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In surveying projects, a site calibration is the solution to the problem of finding a transformation between the coordinate space of a site local coordinate reference system and a well known coordinate reference system given a set of pairs of corresponding coordinates. A site calibration enables the localization of new positions with cm accuracy using a RTK/PPK GNSS receiver and a transformation, which is a much more cost-effective than using a total station and much faster than other more traditional surveying methods. While site calibration is featured by almost every modern professional-grade GNSS receiver, the implementation is closed source and the output stored in proprietary file formats, tying the user to the vendor’s ecosystem. In this paper we propose a complete solution to the site calibration problem that can be fully implemented with open source software (in particular PROJ for coordinate transformations) and whose output can be represented in terms of an open standard (WKT version 2). Two methods and representations of a site calibration are described, a fully 3D one and a split horizontal and vertical one. Our main contribution is the openness and interoperability of the solution. Another important contribution is the analysis of the sensitivity of these solutions to measurement errors.

Abstract Single immune checkpoint blockade in advanced neuroendocrine neoplasms (NENs) shows limited efficacy; dual checkpoint blockade may improve treatment activity. Dune (NCT03095274) is a non-randomized controlled multicohort phase II clinical trial evaluating durvalumab plus tremelimumab activity and safety in advanced NENs. This study included 123 patients presenting between 2017 and 2019 with typical/atypical lung carcinoids (Cohort 1), G1/2 gastrointestinal (Cohort 2), G1/2 pancreatic (Cohort 3) and G3 gastroenteropancreatic (GEP) (Cohort 4) NENs; who progressed to standard therapies. Patients received 1500 mg durvalumab and 75 mg tremelimumab for up to 13 and 4 cycles (every 4 weeks), respectively. The primary objective was the 9-month clinical benefit rate (CBR) for cohorts 1-3 and 9-month overall survival (OS) rate for Cohort 4. Secondary endpoints included objective response rate, duration of response, progression-free survival according to irRECIST, overall survival, and safety. Correlation of PD-L1 expression with efficacy was exploratory. The 9-month CBR was 25.9%/35.5%/25% for Cohorts 1, 2, and 3 respectively. The 9-month OS rate for Cohort 4 was 36.1%, surpassing the futility threshold. Benefit in Cohort 4 was observed regardless of differentiation and Ki67 levels. PD-L1 combined scores did not correlate with treatment activity. Safety profile was consistent with that of prior studies. In conclusion, durvalumab plus tremelimumab is safe in NENs and shows modest survival benefit in G3 GEP-NENs; with one-third of these patients experiencing a prolonged OS.

Abstract Microbial α-l-fucosidases catalyse the hydrolysis of terminal α-l-fucosidic linkages and can perform transglycosylation reactions. Based on sequence identity, α-l-fucosidases are classified in glycoside hydrolases (GHs) families of the carbohydrate-active enzyme database. Here we explored the sequence-function space of GH29 fucosidases. Based on sequence similarity network (SSN) analyses, 15 GH29 α-l-fucosidases were selected for functional characterisation. HPAEC-PAD and LC-FD-MS/MS analyses revealed substrate and linkage specificities for α1,2, α1,3, α1,4 and α1,6 linked fucosylated oligosaccharides and glycoconjugates, consistent with their SSN clustering. The structural basis for the substrate specificity of GH29 fucosidase from Bifidobacterium asteroides towards α1,6 linkages and FA2G2 N-glycan was determined by X-ray crystallography and STD NMR. The capacity of GH29 fucosidases to carry out transfucosylation reactions with GlcNAc and 3FN as acceptors was evaluated by TLC combined with ESI–MS and NMR. These experimental data supported the use of SSN to further explore the GH29 sequence-function space through machine-learning models. Our lightweight protein language models could accurately allocate test sequences in their respective SSN clusters and assign 34,258 non-redundant GH29 sequences into SSN clusters. It is expected that the combination of these computational approaches will be used in the future for the identification of novel GHs with desired specificities.

