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2,257 results on '"Institut des Sciences Analytiques (ISA)"'

1. Granulocyte Colony-Stimulating Factor Nanocarriers for Stimulation of the Immune System (Part I): Synthesis and Biodistribution Studies

Author

Gloria Jiménez Sánchez, Doriane Mathé, Charles Dumontet, David Kryza, Carole Chaix, Stéphane Roux, Jacqueline Taleb, Gabriel De Crozals, Marc Janier, SIMS - Surfaces-(bio)Interfaces - Micro & Nano Systèmes, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Laboratoire d'automatique et de génie des procédés ( LAGEP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Univers, Transport, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules ( UTINAM ), Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et d'Application en Traitement de l'Image et du Signal ( CREATIS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interfaces & biosensors - Interfaces & biocapteurs, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'automatique et de génie des procédés (LAGEP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Univers, Transport, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules (UMR 6213) (UTINAM), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and The authors would like to thank Christian Chapelle (Pulsalys/SATT de Lyon) for his constant support during the project. Financial support was provided by Pulsalys/SATT de Lyon, the Ministry of Research and Education and the Lyric Grant INCa-DGOS-4664.

Subjects
Biodistribution, medicine.medical_treatment, Biomedical Engineering, Pharmaceutical Science, Bioengineering, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mice, Drug Delivery Systems, Immune system, Adjuvants, Immunologic, Cancer immunotherapy, In vivo, Granulocyte Colony-Stimulating Factor, PEG ratio, medicine, Animals, [CHIM]Chemical Sciences, Tissue Distribution, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Pharmacology, Drug Carriers, Chemistry, Organic Chemistry, Silicon Dioxide, 021001 nanoscience & nanotechnology, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Granulocyte colony-stimulating factor, Colloidal gold, Biophysics, Nanoparticles, Gold, Nanocarriers, 0210 nano-technology, Spleen, Biotechnology
Abstract

In the field of cancer immunotherapy, an original approach consists of using granulocyte colony-stimulating factor (G-CSF) to target and activate neutrophils, cells of the innate immune system. G-CSF is a leukocyte stimulating molecule which is commonly used in cancer patients to prevent or reduce neutropenia. We focused herein on developing a G-CSF nanocarrier which could increase the in vivo circulation time of this cytokine, keeping it active for targeting the spleen, an important reservoir of neutrophils. G-CSF-functionalized silica and gold nanoparticles were developed. Silica nanoparticles of 50 nm diameter were functionalized by a solid phase synthesis approach. The technology enabled us to incorporate multiple functionalities on the surface such as a PEG as hydrophilic polymer, DTPA as 111In chelating agent and G-CSF. The gold nanocarrier consisted of nanoparticles of 2–3 nm diameter elaborated with DTPA groups on the surface and functionalized with G-CSF. We studied the particle biodistribution i...

Published
2017

2. Ultraviolet exposure regulates skin metabolome based on the microbiome

Author

Vijaykumar Patra, Natalie Bordag, Yohann Clement, Harald Köfeler, Jean-Francois Nicolas, Marc Vocanson, Sophie Ayciriex, Peter Wolf, Medical University Graz, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Medical University of Graz, CheMod, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, BioTechMed-Graz, Graz University of Technology [Graz] (TU Graz)-Karl-Franzens-Universität Graz-Medical University Graz, and Austrian Science Fund (FWF, W1241)

Subjects
[STAT]Statistics [stat], Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

Skin metabolites (

Published
2023

3. The lipidome associated with the γ-secretase complex is required for its integrity and activity

Author

Andrej Shevchenko, Mohamed Chami, Sophie Ayciriex, Hermeto Gerber, Henning Stahlberg, Guillermo M. Garcia Osuna, Patrick C. Fraering, Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon, Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics ( MPI-CBG ), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, medicine.medical_treatment, Biochemistry, Substrate Specificity, lipid microenvironment, Amyloid beta-Protein Precursor, chemistry.chemical_compound, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], lipid species, APH-1, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, gamma-secretase, intramembrane-cleaving protease, mass spectrometry, chemistry.chemical_classification, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Lipidome, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 3. Good health, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Intramembrane protease, Proteolipids, Biology, 03 medical and health sciences, proteoliposomes, Alzheimer Disease, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Phosphatidylcholine, medicine, Humans, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Molecular Biology, Gamma secretase, quantitative shotgun lipidomics, Protease, Cholesterol, Cell Biology, Lipid Metabolism, 030104 developmental biology, Enzyme, chemistry, biology.protein, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Amyloid Precursor Protein Secretases, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

gamma-Secretase is a multi-subunit membrane protease complex that catalyses the final intramembrane cleavage of the beta-amyloid precursor protein (APP) during the neuronal production of amyloid-beta peptides (A beta), which are implicated as the causative agents of Alzheimer's disease (AD). In the present study, we report the reconstitution of a highly purified, active gamma-secretase complex into proteoliposomes without exogenous lipids and provide the first direct evidence for the existence of a microenvironment of 53 molecular species from 11 major lipid classes specifically associated with the gamma-secretase complex, including phosphatidylcholine and cholesterol. Importantly, we demonstrate that the pharmacological modulation of certain phospholipids abolishes both the integrity and the enzymatic activity of the intramembrane protease. Together, our findings highlight the importance of a specific lipid microenvironment for the structure and function of gamma-secretase.

Published
2016

4. Micropolluants dans les eaux usées : qu'apporte un traitement tertiaire par adsorption sur charbon actif ?

Author

Guillossou , R, Gasperi , Johnny, Le Roux , Julien, Mailler , Romain, Briand , Céline, Vulliet , Emmanuelle, Morlay , Catherine, Nauleau , Fabrice, Rocher , Vincent, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains ( LEESU ), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] ( MATEIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), SAUR - Direction de la Recherche et Développement, SAUR, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Matériaux, ingénierie et science [Villeurbanne] (MATEIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Guillossou, Ronan, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [ SDE.IE ] Environmental Sciences/Environmental Engineering
Abstract

International audience

Published
2018

5. La spectrométrie de masse haute résolution : un outil innovant de caractérisation des ouvrages d’assainissement

Author

Bergé, Alexandre, Buleté, Audrey, Gasperi, Johnny, Mailler, Romain, Rocher, Vincent, Vulliet, Emmanuelle, TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains ( LEESU ), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -AgroParisTech, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Gasperi, Johnny

Subjects
[SDE] Environmental Sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

6. Granulocyte-Colony Stimulating Factor Nanocarriers for Stimulation of the Immune System (Part II): Dose-Dependent Biodistribution and In Vivo Antitumor Efficacy in Combination with Rituximab

Author

Marc Janier, Doriane Mathé, Charles Dumontet, Carole Chaix, David Kryza, Jacqueline Sidi-Boumedine, Gabriel De Crozals, Laboratoire d'automatique et de génie des procédés (LAGEP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Interfaces & biosensors - Interfaces & biocapteurs, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The authors would like to thank Christian Chapelle (Pulsalys/SATT de Lyon) for his constant support during the project. Financial support was provided by Pulsalys/SATT de Lyon and the Ministry of Research and Education. This work was supported by the Lyric Grant INCa-DGOS-4664., Laboratoire d'automatique et de génie des procédés ( LAGEP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Supérieure Chimie Physique Électronique de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), SIMS - Surfaces-(bio)Interfaces - Micro & Nano Systèmes, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Physico-Chimie des Matériaux Luminescents ( LPCML ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
Biodistribution, Lymphoma, medicine.drug_class, Biomedical Engineering, Pharmaceutical Science, Bioengineering, Mice, SCID, 02 engineering and technology, Monoclonal antibody, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mice, 03 medical and health sciences, Antineoplastic Agents, Immunological, 0302 clinical medicine, Immune system, Adjuvants, Immunologic, In vivo, Antineoplastic Combined Chemotherapy Protocols, Granulocyte Colony-Stimulating Factor, medicine, Animals, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Tissue Distribution, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Pharmacology, Drug Carriers, Innate immune system, Chemistry, Organic Chemistry, Drug Synergism, Silicon Dioxide, 021001 nanoscience & nanotechnology, 3. Good health, Granulocyte colony-stimulating factor, Mice, Inbred C57BL, Haematopoiesis, 030220 oncology & carcinogenesis, Cancer research, Nanoparticles, Female, Nanocarriers, Rituximab, 0210 nano-technology, Biotechnology
Abstract

The purpose of immuno-modulation is to increase or restore the action of immunocompetent cells against tumors with or without the use of monoclonal antibodies. The innate immune system is a key player in various pathological situations, but cells of this system appear to be inhibited or insufficiently active in malignancy or severe infectious diseases. The present study was designed to investigate therapeutic value of nanoparticles (NPs) coupled with bioactive hematopoietic growth factors acting on the innate immune system. The use of nanoparticles (NPs) allowing multimodal detection and multifunctional grafting are currently of great interest for theranostic purposes. In the present work, we have evaluated the impact of the number of granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF) grafted on the surface on the NPs on the biodistribution in mice thanks to indium 111 radiolabeling. Furthermore, we have investigated whether grafted G-CSF NPs could stimulate the immune innate system and enhance the therapeutic efficacy of the monoclonal antibody rituximab in mice bearing human lymphoma xenografts. Following intravenous (i.v.) administration of NP-DTPA and NP-DTPA/G-CSF-X high levels of radioactivity were observed in the liver. Furthermore, spleen uptake was correlated with the number of G-CSF molecules grafted on the surface of the NPs. Combining NP-DTPA/G-CSF-34 with rituximab strongly reduced RL tumor growth compared to rituximab alone or in combination with conventional G-CSF + rituximab. The use of highly loaded G-CSF NPs as immune adjuvants could enhance the antitumor activity of therapeutic monoclonal antibodies by amplifying tumor cell destruction by innate immune cells.

Published
2018

7. The SIPIBEL project: treatment of hospital and urban wastewater in a conventional urban wastewater treatment plant

Author

Jean-Luc Bertrand-Krajewski, Benoit Cournoyer, Agnès Bouchez, Jérôme Labanowski, Adriana Gonzalez-Ospina, Christophe Dagot, Laure Wiest, Yves Perrodin, C. Sebastian, Vivien Lecomte, Teofana Chonova, Yves Levi, Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Déchets Eaux Environnement Pollutions (DEEP), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau (GRAIE), Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Ecologie Systématique et Evolution (ESE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Wastewater Technical and Innovation Division, Suez Environnement, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques ( CARRTEL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ), Groupe de Recherche Rhône Alpes sur les Infrastructures et l'Eau ( GRAIE ), Déchets Eaux Environnement Pollutions ( DEEP ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), UMR 7285, Institut de Chimie des Milieux et des Matériaux de Poitiers, Université de Poitiers, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques ( RESINFIT ), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique ( GEIST ), Université de Limoges ( UNILIM ) -Université de Limoges ( UNILIM ), Faculté de Pharmacie, UMR 8079, Unité Ecologie, Systématique et Evolution, Université Paris Sud (Paris 11), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés ( LEHNA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Université de Poitiers-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Rhone Mediterranee-Corse Water Agency, Auvergne-Rhone-Alpes Regional Council, European Union, Haute-Savoie Department, Auvergne-Rhone Alpes Regional Health Agency, French National Agency for Water and Aquatic Environment (ONEMA), French Agency for Food, Environmental and Occupational Health and Safety (ANSES), French Ministry in charge of Environment and French Ministry in charge of Health, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
0301 basic medicine, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], risque environnemental, projet urbain, environmental risk assessment, Context (language use), Pilot Projects, industrial water, 010501 environmental sciences, Wastewater, pharmaceuticals, traitement de l'eau, 01 natural sciences, usine, 12. Responsible consumption, [ SDE ] Environmental Sciences, 03 medical and health sciences, Multidisciplinary approach, Environmental Chemistry, industrial plant, activated sludge, urban wastewater, Project management, Effluent, Environmental planning, eaux usées, 0105 earth and related environmental sciences, Environmental risk assessment, Waste management, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Conventional treatment, General Medicine, Pollution, 6. Clean water, Hospitals, project management, observatory, wastewater treatment, 030104 developmental biology, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Sewage treatment, hospital wastewater, business, Water Pollutants, Chemical
Abstract

International audience; Hospital wastewater (HWW) receives increasing attention because of its specific composition and higher concentrations of some micropollutants. Better knowledge of HWW is needed in order to improve management strategies and to ensure the preservation of wastewater treatment efficiency and freshwater ecosystems. This context pushed forward the development of a pilot study site named Site Pilote de Bellecombe (SIPIBEL), which collects and treats HWW separately from urban wastewater, applying the same conventional treatment process. This particular configuration offers the opportunity for various scientific investigations. It enables to compare hospital and urban wastewater, the efficiency of the two parallel treatment lines, and the composition of the resulting hospital and urban treated effluents, as well as the evaluation of their effects on the environment. The study site takes into account environmental, economic, and social issues and promotes scientific and technical multidisciplinary actions. ᅟ.

