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1. A 'love match' score to compare root exudate attraction and feeding of the plant growth-promoting rhizobacteria Bacillus subtilis, Pseudomonas fluorescens, and Azospirillum brasilense

Author: Eulalie Fourneau, Mélissa Pannier, Wassila Riah, Emmanuelle Personeni, Annette Morvan-Bertrand, Josselin Bodilis, and Barbara Pawlak
Subjects: plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR), root exudates, rhizosphere microbiota, chemotaxis, bacterial growth, Bacillus subtilis, Microbiology, QR1-502
Abstract: IntroductionThe rhizosphere is the zone of soil surrounding plant roots that is directly influenced by root exudates released by the plant, which select soil microorganisms. The resulting rhizosphere microbiota plays a key role in plant health and development by enhancing its nutrition or immune response and protecting it from biotic or abiotic stresses. In particular, plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) are beneficial members of this microbiota that represent a great hope for agroecology, since they could be used as bioinoculants for sustainable crop production. Therefore, it is necessary to decipher the molecular dialog between roots and PGPR in order to promote the establishment of bioinoculants in the rhizosphere, which is required for their beneficial functions.MethodsHere, the ability of root exudates from rapeseed (Brassica napus), pea (Pisum sativum), and ryegrass (Lolium perenne) to attract and feed three PGPR (Bacillus subtilis, Pseudomonas fluorescens, and Azospirillum brasilense) was measured and compared, as these responses are directly involved in the establishment of the rhizosphere microbiota.ResultsOur results showed that root exudates differentially attracted and fed the three PGPR. For all beneficial bacteria, rapeseed exudates were the most attractive and induced the fastest growth, while pea exudates allowed the highest biomass production. The performance of ryegrass exudates was generally lower, and variable responses were observed between bacteria. In addition, P. fluorescens and A. brasilense appeared to respond more efficiently to root exudates than B. subtilis. Finally, we proposed to evaluate the compatibility of each plant–PGPR couple by assigning them a “love match” score, which reflects the ability of root exudates to enhance bacterial rhizocompetence.DiscussionTaken together, our results provide new insights into the specific selection of PGPR by the plant through their root exudates and may help to select the most effective exudates to promote bioinoculant establishment in the rhizosphere.
Published: 2024
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2. Comparative Genomics of Environmental and Clinical Burkholderia cenocepacia Strains Closely Related to the Highly Transmissible Epidemic ET12 Lineage

Author: Josselin Bodilis, Elodie Denet, Elisabeth Brothier, Arnault Graindorge, Sabine Favre-Bonté, and Sylvie Nazaret
Subjects: Burkholderia cenocepacia, Burkina Faso, virulence factors, RND pumps, prophages, antibiotic resistance, Microbiology, QR1-502
Abstract: The Burkholderia cenocepacia epidemic ET12 lineage belongs to the genomovar IIIA including the reference strain J2315, a highly transmissible epidemic B. cenocepacia lineage. Members of this lineage are able to cause lung infections in immunocompromised and cystic fibrosis patients. In this study, we describe the genome of F01, an environmental B. cenocepacia strain isolated from soil in Burkina Faso that is, to our knowledge, the most closely related strain to this epidemic lineage. A comparative genomic analysis was performed on this new isolate, in association with five clinical and one environmental B. cenocepacia strains whose genomes were previously sequenced. Antibiotic resistances, virulence phenotype, and genomic contents were compared and discussed with an emphasis on virulent and antibiotic determinants. Surprisingly, no significant differences in antibiotic resistance and virulence were found between clinical and environmental strains, while the most important genomic differences were related to the number of prophages identified in their genomes. The ET12 lineage strains showed a noticeable greater number of prophages (partial or full-length), especially compared to the phylogenetically related environmental F01 strain (i.e., 5–6 and 3 prophages, respectively). Data obtained suggest possible involvements of prophages in the clinical success of opportunistic pathogens.
Published: 2018
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3. Variable copy number, intra-genomic heterogeneities and lateral transfers of the 16S rRNA gene in Pseudomonas.

Author: Josselin Bodilis, Sandrine Nsigue-Meilo, Ludovic Besaury, and Laurent Quillet
Subjects: Medicine, Science
Abstract: Even though the 16S rRNA gene is the most commonly used taxonomic marker in microbial ecology, its poor resolution is still not fully understood at the intra-genus level. In this work, the number of rRNA gene operons, intra-genomic heterogeneities and lateral transfers were investigated at a fine-scale resolution, throughout the Pseudomonas genus. In addition to nineteen sequenced Pseudomonas strains, we determined the 16S rRNA copy number in four other Pseudomonas strains by Southern hybridization and Pulsed-Field Gel Electrophoresis, and studied the intra-genomic heterogeneities by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis and sequencing. Although the variable copy number (from four to seven) seems to be correlated with the evolutionary distance, some close strains in the P. fluorescens lineage showed a different number of 16S rRNA genes, whereas all the strains in the P. aeruginosa lineage displayed the same number of genes (four copies). Further study of the intra-genomic heterogeneities revealed that most of the Pseudomonas strains (15 out of 19 strains) had at least two different 16S rRNA alleles. A great difference (5 or 19 nucleotides, essentially grouped near the V1 hypervariable region) was observed only in two sequenced strains. In one of our strains studied (MFY30 strain), we found a difference of 12 nucleotides (grouped in the V3 hypervariable region) between copies of the 16S rRNA gene. Finally, occurrence of partial lateral transfers of the 16S rRNA gene was further investigated in 1803 full-length sequences of Pseudomonas available in the databases. Remarkably, we found that the two most variable regions (the V1 and V3 hypervariable regions) had probably been laterally transferred from another evolutionary distant Pseudomonas strain for at least 48.3 and 41.6% of the 16S rRNA sequences, respectively. In conclusion, we strongly recommend removing these regions of the 16S rRNA gene during the intra-genus diversity studies.
Published: 2012
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4. Antibiotic resistance patterns of Pseudomonas spp. isolated from faecal wastes in the environment and contaminated surface water

Author: Naouel Chaftar, Josselin Bodilis, Sylvaine Buquet, Mathilde Camiade, Barbara Pawlak, Wassila Riah-Anglet, Johan Gardères, Angela Flores Ribeiro, Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Agro-écologie, Hydrogéochimie, Milieux et Ressources (AGHYLE), UniLaSalle, Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), and Region of Normandy (France)Research Federation Normandie-Vegetal (FED 4277) (France)French Ministry of Agriculture and FoodFrench Water Agency Seine-Normandie (France)La Communaute d'Agglomeration Havraise (France)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, medicine.drug_class, Tetracycline, Polymyxin, efflux pumps, Antibiotics, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, faecal contamination, Integrons, 03 medical and health sciences, Feces, Antibiotic resistance, Plasmid, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Pseudomonas, medicine, Animals, Humans, antibiotic-resistant Pseudomonas spp, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], horizontal transfer, Ecosystem, 0105 earth and related environmental sciences, environmental resistome, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Ecology, biology, class 1 and 2 integrons, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Drug Resistance, Microbial, biology.organism_classification, Resistome, Anti-Bacterial Agents, 030104 developmental biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cattle, Efflux, Water Microbiology, medicine.drug, Plasmids
Abstract: The Pseudomonas genus, which includes environmental and pathogenic species, is known to present antibiotic resistances, and can receive resistance genes from multi-resistant enteric bacteria released into the environment via faecal rejects. This study was aimed to investigate the resistome of Pseudomonas populations that have been in contact with these faecal bacteria. Thus, faecal discharges originating from human or cattle were sampled (from 12 points and two sampling campaigns) and 41 Pseudomonas species identified (316 isolates studied). The resistance phenotype to 25 antibiotics was determined in all isolates, and we propose a specific antibiotic resistance pattern for 14 species (from 2 to 9 resistances). None showed resistance to aminoglycosides, tetracycline, or polymyxins. Four species carried a very low number of resistances, with none to β-lactams. Interestingly, we observed the absence of the transcriptional activator soxR gene in these four species. No plasmid transfer was highlighted by conjugation assays, and a few class 1 but no class 2 integrons were detected in strains that may have received resistance genes from Enterobacteria. These results imply that the contribution of the Pseudomonas genus to the resistome of an ecosystem first depends on the structure of the Pseudomonas populations, as they may have very different resistance profiles.
Published: 2019
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5. Alternative techniques to HPCD to evaluate the bioaccessible fraction of soil-associated PAHs and correlation to biodegradation efficiency

Author: Marc Crampon, Josselin Bodilis, F. Le Derf, Florence Portet-Koltalo, Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), UMR Ecol Ecol Microbienne 555, Université de Lyon, Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Environmental Engineering, Health, Toxicology and Mutagenesis, 0211 other engineering and technologies, Bioaccessibility, Fraction (chemistry), 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Soil Pollutants, [CHIM]Chemical Sciences, Environmental Chemistry, Organic matter, Waste Management and Disposal, Soil Microbiology, 0105 earth and related environmental sciences, chemistry.chemical_classification, Cyclodextrins, 021110 strategic, defence & security studies, Aqueous solution, Chemistry, beta-Cyclodextrins, Sorption, 15. Life on land, Biodegradation, Pollution, Polycyclic aromatic hydrocarbons, 6. Clean water, 2-Hydroxypropyl-beta-cyclodextrin, Partition coefficient, Biodegradation, Environmental, Soil geosorbents, Environmental chemistry, Soil water, Microcosm
Abstract: International audience; The total amount of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in soils, given by exhaustive chemical extractions, does not relate directly to environmental risk, since only a fraction may be accessible to soil organisms. The rapid PAH desorbing fraction (Frap), which is weakly and reversibly sorbed to soils, is called the bioaccessible fraction, and can be estimated by non-exhaustive aqueous extractions. In order to better estimate Frap, different mild-extractants were tested, such as various cyclodextrins, surfactants and butanol. Their extractability performances were correlated to the Kd partition coefficients of seven PAHs obtained through sorption isotherms from five soils, but also to the PAHs molecular size and to the amounts of organic matter and of some clays (smectites and kaolinites). If hydroxypropyl-β-cyclodextrin was actually a good extractant to assess PAH accessibility, the polymer of carboxymethyl-β-cyclodextrin (pCMCD) was better (with a lower cost) to estimate the rapid mass transfer between soil particles and the soil solution, depending also on soil ageing. But Frap, estimated through pCMCD extractions, did not reflect the biodegradation of the PAHs after three months in soil microcosms. The chemical method underestimated the dissipation of 3–4 ring PAHs and overestimated that of 5–6 ring PAHs. So biodegradation was not only limited by PAHs mass-transfer, but also by biological factors, favoring the access of microorganisms to residual strongly sorbed fractions of 3–4 ring PAHs, and inhibiting the degradation of accessible but highly toxic 5–6 ring PAHs.
Published: 2016
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6. Structure, function and regulation of Pseudomonas aeruginosa porins

