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1. Specific Proteomic Identification of Collagen-Binding Proteins in Escherichia coli O157:H7: Characterisation of OmpA as a Potent Vaccine Antigen

Author

Monteiro, Ricardo, Chafsey, Ingrid, Caccia, Nelly, Ageorges, Valentin, Leroy, Sabine, Viala, Didier, Hébraud, Michel, Livrelli, Valérie, Pizza, Mariagrazia, Pezzicoli, Alfredo, Desvaux, Mickaël, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), GlaxoSmithKline [Siena, Italy] (GSK), Universidade do Porto = University of Porto, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Imperial College London, ANR-17-CE21-0002,PathoFood,Décrypter l'hétérogénéité cellulaire et la distribution spatiale de pathogènes dans les matrices alimentaires en interaction avec les communautés microbiennes(2017), and European Project: 607611,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-ITN,DISCO(2014)

Subjects
collagen, host cell-bacteria interaction, [SDV]Life Sciences [q-bio], Escherichia coli, cell aggregation, intestinal epithelial cell, cell adhesion, cell surface protein, extracellular matrix (ECM), conserved antigens, diarrhoeagenic and intestinal bacterial pathogen
Abstract

International audience; Escherichia coli is a versatile commensal species of the animal gut that can also be a pathogen able to cause intestinal and extraintestinal infections. The plasticity of its genome has led to the evolution of pathogenic strains, which represent a threat to global health. Additionally, E. coli strains are major drivers of antibiotic resistance, highlighting the urgent need for new treatment and prevention measures. The antigenic and structural heterogeneity of enterohaemorrhagic E. coli colonisation factors has limited their use for the development of effective and cross-protective vaccines. However, the emergence of new strains that express virulence factors deriving from different E. coli diarrhoeagenic pathotypes suggests that a vaccine targeting conserved proteins could be a more effective approach. In this study, we conducted proteomics analysis and functional protein characterisation to identify a group of proteins potentially involved in the adhesion of E. coli O157:H7 to the extracellular matrix and intestinal epithelial cells. Among them, OmpA has been identified as a highly conserved and immunogenic antigen, playing a significant role in the adhesion phenotype of E. coli O157:H7 and in bacterial aggregation. Furthermore, antibodies raised against recombinant OmpA effectively reduced the adhesion of E. coli O157:H7 to intestinal epithelial cells. The present work highlights the role of OmpA as a potent antigen for the development of a vaccine against intestinal pathogenic E. coli.

Published
2023

2. TOWARDS A DIAGNOSIS OF NON-CELIAC GLUTEN SENSITIVITY: the contribution of metabolomics for monitoring metabolites produced by in vitro digestates of bread

Author

Zhour, Houssein, Genot, Mélany, Peyron, Marie-Agnes, Petera, Melanie, Sante-Lhoutellier, Veronique, Durand, Stephanie, Centeno, Delphine, Bancel, Emmanuelle, Ravel, Catherine, Pujos-Guillot, Estelle, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), RFMF, and Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique

Subjects
[STAT]Statistics [stat], in vitro digestion, diagnosis, [SDV]Life Sciences [q-bio], [CHIM]Chemical Sciences, Non-Celiac Gluten Sensitivity, methodology, [INFO]Computer Science [cs], NCGS, metabolomics, Gluten
Abstract

International audience; Body fluid metabolomics is a large-scale approach allowing exploring the mechanisms that might underlie specific diseases or sensitivity to processed foods, and identifying associated biomarkers for diagnostics or stratification. Over the past decade, the non-celiac gluten sensitivity (NCGS) is more and more self-diagnosed, which makes the gluten-free diet more frequent, without objective clinical criteria. In fact, because of a lack of clinical indicators, NCGS is poorly understood and challenging to diagnose in contrast to celiac disease. Therefore, finding biomarkers associated with this phenotype is critical for an accurate diagnosis and innovative patient management.To understand the relationship between bread digestion mechanisms and the occurrence of NCGS, a recent approach with in vitro investigation was applied to study the overall digestive process of different breads, combining tools from the oral step thanks to the AM2 masticator apparatus, until the end of digestion thanks to a dynamic digester (DIDGI©) mimicking the physiology of the adult gastrointestinal tract "GIT". One objective in this study was to monitor metabolites produced by in vitro digestates using an untargeted metabolomics approach.In this study, we will outline the methodological strategy taken from preparation of the stomach and intestinal digestates, to acquisition, processing, and annotation of the LC-HRMS data.Interestingly, the first results show fluctuations in certain metabolites identified according to the type of bread digested. This reveals the impact of type of bread on the digestibility and allowed us to emphasize the contribution of metabolomic approach for monitoring the metabolites produced by in vitro digestates.

Published
2023

3. Synthèse du chantier Agroécologie (AE) & Marché

Author

Magrini, Marie-Benoît, Alaphilippe, Aude, Bertagnoli, Stéphane, Cadoré, Jean-Luc, Caillat, Hugues, CARLIN, Frédéric, Cressent, Marion, Debaeke, Philippe, Delaby, Luc, Duclos, Michel, Foucher, Fabrice, Julier, Bernadette, Larzul, Catherine, Lauri, Pierre-Éric, Lamothe, Laurence, Lebret, Bénédicte, Le Gouis, Jacques, Lullien-Pellerin, Valérie, Nozières-Petit, Marie-Odile, Prache, Sophie, Renard, Michel, Sebillotte, Clementina, Schouler, Catherine, This, Patrice, Tchamitchian, Marc, Veysset, Patrick, Thiollet-Scholtus, Marie, Vandeputte, Marc, Lantremange, Hadrien, Saint-Ges, Veronique, Détang-Dessendre, Cécile, AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale de Recherches Intégrées en Production Fruitière (UERI), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Virales et Pathologie Comparée - UMR 754 (IVPC), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fourrages Environnement Ruminants Lusignan (FERLUS), Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Recherche & Innovation, Institut Français du Cheval et de l'Equitation, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Agrosystèmes Biodiversifiés (UMR ABSys), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Alimentation et sciences sociales (ALISS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Pathologie aviaire et parasitologie [Nouzilly] (PAP), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Centre d'Economie et de Sociologie Rurales Appliquées à l'Agriculture et aux Espaces Ruraux (CESAER), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], Agroécologie, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2023

4. Dietary Live Yeast Supplementation Influence on Cow’s Milk, Teat and Bedding Microbiota in a Grass-Diet Dairy System

Author

Isabelle Verdier-Metz, Céline Delbès, Matthieu Bouchon, Etienne Rifa, Sébastien Theil, Frédérique Chaucheyras-Durand, Eric Chevaux, Lysiane Dunière, Christophe Chassard, Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Expérimentale Systèmes d'Elevage de Ruminants de Moyenne Montagne (Herbipôle), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Lallemand SAS

Subjects
Microbiology (medical), teat skin microbiota, Virology, Live yeast, [SDV]Life Sciences [q-bio], bedding material microbiota, live yeast, dairy cow performance, milk microbiota, Microbiology
Abstract

The supplementation of animal feed with microbial additives remains questioning for the traditional or quality label raw milk cheeses with regard to microbial transfer to milk. We evaluated the effect of dietary administration of live yeast on performance and microbiota of raw milk, teat skin, and bedding material of dairy cows. Two balanced groups of cows (21 primiparous 114 ± 24 DIM, 18 multiparous 115 ± 33 DIM) received either a concentrate supplemented with Saccharomyces cerevisiae CNCM I-1077 (1 × 1010 CFU/d) during four months (LY group) or no live yeast (C group). The microbiota in individual milk samples, teat skins, and bedding material were analysed using culture dependent techniques and high-throughput amplicon sequencing. The live yeast supplementation showed a numerical increase on body weight over the experiment and there was a tendency for higher milk yield for LY group. A sequence with 100% identity to that of the live yeast was sporadically found in fungal amplicon datasets of teat skin and bedding material but never detected in milk samples. The bedding material and teat skin from LY group presented a higher abundance of Pichia kudriavzevii reaching 53% (p < 0.05) and 10% (p < 0.05) respectively. A significant proportion of bacterial and fungal ASVs shared between the teat skin and the milk of the corresponding individual was highlighted.

