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RESUMEN En el presente artículo de reflexión se establecen los criterios que deben ser tenidos en cuenta en la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) implementada a partir del Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto y la Construcción de una Paz estable y Duradera (AFTCCPED) suscrito entre el Gobierno Nacional de Colombia y las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia- Ejército del Pueblo (FARC-EP) en el año 2016, para dar aplicación a la amnistia y el indulto, «medidas del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición», a personas que están siendo investigadas en esta Jurisdicción con ocasión, por causa o en relación directa o indirecta con el conflicto armado. Tales criterios se identifican a partir de los estándares internacionales establecidos por la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), la Corte Penal Internacional (CPI) y la Corte Constitucional de Colombia, a fin de contar con lineamientos unificados para que el Estado colombiano cumpla con la obligación de investigar, esclarecer, perseguir y sancionar las graves violaciones a los derechos humanos e infracciones al Derecho Internacional Humanitario. ABSTRACT This reflection paper establishes the criteria that should be taken into account in the Special Jurisdiction for Peace (JEP) implemented from the Final Agreement to End the Armed Conflict and Build a Stable and Lasting Peace, signed between the National Government of Colombia and the Revolutionary Armed Forces of Colombia - People's Army (Farc-Ep) in 2016, in order to give application to the amnesty and pardon as «measures of the Integral System of Truth, Justice, Reparation and Non-Repetition», to persons being investigated in this jurisdiction on occasion, for cause, or in direct or indirect relation to the armed conflict in Colombia. These criteria were identified based on international standards established by the Inter-American Court of Human Rights (IACHR), the International Criminal Court and the Constitutional Court of Colombia, in order to have unified guidelines, this with the intention that the Colombian State meet the commitment to investigate, clarify, prosecute and punish serious violations against human rights and violations of International Humanitarian Law.