En este artlculo se hacen algunas observaciones sobre un estado de la materia (estado vital), propuesto para reemplazar el de materia viva, que se usa habitualmente.La materia en estado vital se organiza por una fuerza interna, que podríamos calificar como inteligente, que hace que los átomos se orienten y se organicen con determinada finalidad para fabricar células, para modelar órganos y, éstos, para culminar su obra integrándose con la armonía más admirable, para constituirse en organismos ya sea vegetales o animales.Los planetas no tienen materia en estado vital; son masas que giran y giran, aparentemente sin finalidad conocida. En cambio, en nuestro planeta una buena parte de su masa adquirió vida, lo que llamamos biomasa, que abarca todos los organismos vivos, tanto vegetales como animales, en una proporción tal que si se pudiera calcular su peso nos daría cifras astronómicas.Sobre el futuro de nuestro sol los científicos predicen que en los próximos 1.100 millones de años aumentará su luminosidad en un 10%. Esto sobre calentará a la Tierra como consecuencia de un severo efecto de invernadero. El agua de los mares y océanos hervirá y la vida en el planeta se extinguirá.El universo está constituido por energía y materia, que pueden transformarse la una en la otra. La energía se presenta en varias fases, entre ellas, en la energía eléctrica, la luz y el calor, cuya naturaleza íntima nos es tan desconocida. La materia también está en varios estados: sólido, líquido, gaseoso, iónico, molecular y coloidal.En el presente estudio intento hacer algunas observaciones sobre otro estado de la materia, que he denominado estado vital, nombre que propongo para reemplazar el de materia viva, que se usa habitualmente. Par hacerlo me baso en una consideración elemental: los átomos que integran la biomasa terrestre son los mismos que constituyen la materia inerte, no están vivos. En efecto, los átomos de C,N,K, Na, CI, P, Mg, S, Fe, Cu, Mn, Zn, B, Mo, Ca y Ca. 0, no tienen ninguna de las cualidades inherentes a la vida. De paso es de observar que dichos átomos pertenecen a valores bajos en la escala de Meyer-Mendeljeff...

PersonalidadEl 18 de Octubre pasado se cumplieron 30 años de la muerte del Profesor Luis López de Mesa, fecha luctuosa para la cultura americana. Con tal motivo quiero revivir su memoria y rendirle un cálido homenaje de gratitud y admiración, haciendo reminiscencias de hechos y anécdotas vividas gracias a la cordial amistad que me permitió apreciar la grandeza de su personalidad, que brilló con luz propia en todos los campos del saber humano, que lo llevó a escalar sitio de honor entre los grandes humanistas del continente.Sería un atrevimiento de mi parte, dada la poquedad de mis recursos literarios, intentar una biografía del profesor López de Mesa, tanto más, cuando eminentes autores han escrito obras magistrales relatando y exaltando las múltiples facetas de su excepcional cultura.Mi propósito es modesto: no he de referirme a su actuación como fundador del Colegio Máximo de las Academias Colombianas, ni de su hija “Bahía Solano”, ni del brillo con que desempeñó cargos tan importantes como Rector de la Universidad Nacional, Ministro de Educación Nacional y de Relaciones Exteriores, miembro de las más prestigiosas sociedades científicas y culturales, tanto nacionales como extranjeras, autor de numerosas obras a cual más eruditas, originales y profundas, y tantos títulos, cargos y actuaciones, que me sería largo enumerar.La sencillez y su modestia fueron admirables, como han sido las de los grandes genios. No conoció la vanidad ni el orgullo. Casi me atrevería a pensar que no se dio cuenta de su propia grandeza, a pesar de los múltiples y más variados elogios, honores y homenajes que le rendían tanto en el ambiente nacional como en el internacional, donde contaba con la admiración de los más brillantes exponentes de la cultura, que, distantes, se admiran recíprocamente, como de lejos se divisan y se contemplan las más elevadas cumbres de las montañas.Su compleja erudición y profundos conocimientos le imprimieron una personalidad que llevaron a algunos a calificar como incomprensible, abstrusa. Conociéndolo como lo conocí, no puedo compartir tan equivocados conceptos. Quienes así pensaban, estaban reconociendo tácitamente su menoría cultural. (Menoría, de menor). A propósito recuerdo la conferencia que dictó el Profesor en 1946 sobre el origen y la evolución de la vida en el planeta , a la cual tuve el placer de asistir. Se refirió al origen de la vida en el mar hace millones de años y continuó su exposición sobre las diferentes etapas de su evolución, haciendo énfasis en el fenómeno de la adaptación de los primeros vertebrados a la vida terrestre.Hizo mención especial del primer pez que intentó hacerlo, etapa que calificó como trascendental para la evolución de las especies. Citó el nombre de este pez en la clasificación, si no recuerdo mal, un Crossopterigio, y, para que se entendiera mejor, dijo que era así como una variedad de sardina. Esta aclaración desató una serie de comentarios diciendo que el Profesor López de Mesa había sostenido que el hombre desciende de la sardina. En rigor científico, pensando en la filogenia y en la evolución en millones de años, el Profesor tenía razón...

