Search

Summary: Nanometa Live presents a user-friendly interface designed for real-time metagenomic data analysis and pathogen identification utilizing Oxford Nanopore Technologies’ MinION and Flongle flow cells. It offers an efficient workflow and graphical interface for the visualization and interpretation of metagenomic data as it is being generated. Key features include automated BLAST validation, streamlined handling of custom Kraken2 databases, and a simplified graphical user interface for enhanced user experience. Nanometa Live is particularly notable for its capability to run without constant internet or server access once installed, setting it apart from similar tools. It provides a comprehensive view of taxonomic composition and facilitates the detection of user-defined pathogens or other species of interest, catering to both researchers and clinicians. Availability and implementation: Nanometa Live has been implemented as a local web application using the Dash framework with Snakemake handling the data processing. The source code is freely accessible on the GitHub repository at https://github.com/FOIBioinformatics/nanometa_live and it is easily installable using Bioconda. It includes containerization support via Docker and Singularity, ensuring ease of use, reproducibility, and portability.

Syfte: Syftet med studien är att kartlägga anledningar till att anställda kommer till kontoret vid hybridarbete. Metod: Fenomenet har studerats med en induktiv forskningsansats. Studiens resultat har utgått från den insamlade datan. I studien har en kvalitativ surveystudie med ostrukturerade intervjuer använts för insamling av data. Empirin har analyserats med en tematisk analys. Slutsats: Studien resulterade i många olika anledningar till varför anställda väljer att komma till kontoret vid hybridarbete. Anledningarna har delats upp i kategorierna: socialt, organisationskultur, enkel kommunikation, arbetsmiljö samt skilja på hem och arbete. Kategorierna har alla kopplats till meningsskapande. Anställda strävar efter meningsskapande genom olika faktorer såsom interaktion, sammanhang och faciliteter., Purpose: The purpose of the study is to map reasons why employees come to the office in hybrid work setups. Method: The phenomenon has been studied using an inductive research approach. The study's results are based on the collected data. A qualitative survey study with unstructured interviews was used for data collection. This has been analyzed through thematic analysis. Conclusion: The study identified various reasons why employees choose to come to the office in a hybrid work setups. These reasons were categorized as: social, organizational culture, easy communication, work environment, and separating home and work. All categories were linked to sensemaking. Employees seek meaning through factors such as interaction, context, and facilities.

Different environments exhibit varying temperatures, where generally areas with high amounts of vegetation, and consequently significant shading, tend to be cooler than regions dominated by dark buildings and black roofs. As a result, urban areas are generally expected to have higher temperatures in comparison to rural areas or forests. This phenomenon, known as urban heat island effect, can be visualized as a dome-shaped area of hot air that concentrates pollution and can influence the precipitation patterns of a region. This study aimed to examine the urban heat island effect in Linköping from 1984 to 2023, with a focus on analyzing the correlation between the prevalence of impermeable materials and changes in surface temperature using remote sensing and geographic information systems. The study also explored the potential for predicting surface temperatures in 2034 with spatial regression. The results indicated a close relationship between the extent of impermeable materials (indicative of urban land use) and the surface temperatures in Linköping over the study period. Both urban land use and areas with high surface temperatures increased from 1984 to 2023, independent of rising air temperatures. The geographic locations of high urban heat island values have remained largely unchanged over time, but their spatial distibution expanded from 1984 to 2023. The predictive analysis has demonstrated the possibility to predict surface temperatures in 2034, with emphasis on the pivotal role of the model and its explanatory variables. The final predictive model indicates a continuing upward trend in surface temperatures. This study has in summary added an extensive overview of the urban temperature changes in Linköping, identifying potential areas with particularly high surface temperatures historically and provided possible models for predicting trends in the future., Olika miljöer uppvisar varierande temperaturer, där generellt områden med mycket vegetation, och därmed betydande skuggning, tenderar att vara svalare än regioner dominerade av mörka byggnader med svarta tak. Följaktligen förväntas urbana områden generellt ha högre temperaturer jämfört med landsbygdsområden eller skogsområden. Detta fenomen, känt som urban värmeöeffekt, kan förklaras som ett kupolformat område med förhöjda temperaturer som koncentrerar föroreningar, och som kan påverka regionala nederbördsmönster. Denna studie syftade till att undersöka den urbana värmeöeffekten i Linköping från 1984 till 2023, med fokus på att analysera korrelationen mellan förekomsten av ogenomträngliga ytor och förändringar i yttemperatur med hjälp av fjärranalys och geografiska informationssystem. Landsat-satellitbilder har använts för att erhålla data för markanvändning/marktäcke, samt för markytans temperaturer under studieperioden. Studien undersökte också möjligheten att förutsäga yttemperaturer år 2034 med hjälp av två enkla prediktiva modeller i programvaran ArcGIS Pro: Multiskalig Geografiskt Viktad Regression (MGWR) och Forest-baserad Forecast. Resultatet visade en nära relation mellan omfattningen av ogenomträngliga ytor (indikerade som urban markanvändning) och yttemperaturen i Linköping under studieperioden. Både urban markanvändning och områden med höga yttemperatur ökade från 1984 till 2023, oberoende av ökade lufttemperaturer. De geografiska positionerna för höga värmeövärden förblev i stort sett oförändrade över tid, men deras rumsliga fördelning expanderade från 1984 till 2023. Den prediktiva analysen visade att MGWR-modellen uppvisade begränsningar med de valda variablerna och dess samband till varandra. Däremot gav Forest-baserad Forecast-modellen ett mer tillförlitligt resultat, genom att utnyttja historiska yttemperaturer och data om markanvändning och marktäcke. Yttemperaturkartan för 2034 som generades av den senare modellen förutspår en ökning av områden