Author: Alain Dufour, Sylvie Chevalier, Olivier Maillot, Nicole Orange, Olivier Lesouhaitier, Josselin Bodilis, Pierre Cornelis, Marc G. J. Feuilloley, Emeline Bouffartigues, Department of Bio-engineering Sciences, Vriendenkring VUB, Microbiology, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)
Subjects: 0301 basic medicine, Protein Conformation, 030106 microbiology, Virulence, Porins, Review, medicine.disease_cause, Microbiology, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, medicine, Journal Article, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, biology, Pseudomonas aeruginosa, Research Support, Non-U.S. Gov't, Pseudomonas, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, Porin, bacteria, Bacterial outer membrane, Bacteria, Function (biology)
Abstract: Pseudomonas aeruginosa is a Gram-negative bacterium belonging to the γ-proteobacteria. Like other members of the Pseudomonas genus, it is known for its metabolic versatility and its ability to colonize a wide range of ecological niches, such as rhizosphere, water environments and animal hosts, including humans where it can cause severe infections. Another particularity of P. aeruginosa is its high intrinsic resistance to antiseptics and antibiotics, which is partly due to its low outer membrane permeability. In contrast to Enterobacteria, pseudomonads do not possess general diffusion porins in their outer membrane, but rather express specific channel proteins for the uptake of different nutrients. The major outer membrane 'porin', OprF, has been extensively investigated, and displays structural, adhesion and signaling functions while its role in the diffusion of nutrients is still under discussion. Other porins include OprB and OprB2 for the diffusion of glucose, the two small outer membrane proteins OprG and OprH, and the two porins involved in phosphate/pyrophosphate uptake, OprP and OprO. The remaining nineteen porins belong to the so-called OprD (Occ) family, which is further split into two subfamilies termed OccD (8 members) and OccK (11 members). In the past years, a large amount of information concerning the structure, function and regulation of these porins has been published, justifying why an updated review is timely.
Published: 2017
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7. Conjugative multiple-antibiotic resistance plasmids in Escherichia coli isolated from environmental waters contaminated by human faecal wastes

Author: Josselin Bodilis, A. Flores Ribeiro, Barbara Pawlak, E. Laroche-Ajzenberg, N. Chaftar, Sylvaine Buquet, and W. Riah
Subjects: Pseudomonas fluorescens, Integron, medicine.disease_cause, Applied Microbiology and Biotechnology, Integrons, Microbiology, Feces, Plasmid, Antibiotic resistance, Drug Resistance, Multiple, Bacterial, Escherichia coli, medicine, Humans, biology, Host (biology), General Medicine, Contamination, biology.organism_classification, Conjugation, Genetic, Horizontal gene transfer, biology.protein, Aeromonas, Transformation, Bacterial, Water Microbiology, Plasmids, Biotechnology
Abstract: Aims To better understand the involvement of faecal contamination in the dissemination of antibiotic resistance genes, we investigated the genetic supports of resistances in nine multi-resistant Escherichia coli strains originating from human faecal contamination, and isolated from three different aquatic environments used for producing drinking water. Methods and Results Seven strains harboured at least one large plasmid that we have characterized (size, antibiotic resistance patterns, incompatibility group, capacity of autotransfer, presence of integron). Most of these plasmids were conjugative and carried numerous resistances. One of the plasmids studied, belonging to the IncP incompatibility group, was able to transfer by conjugation to Pseudomonas fluorescens and Aeromonas sp. Only two of the plasmids we studied carried class 1 and/or 2 integron(s). Conclusions Conjugative plasmids isolated from multi-resistant E. coli strains explained most of the resistances of their host strains and probably contribute to the spread of antibiotic resistance genes coming from human faecal contamination. Significance and Impact of the Study These results highlight the key role played by plasmids in the multi-resistance phenotype of faecal bacteria and the diversity of these genetic structures. Contaminated water, especially accidentally contaminated drinking water, could be a path back to humans for these plasmids.
Published: 2014
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8. Occurrence of multi-antibiotic resistant Pseudomonas spp. in drinking water produced from karstic hydrosystems

Author: Josselin Bodilis, Sylvaine Buquet, Angela Flores Ribeiro, Barbara Pawlak, Jean-Paul Dupont, Lise Alonso, and Marc G. J. Feuilloley
Subjects: Veterinary medicine, Environmental Engineering, biology, Drinking Water, Pseudomonas, Pseudomonas fluorescens, biology.organism_classification, Pollution, Pseudomonas putida, Microbiology, Wastewater, Tap water, Ticarcillin, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Environmental Chemistry, Turbidity, Water Microbiology, Groundwater, Waste Management and Disposal, Surface water, medicine.drug
Abstract: Aquatic environments could play a role in the spread of antibiotic resistance genes by enabling antibiotic-resistant bacteria transferred through wastewater inputs to connect with autochthonous bacteria. Consequently, drinking water could be a potential pathway to humans and animals for antibiotic resistance genes. The aim of this study was to investigate occurrences of Escherichia coli and Pseudomonas spp. in drinking water produced from a karst, a vulnerable aquifer with frequent increases in water turbidity after rainfall events and run-offs. Water samples were collected throughout the system from the karstic springs to the drinking water tap during three non-turbid periods and two turbid events. E. coli densities in the springs were 10- to 1000-fold higher during the turbid events than during the non-turbid periods, indicating that, with increased turbidity, surface water had entered the karstic system and contaminated the spring water. However, no E. coli were isolated in the drinking water. In contrast, Pseudomonas spp. were isolated from the drinking water only during turbid events, while the densities in the springs were from 10- to 100-fold higher than in the non-turbid periods. All the 580 Pseudomonas spp. isolates obtained from the sampling periods were resistant (to between 1 and 10 antibiotics), with similar resistance patterns. Among all the Pseudomonas isolated throughout the drinking water production system, between 32% and 86% carried the major resistance pattern: ticarcillin, ticarcillin-clavulanic acid, cefsulodin, and/or aztreonam, and/or sulfamethoxazol-trimethoprim, and/or fosfomycin. Finally, 8 Pseudomonas spp. isolates, related to the Pseudomonas putida and Pseudomonas fluorescens species, were isolated from the drinking water. Thus, Pseudomonas could be involved in the dissemination of antibiotic resistance via drinking water during critical periods.
Published: 2014
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9. Low impact of phenanthrene dissipation on the bacterial community in grassland soil

Author: Laurent Quillet, Maïté Niepceron, Fabrice Martin-Laurent, Florence Portet-Koltalo, Josselin Bodilis, Jérémie Béguet, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie (ADEME), Region Haute Normandie (via RESSOLV project), Region Haute Normandie (via ALTERAGRO project), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement ( LMSM ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Chimie Organique et Bioorganique : Reactivité et Analyse ( COBRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Chimie Organique Fine ( IRCOF ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie ( INSA Rouen Normandie ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: DNA, Bacterial, Firmicutes, Health, Toxicology and Mutagenesis, Polycyclic aromatic hydrocarbon, 010501 environmental sciences, Poaceae, 01 natural sciences, Dioxygenases, Actinobacteria, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Bacterial Proteins, [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, RNA, Ribosomal, 16S, Botany, Soil Pollutants, Environmental Chemistry, Gemmatimonadetes, Soil Microbiology, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Bacteria, biology, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Soil classification, General Medicine, Phenanthrenes, 15. Life on land, Phenanthrene, biology.organism_classification, Pollution, Soil contamination, qPCR, chemistry, 13. Climate action, A-RISA, Acidobacteria
Abstract: International audience; The effect of phenanthrene on the bacterial community was studied on permanent grassland soil historically presenting low contamination (i.e. less than 1 mg kg(-1)) by polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). Microcosms of soil were spiked with phenanthrene at 300 mg kg(-1). After 30 days of incubation, the phenanthrene concentration decreased rapidly until its total dissipation within 90 days. During this incubation period, significant changes of the total bacterial community diversity were observed, as assessed by automated-ribosomal intergenic spacer analysis fingerprinting. In order to get a deeper view of the effect of phenanthrene on the bacterial community, the abundances of ten phyla and classes (Actinobacteria, Acidobacteria, Bacteroidetes, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Verrucomicrobiales, Gemmatimonadetes, and Planctomycetes) were monitored by quantitative polymerase chain reaction performed on soil DNA extracts. Interestingly, abundances of some bacterial taxa significantly changed as compared with controls. Moreover, among these bacterial groups impacted by phenanthrene spiking, some of them presented the potential of phenanthrene degradation, as assessed by PAH-ring hydroxylating dioxygenase (PAH-RHDα) gene detection. However, neither the abundance nor the diversity of the PAH-RHDα genes was significantly impacted by phenanthrene spiking, highlighting the low impact of this organic contaminant on the functional bacterial diversities in grassland soil.
Published: 2013
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10. Identification of a metagenomic gene cluster containing a new class A beta‐lactamase and toxin‐antitoxin systems