Comentario sobre su origen endógeno y sus aplicaciones terapéuticasPocas drogas han sido más estudiadas que el grupo de los digitálicos, estrofantinas y ouabaina, cuyo estudio es objeto del presente trabajo.La ouabaina empezó a ser estudiada desde el siglo pasado. La primera referencia conocida corresponde a Pelikan, 1865 (1), como veneno que empleaban para las flechas en Gabón (Africa). (.)(.) Vinieron luego los trabajos de Fraser, 1869, (2, 3, 6), Polaillon, 1871 (4), Amaud, 1888 (5), Vaquez y Lutembacher, 1917 (7), Stoll, 1939 (8), Lapicque, 1929 (9), Wiggers, 1927 (10), Ytantos otros (11, 12, 13). En la obra de Kisch (14) aparecen más de 700 referencias bibliográficas sobre el particular.Ouabaina de origen endógeno. PurificaciónDurante muchos años se conoció la ouabaina como de origen vegetal, elaborada por las plantas Strophanthus Glaber(k-estrofantina),AcocantheraOuabaio(Ouabaina) yStrophanthus Kombe (k-estrofantina y kestrofantósido). Una propiedad común a todos los digitálicos, estrofantina y ouabaina es que todos son inhibidores de la bomba de Na-K, encargada de regular la salida de Na y la entrada de K celular.Estudiando los inhibido res de esta bomba han encontrado en años recientes resultados extraordinarios en relación con el origen endógeno de algunos de estos inhibidores, entre ellos la ouabaina. Por considerarlos de extrema importancia y actualidad científica me permito citar algunos de ellos. Hamlyn y Manunta (15, 16, 17, 18, Y 19) hicieron estudios sobre el particular y lograron identificar en el plasma humano un compuesto igual a la ouabaina. Estos hallazgos fueron confirmados después por otros autores (20, 21, 22, 23 Y24).Ham bl yn (19) da varios argumentos que ponen en evidencia que el compuesto químico encontrado es ouabaina pura, y, lo que es más interesante, que tiene un origen endógeno. a) Por espectroscopia de alta resolución encontraron un compuesto idéntico a ouabaina (585.291). b) El número y la reactividad de los grupos hidroxílicos en la acetilación del compuesto humano corresponde a ouabaina. c) Los efectos cardiotónicos y vasoconstrictores de la ouabaina y del compuesto humano en curí, son idénticos. d) El compuesto humano y la ouabaina comercial “co-elute” en variedad de sistemas cromatográficos, capaces de resolver estereoisómeros de ouabaina, inclusive los que contienen isómeros de ramnosa. e) El compuesto humano tiene 100% reacción cruzada con anticuerpos policlonales contra una serie de conjugados de ouabaina, en el conejo...

