Author: "Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

Your search keyword '"Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I"' showing total 708 results

Start Over Author "Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I"

708 results on '"Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I"'

1. Correlative Analysis of Fluorescent Phytoalexins by Mass Spectrometry Imaging and Fluorescence Microscopy in Grapevine Leaves

Author: Patrick Chaimbault, Anne Poutaraud, Didier Merdinoglu, Sébastien Bellow, Vincent Carré, Loïc Becker, Spencer C. Brown, Gwendal Latouche, Zoran G. Cerovic, Laboratoire de Chimie et Physique - Approche Multi-échelle des Milieux Complexes (LCP-A2MC), Université de Lorraine (UL), Ecologie Systématique et Evolution (ESE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux (CIVB, Bordeaux, France), ANR (ANR-10-ISBN-04-01, ANR-11-IDEX-0003-02), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut des sciences du végétal (ISV), Institut de Chimie Organique et Analytique (ICOA), Université d'Orléans (UO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Chimie et Physique - Approche Multi-échelle des Milieux Complexes ( LCP-A2MC ), Université de Lorraine ( UL ), Ecologie Systématique Evolution, Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar ( LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement ( LAE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Santé de la vigne et qualité du vin ( SVQV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives, Université Paris Sud (Paris 11), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, Fluorescence-lifetime imaging microscopy, Pterostilbene, Ultraviolet Rays, mass spectrum analysis, Analytical chemistry, Resveratrol, 01 natural sciences, Fluorescence, Mass Spectrometry, Mass spectrometry imaging, Analytical Chemistry, chemistry.chemical_compound, phytoalexine, vitis vinifera, Stress, Physiological, Phytoalexins, spectrométrie de masse, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Guard cell, Stilbenes, Fluorescence microscope, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, feuille végétal, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Microscopy, Confocal, biology, Chemistry, 010401 analytical chemistry, [ SDV.BV.PEP ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, biology.organism_classification, 0104 chemical sciences, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Plant Leaves, Microscopy, Fluorescence, Oomycetes, Plasmopara viticola, Biophysics, [ CHIM.ANAL ] Chemical Sciences/Analytical chemistry, phytoncides, Sesquiterpenes, 010606 plant biology & botany, microscopie à fluorescence
Abstract: International audience; Plant response to their environment stresses is a complex mechanism involving secondary metabolites. Stilbene phytoalexins, namely resveratrol, pterostilbene, piceids and viniferins play a key role in grapevine (Vitis vinifera) leaf defense. Despite their well-established qualities, conventional analyses such as HPLC-DAD or LC-MS lose valuable information on metabolite localization during the extraction process. To overcome this issue, a correlative analysis combining mass spectroscopy imaging (MSI) and fluorescence imaging was developed to localize in situ stilbenes on the same stressed grapevine leaves. High-resolution images of the stilbene fluorescence provided by macroscopy were supplemented by specific distributions and structural information concerning resveratrol, pterostilbene, and piceids obtained by MSI. The two imaging techniques led to consistent and complementary data on the stilbene spatial distribution for the two stresses addressed: UV-C irradiation and infection by Plasmopara viticola. Results emphasize that grapevine leaves react differently depending on the stress. A rather uniform synthesis of stilbenes is induced after UV-C irradiation, whereas a more localized synthesis of stilbenes in stomata guard cells and cell walls is induced by P. viticola infection. Finally, this combined imaging approach could be extended to map phytoalexins of various plant tissues with resolution approaching the cellular level.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

2. Assessment of future climatic conditions in French vineyards. Consequences for defining adaptation strategies

Author: Iñaki Garcia de Cortazar-Atauri, Julie Caubel, Hervé Quénol, Benjamin Bois, Isabelle Chuine, Eric Duchêne, Renan Le Roux, Amber Parker, Cornelis van Leeuwen, Nathalie Ollat, Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Agroclim (AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Nantes), Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire de la Vigne et du Vin 'Jules Guyot' (IUVV Jules Guyot), Université de Bourgogne (UB), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Lincoln University, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (1287)., Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Nantes (UN)-Université d'Angers (UA)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Université de Bordeaux (UB), ProdInra, Migration, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), INRA, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] ( LSCE ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique ( LETG - Rennes ), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique ( LETG ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Université d'Angers ( UA ) -Université de Nantes ( UN ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université de Brest ( UBO ) -Université de Rennes 2 ( UR2 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé de la vigne et qualité du vin ( SVQV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne ( EGFV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine ( Bordeaux Sciences Agro )
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, viticulture, Réchauffement climatique, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography, [ SDE ] Environmental Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], climate change, Vitis Vinifera, [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, France, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

3. The Tvv1 retrotransposon family is conserved between plant genomes separated by over 100 million years

Author: Jan P. Buchmann, Frédérique Pelsy, Ruslan Kalendar, Cédric Moisy, Alan H. Schulman, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), MTT/BI Plant Genomics Lab, University of Helsinki, Biotechnology and Food Research, Agrifood Research Finland, TKK Helsinki University of Technology (TKK), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institute of Biotechnology, Viikki Plant Science Centre (ViPS), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales ( UMR AGAP ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Helsinki University of Technology ( TKK ), Santé de la vigne et qualité du vin ( SVQV ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I
Subjects: 0106 biological sciences, [ SDV.BV ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Retroelements, Tvv1 retrotransposons, Sequence analysis, LTR retrotransposons, Asterids, Gene Dosage, Retrotransposon, Biology, Solanum, 01 natural sciences, Genome, Zea mays, Conserved sequence, 03 medical and health sciences, Monophyly, Phylogenetics, Medicago truncatula, Genetics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, genome Vitis vinifera, potato Solanum, Conserved Sequence, Phylogeny, 030304 developmental biology, plant genomes, 0303 health sciences, fungi, 1184 Genetics, developmental biology, physiology, food and beverages, Oryza, General Medicine, Sequence Analysis, DNA, 15. Life on land, biology.organism_classification, Long terminal repeat, Agronomy and Crop Science, Genome, Plant, 010606 plant biology & botany, Biotechnology
Abstract: Combining several different approaches, we have examined the structure, variability, and distribution of Tvv1 retrotransposons. Tvv1 is an unusual example of a low-copy retrotransposon metapopulation dispersed unevenly among very distant species and is promising for the development of molecular markers. Retrotransposons are ubiquitous throughout the genomes of the vascular plants, but individual retrotransposon families tend to be confined to the level of plant genus or at most family. This restricts the general applicability of a family as molecular markers. Here, we characterize a new plant retrotransposon named Tvv1_Sdem, a member of the Copia superfamily of LTR retrotransposons, from the genome of the wild potato Solanum demissum. Comparative analyses based on structure and sequence showed a high level of similarity of Tvv1_Sdem with Tvv1-VB, a retrotransposon previously described in the grapevine genome Vitis vinifera. Extending the analysis to other species by in silico and in vitro approaches revealed the presence of Tvv1 family members in potato, tomato, and poplar genomes, and led to the identification of full-length copies of Tvv1 in these species. We were also able to identify polymorphism in UTL sequences between Tvv1_Sdem copies from wild and cultivated potatoes that are useful as molecular markers. Combining different approaches, our results suggest that the Tvv1 family of retrotransposons has a monophyletic origin and has been maintained in both the rosids and the asterids, the major clades of dicotyledonous plants, since their divergence about 100 MYA. To our knowledge, Tvv1 represents an unusual plant retrotransposon metapopulation comprising highly similar members disjointedly dispersed among very distant species. The twin features of Tvv1 presence in evolutionarily distant genomes and the diversity of its UTL region in each species make it useful as a source of robust molecular markers for diversity studies and breeding.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

4. Activités agricoles et territoires

Author: Bertrand, François, Brédif, Hervé, Duchêne, Eric, Josien, Etienne, Tabeaud, Martine, Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Dynamiques Sociales et Recomposition des Espaces (LADYSS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Espaces, Nature et Culture (ENeC), Université Paris-Sorbonne (UP4)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ARP ADAGE, Jean-François Soussana, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours (UT), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Cités, Territoires, Environnement et Sociétés ( CITERES ), Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire dynamiques sociales et recomposition des espaces ( LADYSS ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis ( UP8 ) -Université Paris Nanterre ( UPN ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Santé de la vigne et qualité du vin ( SVQV ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Espaces, Nature et Culture ( ENeC ), Université Paris-Sorbonne ( UP4 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and BERTRAND, François
Subjects: [ SHS.ARCHI ] Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, Agriculture, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS.ARCHI] Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [ SHS.GEO ] Humanities and Social Sciences/Geography
Abstract: International audience; La question de l’adaptation de l’agriculture et de la forêt au changement climatique peut s'envisager selon deux grandes approches, dont les conséquences en termes de recherche et d’action diffèrent assez radicalement. La première approche consiste à considérer l’agriculture et la forêt, comme c’est de plus en plus le cas, comme des filières parmi d’autres, l’agriculteur faisant figure d’agent productif parmi beaucoup d’autres. Une telle approche trouve sa justification dans la baisse tendancielle de la contribution de l’agriculture et de la forêt au produit intérieur brut ; elle s’explique plus fondamentalement par le fait anthropologique majeur selon lequel la culture agricole et rurale des sociétés occidentales se délite à grande vitesse à partir de la seconde moitié du XXe siècle (Serres, 2001). Dès lors, aucun traitement de faveur n’est à prévoir : les acteurs des filières agricoles et forestières ne devront compter que sur eux-mêmes afin de trouver les conditions et les moyens de l’adaptation, au même titre que l’industrie automobile ou tout autre secteur tenu d’innover pour survivre aux contraintes et défis que le réchauffement planétaire impose à leur activité. Certains résisteront, beaucoup disparaîtront. La société n’influencera pas ou peu l’évolution des choses. La compétitivité, la capacité d’innovation technologique et le marché imposeront leurs lois.Une seconde approche est cependant possible, pour peu que l’on mobilise à bon escient la notion de territoire, une notion généralement absente des débats et processus internationaux consacrés au changement climatique. Selon Le Robert (2004), le territoire est une « étendue de pays sur laquelle s'exerce une autorité, une juridiction ». Plusieurs disciplines relevant des sciences humaines et sociales enrichissent cette acception juridique en définissant le territoire comme un espace faisant l’objet d’une appropriation matérielle et symbolique par une collectivité humaine. Plus que des limites administratives ou politiques, le territoire procède d’un sentiment d’appartenance et de prise en charge partagé d’un ensemble de réalités qui caractérisent justement le territoire aux yeux de ceux qui le reconnaissent comme tel. Les territoires sont donc des lieux de résidence, de travail, de transport d’individus reliés entre eux par des solidarités plus ou moins fortes, et attachés à un espace géographique qui fait sens pour eux. Cette acception n’est pas restrictive : elle autorise la possibilité de territoires gigognes. L’identité ne se joue pas qu’à l’échelle d’un territoire restreint, local, mais se détermine aussi à des échelles supérieures, pouvant s’étendre jusqu'au monde dans son ensemble. Ainsi n’est-elle pas donnée une fois pour toutes. Les territoires se dessinent ou se délitent en fonction de la capacité des acteurs à co-construire des espaces de vie et des projets.Or, les activités agricoles et forestières gagnent à être mises en perspective au sein des territoires. Elles occupent en effet une part importante de l’espace, espace toujours partagé, de manière consensuelle ou conflictuelle, avec d’autres usages qui concernent l’ensemble des résidents permanents ou temporaires (chasse, pêche, promenade, jogging, VTT, …). Cet usage de l’espace dans le territoire, lié à la dimension alimentaire, est très ancien, et recouvre une valeur symbolique importante dans la culture, le patrimoine et la construction de l’identité du territoire à travers des produits typiques, des paysages ou des architectures remarquables.Aujourd'hui encore ces activités tiennent dans de nombreux cas une place importante dans la production du territoire et génèrent des emplois induits dans le cadre de filières plus ou moins localisées. Elles peuvent également devenir les garants d’une certaine autonomie en matière alimentaire, énergétique, ou au regard d’autres ressources naturelles. Confrontés à des incertitudes croissantes (raréfaction des ressources pétrolières, menace de conflits, risques technologiques,…) et à une demande importante en termes de « confiance » alimentaire, de « traçabilité », le retour en force d'une notion d'autonomie peut conduire pays, villes et territoires à accorder une importance renouvelée aux espaces agricoles et forestiers qu’ils abritent.Enfin, les activités agricoles et sylvicoles ont un impact sur l’environnement : paysage et cadre de vie, qualité et disponibilité des eaux, qualité de l’air, biodiversité, recyclage des déchets…En somme, tout change à partir du moment où les acteurs agricoles et forestiers ne sont plus livrés à eux-mêmes pour faire face au changement climatique. Ils peuvent de manière réaliste compter sur la mobilisation à leurs côtés d’autres acteurs, et, dans une certaine mesure et sous réserve d’utiliser les bons leviers, de la société dans son ensemble, que celle-ci soit locale, régionale, nationale,…, précisément parce qu’agriculture et forêt jouent un rôle souvent primordial dans l’économie et l’identité des territoires.Ces spécificités engendrent des interactions fortes entre acteurs agricoles et forestiers et les autres acteurs du territoire, entre dynamiques agricoles et forestières et dynamiques territoriales. De fait, l’adaptation de l’agriculture aux changements climatiques ne pourra pas être neutre par rapport au devenir du territoire. Inversement, la dynamique territoriale peut être un facteur d’accompagnement et de soutien - ou au contraire un obstacle - à l’adaptation aux changements climatiques. Le territoire cristallise les interactions entre les activités agricoles et le reste de la société, et c'est donc dans ce cadre qu'il faut envisager les nouvelles contraintes environnementales et l'adaptation de l'agriculture.
Published: 2013

