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Citation suggérée :Anses. (2022). Rapport relatif à l’évaluation du risque relatif à l’enfouissement des cadavres issus d’animaux d’élevage et/ou de la faune sauvage (saisine 2020-SA-0011). Maisons-Alfort : Anses, 134 p; L’évaluation demandée porte sur le risque de propagation de microorganismes potentiellement pathogènes par les cadavres et les sous-produits d’animaux d’élevage ou de la faune sauvage, lors de leur stockage ou de leur enfouissement (en utilisant ou non de la chaux). Cette demande s’inscrit dans le cadre de la découverte de cadavres qui ne peuvent pas être collectés et/ou acheminés dans la filière de transformation des sous-produits animaux, ou dans celui de surmortalité importante : - dans un contexte sans cause infectieuse identifiée (e.g. canicule, inondation). En effet, pendant les derniers épisodes de canicule en 2019-2020, les capacités des usines d’équarrissage ont été dépassées et ces dernières se sont trouvées dans l’incapacité de fonctionner normalement. Si un dépeuplement par abattage est planifié, les usines d’équarrissage ont la capacité de s’organiser et de prendre en charge la transformation de tous les cadavres. Le contexte est différent en cas de canicule où beaucoup d’animaux meurent brutalement dans un laps de temps très court, sans planification possible. De plus, en cas de forte chaleur, les cadavres d’animaux laissés à température ambiante se dégradent très rapidement. C’est notamment le cas des cadavres de volailles, les cadavres se liquéfiant et devenant difficiles à manipuler et à transporter. Par ailleurs, les cadavres trop dégradés ne peuvent pas être éliminés au niveau d’une usine d’équarrissage, les matières trop liquides ayant tendance à bloquer le processus; - dans un contexte sanitaire défavorable. Certains agents pathogènes peuvent entraîner des mortalités importantes au sein d’un élevage ou même d’une filière de production. En plus des mortalités directes induites par l’agent pathogène, des mesures de dépeuplement peuvent également être instaurées afin de maîtriser la diffusion de l’infection (e.g. influenza aviaire ou fièvre aphteuse). Dans une telle situation, les capacités de traitement des usines d’équarrissage peuvent aussi être dépassées et nécessiter la mise en place de mesures alternatives de gestion des cadavres. Par rapport à la situation précédente (sans cause infectieuse particulière), le risque de diffusion de l’agent pathogène est à prendre en compte.

Le botulisme est une maladie neurologique humaine et animale, le plus souvent d’origine alimentaire, provoquée par l’action de neurotoxines bactériennes (toxines botuliques) produites par la bactérie Clostridium botulinum et qui se manifeste par une paralysie flasque pouvant aller jusqu’à la paralysie respiratoire et l’arrêt cardiaque. Neuf types toxiniques, répartis en une quarantaine de sous-types, sont actuellement connus.En France, le botulisme animal affecte essentiellement les oiseaux (sauvages et domestiques) et les bovins. Chez les volailles, on recense annuellement vingt à trente foyers, majoritairement dus aux types mosaïque C/D (élevages de poulets de chair et de dindes) suivi de D et mosaïque D/C (uniquement dans les élevages de dindes). Chez les bovins, l’incidence sur les 10 dernières années est en moyenne d’une dizaine de foyers par an et les épisodes de botulisme sont dus aux types mosaïque D/C (majoritaire), C, mosaïque C/D et rarement D.Les pertes en élevage liées à ces foyers et les interrogations sur leurs conséquences dans le domaine de la santé publique ont amené les pouvoirs publics à réglementer le botulisme animal en l’intégrant dans la liste des dangers sanitaires de première catégorie pour les espèces animales (arrêté du 29 juillet 2013). Aujourd’hui, cette maladie figure dans une listedes maladies animales réglementées d’intérêt national en application de l’article L. 221-1 du code rural et de la pêche maritime (arrêté du 03 mai 2022). Pour autant, aucune mesure de police sanitaire de portée générale n’a été édictée à ce jour pour gérer les foyers de botulisme animal, et chacun est géré au cas par cas par la direction départementale en charge de la protection des populations (DDPP) concernée, et par la Mission des Urgences Sanitaires (MUS) de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL).Jusqu’à présent, ces services se sont appuyés sur : un rapport sur le botulisme animal publié par l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa 2002) et un avis rendu en janvier 2009 sur un projet (par la suite abandonné) d’arrêté fixant des mesures techniques et administratives relatives à la lutte contre le botulisme aviaire (Afssa 2009b). Afin de pouvoirdisposer de données actualisées et déterminer des mesures de gestion adaptées aux particularités du botulisme des type C, D et mosaïques C/D ou D/C, la DGAL a saisi l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) à la fin du mois de juin 2019 via quatre saisines (saisines 2019-SA-0112 à 2019-SA-0115).