Author: Pierre Cornelis, Laurence Van Melderen, Josselin Bodilis, Ken Vercammen, Nathalie Goeders, Tamara Garcia-Armisen, Microbiology, and Department of Bio-engineering Sciences
Subjects: Transposable element, Antibiotic resistance, Bacterial Toxins, Molecular Sequence Data, Restriction Mapping, Biology, Microbiology, beta-Lactam Resistance, beta-Lactamases, Restriction map, Belgium, Rivers, Gene cluster, Escherichia coli, Antibiotic resistance, metagenomic DNA, toxin-anti, Cloning, Molecular, metagenomic DNA, Gene, Original Research, Genetics, Inverse polymerase chain reaction, toxin–antitoxin systems, Sequence Analysis, DNA, β-lactamase, Toxin-antitoxin systems, Metagenomic DNA, Molecular biology, Fosmid, Mutagenesis, Insertional, Open reading frame, Multigene Family, DNA Transposable Elements, Metagenome, Transposon mutagenesis, Metagenomics, Microbiologie et protistologie [bacteriol.virolog.mycolog.]
Abstract: Several reports mention the presence of antibiotic resistance genes in natural and polluted environments, but many studies are based on their detection via polymerase chain reaction (PCR amplification of known genes and not on an activity screening. We constructed a metagenomic fosmid bank from DNA isolated from a polluted river in Brussels, Belgium, the Zenne. A total of 120,000 clones were pooled and plated directly on solid media containing different antibiotics. Several clones were isolated which could grow in the presence of ampicillin. The DNA from several clones was extracted and subjected to restriction analysis and, based on their restriction pattern, two different clones were found. One of the clones was selected for further study as it showed a higher level of resistance to different β-lactams antibiotics (ticarcilline and ceftazidime). To find out which gene is responsible for the resistance, an in vitro transposon mutagenesis was performed and clones having lost the resistance phenotype were analyzed via inverse PCR amplification. Several clones had an insert in a gene encoding a new type of β-lactamase. The amplified fosmid DNA was fully sequenced revealing an insert of 41 kb containing 39 open reading frames (ORFs). Transposon insertions inactivating the resistance to β-lactams were also found in the ORF upstream of the blaA gene, encoding an aminotransferase, suggesting a polar effect on the transcription of the gene downstream. In addition, other genes were found such as histidine biosynthesis genes, which were found to be scattered on the insert, a relA/spoT gene, and genes belonging to type II toxin-antitoxin system. This predicted system was experimentally validated in Escherichia coli using an inducible expression system., Journal Article, Research Support, Non-U.S. Gov't, SCOPUS: ar.j, info:eu-repo/semantics/published
Published: 2013
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11. Abundance and diversity of copper resistance genes cusA and copA in microbial communities in relation to the impact of copper on Chilean marine sediments

Author: Josselin Bodilis, Fabien Delgas, Laurent Quillet, Ludovic Besaury, Rodrigo De la Iglesia, Santiago Andrade, Baghdad Ouddane, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Centro de Investigación Oceanográfica en el Pacífico Sur Oriental (COPAS), Universidad de Concepción - University of Concepcion [Chile], Laboratoire Avancé de Spectroscopie pour les Intéractions la Réactivité et l'Environnement - UMR 8516 (LASIRE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Concepción [Chile], and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centrale Lille Institut (CLIL)
Subjects: Geologic Sediments, Microorganism, Molecular Sequence Data, chemistry.chemical_element, Aquatic Science, Biology, Oceanography, Bacterial cell structure, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Abundance (ecology), Botany, 14. Life underwater, Chile, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Base Sequence, Resistance (ecology), 030306 microbiology, Genetic Variation, Membrane Transport Proteins, Sediment, Adaptation, Physiological, Pollution, Copper, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, chemistry, Genes, Bacterial, Molecular phylogenetics, Water Pollutants, Chemical, Environmental Monitoring
Abstract: Microorganisms have developed copper-resistance mechanisms in order to survive in contaminated environments. The abundance of the copper-resistance genes cusA and copA, encoding respectively for a Resistance Cell Nodulation protein and for a P-type ATP-ase pump, was assessed in copper and non-copper-impacted Chilean marine sediment cores by the use of molecular tools. We demonstrated that number of copA and cusA genes per bacterial cell was higher in the contaminated sediment, and that copA gene was more abundant than cusA gene in the impacted sediment. The molecular phylogeny of the two copper-resistance genes was studied and reveals an impact of copper on the genetic composition of copA and cusA genes.
Published: 2013
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12. Both Cycloclasticusâspp. and Pseudomonasâspp. as PAH-degrading bacteria in the Seine estuary (France)

Author: Josselin Bodilis, ChloÃ© Merlin, Anne Motelay-Massei, MaÃ¯tÃ© Niepceron, Florence Portet-Koltalo, and Sylvie Barray
Subjects: chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Ecology, biology, 030306 microbiology, Pseudomonas, Polycyclic aromatic hydrocarbon, Cycloclasticus, Phenanthrene, biology.organism_classification, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, chemistry, Environmental chemistry, Pyrene, 14. Life underwater, Microbial biodegradation, Microcosm, Temperature gradient gel electrophoresis, 030304 developmental biology
Abstract: Like other highly urbanized and industrialized estuaries, the Seine estuary (France) has, for decades, received high inputs of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). In order to estimate the bioremediation potentials and to identify the bacterial species involved in hydrocarbon degradation, we used microcosms containing seawater from the Seine estuary supplemented with either naphthalene, phenanthrene, fluorene or pyrene. In the microcosms enriched with naphthalene or phenanthrene, hydrocarbon biodegradation was significant within 9 weeks (43% or 46%, respectively), as shown by analyses in GC-MS. In similar microcosms incubated also with naphthalene or phenanthrene, analysis of the 16S rRNA gene sequences (DNA and cDNA) with denaturing gradient gel electrophoresis and clone libraries indicated that the PAH-degrading communities were dominated by Cycloclasticus spp., confirming their universal key role in degradation of low-molecular-weight PAHs in marine environments. However, in contrast to previous studies, we found that Pseudomonas spp. also degraded naphthalene and phenanthrene in seawater; this occurred only after 21 days, as was confirmed by real-time PCR. Although this genus has been abundantly described in the literature as a good PAH-degrading bacterial group in soil or in sediment, to our knowledge, this is the first evidence of a significant fitness in PAH degradation in seawater.
Published: 2010
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13. Soil bioindicators: how to select them in function of the site issues?

Author: Benjamin Pauget, Laurence Rougé, Antonio Bispo, Cécile Grand, Thierry Béguiristain, Jean-Jacques Bessoule, Josselin Bodilis, Rémi Chaussod, Nathalie Cheviron, Michael Coeurdassier, Jérôme Cortet, Steven Criquet, Samuel Dequiedt, Olivier Faure, Christophe Gangneux, Isabelle Gattin, Marina Le Guedard, Adnane Hitmi, Laurent, N., Marc Legras, Sylvie Nelieu, Ruiz, N., Salima Taïbi, Franck Vandenbulcke, Annette de Vaufleury, Cecile Villenave, Guenola Peres, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ingénierie Durable, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Ecole Nationale Supérieure des Mines (ENSM), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD Indonésie), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Génie Civil et géoEnvironnement LGCgE-Lille 1, Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Université Lille Nord de France (COMUE), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Rennes (UNIV-RENNES), ProdInra, Archive Ouverte, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Equipe Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Université de Lille, Sciences et Technologies, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes (UR), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), UMR CNRS 'Ecobio' 6553, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), Laboratoire de Biogenèse Membranaire, UMR 5200, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes ( ECOSYS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Laboratoire Chrono-environnement, UMR UFC/CNRS 6249, Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Supérieure des Mines ( ENSM ), ESITPA, Laboratoire de Biogénèse Membranaire UMR 5200, Université de Bordeaux Ségalen (Bordeaux 2), LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne ( PIAF ), Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD Indonésie ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Université Lille Nord de France, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, and Université de Rennes ( UNIV-RENNES )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Soil bioindicators: how to select them in function of the site issues?. 13th International AquaConSoil Conference
Published: 2015

14. Soil bioindicators: how soil properties influence their responses and to select them in function of the site issues?

Author: Benjamin Pauget, Laurence Rougé, Antonio Bispo, Cécile Grand, Thierry Béguiristain, Jean-Jacques Bessoule, Josselin Bodilis, Rémi Chaussod, Nathalie Cheviron, Michael Coeurdassier, Jérôme Cortet, Steven Criquet, Samuel Dequiedt, Olivier Faure, Christophe Gangneux, Isabelle Gattin, Marina Le Guedard, Adnane Hitmi, Laurent, N., Marc Legras, Sylvie Nelieu, Ruiz, N., Salima Taïbi, Franck Vandenbulcke, Annette De Vaufleury, Cécile Villenave, Guenola Peres, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes (UR), Ingénierie Durable, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Laboratoire de Génie Civil et Géo-Environnement (LGCgE) - ULR 4515 (LGCgE), Université d'Artois (UA)-Université de Lille-Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-JUNIA (JUNIA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Laboratoire Génie Civil et géo-Environnement (LGCgE) - EA 4515 (LGCgE), IMT Lille Douai, Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Lille-Université d'Artois (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 ( OSUR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ingénierie Durable, Rennes, France., ADEME, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie, Angers, France., Laboratoire de biogenèse membranaire ( LBM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Environnement et Agronomie ( E.A. ) -Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés ( PESSAC ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Esitpa, Mont Saint Aignan, France., LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Villenave d'Ornon, France., Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier ( PIAF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ), ESITPA, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles, Mont Saint Aignan, France., Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Nord] ), Université Lille Nord de France - Laboratoire Génie Civil et géoEnvironnement LGCgE-Lille 1, Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Villeneuve d'Ascq, France., Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes ( Eco&Sols ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université d'Artois (UA)-Université de Lille-IMT Lille Douai, and Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

