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Activités enzymatiques et qualité des sols agricoles. 9èmes Journées Nationales de l’Etude des Sols

Published
2007

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