Published
2018

8. Assessment of Ozone or Not-Treated Wastewater Ecotoxicity Using Mechanism-Based and Zebrafish Embryo Bioassays

Author

Vanessa Brosselin, Sylvie Bony, Adriana Gonzalez-Ospina, Marie Laure Delignette-Muller, Adriana Wigh, Selim Ait-Aissa, Emmanuelle Vulliet, Bruno Domenjoud, Nicolas Creusot, Alain Devaux, Alexandre Bergé, Hugo Terrisse, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (UR EABX), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratory of Fundamental and Applied Bioenergetics = Laboratoire de bioénergétique fondamentale et appliquée (LBFA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, SUEZ Traitement de l'eau, Direction Technique Innovation, Wastewater Technical and Innovation Division, Suez Environnement, École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Ministère de l'Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement, Ecologie quantitative et évolutive des communautés, Département écologie évolutive [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Ministry of Economy, Industry and Digital within the framework of the Project TRIUMPH (TReatIng Urban Micropollutants and Pharmaceuticals in wastewaters) labelled and managed by the European Eureka Cluster ACQUEAU. Laurent Simon (LEHNA, UMR 5023) is deeply acknowledge for the total and dissolved organic carbon analysis., Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés ( LEHNA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques ( INERIS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
010504 meteorology & atmospheric sciences, Biodiversité et Ecologie, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, poisson zèbre, 010501 environmental sciences, Wastewater, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, Biodiversity and Ecology, Early Life Stage, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Ozonation, Surfactant, medicine, Bioassay, ozonisation, Chronic toxicity, Effluent, Zebrafish, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Chemistry, micropolluant, 6. Clean water, Acute toxicity, Endocrine Activity, wastewater, ozone, zebrafish, embryo, ozonation, genotoxicity, endocrine activity, early life stage, pharmaceutical, surfactant, gestion des eaux usées, activité endocrinienne, Environmental chemistry, génotoxicité, Toxicity, Pharmaceutical, [SDE]Environmental Sciences, agent tensioactif, Ecotoxicity, Genotoxicity, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

International audience; Toxicity of wastewater treatment plant (WWTP) effluents is usually assessed with standardized bioassays, as e.g. the Fish Embryo Toxicity test (FET), but assessment of sub-lethal toxic effects requires to develop more adapted tests. The present work aimed to add the recording of several sub-lethal endpoints in exposed zebrafish embryo-larval stages in order to increase the sensitivity of residual toxicity evaluation of WWTP effluents using a semi-quantitative method (iFET score). This approach was complemented with the genotoxicity assessment on the exposed embryos, a sub-acute hazard particularly relevant to evaluate a potential chronic toxicity risk of low and multi-contaminated environmental matrices. Additionally, endocrine activities of effluents were quantified using human reporter cell lines. This test battery was applied to the assessment of the residual toxicity of five biological treatment effluents, further treated or not using various ozonation treatments intended to improve pharmaceutical compounds removal. Acute toxicity towards zebrafish embryos was very low. However, iFET score approach proposed was able to reveal residual toxicity through the presence of developmental abnormalities in all samples tested. Additionally, a low residual genotoxicity was measured in embryos exposed to two of the WWTP effluents when all excepted one exhibited a residual endocrine activity potential in the ng/L range providing complementary information on the occurrence of endocrine active chemicals and their reduction by different processes. To sum up, such a simplified and ecologically relevant test battery was found sensitive enough to characterize and differentiate various residual effluent’s ecotoxicity at contaminant levels of environmental concern.

Published
2018

9. 3D structure determination of amyloid fibrils using solid-state NMR spectroscopy

Author

Mélanie Berbon, Benjamin Bardiaux, Antoine Loquet, Jan Stanek, Birgit Habenstein, Nadia El Mammeri, Guido Pintacuda, Chimie et Biologie des Membranes et des Nanoobjets (CBMN), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biological Solid-State NMR Methods - Méthodes de RMN à l'état solide en biologie, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-IDEX-0003,IDEX BORDEAUX,Initiative d'excellence de l'Université de Bordeaux(2010), ANR-14-CE09-0020,NanoSSNMR,Nanostructures biologiques et synthétiques étudiées par Résonance Magnétique Nucléaire du Solide(2014), ANR-13-PDOC-0017,SUPRAMOL,Structures d'Assemblages Supramoléculaires par RMN du Solide : le Pseudopilus du Système de Sécrétion de Type II et le Tube de Queue du Bactériophage(2013), European Project: 639020,H2020,ERC-2014-STG,Weakinteract(2015), European Project: 648974,H2020,ERC-2014-CoG,P-MEM-NMR(2015), European Project: 661799,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,COMPLEX-fastMAS-NMR(2016), École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chimie et Biologie des Membranes et des Nanoobjets ( CBMN ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux ( ENITAB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bioinformatique structurale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ANR-10-IDEX-0003-02/10-IDEX-0003,IDEX BORDEAUX,IdEx Bordeaux ( 2010 ), ANR-14-CE09-0020,NanoSSNMR,Nanostructures biologiques et synthétiques étudiées par Résonance Magnétique Nucléaire du Solide ( 2014 ), ANR-13-PDOC-0017,SUPRAMOL,Structures d'Assemblages Supramoléculaires par RMN du Solide : le Pseudopilus du Système de Sécrétion de Type II et le Tube de Queue du Bactériophage ( 2013 ), European Project : 639020,H2020,ERC-2014-STG,Weakinteract ( 2015 ), European Project : 648974,H2020,ERC-2014-CoG,P-MEM-NMR ( 2015 ), and European Project : 661799,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,COMPLEX-fastMAS-NMR ( 2016 )

Subjects
0301 basic medicine, [ SDV.BBM.BP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Amyloid, Protein Conformation, Prions, Supramolecular chemistry, Protein aggregation, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Solid-state NMR, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], mental disorders, Humans, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Spectroscopy, Molecular Biology, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Amyloid fibrils, Proton detection, Chemistry, Isotopic labelling, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, Amyloid fibril, 0104 chemical sciences, Structure calculation, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, 030104 developmental biology, Solid-state nuclear magnetic resonance, Structural biology, Isotope Labeling, [ CHIM.THEO ] Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Biophysics
Abstract

International audience; The amyloid fold is structurally characterized by a typical cross-β architecture, which is under debate to represent an energy-favourable folding state that many globular or natively unfolded proteins can adopt. Being initially solely associated with amyloid fibrils observed in the propagation of several neurodegenerative disorders, the discovery of non-pathological (or " functional ") amyloids in many native biological processes has recently further intensified the general interest invested in those cross-β supramolecular assemblies. The insoluble and non-crystalline nature of amyloid fibrils and their usually inhomogeneous appearance on the mesoscopic level pose a challenge to biophysical techniques aiming at an atomic-level structural characterization. Solid-state NMR spectroscopy (SSNMR) has granted breakthroughs in structural investigations on amyloid fibrils ranging from the assessment of the impact of polymorphism in disease development to the 3D atomic structure determination of amyloid fibrils. First landmark studies towards the characterization of atomic structures and interactions involving functional amyloids have provided new impulses in the understanding of the role of the amyloid fold in native biological functions. Over the last decade many strategies have been developed in protein isotope labelling, NMR resonance assignment, distance restraint determination and 3D structure calculation of amyloid fibrils based on SSNMR approaches. We will here discuss the emerging concepts and state-of-the-art methods related to the assessment of amyloid structures and interactions involving amyloid entities by SSNMR.

Published
2018

10. Bacteriome genetic structures of urban deposits are indicative of their origin and impacted by chemical pollutants

Author

Jean-Baptiste Aubin, Didier Blaha, Sébastien Ribun, Benoit Cournoyer, Romain Marti, Claire Bernardin Souibgui, Gislain Lipeme Kouyi, Laurence Marjolet, Céline Becouze-Lareure, Laure Wiest, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Déchets Eaux Environnement Pollutions (DEEP), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was partly funded by Labex IMU (Intelligence des Mondes Urbains) of Lyon, and the French national research agency (ANR) CABRRES project # 2011-CESA-012. It was also funded by the French national research program for environmental and occupational health of Anses under the terms of project 'Iouqmer' EST 2016/1/120., ANR-11-CESA-0012,CABRRES,CAractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique et spatio-temporelle des contaminants des Bassins de Retenue des eaux pluviales urbaines : évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Déchets Eaux Environnement Pollutions ( DEEP ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), and ANR-11-CESA-0012,CABRRES,CAractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique et spatio-temporelle des contaminants des Bassins de Retenue des eaux pluviales urbaines : évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés ( 2011 )

Subjects
0301 basic medicine, [ SDV.TOX ] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Prevotella, lcsh:Medicine, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, [ SDE ] Environmental Sciences, Environmental impact, RNA, Ribosomal, 16S, Bacteroides, Extremophile, Water pollution, lcsh:Science, Soil Microbiology, 2. Zero hunger, Multidisciplinary, biology, Ecology, 6. Clean water, RNA, Bacterial, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Genetic structure, [SDE]Environmental Sciences, Water Microbiology, Soil microbiology, Environmental Monitoring, Surface Properties, 030106 microbiology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Article, 03 medical and health sciences, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Water Movements, Impervious surface, Cities, 0105 earth and related environmental sciences, Pollutant, Bacteria, Sequence Analysis, RNA, Water Pollution, lcsh:R, Bacteriome, 15. Life on land, biology.organism_classification, 13. Climate action, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, lcsh:Q, Microbiome, Water Pollutants, Chemical
Abstract

Authors thank the iBio platform (UMR Ecologie Microbienne, Universite Lyon 1) for bioinformatics processor resources and support, and Sylvie Barraud for support on chemical data analyses. They also thank OTHU (Field Observatory in Urban Hydrology) of ZABR (Zone Atelier Bassin du Rhone), the Grand Lyon Metropolis and Rhone-Mediterranean-Corsica Water Agency for technical and administrative supports.; International audience; Urban activities generate surface deposits over impervious surfaces that can represent ecological and health hazards. Bacteriome genetic structures of deposits washed off during rainfall events, over an urban industrial watershed, were inferred from 16S rRNA gene (rrs) sequences generated by high throughput sequencing. Deposits were sampled over a 4 year-period from a detention basin (DB). Major shifts, matching key management practices, in the structure of these urban bacteriomes, were recorded. Correlation analyses of rrs similarities between samples and their respective concentrations in chemical pollutants, markers of human fecal contaminations (HF183) and antimicrobial resistances (integrons), were performed. Harsher environmental constraints building up in the older deposits led to an increase number of rrs reads from extremophiles such as Acidibacter and Haliangium. Deposits accumulating in the decantation pit of the DB showed an increase in rrs reads from warm blooded intestinal tract bacteria such as Bacteroides and Prevotella. This enrichment matched higher concentrations of Bacteroides HF183 genotypes normally restricted to humans. Bacteriomes of urban deposits appeared good indicators of human-driven environmental changes. Their composition was found representative of their origin. Soil particles and rain appeared to be major contributors of the inferred bacterial taxa recovered from recent deposits.

Published
2017

11. Abattement de micropolluants par adsorption sur charbon actif en micro-grain en sortie de station d’épuration : caractérisation et suivi indirect par spectroscopie (UV254 et fluorescence 3D)

Author

Guillossou, R, Le Roux, Julien, Mailler, R, Vulliet, Emmanuelle, Morlay, C, Varrault, G, Nauleau, F, Rocher, V, Gasperi, Johnny, Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains ( LEESU ), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), The national school for water and environmental engineering (ENGEES), The engineering science, computer science and imaging laboratory (ICube), Bussy, Agnès, laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

12. Use of designed experiments for the improvement of pre-analytical workflow for the quantification of intracellular nucleotides in cultured cell lines

Author

Pierre Lanteri, Jérôme Guitton, Claire Bordes, Yohann Clément, Lars Petter Jordheim, Christelle Machon, Emeline Cros-Perrial, Laboratoire de Biochimie et Toxicologie, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] ( CHLS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Chemometrics and Theoretical Chemistry - Chimiométrie et chimie théorique, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Ribonucleotide, Extraction, Tandem mass spectrometry, Biochemistry, DEOXYRIBONUCLEOTIDE POOLS, Designed experiments, Analytical Chemistry, Mice, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Tandem Mass Spectrometry, MAMMALIAN-CELLS, Adenine nucleotide, Cell Line, Tumor, POROUS GRAPHITIC CARBON, Animals, Humans, Nucleotide, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], TANDEM MASS-SPECTROMETRY, chemistry.chemical_classification, Intracellular nucleotides, Pre-analytical workflow, Chromatography, Nucleotides, RIBONUCLEOTIDE, Chemistry, Methanol, Solid Phase Extraction, Organic Chemistry, Water, General Medicine, CANCER, METABOLITE, Solvent, Cell culture, Solvents, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Chloroform, LIQUID-CHROMATOGRAPHY, Nucleoside, Intracellular, Chromatography, Liquid, ADENINE-NUCLEOTIDES
Abstract

International audience; The present study is focused on the development of a pre-analytical strategy for the quantification of intracellular nucleotides from cultured cell lines. Different protocols, including cell recovery, nucleotide extraction and purification, were compared on a panel of nucleoside mono-, di- and triphosphates from four cell lines (adherent and suspension cells). The quantification of nucleotides was performed using a validated technique with on-line solid-phase extraction coupled with liquid chromatography-triple quadrupole tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Designed experiments were implemented to investigate, in a rigorous and limited-testing experimental approach, the influence of several operating parameters. Results showed that the technique used to harvest adherent cells drastically affected the amounts of intracellular nucleotides. Scraping cells was deleterious because of a major leakage (more than 70%) of intracellular nucleotides during scraping. Moreover, some other tested conditions should be avoided, such as using pure methanol as extraction solvent (decrease over 50% of intracellular nucleotides extracted from NCI-H292 cells) or adding a purification step with chloroform. Designed experiments allowed identifying an interaction between the percentage of methanol and the presence of chloroform. The mixture methanol/water (70/30, v/v) was considered as the best compromise according to the nucleoside mono-, di-, or triphosphates and the four cell lines studied. This work highlights the importance of pre-analytical step combined with the cell lines studied associated to sensitive and validated assay for the quantification of nucleotides in biological matrices.

Published
2015

13. How chitosan can be considered as a promising eco-efficient candidate to replace commercial organic-based resists in the photolithography process. Focus on photopatterning and etching behavior in fluorinated plasmas

Author

Léonard, Didier, Durin, Paule, Sysova, Olha, Guan, Yue, GABLIN, CORINNE, Benamrouche, Aziz, Hajjar-Garreau, Samar, Téolis, Alexandre, Trombotto, Stéphane, Delair, Thierry, Servin, Isabelle, Tiron, Raluca, Bazin, Arnaud, Berling, Dominique, Soppera, Olivier, Gehin, Thomas, Laurenceau, Emmanuelle, Leclercq, Jean -Louis, Chevolot, Yann, Surfaces, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Dispositifs pour la Santé et l’Environnement (INL - DSE), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Science des Matériaux de Mulhouse (IS2M), Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Plateforme Technologique Nanolyon (INL - Nanolyon), Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), and ANR-19-CE43-0009,Lithogreen,Développement de polymères issus de la biomasse pour les procédés de micro et nanofabrication écoresponsables en milieu aqueux(2019)

Subjects
[SPI]Engineering Sciences [physics], [CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience

Published
2023

14. Nano objects evaluation for nanoparticle enhanced laser induced breakdown spectroscopy analysis of polymers using a handheld device

Author

Jad Sahili, Tessa Reinert, Nadia Baskali-Bouregaa, Anthony Desert, Nicole Gilon, Plasma spectroscopies, hyphenated methods & speciation, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie de l’ENS Lyon, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Laboratoire de Chimie - UMR5182 (LC), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and ICL Lyon

Subjects
[CHIM]Chemical Sciences, Instrumentation, Spectroscopy, Atomic and Molecular Physics, and Optics, Analytical Chemistry
Abstract

International audience; Polymer additives are essential to provide essential properties to the plastic materials. Some of the mainly employed additives contain metals essential to measure like Sb, Pb or P. Laser Induced Breakdown Spectroscopy suffers a lack of sensitivity for these elements and especially when using handheld devices. The recent developments in Nanoparticles Enhanced Laser Induced Breakdown Spectroscopy (NELIBS) have led to improvement of signals mainly in conductive materials. In this work we prepared and evaluate nano-objects with different shapes and size to improve element signals on plastic samples. Ellipsoid, bipyramids and spheres increased significantly sensitivity of most additives i.e. P, Sb, Mg and Pb. The obtained gold ellipsoids nano-objects were of small dimensions and gave best signal enhancement. The NELIBS also increased the CaF molecular band signal by a factor of 2. These results indicate that the NELIBS can be used in quantitative analytical application for plastics even for difficult elements like fluorine.

