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El objetivo se enfocó en caracterizar el potencial antagonista de PGPR en inhibición al desarrollo micelial, conidios en F. oxysporum y esporas en M. roreri. La técnica de PCR se empleó para la identificación de F. oxysporum y M. roreri. Seleccionando las bacterias: Acinetobacter calcoaceticus BMR2-12, Klebsiella variicola BO3-4, Enterobacter asburiae BA4-19, Enterobacter asburiae PM3-14, Pseudomonas protegens CHA0, Pseudomonas veronii R4 y Bacillus subtilis. Se evaluaron actividades antagónicas: a) Inhibición micelial en F. oxysporum y M. roreri; b) Reducción en producción de conidios y esporas por 12 y 15 días post-incubación. La PCR confirmó la amplificación de 670 pb para F. oxysporum. La secuenciación de 750 pb definió un grado de similitud del 99% a M. roreri, al compararse con el GenBank de NCBI. La aplicación de B. subtilis es de mayor actividad antagónica a inhibición (micelial y conidios) con (95 y 90%) a F. oxyporum. La actividad de BO3-4 en M. roreri inhibe totalmente el desarrollo micelial y la producción de esporas 12 y 15 días post-incubación respectivamente. La selección de estos bio-controladores y su aplicación como consorcio ofrecerá una alternativa para beneficiar en la reducción de agroquímicos al cultivo de tomate y cacao.