Author: "Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

Your search keyword '"Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )"' showing total 38 results

Start Over Author "Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )"

38 results on '"Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )"'

1. Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos

Author: Patricia Bonin, Sophie Guasco, Cécile Militon, Valérie Michotey, Ronan Jézéquel, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Christine Cagnon, Karine Duboscq, Georges Stora, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Equipe Environnement et Microbiologie (EEM ), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)
Subjects: Geologic Sediments, Health, Toxicology and Mutagenesis, Detergents, Biomass, Dispersant, Oil pollution, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Mesocosm, chemistry.chemical_compound, Bioremediation, RNA, Ribosomal, 16S, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Environmental Chemistry, Petroleum Pollution, 14. Life underwater, Organic Chemicals, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Mudflat sediments, Bacteria, Environmental engineering, Sediment, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Medicine, Pollution, Mesocosms, Hydrocarbons, RNA, Bacterial, Biodegradation, Environmental, Petroleum, chemistry, 13. Climate action, Benthic zone, Environmental chemistry, Environmental science, Macrofauna, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bioturbation, Polymorphism, Restriction Fragment Length, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The present study aimed to examine whether the use of dispersant would be suitable for favoring the hydrocarbon degradation in coastal marine sediments without impacting negatively micro- and macrobenthic organisms. Mudflat sediments, maintained during 286 days in mesocosms designed to simulate natural conditions, were contaminated or not with Ural blend crude oil (REBCO) and treated or not with third-generation dispersant (Finasol OSR52). While the dispersant did not lead to an increase of hydrocarbon biodegradation, its use enables an attenuation of more than 55 % of the sediment concentration of total petroleum hydrocarbons (TPH). Canonical correspondence analysis (CCA) correlating T-RFLP patterns with the hydrocarbon content and bacterial abundance indicated weak differences between the different treatments except for the mesocosm treated with oil and dispersant for which a higher bacterial biomass was observed. The use of the dispersant did not significantly decrease the macrobenthic species richness or macroorganisms' densities in uncontaminated or contaminated conditions. However, even if the structure of the macrobenthic communities was not affected, when used in combination with oil, biological sediment reworking coefficient was negatively impacted. Although the use of the dispersant may be worth considering in order to accelerate the attenuation of hydrocarbon-contaminated mudflat sediments, long-term effects on functional aspects of the benthic system such as bioturbation and bacterial activity should be carefully studied before.
Published: 2015

2. Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments

Author: Patricia Bonin, Cécile Militon, Cristiana Cravo-Laureau, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Robert Duran, Philippe Cuny, Karine Dubosc, Valérie Michotey, Ronan Jézéquel, Claire Gassie, Justine Abella, Fanny Terrisse, Equipe Environnement et Microbiologie (EEM ), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Centre de documentation de recherche et d'expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux (Cedre), Cedre, Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (ECOLAB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-CESA-0006,DECAPAGE,Caractérisation des capacités de dégradation de communautés bactériennes de sédiments marins : adaptation, processus métaboliques et influence des régimes d'oxygénation(2011), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (LEFE), Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)
Subjects: DNA, Bacterial, Geologic Sediments, Co-occurrence network, Health, Toxicology and Mutagenesis, Phytane, Oil pollution, Ecological succession, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 010501 environmental sciences, Polymerase Chain Reaction, 01 natural sciences, Mesocosm, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Bioremediation, T-RFLP, RNA, Ribosomal, 16S, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Environmental Chemistry, 14. Life underwater, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, 0303 health sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, Ecology, Community structure, Sediment, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Sequence Analysis, DNA, General Medicine, Pollution, Mesocosms, Hydrocarbons, Terminal restriction fragment length polymorphism, Biodegradation, Environmental, Petroleum, chemistry, Benthic zone, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Polymorphism, Restriction Fragment Length, Water Pollutants, Chemical, Harrowing, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The present study aimed to examine whether the physical reworking of sediments by harrowing would be suitable for favouring the hydrocarbon degradation in coastal marine sediments. Mudflat sediments were maintained in mesocosms under conditions as closer as possible to those prevailing in natural environments with tidal cycles. Sediments were contaminated with Ural blend crude oil, and in half of them, harrowing treatment was applied in order to mimic physical reworking of surface sediments. Hydrocarbon distribution within the sediment and its removal was followed during 286 days. The harrowing treatment allowed hydrocarbon compounds to penetrate the first 6 cm of the sediments, and biodegradation indexes (such as n-C18/phytane) indicated that biodegradation started 90 days before that observed in untreated control mesocosms. However, the harrowing treatment had a severe impact on benthic organisms reducing drastically the macrofaunal abundance and diversity. In the harrowing-treated mesocosms, the bacterial abundance, determined by 16S rRNA gene Q-PCR, was slightly increased; and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analyses of 16S rRNA genes showed distinct and specific bacterial community structure. Co-occurrence network and canonical correspondence analyses (CCA) based on T-RFLP data indicated the main correlations between bacterial operational taxonomic units (OTUs) as well as the associations between OTUs and hydrocarbon compound contents further supported by clustered correlation (ClusCor) analysis. The analyses highlighted the OTUs constituting the network structural bases involved in hydrocarbon degradation. Negative correlations indicated the possible shifts in bacterial communities that occurred during the ecological succession.
Published: 2015

3. Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus

Author: Christophe Vieira, Patricia Bonin, Oscar Lima, Corina P. D. Brussaard, Philippe Cuny, Valérie Michotey, Régis Grimaud, Cécile Militon, Sophie Guasco, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Moléculaire, IBEAS, EA 3525, Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Royal Netherlands Institute for Sea Research (NIOZ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Aquatic Microbiology (IBED, FNWI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Ecologie Moléculaire ( IBEAS ), Université de Pau et des Pays de l'Adour ( UPPA ), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Royal Netherlands Institute for Sea Research ( NIOZ )
Subjects: Geologic Sediments, Hydrocarbon, Health, Toxicology and Mutagenesis, Marinobacter pelagius, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Biology, Marinobacter adhaerens, medicine.disease_cause, Marinobacter flavimaris, Marinobacter xestospongiae, 03 medical and health sciences, Quantification, Marinobacter, Botany, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, medicine, Environmental Chemistry, Petroleum Pollution, 14. Life underwater, Marine sediment, Phylogeny, 030304 developmental biology, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, Marinobacter santoriniensis, Marinobacter vinifirmus, 030306 microbiology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Medicine, Lipid Metabolism, Pollution, Hydrocarbons, 6. Clean water, Marinobacter nanhaiticus, Electron donor pattern, Biochemistry, 13. Climate action, Denitrification, Marinobacter maritimus, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Genome, Bacterial, Marinobater, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The impact of petroleum contamination and of burrowing macrofauna on abundances of Marinobacter and denitrifiers was tested in marine sediment mesocoms after 3 months incubation. Quantification of this genus by qPCR with a new primer set showed that the main factor favoring Marinobacter abundance was hydrocarbon amendment followed by macrofauna presence. In parallel, proportion of nosZ-harboring bacteria increased in the presence of marcrofauna. Quantitative finding were explained by physiological data from a set of 34 strains and by genomic analysis of 16 genomes spanning 15 different Marinobacter-validated species (Marinobacter hydrocarbonoclasticus, Marinobacter daeopensis, Marinobacter santoriniensis, Marinobacter pelagius, Marinobacter flavimaris, Marinobacter adhaerens, Marinobacter xestospongiae, Marinobacter algicola, Marinobacter vinifirmus, Marinobacter maritimus, Marinobacter psychrophilus, Marinobacter lipoliticus, Marinobacter manganoxydans, Marinobacter excellens, Marinobacter nanhaiticus) and 4 potential novel ones. Among the 105 organic electron donors tested in physiological analysis, Marinobacter pattern appeared narrow for almost all kinds of organic compounds except lipid ones. Strains of this set could oxidize a very large spectrum of lipids belonging to glycerolipids, branched, fatty acyls, and aromatic hydrocarbon classes. Physiological data were comforted by genomic analysis, and genes of alkane 1-monooxygenase, haloalkane dehalogenase, and flavin-binding monooxygenase were detected in most genomes. Denitrification was assessed for several strains belonging to M. hydrocarbonoclasticus, M. vinifirmus, Marinobacter maritinus, and M. pelagius species indicating the possibility to use nitrate as alternative electron acceptor. Higher occurrence of Marinobacter in the presence of petroleum appeared to be the result of a broader physiological trait allowing this genus to use lipids including hydrocarbon as principal electron donors.
Published: 2015

4. Differential Acclimation of Juvenile Sea Urchins Transplanted Across a Metallic Trace Element Gradient within the Bay of Toulon (France)

Author: Sylvain Couvray, Simone Richard, Cédric Garnier, Thomas Miard, Fanny Clergeaud, Nathalie Prévot d'Alvise, Sandrine Gaillard, Jean-Luc Bonnefont, Gaël Durrieu, Sébastien d'Onofrio, Stéphane Coupé, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes (LBBM), PIERRE FABRE-EDF (EDF)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Processus de Transfert et d'Echanges dans l'Environnement - EA 3819 (PROTEE), Université de Toulon (UTLN), Ecologie Marine et BIOdiversité (EMBIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Technologique BioTechServices, Institut Océanographique Paul Ricard, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Sentinel species, Fauna, DNA methyltransferase, Aquatic Science, acclimation, 01 natural sciences, Acclimatization, Paracentrotus lividus, stress, Mediterranean sea, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Biomonitoring, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 14. Life underwater, metallic trace elements, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, biology, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, Paracentrotus lividus sea urchin, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, Transplantation, 13. Climate action, 040102 fisheries, juveniles, gene expression, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, hsp, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bay, transplantation
Abstract: International audience; Urbanized harbors and embayments scattered along marine shorelines act as important sources of a wide range of chemical contaminants, which include metallic trace elements (MTE). Within the semi-enclosed Mediterranean Sea, the high number of such areas might locally challenge the persistence of coastal marine species. In recent decades, biomonitoring studies, using sentinel species such as mussels, have increased knowledge of coastal contamination and provided a number of contentious potential environmental surveillance biomarkers, which contributed to a better comprehension toward the acclimation abilities of marine organisms, to actual anthropogenically derived environments. The aim of this study was to characterize the influence of the chemically, multi-contaminated, Bay of Toulon (France) on the young fauna, using juvenile sea urchins Paracentrotus lividus as a proxy. Hatchery-produced individuals were immersed, for 1 mo, within the bay, at four contrasted sites for MTE concentrations. At the end of the experiment, growth and transcript abundances of key genes, involved in the acclimation process, were assessed. Contrasted phenotypic and molecular responses were observed evidencing a significant environmental influence. Specifically, under the high metallic stress, a dwarfing response was observed, associated with a high level of metallothionein and a low level of hsp response. In addition, the level of DNA methyltransferase transcript abundance was inversely correlated with the level of MTE concentrations, highlighting that the chronic exposure to metallic contaminants would probably increase the risk of genetic mutations, such as those consecutive to transpositions. Overall, this study indicates that further in-depth research into the mechanisms driving plasticity and adaptive changes at the population level is required.
Published: 2020

5. Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov

Author: Bénédicte Ménez, Marianne Quéméneur, Céline Vandecasteele, Emna Zeghal, Anne Postec, Eléonore Frouin, Marc Garel, Gaël Erauso, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut de Physique du Globe de Paris (IPG Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-IPG PARIS-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-IPG PARIS-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Microbiology (medical), Firmicutes, Microorganism, Hydrostatic pressure, lcsh:QR1-502, oceanic crust, serpentinization, Atlantis Massif, 7. Clean energy, Microbiology, anaerobic culture, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Botany, Primary nutritional groups, 14. Life underwater, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 13. Climate action, Halotolerance, hydrostatic pressure, Fermentation, Proteobacteria, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, subseafloor
Abstract: International audience; Rock-hosted subseafloor habitats are very challenging for life, and current knowledge about microorganisms inhabiting such lithic environments is still limited. This study explored the cultivable microbial diversity in anaerobic enrichment cultures from cores recovered during the International Ocean Discovery Program (IODP) Expedition 357 from the Atlantis Massif (Mid-Atlantic Ridge, 30°N). 16S rRNA gene survey of enrichment cultures grown at 10–25°C and pH 8.5 showed that Firmicutes and Proteobacteria were generally dominant. However, cultivable microbial diversity significantly differed depending on incubation at atmospheric pressure (0.1 MPa), or hydrostatic pressures (HP) mimicking the in situ pressure conditions (8.2 or 14.0 MPa). An original, strictly anaerobic bacterium designated 70B-AT was isolated from core M0070C-3R1 (1150 meter below sea level; 3.5 m below seafloor) only from cultures performed at 14.0 MPa. This strain named Petrocella atlantisensis is a novel species of a new genus within the newly described family Vallitaleaceae (order Clostridiales, phylum Firmicutes). It is a mesophilic, moderately halotolerant and piezophilic chemoorganotroph, able to grow by fermentation of carbohydrates and proteinaceous compounds. Its 3.5 Mb genome contains numerous genes for ABC transporters of sugars and amino acids, and pathways for fermentation of mono- and di-saccharides and amino acids were identified. Genes encoding multimeric [FeFe] hydrogenases and a Rnf complex form the basis to explain hydrogen and energy production in strain 70B-AT. This study outlines the importance of using hydrostatic pressure in culture experiments for isolation and characterization of autochthonous piezophilic microorganisms from subseafloor rocks.
Published: 2019

6. Nanoplanktonic diatoms are globally overlooked but play a role in spring blooms and carbon export

Author: Leblanc, Karine, Quéguiner, Bernard, Diaz, Frédéric, Cornet, Véronique, Michel-Rodriguez, Mónica, Durrieu de Madron, Xavier, Bowler, Chris, Malviya, Shruti, Thyssen, Melilotus, Grégori, Gérald, Rembauville, Mathieu, Grosso, Olivier, Poulain, Julie, de Vargas, Colomban, Pujo-Pay, Mireille, Conan, Pascal, Laboratoire d'océanographie et de biogéochimie ( LOB ), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CYBELE, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens ( CEFREM ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) ( IBENS ), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -École normale supérieure - Paris ( ENS Paris ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines ( LMGEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Océanographie Microbienne ( LOMIC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de Séquençage (Genoscope) ( CNS ), Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques ( EPEP ), Adaptation et diversité en milieu marin ( ADMM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'océanographie biologique de Banyuls ( LOBB ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie et de biogéochimie (LOB), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique d'Evry (IG), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques (EPEP), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie biologique de Banyuls (LOBB), Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Poulain, Sébastien, and Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS)
Subjects: Chlorophyll, Diatoms, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Geologic Sediments, Geography, [SDV]Life Sciences [q-bio], Science, Cell Count, Article, Carbon, [SDV] Life Sciences [q-bio], Phytoplankton, Mediterranean Sea, DNA Barcoding, Taxonomic, lcsh:Q, Biomass, Seasons, lcsh:Science
Abstract: Diatoms are one of the major primary producers in the ocean, responsible annually for ~20% of photosynthetically fixed CO2 on Earth. In oceanic models, they are typically represented as large (>20 µm) microphytoplankton. However, many diatoms belong to the nanophytoplankton (2–20 µm) and a few species even overlap with the picoplanktonic size-class (, Diatoms are major oceanic primary producers, but some species belonging to the nano- and even picoplankton size are poorly characterized. Here the authors describe a massive spring bloom of the smallest known diatom in the Mediterranean Sea and reveal their general oversight at the global scale.
Published: 2018

7. Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure

Author: Frédéric A. C. Le Moigne, Kazuyo Tachikawa, Virginie Riou, Christian Tamburini, Chiara Santinelli, Dominique Lefèvre, Badr Al Ali, Stephanie Jacquet, Madeleine Goutx, J. Para, Catherine Guigue, Jean-Pierre Gattuso, Marc Garel, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines (LMGEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Istituto di Biofisica [Pisa] (IBF), Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GEOMAR - Helmholtz Centre for Ocean Research [Kiel] (GEOMAR), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Tishreen University, National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Helmholtz Centre for Ocean Research [Kiel] (GEOMAR), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CE, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines ( LMGEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Istituto di Biofisica, Area della Ricerca di Pisa, Via Moruzzi, 1, 56124 Pisa, Italy, Université du Québec, Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer ( OOVM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre européen de recherche et d'enseignement de géosciences de l'environnement ( CEREGE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Hydrostatic pressure, Alkalinity, Aquatic Science, Biology, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Water column, Total inorganic carbon, Organic matter, 14. Life underwater, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Emiliania huxleyi, chemistry.chemical_classification, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Atmospheric pressure, 010604 marine biology & hydrobiology, fungi, Geology, biology.organism_classification, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, Calcium carbonate, Oceanography, chemistry, 13. Climate action, Biological carbon pump, Mesopelagic, Mineral ballast, Coccolithophorid, Prokaryotes, Biodegradation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: In the deep ocean, fluxes of particulate organic carbon (POC) and calcium carbonate are positively correlated, suggesting that CaCO3 could increase sinking particle densities and/or protect the organic matter from degradation by prokaryotes, the so called "ballast effect". Here, we used the PArticle Sinking Simulator (PASS) system to investigate the effect of increasing pressure on the biodegradation of calcifying Emiliania huxleyi aggregates. Incubations were carried out over a period of 10 days, simulating the changes in temperature and pressure in the water column of the NW Mediterranean Sea. Aggregates sinking from a depth of 200 m to 1700 m (assuming an average sinking velocity of 150 m d(-1)) were exposed to a natural mesopelagic prokaryotic community collected from 200 m. In contrast to previous studies, where silicifying diatom aggregates were used, the calcifying E. huxleyi aggregates were found to be more sensitive to degradation with increasing hydrostatic pressure (relative to constant atmospheric pressure). This was confirmed by changes in lipid composition which suggested increased cell lysis. Changes in particulate inorganic carbon and total alkalinity indicated that CaCO3 dissolution might have been faster under pressure. Increased hydrostatic pressure also had a positive effect on particle aggregation, which may compensate for the effect of increased cell lysis. Our results imply that in coccolithophorid-dominated sinking aggregates, the ballasting and protection effects of coccoliths may collapse throughout the water column. The increased aggregation potential with pressure observed in these controlled conditions, may balance the loss of mineral ballast to a certain extent, although this needs to be confirmed in situ.
Published: 2018

8. Dynamics of particulate organic matter composition in coastal systems: Forcing of spatio-temporal variability at multi-systems scale

Author: Philippe Pineau, Aurore Gueux, Martine Bréret, Sophie Ferreira, Muriel Crouvoisier, Cédric Leroux, Pascal Claquin, Francois Dindinaud, Peggy Rimmelin-Maury, Camilla Liénart, Elsa Breton, Gaël Guillou, Pascal Conan, Mireille Pujo-Pay, Patrick Raimbault, Franck Petit, Béatrice Lauga, Emilie Grossteffan, Nicolas Susperregui, Michel Lafont, Paco Rodriguez Tress, Véronique Lagadec, Emmanuelle Sultan, Eric Maria, Pierre-Guy Sauriau, Yann Bozec, Julien Guillaudeau, Jézabel Lamoureux, Sandrine Geslin, Fabien Aubert, Orianne Jolly, Anne-Marie Corre, Nicolas Savoye, Maïa Durozier, Laurence Costes, Eric Feunteun, Sabrina Bichon, Stéphane L'Helguen, Eric Macé, Benoit Lebreton, Nicolas Lachaussée, Christophe Boinet, Valérie David, Vincent Marieu, Laure Mousseau, Jocelyne Caparros, Hervé Derriennic, Yolanda Del Amo, Vanessa Rouaud, Jean-Paul Lehodey, Sébastien Aubin, Robert Duran, Thierry Cariou, Nicole Garcia, Line Bourasseau, Pierre Ramond, Vincent Hanquiez, Eric Lecuyer, Jérémy Devesa, Antoine Nowaczyk, UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques de l'Environnement Côtier (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Station marine Dinard, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHImie Marine (CHIM), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeuro), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie et de biogéochimie (LOB), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches en environnement côtier (CREC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Institut des Milieux Aquatiques, PERMALA-LIGA, funded by the Aquitaine Regional Council, EC2CO-DRIL MOSLIT, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Dynamiques des Écosystèmes Côtiers (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Analytical, Environmental and Geo- Chemistry, Vrije Universiteit [Brussels] (VUB), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (LIENSs), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université de Lille-Université du Littoral Côte d'Opale-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeur0), Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Evolution des Systèmes Naturels et Modifiés (LESNM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre de recherche et d'enseignement des systèmes côtiers (CRESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), UMS 3113, Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO), Qualité des eaux et prévention des pollutions (UR QELY), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Station Marine, Université de Lille, Sciences et Technologies-PRES Université Lille Nord de France-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Universités, Centre d'Analyse et d'Intervention Sociologiques (CADIS), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EMBIO, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Biens, Normes, Contrats (LBNC), Avignon Université (AU), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Environmental forcing, Forcing (mathematics), Aquatic Science, 01 natural sciences, Water column, Particulate organic matter, Phytoplankton, medicine, Coastal systems, 14. Life underwater, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Trophic level, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, geography, geography.geographical_feature_category, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Geology, Estuary, Seasonality, medicine.disease, Meta-analysis, Oceanography, 13. Climate action, Benthic zone, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Sedimentary rock, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; In costal systems, particulate organic matter (POM) results from a multiplicity of sources having their respective dynamics in terms of production, decomposition, transport and burial. The POM pool experiences thus considerable spatial and temporal variability. In order to better understand this variability, the present study employs statistical multivariate analyses to investigate links between POM composition and environmental forcings for a panel of twelve coastal systems distributed along the three maritime regions of France and monitored weekly to monthly for 1 to 8 years.At multi-system scale, two main gradients of POC composition have been identified: a 'Continent-Ocean' gradient associated with hydrodynamics, sedimentary dynamics and depth of the water column, and a gradient of trophic status related to nutrient availability. At local scale, seasonality of POC composition appears to be station-specific but still related to part of the above-mentioned forcings. A typology of systems was established by coupling spatial and temporal variability of POC composition. Four groups were highlighted: (1) the estuarine stations where POC composition is dominated by terrestrial POM and driven by hydrodynamics and sedimentary processes, (2) the oligotrophic systems, characterized by the contribution of diazotrophs due to low nutrient availability, and the marine meso/eutroph systems whose POC composition is (3) either deeply dominated by phytoplankton or (4) dominated by phytoplankton but where the contribution of continental and benthic POC is not negligible and is driven by hydrodynamics, sedimentary processes and the height of the water column.Finally, the present study provides several insights into the different forcings to POM composition and dynamics in temperate coastal systems at local and multi-system scales. This work also presents a methodological approach that establishes statistical links between forcings and POM composition, helping to gain more objectively insight of forcings.
Published: 2018

