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10 results on '"Jehl, Frédéric"'

4. RNA-Seq Data for Reliable SNP Detection and Genotype Calling: Interest for Coding Variant Characterization and Cis-Regulation Analysis by Allele-Specific Expression in Livestock Species

Author

Jehl, Frédéric, primary, Degalez, Fabien, additional, Bernard, Maria, additional, Lecerf, Frédéric, additional, Lagoutte, Laetitia, additional, Désert, Colette, additional, Coulée, Manon, additional, Bouchez, Olivier, additional, Leroux, Sophie, additional, Abasht, Behnam, additional, Tixier-Boichard, Michèle, additional, Bed’hom, Bertrand, additional, Burlot, Thierry, additional, Gourichon, David, additional, Bardou, Philippe, additional, Acloque, Hervé, additional, Foissac, Sylvain, additional, Djebali, Sarah, additional, Giuffra, Elisabetta, additional, Zerjal, Tatiana, additional, Pitel, Frédérique, additional, Klopp, Christophe, additional, and Lagarrigue, Sandrine, additional

Published
2021
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5. Study of the genetic component of feed efficiency (FE) in layer lines divergent for FE using the RNA-seq technology

Author

Jehl, Frédéric, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Agro - Agrocampus Ouest, Sandrine Lagarrigue, Tatiana Zerjal, and STAR, ABES

Subjects
Poule pondeuse, Cis-Régulation, ARN long non-Codant, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Trace de sélection, Efficience alimentaire, Long non-Coding RNA, Feed efficiency, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, RNA-Seq, Laying hen, Selective sweep, Cis-Regulation
Abstract

Feed efficiency (FE) is an important trait of agronomical interest. The variation of FE in a population is mainly due to the variation of gene expression, itself due to variants that regulate them in cis. This thesis had three interconnected objectives.The 1st was to study the tissues and genes involved in the difference in FE between two different strains of layers divergent for this trait. To this end, we studied transcriptomes from four tissues (adipose tissue, blood, hypothalamus and liver) using the possibilities offered by RNA-seq, an RNA sequencing technology.The 2nd objective was to contribute to the functional annotation of the chicken genome by enriching its annotation with long non-coding RNA genes, important expression regulators. We also detected SNPs by RNA-seq, a necessary step in the establishment of a pipeline for the study of allele-specific expression, a marker of cis-regulation.The 3rd objective combined the results of previous work to identify candidate genes that cause FE variation due to a variant impacting the structure of the RNA or associated protein, or a cis-regulatory variant., L’efficience alimentaire (EA) est un important caractère d’intérêt agronomique. La variation de l’EA dans une population est principalement due à la variation d’expression de gènes, elle-même due à des variants qui les régulent en cis. Cette thèse avait trois objectifs interconnectés.Le 1er était d’étudier les tissus et gènes impliqués dans la différence d’EA entre deux lignées de pondeuses divergentes pour ce caractère. Nous avons étudié pour cela les transcriptomes de quatre tissus (tissu adipeux, sang, hypothalamus et foie) à l’aide des possibilités offertes par le RNA-seq, technologie de séquençage des ARN.Le 2e objectif était de contribuer à l’annotation fonctionnelle du génome de la poule, en enrichissant son annotation en gènes d’ARN longs non-codants, d’importants régulateurs de l’expression. Nous avons également détecté les SNP par RNA-seq, étape nécessaire à la mise en place d’un pipeline permettant l’étude de l’expression allèle-spécifique, un marqueur des cis-régulation.Le 3e objectif combinait les résultats des travaux précédents afin d’identifier des gènes candidats causaux de la variation d’EA, en raison d’un variant impactant la structure de l’ARN ou protéine associée, ou bien d’un variant cis-régulateur.

Published
2020

6. Layers response to suboptimal diet through phenotypic and transcriptomic changes in four tissues

Author

Jehl, Frédéric, Brenet, M., Rau, Andrea, Désert, Colette, Boutin, Morgane, Leroux, Sophie, Esquerré, Diane, Klopp, Christophe, Gourichon, David, Collin, Anne, Pitel, Frédérique, Zerjal, Tatiana, Lagarrigue, Sandrine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Abstract

International audience; Poultry meat and eggs are major sources of nutrients in human alimentation. The long production career of layers expose them to numerous stressors. Understanding the adaptive mechanisms is crucial to select robust animals and meet the needs of a growing human population. In this context, we compared the effects of a 15%-energy-reduced diet (LE) vs. a commercial diet (CT) in two feed-efficiency-diverging chicken lines. We first studied the effects of the LE on performances (egg mass, feed intake [FI], body weight) and body energy reserves, before investigating the molecular mechanisms at work by studying the adipose tissue, blood, hypothalamus and liver transcriptomes. The absence of differences in egg production between diets, combined to the increase in feed intake and the decrease in body weight in LE suggest an adaptation to the diet through an increase in energy input and a mobilization of body energy reserves. The birds reacted similarly to the diet in both lines, as shown by the absence of significant line×diet interactions. At the transcriptomic level, no interactions were detected. The increase in FI did not affect the liver, neither did the mobilization of body reserves for the adipose tissue. In blood, the differentially expressed genes were related to amino-acids, monosaccharides and steroid metabolisms. In the hypothalamus, the fatty acids metabolism and endocannabinoid signaling pathways were affected. We propose a mechanism involving endocannabinoids that could explain the increase in FI and therefore part of the adaptation to the low-energy diet. Work funded by ANR-13-ADAP-0014 and H2020-Feed-a-Gene projects.