En días pasados el ex presidente Dr. Alfonso López Michelse publicó un extraordinario artículo sobre el pro y el contra de la sociabilización de la medicina (El Tiempo, agosto 10, página 5). Se refirió a nuestros más ilustres profesores a la manera de ejercer su profesión y el profesorado, con honorarios puramente simbólicos.Describió magistralmente la evolución que ha tenido el ejercicio de la profesión hasta llegar a nuestros días. Es tan exacta la descripción, y tan documentada, que juzgo muy Importante hacer resaltar esas ideas, Con tal propósito me permito transcribir algunos apartes.Refiriéndose a la iniciación del Instituto de Seguros Social les anotó: “Surgió, luego, como una amenaza a expensas de la medicina privada, la creación del Instituto de Seguros Sociales” y más adelante “con el advenimiento de la medicina prepagada, una alta proporción de las clases adineradas optó por recurrir a la afiliación personal y de su familia. El golpe contra la medicina privada no tardó en hacerse sentir.Se disminuyeron drásticamente los ingresos de los médicos a consecuencia de las necesidades económicas inherentes a la medicina prepagada. Se buscaron profesionales contratables a bajas tarifas. Y se renunció, en cierto modo, a contratar los servicios de los más acreditados médicos”.“Por último, la Ley 100, con la creación de las empresas promotoras de salud IEPS), cuya meta es cubrir el ciento por Ciento de la población, le dio el puntilíazo final a la medicina privada, para terminal, refiriendose a la socialización de la medicina, conceptuó que mientras “se realice a expensas de la profesión médica (el subrayado es mío) y se genere una competencia desleal en razón a los bajos emolumentos y de las consultas hechas a la carrera para cumplir con un horario, los beneficios para la comunidad y para la profesión médica seguirán siendo muy cuestionables”. ¡Qué conceptos tan justos y tan oportunos!No es mi intención comentar las condiciones, ni la calidad de los servicios que prestan las EPS y las IPS a los usuarios; no me referiré a las citas tardas, ni a la limitación que tienen los médicos para formular determinadas drogas (si las dan), ni a las aglomeraciones, ni a los bonos que tienen que comprar para pagarles a los médicos, ni a la tenuda preexistencia, ni a los costos. Únicamente me propongo hacer algunas breves observaciones sobre las condiciones en que tienen que trabajar los médicos.

Se propone reemplazar el término de materia viva por el de estado vital de la materia por considerarlo adecuado, pues la materia es la misma, lo que cambia es su estado. Se estudia la relación entre la superficie específica y el estado vital de la materia. Constante del estado vital y el valor crítico de la superficie específica. Qué es la fuerza de inducción vital? Diferenciación funcional de las células. Cómo regula la unidad biológica su superficie específica? La materia que piensa es el fenómeno más grandioso de la creación.Sin entrar en disquisiciones sobre la naturaleza, manifestaciones y formas de la energía, me permito hacer unas a manera de divagaciones sobre los diferentes estados de la materia, que es una forma de la energía.Estados de la materiaSabemos que la mínima porción de la materia es el átomo, que tiene una composición compleja, que no es del caso estudiar. Los átomos pueden existir aislados y estar en lo que llamamos estado iónico. Si los átomos se juntan, forman moléculas, y su existencia constituye el estado molecular. Si las moléculas se juntan, forman complejos más grandes y tendremos las micelas, que constituyen el estado coloidal.Hasta aquí nuestros conocimientos nos son familiares, triviales. Pero hay un estado más complejo, en el cual entra materia en estado iónico, molecular y coloidal entrelazados entre sí, con propiedades totalmente diferentes. La materia en este estado adquiere caracteres extraordinarios tales como el de crecer, reproducirse, independizarse de las leyes físicas, puede autorregular su composición química, autorregular sus manifestaciones físicas, reaccionar ante los estímulos más variados, puede llegar hasta alturas inconcebibles integrando ideas. A este estado fue al que llamé en publicación anterior (1) estado vital, concepto que fue corroborado más ‘tarde por J.R. Brown (2) cuando me comentó “ I believe that the term vital state, which you used in your paper was well chosen, and should be more widely adopted”.Propuse el término de estado vital para sustituir al de materia viva que considero inadecuado, pues la materia, los átomos, las moléculas, que entran en la constitución de los seres vivos es la misma: es el mismo 02, es el mismo Ca, el mismo K, el mismo Na, es la misma agua, etc. Son los mismos elementos pero en estado diferente...

