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231 results on '"Junot, C."'

6. Blood metabolomics uncovers inflammation-associated mitochondrial dysfunction as a potential mechanism underlying ACLF (vol 72, pg 688, 2020)

Author

Moreau, R, Claria, J, Aguilar, F, Fenaille, F, Lozano, JJ, Junot, C, Colsch, B, Caraceni, P, Trebicka, J, Pavesi, M, Alessandria, C, Nevens, F, Saliba, F, Welzel, TM, Albillos, A, Gustot, T, Fernandez, J, Moreno, C, Baldassarre, M, Zaccherini, G, Piano, S, Montagnese, S, Vargas, V, Genesca, J, Sola, E, Bernal, W, Butin, N, Hautbergue, T, Cholet, S, Castelli, F, Jansen, C, Steib, C, Campion, D, Mookerjee, R, Rodriguez-Gandia, M, Soriano, G, Durand, F, Benten, D, Banares, R, Stauber, RE, Gronbaek, H, Coenraad, MJ, Gines, P, Gerbes, A, Jalan, R, Bernardi, M, Arroyo, V, Angeli, P, CANONIC Study, and Grifols Chair European

Published
2020

9. Orchestration of Tryptophan-Kynurenine Pathway, Acute Decompensation, and Acute-on-Chronic Liver Failure in Cirrhosis

Author

Claria, J., Moreau, R., Fenaille, F., Amoros, A., Junot, C., Gronbaek, H., Coenraad, M.J., Pruvost, A., Ghettas, A., Chu-Van, E., Lopez-Vicario, C., Oettl, K., Caraceni, P., Alessandria, C., Trebicka, J., Pavesi, M., Deulofeu, C., Albillos, A., Gustot, T., Welzel, T.M., Fernandez, J., Stauber, R.E., Saliba, F., Butin, N., Colsch, B., Moreno, C., Durand, F., Nevens, F., Banares, R., Benten, D., Gines, P., Gerbes, A., Jalan, R., Angeli, P., Bernardi, M., Arroyo, V., EASL Clif Consortium, Grifols Chair European Fdn Study C, Clària, Joan, Moreau, Richard, Fenaille, Françoi, Amorós, Alex, Junot, Christophe, Gronbaek, Henning, Coenraad, Minneke J, Pruvost, Alain, Ghettas, Aurélie, Chu-Van, Emeline, López-Vicario, Cristina, Oettl, Karl, Caraceni, Paolo, Alessandria, Carlo, Trebicka, Jonel, Pavesi, Marco, Deulofeu, Carme, Albillos, Agustin, Gustot, Thierry, Welzel, Tania M, Fernández, Javier, Stauber, Rudolf E, Saliba, Faouzi, Butin, Noémie, Colsch, Benoit, Moreno, Christophe, Durand, Françoi, Nevens, Frederik, Bañares, Rafael, Benten, Daniel, Ginès, Pere, Gerbes, Alexander, Jalan, Rajiv, Angeli, Paolo, Bernardi, Mauro, Arroyo, Vicente, Grifols Chair, Partenaires INRAE, Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Pharmacologie et d'Immunoanalyse (SPI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université Paris Saclay (COmUE), Aarhus University Hospital, Department of Gastroenterology and Hepatology, Leiden University Medical Center (LUMC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Medical University Graz, Department of Medical and Surgical Sciences, Universita degli Studi di Padova, San Giovanni Battista Hosp, Div Gastroenterol & Hepatol, Turin, Italy, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Hospital Universitario, Université libre de Bruxelles (ULB), Goethe-Universität Frankfurt am Main, Hôpital Paul Brousse, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Universidad Complutense de Madrid = Complutense University of Madrid [Madrid] (UCM), Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] (UKE), Univ Hosp LMU Munich, Liver Ctr Munich, Dept Med 2, Munich, Germany, University College of London [London] (UCL), Universita di Padova, ICREA Academia Award, Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universiteit Leiden-Universiteit Leiden, and Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd)

Subjects
Liver Cirrhosis, Male, 0301 basic medicine, Cirrhosis, Kynurenine pathway, [SDV]Life Sciences [q-bio], medicine.medical_treatment, severity, Decompensated cirrhosis, Systemic inflammation, Gastroenterology, Tryptophan -- blood, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, hepatic-encephalopathy, Prospective Studies, Renal Insufficiency, Indoleamine 2,3-dioxygenase, Hepatic encephalopathy, Kynurenine, Liver Cirrhosis -- blood -- complications -- mortality -- physiopathology, systemic inflammation, Europe -- epidemiology, Kynurenine -- blood, Hepatic Encephalopathy -- blood -- complications, Tryptophan, Bacterial Infections -- blood -- complications, Immunosuppression, Bacterial Infections, Sciences bio-médicales et agricoles, Middle Aged, Acute-On-Chronic Liver Failure -- blood -- etiology, metabolomics, 3. Good health, Europe, chromatography, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, medicine.symptom, metabolomic, medicine.medical_specialty, indoleamine 2,3-dioxygenase, Decompensated cirrhosi, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Humans, organ failure, Decompensation, plasma, Aged, Inflammation, Inflammation -- blood -- complications, Renal Insufficiency -- blood -- complications, Hepatology, business.industry, Acute-On-Chronic Liver Failure, blockade, medicine.disease, mortality, kynurenine, 030104 developmental biology, chemistry, Case-Control Studies, Hepatic Encephalopathy, business, metabolism
Abstract