5. Functional diversification in the Nudix hydrolase gene family drives sesquiterpene biosynthesis in Rosa × wichurana

Author: Clément Dégut, Michel A. Haring, Robert C. Schuurink, Sylvie Baudino, Jean-Louis Magnard, Ahmed Abd-El-Haliem, Jean-Claude Caissard, Saretta N. Paramita, Laurence Hibrand-Saint Oyant, Pulu Sun, Aurélie Bony, Corentin Conart, Fabrice Foucher, Tatiana Thouroude, Julien Jeauffre, Carine Tisné, Stéphane Réty, Raymonde Baltenweck, Philippe Hugueney, Jordan Marie-Magdelaine, Plant Physiology (SILS, FNWI), Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (LBVPAM), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Expression Génétique Microbienne (EGM (UMR_8261 / FRE_3630)), Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Region Auvergne-Rhone-Alpes, CNRS GDR MediatEC: 3658, French National Research Agency (ANR)., Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, CNRS GDR MediatEC : 3658., ANR: ANR, Laboratoire de Biotechnologies Végétales appliquées aux Plantes Aromatiques et Médicinales (BVPAM), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and ANR-16-CE20-0024,ROSASCENT,Biosynthèse des terpènes du parfum chez la rose(2016)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Nudix structure, Quantitative Trait Loci, Heterologous, Plant Science, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Quantitative trait locus, Genes, Plant, Rosa, 01 natural sciences, Nudix hydrolase, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, quantitative trait locus, Gene expression, Genetics, Gene family, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, volatile compounds, Pyrophosphatases, [SDV.SA.HORT]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Horticulture, Gene, Phylogeny, Plant Proteins, rose scent, Cell Biology, Farnesol, 030104 developmental biology, chemistry, Biochemistry, Genetic marker, Sequence Alignment, Sesquiterpenes, Geraniol, 010606 plant biology & botany
Abstract: Roses use a non-canonical pathway involving a Nudix hydrolase, RhNUDX1, to synthesize their monoterpenes, especially geraniol. Here we report the characterization of another expressed NUDX1 gene from the rose cultivar Rosa x wichurana, RwNUDX1-2. In order to study the function of the RwNUDX1-2 protein, we analyzed the volatile profiles of an F1 progeny generated by crossing R. chinensis cv. 'Old Blush' with R. x wichurana. A correlation test of the volatilomes with gene expression data revealed that RwNUDX1-2 is involved in the biosynthesis of a group of sesquiterpenoids, especially E,E-farnesol, in addition to other sesquiterpenes. In vitro enzyme assays and heterologous in planta functional characterization of the RwNUDX1-2 gene corroborated this result. A quantitative trait locus (QTL) analysis was performed using the data of E,E-farnesol contents in the progeny and a genetic map was constructed based on gene markers. The RwNUDX1-2 gene co-localized with the QTL for E,E-farnesol content, thereby confirming its function in sesquiterpenoid biosynthesis in R. x wichurana. Finally, in order to understand the structural bases for the substrate specificity of rose NUDX proteins, the RhNUDX1 protein was crystallized, and its structure was refined to 1.7 Å. By molecular modeling of different rose NUDX1 protein complexes with their respective substrates, a structural basis for substrate discrimination by rose NUDX1 proteins is proposed.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

6. NLGenomeSweeper: A Tool for Genome-Wide NBS-LRR Resistance Gene Identification

Author: Toda, Nicholas, Rustenholz, Camille, Baud, Agnes, Le Paslier, Marie-Christine, Amselem, Joelle, Merdinoglu, Didier, Faivre-Rampant, Patricia, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Fondation Jean Poupelain (Javrezac, France ): HealthyGrape2project 2016–2019, Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherche en génomique végétale (URGV), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: lcsh:QH426-470, Communication, fungi, Arabidopsis, nlr disease resistance genes, NLR Proteins, Genomics, functional annotation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], lcsh:Genetics, Protein Domains, nlr-parser, Sequence Analysis, Protein, Helianthus, Conserved Sequence, Software, Disease Resistance, Plant Proteins, Protein Binding
Abstract: Although there are a number of bioinformatic tools to identify plant nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) disease resistance genes based on conserved protein sequences, only a few of these tools have attempted to identify disease resistance genes that have not been annotated in the genome. The overall goal of the NLGenomeSweeper pipeline is to annotate NLR disease resistance genes, including RPW8, in the genome assembly with high specificity and a focus on complete functional genes. This is based on the identification of the complete NB-ARC domain, the most conserved domain of NLR genes, using the BLAST suite. In this way, the tool has a high specificity for complete genes and relatively intact pseudogenes. The tool returns all candidate NLR gene locations as well as InterProScan ORF and domain annotations for manual curation of the gene structure.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

7. Evaluation of the ex-vivo porcine simulator on EUS-guided cystogastrostomy using lumen-apposing metal stent training

Author: Ibrahim, Mostafa, Roshdy, Noran, Taleb, Amerah, Alfadda, Abdulrahman, Al-Lehibi, Abed, Altonbary, Ahmed, Galal, Ahmed, El-Fouly, Amr, Kozlowska, Anna, Khor, Christopher, Isayama, Hiroyuki, Okasha, Hussein, Barthet, Marc, Giovannini, Marc, Pausawasdi, Nonthalee, Eisendrath, Pierre, Kongkam, Pradermchai, Ratanachu-Ek, Thawee, Nakai, Yousuke, Centre de Recherches Moyen-Orient Méditerranée (CERMOM EA 4091), Institut National des Langues et Civilisations Orientales (Inalco), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Department of Plant Pathology, Warsaw University of Life Science (WULS-SGGW), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Gastroenterology [Tokyo], The University of Tokyo (UTokyo)-Faculty of Medicine, Graduate School of Medicine [Tokyo], Laboratoire de Biomécanique Appliquée (LBA UMR T24), Aix Marseille Université (AMU)-Université Gustave Eiffel, Hôpital Nord [CHU - APHM], Institut Paoli-Calmettes, and Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)
Subjects: Hepatology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gastroenterology, Radiology, Nuclear Medicine and imaging
Abstract: International audience
Published: 2022
Full Text: View/download PDF

8. Genetic variations of acidity in grape berries are controlled by the interplay between organic acids and potassium

Author: Camille Rustenholz, Vincent Dumas, Aurélie Bérard, Isabelle Gaillard, A. Chauveau, Eric Duchêne, Didier Merdinoglu, Gisèle Butterlin, Marie-Christine Le Paslier, N. Jaegli, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Equipe KaliPHruit (KALIPHRUIT), and Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Hot Temperature, Genotype, Climate Change, Population, Quantitative Trait Loci, Malates, Growing season, Berry, Quantitative trait locus, Biology, Genes, Plant, 01 natural sciences, baie de raisin, chemistry.chemical_compound, Genetic variation, Genetics, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, education, réchauffement climatique, Alleles, Oligonucleotide Array Sequence Analysis, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Chromosome Mapping, Genetic Variation, High-Throughput Nucleotide Sequencing, food and beverages, General Medicine, Hydrogen-Ion Concentration, Genetic architecture, acidité du vin, Horticulture, Phenotype, chemistry, 13. Climate action, amélioration de la vigne, Fruit, Tartaric acid, Potassium, Malic acid, adaptation au changement climatique, Agronomy and Crop Science, Acids, 010606 plant biology & botany, Biotechnology
Abstract: In a grapevine segregating population, genomic regions governing berry pH were identified, paving the way for breeding new grapevine varieties best adapted to a warming climate. As a consequence of global warming, grapevine berry acidity is expected to dramatically decrease. Adapting grapevine (Vitis vinifera L.) varieties to the climatic conditions of the future requires a better understanding of the genetic architecture of acidity-related traits. For this purpose, we studied during five growing seasons 120 individuals from a grapevine biparental cross. Each offspring was genotyped by simple sequence repeats markers and by hybridization on a 20-K Grapevine Illumina® SNP chip. Quantitative trait loci (QTLs) for pH colocalized with QTLs for the ratio between potassium and tartaric acid concentrations, on chromosomes 10, 11 and 13. Strong QTLs for malic acid concentration or for the malic acid-to-tartaric acid ratio, on chromosomes 6 and 8, were not associated with variations of pH but can be useful for controlling pH stability under high temperatures. Our study highlights the interdependency between acidity parameters and consequently the constraints and degrees of freedom for designing grapevine genotypes better adapted to the expected warmer climatic conditions. In particular, it is possible to create grapevine genotypes with a high berry acidity as the result of both high tartaric acid concentrations and low K+ accumulation capacities.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

