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We studied by native ESI-MS the binding of various DNA-polymerase-derived peptides onto DNA-polymerase processivity rings from Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Mycobacterium tuberculosis. These homodimeric rings present two equivalent specific binding sites, which leads to successive formation during a titration experiment of singly- and doubly occupied rings. By using the ESI-MS free-ring spectrum as a ruler, we derived by robust linear regression the fractions of the different ring species at each step of a titration experiment. These results led to accurate Kd values (from 0.03 to 0.5 μM) along with the probability of peptide loss due to gas phase dissociation (GPD). We show that this good quality is due to the increased information content of a titration experiment with a homodimer. Isothermal titration calorimetry (ITC) led with the same binding model to Kd(ITC) values systematically higher than their ESI-MS counterparts and, often, to poor fit of the ITC curves. A processing with two competing modes of binding on the same site requiring determination of two (Kd, ΔH) pairs greatly improved the fits and yielded a second Kd(ITC) close to Kd(ESI-MS). The striking features are: (1) ITC detected a minor binding mode (~20%) of ‘low-affinity’ that did not appear with ESI-MS; (2) the simplest processing of ITC data with only one (Kd, ΔH) pair led wrongly to the Kd of the low-affinity binding mode but to the ΔH of the high-affinity binding mode. Analogous misleading results might well exist in published data based on ITC experiments. Graphical Abstractᅟ Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s13361-016-1534-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.

The success rate of nucleic acids/ligands co-crystallization can be significantly improved by performing preliminary biophysical analyses. Among suitable biophysical approaches, isothermal titration calorimetry (ITC) is certainly a method of choice. ITC can be used in a wide range of experimental conditions to monitor in real time the formation of the RNA- or DNA-ligand complex, with the advantage of providing in addition the complete binding profile of the interaction. Following the ITC experiment, the complex is ready to be concentrated for crystallization trials. This chapter describes a detailed experimental protocol for using ITC as a tool for monitoring RNA/small molecule binding, followed by co-crystallization.

International audience; Nowadays, with computer-supported analysis of databases, constructing bibliometric or scientometric indicators may be considered easy. The problem is more to verify the accuracy of the global analysis, including the sampling of data. The global coherence of an analysis depends on the adequacy of all the steps. Using on-line databases, an experiment was designed to demonstrate this. Keeping the same protocol for data collection, the same indicators are used over the various samples . The results from three separate databases are profoundly different.; Aujourd'hui, avec l'analyse automatique des bases de données, la construction d'indicateurs bibliométriques ou scientométriques est facilitée. Le problème est plus de vérifier l'exactitude de l'analyse globale, y compris l'échantillonnage des données. La cohérence globale de l'analyse dépend de la pertinence de tous les maillons de la chaîne. En utilisant des bases de données en ligne, une expérience a été conduite : les mêmes indicateurs ont été utilisés sur différents échantillons. Les résultats obtenus sont profondément différentes.

International audience

Quelle a été la place de l'utopie dans la construction de Sophia Antipolis ? L'utopie sophipolitaine induit-elle aujourd'hui des comportements, des modes d'organisation et de management de la technopole ? Lesquels ? Comment la technopole a-t-elle représentée sur les sites d'information en ligne ou au bien encore dans les livres scolaires ? Enfin quelles sont les caractéristiques « sociologiques » des usagers de Sophia Antipolis ? Telles sont les questions auxquelles l'Héritage d'une utopie essaie de répondre.

Nous rappelerons dans un premier temps les caractéritiques d'un territoire et préciserons le plan des relations qui forment la territorialité. Dans une seconde partie, nous nous intéresserons à la dimension normative pour ce qui caractérise les objets virtuels. Nous conduirons une démarche de veille territoriale appliquée à la technopole de Sophia Antipolis.