15. Comparative genomics of environmental and clinical stenotrophomonas maltophiliaStrains with different antibiotic resistance profiles

Author: Daniel Muller, Sylvie Nazaret, Josselin Bodilis, Benjamin Youenou, Audrey Dubost, Sabine Favre-Bonté, Elisabeth Brothier, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Research Group on Environmental Multi-Resistance and Efflux Pump, Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique), French Environment and Energy Management Agency (ADEME), French 'Direction Generale de l'Armement' (DGA), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement ( LMSM ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)
Subjects: antibiotic resistance, Stenotrophomonas maltophilia, [SDV]Life Sciences [q-bio], résistance aux antibiotiques, phylogeny, stenotrophomonas, efflux pump, Microbiology, Antibiotic resistance, Bacterial Proteins, Genomic island, Drug Resistance, Bacterial, Genetics, Environmental Microbiology, phylogénie, Humans, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Comparative genomics, biology, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], génomique comparative, Membrane Transport Proteins, Fusaric Acid, Genomics, biology.organism_classification, 3. Good health, Multiple drug resistance, resistance to antibiotics, Horizontal gene transfer, ATP-Binding Cassette Transporters, Stenotrophomonas, Efflux, Genome, Bacterial, Research Article
Abstract: Stenotrophomonas maltophilia, a ubiquitous Gram-negative gamma-proteobacterium, has emerged as an important opportunistic pathogen responsible for nosocomial infections. A major characteristic of clinical isolates is their high intrinsic or acquired antibiotic resistance level. The aim of this study was to decipher the genetic determinism of antibiotic resistance among strains from different origins (i.e., natural environment and clinical origin) showing various antibiotic resistance profiles. To this purpose, we selected three strains isolated from soil collected in France or Burkina Faso that showed contrasting antibiotic resistance profiles. After whole-genome sequencing, the phylogenetic relationships of these 3 strains and 11 strains with available genome sequences were determined. Results showed that a strain's phylogeny did not match their origin or antibiotic resistance profiles. Numerous antibiotic resistance coding genes and efflux pump operons were revealed by the genome analysis, with 57% of the identified genes not previously described. No major variation in the antibiotic resistance gene content was observed between strains irrespective of their origin and antibiotic resistance profiles. Although environmental strains generally carry as many multidrug resistant (MDR) efflux pumps as clinical strains, the absence of resistance-nodulation-division (RND) pumps (i.e., SmeABC) previously described to be specific to S. maltophilia was revealed in two environmental strains (BurA1 and PierC1). Furthermore the genome analysis of the environmental MDR strain BurA1 showed the absence of SmeABC but the presence of another putative MDR RND efflux pump, named EbyCAB on a genomic island probably acquired through horizontal gene transfer.
Published: 2015
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16. Which bioindicators are suitable for soil quality monitoring and risk assessment ? From relevance study to transfer tool development

Author: Guenola Peres, Benjamin Pauget, Annette De Vaufleury, Michael Coeurdassier, Marina Leguedard, Jean-Jacques Bessoule, Samuel Dequiedt, Rémi Chaussod, Lionel Ranjard, Daniel Cluzeau, Muriel Guernion, Laurence Rougé, Mickael Hedde, Nathalie Cheviron, C Thoisy-Dur, J., Sylvie Nelieu, Christian Mougin, Isabelle Gattin, Christophe Gangneux, Laurent, N., Marc Legras, Karine Laval, Patrice Lepelletier, Salima Taïbi, Cecile Villenave, Olivier Faure, Jennifer Hellal, Jérôme Cortet, Thierry Beguiristain, Corinne Leyval, Josselin Bodilis, Steven Criquet, Adnane Hitmi, Nuria Ruiz, Franck Vandenbulcke, Cécile Grand, Laurence Galsomies, Antonio Bispo, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire de biogenèse membranaire ( LBM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Villenave d'Ornon, France., Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 ( OSUR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Ingénierie Durable, Rennes, France., UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Environnement et Agronomie ( E.A. ) -Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés ( PESSAC ), Esitpa, Mont Saint Aignan, France., ESITPA, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles, Mont Saint Aignan, France., Unite AgriTerr, Mont St Aignan, France., ESITPA, Ecole Superieure des Ingenieurs et Techniciens pour l'Agriculture, Mont Saint Aignan, France., Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes ( Eco&Sols ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), École des Mines de Saint-Étienne ( Mines Saint-Étienne MSE ), Institut Mines-Télécom [Paris], Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) ( BRGM ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Interactions Arbres-Microorganismes ( IAM ), Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), IUT de Clermont Ferrand, Institut Universitaire de Technologie de Clermont Ferrand - Laboratoire de PBV, Aurillac, France., Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Nord] ), USTL, Université des Sciences et Technologies (Lille 1) - Département Génie Biologique, Villeneuve d’Ascq, France., ADEME, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie, Angers, France., ADEME, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie, Angers, France, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Département Génie Biologique, Université de Lille, Sciences et Technologies, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Plateforme BIOCHEM-ENV, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; Introduction- Considering the few number of bioindicators available for soil risk assessment and soil characterization, a national research programme has been set up in France by the French Agency For Environment and Energy Management (ADEME) to develop indicators able to judge about soil degradation and/or remediation of its properties and functions. Objectives of this “BioIndicator programme” are to (i) develop and validate methods for measuring soil biodiversity and soil functions, (ii) test the sensibility and complementarity of the bioindicators for the characterization of different perturbations (contamination, modification of soil uses), iii) identify relevant bioindicators or endpoints for different purposes (ecological risk assessment, monitoring of soil quality..), iv) transfer the results to stakeholders (policy makers, farmers, research board) by providing suitable tools. Methods- 22 research teams are involved. 47 bioindicators are tested (microorganisms, fauna, flora) in a large panel of situations (47 situations including agricultural, industrial and forest sites) and sampled at the same moment by applying standardised sampling protocols. A common database allows the management of the high number of data (200.000). Results- Bioindicator programme initiates a first national benchmark i.e. baselines values for the different biological groups. It provides relevant tools (battery of bioindicators, biological index) adapted to different environmental targets such as i) evaluation of the impact of agricultural practices (crop rotations, reduced tillage, organic and pesticides management), ii) evaluation of the bioavailability of industrial contaminants, iii) evaluation of the biological state of contaminated soils in order to orientate their future use, iv) soil monitoring of biological state at large scale. Moreover, it provides communication tools, such as bioindicator technical sheets and web-interface addressed to stakeholders (http://ecobiosoil.univ-rennes1.fr/ADEME-Bioindicateur/). Conclusion- this10 years research programme, unique at the European Union scale, permits to improve the knowledge on soil biodiversity and its functioning, and provides tools to stakeholders for future soil management.
Published: 2014

17. Les indicateurs de l'état biologique des sols : Guide de sélection selon le type d’application et/ou la problématique

Author: Benjamin Pauget, Laurence Rougé, Guenola Peres, Antonio Bispo, Cécile Grand, Thierry Beguiristain, Jean-Jacques Bessoule, Josselin Bodilis, Rémi Chaussod, Nathalie Cheviron, Michael Coeurdassier, Jérôme Cortet, Stéven Criquet, Samuel Dequiedt, Olivier Faure, Christophe Gangneux, Isabelle Gattin, Marina Le Guédard, Adnane Hitmi, Laurent, N., Marc Legras, Sylvie Nelieu, Ruiz, N., Franck Vandenbulcke, Cécile Villenave, Annette De Vaufleury, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Ingénierie Durable, Rennes, France., Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Laboratoire de Génie Civil et Géo-Environnement (LGCgE) - ULR 4515 (LGCgE), Université d'Artois (UA)-Université de Lille-Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-JUNIA (JUNIA), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Laboratoire Génie Civil et géo-Environnement (LGCgE) - EA 4515 (LGCgE), IMT Lille Douai, Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Lille Douai (IMT Lille Douai), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Lille-Université d'Artois (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Université de Rennes (UR), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université d'Artois (UA)-Université de Lille-IMT Lille Douai, Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 ( OSUR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, ADEME, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie, Angers, France., Laboratoire de biogenèse membranaire ( LBM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Villenave d'Ornon, France, Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Environnement et Agronomie ( E.A. ) -Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés ( PESSAC ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), École des Mines de Saint-Étienne ( Mines Saint-Étienne MSE ), Institut Mines-Télécom [Paris], Esitpa, Mont Saint Aignan, France., LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Villenave d'Ornon, France., Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier ( PIAF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ), ESITPA, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles, Mont Saint Aignan, France., Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Nord] ), Université Lille Nord de France - Laboratoire Génie Civil et géoEnvironnement LGCgE-Lille 1, Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Villeneuve d'Ascq, France., Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes ( Eco&Sols ), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro )
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

18. Quels bioindicateurs et biomarqueurs utiliser pour la surveillance de la qualité des sols et l’évaluation des risques environnementaux?