9. Does plant virus infection modify calcium signalling induced by aphid vector feeding?

Author: THEN, Christiane, Bellegarde, Fanny, Schivre, Geoffrey, Xiong, Tou Cheu, Drucker, Martin, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Human Frontier Science Program, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition
Abstract: Does plant virus infection modify calcium signalling induced by aphid vector feeding?. New avenues for the behavioral manipulation of disease vectors
Published: 2019

10. Interference of plant viruses with aphid-induced calcium signalling in Arabidopsis

Author: THEN, Christiane, Bellegarde, Fanny, Schivre, Geoffrey, Xiong, Tou Cheu, Drucker, Martin, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Human frontier science project, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition
Abstract: Interference of plant viruses with aphid-induced calcium signalling in Arabidopsis. 51. JAHRESTREFFEN DES ARBEITSKREISES “VIRUSKRANKHEITEN DER PFLANZEN"
Published: 2019

11. Do plant viruses interfere with aphid-induced calcium signalling in Arabidopsis?

Author: THEN, Christiane, Schivre, Geoffrey, Bellegarde, Fanny, Xiong, Tou Cheu, Drucker, Martin, Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Human frontier science project, Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition
Abstract: Do plant viruses interfere with aphid-induced calcium signalling in Arabidopsis?. 17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019)
Published: 2019

12. Les cochenilles, des insectes phytophages peu connus comme vecteurs de virus végétaux

Author: Herrbach, Etienne, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Version française et version anglaise .; Les cochenilles, des insectes phytophages peu connus comme vecteurs de virus végétaux
Published: 2019

13. Virus-Epidemiologie im Hinblick auf Rebveredlung und Rebschutz -am Beispiel von Schildläusen und Blattrollviren

Author: Hoffmann, Christoph, Steinmetz, Nadine, Herrbach, Etienne, ProdInra, Archive Ouverte, Institut für Pflanzenschutz in Obst und Weinbau (JKI), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Virus-Epidemiologie im Hinblick auf Rebveredlung und Rebschutz -am Beispiel von Schildläusen und Blattrollviren-. Württembergische Weinbautage
Published: 2019

14. Study of Turnip mosaic virus transmission activation by aphids

Author: Berthelot, Edwige, Ducousso, Marie, Macia, Jean Luc, Bogaert, Florent, Baecker, Volker, Thébaud, Gael, GALLET, Romain, Yvon, Michel, Blanc, Stéphane, Khelifa, Mounia, Drucker, Martin, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Human frontier science project, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Study of Turnip mosaic virus transmission activation by aphids. 17. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2019)
Published: 2019

15. Pharmacological analysis of transmission activation of two aphid-vectored plant viruses, turnip mosaic virus and cauliflower mosaic virus

Author: Mounia Khelifa, Edwige Berthelot, Stéphane Blanc, Alexandre Morisset, Alexandre Martinière, Romain Gallet, Jean-Luc Macia, Martin Drucker, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Fédération Nationale des Producteurs de Plants de Pommes de Terre (FNPPPT), Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP), Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Semences Innovation Protection Recherche et Environnement, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Human Frontier Science Project RGP0013/2015, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0301 basic medicine, viruses, [SDV]Life Sciences [q-bio], Potyvirus, lcsh:Medicine, pharmacologie, Viral transmission, Models, Biological, Article, Virus, Plant Viruses, camv, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Caulimovirus, Stress, Physiological, Plant virus, Disease Transmission, Infectious, Animals, Turnip mosaic virus, lcsh:Science, virus de la mosaïque du navet, pathologie végétale, Biotic, Plant Diseases, Aphid, aphide vecteur, Multidisciplinary, biology, Potyviridae, Host (biology), lcsh:R, fungi, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Virology, Insect Vectors, 030104 developmental biology, chemistry, Ethylmaleimide, maladie virale, Aphids, Sodium azide, lcsh:Q, Cauliflower mosaic virus, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Turnip mosaic virus (TuMV, family Potyviridae) and cauliflower mosaic virus (CaMV, family Caulimoviridae) are transmitted by aphid vectors. They are the only viruses shown so far to undergo transmission activation (TA) immediately preceding plant-to-plant propagation. TA is a recently described phenomenon where viruses respond to the presence of vectors on the host by rapidly and transiently forming transmissible complexes that are efficiently acquired and transmitted. Very little is known about the mechanisms of TA and on whether such mechanisms are alike or distinct in different viral species. We use here a pharmacological approach to initiate the comparison of TA of TuMV and CaMV. Our results show that both viruses rely on calcium signaling and reactive oxygen species (ROS) for TA. However, whereas application of the thiol-reactive compound N-ethylmaleimide (NEM) inhibited, as previously shown, TuMV transmission it did not alter CaMV transmission. On the other hand, sodium azide, which boosts CaMV transmission, strongly inhibited TuMV transmission. Finally, wounding stress inhibited CaMV transmission and increased TuMV transmission. Taken together, the results suggest that transmission activation of TuMV and CaMV depends on initial calcium and ROS signaling that are generated during the plant’s immediate responses to aphid manifestation. Interestingly, downstream events in TA of each virus appear to diverge, as shown by the differential effects of NEM, azide and wounding on TuMV and CaMV transmission, suggesting that these two viruses have evolved analogous TA mechanisms.
Published: 2019
Full Text: View/download PDF

16. Les maladies virales de la vigne avec focus sur l’enroulement

Author: Herrbach, Etienne, Breuer, Michael, Hoffmann, Christoph, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut für Pflanzenschütz im Weinbau, Julius Kühn-Institut - Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Julius Kühn Institute (JKI)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Les maladies virales de la vigne avec focus sur l’enroulement . Colloque final InvaProtect, Comment protéger les vergers et les vignes du Rhin supérieur contre les bioagresseurs invasifs
Published: 2018

17. Phloem-Triggered Virus-Induced Gene Silencing Using a Recombinant Polerovirus

Author: Bortolamiol-Bécet, Diane, Monsion, Baptiste, Chapuis, Sophie, Hleibieh, Kamal, Scheidecker, Danièle, Alioua, Abdelmalek, Bogaert, Florent, Revers, Frederic, Brault, Véronique, Ziegler-Graff, Veronique, Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), ANR-13-BS06-0009,CARIB,Fréquence et processus de mise en place des avalanches de débris tsunamigènes de l'arc des Petites Antilles : apport des forages de l'Expédition IODP 340 et impact en terme de risque.(2013), ANR-08-GENM-0016,ViroMouv,Identification de facteurs de l'hôte impliqués dans le mouvement à longue distance des virus de plante(2008), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, visual monitoring of infection, Phytopathology and phytopharmacy, Virologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages, suppressor of RNA silencing, Phytopathologie et phytopharmacie, Microbiology, polerovirus, phloem, VIGS, Virology, santé des plantes, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pathologie végétale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Original Research
Abstract: International audience; The phloem-limited poleroviruses infect Arabidopsis thaliana without causing noticeable disease symptoms. In order to facilitate visual infection identification, we developed virus-induced gene silencing (VIGS) vectors derived from Turnip yellows virus (TuYV). Short sequences from the host gene AtCHLI1 required for chlorophyll biosynthesis [42 nucleotides in sense or antisense orientation or as an inverted-repeat (IR), or an 81 nucleotide sense fragment] were inserted into the 3′ non-coding region of the TuYV genome to screen for the most efficient and robust silencing vector. All recombinant viruses produced a clear vein chlorosis phenotype on infected Arabidopsis plants due to the expression inhibition of the AtCHLI1 gene. The introduction of a sense-oriented sequence into TuYV genome resulted in a virus exhibiting a more sustainable chlorosis than the virus containing an IR of the same length. This observation was correlated with a higher stability of the sense sequence insertion in the viral genome. In order to evaluate the impact of the TuYV silencing suppressor P0 in the VIGS mechanism a P0 knock-out mutation was introduced into the recombinant TuYV viruses. They induced a similar but milder vein clearing phenotype due to lower viral accumulation. This indicates that P0 does not hinder the performances of the TuYV silencing effect and confirms that in the viral infection context, P0 has no major impact on the production, propagation and action of the short distance silencing signal in phloem cells. Finally, we showed that TuYV can be used to strongly silence the phloem specific AtRTM1 gene. The TuYV-derived VIGS vectors therefore represent powerful tools to easily detect and monitor TuYV in infected plants and conduct functional analysis of phloem-restricted genes. Moreover this example indicates the potential of poleroviruses for use in functional genomic studies of agronomic plants.
Published: 2018
Full Text: View/download PDF

18. VITIRAMA: A program to characterize disease susceptibility in French ampelographic collections

Author: Viviana Rodriguez Cano, Thierry Lacombe, Cécile Marchal, Sabine Merdinoglu-Wiedemann, Yobrégat, O., Sereno, C., Moisy, C., Le Cunff, L., Timothée Flutre, Agnes Doligez, Luc Bidel, Roberto Bacilieri, Eric Duchêne, Christophe Moisy, Lambin, P., Laurent Torregrosa, Jean-Michel Boursiquot, Jean-Pierre Peros, Domaine expérimental de Vassal (MONTP DOM VASSAL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, V'innopôleSud-Ouest, UMT Géno-Vigne, IFV Pôle Sud-Ouest, Pôle Matériel Végétal, UMT Géno-Vigne, IFV Pôle Rhône-Méditerranée, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne [AGAP] (DAAV), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: maladie, caractérisation phénotypique, education, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pathology, ampelographie, vigne, health care economics and organizations, grapevine
Abstract: VITIRAMA: A program to characterize disease susceptibility in French ampelographic collections. 12. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics
Published: 2018

19. La transmission des phytovirus par vecteurs

Author: Herrbach, Etienne, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], transmission, vecteur, phytovirus
Abstract: La transmission des phytovirus par vecteurs. Colloque interdisciplinaire « Transmission »
Published: 2018

20. The Aphid-Transmitted Turnip yellows virus Differentially Affects Volatiles Emission and Subsequent Vector Behavior in Two Brassicaceae Plants

