Search

Compared with typical Earth soil, Martian soil and Mars simulant soils have distinct properties, including pH > 8.0 and high contents of silicates, iron-rich minerals, sulfates, and metal oxides. This unique soil matrix poses a major challenge for extracting microbial DNA. In particular, mineral adsorption and the generation of destructive hydroxyl radicals through cationic redox cycling may interfere with DNA extraction. This study evaluated different protocols for extracting microbial DNA from Mars Global Simulant (MGS-1), a Mars simulant soil. Two commercial kits were tested: the FastDNA SPIN Kit for soil (“MP kit”) and the DNeasy PowerSoil Pro Kit (“PowerSoil kit”). MGS-1 was incubated with living soil for five weeks, and DNA was extracted from aliquots using the kits. After extraction, the DNA was quantified with a NanoDrop spectrophotometer and used as the template for 16S rRNA gene amplicon sequencing and qPCR. The MP kit was the most efficient, yielding approximately four times more DNA than the PowerSoil kit. DNA extracted using the MP kit with 0.5 g soil resulted in 28,642–37,805 16S rRNA gene sequence reads and 30,380–42,070 16S rRNA gene copies, whereas the 16S rRNA gene could not be amplified from DNA extracted using the PowerSoil kit. We suggest that the FastDNA SPIN Kit is the best option for studying microbial communities in Mars simulant soils.

Binnen het programma Circulair Terreinbeheer doet de gemeente Rotterdam tot en met 2025 mee aan een pilot om bokashi gemaakt van bladafval te gebruiken als bodemverbeteraar in stadsparken en plantvakken (bloemperken). In diverse parken en plantvakken in de stad zijn in 2020 proeven aangelegd. In elk park zijn meerdere plantvakken met op het oog vergelijkbare uitgangssituatie uitgezocht, waarin wel of geen bokashi op de bodem is aangebracht. De bokashi is niet ingewerkt. Na drie jaar zijn er visuele verschillen tussen de behandelingen in plantengroei en wormengangen waar te nemen. De gemeente heeft de wens om effecten van toedienen van bokashi op het microscopische bodemleven te bepalen. Dit project is erop gericht om hier aan de hand van de aaltjesgemeenschap (‘milieuaaltjes’) een uitspraak over te doen. Begin november 2023 zijn op drie locaties in Rotterdam bodemmonsters genomen. De locaties verschilden in grondsoort, type beplanting en hoeveelheid toegediende bokashi. Op alle drie locaties waren plantvakken waar sinds voorjaar 2020 herhaaldelijk wel of geen bokashi was opgebracht. De nematoden werden opgespoeld en op naam gebracht. Hierna werden ze ingedeeld in groepen op basis van gebruikte voedselbron (planteneter, bacterie-eter, schimmeleter, predator en omnivoor) of levensstrategie (Colonizer- Persister-(CP-)groepen). Er was veel variatie tussen de locaties en de aaltjesgemeenschappen, maar vanwege een beperkt aantal monsters per locatie en grote onderlinge variatie waren weinig resultaten significant. Wel was op alle locaties opvallend dat na opbrengen van bokashi een verhoogd aantal bacterieeters uit CP-groep 1 werd gevonden. Deze groep kan snel in aantal toenemen bij een toename in voedselaanbod. Een aantal indexen reageerden ook op toedienen van bokashi, maar dit was slechts op één locatie significant: de Maturity Index en de Channel Index waren lager, wat vooral veroorzaakt wordt door de genoemde toename in bacterie-etende CP1-aaltjes. Er werd ook een e

Sinds 2015 loopt in Nederland een citizen science-project waarbij rond Dierendag duizenden mensen in dorp en stad op zoek gaan naar bodemdieren. Duizelingwekkende cijfers van vijfduizend soorten en miljarden bodembewoners in een handvol gezonde grond maken op almaar meer mensen indruk. Maar het gaat vaak niet goed met het onderbelichte leven onder de grond. Om daar meer kennis en begrip voor te creëren, organiseren het Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) en Wageningen Universiteit (WUR), met hulp van VU Amsterdam de Bodemdierendagen. In negen jaar tijd zijn ongeveer 105.000 bodemdieren gevonden. En dat gaan er meer worden, want het burgeronderzoek is op verzoek van Velt uitgebreid naar België.

