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1. Binding stoichiometry and structural model of the HIV-1 Rev/importin β complex

Author: Martin Blackledge, Luca Signor, D. Spittler, R.-L. Indorato, E. Boeri Erba, M. Noirclerc-Savoye, F. Gabel, I. Garcia Saez, Elise Delaforge, Andrés Palencia, S. J. Harris, Carlo Petosa, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Groupe Épigénétique et voies moléculaires / Epigenetics and Molecular Pathways Group (IBS-EPIGEN), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Petosa, Carlo
Subjects: binding studies, Stereochemistry, Health, Toxicology and Mutagenesis, viruses, Importin β, protein-protein interactions, Peptide, Plant Science, nuclear transport, Importin, Biochemistry, Genetics and Molecular Biology (miscellaneous), 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Binding site, Nuclear export signal, Beta (finance), HIV-1 Rev, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Ecology, Chemistry, 030302 biochemistry & molecular biology, Mutagenesis, Isothermal titration calorimetry, molecular docking, beta Karyopherins, Models, Structural, Molecular Docking Simulation, Helix, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, HIV-1, RNA, Viral
Abstract: HIV-1 Rev mediates the nuclear export of intron-containing viral RNA transcripts and is essential for viral replication. Rev is imported into the nucleus by the host protein Importin β (Impβ), but how Rev associates with Impβ is poorly understood. Here we report biochemical, biophysical and structural studies of the Impβ/Rev complex. Gel shift, native mass spectrometry and isothermal titration calorimetry data reveal that Impβ binds two Rev monomers through independent binding sites. Small-angle X-ray scattering (SAXS) data suggest that the HEAT repeats of Impβ retain an extended conformation upon binding Rev, which according to NMR data is primarily recognized through its helical hairpin domain. Peptide scanning data and charge-reversal mutations identify the N-terminal tip of Rev helix α2 within Rev’s Arginine-Rich Motif (ARM) as a primary Impβ binding epitope. Crosslinking mass spectrometry and compensatory mutagenesis data combined with molecular docking simulations suggest a structural model in which one Rev monomer binds to the C-terminal half of Impβ with Rev helix α2 roughly parallel to the HEAT-repeat superhelical axis while the other monomer binds to the N-terminal half. These findings shed light on the molecular basis of Rev recognition by Impβ and highlight an atypical binding behaviour that distinguishes Rev from canonical cellular Impβ cargos.
Published: 2022

2. Nucleus-translocated mitochondrial cytochrome c liberates nucleophosmin-sequestered ARF tumor suppressor by changing nucleolar liquid-liquid phase separation

Author: Katiuska González-Arzola, Antonio Díaz-Quintana, Noelia Bernardo-García, Jonathan Martínez-Fábregas, Francisco Rivero-Rodríguez, Miguel Á. Casado-Combreras, Carlos A. Elena-Real, Alejandro Velázquez-Cruz, Sergio Gil-Caballero, Adrián Velázquez-Campoy, Elzbieta Szulc, María P. Gavilán, Isabel Ayala, Rocío Arranz, Rosa M. Ríos, Xavier Salvatella, José M. Valpuesta, Juan A. Hermoso, Miguel A. De la Rosa, Irene Díaz-Moreno, Scientific Research Centre 'Isla de la Cartuja' (cicCartuja), Universidad de Sevilla / University of Sevilla, Université Paris-Saclay, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Dundee, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unidad Asociada IQFR-CSIC-BIFI [Zaragoza, Spain], University of Zaragoza - Universidad de Zaragoza [Zaragoza]-Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos - BIFI [Zaragoza, Spain], The Barcelona Institute of Science and Technology, Centro Andaluz de Biología Molecular y Medicina Regenerativa (CABIMER), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centro Nacional de Biotecnología [Madrid] (CNB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Institute of Physical Chemistry Rocasolano (IQFR), Instituto de Investigaciones Químicas (IIQ), Universidad de Sevilla / University of Sevilla-Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Horizon 2020 program of the European Commission,Cámara Foundation (C.A.E.R.´s fellowship), European Regional Development Fund Regional Development Fund (FEDER), European Project: 648201,H2020,ERC-2014-CoG,CONCERT(2015), Universidad de Sevilla, ALBA Synchrotron, Ministerio de Economía y Competitividad (España), Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Junta de Andalucía, European Commission, Fundación Ramón Areces, Ministerio de Educación, Cultura y Deporte (España), Fundación 'la Caixa', Fundación Científica Asociación Española Contra el Cáncer, González-Arzola, Katiuska, Díaz-Quintana, Antonio, Martínez-Fábregas, Jonathan, Casado-Combreras, Miguel Á., Velázquez-Cruz, Alejandro, Velázquez-Campoy, Adrián, Gavilán, María P., Arranz, Rocío, Salvatella, Xavier, Valpuesta, José M., Hermoso, Juan A., Rosa, Miguel A. de la, and Díaz-Moreno, Irene
Subjects: MESH: Caspases, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], MESH: Mitochondria, Lysine, Tumor Suppressor Proteins, MESH: Arginine, Cytochromes c, Nuclear Proteins, MESH: Nucleophosmin, MESH: Cytochromes c, Arginine, Mitochondria, Structural Biology, Caspases, MESH: Lysine, MESH: Tumor Suppressor Proteins, Molecular Biology, MESH: Nuclear Proteins, Nucleophosmin
Abstract: 32 pags., 17 figs., 1 tab., The regular functioning of the nucleolus and nucleus-mitochondria crosstalk are considered unrelated processes, yet cytochrome c (Cc) migrates to the nucleus and even the nucleolus under stress conditions. Nucleolar liquid-liquid phase separation usually serves the cell as a fast, smart mechanism to control the spatial localization and trafficking of nuclear proteins. Actually, the alternative reading frame (ARF), a tumor suppressor protein sequestered by nucleophosmin (NPM) in the nucleoli, is shifted out from NPM upon DNA damage. DNA damage also triggers early translocation of respiratory Cc to nucleus before cytoplasmic caspase activation. Here, we show that Cc can bind to nucleolar NPM by triggering an extended-to-compact conformational change, driving ARF release. Such a NPM-Cc nucleolar interaction can be extended to a general mechanism for DNA damage in which the lysine-rich regions of Cc-rather than the canonical, arginine-rich stretches of membrane-less organelle components-controls the trafficking and availability of nucleolar proteins., We thank the staf at the NMR facility at CITIUS (University of Seville), the microscopy facility at CABIMER (Seville) and the ALBA Synchrotron (Barcelona). We are grateful to the Spanish Government (grant nos. PID2021-126663NB-I00, PGC2018-096049-B-I00/FEDER, BIO2015-70092-R, BFU2015-71017/BMC, BFU2016-75984/BMC, PID2019-105872GB and BFU2017-90030-P, FEDER/Ministerio de Ciencia e Innovación–Agencia Estatal de Investigación), European Regional Development Fund (FEDER), the Regional Government of Andalusia (grant nos. BIO-198; US-1254317, US-1257019, P18-FR-3487 and P18-HO-4091, US/JUNTA/FEDER, UE), the European Commission: European Regional Development Fund and European Research Council (CONCERT, contract number 648201) and the Ramón Areces Foundation. This work has been supported by Infrastructure for NMR, EM and X-rays for Translational Research (iNEXT, grant no. PID 3407) funded by the Horizon 2020 program of the European Commission, Cámara Foundation (C.A.E.R.´s fellowship), the Spanish Ministry of Education, Culture and Sports (grant nos. FPU18/06577, FPU16/01513 and FPU013/04373; M.A.C.-C., A.V.-C. and F.R.-R.’s fellowships, respectively), La Caixa Foundation (E.S.’s fellowship), Severo Ochoa Award of Excellence from MINECO (Government of Spain, IRB Barcelona and CNB Madrid) and the Spanish Association Against Cancer Scientific Foundation (FC AECC, M.P.G.’s postdoctoral grant)
Published: 2021

3. The K296-D320 region of recombinant levansucrase BA-SacB can affect the sensitivity of Escherichia coli host to sucrose

Author: Bo Jiang, Yingfeng An, Hongling Wang, Darren J. Hart, Song Gao, Xia Liu, Song Zhu, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: 0106 biological sciences, Bacillus amyloliquefaciens, Mutant, Recombinant protein expression, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, law.invention, 03 medical and health sciences, law, 010608 biotechnology, Escherichia, medicine, Escherichia coli, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, Levansucrase, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, biology.organism_classification, Bioinformatics analyses, Enzyme, Biochemistry, Recombinant DNA, Molecular evolution, Fermentation, Fructosyltransferase
Abstract: International audience; Purpose A mutant BA-SacB-Del encoding BA-SacB minus K296-D320 region was constructed to analyze its effect on catalytic characteristics of the enzyme as well as help deepen understanding of the catalytic mechanism of BA-SacB and even proteins of GH68 family. Methods Based on the comparison of levansucrases from Bacillus amyloliquefaciens (BA-SacB) and Sphingopyxis macrogoltabida (SM-Lev), a mutant BA-SacB-Del encoding BA-SacB minus K296-D320 region was constructed and its effect on catalytic characteristics of the enzyme was analyzed. Results Deletion of this region would undoubtedly affect the conserved structure (i.e., central negatively charged cavity surrounded by five antiparallel β-strands) shared by the GH68 family. Therefore, Escherichia coli-expressing mutant BA-SacB-Del could more efficiently catalyze the production of levan in media containing high concentration of sucrose, which is unrealizable for BA-SacB. Conclusions This result should be valuable for understanding this conditional lethal mechanism. Therefore, this study should be very valuable for understanding the catalytic mechanism of BA-SacB and even proteins of the GH68 family. More importantly, levan can be conveniently produced by direct fermentation of sucrose-containing media with E. coli-expressing BA-SacB-Del which is not sensitive to sucrose.
Published: 2019

4. A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography

Author: Claude Sauter, K. Rollet, J. Roche, R. De Wijn, Vincent Olieric, Jose A. Gavira, Eric Girard, Christoph Mueller-Dieckmann, Karl Brillet, Sylvain Engilberge, O. Hennig, A. Roussel, Bernard Lorber, Mario Mörl, Heike Betat, Pablo Fernandez-Millan, G.C. Fox, Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Leipzig (Institute for Biochemistry), Universität Leipzig [Leipzig], Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), PROXIMA 2A beamline, Synchrotron SOLEIL, Paul Scherrer Institute, Swiss Light Source, Laboratorio de Estudios Cristalográficos - LEC (Armilla, Spain), Universidad de Granada (UGR), Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche (France), Université de Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique (France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universität Leipzig, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Universidad de Granada = University of Granada (UGR)
Subjects: Materials science, crystallization, ligand soaking, Serial communication, Microfluidics, ChipX3, Seeding, microfluidics, Crystal structure, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, law.invention, macromolecule, Crystal, 03 medical and health sciences, Protein structure, law, General Materials Science, serial crystallography, Crystallization, protein structure, lcsh:Science, 030304 developmental biology, Counter-diffusion, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], protease, General Chemistry, Condensed Matter Physics, Research Papers, Synchrotron, 0104 chemical sciences, Crystallography, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Macromolecules, lcsh:Q, counter-diffusion, trace fluorescent labeling, room temperature, seeding, Macromolecule
Abstract: Determining optimal conditions for the production of well diffracting crystals is a key step in every biocrystallography project. Here, a microfluidic device is described that enables the production of crystals by counter-diffusion and their direct on-chip analysis by serial crystallography at room temperature. Nine 'non-model' and diverse biomacromolecules, including seven soluble proteins, a membrane protein and an RNA duplex, were crystallized and treated on-chip with a variety of standard techniques including micro-seeding, crystal soaking with ligands and crystal detection by fluorescence. Furthermore, the crystal structures of four proteins and an RNA were determined based on serial data collected on four synchrotron beamlines, demonstrating the general applicability of this multipurpose chip concept., The following funding is acknowledged: Agence Nationale de la Recherche (contract No. ANR-11-LABX-0057_MITOCROSS to Claude Sauter, Bernard Lorber; contract No. ANR-10-LABX-0036_NETRN to Claude Sauter, Bernard Lorber; contract No. ANR-13-BS07-0007-01 to Eric Girard, Sylvain Engilberge); Ministère des Affaires Etrangères (contract No. PROCOPE Hubert Curien to Claude Sauter, Mario Mörl); Deutsche Forschungsgemeinschaft (contract No. Mo 634/10-1 to Mario Mörl, Heike Betat); Université de Strasbourg [grant No. Initiative d'excellence (IDEX) to Claude Sauter, Raphaël de Wijn]; Centre National de la Recherche Scientifique (grant No. MRCT-2012_PTI_UPR9002 to Claude Sauter).
Published: 2019

5. CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement

Author: Chloe Zubieta, Pascal Fender, Hongjie Wang, Wim P. Burmeister, Frédéric Iseni, Emilie Vassal-Stermann, Grégory Effantin, Guy Schoehn, André Lieber, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), StructDev (StructDev), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité de Virologie, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Department of Medicine, Division of Medical Genetics, University of Washington [Seattle], Division of Medical Genetics [Seattle], ISBG: Microscopie électronique, ANR-18-CE11-0001,AD-CADH,MECHANISM OF INTERACTION OF SUBGROUP B2 ADENOVIRUS TO THE DESMOSOMAL CADHERIN DSG2 AND APPLICATIONS(2018), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-18-CE11-0001,Ad-Cadh,Mécanisme d'interaction des adenovirus du sous-groupe B2 à la cadhérine desmosomale DSG2 et ses applications(2018), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: 0301 basic medicine, Models, Molecular, Viral protein, Adenoviridae Infections, viruses, Science, Protein domain, General Physics and Astronomy, Desmoglein-2, Virus Attachment, Trimer, 02 engineering and technology, medicine.disease_cause, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Article, Viral vector, 03 medical and health sciences, Protein Domains, medicine, Humans, Adenovirus infection, Receptor, lcsh:Science, Multidisciplinary, Desmoglein 2, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Adenoviruses, Human, HEK 293 cells, Cryoelectron Microscopy, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, medicine.disease, Recombinant Proteins, 3. Good health, Cell biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, HEK293 Cells, Receptors, Virus, Capsid Proteins, lcsh:Q, Asparagine, 0210 nano-technology
Abstract: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a, Human adenoviruses (HAd) cause respiratory, gastrointestinal and ocular infections. Here, the authors provide insights into the early stages of adenovirus infection by determining the cryo-EM structure of the trimeric HAd type 3 fibre knob bound to its cellular receptor human desmoglein 2, which reveals residues critical for HAd-receptor interactions.
Published: 2019

6. Utility of macrophages in an antitumor strategy based on the vectorization of iron oxide nanoparticles

Author: Catherine Aude-Garcia, Solveig Reymond, Bastien Dalzon, Véronique Collin-Faure, Josiane Arnaud, Julien Vollaire, Thierry Rabilloud, Olivier Proux, Daphna Fenel, Mélanie Guidetti, Isabelle Testard, Marie Carrière, Denis Testemale, Guy Schoehn, Véronique Josserand, Protéomique, Métaux et Différenciation (ProMD ), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Matériaux, Rayonnements, Structure (NEEL - MRS), Institut Néel (NEEL), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Biologie et de Pathologie [CHU Grenoble] (IBP), Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST ), Rabilloud, Thierry, Protéomique, Métaux et Différenciation (ProMD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institute for Advanced Biosciences (IAB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), MRS - Matériaux, Rayonnements, Structure, Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Rayonnement Synchrotron et Recherche Medicale (RSRM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Synchrotron Radiation Facility (ESRF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), équipe FAME, Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie et de Pathologie - IBP [CHU Grenoble], Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Platefome de Microscopie électronique IBS/ISBG, ANR-10-INSB-05-01,FRISBI,French Infrastructure for Integrated Structural Biology, ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Matériaux, Rayonnements, Structure (MRS), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire Lésions des Acides Nucléiques (LAN), Service de Chimie Inorganique et Biologique (SCIB - UMR E3), Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: medicine.medical_treatment, Population, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cancer stem cell, medicine, General Materials Science, education, Intravascular injection, education.field_of_study, Cancer, [SDV.IMM.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy, 021001 nanoscience & nanotechnology, medicine.disease, 0104 chemical sciences, Radiation therapy, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], chemistry, Physical Barrier, Cancer cell, Cancer research, [SDV.IMM.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy, 0210 nano-technology, Iron oxide nanoparticles
Abstract: International audience; Utility of macrophages in an antitumor strategy based on the vectorization of iron oxide nanoparticles This Trojan horse strategy aims at specifi cally killing tumor cells. To achieve this goal, High-Z-element nanoparticles brought by macrophages are stimulated using low doses of X-ray radiation. The nanoparticles (namely FERINJECT®) liberate toxic photoelectrons in situ without damaging the surrounding healthy tissues. With its specifi c targeting of cancer cells, this promising anticancer strategy could greatly improve the effi ciency of current radiotherapy. Many solid tumors and their metastases are still resistant to current cancer treatments such as chemo-and radiotherapy. The presence of a small population of Cancer Stem Cells in tumors is held responsible for relapses. Moreover, the various physical barriers of the organism (e.g. blood-brain barrier) prevent many drugs from reaching the target cells. In order to alleviate this constraint, we suggest a Trojan horse strategy consisting of intravascular injection of macrophages loaded with therapeutic nanoparticles (an iron nanoparticle-based solution marketed under the name of FERINJECT®) to bring a high quantity of the latter to the tumor. The aim of this article is to assess the response of primary macrophages to FERINJECT® via functional assays in order to ensure that the macrophages loaded with these nano-particles are still relevant for our strategy. Following this first step, we demonstrate that the loaded macro-phages injected into the bloodstream are able to migrate to the tumor site using small-animal imaging. Finally, using synchrotron radiation, we validate an improvement of the radiotherapeutic effect when FERINJECT®-laden macrophages are deposited at the vicinity of cancer cells and irradiated.
Published: 2019

7. An RNA-Binding Protein Secreted by a Bacterial Pathogen Modulates RIG-I Signaling

Author: Alessandro Pagliuso, Bruno Dupuy, Christophe Bécavin, Mikael Koutero, Alice Lebreton, Frédéric Tangy, Andréa Dessen, Marie-Anne Nahori, Valérie Najburg, Fabrizia Stavru, Eric Allemand, To Nam Tham, Pascale Cossart, Anastassia V. Komarova, Christian Muchardt, Stevens Robertin, Sergey Bessonov, Quentin Bertrand, Interactions Bactéries-Cellules (UIBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Régulation épigénétique - Epigenetic regulation, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pathogénèse des Bactéries Anaérobies / Pathogenesis of Bacterial Anaerobes (PBA (U-Pasteur_6)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Génomique virale et vaccination, Cologne Excellence Cluster on Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases (CECAD), University of Cologne, Brazilian National Laboratory for Biosciences (LNBio), Centro Nacional de Pesquisa em Energia e materiais, Centra Nacional de Pesquisa-Centra Nacional de Pesquisa, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Platform access was supported by FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL, a project of the University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003). The IBS acknowledges integration into the Interdisciplinary Research Institute of Grenoble (IRIG, CEA). We are grateful to R.Y. Sanchez David and R. Viber for technical support. Work in A.L.’s team was supported by Inserm ATIP-Avenir and Mairie de Paris (Programme Émergences—Recherche médicale). This work was supported by grants from the European Research Council (ERC) advanced grant BacCellEpi (670823) and the Fondation Le Roch to P.C., We thank all members of the Cossart laboratory for helpful discussions. We thank Dr. B. Kallipolitis for providing the anti-Listeria Hfq antibody and Dr. E. Hajnsdorf for the anti-E.coli Hfq. We acknowledge the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG, UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB)., ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), European Project: 670823,H2020,ERC-2014-ADG,BacCellEpi(2015), Stavru, Fabrizia, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée - - FRISBI2010 - ANR-10-INBS-0005 - INBS - VALID, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Bacterial, cellular and epigenetic factors that control enteropathogenicity - BacCellEpi - - H20202015-10-01 - 2018-09-30 - 670823 - VALID, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR: 17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris, Laboratoire d’innovation : vaccins – Innovation lab : vaccines, Institut Pasteur [Paris], Biologie Evolutive de la Cellule Microbienne - Evolutionary Biology of the Microbial Cell, Génétique des Interactions Macromoléculaires, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], Virulence, RNA-binding protein, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Bacterial Proteins, Listeria monocytogenes, Virology, Extracellular, medicine, [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Animals, Humans, Pathogen, [SDV.IMM.II] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Innate immune system, Host Microbial Interactions, RIG-I, RNA-Binding Proteins, food and beverages, Interferon-beta, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Immunity, Innate, extracellular RNA, 3. Good health, Cell biology, RNA, Bacterial, HEK293 Cells, DEAD Box Protein 58, Parasitology, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 030217 neurology & neurosurgery, bacteriophage A118, type I IFN, Signal Transduction, Extracellular RNA
Abstract: International audience; RNA-binding proteins (RBPs) perform key cellular activities by controlling the function of bound RNAs. The widely held assumption that RBPs are strictly intracellular has been challenged by the discovery of secreted RBPs. However, extracellular RBPs have been described in eukaryotes, while secreted bacterial RBPs have not been reported. Here, we show that the bacterial pathogen Listeria monocytogenes secretes a small RBP that we named Zea. We show that Zea binds a subset of L. monocytogenes RNAs, causing their accumulation in the extracellular medium. Furthermore, during L. monocytogenes infection, Zea binds RIG-I, the non-self-RNA innate immunity sensor, potentiating interferon-β production. Mouse infection studies reveal that Zea affects L. monocytogenes virulence. Together, our results unveil that bacterial RNAs can be present extracellularly in association with RBPs, acting as “social RNAs” to trigger a host response during infection.
Published: 2019