9. Lipoxygenase-induced autoxidative degradation of terrestrial particulate organic matter in estuaries: A widespread process enhanced at high and low latitude

Author: Marie-Aimée Galeron, Suzanne E. Tank, Jean-François Rontani, Henrique O. Sawakuchi, Thomas S. Bianchi, Patricia M. Medeiros, Bruno Charrière, Philippe Kerhervé, John K. Volkman, Olivier Radakovitch, Nicolas D. Ward, Frédéric Vaultier, Centre européen de recherche et d'enseignement de géosciences de l'environnement ( CEREGE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CE, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Oceans and Atmosphere Flagship (CSIRO), CSIRO Oceans and Atmosphere Flagship, University of Florida [Gainesville], Pacific Northwest National Laboratory (PNNL), University of São Paulo (USP), University of Alberta, ANR-11-IDEX-0001-02/11-LABX-0061,OTMed,Objectif Terre : Bassin Méditerranéen(2011), ANR-11-IDEX-0001-02/11-IDEX-0001,AMIDEX,AMIDEX(2011), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Florida [Gainesville] (UF), ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP)
Subjects: 010504 meteorology & atmospheric sciences, Terrestrial organic matter, Lipoxygenase, Autoxidation, 010501 environmental sciences, Temperate and tropical zones, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Degradation, Arctic, Geochemistry and Petrology, Palmitoleic acid, Organic matter, 14. Life underwater, 0105 earth and related environmental sciences, chemistry.chemical_classification, Abiotic component, biology, Jasmonic acid, [ SDU.STU ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, 15. Life on land, Particulates, Salinity, chemistry, 13. Climate action, Environmental chemistry, [SDE]Environmental Sciences, biology.protein, Estuaries
Abstract: International audience; There exists a substantial amount of research on abiotic (e.g. photochemical) degradation pertaining to organic matter (OM) in the marine realm. While recent research has shown its importance in the degradation of terrestrial particulate OM (TPOM), the mechanisms involved in the induction of autoxidation in estuaries remain unclear. In this study, we propose for the first time the involvement of lipoxygenase (LOX) activity in the induction of autoxidation in mixed waters. The observation of unusual profiles of palmitoleic acid oxidation products and the presence of jasmonic acid in suspended particulate matter (SPM) collected close to the Rhone River, as well as in samples from the Mackenzie and Amazon rivers, is attributed to strong LOX activity. We show the role played by salinity in the induction of this LOX activity and provide an explanation for the differences in estuarine autoxidation level. At high latitude, lower temperatures and irradiance favor photooxidative damage to higher plant debris and, consequently, hydroperoxide production. High hydroperoxide content strongly contributes to LOX activation in mixed waters. The high resulting LOX activity enhances alkoxyl radical production and thus autoxidation. On the contrary, at low latitude, photooxidative effects are limited, and riverine autoxidation is favored. The higher hydroperoxide content of TPOM may, as a consequence, thereby also contribute to a high level of LOX activity and autoxidation in estuaries. In temperate zones, land and riverine photooxidative and autoxidative damage is limited, unlike estuaries where we observed significant LOX-induced and autoxidative damage. (c) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Published: 2018

10. Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals

Author: Marc Bally, Joaquim Garrabou, Marie La Riviere, Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona] ( ICM ), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] ( CSIC ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), MEB, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Fondation Total, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona] (ICM), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Total Foundation for Marine Biodiversity, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: Lineage (evolution), ved/biology.organism_classification_rank.species, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Aquatic Science, Oceanospirillales, 03 medical and health sciences, Eunicella singularis, Gorgonians, Mediterranean Sea, Hahellaceae, 14. Life underwater, Ribosomal DNA, 030304 developmental biology, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 0303 health sciences, Bacteria, biology, 030306 microbiology, ved/biology, Ecology, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, Terminal restriction fragment length polymorphism, Gorgonian, Host specificity, Eunicella cavolini, Corals, Eunicella, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: 12 pages, 4 figures, 1 table, Gorgonian corals serve as key engineering species within Mediterranean rocky-shore communities that have recently suffered from repeated mortality events during warm temperature anomalies. Among the factors that may link thermal conditions with disease outbreaks, a number of bacterial pathogens have been implicated; they may take advantage of decreases in the defenses and/or overall health of the gorgonian hosts. Considering the beneficial role of the resident bacteria in tropical coral holobionts, a detailed characterization of the gorgonian-associated microbial populations is required to better understand the relationships among native microbiota, host fitness, and pathogen susceptibility. In this study, the bacterial communities associated with three sympatric gorgonian species, Eunicella singularis, Eunicella cavolini, and Corallium rubrum, were investigated to provide insight into the stability and the specificity of host–microbe interactions. Natural variations in bacterial communities were detected using terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) of the 16S ribosomal DNA. No major differences were identified between individual colonies sampled in winter or in summer within each gorgonian species. Although hierarchical cluster analysis of the T-RFLP profiles revealed that the three species harbor distinct communities, comparison of the T-RFLP peaks indicated the presence of common bacterial ribotypes. From phylogenetic analysis of 16S rDNA clone libraries, we identified a bacterial lineage related to the Hahellaceae family within the Oceanospirillales that is shared among E. singularis, E. cavolini, and C. rubrum and that dominates the communities of both species of Eunicella. However, distinct clades of Hahellaceae are harbored by various gorgonian species from Mediterranean and tropical waters, suggesting that these bacteria have formed host-specific symbiotic relationships with gorgonian octocorals. In addition, the relatedness of symbionts from host species belonging to the same taxon but occurring in geographically remote areas is consistent with codivergence between gorgonians and their associated bacteria, This research was supported by the Total Foundation for Marine Biodiversit
Published: 2015

11. Dynamics of particulate organic matter composition in coastal systems: a spatio-temporal study at multi-systems scale

Author: Francois Dindinaud, Michel Lafont, Aurore Gueux, Benoit Lebreton, Christophe Boinet, Vincent Cornille, Gaël Guillou, Jocelyne Caparros, Martine Bréret, Jean-Paul Lehodey, Julien Guillaudeau, Pierre Richard, Fabien Aubert, Sabrina Bichon, Stéphane L'Helguen, Fabrice Garcia, Eric Maria, Laurence Costes, Yolanda Del Amo, Eric Macé, Nicolas Lachaussée, Sandrine Geslin, Pascal Riera, Gauthier Schaal, Elsa Breton, Emilie Grossteffan, Valérie David, Laure Mousseau, Emmanuelle Sultan, Pierre-Guy Sauriau, Karine Grangeré, Nicolas Savoye, Maïa Durozier, Nicole Garcia, Line Bourasseau, Eric Lecuyer, Olivier Crispi, Pascal Claquin, Michel Fornier, David Lemeille, Yann Bozec, Philippe Kerhervé, Franck Petit, Mireille Pujo-Pay, Cédric Leroux, Anne-Marie Corre, Marie Czamanski, Antoine Nowaczyk, Jérémy Devesa, Karine Charlier, Jézabel Lamoureux, Orianne Joly, Hervé Derriennic, Sébastien Aubin, Thierry Cariou, Peggy Rimelin-Maury, Vincent Hanquiez, Sébastien Lefebvre, Camilla Liénart, Patrick Raimbault, Eric Feunteun, Philippe Pineau, Sophie Ferreira, Muriel Crouvoisier, Pascal Conan, Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHImie Marine (CHIM), Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Station marine Dinard, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques (EFEB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches en environnement côtier (CREC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Université du Littoral Côte d'Opale-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (LIENSs), Centre de recherche et d'enseignement des systèmes côtiers (CRESCO), Harte Research Institute for Gulf of Mexico Studies, Texas A&M University [Corpus Christi], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), ESEO-GSII (GSII), ESEO-Tech, Université Bretagne Loire (UBL)-Université Bretagne Loire (UBL), CNRS 5320, Centre de Recherche Paul Pascal (CRPP), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeur0), Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Observatoire Volcanologique et Sismologique de Guadeloupe (OVSG), Institut de Physique du Globe de Paris, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université de Brest (UBO), EMBIO, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMS 3113, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO), Biologie des écosystèmes aquatiques (UR BELY), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Normandie Université (NU), Centre Émile Durkheim (CED), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques ( BOREA ), Université des Antilles ( UA ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques ( EPOC ), Observatoire aquitain des sciences de l'univers ( OASU ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CHImie Marine ( CHIM ), Adaptation et diversité en milieu marin ( ADMM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 ( LOG ), Université du Littoral Côte d'Opale-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Océanographie Microbienne ( LOMIC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 ( LIENSs ), Université de La Rochelle ( ULR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherche et d'enseignement des systèmes côtiers ( CRESCO ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens ( CEFREM ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Harte Research Institute for Gulf of Mexico Studies, Texas A&M University – Corpus Christi, Rongeurs Sauvages – Risques Sanitaires et Gestion des Populations, INRA, VetAgro Sup ( USC1233/RS2GP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques ( EFEB ), ESEO-GSII ( GSII ), PRES Université Nantes Angers Le Mans ( UNAM ) -PRES Université Nantes Angers Le Mans ( UNAM ), Centre de recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux ( UPR8641 ), Centre de Recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux ( EPOC ), Station biologique de Roscoff [Roscoff] ( SBR ), Nutrition et Neurobiologie intégrée ( NutriNeur0 ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, OVSG-IPGP, Observatoire Volcanologique et sismologique de la Soufrière de Guadeloupe, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Brest ( UBO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherches en environnement côtier ( CREC ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Biologie des écosystèmes aquatiques ( UR BELY ), CEMAGREF, Normandie Université ( NU ), Centre Émile Durkheim ( CED ), and Université de Bordeaux ( UB ) -Sciences Po-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: 0106 biological sciences, Mediterranean climate, 010504 meteorology & atmospheric sciences, chibido, Mixing model, Aquatic Science, 01 natural sciences, coastal systems, N ratio [C], C:N ratio, Water column, Particulate organic matter, Phytoplankton, Littoral zone, medicine, Coastal systems, Organic matter, 14. Life underwater, particulate organic matter, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, chemistry.chemical_classification, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, geography, geography.geographical_feature_category, C and N stable isotopes, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Geology, Estuary, Seasonality, mixing model, medicine.disease, meta-analysis, Oceanography, chemistry, 13. Climate action, Benthic zone, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, france
Abstract: International audience; In coastal systems, the multiplicity of sources fueling the pool of particulate organic matter (POM) leads to divergent estimations of POM composition. Eleven systems (two littoral systems, eight embayments and semi-enclosed systems and one estuary) distributed along the three maritime façades of France were studied for two to eight years in order to quantify the relative contribution of organic matter sources to the surface-water POM pool in coastal systems. This study was based on carbon and nitrogen elemental and isotopic ratios, used for running mixing models. The POM of the estuary is dominated by terrestrial material (93% on average), whereas the POM of the other systems is dominated by phytoplankton (84% on average). Nevertheless, for the latter systems, the POM composition varies in space, with 1) systems where POM is highly composed of phytoplankton (≥ 93%), 2) systems characterized by a non-negligible contribution of benthic (8 to 19%) and/or riverine (7 to 19%) sources, and 3) the Mediterranean systems characterized by the contribution of diazotroph organisms (ca. 14%). A continent-to-ocean gradient of riverine and/or benthic POM contribution is observed. Finally, time series reveal 1) seasonal variations of POM composition, 2) differences in seasonality between systems, and 3) an inshore-offshore gradient of seasonality within each system that were sampled at several stations. Spatial and seasonal patterns of POM composition are mainly due to local to regional processes such as hydrodynamics and sedimentary hydrodynamic (e.g. resuspension processes, changes in river flows, wind patterns influencing along-shore currents) but also due to the geomorphology of the systems (depth of the water column, distance to the shore). Future studies investigating the link between these forcings and POM composition would help to better understand the dynamics of POM composition in coastal systems.
Published: 2017

12. Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments

Author: Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Equipe Environnement et Microbiologie (EEM ), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), ANR-11-CESA-0006,DECAPAGE,Caractérisation des capacités de dégradation de communautés bactériennes de sédiments marins : adaptation, processus métaboliques et influence des régimes d'oxygénation(2011), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Health, Toxicology and Mutagenesis, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Microbial ecology, 11. Sustainability, Environmental Chemistry, Marine ecosystem, Ecosystem, 14. Life underwater, Microbial mat, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, 0303 health sciences, geography, geography.geographical_feature_category, 030306 microbiology, Ecology, Estuary, General Medicine, 15. Life on land, Pollution, 6. Clean water, chemistry, 13. Climate action, Salt marsh, Environmental science, Petroleum, Mangrove, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Coastal shorelines suffer a variety of pollution injuries from both sides, from the sea, predominantly by crude oil from shipping and offshore mining, and from the land, principally through agricultural practices, urban wastewaters, and industrial activities. As a result, multi-pollution hot spots are found along shorelines, especially in estuaries and harbors. Microbial communities have evolved to adapt their metabolism to the presence of multi-contaminants (Duran et al. 2008; Gillan et al. 2005; Iannelli et al. 2012; Kaci et al. 2014; SabadiniSantos et al. 2014; Wang and Tam 2012). However, hydrocarbon compounds and crude oil-derived products are the most abundant pollutants, the more spectacular source being oil spill as illustrated by the recent catastrophe of Deepwater Horizon in 2010, the largest oil spill so far observed (Atlas and Hazen 2011). Although they are frequently found at unacceptably high concentrations, hydrocarbons are natural compounds, and thus, most of them can be biodegraded by the collective catabolic diversity of microorganisms (Duran and Goni Urriza 2010; Head et al. 2006; Leahy and Colwell 1990; Miralles et al. 2007; Paisse et al. 2011; Paisse et al. 2010), particularly demonstrated in coastal marine ecosystems such as salt marshes with microbial mat structures (Bordenave et al. 2004a; Bordenave et al. 2008; Bordenave et al. 2007; Bordenave et al. 2004b), mangroves (Brito et al. 2009; Brito et al. 2006) and estuaries (Chronopoulou et al. 2013; Coulon et al. 2012). However, coastal marine sediments constitute particular ecosystems submitted to fluctuating oxygenation and redox conditions from the tidal cycles and burrowing activities of the macrofauna that in turn drive microbial degradation processes (Cravo-Laureau and Duran 2014). The biodegradation of hydrocarbon compounds in such oxic/anoxic oscillating environments still remains poorly understood (Cravo-Laureau et al. 2011; Cuny et al. 2011; Vitte et al. 2013; Vitte et al. 2011). The understanding of the particular microbes involved, their ecology, their genetic and enzymatic capacities, their interactions, as well as their functioning in the changing redox conditions, is crucial for the implementation of efficient bioremediation strategies (Goni-Urriza et al. 2013; McGenity 2014). The DECAPAGE project (ANR CESA-2011-006 01; http://ipremeem.univ-pau.fr/live/DECAPAGE), funded by the French National Agency for Research (ANR), was precisely devoted to understand the adaptation mechanisms driving the reorganization of bacterial communities in response to petroleum in coastal sediments. In this special issue, the scientists involved in the DECAPAGE project present their contribution for understanding the microbial ecology in hydrocarbon-polluted mudflat sediments. The special issue also includes articles from scientists involved in other projects and programs in order to enlarge the topic to diverse ecosystems, to different biological organization levels from microbial and macrobenthic communities to bacterial populations, and addressing remediation strategies as well. Thus, the 15 articles compiled in this special issue explore diverse facets of the microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments. The article of Acosta-Gonzalez et al. (2015) reviews the impact of the Prestige oil spill, an accident that occurred in 2002 at the Responsible editor: Philippe Garrigues
Published: 2015

13. Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus

Author: Jean-François Rontani, Patricia Bonin, Vincent Méjean, Frédéric Vaultier, Cécile Jourlin-Castelli, Rémi Amiraux, Morgan Petit, Valérie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, CE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: Shewanella, Light, Health, Toxicology and Mutagenesis, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Radiation Tolerance, Bacterial Adhesion, Microbiology, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Environmental Chemistry, Shewanella oneidensis, Carotenoid, Emiliania huxleyi, chemistry.chemical_classification, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Microbial Viability, Photolysis, biology, Singlet Oxygen, Roseovarius, Chemotaxis, fungi, Phytodetritus, Haptophyta, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Medicine, Roseobacter, biology.organism_classification, Pollution, chemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; The effects of singlet oxygen ((1)O2) transfer to bacteria attached on phytodetritus were investigated under laboratory-controlled conditions. For this purpose, a nonaxenic culture of Emiliania huxleyi in late stationary phase was studied for bacterial viability. Our results indicated that only 9 ± 3 % of attached bacteria were alive compared to 46 ± 23 % for free bacteria in the E. huxleyi culture. Apparently, under conditions of low irradiance (36 W m(-2)), during the culture, the cumulative dose received (22,000 kJ m(-2)) was sufficiently important to induce an efficient (1)O2 transfer to attached bacteria during the senescence of E. huxleyi cells. At this stage, attached bacteria appeared to be dominated by pigmented bacteria (Maribacter, Roseobacter, Roseovarius), which should resist to (1)O2 stress probably due to their high contents of carotenoids. After subsequent irradiation of the culture until fully photodegradation of chlorophyll, DGGE analyses showed that the diversity of bacteria attached to E. huxleyi cells is modified by light. Photooxidative alterations of bacteria were confirmed by the increasing amounts of cis-vaccenic photoproducts (bacterial marker) per bacteria observed during irradiation time. Interestingly, preliminary chemotaxis experiments showed that Shewanella oneidensis considered here as a model of motile bacteria was attracted by phytodetritus producing or not (1)O2. This lack of repulsive effects could explain the high mortality rate of bacteria measured on E. huxleyi cells.
Published: 2015

14. Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor

Author: Moktar Hamdi, Marie-Laure Fardeau, Cécile Militon, Olfa Hamdi, Patricia Bonin, Valérie Michotey, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), MEB, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Protein-rich effluent, Microbial diversity, Health, Toxicology and Mutagenesis, Sequencing batch reactor, [ SDV.BBM.BM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 010501 environmental sciences, Biology, Wastewater, 01 natural sciences, Water Purification, Industrial wastewater treatment, 03 medical and health sciences, Bioreactors, Biogas, Anaerobic digestion, [ SDV.EE.IEO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, Environmental Chemistry, Animals, Cooking, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, 0303 health sciences, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Waste management, Bacteria, Tuna, Chemical oxygen demand, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, General Medicine, biology.organism_classification, Pulp and paper industry, Pollution, 6. Clean water, Biodegradation, Environmental, Synergistetes, Sewage treatment, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Tuna effluent, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; Lab-scale 2L-anaerobic sequencing batch reactor was operated under mesothermic conditions. The degradation of protein-rich organic matter was determined by chemical oxygen demand, biogas production, and protein-removal activity over the operation. The structure of the microbial community was determined by qPCR and next-generation sequencing on 16S rRNA genes. At the steady state, a very efficient removal of protein (92 %) was observed. Our results demonstrate a decrease of archaeal and bacterial abundance over time. Members of the phylum Synergistetes, with a peculiar emphasis for those pertaining to families Dethiosulfovibrionaceae and Aminiphilaceae, are of major ecological significance regarding the treatment of this industrial wastewater. The prominent role to be played by members of the phylum Synergistetes regarding protein and/or amino acid degradation is discussed.
Published: 2015

15. Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France

Author: Bruno Arfib, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel, Pierre Rochette, Gabriel Doutre, Information génomique et structurale (IGS), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service National d'Observation sur le KARST (SNO Karst), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: Marseilleviridae, viruses, Zoology, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, submarine spring, Lausannevirus, Biology, Genome, 03 medical and health sciences, Paleontology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Spring (hydrology), Genetics, [SDU.STU.HY]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Hydrology, Molecular Biology, genome, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Whole genome sequencing, 0303 health sciences, geography, geography.geographical_feature_category, Brackish water, 030306 microbiology, megavirus, Submarine, karst, biology.organism_classification, Viruses, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Megavirus, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, brackish water
Abstract: Marseilleviridae is a rapidly expanding family of Acanthamoeba -infecting large DNA viruses distributed worldwide. We report here the complete 349-kbp genome sequence of Port-Miou virus, which is surprisingly close to that of Lausannevirus (isolated from the Seine River upstream from Paris, France), despite the strong dissimilarities of their sampling locations.
Published: 2015

16. Investigation of mechanistic formulations depicting phytoplankton dynamics for models of marine pelagic ecosystems and description of a new model

Author: Bernard Quéguiner, Christel Pinazo, Frédéric Diaz, Vincent Faure, Melika Baklouti, CYBELE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, PHOTOSYNTHESIS-IRRADIANCE RESPONSE, CHLOROPHYLL FLUORESCENCE, 0106 biological sciences, Biogeochemical cycle, Future studies, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, CARBON-CYCLE FEEDBACKS, ORGANIC NITROGEN RELEASE, Aquatic Science, Biology, 01 natural sciences, DINOFLAGELLATE PROROCENTRUM-MINIMUM, OCEANIC MIXED-LAYER, PHOTOSYSTEM-II, Phytoplankton, mechanistic formulations, Ecosystem, Marine ecosystem, 14. Life underwater, REPETITION-RATE FLUOROMETER, 0105 earth and related environmental sciences, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Nitrate uptake, 010604 marine biology & hydrobiology, NITRATE UPTAKE, Algal growth, Geology, Pelagic zone, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, Oceanography, 13. Climate action, pelagic marine ecosystems, phytoplankton, ecological modelling, NUTRIENT-UPTAKE
Abstract: International audience; Realistic modelling of marine ecosystems is necessary for improving our understanding of the ocean's biogeochemical state and for predicting their response to anthropic perturbations. An essential step in achieving this task is the use of mechanistic formulations to describe the biogeochemical processes involved in the dynamics of marine pelagic ecosystems. This study provides a review on some modelling strategies for some of the key processes involved in the dynamics of phytoplankton. It encompasses the most advanced work in terms of mechanistic understanding and, therefore, mainly deals with photosynthesis (including photoacclimation and photoinhibition), respiration, and nutrient uptake (including multi-limitation of algal growth by nutrients). We highlight, that in many ecosystem models, phytoplankton processes are still described more or less empirically, mainly due to a lack of biochemical knowledge, or if a mechanistic formulation exists, the parameters are often difficult to assess experimentally. As a result of this investigation, a preliminary structure for a generic phytoplankton model is delivered in the last section of this paper. This model includes a mechanistic representation of photosynthesis/photoinhibition based on photosystem II status, as well as new formulations for photoacclimation and dissolved organic matter exudation processes. The model sensitivity analysis with regard to its parameters and a comparison with chemostat experimental data are presented in a companion paper [Baklouti, M., Faure, V., Pawlowski, L., Sciandra, A., 2006. Investigation and sensitivity analysis of a mechanistic phytoplankton model implemented in a new modular numerical tool (Eco3M) dedicated to biogeochemical modelling. Progress in Oceanography]. Finally, this new class of multi-element, multi-species phytoplankton models will provide the basis for future studies on ecosystem modelling. (C) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Published: 2006