Systemic inflammation (SI) is involved in the pathogenesis of acute decompensation (AD) and acute-on-chronic liver failure (ACLF) in cirrhosis. In other diseases, SI activates tryptophan (Trp) degradation through the kynurenine pathway (KP), giving rise to metabolites that contribute to multiorgan/system damage and immunosuppression. In the current study, we aimed to characterize the KP in patients with cirrhosis, in whom this pathway is poorly known. The serum levels of Trp, key KP metabolites (kynurenine and kynurenic and quinolinic acids), and cytokines (SI markers) were measured at enrollment in 40 healthy subjects, 39 patients with compensated cirrhosis, 342 with AD (no ACLF) and 180 with ACLF, and repeated in 258 patients during the 28-day follow-up. Urine KP metabolites were measured in 50 patients with ACLF. Serum KP activity was normal in compensated cirrhosis, increased in AD and further increased in ACLF, in parallel with SI; it was remarkably higher in ACLF with kidney failure than in ACLF without kidney failure in the absence of differences in urine KP activity and fractional excretion of KP metabolites. The short-term course of AD and ACLF (worsening, improvement, stable) correlated closely with follow-up changes in serum KP activity. Among patients with AD at enrollment, those with the highest baseline KP activity developed ACLF during follow-up. Among patients who had ACLF at enrollment, those with immune suppression and the highest KP activity, both at baseline, developed nosocomial infections during follow-up. Finally, higher baseline KP activity independently predicted mortality in patients with AD and ACLF. Conclusion: Features of KP activation appear in patients with AD, culminate in patients with ACLF, and may be involved in the pathogenesis of ACLF, clinical course, and mortality., info:eu-repo/semantics/published

Published
2019

10. Mass spectral databases for metabolomics: How to build a consistently annotated mass spectral database from pure reference compounds analyzed under electrospray ionization conditions?

Author

Damont, A., Olivier, M. F., Warnet, A., Lyan, Bernard, Pujos-Guillot, Estelle, Jamin, Emilien, Debrauwer, Laurent, Bernillon, Stéphane, Junot, C., Tabet, J. C., Fenaille, F., Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), MetaboHUB, Université Paris Saclay (COmUE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme d'Exploration du Métabolisme, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Analytical Platform for Metabolomics and Toxicology (MetaToul-AXIOM), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1

Subjects
High-resolution mass spectrometry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Annotation, Mass spectra, Metabolomics, MS databases
Abstract

Epub ahead of print; Nowadays, high-resolution mass spectrometry is widely used for metabolomic studies. Thanks to its high sensitivity, it enables the detection of a large range of metabolites. In metabolomics, the continuous quest for a metabolite identification as complete and accurate as possible has led during the last decade to an ever increasing development of public MS databases (including LC-MS data) concomitantly with bioinformatic tool expansion. To facilitate the annotation process of MS profiles obtained from biological samples, but also to ease data sharing, exchange and exploitation, the standardization and harmonization of the way to describe and annotate mass spectra seemed crucial to us. Indeed, under electrospray (ESI) conditions, a single metabolite does not produce a unique ion corresponding to its protonated or deprotonated form but could lead to a complex mixture of signals. These MS signals result from the existence of different natural isotopologues of the same compound and also to the potential formation of adduct ions, homo and hetero-multimeric ions, fragment ions resulting from "prompt" in-source dissociations. As a joint reflection process within the French Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics (MetaboHUB) and with the purpose of developing a robust and exchangeable annotated MS database made from pure reference compounds (chemical standards) analysis, it appeared to us that giving the metabolomics community some clues to standardize and unambiguously annotate each MS feature, was a prerequisite to data entry and further efficient querying of the database. The use of a harmonized notation is also mandatory for inter-laboratory MS data exchange. Additionally, thorough description of the variety of MS signals arising from the analysis of a unique metabolite might provide greater confidence on its annotation.

Published
2019

11. Targeted versus untargeted omics - the CAFSA story

Author

Amador, M.D.M., Colsch, Benoit, Lamari, F., Jardel, Claude, Ichou, Farid, Rastetter, Agnes, Wevers, R.A., Junot, C., Mochel, F., Amador, M.D.M., Colsch, Benoit, Lamari, F., Jardel, Claude, Ichou, Farid, Rastetter, Agnes, Wevers, R.A., Junot, C., and Mochel, F.

