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Gene content inside runs of homozygosity overlapping regions (ROH Islands). (DOCX 27 kb)

Gene Ontology (GO) terms and KEGG pathways enriched (p

Runs of homozygosity islands and signatures of selection located within or closely to those islands observed in the present study. (DOCX 19 kb)

Mean linkage disequilibrium (LD) estimated considering a physical distance lower than 100 kb between markers for each Bos taurus autosome and within each runs of homozygosity island. (DOCX 17 kb)

Stress and recognition of humans in weanling piglets. This study was aimed at investigating whether after weaning, piglets recognize persons that have handled them aversively during the lactation period, and whether such treatment intensifi es the stress of weaning. Before weaning, five litters received aversive handling treatment involving an aggressive and intimidating voice; six litters were treated conventionally. After weaning, the piglets’ behavior was compared in a series of tests. Compared to day 10 after weaning, in the fi rst two days after weaning higher frequencies of escape attempts, vocalizations, and standing and sitting, accompanied by a lower frequency of feeding (p

Submitted by ELISA PERIPOLLI null (elisa_peripolli@hotmail.com) on 2017-03-13T10:53:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Elisa_Peripolli.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) Made available in DSpace on 2017-03-20T13:45:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 peripolli_e_me_jabo.pdf: 1486638 bytes, checksum: 15fbc97f7599f86e3e8dcccabf250bab (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) As corridas de homozigose, do inglês “Runs of homozygosity” (ROH), são segmentos homozigóticos contínuos que estão presentes em indivíduos e populações. A habilidade desses segmentos em elucidar sobre eventos genéticos populacionais torna-os uma ferramenta capaz de prover informações valiosas a respeito da evolução demográfica de uma população ao longo do tempo. Além disso, informações amplas do genoma fornecem subsídios relevantes para compreender a constituição genética de um animal por meio da caracterização dos ROH, constituindo uma metodologia acurada para manter a diversidade genética em diversas populações animais. O objetivo deste estudo foi (i) acessar a autozigosidade do genoma de bovinos da raça Gir Leiteiro a fim de caracterizar os padrões de ROH; (ii) prospectar genes em ROH compartilhados por mais de 50% da população, e por fim (iii) comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir da proporção genômica em homozigose (FROH), da matriz genômica de parentesco G (FGRM) e do pedigree tradicional (FPED). Animais da raça Gir Leiteiro foram genotipados com o BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) que contêm 777.962 SNPs (n=582), BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) contendo 54.609 SNPs (n=1664) e GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K) que contêm 27.533 SNPs (n=662). Todos os genótipos foram imputados para o painel BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs sem posição definida ou mapeados nos cromossomos sexuais foram removidos do conjunto de dados. Após a edição, 2908 animais e 735,236 SNPs foram mantidos para as análises. Os ROH foram identificados por meio do software PLINK v1.07 considerando os seguintes parâmetros: uma janela deslizante de 50 SNPs, o número mínimo de SNPs consecutivos incluídos em um ROH foi 100, o comprimento mínimo de um ROH foi ajustado para 1 Mb, o intervalo máximo entre SNPs homozigóticos consecutivos foi de 500 kb, uma densidade de 1 SNP por 50 kb, cinco SNPs com genótipos faltantes e um genótipo heterozigoto. O FPED foi estimado por meio do software INBUPGF90. Para cada animal foi calculado um FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb e FROH>16 Mb) com base na distribuição de ROH a partir de cinco comprimentos (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16 e > 16 Mb, respectivamente. O FGRM foi calculado a partir da diagonal da matriz de relação genômica (G). Os ROH foram identificados em todos os animais, apresentando um número médio de 55,12±10,37 segmentos por animal e um comprimento médio de 3,17 Mb. Segmentos curtos (ROH1-2 Mb) foram abundantes nos genomas, representando cerca de 60% de todos os segmentos identificados, no entanto, cobriram apenas uma pequena proporção do genoma. Nossos resultados demonstraram que em média 7,01% (175,28 Mb) do genoma dessa população é autozigótico. As estimativas de FPED variaram de 0,000 a 0,327 e as de FROH de 0,001 a 0,201. Correlações baixas a moderadas foram observadas entre as estimativas de FPED-FROH e FGRM-FROH, com valores entre -0,16 e 0,59. As correlações entre FROH de diferentes comprimentos e FPED aumentaram com comprimento dos ROH. ROH compartilhados por mais de 50% das amostras foram classificados como ilhas de ROH. Quatorze ilhas de ROH foram identificadas e diversos genes contidos nessas ilhas foram associados com o teor de gordura do leite (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2 e STAT1), involução da glândula mamária (IGFBP7), lactação (CHR e TRAPPC9) e adaptação ao calor (HSF1). Nossos resultados sugerem que (i) as baixas correlações (r0.44) entre segmentos grandes indica que os níveis de autozigosidade derivados dos ROH podem ser utilizados como uma estimativa acurada dos níveis de endogamia; e (ii) ROH podem ser utilizados para identificar regiões genômicas sob seleção, uma vez que várias regiões compartilhadas estavam associadas com características de leite e adaptação. Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments that are common in individuals and populations. The ability of these segments to give insight into a population's genetic events makes them a useful tool to provide information about the demographic evolution of a population over time. Additionally, genome-wide information provides valuable information to comprehend the animal’s genome based on ROH, being and accurate tool to maintain diversity and fitness in livestock populations. The aim of this study was (i) to access genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), GRM approach (FGRM), and from pedigree-based coefficient (FPED). Gyr dairy animals were genotyped with the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), that contains 777,962 bialleleic SNPs markers (n=582); the BovineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA), containing 54,609 SNPs (n=1664); and with the GGP-LD Indicus (Geneseek® Genomic Profiler Indicus 30K), that contains 27,533 bialleleic SNPs markers (n=662). All genotypes were imputed to the BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA). SNPs unsigned to any chromosome and mapped to sexual chromosomes were removed from the dataset. After editing, 2908 animals and 735,236 SNPs were retained for the analyses. ROH were identified using PLINK v1.07 considering the following parameters: a sliding window of 50 SNPs, the minimum number of consecutive SNPs included in a ROH was 100, the minimum length of a ROH was set to 1 Mb, the maximum gap between consecutive homozygous SNPs was 500 kb, a density of 1 SNP per 50 kb, and a maximum of five SNPs with missing genotypes and up to one heterozygous genotype were allowed in a ROH. FPED was estimated through the software INBUPGF90. For each animal FROH (FROH1-2 Mb, FROH2-4 Mb, FROH4-8 Mb, FROH8-16 Mb, and FROH>16 Mb) was calculated based on ROH distribution of five minimum different lengths (ROHj): 1-2, 2-4, 4-8, 8-16, and >16 Mb, respectively. FGRM was calculated from the diagonal of the genomic relationship matrix (G). ROH were identified in all animals, with an average number of 55.12±10.37 segments and a mean length of 3.17 Mb. Short segments (ROH1-2 Mb) were abundant through the genomes, accounting for 60% of all segments identified, however, they just covered a small proportion of the genome. Our results suggest that on average 7.01% (175.28Mb) of the genome of this population is autozygous. FPED estimates ranged from 0.000 to 0.327 and FROH from 0.001 to 0.201. Low to moderate correlations were observed between FPED-FROH and FGRM-FROH, with values ranging from -0.16 to 0.59. Correlations between FROH from different lengths and FPED increased with ROH length. ROH shared by more than 50% of the samples were chosen as an indication of a possible ROH islands throughout the genome, and 14 regions were identified. Several genes inside those ROH islands were associated with milk fat content (DGAT1, CYP11B, EEF1D, INSIG2, and STAT1), mammary gland involution (IGFBP7), lactation (CHR and TRAPPC9), and heat adaptation (HSF1). Our results suggest that (i) low correlations (r0.44) between larger ROH indicate that the levels of autozygosity derived from ROH can be used as an accurate estimator of individual inbreeding levels, and (ii) ROH might be used to identify genomic regions under selection as several overlapping regions were associated with dairy and adaptive traits.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agroecossistemas. Na suinocultura industrial, o desmame de leitões é realizado de forma brusca, geralmente às 3 semanas de vida e envolve, além da separação da mãe, a mudança de dieta, a remoção para um novo ambiente e a mistura de leitegadas visando lotes de pesos homogêneos. Estes elementos podem contribuir para agravar problemas relacionados ao desmame como a baixa ingestão de alimento e a conseqüente parada no crescimento e a alta incidência de diarréias e vocalizações que ocorrem nos primeiros dias pós-desmame. Isso interfere no comportamento, no bem-estar e na produtividade desses leitões. Um estudo foi desenvolvido no Centro Nacional de Pesquisa em Suínos e Aves - EMBRAPA, localizada no município de Concórdia - SC, com o objetivo de avaliar a influência da perda da mãe e concomitante mudança de dieta, a mudança no ambiente social e a transferência para um novo espaço físico, no desempenho e comportamento de leitões nos primeiros dias após o desmame. Vinte e quatro leitegadas foram desmamadas com 21 (± 1,4) dias e distribuídas aleatoriamente nos seguintes tratamentos: T1- retirou-se a porca e a leitegada permaneceu na baia de maternidade, T2- uma leitegada inteira foi levada para uma baia da creche, e T3- leitões - entre 9 e 12 - de duas leitegadas foram misturados e alojados na creche. As observações foram realizadas no dia do desmame e nos dias 2, 3, 4, 7 e 10 após o desmame. O ganho de peso, o consumo de ração e a conversão alimentar não diferiram significativamente entre os tratamentos. Houve efeito significativo do tratamento (P < 0,001), mas não do dia de observação (P > 0,5) nos comportamentos exploratório, deitado e interações agonísticas. O T1 apresentou menor freqüência do comportamento exploratório e maior tempo deitado e menor freqüência de interações agonísticas do que os