Author: Guenola Peres, Benjamin Pauget, Thierry Beguiristain, Jean-Jacques Bessoule, Josselin Bodilis, Rémi Chaussod, Daniel Cluzeau, Nathalie Cheviron, Michael Coeurdassier, Jérôme Cortet, Steven Criquet, Samuel Dequiedt, Annette De Vaufleury, Faure, A., Christophe Gangneux, Isabelle Gattin, Mickael Hedde, Adnane Hitmi, Marc Legras, Marina Leguedard, Patrice Lepelletier, Christian Mougin, Sylvie Nelieu, Stéphane Ponton, Lionel Ranjard, Laurence Rougé, Salima Taibi, Franck Vandenbulcke, Cecile Villenave, Laurence Galsomies, Cécile Grand, Antonio Bispo, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LEB Aquitaine Transfert-ADERA, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), UR 0251 Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Santé des plantes et environnement (S.P.E.)-Environnement et Agronomie (E.A.)-Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés (PESSAC), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), ENS des Mines de St-Etienne, Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Laboratoire de PBV, Institut Universitaire de Technologie de Clermont Ferrand, Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Ingénierie Durable, Equipe Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Université de Lille, Sciences et Technologies, Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Elisol Environnement, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Association Française pour l'Etude du Sol (AFES). FRA., Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire Génie Civil et géoEnvironnement LGCgE-Lille 1, Ecologie Numérique et Ecotoxicologie, Université Lille Nord de France (COMUE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Rennes (UR), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne (ENSM ST-ETIENNE), Sol Agro et hydrosystème Spatialisation ( SAS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire de biogenèse membranaire ( LBM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Santé des plantes et environnement ( S.P.E. ) -Environnement et Agronomie ( E.A. ) -Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés ( PESSAC ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive ( CEFE ), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ), ESITPA, Ecole Nationale d'Ingénieurs des Techniques Agricoles ( ESITPA ), Ecole Superieure des Ingenieurs et Techniciens pour l'Agriculture ( ESITPA ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Université Lille Nord de France, Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes ( Eco&Sols ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2014

19. Analysis of the draft genome of Pseudomonas fluorescens ATCC17400 indicates a capacity to take up iron from a wide range of sources, including different exogenous pyoverdines

Author: Falk Hildebrand, Lumeng Ye, Jeroen Raes, Pierre Cornelis, Sandra Matthijs, Josselin Bodilis, and Department of Bio-engineering Sciences
Subjects: Siderophore, Iron, Siderophores, Pseudomonas fluorescens, medicine.disease_cause, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Microbiology, Biomaterials, chemistry.chemical_compound, Pythium debaryanum, Bacterial Proteins, Sigma factor, medicine, Receptor, Phylogeny, Pyoverdine, biology, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas, Metals and Alloys, Chromosome Mapping, Membrane Proteins, Biological Transport, biology.organism_classification, chemistry, Biochemistry, pseudomonas, putida, fluorescens, General Agricultural and Biological Sciences, Oligopeptides, Genome, Bacterial
Abstract: All fluorescent pseudomonads (Pseudomonas aeruginosa, P. putida, P. fluorescens, P. syringae and others) are known to produce the high-affinity peptidic yellow-green fluorescent siderophore pyoverdine. These siderophores have peptide chains that are quite diverse and more than 50 pyoverdine structures have been elucidated. In the majority of the cases, a Pseudomonas species is also able to produce a second siderophore of lower affinity for iron. Pseudomonas fluorescens ATCC 17400 has been shown to produce a unique second siderophore, (thio)quinolobactin, which has an antimicrobial activity against the phytopathogenic Oomycete Pythium debaryanum. We show that this strain has the capacity to utilize 16 different pyoverdines, suggesting the presence of several ferripyoverdine receptors. Analysis of the draft genome of P. fluorescens ATCC 17400 confirmed the presence of 55 TonB-dependent receptors, the largest so far for Pseudomonas, among which 15 are predicted to be ferripyoverdine receptors (Fpv). Phylogenetic analysis revealed the presence of two different clades containing ferripyoverdine receptors, with sequences similar to the P. aeruginosa type II FpvA forming a separate cluster. Among the other receptors we confirmed the presence of the QbsI (thio)quinolobactin receptor, an ferri-achromobactin and an ornicorrugatin receptor, several catecholate and four putative heme receptors. Twenty five of the receptors genes were found to be associated with genes encoding extracytoplasmic sigma factors (ECF σ) and transmembrane anti-σ sensors.
Published: 2014

20. Real-time PCR for quantification in soil of glycoside hydrolase family 6 cellulase genes

Author: Josselin Bodilis, C. Mchergui, L. Besaury, Fabrice Bureau, I. Gattin, C. Merlin, Maïté Niepceron, W. Riah, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, and Partenaires INRAE
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Cellulase, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Sensitivity and Specificity, Applied Microbiology and Biotechnology, soil, Fungal Proteins, Cell wall, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, glycoside hydrolase family 6, Bacterial Proteins, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Glycoside hydrolase, Organic matter, Environmental DNA, Food science, quantitative real-time PCR, Cellulose, Phylogeny, Soil Microbiology, DNA Primers, 030304 developmental biology, organic matter, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, cellulase, Bacteria, biology, 030306 microbiology, Soil organic matter, Fungi, Sequence Analysis, DNA, Reference Standards, 15. Life on land, chemistry, [SDE]Environmental Sciences, biology.protein, Energy source
Abstract: UNLABELLED Cellulose is the main structural component of the cell walls of higher plants, representing c. 35-50% of a plant's dry weight; after decomposition and transformation, and constituting a large part of soil organic matter. Telluric micro-organisms able to use cellulose as carbon and energy sources for growth are widely distributed in the environment, but the factors controlling the rate of cellulose degradation are not well understood. In this study, we have developed a quantitative real-time PCR (qPCR) primer set to quantify the glycoside hydrolase family 6 (GH6 family) cellulase genes in soil samples. The qPCR assays were linear over 8 orders of magnitude and sensitive down to 10 copies per assay. qPCR analysis of contrasted soil samples showed densities between 2·47 × 10(7) and 1·48 × 10(10) copies per gram of soil. Cloning and sequencing of the PCR products from environmental DNA confirmed both specific amplification (more than 96%) and the wide diversity targeted by the primer set, throughout nearly all the GH6 family, including sequences of bacteria and fungi. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY Telluric micro-organisms able to use cellulose as carbon and energy sources for growth are widely distributed in the environment, but the factors controlling the rate of cellulose degradation are not well understood. The objective of our study was to develop a qPCR for rapid quantification of GH6 cellulase genes in soil. This qPCR could be applied to study the potential for cellulose degradation in different soils in order to better understand the factors controlling the stability of the soil organic matter.
Published: 2014
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21. Correlations between PAH bioavailability, degrading bacteria, and soil characteristics during PAH biodegradation in five diffusely contaminated dissimilar soils

Author: Marc Crampon, Fabrice Bureau, Josselin Bodilis, Nadine Machour, F. Le Derf, Florence Portet-Koltalo, Marthe Akpa-Vinceslas, Laboratoire de Biochimie A, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Chimie, Ingénierie Moléculaire et Matériaux d'Angers (CIMMA), Université d'Angers (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Time Factors, Health, Toxicology and Mutagenesis, Microorganism, Biological Availability, Soil, chemistry.chemical_compound, Species Specificity, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Soil pH, polycyclic compounds, Soil Pollutants, Environmental Chemistry, [CHIM]Chemical Sciences, Organic matter, Polycyclic Aromatic Hydrocarbons, Soil Microbiology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, Cyclodextrins, Principal Component Analysis, Bacteria, Chemistry, Fungi, food and beverages, Sorption, General Medicine, 15. Life on land, Biodegradation, Pollution, 6. Clean water, Bioavailability, Biodegradation, Environmental, 13. Climate action, Environmental chemistry, Soil water, [SDE]Environmental Sciences, Pyrene, France
Abstract: The natural biodegradation of seven polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) by native microorganisms was studied in five soils from Normandy (France) from diffusely polluted areas, which can also pose a problem in terms of surfaces and amounts of contaminated soils. Bioavailability tests using cyclodextrin-based extractions were performed. The natural degradation of low molecular weight (LMW) PAHs was not strongly correlated to their bioavailability due to their sorption to geosorbents. Conversely, the very low degradation of high molecular weight (HMW) PAHs was partly correlated to their poor availability, due to their sorption on complexes of organic matter and kaolinites or smectites. A principal component analysis allowed us to distinguish between the respective degradation behaviors of LMW and HMW PAHs. LMW PAHs were degraded in less than 2-3 months and were strongly influenced by the relative percentage of phenanthrene-degrading bacteria over total bacteria in soils. HMW PAHs were not significantly degraded, not only because they were less bioavailable but also because of a lack of degrading microorganisms. Benzo[a]pyrene stood apart since it was partly degraded in acidic soils, probably because of a catabolic cooperation between bacteria and fungi.
Published: 2014
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22. Fine-scale recombination and adaptive radiation could be linked

Author: Josselin Bodilis
Subjects: Ecological niche, Genetics, Recombination, Genetic, Lineage (evolution), Pseudomonas fluorescens, General Medicine, Biology, biology.organism_classification, Bacterial Proteins, Adaptive radiation, Pseudomonas, Surface protein, Gene, Recombination, Phylogeny
Abstract: The difficult reconstruction of the evolutionary history of the major surface protein gene oprF highlighted an adaptive radiation in the Pseudomonas fluorescens group. The recent work of Hao (2013) showed that partial recombination events in oprF gene occurred specifically in a P. fluorescens lineage under ecological niche segregation. So, I suggest that identification of lineage-specific fine-scale recombination may be a way to detect putative adaptive radiation in bacteria.
Published: 2013

23. GammaProteobacteria as a potential bioindicator of a multiple contamination by polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in agricultural soils