Published
2023

5. Anti-TNF Agents Restrict Adherent-invasive Escherichia coli Replication Within Macrophages Through Modulation of Chitinase 3-like 1 in Patients with Crohn’s Disease

Author

Clara Douadi, Emilie Vazeille, Christophe Chambon, Michel Hébraud, Margot Fargeas, Marie Dodel, Dilek Coban, Bruno Pereira, Aurélien Birer, Pierre Sauvanet, Anthony Buisson, Nicolas Barnich, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Département gastroentérologie

Subjects
Proteomics, Macrophages, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gastroenterology, Membrane Proteins, anti-TNF, General Medicine, Bacterial Adhesion, Crohn's disease, Crohn Disease, chitinase 3-like 1, Escherichia coli, Humans, Tumor Necrosis Factor Inhibitors, Chitinase-3-Like Protein 1, Intestinal Mucosa, Escherichia coli Infections, AIEC
Abstract

Background and Aims The mechanism of action of anti-tumour necrosis factor [anti-TNF] agents could implicate macrophage modulation in Crohn’s disease [CD]. As CD macrophages are defective in controlling CD-associated adherent-invasive Escherichia coli [AIEC], anti-TNF agents could limit AIEC replication within macrophages. We assessed the effect of anti-TNF agents on AIEC survival within monocyte-derived macrophages [MDMs] from CD patients and attempted to identify the proteins involved. Methods Peripheral blood MDMs were obtained from 44 CD patients [22 with and 22 without anti-TNF agents]. MDMs were infected with reference strain AIEC-LF82. Proteomic analysis was performed before and 6 h after AIEC-LF82 infection. Results AIEC-LF82 survival was lower in MDMs from CD patients receiving anti-TNF agents compared to those who did not [−73%, p = 0.006]. After AIEC-LF82 infection, the levels of CD82 [p = 0.007], ILF3 [Interleukin enhancer-binding factor 3; p = 0.001], FLOT-1 [Flotillin-1; p = 0.007] and CHI3L1 [Chitinase 3-like 1; p = 0.035] proteins were different within CD-MDMs depending on anti-TNF exposure. FLOT-1 [ϱ = −0.44; p = 0.038] and CHI3L1 [ϱ = 0.57, p = 0.006] levels were inversely and positively correlated with AIEC survival within MDMs from CD patients with or without anti-TNF, respectively. We observed a dose-dependent decrease of AIEC-LF82 survival after adjunction of anti-TNF within MDMs, inducing an increase of FLOT-1 and decrease of CHI3L1 mRNA levels. Neutralization of intra-macrophagic CHI3L1 protein using anti-CHI3L1 antibodies reduced AIEC survival within macrophages 6 h after infection [p < 0.05]. Conclusion Anti-TNF agents are able to restrict replication of pathobionts, such as AIEC, within macrophages by modulating FLOT-1 and CHI3L1 expression in CD patients.

Published
2022

6. Effect of subtherapeutic and therapeutic sulfamethazine concentrations on transcribed genes and translated proteins involved in Microbacterium sp. C448 resistance and degradation

Author

Paris, Laurianne, Devers-Lamrani, Marion, Joly, Muriel, Viala, Didier, de Antonio, Marie, Pereira, Bruno, Rouard, Nadine, Besse-Hoggan, Pascale, Hébraud, Michel, Topp, Edward, Martin-Laurent, Fabrice, Batisson, Isabelle, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Biostatistics unit (DRCI), CHU Clermont-Ferrand, Unité de Biostatistiques [CHU Clermont-Ferrand], Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), London Research and Development Centre (LRDC), and University of Western Ontario (UWO)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

International audience; Abstract Microbacterium sp. C448, isolated from a soil regularly exposed to sulfamethazine (SMZ), can use various sulphonamide antibiotics as the sole carbon source for growth. The basis for the regulation of genes encoding the sulphonamide metabolism pathway, the dihydropteroate synthase sulphonamide target (folP), and the sulphonamide resistance (sul1) genes, is unknown in this organism. In the present study, the response of the transcriptome and proteome of Microbacterium sp. C448 following exposure to subtherapeutic (33 µM) or therapeutic (832 µM) SMZ concentrations was evaluated. Therapeutic concentration induced the highest sad expression and Sad production, consistent with the activity of SMZ degradation observed in cellulo. Following complete SMZ degradation, Sad production tended to return to the basal level observed prior to SMZ exposure. Transcriptomic and proteomic kinetics were concomitant for the resistance genes and proteins. The abundance of Sul1 protein, 100-fold more abundant than FolP protein, did not change in response to SMZ exposure. Moreover, non-targeted analyses highlighted the increase of a deaminase RidA and a putative sulphate exporter expression and production. These two novel factors involved in the 4-aminophenol metabolite degradation and the export of sulphate residues formed during SMZ degradation, respectively, provided new insights into Microbacterium sp. C448 SMZ detoxification process.

Published
2023

7. Estabelecimentos Francês de Apoio e Assistência ao Trabalho e Integração Social e Profissional dos Trabalhadores com Deficiência nas Zonas Rurais. O Exemplo de Habert (Sabóia, França)

Author

Meddy Escuriet, Mauricette Fournier, Sophie Vuilbert, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Programme «Outiller les acteurs des territoires pour vivre, travailler et choisir d'évoluer avec un handicap en milieu rural »en réponse à un appel à projet de la Fondation Internationale de la Recherche Appliquée sur le Handicap (FIRAH), associée à SOLIDEL (réseau de la Mutualité Sociale Agricole pour les travailleurs handicapés du secteur agricole et des territoires ruraux), le Groupe Agrica (prévoyance du secteur agricole et agroalimentaire) et le Réseau LASER Emploi (relais des politiques sociales de la Mutualité Sociale Agricole en matière d'Insertion par l'Activité Économique et de Service à la personne), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Fournier, Mauricette

Subjects
França, [SHS.SOCIO] Humanities and Social Sciences/Sociology, estabelecimento de apoio e assistência ao trabalho, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, General Mathematics, rural area, General Works, [SHS]Humanities and Social Sciences, social and professional inclusion, GN301-674, deficiência, support and work assistance establishment, 10. No inequality, H1-99, inclusão social e profissional, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, Applied Mathematics, 1. No poverty, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, Ethnology. Social and cultural anthropology, Social sciences (General), disability, zona rural, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, [SHS] Humanities and Social Sciences, France, [SHS.GESTION] Humanities and Social Sciences/Business administration
Abstract