Published
2023

15. Dynamic Nuclear Polarization Efficiency Increased by Very Fast Magic Angle Spinning

Author

Lyndon Emsley, Pierrick Berruyer, Sachin Rama Chaudhari, Arthur C. Pinon, David Gajan, Olivier Ouari, Paul Tordo, Moreno Lelli, Christophe Copéret, Anne Lesage, Frank Engelke, Dorothea Wisser, Christian Reiter, Solid-State NMR Methods for Materials - Méthodes de RMN à l'état solide pour les matériaux, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences et ingénierie chimiques (ISIC), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Institut de Chimie Radicalaire (ICR), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bruker BioSpin GmbH, affiliation inconnue, Department of Chemistry and Applied Biosciences [ETH Zürich], Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Center for Magnetic Resonance, Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), ANR-10-EQPX-0047,SENS,RMN de Surface Exalté par Polarisation Dynamique Nucléaire(2010), ANR-15-CE29-0022,VHF-DNP-NMR,PDN/RMN du solide à trés haut champ(2015), European Project: 320860,NHMRC::Programs(2005), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des sciences et ingénierie chimiques ( ISIC ), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne ( EPFL ), Institut de Chimie Radicalaire ( ICR ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ETH - Dept Chem & Appl Biosci, Swiss Federal Institute of Technology in Zürich ( ETH Zürich ), University of Florence, ANR-10-EQPX-47-01,SENS,RMN de Surface Exalté par Polarisation Dynamique Nucléaire, ANR-15-CE29-0022-02,VHF-DNP-NMR,PDN/RMN du solide à trés haut champ, European Project : 320860,NHMRC::Programs ( 2005 ), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI)

Subjects
010405 organic chemistry, Chemistry, Communication, Analytical chemistry, General Chemistry, Nuclear Overhauser effect, 010402 general chemistry, Polarization (waves), 01 natural sciences, Biochemistry, Molecular physics, Catalysis, Spectral line, 0104 chemical sciences, Magnetic field, Colloid and Surface Chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Magic angle spinning, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Mesoporous material
Abstract

International audience; Dynamic Nuclear Polarization has recently emerged as a tool to enhance the sensitivity of solid-state NMR experiments. However, so far high enhancements (>100) are limited to relatively low magnetic fields, and DNP at fields higher than 9.4 T significantly drops in efficiency. Here we report solid-state Overhauser effect DNP enhancements of over 100 at 18.8 T. This is achieved through the unexpected discovery that enhancements increase rapidly with increasing magic angle spinning rates. The measurements are made using 1,3-bisdiphenylene-2-phenylallyl (BDPA) dissolved in ortho-terphenyl (OTP) at 40 kHz MAS. We introduce a source-sink diffusion model for polarization transfer which is capable of explaining the experimental observations. The advantage of this approach is demonstrated on mesoporous alumina with the acquisition of well-resolved DNP surface enhanced 27Al CP spectra.

Published
2017

16. Ceramides and sphingomyelinases in senile plaques

Author

Luce Dauphinot, Maï Panchal, Olivier Laprévote, Massimo Masserini, Isabelle Rivals, Charles Duyckaerts, Adina N. Lazar, Delphine Dargère, Nicolas Auzeil, Sophie Ayciriex, Elisa Salvati, Mathieu Gaudin, Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Marines (GM), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Equipe de Statistique Appliquée (UMRS 1158) (ESA), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Neurophysiologie Respiratoire Expérimentale et Clinique (UMRS 1158), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire de Neurobiologie, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire (EA 4463), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle [CHU Pitié-Salpétriêre], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Panchal, M, Gaudin, M, Lazar, A, Salvati, E, Rivals, I, Ayciriex, S, Dauphinot, L, Dargère, D, Auzeil, N, Masserini, M, Laprévote, O, Duyckaerts, C, Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), ICNS - Institut de Chimie des Substances naturelles, Unité de recherche Géosciences Marines (Ifremer) ( GM ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Equipe de Statistique Appliquée ( ESA ), ESPCI ParisTech, ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire ( EA 4463 ), Institut de Chimie des Substances Naturelles ( ICSN ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Unité de recherche Géosciences Marines (Ifremer) (GM), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Neurophysiologie Respiratoire Expérimentale et Clinique, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Equipe de Statistique Appliquée (ESA), ESPCI ParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]

Subjects
Male, Amyloid beta-Peptide, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Plaque, Amyloid, Ceramide, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 0302 clinical medicine, Senile plaques, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, 80 and over, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Lipid, Middle Aged, Lipidome, BIO/10 - BIOCHIMICA, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Sphingomyelin Phosphodiesterase, medicine.anatomical_structure, Neurology, Biochemistry, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Female, Alzheimer's disease, Alzheimer disease, Sphingomyelin, Microdissection, Human, Electrospray ionization, Fibril, Ceramides, lcsh:RC321-571, 03 medical and health sciences, Apolipoproteins E, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Aβ peptide, Lipidomics, Neuropil, medicine, Humans, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], lcsh:Neurosciences. Biological psychiatry. Neuropsychiatry, Aged, 030304 developmental biology, Amyloid beta-Peptides, Senile plaque, Mass spectrometry, Lipidomic, Surface Plasmon Resonance, medicine.disease, Molecular biology, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Sphingomyelinase, Laser microdissection, 030217 neurology & neurosurgery, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Chromatography, Liquid
Abstract

The senile plaque is a hallmark lesion of Alzheimer disease (AD). We compared, without a priori, the lipidome of the senile plaques and of the adjacent plaque-free neuropil. The analysis by liquid chromatography coupled with electrospray ionization mass spectrometry revealed that laser microdissected senile plaques were enriched in saturated ceramides Cer(d18:1/18:0) and Cer(d18:1/20:0) by 33 and 78% respectively with respect to the surrounding neuropil. This accumulation of ceramides was not explained by their affinity for Aβ deposits: no interaction between ceramide-liposomes and Aβ fibrils was observed in vitro by surface plasmon resonance and fluorescent ceramide-liposomes showed no affinity for the senile plaques in AD brain tissue. Accumulation of ceramides could be, at least partially, the result of a local production by acid and neutral sphingomyelinases that we found to be present in the corona of the senile plaques. © 2014 Elsevier Inc.

Published
2014

17. Insights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling

Author

Franciele Maboni Siqueira, Florence Tardy, Mariana Galvão Ferrarini, Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos, Marie-France Sagot, Arnaldo Zaha, Bénédicte Elena-Herrmann, Elodie Jobard, Tony Lionel Palama, Scheila G. Mucha, Irene Silveira Schrank, Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] (CBiot), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Léon Bérard [Lyon], NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] (LNCC / MCT), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] ( CBiot ), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] ( UFRGS ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés ( LISBP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse ( INSA Toulouse ), Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] ( LNCC / MCT ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ISA NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique (2014-2018), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, Magnetic Resonance Spectroscopy, Swine, Whole-genome metabolic reconstruction, Mycoplasma hyorhinis, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Mollicutes, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Models, Biological, Microbiology, 03 medical and health sciences, Mycoplasma, Mycoplasma hyopneumoniae, Genetics, medicine, Animals, Metabolomics, Biomass, Microbial Viability, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Computational Biology, Metabolic network, Genomics, Pneumonia of Swine, Mycoplasmal, biology.organism_classification, medicine.disease, Hydrogen peroxide, Virology, Bacterial Load, Gene Ontology, medicine.anatomical_structure, Metabolism, Enzootic, Energy Metabolism, Pneumonia (non-human), Genome, Bacterial, Metabolic Networks and Pathways, Research Article, Biotechnology, Respiratory tract
Abstract

Background The respiratory tract of swine is colonized by several bacteria among which are three Mycoplasma species: Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. While colonization by M. flocculare is virtually asymptomatic, M. hyopneumoniae is the causative agent of enzootic pneumonia and M. hyorhinis is present in cases of pneumonia, polyserositis and arthritis. The genomic resemblance among these three Mycoplasma species combined with their different levels of pathogenicity is an indication that they have unknown mechanisms of virulence and differential expression, as for most mycoplasmas. Methods In this work, we performed whole-genome metabolic network reconstructions for these three mycoplasmas. Cultivation tests and metabolomic experiments through nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) were also performed to acquire experimental data and further refine the models reconstructed in silico. Results Even though the refined models have similar metabolic capabilities, interesting differences include a wider range of carbohydrate uptake in M. hyorhinis, which in turn may also explain why this species is a widely contaminant in cell cultures. In addition, the myo-inositol catabolism is exclusive to M. hyopneumoniae and may be an important trait for virulence. However, the most important difference seems to be related to glycerol conversion to dihydroxyacetone-phosphate, which produces toxic hydrogen peroxide. This activity, missing only in M. flocculare, may be directly involved in cytotoxicity, as already described for two lung pathogenic mycoplasmas, namely Mycoplasma pneumoniae in human and Mycoplasma mycoides subsp. mycoides in ruminants. Metabolomic data suggest that even though these mycoplasmas are extremely similar in terms of genome and metabolism, distinct products and reaction rates may be the result of differential expression throughout the species. Conclusions We were able to infer from the reconstructed networks that the lack of pathogenicity of M. flocculare if compared to the highly pathogenic M. hyopneumoniae may be related to its incapacity to produce cytotoxic hydrogen peroxide. Moreover, the ability of M. hyorhinis to grow in diverse sites and even in different hosts may be a reflection of its enhanced and wider carbohydrate uptake. Altogether, the metabolic differences highlighted in silico and in vitro provide important insights to the different levels of pathogenicity observed in each of the studied species. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s12864-016-2644-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Published
2016

18. Chemical and biological signatures of water and fluxes from clouds to rivers at the watershed level in a natural context

Author

Tiphaine Labed-Veydert, Muriel Joly, Céline Judon, Martin Leremboure, Guillaume Voyard, Claude Forano, Angélica Bianco, Jean-Luc Baray, Joan Artigas, Clarisse Mallet, Delphine Latour, Erwan Roussel, Patrick Jame, Erik Bonjour, Franck Jabot, Julien Pottier, Pierre Amato, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Météorologie Physique (LaMP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire de Géographie Physique et Environnementale (GEOLAB), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut Sciences de l'Homme et de la Société (IR SHS UNILIM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'ingénierie pour les systèmes complexes (UR LISC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Fédération des Recherches en Environnement FR3467 CNRS-UCA

Subjects
[SDE]Environmental Sciences
Abstract

The connectivity of environmental compartments through chemical and biological exchanges is often difficult to study. However, understanding the functioning of fluxes is essential in the context of climate change and the assessment of anthropogenic impacts. These exchanges can be realized through water cycle fluxes establishing interactions between the atmosphere, surface water and land.To examine the interactions between the atmosphere, surface water and land via water fluxes, we conducted a large scale field study at the watershed level, involving multiple disciplines from chemistry to meteorology and microbiology. The chemical and biological contents of water from the atmosphere (cloud and rain), to mid-mountain hydrological continuum (streams, wetlands and lake) and soil (agricultural plots) were assessed in the natural and agricultural area from Puy De Dôme (Central France) along an altitudinal gradient from puy de Dôme Mountain summit (1465 m asl) to the plain (~ 600 m asl). We set up experimental procedures for sampling, handling and analysing each environmental matrix, and the environmental context was characterized through meteorological and hydrological measurements and models. The biological and chemical variables included: isotopes of water (1H/2H and 16O/18O; laser spectroscopy), major ions (Na+, NH4+, K+, Mg2+, Ca2+, Cl-, NO3-, SO4-, IC), amino acids (LC-MS), bacterial diversity (16S metabarcoding and high-throughput sequencing) and microbial enzymatic activity associated with the nitrogen, carbon and phosphorus cycles (fluorimetric activity assays for whole Beta-Glucosidase, Leucine Aminopeptidase and Phosphatase activities).The multi-compartment analysis revealed significant differences between the compartments by the chemical variables, highlighting the compartment specificity. We estimated a chemical flux of major ions and amino acids from the atmosphere to the surface (soil and surface water). Bacterial diversity analysis showed a core community in these compartments, confirming their connectivity. Thereafter, we tried to explain bacterial diversity by the chemical variables from the studied compartments. Our analysis on microbial enzymatic activity showed an enzymatic activity associated with the nitrogen, carbon and phosphorus cycles in clouds and rain.Here, our study contributes to the understanding of atmosphere-surface interaction through field observations and atmospheric models and we attempted to better understand environmental fluxes. Our field study emphasized the importance of considering the interaction of environmental compartments in future investigations for future and gobal assessments of anthropogenic impacts, such as agrosystem effects to natural ecosystems. Key words:Field observations, Environmental interaction, Chemical flux, Microbial diversity, Atmosphere, Surface water, Soil.

Published
2023

19. Rietveld refinement combined with first-principles study of Zn and Al-Zn doped CdO thin films and their structural, optical and electrical characterisations

Author

W. Azzaoui, M. Medles, R. Miloua, A. Nakrela, A. Bouzidi, M. Khadraoui, A. Da Costa, M. Huvé, F. Bessuelle, R. Desfeux, Université Djilali Liabès [Sidi-Bel-Abbès], Université Ibn Khaldoun de Tiaret = University of Tiaret, Unité de Catalyse et Chimie du Solide - UMR 8181 (UCCS), Université d'Artois (UA)-Centrale Lille-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Electrical and Electronic Engineering, [CHIM.INOR]Chemical Sciences/Inorganic chemistry, Condensed Matter Physics, Atomic and Molecular Physics, and Optics, Electronic, Optical and Magnetic Materials
Abstract

International audience; Un-doped, Zn-doped, and Al–Zn co-doped CdO thin films were deposited onto glass substrates at 350 °C by spray pyrolysis. X-ray diffraction (XRD) analysis was conducted to investigate the structural properties of the films. The XRD patterns confirmed that all the films crystallize in a cubic structure and that the addition of Zn and Al did not alter the CdO crystal structure. Energy-dispersive X-ray spectroscopy analysis further confirmed the successful incorporation of Zn and Al into the CdO films. Theoretical calculations based on first-principles were performed, and crystallographic information files (CIF) were obtained for optimized theoretical supercells in space group Pm3-m. The CIF files were used as input for experimental XRD spectra Rietveld refinement, to determine the Wyckoff positions of the dopants and their occupation rates. The optical properties of the films were characterized using transmittance measurements in the wavelength range of 300–1700 nm. The optical data indicated an increase in the average transmittance from 60 to 70% within the wavelength range of 600–1700 nm upon Al–Zn co-doping. The estimated direct optical band gap of the un-doped, doped, and co-doped CdO thin films is varied between 2.41 and 2.50 eV. All the samples exhibited n-type conductivity with low electrical resistivity of about 1.32 × 10–4 Ω⋅cm. Co-doped CdO thin films with 1% Al and 3% Zn exhibited higher carrier concentration (4.39 × 10+20 cm−3) than the other samples.