Author: Maïté Niepceron, Josselin Bodilis, Marthe Akpa-Vinceslas, Fabrice Martin-Laurent, Marc Legras, Fabrice Bureau, Florence Portet-Koltalo, Marc Crampon, David Bru, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Chimie Organique et Bioorganique : Réactivité et Analyse (COBRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche en agro-écologie des territoires (AGRI'TERR ), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Étude et compréhension de la biodiversité (ECODIV), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Organique Fine (IRCOF), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie (ADEME), Region Haute Normandie (via RESSOLV project), Region Haute Normandie (via ALTERAGRO project), Morphodynamique Continentale et Côtière ( M2C ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Chimie Organique et Bioorganique : Reactivité et Analyse ( COBRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Chimie Organique Fine ( IRCOF ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie ( INSA Rouen Normandie ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Agri'Terr Unit, ESITPA, Etude et compréhension de la biodiversité ( ECODIV ), and Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU )
Subjects: Health, Toxicology and Mutagenesis, Polycyclic aromatic hydrocarbon, 010501 environmental sciences, Toxicology, 01 natural sciences, Agricultural soil, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Soil, [ CHIM.ORGA ] Chemical Sciences/Organic chemistry, Pseudomonas, Gammaproteobacteria, Soil Pollutants, Polycyclic Aromatic Hydrocarbons, Soil Microbiology, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Persistent organic pollutant, biology, Chemistry, Ecology, Bioindicator, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, Agriculture, General Medicine, Phenanthrene, Contamination, biology.organism_classification, Pollution, Soil contamination, qPCR, 13. Climate action, Environmental chemistry, Microcosm, Environmental Monitoring
Abstract: International audience; The impact of a multiple contamination by polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) was studied on permanent grassland soil, historically presenting low contamination (i.e. less than 1 mg kg(-1)). Soil microcosms were spiked at 300 mg kg(-1) with either single or a mixture of seven PAHs. While total dissipation of the phenanthrene was reached in under 90 days, only 60% of the PAH mixture were dissipated after 90 days. Interestingly, after 30 days, the abundance of the GammaProteobacteria class (assessed by qPCR) become significantly higher in microcosms spiked with the PAH mixture. In addition, the specific abundance of the cultivable Pseudomonas spp., which belong to the GammaProteobacteria class, increased earlier and transiently (after 8 days) in the microcosms spiked with the PAH mixture. Consequently, we propose to use the GammaProteobacteria as a bioindicator to detect the impact on the bacterial community of a multiple contamination by PAHs in agricultural soils.
Published: 2013
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24. Les enseignements du programme ADEME « Bioindicateurs de l’état biologique des sols »

Author: Antionio Bispo, Guenola Peres, Mickael Hedde, Isabelle Gattin, Daniel Cluzeau, Nathalie Cheviron, Jennifer Harris-Hellal, Marina Le Guédard, Jean-Jacques Bessoule, Nuria Ruiz, Benjamin Pauget, Annette de Vaufleury, Christian Mougin, Thierry Beguiristain, Lionel Ranjard, Samuel Dequiedt, Rémi Chaussod, Olivier Faure, Adnane Hitmi, Steven Criquet, Marc Legras, Nicolas Laurent, Franck Vandenbulcke, Karine Laval, Christophe Gangneux, Nicolas, E., Michael Coeurdassier, Stéphane Ponton, Jérôme Cortet, Cécile Villenave, Josselin Bodilis, Laurence Rougé, Salima Taïbi, C Thoisy-Dur, J., Jeanne Bodin, Aude Alaphilippe, Francis Douay, Sabine Houot, Muriel Guernion, Patrice Lepelletier, Cedric Repinçay, Jean-François Vian, Sébastien Conil, Noële Raoult, Pierre Plassart, Vincent Mercier, Hotte, H., Laurence Galsomiès, Cécile Grand, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés ( PESSAC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Ecole d'Ingénieurs en Agriculture, ESITPA, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ), Equipe de Biogéochimie Environnementale, Bureau de Recherches Géologiques et Minières ( BRGM ), UMR 5200, INRA Bordeaux Aquitaine, LEB Aquitaine Transfert – ADERA, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Centre France-Nord, UMR 211 BIOEMCO, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Ouest] ), Department of Chrono-Environment, UMR UFC/CNRS 6249 USC INRA, Université de Franche-Comté ( UFC ), Department of Chrono-Environment, University of Franche-Comté, UMR UFC/CNRS 6249 USC INRA, Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols ( LIMOS ), Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), UMR CNRS 5600 EVS-EMSE-Géosciences et Environnement F 42, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne, Université de Lyon (COMUE), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne ( PIAF ), Université Clermont Auvergne ( UCA ) -Institut national de la recherche agronomique [Auvergne/Rhône-Alpes] ( INRA Auvergne/Rhône-Alpes ), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale ( IMBE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université ( AMU ) -Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] ( EEF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement ( LMSM ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Unité de Recherches Intégrées - Gotheron ( GOTH RI UERI ), Equipe Sols et Environnement, Laboratoire Génie Civil et géoEnvironnement Lille Nord, Institut Supérieur d'Agriculture de Lille (Groupe ISA), Environnement et Grandes Cultures ( EGC ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UR 0251 PESSAC Physico-chimie et Ecotoxicologie des Sols d'agrosystèmes contaminés, Département AGEP (AGroécosystèmes-Environnement-Productions), isaralyon, AGRAPOLE, AGEP, Observ Perenne Environm, DRD Observat Surveillance, Agence Nationale pour la Gestion des Déchets Radioactifs ( ANDRA ), Laboratoire Sols et Environnement ( LSE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physicochimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École supérieure d'ingénieurs et de techniciens pour l'agriculture (ESITPA), Université de Rennes (UR), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéochimie et écologie des milieux continentaux (Bioemco), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire des Interactions Microorganismes-Minéraux-Matière Organique dans les sols (LIMOS), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Ecologie et Ecophysiologie Forestières [devient SILVA en 2018] (EEF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Unité Expérimentale Recherches Intégrées - Gotheron (UERI), Institut Supérieur d'Agriculture de Lille (ISA), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Environnement et Grandes Cultures (EGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGroécosystèmes Environnement Productions (AGEP), ISARA-Lyon, Agence Nationale pour la Gestion des Déchets Radioactifs (ANDRA), Laboratoire Sols et Environnement (LSE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Lyon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant - Clermont Auvergne (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Aix Marseille Université (AMU)-Avignon Université (AU), Unité de Recherches Intégrées - Gotheron (GOTH RI UERI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Les enseignements du programme ADEME « Bioindicateurs de l’état biologique des sols ». Séminaire national du « Programme Inventaire, Gestion et Conservation des Sols (IGCS) »
Published: 2013

25. Variable Copy Number, Intra-Genomic Heterogeneities and Lateral Transfers of the 16S rRNA Gene in Pseudomonas

Author: Laurent Quillet, Ludovic Besaury, Sandrine Nsigue-Meilo, Josselin Bodilis, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie du Froid, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)
Subjects: Gene Dosage, lcsh:Medicine, RNA, Ribosomal, 16S, Genome Sequencing, rRNA Operon, lcsh:Science, Genome Evolution, Phylogeny, Genetics, 0303 health sciences, Multidisciplinary, biology, Ecology, Pseudomonas, Microbial Mutation, Genomics, Biodiversity, RNA, Bacterial, [SDE]Environmental Sciences, Research Article, Gene Flow, Pseudomonas fluorescens, Genome Complexity, Gene dosage, Microbiology, 03 medical and health sciences, Genetic Heterogeneity, Internal transcribed spacer, Biology, 030304 developmental biology, Evolutionary Biology, Bacterial Evolution, 030306 microbiology, lcsh:R, Bacterial Taxonomy, Computational Biology, Bacteriology, Genes, rRNA, Ribosomal RNA, Comparative Genomics, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, Hypervariable region, Genes, Bacterial, Microbial Evolution, lcsh:Q, RRNA Operon, Genome Expression Analysis, Population Genetics
Abstract: International audience; Even though the 16S rRNA gene is the most commonly used taxonomic marker in microbial ecology, its poor resolution is still not fully understood at the intra-genus level. In this work, the number of rRNA gene operons, intra-genomic heterogeneities and lateral transfers were investigated at a fine-scale resolution, throughout the Pseudomonas genus. In addition to nineteen sequenced Pseudomonas strains, we determined the 16S rRNA copy number in four other Pseudomonas strains by Southern hybridization and Pulsed-Field Gel Electrophoresis, and studied the intra-genomic heterogeneities by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis and sequencing. Although the variable copy number (from four to seven) seems to be correlated with the evolutionary distance, some close strains in the P. fluorescens lineage showed a different number of 16S rRNA genes, whereas all the strains in the P. aeruginosa lineage displayed the same number of genes (four copies). Further study of the intra-genomic heterogeneities revealed that most of the Pseudomonas strains (15 out of 19 strains) had at least two different 16S rRNA alleles. A great difference (5 or 19 nucleotides, essentially grouped near the V1 hypervariable region) was observed only in two sequenced strains. In one of our strains studied (MFY30 strain), we found a difference of 12 nucleotides (grouped in the V3 hypervariable region) between copies of the 16S rRNA gene. Finally, occurrence of partial lateral transfers of the 16S rRNA gene was further investigated in 1803 full-length sequences of Pseudomonas available in the databases. Remarkably, we found that the two most variable regions (the V1 and V3 hypervariable regions) had probably been laterally transferred from another evolutionary distant Pseudomonas strain for at least 48.3 and 41.6% of the 16S rRNA sequences, respectively. In conclusion, we strongly recommend removing these regions of the 16S rRNA gene during the intra-genus diversity studies.
Published: 2012

26. Influence of growth temperature on cyclopeptides production and on adhesion behaviour in environmental strains of Pseudomonas fluorescens