This article proposes to address the issue of inclusion through work and in a rural environ- ment of people with mental disabilities and/or intellectual disabilities. Through the example of a French support and work assistance establishment, the support and work assistance establish- ment Le Habert, located in a small rural and mountainous village in the Alps and offering people with disabilities to work on a farm, the article will rst address the importance of work as a means for people to regain their dignity. Between the feeling of usefulness and pride in participating in the operation of one territory, by being fully involved in the process of producing and adding value to a product, accompanying the farm allows, apart from these therapeutic virtues, a real professional inclusion. Living in houses or apartments in the surrounding villages, the accommodation, allowing contact between people with disabilities and local inhabitants is also a vector of social inclusion. However, while the rural setting can be an asset for inclusion because of the professional and social opportunities, the isolation and geographical inaccessibility of the rural mountainous environment can be an obstacle for people who do not necessarily have the means to be mobile. By offering personalised support for mobility, the institution transforms geographical exclusion into an asset for professional, social and spatial inclusion., Este artigo visa abordar a questão da inclusão através do trabalho e num ambiente rural de pessoas com de ciência psíquica e/ou com de ciência intelectual. Através do exemplo de um estabelecimento de apoio e assistência ao trabalho, o estabelecimento de apoio e assistência ao trabalho Le Habert, localizado numa pequena aldeia rural e montanhosa nos Alpes e que oferece às pessoas com de ciência o trabalho numa quinta, o artigo abordará primeiro a importância do trabalho como meio para as pessoas recuperarem a sua dignidade. Entre o sentimento de utili- dade e orgulho em participar no funcionamento de um território, ao estar plenamente envolvido no processo de produção e valorização de um produto, o acompanhamento na quinta permite, para além destas virtudes terapêuticas, uma verdadeira inclusão pro ssional. Vivendo em casas ou apartamentos nas aldeias circundantes, o alojamento, permitindo o contacto entre pessoas com de ciência e habitantes locais, é também um vector de inclusão social. Contudo, se a rura- lidade, devido às oportunidades pro ssionais e sociais que oferece, pode ser um trunfo para a inclusão, o isolamento e a inacessibilidade geográ ca do ambiente rural montanhoso pode ser um obstáculo para as pessoas que não têm necessariamente os meios para serem móveis. Ao oferecer um apoio personalizado à mobilidade, a instituição transforma a exclusão geográ ca num bem para a inclusão pro ssional, social e espacial.

Published
2021

8. Modeling heterogeneous technologies in the presence of sample selection: The case of dairy farms and the adoption of agri‐environmental schemes in France

Author

DAKPO, K. Hervé, LATRUFFE, Laure, DESJEUX, Yann, JEANNEAUX, Philippe, Groupe de Recherche en Economie Théorique et Appliquée (GREThA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), European Project: 770747,LIFT, and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
JEL: C - Mathematical and Quantitative Methods/C.C0 - General/C.C0.C01 - Econometrics, 2. Zero hunger, Economics and Econometrics, Farms, Heterogeneous technologies, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q1 - Agriculture, 05 social sciences, Sample selection, Agri-environmental schemes, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, Efficiency, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q5 - Environmental Economics/Q.Q5.Q50 - General, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, JEL: D - Microeconomics/D.D2 - Production and Organizations/D.D2.D22 - Firm Behavior: Empirical Analysis, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q1 - Agriculture/Q.Q1.Q10 - General, 0502 economics and business, France, 050202 agricultural economics & policy, Latent class, 050207 economics, Agronomy and Crop Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

In this article, we assess farms’ technical efficiency accounting for their production heterogeneity and correcting for the potential endogeneity associated with the adoption of Common Agricultural Policy (CAP) agri-environmental schemes (AESs). We estimate a first-step selection probit model. In a second step we estimate the latent class stochastic frontier model (LCSFM) separately on each of the two sub-samples, the AESs adopters and the AESs non-adopters. We also account for heteroscedasticity in the estimation of inefficiency effects in the LCSFM within each sub-sample. The application is to Farm Accountancy Data Network (FADN) dairy farms in France during 2002–2016. We identify one class with intensive technology and one class with extensive technology for each of the two sub-samples. The investigation of inefficiency effects shows that modeling production heterogeneity could help better target the CAP, since the relationship between operational subsidies and farms' efficiency differs depending on whether or not production heterogeneity is accounted for., Agricultural Economics, 53 (3), ISSN:0169-5150, ISSN:1574-0862

Published
2021

9. Faster and less invasive tools to identify patients with ileal colonization by adherent‐invasive E. coli in Crohn's disease

Author

Clara Yzet, Anthony Buisson, Elisabeth Billard, Benjamin Pariente, Caroline Chevarin, Jérôme Filippi, Philippe Seksik, Nicolas Barnich, Laurent Peyrin-Biroulet, Gilles Bommelaer, Emilie Vazeille, Marion Goutte, Gilles Boschetti, Mathurin Fumery, Stéphane Nancey, Maria Nachury, Anaëlle Dubois, Bruno Pereira, Nathalie Ballet, Matthieu Allez, Stéphanie Rodriguez, Xavier Hébuterne, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), CHU Amiens-Picardie, CHU Lille, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Lesaffre, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Service d'Hépato Gastroenterologie [CHU Amiens-Picardie], Hôpital Claude Huriez [Lille], INRAeUSC-2018Clermont Auvergne UniversityLesaffre InternationalMinistere de la Recherche et de la TechnologieI-SITE projectCAP 2025, Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)

Subjects
Male, Saliva, anti-E, Biopsy, adherent‐invasive E. coli, Gastroenterology, Inflammatory bowel disease, Feces, 0302 clinical medicine, Crohn Disease, Prospective Studies, Intestinal Mucosa, 0303 health sciences, Crohn's disease, biology, medicine.diagnostic_test, Colonoscopy, Antibodies, Bacterial, CEACAM6. IBD, medicine.anatomical_structure, Oncology, Biomarker (medicine), Female, Original Article, 030211 gastroenterology & hepatology, Antibody, adherent-invasive E, medicine.medical_specialty, IBD, Ileum, 03 medical and health sciences, inflammatory bowel disease, Internal medicine, Escherichia coli, medicine, anti‐E. coli antibodies, Humans, CEACAM6, 030304 developmental biology, business.industry, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, medicine.disease, [SDV.MHEP.HEG] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, coli, coli antibodies, biology.protein, business, Biomarkers
Abstract

International audience; Background and AimsThe identification of Crohn's disease (CD)-associated adherent and invasive Escherichia coli (AIEC) is time-consuming and requires ileal biopsies. We aimed to identify a faster and less invasive methods to detect ileal colonization by AIEC in CD patients.MethodsCD patients requiring ileo-colonoscopy were consecutively enrolled in this prospective multicenter study. Samples from saliva, serum, stools, and ileal biopsies of CD patients were collected.ResultsAmong 102 CD patients, the prevalence of AIEC on ileal biopsies was 24.5%. The abundance and global invasive ability of ileal-associated total E. coli were respectively ten-fold (p = 0.0065) and two-fold (p = 0.0007) higher in AIEC-positive (vs. AIEC-negative), while abundance of total E. coli in the feces was not correlated with AIEC status in the ileum. The best threshold of ileal total E. coli was 60 cfu/biopsy to detect AIEC-positive patients, with high negative predictive value (NPV) (94.1%[80.3–99.3]), while the global invasive ability (>9000 internalized bacteria) was able to detect the presence of AIEC with high positive predictive value (80.0% [55.2–100.0]). Overall, 78.1% of the AIEC + patients were colonized by two or less different AIEC strains. The level of serum anti-total E. coli antibodies (AEcAb) was higher in AIEC-positive patients (p = 0.038) with a very high negative predictive value (96.6% [89.9–100.0]) (p = 0.038) for a cut-off value > 1.9 × 10−3.ConclusionsMore than two thirds of AIEC-positive CD patients were colonized by two or less AIEC strains. While stools samples are not accurate to screen AIEC status, the AEcAb level appears to be an attractive, rapid and easier biomarker to identify patients with Crohn's disease harboring AIEC.