Abstract

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Published
2018

12. Étude longitudinale du métabolome de Pseudomonas aeruginosa au cours des infections pulmonaires chroniques dans la mucoviscidose

Author

Moyne, O, Cournoyer, B, Castelli, F, Fenaille, F, Lamourette, P, Junot, C, Léger, Christophe, Bicout, D., Maurin, M, Toussaint, B, Le Gouëllec, A, Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Environnement et Prédiction de la Santé des Populations (TIMC-IMAG-EPSP), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), and ZOPPIS, Catherine

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

14. The kynurenine pathway in cirrhosis. Relationship with the development of acute decompensation and acute-on-chronic liver failure, clinical course and mortality

Author

Clària, J., primary, Moreau, R., additional, Fenaille, F., additional, Amoros, A., additional, Junot, C., additional, Gronbaek, H., additional, Coenraad, M., additional, Oettl, K., additional, Caraceni, P., additional, Alessandria, C., additional, Trebicka, J., additional, Pavesi, M., additional, Gomez, C.D., additional, Albillos, A., additional, Gustot, T., additional, Welzel, T., additional, Fernandez, J., additional, Stauber, R.E., additional, Saliba, F., additional, Butin, N., additional, Colsch, B., additional, Moreno, C., additional, Durand, F., additional, Nevens, F., additional, Bañares, R., additional, Benten, D., additional, Ginès, P., additional, Gerbes, A., additional, Jalan, R., additional, Angeli, P., additional, Bernardi, M., additional, and Arroyo, V., additional

Published
2018
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16. Quality Matters : 2016 Annual Conference of the National Infrastructures for Biobanking

Author

Doucet, M., Becker, K. F., Björkman, J., Bonnet, J., Clément, B., Daidone, M. -G, Duyckaerts, C., Erb, G., Haslacher, H., Hofman, P., Huppertz, B., Junot, C., Lundeberg, Joakim, Metspalu, A., Lavitrano, M., Litton, J. -E, Moore, H. M., Morente, M., Naimi, B. -Y, Oelmueller, U., Ollier, B., Parodi, B., Ruan, L., Stanta, G., Turano, P., Vaught, J., Watson, P., Wichmann, H. -E, Yuille, M., Zaomi, M., Zatloukal, K., Dagher, G., Doucet, M., Becker, K. F., Björkman, J., Bonnet, J., Clément, B., Daidone, M. -G, Duyckaerts, C., Erb, G., Haslacher, H., Hofman, P., Huppertz, B., Junot, C., Lundeberg, Joakim, Metspalu, A., Lavitrano, M., Litton, J. -E, Moore, H. M., Morente, M., Naimi, B. -Y, Oelmueller, U., Ollier, B., Parodi, B., Ruan, L., Stanta, G., Turano, P., Vaught, J., Watson, P., Wichmann, H. -E, Yuille, M., Zaomi, M., Zatloukal, K., and Dagher, G.

Abstract

QC 20170621

Published
2017
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17. Quality Matters: 2016 Annual Conference of the National Infrastructures for Biobanking

Author

Doucet, M, Becker, K, Björkman, J, Bonnet, J, Clément, B, Daidone, M, Duyckaerts, C, Erb, G, Haslacher, H, Hofman, P, Huppertz, B, Junot, C, Lundeberg, J, Metspalu, A, Lavitrano, M, Litton, J, Moore, H, Morente, M, Naimi, B, Oelmueller, U, Ollier, B, Parodi, B, Ruan, L, Stanta, G, Turano, P, Vaught, J, Watson, P, Wichmann, H, Yuille, M, Zaomi, M, Zatloukal, K, Dagher, G, Becker, KF, Daidone, MG, Litton, JE, Moore, HM., Naimi, BY, Wichmann, HE, Doucet, M, Becker, K, Björkman, J, Bonnet, J, Clément, B, Daidone, M, Duyckaerts, C, Erb, G, Haslacher, H, Hofman, P, Huppertz, B, Junot, C, Lundeberg, J, Metspalu, A, Lavitrano, M, Litton, J, Moore, H, Morente, M, Naimi, B, Oelmueller, U, Ollier, B, Parodi, B, Ruan, L, Stanta, G, Turano, P, Vaught, J, Watson, P, Wichmann, H, Yuille, M, Zaomi, M, Zatloukal, K, Dagher, G, Becker, KF, Daidone, MG, Litton, JE, Moore, HM., Naimi, BY, and Wichmann, HE

Published
2017

18. Enrichissement de la base de données spectrale peakforest en LC-MS

Author

Emery, Sylvain, Lyan, Bernard, Joly, Charlotte, Paulhe, Nils, Giacomoni, Franck, Thévenot, Etienne, Junot, C., Pujos-Guillot, Estelle, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Plateforme d'Exploration du Métabolisme, MetaboHUB, Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA))

Subjects
chronic diseases, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, PeakForest, maladie chronique, identification metabolites, LC MSMS, banque de données, base de données spectrales, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, analyse métabolomique
Abstract