8. A solvent-exposed cysteine forms a peculiar Ni(II)-binding site in the metallochaperone CooT from Rhodospirillum rubrum

Author: Christine Cavazza, Francesco Musiani, Mauro Rovezzi, Luca Signor, Marila Alfano, Giulia Veronesi, Barbara Zambelli, Stefano Ciurli, Olivier Proux, Biocatalyse (BIOCAT), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Groupe modélisation et chimie théorique (MCT), Laboratory of Bioinorganic Chemistry, Department of Pharmacy and Biotechnology, Groupe Infection virale et cancer (IBS-VIC), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Biocatalyse (BIOCAT ), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), University of Bologna, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), ITERLIS PhD program, CEA Life sciences Labex ARCANE CBH-EUR-GS ANR-17-EURE-0003European Cooperation in Science and Technology (COST)CA15133FRISBI within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB) ANR-10-INBS-05-02ISBG: UMS3518CNRS-CEA-UGA-EMBLGRAL within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB) ISBG: UMS3518CNRS-CEA-UGA-EMBLANR-10-LABX-49-01Department of Pharmacy and Biotechnology of the University of Bologna 'FUNBIOCO' project (IDEX-UGA, Initiatives de Recherche stratgiques) 'COSYNBIO' project (Projets exploratoires, Cellule energie-CNRS), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Alfano M., Veronesi G., Musiani F., Zambelli B., Signor L., Proux O., Rovezzi M., Ciurli S., Cavazza C., Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Stereochemistry, Dimer, carbon monoxide dehydrogenase, enzymes, chemistry.chemical_element, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Catalysis, chemistry.chemical_compound, nickel, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Binding site, nickel-binding cysteine, carbon monoxide dehydrogenases, chemistry.chemical_classification, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 010405 organic chemistry, Organic Chemistry, Rhodospirillum rubrum, CooT, General Chemistry, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 0104 chemical sciences, Solvent, Nickel, enzyme, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Enzyme, chaperone protein, chemistry, biology.protein, Carbon monoxide dehydrogenase, Cysteine
Abstract: International audience; In Rhodospirillum rubrum, the maturation of carbon monoxide dehydrogenase (CODH) requires three nickel chaperones, namely RrCooC, RrCooT and RrCooJ. Recently, the biophysical characterization of RrCooT homodimer and the X‐ray structure of its apo‐form revealed the existence of a solvent exposed Ni(II)‐binding site at the dimer interface, involving the strictly conserved Cys2. Here, a multifaceted approach that used NMR and X‐ray absorption spectroscopies, complemented with structural bio‐modelling methodologies, was used to characterise the binding mode of Ni(II) in RrCooT. This study suggests that Ni(II) adopts a square‐planar geometry via a N2S2 coordinating environment that comprises the two thiolate and amidate groups of both Cys2 residues at the dimer interface. The existence of a diamagnetic mononuclear Ni(II) centre with bis‐amidate/bis‐thiolate ligands, coordinated by a single cysteine motif, is unprecedented in biology and raises the question of its role in the activation of CODH, at the molecular level.
Published: 2019

9. Three-dimensional view of ultrafast dynamics in photoexcited bacteriorhodopsin

Author: Gabriela Nass Kovacs, Yang Yang, Lutz Foucar, Tatiana Domratcheva, A. Gorel, Ramona Schlesinger, Ilme Schlichting, Robert L. Shoeman, C.M. Roome, Stefan Haacke, Marco Kloos, Jason E. Koglin, Marie Luise Grünbein, Jacques-Philippe Colletier, M. Stricker, Sébastien Boutet, Karsten Heyne, Sergio Carbajo, Till Stensitzki, D. Ehrenberg, Alexander Batyuk, Raphael Gasper, M. Hilpert, R.B. Doak, Jochen Reinstein, Thomas R. M. Barends, Joachim Heberle, Matthew Seaberg, Max-Planck-Institut für Medizinische Forschung, Max-Planck-Gesellschaft, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), SLAC National Accelerator Laboratory (SLAC), Stanford University, Max-Planck-Institut für Molekulare Physiologie, Institut de Physique et Chimie des Matériaux de Strasbourg (IPCMS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-CE11-0018,X-in-vivo,Cristallisation in vivo: une nouvelle stratégie pour étudier la structure et la dynamique des protéines dans les lasers à électrons libres et les synchrotrons.(2017), Max Planck Institute for Medical Research [Heidelberg], Freie Universität Berlin, Linac Coherent Light Source (LCLS), Stanford University-Stanford University, Fachbereich Physik [Freie Univeristät Berlin] | Department of Physics [Freie Univeristät Berlin], Max Planck Institute of Molecular Physiology, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fachbereich Physik, Freie Universität Berlin, Fachbereich Physik [Berlin], Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), and Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique
Subjects: photon absorption, 0301 basic medicine, Science, [PHYS.PHYS.PHYS-BIO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Biological Physics [physics.bio-ph], [SDV]Life Sciences [q-bio], FOS: Physical sciences, General Physics and Astronomy, 02 engineering and technology, Photochemistry, Quantum chemistry, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, quantum chemistry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Molecule, [CHIM]Chemical Sciences, Physics - Biological Physics, Spectroscopy, lcsh:Science, Photons, Multidisciplinary, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], bacteriorhodopsin, Nanocrystallography, Hydrogen bond, Biomolecules (q-bio.BM), Retinal, Bacteriorhodopsin, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Photobiology, 3. Good health, [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry, 030104 developmental biology, chemistry, Quantitative Biology - Biomolecules, Biological Physics (physics.bio-ph), FOS: Biological sciences, Bacteriorhodopsins, Excited state, Picosecond, Retinaldehyde, biology.protein, lcsh:Q, 0210 nano-technology
Abstract: Bacteriorhodopsin (bR) is a light-driven proton pump. The primary photochemical event upon light absorption is isomerization of the retinal chromophore. Here we used time-resolved crystallography at an X-ray free-electron laser to follow the structural changes in multiphoton-excited bR from 250 femtoseconds to 10 picoseconds. Quantum chemistry and ultrafast spectroscopy were used to identify a sequential two-photon absorption process, leading to excitation of a tryptophan residue flanking the retinal chromophore, as a first manifestation of multiphoton effects. We resolve distinct stages in the structural dynamics of the all-trans retinal in photoexcited bR to a highly twisted 13-cis conformation. Other active site sub-picosecond rearrangements include correlated vibrational motions of the electronically excited retinal chromophore, the surrounding amino acids and water molecules as well as their hydrogen bonding network. These results show that this extended photo-active network forms an electronically and vibrationally coupled system in bR, and most likely in all retinal proteins., Bacteriorhodopsin (bR) is a light-driven proton pump. Here the authors combine time-resolved crystallography at a free-electron laser, ultrafast spectroscopy and quantum chemistry to study the structural changes following multiphoton photoexcitation of bR and find that they occur within 300 fs not only in the light-absorbing chromophore but also in the surrounding protein.
Published: 2019

10. Structure of the essential peptidoglycan amidotransferase MurT/GatD complex from Streptococcus pneumoniae

Author: Morlot, Cécile, Straume, Daniel, Peters, Katharina, Hegnar, Olav A., Simon, Nolwenn, Villard, Anne-Marie, Contreras-Martel, Carlos, Leisico, Francisco, Breukink, Eefjan, Gravier-Pelletier, Christine, Le Corre, Laurent, Vollmer, Waldemar, Pietrancosta, Nicolas, Håvarstein, Leiv Sigve, Zapun, André, Sub Membrane Biochemistry & Biophysics, Membrane Biochemistry and Biophysics, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Chemical Biology and Organic Chemistry, Utrecht University [Utrecht], Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Bacterial Cell Biology, Newcastle University [Newcastle], Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Systèmes glutamatergiques normaux et pathologiques = Normal and Pathologic Glutamatergic Neurons (NPS), Neuroscience Paris Seine (NPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse, Interactions Moléculaires et Cellulaires (LBM-E2), Laboratoire des biomolécules (LBM UMR 7203), Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Chimie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Chimie Moléculaire de Paris Centre (FR 2769), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Nova de Lisboa (NOVA), Bijvoet Centre for Biomolecular Research [Utrecht, The Netherlands], Laboratoire d'Ingénierie des Macromolécules (LIM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), IMMI INSERM AstraZeneca, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Staphylococcus aureus, MurT ligase, amidation, Glutamine, Science, GatD glutaminase, Glutamic Acid, Peptidoglycan, peptidoglycan, ammonia, Article, Bacterial Proteins, Glutaminase, Protein Domains, Cell Wall, Catalytic Domain, enzyme kinetics, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Sulfhydryl Compounds, lcsh:Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, carboxy terminal sequence, nonhuman, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], pH, zinc, article, ligase, glutaminase, Mycobacterium tuberculosis, Staphylococcal Infections, Lipids, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, operon, Anti-Bacterial Agents, unclassified drug, enzyme activity, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Streptococcus pneumoniae, glutamine, enzyme active site, lcsh:Q, Oxidoreductases
Abstract: The universality of peptidoglycan in bacteria underlies the broad spectrum of many successful antibiotics. However, in our times of widespread resistance, the diversity of peptidoglycan modifications offers a variety of new antibacterials targets. In some Gram-positive species such as Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, or Mycobacterium tuberculosis, the second residue of the peptidoglycan precursor, D-glutamate, is amidated into iso-D-glutamine by the essential amidotransferase MurT/GatD complex. Here, we present the structure of this complex at 3.0 Å resolution. MurT has central and C-terminal domains similar to Mur ligases with a cysteine-rich insertion, which probably binds zinc, contributing to the interface with GatD. The mechanism of amidation by MurT is likely similar to the condensation catalyzed by Mur ligases. GatD is a glutaminase providing ammonia that is likely channeled to the MurT active site through a cavity network. The structure and assay presented here constitute a knowledge base for future drug development studies., The amidotransferase MurT/GatD complex catalyzes peptidoglycan precursor amidation in some Gram-positive bacteria. Here the authors present the crystal structure of the Streptococcus pneumoniae MurT/GatD complex and provide mechanistic insights, which are of interest for drug development.
Published: 2018

11. A Long-Lived Triplet State Is the Entrance Gateway to Oxidative Photochemistry in Green Fluorescent Proteins

Author: Dominique Bourgeois, Chenxi Duan, Martin Byrdin, Klaus Brettel, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), and Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 010405 organic chemistry, Chemistry, Green Fluorescent Proteins, Quantum yield, General Chemistry, Photochemical Processes, 010402 general chemistry, Photochemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Fluorescence, Catalysis, 0104 chemical sciences, Green fluorescent protein, Colloid and Surface Chemistry, Dark state, Excited state, Ultrafast laser spectroscopy, Quantum Theory, Triplet state, Phosphorescence, Oxidation-Reduction, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract: International audience; Though ubiquitously used as selective fluorescence markers in cellular biology, fluorescent proteins (FPs) still have not disclosed all of their surprising properties. One important issue, notably for single-molecule applications, is the nature of the triplet state, suggested to be the starting point for many possible photochemical reactions leading to phenomena such as blinking or bleaching. Here, we applied transient absorption spectroscopy to characterize dark states in the prototypical enhanced green fluorescent protein (EGFP) of hydrozoan origin and, for comparison, in IrisFP, a representative phototransformable FP of anthozoan origin. We identified a long-lived (approximately 5 ms) dark state that is formed with a quantum yield of approximately 1% and has pronounced absorption throughout the visible-NIR range (peak at around 900 nm). Detection of phosphorescence emission with identical kinetics and excitation spectrum allowed unambiguous identification of this state as the first excited triplet state of the deprotonated chromophore. This triplet state was further characterized by determining its phosphorescence emission spectrum, the temperature dependence of its decay kinetics and its reactivity toward oxygen and electron acceptors and donors. It is suggested that it is this triplet state that lies at the origin of oxidative photochemistry in green FPs, leading to phenomena such as so-called "oxidative redding", "primed photoconversion", or, in a manner similar to that previously observed for organic dyes, redox induced blinking control with the reducing and oxidizing system ("ROXS").
Published: 2018

12. Impact of a Model Soil Microorganism and of Its Secretome on the Fate of Silver Nanoparticles

Author: Elise Eymard-Vernain, Hiram Castillo-Michel, Cécile Lelong, Benoit Gallet, Romain Soulas, Vanessa Tardillo Suárez, Sarah Bureau, Olivier Proux, Géraldine Sarret, Ana Elena Pradas del Real, Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ID21, European Synchrotron Radiation Facility, European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Laboratoire d'Innovation pour les Technologies des Energies Nouvelles et les nanomatériaux (LITEN), Institut National de L'Energie Solaire (INES), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ID16b, ESRF—The European Synchrotron facility, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Science et Ingenierie, MAtériaux Procédés (SIMP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-École Nationale Supérieure de Physique de Grenoble (ENSPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géophysique Interne et Tectonophysique (LGIT), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Laboratoire Central des Ponts et Chaussées (LCPC)-Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), ID21, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])
Subjects: Silver, Microorganism, Sulfidation, Metal Nanoparticles, Nanoparticle, 02 engineering and technology, Bacillus subtilis, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Silver nanoparticle, Soil, Environmental Chemistry, 0105 earth and related environmental sciences, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, biology, Chemistry, Sorption, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, Rate-determining step, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Chemical engineering, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, 0210 nano-technology, Oxidation-Reduction, Bacteria
Abstract: International audience; Sulfidation is a key process for silver nano-particles released from consumer products in the environment. This study focuses on the impact of a model soil microorganism , Bacillus subtilis, on the fate of pristine and already sulfidized Ag-NPs. The nanoparticles were incubated with the initial growth medium, isolated secretome, and living bacteria, and characterized for their size and morphology, agglomeration state, structure, and Ag speciation. No Ag internalization or sorption on the cell wall was detected. A partial sulfidation, leading to an Ag−Ag 2 S core−shell structure, was observed in the presence of the secretome, and the rate limiting step of the reaction was the oxidation of Ag 0 , and it was favored near the crystal dislocations. The sulfidation was complete in the presence of the living bacteria and followed an indirect pathway. Both crystalline Ag 2 S and amorphous Ag 2 S and/or Ag-thiol were identified. At the opposite, the bacteria had no impact on Ag 2 S. These results suggest that microorganisms participate in the sulfidation of Ag-NPs in aerobic systems such as unsaturated soils, and thus affect the bioavailability of Ag. It is important to take these transformations into account during exposure experiments, since they drastically change the exposure conditions. Finally, the secretome of B. subtilis might be used for the green synthesis of Ag−Ag 2 S core−shell nanoparticles.
Published: 2017

13. Down-regulation of NOX2 activity in phagocytes mediated by ATM-kinase dependent phosphorylation

Author: Franck Fieschi, Sylvain Beaumel, Corinne Vivès, Anne-Marie Hesse, Franck Debeurme, Antoine Picciocchi, Marie José Stasia, Didier Grunwald, Myriam Ferro, Susan M.E. Smith, Heather Stieglitz, Pahk Thepchatri, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Biologie du Cancer et de l'Infection (BCI ), Department of Molecular and Cellular Biology, Kennesaw State University (KSU), Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-VetAgro Sup (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Department of Molecular and Cellular Biology [Kennesaw], Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Cytochrome, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mutant, Down-Regulation, Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins, Biochemistry, Article, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Downregulation and upregulation, Cell Line, Tumor, Physiology (medical), Humans, Phosphorylation, Ataxia telangiectasia mutated (ATM), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Phagocytes, NADPH oxidase, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030102 biochemistry & molecular biology, biology, urogenital system, Kinase, Chemistry, Superoxide, Neutrophil, NOX, Cell biology, 030104 developmental biology, Gene Expression Regulation, NADPH Oxidase 2, NOX-specific Insertion Sequence (NIS), cardiovascular system, biology.protein, Phorbol, Protein Processing, Post-Translational, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, Signal Transduction, circulatory and respiratory physiology
Abstract: International audience; NADPH oxidases (NOX) have many biological roles, but their regulation to control production of potentially toxic ROS molecules remains unclear. A previously identified insertion sequence of 21 residues (called NIS) influences NOX activity, and its predicted flexibility makes it a good candidate for providing a dynamic switch controlling the NOX active site. We constructed NOX2 chimeras in which NIS had been deleted or exchanged with those from other NOXs (NIS1, 3 and 4). All contained functional heme and were expressed normally at the plasma membrane of differentiated PLB-985 cells. However, NOX2-ΔNIS and NOX2-NIS1 had neither NADPH-oxidase nor reductase activity and exhibited abnormal translocation of p47(phox) and p67(phox) to the phagosomal membrane. This suggested a functional role of NIS. Interestingly after activation, NOX2-NIS3 cells exhibited superoxide overproduction compared with wild-type cells. Paradoxically, the Vmax of purified unstimulated NOX2-NIS3 was only one-third of that of WT-NOX2. We therefore hypothesized that post-translational events regulate NOX2 activity and differ between NOX2-NIS3 and WT-NOX2. We demonstrated that Ser486, a phosphorylation target of ataxia telangiectasia mutated kinase (ATM kinase) located in the NIS of NOX2 (NOX2-NIS), was phosphorylated in purified cytochrome b558 after stimulation with phorbol 12-myristate-13-acetate (PMA). Moreover, ATM kinase inhibition and a NOX2 Ser486Ala mutation enhanced NOX activity whereas a Ser486Glu mutation inhibited it. Thus, the absence of Ser486 in NIS3 could explain the superoxide overproduction in the NOX2-NIS3 mutant. These results suggest that PMA-stimulated NOX2-NIS phosphorylation by ATM kinase causes a dynamic switch that deactivates NOX2 activity. We hypothesize that this downregulation is defective in NOX2-NIS3 mutant because of the absence of Ser486.
Published: 2017

14. Bacteriophage T5 tail tube structure suggests a trigger mechanism for Siphoviridae DNA ejection

Author: Arnaud , Charles-Adrien, Effantin , Grégory, Vivès , Corinne, Engilberge , Sylvain, Bacia-Verloop , Maria, Boulanger , Pascale, Girard , Eric, Schoehn , Guy, Breyton , Cécile, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biochimie et biophysique moléculaire et cellulaire (IBBMC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institut de biochimie et biophysique moléculaire et cellulaire ( IBBMC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and ANR-16-CE11-0027,PerfoBac,Comment les bactériophages perforent-ils la paroi des bactéries ?(2016)
Subjects: Cytoplasm, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], viruses, Science, Cryoelectron Microscopy, Viral Tail Proteins, Siphoviridae, Article, Capsid, Structural Homology, Protein, DNA, Viral, Escherichia coli, Bacteriophages, lcsh:Q, lcsh:Science, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract: The vast majority of phages, bacterial viruses, possess a tail ensuring host recognition, cell wall perforation and safe viral DNA transfer from the capsid to the host cytoplasm. Long flexible tails are formed from the tail tube protein (TTP) polymerised as hexameric rings around and stacked along the tape measure protein (TMP). Here, we report the crystal structure of T5 TTP pb6 at 2.2 Å resolution. Pb6 is unusual in forming a trimeric ring, although structure analysis reveals homology with all classical TTPs and related tube proteins of bacterial puncturing devices (type VI secretion system and R-pyocin). Structures of T5 tail tubes before and after interaction with the host receptor were determined by cryo-electron microscopy at 6 Å resolution. Comparison of these two structures reveals that host-binding information is not propagated to the capsid through conformational changes in the tail tube, suggesting a role of the TMP in this information transduction process., Host cell recognition is mediated by the phage tail tip proteins, which then triggers viral genome delivery via the phage tail. Here, the authors combine crystallography and cryoEM to structurally characterise the bacteriophage T5 tail tube structure before and after interaction with its host receptor.
Published: 2017