Published
2021

10. Role of mucus-bacteria interactions in Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) H10407 virulence and interplay with human microbiome

Author

Thomas Sauvaitre, Josefien Van Landuyt, Claude Durif, Charlène Roussel, Adeline Sivignon, Sandrine Chalancon, Ophélie Uriot, Florence Van Herreweghen, Tom Van de Wiele, Lucie Etienne-Mesmin, Stéphanie Blanquet-Diot, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Center for Microbial Ecology and Technology (CMET), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut sur la Nutrition et les Aliments Fonctionnels [université Laval, Québec] (INAF), Université Laval [Québec] (ULaval), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and DUTILLOY, Stéphanie

Subjects
Diarrhea, [SDV]Life Sciences [q-bio], FUNCTION, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, INTESTINAL-TRACT, GASTRIC MUCUS, COLONIZATION FACTORS, Humans, Enterotoxigenic Escherichia coli, METALLOPROTEASE, Escherichia coli Infections, Travel, SECRETED, Virulence, Bacteria, Microbiota, Interleukin-8, GUT MICROBIOTA, Mucins, Biology and Life Sciences, HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, IN-SITU HYBRIDIZATION, BARRIER, [SDV] Life Sciences [q-bio], MODEL, Mucus, SURVIVAL, Caco-2 Cells, Biotechnology
Abstract

The intestinal mucus layer has a dual role in human health constituting a well-known microbial niche that supports gut microbiota maintenance but also acting as a physical barrier against enteric pathogens. Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC), the major agent responsible for traveler’s diarrhea, is able to bind and degrade intestinal mucins, representing an important but understudied virulent trait of the pathogen. Using a set of complementary in vitro approaches simulating the human digestive environment, this study aimed to describe how the mucus microenvironment could shape different aspects of the human ETEC strain H10407 pathophysiology, namely its survival, adhesion, virulence gene expression, interleukin-8 induction and interactions with human fecal microbiota. Using the TNO gastrointestinal model (TIM-1) simulating the physicochemical conditions of the human upper gastrointestinal (GI) tract, we reported that mucus secretion and physical surface sustained ETEC survival, probably by helping it to face GI stresses. When integrating the host part in Caco2/HT29-MTX co-culture model, we demonstrated that mucus secreting-cells favored ETEC adhesion and virulence gene expression, but did not impede ETEC Interleukin-8 (IL-8) induction. Furthermore, we proved that mucosal surface did not favor ETEC colonization in a complex gut microbial background simulated in batch fecal experiments. However, the mucus-specific microbiota was widely modified upon the ETEC challenge suggesting its role in the pathogen infectious cycle. Using multi-targeted in vitro approaches, this study supports the major role played by mucus in ETEC pathophysiology, opening avenues in the design of new treatment strategies.

Published
2022

11. How agroecological farming practices reshape cattle farmers’ working conditions

Author

N. Hostiou, J.E. Duval, A. Blanchonnet, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
2. Zero hunger, Attractiveness, Renewable Energy, Sustainability and the Environment, business.industry, Agroecology, labor conditions, work, livestock farming systems, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, Development, 040201 dairy & animal science, Agricultural science, Work (electrical), Agriculture, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, Livestock, Business, Agronomy and Crop Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Concerns for the future of the French livestock sector are grow- ing, amongst others due to the profession’ low attractiveness which is partly related to its difficult working conditions. Agroecology in its search for social sustainability could offer better working conditions to farmers. The objectives of this study are; i) to understand whether expected changes in work- ing conditions are taken into consideration when cattle farmers decide to adopt or not agroecological practices, ii) to study the impact of these practices on their working conditions and ii) to discuss the use of a multidimensional framework to study farm- ers’ working conditions. A framework addressing seven dimen- sions known to impact farmers’ working conditions was used to interview 22 French cattle farmers adopting agroecological practices. Improving working conditions was rarely the main motivation of farmers to adopt agroecological practices. Although never completely anticipated, all farmers experienced an impact of the adoption of agroecological practices on their working conditions (e.g. changes in work organization, health or pleasure derived from work). Across farms, all dimensions were impacted but consequences on working conditions were situa- tion specific. The framework allowed a comprehensive under- standing, from farmers’ point of view, on how working conditions are constituted and showed that farmers make trade- offs between different dimensions.

Published
2021

12. Les enjeux du développement régional révélés par la crise sanitaire : vers une vision intégrée de la région

Author

Francis Aubert, Olivier Aznar, Centre d'Economie et de Sociologie Rurales Appliquées à l'Agriculture et aux Espaces Ruraux (CESAER), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Economics and Econometrics, Biorégion, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Geography, Planning and Development, 0211 other engineering and technologies, Région, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, 021107 urban & regional planning, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, 02 engineering and technology, Avantages comparatifs, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, Ressources naturelles, Développement régional, Regional development, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, Political science, Humanities, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; The status of region is periodically discussed and renewed in the literature on regional science. The health crisis has highlighted the interdependencies and fragilities of many regions that are part of global value chains, in line with the valorization of their comparative advantages. The authors revisit the development of the idea of the region that underlies this situation before considering ideas for a more integrated conception of the region, taking into account links with natural resources and basic needs of populations.; Le statut de la région est périodiquement discuté et renouvelé dans les travaux de science régionale. La crise sanitaire met en lumière les interdépendances et les fragilités de nombreuses régions insérées dans les chaînes de valeur mondiales, suivant la valorisation de leurs avantages comparatifs. Les auteurs reviennent sur la construction de l’idée de région qui sous-tend cette situation avant d’envisager des pistes pour une conception plus intégrée de la région, prenant en compte les liens aux ressources naturelles et les besoins fondamentaux des populations.

Published
2021

13. Dataset about the adoption of winter cover crops at the municipality level for mainland France

Author

Nowak, Benjamin, Michaud, Audrey, Marliac, Gaëlle, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Carbon sequestration, Multidisciplinary, Nutrient leaching, Cover crops, [SDV]Life Sciences [q-bio], Farming, Soil erosion, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Agriculture
Abstract

Data Paper; International audience; Winter soil cover by vegetation is associated with multiple benefits, such as increasing soil carbon storage and reducing erosion and nutrient leaching. This dataset provides an estimate of winter soil cover before spring-sown crops at municipality level for mainland France for two years (2018 and 2019). These estimates were obtained through the monitoring of all plots with spring-sown crops, declared within the context of the European Common Agricultural Policy. Detection of plots with winter soil cover was achieved through the analysis of Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) time series, computed from Sentinel-2 multispectral images. For this dataset, it was considered that soil cover had to exceed 50% for a plot to be considered as covered by vegetation. Based on the literature, this corresponds to a threshold NDVI value between 0.45 and 0.59. To allow for sensitivity and uncertainty analyses for future studies that may be conducted using these data, three estimates of winter soil cover are given: minimum (based on the cultivated area exceeding the upper NDVI threshold of 0.59), maximum (considering the lower NDVI threshold of 0.45) and best estimate (mean NDVI threshold of 0.52). This dataset may be useful primarily to researchers working on biogeochemical cycle modeling or to government agencies, as several public policies (such as the Nitrates Directive) aim at developing winter cover crops.

Published
2022

14. Soil-climate factors have a greater influence on the presence of winter cover crops than regulatory constraints in France

Author

Nowak, Benjamin, Michaud, Audrey, Marliac, Gaëlle, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Environmental Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cover crop, Soil cover, Nitrate, Agronomy and Crop Science
Abstract

International audience; AbstractDespite the benefits associated with winter soil cover before sowing a spring crop, this practice is adopted unevenly by farmers. The goal of this paper is to identify and hierarchize the main soil-climate factors that hinder the adoption of cover crops. It is the first study to carry out this analysis at the scale of France, which is a country with a wide variety of soil types and climates. For this country, maps of vegetated winter soil cover prior to the establishment of a spring crop were previously produced for years 2018 and 2019, using Sentinel-2 multispectral images. For approximately half of France’s acreage with spring crops, the estimation concerning the presence or absence of a winter cover crop was correlated here with the main soil-climate factors of each field. The inclusion within Nitrate Vulnerable Zones is another potentially important variable to explain cover crop adoption, as regulatory requirements of the Nitrates Directives strongly encourage winter soil cover in these zones to reduce nitrogen losses. Because of the regulatory requirements of the Nitrates Directives regarding winter soil cover, the influence of being located in a Nitrate Vulnerable Zone was also evaluated. But despite these incentives for winter soil cover, inclusion in a Nitrate Vulnerable Zone had little influence on cover crop adoption. Principal component analyses performed for different crop rotations showed that the clay content was the soil-climate factor most negatively correlated with the adoption of cover crops. Cover crops were more frequently established on sandy fields with high organic carbon stocks, which corresponds rather to the characteristics of livestock regions. The development of technical solutions for the establishment and destruction of winter cover crops on clay soils could facilitate the adoption of these crops, and thus improve global water quality.