Selon les termes de la saisine, « Au 3 mars 2022 (14h), 55 foyers d’IAHP ont été confirmés en Vendée et dans les départements limitrophes. 24 suspicions sont également identifiées à cette date.Les foyers sont situés dans une zone à risque de diffusion au sens de l’arrêté du 29/9/2021. Cette zone est stratégique car elle contient aussi de nombreux élevages de reproducteurs et de grands parentaux ainsi que de nombreux couvoirs de toutes les filières avicoles. Les opérateurs de cette zone approvisionnent de nombreux élevages situés en dehors de cette zone.La dynamique de détection des foyers est extrêmement préoccupante et inédite avec une extension dans toute la partie nord de la Vendée, au sud de la Loire Atlantique et dans le département des Deux-Sèvres. Des foyers périphériques sont également présents en Maine et Loire et dans les Deux-Sèvres.Compte tenu de cette diffusion très inquiétante et après échange avec vos équipes il a été décidé de sursoir à tout flux d’œufs à couver (OAC) et de poussins depuis cette zone.Néanmoins en raison de la concentration de la production d’OAC et de poussins dans cette zone la restriction des mouvements d’OAC et de poussins entraine de lourdes difficultés pour les élevages en dehors de la zone et qui vont se retrouver en rupture d’approvisionnement. Pour ces raisons la filière met une forte pression pour maintenir le flux d’OAC et de poussins de ZR [zone réglementée] vers des zones indemnes en mettant en œuvre des dérogations prévues par les textes européens.Les résultats partiels des enquêtes épidémiologiques ne permettent pas à ce jour d’identifier de source majeure de contamination. Cependant, le rôle de réservoir et surtout d’excréteur massif des palmipèdes a été souligné. Parmi les autres facteurs de risque, le rôle possible des sous-produits (épandages de lisiers ou de digestats de méthanisation, tournée d’équarrissage), des mouvements de personnes (vaccinateurs, attrapeurs) a été avancé. Il est à noter que de nombreux épandages sont réalisés actuellement. La réglementation en vigueur (AM biosécurité du 29 septembre 2021) prévoit pour les lisiers la possibilité d’un épandage après assainissement (durée en fonction de la nature du lisier) ou un épandage direct avec enfouissement immédiat.La carte du zonage actuellement mise en place est en annexe. Ce zonage résulte de zones de surveillances et de zones de protection coalescentes qui évoluent quotidiennement avec la confirmation des nouveaux foyers.Compte tenu du caractère clinique avec une forte excrétion pré-symptomatique de la souche virale impliquée, probablement à l’origine de la diffusion rapide observée, une zone réglementée supplémentaire (ZRS) doit être envisagée pour arrêter la diffusion de la maladie.