Nyligen har Skollagen reviderats och elevhälsan ska vara delaktig i skolans systematiska kvalitetsarbete och arbeta hälsofrämjande, förebyggande och inkluderande i skolorna. Det kan uppfattas som att specialpedagoger bör delta i arbetet och vara med och påverka tillgängliga lärmiljöer och förbättringsarbeten. Skolledning behöver då se över den lokala arbetsbeskrivningen för att skapa möjlighet för specialpedagoger att vara delaktiga i förbättringsarbeten på gymnasieskolorna. Studien syftar till att bidra med kunskaper och förståelse om hur specialpedagoger arbetar för att bidra till tillgängligare lärmiljöer i gymnasieskolorna och på vilka sätt de är delaktiga i det systematiska kvalitetsarbetet. En kvalitativ forskningsansats är utförd med specialpedagoger och tematiseringen i resultatet och analysen utgår från relationellt och kategoriskt perspektiv. Studiens centrala upptäckt är att specialpedagogernas erfarenheter i gymnasieskolornas systematiska kvalitetsarbete främst är relaterade till deras arbete inom elevhälsan. För att öka förståelsen och få djupare kunskaper kan det vara värdefullt att utföra vidare forskning med fokus på rektorer och skolledare, med syfte att få reda på deras förväntningar på specialpedagogers roll i det systematiska kvalitetsarbetet på gymnasieskolor.

Climate change is a critical global problem requiring urgent action. Despite international efforts, problems remain in finding the solutions to tackle a changing climate and for countries to take climate action. Identifying (in)coherence between the domestic and foreign realms of climate policy is an important component for understanding these problems. For this purpose, this thesis investigates the similarities and disparities between domestic and foreign climate policy in Colombia between 2018 and 2022. By analyzing the framing of stakeholders and equity within the four primary climate policy documents for this time period, this investigation provides a novel perspective for understanding climate policy (in)coherence in the Colombian context. Aligning the analytical framework with the Neodesarrollismo model and the CBDR- RC principle, the analysis reveals similarities and disparities in how stakeholders are framed in domestic and foreign climate policy, but also incoherent components within the same policies. Domestic policy spotlights economic benefits and portrays extractive industries as both a challenge and an opportunity, while foreign policy urges a global shift away from these sectors. Nevertheless, the findings indicate that Colombia prioritizes economic growth over equity and stakeholder engagement, especially inclusion of societal stakeholders. The investigation reveals significant dissonance between policy narratives and action, both between and within domestic and foreign climate policy.

Climate change is projected to cause alterations in northern coastal systems, including humification and intensified nutrient loads, which can lead to ecosystem imbalances and establishment of new bacterial species. Several potential pathogens, such as different species of Legionella, hide in the environment between infections, some by living inside protozoan host cells. Knowledge about the occurrence of Legionella in natural waters is missing, which disable risk assessments of exposure. We performed a study of the species diversity of Legionella in the northern Baltic Sea (Gulf of Bothnia) during early summer to map their occurrence and to identify possible environmental drivers. We detected Legionella and potential protozoan hosts along gradients of the Gulf of Bothnia. We also for the first time present third generation full-length 16S rRNA amplicon sequencing (Nanopore) to resolve environmental species classification of Legionella, with a method suitable to study all bacteria. Our data show that full length 16S rRNA sequences is sufficient to resolve Legionella while the standard short Illumina sequences did not capture the entire diversity. For accurate species classification of Legionella, harmonization between the Nanopore classification methods is still needed and the bias toward the well-studied Legionella pneumophila need to be resolved. Different Legionella species occurred both in the Bothnian Sea and in the Bothnian Bay and their abundance were linked to humic substances and low salinity. The relative abundance of Legionella was higher in the humic-rich northern waters of the Bothnian Bay. The link between Legionella species and humic substances may be indirect via promotion of the heterotrophic microbial food web, allowing Legionella species and similar bacteria to establish. Humic substances are rich in iron, which has been shown crucial for growth of Legionella species and other pathogens. Considering climate change projections in this regional area