Published
2022

15. Gut microbes and muscle function: can probiotics make our muscles stronger?

Author

Muriel Giron, Muriel Thomas, Dominique Dardevet, Christophe Chassard, Isabelle Savary‐Auzeloux, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), and AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
Sarcopenia, Cachexia, Probiotics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Reproducibility of Results, Skeletal muscle, Health Promotion, Probiotic, Gastrointestinal Microbiome, Ageing, Athlete, Physiology (medical), Humans, Orthopedics and Sports Medicine, Muscle, Skeletal, Exercise, Ecosystem, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged
Abstract

International audience; Evidence suggests that gut microbiota composition and diversity can be a determinant of skeletal muscle metabolism and functionality. This is true in catabolic (sarcopenia and cachexia) or anabolic (exercise or in athletes) situations. As gut microbiota is known to be causal in the development and worsening of metabolic dysregulation phenotypes such as obesity or insulin resistance, it can regulate, at least partially, skeletal muscle mass and function. Skeletal muscles are physiologically far from the gut. Signals generated by the gut due to its interaction with the gut microbiome (microbial metabolites, gut peptides, lipopolysaccharides, and interleukins) constitute links between gut microbiota activity and skeletal muscle and regulate muscle functionality via modulation of systemic/tissue inflammation as well as insulin sensitivity. The probiotics able to limit sarcopenia and cachexia or promote health performances in rodents are mainly lactic acid bacteria and bifidobacteria. In humans, the same bacteria have been tested, but the scarcity of the studies, the variability of the populations, and the difficulty to measure accurately and with high reproducibility muscle mass and function have not allowed to highlight specific strains able to optimize muscle mass and function. Further studies are required on more defined population, in order to design personalized nutrition. For elderly, testing the efficiency of probiotics according to the degree of frailty, nutritional state, or degree of sarcopenia before supplementation is essential. For exercise, selection of probiotics capable to be efficient in recreational and/or elite athletes, resistance, and/or endurance exercise would also require further attention. Ultimately, a combination of strategies capable to optimize muscle functionality, including bacteria (new microbes, bacterial ecosystems, or mix, more prone to colonize a specific gut ecosystem) associated with prebiotics and other 'traditional' supplements known to stimulate muscle anabolism (e.g. proteins), could be the best way to preserve muscle functionality in healthy individuals at all ages or patients.

Published
2022

16. L’inscription de l'Œuvre de Le Corbusier à l’Unesco au prisme d’une approche territoriale. Labellisation internationale et mécanismes d’interactions locales

Author

Hamzaoui, I., Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Clermont Auvergne (UCA), FRA., Franck Chignier-Riboulon, Mauricette Fournier, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and HAMZAOUI, Ismahan

Subjects
territoire, [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, gouvernance, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, appropriation, [SHS.MUSEO]Humanities and Social Sciences/Cultural heritage and museology, tourisme, [SHS.MUSEO] Humanities and Social Sciences/Cultural heritage and museology, Le Corbusier, patrimoine, patrimonialisation, labellisation sérielle, [SHS.ARCHI] Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, Unesco, sérialité
Abstract

/, L’entrée de l’œuvre architecturale de le Corbusier au patrimoine mondial de l’Unesco en 2016 vient couronner une démarche d’inscription en série de dix-sept biens où les responsables politiques de certains territoires, au sein desquels se trouve un monument de Le Corbusier, ont décidé de se fédérer afin de faire reconnaître l’intérêt patrimonial de cette architecture sur la scène internationale. En effet, ces territoires cherchent à faire émerger leur singularité par le biais d’un patrimoine contemporain lié à un architecte emblématique. L’attractivité et le développement territorial étaient au cœur de cette démarche car l’obtention du label Unesco marque le territoire et lui permet de se démarquer. Le projet de candidature est ainsi devenu un élément de la construction territoriale et le patrimoine Le Corbusier occupe une place grandissante dans le projet urbain et territorial des collectivités concernées.Cette labellisation renvoie à une articulation de différentes échelles ; l’échelle internationale est celle de la démarche d’inscription, de la définition du plan d’action global de la série et la reconnaissance mondiale. L’échelle locale (territoriale) est celle où s’exprime le mode de gouvernance adopté dans l’élaboration et la mise en œuvre du plan de gestion. C’est bien l’articulation de ces enjeux locaux avec la dimension internationale de cette construction patrimoniale inédite qu’il s’agit d’éclairer.Cette articulation revêt un caractère dynamique, car le lancement du projet de candidature a entraîné une dynamique à l’échelle territoriale marquée par la mobilisation des acteurs. Cependant, cette dynamique fut distincte selon les territoires. En outre, l’inscription en 2016 sur la liste prestigieuse a exercé – et exerce encore – une influence particulière, multiforme mais aussi inégale sur chacun des territoires. Nous nous interrogeons sur les raisons et les facteurs de ces dynamiques contrastées qui se manifestent à l’échelle territoriale et sur les variables qui interviennent dans les interactions entre la labellisation de l’œuvre de Le Corbusier et le territoire.L’objectif de cette recherche est de mettre en évidence la dimension territoriale de la construction patrimoniale et, inversement, le rôle de cette dernière dans une dynamique territoriale. Ce travail vise à identifier les conditions d’interaction entre ce patrimoine et le territoire concerné. Pour cela, nous nous appuierons sur un cadre d’analyse systémique pour analyser les dynamiques suscitées par la construction patrimoniale et la démarche de labellisation au sein d’un territoire et sur une réflexion transversale qui traite la patrimonialisation au prisme d’une approche territoriale selon laquelle le territoire est considéré comme un système structuré autour de trois dimensions : organisationnelle, idéelle et matérielle.

Published
2022

17. Transcriptomic and proteomic responses of Microbacterium sp. C448 exposed to sulfamethazine antibiotic

Author

Paris, Laurianne, Devers-Lamrani, Marion, Joly, Muriel, Viala, Didier, Antonio, Marie De, Pereira, Bruno, Rouard, Nadine, Besse-Hoggan, Pascale, Hébraud, Michel, Martin-Laurent, Fabrice, Batisson, Isabelle, DUTILLOY, Stéphanie, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), EL Mjiyad, Noureddine, Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs - - Antibiotox2017 - ANR-17-CE34-0003 - AAPG2017 - VALID, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université Clermont Auvergne, Clermont Auvergne INP, CNRS, ICCF, F-63000 Clermont-Ferrand, France, Université Clermont Auvergne, CNRS, LMGE, 63000 Clermont–Ferrand, France, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Clermont-Ferrand University Hospital, Biostatistics Unit (DRCI), Unité de Biostatistiques [CHU Clermont-Ferrand], Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, INRAE, Université Clermont Auvergne, Équipe Adaptation des Bactéries aux environnements Digestif et Alimentaire (UMR454 MEDIS) (BaDiAl), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Acknowledgements : The authors thank the National Research Agency for its financial support(ANTIBIOTOX project, Grant ANR-17-CE34-0003), and ANR-17-CE34-0003,Antibiotox,Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs(2017)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], resistance genes, [SDV]Life Sciences [q-bio], [CHIM]Chemical Sciences, biodegradation regulon, sulfonamide antibiotic, microbacterium, Omic approaches
Abstract