Published
2023

20. A Single and Rapid Zeno SWATH DIA Proteomic Analysis for Concomitant Identification and AMR Profiling of Micro-organisms from Positive Blood Cultures

Author

Macavei, Iulia, Peyrache, Eva, Gregson, Maud, Carrière, Romain, Prat, Roxane, Desbiolles, Chloé, Cecchini, Tiphaine, Deforet, Francis, Dufour, Pierre l'Aour, Arquier, Delphine, Dauwalder, Olivier, Vandenesch, François, Lemoine, Jérôme, ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Association for Mass Spectrometry & Advances in the Clinical Lab, and ANR-18-RHUS-0013,IDBIORIV,Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry(2018)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry
Abstract

International audience

Published
2023

21. Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract

Author

Ferrarini , Mariana G, Siqueira , Franciele Maboni, Mucha , Scheila G, Palama , Tony, Jobard , Elodie, Elena-Herrmann , Bénédicte, Vasconcelos , Ana Tereza Ribeiro, Tardy , Florence, Schrank , Irene S, Zaha , A, Sagot , Marie-France, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] (CBiot), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ISA NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique (2014-2018), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Léon Bérard [Lyon], Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] (LNCC / MCT), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centro de Biotecnologia [Porto Alegre] ( CBiot ), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] ( UFRGS ), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale ( ERABLE ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratorio Nacional de Computação Cientifica [Rio de Janeiro] ( LNCC / MCT ), VetAgro Sup ( VAS ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
MESH: Mycoplasma, Mollicutes, Metabolic network, Metabolism, Whole-genome metabolic reconstruction, Hydrogen peroxide, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH : Mycoplasma
Abstract

International audience; BackgroundThe respiratory tract of swine is colonized by several bacteria among which are three Mycoplasma species: Mycoplasma flocculare, Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis. While colonization by M. flocculare is virtually asymptomatic, M. hyopneumoniae is the causative agent of enzootic pneumonia and M. hyorhinis is present in cases of pneumonia, polyserositis and arthritis. The genomic resemblance among these three Mycoplasma species combined with their different levels of pathogenicity is an indication that they have unknown mechanisms of virulence and differential expression, as for most mycoplasmas.MethodsIn this work, we performed whole-genome metabolic network reconstructions for these three mycoplasmas. Cultivation tests and metabolomic experiments through nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) were also performed to acquire experimental data and further refine the models reconstructed in silico.ResultsEven though the refined models have similar metabolic capabilities, interesting differences include a wider range of carbohydrate uptake in M. hyorhinis, which in turn may also explain why this species is a widely contaminant in cell cultures. In addition, the myo-inositol catabolism is exclusive to M. hyopneumoniae and may be an important trait for virulence. However, the most important difference seems to be related to glycerol conversion to dihydroxyacetone-phosphate, which produces toxic hydrogen peroxide. This activity, missing only in M. flocculare, may be directly involved in cytotoxicity, as already described for two lung pathogenic mycoplasmas, namely Mycoplasma pneumoniae in human and Mycoplasma mycoides subsp. mycoides in ruminants. Metabolomic data suggest that even though these mycoplasmas are extremely similar in terms of genome and metabolism, distinct products and reaction rates may be the result of differential expression throughout the species.ConclusionsWe were able to infer from the reconstructed networks that the lack of pathogenicity of M. flocculare if compared to the highly pathogenic M. hyopneumoniae may be related to its incapacity to produce cytotoxic hydrogen peroxide. Moreover, the ability of M. hyorhinis to grow in diverse sites and even in different hosts may be a reflection of its enhanced and wider carbohydrate uptake. Altogether, the metabolic differences highlighted in silico and in vitro provide important insights to the different levels of pathogenicity observed in each of the studied species.

Published
2016

22. Francisella tularensis IglG Belongs to a Novel Family of PAAR-Like T6SS Proteins and Harbors a Unique N-terminal Extension Required for Virulence

Author

Mélanie Rigard, Claire Lays, Olivier Walker, Laurent Terradot, Amandine Martin, Anders Sjöstedt, Lena Lindgren, Wayne Conlan, Maggy Hologne, Philippe Telouk, Claire Punginelli, Thomas Henry, Amandine Mosnier, Jeanette E. Bröms, Alain Charbit, Inflammasome, Infections bactériennes et autoinflammation, Inflammasome, Bacterial Infections and Autoinflammation (I2BA), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Medical Biochemistry and Biophysics and Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS), Umeå University, Umeå, Immunologie de l'allergie cutanée et vaccination – Immunology of skin allergy and vaccination, Biophysics of complex systems, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (LGL-TPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), National Research Council of Canada (NRC), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is supported by a FINOVI grant to TH, an ANR grant to TH and AC (ANR-12-ASTR-0018), Direction Generale de l'Armemen (DGA) and Fondation pour la recherche medicale (FRM) (#FDT20150532668) fellowships to MR and a collaborative grant from the Swedish Research Agency K2013-4581 and K2013-8621. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., ANR-12-ASTR-0018,TulareDrug,Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis(2012), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Umeå University, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Pathogénie des infections systémiques ( Inserm U1002 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] ( LGL-TPE ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), National Research Council Canada - Human Hlth Therapeut Portfolio, Molecular Microbiology and Structural Biochemistry, Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon, ANR-12-ASTR-0018,TulareDrug,Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis ( 2012 ), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement (LGL-TPE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bussy, Agnès, Accompagnement spécifique des travaux de recherches et d’innovation Défense - Identification de nouvelles molécules ciblant les effecteurs sécrétés de Francisella tularensis - - TulareDrug2012 - ANR-12-ASTR-0018 - ASTRID - VALID, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Applied Microbiology, type VI secretion system, Pathology and Laboratory Medicine, Biochemistry, Animal Cells, Microbial Physiology, Genomic island, Bacterial Physiology, Amino Acids, Francisella tularensis, lcsh:QH301-705.5, Tularemia, Organic Compounds, Effector, Type VI Secretion Systems, Bacterial Pathogens, Zinc, T6SS, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medical Microbiology, Physical Sciences, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Cellular Types, Chemical Elements, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Virulence Factors, Immune Cells, 030106 microbiology, Immunology, Virulence, Sequence alignment, Microbiology, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Genetics, Sulfur Containing Amino Acids, Amino Acid Sequence, DUF4280, Microbial Pathogens, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Molecular Biology, Secretion, Type VI secretion system, Blood Cells, Bacteria, Macrophages, Organisms, Chemical Compounds, Biology and Life Sciences, Proteins, Protein Secretion, Pathogenicity island, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Parasitology, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Physiological Processes, lcsh:RC581-607, Biokemi och molekylärbiologi, 0301 basic medicine, Models, Molecular, Physiology, Secretion Systems, White Blood Cells, PF14107, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medicine and Health Sciences, phage, Francisella, Sequence Deletion, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, biology, Biochemistry and Molecular Biology, Chemistry, Protein Transport, Cell Processes, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Pathogens, Research Article, lcsh:Immunologic diseases. Allergy, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Genomic Islands, Virology, Animals, Cysteine, PAAR, Organic Chemistry, Bacteriology, Cell Biology, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, lcsh:Biology (General), [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Sequence Alignment
Abstract

The virulence of Francisella tularensis, the etiological agent of tularemia, relies on an atypical type VI secretion system (T6SS) encoded by a genomic island termed the Francisella Pathogenicity Island (FPI). While the importance of the FPI in F. tularensis virulence is clearly established, the precise role of most of the FPI-encoded proteins remains to be deciphered. In this study, using highly virulent F. tularensis strains and the closely related species F. novicida, IglG was characterized as a protein featuring a unique α-helical N-terminal extension and a domain of unknown function (DUF4280), present in more than 250 bacterial species. Three dimensional modeling of IglG and of the DUF4280 consensus protein sequence indicates that these proteins adopt a PAAR-like fold, suggesting they could cap the T6SS in a similar way as the recently described PAAR proteins. The newly identified PAAR-like motif is characterized by four conserved cysteine residues, also present in IglG, which may bind a metal atom. We demonstrate that IglG binds metal ions and that each individual cysteine is required for T6SS-dependent secretion of IglG and of the Hcp homologue, IglC and for the F. novicida intracellular life cycle. In contrast, the Francisella-specific N-terminal α-helical extension is not required for IglG secretion, but is critical for F. novicida virulence and for the interaction of IglG with another FPI-encoded protein, IglF. Altogether, our data suggest that IglG is a PAAR-like protein acting as a bi-modal protein that may connect the tip of the Francisella T6SS with a putative T6SS effector, IglF., Author Summary Francisella tularensis is a highly pathogenic bacterium causing tularemia. Its ability to cause disease is linked to its ability to replicate in the macrophage cytosol. The intracellular life cycle of Francisella is controlled by a type VI secretion system (T6SS), which is thought to inject effectors into the host cell to allow bacterial escape into the host cytosol. The molecular mechanisms behind this process are still largely unclear. In this work, we identify IglG as a protein with two important domains, one conserved in proteins from more than 250 bacterial species (DUF4280, renamed here as PAAR-like domain) and one specific for the Francisella genus. Using protein sequence analysis and three-dimensional structure predictions, comparative modeling and biochemistry approaches, our data demonstrate that IglG is a metal-binding protein that based on its PAAR-like domain might cap the VgrG spike of the T6SS and act as a membrane-puncturing protein. Furthermore, we identified that the Francisella-specific domain is directly involved in forming a protein complex with another virulence protein, IglF. This work, in addition to enhancing the molecular understanding of the Francisella T6SS, defines the features of the conserved DUF4280, a novel PAAR-like domain involved in type VI secretion (T6S) of many bacterial species.

Published
2016

23. L’hydromorphologie, une dimension-clé pour l’étude interdisciplinaire des petits hydrosystèmes périurbains (bassin de l’Yzeron, France)

Author

Schmitt, Laurent, Grospretre, Loic, Breil, Pascal, Namour, Philippe, Lafont, Michel, Delile, Hugo, Eschbach, David, Jacob-Rousseau, Nicolas, COURNOYER, Benoit, Laboratoire Image, Ville, Environnement (LIVE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnement Ville Société (EVS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hydrologie-Hydraulique (UR HHLY), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Institut des Sciences Analytiques (ISA), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Milieux aquatiques, écologie et pollutions (UR MALY), Biologie des écosystèmes aquatiques (UR BELY), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), ARCHEORIENT - Environnements et sociétés de l'Orient ancien (Archéorient), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (LGL-TPE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-CNRS : UMR7362, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Laboratoire Image, Ville, Environnement ( LIVE ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environnement Ville Société ( EVS ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Université Jean Moulin - Lyon III-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -École Nationale des Travaux Publics de l'État ( ENTPE ) -Ecole Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne-École nationale supérieure d'architecture de Lyon ( ENSAL ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Hydrologie-Hydraulique ( UR HHLY ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Milieux aquatiques, écologie et pollutions ( UR MALY ), Biologie des écosystèmes aquatiques ( UR BELY ), CEMAGREF, ARCHEORIENT - Environnements et sociétés de l'Orient ancien ( Archéorient ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] ( LGL-TPE ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -CNRS : UMR7362, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Environnement, Ville, Société (EVS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-École des Mines de Saint-Étienne (Mines Saint-Étienne MSE), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-École Nationale des Travaux Publics de l'État (ENTPE)-École nationale supérieure d'architecture de Lyon (ENSAL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement (LGL-TPE), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
étude interdisciplinaire, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [ SHS.ENVIR ] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography, périurbain, hydromorphologie, [ SDE ] Environmental Sciences, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, typologie de cours d'eau, impacts des rejets urbains par temps de pluie, [SDE]Environmental Sciences, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

[Departement_IRSTEA]Eaux [TR1_IRSTEA]ARCEAU [TR2_IRSTEA]QUASARE; International audience; Watersheds are multidimensional objects and their understanding requires an interdisciplinary approach. The study of the Yzeron’s watershed, under growing pressure from suburban sprawl, displays important landcover changes since the beginning of the 20th century. This changes modifies the watershed functioning in terms of hydrology, morphology, physical chemistry and biology: increase of flooding frequency of low to medium intensity, introduction of poor quality water, forming spectacular incisions upstream and sanding up downstream, etc. Results allowed us to give several innovative management guidelines and stress the importance of fluvial geomorphology in interdisciplinary researches of small periurban hydrosystems.; Les bassins versants sont des objets d’étude multidimensionnels dont la compréhension exige une approche interdisciplinaire. L’étude du bassin versant de l’Yzeron, marqué par un fort étalement périurbain, présente d’importants changements d’occupation du sol depuis le début du XXe siècle. Cette évolution modifie le fonctionnement de ce bassin sur les plans hydrologique, morphologique, physico-chimique et biologique : élévation de la fréquence des crues d’intensité faible à moyenne, dégradation de la qualité des eaux, formation d’incisions spectaculaires en amont, ensablement en aval, etc. L’ensemble des résultats conduit à des préconisations de gestion innovantes et montre l’importance de la géomorphologie fluviale dans l’étude interdisciplinaire des petits hydrosystèmes périurbains.