Author: Bortolamiol-Bécet, Diane, Monsion, Baptiste, Chapuis, Sophie, Hleibieh, Kamal, Scheidecker, Danièle, Alioua, Abdelmalek, Bogaert, Florent, Revers, Frederic, Brault, Veronique, Ziegler-Graff, Véronique, Meldau, Stefan, Diezel, Celia, McGale, Erica, Greenfield, Sara, Baldwin, Ian, Peters, Kristian, Worrich, Anja, Weinhold, Alexander, Alka, Oliver, Balcke, Gerd, Birkemeyer, Claudia, Bruelheide, Helge, Calf, Onno, Dietz, Sophie, Dührkop, Kai, Gaquerel, Emmanuel, Heinig, Uwe, Kücklich, Marlen, Macel, Mirka, Muller, Caroline, Poeschl, Yvonne, Pohnert, Georg, Ristok, Christian, Rodríguez, Victor, Ruttkies, Christoph, Schuman, Meredith, Schweiger, Rabea, Shahaf, Nir, Steinbeck, Christoph, Tortosa, Maria, Treutler, Hendrik, Ueberschaar, Nico, Velasco, Pablo, Weiß, Brigitte, Widdig, Anja, Neumann, Steffen, Dam, Nicole, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Immunologie et embryologie moléculaires (IEM), Université d'Orléans (UO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Queen Mary University of London (QMUL), University of Groningen [Groningen], Institute of Biology/Geobotany and Botanical Garden, Martin-Luther-Universität Halle Wittenberg (MLU), Laboratoire d'hydrodynamique (LadHyX), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Halle-Jena-Leipzig, German Centre for Integrative Biodiversity Research, Swiss-Prot Group, Swiss Institute of Bioinformatics [Genève] (SIB), Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (Hans Knoell Institute), and Université de Leipzig
Subjects: [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018
Full Text: View/download PDF

21. NanoLuc as a tool to study infection with a plant virus

Author: Ducousso, Marie, Buissinot, Sylvaine, Brault, Véronique, Drucker, Martin, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Human Frontier Science Program Project RGP0013/2015, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: infection virale, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, pathologie végétale
Abstract: NanoLuc as a tool to study infection with a plant virus. 50. Jahrestreffen des Arbeitskreises "Viruskrankheiten der Pflanzen"
Published: 2018

22. Expériences de transmission par cochenilles de virus de la vigne

Author: Hommay, Gerard, Herrbach, Etienne, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Fonds européen de développement régional, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: viruses, transmission de virus, [SDV]Life Sciences [q-bio], cochenille, phytovirus, vecteur, protocole, vigne
Abstract: Mode opératoire rédigé par INRA, UMR SVQV Colmar, dans le cadre du projet Interreg 2016-2018 « InvaProtect »; Expériences de transmission par cochenilles de virus de la vigne
Published: 2018

23. Caractères distinctifs des femelles adultes de Parthenolecanium corni (lécanine du cornouiller) et de Parthenolecanium persicae (lécanine du pêcher)

Author: Hommay, Gerard, Herrbach, Etienne, Hoffmann, Christoph, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Julius Kühn Institut - Institut für Pflanzenschutz in Obst und Weinbau (JKI), Inconnu, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], identification, vigne, cochenille
Abstract: Caractères distinctifs des femelles adultes de Parthenolecanium corni (lécanine du cornouiller) et de Parthenolecanium persicae (lécanine du pêcher)
Published: 2018

24. Experimente zur Übertragung von Rebenviren durch Schildläuse

Author: Hommay, Gerard, Herrbach, Etienne, Hoffmann, Christoph, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut für Pflanzenschutz in Obst und Weinbau (JKI), INRA Colmar, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I
Subjects: transmission de virus, [SDV]Life Sciences [q-bio], vigne, cochenille, vecteur, protocole, phytovirus
Abstract: Experimente zur Übertragung von Rebenviren durch Schildläuse
Published: 2018

25. Oak genome reveals facets of long lifespan

Author: Plomion, Christophe, Aury, Jean-Marc, Amselem, Joelle, Leroy, Thibault, Murat, Florent, Duplessis, Sébastien, Faye, Sébastien, Francillonne, Nicolas, Labadie, Karine, Le Provost, Grégoire, Lesur Kupin, Isabelle, Bartholome, Jérôme, Faivre-Rampant, Patricia, Kohler, Annegret, Leplé, Jean-Charles, Chantret, Nathalie, Chen, Jun, Dievart, Anne, Alaeitabar, Tina, Barbe, Valérie, Belser, Caroline, Berges, Helene, Bodenes, Catherine, Bogeat-Triboulot, Marie-Béatrice, Bouffaud, Marie-Lara, Brachi, Benjamin, Chancerel, Emilie, Cohen, David, Couloux, Arnaud, da Silva, Corinne, Dossat, Carole, Ehrenmann, François, Gaspin, Christine, Grima Pettenati, Jacqueline, Guichoux, Erwan, Hecker, Arnaud, Herrmann, Sylvie, Hugueney, Philippe, Hummel, Irène, Klopp, Christophe, Lalanne, Céline, Lascoux, Martin, Lasserre, Eric, Lemainque, Arnaud, Desprez-Loustau, Marie Laure, Luyten, Isabelle, Madoui, Mohammed-Amin, Mangenot, Sophie, Marchal, Clémence, Maumus, Florian, Mercier, Jonathan, Michotey, Célia, Panaud, Olivier, Picault, Nathalie, Rouhier, Nicolas, Rué, Olivier, Rustenholz, Camille, Salin, Franck, Soler, Marçal, Tarkka, Mika, Velt, Amandine, Zanne, Amy E., Martin, Francis, Wincker, Patrick, Quesneville, Hadi, Kremer, Antoine, Salse, Jerome, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Department of Ecology and Genetics [Uppsala] (EBC), Uppsala University, Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Department of Soil Ecology, Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Régulation et Dynamique de la Formation du Bois, Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), German Centre for Integrative Biodiversity Research, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratori del Suro, Universitat de Girona (UdG), Department of Biological Sciences, University at Albany [SUNY], State University of New York (SUNY)-State University of New York (SUNY), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université d'Evry Val d'Essonne, Université Paris-Saclay, European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), German Centre for Integrative Biodiversity Research (iDiv), The George Washington University (GW), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Biodiversité, Gènes et Communautés, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), SILVA (SILVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Université de Lorraine (UL), Helmholtz Centre for Environmental Research (UFZ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-AgroParisTech
Subjects: Evolutionary Biology, DNA, Plant, [SDV]Life Sciences [q-bio], Longevity, Genetic Variation, Forestry, Sequence Analysis, DNA, Genomics, Biological Evolution, Article, Evolutionsbiologi, Quercus, Plant evolution, Mutation, Genetics, Sequencing, Plant Immunity, Genetik, Genome, Plant, Phylogeny
Abstract: Oaks are an important part of our natural and cultural heritage. Not only are they ubiquitous in our most common landscapes' but they have also supplied human societies with invaluable services, including food and shelter, since prehistoric times(2). With 450 species spread throughout Asia, Europe and America(3), oaks constitute a critical global renewable resource. The longevity of oaks (several hundred years) probably underlies their emblematic cultural and historical importance. Such long-lived sessile organisms must persist in the face of a wide range of abiotic and biotic threats over their lifespans. We investigated the genomic features associated with such a long lifespan by sequencing, assembling and annotating the oak genome. We then used the growing number of whole-genome sequences for plants (including tree and herbaceous species) to investigate the parallel evolution of genomic characteristics potentially underpinning tree longevity. A further consequence of the long lifespan of trees is their accumulation of somatic mutations during mitotic divisions of stem cells present in the shoot apical meristems. Empirical(4) and modelling(5) approaches have shown that intra-organismal genetic heterogeneity can be selected for(6) and provides direct fitness benefits in the arms race with short-lived pests and pathogens through a patchwork of intra-organismal phenotypes(7). However, there is no clear proof that large-statured trees consist of a genetic mosaic of clonally distinct cell lineages within and between branches. Through this case study of oak, we demonstrate the accumulation and transmission of somatic mutations and the expansion of disease-resistance gene families in trees.
Published: 2018
Full Text: View/download PDF

26. Evaluer la sélection génomique au sein de croisements bi-parentaux d’espèces pérennes fruitières génotypés par séquençage : point d’étape du projet FruitSelGen

Author: Timothée Flutre, Amandine Launay, Caroline Denance, Helene Muranty, Jean Marc Audergon, Carole Confolent, Patrick Lambert, Bénédicte Quilot-Turion, Pierre-François Bert, Elisa Marguerit, Elisabeth Dirlewanger, José Quero-Garcia, Stephane Decroocq, Veronique Decroocq, Gisele Butterlin, Eric Duchêne, Evelyne Costes, Jean-Jacques Kelner, Benoit Pallas, Pierre Mournet, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Unité de recherche Génétique et amélioration des fruits et légumes (GALF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Université de Bordeaux, Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Métaprogramme Selgen, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Architecture et Fonctionnement des Espèces Fruitières [AGAP] (AFEF), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)
Subjects: [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, sélection génomique
Abstract: Evaluer la sélection génomique au sein de croisements bi-parentaux d’espèces pérennes fruitières génotypés par séquençage : point d’étape du projet FruitSelGen. Séminaire SelGen 2017 : "La sélection génomique, bilan et perspectives"
Published: 2017

27. A fluorescent infectious clone of Turnip yellows virus to study the effect of aphid infestation on virus distribution in planta

Author: Boissinot, Sylvaine, Pichon, Elodie, Sorin, Céline, Scheidecker, Danièle, Ziegler Graff, Véronique, Brault, Veronique, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institute of Plant Sciences, Agricultural Research Organization-The Volcani Center, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, aphide, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, viruses, plant louse, fungi, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, food and beverages, virus de la mosaïque jaune du navet, protection des cultures, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, TuYV, turnip yellow mosaic virus
Abstract: BGPI : équipe 2; Turnip yellows virus (TuYV) is a polerovirus (family Luteoviridae) restricted to phloem tissue and obligatorily transmitted by aphids in a circulative and non-propagative mode. This virus infects several plant species of economic importance. The icosahedral viral particles contain a single positive strand RNA genome. In order to track virus movement in plants and to measure the impact of aphids presence on virus distribution in plants, a GFP-tagged virus was engineered (TuYV-GFP). In this construct, the GFP sequence was inserted in a non-structural protein sequence involved, to some extent, in virus movement. The fluorescent signal is expected to label virus replicating cells. The TuYV-GFP sequence was introduced into a binary vector to inoculate several plant species by agro infiltration. TuYV-GFP was able to replicate and to move in A. thaliana, N.benthamiana and M. perfoliata. Accumulation of TuYV-GFP was however reduced when compared to the wild type virus. The impaired ability of the recombinant virus to reach efficiently non inoculated leaves is likely due to the insertion of the GFP sequence in the viral genome. The TuYVGFP genome was stable in N. benthamiana while it was subjected to partial deletions in A. thalianaand in M. perfoliata. Nevertheless, we observed fluorescent phloem cells in non-inoculated leaves of the three plant species. Importantly, fluorescent phloem cells were also observed after virus acquisition and inoculation by aphids, both in inoculated and non-inoculated leaves. This major breakthrough in the study of poleroviruses persistently transmitted by aphids will now be used to address whether the virus localisation in planta is affected following aphid infestation.
Published: 2017