International audience; The Microbacterium sp. C448 was isolated from a soil regularly exposed to sulfamethazine(SMZ), for its ability to partly mineralise this antibiotic and other related sulfonamides.The aim of our study was to explore its metabolic adaptation towards exposure to SMZenvironmental (10 mg/L) and medicinal (250 mg/L) concentrations. Its transcriptomic andproteomic responses were analysed by focusing on the degradation regulon (sad genes) andresistance genes (folP and sul1).The transcriptomic and proteomic results were essentially congruent whatever theconcentrations tested. In culture conditions, exposure to the highest concentration of SMZ led tothe highest sad expression and Sad production, confirming these proteins’ role insulfamethazine degradation in cellulo. Moreover, when sulfamethazine was completelydegraded, Sad production tends to return to the basal level observed under control conditions.Congruence of transcriptomic and proteomic results was also observed for resistance genes.Although Dihydropteroate synthase (DHPS)-Sul1 protein was 100-fold more produced than thatof DHPS-FolP, both were expressed at a basal level and were not affected by SMZ exposure.Moreover, non-targeted analyses showed overexpression and overproduction of a putativesulphate exporter W0Z8D9 in Microbacterium sp. C448 exposed to the highest SMZconcentration. In addition to sul1 resistance genes, this efflux pump could be involved in thesulfamethazine detoxification process by exporting the SO2 formed during its degradation.Acknowledgements : The authors thank the National Research Agency for its financial support(ANTIBIOTOX project ; Grant ANR-17-CE34-0003).

Published
2022

18. When idiopathic male infertility is rooted in maternal malnutrition during the perinatal period in mice

Author

Yuki Muranishi, Laurent Parry, Mélanie Vachette-Dit-Martin, Fabrice Saez, Cécile Coudy-Gandilhon, Pierre Sauvanet, David H Volle, Jérémy Tournayre, Serge Bottari, Francesca Carpentiero, Guillaume Martinez, Jana Muroňová, Jessica Escoffier, Alain Bruhat, Anne-Catherine Maurin, Julien Averous, Christophe Arnoult, Pierre Fafournoux, Céline Jousse, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine, Génétique, Reproduction et Développement (GReD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), CHU Clermont-Ferrand, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Grenoble Alpes (UGA), Service de Chirurgie Digestive et Hépatobiliaire [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Grenoble, UM de Génétique Chromosomique, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
Adult, Male, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, male fertility, sperm capacitation, 03 medical and health sciences, Mice, 0302 clinical medicine, Pregnancy, Animals, Humans, Lactation, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Infertility, Male, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030219 obstetrics & reproductive medicine, Malnutrition, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, Cell Biology, General Medicine, Spermatozoa, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Fertility, Reproductive Medicine, Sperm Motility, Female, nutritional programming, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Infertility represents a growing burden worldwide, with one in seven couples presenting difficulties conceiving. Among these, 10–15% of the men have idiopathic infertility that does not correlate with any defect in the classical sperm parameters measured. In the present study, we used a mouse model to investigate the effects of maternal undernutrition on fertility in male progeny. Our results indicate that mothers fed on a low-protein diet during gestation and lactation produce male offspring with normal sperm morphology, concentration, and motility but exhibiting an overall decrease of fertility when they reach adulthood. Particularly, in contrast to control, sperm from these offspring show a remarkable lower capacity to fertilize oocytes when copulation occurs early in the estrus cycle relative to ovulation, due to an altered sperm capacitation. Our data demonstrate for the first time that maternal nutritional stress can have long-term consequences on the reproductive health of male progeny by affecting sperm physiology, especially capacitation, with no observable impact on spermatogenesis and classical quantitative and qualitative sperm parameters. Moreover, our experimental model could be of major interest to study, explain, and ultimately treat certain categories of infertilities.

Published
2022

19. The conditions of emergence of cooperation to prevent the risk of diffuse pollution from agriculture: A case study comparison from France

Author

Laurence Amblard, Christophe Déprés, Colas Chervier, Forêts et Sociétés (UPR Forêts et Sociétés), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Office francais de la Biodiversite (OFB)European Union's Horizon 2020 research and innovation programme PEGASUS633814Irstea-ONEMA 2013-2015 research agreement, and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Pollution diffuse, Pollution de l'eau souterraine, Geography, Planning and Development, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, Coopération, 01 natural sciences, Gouvernance, collaborative environmental governance, Prévention de la pollution, Diffuse pollution, Water pollution, General Environmental Science, Water Science and Technology, media_common, Fluid Flow and Transfer Processes, water pollution, Pollution de l'eau, 021107 urban & regional planning, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, eau souterraine, France, P02 - Pollution, institutional rational choice approach, media_common.quotation_subject, Gestion du risque, Context (language use), Management, Monitoring, Policy and Law, preventive management, Pollution par l'agriculture, social-ecological system framework, media_common.cataloged_instance, Quality (business), European union, P10 - Ressources en eau et leur gestion, Environmental planning, 0105 earth and related environmental sciences, business.industry, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, 13. Climate action, Agriculture, Business, Groundwater resources
Abstract

International audience; Groundwater resources are essential for the supply of drinking water in the European Union but significant uncertainties surround their quality. In this context, our article analyzes the factors that influence the cooperation of key stakeholders to prevent the risk of diffuse pollution from agriculture. We built on the institutional rational choice approach and the social-ecological system framework to design our analytical framework and hypotheses. We applied this analytical framework to two cases of cooperation involving drinking water suppliers and farmers in the management of the risk of non-point source pollution from agriculture in France. Our results show that cooperation emerges when the water resource is important for water suppliers to take on the leadership. Our results also characterize the role played by uncertainties and risk in getting stakeholders involved, and finally, suggest that cooperation depends on the size and predictability of the resource system.

Published
2022

20. Lacticaseibacillus casei CNCM I-5663 supplementation maintained muscle mass in a model of frail rodents

Author

Muriel Giron, Muriel Thomas, Marianne Jarzaguet, Camille Mayeur, Gladys Ferrere, Marie-Louise Noordine, Stéphanie Bornes, Dominique Dardevet, Christophe Chassard, Isabelle Savary-Auzeloux, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), and AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
sarcopenia, lactic acid bacteria, Nutrition and Dietetics, protein synthesis, muscle, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, [SDV]Life Sciences [q-bio], insulin sensitivity, probiotic, Food Science
Abstract

The aim of this study was to identify a probiotic-based strategy for maintaining muscle anabolism in the elderly. In previous research, we found that individuals experiencing short bowel syndrome (SBS) after an intestinal resection displayed beneficial metabolic adjustments that were mediated by their gut microbes. Thus, these bacteria could potentially be used to elicit similar positive effects in elderly people, who often have low food intake and thus develop sarcopenia. Gut bacterial strains from an SBS patient were evaluated for their ability to (1) maintain Caenorhabditis elegans survival and muscle structure and (2) promote protein anabolism in a model of frail rodents (18-month-old rats on a food-restricted diet: 75% of ad libitum consumption). We screened a first set of bacteria in C. elegans and selected two Lacticaseibacillus casei strains (62 and 63) for further testing in the rat model. We had four experimental groups: control rats on an ad libitum diet (AL); non-supplemented rats on the food-restricted diet (R); and two sets of food-restricted rats that received a daily supplement of one of the strains (∼109 CFU; R+62 and R+63). We measured lean mass, protein metabolism, insulin resistance, cecal short-chain fatty acids (SCFAs), and SCFA receptor expression in the gut. Food restriction led to decreased muscle mass [−10% vs. AL (p < 0.05)]. Supplementation with strain 63 tempered this effect [−2% vs. AL (p > 0.1)]. The mechanism appeared to be the stimulation of the insulin-sensitive p-S6/S6 and p-eIF2α/eIF2α ratios, which were similar in the R+63 and AL groups (p > 0.1) but lower in the R group (p < 0.05). We hypothesize that greater SCFA receptor sensitivity in the R+63 group promoted gut-muscle cross talk [GPR41: +40% and GPR43: +47% vs. R (p < 0.05)]. Hence, strain 63 could be used in association with other nutritional strategies and exercise regimes to limit sarcopenia in frail elderly people.