Published
2016

24. Characterization of endocrine-disrupting chemicals based on hormonal balance disruption in male and female adult rats

Author

Emmanuel Lemazurier, Marine Arnaud, Nadia Quignot, Robert Barouki, Franck Robidel, Anthony Lecomte, Cécile Cren-Olivé, Mikaël Tournier, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), French Environment Ministry , Ph.D. training support from The National Institute of Industrial Environment and Risk (INERIS), ANASTERAT, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques ( INERIS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie, Pharmacologie et Signalisation Cellulaire ( U1124 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 )

Subjects
Male, Bisphenol, Endocrine Disruptors, 010501 environmental sciences, Toxicology, 01 natural sciences, Rats, Sprague-Dawley, chemistry.chemical_compound, Sex hormone-binding globulin, Adrenal Glands, Vinclozolin, In vitro/in vivo correlation, Endocrine disrupting chemicals, Aromatase, Gonadal Steroid Hormones, Oxazoles, 0303 health sciences, biology, Organ Size, Liver, Sperm Motility, Atrazine, Female, endocrine system, medicine.medical_specialty, medicine.drug_class, Hormonal balance, Estrous Cycle, Genitalia, Male, 03 medical and health sciences, Phenols, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Microsomes, Internal medicine, medicine, Animals, Endocrine system, RNA, Messenger, Benzhydryl Compounds, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, Toxicity, Body Weight, Ovary, Uterus, Methoxychlor, Rats, Endocrinology, chemistry, Estrogen, biology.protein, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Hormone
Abstract

International audience; Reproductive functions are controlled by a finely tuned balance between estrogens and androgens. To further characterize the gonadal pathways leading to hormonal balance disruption by atrazine, vinclozolin, methoxychlor, and bisphenol A in rat, we investigated their effects in male and female young adult animals. Specifically, we assessed reproductive tract alterations, sex hormone balance in serum and gonads, tissue dosimetry, and mRNA expression. Remarkably, we observed different aromatase regulation profiles between animals with similar estrogen-to-androgen ratios but with different chemical treatments. For example, increased estrogen-to-androgen ratios in atrazine-treated females could be partly linked to aromatase upregulation, while in methoxychlor- and bisphenol A-treated females, peripheral mechanisms such as conjugation/deconjugation processes might be more likely to elevate estrogen levels. In vinclozolin-treated animals, the decreased estrogen-to-androgen ratios reported might be due to an increase of peripheral (adrenal) steroidogenesis. Thus, measurement of many endpoints is necessary for good risk assessment. Highlights Hormonal balance as a relevant endpoint for reproductive toxicology assessment. Characterization of gonadal pathways involved in endocrine disruption. Discrepancy between in vitro chemicals classification and in vivo reality. Several well chosen complementary endpoints are required for good risk assessment.

Published
2012

25. Identification of Noncompetitive Inhibitors of Cytosolic 5'-Nucleotidase II Using a Fragment-Based Approach

Author

Rahila Rahimova, Isabelle Krimm, Suzanne Peyrottes, Preeti, Rémi Guillon, Corinne Lionne, Christian Périgaud, David Egron, Nushin Aghajari, Laurent Chaloin, Zsuzsanna Marton, Charles Dumontet, Lars Petter Jordheim, Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier ( IRIM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ), Archéologie, Terre, Histoire, Sociétés [Dijon] ( ARTeHiS ), Ministère de la Culture et de la Communication ( MCC ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Méthodes et criblage RMN pour les molécules bioactives, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] ( IBMM ), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier ( ENSCM ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux ( BMSSI ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Archéologie, Terre, Histoire, Sociétés [Dijon] (ARTeHiS), Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ISA - Méthodes et criblage RMN pour les molécules bioactives, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux (BMSSI), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Nucleotidase activity, In silico, Antineoplastic Agents, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Naphthalenes, 01 natural sciences, Molecular Docking Simulation, Benzoates, 03 medical and health sciences, Structure-Activity Relationship, Non-competitive inhibition, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Nucleotidase, Cell Line, Tumor, Drug Discovery, Structure–activity relationship, Humans, Computer Simulation, Pyrroles, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Binding site, 5'-Nucleotidase, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Binding Sites, 010405 organic chemistry, Chemistry, Imidazoles, [ CHIM.THER ] Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, Drug Synergism, In vitro, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Biochemistry, Purines, Benzamides, Molecular Medicine, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Drug Screening Assays, Antitumor, Databases, Chemical
Abstract

International audience; We used a combined approach based on fragment-based drug design (FBDD) and in silico methods to design potential inhibitors of the cytosolic 5'-nucleotidase II (cN-II), which has been recognized as an important therapeutic target in hematological cancers. Two subgroups of small compounds (including adenine and biaryl moieties) were identified as cN-II binders and a fragment growing strategy guided by molecular docking was considered. Five compounds induced a strong inhibition of the 5'-nucleotidase activity in vitro, and the most potent ones were characterized as noncompetitive inhibitors. Biological evaluation in cancer cell lines showed synergic effect with selected anticancer drugs. Structural studies using X-ray crystallography lead to the identification of new binding sites for two derivatives and of a new crystal form showing important domain swapping. Altogether, the strategy developed herein allowed identifying new original noncompetitive inhibitors against cN-II that act in a synergistic manner with well-known antitumoral agents.

Published
2015

26. Occurrence of pharmaceuticals in WWTP effluents and their impact in a karstic rural catchment of Eastern France

Author

Loic Spinner, Axelle Chiffre, François Degiorgi, Audrey Buleté, Pierre-Marie Badot, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), UMR6249, Chrono-Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
Aquatic Organisms, Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], 0208 environmental biotechnology, Drainage basin, Chalk streams, 02 engineering and technology, Wastewater, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Freshwater ecosystem, Rivers, Water Quality, Animals, Humans, Environmental Chemistry, Ecotoxicology, Effluent, 0105 earth and related environmental sciences, WWTP, Risk assessment, geography, geography.geographical_feature_category, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Veterinary use, General Medicine, Contamination, Pollution, 6. Clean water, 3. Good health, 020801 environmental engineering, Pharmaceutical Preparations, 13. Climate action, Environmental chemistry, Environmental science, Pharmaceuticals, Sewage treatment, France, Surface water, Water Pollutants, Chemical, Groundwater, Environmental Monitoring
Abstract

The occurrence of pharmaceuticals in freshwater ecosystems provokes increasing concern due to their potential risk to non-target organisms and to human health. Pharmaceuticals are used in both human and veterinary medicine and are essentially released into the environment via wastewater treatment plants (WWTPs) and from livestock. In this study, 31 pharmaceuticals were analyzed in effluent and surface water upstream and downstream of two WWTPs in the Loue-Doubs rural karstic catchment in Eastern France. Diclofenac (965 and 2476 ng L-1), sulfamethoxazole (655 and 1380 ng L-1) and carbamazepine (566 and 1007 ng L-1) displayed the highest levels in the effluents of both WWTPs. Diclofenac levels were also high in surface water samples 300 and 166 ng L-1 in the River Doubs and the River Loue, respectively, followed by paracetamol (273 and 158 ng L-1) and sulfamethoxazole (126 and 73 ng L-1). In both rivers, the most critical compounds were found to be the antibiotic sulfamethoxazole (risk quotient (RQ) from 23.7 to 51.1) and ofloxacine (RQ from 1.1 to 18.9), which reached levels inducing toxic effects in aquatic organisms. This study showed that WWTP effluents are the major sources of the pharmaceuticals, but raw discharges from human residences, pastures and livestock manure represent significant sources of contamination of surface water and groundwater. The aim of this study was to assist scientists and authorities in understanding occurrence and sources of pharmaceuticals in order to improve water quality management in chalk streams.

Published
2015

27. Cholesterol 24-hydroxylase defect is implicated in memory impairments associated with Alzheimer-like Tau pathology

Author

Kristin Michaelsen-Preusse, Sophie Ayciriex, David Blum, Luc Buée, Marie-Claude Potier, Ivan Bièche, Francisco-Jose Fernandez-Gomez, Fathia Djelti, Luce Dauphinot, Jérôme Braudeau, Raphaëlle Caillierez, Nathalie Cartier, Marie-Anne Burlot, Olivier Laprévote, Benoit Gautier, Patrick Dutar, Martin Korte, Mickael Audrain, Brigitte Potier, Nicolas Auzeil, Jennifer Varin, Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Thérapie génique, Génomique et Epigénomique (U 1169), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Zoological Institute, Technische Universität Braunschweig = Technical University of Braunschweig [Braunschweig], Centre de Psychiatrie et Neurosciences (U894), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique, physiopathologie et approches thérapeutiques des maladies héréditaires du système nerveux (EA 7331), Inserm U986, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Alzheimer & Tauopathies [JPArc], Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Facultés des sciences pharmaceutiques et biologiques, Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire (EA 4463), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service MIRCEN (MIRCEN), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Thérapie génique, Génomique et Epigénomique ( U 1169 ), Université Paris-Saclay-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Technische Universität Braunschweig [Braunschweig], Centre de Psychiatrie et Neurosciences ( CPN - U894 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Génétique, physiopathologie et approches thérapeutiques des maladies héréditaires du système nerveux ( EA 7331 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés ( MECADEV ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Alzheimer & Tauopathies ( Equipe 1 ), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ) -Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer (JPArc) - U1172 ( JPArc ), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de recherche Jean-Pierre Aubert-Neurosciences et Cancer, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lille, Droit et Santé, Institut de Chimie des Substances Naturelles ( ICSN ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire ( EA 4463 ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Cellular and Systems Neurobiology, Max-Planck-Institut für Neurobiologie, Service MIRCEN ( MIRCEN ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de psychiatrie et neurosciences (U894 / UMS 1266), Alzheimer & Tauopathies (Equipe 1), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB)

Subjects
[SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Hippocampus, Mice, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Cerebrospinal fluid, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Gliosis, Phosphorylation, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], General Medicine, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, medicine.anatomical_structure, Tauopathies, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Alzheimer's disease, medicine.symptom, medicine.medical_specialty, Amyloid, Central nervous system, Mice, Transgenic, tau Proteins, Biology, 03 medical and health sciences, Alzheimer Disease, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Internal medicine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Cholesterol 24-Hydroxylase, Genetics, medicine, Animals, Humans, Cholesterol 24-hydroxylase, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Molecular Biology, 030304 developmental biology, Memory Disorders, Cholesterol, medicine.disease, Hydroxycholesterols, Disease Models, Animal, Endocrinology, chemistry, Steroid Hydroxylases, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, 030217 neurology & neurosurgery, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

Alzheimer's disease (AD) is characterized by both amyloid and Tau pathologies. The amyloid component and altered cholesterol metabolism are closely linked, but the relationship between Tau pathology and cholesterol is currently unclear. Brain cholesterol is synthesized in situ and cannot cross the blood-brain barrier: to be exported from the central nervous system into the blood circuit, excess cholesterol must be converted to 24S-hydroxycholesterol by the cholesterol 24-hydroxylase encoded by the CYP46A1 gene. In AD patients, the concentration of 24S-hydroxycholesterol in the plasma and the cerebrospinal fluid are lower than in healthy controls. The THY-Tau22 mouse is a model of AD-like Tau pathology without amyloid pathology. We used this model to investigate the potential association between Tau pathology and CYP46A1 modulation. The amounts of CYP46A1 and 24S-hydroxycholesterol in the hippocampus were lower in THY-Tau22 than control mice. We used an adeno-associated virus (AAV) gene transfer strategy to increase CYP46A1 expression in order to investigate the consequences on THY-Tau22 mouse phenotype. Injection of the AAV-CYP46A1 vector into the hippocampus of THY-Tau22 mice led to CYP46A1 and 24S-hydroxycholesterol content normalization. The cognitive deficits, impaired long-term depression and spine defects that characterize the THY-Tau22 model were completely rescued, whereas Tau hyperphosphorylation and associated gliosis were unaffected. These results argue for a causal link between CYP46A1 protein content and memory impairments that result from Tau pathology. Therefore, CYP46A1 may be a relevant therapeutic target for Tauopathies and especially for AD.

Published
2015

28. A single and rapid Zeno SWATH DIA proteomic analysis for concomitant identification and antibiotic resistance profiling of micro-organisms from positive blood cultures

Author

Iulia Macavei, Eva Peyrache, Maud Gregson, Romain Carrière, Roxane Prat, Chloé Desbiolles, Tiphaine Cecchini, Francis Deforet, Aour Dufour, Pierre L., Delphine Arquier, Olivier Dauwalder, François Vandenesch, Jérôme Lemoine, ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evosep Biosystems, and ANR-18-RHUS-0013,IDBIORIV,Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry(2018)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry
Abstract

International audience

Published
2023

29. Cyclic voltammetry of immobilized particles as an alternative pesticide screening method for Aedes aegypti mosquitoes

Author

Léa Farouil, Yolène Duchaudé, Léa Zozo, Muriel Sylvestre, Florent Lafay, Pedro Marote, Gerardo Cebrián-Torrejón, Université des Antilles (Pôle Guadeloupe), Université des Antilles (UA), Équipe Matériaux et Procédés pour la Nanoélectronique (LAAS-MPN), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Chemometrics and theoretical chemistry. - Chimiométrie et chimie théorique

Subjects
Aedes aegypti mosquitoes, screening, Electrochemistry, Pest, [CHIM]Chemical Sciences, General Materials Science, Electrical and Electronic Engineering, Condensed Matter Physics, insecticides, voltammetry of immobilized particles (VIMP), cyclic voltammetry
Abstract

International audience; Today, pest control by chemical treatment is the main strategy against pest insects. This article proposes to show how cyclic voltammetry of immobilized particles could be applied in the context of pest research by screening several compounds known to have an activity against a pest model as Aedes species. Aedes mosquitoes are vectors of many diseases that represent a threat to humans such as yellow fever and dengue fever in tropical environments. In order to develop innovative screening approaches for new pesticides we search molecules that can interact potentially with a pest model (Aedes species). We characterized electrochemically the mosquitoes using voltammetry of immobilized particles (VIMP) method and analyze modifications on its characteristic signals in contact of insecticides.