Author: Anne Groboillot, Josselin Bodilis, Cécile Duclairoir-Poc, Thierry Meylheuc, MarcG.J. Feuilloley, Nicole Orange, Laure Taupin, ra Ngoya, Annabelle Merieau, Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement (LMDF-SME), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Bioadhésion et Hygiène des Matériaux (BHM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0303 health sciences, biology, Strain (chemistry), 030306 microbiology, Chemistry, Mutant, Biosurfactant, Pseudomonas fluorescens, Adhesion, Growth temperature, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, Cyclolipopeptides, High-performance liquid chromatography, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Secretion, Food science, Bacteria, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; The present study deals with the influence of growth temperature on biosurfactant production and the adhesion process in the psychrotrophic species Pseudomonas fluorescens. We studied a strain panel composed of nine wild cyclolipopeptide (CLPs) producers and by two biosurfactant mutants. Where cyclolipopeptide production was characterized at either 8°C or 17°C, cyclolipopeptide production was highlighted by hemolytic and tensiometric methods. Their ionic charge was evaluated by a double diffusion test and their identification was made as amphisin- or viscosin- or viscosinamide-like biosurfactants by Reverse Phase- High Performance Liquid Chromatography- Mass Spectroscopy.This categorization was corroborated by the 16S rRNA phylogenetic study. In Pseudomonas fluorescens, the number and relative quantity of cyclolipopeptide produced and bacterial adhesion differed with the growth temperature. Seven new cyclolipopeptides were characterized, of which three belong to the viscosinamide family. Biosurfactant secretion is intensive at 17°C and the highest adhesion is obtained at a lower temperature (8°C). Cyclolipopeptides appeared to antagonize the adhesion process. Strain hydrophobicity was wholly independent of growth temperature and could not be correlated with the initial attachment of bacteria, which was thermoregulated. Our study demonstrates that bacterialadhesion is controlled by the growth temperature but not by cyclolipopeptides or cell hydrophobicity.
Published: 2011
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27. A Long-Branch Attraction Artifact Reveals an Adaptive Radiation in Pseudomonas

Author: Pierre Cornelis, Sylvie Barray, Josselin Bodilis, Sandrine Nsigue Meilo, Paul De Vos, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Microbial Interactions, Vrije Universiteit Brussel (VUB)-Flanders institute of biotechnology-DEPARTMENT OF MOLECULAR AND CELLULAR INTERACTIONS, Laboratory for Microbiology and BCCM/LMG Bacteria Collection, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Department of Bio-engineering Sciences, and Microbial Interactions
Subjects: Lineage (evolution), [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Adaptation, Biological, Biology, Molecular ecology, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Phylogenetics, Pseudomonas, Adaptive radiation, Genetics, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Molecular Biology, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Long branch attraction, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Ecology, Attraction, Evolutionary biology, Horizontal gene transfer, Molecular phylogenetics, molecular phylogeny incongruence Pseudomonas oprF long-branch attraction adaptive radiation, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract: International audience; A significant proportion of protein-encoding gene phylogenies in bacteria is inconsistent with the species phylogeny. It was usually argued that such inconsistencies resulted from lateral transfers. Here, by further studying the phylogeny of the oprF gene encoding the major surface protein in the bacterial Pseudomonas genus, we found that the incongruent tree topology observed results from a long-branch attraction (LBA) artifact and not from lateral transfers. LBA in the oprF phylogeny could be explained by the faster evolution in a lineage adapted to the rhizosphere, highlighting an unexpected adaptive radiation. We argue that analysis of such artifacts in other inconsistent bacterial phylogenies could be a valuable tool in molecular ecology to highlight cryptic adaptive radiations in microorganisms.
Published: 2011
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28. Genome-wide analysis and literature-based survey of lipoproteins in Pseudomonas aeruginosa

Author: Josselin Bodilis, Ken Vercammen, Pierre Cornelis, Kim Remans, DEPARTMENT OF MOLECULAR AND CELLULAR INTERACTIONS, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Microbial Interactions, Université de Brussel, Structural Biology Brussels, Department of Bio-engineering Sciences, and Microbial Interactions
Subjects: Signal peptide, Lipoproteins, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Signal peptidase II, medicine.disease_cause, Microbiology, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, medicine, Inner membrane, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas, Gene Expression Regulation, Bacterial, lipoprotein, pseudomonas aeruginosa, biology.organism_classification, Amino acid, chemistry, Biochemistry, Bacterial outer membrane, Genome, Bacterial, Lipoprotein
Abstract: Pseudomonas aeruginosais a Gram-negative opportunistic pathogen able to cause acute or chronic infections. Like all otherPseudomonasspecies,P. aeruginosahas a large genome, >6 Mb, encoding more than 5000 proteins. Many proteins are localized in membranes, among them lipoproteins, which can be found tethered to the inner or the outer membrane. Lipoproteins are translocated from the cytoplasm and their N-terminal signal peptide is cleaved by the signal peptidase II, which recognizes a specific sequence called the lipobox just before the first cysteine of the mature lipoprotein. A majority of lipoproteins are transported to the outer membrane via the LolCDEAB system, while those having an avoidance signal remain in the inner membrane. InEscherichia coli, the presence of an aspartate residue after the cysteine is sufficient to cause the lipoprotein to remain in the inner membrane, while inP. aeruginosathe situation is more complex and involves amino acids at position +3 and +4 after the cysteine. Previous studies indicated that there are 185 lipoproteins inP. aeruginosa, with a minority in the inner membrane. A reanalysis led to a reduction of this number to 175, while new retention signals could be predicted, increasing the percentage of inner-membrane lipoproteins to 20 %. About one-third (62 out of 175) of the lipoprotein genes are present in the 17Pseudomonasgenomes sequenced, meaning that these genes are part of the core genome of the genus. Lipoproteins can be classified into families, including those outer-membrane proteins having a structural role or involved in efflux of antibiotics. Comparison of various microarray data indicates that exposure to epithelial cells or some antibiotics, or conversion to mucoidy, has a major influence on the expression of lipoprotein genes inP. aeruginosa.
Published: 2010
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29. Both Cycloclasticus spp. and Pseudomonas spp. as PAH-degrading bacteria in the Seine estuary (France)

Author: Maïté, Niepceron, Florence, Portet-Koltalo, Chloé, Merlin, Anne, Motelay-Massei, Sylvie, Barray, and Josselin, Bodilis
Subjects: Biodegradation, Environmental, Rivers, Pseudomonas, Seawater, France, Polycyclic Aromatic Hydrocarbons, Polymerase Chain Reaction, Ecosystem, Gammaproteobacteria, Phylogeny, Water Pollutants, Chemical
Abstract: Like other highly urbanized and industrialized estuaries, the Seine estuary (France) has, for decades, received high inputs of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). In order to estimate the bioremediation potentials and to identify the bacterial species involved in hydrocarbon degradation, we used microcosms containing seawater from the Seine estuary supplemented with either naphthalene, phenanthrene, fluorene or pyrene. In the microcosms enriched with naphthalene or phenanthrene, hydrocarbon biodegradation was significant within 9 weeks (43% or 46%, respectively), as shown by analyses in GC-MS. In similar microcosms incubated also with naphthalene or phenanthrene, analysis of the 16S rRNA gene sequences (DNA and cDNA) with denaturing gradient gel electrophoresis and clone libraries indicated that the PAH-degrading communities were dominated by Cycloclasticus spp., confirming their universal key role in degradation of low-molecular-weight PAHs in marine environments. However, in contrast to previous studies, we found that Pseudomonas spp. also degraded naphthalene and phenanthrene in seawater; this occurred only after 21 days, as was confirmed by real-time PCR. Although this genus has been abundantly described in the literature as a good PAH-degrading bacterial group in soil or in sediment, to our knowledge, this is the first evidence of a significant fitness in PAH degradation in seawater.
Published: 2009

30. A survey of TonB-dependent receptors in fluorescent pseudomonads

Author: Josselin Bodilis, Pierre Cornelis, Laboratory of Microbial Interactions, Université de Brussel, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Microbial Interactions
Subjects: Genetics, 0303 health sciences, Siderophore, TonB, biology, 030306 microbiology, receptor, Iron, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Pseudomonas, Bacterial genome size, biology.organism_classification, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), Genome, pseudomonas, 03 medical and health sciences, Horizontal gene transfer, Bacterial outer membrane, Receptor, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; For bacteria with an aerobic lifestyle, iron is in the oxidized Fe3+ form, hence poorly soluble. The solution is the synthesis and excretion of siderophores with a high affinity for iron. These ferrisiderophores are recognized by TonB-dependent outer membrane receptors in Gram-negative bacteria. Haem is also a source of iron and is captured via TonB-dependent receptors as well. In many cases bacterial genomes encode genes for receptors for siderophores produced by other microorganisms (xenosiderophores). Pseudomonads are known for their high adaptive capacity and it is therefore not surprising to find a relatively large number of genes encoding these receptors. In this study we analysed the genomes of three fluorescent pseudomonads available in the Pseudomonas genome database (http://www.pseudomonas.com; P. aeruginosa, P. putida, P. syringae) in order to extract the genes coding for TonB-dependent receptors. As expected we observed differences between species for the number of receptors. We also report differences within species, suggesting the acquisition of some genes via horizontal gene transfer, including those coding for the ferripyoverdine receptors. We also report cases where duplications of receptor genes are observed and the presence of 'receptor islands'. Our study strongly supports the notion of 'core' and 'accessory' TonB-dependent receptors within each species, with the ferripyoverdine receptors belonging to the last category.
Published: 2009
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31. Distribution and evolution of ferripyoverdine receptors in Pseudomonas aeruginosa