15. Baseline and Post-Treatment Hepatitis C NS5A Resistance in Relapsed Patients from a Multicentric Real-Life Cohort

Author: Philippe Halfon, Jacques Izopet, Pascale Trimoulet, Caroline Scholtes, Sofiane Mohamed, Denis Ouzan, Laurent Chiche, Victor de Ledinghen, Hacène Khiri, Marc Bourlière, M.A. Thelu, Sophie Metivier, Guillaume Penaranda, Anne Plauzolles, Laurent Alric, Vincent Leroy, Fabien Zoulim, Sylvie Larrat, Florence Abravanel, ALPHABIO - Laboratoire de biologie médicale, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de virologie et d'immunologie biologique, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Service d'Hépatologie et de Gastroentérologie [Lyon], Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gastro-entérologie - Hépatologie [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Hôpital Michallon, Institut Arnault Tzanck, Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Hôpital Saint-André, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne [Hôpital Nord - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital Nord [CHU - APHM], Service d'hépatologie et de gastroentérologie [Hôpital Saint-Joseph - Marseille], Aix Marseille Université (AMU)-Hôpital Saint-Joseph [Marseille], Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Européen [Fondation Ambroise Paré - Marseille], Centre Hospitalier Universitaire de Lyon (CHU Lyon), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), CHU Bordeaux [Bordeaux], Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Hôpital Haut-Lévêque [CHU Bordeaux], Hôpital Saint-Joseph [Marseille], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre Léon Bérard [Lyon], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Physiopathologie du cancer du foie, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire de Virologie [CHU Purpan, Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, DNA Mutational Analysis, Viral Nonstructural Proteins / genetics, Drug Resistance, Hepacivirus, Drug resistance, Viral Nonstructural Proteins, Virological response, Viral Nonstructural Proteins / antagonists & inhibitors, 0302 clinical medicine, Medicine, Pharmacology (medical), Viral, Treatment Failure, Hepatitis C, Viral Load, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, 3. Good health, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Treatment Outcome, Infectious Diseases, Antiviral Agents / pharmacology, Cohort, Drug Therapy, Combination, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, Viral load, Hepacivirus / genetics, medicine.medical_specialty, Genotype, Antiviral Agents / therapeutic use, Antiviral Agents, 03 medical and health sciences, Pharmacotherapy, Drug Therapy, Internal medicine, Drug Resistance, Viral, Humans, NS5A, Pharmacology, business.industry, medicine.disease, 030104 developmental biology, Hepatitis C / virology, Hepacivirus / drug effects, Post treatment, Hepatitis C / drug therapy, business
Abstract: Background Recent data have suggested that failure to achieve sustained virological response with direct-acting antiviral therapy is usually due to relapse and is primarily associated with the emergence of resistance-associated substitutions. The aim of this study was to investigate the prevalence and characterization of non-structural-5A resistance-associated substitutions in patients infected with HCV genotypes 1, 3 and 4 treated by direct-acting antiviral therapy, including anti-non-structural-5A, and to characterize the pre-existing resistance-associated substitutions in subjects treated with anti-non-structural-5A inhibitors. Methods From January 2014 to March 2016, 2,995 patients infected with HCV genotypes 1, 3 and 4 were exposed to non-structural-5A inhibitors. Sequencing results at the time of virological failure were available for 61 patients; sequencing at baseline was available for 35 of these patients. Results Among the 35 patients with sequencing results available at baseline, 15 had no resistance-associated substitution, 16 had only one resistance-associated substitution, and 4 had more than one resistance-associated substitution. Resistance-associated substitutions were harbored in 57% of the sequences in the non-structural-5A region. Among the 61 patients sequenced at virological failure, 50 (82%) patients presented at least one resistance-associated substitutions inducing a high level of resistance to non-structural-5A inhibitors (>10-fold resistance). Conclusions This pooled analysis suggests that non-structural-5A resistance-associated substitutions screening should be recommended when considering retreatment with a non-structural-5A inhibitor regimen in patients who have previously experienced failed non-structural-5A treatment.
Published: 2017

16. Structural intermediates in the fusion‐associated transition of vesiculovirus glycoprotein

Author: Aurélie A. Albertini, John K. Rose, Jean Lepault, Stéphane Bressanelli, Linda Buonocore, Elisabetta Boeri-Erba, Hélène Raux, Yves Gaudin, Malika Ouldali, Eduard Baquero, Abbas Abou-Hamdan, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Yale University School of Medicine, Yale School of Medicine, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rhabdovirus (RHABDO), Département Virologie (Dpt Viro), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Virologie structurale corrélative par cryo-microscopie électronique et radiocristallographie (VIROEM), Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut] (YSM), Interactions et mécanismes d’assemblage des protéines et des peptides (IMAPP), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Models, Molecular, glycoprotein, 0301 basic medicine, Conformational change, Protein Conformation, Viral protein, Dimer, membrane fusion, intermediate structures, Biology, Crystallography, X-Ray, medicine.disease_cause, Antiparallel (biochemistry), Models, Biological, Mass Spectrometry, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, conformational change, Protein structure, Viral Envelope Proteins, medicine, Tomography, Molecular Biology, Glycoproteins, Fusion, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030102 biochemistry & molecular biology, General Immunology and Microbiology, General Neuroscience, Lipid bilayer fusion, Articles, Hydrogen-Ion Concentration, Virus Internalization, vesiculovirus, Fusion protein, Microscopy, Electron, 030104 developmental biology, Biochemistry, chemistry, Biophysics, Protein Multimerization, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM]
Abstract: International audience; Vesiculoviruses enter cells by membrane fusion, driven by a large, low-pH-induced, conformational change in the fusion glycoprotein G that involves transition from a trimeric pre-fusion toward a trimeric post-fusion state via monomeric intermediates. Here, we present the structure of the G fusion protein at intermediate pH for two vesiculoviruses, vesicular stomatitis virus (VSV) and Chandipura virus (CHAV), which is responsible for deadly encephalopathies. First, a CHAV G crystal structure shows two intermediate conformations forming a flat dimer of heterodimers. On virions, electron microscopy (EM) and tomography reveal monomeric spikes similar to one of the crystal conformations. In solution, mass spectrometry shows dimers of G. Finally, mutations at a dimer interface, involving fusion domains associated in an antiparallel manner to form an intermolecular β-sheet, affect G fusion properties. The location of the compensatory mutations restoring fusion activity strongly suggests that this interface is functionally relevant. This work reveals the range of G structural changes and suggests that G monomers can re-associate, through antiparallel interactions between fusion domains, into dimers that play a role at some early stage of the fusion process.
Published: 2017

17. Proton-Detected Solid-State NMR Spectroscopy of a Zinc Diffusion Facilitator Protein in Native Nanodiscs

Author: Bersch, Beate, Dörr, Jonas M, Hessel, Audrey, Killian, J Antoinette, Schanda, Paul, Sub Membrane Biochemistry & Biophysics, Membrane Biochemistry and Biophysics, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Utrecht University [Utrecht], Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), European Project: 311318,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,PROTDYN2FUNCTION(2013), European Project: 317371,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,MANIFOLD(2012), European Project : 311318,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,PROTDYN2FUNCTION ( 2013 ), European Project : 317371,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2012-ITN,MANIFOLD ( 2012 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sub Membrane Biochemistry & Biophysics, and Membrane Biochemistry and Biophysics
Subjects: 0301 basic medicine, NMR spectoscopy, Proteolipids, Proton Magnetic Resonance Spectroscopy, membrane proteins, 010402 general chemistry, [ CHIM ] Chemical Sciences, 01 natural sciences, Article, Catalysis, Diffusion, 03 medical and health sciences, NMR spectroscopy, Bacterial Proteins, nanodiscs, copolymers, [CHIM]Chemical Sciences, Integral membrane protein, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], biology, Cupriavidus metallidurans, Chemistry, Cupriavidus, Peripheral membrane protein, Maleates, Nanodiscs, Membrane Transport Proteins, Biological membrane, General Chemistry, biology.organism_classification, solis-state NMR, coplymers, Nanostructures, 0104 chemical sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Zinc, Crystallography, 030104 developmental biology, Membrane, Solid-state nuclear magnetic resonance, Membrane protein, solid-state NMR, Polystyrenes, Protons, [ SDV.BBM.BS ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Cation diffusion facilitator
Abstract: International audience; The structure, dynamics and function of membrane proteins are intimately linked to the properties of the membrane environment in which the proteins are embedded. For structural and biophysical characterization, membrane proteins generally need to be extracted from the membrane, and reconstituted in a suitable membrane-mimicking environment. Ensuring functional and structural integrity in these environments is often a major concern. The styrene/maleic acid co-polymer has recently been shown to be able to extract lipid/membrane protein patches directly from native membranes, forming nanosize discoidal proteolipid particles, also referred to as native nanodiscs. Here we show, for the first time, that high-resolution solid-state NMR spectra can be obtained from an integral membrane protein in native nanodiscs, as exemplified with the 2 x 34 kDa-large bacterial cation diffusion facilitator CzcD from Cupriavidus metallidurans CH34.
Published: 2017

18. ‘Drc’, a structurally novel ssDNA-binding transcription regulator of N4-related bacterial viruses

Author: De Zitter, Elke, Boon, Maarten, De Smet, Jeroen, Wagemans, Jeroen, Voet, Marleen, Pennemann, Friederike, Schalck, Thomas, Kuznedelov, Konstantin, Severinov, Konstantin, Van Meervelt, Luc, De Maeyer, Marc, Lavigne, Rob, Groupe Dynamique et Cinétique des processus moléculaires (IBS-DYNAMOP), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Department of Biosystems (BIOSYST), Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Department of Chemistry [Leuven], Waksman Institute of Microbiology [Piscataway, NJ], Rutgers, The State University of New Jersey [New Brunswick] (RU), Rutgers University System (Rutgers)-Rutgers University System (Rutgers), European Project: 819800,BIONICbacteria, Groupe Dynamique et Cinétique des processus moléculaires (IBS-DYNAMOP ), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Models, Molecular, Protein Conformation, alpha-Helical, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Transcription, Genetic, PROTEIN, Gene Expression, chemistry.chemical_compound, DOMAIN, Transcription (biology), STRANDS, Structural Biology, RNA polymerase, Gene expression, Cloning, Molecular, PC4, Promoter Regions, Genetic, Genetics, 0303 health sciences, COACTIVATOR, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030302 biochemistry & molecular biology, DNA-Directed RNA Polymerases, Recombinant Proteins, DNA-Binding Proteins, ALIGNMENT, Pseudomonas Phages, Life Sciences & Biomedicine, Protein Binding, Biochemistry & Molecular Biology, DNA-BINDING, Genetic Vectors, DNA, Single-Stranded, PHAGE, RNA polymerase complex, Biology, SEQUENCE, 03 medical and health sciences, Open Reading Frames, Viral Proteins, Pseudomonas, Escherichia coli, Protein Interaction Domains and Motifs, Amino Acid Sequence, Gene, 030304 developmental biology, Science & Technology, Binding Sites, Promoter, chemistry, Amino Acid Substitution, DNA, Viral, Nucleic Acid Conformation, Protein Conformation, beta-Strand, Bacterial virus, Protein Multimerization, DNA, GENERATION
Abstract: Bacterial viruses encode a vast number of ORFan genes that lack similarity to any other known proteins. Here, we present a 2.20 Å crystal structure of N4-related Pseudomonas virus LUZ7 ORFan gp14, and elucidate its function. We demonstrate that gp14, termed here as Drc (ssDNA-binding RNA Polymerase Cofactor), preferentially binds single-stranded DNA, yet contains a structural fold distinct from other ssDNA-binding proteins (SSBs). By comparison with other SSB folds and creation of truncation and amino acid substitution mutants, we provide the first evidence for the binding mechanism of this unique fold. From a biological perspective, Drc interacts with the phage-encoded RNA Polymerase complex (RNAPII), implying a functional role as an SSB required for the transition from early to middle gene transcription during phage infection. Similar to the coliphage N4 gp2 protein, Drc likely binds locally unwound middle promoters and recruits the phage RNA polymerase. However, unlike gp2, Drc does not seem to need an additional cofactor for promoter melting. A comparison among N4-related phage genera highlights the evolutionary diversity of SSB proteins in an otherwise conserved transcription regulation mechanism. ispartof: NUCLEIC ACIDS RESEARCH vol:48 issue:1 pages:445-459 ispartof: location:England status: published
Published: 2019

19. Surveillance of HIV-1 primary infections in France from 2014 to 2016: toward stable resistance, but higher diversity, clustering and virulence?

Author: Visseaux, Benoit, Assoumou, Lambert, Grude, Maxime, Carles, Marie-Josée, Meyer, Laurence, Roussel, Catherine, Le Guillou-Guillemette, H., Ducancelle, A., Courdavault, L, Alloui, C, Honore, P, Lepiller, Q., Bettinger, D., Bellecave, P., Pinson-Recordon, P, Tumiotto, Camille, Vallet, Sophie, Payan, C., Duthe, J, Leroux, M., Dina, Julia, Vabret, A., Mirand, A., Henquell, C., Bouvier-Alias, Magali, Simohamed, A, dos Santos, G, yerly, S, Gaille, C, Caveng, W, Chapalay, S, Calmy, A., Signori-Schmuck, Anne, Morand, Patrice, Pallier, Coralie, Raho-Moussa, M, Mole, M, Dulucq, M-J, Bocket, Laurence, Alidjinou, K, Ranger-Rogez, S, Trabaud, Mary-Anne, Icard, V, Tardy, J., Tamalet, C., Delamare, C, Montes, Brigitte, Schvoerer, E., Fenaux, H., Rodallec, A., André-Garnier, E., Ferre, Virginie, de Monte, Anne, Guigon, A., Guinard, J., Descamps, Diane, Charpentier, C., Peytavin, G., Tremaux, P, Avettand-Fenoel, V., Soulie, C., Malet, I., Wirden, Marc, Marcelin, A, Calvez, V., Flandre, P., Costagliola, D, Morand-Joubert, Laurence, Lambert-Niclot, S., Fofana, D, Boukli, N., Delaugerre, C., Chaix, Marie-Laure, Mahjoub, Nadia, Amiel, Corinne, Giraudeau, G, Beby-Defaux, A., Plainchamp, D, Maillard, Anne, Alessandri-Gradt, E, Leoz, M, Plantier, Jean-Christophe, Gantner, P, Delagreverie, H, Fafi-Kremer, Samira, Fischer, P, Raymond, Stéphanie, Izopet, Jacques, Chiabrando, J, Stefic, Karl, Barin, F., Fajole, G, Burgault, O, Marque-Juillet, S, Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Epidémiologie, stratégies thérapeutiques et virologie cliniques dans l'infection à VIH, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Immuno-Rhumatologie Moléculaire, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB), virology, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre de recherche sur l'hétéroepitaxie et ses applications (CRHEA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Clermont-Ferrand, Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Geneva University Hospital (HUG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de virologie [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de virologie [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôtel-Dieu de Nantes, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Radiologie [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Pharmacie de l'Hôpital Bichat, Centre de Recherches Pétrographiques et Géochimiques (CRPG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Service de microbiologie [Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Génétique et Ecologie des Virus, Génétique des Virus et Pathogénèse des Maladies Virales, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Unité de Rétrovirologie, Hôpital Pontchaillou, Normandie Université (NU), Laboratoire de Virologie, CHU Strasbourg, Laboratoire de Virologie [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Service de bactériologie-virologie [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Centre national de référence du VIH INSERM U966, Université de Tours (UT), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Besançon, Université de Franche-Comté (UFC), Université Grenoble Alpes (UGA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unit for Virus Host-Cell Interactions [Grenoble] (UVHCI), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU AMU), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université de Tours, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-IFR10, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de virologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)
Subjects: Male, Etravirine, HIV Infections, Men who have sex with men, Sexual and Gender Minorities, chemistry.chemical_compound, Pre-exposure prophylaxis, 0302 clinical medicine, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, education.field_of_study, Virulence, biology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Middle Aged, Viral Load, 3. Good health, Integrase, Infectious Diseases, Rilpivirine, Epidemiological Monitoring, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Female, France, Viral load, medicine.drug, Adult, Microbiology (medical), Genotype, Anti-HIV Agents, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Population, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Drug Resistance, Viral, medicine, Humans, education, Pharmacology, 030306 microbiology, Genetic Variation, Sequence Analysis, DNA, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Virology, chemistry, Mutation, HIV-1, biology.protein, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: ObjectivesPatients with primary HIV-1 infection (PHI) are a particular population, giving important insight about ongoing evolution of transmitted drug resistance-associated mutation (TDRAM) prevalence, HIV diversity and clustering patterns. We describe these evolutions of PHI patients diagnosed in France from 2014 to 2016.MethodsA total of 1121 PHI patients were included. TDRAMs were characterized using the 2009 Stanford list and the French ANRS algorithm. Viral subtypes and recent transmission clusters (RTCs) were also determined.ResultsPatients were mainly MSM (70%) living in the Paris area (42%). TDRAMs were identified among 10.8% of patients and rose to 18.6% when including etravirine and rilpivirine TDRAMs. Prevalences of PI-, NRTI-, first-generation NNRTI-, second-generation NNRTI- and integrase inhibitor-associated TDRAMs were 2.9%, 5.0%, 4.0%, 9.4% and 5.4%, respectively. In a multivariable analysis, age >40 years and non-R5 tropic viruses were associated with a >2-fold increased risk of TDRAMs. Regarding HIV diversity, subtype B and CRF02_AG (where CRF stands for circulating recombinant form) were the two main lineages (56% and 20%, respectively). CRF02_AG was associated with higher viral load than subtype B (5.83 versus 5.40 log10 copies/mL, P = 0.004). We identified 138 RTCs ranging from 2 to 14 patients and including overall 41% from the global population. Patients in RTCs were younger, more frequently born in France and more frequently MSM.ConclusionsSince 2007, the proportion of TDRAMs has been stable among French PHI patients. Non-B lineages are increasing and may be associated with more virulent CRF02_AG strains. The presence of large RTCs highlights the need for real-time cluster identification to trigger specific prevention action to achieve better control of the epidemic.
Published: 2019

20. Mapping Hidden Residual Structure within the Myc bHLH-LZ Domain Using Chemical Denaturant Titration

Author: Pavel Macek, Jonathan P. Waltho, J. Willem M. Nissink, Matthew J. Cliff, Kevin J. Embrey, Rick Davies, Martin Blackledge, Stanislava Panova, Malene Ringkjøbing Jensen, Manchester Institute of Biotechnology - Manchester Centre for Synthetic Biology of Fine and Speciality Chemicals (SYNBIOCHEM), University of Manchester, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Oncology, IMED Biotech Unit, AstraZeneca [Cambridge, UK], Discovery Sciences, IMED Biotech Unit, AstraZeneca, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Guanidinium chloride, Models, Molecular, Protein Denaturation, MESH: Protein Structure, Secondary, MESH: Thiazoles, Myc, Residual, Intrinsically disordered proteins, Protein Structure, Secondary, Proto-Oncogene Proteins c-myc, molten globule, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, MESH: Protein Structure, Tertiary, Structural Biology, Manchester Institute of Biotechnology, MESH: Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, MESH: Proto-Oncogene Proteins c-myc, Humans, guanidinium chloride, Molecular Biology, Protein secondary structure, Conformational isomerism, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, 030304 developmental biology, solution NMR, Solution NMR, 0303 health sciences, Binding Sites, MESH: Humans, paramagnetic relaxation enhancement, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030302 biochemistry & molecular biology, Helix-Loop-Helix Motifs, ResearchInstitutes_Networks_Beacons/manchester_institute_of_biotechnology, Molten globule, Protein Structure, Tertiary, Thiazoles, chemistry, MESH: Binding Sites, Biophysics, Titration, MESH: Protein Denaturation, intrinsically disordered proteins, Biological regulation, MESH: Helix-Loop-Helix Motifs, MESH: Models, Molecular
Abstract: International audience; Intrinsically disordered proteins (IDPs) underpin biological regulation and hence are highly desirable drug-development targets. NMR is normally the tool of choice for studying the conformational preferences of IDPs, but the association of regions with residual structure into partially collapsed states can lead to poor spectral quality. The bHLH-LZ domain of the oncoprotein Myc is an archetypal example of such behavior. To circumvent spectral limitations, we apply chemical denaturant titration (CDT)-NMR, which exploits the predictable manner in which chemical denaturants disrupt residual structure and the rapid exchange between conformers in IDP ensembles. The secondary structure propensities and tertiary interactions of Myc are determined for all bHLH-LZ residues, including those with poor NMR properties under native conditions. This reveals conformations that are not predictable using existing crystal structures. The CDT-NMR method also maps sites perturbed by the prototype Myc inhibitor, 10058-F4, to areas of residual structure.
Published: 2019

21. Synthetic self-assembling ADDomer platform for highly efficient vaccination by genetically encoded multiepitope display

Author: Véronique Josserand, Céline Terrat, Matthew Williams, Pascal Fender, Frederic Garzoni, Laurence Chaperot, Fruzsina Rabi, Emilie Stermann, Christopher J. Woods, Bernard Verrier, Joshua C. Bufton, Phil Bates, Gerardo Viedma, Mélanie Guidetti, Imre Berger, Charles Vragniau, Christiane Schaffitzel, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Bristol [Bristol], Imophoron Ltd, Laboratoire de Biologie Tissulaire et d'ingénierie Thérapeutique UMR 5305 (LBTI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Oracle Cloud Development Centre, Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Max Planck-Bristol Centre for Minimal Biology, COIFFIER, Celine, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANIMAGE, Rhône-Alpes Genopole, University of Cambridge [UK] (CAM), Laboratoire recherche et développement, EFS, Laboratoire européen de biologie moléculaire - European Molecular Biology Laboratory (EMBL Grenoble), and European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)
Subjects: Models, Molecular, Scaffold, minimal biology, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Protein Conformation, Computer science, viruses, advanced computing, Epitope, Epitopes, Synthetic biology, 0302 clinical medicine, Virus-like particle, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Structural Biology, Nanotechnology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Research Articles, Vaccines, Synthetic, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Protein therapeutics, Vaccination, SciAdv r-articles, 3. Good health, Vaccinology, Nanomedicine, 030220 oncology & carcinogenesis, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Synthetic Biology, Genetic Engineering, Research Article, BrisSynBio, Computational biology, Communicable Diseases, Biodesign, Adenoviridae, Structure-Activity Relationship, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, [SDV.IMM.VAC] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, Self assembling, Humans, [SDV.IB.BIO]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Biomaterials, 030304 developmental biology, Bristol BioDesign Institute, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, [SDV.IMM.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, SYNTHETIC BIOLOGY, [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, [SDV.SP.PG]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Galenic pharmacology, Infectious disease (medical specialty), Communicable Disease Control, [SDV.IMM.VAC]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Vaccinology, Vaccine, Epitope Mapping
Abstract: ADDomer is a synthetic, self-assembling, virus-like particle platform that enables highly efficient vaccination., Self-assembling virus-like particles represent highly attractive tools for developing next-generation vaccines and protein therapeutics. We created ADDomer, an adenovirus-derived multimeric protein-based self-assembling nanoparticle scaffold engineered to facilitate plug-and-play display of multiple immunogenic epitopes from pathogens. We used cryo–electron microscopy at near-atomic resolution and implemented novel, cost-effective, high-performance cloud computing to reveal architectural features in unprecedented detail. We analyzed ADDomer interaction with components of the immune system and developed a promising first-in-kind ADDomer-based vaccine candidate to combat emerging Chikungunya infectious disease, exemplifying the potential of our approach.
Published: 2019