Published
2023

30. Biophysical Dissection of Isolated GPCRs: The Adenosine A2A Receptor under the Bistouries

Author

Jean-Louis Banères, Thomas Botzanowski, Jean A. Boutin, Barbara Calamini, Jérôme Castel, Laurent J. Catoire, Sarah Cianférani, Claire Demesmay, Gavin Ferguson, Gilles Ferry, Julie Kniazeff, Isabelle Krimm, Thierry Langer, Guillaume Lebon, Marie Ley, Miklos Nyerges, Magali Schwob, Catherine Venien-Bryan, Renaud Wagner, Gabrielle Zeder-Lutz, Claudia Zilian-Stohrer, Institut des Biomolécules Max Mousseron [Pôle Chimie Balard] (IBMM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), Université de Montpellier (UM), Département Sciences Analytiques et Interactions Ioniques et Biomoléculaires (DSA-IPHC), Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Sanofi-Aventis R&D, SANOFI Recherche, Food and Agriculture Organization, Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infrastructure Nationale de Protéomique, FR2048 ProFI, Separative Methods - Techniques séparatives (TechSep), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherches SERVIER (IRS), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Vienna [Vienna], Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique [Strasbourg] (LSMBO), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Biotechnologie et signalisation cellulaire (BSC), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut de recherche de l'Ecole de biotechnologie de Strasbourg (IREBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
purification, ligands, adenosine receptor A 2A, [SDV]Life Sciences [q-bio], biophysical approach, expression, adenosine receptor A 2A biophysical approach NMR mass spectrometry molecular pharmacology expression purification reconstitution ligands techniques review, reconstitution, review, molecular pharmacology, techniques, NMR, mass spectrometry
Abstract

International audience; In an effort to provide an overview of the biophysical approaches used to study G-protein-coupled receptors, we chose to consider the adenosine A2A receptor as a model, as it is widely reported in the literature to explore the way GPCRs are studied nowadays. After a brief introduction of the receptor, we gathered descriptions of the various tools used to investigate the pharmacology and structure of the A2A receptor. We began by describing the key developments which have led to successful studies of GPCRs including the cloning, expression and purification of A2A, and the subsequent characterizations including quality control, binding and functional studies that have been necessary for the further understanding of the receptor. Then, we reviewed the reconstitution of A2A into nanodiscs as well as the use of this biological material in structural mass spectrometry, NMR, calorimetry and various other approaches to gain not only information about the structure and function of A2A, but also the dynamics of the receptor and the tools necessary to pursue such investigations. The body of techniques presented herein are applicable to all GPCRs amenable to purification.

Published
2023

31. Combined experimental, computational studies (synthesis, crystal structural, DFT calculations, spectral analysis) and biological evaluation of the new homonuclear complexDi-µ-benzoato-bis [benzoatodipyridinecobalt (II)]

Author

Oussama Khaoua, Noura Benbellat, Samira Zeroual, Soumia Mouffouk, Stéphane Golhen, Abdelkrim Gouasmia, Henry Chermette, Hamada Haba, University of Batna Hadj Lakhder [Algeria], Université Larbi Tébessi [Tebessa], Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and The authors wish gratefully to express thanks to the DGRSDT and the Algerian Ministry of Higher Education and Scientific Research for PRFU Project (B00L01UN050120180007).

Subjects
Inorganic Chemistry, UV-Vis electronic properties, Binuclear complex, Organic Chemistry, Biological activities, [CHIM]Chemical Sciences, DFT, Spectroscopy, Analytical Chemistry, X-ray crystallography
Abstract

International audience; A binuclear cobalt(II) benzoate complex with pyridine as auxiliary ligands has been synthesized and identified by UV–Vis, IR spectroscopy, and TG-DTA analysis. The molecular structure of the complex was determined by single-crystal X-ray diffraction (SCXRD). Thermogravimetric analysis shows two steps decomposition of the present complex. The Co (II) ions are in a distorted octahedral environment [CoN2O4]. The crystal structure was stabilized by different intramolecular/ intermolecular interactions, including Van der Waals, hydrogen bonding, donor-acceptor, and π-π interactions between the pyridine rings. Furthermore, all density functional theory (DFT) calculations have been performed in the gas phase using the GGA-BLYP functional and the TZP basis set, and for the Time-Dependent Density Functional Theory (TD-DFT) calculations, several functionals have been used, namely the GGA BLYP and PBE, the hybrids B3LYP and PBE0, the SAOP potential model, and finally the range-separated CAMY-B3LYP functional with the TZP basis set. Good consistency was observed between the calculated and the experimental results. The bond dissociation energies (BDE) were calculated using the fragment analysis. The intermolecular interactions were investigated through the Molecular Electrostatic Potential (MEP) and supported by Hirshfeld charges analysis. To characterize the non-covalent interactions in the complex, (NCI plot) index has been computed and supported by AIM analysis. Also, the global and local reactivity descriptors have been calculated to highlight the reactive sites in the molecular structure. Moreover, the antimicrobial activity was evaluated by agar disk diffusion assay against seven pathogenic strains, and the antioxidant activity was estimated using four different techniques. In addition, the in vitro anti-inflammatory activity was assessed by the albumin denaturation method.

Published
2023

32. Screening of specific aptamers for Bacillus cereus by Surface Plasmon Resonance imaging (SPRi)

Author

Manceau, Mathilde, Farre, Carole, Lagarde, Florence, Mathey, Raphaël, Buhot, Arnaud, Vidic, Jasmina, Hou, Yanxia, Chaix, Carole, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interfaces & biosensors - Interfaces & biocapteurs, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Chimie pour la Reconnaissance et l’Etude d’Assemblages Biologiques (CREAB ), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Département Interfaces pour l'énergie, la Santé et l'Environnement (DIESE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CNRS, ANR-21-CE21-0009,Siena,Tests sensibles exploitant la reconnaissance de peptides et aptamères pour une détection sur site de cellules et spores bactériens dans le lait et la viande(2021), CHAIX, Carole, and Tests sensibles exploitant la reconnaissance de peptides et aptamères pour une détection sur site de cellules et spores bactériens dans le lait et la viande - - Siena2021 - ANR-21-CE21-0009 - AAPG2021 - VALID

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [CHIM] Chemical Sciences, [CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience; Bacillus cereus is a food poisoning bacterium present in dairy products. To detect it, antibody based biosensors are efficient but available antibodies are expensive and may cross-react with other Bacillus species. Aptamers are a good alternative to these issues. Herein, seven aptamer sequences derived from the literature (1,2) are compared and their specificity to B. cereus is assessed versus Escherichia coli and Bacillus subtilis by Surface Plasmon Resonance imaging (SPRi).

Published
2023

33. CYP46A1 inhibition, brain cholesterol accumulation and neurodegeneration pave the way for Alzheimer’s disease

Author

Dominique Langui, Michel Vidaud, Eloise Hudry, Nathalie Cartier, Ivan Bièche, Marc Dhenain, Sandro Alves, Olivier Laprévote, Patrick Aubourg, Sophie Ayciriex, Charles Duyckaerts, Jérôme Braudeau, Catherine Marquer, Nicolas Auzeil, Farah Chali, Marie-Claude Potier, Richard B. Miles, Fathia Djelti, Jennifer Varin, Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Thérapie génique, Génomique et Epigénomique (U 1169), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Laboratoire des Maladies Neurodégénératives - UMR 9199 (LMN), Service MIRCEN (MIRCEN), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique, physiopathologie et approches thérapeutiques des maladies héréditaires du système nerveux (EA 7331), Facultés des sciences pharmaceutiques et biologiques, Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire (EA 4463), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux (Inserm U745), Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle [CHU Pitié-Salpétriêre], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Inserm U986, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés ( MECADEV ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Thérapie génique, Génomique et Epigénomique ( U 1169 ), Université Paris-Saclay-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Laboratoire des Maladies Neurodégénératives - UMR 9199 ( LMN ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génétique, physiopathologie et approches thérapeutiques des maladies héréditaires du système nerveux ( EA 7331 ), Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière ( CRICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie, Pharmacologie et Signalisation Cellulaire ( U1124 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Chimie et Toxicologie Analytique et Cellulaire ( EA 4463 ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Institut de Chimie des Substances Naturelles ( ICSN ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux ( Inserm U745 ), Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement ( IFR71 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Service MIRCEN ( MIRCEN ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay

Subjects
[SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Hippocampus, Hippocampal formation, Small hairpin RNA, chemistry.chemical_compound, Amyloid beta-Protein Precursor, 0302 clinical medicine, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], RNA interference, Homeostasis, Enzyme Inhibitors, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Lipid raft, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Neurons, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Neurodegeneration, Brain, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, Cholesterol, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Female, medicine.medical_specialty, Mice, Transgenic, Biology, 03 medical and health sciences, Alzheimer Disease, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Internal medicine, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], medicine, Cholesterol 24-Hydroxylase, Animals, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Liver X receptor, 030304 developmental biology, Amyloid beta-Peptides, medicine.disease, Mice, Inbred C57BL, Endocrinology, chemistry, Steroid Hydroxylases, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Neurology (clinical), Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

Abnormalities in neuronal cholesterol homeostasis have been suspected or observed in several neurodegenerative disorders including Alzheimer's disease, Parkinson's disease and Huntington's disease. However, it has not been demonstrated whether an increased abundance of cholesterol in neurons in vivo contributes to neurodegeneration. To address this issue, we used RNA interference methodology to inhibit the expression of cholesterol 24-hydroxylase, encoded by the Cyp46a1 gene, in the hippocampus of normal mice. Cholesterol 24-hydroxylase controls cholesterol efflux from the brain and thereby plays a major role in regulating brain cholesterol homeostasis. We used an adeno-associated virus vector encoding short hairpin RNA directed against the mouse Cyp46a1 mRNA to decrease the expression of the Cyp46a1 gene in hippocampal neurons of normal mice. This increased the cholesterol concentration in neurons, followed by cognitive deficits and hippocampal atrophy due to apoptotic neuronal death. Prior to neuronal death, the recruitment of the amyloid protein precursor to lipid rafts was enhanced leading to the production of β-C-terminal fragment and amyloid-β peptides. Abnormal phosphorylation of tau and endoplasmic reticulum stress were also observed. In the APP23 mouse model of Alzheimer's disease, the abundance of amyloid-β peptides increased following inhibition of Cyp46a1 expression, and neuronal death was more widespread than in normal mice. Altogether, these results suggest that increased amounts of neuronal cholesterol within the brain may contribute to inducing and/or aggravating Alzheimer's disease.

Published
2015

34. Stimulation, Inhibition, or Stabilization of Na,K-ATPase Caused by Specific Lipid Interactions at Distinct Sites

Author

Einat Kapri-Pardes, Sophie Ayciriex, Adriana Katz, Haruo Ogawa, Michael Habeck, Chikashi Toyoshima, Steven J.D. Karlish, Andrej Shevchenko, Haim Haviv, Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics ( MPI-CBG )

Subjects
Membrane lipids, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Phospholipid, Phosphatidylserines, Biochemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 0302 clinical medicine, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Membrane Biology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Humans, Na+/K+-ATPase, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, Phospholipids, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Phosphatidylethanolamine, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Membrane Proteins, Cell Biology, Phosphatidylserine, Membrane transport, Phosphoproteins, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Cholesterol, Membrane protein, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, lipids (amino acids, peptides, and proteins), Sodium-Potassium-Exchanging ATPase, Sphingomyelin, 030217 neurology & neurosurgery, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

The activity of membrane proteins such as Na,K-ATPase depends strongly on the surrounding lipid environment. Interactions can be annular, depending on the physical properties of the membrane, or specific with lipids bound in pockets between transmembrane domains. This paper describes three specific lipid-protein interactions using purified recombinant Na,K-ATPase. (a) Thermal stability of the Na,K-ATPase depends crucially on a specific interaction with 18:0/18:1 phosphatidylserine (1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phospho-l-serine; SOPS) and cholesterol, which strongly amplifies stabilization. We show here that cholesterol associates with SOPS, FXYD1, and the α subunit between trans-membrane segments αTM8 and -10 to stabilize the protein. (b) Polyunsaturated neutral lipids stimulate Na,K-ATPase turnover by >60%. A screen of the lipid specificity showed that 18:0/20:4 and 18:0/22:6 phosphatidylethanolamine (PE) are the optimal phospholipids for this effect. (c) Saturated phosphatidylcholine and sphingomyelin, but not saturated phosphatidylserine or PE, inhibit Na,K-ATPase activity by 70–80%. This effect depends strongly on the presence of cholesterol. Analysis of the Na,K-ATPase activity and E1-E2 conformational transitions reveals the kinetic mechanisms of these effects. Both stimulatory and inhibitory lipids poise the conformational equilibrium toward E2, but their detailed mechanisms of action are different. PE accelerates the rate of E1 → E2P but does not affect E2(2K)ATP → E13NaATP, whereas sphingomyelin inhibits the rate of E2(2K)ATP → E13NaATP, with very little effect on E1 → E2P. We discuss these lipid effects in relation to recent crystal structures of Na,K-ATPase and propose that there are three separate sites for the specific lipid interactions, with potential physiological roles to regulate activity and stability of the pump.

Published
2015

35. Production of systemically circulating Hedgehog by the intestine couples nutrition to growth and development

Author

Sophie Ayciriex, Oksana Lavrynenko, Andrej Shevchenko, Maria da Gloria Carvalho, Jonathan Rodenfels, Julio L. Sampaio, Suzanne Eaton, Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris ( UPD5 Pharmacie ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Max Planck Institute for Cell Biology and Genetics, Max-Planck-Institut, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon, Laboratoire de Physico-Chimie des Surfaces ( LPCS ), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics ( MPI-CBG ), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG), Max-Planck-Gesellschaft, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Laboratoire de Physico-Chimie des Surfaces (LPCS), Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), and Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Fat body, medicine.medical_specialty, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Signaling proteins, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Internal medicine, Genetics, medicine, Animals, Endocrine system, Hedgehog Proteins, Nutritional Physiological Phenomena, Intestinal Mucosa, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Hedgehog, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecdysteroid, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], biology, Lipid metabolism, Prothoracic gland, biology.organism_classification, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Cell biology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Drosophila melanogaster, Endocrinology, chemistry, [ SDV.BBM.GTP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Larva, [ SDV.NEU.NB ] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Developmental biology, 030217 neurology & neurosurgery, Developmental Biology, Hormone, Drosophila larvae, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract

In Drosophila larvae, growth and developmental timing are regulated by nutrition in a tightly coordinated fashion. The networks that couple these processes are far from understood. Here, we show that the intestine responds to nutrient availability by regulating production of a circulating lipoprotein-associated form of the signaling protein Hedgehog (Hh). Levels of circulating Hh tune the rates of growth and developmental timing in a coordinated fashion. Circulating Hh signals to the fat body to control larval growth. It regulates developmental timing by controlling ecdysteroid production in the prothoracic gland. Circulating Hh is especially important during starvation, when it is also required for mobilization of fat body triacylglycerol (TAG) stores. Thus, we demonstrate that Hh, previously known only for its local morphogenetic functions, also acts as a lipoprotein-associated endocrine hormone, coordinating the response of multiple tissues to nutrient availability.