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La sécurité en entreprise est généralement abordée selon des approches spécialisées, où la sécurité dessystèmes d’information apparaît comme une composante majeure dédiée aux informaticiens. Toutefois, laproblématique de sécurité est complexe et mérite selon nous d’être envisagée de manière systémique et globale,approche que nous qualifions d’holistique. Il s’agit en effet de traiter un ensemble de problèmes plus ou moinsinteractifs dont la résolution passe par une mise en synergie des compétences. L’enjeu est avant tout culturel, il procèded’un changement de paradigme : la sécurité n’est plus un objet finalisé réservé au spécialiste de l’entreprise, elle doitêtre envisagée dans une optique globale, permanente et universelle par l’ensemble du personnel. De ce point de vue,l’intelligence économique, par son approche transversale et collective, se présente comme une opportunité pour la miseen oeuvre d’un concept de sécurité globale au sein de l’entreprise.

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International audience; The security of the firm is generally considered as a job for specialists, so that SIS appears as a major element dedicated to computer engineers. Nevertheless, we expect that security is complex and it must be considered as a holistic problem, as far as it is a systemic and global concept. The issue should be a cultural change of paradigm: security is no longer a final object for specialists but a global, permanent and universal philosophy for everybody inside the firm. From this point of view, competitive intelligence, as a transversal and collective approach, appears to be one of the best way to integrate a global security concept into the firm.; La sécurité en entreprise est généralement abordée selon des approches spécialisées, où la sécurité des systèmes d'information apparaît comme une composante majeure dédiée aux informaticiens. Toutefois, la problématique de sécurité est complexe et mérite selon nous d'être envisagée de manière systémique et globale, approche que nous qualifions d'holistique. Il s'agit en effet de traiter un ensemble de problèmes plus ou moins interactifs dont la résolution passe par une mise en synergie des compétences. L'enjeu est avant tout culturel, il procède d'un changement de paradigme : la sécurité n'est plus un objet finalisé réservé au spécialiste de l'entreprise, elle doit être envisagée dans une optique globale, permanente et universelle par l'ensemble du personnel. De ce point de vue, l'intelligence économique, par son approche transversale et collective, se présente comme une opportunité pour la mise en oeuvre d'un concept de sécurité globale au sein de l'entreprise.

International audience

L'objectif de notre recherche est de présenter une nouvelle méthode d'analyse du trafic sur un site web et de valider un nouveau modèle de la répartition du trafic entre les pages du site. Cette modélisation est fondée sur l'analyse réseau et les chaînes de Markov. La première partie présente les différentes approches disponibles pour mesurer l'audience et le trafic sur un site web. Après avoir exposé la méthodologie mise en oeuvre, nous appliquons la modélisation envisagée au site Intranet de la SNCF et évaluons sa qualité en tant qu'outil de simulation. Enfin, nous développons les implications théoriques et managériales de notre recherche et exposons les voies de recherche futures.

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Coll. « Interculturalités ». Quatrième édition