22. Proteomic analysis of neutrophils in ANCA-associated vasculitis reveals a dysregulation in proteinase 3-associated proteins such as annexin-A1 involved in apoptotic cell clearance

Author: Everts-Graber, Judith, Martin, Katherine, Thieblemont, Nathalie, Mocek, Julie, Roccabianca, Arnaud, Chafey, Philippe, Le Gall, Morgane, Tacnet-Delorme, Pascale, Reutelingsperger, Chris, Naccache, Jean-Marc, Bonnotte, Bernard, Karras, Alexandre, Puéchal, Xavier, Guillevin, Loïc, Terrier, Benjamin, Frachet, Philippe, Perretti, Mauro, Mouthon, Luc, Witko-Sarsat, Véronique, RS: CARIM - R1 - Thrombosis and haemostasis, Biochemie, RS: Carim - B02 Vascular aspects thrombosis and Haemostasis, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biochemistry, Maastricht University [Maastricht], Service de Pneumologie - Oncologie Thoracique - Maladies Pulmonaires Rares [CHU Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de médecine interne et immunologie clinique (SOC 1) [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), William Harvey Research Institute, Barts and the London Medical School, Instruct-Eric Center, ISBG, ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-11-IDEX-0005,USPC,Université Sorbonne Paris Cité(2011), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de pneumologie et réanimation [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Tenon [APHP], Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, ANR-10-INBS-0005-02,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), and ANR-11-IDEX-0005-02/10-LABX-0017,INFLAMEX,INSTITUTE OF INFLAMMATORY DISEASES(2011)
Subjects: Adult, Male, Proteomics, EXPRESSION, Adolescent, Neutrophils, Myeloblastin, annexin A, Apoptosis, Autoimmunity, macromolecular substances, RELAPSE, vasculitis, Antibodies, Antineutrophil Cytoplasmic, PHAGOCYTOSIS, calreticulin, Young Adult, AUTOANTIGEN GENES, stomatognathic system, Humans, POLYANGIITIS, Phospholipid Transfer Proteins, MEMBRANE PROTEINASE-3, Aged, Annexin A1, Aged, 80 and over, GRANULOMATOSIS, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Granulomatosis with Polyangiitis, neutrophil, Middle Aged, CALPROTECTIN, proteinase 3, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Female, phospholipid scramblase 1, LIGAND, Biomarkers, Signal Transduction
Abstract: International audience; Granulomatosis with polyangiitis (GPA) is an autoimmune vasculitis associated with anti-neutrophil-cytoplasmic antibodies (ANCA) against proteinase 3 leading to kidney damage. Neutrophils from those patients have increased expression of membrane proteinase 3 during apoptosis. Here we examined whether neutrophils from patients with GPA have dysregulated protein expressions associated with apoptosis. A global proteomic analysis was performed comparing neutrophils from patients with GPA, with healthy individuals under basal conditions and during apoptosis. At disease onset, the cytosolic proteome of neutrophils of patients with GPA before treatment was significantly different from healthy controls, and this dysregulation was more pronounced following ex vivo apoptosis. Proteins involved in cell death/survival were altered in neutrophils of patients with GPA. Several proteins identified were PR3-binding partners involved in the clearance of apoptotic cells, namely calreticulin, annexin-A1 and phospholipid scramblase 1. These proteins form a platform at the membrane of apoptotic neutrophils in patients with GPA but not healthy individuals and this was associated with the clinical presentation of GPA. Thus, our study shows that neutrophils from patients with GPA have an intrinsic dysregulation in proteins involved in apoptotic cell clearance, which could contribute to the unabated inflammation and autoimmunity in GPA. Hence, harnessing these dysregulated pathways could lead to novel biomarkers and targeted therapeutic opportunities to treat kidney disease.
Published: 2019

23. Ligand pathways in neuroglobin revealed by low-temperature photodissociation and docking experiments

Author: S. Della Longa, Martin Weik, Thierry Prangé, Nathalie Colloc'h, Linda Celeste Montemiglio, Philippe Carpentier, C. Savino, Alessandro Arcovito, Cécile Exertier, Chiara Ardiccioni, Beatrice Vallone, Maurizio Brunori, P. van der Linden, G. Avella, Dominique Bourgeois, New York–Marche Structural Biology Center [Ancona, Italia] (NY-MaSBiC), Università Politecnica delle Marche [Ancona] (UNIVPM), Università cattolica del Sacro Cuore [Roma] (Unicatt), Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli, Università degli Studi dell'Aquila (UNIVAQ), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Partnership for Soft Condensed Matter (PSCM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biochemical Sciences 'Rossi Fanelli', Institut Pasteur, Fondation Cenci Bolognetti - Istituto Pasteur Italia, Fondazione Cenci Bolognetti, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome], Institute of Molecular Pathology and Biology [Rome] (IPBM), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome]-Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Biocatalyse (BIOCAT ), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Cibles Thérapeutiques et conception de médicaments (CiTCoM - UMR 8038), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Imagerie et Stratégies Thérapeutiques des pathologies Cérébrales et Tumorales (ISTCT), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work received funding from the European Union's Horizon 2020 Innovative Training Network (ITN-ETN) program under the Marie Skłodowska-Curie X-probe project (Grant Agreement No. 637295 to BV)., We acknowledge the European Synchrotron Radiation Facility for provision of synchrotron radiation facilities and we would like to thank Michel Pirocchi and Jean-Luc Ferrer for assistance in using beamline BM30-A, and Hassan Behlrali and Babu Manjasetty for assistance in using beamline BM14. IBS acknowledges integration into the Interdisciplinary Research Institute of Grenoble (IRIG, CEA)., Thomas, Frank, Advanced XFEL and Synchrotron based Probes of Protein Structure and Dynamics - X-probe - - H20202015-01-01 - 2018-12-31 - 637295 - VALID, Università cattolica del Sacro Cuore = Catholic University of the Sacred Heart [Roma] (Unicatt), Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli IRCCS, Università degli Studi dell'Aquila = University of L'Aquila (UNIVAQ), European Synchroton Radiation Facility [Grenoble] (ESRF), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA)-Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Università degli Studi di Roma 'La Sapienza' = Sapienza University [Rome] (UNIROMA), Biocatalyse (BIOCAT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Imagerie et Stratégies Thérapeutiques pour les Cancers et Tissus cérébraux (ISTCT), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the European Synchrotron Radiation Facilityry Research Institute of Grenoble (IRIG, CEA)., European Project: 637295,H2020,H2020-MSCA-ITN-2014,X-probe(2015), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), CNR Istituto di Biologia e Patologia Molecolari [Roma] (CNR | IBPM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Hemeprotein, crystal microspectroscopy, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Biochemistry, cryo-trapping, 03 medical and health sciences, structural biology, General Materials Science, Globin, lcsh:Science, Settore BIO/10 - BIOCHIMICA, Structure determination, 030304 developmental biology, ultralow-temperature X-ray crystallography, 0303 health sciences, CO photolysis, Heme protein, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, soak-and-freeze pressurization, 030302 biochemistry & molecular biology, Photodissociation, Hexacoordinate, Oxygen transport, heme protein, neuroglobin, neuroprotection, oxygen binding, protein structure, structure determination, XANES, General Chemistry, Condensed Matter Physics, Research Papers, Neuroprotection, 3. Good health, Docking (molecular), Neuroglobin, Biophysics, Protein structure, lcsh:Q, Oxygen binding
Abstract: Ultralow-temperature X-ray crystallography, in crystallo microspectroscopy and X-ray absorption spectroscopy were used to study the carbon monoxide photodissociation intermediate in neuroglobin. Moreover, X-ray crystallography under high O2 pressure allowed the identification of a novel storage site for dioxygen in hexacoordinate ferric neuroglobin., A combined biophysical approach was applied to map gas-docking sites within murine neuroglobin (Ngb), revealing snapshots of events that might govern activity and dynamics in this unique hexacoordinate globin, which is most likely to be involved in gas-sensing in the central nervous system and for which a precise mechanism of action remains to be elucidated. The application of UV–visible microspectroscopy in crystallo, solution X-ray absorption near-edge spectroscopy and X-ray diffraction experiments at 15–40 K provided the structural characterization of an Ngb photolytic intermediate by cryo-trapping and allowed direct observation of the relocation of carbon monoxide within the distal heme pocket after photodissociation. Moreover, X-ray diffraction at 100 K under a high pressure of dioxygen, a physiological ligand of Ngb, unravelled the existence of a storage site for O2 in Ngb which coincides with Xe-III, a previously described docking site for xenon or krypton. Notably, no other secondary sites were observed under our experimental conditions.
Published: 2019

24. Tyrosine metabolism: identification of a key residue in the acquisition of prephenate aminotransferase activity by 1β aspartate aminotransferase

Author: Gilles Curien, Cécile Giustini, Matthieu Graindorge, David Cobessi, Michel Matringe, Adeline Robin, Serge Crouzy, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe modélisation et chimie théorique (MCT), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), FRISBI ANR-10-INSB-05-02, GRAL within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB) ANR-10-LABX-49-01, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French Atomic Energy Commission, University of Grenoble Alpes, University of Grenoble Alpes (Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology) ANR-10-LABEX-04, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Chloroplasts, Cyclohexanecarboxylic Acids, Protein Conformation, Transamination, Amino Acid Motifs, Arabidopsis, Crystallography, X-Ray, Biochemistry, Substrate Specificity, Isoaspartate, 0302 clinical medicine, 1 aspartate aminotransferase, structure function, Arabidopsis thaliana, Transferase, Tyrosine, Conserved Sequence, chemistry.chemical_classification, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, molecular modeling Abreviation: AAT Aspartate aminotransferase, Thermus thermophilus, Recombinant Proteins, 1β aspartate/prephenate aminotransferase, Amino Acids, Dicarboxylic, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030220 oncology & carcinogenesis, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, Molecular Dynamics Simulation, 03 medical and health sciences, Species Specificity, Cyclohexenes, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Amino Acid Sequence, Aspartate Aminotransferases, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Molecular Biology, Transaminases, Sequence Homology, Amino Acid, Arabidopsis Proteins, molecular modeling, Mutagenesis, Cell Biology, arogenate route, biology.organism_classification, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, tyrosine metabolism, 030104 developmental biology, Enzyme, prephenate, PAT Prephenate aminotransferase, Sequence Alignment, Sinorhizobium meliloti
Abstract: International audience; Alternative routes for the post-chorismate branch of the biosynthetic pathway leading to tyrosine exist, the 4-hydroxyphenylpyruvate or the arogenate route. The arogenate route involves the transamination of prephenate into arogenate. In a previous study, we found that, depending on the microorganisms possessing the arogenate route, three different aminotransferases evolved to perform prephenate transamination, that is, 1β aspartate aminotransferase (1β AAT), N-succinyl-l,l-diaminopimelate aminotransferase, and branched-chain aminotransferase. The present work aimed at identifying molecular determinant(s) of 1β AAT prephenate aminotransferase (PAT) activity. To that purpose, we conducted X-ray crystal structure analysis of two PAT competent 1β AAT from Arabidopsis thaliana and Rhizobium meliloti and one PAT incompetent 1β AAT from R. meliloti. This structural analysis supported by site-directed mutagenesis, modeling, and molecular dynamics simulations allowed us to identify a molecular determinant of PAT activity in the flexible N-terminal loop of 1β AAT. Our data reveal that a Lys/Arg/Gln residue in position 12 in the sequence (numbering according to Thermus thermophilus 1β AAT), present only in PAT competent enzymes, could interact with the 4-hydroxyl group of the prephenate substrate, and thus may have a central role in the acquisition of PAT activity by 1β AAT.
Published: 2019

25. 'French Phage Network' Annual Conference 2018—Fourth Meeting Report

Author: Rémy Froissart, Charlotte Brives, Cécile Breyton, Claire Le Marrec, Du gène à l'écosystème (MIVEGEC-GeneSys), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Émile Durkheim (CED), Sciences Po Bordeaux - Institut d'études politiques de Bordeaux (IEP Bordeaux)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ANR-16-CE11-0027,PerfoBac,Comment les bactériophages perforent-ils la paroi des bactéries ?(2016), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: 0301 basic medicine, media_common.quotation_subject, 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, Library science, bacteriophage therapy, co-evolution, lcsh:Microbiology, Session (web analytics), resistance, [SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, 03 medical and health sciences, Presentation, bacteriophage, Virology, Political science, genomics, structural biology, Agora, bacteria, media_common, computer.programming_language, Conference Report, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, infection, virulence, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Bacteriophage Therapy, France, computer
Abstract: The present meeting report aims to cover the scientific activities of the 4th French Bacteriophage Network (Phages.fr) symposium which took place during 24th−25th September 2018, at the Agora du Haut-Carré in Talence (France). The hosting institute was University Bordeaux and 72 participants attended the meeting from both public and private sectors, coming from France, Belgium, Ireland, Germany, Portugal and Canada. The scientific program was structured in three themed oral sessions entitled “ecology and evolution”, “bacteriophage-host molecular interaction”, and “therapy and biotechnology applications” consisting of 21 oral presentations, including three keynote lectures, and a presentation of the activities of the Spanish bacteriophage network. A poster session included 22 presentations.
Published: 2019

26. Substrate binding mode and catalytic mechanism of human heparan sulfate d-glucuronyl C5 epimerase

Author: Emeline Richard, Véronique Roig-Zamboni, Hugues Lortat-Jacob, Firas Fadel, Jérôme Hénault, Adeline Goulet, Christine Le Narvor, Yves Bourne, David Bonnaffé, Vincent Delauzun, C. Debarnot, Yoan R. Monneau, Bernard Priem, Romain R. Vivès, Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux d'Orsay (ICMMO), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires (LISM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-11-IDEX-0003,IPS,Idex Paris-Saclay(2011), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LCOM eG2M, Inst Chim Mol & Mat Orsay, LabEx LERMIT,UMR 8182, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherches sur les Macromolécules Végétales (CERMAV ), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurobiologie - neurophysiologie de Marseille (CRN2M), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Bourne, Yves, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée - - FRISBI2010 - ANR-10-INBS-0005 - INBS - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, and Idex Paris-Saclay - - IPS2011 - ANR-11-IDEX-0003 - IDEX - VALID
Subjects: MESH: Heparin, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Oligosaccharides, Isomerase, Uronic acid, catalytic mechanism, Crystallography, X-Ray, 01 natural sciences, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, Substrate Specificity, chemistry.chemical_compound, MESH: Structure-Activity Relationship, Glucuronic Acid, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Trisaccharide, [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], chemistry.chemical_classification, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 0303 health sciences, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Multidisciplinary, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Nuclear magnetic resonance spectroscopy, Heparan sulfate, Biological Sciences, MESH: Carbohydrate Epimerases, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], MESH: Glucuronic Acid, [SDV.SP.PHARMA] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, MESH: HEK293 Cells, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, heparan sulfate, substrate distortion, Stereochemistry, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Catalysis, Structure-Activity Relationship, 03 medical and health sciences, Humans, Binding site, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.IMM.II] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, 030304 developmental biology, X-ray crystallography, Binding Sites, MESH: Humans, Heparin, 010405 organic chemistry, Mandelate racemase, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Active site, MESH: Catalysis, MESH: Crystallography, X-Ray, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 0104 chemical sciences, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, HEK293 Cells, chemistry, MESH: Binding Sites, C5 epimerization, biology.protein, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, MESH: Substrate Specificity, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Carbohydrate Epimerases, MESH: Oligosaccharides
Abstract: Heparan sulfate (HS) is a linear, complex polysaccharide that modulates the biological activities of proteins through binding sites made by a series of Golgi-localized enzymes. Of these, glucuronyl C5-epimerase (Glce) catalyzes C5-epimerization of the HS component, d -glucuronic acid (GlcA), into l -iduronic acid (IdoA), which provides internal flexibility to the polymer and forges protein-binding sites to ensure polymer function. Here we report crystal structures of human Glce in the unbound state and of an inactive mutant, as assessed by real-time NMR spectroscopy, bound with a (GlcA-GlcNS) n substrate or a (IdoA-GlcNS) n product. Deep infiltration of the oligosaccharides into the active site cleft imposes a sharp kink within the central GlcNS-GlcA/IdoA-GlcNS trisaccharide motif. An extensive network of specific interactions illustrates the absolute requirement of N -sulfate groups vicinal to the epimerization site for substrate binding. At the epimerization site, the GlcA/IdoA rings are highly constrained in two closely related boat conformations, highlighting ring-puckering signatures during catalysis. The structure-based mechanism involves the two invariant acid/base residues, Glu499 and Tyr578, poised on each side of the target uronic acid residue, thus allowing reversible abstraction and readdition of a proton at the C5 position through a neutral enol intermediate, reminiscent of mandelate racemase. These structures also shed light on a convergent mechanism of action between HS epimerases and lyases and provide molecular frameworks for the chemoenzymatic synthesis of heparin or HS analogs.
Published: 2019

27. The human macrophage galactose‐type lectin, MGL, recognizes the outer core of E. coli lipooligosaccharide

Author: Roberta Marchetti, Michel Thépaut, Francois Bulteau Bulteau, Cédric Laguri, Alba Silipo, Jean-Pierre Simorre, Antonio Molinaro, Franck Fieschi, Rosa Ester Forgione, Rosa Lanzetta, Meriem Maalej Maalej, Dipartimento di Scienze Chimiche, University of Naples Federico II = Università degli studi di Napoli Federico II, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), Università degli studi di Napoli Federico II, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Complesso Universitario Monte Sant'Angelo, Università di Napoli Federico II, Laboratoire de Biologie Structurale et Radiobiologie (LBSR), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Department of Chemical Sciences, University of Naples Federico II, Napoli, Italy
Subjects: Lipopolysaccharides, Glycan, Computational studies, medicine.disease_cause, Biochemistry, Epitope, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Immune system, Molecular recognition, medicine, h-MGL, Receptor, Molecular Biology, Escherichia coli, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], biology, Chemistry, Organic Chemistry, Lectin, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Galactose, biology.protein, Molecular Medicine, [CHIM.OTHE]Chemical Sciences/Other, 030215 immunology
Abstract: International audience; Carbohydrate-lectin interactions intervene in and mediate most biological processes, including a crucial modulation of immune responses to pathogens. Despite the growing interest in investigating the association between host receptor lectins and exogenous glycan ligands, the molecular mechanisms underlying bacterial recognition by human lectins are still not fully understood. Here we describe a novel molecular interaction between the human macrophage galactose-type lectin (MGL) and the lipooligosaccharide (LOS) of E. coli strain R1. Saturation Transfer Difference (STD) NMR analysis, supported by computational studies, demonstrated that MGL bound to the purified deacylated LOSR1 mainly through the recognition of its outer core and established crucial interactions with the terminal Galα(1,2)Gal epitope. These results assess the ability of MGL to recognize glycan moieties exposed on Gram-negative bacterial surfaces.
Published: 2019

28. A microscale double labelling of GAG oligosaccharides compatible with enzymatic treatment and mass spectrometry

Author: Romain R. Vivès, Véronique Bonnet, Cédric Przybylski, Institut Parisien de Chimie Moléculaire (IPCM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Glycochimie, des Antimicrobiens et des Agro-ressources - UMR CNRS 7378 (LG2A ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe Structure et Activité des Glycosaminoglycanes (IBS-SAGAG ), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l'Environnement (LAMBE - UMR 8587), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Cergy Pontoise (UCP), Université Paris-Seine-Université Paris-Seine-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Glycochimie, des Antimicrobiens et des Agroressources (LG2A) UMR7378 UPJV/CNRS, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Groupe Structure et Activité des Glycosaminoglycanes (IBS-SAGAG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Microgram, education, 010402 general chemistry, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Catalysis, Glycosaminoglycan, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Labelling, Materials Chemistry, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Microscale chemistry, chemistry.chemical_classification, Chromatography, 010405 organic chemistry, Sulfatase, Metals and Alloys, General Chemistry, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 0104 chemical sciences, Surfaces, Coatings and Films, Electronic, Optical and Magnetic Materials, Enzyme, chemistry, Ceramics and Composites, Heparinase I
Abstract: International audience; A novel double labelling of glycosaminoglycans (GAG) oligosaccharides by thia-Michael addition and deuterium incorporation at the non-reducing and reducing ends, respectively, was introduced. This was demonstrated to be both compatible with the heparin microgram scale and amenable for mass spectrometry analysis, without impairing enzymatic activities such as heparinase I and sulfatase HSulf-2.
Published: 2019

29. Lipid Phases and Cell Geometry During the Cell Cycle of Streptococcus pneumoniae

Author: Philippe Calvez, Véronique Vié, André Zapun, Claire Durmort, Juliette Jouhet, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIPID, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Physique de Rennes (IPR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synthèse Caractérisation Analyse de la Matière (ScanMAT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Agence Nationale de la Recherche [ORBiMP ANR-14-CE14-0003-01], FRISBI Grant [ANR-10-INSB-05-02], GRAL grant within the Grenoble Partnership for Structural Biology [ANR-10-LABX-49-01], Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010)
Subjects: Microbiology (medical), Cell division, lcsh:QR1-502, bacterial morphogenesis, Curvature, morphogénèse cellulaire, Microbiology, lcsh:Microbiology, Turn (biochemistry), Cell wall, 03 medical and health sciences, géométrie, Phase (matter), Lamellar structure, membrane bactérienne, 030304 developmental biology, streptococcus pneumoniae, [PHYS]Physics [physics], 0303 health sciences, lipid domains, 030306 microbiology, Chemistry, Cell cycle, phase lipidique, Membrane, lamellar phases, bacterial division, Biophysics, bacterial membrane
Abstract: The coexistence of different lipid phases is well-known in vitro, but evidence for their presence and function in cellular membranes remains scarce. Using a combination of fluorescent lipid probes, we observe segregation of domains that suggests the coexistence of liquid and gel phases in the membrane of Streptococcus pneumoniae, where they are localized to minimize bending stress in the ellipsoid geometry defined by the cell wall. Gel phase lipids with high bending rigidity would be spontaneously organized at the equator where curvature is minimal, thus marking the future division site, while liquid phase membrane maps onto the oblong hemispheres. In addition, the membrane-bound cell wall precursor with its particular dynamic acyl chain localizes at the division site where the membrane is highly curved. We propose a complete “chicken-and-egg” model where cell geometry determines the localization of lipid phases that positions the cell division machinery, which in turn alters the localization of lamellar phases by assembling the cell wall with a specific geometry.
Published: 2019