Published
2022

21. A probiotic capable to reduce sarcopenia in undernourished elderly, results from a pre-clinical study. Raw data Lactobacillus for Health project (2019-2021)

Author

Giron Muriel, Muriel Thomas, Dominique Dardevet, Christophe Chassard, Isabelle Savary-Auzeloux, Giron, Muriel, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Carnot Qualiment, INRAE

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

A probiotic capable to reduce sarcopenia in undernourished elderly, results from a pre-clinical studyProject : Lactobacillus for Health (2019-2021)Researchers : Isabelle Savary-Auzeloux, Christophe Chassard and Muriel ThomasPh. D Student : Muriel GironData in the present file belong to INRAEThese data are made available openly as part of a submission to the journal Gut MicrobesBackgroundsIn 2050, older adults (65+) will reach 20% of world population with sarcopenic individuals representing a third of them. Specific nutritional strategies based on proteins coupled or not with exercise have shown some beneficial effects to limit sarcopenia but depending of the physio-pathological state, they may not be optimal or not applicable in case of poor appetite or disabilities to perform exercise.ObjectivesHence, complementary strategies independent of food intake need to be developed to limit sarcopenia. We recently observed on small intestine-resected patients a specific microbiota with a tremendous increased in Lactobacilli [1]. Following the transfer of this specific microbiota in axenic rats [2], we showed an improved energy metabolism regulation which could be an adaptation of the gut physiology and metabolism to optimize the challenged utilization of nutrients in those patients. We hypothesized that this microbiota could be of interest to optimize energy utilization in malnourished frail elderly and then to limit sarcopenia.MethodsFrom feces of these patients, specific strains were selected on their capacity to preserve Caenorhabditis elegans survival and muscle integrity. Lacticaseibacillus casei CNCM I-5663 (LC-63) were then tested in old rats (18 months, n=25 per group) under moderate food restriction for 4 weeks (75% of ad libitum (AL group)) to experimentally mimic the development of sarcopenia with malnutrition. Body composition, muscle mass, and insulin sensitivity (OGTT, HOMA-IR, insulin signaling pathway in muscle) were assessed.ResultsModerate food restriction induced a decrease in muscle mass (-10%, p

Published
2022

22. Coccinelle : un système d'élevage laitier de montagne éco-citoyen

Author

Bouchon, Matthieu, Pomiès, Dominique, Chassaing, Chantal, Duval, Julie, Unité Expérimentale Systèmes d'Elevage de Ruminants de Moyenne Montagne (Herbipôle), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), IDEX-ISITE 16-IDEX-00001 (CAP 20-25), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
[SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

23. La mise en œuvre de living labs qui renouvellent les rôles des acteurs au sein de systèmes d'innovation existants: un cas d'étude en France

Author

Mourad Hannachi, Quentin Toffolini, Marianne Cerf, Mathieu Capitaine, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Agronomie, AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), 16-IDEX-0001 CAP 20–25Laboratoire d’Innovation Territorial Grandes Cultures en AuvergneIDEAS (Initiative for DEsign in Agrifood Systems), Elsevier, and AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)

Subjects
Boundary object, Sociology and Political Science, Process (engineering), [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Geography, Planning and Development, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Participant observation, 010501 environmental sciences, Development, 050905 science studies, 01 natural sciences, Living lab, Order (exchange), regional innovation system, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, 2. Zero hunger, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, business.industry, Information sharing, boundary object, 05 social sciences, living labs, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, Public relations, Innovation system, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, stakeholderness, Work (electrical), [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, role making processes, 0509 other social sciences, business, infrastructures
Abstract

International audience; Living Labs are developed in widely diverse innovation domains, based on principles of users involvement and experimentation in 'real-world' contexts, inviting to question the various actors' roles within innovation systems. In the agricultural sector, the implementation of Living Labs may face incumbent routines for experimentation, actors' relationships, and information circulation, as 'users' are mostly farmers already embedded in innovation systems. How, beyond adhesion to inclusiveness principles, the actual practices related to an agricultural Living Lab development make possible to renew or redistribute actors' roles in the innovation process? To address this issue, we realized a case study, following the development of an agricultural Living Lab in Auvergne-Rhône-Alpes Region (France) by one year long immersion and participant observation. Our theoretical approach was to consider the Living Lab as a boundary object supposed to allow actors from different social worlds to work together in a new way, and relying on infrastructures in order to do so. We thus studied the intertwining between various rationales about the innovation model or the territory, the infrastructures on which the innovation process relied, and actors' roles construction. Our findings underline the divergent rationales conserved among the LIT's steering actors, associated with undefined roles, especially for farmers. We further show how these divergent rationales participated in maintaining existing infrastructures of the innovation system, preventing from effectively renewing actors' arrangements and respective roles. Among these, we describe the farmers' workshops, and the information sharing paths, both limiting the ownership of the process by non-incumbent actors. Complementarily to the distinctions of various roles in literature, we contribute to relate potentially neglected aspects of the Living Lab management (because not judged strategical) to the room for manoeuvre and possibilities for enactment of expected actors' roles. We finally discuss the relevant skills and their distribution among actors that our findings suggest for the development of an agricultural Living Lab within an existing innovation system.

Published
2021

24. Les jeux sérieux en Agriculture, Alimentation, Environnement, Développement des territoires en France : Par qui ? Pour quoi ?

Author

Sylvain, Dernat, Gilles, Martel, Astrid, Revalo, Terrier-Gesbert, Médulline, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département sciences pour l'action, les transitions, les territoires (ACT), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SHS.EDU]Humanities and Social Sciences/Education, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published
2021

25. Définition d'un cadre d'ingénierie à base de modèles pour la conception et le pilotage des systèmes agroalimentaires de proximité

Author

Paris, Jean-Luc, Chazoule, Carole, Désolé, Mathieu, Brulard, Nicolas, Fournier, Stéphane, Trognon, Laurent, Devise, Olivier, Institut Pascal (IP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Isara, Laboratoire d'Études Rurales (LER), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Chercheur indépendant, Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
méta-modélisation, [PHYS.MECA.MEMA]Physics [physics]/Mechanics [physics]/Mechanics of materials [physics.class-ph], requirements diagram, performance indicators, diagramme des exigences, indicateurs de performance, Proximity food system, system engineering, meta-modeling, système alimentaire de proximité, ingénierie système
Abstract