dois outros tratamentos (P < 0,01). Os grupos do T3 apresentaram maior freqüência de interações agonísticas, maior freqüência do comportamento exploratório e menor freqüência do comportamento deitado do que os do T2 (P < 0,01). O tratamento (P < 0,01) e o dia (P < 0,001) influenciaram a freqüência de vocalizações, que foi semelhante entre T2 e T3 e menor (P < 0,01) no T1. Em relação às lesões de pele graves, houve uma interação entre tratamento e dia de avaliação. No dia 2 pós-desmame houve maior porcentagem de leitões com lesões graves no T3 (P < 0,1) do que nos outros dois tratamentos que não diferiram entre si. No dia 7, os três tratamentos diferiram entre si (P < 0,001), sendo maior a porcentagem no T3 e menor no T1. A remoção de dois estressores - a mudança de ambiente físico e a mistura social - favoreceu alguns indicadores de bem-estar nos leitões, de forma que este foi superior naqueles do tratamento que permaneceu na maternidade. A mistura de leitões foi o fator que mais afetou o bem-estar dos animais, a julgar por alguns comportamentos apresentados, como a alta freqüência de vocalizações e interações agonísticas acompanhadas de lesões graves de pele, indicando dor e sofrimento desses animais. A mudança de ambiente físico, um fator pouco estudado como estressor na suinocultura e prevalente em vários manejos da suinocultura industrial, teve uma contribuição relevante no empobrecimento do bem-estar desses animais. Os resultados deste estudo permitem inferir sobre possíveis alterações no manejo que podem contribuir para melhorar o bem-estar dos suínos, como por exemplo, a realização de sistemas que favoreçam a integração das leitegadas antes do desmame com desmame em etapas, com vistas a separar os estressores aos quais os leitões são submetidos por ocasião do desmame.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciência Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agroecossistemas. A suinocultura é uma atividade de grande importância econômica em várias regiões do Brasil. A criação de suínos depende de alimentos ricos em proteína e energia, os quais são responsáveis por mais de 70% dos custos de produção. O alimento mais utilizado como fonte protéica na suinocultura é o farelo de soja, derivado do esmagamento do grão de soja integral e considerado pela indústria de óleo vegetal como subproduto. Suinocultores, produtores de soja, vendem os grãos para as indústrias esmagadoras de soja, e delas compram o farelo para alimentação dos animais, pagando geralmente mais pelo kg de farelo do que recebem pelo kg de soja in natura. Seria mais lógico se esses produtores pudessem utilizar o grão integral de soja diretamente na alimentação dos animais, evitando descontos e despesas de transporte e armazenamento do produto. Apesar de ser uma excelente fonte protéica e energética para os suínos, sua utilização tem como limitante a presença de substâncias conhecidas como fatores antinutricionais, ligados à digestão de proteínas. No entanto, estes fatores são termolábeis, necessitando de calor para sua desativação, o que poderia possibilitar o uso do grão de soja integral na propriedade agrícola, como alimento para os suínos, sem antes ter que processá-lo na indústria de óleo de soja. Com o objetivo de avaliar a viabilidade da utilização do grão integral de soja desativado (GISD) in natura na produção de suínos, foram testados diferentes tratamentos experimentais de substituição parcial e total de farelo de soja (FS) por GISD como fonte protéica na dieta dos animais, em rações isoprotéicas e isocalóricas. Para isso foram utilizados 160 suínos, machos castrados e fêmeas, criados separados por sexo, em baias de 4,2 m2, com 4 animais por baia, e distribuídos em blocos ao acaso, com cinco tratamentos e oito repetições. Suínos alimentados com GISD consumiram quantidades diárias semelhante de ração a dos alimentados com FS, e seu ganho de peso diário médio (GPDM) foi semelhante, sugerindo que os animais não rejeitaram o GISD nem tiveram inibida a sua taxa de crescimento. A conversão alimentar (CA) dos animais que receberam GISD foi em torno de 0,10 kg pior do que a dos animais que receberam apenas FS, representando em torno de 5 a 6 kg a mais de ração consumida dos 30 aos 100 kg de peso vivo. No entanto, a espessura de toucinho (ET) medida in vivo e no frigorífico foi 2 a 3 mm menor nos suínos alimentados com GISD do que com FS, os quais apresentaram maior rendimento de carne (RC), que resultou em 1 a 2 % a mais de bônus na tipificação de carcaças, compensando o maior custo de produção. Suínos machos castrados consumiram mais ração do que as fêmeas e apresentaram maior GPDM, porém pior CA, maior ET e menor RC. Conclui-se que o GISD pode ser utilizado na alimentação dos suínos em substituição parcial ou total do FS, sem prejuízo para o desenvolvimento dos animais, e se constitui numa alternativa viável para uso na suinocultura.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Agroecossistemas. Estabelece Técnicas de manejo para leitões na fase de creche (do desmame aos 65 dias de idade), criados em Sistemas de Criação de Suínos ao Ar Livre. Foram avaliadas duas idades de desmame, aos 21 e aos 30 dias de idade e duas dietas compostas a partir de três rações apresentada com as variáveis, com e sem promotores de crescimento. Com esse trabalho identificou-se a melhor idade de desmame e a dieta que resultou no melhor desempenho produtivo e econômico para este sistema de criação.