In een lange termijn veldproef sinds 2006, zijn in 2006, 2009 en 2018 tien verschillende bodemmaatregelen uitgevoerd in twee vormen van grondgebruik: een gangbaar en een biologisch landbouwsysteem met een praktijkconforme gewasrotatie. De maatregelen waren zwarte braak (CTR), teelt van gras/klaver (GRK), teelt van Tagetes patula (TAG), teelt van een groenbemestermengsel (MIX), compost (CMP), chitine (CHI), haarmeel (HRM), anaerobe grondontsmetting (ASD), grondontsmetting (ONT: NGO of CAL) en een combinatie van anaerobe grondontsmetting, haarmeel en compost (AHC). Vervolgens werd in 2021 de samenstelling van de microbiële gemeenschap middels PLFA biomarkers gemeten. Daarnaast werden de hoeveelheden labiele C en N gemeten als heet water extraheerbaar koolstof (HWC) en potentieel mineraliseerbare stikstof (PMN). Ook werden milieuaaltjes, de bodemvruchtbaarheid en de gewasproductie van aardappel bepaald. Om een aantal indicatoren van deze “akkerbouw op zand” locatie te vergelijken werden een groot deel van de indicatoren ook bepaald in nabijgelegen referentie-locaties: grasland op zand en bos op zand. Doel van het project is (1) het ontwikkelen van maatregelen voor het duurzaam verbeteren van bodemkwaliteit en (2) het evalueren van indicatoren waarmee verschillen in bodemkwaliteit kunnen worden gemeten. In de vergelijking van de verschillende vormen van grondgebruik, namelijk bos, grasland en de controle behandelingen van de biologische en gangbare landbouwgrond, toonden de PLFA-metingen een grotere hoeveelheid schimmels in de bos- en biologische landbouwgrond dan in het grasland. De totale hoeveelheid PLFA vertoonde de hoogste waarden in gras en de laagste in bos, maar de bacterie PLFA gaven geen significante verschillen. HWC was significant hoger in het bos dan in de gras- en landbouwgronden. PMN was het meeste onderscheidend, alle 4 systemen waren significant verschillend met de hoogste waarden in grasland. n de vergelijking van de verschillende bodemmaatregelen in

In 2006 is het project “Ontwikkelen maatregelen en meettechnieken ten bate van bodemgezondheid” gestart met de aanleg van de langjarige veldproef (de ‘Bodemgezondheidproef’, BDGZ) op proefboerderij Vredepeel. Doel van het project is het ontwikkelen van maatregelen voor het duurzaam verbeteren van bodemkwaliteit in geïntegreerde (gangbare) en biologische teeltsystemen. De systeemproef Bodemgezondheid is aangelegd op een perceel dat typerend is voor lichte (zand)gronden. Het perceel is besmet met verschillende bodempathogenen zoals plant parasitaire aaltjes en schadelijke bodemschimmels die representatief zijn voor de percelen op de dekzandgronden. De belangrijkste bodempathogenen op dit perceel zijn het wortellesieaaltje (Pratylenchus penetrans) en de bodemschimmel Verticillium dahliae. In zowel een biologisch als een gangbaar teeltsysteem werden de maatregelen voor het eerst uitgevoerd in 2006, in 2009 herhaald en met een aantal wijzigingen opnieuw herhaald in 2018.