17. Interannual control of plankton communities by deep winter mixing and prey/predator interactions in the NW Mediterranean: results from a 30-year 3D modeling study

Author: Caroline Ulses, Samuel Somot, Lars Stemmann, Frédéric Diaz, Claude Estournel, Pierre-Amaël Auger, Laboratoire d'aérologie - LA ( LA ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Groupe d'étude de l'atmosphère météorologique ( CNRM-GAME ), Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Météo France-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CYBELE, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'aérologie (LAERO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'étude de l'atmosphère météorologique (CNRM-GAME), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Météo France-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre national de recherches météorologiques (CNRM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Mediterranean climate, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, predator-prey interactions, interannual variability, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Aquatic Science, North-Western Mediterranean Sea, plankton ecosystem, vertical mixing, [SDU.STU.GC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, Phytoplankton, Photic zone, 14. Life underwater, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Trophic level, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Biomass (ecology), [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, winter convection, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Geology, modeling, Spring bloom, Plankton, [ SDU.STU.GC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, Oceanography, 13. Climate action, [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, Environmental science, Upwelling, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [ SDU.STU.CL ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, primary production
Abstract: International audience; A realistic modeling approach is designed to address the role of winter mixing on the interannual variability of plankton dynamics in the north-western (NW) Mediterranean basin. For the first time, a high-resolution coupled hydrodynamic-biogeochemical model (Eco3m-S) covering a 30-year period (1976-2005) is validated on available in situ and satellite data for the NW Mediterranean. In this region, cold, dry winds in winter often lead to deep convection and strong upwelling of nutrients into the euphotic layer. High nutrient contents at the end of winter then support the development of a strong spring bloom of phytoplankton. Model results indicate that annual primary production is not affected by winter mixing due to seasonal balance (minimum in winter and maximum in spring). However, the total annual water column-integrated phytoplankton biomass appears to be favored by winter mixing because zooplankton grazing activity is low in winter and early spring. This reduced grazing is explained here by the rarefaction of prey due to both light limitation and the effect of mixing-induced dilution on prey/predator interactions. A negative impact of winter mixing on winter zooplankton biomass is generally simulated except for mesozooplankton. This difference is assumed to stem from the lower parameterized mortality, top trophic position and detritivorous diet of mesozooplankton in the model. Moreover, model suggests that the variability of annual mesozooplankton biomass is principally modulated by the effects of winter mixing on winter biomass. Thus, interannual variability of winter nutrient contents in the euphotic layer, resulting from winter mixing, would control spring primary production and thus annual mesozooplankton biomass. Our results show a bottom-up control of mesozooplankton communities, as observed at a coastal location of the Ligurian Sea.
Published: 2014

18. A Mechanistic Individual-Based Model of the Feeding Processes for Oikopleura dioica

Author: VAUGEOIS , Maxime, DIAZ , Frederic, CARLOTTI , Francois, CYBELE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie Marine et BIOdiversité (EMBIO), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and EMBIO
Subjects: [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Science, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Models, Biological, Eating, Feces, [SDU.STU.GC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, Animals, Computer Simulation, Urochordata, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, digestive, oral, and skin physiology, Feeding Behavior, [ SDU.STU.GC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, Intestinal Absorption, Food, [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, Medicine, [ SDU.STU.CL ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Research Article
Abstract: A mechanistic physiological model of the appendicularian Oikopleura dioica has been built to represent its three feeding processes (filtration, ingestion and assimilation). The mathematical formulation of these processes is based on laboratory observations from the literature, and tests different hypotheses. This model accounts for house formation dynamics, the food storage capacity of the house and the gut throughput dynamics. The half-saturation coefficient for ingestion resulting from model simulations is approximately 28 [Formula: see text] and is independent of the weight of the organism. The maximum food intake for ingestion is also a property of the model and depends on the weight of the organism. Both are in accordance with data from the literature. The model also provides a realistic representation of carbon accumulation within the house. The modelled half-saturation coefficient for assimilation is approximately 15 [Formula: see text] and is also independent of the weight of the organism. Modelled gut throughput dynamics are based on faecal pellet formation by gut compaction. Model outputs showed that below a food concentration of 30 [Formula: see text], the faecal pellet weight should represent a lower proportion of the body weight of the organism, meaning that the faecal pellet formation is not driven by gut filling. Simulations using fluctuating environmental food availability show that food depletion is not immediately experienced by the organism but that it occurs after a lag time because of house and gut buffering abilities. This lag time duration lasts at least 30 minutes and can reach more than 2 hours, depending on when the food depletion occurs during the house lifespan.
Published: 2013

19. Impact of atmospheric and oceanic interannual variability on the Northwestern Mediterranean Sea pelagic planktonic ecosystem and associated carbon cycle

Author: Herrmann, Marine, DIAZ, Frederic, Estournel, Claude, Marsaleix, Patrick, Ulses, Caroline, Echanges Côte-Large (ECOLA), Laboratoire d'études en Géophysique et océanographie spatiales (LEGOS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), CYBELE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Laboratoire d'aérologie (LA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ECOLA LEGOS, Laboratoire d'études en Géophysique et océanographie spatiales ( LEGOS ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Centre National d'Etudes Spatiales ( CNES ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Centre National d'Etudes Spatiales ( CNES ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'aérologie - LA ( LA ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'aérologie (LAERO), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, pelagic ecosystems, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, coupled physical-biogeochemical modeling, interannual variability, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, fungi, [ SDU.STU.GC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, deep convection, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, [SDU]Sciences of the Universe [physics], [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, [SDU.STU.GC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geochemistry, carbon cycle, [ SDU.STU.CL ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, planktonic, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography
Abstract: International audience; The Northwestern Mediterranean Sea (NWMS) is one of the most productive areas of the Mediterranean Sea. The NWMS pelagic planktonic ecosystem is strongly influenced by hydrodynamics, in particular winter deep convection. Here, we investigate the response of this ecosystem and associated carbon cycle to oceanic and atmospheric winter conditions interannual variability. For that we developed a tridimensional coupled physical-biogeochemical model, ran annual simulations forced by XXth climate conditions and performed statistical and budget analysis.Our coupled model reproduces correctly the seasonal evolution of the NWMS pelagic planktonic ecosystem. It however overestimates the contribution of nanophytoplankton to the total phytoplanktonic biomass and GPP, underestimates the bacteria biomass and represents the spring bloom with 1 month delay. Our results confirm that the control of phytoplanktonic development and bacteria growth by the phosphorus availability is a marked specificity of the NWMS, that is, temporally reduced by deep convection. They confirm the relevance of the Behrenfeld (2010) hypothesis in explaining the bloom dynamics. The variability of the winter atmospheric conditions induces differences of vertical mixing and water temperature that propagate into the whole NWMS ecosystem through a chain of relationships. The high frequency filtering associated with averaging diagnostics explains that this variability seems weak at the NWMS scale. However for most of the variables and processes, differences induced by the winter atmospheric variability are significant at the annual scale. Net metabolism and deep carbon export are systematically positive and show larger variabilities related, respectively, to the water temperature and convection intensity.
Published: 2013

20. Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin

Author: Lakhal, R, PRADEL, Nathalie, POSTEC, Anne, Hamdi, M, Ollivier, Bernard, Godfroy, Anne, FARDEAU, Marie Laure, MEB, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSAT, Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie [Tunis] (INSAT), Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut National des Sciences Appliquées et de Technologie [Tunis] ( INSAT ), Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles ( LM2E ), and Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER )
Subjects: [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: A novel obligately anaerobic, non-spore-forming, rod-shaped mesophilic, halophilic bacterium staining Gram-negative, was isolated from sediments of Guaymas basin. The strain, designated Ra1766G1T, grew at 20-40 °C (optimum 30-35 °C) and at pH 6.0-8.0 (optimum pH 6.5-7.5). It required 0.5%-7.5% NaCl (optimum 2%-3%) for growth. Sulfate, thiosulfate, elemental sulfur, sulfite, fumarate, nitrate and nitrite were not used as terminal electron acceptors. Strain Ra1766G1T used cellobiose, glucose, mannose, maltose, arabinose, raffinose, galactose, ribose, saccharose, pyruvate and xylose as electron donors. The main fermentation product from glucose metabolism was acetate. The predominant cellular fatty acids were anteiso-C15:0, iso-C15:0, anteiso DMA-C15:0 and C16:0. The main polar lipids consisted of diphosphatiglycerol, phosphatidylglycerol, glycolipids and phospholipids.The G+C content of the genomic DNA was 31.2 mol%. The closest phylogenetic relatives of Ra1766G1T were Natranaerovirga pectinivoraT (92.4% similarity), Natranaerovirga hydrolytica (90.2% similarity) and Defluviitalea saccharophilaT (88.9% similarity). On the basis of phylogenetic inference and phenotypic properties, strain Ra1766G1T (= DSM 24848T = JCMT= 16313) is proposed as the type strain of a novel species of a novel genus, Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov.
Published: 2013

21. Towards a simplification of models using regression trees

Author: Melika Baklouti, David Nerini, Yoan Eynaud, Jean-Christophe Poggiale, Ecologie Marine et BIOdiversité (EMBIO), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), EMBIO, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Mathematical optimization, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Computer science, Dynamic energy budget, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [ MATH.MATH-DS ] Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], Biomedical Engineering, Biophysics, Bioengineering, Machine learning, computer.software_genre, 01 natural sciences, Biochemistry, model complexity reduction, Biomaterials, Research Articles, 0105 earth and related environmental sciences, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Basis (linear algebra), Ecology, Estimation theory, business.industry, 010604 marine biology & hydrobiology, criteria of model performance, Regression analysis, regression trees, Models, Theoretical, Regression, Range (mathematics), [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, cost function, Line (geometry), Regression Analysis, Artificial intelligence, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, parameter estimation, computer, Regression diagnostic, Biotechnology
Abstract: International audience; Over-parametrization in modelling is a well-known issue that makes it hard to identify which part of a model is responsible for a given behaviour. In line with that ascertainment, this work presents the outline of an empirical method to simplify models by decreasing the number of parameters. By using regression trees to classify outputs according to related input parameters, the method provides the modeller with an objective tool to reduce the range of the used parameters and, under certain conditions, to establish relations between them. Thereby, the complexity of the model is reduced on the basis of mathematical arguments. As an example, a dynamic energy budget-based model of a mesopelagic bacterial ecosystem is simplified using the presented method. The main benefits of such a method are thus highlighted: (i) more robust parameter estimations; (ii) less complex formulations; and (iii) fewer modelling assumptions. To conclude, the difficulties encountered are discussed, and several solutions are proposed to deal with them.
Published: 2013

22. Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea

Author: Marc Bally, Marie Roumagnac, Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Ecologie Marine et BIOdiversité (EMBIO), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona] (ICM), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), ANR-05-BDIV-0005,MEDchange,Evolution et conservation de labiodiversité marine face au changement global : le cas des communautés à dominance d'espèces longévives de Méditerranée(2005), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EMBIO, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona] ( ICM ), and Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Spain] ( CSIC )
Subjects: Coral reefs, ved/biology.organism_classification_rank.species, Biodiversity, Marine and Aquatic Sciences, lcsh:Medicine, Ribotyping, Mediterranean sea, Global Change Ecology, RNA, Ribosomal, 16S, lcsh:Science, Phylogeny, 0303 health sciences, Multidisciplinary, geography.geographical_feature_category, Ecology, biology, Marine Ecology, Coral reef, Anthozoa, Polymerase chain reaction, Gorgonian, Ribosomal RNA, Corals, Polymorphism, Restriction Fragment Length, Research Article, Microbial Consortia, Marine Biology, Microbiology, Microbial Ecology, 03 medical and health sciences, Mediterranean Sea, Temperate climate, Animals, Table (landform), 14. Life underwater, Symbiosis, Biology, Ecosystem, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Gene Library, 030304 developmental biology, geography, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, 030306 microbiology, ved/biology, lcsh:R, Denaturing gradient gel electrophoresis, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Earth Sciences, lcsh:Q, Bacterial pathogens, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Paramuricea clavata, Cloning
Abstract: 14 pages, 6 figures, 1 table, supporting information in https://doi.org/10.1371/journal.pone.0057385.s001, Background: Bacterial communities that are associated with tropical reef-forming corals are being increasingly recognized for their role in host physiology and health. However, little is known about the microbial diversity of the communities associated with temperate gorgonian corals, even though these communities are key structural components of the ecosystem. In the Northwestern Mediterranean Sea, gorgonians undergo recurrent mass mortalities, but the potential relationship between these events and the structure of the associated bacterial communities remains unexplored. Because microbial assemblages may contribute to the overall health and disease resistance of their host, a detailed baseline of the associated bacterial diversity is required to better understand the functioning of the gorgonian holobiont. Methodology/Principal Findings: The bacterial diversity associated with the gorgonian Paramuricea clavata was determined using denaturing gradient gel electrophoresis, terminal-restriction fragment length polymorphism and the construction of clone libraries of the bacterial 16S ribosomal DNA. Three study sites were monitored for 4 years to assess the variability of communities associated with healthy colonies. Bacterial assemblages were highly dominated by one Hahellaceae-related ribotype and exhibited low diversity. While this pattern was mostly conserved through space and time, in summer 2007, a deep shift in microbiota structure toward increased bacterial diversity and the transient disappearance of Hahellaceae was observed. Conclusion/Significance: This is the first spatiotemporal study to investigate the bacterial diversity associated with a temperate shallow gorgonian. Our data revealed an established relationship between P. clavata and a specific bacterial group within the Oceanospirillales. These results suggest a potential symbiotic role of Hahellaceae in the host-microbe association, as recently suggested for tropical corals. However, a transient imbalance in bacterial associations can be tolerated by the holobiont without apparent symptoms of disease. The subsequent restoration of the Hahellaceae-dominated community is indicative of the specificity and resilience of the bacteria associated with the gorgonian host. © 2013 La Rivière et al., This work was supported by the French National Agency for Research (ANR; http://www.agence-nationale-recherche.fr/en/) (MEDCHANGE ANR Project) and the Total Foundation (http://fondation.total.com/) (MAGIC3 Project; http://www.magic3-project.com)
Published: 2013

23. The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus

Author: Matthieu Pophillat, Patricia Lenoble, Emmanuel Talla, Boyang Ji, Gregory Gimenez, Marc Garel, Alain Dolla, Nathalie Pradel, Régine Lebrun, Yann Denis, Valérie Barbe, Patrick Fourquet, Philippe N. Bertin, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), MEB, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Laboratoire de chimie bactérienne (LCB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche en Biologie et Epidémiologie Parasitaires, Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique d'Evry (IG), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Microbiologie de la Méditerranée (IMM), Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de chimie bactérienne ( LCB ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Proteomics, Proteome, Hydrostatic pressure, lcsh:Medicine, Outer membrane proteins, Biochemistry, Microbial Physiology, Aspartic acid, Asparagine, Amino Acids, lcsh:Science, Alanine, chemistry.chemical_classification, Genetics, 0303 health sciences, Multidisciplinary, Sulfates, Genomics, Adaptation, Physiological, Lipids, Functional Genomics, Amino acid, Atmospheric Pressure, Multigene Family, Desulfovibrio, Biological transport, Oxidation-Reduction, Research Article, Oceans and Seas, Marine Biology, Biology, Biosynthesis, Microbiology, Microbial Ecology, 03 medical and health sciences, Extremophiles, Protein metabolism, Species Specificity, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Pressure, 14. Life underwater, 030304 developmental biology, Comparative genomics, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 030306 microbiology, lcsh:R, Proteins, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, chemistry, lcsh:Q, Energy Metabolism, Protein Abundance
Abstract: Desulfovibrio piezophilus strain C1TLV30(T) is a piezophilic anaerobe that was isolated from wood falls in the Mediterranean deep-sea. D. piezophilus represents a unique model for studying the adaptation of sulfate-reducing bacteria to hydrostatic pressure. Here, we report the 3.6 Mbp genome sequence of this piezophilic bacterium. An analysis of the genome revealed the presence of seven genomic islands as well as gene clusters that are most likely linked to life at a high hydrostatic pressure. Comparative genomics and differential proteomics identified the transport of solutes and amino acids as well as amino acid metabolism as major cellular processes for the adaptation of this bacterium to hydrostatic pressure. In addition, the proteome profiles showed that the abundance of key enzymes that are involved in sulfate reduction was dependent on hydrostatic pressure. A comparative analysis of orthologs from the non-piezophilic marine bacterium D. salexigens and D. piezophilus identified aspartic acid, glutamic acid, lysine, asparagine, serine and tyrosine as the amino acids preferentially replaced by arginine, histidine, alanine and threonine in the piezophilic strain. This work reveals the adaptation strategies developed by a sulfate reducer to a deep-sea lifestyle.
Published: 2013

24. Modelling ocean-lagoon interaction during upwelling processes in the South West of New Caledonia

Author: Antoine Mangin, Marion Fraysse, Pascal Douillet, Cécile Dupouy, Rosalie Fuchs, Christel Pinazo, Christian Grenz, OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CE, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Mesoscale meteorology, Aquatic Science, Oceanography, 01 natural sciences, symbols.namesake, New Caledonia, wind-driven coastal upwelling, Lagrangian transport, Ocean colour, 14. Life underwater, Reef, 0105 earth and related environmental sciences, geography, ocean-lagoon cross-shore processes, geography.geographical_feature_category, 010604 marine biology & hydrobiology, 3D coupled physical-biogeochemical model, Lagrangian transport ocean-lagoon cross-shore processes, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, 3D coupled physical-biogeochemical model wind-driven coastal upwelling, Climatology, symbols, Upwelling, Geology, Lagrangian
Abstract: International audience; Since 2005, wind-driven 'sporadic' coastal upwelling events have been identified off the southwestern reef of New Caledonia. Several studies have described the main physical processes and induced surface patterns using 1D and 3D modelling, as well as in situ measurements. Previous models were applied at the mesoscale without taking into account the lagoon. Using a recently developed 3D coupled physical-biogeochemical model that considers the complex ocean-lagoon interface, we aim to understand better the impact of the upwelling on the lagoon. The model was found to be in good agreement with measured data reported in previous publications about two upwelling events. However, in general, levels of surface chlorophyll-a were overestimated by the model in the upwelling area when compared to ocean colour data and several hypotheses have been proposed to explain the discrepancy. We then tracked rich upwelled water using a forward Lagrangian transport analysis. Upwelled waters from the upper nutricline were found to be able to reach the South West lagoon. An anti-cyclonic eddy was detected near the upwelling area, potentially responsible, in part, for the rich water intrusions into the lagoon.
Published: 2013

25. Benthic pelagic coupling in a shallow oligotrophic ecosystem: Importance of microphytobenthos and physical forcing

Author: Olivier Pringault, Christel Pinazo, Sébastien Hochard, Emma Rochelle-Newall, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Ecosystèmes lagunaires : organisation biologique et fonctionnement (ECOLAG), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), OPLC, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Biogéochimie et écologie des milieux continentaux (Bioemco), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), EC2CO PNEC Chantier Nouvelle-Calédonie - Zoneco, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Nutrient cycle, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, 01 natural sciences, Modelling, Water column, Nutrient, New Caledonia, Phytoplankton, 14. Life underwater, 0105 earth and related environmental sciences, ecosystem, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, Ecological Modeling, fungi, Microphytobenthos, Sediment, Pelagic zone, Oligotrophic shallow, Bacterioplankton, Benthic pelagic coupling Microphytobenthos Oligotrophic shallow ecosystem Modelling Physical forcing New Caledonia, 6. Clean water, Oceanography, Benthic zone, Physical forcing, Environmental science, Benthic pelagic coupling
Abstract: MIO:12-072; International audience; In coral reef lagoons, microphytobenthos (MPB) primary production can be of the same order of magnitude as coral or macroalgal production. As they are situated in oligotrophic waters, sediments receive low amount of allochtonous nutrients, and their high metabolism cannot be achieved without an efficient nutrient recycling. In oligotrophic environments nutrient exchange between sediments and the water column is considered to be low. However, physical forcing that disturbs the sediment interface may accelerate nutrient exchange. The objectives of this work were to: (i) characterize the benthic trophic status and associated nutrient diffusion fluxes as a function of terrestrial and anthropogenic influence and (ii) investigate the impact of physical forcing on the exchanges at the interface and the response of the water column. For that purpose, a multidisciplinary study was performed in the southwest lagoon of New Caledonia combining field survey, laboratory experiments and mathematical modelling. The field survey indicated that most of the lagoon sediments were autotrophic and presented negligible nutrient fluxes. This suggests an apparent decoupling between the sediment and the water column as long as diffusion is the dominant nutrient exchange mode process. This was confirmed by experimental ex situ incubations that showed bacterial production in the water column was not affected by the presence of sediment. The modelling approach showed that physical forcing, such as sediment erosion or wave driven pore water advection, might enhance the coupling between the sediment and the water column through the release of nutrients and organic matter leading to the stimulation of the bacterioplankton and phytoplankton compartments.
Published: 2012

26. Transport sédimentaire et morphodynamique en zone littorale

Author: Vincent Rey, Damien Sous, OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Stéphane Bonelli, Pin, Thierry, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH] Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], [SDU.STU.GP]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [ SPI.MAT ] Engineering Sciences [physics]/Materials, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], [SPI.MAT] Engineering Sciences [physics]/Materials, [SDU.STU.OC] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, [ SDU.STU.GP ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [ PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], [SDU.STU.GP] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography
Abstract: Transport sédimentaire et morphodynamique en zone littorale
Published: 2012

27. Modelling the impact of a La Niña event on a South West Pacific Lagoon

Author: Cécile Dupouy, Christel Pinazo, Rosalie Fuchs, Antoine Mangin, Matthieu Caillaud, Pascal Douillet, LOPC, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Biogeochemical cycle, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, La Nina, Fresh Water, Forcing (mathematics), Aquatic Science, Oceanography, Coral reef lagoon, Seawater, Precipitation, El Nino-Southern Oscillation, geography, geography.geographical_feature_category, Pacific Ocean, Ocean current, Biogeochemistry, Coral reef, Models, Theoretical, Pollution, Plume, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, La Niña, 3D coupled model, Freshwater inputs, Hydrodynamics, Environmental science, Seasons, Environmental Monitoring
Abstract: In view of increasing environmental awareness and biodiversity conservation, understanding the main forcing mechanism driving biogeochemical cycles in coral reefs and lagoon coastal areas is a priority. La Niña events cause unbalanced situations in the Equatorial Pacific and result in enhanced precipitation in South West Pacific coastal areas. We investigated the impact of heavy rainfalls during the 2008 La Niña event on the New Caledonia lagoon using a 3D coupled on-line hydrodynamic-biogeochemical model. Simulations and data showed that the whole lagoon was impacted by river inputs and stronger hydrodynamics, enhancing chlorophyll-a concentration by a factor between 1.7 and 1.9. The coupled model provided new insights into plume transport, highlighting that eastern plumes can be advected northwards or can reach the South West Lagoon, depending on the balance between regional, tide-induced, and wind-induced surface currents. It also provided a synoptic view of lagoon biogeochemical-hydrodynamic response, when remote sensing data are not available due to cloud coverage.
Published: 2012