National audience; L'Internet est de nos jours une nouvelle source d'information incontournable. Par contre, qui n'a pas été déjà confronté au phénomène de sur-information lors de la recherche sur un moteur ou de désorientation lors de la navigation sur Internet. Ces problèmes sont persistants sur le réseau Internet, du fait même de sa construction, et sont à l'origine de pertes de temps considérables. Comment dans ce foisonnement de données juger l'importance des pages Internet et des sites les contenant ? Comment rationaliser la gestion de ces ressources et améliorer la performance de leur exploitation ? La communication aborde dans un premier temps l'ensemble des différentes approches actuellement développées pour aider l'utilisateur à mieux gérer l'information présentes sur Internet. Ces techniques ont principalement pour principe l'évaluation de pages ou des sites Internet. Nous évoquons les réflexions qui actuellement ont cours pour l'évaluation des ressources Internet. Nous verrons que les principaux critères proposés font bien souvent appel à une évaluation purement intellectuelle. Il parait indispensable de concevoir des outils de traitement automatique pour l'aide à l'évaluation de ces nouvelles ressources. Nous passons rapidement en revue les différentes techniques d'évaluation actuellement disponible en essayant de les classer par catégorie : analyse du contenu lexical des pages Web : classement par pertinence (moteurs de recherche ou robots tels que DigOut4U, Search'97) ; simple classement (Search'97, Nomino) ; agrégation statistique suivie d'une cartographie soit parcellaire (Sampler) soit intégrale (WebSom, Neuronav+, SemioMap, Umap, TKS, Tétralogie) ; analyse du contenu multimédia des pages Web ; analyse de la dimension hypertextuelle des pages Web : analyse de l'espace des relations entre pages ; analyse du phénomène de référencement entre sites, la "sitation". Nous positionnons alors notre approche, l'analyse des réseaux de "sitations", par rapport à ces techniques. Une description de l'ensemble des indicateurs et cartographie réseaux mise au point sera exposée. Pour conclure, nous présentons une étude de cas mettant en application cette méthode d'analyse réseaux des "sitations". Cette expérimentation a été menée sur un corpus de données extrait de l'Internet provenant des sites traitant de la bibliométrie-scientométrie-infométrie. Ces données ont été collectées et mises en forme grâce au robot Auresys, puis ensuite traités par le logiciel Dataview pour finalement être exploitées par le logiciel Matrisme. La démarche complète de cette étude ainsi que les principaux résultats sont exposés. Cette méthodologie d'analyse de l'espace des cybernautes a déjà fait l'objet d'expérimentation sur de précédents jeux de données. figure 1 : réseau des sitations réciproques entre les sites de l'administration française en 1996

Internet sales deeply change the traditional commercial techniques. To optimize the audience of its site, and more its sales on this media, an enterprise now needs relevant statistical information. Our research intends to renew the Log files analyzers, currently available tools, by showing the contributions of the network analysis., La commercialisation sur Internet bouleverse les techniques commerciales traditionnelles. Pour optimiser l'audience de son site, voire ses ventes sur ce canal, l'entreprise a besoin d'informations statistiques pertinentes. Le but de notre recherche est de renouveler l'approche des analyseurs de fichiers .Log, outils disponibles actuellement, en montrant les apports de l'analyse réseau.

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International audience; Les techniques d’analyse du contenu d’un corpus de textes sont multiples. Le traitement exposé ici est basé sur une approche hybride intégrant l’analyse de réseaux, employée en sciences sociales ou en bibliométrie, et la technique de segmentation utilisée en analyse statistique textuelle.L’application de cette méthode dans le cadre d’étude d’analyse sensorielle est présentée. Ces études ont pour objet l’interprétation d’un corpus de commentaires libres proposés par des consommateurs soumis à des tests de produits agro-alimentaires. Ces commentaires étant saisis sous formes de textes électroniques, la mise en œuvre d’outils informatiques spécifiques a permis l’analyse de réseaux des segments présents dans ces commentaires. La première phase du traitement de ces commentaires est leur postcodage : correction orthographique ; réduction du vocabulaire par lemmatisation et synonymie ; marquage des termes ou locutions selon leur appartenance à des classes (arôme/odeur, hédonique, perception, saveur, texture, aspect, intensité des sensations) ; découpage du texte en segments. La seconde phase passe par le dénombrement des segments et de leurs associations, construction d’un tableau exprimant ces données. La dernière phase du traitement est la représentation de ce tableau sous la forme d’un réseau. L’outil informatique qui génère ce réseau permet le renvoi vers les commentaires contenant les noeuds du réseau ainsi qu’une navigation hypertexte.

National audience; Un certain nombre de logiciels, connus sous le nom d'analyseurs de .Log proposent un ensemble d'indicateurs statistiques d'usage d'un site web. Cette étude a pour objectif de renouveler l'approche traditionnelle des analyseurs de .Log en utilisant l'analyse en terme de réseau. Cette nouvelle démarche est présentée en s'appuyant sur l'exemple de l'audit du serveur du CRRM réalisé en Décembre 1996 à partir de 2869 connexions. Dans un premier temps, nous positionnerons la méthode réseau par rapport aux méthodes existantes. Dans un second temps, nous développerons un bref aperçu de la richesse des analyses qui peuvent être conduites par cette méthode.