La investigación científica ha constituido el ideal de mi vida.Permítame resumir algunos de mis artículos que publiqué en mi relativa larga carrera profesional. Elprimer artículo versó sobre la generación espontánea cuando cursaba tercer año de medicina (1933). Propuse cambiar el término de materia viva por el de estado vital de la materia que en mi concepto, es más exacto si pensamos en la composición química de los seres vivos, pues los átomos que integran materia viva, tales como O, H, K, Ca, Na, Ph, etc., son los mismos, tienen la misma estructura, pero están en otro estado, que podríamos llamar estado vital de la materia. Hice además algunos comentarios sobre los experimentos que hizo el gran sabio francés Louis Pasteur.Luego vino el hallazgo de la contracción prosténica.En aquella época todos los cargos docentes de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacionaleran nombrados por riguroso sistema de concursos. Eran del primer peldaño, para ascender más tarde ala carrera del profesorado. Desafortunadamente más tarde vino un decano que acabó con los concursos. Si hoy tuviera yo alguna autoridad, seguramente lo primero que me propondría hacer sería crearlosnuevamente.En el año que cursé segundo año de medicina me sedujo el estudio de la Fisiología, cuyo profesorera el Dr. Carlos Trujillo Gutiérrez, excelente maestro.Adiestrándome en las prácticas del laboratorio de Fisiología, para presentarme al concurso de preparador se me presentó un fenómeno muy raro, que no conocía; el profesor Trujillo tampoco lo conocía. Posteriormente en París, el profesor Louis Lapicque, profesor de Fisiología en la Sorbona y uno de los más eminentes científicos de la época, tampoco lo conocía. Me dijo que eso posiblemente se presentaba sólo en las ranas de Bogotá, me preguntó qué variedad de ranas había en Bogotá. Como le dijera que Rana esculenta, me dijo que en Colombia no había esa variedad. En realidad la variedad que tenemos es Hyila labialis. Recuerdo también que me dijo que sería étonné si el fenómeno que yo había hallado apareciera en las ranas de París, Rana esculenta; me facilitó todos los aparatos y elementos que yo necesitaba, los acepté y la contracción prosténica apareció perfecta.A partir de este momento continué trabajando en el laboratorio dirigido en la parte científica por el propio profesor Lapicque, de quien recibí sabias enseñanzas, entre ellas el consejo que no he olvidado, y no olvidaré.Me dijo: profundice sus conocimientos para que cuando usted hable nadie le pueda contradecir.El nombre de contracción prosténica lo tomé del griego prostestos, agregado. Por eufonía la llaméprosténica. La culminación del estudio sobre la contracción prosténica está detallada en el artículo que publiqué en el Journal de Physiologíe, de París en 1959.

Sin pretender agotar el tema queremos hacer algunas consideraciones sobre la Fisiología de la coagulación y su importancia en la Clínica, recordando únicamente los hechos más recientes, y dejando deliberadamente a Un lado las teorías antiguas que en abundancia exuberante se han emitido sobre el fenómeno de la coagulación de la sangre. La coagulación de la sangre es la transformación de un hidrosol (fibrinógeno) en un hidrogel (fibrina). Bordet y sus discípulos dicen que la coagulación se debe a que la trombina hace insoluble el fíbrinógeno, por medio de una acción diastásica, y que la trornhina es la resultante de la activación del proserozimo que se halla normalmente en la sangre, por el citozimo proveniente de los glóbulos blancos. El profermento existe normalmente en la sangre, siendo por lo tanto necesario para la coagulación la formación de una kinasa activante que no es otra que el erozimo, el cual existe normalmente también en las células, y no es puesto en libertad sino por una alteración de las mismas.