The share of elderly people in the worlds population is evergrowing and research has shown that elderly people may face difficulties when using public transport. Therefore the purpose of this study is to investigate elderly individuals usage of public transport and the role of transport providers as well as decision makers in Malmö. This has been done using qualitative methods which includes both semi-structured interviews with transport providers and decision makers but also a focus group consisting of elderly individuals. The theoretical framework contains three concepts, mobility, social exclusion and perceived accessibility along with factors that affects elderly peoples use of public transport. Differences in priorities regarding public transport also constitutes the theoretical framework. The studys empirical material consists of information concerning elderly travelers experiences using the public transport in Malmö but also how transport providers and decision makers work in order to promote this groups usage. The analysis discuss how increased mobility for elderly travelers could decrease the risk for social exclusion along with how different factors affect their perceived accessibility. Priorities of transport providers and decisions makers as well as elderly travelers is also discussed. The conclusions show that using public transport facilitates the possibilities for elderly travelers to carry out activities as well as socializing with family and friends, which decrease the risk for social exclusion. How the busdriver manage the bus and the characteristics of the seats seems to affect elderlys perceived accessibility the most. However, elderly travelers, decision makers and transport providers seem to have similar priorities regarding public transport in Malmö., Andelen äldre människor i världen blir allt större och forskning visar att vid användande av kollektivtrafik så kan äldre resenärer uppleva svårigheter. Syftet med denna studie är därmed att undersöka äldres användning av kollektivtrafiken och vilken roll kollektivtrafiksaktörer har i detta. Detta har gjorts genom användandet av kvalitativa metoder, i form av semistrukturerade intervjuer med kollektivtrafiksaktörer och en fokusgrupp bestående av äldre resenärer. Det teoretiska ramverket består dels av de tre begreppen mobilitet, social exkludering och upplevd tillgänglighet men även faktorer som påverkar äldres användning av kollektivtrafiken. Vidare så utgör även skillnader i prioriteringar en del av det teoretiska ramverket. Studiens empiriska material består av äldre resenärers upplevelser av kollektivtrafiken i form av information insamlad via en fokusgrupp och intervjuer utförda av Malmö stad. Utöver detta så utgör även kollektivtrafiksaktörers arbete för att främja äldres användning av kollektivtrafiken en del av det empiriska materialet. I analysen diskuteras hur ökad mobilitet för äldre individer kan reducera risken för social exkludering men även hur de olika faktorer påverkar de äldre resenärernas upplevda tillgänglighet. Kollektivtrafiksaktörerna och de äldre resenärernas prioriteringar diskuteras även. Slutsatsen visar att användandet av kollektivtrafik främjar möjligheten för äldre resenärer att delta i aktivitet och socialisera med vänner och familj, vilket minskar risken för social exkludering. Busschaufförernas körning och sätenas egenskaper är faktorer som tycks påverka äldre resenärernas upplevda tillgänglighet mest. Däremot tycks både äldre resenärer och kollektivtrafiksaktörer ha liknande prioriteringar om kollektivtrafiken i Malmö.

Studiens syfte var att undersöka förskollärares erfarenheter av specialpedagogisk handledning i arbetet med barn i behov av särskilt stöd. Med utgångspunkt i en fenomenologisk ansats undersöktes därför fyra förskollärares erfarenheter av samverkan med specialpedagog. För att samla in empiri har kvalitativa intervjuer genomförts som sedan har bearbetats och analyserats tematiskt. Studiens resultat visar att den specialpedagogiska handledningen värderas högt av förskollärarna samt bidrar till kompetensutveckling. Förskollärarna i studien visar på ett relationellt synsätt där problemet inte ses ligga hos barnet. Handledning genomförs oftast enskilt med den pedagog som ansvarar för det barn som är i behov av särskilt stöd. Det saknas organisatoriska förutsättningar för att genomföra handledningen med hela arbetslaget. Vidare visar resultatet att specialpedagoger nu arbetar i team och har ansvar för ett större område än tidigare. Det framkommer att tillgången till specialpedagogiskt stöd ser olika ut beroende på var i kommunen förskolan ligger.