L’analyse métabolomique non ciblée est une approche puissante permettant la caractérisation du phénotype métabolique lié aux développements de maladies chroniques. L’identification des biomarqueurs qui y sont associés est devenue un enjeu majeur pour ce type d’approche. Il existe aujourd’hui un très large panel de banques de données en métabolomique, pouvant aider lors de cette étape d’identification, telles que MassBank, HMDB ou Lipidmaps, mais ces bases n’intègrent pas de données chromatographiques alors que le temps de rétention peut être un paramètre contribuant largement dans l’identification de molécules (Sumner et al, 2014).La base de données PeakForest est une banque de données de spectres de référence dédiée à l’annotation des données métabolomiques. Plus de 1000 composés standards (métabolites endogènes déjà décrits dans les biofluides) ont été analysés en LC-HRMS (Orbitrap, QTof) et selon des méthodes chromatographiques complémentaires au sein des quatre plateformes du consortium MetaboHUB. L’implémentation de PeakForest est réalisé via des fichiers ‘template’ qui intègrent les metadata et les peaklists annotées. L’originalité de cette base est qu’elle intègre également les conditions chromatographiques ainsi que les temps de rétention de chaque molécule, ce qui permet d’intégrer ce paramètre dans les requêtes.L’objectif sera de pouvoir utiliser cette ressource pour une annotation automatique des jeux de données. C’est pourquoi la base de données PeakForest est utilisable via des outils Galaxy, bientôt intégrés au sein de la plate-forme web Galaxy W4M (Workflow4Metabolomics ; Giacomoni et al, 2015).Une preuve de concept de l’utilisation de cet outil a été réalisée pour l’annotation d’un échantillon de plasma de référence du NIST. Au total plus de 70 métabolites ont été confirmés avec un score égal à 5 (Sumner et al, 2014). Ces résultats pourront à terme être intégrés au sein de PeakForest après curation effectuée par des experts dans le but de valider les résultats. Des données MS/MS viendront également complémenter la base.Cet outil dédié à l’annotation de métabolites en haut débit contribuera donc à terme à enrichir la caractérisation des métabolomes de différents systèmes biologiques

Published
2016

19. Enrichissement de la base de données spectrale peakforest en LC-MS

Author

Lyan, Bernard, Joly, Charlotte, Paulhe, Nils, Giacomoni, Franck, Thévenot, Etienne, Junot, C., Pujos-Guillot, Estelle, and Emery, Sylvain

Subjects
maladie chronique, Alimentation et Nutrition, Chimie analytique, Food and Nutrition, PeakForest, LC MSMS, identification metabolites, base de données spectrales, banque de données, Analytical chemistry, analyse métabolomique
Abstract

L’analyse métabolomique non ciblée est une approche puissante permettant la caractérisation du phénotype métabolique lié aux développements de maladies chroniques. L’identification des biomarqueurs qui y sont associés est devenue un enjeu majeur pour ce type d’approche. Il existe aujourd’hui un très large panel de banques de données en métabolomique, pouvant aider lors de cette étape d’identification, telles que MassBank, HMDB ou Lipidmaps, mais ces bases n’intègrent pas de données chromatographiques alors que le temps de rétention peut être un paramètre contribuant largement dans l’identification de molécules (Sumner et al, 2014). La base de données PeakForest est une banque de données de spectres de référence dédiée à l’annotation des données métabolomiques. Plus de 1000 composés standards (métabolites endogènes déjà décrits dans les biofluides) ont été analysés en LC-HRMS (Orbitrap, QTof) et selon des méthodes chromatographiques complémentaires au sein des quatre plateformes du consortium MetaboHUB. L’implémentation de PeakForest est réalisé via des fichiers ‘template’ qui intègrent les metadata et les peaklists annotées. L’originalité de cette base est qu’elle intègre également les conditions chromatographiques ainsi que les temps de rétention de chaque molécule, ce qui permet d’intégrer ce paramètre dans les requêtes. L’objectif sera de pouvoir utiliser cette ressource pour une annotation automatique des jeux de données. C’est pourquoi la base de données PeakForest est utilisable via des outils Galaxy, bientôt intégrés au sein de la plate-forme web Galaxy W4M (Workflow4Metabolomics ; Giacomoni et al, 2015). Une preuve de concept de l’utilisation de cet outil a été réalisée pour l’annotation d’un échantillon de plasma de référence du NIST. Au total plus de 70 métabolites ont été confirmés avec un score égal à 5 (Sumner et al, 2014). Ces résultats pourront à terme être intégrés au sein de PeakForest après curation effectuée par des experts dans le but de valider les résultats. Des données MS/MS viendront également complémenter la base. Cet outil dédié à l’annotation de métabolites en haut débit contribuera donc à terme à enrichir la caractérisation des métabolomes de différents systèmes biologiques

Published
2016

20. Metabolite profiling of Saccharomyces cerevisiae with enhanced levels of S-adenosyl-L-methionine

Author

Mapelli, V, Thörn, C, Junot, C, Olsson, L, Mapelli V, Thörn C, Junot C, Olsson L, Mapelli, V, Thörn, C, Junot, C, Olsson, L, Mapelli V, Thörn C, Junot C, and Olsson L