International audience; Ce travail transpose l'analyse réseaux au domaine de la bibliométrie. Le point de départ de l'analyse est un corpus composé de notices bibliographiques téléchargées d'une base de données. Lorsque la taille du corpus augmente l'expert a du mal à se forger une vue d'ensemble de la réalité qu'il cherche à appréhender. La construction automatique du tissu de relations entre les unités bibliographiques devient alors indispensable à l'analyse d'une grande masse de données. L'exemple choisi permet de représenter les collaborations entre auteurs travaillant dans le domaine de la bibliométrie dans le monde.

National audience; L'objectif est de présenter un outil qui permet la création automatique de réseaux à partir de données bibliométriques. On entend par réseau une représentation figurative des différentes composantes d'un ensemble et des relations qui les unissent. Une telle représentation peut s'appliquer aux champs codes, auteurs, mots clés de notices bibliométriques extraites de bases de données brevets, scientifiques, techniques, technico-économiques. Les réseaux, une fois constitués mettent en évidence la notion de cluster de mots clé ou de collaboratoires d'auteurs. L'intérêt porté aux réseaux en bibliométrie est actuellement limité par une technique de construction souvent manuelle qui rend l'opération fastidieuse. Dans ces conditions, un algorithme débouchant sur la représentation automatique d'un réseau satisfaisant certaines contraintes esthétiques présente un certain intérêt.

International audience; Technology watch consists of collecting and analyzing two kinds of information : formal and informal information. One of the most interesting point concerning the management of formal information is the choice of the appropriate bibliometric tool. One of the main points concerning the management of informal information is the identification of staff members of the company which are the most involved in the informal collecting process. The subject of this paper is to present an algorithm which allows automatic drawing of network. It can be used efficiently in both cases, that is as a bibliometric tool or as a way to identify the << gatekeepers >> through the analysis of the inter-member relationship map. If we focuse on the network as a bibliometric tool, we can find many uses of this technics. It can be used so much to show the map of collaboration between authors if we consider the field << author >> of bibliographic references as a concept network if we consider the field << keyword >> of bibliographic references. This approach is original for two reasons a) the measure used to evaluate item association and b) the definition of groups. For a), most other methods use distances between members as an aggregation criteria. In that case, a link between two members does not even signify that there exists a relationship between these two members. Therefore the map as a final result does not represent the real relationships between members but a degree of similarity. The starting point of our algorithm is symmetrically square matrix representing co-publishing of authors, co-occurrence of keywords or information flow between actors. The technique does not use metrics and saves the integrity of the information contained in the initial relation matrix between groups members. For b) most methods make the aggregation in groups by studying inter-groups relationships. Those members who are grouped together in the same cluster are not necessarily in relation, but they have a similarity in their relationship with other groups. We consider intra-group relationship as an aggregation criteria. This mean that we are grouping together members with good relationship. The technique used leaps up two successive manipulations. The first one divides up the whole actors into several groups e.g. looking for the strongly connected components of the graph. The second one consists in identifying subgroups, within each strongly connected component, by finding isthmuses : These so-called point isthmuses are those points that, if removed, increase the number of the strongly connected components of the graph. The automatic drawing of network is relevant for many reasons. The visual and synthesis character of the network approach make the information more comprehensive and easier to memorize for the user. Network can make emergent subjects clearer.