28. Correction: Structural Insights into Viral Determinants of Nematode Mediated Grapevine fanleaf virus Transmission

Author: Pascale Schellenberger, Claude Sauter, Bernard Lorber, Patrick Bron, Stefano Trapani, Marc Bergdoll, Aurélie Marmonier, Corinne Schmitt-Keichinger, Olivier Lemaire, Gérard Demangeat, Christophe Ritzenthaler, Architecture et réactivité de l'ARN (ARN), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN), Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Biochimie Structurale [Montpellier] (CBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MATHELIN, Sandra, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut de Recherche Mathématique de Rennes (IRMAR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: lcsh:Immunologic diseases. Allergy, Nematoda, [SDV]Life Sciences [q-bio], Nepovirus, Static Electricity, Immunology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Microbiology, Plant Viruses, 03 medical and health sciences, Capsid, X-Ray Diffraction, Sequence Analysis, Protein, Virology, Genetics, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Protein Structure, Quaternary, lcsh:QH301-705.5, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Diseases, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030302 biochemistry & molecular biology, Correction, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], lcsh:Biology (General), Amino Acid Substitution, Mutation, RNA, Viral, Capsid Proteins, Parasitology, lcsh:RC581-607, Sequence Alignment
Abstract: Many animal and plant viruses rely on vectors for their transmission from host to host. Grapevine fanleaf virus (GFLV), a picorna-like virus from plants, is transmitted specifically by the ectoparasitic nematode Xiphinema index. The icosahedral capsid of GFLV, which consists of 60 identical coat protein subunits (CP), carries the determinants of this specificity. Here, we provide novel insight into GFLV transmission by nematodes through a comparative structural and functional analysis of two GFLV variants. We isolated a mutant GFLV strain (GFLV-TD) poorly transmissible by nematodes, and showed that the transmission defect is due to a glycine to aspartate mutation at position 297 (Gly297Asp) in the CP. We next determined the crystal structures of the wild-type GFLV strain F13 at 3.0 Å and of GFLV-TD at 2.7 Å resolution. The Gly297Asp mutation mapped to an exposed loop at the outer surface of the capsid and did not affect the conformation of the assembled capsid, nor of individual CP molecules. The loop is part of a positively charged pocket that includes a previously identified determinant of transmission. We propose that this pocket is a ligand-binding site with essential function in GFLV transmission by X. index. Our data suggest that perturbation of the electrostatic landscape of this pocket affects the interaction of the virion with specific receptors of the nematode's feeding apparatus, and thereby severely diminishes its transmission efficiency. These data provide a first structural insight into the interactions between a plant virus and a nematode vector.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

29. Geographic Distribution of Cryptic Species of Plasmopara viticola Causing Downy Mildew on Wild and Cultivated Grape in Eastern North America

Author: François Delmotte, Mizuho Nita, Mélanie Rouxel, David M. Gadoury, Jiang Lu, Odile Carisse, Alice Wise, Sylvie Richard-Cervera, Anton Baudoin, Pere Mestre, Michael A. Ellis, Laurent Delière, A. M. C. Schilder, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Bioinformatics Institute, Virginia Polytechnic Institute and State University [Blacksburg], Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), Ohio State University [Columbus] (OSU), Cornell University [New York], Florida Agricultural and Mechanical University (FAMU), University of Florida [Gainesville] (UF), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, French National Research Agency [ANR-07-BDIV-003], French Ministry for Agriculture and Fisheries [CTPS-006-2008-vigne], and Foundation Jean Poupelain (Javrezac, France)
Subjects: Species complex, Range (biology), [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular Sequence Data, Parthenocissus quinquefolia, Plant Science, Host Specificity, Plasmopara, DNA, Ribosomal Spacer, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, Phylogeny, Plant Diseases, Appalachian Region, Peronospora, Base Sequence, Geography, biology, Quebec, Sequence Analysis, DNA, Parthenocissus, biology.organism_classification, plant pathogen, Center of origin, Plant Leaves, Plasmopara viticola, Florida, Downy mildew, Great Lakes Region, Sequence Alignment, Agronomy and Crop Science
Abstract: Rouxel, M., Mestre, P., Baudoin, A., Carisse, O., Deliere, L., Ellis, M. A., Gadoury, D., Lu, J., Nita, M., Richard-Cervera, S., Schilder, A., Wise, A., and Delmotte, F. 2014. Geographic distribution of cryptic species of Plasmopara viticola causing downy mildew on wild and cultivated grape in eastern North America. Phytopathology 104:692-701. The putative center of origin of Plasmopara viticola, the causal agent of grape downy mildew, is eastern North America, where it has been described on several members of the family Vitaceae (e.g., Vitis spp., Parthenocissus spp., and Ampelopsis spp.). We have completed the first large-scale sampling of P. viticola isolates across a range of wild and cultivated host species distributed throughout the above region. Sequencing results of four partial genes indicated the presence of a new P. viticola species on Vitis vulpina in Virginia, adding to the four cryptic species of P. viticola recently recorded. The phylogenetic analysis also indicated that the P. viticola species found on Parthenocissus quinquefolia in North America is identical to Plasmopara muralis in Europe. The geographic distribution and host range of five pathogen species was determined through analysis of the internal transcribed spacer polymorphism of 896 isolates of P. viticola. Among three P. viticola species found on cultivated grape, one was restricted to Vitis interspecific hybrids within the northern part of eastern North America. A second species was recovered from V. vinifera and V. labrusca, and was distributed across most of the sampled region. A third species, although less abundant, was distributed across a larger geographical range, including the southern part of eastern North America. P. viticola clade aestivalis predominated (83% of isolates) in vineyards of the European winegrape V. vinifera within the sampled area, indicating that a single pathogen species may represent the primary threat to the European host species within eastern North America.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

30. ADVANCES IN BIOLOGY, ECOLOGY AND CONTROL OF XIPHINEMA INDEX, THE NEMATODE VECTOR OF GRAPEVINE FAN LEAF VIRUS

Author: Nathalie Ollat, Gérard Demangeat, D. Esmenjaud, M. van Helden, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Victor Segalen - Bordeaux 2-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, Muscadinia, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ecology (disciplines), Horticulture, Biology, 01 natural sciences, Xiphinema index, Virus, Plant virus, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Hybrid, 2. Zero hunger, virus-vector interaction, Ecology, genetic diversity, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, rootstocks, grapevine, Nematode, Vector (epidemiology), [SDE]Environmental Sciences, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Rootstock, 010606 plant biology & botany
Abstract: National audience; The ectoparasitic dagger nematode, Xiphinema index, transmits Grapevine fanleaf virus (GFLV), which is responsible for a progressive degeneration of grapevines occurring across the world's vineyards. Since 2000, new data on the biology and ecology of the vector nematode and on the virus-nematode and plant-nematode interactions have contributed to elicit new alternatives to chemicals for nematode control. Molecular tools have allowed reliable nematode identification and new insights have been acquired into its genetic diversity at both the world and local scales and into its mode of reproduction. The long virus retention by the nematode in the bare soil combined with the location of the nematode in deep soil layers have highlighted the interest of both the development of nematode-resistant rootstocks as priority control alternative and the fundamental studies on molecular mechanisms of this specific virus retention. Some Muscadine accessions are currently the most efficient resistance sources. An optimization of their use through the characterization of Vitis x Muscadinia F-1 and BC1 material for spectrum, histological mechanisms, genetics and durability is in progress. In the perspective of an integrated control, the resistance strategy could be completed by fallow crops showing an antagonistic (direct or indirect) effect on nematode numbers between two successive grapevine plantings.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

31. A strain-specific segment of the RNA-dependent RNA polymerase of grapevine fanleaf virus determines symptoms in Nicotiana species

Author: Véronique Komar, Léa Ackerer, Emmanuelle Vigne, John Gottula, Olivier Lemaire, Christophe Ritzenthaler, Lalaina Rakotomalala, Corinne Schmitt-Keichinger, Lorène Belval, Marc Fuchs, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire SUBATECH Nantes (SUBATECH), Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SLAC National Accelerator Laboratory (SLAC), Stanford University, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Department of Plant Pathology and Plant-Microbe Biology, Cornell University, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA, Department Sante des Plantes et Environnement of INRA, Hatch Act Formula and Nolan Funds, and USDA-NIFA
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, Molecular Sequence Data, Nepovirus, RNA-dependent RNA polymerase, Nicotiana benthamiana, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, 01 natural sciences, Virus, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Species Specificity, Virology, RNA polymerase, Tobacco, Secoviridae, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, Amino Acid Sequence, Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Diseases, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, fungi, food and beverages, RNA, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Grapevine fanleaf virus, Sequence Analysis, DNA, RNA-Dependent RNA Polymerase, biology.organism_classification, Molecular biology, 3. Good health, chemistry, RNA, Viral, 010606 plant biology & botany
Abstract: Factors involved in symptom expression of viruses from the genus Nepovirus in the family Secoviridae such as grapevine fanleaf virus (GFLV) are poorly characterized. To identify symptom determinants encoded by GFLV, infectious cDNA clones of RNA1 and RNA2 of strain GHu were developed and used alongside existing infectious cDNA clones of strain F13 in a reverse genetics approach. In vitro transcripts of homologous combinations of RNA1 and RNA2 induced systemic infection in Nicotiana benthamiana and Nicotiana clevelandii with identical phenotypes to WT virus strains, i.e. vein clearing and chlorotic spots on N. benthamiana and N. clevelandii for GHu, respectively, and lack of symptoms on both hosts for F13. The use of assorted transcripts mapped symptom determinants on RNA1 of GFLV strain GHu, in particular within the distal 408 nt of the RNA-dependent RNA polymerase (1EPol), as shown by RNA1 transcripts for which coding regions or fragments derived thereof were swapped. Semi-quantitative analyses indicated no significant differences in virus titre between symptomatic and asymptomatic plants infected with various recombinants. Also, unlike the nepovirus tomato ringspot virus, no apparent proteolytic cleavage of GFLV protein 1EPol was detected upon virus infection or transient expression in N. benthamiana. In addition, GFLV protein 1EPol failed to suppress silencing of EGFP in transgenic N. benthamiana expressing EGFP or to enhance GFP expression in patch assays in WT N. benthamiana. Together, our results suggest the existence of strain-specific functional domains, including a symptom determinant module, on the RNA-dependent RNA polymerase of GFLV.
Published: 2013
Full Text: View/download PDF

32. Riboflavin (Vitamin B2) induces defence responses and resistance to Plasmopara viticola in grapevine

Author: Anne Poutaraud, Julie Chong, H. Boubakri, Jean Masson, Isabelle Soustre-Gacougnolle, Ahmed Mliki, Christophe Bertsch, C. Schmitt, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Laboratoire Vigne, Biotechnologies et Environement, and Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))
Subjects: 0106 biological sciences, Hypha, hydrogen peroxide, Riboflavin, Plant Science, Horticulture, 01 natural sciences, induced resistance, days post-treatment, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Botany, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, days post-inoculation, Pathogen, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Jasmonic acid, jasmonic acid, Callose, food and beverages, hours post-treatment, pathogenesis related, biology.organism_classification, Fungicide, chemistry, Plasmopara viticola, defense responses, Downy mildew, Agronomy and Crop Science, 2-deoxy-D-glucose, 010606 plant biology & botany
Abstract: Grapevine (Vitis vinifera) is susceptible to a variety of pathogenic fungi that affect yield and wine quality. Their control is generally achieved by widespread application of fungicides in the vineyards. The economic costs and negative environmental impact associated with these applications has led to a quest for alternative strategies, focusing on manipulation of host defence mechanisms. Here, we evaluated the ability of riboflavin (i.e. Vitamin B2) to induce resistance against downy mildew in grapevine. Our results showed that 2 mM riboflavin applied 1-3 days before pathogen inoculation provided a disease reduction efficiency of 86 %. A microscopic analysis of the time course of P. viticola colonization in riboflavin-treated leaf discs suggests early inhibition of hyphae spreading in the intercellular space. This resistance does not result from a direct fungitoxic effect of riboflavin. However, this vitamin activates host-defence responses including H2O2 generation, upregulation of an array of defence-related genes and synthesis of callose in stomata cells, while stilbene synthesis is not affected. Using a pharmacological approach, we deduced that both jasmonic acid and callose biosynthesis pathways are significantly involved in riboflavin-induced resistance against downy mildew in grapevine.
Published: 2013
Full Text: View/download PDF