Abstract

S-adenosyl-L-methionine (SAM) is a metabolite that plays crucial roles in sustaining primary cellular functions. SAM is the main methyl-donor substrate for the majority of methylation reactions which are central in many different cellular functions, from histone methylation to mRNA methylation, and it is involved in the biosynthesis of several hormones and of polyamines. Due to SAM involvement in many physiological processes, possible shortage of SAM can be at the basis of a number of diseases. Dietary supplements of SAM in the form of nutraceuticals and in the form of drugs are available, wherein SAM is obtained via chemical synthesis or fermented yeast. The Saccharomyces cerevisiae enzyme Met13 is a Methylenetetrahydrofolate reductase, which is part of the folate-mediated one-carbon metabolism [1, 2] and plays a key-role in the regulation of this metabolic pathway being feed-back inhibited by SAM [3]. In this work, we engineered a laboratory strain of S. cerevisiae by introducing a chimeric version of the gene MET13 [3] which has been shown to be insensitive to SAM-dependent feed-back inhibition. The expression of the chimeric MET13 resulted into 40-fold increase of intracellular SAM levels. As the increase of SAM might be of interest also in the perspective of favouring certain bioprocesses besides the biosynthesis of SAM, this work aims at giving a picture of the metabolic changes occurring in S. cerevisiae upon accumulation of high levels of SAM. To this aim, we analysed the physiology and the intracellular metabolite profile of the engineered strain throughout batch fermentations. Metabolomics was used to determine the intracellular levels of folates and amino acids and identify crucial metabolic changes linked to the over-production of SAM. The information achieved in this study provides further knowledge on how yeast metabolism reacts upon specific perturbations and will be useful in order to lead future research aiming to increase the levels of specific met

Published
2013

21. Metabolite profiling of Saccharomyces cerevisiae with enhanced levels of S-adenosyl-L-methionine

Author

Mapelli V, Thörn C, Junot C, Olsson L, Mapelli, V, Thörn, C, Junot, C, and Olsson, L

Subjects
Metabolite profiling, Saccharomyces cerevisiae, S-adenosyl-L-methionine
Abstract

S-adenosyl-L-methionine (SAM) is a metabolite that plays crucial roles in sustaining primary cellular functions. SAM is the main methyl-donor substrate for the majority of methylation reactions which are central in many different cellular functions, from histone methylation to mRNA methylation, and it is involved in the biosynthesis of several hormones and of polyamines. Due to SAM involvement in many physiological processes, possible shortage of SAM can be at the basis of a number of diseases. Dietary supplements of SAM in the form of nutraceuticals and in the form of drugs are available, wherein SAM is obtained via chemical synthesis or fermented yeast. The Saccharomyces cerevisiae enzyme Met13 is a Methylenetetrahydrofolate reductase, which is part of the folate-mediated one-carbon metabolism [1, 2] and plays a key-role in the regulation of this metabolic pathway being feed-back inhibited by SAM [3]. In this work, we engineered a laboratory strain of S. cerevisiae by introducing a chimeric version of the gene MET13 [3] which has been shown to be insensitive to SAM-dependent feed-back inhibition. The expression of the chimeric MET13 resulted into 40-fold increase of intracellular SAM levels. As the increase of SAM might be of interest also in the perspective of favouring certain bioprocesses besides the biosynthesis of SAM, this work aims at giving a picture of the metabolic changes occurring in S. cerevisiae upon accumulation of high levels of SAM. To this aim, we analysed the physiology and the intracellular metabolite profile of the engineered strain throughout batch fermentations. Metabolomics was used to determine the intracellular levels of folates and amino acids and identify crucial metabolic changes linked to the over-production of SAM. The information achieved in this study provides further knowledge on how yeast metabolism reacts upon specific perturbations and will be useful in order to lead future research aiming to increase the levels of specific metabolites.

Published
2013

22. Real-time detection of Bioaerosols by Mass Spectrometry and Fluorescence methods during the BIODETECT 2014 campaign at CEA/LSCE/ACTRIS SUPERSITE (Saclay, France)

Author

Sarda-Esteve, Roland, Sciare, Jean, Bonnaire, N., Junot, C., Fennaille, F., Bercher, F., Thibaudon, M., Baisnee, B., Gallagher, M., Gabey, A., Foot, V.E., Huffman, J.A., Poschl, U., Su, H., Kiselev, D., Sampo, S., Favez, Olivier, Jayne, John, Croteau, Philip, Prevot, A., Vlachou, A., El Haddad, Imad, Roux, J.M., Nadal, M.H., Bossuet, C., Olmedo, L., and Civs, Gestionnaire

Subjects
[SDE] Environmental Sciences
Abstract

The French Atomic Energy Commission (CEA) has developed a new on line mass spectrometry method to detect atmospheric fungal spores (Sarda Esteve et al., AAAR 2013) under the Bio Chemical Collectors (BCC) research project. This method has been compared with a traditional method from the National Network of Survey for Airborne contaminants (RNSA) to identify Cladosporium events and has shown good agreement with microscopy techniques. Real-time measurements of bio-aerosols using light-induced fluorescence (LIF) techniques have also been performed widely, both for bio-aerosol quantification and to support ice nucleation studies (e.g. Despres et al., 2012). Recent work has sought to better understand the variability in observed fluorescence recorded using LIF instruments (Huffman et al., 2013, O'Connor et al., 2014). Novel data analysis methods are also required to effectively interpret the datasets produced by such instruments, which can exhibit high dimensionality. Robinson et al., (2013) successfully distinguished between calibration particles measured using a WIBS 4A by applying a clustering algorithm to the data. They went on to apply this algorithm to ambient datasets and attributed particular clusters to bacteria and fungal spores (Crawford et al., 2014). To understand the major processes affecting fluorescent aerosol particles, it is necessary to intercompare these real-time methods with measurements of biological targets that provide more detailed chemical information, such as real-time mass spectrometry. An intensive measurement campaign, BIODETECT 2014, will take place at the LSCE-SIRTA ACTRIS supersite outside Paris in summer between the 7th of July and the 8th of August. This study may help identify potential new technologies for monitoring the spread of airborne pathogens and other bio-aerosols. During this period of the year, bacteria and fungal spore are expected to be emitted to the air in high concentration. These bio-aerosol events can be used as proxies for airborne pathogens spreading through an urban/suburban influenced environment.