In november 2022 zijn in opdracht van de gemeente Rotterdam bemonsteringen uitgevoerd van grond onder bomen in het Kralingse Bos. De bomen groeiden in twee gebieden die verschilden in leeftijd: een deel was aangeplant na 1945, een ander deel van het bos bestond al vóór die tijd. Uit de grond werden de nematoden, microscopisch kleine rondwormen, geëxtraheerd en geïdentificeerd. Met deze bepalingen werd een indeling van de nematodengemeenschap gemaakt naar voedseltype en gevoeligheid voor verstoring. - Hiermee werden een aantal indexen berekend die samen een totaalbeeld geven van de samenstelling en het functioneren van de nematodengemeenschap. De nematodengemeenschap was karakteristiek voor een bosgrond, met relatief hoge aantallen schimmeleters. Ook kwamen er vrij hoge aantallen nematoden voor met hoge CP-waarden, die vooral voorkomen in onverstoorde grond. Het was opvallend dat dit vooral bacterie-etende nematoden betrof. Er waren weinig verschillen tussen de nematodengemeenschappen in het jonge en het oude deel van het bos. Om de uitkomsten van deze bemonstering beter te duiden is het nodig om meer metingen te verrichten en deze aan te vullen met andere bodemmetingen, zoals nutriënten, bacteriën en schimmels. Wanneer vitaliteit van de bomen in relatie tot de bodems en hun nematodengemeenschappen een aandachtspunt is, kan het waardevol zijn om biotoetsen uit te voeren. De gegevens moeten vergeleken worden met bestaande data afkomstig van ander landgebruik, zoals bijvoorbeeld akkerbouw op zand of klei. Met deze aanpak zou het mogelijk moeten zijn om conclusies te trekken over de vitaliteit van het Kralingse Bos.

In het najaar van 2019 en van 2021 zijn grondmonsters verzameld van respectievelijk 18 (2019) en 33 (2021) verschillende voedselbossen (VB) die aangesloten zijn bij het Nationaal Monitoringsprogramma Voedselbossen (NMVB). Van deze grondmonsters is de samenstelling van de aaltjesgemeenschap bepaald. Aaltjes of nematoden komen op verschillende niveaus in het bodemvoedselweb voor, hebben verschillen in levenswijze en eetpatroon en kunnen verschillen in de mate en snelheid waarin ze reageren op veranderingen in hun voedselaanbod of bijvoorbeeld bodem verstoring. Daarmee kunnen ze o.a. bodemtype, (voormalig) landgebruik en veranderingen in de bodemkwaliteit weerspiegelen. In dit rapport worden met name de aaltjesdata van 2021 van alle VB onderling met bestaande informatie vergeleken, en een vergelijking gemaakt met 6 referentielocaties (bos) en aaltjes-informatie afkomstig van akkerbouw, grasland en bos. Dit zijn de belangrijkste resultaten en aanbevelingen: Zoals verwacht hebben grondsoort en voormalig landgebruik de grootste invloed op de aaltjesgemeenschappen. Minder verschillen zijn te zien tussen oudheid van het VB en het archetype, wat vooral te verklaren is door het kleine aantal oudere VB en de grote variatie binnen de andere categorie. Desondanks konden al wel duidelijke verschillen worden gezien tussen aaltjesgemeenschappen uit VB en die uit akkerbouw op zand, waarbij de aaltjesgemeenschappen van de VB verschuiven naar een stabieler, minder verstoord verrijkt systeem. Ook in vergelijking met 2019 lijkt er een trend te zijn dat de aaltjesgemeenschappen uit 2021 verschuiven naar stabielere en minder verstoorde gemeenschappen. Belangrijk is om ook in de volgende jaren dezelfde en zoveel mogelijk aanvullende VB en referentiebossen te blijven meten, om ondanks de hoge variatie uitspraken te kunnen doen over verschillen in bodemkwaliteit tussen jaren, locaties en hun huidige landgebruik.

This project aimed to assess the effect of 11 soil health treatments and 2 landmanagement systems of a long-term field experiment called "Soil Health Experiment" on soil disease suppressiveness against Pythium ultimum and Rhizoctonia solani. Disease suppressiveness was assessed in 2018 and 2019 in bioassays using field soil in which garden cress and sugar beet seedlings were grown and inoculated with P. ultimum and R. solani respectively. In addition, soil fungi and bacteria were quantified ausing qPCR. Fungal and bacterial community composition were assessed by Illumina amplicons sequencing in 2019. HWC was measured in 2019 as an indicator of soil carbon in the microbial biomass.