33. Occurrence of Grapevine Pinot gris virus in France: field monitoring in diverse viticulture areas

Author: Spilmont, Anne-Sophie, Sevin, Anne-Frédérique, Dubreuil, Annie, Beccavin, Isabelle, Beuve, Monique, Candresse, Thierry, Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, virus phytopathogène, field monitoring, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, GPGV, grapevine pinot gris virus, phytopathogenic virus, santé des plantes, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, symptoms, Grapevine, France, plant health, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Phylogenetic analyses
Abstract: UMR BFP -Equipe Virologie; Occurrence of [i]Grapevine Pinot gris virus[/i] in France: field monitoring in diverse viticulture areas. 16. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2017)
Published: 2017

34. Ampelovirus and Vitivirus relationships in grapevine

Author: Alliaume, Antoine, Reinbold, Catherine, Herrbach, Etienne, Lemaire, Olivier, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: vigne, phytovirus, vecteur, transmission de virus, cochenille, ampelovirus, vitivirus, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Ampelovirus and Vitivirus relationships in grapevine. 16e Rencontres de Virologie Végétale
Published: 2017

35. No undesired impact of GM grapevines cultivation on viruses and its associated soil bacteria

Author: HILY, Jean-Michel, DEMANÈCHE, Sandrine, POULICARD, Nils, DJENNANE, Samia, VIGNE, Emmanuelle, DEMANGEAT, Gerard, MARAIS-COLOMBEL, Armelle, CANDRESSE, Thierry, SIMONET, Pascal, LEMAIRE, Olivier, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Ampère, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, virus phytopathogène, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, bactérie du sol, phytopathogenic virus, santé des plantes, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, plante transgénique, plant health, vigne cultivée, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, transgenic plant, évaluation impact sur l'environnement
Abstract: UMR BFP - Equipe Virologie; National audience
Published: 2017

36. Silencing is an effective approach for knockdown of plum pox virus RNA

Author: Briard, Pascal, Ravelonandro, Michel, Hily, Jean-Michel, Scorza, Ralph, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), ASDA-ARS Appalachian Fruit Research Station, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). FRA., ProdInra, Archive Ouverte, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1
Subjects: [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, manipulation génétique, virus phytopathogène, ppv, résistance au virus, genetic manipulation, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, prunus, sharka du prunier, phytopathogenic virus, potyvirus, santé des plantes, silencing, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, plum pox virus, virologie végétale, plant health, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: UMR BFP - Equipe Virologie; Silencing is an effective approach for knockdown of [i]plum pox virus[/i] RNA. 16. Rencontres de Virologie Végétale (RVV 2017)
Published: 2017

37. A fluorescent infectious clone of Turnip yellows virus capable of plant systemic invasion and aphid transmission

Author: Boissinot, Sylvaine, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), ANR 28000159, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: viruses, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: A fluorescent infectious clone of Turnip yellows virus capable of plant systemic invasion and aphid transmission. 16èmes rencontres de virologie végétale
Published: 2017

38. A new version of the grapevine reference genome assembly (12X.v2) and of its annotation (VCost.v3)

Author: I. Le Clainche, Rémi Bounon, Simone Scalabrin, Stephane Rombauts, Michele Morgante, Jérôme Grimplet, Aurélie Canaguier, Dominique Brunel, M-C Le Paslier, A-F Adam-Blondon, Nathalie Choisne, Eric Duchêne, Aurélie Bérard, A. Chauveau, Nacer Mohellibi, G. Di Gaspero, C Rustenholz, Cécile Guichard, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Saclay, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino, Universidad de La Rioja (UR), Universidad de la Rioja, Istituto di Genomica Applicata, Applied Genomics Institute (IGA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), VIB Center for Plant Systems Biology, ANR-Plant-KBBE-2008-GrapeReSeq and ANR-2008-Muscares, ANR-08-GENM-0007,MUSCARES,Génomique comparée de Vitis vinifera et Muscadinia rotundifolia pour l'analyse de la résistance aux maladies chez les Vitaceae(2008), ANR-08-KBBE-0008,GRAPERESEQ,Large scale re-sequencing in the Vitis genus for identification of resistance genes, SNP discovery and high throughput genotyping(2008), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Center for Plant Systems Biology (PSB Center), Vlaams Instituut voor Biotechnologie [Ghent, Belgique] (VIB), Institut National de la Recherche Agronomique (France), Università degli Studi di Udine, Institute of Applied Genomics (Italy), Flanders Institute for Biotechnology, Ghent University, European Cooperation in Science and Technology, Agence Nationale de la Recherche (France), Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, Adam-Blondon, Anne-Françoise [0000-0002-3412-9086], Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Morgante, Michele, and Adam-Blondon, Anne-Françoise
Subjects: 0301 basic medicine, lcsh:QH426-470, Gene prediction, Genomic data, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gene annotation, annotation génomique, Biology, Chromosomes assembly, Genome, Vitis vinifera, Biotechnology, Biochemistry, Molecular Medicine, Genetics, 03 medical and health sciences, Annotation, appariement chromosomique, Data in Brief, 2. Zero hunger, synapsis, génome, Biology and Life Sciences, Gene Annotation, genome, chromosomes assembly, gene annotation, GENE-PREDICTION, 3. Good health, FAMILY, lcsh:Genetics, ALIGNMENT, 030104 developmental biology, GenBank, INTEGRATION, Reference genome
Abstract: The grapevine reference genome was published by Jaillon et al. [1]. The sequence for the first version of the genome, called the 8X version, was obtained using a whole genome shotgun strategy and the Sanger sequencing technology and was assembled from reads representing 8X coverage. Soon after, the assembly was improved through the addition of 4X of additional coverage, including more Bacterial Artificial Chromosome end sequences that greatly improved the scaffolding of the sequence contigs [2], [3]. The corresponding scaffolds and raw sequences were deposited in European Molecular Biology Laboratory (EMBL) archives (FN594950-FN597014, 2065 entries, release 102). A new chromosome assembly was also developed, based on an improved version of the maps used for the 8X genome version [2], [3], [4], [5] and was also archived at EMBL (FN597015-FN597047, 33 entries, release 102): it is referenced in the grapevine community as the 12X.v0 version of the grapevine reference genome. The chromosome sequence scaffolding of this version still necessitated improvements as around 9% of the sequence was not anchored to chromosomes (with the corresponding scaffolds stacked in the “Unknown” chromosome) and 3.5% of the sequence could be assigned to a chromosome but without certain placement and orientation within the chromosome (stacked in additional “random” chromosomes)., This work was supported by the French National Institute for Agriculture (INRA, France), the University of Udine and the Institute of Applied Genomics (Italy), the Vlaams Institut voor Biotechnologie and the University of Ghent (Belgium), the Istituto de Ciencas de la Vid et del Vino (Logroño, Spain) and several grants: ANR-Plant-KBBE-2008- GrapeReSeq and ANR-2008-Muscares funded by the French National Research Agency (ANR), Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto, no. COSVIR27129) funded by the Italian Ministry of Agriculture and the COST action FA1106 funded under the European FP7 Research Program
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

39. Drought reduces transmission of Turnip yellows virus, an insect-vectored circulative virus

Author: Denis Vile, Manuella van Munster, Stéphane Blanc, Michel Yvon, Véronique Brault, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and AAP-SPE grant by INRA
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, food.ingredient, Arabidopsis thaliana, Polerovirus, media_common.quotation_subject, viruses, Arabidopsis, Insect, Virus, 03 medical and health sciences, food, Virology, Plant virus, Botany, Animals, Tymovirus, Aphid, Plant Diseases, media_common, Water Deprivation, biology, Abiotic stress, Phenology, fungi, food and beverages, Feeding Behavior, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, Vector transmission, biology.organism_classification, 6. Clean water, Droughts, Insect Vectors, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, turnip yellows virus, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Aphids, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology
Abstract: BGPI : équipe 2; Application of a severe water deficit to Arabidopsis thaliana plants infected with a mutant of Turnip yellows virus (TuYV, Family Luteoviridae) triggers a significant alteration of several plant phenology traits and strongly reduces the transmission efficiency of the virus by aphids. Although virus accumulation in water-stressed plants was similar to that in plants grown under well-watered conditions, virus accumulation was reduced in aphids fed on plants under water deficit. These results suggest alteration of the aphid feeding behavior on plants under water deficit.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

40. Grapevine phenology in France : from past observations to future evolutions in the context of climate change

Author: Laure de Resseguier, Eric Duchêne, Cornelis van Leeuwen, Thierry Lacombe, Gérard Barbeau, Agnès Destrac-Irvine, Nicolas Saurin, Amber Parker, Iñaki García de Cortázar-Atauri, Agroclim (AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Vigne et Vin (UVV), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Lincoln University, Unité expérimentale de Pech-Rouge (PECH ROUGE), LACCAVE and PERPHECLIM projects funded by the meta-program Adaptation of Agriculture and Forests to Climate Change (AAFCC), UE Agroclim (UE AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (EGFV), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Unité expérimentale de Pech-Rouge, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Université de Bordeaux (UB), and Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, observation, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Climate change, Distribution (economics), Context (language use), Horticulture, Vineyard, 01 natural sciences, phenology, base physiologique, lcsh:Agriculture, Vitis vinifera L, climate change, dataset, model, France, cultivar, vitis vinifera, lcsh:Botany, stratégie d'adaptation, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, banque de données, Milieux et Changements globaux, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, business.industry, Ecology, Phenology, Environmental resource management, lcsh:S, Future climate, 15. Life on land, viticulture, phénologie, Variety (cybernetics), lcsh:QK1-989, Geography, Trait, adaptation au changement climatique, business, 010606 plant biology & botany, Food Science
Abstract: Aim: Phenology is a key factor in explaining the distribution and diversity of current vineyards in France. This work has the objective to summarize the different studies developed in France to analyze grapevine phenology.Methods and results: Several topics are presented: a general description of all historical databases and observatory networks developed in France during the last 70 years; an overview of the different models developed to calculate the main phenological stages; an analysis of the main results obtained using these models in the context of studies of climate change impacts on viticulture in France; and finally a general discussion about the main strategies to adapt the phenological cycle to future climate conditions.Conclusion: This review emphasizes that even if phenology is not the only trait to be considered for adapting grapevine to climate change, it plays a major role in the distribution of the current variety x vineyard associations.Significance and impact of the study: It is therefore critical to continue to study phenology in order to better understand its physiological and genetic basis and to define the best strategies to adapt to future climatic conditions.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