National audience

National audience

Many data analysis techniques have been developed to extract knowledge from the data. The two traditional approaches are descriptive analysis and predictive. We focus in this thesis on descriptive data analysis, and in particular on Formal Concepts Analysis (FCA). This approach builds overlapping clusters (called formal concepts) whose meaning is explicit. There is a partial order relationship between the formal concepts resulting from FCA, which are organized in a mathematical structure called a Galois lattice. Despite its advantages, FCA is poorly accessible to users who are not experts in data analysis. Although graphical representations of Galois lattices exist, their interpretation remains difficult for large data. Moreover, the construction of FCA input data, called formal context, can be tricky. For this, we have proposed a methodology for Galois lattice interpretation based on a set of simple metrics, the results of which are presented in a visual form as intuitive as possible. We have also developed strategies for constructing formal contexts that not only remain as close to the initial data as possible, but also take into consideration the user's needs in terms of information retrieval.; De nombreuses approches ont été élaborées pour extraire des connaissances à partir des données. On distingue traditionnellement l’analyse descriptive et l’analyse prédictive. Nous nous focalisons dans cette thèse sur l’analyse descriptive des données et plus particulièrement sur l’Analyse de Concepts Formels (ACF), qui permet de construire des clusters recouvrants (appelés concepts formels) dont la signification est explicite. Il existe une relation d’ordre partiel entre les concepts formels résultant de l’ACF, qui sont organisés en une structure mathématique appelée treillis de Galois. Malgré ses nombreux avantages, l’ACF est peu accessible à des utilisateurs non experts de l’analyse de données. En effet, malgré les représentations graphiques des treillis de Galois, ceux-ci restent difficiles à interpréter, notamment lorsque les données sont volumineuses. De plus, la construction des données d’entrée de l’ACF sous la forme d’un contexte formel peut être délicate. Pour cela, nous avons proposé une méthodologie d’interprétation des treillis de Galois reposant sur un ensemble de métriques simples, dont les résultats sont présentés sous une forme visuelle aussi intuitive que possible. Nous avons également développé des stratégies pour construire des contextes formels qui, non seulement, dénaturent le moins possible les données initiales, mais permettent aussi de tenir compte des besoins de l’utilisateur en termes de recherche d’information.

Many data analysis techniques have been developed to extract knowledge from the data. The two traditional approaches are descriptive analysis and predictive. We focus in this thesis on descriptive data analysis, and in particular on Formal Concepts Analysis (FCA). This approach builds overlapping clusters (called formal concepts) whose meaning is explicit. There is a partial order relationship between the formal concepts resulting from FCA, which are organized in a mathematical structure called a Galois lattice. Despite its advantages, FCA is poorly accessible to users who are not experts in data analysis. Although graphical representations of Galois lattices exist, their interpretation remains difficult for large data. Moreover, the construction of FCA input data, called formal context, can be tricky. For this, we have proposed a methodology for Galois lattice interpretation based on a set of simple metrics, the results of which are presented in a visual form as intuitive as possible. We have also developed strategies for constructing formal contexts that not only remain as close to the initial data as possible, but also take into consideration the user's needs in terms of information retrieval.; De nombreuses approches ont été élaborées pour extraire des connaissances à partir des données. On distingue traditionnellement l’analyse descriptive et l’analyse prédictive. Nous nous focalisons dans cette thèse sur l’analyse descriptive des données et plus particulièrement sur l’Analyse de Concepts Formels (ACF), qui permet de construire des clusters recouvrants (appelés concepts formels) dont la signification est explicite. Il existe une relation d’ordre partiel entre les concepts formels résultant de l’ACF, qui sont organisés en une structure mathématique appelée treillis de Galois. Malgré ses nombreux avantages, l’ACF est peu accessible à des utilisateurs non experts de l’analyse de données. En effet, malgré les représentations graphiques des treillis de Galois, ceux-ci restent difficiles à interpréter, notamment lorsque les données sont volumineuses. De plus, la construction des données d’entrée de l’ACF sous la forme d’un contexte formel peut être délicate. Pour cela, nous avons proposé une méthodologie d’interprétation des treillis de Galois reposant sur un ensemble de métriques simples, dont les résultats sont présentés sous une forme visuelle aussi intuitive que possible. Nous avons également développé des stratégies pour construire des contextes formels qui, non seulement, dénaturent le moins possible les données initiales, mais permettent aussi de tenir compte des besoins de l’utilisateur en termes de recherche d’information.