In een lang termijn veldproef sinds 2006, zijn in 2018 10 verschillende bodemmaatregelen uitgevoerd in zowel een gangbaar als een biologisch landbouwsysteem. De maatregelen waren zwarte braak (CTR), teelt van gras/klaver (GRK), teelt van Tagetes patula (TAG), teelt van een groenbemestermengsel (MIX), compost (CMP), chitine (CHI), haarmeel (HRM), anaerobe grondontsmetting (ASD), grondontsmetting (ONT: NGO of CAL) en een combinatie van anaerobe grondontsmetting, haarmeel en compost (AHC). Vervolgens werden of verschillende tijdstippen in 2018, 2019 en 2020 een aantal microbiologische en bodembiologische parameters gemeten. In 2018 is het bodemmicrobioom geanalyseerd, i.e. de samenstelling van de bacteriële en schimmelgemeenschap in de bodem. In vergelijking met de controle was de diversiteit van beide groepen verlaagd in de diverse ontsmettingsbehandelingen. Ook verschilde de samenstelling van de microbiële gemeenschappen duidelijk tussen de ontsmettingsbehandelingen en de overige behandelingen. Wel was de DNA concentratie van zowel schimmels als bacteriën vaak hoger in met name de anaerobe grond ontsmetting (ASD) en de combi (AHC) behandeling. Het biologische en gangbare landbouwsysteem verschilden weinig van elkaar.In zowel 2018 als 2019 zijn biotoetsen uitgevoerd om de weerbaarheid van de grond tegen Rhizoctoniasolani en Pythium ultimum te meten. Voor R. solani was de ziekteincidentie in alle behandelingen hoog en er is dus nauwelijks weerbaarheid gemeten. Voor P. ultimum daarentegen was de weerbaarheid in beide jaren duidelijk hoger in de AHC behandeling dan in de andere behandelingen.In 2020 is het microbioom middels PLFA analyse onderzocht in de CTR, CMP en AHC behandelingen. Hierbij waren veel parameters, zoals de microbiële biomassa, het aantal bacteriën en schimmels en mycorrhiza verhoogd in het biologische landbouwsysteem vergeleken met het gangbare systeem. De meeste parameters waren het hoogst in de combi behandelingen, wat duidt op hogere biomassa en

Het oorspronkelijke doel van de Bodemgezondheidproef was om bodemmaatregelen te toetsen die kunnen worden gebruikt om het wortellesieaaltje Pratylenchus penetrans en de bodemschimmel Verticillium dahliae te beheersen in een akkerbouwsysteem op zandgrond. Daarnaast is de proef gebruikt om maatregelen te ontwikkelen die bodemweerbaarheid en bodemleven kunnen stimuleren en om dit te meten. In zowel een biologisch als een gangbaar teeltsysteem werden de maatregelen voor het eerst uitgevoerd in 2006, in 2009 herhaald en met een aantal wijzigingen opnieuw herhaald in 2018. In juli 2018 werden drie typen bodemmaatregelen uitgevoerd: teelt van groenbemesters (gras/klaver, tagetes en een mengsel van 14 soorten), organische toevoegingen (compost, chitine en haarmeel) en grond ontsmetten (ASD, ontsmetten met zaadmeel of Monam, en ASD gevolgd door toedienen van haarmeel en compost). De maatregelen werden vergeleken met een controle (zwarte braak), die onkruidvrij werd gehouden. In maart 2019 werd de grond in alle velden bemonsterd en werd de samenstelling van de nematodengemeenschap bepaald. Nematoden komen voor op verschillende niveaus in het bodemvoedselweb en verschillen in de mate en snelheid waarin ze reageren op voedselaanbod en verstoring. Daarmee weerspiegelen ze veranderingen in de bodem. De bodemmaatregelen hadden een significant effect op veel van de parameters die uit de tellingen van de nematoden zijn berekend. Het effect van de bodemmaatregelen op de meeste nematodenparameters was groter dan het effect van het teeltsysteem (biologisch versus gangbaar). Weliswaar was door de proefopzet het effect van de bodemmaatregelen preciezer vast te stellen dan dat van het teeltsysteem, maar per saldo was het effect van het teeltsysteem minder groot. Bij een deel van de parameters verschilde het effect van de maatregelen tussen de twee teeltsystemen. Dit was onder andere het geval voor de Enrichment Index (EI) die iets hoger was in het biologische dan in het gangbare systeem.