30. Assemblies of lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) and LMNG-solubilized membrane proteins

Author: Jérôme Dupuy, Anne L. Martel, Isabelle Petit-Hartlein, Charles-Adrien Arnaud, Michel Thépaut, Franck Fieschi, Christine Hajjar, Cécile Breyton, Lionel Porcar, Waqas Javed, Jean-Michel Jault, Christine Ebel, Aline Le Roy, Cédric Orelle, Annelise Vermot, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Laue-Langevin (ILL), ILL, Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), ANR-17-CE11-0013,BANDIT,d'une Nox bactérienne à la conception d'outil de criblage(2017), and ANR-16-CE92-0001,FLUOR,Tensioactifs Fluorés pour l'Étude de Protéines Membranaires(2016)
Subjects: Detergent, Size-exclusion chromatography, Biophysics, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Neopentyl glycol, Micelle, Rods, Glycols, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Membrane proteins, Centrifugation, Particle Size, Maltose, Micelles, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Molecular Structure, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Bacteriorhodopsin, Cell Biology, 0104 chemical sciences, Kinetics, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Solubility, Membrane protein, chemistry, LMNG, biology.protein, Homogeneity, Protein quaternary structure, Bacterial outer membrane, Crystallization, Hydrophobic and Hydrophilic Interactions
Abstract: International audience; Laurylmaltose neopentylglycol (LMNG) bears two linked hydrophobic chains of equal length and two hydrophilic maltoside groups. It arouses a strong interest in the field of membrane protein biochemistry, since it was shown to efficiently solubilize and stabilize membrane proteins often better than the commonly used dodecylmaltopyranoside (DDM), and to allow structure determination of some challenging membrane proteins. However, LMNG was described to form large micelles, which could be unfavorable for structural purposes. We thus investigated its auto-assemblies and the association state of different membrane proteins solubilized in LMNG by analytical ultracentrifugation, size exclusion chromatography coupled to light scattering, centrifugation on sucrose gradient and/or small angle scattering. At high concentrations (in the mM range), LMNG forms long rods, and it stabilized the membrane proteins investigated herein, i.e. a bacterial multidrug transporter, BmrA; a prokaryotic analogous of the eukaryotic NADPH oxidases, SpNOX; an E. coli outer membrane transporter, FhuA; and the halobacterial bacteriorhodopsin, bR. BmrA, in the Apo and the vanadate-inhibited forms showed reduced kinetics of limited proteolysis in LMNG compared to DDM. Both SpNOX and BmrA display an increased specific activity in LMNG compared to DDM. The four proteins form LMNG complexes with their usual quaternary structure and with usual amount of bound detergent. No heterogeneous complexes related to the large micelle size of LMNG alone were observed. In conditions where LMNG forms assemblies of large size, FhuA crystals diffracting to 4.0 Å were obtained by vapor diffusion. LMNG large micelle size thus does not preclude membrane protein homogeneity and crystallization.
Published: 2019

31. Mechanism of action of the moonlighting protein EfTu as a Substance P sensor in Bacillus cereus

Author: Olivier Maillot, Awa N’Diaye, Valérie Borrel, Marc G. J. Feuilloley, Thomas Clamens, Béatrice Schaack, Pierre-Jean Racine, Ségolène Depayras, Olivier Lesouhaitier, Sylvie Chevalier, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Protein moonlighting, Protein Conformation, lcsh:Medicine, Gadolinium, Plasma protein binding, Peptide Elongation Factor Tu, Substance P, Article, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Protein structure, Bacillus cereus, Protein Interaction Domains and Motifs, RNA, Messenger, lcsh:Science, Multidisciplinary, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Microscale thermophoresis, lcsh:R, Biofilm, RNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, Cell biology, Elongation factor, 030104 developmental biology, Biofilms, lcsh:Q, Mechanosensitive channels, 030217 neurology & neurosurgery, Protein Binding
Abstract: The striking feature of the ubiquitous protein EfTu (Thermo unstable ribosomal Elongation factor) is its moonlighting (multifunctional) activity. Beyond its function at the ribosomal level it should be exported to the bacterial surface and act as an environmental sensor. In Bacillus cereus, and other cutaneous bacteria, it serves as a Substance P (SP) receptor and is essential for bacterial adaptation to the host. However, the modus operandi of EfTu as a bacterial sensor remains to be investigated. Studies realized by confocal and transmission electron microscopy revealed that, in the absence of an exogenous signal, EfTu is not exposed on the bacterial surface but is recruited under the effect of SP. In addition, SP acts as a transcriptional regulator of the tuf gene encoding for EfTu. As observed using gadolinium chloride, an inhibitor of membrane mechanosensitive channels (Msc), Msc control EfTu export and subsequently the bacterial response to SP both in terms of cytotoxicity and biofilm formation activity. Microscale thermophoresis revealed that in response to SP, EfTu can form homopolymers. This event should occur after EfTu export and, as shown by proteo-liposome reconstruction studies, SP appears to promote EfTu polymers association to the membrane, leading subsequently to the bacterial response. Molecular modeling suggests that this mechanism should involve EfTu unfolding and insertion into the bacterial cytoplasmic membrane, presumably through formation of homopolymers. This study is unraveling the original mechanism action of EfTu as a bacterial sensor but also reveals that this protein should have a broader role, including in eukaryotes.
Published: 2019

32. Physicochemical alterations and toxicity of InP alloyed quantum dots aged in environmental conditions: A safer by design evaluation

Author: Géraldine Sarret, Peter Reiss, K. David Wegner, Olivier Proux, Christophe Lincheneau, Marie Carrière, Adeline Tarantini, Benoit Gallet, Lucia Mattera, David Béal, Delphine Truffier-Boutry, Pierre-Henri Jouneau, Fanny Dussert, Christine Moriscot, Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie [2017-2019] (CIBEST [2017-2019]), SYstèmes Moléculaires et nanoMatériaux pour l’Energie et la Santé (SYMMES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Synthèse, Structure et Propriétés de Matériaux Fonctionnels [2017-2019] (STEP [2017-2019]), Institut des Sciences de la Terre [2016-2019] (ISTerre [2016-2019]), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble [2016-2019] (OSUG [2016-2019]), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology [2007-2019] (Grenoble INP [2007-2019])-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Département des Technologies des NanoMatériaux (DTNM), Laboratoire d'Innovation pour les Technologies des Energies Nouvelles et les nanomatériaux (LITEN), Institut National de L'Energie Solaire (INES), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de L'Energie Solaire (INES), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale [1992-2019] (IBS - UMR 5075 [1992-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée [?-2019] (LEMMA [?-2019]), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-11-IDEX-0001-02/11-LABX-0064,SERENADE,Vers une conception de nanomatériaux innovants, durables et sûrs(2011), ANR-11-IDEX-0001-02/11-IDEX-0001,AMIDEX,AMIDEX(2011), ANR: NEUTRINOS,ANR-16-CE09-0015-03, ANR-10-INBS-0005-02,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Synthèse, Structure et Propriétés de Matériaux Fonctionnels (STEP), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire Lésions des Acides Nucléiques (LAN), Service de Chimie Inorganique et Biologique (SCIB - UMR E3), Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Nanosciences et Cryogénie (INAC), Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Géophysique Interne et Tectonophysique (LGIT), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Laboratoire Central des Ponts et Chaussées (LCPC)-Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-PRES Université de Grenoble-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Unité de Biochimie des Cancers et Biothérapies, CHU Grenoble, Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Département Interfaces pour l'énergie, la Santé et l'Environnement (DIESE), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Chimie Interface Biologie pour l’Environnement, la Santé et la Toxicologie (CIBEST ), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), ANR-16-CE09-0015,NEUTRINOS,Suivi des interactions biologiques par détection optique ultrasensible à base de nanoparticules(2016), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de L'Energie Solaire (INES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])
Subjects: PL, energy dispersive X-ray spectroscopy probe, ODE, XAS, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, Photochemistry, 01 natural sciences, EDS, chemistry.chemical_compound, QD, Semiconductor nanocrystal, Safety, Risk, Reliability and Quality, Cadmium, LCF, mercaptopropionic acid, Chemistry, tris(trimethylsilyl)phosphine, Quantum dot Semiconductor nanocrystal Toxicity Keratinocyte EXAFS Abbreviations: BrdU, IARC, TOP, scanning-transmission electron microscopy, ROS, scanning electron microscope, STEM, 021001 nanoscience & nanotechnology, Glutathione, Cadmium telluride photovoltaics, MMS, bromodeoxyuridine, European Synchrotron Radiation Facility, EXAFS, linear combination fit, dihydrorhodamine 123, SEM, Indium phosphide, photoluminescence, high angle annular dark field, 0210 nano-technology, 1-octadecene, Safety Research, H2-DCF-DA, Keratinocyte, HAADF, LDH, Materials Science (miscellaneous), chemistry.chemical_element, Zinc, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, (TMS) 3 P, 2′, DDT, DHR123, GSH, 1-dodecanethiol, ESRF, TCEP, [PHYS.PHYS.PHYS-INS-DET]Physics [physics]/Physics [physics]/Instrumentation and Detectors [physics.ins-det], International agency for research in cancer, X-ray absorption spectroscopy ⁎, 0105 earth and related environmental sciences, 7′-dichlorodihydrofluorescein diacetate, trioctylphosphine, Cadmium selenide, Toxicity, Public Health, Environmental and Occupational Health, Quantum dot, technology, industry, and agriculture, methane methyl sulfonate, TMAOH, lactate dehydrogenase, equipment and supplies, MPA, tetramethylammonium hydroxide, QY, tris(2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride, NC, Reactive oxygen species, Quantum yield, Selenium, Indium
Abstract: International audience; Due to their unique optical properties, quantum dots (QDs) are used in a number of optoelectronic devices and are forecasted to be used in the near future for biomedical applications. The most popular QD composition consists of cadmium selenide (CdSe) or cadmium telluride (CdTe), which has been shown to pose health risks due to the release of toxic cadmium (Cd) ions. Due to similar optical properties but lower intrinsic toxicity, indium phosphide (InP) QDs have been proposed as a safer alternative. Nevertheless, investigations regarding their safety and possible toxicological effects are still in their infancy.The fate and toxicity of seven different water-dispersible indium (In)-based QDs, either pristine or after ageing in a climatic chamber, was evaluated. The core of these QDs was composed of indium, zinc and phosphorus (InZnP) or indium, zinc, phosphorus and sulfur (InZnPS). They were assessed either as core-only or as core-shell QDs, for which the core was capped with a shell of zinc, selenium and sulfur (Zn(Se,S)). Their surface was functionalized using either penicillamine or glutathione.In their pristine form, these QDs showed essentially no cytotoxicity. The particular case of InZnPS QD showed that core-shell QDs were less cytotoxic than core-only QDs. Moreover, surface functionalization with either penicillamine or glutathione did not appreciably influence cytotoxicity but affected QD stability. These QDs did not lead to over-accumulation of reactive oxygen species in exposed cells, or to any oxidative damage to cellular DNA. However, accelerated weathering in a climatic chamber led to QD precipitation and degradation, together with significant cytotoxic effects. Ageing led to dissociation of IneP and ZneS bonds, and to complexation of In and Zn ions with carboxylate and/or phosphate moieties. These results show that InZnP and InZnPS alloyed QDs are safer alternatives to CdSe QDs. They underline the necessity to preserve as much as possible the structural integrity of QDs, for instance by developing more robust shells, in order to ensure their safety for future applications.
Published: 2019

33. The structure of the nucleoprotein of Influenza D shows that all Orthomyxoviridae nucleoproteins have a similar NPCORE, with or without a NPTAIL for nuclear transport

Author: Mariette F. Ducatez, Laura Tengo, Justine Oliva, Caroline Mas, Myriam Miloudi, Amélie Donchet, Guy Schoehn, Alice Labaronne, Thibaut Crépin, Francine C. A. Gérard, Rob W. H. Ruigrok, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Integrated Structural Biology Grenoble (ISBG - UMS 3518 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), AD, AL and MM were funded through the Labex GRAL (ANR-10-LABX-49-01), LT by the ANR RNAP-IAV (ANR-14-CE09-0017) and AD and JO are supported by a PhD scholarship of the French Ministry of Higher Education and Research. This work was supported by the Fondation de la Recherche Médicale (FRM, Equipe DEQ. 20170336754) and used the electron microscopy and the biophysical platforms of the Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG, UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) with support from FRISBI (ANR-10-INSB-0005) and GRAL, within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB), as well as the Imagery platform of Centre de Physiopathologie de Toulouse Purpan. The IBS Electron Microscope facility is supported by the Rhône-Alpes Region, the Fonds Feder, the FRM and GIS-IBiSA., ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-14-CE09-0017,RNAP-IAV,Interactions protéine-protéine et protéine-ARN au sein du complexe réplicatif du virus de la grippe de type A(2014), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Integrated Structural Biology Grenoble (ISBG - UMS 3518), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: 0301 basic medicine, Stereochemistry, Viral protein, viruses, Orthomyxoviridae, lcsh:Medicine, medicine.disease_cause, Virus, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Protein structure, medicine, NLS, lcsh:Science, Multidisciplinary, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, lcsh:R, biology.organism_classification, 3. Good health, Nucleoprotein, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, lcsh:Q, Nuclear transport, 030217 neurology & neurosurgery, Nuclear localization sequence
Abstract: This paper focuses on the nucleoprotein (NP) of the newly identified member of the Orthomyxoviridae family, Influenza D virus. To date several X-ray structures of NP of Influenza A (A/NP) and B (B/NP) viruses and of infectious salmon anemia (ISA/NP) virus have been solved. Here we purified, characterized and solved the X-ray structure of the tetrameric D/NP at 2.4 Å resolution. The crystal structure of its core is similar to NP of other Influenza viruses. However, unlike A/NP and B/NP which possess a flexible amino-terminal tail containing nuclear localization signals (NLS) for their nuclear import, D/NP possesses a carboxy-terminal tail (D/NPTAIL). We show that D/NPTAIL harbors a bipartite NLS and designed C-terminal truncated mutants to demonstrate the role of D/NPTAIL for nuclear transport.
Published: 2019

34. Recognition of Peptidoglycan Fragments by the Transpeptidase PBP4 From Staphylococcus aureus

Author: Maya-Martinez, Roberto, Alexander, J Andrew N, Otten, Christian, Ayala, Isabel, Vollmer, Daniela, Gray, Joe, Bougault, Catherine M, Burt, Alister, Laguri, Cédric, Fonvielle, Matthieu, Arthur, Michel, Strynadka, Natalie, Vollmer, Waldemar, Simorre, Jean-Pierre, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biochemistry and Molecular Biology and Centre for Blood Research, University of Northern British Columbia [Prince George] (UNBC), The Centre for Bacterial Cell Biology, Institute for Cell and Molecular Biosciences, Newcastle University, Structure bactérienne et résistance aux antibiotiques (CRC - Inserm U1138), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), ANR-11-BSV5-0024,CarbaTub,Mécanisme d'inhibition d'une nouvelle cible des antibiotiques appartenant à la famille des bêta-lactamines(2011), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Northern British Columbia (UNBC), École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), ANR: CarbaTub,ANR-2011-BSV5-024-04, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), École Pratique des Hautes Études (EPHE), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: Microbiology (medical), Glycan, Staphylococcus aureus, penicillin-binding protein 4, Mutant, lcsh:QR1-502, Peptide, peptidoglycan, medicine.disease_cause, Microbiology, lcsh:Microbiology, Bacterial cell structure, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Hydrolase, medicine, Original Research, 030304 developmental biology, X-ray crystallography, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030306 microbiology, NMR, cyclic muropeptides, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], chemistry, Biochemistry, biology.protein, Peptidoglycan, Cell envelope
Abstract: International audience; Peptidoglycan (PG) is an essential component of the cell envelope, maintaining bacterial cell shape and protecting it from bursting due to turgor pressure. The monoderm bacterium Staphylococcus aureus has a highly cross-linked PG, with ~90% of peptide stems participating in DD-cross-links and up to 15 peptide stems connected with each other. These cross-links are formed in transpeptidation reactions catalyzed by penicillin-binding proteins (PBPs) of classes A and B. Most S. aureus strains have three housekeeping PBPs with this function (PBP1, PBP2, and PBP3) but MRSA strains have acquired a third class B PBP, PBP2a, which is encoded by the mecA gene and required for the expression of high-level resistance to β-lactams. Another housekeeping PBP of S. aureus is PBP4, which belongs to the class C PBPs, and hence would be expected to have PG hydrolase (DD-carboxypeptidase or DD-endopeptidase) activity. However, previous works showed that, unexpectedly, PBP4 has transpeptidase activity that significantly contributes to both the high level of cross-linking in the PG of S. aureus and to the low level of β-lactam resistance in the absence of PBP2a. To gain insights into this unusual activity of PBP4, we studied by NMR spectroscopy its interaction in vitro with different substrates, including intact peptidoglycan, synthetic peptide stems, muropeptides, and long glycan chains with uncross-linked peptide stems. PBP4 showed no affinity for the complex, intact peptidoglycan or the smallest isolated peptide stems. Transpeptidase activity of PBP4 was verified with the disaccharide peptide subunits (muropeptides) in vitro, producing cyclic dimer and multimer products; these assays also showed a designed PBP4(S75C) nucleophile mutant to be inactive. Using this inactive but structurally highly similar variant, liquid-state NMR identified two interaction surfaces in close proximity to the central nucleophile position that can accommodate the potential donor and acceptor stems for the transpeptidation reaction. A PBP4:muropeptide model structure was built from these experimental restraints, which provides new mechanistic insights into mecA independent resistance to β-lactams in S. aureus.
Published: 2019

35. The conformational changes coupling ATP hydrolysis and translocation in a bacterial DnaB helicase

Author: Wiegand, Thomas, Cadalbert, Riccardo, Lacabanne, Denis, Timmins, Joanna, Terradot, Laurent, Böckmann, Anja, Meier, Beat H., Physical Chemistry [ETH Zürich], Department of Chemistry and Applied Biosciences [ETH Zürich] (D-CHAB), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich)- Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Bases moléculaires et structurales des systèmes infectieux (BMSSI), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology in Zürich [Zürich] (ETH Zürich)-Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology in Zürich [Zürich] (ETH Zürich), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP)
Subjects: DNA Replication, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Protein Conformation, Science, Hydrolysis, DNA, Single-Stranded, Bacterial Physiological Phenomena, Article, Adenosine Diphosphate, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Adenosine Triphosphate, Bacterial Proteins, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, bacteria, lcsh:Q, lcsh:Science, DnaB Helicases, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular
Abstract: DnaB helicases are motor proteins that couple ATP-hydrolysis to the loading of the protein onto DNA at the replication fork and to translocation along DNA to separate double-stranded DNA into single strands during replication. Using a network of conformational states, arrested by nucleotide mimics, we herein characterize the reaction coordinates for ATP hydrolysis, DNA loading and DNA translocation using solid-state NMR spectroscopy. AMP-PCP is used as pre-hydrolytic, ADP:AlF4− as transition state, and ADP as post-hydrolytic ATP mimic. 31P and 13C NMR spectra reveal conformational and dynamic responses to ATP hydrolysis and the resulting DNA loading and translocation with single amino-acid resolution. This allows us to identify residues guiding the DNA translocation process and to explain the high binding affinities for DNA observed for ADP:AlF4−, which turns out to be optimally preconfigured to bind DNA., Nature Communications, 10, ISSN:2041-1723
Published: 2019

36. Identification of the novel role of butyrate as AhR ligand in human intestinal epithelial cells

Author: Camille Martin-Gallausiaux, Hervé M. Blottière, Ludovica Marinelli, Jean-Marie Bourhis, Fabienne Béguet-Crespel, Nicolas Lapaque, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Sorbonne Université - Institut de Formation Doctorale (IFD ), Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université - Faculté de Médecine (SU FM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), European Project: 305312,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2012-INNOVATION-1,METACARDIS(2012), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Cell biology, lcsh:Medicine, Butyrate, Ligands, digestive system, Article, Epithelium, Receptors, G-Protein-Coupled, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Protein Domains, Short-chain fatty acid, Humans, Regulation of gene expression, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Intestinal Mucosa, lcsh:Science, Receptor, Transcription factor, Aryl hydrocarbon receptor, Transcription (biology), Multidisciplinary, biology, Chemistry, lcsh:R, respiratory system, 3. Good health, respiratory tract diseases, Butyrates, 030104 developmental biology, Immune system, Receptors, Aryl Hydrocarbon, Caco-2, biology.protein, lcsh:Q, Caco-2 Cells, Signal transduction, HT29 Cells, 030217 neurology & neurosurgery, Signal Transduction
Abstract: The ligand activated transcription factor, aryl hydrocarbon receptor (AhR) emerged as a critical regulator of immune and metabolic processes in the gastrointestinal tract. In the gut, a main source of AhR ligands derives from commensal bacteria. However, many of the reported microbiota-derived ligands have been restricted to indolyl metabolites. Here, by screening commensal bacteria supernatants on an AhR reporter system expressed in human intestinal epithelial cell line (IEC), we found that the short chain fatty acid (SCFA) butyrate induced AhR activity and the transcription of AhR-dependent genes in IECs. We showed that AhR ligand antagonists reduced the effects of butyrate on IEC suggesting that butyrate could act as a ligand of AhR, which was supported by the nuclear translocation of AhR induced by butyrate and in silico structural modelling. In conclusion, our findings suggest that (i) butyrate activates AhR pathway and AhR-dependent genes in human intestinal epithelial cell-lines (ii) butyrate is a potential ligand for AhR which is an original mechanism of gene regulation by SCFA.
Published: 2019