28. Waveform design based on Phase Conjugation and Time Reversal

Author: Frédéric Barbaresco, Sebastien Pioch, Marc Saillard, Marc Lesturgie, Lucio Bellomo, OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Thales Research and Technology [Palaiseau], THALES, ONERA - The French Aerospace Lab ( Chatillon ), ONERA, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), THALES [France], ONERA - The French Aerospace Lab [Châtillon], ONERA-Université Paris Saclay (COmUE), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: Engineering, business.industry, [SPI.TRON]Engineering Sciences [physics]/Electronics, [ SPI.TRON ] Engineering Sciences [physics]/Electronics, Antenna array, [SPI.ELEC]Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Matrix (mathematics), Range (mathematics), Signal-to-noise ratio, Computer Science::Graphics, Electronic engineering, Multistatic radar, [ SPI.ELEC ] Engineering Sciences [physics]/Electromagnetism, Waveform, business, Phase conjugation, Digital array, Physics::Atmospheric and Oceanic Physics
Abstract: The recent development of the full digital array technology paves the way to the design of multistatic RADAR systems relying on agile waveforms at emission. This new paradigm fits perfectly with the concept of phase conjugation (or time reversal if applied to large-band data). This technique allows indeed to adaptively build a wave focusing onto a target, leading to an improvement in detection range or in search time as compared to classical approaches. The DORT method, issued from phase conjugation, even permits to detect multiple targets from the knowledge of the multistatic matrix of the antenna array. Based on both a theoretical analysis and an experimental proof provided here, it appears that these methods appear as very promising, especially for cueing and ultra-fast reacquisition modes where the phase conjugation/DORT SNR requirements are more easily fulfilled.
Published: 2012

29. Shoreline and upper beach dynamics under extreme events: the KUNSHEN experiment (Wan Tzu Liao barrier, Taiwan)

Author: Frédéric Bouchette, Damien Sous, Hwung-Hweng Hwung, Tsung-Yih Lin, Ying-Chih Wu, Samuel Meulé, Lucie Campmas, Vincent Rey, François Sabatier, Georgios Sylaios, Jiing-Yih Liou, Centre européen de recherche et d'enseignement des géosciences de l'environnement (CEREGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Collège de France (CdF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Géosciences Montpellier, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Cheng Kung University (NCKU), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratory of Ecological Engineering & Technology [Xanthi], Democritus University of Thrace (DUTH), Risques (Géosciences Montpellier), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Risques, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre européen de recherche et d'enseignement de géosciences de l'environnement ( CEREGE ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Collège de France ( CdF ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Risques ( Géosciences Montpellier ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), thl, Université du Québec, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratory of Ecological Engineering & Technology, Department of Environmental Engineering, University of Thrace, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratory of Ecological Engineering and Technology, Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Collège de France (CdF (institution))-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Collège de France (CdF (institution))-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Taiwan, Submersion (coastal management), Winter storm, 01 natural sciences, Preliminary analysis, [SPI.MECA.MEFL]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], Barrier island, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Fluid mechanics [physics.class-ph], Submersion, 14. Life underwater, Typhoon, Transect, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Shore, Hydrology, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, geography, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, geography.geographical_feature_category, [PHYS.MECA.MEFL]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of the fluids [physics.class-ph], [ PHYS.MECA.MEFL ] Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of the fluids [physics.class-ph], Extreme events, 13. Climate action, [ SPI.MECA.MEFL ] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph]/Fluids mechanics [physics.class-ph], Geology
Abstract: Barrier island hydro-morphodynamics driven by typhoon events are the major concern of the project KUNSHEN (2011-2014). It aims at providing for a deep understanding of the peculiar dynamics of sand barriers where extreme events such as typhoons have a significant impact. We present the campaigns and the protocols achieved and planned in the project, on the Wan-tzu-liao sand barrier, Cigu Lagoon, Tainan, Taiwan, from October 2011 to January 2012, during the winter storm season and during summer 2012 during the typhoon season. A set of current profilers are deployed along a cross shore transect at 7, 4 and 2 meters deep. On the Wan-tzu-liao sand barrier, 3 columns of 3 pressiometers are deployed to survey the submersion. In the same time, morphological surveys are performed on the sand barrier with DGPS to analyse any change in the shoreline position, the beach slope, and the dynamics of sand beach features. A very preliminary analysis on these on-going field surveys suggests that the word "extreme" refers more to the consequence of the forcing on the sand barrier than the intensity of the forcing itself. The strategy developed in this first step will be refined to survey the next typhoon season, from May 2012 to October 2012.
Published: 2012

30. Origin and degradation of lipids in aeolian particles from a coastal area of the north-western Mediterranean Sea

Author: Bruno Charrière, Richard Sempéré, Jean-François Rontani, Patrick Raimbault, Frédéric Vaultier, Nicole Garcia, CE, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Atmospheric Science, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Autoxidation, Bacterial degradation, food and beverages, Aeolian particles North-western Mediterranean Sea Lipids Higher plant debris Biotic and abiotic degradation Autoxidation Photooxidation Bacterial degradation, 010501 environmental sciences, 15. Life on land, 01 natural sciences, Abiotic degradation, Mediterranean sea, 13. Climate action, Lipid content, Botany, Soil water, Aeolian processes, Degradation (geology), 14. Life underwater, Geology, 0105 earth and related environmental sciences, General Environmental Science
Abstract: The lipid content of eight samples of aeolian particles collected on the Frioul Islands (north-western Mediterranean Sea) during the year 2010 was investigated. Lipid analyses indicated a significant contribution of terrestrial higher plant debris to some of the samples, while meat cooking residues were also found. Specific degradation products of sterols and monounsaturated fatty acids were employed to assess the importance of biotic and abiotic degradation processes on land and during aeolian transport. Degradation of higher plant lipids on land appears to involve Type II (i.e., singlet oxygen-mediated) photooxidation during senescence and bacterial degradation processes in soils, while during aeolian transport this terrestrial material mainly undergoes autoxidation and/or Type I (i.e., radical-mediated) photooxidation and is relatively well preserved towards bacterial degradation. In contrast, bacteria play a significant role in the degradation of meat cooking residues in these particles.
Published: 2012

31. Rough surface scattering at low-grazing incidence : A dedicated model

Author: Marc Saillard, Gabriel Soriano, OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), SEMO ( SEMO ), Institut FRESNEL ( FRESNEL ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Ecole Centrale de Marseille ( ECM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Ecole Centrale de Marseille ( ECM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SEMO (SEMO), Institut FRESNEL (FRESNEL), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maire, Guillaume, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: Surface (mathematics), [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS] Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], X-ray optics, 02 engineering and technology, Method of moments (statistics), 01 natural sciences, Electromagnetic radiation, law.invention, 010309 optics, Optics, law, 0103 physical sciences, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 14. Life underwater, Radar, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Incidence (geometry), Physics, [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS]Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], [ PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS ] Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], business.industry, Scattering, 020206 networking & telecommunications, Computational physics, Boundary integral equations, business
Abstract: The problem of scattering of electromagnetic waves from randomly rough surfaces illuminated at grazing incidence is addressed. A boundary integral equation is proposed, which, combined with the method of moments, allows an accurate estimation of the very low scattering cross-sections encountered in such conditions. This model is used as a tool to check the validity of approximate theories to predict the radar cross-section from sea surface in the microwave range.
Published: 2011

32. Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin

Author: Manon Joseph, Patrick Gregoire, Marie-Laure Fardeau, Jean Cambar, Sophie Guasco, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol, Valérie Michotey, Malek Bohli, Karine Dubourg, MEB, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Microbiologie et Biotechnologie des Environnements Chauds, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines ( LMGEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre d'océanologie de Marseille ( COM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Centre d'océanologie de Marseille ( COM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines (LMGEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre d'océanologie de Marseille (COM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Centre d'océanologie de Marseille (COM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre d'océanologie de Marseille (COM), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Arabinose, Hot Temperature, SPHAEROBACTER-THERMOPHILUS, EMENDED DESCRIPTION, Sodium Chloride, chemistry.chemical_compound, RNA, Ribosomal, 16S, Cluster Analysis, Anaerobiosis, Raffinose, Phylogeny, 0303 health sciences, Base Composition, biology, Sulfates, Fatty Acids, Nucleic Acid Hybridization, RENATURATION, General Medicine, THERMOMICROBIA, LINEAGE, Hydrogen-Ion Concentration, 6. Clean water, Bacterial Typing Techniques, Biochemistry, Carbohydrate Metabolism, PHYLUM CHLOROFLEXI, GEN. NOV, France, Water Microbiology, DNA, Bacterial, Stereochemistry, Molecular Sequence Data, Microbiology, DNA, Ribosomal, 03 medical and health sciences, Caldilinea aerophila, PHOTOTROPHIC BACTERIA, Thermomicrobia, Yeast extract, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Nitrates, 030306 microbiology, Thermophile, Fructose, Maltose, Chloroflexi, Sequence Analysis, DNA, DNA, biology.organism_classification, chemistry, OIL-PRODUCING WELL, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: An anaerobic, thermophilic, filamentous (0.45 × >100 µm) bacterium, designated D1-25-10-4T, was isolated from a deep hot aquifer in France. Cells were non-motile and Gram-negative. Growth was observed at 43–65 °C (optimum 55 °C), at pH 6.8–7.8 (optimum pH 7.0) and with 0–5 g NaCl l−1 (optimum 0 g NaCl l−1). Strain D1-25-10-4T was a chemo-organotroph and fermented ribose, maltose, glucose, galactose, arabinose, fructose, mannose, sucrose, raffinose, xylose, glycerol, fumarate, peptone, starch and xylan. Yeast extract was required for growth. Sulfate, thiosulfate, sulfite, elemental sulfur, nitrate, nitrite and fumarate were not used as terminal electron acceptors. The G+C content of the DNA was 61.9 mol%. The major cellular fatty acids of strain D1-25-10-4T were C17 : 0, C18 : 0, C16 : 0 and iso-C17 : 0. The closest phylogenetic relative of strain D1-25-10-4T was Caldilinea aerophila STL-6-O1T (97.9 % 16S rRNA gene sequence similarity). DNA–DNA relatedness between strain D1-25-10-4T and Caldilinea aerophila DSM 14535T was 8.7±1 %. On the basis of phylogenetic, genotypic and phenotypic characteristics, strain D1-25-10-4T represents a novel species within the genus Caldilinea, class Caldilineae, phylum Chloroflexi, for which the name Caldilinea tarbellica sp. nov. is proposed. The type strain is D1-25-10-4T ( = DSM 22659T = JCM 16120T).
Published: 2011