We screened different organic amendments as single application or in combination to observe their influence on their GWP as well as on plant yield in a mesocosm experiment with two agricultural soils. Additionally, we screened changes occurring in microorganisms through the application of organic amendments.

The health and functioning of soil ecosystems are the foundation of sustainable food production and land management. Of key importance in achieving sustainability, is the frequent measurement of soil health, and indices based on the community structure of nematodes are amongst the most widely used toolsets by soil ecologists. Thirty years after the development of the Maturity Index, we aimed to evaluate the application, utility, and future directions of nematode-based indices (NBIs). This review focused on NBIs that are calculated using the coloniser-persister classification of nematodes. Data from 672 empirical studies in terrestrial environments revealed that the NBIs presented a dissimilar usage trend. The Channel Index and Metabolic Footprints showed the strongest increase in application rates over time, thus indicating a greater interest in studying decomposition pathways and ecosystem functioning, respectively. Furthermore, nematode-based indices were mostly applied in agricultural systems associated with herbaceous crops and in studies investigating, for example, soil nutrient enrichment following manure and/or inorganic fertilizer application. We further provide a framework for selecting a focus-orientated subset of NBIs for testing hypotheses based on the underlying ecological mechanisms. Also, we highlight important considerations, including the unexpected behaviour of some nematode taxa, in the interpretation of NBIs. The improvement of NBIs relies on advancing our understanding of the autecology of nematodes. Finally, we deliver insight into the further development of NBIs considering recent methodological advancements. We highlight that NBIs have been and might become increasingly important in providing valuable information on soil ecosystem health and functioning, especially considering the urgent need for more sustainable land use.

Van uiteenlopende typen organische producten is getest of ze ziektewering in de bodem kunnen verhogen. De producten verschilden in samenstelling, gehalte organische stof, afbreeksnelheid (gemeten met Oxitop) en typen organische stoffracties (gemeten met Rock-Eval pyrolyse). Ziektewering werd bepaald in potproeven met vijf verschillende bodempathogenen, namelijk Pythium ultimum, Rhizoctonia solani AG2-2IIIB, Streptomyces scabies, Meloidogyne hapla en Pratylenchus penetrans. Daarnaast zijn potentieel mineraliseerbare stikstof (PMN) en heet water extraheerbare koolstof (HWC) in de bodem bepaald als maat voor gemakkelijk afbreekbare (labiele) N en C.

The soil microbiome is known to be crucial for the control of soil-borne plant diseases. However, there is still little knowledge on how to modify the soil microbiome to induce or increase disease suppressiveness. In the present study we applied eleven soil health treatments combined with conventional and organic agricultural management in a long-term field experiment. Suppressiveness against Pythium ultimum and Rhizoctonia solani was assessed in bioassays for two years. In addition, the microbiome community composition and microbial abundance were determined., The soil microbiome is known to be crucial for the control of soil-borne plant diseases. However, there is still little knowledge on how to modify the soil microbiome to induce or increase disease suppressiveness. In the present study we applied eleven soil health treatments combined with conventional and organic agricultural management in a long-term field experiment. Suppressiveness against Pythium ultimum and Rhizoctonia solani was assessed in bioassays for two years. In addition, the microbiome community composition and microbial abundance were determined.