Published
2014

36. Can Green Dimethyl Carbonate Synthesis be More Effective? A Catalyst Recycling Study Benefiting from Experimental Kinetics and DFT Modeling

Author

Mahboubeh Poor Kalhor, Stéphane Chambrey, Danielle Ballivet-Tkatchenko, Henry Chermette, Unité de Catalyse et Chimie du Solide - UMR 8181 (UCCS), Centrale Lille Institut (CLIL)-Université d'Artois (UA)-Centrale Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille, Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chemometrics and Theoretical Chemistry - Chimiométrie et chimie théorique, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Centre National de la Recherche Scientifique (France), the French National Agency for Research (project ANR-08-CP2D-18) for support of this work, and GENCI/CINES for HPC resources/computer time (Project cpt2130). S. C. thanks the French Ministry of Education for a PhD grant., Université d'Artois (UA)-Centrale Lille-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chemometrics and theoretical chemistry. - Chimiométrie et chimie théorique, Unité de Catalyse et de Chimie du Solide - UMR 8181 ( UCCS ), Université d'Artois ( UA ) -Ecole Centrale de Lille-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Lille ( ENSCL ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
Steric effects, Photochemistry, DFT calculations, Stannane, Catalysis, chemistry.chemical_compound, CHEMISTRY, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Polymer chemistry, dimethyl carbonate, Reactivity (chemistry), Hydrogen bond, OXIDE, carbon dioxide, General Chemistry, REACTIVITY, INTERMEDIATE, chemistry, Catalytic cycle, kinetics, dibutyltin(IV) complexes, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, CO2, METHANOL, Methanol, Dimethyl carbonate, DIMETHYLCARBONATE, DIOXIDE
Abstract

Dibutyldimethoxystannanes are known to catalyze the reaction between carbon dioxide and methanol leading to dimethyl carbonate. Despite similarities between din-butyl- and ditert-butyldimethoxystannane, the recycled complexes have different structural features. In the din-butyl series, a decatin(IV) complex has been characterized and is less active than the stannane precursor. Kinetic experiments likely indicate that all the tin centers are not active, which is confirmed in comparing with the related dinuclear 1,3-dimethoxytetran-butyldistannoxane complex. In the ditert-butyl series, the tritin(IV) complex isolated upon recycling features the steric effect of bulky tBu ancillary ligands. Interestingly enough, the SnOH. . .O(H)CH3 hydrogen bonding found in the structure prefigures Sn-OH/Sn-OCH3 interchange, a crucial step for closing the catalytic cycle. Density functional calculations highlight that the Sn-OH/Sn-OCH3 exchange is endothermic. Taken together, the results cast a clear light on the significant role of complexes of low nuclearity for dimethyl carbonate synthesis. Dibutilmetoxiestananas são conhecidas por catalisar a reação entre dióxido de carbono e metanol, produzindo dimetil carbonato. Apesar das similaridades entre din-butil- e diterc-butildimetoxiestanana, os complexos isolados ao fim do reciclo tem características estruturais diferentes. Na série din-butil, um complexo decaestanho(IV) foi caracterizado e é menos ativo que o precursor estanana. Experimentos cinéticos indicam que todos os centros de estanho não são ativos, o que é confirmado quando se compara com o complexo binuclear relacionado 1,3-dimetoxitetran-butildistanoxana. Na série diterc-butil, o complexo triestanho(IV) isolado após o reciclo apresenta características relacionadas ao efeito estérico dos ligantes auxiliares volumosos tBu. A ligação de hidrogênio encontrada na estrutura SnOH. . .O(H)CH3 prevê uma troca Sn-OH/Sn-OCH3, uma etapa crucial para encerrar o ciclo catalítico. Cálculos de densidade funcional ressaltam que a troca Sn-OH/Sn-OCH3 é endotérmica. Analisando conjuntamente, os resultados são promissores no papel dos complexos de baixa nuclearidade na síntese de dimetil carbonato.

Published
2014

37. Development of a Chitosan/Nickel Phthalocyanine Composite Based Conductometric Micro‐sensor for Methanol Detection

Author

Ibrahim Musa, Guy Raffin, Marie Hangouet, Marie Martin, Albert Alcacer, Nadia Zine, Francesca Bellagambi, Nicole Jaffrezic‐Renault, Abdelhamid Errachid, Micro & Nanobiotechnologies, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), spectroscopies vibrationnelles, Centro Nacional de Microelectronica [Spain] (CNM), The authors acknowledge the financial support of the EU H2020 WIDESPREAD Program entitled Bionanosens grant agreement # 951887 and France Embassy of Nigeria, and Kano state government of Nigeria, through CAMPUS FRANCE under the MoU agreement KN-FR scholarship., and European Project: 951887,Bionanosens

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], Electrochemistry, [CHIM]Chemical Sciences, Analytical Chemistry
Abstract

International audience; Thin-film composite of chitosan/nickel phthalocyanine (NiPc) was electrochemically deposited on the fingers of interdigitated gold electrodes, applying chronoamperometric polymerization technique. The presence of crystallized NiPc in the chitosan was confirmed by EDX and FTIR analysis. Acetone, ethanol, and methanol gas-sensing properties of the films prepared at optimum conditions were studied at atmospheric temperature, through differential measurements at an optimized frequency of 10 kHz, using a lock-in amplifier. The conductometric sensor presents the highest sensitivity of 60.2 μS.cm−1(v/v) for methanol and 700 ppm as the limit of detection. For validation, the methanol content of a commercial rubbing alcohol was determined.

Published
2022

38. Cytocompatibility / Antibacterial Activity Trade-off for Knittable Wet-Spun Chitosan Monofilaments Functionalized by the In Situ Incorporation of Cu2+ and Zn2+

Author

Renaud Passieux, Guillaume Sudre, Alexandra Montembault, Martine Renard, Agnès Hagege, Pierre Alcouffe, Ali Haddane, Marie Vandesteene, Nadège Boucard, Laurence Bordenave, Laurent David, Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioingénierie tissulaire (BIOTIS), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), MDB Texinov (MDB Texinov), MDB Texinov, CIC-IT INSERM Bordeaux, Separative Methods - Techniques séparatives, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Bussy, Agnès

Subjects
cytocompatibility, Biomaterials, antibacterial, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, complexation, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Biomedical Engineering, wet-spinning, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, chitosan, knittability
Abstract

International audience; The wet spinning of cytocompatible, bioresorbable, and knittable chitosan (CTS) monofilaments would be advantageous for a variety of surgical applications. The complexation capacity of chitosan with Cu2+ or Zn2+ can be leveraged to enhance its antibacterial activity, but not at the expense of cytocompatibility. In this work, a wet-spinning process was adapted for the in situ incorporation of Cu2+ or Zn2+ with chitosan dopes to produce monofilaments at different drawing ratios (τtot) with various cation/glucosamine molar ratios, evaluated in the fibers (rCu,f and rZn,f). Cytocompatibility and antibacterial activity of wet-spun monofilaments were, respectively, quantified by in vitro live-dead assays on balb 3T3 and by different evaluations of the proliferation inhibition of Staphylococcus epidermidis (Gram+) and Escherichia coli (Gram−). Knittability was tested by a specific tensile test using a knitting needle and evaluated with an industrial knitting machine. It was found that rCu,f = 0.01 and rZn,f = 0.03 significantly increase the antibacterial activity without compromising cytocompatibility. Wet spinning with τtot = 1.6 allowed the production of knittable CTS-Cu monofilaments, as confirmed by knitting assays under industrial conditions.

Published
2022

39. When rainfall trapped in fluid inclusion restores the relief of an orogen: Insights from the Cenozoic Himalayas

Author

R. Melis, G. Mahéo, V. Gardien, P. Jame, E. Bonjour, B. Bhandari, A. Pêcher, Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement (LGL-TPE), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Central Department of Geology, Nepal, Tribhuvan University, and Université Grenoble Alpes (UGA)

Subjects
Paleoaltimetry, Geophysics, Space and Planetary Science, Geochemistry and Petrology, Himalaya, [SDE]Environmental Sciences, Quartz veins, Earth and Planetary Sciences (miscellaneous), [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, Fluid inclusions, Main Central Thrust, Stable isotopes
Abstract

International audience; The involvement of meteoric water in orogens dynamics through surface processes is well known as for example in the Himalayas where erosion, resulting of the interplay between climate and tectonics shapes the most spectacular landscapes on the planet. But what about more internal and deepest surface fluid infiltration? Here we report analysis of the δ18O(water)and δD(water)of extracted water from fluid inclusions hosted into Cenozoic quartz veins sampled in the core of the Himalayan range, near the Main Central Thrust and the South Tibetan Detachment. Isotopic and microthermometric values suggest a meteoric origin for the fluids trapped in the quartz of syn-to post-kinematic veins formed between 10 to 20 km depth. Moreover, the isotopic compositions obtained in this study on quartz fluid inclusions water collected along a transect across the Himalayan range evolved with the topography in a similar manner than the modern meteoric water. Considering the age of formation of the quartz veins between 18 and 12 Ma, we deduce that the morphology of the Himalayan topographic front was already shaped during the Miocene but located further north.

Published
2023

40. Click and Bioorthogonal Chemistry: The Future of Active Targeting of Nanoparticles for Nanomedicines?

Author

Carole Chaix, Emmanuel Moreau, Carole Farre, Ludivine Taiariol, Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA), Interfaces & biosensors - Interfaces & biocapteurs, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Two step, Cancer therapy, Nanoparticle, Nanotechnology, 02 engineering and technology, General Chemistry, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Nanomedicine, Click chemistry, Nanoparticles, [CHIM]Chemical Sciences, Click Chemistry, Bioorthogonal chemistry, 0210 nano-technology
Abstract

International audience; Over the years, click and bioorthogonal reactions have been the subject of considerable research efforts. These high-performance chemical reactions have been developed to meet requirements not often provided by the chemical reactions commonly used today in the biological environment, such as selectivity, rapid reaction rate and biocompatibility. Click and bioorthogonal reactions have been attracting increasing attention in the biomedical field for the engineering of nanomedicines. In this review, we study a compilation of articles from 2014 to the present, using the terms "click chemistry and nanoparticles (NPs)" to highlight the application of this type of chemistry for applications involving NPs intended for biomedical applications. This study identifies the main strategies offered by click and bioorthogonal chemistry, with respect to passive and active targeting, for NP functionalization with specific and multiple properties for imaging and cancer therapy. In the final part, a novel and promising approach for "two step" targeting of NPs, called pretargeting (PT), is also discussed; the principle of this strategy as well as all the studies listed from 2014 to the present are presented in more detail.

Published
2021

41. Corrélation expression des porines et résistance ertapénème chez K. pneumoniae par spectrométrie de masse ciblée

Author

Carrière, Romain, Rasigade, Jean-Philippe, Vandenesch, François, Robin, F., Lemoine, J., ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Service de Bactériologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques [CHU Clermont-Ferrand] (CNR), and CHU Clermont-Ferrand

Subjects
[CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience

Published
2022

42. A single and rapid SWATH DIA proteomic analysis for concomitant identification and antibiotic resistance profiling of micro-organisms from positive blood cultures

Author

Iulia Macavei, Eva Peyrache, Maud Gregson, Romain Carrière, Roxane Prat, Chloé Desbiolles, Tiphaine Cecchini, Francis Deforet, Aour Dufour, Pierre L., Delphine Arquier, Olivier Dauwalder, François Vandenesch, Jérôme Lemoine, ANABIO-MS - Analyse biomoléculaire par spectrométrie de masse - Biological Analysis by Mass Spectrometry, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), London Biological Mass Spectrometry Discussion Group, SCIEX, and ANR-18-RHUS-0013,IDBIORIV,Concomitant Identification, AntiBIOtic ResIstance and Virulence evaluation of bacterial pathogens with targeted mass spectrometry(2018)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry
Abstract

International audience

Published
2022

43. Water Soluble Resist for Deep-UV (193 nm) Lithography based on a Chitosan Biopolymer

Author

Sysova, Olha, Durin, Paule, GABLIN, CORINNE, Léonard, Didier, Téolis, Alexandre, Trombotto, Stéphane, Delair, Thierry, Berling, Dominique, Servin, Isabelle, Tiron, Raluca, Bazin, Arnaud, Leclercq, Jean -Louis, Chevolot, Yann, Soppera, Olivier, Institut de Science des Matériaux de Mulhouse (IS2M), Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Dispositifs pour la Santé et l’Environnement (INL - DSE), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Surfaces, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), and ANR-19-CE43-0009,Lithogreen,Développement de polymères issus de la biomasse pour les procédés de micro et nanofabrication écoresponsables en milieu aqueux(2019)

Subjects
[SPI]Engineering Sciences [physics], [CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience

Published
2022

44. Interactions of water soluble Bio-sourced Resist with Fluorine Etching Plasmas during Photopatterning Processes

Author

Durin, Paule, GABLIN, CORINNE, Benamrouche, Aziz, Hajjar-Garreau, Samar, Teolis, Alexandre, Rochat, Névine, Gehin, Thomas, Trombotto, Stéphane, Delair, Thierry, Servin, Isabelle, Tiron, Raluca, Bazin, Arnaud, Sysova, Olha, Soppera, Olivier, Laurenceau, Emmanuelle, Leclercq, Jean -Louis, Chevolot, Yann, Léonard, Didier, INL - Dispositifs pour la Santé et l’Environnement (INL - DSE), Institut des Nanotechnologies de Lyon (INL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Supérieure de Chimie Physique Électronique de Lyon (CPE)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INL - Plateforme Technologique Nanolyon (INL - Nanolyon), Institut de Science des Matériaux de Mulhouse (IS2M), Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ingénierie des Matériaux Polymères (IMP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (CEA-LETI), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), INL - Chimie et Nanobiotechnologies (INL - C&N), Surfaces, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and ANR-19-CE43-0009,Lithogreen,Développement de polymères issus de la biomasse pour les procédés de micro et nanofabrication écoresponsables en milieu aqueux(2019)

Subjects
[SPI]Engineering Sciences [physics], [CHIM]Chemical Sciences
Abstract

International audience

Published
2022

45. Preparation of miniaturized hydrophilic affinity monoliths: Towards a reduction of non-specific interactions and an increased target protein density

Author

Julie GIL, Isabelle Krimm, Vincent Dugas, Claire Demesmay, Separative Methods - Techniques séparatives, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-21-CE29-0012,NanoWAC,La nano-WAC-MS : un outil de criblage innovant et ultra-miniaturisé des interactions protéine membranaire/ligand pour le Fragment Based Drug Discovery(2021), DUGAS, vincent, and La nano-WAC-MS : un outil de criblage innovant et ultra-miniaturisé des interactions protéine membranaire/ligand pour le Fragment Based Drug Discovery - - NanoWAC2021 - ANR-21-CE29-0012 - AAPG2021 - VALID

Subjects
non-specific interactions, [CHIM.POLY] Chemical Sciences/Polymers, Frontal affinity chromatography, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Organic Chemistry, hydrophilic organic monolith, fragment screening, General Medicine, Biochemistry, Analytical Chemistry
Abstract

International audience; In affinity chromatography, non-specific interactions between the ligands and the affinity column may affect the results, leading to misinterpretations during the investigation of protein-ligand interactions (detection of false positives in ligand screening, lack of specificity in purification). Such non-specific interactions may arise both from the underlying support or from the target protein itself. If the second ones are protein-dependent (and cannot be studied in a general framework), the first ones occur in the same way regardless of the immobilized target. We propose a methodology to identify the origin of such non-specific interactions with the underlying material of the affinity column. This methodology relies on the systematic investigation of the retention behavior of a set of 41 low-molecular weight compounds covering a wide chemical space (net charge, log D, functionality). We first demonstrate that the main source of non-specific interactions on the most commonly used GMA-co-EDMA monolith comes from hydrophobic effects. To reduce such non-specific interactions, we developed a new hydrophilic glycidyl methacrylate-based monolith by replacing the EDMA crosslinker by the more hydrophilic N-N’ Methylenebisacrylamide (MBA). Optimization of the synthesis parameters (monomer content, initiation type, temperature) has focused on the reduction of non-specific interaction with the monolithic support while maximizing the amount of protein that can be grafted onto the monolith at the issue of its synthesis. The retention data of the 41 test solutes on the new poly(GMA-co-MBA) monolith shows a drastic reduction of non-specific interactions except for cationic compounds. The particular behavior of cationic compounds is due to their electrostatic interactions with carboxylic groups resulting from the partial acidic hydrolysis of amide groups of MBA during the epoxide ring opening step. So, the ring opening step in acidic media was replaced by a hot water treatment to avoid side reaction on MBA. The new monolith poly(GMA-co-MBA) not only has improved hydrophilic surface properties but also a higher protein density (16 ± 0.8 pmol cm−1 instead of 8 ± 0.3 pmol cm−1). To highlight the benefits of this new hydrophilic monolith for affinity chromatographic studies, frontal affinity chromatography experiments were conducted on these monoliths grafted with con A.