International audience

11-15 Juin 2018,; International audience

13-15 Novembre 2017,; International audience; no abstract

International audience

International audience; This article presents an original approach for the analysis of context information in ubiquitous environments. Large volumes of heterogeneous data are now collected, such as location, temperature, etc. This "environmental" context may be enriched by data related to users, e.g., their activities or applications. We propose a unified analysis and correlation of all these dimensions of context in order to measure their impact on user activities. Formal Concept Analysis and association rules are used to discover non-trivial relationships between context elements and activities, which, otherwise, could seem independent. Our goal is to make an optimal use of available data in order to understand user behavior and eventually make recommendations. In this paper, we describe our general methodology for context analysis and we illustrate it on an experiment conducted on real data collected by a capture system. Thanks to this methodology, it is possible to identify correlation between context elements and user applications, making possible to recommend such applications for user in similar situations.

National audience; Nous présentons une méthode d'extraction de connaissances dans des systèmes d'information pervasifs. Nous étudions l'impact du contexte (environnement) d'un utilisateur sur les applications qu'il utilise sur son smartphone. Notre proposition pour gérer la complexité des données contextuelles repose sur l'Analyse Formelle de Concepts et les treillis de Galois. Nous nous focalisons sur l'automatisation du processus d'interprétation de ces treillis, pour généraliser l'extraction de connaissances et passer à l'échelle. Nous présentons des métriques originales illustrées sur des données réelles.

National audience; Mon sujet de recherche vise à gérer et analyser les informations liées au contexte d'un utilisateur, disponibles grâce à l'informatique ubiquitaire. D'énormes volumes de données très diverses sont en effet collectés par des capteurs, fournissant par exemple des indicateurs sur la localisation géographique d'un individu, les conditions météorologiques, etc. Les collectes de données de ce type se multiplient, par exemple dans le cadre des villes intelligentes. Ce contexte " environnemental " peut être enrichi d'autres informations relatives aux utilisateurs, par exemple, leurs activités. Ceux-ci peuvent aussi être eux-mêmes fournisseurs d'indicateurs lorsqu'ils renseignent leur profil. L'objectif de mes travaux est de pouvoir prédire ses actions futures en fonction des évolutions de ce contexte ou de lui faire des recommandations.

International audience

Session 2 : Diversité, écologie, conservation ; National audience

International audience; The polar and subpolar ecosystems receive persistent organic pollutants (POP) by atmospheric transfer. PCBs (polychlorinated biphenyls) and other ubiquitous organochlorines were detected from the late sixties. In subpolar areas, the snow acts as a dynamic reservoir. A multidisciplinary study funded by the French National Research Agency (ANR Risker program) in collaboration with the French Polar Institute (Immunotoxker program 409) began in 2009 to participate in the assessment of the global contamination, among others. In this objective, the Kerguelen Islands constitute a model of area not directly exposed to industrial, agricultural or urban pollution. This archipelago in the Southern Ocean possesses a complex hydrological network, with an ichthyofauna composed of salmonids introduced in the fifties. This first study relates to the contamination of trout (Salmo trutta) with organochlorine pollutants. These chemicals were widely used for over 50 years and are highly persistent and responsible for (eco)toxicological concerns. Also, the bioaccumulation assessment is concomitant to the measurement of hepatic enzymatic biomarkers involved in biotransformation process and protection against oxidative stress. The PCBs bioaccumulation shows a large heterogeneity, which results in average concentrations close to 250 ng per g dry weight, including optimal values in some individuals, reaching 5 micro g.g-1 dw. Moreover, we describe seasonal variations, with contamination level increased during summer, and inter-site differences in connection with the habitat. So, trout from the lake ecosystems are more impacted than river fish. Furthermore, lower levels of organochlorine pesticides were detected. The liver biomarkers respond to the contamination by a large variability. However statistical correlations indicate a relationship between biomarkers and bioaccumulation, particularly between the liver catalase and the concentration of prioritary PCBs, suggesting an immunotoxic effect. The continuation of the program will be devoted to the search of integrative indicators, associated to the measurement of immunotoxic and reprotoxic alterations in Kerguelen's trout