Published
2014

29. LBP-028 - The kynurenine pathway in cirrhosis. Relationship with the development of acute decompensation and acute-on-chronic liver failure, clinical course and mortality

Author

Clària, J., Moreau, R., Fenaille, F., Amoros, A., Junot, C., Gronbaek, H., Coenraad, M., Oettl, K., Caraceni, P., Alessandria, C., Trebicka, J., Pavesi, M., Gomez, C.D., Albillos, A., Gustot, T., Welzel, T., Fernandez, J., Stauber, R.E., Saliba, F., Butin, N., Colsch, B., Moreno, C., Durand, F., Nevens, F., Bañares, R., Benten, D., Ginès, P., Gerbes, A., Jalan, R., Angeli, P., Bernardi, M., and Arroyo, V.

Published
2018
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30. MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Author

Rolin, Dominique, Agasse, Alice, Bertrand-Michel, Justine, Cole, R., Colombie, Sophie, Deborde, Catherine, Debrauwer, Laurent, Ferrara, Marc, Fouillen, L., Jacob, Daniel, Jourdan, Fabien, Jousse, Cyril, Moing, Annick, Portais, Jean-Charles, Pujos-Guillot, Estelle, Thévenot, E., Junot, C., Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MetaToul AXIOM (E20), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Xénobiotiques, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

absent

Published
2013

31. MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics

Author

Rolin, Dominique, Agasse, Alice, Bertrand-Michel, Justine, Cole, R., Colsch, B., Colombie, Sophie, Deborde, Catherine, Debrauwer, Laurent, Ferrara, Marc, Fouillen, L., Jacob, Daniel, Jourdan, Fabien, Jousse, Cyril, Junot, C., Moing, Annick, Portais, Jean-Charles, Pujos-Guillot, Estelle, Thévenot, E., Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Xénobiotiques, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MetaToul AXIOM (E20), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2

Subjects
metabolomique, infrastructure nationale, fluxomique, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, bioinformatique, investissement d'avenir
Abstract

Comité d'Organisation des 7 JS RFMF : Comité Local UPJV ; Comité National INRA Bordeaux; absent

Published
2013

32. MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique

Author

Rolin, Dominique, Agasse, Alice, Bertrand-Michel, Justine, Cole, R., Colsch, B., Colombie, Sophie, Deborde, Catherine, Debrauwer, Laurent, Ferrara, Marc, Fouillen, L., Jacob, Daniel, Jourdan, Fabien, Jousse, Cyril, Junot, C., Moing, Annick, Portais, Jean-Charles, Pujos-Guillot, Estelle, Thévenot, E., Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Xénobiotiques, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MetaToul AXIOM (E20), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2

Subjects
[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology
Abstract

absent

Published
2013

33. Differences in metabolic trajectories and flexibility revealed by metabolomics during overfeeding in normal and overweight subjects

Author

Comte, Blandine, Morio, Beatrice, Martin, Jean-Francois, Chanseaume, Emilie, Alligier, Maud, Junot, C., Paris, Alain, Lyan, Bernard, Boirie, Yves, Vidal, H., Laville, M., Pujos-Guillot, Estelle, Sébédio, Jean-Louis, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Nutrigenomics Organisation (NuGO). NLD., ProdInra, Archive Ouverte, Clermont Université-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
metabolic trajectory, metabolomics, overweight, human nutritional intervention, obésité, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, changement alimentaire, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, métabolomique, activité physique
Abstract