41. Combining ecophysiological models and genetic analysis: a promising way to dissect complex adaptive traits in grapevine

Author: Thierry Simonneau, Nathalie Ollat, Zhanwu Dai, Cornelis van Leeuwen, Junqi Zhu, Philippe Vivin, Serge Delrot, Iñaki García de Cortázar-Atauri, Elisa Marguerit, Eric Duchêne, Eric Lebon, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (EGFV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Université de Bordeaux (UB), Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (LEPSE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, UE Agroclim (UE AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA ACCAF Meta Program for their financial support in the framework of the LACCAVE (Long term Adaptation to Climate Change in Viticulture and Enology) research project, Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroclim (AGROCLIM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, genetical analysis, In silico, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Process-based models, Horticulture, Biology, modèle écophysiologique, 01 natural sciences, Genetic analysis, lcsh:Agriculture, 03 medical and health sciences, Crop production, lcsh:Botany, Climate change, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Plant breeding, Adaptation, G×E interaction, Grapevine, 2. Zero hunger, Adaptive traits, Genetic diversity, Vegetal Biology, business.industry, Abiotic stress, lcsh:S, genotype environment interaction, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, 15. Life on land, lcsh:QK1-989, Biotechnology, interaction génotype environnement, 030104 developmental biology, 13. Climate action, amélioration de la vigne, Biochemical engineering, adaptation au changement climatique, écophysiologie végétale, business, Biologie végétale, analyse génétique, 010606 plant biology & botany, Food Science
Abstract: This article is published in cooperation with the ClimWine international conference held in Bordeaux 11-13 April 2016.; Designing genotypes with acceptable performance under warmer or drier environments is essential for sustainable crop production in view of climate change. However, this objective is not trivial for grapevine since traits targeted for genetic improvement are complex and result from many interactions and trade-off between various physiological and molecular processes that are controlled by many environmental conditions. Integrative tools can help to understand and unravel these Genotype × Environment interactions. Indeed, models integrating physiological processes and their genetic control have been shown to provide a relevant framework for analyzing genetic diversity of complex traits and enhancing progress in plant breeding for various environments. Here we provide an overview of the work conducted by the French LACCAVE research consortium on this topic. Modeling abiotic stress tolerance and fruit quality in grapevine is a challenging issue, but it will provide the first step to design and test in silico plants better adapted to future issues of viticulture.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

42. First Report of Grapevine asteroid mosaic-associated virus Infecting Grapevine (Vitis vinifera) in France

Author: Thierry Candresse, Chantal Faure, Monique Beuve, Sébastien Theil, Armelle Marais, Olivier Lemaire, A. S. Spilmont, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Domaine de l’Espiguette, Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Grapevine asteroid mosaic-associated virus, fungi, food and beverages, Plant Science, Biology, 01 natural sciences, Virus, 3. Good health, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Botany, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Vitis vinifera, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: UMR BFP - Equipe Virologie; First Report of Grapevine asteroid mosaic-associated virus Infecting Grapevine (Vitis vinifera) in France
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

43. Systemic Propagation of a Fluorescent Infectious Clone of a Polerovirus Following Inoculation by Agrobacteria and Aphids

Author: Danièle Scheidecker, Céline Sorin, Véronique Ziegler-Graff, Céline Piccini, Elodie Pichon, Sylvaine Boissinot, Véronique Brault, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French National Agency for Research (ANR) : ANR-14-CE19-0010-01, ANR-06-BLAN066-0009 P0-SUPP, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Brault, Veronique
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, plant louse, Agrobacterium, Recombinant virus, polerovirus, Green fluorescent protein, Polerovirus, aphid transmission, bacteria, Aphid, biology, Microbiology and Parasitology, fluorescent clone, systemic infection, food and beverages, Plants, Recombinant Proteins, Microbiologie et Parasitologie, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Capsid, food.ingredient, aphide, Green Fluorescent Proteins, Luteoviridae, Article, Virus, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, Transformation, Genetic, food, Virology, Animals, inoculation, Plant Diseases, Staining and Labeling, fungi, biology.organism_classification, maladie des plantes, Insect Vectors, 030104 developmental biology, Aphids, Phloem, TuYV
Abstract: BGPI : équipe 2; International audience; A fluorescent viral clone of the polerovirus Turnip yellows virus (TuYV) was engineered by introducing the Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP) sequence into the non-structural domain sequence of the readthrough protein, a minor capsid protein. The resulting recombinant virus, referred to as TuYV-RTGFP, was infectious in several plant species when delivered by agroinoculation and invaded efficiently non-inoculated leaves. As expected for poleroviruses, which infect only phloem cells, the fluorescence emitted by TuYV-RTGFP was restricted to the vasculature of infected plants. In addition, TuYV-RTGFP was aphid transmissible and enabled the observation of the initial sites of infection in the phloem after aphid probing in epidermal cells. The aphid-transmitted virus moved efficiently to leaves distant from the inoculation sites and importantly retained the EGFP sequence in the viral genome. This work reports on the first engineered member in the Luteoviridae family that can be visualized by fluorescence emission in systemic leaves of different plant species after agroinoculation or aphid transmission
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

44. A grapevine cytochrome P450 generates the precursor of wine lactone, a key odorant in wine

Author: Lucie Kriegshauser, Laurence Miesch, Philippe Hugueney, Andrea Ilg, Florian Lauvoisard, Danièle Werck-Reichhart, Eric Duchêne, Tina Ilc, Raymonde Baltenweck, David Halter, Nicolas Navrot, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Université de Strasbourg (UNISTRA), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence Nationale de la Recherche [ANR-13-BSV6-0010], European Union under REA [289217], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Institut de Chimie de Strasbourg, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire de Chimie Quantique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Physiology, cytochrome P450, Acyclic Monoterpenes, [SDV]Life Sciences [q-bio], Quantitative Trait Loci, Aroma of wine, Wine, Plant Science, wine aroma, wine lactone, Genes, Plant, 01 natural sciences, quantitative trait locus (QTL), Lactones, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Cytochrome P-450 Enzyme System, Linalool, Gene Expression Regulation, Plant, Tobacco, Botany, Malolactic fermentation, Aroma compound, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, Food science, Aroma, Plant Proteins, biology, Wine lactone, biology.organism_classification, grapevine, Plant Leaves, Yeast in winemaking, 030104 developmental biology, chemistry, Fruit, Odorants, Monoterpenes, 010606 plant biology & botany
Abstract: Monoterpenes are important constituents of the aromas of food and beverages, including wine. Among monoterpenes in wines, wine lactone has the most potent odor. It was proposed to form via acid-catalyzed cyclization of (E)-8-carboxylinalool during wine maturation. It only reaches very low concentrations in wine but its extremely low odor detection threshold makes it an important aroma compound. Using LC-MS/MS, we show here that the (E)-8-carboxylinalool content in wines correlates with their wine lactone content and estimate the kinetic constant for the very slow formation of wine lactone from (E)-8-carboxylinalool. We show that (E)-8-carboxylinalool is accumulated as a glycoside in grape (Vitis vinifera) berries and that one of the cytochrome P450 enzymes most highly expressed in maturing berries, CYP76F14, efficiently oxidizes linalool to (E)-8-carboxylinalool. Our analysis of (E)-8-carboxylinalool in Riesling × Gewurztraminer grapevine progeny established that the CYP76F14 gene co-locates with a quantitative trait locus for (E)-8-carboxylinalool content in grape berries. Our data support the role of CYP76F14 as the major (E)-8-carboxylinalool synthase in grape berries and the role of (E)-8-carboxylinalool as a precursor to wine lactone in wine, providing new insights into wine and grape aroma metabolism, and new methods for food and aroma research and production.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

45. Poleroviruses étroitement liées dépendent de facteurs d'initiation de traduction distinctes pour infecter Arabidopsis thaliana

Author: C. Caranta, S. Lacombe, Danièle Scheidecker, Véronique Brault, Véronique Ziegler-Graff, Louis Wiss, Monique Beuve, Catherine Reinbold, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, Eukaryotic Initiation Factor-4E, Arabidopsis, polerovirus, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Arabidopsis thaliana, traduction génétique, pathologie végétale, Animal biology, 0303 health sciences, Virulence, eif4e, EIF4G, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, EIF4E, interaction plante virus, food and beverages, Translation (biology), General Medicine, Recombinant Proteins, 3. Good health, bmyv, Poleroviruses, Arabidopsis thaliana, RNA, BMYV, BWYV, TuYV, Host-Pathogen Interactions, [SDE]Environmental Sciences, Biology, 03 medical and health sciences, Eukaryotic translation, Species Specificity, Two-Hybrid System Techniques, Plant virus, Biologie animale, Animals, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Plant Diseases, 030304 developmental biology, Arabidopsis Proteins, arabidopsis thaliana, fungi, facteur eucaryotique d'initiation, biology.organism_classification, Virology, Insect Vectors, Luteoviridae, chemistry, Aphids, Mutation, Eukaryotic Initiation Factor-4G, Agronomy and Crop Science, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; En plus d'être essentiel pour la traduction de l'ARNm eucaryote, facteurs d'initiation de traduction sont également des éléments clés des interactions plante-virus. Afin de répondre à l'implication de ces facteurs dans le cycle infectieux de poleroviruses (transmis par les pucerons, les virus limité au phloème), l'accumulation de trois poleroviruses a été suivie en lignées mutantes d'Arabidopsis thaliana ayant une déficience dans la synthèse des facteurs d'initiation de traduction dans le eIF4E et eIF4G familles. Nous avons constaté que l'accumulation efficace de virus de la jaunisse du navet (TuYV) chez A. thaliana repose sur la présence de eIF (iso) 4G1, alors betterave doux virus jaunissement (BMYV) et betteraves jaunes de l'Ouest virus USA (BWYV-USA) comptent, au lieu , sur eIF4E1. Un rôle de ces facteurs dans les processus infectieux de TuYV et BMYV a été confirmée par une interaction directe dans la levure entre ces facteurs spécifiques et l'extrémité 5 'du génome viral lié à une protéine du virus apparenté. Bien que le mécanisme moléculaire sous-jacente est encore inconnue, cette étude révèle une situation totalement imprévue dans lequel des virus appartenant au même genre d'utilisation différents facteurs d'initiation de traduction pour une infection efficace de A. thaliana étroitement liés.
Published: 2013
Full Text: View/download PDF

46. Écologie et dynamique de populations de Drosophila suzukii dans deux régions viticoles françaises et potentiel de vection de la pourriture acide en fonction de sa plante hôte d’origine

Author: Binet, Delphine, Hommay, Gerard, Reinbold, Catherine, Bochet, Nicole, Herrbach, Etienne, Thiery, Denis, Gaudin, Jonathan, Delbac, Lionel, Rusch, Adrien, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], drosophile, dynamique de population, vigne, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Écologie et dynamique de populations de Drosophila suzukii dans deux régions viticoles françaises et potentiel de vection de la pourriture acide en fonction de sa plante hôte d’origine. Journées Drosophila suzukii, CTIFL
Published: 2016

