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El poblamiento de los muiscas “a la manera española” y la creación de una república de indios en la provincia de Santafé en el Nuevo Reino de Granada fueron una tarea compleja y relativamente lenta. Además de reducir y controlar los poderes locales que estaban en manos de encomenderos y vecinos poderosos, dicha labor exigió un conjunto de condiciones sociales, políticas, culturales e institucionales sin las cuales era imposible que las autoridades coloniales implementaran las orientaciones de gobierno, aquellas que la Corona española ordenaba cumplir en sus territorios del Nuevo Mundo en el siglo XVI. El presente estudio analiza las instituciones, los procedimientos de gobierno, las formas de administración y de justicia desarrollados por la monarquía española, y destaca la importancia de los sistemas de información y la escritura en el asentamiento y consolidación del gobierno de la metrópoli en sus territorios ultramarinos. Por lo tanto, es fundamental en esta investigación el análisis profundo del significado que, para dicha época, tenían conceptos como buen gobierno o vivir en policía temporal y espiritual, consignados en los documentos oficiales y con los cuales la Corona pretendía la conservación y protección de los naturales, junto a la estrategia de adoctrinamiento a la que fueron sometidos. El lector encontrará en este texto la implementación práctica de las políticas y estrategias de gobierno para la organización y el control de la sociedad muisca y de la población española, para lo cual se desentraña la forma como se entrecruzaban y yuxtaponían los poderes político y pastoral que, de manera imbricada, fueron moldeando una forma particular de gobierno. Aunque cada poder debía atender a las especificidades de su oficio, los dos se complementaban y buscaban tanto el “bien común como la salvación de las almas”, lo cual fue configurando las bases para una política de segregación cuyo objeto era la creación de dos cuerpos políticos bien definidos: la república de indios y la república de españoles.