Shifts in dietary pattern, food composition and processing as well as a modification in physical activity are linked to nutritional transitions. In the context of deleterious behavior, transition has led to an energy imbalance not only in the Western world but also in emerging countries with an increasing prevalence of overweight and obesity. Obesity is associated with increased risk of metabolic syndrome which is a complex disease involving dysregulation of several metabolic pathways. The purpose of the present work was to compare metabolic trajectories followed by free living non-obese overweight and lean subjects during a moderate weight gain induced by a lipid-enriched supplementation of the diet. Metabolomics allowed us determining early changes in metabolic signatures with indicators of metabolic alterations. Thirty eight male adult subjects, 19 normal weight (BMI: 20-24.9 kg.m2, no family history of obesity; NW) and 19 overweight (BMI: 25-29.9 kg.m2, known family history of obesity; OW) were recruited and submitted for 56 days to an overfeeding protocol consisting in adding an excess of 3,300 kJ/d to their usual diet. Conventional anthropometric and metabolic parameters were measured over time. Plasma and urine samples were collected at different time points for an untargeted metabolomic approach. Deproteinized plasma and diluted urine samples were analyzed using UPLC-QToF-Micro mass spectrometer. Univariate (ANOVA) and multivariate (OSC-PLS) models were used to explore the kinetic differences between OW and NW subjects. Metabolite identifications were performed using public databases and complementary analyses on a LTQ Orbitrap Velos high resolution mass spectrometer. For most of the anthropometric, biochemical, metabolic parameters and for some plasma metabolomic data, the phenotypes were discriminated at any time of the kinetic. On the whole, plasma metabolite signatures evolve similarly in NW and OW subjects. In comparison with the NW, lower abundances of plasma highly unsaturated lysophospholipids were observed in OW while increased levels of saturated isomers occurred with the intervention in both groups. Urinary metabolomic profiles clearly evidenced different metabolic trajectories between groups, generally characterized in OW by an increase over time of short- and medium-chain acylcarnitines and bile acids. Changes in metabolic signatures induced by the overfeeding protocol occurred at different time points for the NW and OW volunteers. Therefore, the comprehensive metabolic profiling provided by metabolomics revealed a differential response to the nutritional intervention in urine metabolomes of NW and OW, indicating dissimilar metabolic flexibility. Changes with weight status of plasma and urine metabolites, mostly related to modifications in fatty acid β-oxidation and metabolism, and inflammation indicate a greater metabolic flexibility in NW subjects. In conclusion, this study demonstrates that untargeted metabolomics allows detecting subtle metabolic changes linked to differences in metabolic flexibility that were not evidenced by a classical approach.

Published
2013

34. Glutathione revisited: a vital function in iron metabolism and ancillary role in thiol-redox control

Author

Kumar, C., Igbaria, A., D'Autreaux, B., G. Planson, A., Junot, C., Godat, E., K. Bachhawat, A., Delaunay-Moisan, A., B. Toledano, M., Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), CSIR-Institute of Microbial Technology [Chandigarh] (IMTech), Council of Scientific and Industrial Research [India] (CSIR), ANR SOLEMA, Department of Biotechnology, government of India, La Ligue Contre le Cancer (LNCC), and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
inorganic chemicals, Protein Folding, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Iron, [SDV]Life Sciences [q-bio], Saccharomyces cerevisiae, Endoplasmic Reticulum, Glutathione, Article, Mitochondrial Proteins, Sulfhydryl Compounds, Oxidation-Reduction, Protein Processing, Post-Translational, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; Glutathione contributes to thiol-redox control and to extra-mitochondrial iron-sulphur cluster (ISC) maturation. To determine the physiological importance of these functions and sort out those that account for the GSH requirement for viability, we performed a comprehensive analysis of yeast cells depleted of or containing toxic levels of GSH. Both conditions triggered an intense iron starvation-like response and impaired the activity of extra-mitochondrial ISC enzymes but did not impact thiol-redox maintenance, except for high glutathione levels that altered oxidative protein folding in the endoplasmic reticulum. While iron partially rescued the ISC maturation and growth defects of GSH-depleted cells, genetic experiments indicated that unlike thioredoxin, glutathione could not support by itself the thiol-redox duties of the cell. We propose that glutathione is essential by its requirement in ISC assembly, but only serves as a thioredoxin backup in cytosolic thiol-redox maintenance. Glutathione-high physiological levels are thus meant to insulate its cytosolic function in iron metabolism from variations of its concentration during redox stresses, a model challenging the traditional view of it as prime actor in thiol-redox control.

Published
2011

38. Telling metabolic stories to explore metabolomics data -- A case study on the Yeast response to cadmium exposure

Author

Milreu, P.V. (Paulo), Klein, C.C. (Cecilia), Cottret, L., Acuña, V. (Vicente), Birmele, E., Borassi, M., Junot, C., Marchetti Spaccamela, A. (Alberto), Morino, A., Stougie, L. (Leen), Jourdan, F., Crescenzi, P., Lacroix, V., Sagot, M.-F. (Marie-France), Milreu, P.V. (Paulo), Klein, C.C. (Cecilia), Cottret, L., Acuña, V. (Vicente), Birmele, E., Borassi, M., Junot, C., Marchetti Spaccamela, A. (Alberto), Morino, A., Stougie, L. (Leen), Jourdan, F., Crescenzi, P., Lacroix, V., and Sagot, M.-F. (Marie-France)

Abstract

Motivation: The increasing availability of metabolomics data enables to better understand the metabolic processes involved in the immediate response of an organism to environmental changes and stress. The data usually come in the form of a list of metabolites whose concentrations significantly changed under some conditions, and are thus not easy to interpret without being able to precisely visualize how such metabolites are interconnected. Results: We present a method that enables to organize the data from any metabolomics experiment into metabolic stories. Each story corresponds to a possible scenario explaining the flow of matter between the metabolites of interest. These scenarios may then be ranked in different ways depending on which interpretation one wishes to emphasize for the causal link between two affected metabolites: enzyme activation, enzyme inhibition or domino effect on the concentration changes of substrates and products. Equally probable stories under any selected ranking scheme can be further grouped into a single anthology that summarizes, in a unique subnetwork, all equivalently plausible alternative stories. An anthology is simply a union of such stories. We detail an application of the method to the response of yeast to cadmium exposure. We use this system as a proof of concept for our method, and we show that we are able to find a story that reproduces very well the current knowledge about the yeast response to cadmium. We further show that this response is mostly based on enzyme activation. We also provide a framework for exploring the alternative pathways or side effects this local response is expected to have in the rest of the network. We discuss several interpretations for the changes we see, and we suggest hypotheses that could in principle be experimentally tested. Noticeably, our method requires simple input data and could be used in a wide variety of applications. Availability and implementation: The code for the method presented in