37. Realistic Ensemble Models of Intrinsically Disordered Proteins Using a Structure-Encoding Coil Database

Author: Pau Bernadó, Elise Delaforge, Nathalie Sibille, Marc Vaisset, Alejandro Estaña, Juan Cortés, Centre de Biochimie Structurale [Montpellier] (CBS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Service Informatique : Développement, Exploitation et Assistance (LAAS-IDEA), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Équipe Robotique et InteractionS (LAAS-RIS), ANR-17-CE11-0022,GPCteR,Mécanismes moléculaires des régions C-terminales désordonnées et fonctionnelles des RCPG et impact sur les voies de la signalisation cellulaire dépendantes de l'arrestine(2017), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)
Subjects: Models, Molecular, Protein Conformation, Computer science, Protein design, Population, Context (language use), Residual dipolar couplings, Intrinsically disordered proteins, 03 medical and health sciences, Protein fragment database, X-Ray Diffraction, Structural Biology, Simple (abstract algebra), Encoding (memory), Scattering, Small Angle, Humans, Databases, Protein, education, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Conformational sampling, 0303 health sciences, Sequence, education.field_of_study, Ensemble forecasting, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], 030302 biochemistry & molecular biology, Computational Biology, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Biological system
Abstract: Intrinsically disordered proteins (IDPs) play fundamental roles in signaling, regulation, and cell homeostasis by specifically interacting with their partners. The structural characterization of these interacting regions remains challenging and requires the integration of extensive experimental information. Here we present an approach that exploits the structural information encoded in tripeptide fragments from coil regions of high-resolution structures. Our results indicate that a simple building approach that disregards the sequence context provides a good structural representation of fully disordered regions. Conversely, the description of partially structured motifs calls for the consideration of sequence-dependent structural preferences. By using nuclear magnetic resonance residual dipolar couplings and small-angle X-ray scattering data for multiple IDPs we demonstrate that the appropriate combination of these two building strategies produces ensemble models that correctly describe the secondary structural classes and the population of partially structured regions. This study paves the way for the extension of structure prediction and protein design to disordered proteins.
Published: 2019
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38. Experimental studies of binding of intrinsically disordered proteins to their partners

Author: Martin Blackledge, Malene Ringkjøbing Jensen, Robert Schneider, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0303 health sciences, Intrinsically disordered proteins, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Protein-protein interactions, Computational biology, Folding upon binding, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, 03 medical and health sciences, Kinetics, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Spectroscopy, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; Intrinsically disordered proteins (IDPs) are strongly represented in functional roles that involve binding interactions with other proteins, such as signaling and regulation. Experimental studies of IDP binding, while challenging, have in recent years increasingly enhanced our understanding of the principles and mechanisms that IDPs employ to interact with their partners. We give an overview of experimental techniques that can be used to study IDP binding, and we attempt to classify experimentally characterized IDP interactions according to three distinctive parameters: level of structure formation and dynamics in the complex, length of the interacting segment(s), and valency. We then review the experimental literature with regard to properties that have been described as characteristic for IDP binding, such as affinity and specificity, as well as association and dissociation rates. We also comment on mechanistic questions such as whether IDP binding is mediated more by conformational selection or by induced fit, and whether folding upon binding of an IDP is encoded in its sequence or templated by the partner.
Published: 2019

39. Genetic diagnosis of primary immunodeficiencies: A survey of the French national registry

Author: Nizar Mahlaoui, Capucine Picard, Perrine Bach, Laurence Costes, Virginie Courteille, Anja Ranohavimparany, Alexandre Alcaïs, Jean-Philippe Jais, Alain Fischer, Christine Bellanné-Chantelot, Jacinta Bustamante, Sylvie Chollet-Martin, Christian Drouet, Véronique Fremeaux-Bacchi, Caroline Kannengiesser, Virginie Girardin, Nathalie Lambert, Valérie Proulle, Jérémie Rosain, Marie José Stasia, Dominique Stoppa Lyonnet, Ioannis Theodorou, Wadih Abou-Chahla, Daniel Adoue, Nathalie Aladjidi, Zahir Amoura, Corinne Armari-Alla, Brigitte Bader-Meunier, Vincent Barlogis, Sophie Bayart, Yves Bertrand, Stéphane Blanche, Damien Bodet, Bernard Bonnotte, Raphaël Borie, Patrick Boutard, Claire Briandet, Jean-Paul Brion, Jacques Brouard, Liana Carausu, Emilie Catherinot, Nathalie Cheikh, Sarah Cohen-Beaussant, Louis-Jean Couderc, Pierre Cougoul, Gérard Couillault, Geneviève de Saint Basile, Catherine Devoldere, Anne Deville, Eric Dore, Fabienne Dulieu, Isabelle Durieu, Natacha Entz Werle, Claire Fieschi, Fanny Fouyssac, Pierre Frange, Vincent Gajdos, Lionel Galicier, Virginie Gandemer, Martine Gardembas, Catherine Gaud, Bernard Grosbois, Aurélien Guffroy, Corinne Guitton, Gaelle Guillerm, Eric Hachulla, Mohamed Hamidou, Sophie Haro, Yves Hatchuel, Olivier Hermine, Cyrille Hoarau, Bruno Hoen, Arnaud Hot, Sébastien Humbert, Arnaud Jaccard, Serge Jacquot, Rolland Jaussaud, Pierre-Yves Jeandel, Eric Jeziorski, Kamila Kebaili, Anne-Sophie Korganow, Olivier Lambotte, Fanny Lanternier, Claire Larroche, Alain Le Quellec, Emmanuelle Le Moigne, Vincent Le Moing, David Launay, Yvon Lebranchu, Marc Lecuit, Guillaume Lefevre, Richard Lemal, Valérie Li-Thiao-Te, Olivier Lortholary, Marion Malphettes, Aude Marie-Cardine, Nicolas Martin Silva, Agathe Masseau, Christian Massot, Françoise Mazingue, Etienne Merlin, Gérard Michel, Frédéric Millot, Béatrice Monlibert, Fabrice Monpoux, Despina Moshous, Luc Mouthon, Martine Munzer, Bénédicte Neven, Raphaëlle Nove-Josserand, Dalila Nouar, Eric Oksenhendler, Marie Ouachée-Chardin, Anne Pagnier, Marlène Pasquet, Isabelle Pellier, Yves Perel, Antoinette Perlat, Christophe Piguet, Dominique Plantaz, Pierre Quartier, Frédéric Rieux-Laucat, Pascal Roblot, Pierre-Simon Rohrlich, Bruno Royer, Valéry Salle, Françoise Sarrot-Reynauld, Amélie Servettaz, Jean-Louis Stephan, Nicolas Schleinitz, Felipe Suarez, Laure Swiader, Sophie Taque, Caroline Thomas, Olivier Tournilhac, Caroline Thumerelle, Jean-Pierre Vannier, Jean-François Viallard, IFR Necker-Enfants Malades (IRNEM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires (CEREDIH), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeuro), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Service de Biostatistique et Informatique Médicale, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Collège de France - Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), Collège de France (CdF (institution)), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire d'Immunologie 'Autoimmunité et Hypersensibilités' [AP-HP Hôpital Bichat, Paris], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Groupe de Recherche et d'Etude du Processus Inflammatoire (GREPI), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Service d'immunologie [HEGP, Paris], Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Study Center of Primary Immunodeficiencies, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hémostase et biologie vasculaire, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-IFR93-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Hôpital de la Tronche, Service d'hématologie pédiatrique, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Hématogoie pédiatrique, hôpital Sud, SIGNAL-IMAGE-COMMUNICATION (SIC), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de Pneumologie et Centre de Compétence des Maladies Pulmonaires Rares [AP-HP Hôpital Bichat, Paris], Hôpital Côte de Nacre [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Pédiatrie Enfants - Hématologie Oncologie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service des Maladies Infectieuses, CHU Grenoble, Service de Pédiatrie Médicale [Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Hôpital Foch [Suresnes], Service de pédiatrie (CHU de Dijon), Developpement Normal et Pathologique du Système Immunitaire, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Centre d'Investigation Clinique [CHU Clermont-Ferrand] (CIC 1405), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Immunologie clinique [CHU St-Louis], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Service d'Hématologie et d'Oncologie Pédiatrique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Infections à Vih, Réservoirs, Pharmacologie des Antirétroviraux et Prévention de la Transmission Mère Enfant, Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Médecine interne et immunologie clinique [Rennes] = internal medicine and clinical immunology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service d'Immunologie Clinique et de Médecine Interne, Centre National de Référence des Maladies Auto-immunes Rares, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Service d'hématologie, immunologie biologiques et cytogénétique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Service Hématologie, Hôpital Morvan [Brest]-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Hôpital Claude Huriez [Lille], CHU Lille, Service de médecine interne [Nantes], Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), 'Personal Protection Against Vectors' working group (PPAV), PPAV working group, cellules dendritiques et greffes (JE 2448), Université de Tours (UT), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de Médecine Interne, Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Contrôle de la Réponse Immune B et des Lymphoproliférations (CRIBL), Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie et biothérapies des maladies inflammatoires et autoimmunes, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Médecine interne, maladies infectieuses, immunologie clinique, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d’Hémato-Oncologie Pédiatrique, INSERM U1012, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Internal Medicine, Paris, Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Département de Médecine Interne et Pneumologie [Brest] (DMIP - Brest), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Département Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Universitaire, Montpellier, France, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Service de médecine interne [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre collaborateur de l'OMS Listeria / WHO Collaborating Centre Listeria (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Laboratoire de Génie Electrique de Grenoble (G2ELab), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), CHU Clermont-Ferrand, Service d'Immunopathologie [Hôpital Saint-Louis, Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Hôpital Charles Nicolle [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Dept of Physiology, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Service de médecine interne et centre de référence des maladies rares [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], American Memorial Hospital, American Memory Hospital, Department of Clinical Immunology, Service d'hématologie et immunologie pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service Immuno Hémato-Onco Pédiatrique, Sercice Hématologie, immunologie et oncologie pédiatrique [CHU Toulouse], Pôle Enfants [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Service de Pédiatrie médicale - Spécialités médicales [CHU Limoges], CHU Limoges, Service Hématologie Infantile, CHU Amiens-Picardie, Clinique de médecine interne, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble, Département de Médecine Interne, Immunologie clinique et maladies infectieuses [CHU Reims], Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de médecine de l'enfant et de l'adolescent [CHU Rennes], Clinical Haematology, CHU Hôtel-Dieu, Hôpital Haut-Lévêque, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux], French Ministry of Health, LFB, GlaxoSmithKlineGlaxoSmithKline, CSL BehringCSL Behring, ShireShire, Octapharma, Binding Site, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), GREPI, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Toulouse [Toulouse]-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de médecine interne [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté]), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut Pasteur [Paris]-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Robert Debré-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hématologie pédiatrique, CHU Toulouse [Toulouse], CHU Saint-Etienne, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Service de médecine de l'enfant et de l'adolescent, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-CHU Bordeaux [Bordeaux], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeur0), Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Sud, Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (HOTE GREFFON), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC), CIC - Clermont Ferrand, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Apoptose et Progression tumorale (CRCNA / Equipe 9), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche en Santé de l'Université de Nantes (IRS-UN), Service de médecine interne, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Hôpital Morvan [Brest], Hôpital Claude Huriez, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Université de Tours, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre collaborateur de l'OMS Listeria - Biologie des Infections (CCOMS), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut Polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-CHU Saint Louis [APHP], McGill University, Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Centre de Recherche sur le Cancer Nantes-Angers (LUNAM), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN), Centre Hospitalier Universitaire d'Amiens (CHU), centre hospitalier universitaire amiens, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Université de Franche-Comté (UFC)
Subjects: 0301 basic medicine, Primary Immunodeficiency Diseases, medicine.medical_treatment, Genetic counseling, Immunology, Genomics, Bioinformatics, Targeted therapy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Genotype, Humans, Immunology and Allergy, Medicine, Genetic Testing, Registries, Retrospective Studies, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], business.industry, Common variable immunodeficiency, Retrospective cohort study, medicine.disease, Phenotype, 3. Good health, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, Identification (biology), France, business, 030215 immunology
Abstract: International audience; To the Editor:Since the mid-1980s, continuous progress in genetics and genomics has accelerated the rapid identification of causative genetic variants leading to primary immunodeficiencies (PIDs; >300 genes),1 with the noticeable exception of B-cell disorders, such as common variable immunodeficiency (CVID). The identification of these mutations not only validates a clinical diagnosis but also is useful in several other respects (more accurate prognosis on phenotype/genotype correlation, targeted therapy, and genetic counseling). [...]
Published: 2019

40. Algal remodeling in a ubiquitous planktonic photosymbiosis

Author: Josselin Lupette, Rémi Tucoulou, Pierre-Henri Jouneau, Juliette Jouhet, Johan Decelle, Sophie Marro, Yannick Schwab, Sergio Balzano, Hans H. Richnow, Giovanni Finazzi, Benoit Gallet, Giulia Veronesi, Niculina Musat, Eric Maréchal, Matthias Schmidt, Nicole L. Schieber, Clarisse Uwizeye, Hryhoriy Stryhanyuk, Light Photosynthesis & Metabolism (Photosynthesis), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Helmholtz Centre for Environmental Research, Department of Isotope Biogeochemistry (UFZ), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Groupe modélisation et chimie théorique (MCT), Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM - UMR 5249), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Royal Netherlands Institute for Sea Research (NIOZ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIPID, Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cell Biology and Biophysics Unit, European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), Helmholtz Association, The electron microscope facility is supported by the Rhoˆ ne-Alpes Region, the Fondation Recherche Medicale (FRM), the fonds FEDER, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the CEA, the University of Grenoble Alpes (UGA), EMBL, and the GIS-Infrastrutures en Biologie Sante et Agronomie (IBISA), RGP0052 HFSP grant, CEA_DRF_impulsion (Fib-Bio) grant, ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), ANR-10-INBS-0002,EMBRC-France,CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES(2010), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-0002,UGA,IDEX UGA(2015), European Project: 658442,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,MINOTAUR(2016), European Project: EFRE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, ANR-10-INBS-02-01/10-INBS-0002,EMBRC-France,CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES(2010), ANR-11-BTBR-0008/11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011), ANR-15-IDEX-02,DATA@UGA,Grenoble Alpes Data Institute(2016), Martin-Laffon, Jacqueline, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID, Infrastructures - CENTRE NATIONAL DE RESSOURCES BIOLOGIQUES MARINES - - EMBRC-France2010 - ANR-10-INBS-0002 - INBS - VALID, Biotech - Bioressources - Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques - - OCEANOMICS2011 - ANR-11-BTBR-0008 - BTBR - VALID, IDEX UGA - - UGA2015 - ANR-15-IDEX-0002 - IDEX - VALID, Metabolic interactions in oceanic photosymbioses - MINOTAUR - - H20202016-01-01 - 2017-12-31 - 658442 - VALID, and European Regional Development Funds - Europe fonds Saxony - EFRE - INCOMING
Subjects: 0301 basic medicine, mass spectrometry imaging, Photosynthesis, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Haptophyte, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, eukaryotes, Algae, Symbiosis, Botany, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plastid, plastid, Cell Size, Trophic level, Phaeocystis, photosynthesis, biology, plankton, fungi, Haptophyta, food and beverages, [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Plankton, Metal homeostasis, biology.organism_classification, microalga, 3D electron microscopy, symbiosis, Rhizaria, 030104 developmental biology, Thylakoid, General Agricultural and Biological Sciences, single-cell imaging, Cell Division, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Photosymbiosis between single-celled hosts and microalgae is common in oceanic plankton, especially in oligotrophic surface waters. However, the functioning of this ecologically important cell-cell interaction and the subcellular mechanisms allowing the host to accommodate and benefit from its microalgae remain enigmatic. Here, using a combination of quantitative single-cell structural and chemical imaging techniques (FIB-SEM, nanoSIMS, Synchrotron X-ray fluorescence), we show that the structural organization, physiology, and trophic status of the algal symbionts (the haptophyte Phaeocystis) significantly change within their acantharian hosts compared to their free-living phase in culture. In symbiosis, algal cell division is blocked, photosynthesis is enhanced, and cell volume is increased by up to 10-fold with a higher number of plastids (from 2 to up to 30) and thylakoid membranes. The multiplication of plastids can lead to a 38-fold increase of the total plastid volume in a cell. Subcellular mapping of nutrients (nitrogen and phosphorous) and their stoichiometric ratios shows that symbiotic algae are impoverished in phosphorous and suggests a higher investment in energy-acquisition machinery rather than in growth. Nanoscale imaging also showed that the host supplies a substantial amount of trace metals (e.g., iron and cobalt), which are stored in algal vacuoles at high concentrations (up to 660 ppm). Sulfur mapping reveals a high concentration in algal vacuoles that may be a source of antioxidant molecules. Overall, this study unveils an unprecedented morphological and metabolic transformation of microalgae following their integration into a host, and it suggests that this widespread symbiosis is a farming strategy wherein the host engulfs and exploits microalgae.
Published: 2019

41. Minimal nanodisc without exogenous lipids for stabilizing membrane proteins in detergent-free buffer

Author: Sébastien Mongrand, Cyril Garnier, Marion Decossas, Olivier Lambert, Sophie Lecomte, Jean Christophe Taveau, Gilles Phan, Guy Schoehn, Marie Glavier, Isabelle Broutin, Dimitri Salvador, Laetitia Daury, Chimie et Biologie des Membranes et des Nanoobjets (CBMN), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de cristallographie et RMN biologiques (LCRB - UMR 8015), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Laboratoire de biogenèse membranaire (LBM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Platefome de Microscopie électronique IBS/ISBG, ANR-10-INBS-05-01/10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049/10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), UMR 5248 Chimie et Biologie des Membranes et des Nano-objets, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Scaffold protein, Biophysics, Buffers, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Micelle, Buffer (optical fiber), 03 medical and health sciences, Membrane Lipids, parasitic diseases, Nanodisc, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Cryoelectron Microscopy, Transporter, Cell Biology, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, Lipids, Transmembrane protein, 0104 chemical sciences, Nanostructures, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Membrane, Membrane protein, CryoEM, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract: International audience; Membrane protein stabilization after detergent solubilization presents drawbacks for structural and biophysical studies, in particular that of a reduced stability in detergent micelles. Therefore, alternative methods are required for efficient stabilization. Lipid nanodisc made with the membrane scaffold protein MSP is a valuable system but requires a fine optimization of the lipid to protein ratio. We present here the use of the scaffold protein MSP without added lipids as a minimal system to stabilize membrane proteins. We show that this method is applicable to α-helical and β-strands transmembrane proteins. This method allowed cryo-electron microscopy structural study of the bacterial transporter MexB. A protein quantification indicates that MexB is stabilized by two MSP proteins. This simplified and efficient method proposes a new advance in harnessing the MSP potential to stabilize membrane proteins.
Published: 2019

42. Mechanistic insights into microsecond time-scale motion of solid proteins using complementary 15N and 1H relaxation dispersion techniques

Author: Bert L. de Groot, Rasmus Linser, Petra Rovó, Diego F. Gauto, Colin A. Smith, Paul Schanda, Department of NMR-based Structural Biology [Göttingen], Max Planck Institute for Biophysical Chemistry (MPI-BPC), Max-Planck-Gesellschaft-Max-Planck-Gesellschaft, Laboratoire des symbioses tropicales et méditerranéennes (UMR LSTM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Max-Planck-Gesellschaft, Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology, Brigham and Women's Hospital [Boston], Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Steric effects, Time Factors, Scale (ratio), Protein Conformation, [SDV]Life Sciences [q-bio], 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Biochemistry, Catalysis, SH3 domain, Article, src Homology Domains, Motion, Colloid and Surface Chemistry, Animals, [CHIM]Chemical Sciences, Amino Acid Sequence, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, Dynamic equilibrium, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Quantitative Biology::Biomolecules, Nitrogen Isotopes, Chemistry, Relaxation (NMR), Spectrin, General Chemistry, Ligand (biochemistry), 0104 chemical sciences, Microsecond, Chemical physics, Dispersion (chemistry), Chickens, Hydrogen
Abstract: NMR relaxation dispersion methods provide a holistic way to observe microsecond time-scale protein backbone motion both in solution and in the solid state. Different nuclei (1H and 15N) and different relaxation dispersion techniques (Bloch-McConnell and near-rotary-resonance) give complementary information about the amplitudes and time scales of the conformational dynamics and provide comprehensive insights into the mechanistic details of the structural rearrangements. In this paper, we exemplify the benefits of the combination of various solution- and solid-state relaxation dispersion methods on a microcrystalline protein (α-spectrin SH3 domain), for which we are able to identify and model the functionally relevant conformational rearrangements around the ligand recognition loop occurring on multiple microsecond time scales. The observed loop motions suggest that the SH3 domain exists in a binding-competent conformation in dynamic equilibrium with a sterically impaired ground-state conformation both in solution and in crystalline form. This inherent plasticity between the interconverting macrostates is compatible with a conformational-preselection model and provides new insights into the recognition mechanisms of SH3 domains.
Published: 2019