33. New Caledonia surface lagoon chlorophyll modeling as coastal reef area health indicator

Author: Pascal Douillet, Rosalie Fuchs, Vincent Faure, Cécile Dupouy, Alain Mangin, Christel Pinazo, OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CE, Laboratoire d'Océanographie Physique et Biogéochimique (LOPB), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Océanographie Physique et Biologique ( LOPB ), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Frouin, R. (ed.), Yoo, H.R. (ed.), Won, J.S. (ed.), Feng, A. (ed.), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: DYNAMICS, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Biogeochemical cycle, Software_OPERATINGSYSTEMS, ComputerSystemsOrganization_COMPUTERSYSTEMIMPLEMENTATION, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, CIRCULATION, Physical oceanography, temperature profils, 01 natural sciences, CYCLE BIOGEOCHIMIQUE, MODELE, 010309 optics, LAGON, New Caledonia, OCEAN, biogeochemistry, TEMPORAL VARIABILITY, PHYTOPLANKTON, 0103 physical sciences, Phytoplankton, Bathymetry, ComputerSystemsOrganization_SPECIAL-PURPOSEANDAPPLICATION-BASEDSYSTEMS, SW LAGOON, 14. Life underwater, surface chlorophyll, TEMPERATURE, Reef, FORMULATIONS, ANALYSE DE DONNEES, hydrodynamic, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Hydrology, geography, geography.geographical_feature_category, Biogeochemistry, modeling, SURFACE MARINE, CHLOROPHYLLE, SIMULATIONS, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, SUSPENDED SEDIMENT TRANSPORT, Oceanography, 13. Climate action, 3D coupled model, Environmental science, SOUTH-WEST LAGOON, Eutrophication, Microbial loop
Abstract: The major part of the New Caledonia (NC) lagoon was classified as UNESCO Natural Site of Humanity Patrimony. Indeed, 22 175 km(2) of tropical coral lagoon area exhibit high biodiversity. The NC lagoon is semi enclosed and connected to the Coral Sea through a barrier reef segmented by narrow passes. The environment is oligotrophic, due to important flush during trade winds events, and bathymetry is highly variable. In order to predict eutrophication events, we used an extension of a 3D coupled physical-biogeochemical model recently developed on NC south western lagoon. The model is based on the Nitrogen and Carbon cycles, relating the variable stoechiometry of the elements in each biological compartment. The ecological model was developed to include an explicit description of the microbial loop. The resulting coupled model, forced by tide, wind, light, temperature and freshwater inputs, was used to calculate phytoplankton biomass, bacterial production, dissolved organic matter concentrations and nutrient recycling. Here we present results issued from the 3D coupled model ECO3M_LAGOON (biogeochemical, LOPB-IRD) and MARS3D (regional physical model, IFREMER-IRD) describing spatial and temporal interactions between water motion and biology, on larger domain including reef barrier and water exchanges through ocean-lagoon interface. To validate physical processes in the lagoon we used in situ data collected during field cruise (ValHyBio 2008, La Nina episode). Surface chlorophyll concentrations are compared with water color data from ValHyBio cruise and satellite date (MODIS/MERIS) corrected from bathymetry effects.
Published: 2010

34. Low-grazing angles scattering of electromagnetic waves from one-dimensional natural surfaces : Rigorous and approximate theories

Author: Gabriel Soriano, Philippe Spiga, Marc Saillard, SEMO ( SEMO ), Institut FRESNEL ( FRESNEL ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Ecole Centrale de Marseille ( ECM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Ecole Centrale de Marseille ( ECM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de sondages électromagnétiques de l'environnement terrestre ( LSEET ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), OPLC, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), SEMO (SEMO), Institut FRESNEL (FRESNEL), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de sondages électromagnétiques de l'environnement terrestre (LSEET), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maire, Guillaume, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Marseille (ECM)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: Diffraction, Physics, [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS] Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], [PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS]Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], [ PHYS.PHYS.PHYS-OPTICS ] Physics [physics]/Physics [physics]/Optics [physics.optics], Wave propagation, Scattering, Gaussian, General Engineering, Extrapolation, Energy Engineering and Power Technology, 020206 networking & telecommunications, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Electromagnetic radiation, Computational physics, 010309 optics, Scattering amplitude, symbols.namesake, Classical mechanics, Surface wave, 0103 physical sciences, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, symbols, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: We present a rigorous model, based on a specific boundary integral formalism for the wave scattering from rough, one-dimensional, dielectric or conducting surfaces at low-grazing incidence and scattering angles. Even though this so-called Grazing Method of Moment is, from a numerical cost point of view, independent of the incidence, it remains very numerically demanding. We thus propose an extrapolation technique for faster monostatic diagram computation, based on the theoretical behavior of the scattering amplitude at low-grazing angles. This technique is compared to the GMoM and to some approximate models, for surfaces with Gaussian spectrum as well as for sea surface.
Published: 2010

35. Impacts of Alexandria's Heptastadion on coastal hydro-sedimentary dynamics during the Hellenistic period: a numerical modelling approach

Author: Bertrand Millet, Jean-Philippe Goiran, OPLC, Centre d'océanologie de Marseille (COM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), ARCHEORIENT - Environnements et sociétés de l'Orient ancien (Archéorient), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Archéorient, UMR CNRS 5133, MOM (Lyon), Centre d'océanologie de Marseille ( COM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ARCHEORIENT - Environnements et sociétés de l'Orient ancien ( Archéorient ), Université Lumière - Lyon 2 ( UL2 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, 010506 paleontology, Archeology, History, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, Hellenistic period, Oceanography, 01 natural sciences, [ SDE.IE ] Environmental Sciences/Environmental Engineering, modelling, Geotechnical engineering, Sedimentology, 0105 earth and related environmental sciences, computer.programming_language, Alexandria, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Egypt, Foundation (engineering), Paleontology, Sediment, palaeodynamics, sedimentology, Numerical models, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Heptastadion, [ SHS.ARCHEO ] Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, Harbour, Sedimentary rock, computer, Geology, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: International audience; After its foundation in 331 BC, Alexandria was linked to the island of Pharos by the Heptastadion. The present study aims at understanding the impact of this building on the local water and sand dynamics. We used numerical models to compute the wind-induced currents and sediment re-suspension, comparatively without and in the presence of the Heptastadion. Results suggest that the Heptastadion was not only a link structure to reach the Pharos island, but a structure liable to reduce the sandy sediment dynamics in the eastern harbour, and then to protect the eastern harbour from infilling by the allochthonous sand drift.
Published: 2007

36. Spatial heterogeneity of wind forcing: application to artificial reef functioning influenced by the circulation in the Bay of Marseilles, France

Author: Pradal , Marie-Aude, MILLET , Bertrand, Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), OPLC, Centre d'océanologie de Marseille ( COM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ville de Marseille, Région PACA, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Centre d'océanologie de Marseille (COM), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Pin, Thierry
Subjects: [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Colonization, [ SDU.OCEAN ] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Artificial reefs, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDU.OCEAN] Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Particle drifting, Bay of Marseilles, Current field, [ SDV.EE.ECO ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [ SDE.IE ] Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Numerical modelling, [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDE.IE] Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: DOI = 10.1016/j.crvi.2006.04.002; International audience; In the frame of the largest French project of artificial production reefs, initiated by the city of Marseilles in 2001, the present study aimed at describing the hydrodynamic pattern of the coastal area considered, by the use of a 3D numerical modelling. Results were local wind statistics, bottom current fields and drifting particle maps. The knowledge of the hydrodynamic connexions between particle (such as larvae) sources or targeted areas linked to the reefs, allows us to explain the success or failure of the reefs' colonizing. Moreover, the study confirms the wind spatial variability and demonstrates the error resulting from the use of an average but locally absent wind direction.
Published: 2006

37. Tidal dynamics of the Terminos Lagoon, Mexico: observations and 3D numerical modelling

Author: Adolfo Contreras Ruiz Esparza, Jorge Zavala-Hidalgo, Pascal Douillet, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), OPLC, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Terminos Lagoon, Residual currents, Baroclinity, Magnitude (mathematics), Tides, Oceanography, 01 natural sciences, components, Tidal circulation, 14. Life underwater, Sea level, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, geography, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, geography.geographical_feature_category, 010604 marine biology & hydrobiology, Harmonic, Inlet, Ebb dominated, Current (stream), Circulation (fluid dynamics), Tide gauge, Harmonic components, Geology, Tides .Residual currents . TerminosLagoon .Ebb dominated . Harmonic components
Abstract: The tidal circulation patterns in the Terminos Lagoon were studied based on the analysis of 1 year of measurements and numerical simulations using a baroclinic 3D hydrodynamic model, the MARS3D. A gauging network was installed consisting of six self-recording pressure–temperature sensors, a tide gauge station and two current profilers, with pressure and temperature sensors moored in the main lagoon inlets. Model simulations were validated against current and sea level observations and were used to analyse the circulation patterns caused by the tidal forcing. The numerical model was forced with eight harmonic components, four diurnal (K 1, O 1, P 1, Q 1) and four semi-diurnal (M 2, S 2, N 2, K 2), extracted from the TPX0.7 database. The tidal patterns in the study area vary from mixed, mainly diurnal in the two main inlets of the lagoon, to diurnal in its interior. The tidal residual circulation inside the lagoon is dominated by a cyclonic gyre. The results indicate a net flux from the southwest Ciudad del Carmen inlet (CdC) towards the northeast Puerto Real inlet (PtR) along the southern side of the lagoon and the opposite in the northern side. The results indicate two areas of strong currents in the vicinity of the inlets and weak currents inside the lagoon. The area of strong currents in the vicinity of the CdC inlet is larger than that observed in the PtR inlet. Nevertheless, the current analysis indicates that the highest current speeds, which can reach a magnitude of 1.9 m s−1, occurred in PtR. A further analysis of the tide distortion in the inlets revealed that both passages are ebb dominated.
Full Text: View/download PDF

38. Two-Phase-Flow Unstructured Grid Solver: Application to Tsunami Wave Impact

Author: Sambe, A. N., Golay, F., Damien Sous, Fraunié, P., Rey, V., Marcer, R., Jouette, C., Institut de Mathématiques de Toulon - EA 2134 ( IMATH ), Université de Toulon ( UTLN ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), OPLC, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de sondages électromagnétiques de l'environnement terrestre ( LSEET ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ), Chercheur indépendant, Institut de Mathématiques de Toulon - EA 2134 (IMATH), Université de Toulon (UTLN), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de sondages électromagnétiques de l'environnement terrestre (LSEET), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)
Subjects: air-water interface, Wave breaking, macro-roughness, [ SPI.MECA ] Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph], run-up, MathematicsofComputing_NUMERICALANALYSIS, [SPI.MECA]Engineering Sciences [physics]/Mechanics [physics.med-ph], finite volume, Godunov scheme
Abstract: International audience; This paper describes the CFD of incompressible air-water flows by solving Euler equations with a 2-phase flow model leading to a hyperbolic system of conservation laws solved with a finite volume discretization on unstructured grids. An artificial compressibility approach allows for a fully explicit scheme for an efficient parallel implementation. The numerical model is based on a low Mach number preconditioning and a 2nd-order Riemann solver. Applications to breaking waves on a 15% slope with and without the influence of macro-roughness are performed concerning impact and run-up processes on the beach.

Catalog

Books, media, physical & digital resources

See catalog results

Searchworks

Select search scope, currently: Articles Catalog books, media & more in Jio Institute collections Articles journal articles & other e-resources

Search

Search Constraints

Refine your results

Search Limiters

Topic

Publication Year Range

Language

Journal

Database

Publisher

Search Results

Catalog

Select search scope, currently: Articles

Catalog

books, media & more in Jio Institute collections

Articles

journal articles & other e-resources