E. A. (Mayo 5/43). De 40 años, natural de Bogotá. Estado mental satisfactorio. Dice que en la familia ninguno ha sufrido de epilepsia. La menstruación apareció hacia los 12 años y que poco tiempo antes ya le daban los ataques, los cuales le venían de preferencia durante la menstruación.

Durante mi permanencia en el "Laboratorio de Fisiología de la Facultad de Medicina de París en los años de 1936 y 1937 estudié, como colaborador del profesor León Binet y en asocio del doctor Strumza, las modificaciones del electrocardiograma durante la anoxemia aguda, en el perro, habiendo obtenido resultados muy interesantes, algunos de ellos no conocidos hasta entonces. Hoy presento un trabajo sobre el electrocardiograma normal en Bogotá. La importancia del tema me parece enorme, en primer lugar porque aún no existen entre nosotros cifras sacadas de nuestra realidad, teniendo que seguirnos por cifras extranjeras, y en segundo lugar porque estando situada Bogotá a 2640 metros sobre el nivel del mar y siendo tan discutido el problema de si aquí trabaja más o menos el corazón, es de esperarse que los datos que dé el electrocardiograma contribuyan, en parte, a dilucidar este interesantísimo problema.

Crease el Instituto de Biología Experimental, dependiente de la Universidad Nacional, como centro dedicado exclusivamente a la investigación y al avance de la ciencia.

En publicaciones anteriores he estudiado una variedad de contracción del músculo estriado de la rana consistente en una contracción rítmica producida por una excitación tetanizante que, para comodidad de las descripciones, he venido llamando contracción prosténica. Durante mi reciente estadía en París, a donde fuí enviado por el Gobierno Nacional a hacer estudios de especialización en Fisiología, tuve oportunidad de profundizar el estudio del problema, pues en mi tesis de grado hice un estudio tan profundo como me lo permitieron los medios de que dispuse en el Laboratorio de Fisiología de la Facultad de Medicina de Bogotá, con una bibliografía tan completa como fue posible con las obras y revistas que posee la Biblioteca de nuestra Facultad. Consultando bibliografía en la Biblioteca de la Facultad de Medicina de París encontré que el primero que observó sacudidas musculares durante el tétanos fue Charles Richet (1879) en el músculo de las pinzas del cangrejo, quien por lo demás declaraba en aquella época que estas sacudidas no se presentaban en ningún otro animal.

En las vacaciones de 1930 a 1931, me adiestraba en los trabajos prácticos del Laboratorio de Fisiología. Entre las gráficas que tomé entonces está la que se ve representada en la figura 1 (gráfica número 1, enero 15 de 193 1). Como lo que me proponía era únicamente ponerme práctico en el manejo de los aparatos, desprecié un fenómeno que se presentó a mi vista y seguí tomando gráficas, ya en unas condiciones, ya en otras, sin habérseme ocurrido siquiera apuntar el dispositivo experimental con que tal fenómeno apareció y me limité únicamente a comentarlo. En efecto, en mis anotaciones personales encuentro lo siguiente sobre este asunto.

No quiero hoy hablar, ni menos tratar de escudriñar los más intimus secretos de las causas que engendran y conservan este estado particular de la materia que en otra ocasión llamé estada vital (1); no quiero tratar de penetrar en el abismo profundo de sus más recónditos secretos; quiero simplemente hacer algunos comentarios generales sobre la causa posible de las manifestaciones objetivas de los fenómenos vitales.