Syftet med studien är att synliggöra vilka kategorier av taluppfattning som förekommer i resonemangsuppgifter från Skolverkets bedömningsunderlag i förskoleklass till årskurs 3 samt se till vilka förutsättningar resonemang ges. Genom teoretiskt analytiska ramverk sammanställs en komplex data av relevanta delar för studiens syfte och frågeställningar. Resultatet redovisas därefter i en tematisk analys och visar på hur viktig lärarens stöd är i en så pass lärarstyrd aktivitet som Skolverkets underlag. Det framkommer även att läraren behöver vara uppmärksam på elevens tillvägagångssätt med uppgiften, för att se till dess utgångspunkt och möjliga kunskapsutveckling. Avslutningsvis visar det att det finns potential i att se över möjliga områden i hur lärarens stöttning och uppgiftens formulering kan ge eleven en djupare kunskap och förståelse.

Background: The outcome of COVID-19 in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) recipients is almost uniformely considered poor. The aim of present study was to retrospectively analyse the outcome and risk factors for mortality in a large series of patients who developed COVID-19 infection after an allogeneic HSCT. Methods: This multicenter retrospective study promoted by the European Hematology Association – Infections in Hematology Study Working Group, included 326 adult HSCT patients who had COVID-19 between January 2020 and March 2022. Results: The median time from HSCT to the diagnosis of COVID-19 was 268 days (IQR 86-713; range 0-185 days). COVID-19 severity was mild in 21% of the patients, severe in 39% and critical in 16% of the patients. In multivariable analysis factors associated with a higher risk of mortality were, age above 50 years, presence of 3 or more comorbidities, active hematologic disease at time of COVID-19 infection, development of COVID-19 within 12 months of HSCT, and severe/critical infections. Overall mortality rate was 21% (n=68): COVID-19 was the main or secondary cause of death in 16% of the patients (n=53). Conclusions: Mortality in HSCT recipients who develop COVID-19 is high and largely dependent on age, comorbidities, active hematologic disease, timing from transplant and severity of the infection.

A fundamental principle for democracy and the rule of law is that the courts are independent and impartial, which extends to the conduct of judges and lay judges during the trial. In addition, there is the expectation of the courtroom being an unemotional setting, and seeing emotional displays in lay and professional judges could lead to a feeling of partiality in the audience. The aim of this thesis is to investigate and explore lay judges’ behaviours in court in relation to judicial impartiality and emotions by answering two interlinked research questions: How do lay judges reflect on their own and other lay judges’ performance, behaviours, and emotional regulation during trials? and What expressions and behaviours are prevalent among lay judges during trials? Furthermore, a third research question will be answered: What can the answers to the above questions divulge about lay judges performance of impartiality and management of judicial emotions? The empirical data has been collected through the use of two qualitative methods; semi- structured interviews and observations and the material has been analysed using the theoretical frameworks of dramaturgy and performance, emotional regulation, and feeling rules. The analysis and conclusions show that impartiality can be performed both through the utilisation of a poker-face or neutral expression as well as treating all parties equally. Furthermore, the lay judges use several strategies for managing their emotions to conform to the feeling rules of the courtroom. There are indications that there are discrepancies between the appropriate behaviour in court as described by the interviewees and the actual behaviour of lay judges observed in trials. This suggests that lay judges might do more than they potentially realise.

Background: The outcome of COVID-19 in allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) recipients is almost uniformely considered poor. The aim of present study was to retrospectively analyse the outcome and risk factors for mortality in a large series of patients who developed COVID-19 infection after an allogeneic HSCT. Methods: This multicenter retrospective study promoted by the European Hematology Association – Infections in Hematology Study Working Group, included 326 adult HSCT patients who had COVID-19 between January 2020 and March 2022. Results: The median time from HSCT to the diagnosis of COVID-19 was 268 days (IQR 86-713; range 0-185 days). COVID-19 severity was mild in 21% of the patients, severe in 39% and critical in 16% of the patients. In multivariable analysis factors associated with a higher risk of mortality were, age above 50 years, presence of 3 or more comorbidities, active hematologic disease at time of COVID-19 infection, development of COVID-19 within 12 months of HSCT, and severe/critical infections. Overall mortality rate was 21% (n=68): COVID-19 was the main or secondary cause of death in 16% of the patients (n=53). Conclusions: Mortality in HSCT recipients who develop COVID-19 is high and largely dependent on age, comorbidities, active hematologic disease, timing from transplant and severity of the infection.