Published
2019

7. Chicken adaptive response to low energy diet: main role of the hypothalamic lipid metabolism revealed by a phenotypic and multi-tissue transcriptomic approach

Author

Jehl, Frédéric, primary, Désert, Colette, additional, Klopp, Christophe, additional, Brenet, Marine, additional, Rau, Andrea, additional, Leroux, Sophie, additional, Boutin, Morgane, additional, Lagoutte, Laetitia, additional, Muret, Kévin, additional, Blum, Yuna, additional, Esqu, Diane, additional, Gourichon, David, additional, Burlot, Thierry, additional, Collin, Anne, additional, Pitel, Frédérique, additional, Benani, Alexandre, additional, Zerjal, Tatiana, additional, and Lagarrigue, Sandrine, additional

Published
2019
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8. Une nouvelle facette du génome de poule : les genes 'longs non-codants'

Author

Muret, Kévin, Klopp, Christophe, Wucher, Valentin, Esquerre, Diane, Legeai, Fabrice, Lecerf, Frédéric, Désert, Colette, Boutin, Morgane, Jehl, Frédéric, Acloque, Hervé, Giuffra, Elisabetta, Djebali Quelen, Sarah, Foissac, Sylvain, Derrien, Thomas, Lagarrigue, Sandrine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Sigenae, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST

Subjects
base de données, NCBI, broilers, classification, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, tissu adipeux, liver function tests, Ensembl, RNA-seq, foie, transcriptome, poulet de chair, adipose tissue
Abstract

Recent works in humans and model organisms have shown a massive new type of genes: genes transcribed intolong RNAs (≥ 200 nt) but not coding for proteins - these genes are called long noncoding RNA genes (lncRNA).These lncRNAs are a major component of the transcriptome and only a small fraction of them is described inpublic databases. Our study conducted on chicken shows that transcriptomic sequencing (RNA-Seq) on multiplebiological replicates of two tissues (liver and adipose tissue) allows us to predict a lncRNA catalog for these twotissues more exhaustive than lncRNAs catalog available in public databases. We also confirm that chickenlncRNA features are similar to those of human and murine lncRNAs described in the literature (shortertranscripts, less exons, sequences less conserved across species, more tissue-specific expression and lowerexpression than protein coding RNAs (mRNA)). In conclusion, we provide a comprehensive lncRNA repertoirein the chicken liver and adipose tissue and we highlighte a new lncRNA-mRNA pair in divergent position in thechicken genome (as in the human genome), highly co-expressed suggesting a common regulation mechanismthrough a bidirectional promoter and probably involved in cholesterol metabolism.; De récents travaux effectués chez l’homme et des organismes modèles ont montré l’existence massive d’unnouveau type de gènes : des gènes transcrits en longs ARN (≥ 200 nt) mais ne codant pas de protéine – ces gènes sont appelés gènes à ARN longs non-codants (ARNlnc). Ces ARNlnc sont une composante majeure dutranscriptome et seule une petite fraction de ces ARNlnc est décrite aujourd’hui dans les bases de donnéespubliques. Nos travaux sur les ARNlnc de poule ont permis de montrer que le séquençage de transcrits (RNASeq) sur plusieurs réplicats biologiques de deux tissus (foie et tissu adipeux) permet de prédire un catalogue d’ARNlnc plus exhaustif pour les tissus considérés que ce qui est proposé dans les bases de données. Nous avons pu confirmer également que les caractéristiques des ARNlnc de poule sont similaires à celles décrites chez la souris ou chez l’Homme (transcrits plus courts, moins d’exons, séquences moins conservées entre les espèces, expression plus tissu spécifique et moins importante que les ARN codant pour des protéines (ARNm)). Nous mettons également en lumière un couple d’ARNlnc et ARNm (DHCR24) adjacent sur le génome et en position divergente dont l’expression est fortement corrélée et dont la position est conservée chez l’Homme suggérant un mécanisme de régulation commun via un promoteur dit « bi-directionnel » qui serait impliqué dans la synthèse du cholestérol.

Published
2017

9. MOESM1 of Long noncoding RNA repertoire in chicken liver and adipose tissue

Author

Kévin Muret, Klopp, Christophe, Wucher, Valentin, Esquerré, Diane, Legeai, Fabrice, Lecerf, Frédéric, Désert, Colette, Boutin, Morgane, Jehl, Frédéric, Acloque, Hervé, Giuffra, Elisabetta, Djebali, Sarah, Foissac, Sylvain, Derrien, Thomas, and Lagarrigue, Sandrine

Abstract

Additional file 1: Fig. S1. Global Jaccard index for our RNA-Seq data calculated with various threshold values using the R software HTSfilter [32]. This figure shows on the left, count data for long noncoding RNAs; and on the right, count data for protein-coding genes. Count data were normalized by TMM methods [81]. For each type of gene, the data-based threshold corresponds to the red cross and red dotted line. For the long noncoding genes (left), the curve shape of the Jaccard index (that gives a threshold—at the maximum of the curve—equal to one read) is not consistent with the expected index curve shape, in contrast to the protein-coding genes (right) that behave correctly, with a maximum of approximately 32 reads.

Published
2017
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10. Long noncoding RNA repertoire in chicken liver and adipose tissue

Author

Muret, Kévin, primary, Klopp, Christophe, additional, Wucher, Valentin, additional, Esquerré, Diane, additional, Legeai, Fabrice, additional, Lecerf, Frédéric, additional, Désert, Colette, additional, Boutin, Morgane, additional, Jehl, Frédéric, additional, Acloque, Hervé, additional, Giuffra, Elisabetta, additional, Djebali, Sarah, additional, Foissac, Sylvain, additional, Derrien, Thomas, additional, and Lagarrigue, Sandrine, additional

Published
2017
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