The theme of this essay is to study how people working in a company or in an administration, generate and use what is called "information". In particular, how this information is shared-communicated- between members of the organization to lead to a form of collective action. The premises are that information does not exist in itself, but is the result of a contextualization complex process and emergence in a system called "cognition". The model chosen to describe this process is a dialectical model. Dialectics is defined as a dynamic process of evolution from antagonistic elements, that produces the emergence of new properties. Various methodological tools are proposed to meet the Edgar Morin injunction : to think the complexity, without mutilating or manipulating, but within the realm of possibility for a manager of institutional organizations. The essay is divided into three parts. The first part consists of a renewed perspective, through the principle of emergent properties, of several apparently familiar concepts: complexity, information systems, organization, action, evaluation, etc .. The second part proposes a model based on a typology of organizational action on the one hand, and a classification of the process of generating knowledge and belief which is called cognition system, on the other hand. The third part extracts out of that model the elements of a doctrine of action and management adapted to the proposed informational dialectical perspective.; Le thème de cette essai est d’étudier comment les personnes qui travaillent dans une entreprise ou dans une administration, génèrent et utilisent ce qu’il est convenu d'appeler « l’information ». En particulier, comment cette information est partagée–communiquée– entre les membres de l’organisation pour déboucher sur une forme d’action collective. Les prémices sont que l’information n’existe pas en soi, mais est le résultat d’un processus complexe de mise en contexte et d’émergence dans un système dit « de cognition ». Le modèle choisi pour décrire ce processus est un modèle dialectique. On définit la dialectique comme un processus dynamique d’évolution à partir d’éléments antagonistes, qui fait émerger de nouvelles propriétés. Différents outils méthodologiques sont proposés pour répondre à l’injonction d’Edgard Morin : penser la complexité, sans mutiler ni manipuler, mais en restant dans le domaine du possible pour un manageur d’organismes institutionnels. L’essai s’articule en trois parties. La première partie consiste en une remise en perspective, au travers du principe des propriétés émergentes, de plusieurs concepts apparemment familiers : complexité, système information, organisation, action, évaluation, etc.. La deuxième partie propose un modèle fondé sur une typologie de l’action organisationnelle d’une part, et une classification des processus de génération de la connaissance et de la conviction que l’on dénomme système de cognition, d’autre part. La troisième partie tire de ce modèle les éléments d’une doctrine de l’action et du management adaptée à la perspective dialectique informationnelle proposée.

L'information contenue dans un forum de discussion est la meilleure et la pire des choses : meilleure en ce qu'elle porte le germe d'informations qui se situent encore au niveau des signaux faibles. Pire en ce qu'elle consiste souvent en des informations dont il est difficile de mesurer le degré de fiabilité et de validité. Cet article propose la mise en place d'une chaîne de traitement aujourd'hui semi automatique débouchant sur des cartographies relationnelles. Nous montrerons l'intéret que présente l'analyse relationnelle dans la mesure de la centralité des acteurs du forum et la fiabilisation du corpus de données.

International audience; The paper deals with ethical implications of professional practice of Knowledge Management and Competitive Intelligence techniques. It is the output of a study conducted on French and international literature and practices, during a period of time spanning from January to June 2002. Ethics is a question that permanently arises in debates since " there are men and that think ". It is currently even more and more frequently evoked, whether it is at policy level (committees of ethics), industrial practices (the ethical audit and management) or intellectual debates (tribunes in the press and symposia). When confronted with professional practices, ethical principles turn to deontology, ethical charts and the likes. However some major questions stand on how to gain acceptance of those principles and/or how to practically enforce them. Especially in focus are those situations where different relevant ethical rules are in conflict (for example when private ethics come across organizational ethics). Which one to follow? Is the law of any help? The paper takes a pragmatic view of those questions, starting from concrete experiences and "inducing" some higher-level rules. It is argued that those meta-rules deal with concepts of moral. Some of the themes which are treated deal with the quality of information, the reliability of information, the access to information, the confidentiality of information versus the diffusion of knowledge, the behavioral dimension of cyberculture, the ambiguous role of internet in private, corporate and international environments, the status of author, creator, or information middleperson, and the question of individual responsibility. The conclusion, consistent with the constructivist approach, will remind that ethics is a permanent effort, a continuous work tending to virtue and a "good life", as the ancient Greeks said.

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