47. How can grapevine genetics contribute to the adaptation to climate change?

Author: Eric Duchêne, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA)
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], media_common.quotation_subject, Climate change, adaptation, Horticulture, 01 natural sciences, Vineyard, lcsh:Agriculture, Effects of global warming, lcsh:Botany, genetic variability, Quality (business), 0105 earth and related environmental sciences, media_common, 2. Zero hunger, grapevine, climate change, business.industry, Ecology, Environmental resource management, lcsh:S, 15. Life on land, lcsh:QK1-989, Geography, Genomic information, Adaptation, business, 010606 plant biology & botany, Food Science
Abstract: Climate change is modifying the environmental conditions in all the vineyards across the world. The expected effects on grape and wine production can be positive in some grape growing regions, but under warmer or dryer conditions the volume and quality of the wines produced can be impaired. Adaptation to new climatic conditions includes changes in the cultivation areas, changes in the vineyard or cellar practices, and use of new rootstock × scion combinations. In this article, we provide an overview of the possible effects of climate change on grapevine physiology and berry quality and we describe the more important traits and the genetic variability that can be used in the adaptation process. We also present the modern techniques that can be used by researchers to identify the links between genomic information and behaviors in the field. Finally, we discuss the existing opportunities in the present grapevine collections and the strategies that can be used by breeders to create new varieties.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

48. Identification of a Vitis vinifera endo‐β‐1,3‐glucanase with antimicrobial activity against Plasmopara viticola

Author: Pere, Mestre, Gautier, Arista, Marie-Christine, Piron, Camille, Rustenholz, Christophe, Ritzenthaler, Didier, Merdinoglu, Jean-François, Chich, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], PR-2, food and beverages, Original Articles, Recombinant Proteins, grapevine, Plasmopara viticola, endo-beta-1, Anti-Infective Agents, Oomycetes, Gene Expression Regulation, Plant, Vitis vinifera, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Vitis, 3-glucanase, Disease Resistance, Plant Diseases, Plant Proteins
Abstract: Inducible plant defences against pathogens are stimulated by infections and comprise several classes of pathogenesis-related (PR) proteins. Endo-beta-1,3-glucanases (EGases) belong to the PR2 class and their expression is induced by many pathogenic fungi and oomycetes, suggesting that EGases play a role in the hydrolysis of pathogen cell walls. However, reports of a direct effect of EGases on cell walls of plant pathogens are scarce. Here, we characterized three EGases from Vitis vinifera whose expression is induced during infection by Plasmopara viticola, the causal agent of downy mildew. Recombinant proteins were expressed in Escherichia coli. The enzymatic characteristics of these three enzymes were measured in vitro and in planta. A functional assay performed in vitro on germinated P. viticola spores revealed a strong anti-P. viticola activity for EGase3, which strikingly was that with the lowest in vitro catalytic efficiency. To our knowledge, this work shows, for the first time, the direct effect against downy mildew of EGases of the PR-2 family from Vitis.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

49. H1–nucleosome interactions and their functional implications

Author: Sharma, Abhishek Bharadwaj, Van Dyck, Eric, Razvi, Syed Shoeb, Hasan, Mohammed Nihal, Hassan, Mohammed, Moselhy, Said Salama, Abualnaja, Khalid Omer, Kumosani, Taha Abduallah, Halwani, Majed, Asami, Tadao, Shukla, Manu, Soueidan, Lama, Noirclerc-Savoye, Marjolaine, Le Roy, Aline, Omran, Ziad, Zamzami, Mazin, Al-Malki, Abdulrahman Labeed, Choudhry, Hani, Andronov, Leonid, Michalon, Jonathan, Orlov, Igor, Vonesch, Jean-Luc, Klaholz, Bruno, Richert, Ludovic, Ashraf, Waseem, Alhosin, Mahmoud, Zaayter, Liliyana, Ahmad, Tanveer, Mély, Yves, Mousli, Marc, Garcia-Saez, Isabel, Cutter, Amber, Reymer, Anna, Syed, Sajad, Tonchev, Ognyan, Crucifix, Corinne, Lavery, Richard, Hayes, Jeffrey, Petosa, Carlo, Ibrahim, Abdulkhaleg, Gras, Stéphanie Le, VELT, Amandine, Jost, Bernard, Bronner, Christian, Fromental-Ramain, Catherine, Ramain, Philippe, Ors, Aysegul, Favier, Bertrand, Dalkara, Defne, Ozturk, Mehmet, Naidenov, Mladen, Ramos, Lorrie, Shuaib, Muhammad, Syed, Sajad Hussain, Lone, Imtiaz Nizar, Boopathi, Ramachandran, Fontaine, Emeline, Papai, Gabor, Tachiwana, Hiroaki, Gautier, Thierry, Skoufias, Dimitrios, Padmanabhan, Kiran, Kurumizaka, Hitoshi, Schultz, Patrick, Charles Richard, John Lalith, Shukla, Manu Shubhdarshan, Menoni, Hervé, Lone, Imtiaz Nisar, Roulland, Yohan, Ben Simon, Elsa, Kundu, Tapas, Angelov, Dimitar, Latrick, Chrysa, Marek, Martin, Ouararhni, Khalid, Papin, Christophe, Stoll, Isabelle, Ignatyeva, Maria, Obri, Arnaud, Ennifar, Eric, Romier, Christophe, Bednar, Jan, Hamiche, Ali, Dimitrov, Stefan, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Fonctions et dysfonctions épithéliales - UFC (EA 4267) (FDE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies (UMR 7021), Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de Biophotonique et Pharmacologie - UMR 7213 (LBP), Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies (LBP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for advanced biosciences, Uiversité de Lyon, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] (LBT (UPR_9080)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Léon Bérard [Lyon], Department of Medical Biology and Genetics, School of Medicine-Dokuz Eylul University, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Waseda University, Molecular Biology and Genetics Unit [Bangalore, India] (Transcription and Disease Laboratory), Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research (JNCASR)-Indian Institute of Science, Biologie moléculaire et cellulaire de la différenciation, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut Albert Bonniot-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de biologie moléculaire eucaryote (LBME), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Architecture et réactivité de l'ARN (ARN), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrométrie Physique (LSP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM U823, équipe 4 (Chromatine et Epigénétique), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), School of Medicine-Dokuz Eylül Üniversitesi = Dokuz Eylül University [Izmir] (DEÜ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologie (LBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), PSL Research University (PSL), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Histone-modifying enzymes, Molecular Sequence Data, Biophysics, Biochemistry, Histones, 03 medical and health sciences, Structural Biology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Animals, Humans, Nucleosome, Histone code, Amino Acid Sequence, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Chromatin Fiber, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, Chromatin Assembly and Disassembly, Linker DNA, Nucleosomes, Chromatin, 030104 developmental biology, Histone, Gene Expression Regulation, Chromatosome, biology.protein
Abstract: Linker histones are three domain proteins and consist of a structured (globular) domain, flanked by two likely non-structured NH2- and COOH-termini. The binding of the linker histones to the nucleosome was characterized by different methods in solution. Apparently, the globular domain interacts with the linker DNA and the nucleosome dyad, while the binding of the large and rich in lysines COOH-terminus results in "closing" the linker DNA of the nucleosome and the formation of the "stem" structure. What is the mode of binding of the linker histones within the chromatin fiber remains still elusive. Nonetheless, it is clear that linker histones are essential for both the assembly and maintenance of the condensed chromatin fiber. Interestingly, linker histones are post-translationally modified and how this affects both their binding to chromatin and functions is now beginning to emerge. In addition, linker histones are highly mobile in vivo, but not in vitro. No explanation of this finding is reported for the moment. The higher mobility of the linker histones should, however, have strong impact on their function. Linker histones plays an important role in gene expression regulation and other chromatin related process and their function is predominantly regulated by their posttranslational modifications. However, the detailed mechanism how the linker histones do function remains still not well understood despite numerous efforts. Here we will summarize and analyze the data on the linker histone binding to the nucleosome and the chromatin fiber and will discuss its functional consequences.
Published: 2016
Full Text: View/download PDF

50. Le rôle de la cochenille Phenacoccus aceris dans la dispersion du Grapevine leafroll-associated virus-1 (GLRaV-1) dans deux vignobles français

Author: Jean-Jacques Fuchs, Joël Chadœuf, Jean Le Maguet, Olivier Lemaire, Etienne Herrbach, Monique Beuve, Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Comité Interprofessionnel du Vin de Champagne (CIVC), Université de Strasbourg (UNISTRA), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, Veterinary medicine, food.ingredient, Plant Science, Horticulture, Biology, Spatial distribution, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Vineyard, 03 medical and health sciences, food, Botany, Infestation, medicine, Phenacoccus aceris, Mealybug, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, Grapevine leafroll-associated virus, 0303 health sciences, Microbiology and Parasitology, biology.organism_classification, Microbiologie et Parasitologie, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Epidemiology. Ampelovirus, Grapevine scale insects, Leafroll disease, Spatial statistics, Agronomy and Crop Science, Statistical correlation, Ampelovirus, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Spread patterns of a Grapevine leafrollassociated virus 1 (GLRaV-1) epidemic and a mealybug infestation survey over 10 year were recorded in two Burgundy French vineyards to investigate the relation between them. The temporal evolution of leafroll spread at both study sites was compared on disease incidence data with logisticregression models. We first tested if the spatial distribution of the disease and the mealybug were aggregated using permutation methods, then we tested the independence between the two spatial patterns by randomly shifting one pattern. In Bonzon, an increase from 5 % to 86 % of leafroll prevalence was observed over an 8-year time span, whereas leafroll prevalence remained stable around 5 % in Marsannay-la-Côte during the same period. In Bonzon, the disease spread rapidly from older neighbouring vineyards in four main patches while no spread of the disease was recorded from infected vines in Marsannay-la-Côte. The mealybug Phenacoccus aceris was recorded on 74 % of vines in Bonzon throughout the study and only 6 % of vines in Marsannay-la-Côte. In the latter location, the disease was not associated with the presence of the mealybug, so that it may have arisen from infected plant material escaping the sanitary inspection. In onzon, the significant statistical correlation between the mealybug distribution and diseased plants suggests that P. aceris was responsible for the rapid spread of GLRaV-1 in the vineyard. This is the first report of GLRaV-1 natural spread in Europe
Published: 2012
Full Text: View/download PDF

Catalog

Books, media, physical & digital resources

See catalog results

Searchworks

Select search scope, currently: Articles Catalog books, media & more in Jio Institute collections Articles journal articles & other e-resources

Search

Search Constraints

Refine your results

Search Limiters

Topic

Publication Year Range

Language

Journal

Database

Publisher

708 results on '"Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Louis Pasteur - Strasbourg I"'

Search Results

Catalog

Select search scope, currently: Articles

Catalog

books, media & more in Jio Institute collections

Articles

journal articles & other e-resources