Published
2022

46. Suivi de l’évolution des infrastructures urbaines et des pratiques de consommation et de l’état de santé de la population : Observation de la qualité des eaux usées franciliennes

Author

Lopez Viveros, Mélissa, Rocher, Vincent, Azimi, Sami, Moilleron, Régis, Le-Roux, Julien, Vulliet, Emmanuelle, SIAAP - Direction du Développement et de la Prospective, SIAAP, SIAAP DIRECTION INNOVATION ET ENVIRONNEMENT COLOMBES FRA, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), AgroParisTech-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire Eau Environnement et Systèmes Urbains (LEESU), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Vulliet, Emmanuelle

Subjects
[SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

International audience

Published
2022

47. Metabolic expressivity of human genetic variants: NMR metabotyping of MEN1 pathogenic mutants

Author

Jean-Yves Scoazec, Alain Calender, Mathilde Bayet-Robert, Bénédicte Elena-Herrmann, Benjamin J. Blaise, Annie Lacheretz-Bernigaud, Martine Cordier-Bussat, Lyndon Emsley, Claire Lopez, Lamya Rezig, Cécile Vercherat, NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Tumeurs endocrines digestives : mécanismes de la tumorigenèse et de la progression tumorale, Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Central d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents, Centre Léon Bérard [Lyon]-Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Solid-State NMR Methods for Materials - Méthodes de RMN à l'état solide pour les matériaux, ISA NMR Methods for Metabolism - Methodes RMN en métabolomique (2014-2018), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), and Centre Léon Bérard [Lyon]-Hospices Civils de Lyon (HCL)

Subjects
endocrine system, Magnetic Resonance Spectroscopy, endocrine system diseases, Clinical Biochemistry, Mutant, Mutation, Missense, Endocrine cancer, Pharmaceutical Science, Models, Biological, Analytical Chemistry, Metabolomics, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Proto-Oncogene Proteins, Drug Discovery, Genetic variation, Multiple Endocrine Neoplasia Type 1, MAGNETIC-RESONANCE SPECTROSCOPY, Animals, Humans, MEN1, Gene, Spectroscopy, Genetics, Chemistry, Wild type, METABONOMICS, Menin, Phenotype, TUMORS, Rats, 3. Good health, Gene Expression Regulation, Neoplastic, CELLS, HR-MAS NMR, Feasibility Studies, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Functional genomics
Abstract

Functional consequences of mutations in predisposition genes for familial cancer syndromes remain often elusive, especially when the corresponding gene products play pleiotropic functions and interact with numerous partners. Understanding the consequences of these genetic alterations requires access to their functional effects at the phenotypic level. Nuclear magnetic resonance (NMR) has emerged as a promising functional genomics probe, through its ability to monitor the consequences of genetic variations at the biochemical level. Here, we determine by NMR the metabolic perturbations associated with different disease-related mutations in the MEN1 gene, responsible for the multiple endocrine neoplasia syndrome, type 1 (MEN1), an example of hereditary cancer. The MEN1 gene encodes the Menin protein. Based on a cellular model that allows exogenous overexpression of either the wild type (WT) Menin protein or disease-related variant forms, we evaluate the feasibility of using metabolic profiles to discriminate cells with WT versus variant Menin overexpression. High-resolution magic angle spinning (HRMAS) NMR of whole cells allows to determine the metabolic features associated with overexpression of WT Menin as compared to the one of six different missense variants observed in MEN1 patients. We then identify several statistically significant individual metabolites associated with the metabolic signature of pathogenic versus WT variants. Whether such a metabolic phenotyping approach using cell lines could be exploited as a functional test in a human genetic cancer syndrome is further discussed. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.

Published
2014

48. Chemical, microbiological, spatial characteristics and impacts of contaminants from urban catchments: CABRRES project

Author

Gislain Lipeme Kouyi, Cécile Cren-Olivé, Benoit Cournoyer, Laboratoire de Génie Civil et d'Ingénierie Environnementale (LGCIE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR 'Contaminants Environnement Santé Adaptation des milieux', ANR CABRRES, ANR-11-CESA-0012,CABRRES,CAractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique et spatio-temporelle des contaminants des Bassins de Retenue des eaux pluviales urbaines : évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés(2011), TRACES - Technologie et Recherche en Analyse Chimique pour l'Environnement et la Santé, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Génie Civil et d'Ingénierie Environnementale ( LGCIE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Déchets Eaux Environnement Pollutions ( DEEP ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), ANR-11-CESA-0012,CABRRES,CAractérisation chimique, microbiologique, écotoxicologique et spatio-temporelle des contaminants des Bassins de Retenue des eaux pluviales urbaines : évaluation et gestion des Risques Environnementaux et Sanitaires associés ( 2011 ), and Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

Subjects
[ STAT ] Statistics [stat], Rain, Health, Toxicology and Mutagenesis, Stormwater, 0207 environmental engineering, Context (language use), 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 01 natural sciences, [ SDE.IE ] Environmental Sciences/Environmental Engineering, 12. Responsible consumption, [SPI.MECA.MEFL]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], [CHIM.GENI]Chemical Sciences/Chemical engineering, Environmental protection, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, 11. Sustainability, Water Movements, [ SPI.GCIV ] Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering, Environmental Chemistry, Water Pollutants, 14. Life underwater, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], Cities, 020701 environmental engineering, [ CHIM.GENI ] Chemical Sciences/Chemical engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Pollutant, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Water Pollution, Detention basin, General Medicine, 15. Life on land, Pollution, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 6. Clean water, [STAT]Statistics [stat], [SPI.GCIV]Engineering Sciences [physics]/Civil Engineering, Water Framework Directive, 13. Climate action, [ SPI.MECA.MEFL ] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], Environmental science, Combined sewer, Sewage treatment, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Water Microbiology, Surface runoff, Environmental Monitoring
Abstract

Chemical and microbial contaminations of urban waters including stormwater runoff, wastewaters, and combined sewer overflow waters have been shown for a number of years. It is clearly demonstrated, for example, that metallic ions, polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH), pesticides, and microbial pathogens can be conveyed by such waters, and they have been found strongly associated with suspended matters. The “Water Framework Directive” (WFD) led to the launching of several research initiatives toward the “Best Management Practices – BMP,” through novel or improved technologies aiming at reducing the ecotoxicological impacts and health risks associated with these waters. Some of these techniques consist at keeping these waters for a certain amount of time in a confined system in order to favor settling of their suspended particles and lead, in part, to the natural biological degradation of their contaminants. These systems are typically impervious basins that can receive stormwaters, e.g. detention basins, biofilters, artificial wetlands, or combined sewer overflows, e.g. stabilization ponds of wastewater treatment lagoons. Several key mechanisms occur in these systems (Fig. 1). The deposits formed constitute areas of high levels of contamination. These structures (basins) are ecosystems with an important biological diversity. They can represent a high risk of contamination of the connected surfaces, streams, or groundwater environments into which they are discharged. Investigations regarding their efficiency at retaining and transforming pollutants and killing undesirable microbes are thus required. When landscaped, these structures may lead to the development of urban public spaces. In this context, they are subjected to social practices generally associated with public gardens, practices which accidentally or regularly expose the public to their contaminants. In addition, these structures require maintenance and specific management, exposing workers to their contaminants. It is therefore essential that the chemical and microbiological contaminants present in these systems are accurately characterized and measured (i.e. which chemical forms and microbial species and genotypes, and how much?), and their health hazards and risks be inferred or estimated. In this context, several biofilters, detention basins, and stabilization ponds have been monitored and investigated around the world. The CABRRES project (Chemical, microbiological, spatial characteristics and impacts of contaminants from urban stormwater detention basins: Assessment and Management of Environmental and Human Health Risks, http://www.graie. org/cabrres), funded by the French National Research Agency (ANR), is one of these research initiatives. It is an interdisciplinary research project (Fig. 2) aiming at better defining the interactions between chemical pollutants (including toxic Responsible editor: Philippe Garrigues

Published
2014

49. Batch profiling calibration for robust NMR metabonomic data analysis

Author

Birke Bartosch, Pierre L. Lévy, Bénédicte Elena-Herrmann, Elodie Jobard, Clément Pontoizeau, Anne Fages, Centre de RMN à très hauts champs, Institut des Sciences Analytiques ( ISA ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon ( CRCL ), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Bruker Biospin, ISA - Centre de RMN à très hauts champs, Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Quality Control, METABOLOMICS DATA, SAMPLES, HUMAN URINE, Analytical chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Statistical power, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, Metabolomics, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Humans, Sample preparation, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], NUCLEAR-MAGNETIC-RESONANCE, Spectral data, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Data calibration, 030304 developmental biology, Biological Specimen Banks, Cryopreservation, 0303 health sciences, Principal Component Analysis, Models, Statistical, SPECTROSCOPY, PLASMA, Chemistry, 010401 analytical chemistry, LARGE-SCALE, Reproducibility of Results, MASS-SPECTROMETRY, Linear discriminant analysis, Batch calibration, NMR, 0104 chemical sciences, HPLC-MS, LC-MS, Pancreatic Neoplasms, Batch profiling, Metabonomics, Principal component analysis, Calibration, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Biological system, Biological variability
Abstract

International audience; Metabonomic studies involve the analysis of large numbers of samples to identify significant changes in the metabolic fingerprints of biological systems, possibly with sufficient statistical power for analysis. While procedures related to sample preparation and spectral data acquisition generally include the use of independent sample batches, these might be sources of systematic variation whose effects should be removed to focus on phenotyping the relevant biological variability. In this work, we describe a grouped-batch profile (GBP) calibration strategy to adjust nuclear magnetic resonance (NMR) metabolomic data-sets for batch effects either introduced during NMR experiments or samples work-up. We show how this method can be applied to data calibration in the context of a large-scale NMR epidemiological study where quality control samples are available. We also illustrate the efficiency of a batch profile correction for NMR metabonomic investigation of cell extracts, where GBP can significantly improve the predictive power of multivariate statistical models for discriminant analysis of the cell infection status. The method is applicable to a broad range of NMR metabolomic/metabonomic cohort studies.

Published
2013

50. Ionization and Photofragmentation of Isolated Metalloporphyrin Cations Investigated by VUV Action Spectroscopy**

Author

Thomas Schlathölter, Kaja Schubert, Cornelius L. Pieterse, Simone Techert, Luke MacAleese, Simon Dörner, Marion Girod, Lucas Schwob, Sadia Bari, Quantum interactions and structural dynamics, Deutsches Elektronen-Synchrotron [Hamburg] (DESY), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Spectrométrie des biomolécules et agrégats (SPECTROBIO), Institut Lumière Matière [Villeurbanne] (ILM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), National Physical Laboratory [Teddington] (NPL), Zernike Institute for Advanced Materials, University of Groningen [Groningen], Georg-August-University [Göttingen], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon

Subjects
Metalloporphyrins, Ultraviolet Rays, Electrospray ionization, porphyrinoids, VUV ActionSpectroscopy, Photoionization, dissociation, Mass spectrometry, Photochemistry, Catalysis, Mass Spectrometry, Ion, Fragmentation (mass spectrometry), Ionization, Cations, [CHIM.COOR]Chemical Sciences/Coordination chemistry, VUV action spectroscopy, Full Paper, Chemistry, Spectrum Analysis, Organic Chemistry, General Chemistry, Full Papers, electronic structure, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, Photoexcitation, ddc:540, Mass spectrum
Abstract

Chemistry - a European journal 27(48), 12371 - 12379 (2021). doi:10.1002/chem.202101515, We investigated the photoionization and fragmentation of isolated metal protoporphyrin IX cations (MPPIX+ with M=Fe, Co, Zn) by means of vacuum-ultraviolet (VUV) action spectroscopy in the energy range of 8.5���35 eV. Experiments were carried out in the gas phase by interfacing an electrospray ionization tandem mass spectrometer with a synchrotron beamline. The mass spectra and partial ion yields show that photoexcitation of the precursor ions predominantly leads to .CH$_2$COOH radical side-chain losses of the macrocycle with additional methyl radical (.CH$_3$) side-chain losses. Ionization, in contrast, leads to the formation of the intact ionized precursor and various doubly charged fragments which are mostly due to side-chain cleavages. Although statistical fragmentation dominates, we found evidence for non-statistical processes such as new fragments involving for example single and double H2O losses, indicating that different relaxation mechanisms are at play upon photoionization compared to photoexcitation. The measured ionization energies were 9.6��0.2 eV, 9.4��0.2 eV and 9.6��0.2 eV for FePPIX$^+$, CoPPIX$^+$ and ZnPPIX$^+$, respectively., Published by Wiley-VCH, Weinheim

Published
2021

Catalog

Books, media, physical & digital resources
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