Published
2014
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39. French metabolomics and fluxomics network

Author

Deborde, Catherine, Moing, Annick, Junot, C., Station de physiologie végétale, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
BIOLOGIE VEGETALE, [SDV]Life Sciences [q-bio], RESEAU FRANCAIS DE METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2009

40. Biomarkers of exposure and tissue injury: Application in indoor pollution

Author

Petitot, F., Souidi, M., M Bertho, J., Junot, C., veronique malard, Laboratoire de radiotoxicologie et radiobiologie expérimentale (IRSN/PSE-SANTE/SESANE/LRTOX), Service de recherche sur les effets biologiques et Sanitaires des rayonnements ionisants (IRSN/PSE-SANTE/SESANE), Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)-Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biochimie des Systèmes Perturbés (LBSP), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de radiotoxicologie et radiobiologie expérimentale (LRTOX), and Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Published
2009

42. Alterations of red blood cell metabolome in overhydrated hereditary stomatocytosis.

Author

Darghouth, D., Koehl, B., Heilier, J.F., Madalinski, G., Bovee, P.H., Bosman, G.J.C.G.M., Delaunay, J., Junot, C., Romeo, P.H., Darghouth, D., Koehl, B., Heilier, J.F., Madalinski, G., Bovee, P.H., Bosman, G.J.C.G.M., Delaunay, J., Junot, C., and Romeo, P.H.

Abstract

1 december 2011, Contains fulltext : 96618.pdf (publisher's version ) (Open Access), Overhydrated hereditary stomatocytosis, clinically characterized by hemolytic anemia, is a rare disorder of the erythrocyte membrane permeability to monovalent cations, associated with mutations in the Rh-associated glycoprotein gene. We assessed the red blood cell metabolome of 4 patients with this disorder and showed recurrent metabolic abnormalities associated with this disease but not due to the diminished half-life of their erythrocytes. Glycolysis is exhausted with accumulation of ADP, pyruvate, lactate, and malate. Ascorbate metabolic pathway is altered probably due to a limited entry of dehydroascorbate. Although no major oxydative stress has been reported in patients with overhydrated hereditary stomatocytosis, we found decreased amounts of oxydized glutathione, creatine and ergothioneine, suggesting transporter abnormalities and/or uncharacterized oxydative stress. These results pinpoint major metabolic defects of overhydrated hereditary stomatocytosis erythrocytes and emphasize the relevance of red blood cell metabolomics for a better understanding of the pathophysiological bases of hemolytic anemia associated with erythrocyte abnormalities.

Published
2011

43. Pathophysiology of sickle cell disease is mirrored by the red blood cell metabolome.

Author

Darghouth, D., Koehl, B., Madalinski, G., Heilier, J.F., Bovee-Geurts, P.H.M., Xu, Y., Olivier, M.F., Bartolucci, P., Benkerrou, M., Pissard, S., Colin, Y., Galacteros, F., Bosman, G.J.C.G.M., Junot, C., Romeo, P.H., Darghouth, D., Koehl, B., Madalinski, G., Heilier, J.F., Bovee-Geurts, P.H.M., Xu, Y., Olivier, M.F., Bartolucci, P., Benkerrou, M., Pissard, S., Colin, Y., Galacteros, F., Bosman, G.J.C.G.M., Junot, C., and Romeo, P.H.

Abstract

Contains fulltext : 96181.pdf (Publisher’s version ) (Open Access), Emerging metabolomic tools can now be used to establish metabolic signatures of specialized circulating hematopoietic cells in physiologic or pathologic conditions and in human hematologic diseases. To determine metabolomes of normal and sickle cell erythrocytes, we used an extraction method of erythrocytes metabolites coupled with a liquid chromatography-mass spectrometry-based metabolite profiling method. Comparison of these 2 metabolomes identified major changes in metabolites produced by (1) endogenous glycolysis characterized by accumulation of many glycolytic intermediates; (2) endogenous glutathione and ascorbate metabolisms characterized by accumulation of ascorbate metabolism intermediates, such as diketogulonic acid and decreased levels of both glutathione and glutathione disulfide; (3) membrane turnover, such as carnitine, or membrane transport characteristics, such as amino acids; and (4) exogenous arginine and NO metabolisms, such as spermine, spermidine, or citrulline. Finally, metabolomic analysis of young and old normal red blood cells indicates metabolites whose levels are directly related to sickle cell disease. These results show the relevance of metabolic profiling for the follow-up of sickle cell patients or other red blood cell diseases and pinpoint the importance of metabolomics to further depict the pathophysiology of human hematologic diseases.

Published
2011

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