43. Genetic influences on schizophrenia and subcortical brain volumes: large-scale proof of concept

Author: Franke, Barbara, Stein, Jason L, McIntosh, Andrew M, Eichhammer, Peter, Eriksson, Johan, Escott-Price, Valentina, Essioux, Laurent, Fanous, Ayman H, Farrell, Martilias S, Frank, Josef, Franke, Lude, Freedman, Robert, Freimer, Nelson B, Lee, Phil, Friedman, Joseph I, Fromer, Menachem, Genovese, Giulio, Georgieva, Lyudmila, Gershon, Elliot S, Giegling, Ina, Giusti-Rodríguez, Paola, Godard, Stephanie, Goldstein, Jacqueline I, Gopal, Srihari, McMahon, Francis J, Gratten, Jacob, de Haan, Lieuwe, Hammer, Christian, Hamshere, Marian L, Hansen, Mark, Hansen, Thomas, Haroutunian, Vahram, Hartmann, Annette M, Henskens, Frans A, Herms, Stefan L, Meyer-Lindenberg, Andreas, Hirschhorn, Joel N, Hoffmann, Per, Hofman, Andrea, Hollegaard, Mads V, Hougaard, David M, Ikeda, Masashi, Joa, Inge, Julià, Antonio, Kähler, Anna K, Kahn, René S, Mattheisen, Manuel, Kalaydjieva, Luba, Karachanak-Yankova, Sena, Karjalainen, Juha, Kavanagh, David, Keller, Matthew C, Kelly, Brian J, Kennedy, James L, Khrunin, Andrey, Kim, Yunjung, Klovins, Janis, Andreassen, Ole A, Knowles, James A, Konte, Bettina, Kucinskas, Vaidutis, Kucinskiene, Zita Ausrele, Kuzelova-Ptackova, Hana, Laurent, Claudine, Lee, S Hong, Keong, Jimmy Lee Chee, Legge, Sophie E, Lerer, Bernard, Gruber, Oliver, Li, Miaoxin, Li, Tao, Liang, Kung-Yee, Lieberman, Jeffrey, Limborska, Svetlana, Lönnqvist, Jouko, Loughland, Carmel M, Lubinski, Jan, Macek, Milan, Magnusson, Patrik K E, Sachdev, Perminder S, Maher, Brion S, Maier, Wolfgang, Mallet, Jacques, Marsal, Sara, Mattingsdal, Morten, McCarley, Robert W, McDonald, Colm, Meier, Sandra, Roiz-Santiañez, Roberto, Meijer, Carin J, Melegh, Bela, Melle, Ingrid, Mesholam-Gately, Raquelle I, Metspalu, Andres, Michie, Patricia T, Milani, Lili, Milanova, Vihra, Mokrab, Younes, Morris, Derek W, Saykin, Andrew J, Mors, Ole, Müller-Myhsok, Bertram, Murphy, Kieran C, Murray, Robin M, Myin-Germeys, Inez, Nelis, Mari, Nenadic, Igor, Nertney, Deborah A, Nestadt, Gerald, Nicodemus, Kristin K, Ripke, Stephan, Ehrlich, Stefan, Nikitina-Zake, Liene, Nisenbaum, Laura, Nordin, Annelie, O'Callaghan, Eadbhard, O'Dushlaine, Colm, O'Neill, F Anthony, Oh, Sang-Yun, Olincy, Ann, Olsen, Line, Van Os, Jim, Mather, Karen A, Pantelis, Christos, Papadimitriou, George N, Papiol, Sergi, Parkhomenko, Elena, Pato, Michele T, Paunio, Tiina, Perkins, Diana O, Pietiläinen, Olli, Pimm, Jonathan, Pocklington, Andrew J, Turner, Jessica A, Powell, John, Price, Alkes, Pulver, Ann E, Purcell, Shaun M, Quested, Digby, Rasmussen, Henrik B, Reichenberg, Abraham, Reimers, Mark A, Richards, Alexander L, Roffman, Joshua L, Schwarz, Emanuel, Roussos, Panos, Ruderfer, Douglas M, Salomaa, Veikko, Sanders, Alan R, Schall, Ulrich, Schubert, Christian R, Schulze, Thomas G, Schwab, Sibylle G, Scolnick, Edward M, Scott, Rodney J, Thalamuthu, Anbupalam, Seidman, Larry J, Shi, Jianxin, Silverman, Jeremy M, Sim, Kang, Slominsky, Petr, Smoller, Jordan W, So, Hon-Cheong, Söderman, Erik, Spencer, Chris C A, Stahl, Eli A, Shugart, Yin Yao, Stogmann, Elisabeth, Straub, Richard E, Strengman, Eric, Strohmaier, Jana, Stroup, T Scott, Subramaniam, Mythily, Suvisaari, Jaana, Svrakic, Dragan M, Szatkiewicz, Jin P, Thirumalai, Srinivas, Ho, Yvonne Yw, Toncheva, Draga, Tooney, Paul A, Veijola, Juha, Waddington, John, Walsh, Dermot, Wang, Dai, Wang, Qiang, Webb, Bradley T, Weiser, Mark, Wildenauer, Dieter B, Martin, Nicholas G, Williams, Nigel M, Williams, Stephanie, Witt, Stephanie H, Wolen, Aaron R, Wong, Emily H M, Wormley, Brandon K, Wu, Jing Qin, Xi, Hualin Simon, Zai, Clement C, Zheng, Xuebin, Wright, Margaret J, Zimprich, Fritz, Wray, Naomi R, Visscher, Peter M, Adolfsson, Rolf, Blackwood, Douglas H R, Børglum, Anders D, Bramon, Elvira, Buxbaum, Joseph D, Cichon, Sven, Consortium, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics, Darvasi, Ariel, Domenici, Enrico, Ehrenreich, Hannelore, Esko, Tõnu, Gejman, Pablo V, Gill, Michael, Gurling, Hugh, Hultman, Christina M, Iwata, Nakao, Jablensky, Assen V, Anttila, Verneri, Consortium, ENIGMA, Jönsson, Erik G, Kendler, Kenneth S, Kirov, George, Knight, Jo, Lencz, Todd, Levinson, Douglas F, Li, Qingqin S, Liu, Jianjun, Malhotra, Anil K, McCarroll, Steven A, O'Donovan, Michael C, McQuillin, Andrew, Moran, Jennifer L, Mortensen, Preben B, Mowry, Bryan J, Nöthen, Markus M, Ophoff, Roel A, Owen, Michael J, Palotie, Aarno, Pato, Carlos N, Petryshen, Tracey L, Thompson, Paul M, Posthuma, Danielle, Rietschel, Marcella, Riley, Brien P, Rujescu, Dan, Sham, Pak C, Sklar, Pamela, Clair, David St, Weinberger, Daniel R, Wendland, Jens R, Werge, Thomas, Neale, Benjamin M, Daly, Mark J, Sullivan, Patrick F, Hibar, Derrek P, Renteria, Miguel E, Arias-Vasquez, Alejandro, Desrivières, Sylvane, Jahanshad, Neda, Toro, Roberto, Medland, Sarah E, Wittfeld, Katharina, Abramovic, Lucija, Andersson, Micael, Aribisala, Benjamin S, Armstrong, Nicola J, Bernard, Manon, Bohlken, Marc M, Boks, Marco P, Bralten, Janita, Brown, Andrew A, Chakravarty, M Mallar, Chen, Qiang, Ching, Christopher R K, Cuellar-Partida, Gabriel, den Braber, Anouk, Giddaluru, Sudheer, Goldman, Aaron L, Grimm, Oliver, Guadalupe, Tulio, Hass, Johanna, Woldehawariat, Girma, Holmes, Avram J, Hoogman, Martine, Janowitz, Deborah, Jia, Tianye, Kim, Sungeun, Klein, Marieke, Kraemer, Bernd, Loohuis, Loes M Olde, Luciano, Michelle, Macare, Christine, Milaneschi, Yuri, Nho, Kwangsik, Papmeyer, Martina, Ramasamy, Adaikalavan, Risacher, Shannon L, Corvin, Aiden, Rose, Emma J, Salami, Alireza, Sämann, Philipp G, Schmaal, Lianne, Schork, Andrew J, Shin, Jean, Strike, Lachlan T, Teumer, Alexander, van Donkelaar, Marjolein M J, van Eijk, Kristel R, Walters, James T R, Walters, Raymond K, Westlye, Lars T, Whelan, Christopher D, Winkler, Anderson M, Zwiers, Marcel P, Alhusaini, Saud, Athanasiu, Lavinia, Hakobjan, Marina M H, Hartberg, Cecilie B, Farh, Kai-How, Haukvik, Unn, Heister, Angelien J G A M, Höhn, David, Kasperaviciute, Dalia, Liewald, David C M, Lopez, Lorna M, Makkinje, Remco R R, Matarin, Mar, Naber, Marlies A M, McKay, David R, Holmans, Peter A, Needham, Margaret, Nugent, Allison C, Pütz, Benno, Royle, Natalie A, Shen, Li, Sprooten, Emma, Trabzuni, Daniah, van der Marel, Saskia S L, van Hulzen, Kimm J E, Walton, Esther, Wolf, Christiane, Almasy, Laura, Ames, David, Arepalli, Sampath, Assareh, Amelia A, Bastin, Mark E, Brodaty, Henry, Bulayeva, Kazima B, Carless, Melanie A, Bulik-Sullivan, Brendan, Curran, Joanne E, Czisch, Michael, de Zubicaray, Greig I, Dillman, Allissa, Duggirala, Ravi, Dyer, Thomas D, Erk, Susanne, Fedko, Iryna O, Ferrucci, Luigi, Collier, David A, Foroud, Tatiana M, Fox, Peter T, Fukunaga, Masaki, Gibbs, Raphael, Göring, Harald H H, Green, Robert C, Guelfi, Sebastian, Hansell, Narelle K, Hartman, Catharina A, Hegenscheid, Katrin, Huang, Hailiang, Heinz, Andreas, Hernandez, Dena G, Heslenfeld, Dirk J, Hoekstra, Pieter J, Holsboer, Florian, Homuth, Georg, Hottenga, Jouke-Jan, Jack, Clifford R, Jenkinson, Mark, Pers, Tune H, Johnson, Robert, Kanai, Ryota, Keil, Maria, Kent, Jack W, Kochunov, Peter, Kwok, John B, Lawrie, Stephen M, Liu, Xinmin, Longo, Dan L, McMahon, Katie L, Agartz, Ingrid, Meisenzahl, Eva, Mohnke, Sebastian, Montgomery, Grant W, Mostert, Jeanette C, Mühleisen, Thomas W, Nalls, Michael A, Nichols, Thomas E, Nilsson, Lars G, Agerbo, Esben, Ohi, Kazutaka, Olvera, Rene L, Perez-Iglesias, Rocio, Pike, G Bruce, Potkin, Steven G, Reinvang, Ivar, Reppermund, Simone, Romanczuk-Seiferth, Nina, Rosen, Glenn D, Albus, Margot, Schnell, Knut, Schofield, Peter R, Smith, Colin, Steen, Vidar M, Sussmann, Jessika E, Toga, Arthur W, Traynor, Bryan, Troncoso, Juan, Alexander, Madeline, Hernández, Maria C Valdés, van 't Ent, Dennis, van der Brug, Marcel, van der Wee, Nic J A, van Tol, Marie-Jose, Veltman, Dick J, Wassink, Thomas H, Westman, Eric, Zielke, Ronald H, Amin, Farooq, Zonderman, Alan, Ashbrook, David G, Hager, Reinmar, Lu, Lu, Williams, Robert W, Brunner, Han G, Buckner, Randy L, Buitelaar, Jan K, Bacanu, Silviu A, Cahn, Wiepke, Calhoun, Vince D, Cavalleri, Gianpiero L, Crespo-Facorro, Benedicto, Dale, Anders M, Davies, Gareth E, Delanty, Norman, Depondt, Chantal, Djurovic, Srdjan, Drevets, Wayne C, Begemann, Martin, Espeseth, Thomas, Gollub, Randy L, Ho, Beng-Choon, Hoffmann, Wolfgang, Hosten, Norbert, LeHellard, Stephanie, Nauck, Matthias, Belliveau, Richard A, Nyberg, Lars, Pandolfo, Massimo, Penninx, Brenda W J H, Sisodiya, Sanjay M, van Bokhoven, Hans, van Haren, Neeltje E M, Völzke, Henry, Walter, Henrik, Bene, Judit, Weiner, Michael W, Wen, Wei, White, Tonya, Blangero, John, Boomsma, Dorret I, Brouwer, Rachel M, Cannon, Dara M, Cookson, Mark R, Bergen, Sarah E, de Geus, Eco J C, Deary, Ian J, Donohoe, Gary, Fernández, Guillén, Fisher, Simon E, Francks, Clyde, Glahn, David C, Grabe, Hans J, Hardy, John, Bevilacqua, Elizabeth, Hashimoto, Ryota, Hulshoff Pol, Hilleke E, Kloszewska, Iwona, Lovestone, Simon, Mattay, Venkata S, Mecocci, Patrizia, Bigdeli, Tim B, Paus, Tomas, Pausova, Zdenka, Ryten, Mina, Simmons, Andy, Singleton, Andrew, Soininen, Hilkka, Wardlaw, Joanna M, Weale, Michael E, Black, Donald W, Adams, Hieab H H, Launer, Lenore J, Seiler, Stephan, Schmidt, Reinhold, Chauhan, Ganesh, Satizabal, Claudia L, Becker, James T, Yanek, Lisa, van der Lee, Sven J, Bruggeman, Richard, Ebling, Maritza, Fischl, Bruce, Longstreth, W. T., Greve, Douglas, Schmidt, Helena, Nyquist, Paul, Vinke, Louis N, van Duijn, Cornelia M, Luting, Xue, Mazoyer, Bernard, Buccola, Nancy G, Bis, Joshua C, Gudnason, Vilmundur, Seshadri, Sudha, Ikram, M Arfan, Schumann, Gunter, Byerley, William F, Cai, Guiqing, Cairns, Murray J, Campion, Dominique, Cantor, Rita M, Carr, Vaughan J, Carrera, Noa, Catts, Stanley V, Chambert, Kimberley D, Chan, Raymond C K, Chen, Eric Y H, Chen, Ronald Y L, Cheng, Wei, Cheung, Eric F C, Chong, Siow Ann, Cloninger, C Robert, Cohen, David, Cohen, Nadine, Cormican, Paul, Craddock, Nick, Crowley, James J, Curtis, David, Davidson, Michael, Davis, Kenneth L, Degenhardt, Franziska, Neale, Michael C, Del Favero, Jurgen, DeLisi, Lynn E, Demontis, Ditte, Dikeos, Dimitris, Dinan, Timothy, Drapeau, Elodie, Duan, Jubao, Dudbridge, Frank, Franke, Barbara, Stein, Jason L, Ripke, Stephan, Anttila, Verneri, Hong Lee, S, Ikram, M Arfan, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, ENIGMA Consortium, Radboud University Medical Center [Nijmegen], University of Southern California (USC), Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], Massachusetts General Hospital [Boston], University of Warwick [Coventry], University of Oxford [Oxford], Virginia Commonwealth University (VCU), University of Edinburgh, National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Chinese PLA General Hospital, University of Missouri [Columbia], University of Missouri System, Cardiff University, Aarhus University [Aarhus], Stanford University [Stanford], Max-Planck-Institut, University of Iowa [Iowa City], Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Schizophrenia Research Institute [Sydney], Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Mathematics [CUHK], The Chinese University of Hong Kong [Hong Kong], The University of Hong Kong (HKU), University of North Carolina [Chapel Hill] (UNC), University of North Carolina System (UNC), Castle Peak Hospital [Hong Kong], Institute of Mental Health [Singapore], Service de psychiatrie des enfants et adultes [CHU Pitié-Salpêtrière ], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Queen Mary University of London (QMUL), Open University of Israël, University of Antwerp (UA), Harvard Medical School [Boston] (HMS), University of Athens Medical School [Athens], University College Cork (UCC), University of Oslo (UiO), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Universität Regensburg (UR), Biomedicum Helsinki, Roche Pharma Research and Early Development [Basel] (pRED), F. Hoffmann-La Roche [Basel], Universität Heidelberg [Heidelberg], University Medical Center Groningen [Groningen] (UMCG), Haverford College, Service de Pharmacologie, toxicologie et pharmacovigilance [CHU Limoges], CHU Limoges, University of Queensland [Brisbane], James J. Peters VA Medical Center [New York], Martin-Luther-University Halle-Wittenberg, University of Newcastle [Australia] (UoN), University of Basel (Unibas), Division of Medical Genetics [Seattle], University of Washington [Seattle], Statens Serum Institut [Copenhagen], Tohoku University [Sendai], University of Stavanger, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Sofia, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Universität Stuttgart [Stuttgart], Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Latvian Biomedical Research and Study Centre [Rīga], Vilnius University [Vilnius], University Hospital Motol [Prague], Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hadassah Hebrew University Medical Center [Jerusalem], Karolinska Institutet [Stockholm], University of Bonn, Génétique moléculaire de la neurotransmission et des processus neurodégénératifs (LGMNPN), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vall d'Hebron University Hospital [Barcelona], Department of Life Sciences, Imperial College London, Deutscher Wetterdienst [Offenbach] (DWD), Eli Lilly and Company Limited [Windlesham], Trinity College Dublin, Royal College of Surgeons in Ireland (RCSI), Université de Lausanne (UNIL), University of Tartu, Johns Hopkins University School of Medicine [Baltimore], Stockholm University, Queen's University [Belfast] (QUB), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), Universidade de São Paulo (USP), Department of Mathematics [Nanticoke], Luzerne County Community College, National Institute for Health and Welfare [Helsinki], King‘s College London, University of Chicago, Fraunhofer Heinrich Hertz Institute [Berlin] (HHI), Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), National Cancer Institute [Bethesda] (NCI-NIH), The Wellcome Trust Centre for Human Genetics [Oxford], Department of Genetic Epidemiology in Psychiatry [Mannhein], Universität Heidelberg [Heidelberg]-Central Institute of Mental Health Mannheim, The Natural History Museum [London] (NHM), University of Calgary, Department of Medical Epidemiology and Biostatistics (MEB), The University of Western Australia (UWA), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions (GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Montreal Neurological Institute and Hospital, McGill University, Universidade do Algarve (UAlg), Beijing Normal University, Structure et Réactivité des Systèmes Moléculaires Complexes (SRSMC), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dpt of Psychiatry [New Haven], Yale University School of Medicine, Centre épigénétique et destin cellulaire (EDC (UMR_7216)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bijvoet Center of Biomolecular Research, Utrecht University [Utrecht], School of Psychology, University of Queensland, Charité - Universitätsmedizin Berlin / Charite - University Medicine Berlin, Department of Mathematics, University of Colorado, University of Colorado [Boulder], VU University Amsterdam, Athinoula A. Martinos Center for Biomedical Imaging, Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts General Hospital [Boston], Department of Health and Human Services, McConnell Brain Imaging Centre (MNI), McGill University-McGill University, Institut Gilbert-Laustriat : Biomolécules, Biotechnologie, Innovation Thérapeutique, Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory [Cambridge] (CSAIL), Massachusetts Institute of Technology (MIT), Clinical Cognitive Neuropsychiatry Research Program (CCNP), Del-Favero, Jurgen, Enigma Consortium, School of Medicine / Clinical Medicine, University of Oxford, University of Missouri [Columbia] (Mizzou), Stanford University, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University, University of Newcastle [Callaghan, Australia] (UoN), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Софийски университет = Sofia University, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universität Bonn = University of Bonn, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), Fraunhofer Institute for Telecommunications - Heinrich Hertz Institute (Fraunhofer HHI), Fraunhofer (Fraunhofer-Gesellschaft), Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University-Central Institute of Mental Health Mannheim, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Beijing Normal University (BNU), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut] (YSM), Centre épigénétique et destin cellulaire (EDC), Bijvoet Center of Biomolecular Research [Utrecht], Charité - UniversitätsMedizin = Charité - University Hospital [Berlin], Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]-McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Massachusetts General Hospital [Boston]-Harvard Medical School [Boston] (HMS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Vrije universiteit = Free university of Amsterdam [Amsterdam] (VU), Biological Psychology, EMGO+ - Mental Health, Amsterdam Neuroscience - Mood, Anxiety, Psychosis, Stress & Sleep, Other departments, ANS - Mood, Anxiety, Psychosis, Stress & Sleep, Adult Psychiatry, Psychiatrie & Neuropsychologie, RS: MHeNs - R2 - Mental Health, MUMC+: MA Psychiatrie (3), and MUMC+: Hersen en Zenuw Centrum (3)
Subjects: 0301 basic medicine, Netherlands Twin Register (NTR), genetic association, Genome-wide association study, brain imaging, VARIANTS, Genome-wide association studies, Linkage Disequilibrium, 0302 clinical medicine, pathology [Brain], 2.1 Biological and endogenous factors, Psychology, GWAS, genetics [Schizophrenia], genetics, genetics [Genetic Predisposition to Disease], Aetiology, Non-U.S. Gov't, PERSPECTIVE, humans, Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, neuroimaging, General Neuroscience, Research Support, Non-U.S. Gov't, Brain, Single Nucleotide, Organ Size, Endophenotypes, Genetic Predisposition to Disease, Humans, Magnetic Resonance Imaging, Neuroimaging, Polymorphism, Single Nucleotide, Schizophrenia, Genome-Wide Association Study, Neuroscience (all), Serious Mental Illness, ENIGMA Consortium, 3. Good health, endophenotype, Mental Health, Meta-analysis, Neurological, genetics [Polymorphism, Single Nucleotide], Cognitive Sciences, MRI, Neuroinformatics, DISORDERS, heredity, Schizophrenia (object-oriented programming), brain, Non-P.H.S, Brain Structure and Function, RELATIVES, PHENOTYPES, Research Support, N.I.H, 03 medical and health sciences, Magnetic resonance imaging, ENDOPHENOTYPE, Research Support, N.I.H., Extramural, ddc:570, Journal Article, Polymorphism, GENOME-WIDE ASSOCIATION, pathology [Schizophrenia], METAANALYSIS, genetic predisposition to disease, Neurodevelopmental disorders Donders Center for Medical Neuroscience [Radboudumc 7], Neurology & Neurosurgery, genome-wide association study, [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience, Human Genome, Neurosciences, Extramural, Genetic architecture, Brain Disorders, meta-analysis, schizophrenia, INDIVIDUALS, 030104 developmental biology, Genetic marker, Endophenotype, DISCOVERY, Genetic markers, U.S. Gov't, Human medicine, Neuroscience, genetic predisposition, 030217 neurology & neurosurgery, Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S, Meta-Analysis
Abstract: Article, Schizophrenia is a devastating psychiatric illness with high heritability. Brain structure and function differ, on average, between people with schizophrenia and healthy individuals. As common genetic associations are emerging for both schizophrenia and brain imaging phenotypes, we can now use genome-wide data to investigate genetic overlap. Here we integrated results from common variant studies of schizophrenia (33,636 cases, 43,008 controls) and volumes of several (mainly subcortical) brain structures (11,840 subjects). We did not find evidence of genetic overlap between schizophrenia risk and subcortical volume measures either at the level of common variant genetic architecture or for single genetic markers. These results provide a proof of concept (albeit based on a limited set of structural brain measures) and define a roadmap for future studies investigating the genetic covariance between structural or functional brain phenotypes and risk for psychiatric disorders., final draft, peerReviewed
Published: 2016