Author: Josselin Bodilis, Bart Ghysels, Pierre Cornelis, Jean-Paul Pirnay, Julie Osayande, Sarah Denayer, Daniel De Vos, Sandra Matthijs, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Flanders Institute of Biotechnology (VIB), Flanders institute of biotechnology, Laboratory for Molecular and Cellular Technology, and Queen Astrid military hospital
Subjects: Siderophore, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, Polymerase Chain Reaction, law.invention, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Phylogenetics, law, medicine, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Polymerase chain reaction, Phylogeny, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, Pyoverdine, 030306 microbiology, Pseudomonas aeruginosa, biology.organism_classification, chemistry, Genes, Bacterial, Bacteria, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract: International audience; Pseudomonas aeruginosa is a ubiquitous Gramnegative bacterium, which is also able to cause severe opportunistic infections in humans. The colonization of the host is importantly affected by the production of the high-affinity iron (III) scavenging peptidic siderophore pyoverdine. The species P. aeruginosa can be divided into three subgroups (‘siderovars'), each characterized by the production of a specific pyoverdine and receptor (FpvA). We used a multiplex PCR to determine the FpvA siderovar on 345 P. aeruginosa strains from environmental or clinical origin. We found about the same proportion of each type in clinical strains, while FpvA type I was slightly over-represented (49%) in environmental strains. Our multiplex PCR also detected the presence or absence of an additional receptor for type I pyoverdine (FpvB). The fpvB gene was in fact present in the vast majority of P. aeruginosa strains (93%), regardless of their siderovar or their origin. Finally, molecular analyses of fpvA and fpvB genes highlighted a complex evolutionary history, probably linked to the central role of iron acquisition in the ecology and virulence of P. aeruginosa.
Published: 2009
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32. Recurrent recovery of Pseudomonas oryzihabitans strains in a karstified chalk aquifer

Author: Josselin Bodilis, S. Barray, Matthieu Fournier, L. Dussart-Baptista, J. P. Dupont, Thierry Jouenne, N. Frébourg, Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement (LMDF-SME), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut Fédératif de Recherches Multidisciplinaires sur les Peptides (IFRMP 23), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen (CLCC Henri Becquerel)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Département de microbiologie [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Groupe de Recherche sur les Antimicrobiens et les Micro-Organismes (GRAM 1.0), Polymères, biopolymères, membranes (PBM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)
Subjects: Environmental Engineering, Karst, Aquifer, Calcium Carbonate, Water Purification, Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudomonas, Suspended particulate matters, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Waste Management and Disposal, Pathogen, 030304 developmental biology, Water Science and Technology, Civil and Structural Engineering, 0303 health sciences, geography, Polymorphism, Genetic, geography.geographical_feature_category, biology, 030306 microbiology, Ecological Modeling, Natural water, Biofilm, Pseudomonas oryzihabitans, Heterotrophic Processes, Contamination, biology.organism_classification, Pollution, 6. Clean water, RAPD, Biofilms, Microscopy, Electron, Scanning, Clay, Aluminum Silicates, Bacteria
Abstract: International audience; Pseudomonas oryzihabitans is an uncommon pathogen that may cause catheter-associated infections, particularly in immunocompromised patients. Although it has been isolated from environment, the source of human infection is not well documented. In the present study, 14 isolates of P. oryzihabitans were recovered over a 28-month period from a karstified chalk aquifer, allowing to advance that distributed natural water could be a source of contamination. Microbiological analyses showed that the bacterium was mainly associated with suspended particulate matters. To investigate the clonality of P. oryzihabitans environmental isolates, 16S rRNA gene sequencing, antibiogram and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) typings were performed. Results demonstrated (i) the presence of at least three clones within the aquifer and (ii) that the presence of the bacterium in groundwater is not only the result of a biofilm bloom but also of an exogenous contamination.
Published: 2007
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33. Molecular evolution of the major outer-membrane protein gene (oprF) of Pseudomonas

Author: Josselin Bodilis and Sylvie Barray
Subjects: Genetics, Nonsynonymous substitution, Codon Adaptation Index, Base Composition, biology, Gene Transfer, Horizontal, Porins, Sequence Homology, Pseudomonas fluorescens, biology.organism_classification, Microbiology, Evolution, Molecular, Phylogenetics, Molecular evolution, Codon usage bias, Pseudomonas, Horizontal gene transfer, Gene Order, Mutation, Synonymous substitution, Codon, Genome, Bacterial, Phylogeny, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract: The major outer-membrane protein ofPseudomonas, OprF, is multifunctional. It is a non-specific porin that plays a role in maintenance of cell shape, in growth in a low-osmolarity environment, and in adhesion to various supports or molecules. OprF has been studied extensively for its utility as a vaccine component, its role in antimicrobial drug resistance, and its porin function. The authors have previously shown important differences between the OprF and 16S rDNA phylogenies:Pseudomonas fluorescensisolates split into two quite separate clusters, probably according to their ecological niche. In this study, the evolutionary history of theoprFgene was investigated further. The study of G+C content at the third codon position, synonymous codon usage (codon adaptation index, CAI) and genomic context showed no evidence of horizontal transfer or gene duplication. Similarly, a robust likelihood test of incongruence showed no significant incongruence between theoprFphylogeny and the species phylogeny. In addition, the ratio of nonsynonymous mutations to synonymous mutations (Ka/Ks) is high between the different clusters, especially between the two clusters containingP. fluorescensisolates, highlighting important modifications in evolutionary constraints during the history of theoprFgene. Since OprF is known as a pleiotropic protein, modifications in evolutionary constraints could have resulted from variations in cryptic functions, correlated with the ecological fingerprint. Finally, relaxed constraints and/or episodic positive evolution, especially for someP. fluorescensstrains, could have led to a phylogeny reconstruction artifact.
Published: 2006

34. OprF polymorphism as a marker of ecological niche in Pseudomonas

Author: Josselin Bodilis, Mickaël Hedde, Nicole Orange, Sylvie Barray, Institute of Biotechnology, Laboratory of Microbial Interactions, Vrije Universiteit Brussel, Interuniversité de Flandres, Physico-chimie et Ecotoxicologie des SolS d'Agrosystèmes Contaminés (PESSAC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Bulk soil, Biology, Microbiology, law.invention, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, law, Pseudomonas, Environmental DNA, Selection, Genetic, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Polymerase chain reaction, Ecosystem, Soil Microbiology, 030304 developmental biology, Ecological niche, 0303 health sciences, Polymorphism, Genetic, 030306 microbiology, Structural protein, Ribosomal RNA, biology.organism_classification, Porin, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract: OprF is the major outer-membrane protein of Pseudomonas sensu stricto (rRNA group I). In addition to playing a role as porin, membrane structural protein and root adhesion, this pleiotropic protein shows a length polymorphism corresponding to two types of OprF, termed OprF type 1 and OprF type 2. In a previous work, all the P. fluorescens isolated from bulk soil (non-rhizospheric) were shown to possess oprF type 1, while all the clinical P. fluorescens isolates and most rhizospheric strains corresponded to type 2. In this study, we further investigated the relation between the OprF polymorphism and the ecological niche by developing a culture-independent approach (a ratio polymerase chain reaction) to measure the percentage of each oprF type in environmental DNA samples, including two different soils and three different cultured plants (flax, wheat and grassland). Although the proportions of oprF type 2 between rhizospheric samples were quite variable, they were always very significantly higher (P95%) corresponded to type 1. We discuss the potential applications of this ecological fingerprint in an agronomic and taxonomic point of view.
Published: 2006
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35. Phylogenetic relationships between environmental and clinical isolates of Pseudomonas fluorescens and related species deduced from 16S rRNA gene and OprF protein sequences

Author: Josselin Bodilis, Annabelle Merieau, Josette Guerillon, Raphaël Calbrix, Sylvie Barray, Nicole Orange, and Barbara Pawlak
Subjects: DNA, Bacterial, Molecular Sequence Data, Porins, Pseudomonas fluorescens, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, Polymerase Chain Reaction, Bacterial Adhesion, Phylogenetics, RNA, Ribosomal, 16S, Environmental Microbiology, Cluster Analysis, Humans, Ribosomal DNA, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Phylogeny, Genetics, biology, Phylogenetic tree, Base Sequence, Pseudomonas, biology.organism_classification, 16S ribosomal RNA, Pseudomonadales, Sequence Alignment, Pseudomonadaceae
Abstract: The major surface protein of the genus Pseudomonas, OprF, is a non-specific porin that plays an important role in maintenance of cell shape, in growth in a low osmolarity environment, and in adhesion to various supports. The objectives of our study were (i) to carry out a comparative analysis of phylogenies obtained from the OprF protein and from the 16S rRNA gene in 41 isolates from various sources (water, soil, milk and the hospital) and (ii) to investigate the physiological characteristics correlated with the phylogeny of OprF. We report here an important incongruence between the phylogenies of the 16S rRNA gene and the OprF protein. Phylogenetic analysis of 16S rRNA genes grouped Pseudomonas fluorescens isolates into one cluster (termed fluorescens r-cluster) whilst the phylogeny of the OprF protein divided Pseudomonas fluorescens isolates into two quite distinct clusters (termed fluorescens 1 o-cluster and fluorescens 2 o-cluster) that may be related to the original habitat of the strain. The fluorescens 1 o-cluster contained the majority of non-rhizospheric soil isolates, while the fluorescens 2 o-cluster contained all our clinical isolates and most of the rhizospheric isolates (which are fixed to the roots). In order to check this correlation, we studied two physiological characteristics: the range of growth temperature and the capacity for non-specific adhesion to polystyrene. The temperature range study for strains did not explain the existence of the two o-clusters but it did confirm the capacity of certain P. fluorescens strains to grow at 37 degrees C. The adhesion capacities of the isolates in the two o-clusters seems to be correlated with ecological niche.
Published: 2004

36. BothCycloclasticusspp. andPseudomonasspp. as PAH-degrading bacteria in the Seine estuary (France)

Author: Maïté Niepceron, Florence Portet-Koltalo, Chloé Merlin, Anne Motelay-Massei, Sylvie Barray, and Josselin Bodilis
Subjects: Ecology, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology
Published: 2010
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