44. Tetramerization and interdomain flexibility of the replication initiation controller YabA enables simultaneous binding to multiple partners

Author: Liza Felicori, Magali Ventroux, Transito Garcia-Garcia, Laurent Terradot, Franck Molina, Anthony J. Wilkinson, Mark J. Fogg, Philippe Noirot, Katie H. Jameson, Alexandre Bazin, Mickaël V. Cherrier, Marie Francoise Noirot-Gros, Pierre Roblin, Sysdiag CNRS Bio-Rad UMR 3145, Cap Delta/Parc Euromédecine, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Caractérisation et Elaboration des Produits Issus de l'Agriculture (CEPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), York Structural Biology Laboratory, Department of Chemistry, University of York [York, UK], MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique, de Modélisation et d'Optimisation des Systèmes (LIMOS), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sysdiag-Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le Diagnostic (SysDiag ), BIO-RAD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Ecole Nationale Supérieure des Mines de St Etienne-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European integrated project, BaSysBio, Biotechnology and Biological Sciences Research Council, UK, EU-Marie Curie Project AMBER FP7-People [317338], CIBLE program from the region Rhones-alpes, MICALIS INRA, Felicori, Liza, Jameson, Katie H., Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB)
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Protein Conformation, Amino Acid Motifs, Intracellular Space, dnaN, MESH: DNA Replication, Plasma protein binding, MESH: Amino Acid Sequence, MESH: Zinc, MESH: Amino Acid Motifs, Protein structure, MESH: Structure-Activity Relationship, MESH: Protein Conformation, Structural Biology, Protein Interaction Mapping, MESH: Bacterial Proteins, Genetics, DNA clamp, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], MESH: Protein Multimerization, DNA-Binding Proteins, Protein Transport, Zinc, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], MESH: Intracellular Space, MESH: Models, Molecular, Bacillus subtilis, Protein Binding, DNA Replication, MESH: Protein Transport, MESH: Mutation, Molecular Sequence Data, MESH: Sequence Alignment, Biology, Structure-Activity Relationship, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Position-Specific Scoring Matrices, MESH: Protein Binding, Protein Interaction Domains and Motifs, Amino Acid Sequence, Homology modeling, MESH: Protein Interaction Domains and Motifs, Binding Sites, MESH: Molecular Sequence Data, MESH: Protein Interaction Mapping, DNA replication, MESH: Position-Specific Scoring Matrices, MESH: Bacillus subtilis, MESH: Multiprotein Complexes, DnaA, 030104 developmental biology, MESH: Binding Sites, Replication Initiation, Multiprotein Complexes, Mutation, Biophysics, Protein Multimerization, Sequence Alignment, MESH: DNA-Binding Proteins
Abstract: International audience; YabA negatively regulates initiation of DNA replication in low-GC Gram-positive bacteria. The protein exerts its control through interactions with the initiator protein DnaA and the sliding clamp DnaN. Here, we combined X-ray crystallography, X-ray scattering (SAXS), modeling and biophysical approaches, with in vivo experimental data to gain insight into YabA function. The crystal structure of the N-terminal domain (NTD) of YabA solved at 2.7 Å resolution reveals an extended α-helix that contributes to an intermolecular four-helix bundle. Homology modeling and biochemical analysis indicates that the C-terminal domain (CTD) of YabA is a small Zn-binding domain. Multi-angle light scattering and SAXS demonstrate that YabA is a tetramer in which the CTDs are independent and connected to the N-terminal four-helix bundle via flexible linkers. While YabA can simultaneously interact with both DnaA and DnaN, we found that an isolated CTD can bind to either DnaA or DnaN, individually. Site-directed mutagenesis and yeast-two hybrid assays identified DnaA and DnaN binding sites on the YabA CTD that partially overlap and point to a mutually exclusive mode of interaction. Our study defines YabA as a novel structural hub and explains how the protein tetramer uses independent CTDs to bind multiple partners to orchestrate replication initiation in the bacterial cell.
Published: 2016

45. Imaging Plastids in 2D and 3D: Confocal and Electron Microscopy

Author: Christine Moriscot, Serena Flori, Giovanni Finazzi, Denis Falconet, Pierre-Henri Jouneau, Guy Schoehn, Benoit Gallet, Leandro F. Estrozi, Laboratoire de physiologie cellulaire végétale (LPCV), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA), Modélisation et Exploration des Matériaux (MEM), Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Marechal Eric, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire d'Etude des Matériaux par Microscopie Avancée (LEMMA ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Materials science, Scanning electron microscopy (SEM), Scanning electron microscope, Confocal, Arabidopsis, 01 natural sciences, Phaeodactylum tricornutum, law.invention, Focused ion beam (FIB), 03 medical and health sciences, law, Microscopy, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Plastid, Transmission electron microscopy (TEM), Tomography, biology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Confocal imaging, biology.organism_classification, Chloroplast, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], 030104 developmental biology, Transmission electron microscopy, Biophysics, Electron microscope, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Internal chloroplast structures present complex and various characteristics, which are still largely undetermined due to insufficient imaging investigation. Information on chloroplast morphology has traditionally been collected using light microscopy (LM), confocal laser scanning microscopy (CLSM), transmission electron microscopy (TEM), and scanning electron microscopy (SEM) techniques. However, recent technological progresses in the field of microscopy have made it possible to visualize the internal structure of chloroplast in far greater detail and in 3D. Here we recapitulate protocols to visualize chloroplasts from Arabidopsis leaves and Phaeodactylum tricornutum cells with confocal and transmission electron microscopy together with a new technique using a focused ion beam-scanning electron microscope (FIB-SEM) allowing for 3D imaging.
Published: 2018

46. High resolution cryo-EM structure of the helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid reveals its assembly mechanisms

Author: Benoît Arragain, Juan Reguera, Ambroise Desfosses, Irina Gutsche, Guy Schoehn, Hélène Malet, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), IDEX IRS grant University of Grenoble (G7H-IRS17H50), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: replication, Insecta, QH301-705.5, Protein Conformation, Science, viruses, Structural Biology and Molecular Biophysics, Short Report, Genome, Viral, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, molecular biophysics, structural biology, Animals, Humans, Biology (General), Nucleocapsid, 030304 developmental biology, nucleoprotein, Bunyavirales, 0303 health sciences, General Immunology and Microbiology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], General Neuroscience, Virus Assembly, Cryoelectron Microscopy, General Medicine, 3. Good health, Hantaan virus, Virus, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], HEK293 Cells, Medicine, RNA, Viral, Hantaan, 030217 neurology & neurosurgery, Hantavirus
Abstract: [u'Rats and mice sometimes transmit hantaviruses, a family of microbes that can cause deadly human diseases. For example, the Hantaan virus leads to haemorrhagic fevers that are potentially fatal. There are no vaccine or even drugs against these infections.', u'To multiply, viruses must insert their genetic material inside a cell. While the body often detects and destroys foreign genetic information, hantaviruses can still evade our defences. Molecules called nucleoproteins bind to the viral genome, hiding it away in long helices called nucleocapsids. When the virus needs to replicate, an enzyme opens up the nucleocapsid, reads and copies the genetic code, and then closes the helix. Yet, researchers know little about the details of this process, or even the structure of the nucleocapsid.', u'Here, Arragain et al. use a method called cryo-electron microscopy to examine and piece together the exact 3D structure of the Hantaan virus nucleocapsid. This was possible because the new technique allows scientists to observe biological molecules at an unprecedented, near atomic resolution. The resulting model reveals that the viral genome nests into a groove inside the nucleocapsid. It also shows that specific interactions between nucleoproteins stabilise the helix. Finally, the model helps to provide hypotheses on how the enzyme could read the genome without breaking the capsid.', u'Mapping out the structure and the interactions of the nucleocapsid is the first step towards finding molecules that could destabilise the helix and neutralise the virus: this could help fight both the Hantaan virus and other members of its deadly family.'], Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids usually prevents their full-length structural characterisation at high resolution. Here, we describe purification of full-length recombinant metastable helical nucleocapsid of Hantaan virus (Hantaviridae family, Bunyavirales order) and determine its structure at 3.3 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the mechanisms of helical multimerisation via sub-domain exchanges between protomers and highlights nucleotide positions in a continuous positively charged groove compatible with viral genome binding. It uncovers key sites for future structure-based design of antivirals that are currently lacking to counteract life-threatening hantavirus infections. The structure also suggests a model of nucleoprotein-polymerase interaction that would enable replication and transcription solely upon local disruption of the nucleocapsid.
Published: 2018

47. Elucidating binding mechanisms and dynamics of intrinsically disordered protein complexes using NMR spectroscopy

Author: Malene Ringkjøbing Jensen, Martin Blackledge, Robert Schneider, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Protein Folding, Plasma protein binding, Intrinsically disordered proteins, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Structural Biology, Atomic resolution, Multiple time, Animals, Humans, Phosphorylation, Spectroscopy, Molecular Biology, Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular, 030304 developmental biology, Binding affinities, 0303 health sciences, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], Chemistry, Nuclear magnetic resonance spectroscopy, Intrinsically Disordered Proteins, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Biophysics, Protein folding, 030217 neurology & neurosurgery, Protein Binding
Abstract: International audience; Advances in characterizing complexes of intrinsically disordered proteins (IDPs) have led to the discovery of a remarkably diverse interaction landscape that includes folding-upon-binding, highly dynamic complexes, multivalent interactions as well as regulatory switches controlled by post-translational modifications. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy has in recent years made significant contributions to this field by describing the binding mechanisms and mapping conformational dynamics on multiple time scales. Importantly, this progress has been associated with specific methodological developments in NMR, for example in exchange techniques, allowing challenging biological systems to be studied at atomic resolution. In general, the level of dynamics observed in IDP complexes does not correlate with binding affinities, demonstrating the intricate relationship between conformational dynamics and IDP regulatory function.
Published: 2018

48. Aberrant ERBB4-SRC Signaling as a Hallmark of Group 4 Medulloblastoma Revealed by Integrative Phosphoproteomic Profiling

Author: Laura Sieber, Celio Pouponnot, Sebastian Brabetz, Lukas Chavez, Anaïs Chivet, Florent Dingli, Aurore Besnard, Stéphanie Puget, Tanvi Sharma, Frauke Meyer, Audrey Mercier, Antoine Forget, Mélanie Pagès, Stéphane Liva, Laurence Calzone, Guillaume Arras, Jasmin Bartl, Michael Gombert, Marcel Kool, Hua Yu, Emilie Indersie, Olivier Ayrault, Konstantin Okonechnikov, Arnau Montagud, Venu Thatikonda, Daisuke Kawauchi, Franck Bourdeaut, Pascale Varlet, Vijay Ramaswamy, Joelle Lacombe, Patrick Poullet, Stefan M. Pfister, Arndt Borkhardt, Emmanuel Barillot, Jaime Rivera, Nan Qin, Christelle Dufour, Sophie Leboucher, Andrey Korshunov, Daniel Picard, Alexandre Sta, Guido Reifenberger, Michael D. Taylor, Marc Remke, Damarys Loew, Loredana Martignetti, Kevin Beccaria, Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), PRES Sorbonne Paris Cité, Service de Bioinformatique (CURIE-BIOINFO), Institut Curie [Paris], Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Protéines (LSMP), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique, Ecole Polytechnique Féminine ((EPF)), Ecole d'Ingénieurs, Centre de Psychiatrie et Neurosciences (U894), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de cancérologie de l'enfant et de l'adolescent [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Laboratoire de neurobiologie cellulaire et moléculaire (NBCM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation normale et pathologique de l'embryon aux thérapies innovantes des cancers, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biothérapies des maladies génétiques et cancers, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Beijing Genomics Institute [Shenzhen] (BGI), Unité de Génétique Somatique, Division of Pediatric Neurooncology, German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany, Department of Neuropathology, Heinrich Heine Universität Düsseldorf = Heinrich Heine University [Düsseldorf], German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg] (DKFZ), Signalisation cellulaire et neurobiologie (SNC), Institut Curie [Paris]-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de psychiatrie et neurosciences (U894 / UMS 1266), Cancer et génôme: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe, MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Curie, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation normale et pathologique de l'embryon aux thérapies innovante des cancers, Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf [Düsseldorf]
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Proteomics, Cancer Research, Receptor, ErbB-4, Adolescent, Proteome, Carcinogenesis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Mice, Transgenic, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Transcriptome, 03 medical and health sciences, Mice, Cell Line, Tumor, Cerebellum, medicine, Animals, Humans, Sonic hedgehog, Kinase activity, Phosphorylation, Cerebellar Neoplasms, Child, neoplasms, ERBB4, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Medulloblastoma, biology, Gene Expression Profiling, Infant, Cell Biology, medicine.disease, Proteogenomics, nervous system diseases, Gene Expression Regulation, Neoplastic, stomatognathic diseases, 030104 developmental biology, src-Family Kinases, Oncology, Child, Preschool, biology.protein, Cancer research, Female, Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src, Signal Transduction
Abstract: Summary The current consensus recognizes four main medulloblastoma subgroups (wingless, Sonic hedgehog, group 3 and group 4). While medulloblastoma subgroups have been characterized extensively at the (epi-)genomic and transcriptomic levels, the proteome and phosphoproteome landscape remain to be comprehensively elucidated. Using quantitative (phospho)-proteomics in primary human medulloblastomas, we unravel distinct posttranscriptional regulation leading to highly divergent oncogenic signaling and kinase activity profiles in groups 3 and 4 medulloblastomas. Specifically, proteomic and phosphoproteomic analyses identify aberrant ERBB4-SRC signaling in group 4. Hence, enforced expression of an activated SRC combined with p53 inactivation induces murine tumors that resemble group 4 medulloblastoma. Therefore, our integrative proteogenomics approach unveils an oncogenic pathway and potential therapeutic vulnerability in the most common medulloblastoma subgroup.
Published: 2018

49. Global spectroscopic analysis to study the regulation of the photosynthetic proton motive force: A critical reappraisal

Author: Tomas Morosinotto, Ildikò Szabò, Luca Carraretto, Martin Byrdin, Guillaume Allorent, Giovanni Finazzi, Physiologie cellulaire et végétale (LPCV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Protéines membranaires transductrices d'énergie (PMTE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Biology, University of Padova, Universita degli Studi di Padova, Human Frontier Science Program (HFSP), ANR-10- LABX-49-01,Labex GRAL,Labex GRAL, Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Universitad de Padua, HFSP, and Labex Gral ANR-10-Labx-49-01
Subjects: Chlorophyll, 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Potassium Channels, Light, Arabidopsis thaliana, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arabidopsis, Light-Harvesting Protein Complexes, Biophysics, Potassium channel TPK3, Photosynthesis, Thylakoids, 01 natural sciences, Biochemistry, Chloroplast, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Biological pigment, biology, Chemistry, Non-photochemical quenching, Electrochromic shift, fungi, Proton-Motive Force, food and beverages, Cell Biology, Plant, Plants, Genetically Modified, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Thylakoid, Anthocyanin, Photoprotection, Ion channels, Proton motive force, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; In natural variable environments, plants rapidly adjust photosynthesis for optimum balance between photochemistry and photoprotection. These adjustments mainly occur via changes in their proton motive force (pmf). Recent studies based on time resolved analysis of the Electro Chromic Signal (ECS) bandshift of photosynthetic pigments in the model plant Arabidopsis thaliana have suggested an active role of ion fluxes across the thylakoid membranes in the regulation of the pmf. Among the different channels and transporters possibly involved in this phenomenon, we previously identified the TPK3 potassium channel. Plants silenced for TPK3 expression displayed light stress signatures, with reduced Non Photochemical Quenching (NPQ) capacity and sustained anthocyanin accumulation, even at moderate intensities. In this work we re-examined the role of this protein in pmf regulation, starting from the observation that both TPK3 knock-down (TPK3 KD) and WT plants display enhanced anthocyanin accumulation in the light under certain growth conditions, especially in old leaves. We thus compared the pmf features of young "green" (without anthocyanins) and old "red" (with anthocyanins) leaves in both genotypes using a global fit analysis of the ECS. We found that the differences in the ECS profile measured between the two genotypes reflect not only differences in TPK3 expression level, but also a modified photosynthetic activity of stressed red leaves, which are present in a larger amounts in the TPK3 KD plants.
Published: 2018

50. Fine Mapping the Interaction Between Dendritic Cell-Specific Intercellular Adhesion Molecule (ICAM)-3-Grabbing Nonintegrin and the Cytomegalovirus Envelope Glycoprotein B

Author: Diane Razanajaona-Doll, Céline Bressollette-Bodin, Flora Coulon, Martin Messerle, Stephanie Laurant, Vanessa Porkolab, Coraline Chéneau, Franck Fieschi, Jean-Jacques Pin, Eva Maria Borst, Franck Halary, Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (U1064 Inserm - CRTI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dendritics SAS, Institute of Virology [Hannover], Hannover Medical School [Hannover] (MHH), Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie ( U1064 Inserm - CRTI ), Université de Nantes ( UN ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de transplantation urologie-néphrologie ( ITUN ), Université de Nantes ( UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Institut de biologie structurale ( IBS - UMR 5075 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ), Hannover Medical School [Hannover] ( MHH ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
Subjects: Pathogenesis and Host Response, 0301 basic medicine, Human cytomegalovirus, Virus genetics, viruses, DNA Mutational Analysis, Congenital cytomegalovirus infection, Cytomegalovirus, Virus Attachment, Receptors, Cell Surface, Plasma protein binding, Biology, DC-SIGN, Major Articles and Brief Reports, 03 medical and health sciences, Viral Envelope Proteins, Polysaccharides, Glycoprotein complex, Protein Interaction Mapping, Team1, medicine, Humans, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Immunology and Allergy, Lectins, C-Type, antibody-mediated blockade, glycoprotein B, CRTI, Cells, Cultured, attachment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], virus diseases, Dendritic Cells, Dendritic cell, medicine.disease, Intercellular adhesion molecule, 3. Good health, Cell biology, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, chemistry, Host-Pathogen Interactions, Receptors, Virus, Mutant Proteins, Glycoprotein, Cell Adhesion Molecules, Protein Binding
Abstract: The envelope glycoprotein B of the human cytomegalovirus is a ligand for the lectin DC-SIGN. Here, the authors characterized this interaction at the molecular level. This should help to design new specific antiviral drugs., Background Human cytomegalovirus (HCMV) is a leading cause of virally induced congenital disorders and morbidities in immunocompromised individuals, ie, transplant, cancer, or acquired immune deficiency syndrome patients. Human cytomegalovirus infects virtually all cell types through the envelope glycoprotein complex gH/gL/gO with or without a contribution of the pentameric gH/gL/pUL128L. Together with gH/gL, the HCMV envelope glycoprotein B (gB) contributes to the viral fusion machinery. Methods We previously showed that gB is a ligand for the C-type lectin dendritic cell-specific intercellular adhesion molecule-3-grabbing nonintegrin (DC-SIGN) contributing to HCMV attachment to and infection of DC-SIGN-expressing cells. However, the features of the DC-SIGN/gB interaction remain unclear. To address this point, the role of glycans on gB and the consequences of mutagenesis and antibody-mediated blockades on both partners were examined in this study. Results We identified DC-SIGN amino acid residues involved in this interaction through an extensive mutagenesis study. We also showed the importance of high-mannose N-glycans decorating the asparagine residue at position 208, demonstrating that the antigenic domain 5 on gB is involved in the interaction with DC-SIGN. Finally, antibody-mediated blockades allowed us to identify DC-SIGN as a major HCMV attachment receptor on monocyte-derived dendritic cells. Conclusions Taken together, these results have permitted us to fine-map the interaction between DC-SIGN and HCMV gB.
Published: 2018

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