International audience; The objective of this project is to produce knowledge on hybrid food systems between short and long circuits, on their economic, social and environmental performances, on the conditions of their sustainability, in order to co-construct with the partner actors of the projecta method and support tools for their sustainable development. These systems are particularly complex: interaction between actors, interaction between performance indicators of various kinds, new vocabulary and new practices centered on human relationships with very little formalization. To tackle this problem, we propose to use some system engineering approaches based on meta-modeling, both at the level of flows, as well as requirements as well as performance indicators. After presenting the problem, we will detail our approach as well as its implementation. We will end with a review and outlook.; L'objectif de ce projet est de produire des connaissances sur les systèmes alimentaires hybrides entre circuits courts et circuits longs, sur leurs performances économiques, sociales et environnementales, sur les conditions de leur durabilité, afin de co-construire avec les acteurs partenaires du projet une méthode et des outils d'accompagnement pour leur développement durable. Ces systèmes s'avèrent particulièrement complexes : interaction entre acteurs, interaction entre indicateurs de performance de nature diverse, nouveau vocabulaire et nouvelles pratiques centrées sur les rapports humains avec très peu de formalisation. Pour aborder ce problème, nous proposons d'utiliser certaines approches issues de l'ingénierie système basée sur la méta-modélisation, tant au niveau des flux, que des exigences ainsi que des indicateurs de performances. Après avoir présenté la problématique, nous détaillerons notre approche ainsi que sa mise en oeuvre. Nous terminerons par un bilan et des perspectives. ABSTRACT. The objective of this project is to produce knowledge on hybrid food systems between short and long circuits, on their economic, social and environmental performances, on the conditions of their sustainability, in order to co-construct with the partner actors of the project a method and support tools for their sustainable development. These systems are particularly complex: interaction between actors, interaction between performance indicators of various kinds, new vocabulary and new practices centered on human relationships with very little formalization. To tackle this problem, we propose to use some system engineering approaches based on meta-modeling, both at the level of flows, as well as requirements as well as performance indicators. After presenting the problem, we will detail our approach as well as its implementation. We will end with a review and outlook. MOTS-CLÉS. Système alimentaire de proximité, ingénierie système, méta-modélisation, diagramme des exigences, indicateurs de performance.

Published
2021

26. Bactéries probiotiques issues d’un patient souffrant du syndrome de grêle court : une stratégie prometteuse pour réduire la sarcopénie chez les personnes âgées sous-alimentées

Author

Muriel, Giron, Thomas, Muriel, Bornes, Stéphanie, Jarzaguet, Marianne, Mayeur, Camille, Dardevet, Dominique, Chassard, Christophe, Savary-Auzeloux, Isabelle, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Giron, Muriel

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

27. La représentation spatiale comme indicateur d’inclusion et de «bienêtre» des personnes en situation de handicap mental ou psychique

Author

Escuriet, Meddy, Fournier, Mauricette, Vuilbert, Sophie, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Programme 'Outiller les acteurs des territoires pour vivre, travailler et choisir d’évoluer avec un handicap en milieu rural', financé par la Fondation Internationale de recherche Appliquée sur le handicap (FIRAH) associée au Groupe Agrica, Laser Emploi et Solidel dans le cadre d'un appel à projets de recherche appliquée sur la thématique Milieu rural & Handicap. Responsable scientifique : Mauricette Fournier, IV Giornate di Studio della rete 'CARTOTÊTE', and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Inclusion, [SHS.STAT]Humanities and Social Sciences/Methods and statistics, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, Carte cognitive, Disabilities, Espace rural, Handicap, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS]Humanities and Social Sciences, Jeu de territoire, Etablissements et Services d’Aides par le Travail (ESAT), Bien-être, Territoire, Atelier participatif, ESAT French support and work assistance establishment, Carte mentale, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cartographie sensible
Abstract

International audience

Published
2021

28. Nitric Oxide Impacts Human Gut Microbiota Diversity and Functionalities

Author

Camille Mayeur, Nalini Ramarao, Olivier Rué, Julien Delmas, Cassandre Bedu-Ferrari, Lucie Etienne-Mesmin, Stéphanie Blanquet-Diot, Lucie Lebreuilly, Laurence Brazeau, Sylvain Denis, Mahendra Mariadassou, Marion Leclerc, Seav-Ly Tran, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), DUTILLOY, Stéphanie, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and CHU Clermont-Ferrand

Subjects
Physiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], education, Faecalibacterium prausnitzii, Gut flora, medicine.disease_cause, Biochemistry, Microbiology, digestive system, Enterococcus faecalis, diversity, functional analysis, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, nitric oxide, Genetics, medicine, Metabolome, microbiota, Molecular Biology, Escherichia coli, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Chemistry, digestive, oral, and skin physiology, Clostridium leptum, Human microbiome, biology.organism_classification, medicine.disease, metabolomics, QR1-502, Computer Science Applications, [SDV] Life Sciences [q-bio], anaerobic digester, Modeling and Simulation, 030211 gastroenterology & hepatology, Dysbiosis, single strain, Research Article
Abstract

International audience; The disruption of gut microbiota homeostasis has been associated with numerous diseases and with a disproportionate inflammatory response, including overproduction of nitric oxide (NO) in the intestinal lumen. However, the influence of NO on the human gut microbiota has not been well characterized yet. We used in vitro fermentation systems inoculated with human fecal samples to monitor the effect of repetitive NO pulses on the gut microbiota. NO exposure increased the redox potential and modified the fermentation profile and gas production. The overall metabolome was modified, reflecting less strict anaerobic conditions and shifts in amino acid and nitrogen metabolism. NO exposure led to a microbial shift in diversity with a decrease in Clostridium leptum group and Faecalibacterium prausnitzii biomass and an increased abundance of the Dialister genus. Escherichia coli, Enterococcus faecalis, and Proteus mirabilis operational taxonomic unit abundance increased, and strains from those species isolated after NO stress showed resistance to high NO concentrations. As a whole, NO quickly changed microbial fermentations, functions, and composition in a pulse-and dose-dependent manner. NO could shift, over time, the trophic chain to conditions that are unfavorable for strict anaerobic microbial processes, implying that a prolonged or uncontrolled inflammation has detrimental and irreversible consequences on the human microbiome.IMPORTANCE Gut microbiota dysbiosis has been associated with inflammatory diseases. The human inflammatory response leads to an overproduction of nitric oxide (NO) in the gut. However, so far, the influence of NO on the human gut microbiota has not been characterized. In this study, we used in vitro fermentation systems with human fecal samples to understand the effect of NO on the microbiota: NO modified the microbial composition and its functionality. High NO concentration depleted the microbiota of beneficial butyrate-producing species and favored potentially deleterious species (E. coli, E. faecalis, and P. mirabilis), which we showed can sustain high NO concentrations. Our work shows that NO may participate in the vicious circle of inflammation, leading to detrimental and irreversible consequences on human health.

Published
2021

29. Cartographies en mouvement

Author

Fournier, Mauricette, Troin, Florence, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours (UT), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours

Subjects
[SHS.HISPHILSO]Humanities and Social Sciences/History, Philosophy and Sociology of Sciences, Cartographie critique, [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, Cartographie Participative, [SHS.STAT]Humanities and Social Sciences/Methods and statistics, Mapping, [SHS.EDU]Humanities and Social Sciences/Education, Cartographie narrative, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Cartographie sensible, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2021

30. Cartographies en mouvement. Parcours sensibles, narration et participation (introduction)

Author

Fournier, Mauricette, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Mauricette Fournier, Florence Troin, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Fournier, Mauricette

Subjects
[SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

31. From our preclinical study, enrichment of food with 'Energy Saver' probiotics: a promising strategy to reduce sarcopenia in undernourished elderly

Author

Giron Muriel, Thomas M, Stéphanie Bornes, Marianne Jarzaguet, Mayeur C, Dominique Dardevet, Christophe Chassard, Isabelle Savary-Auzeloux, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE, Rowett Institute UK, and ROSSI, Sabine

Subjects
[SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

Session 1: Impact of diet and additives on gut microbiota and health ; Communication PO30; International audience; In 2050, older adults (65+) will reach 35% of European population with sarcopenic individuals representing a third of them. Specific nutritional strategies based on proteins coupled or not with exercise have shown some beneficial effects to limit sarcopenia but depending of the physio-pathological state, they may not be optimal or not applicable in case of poor appetite or difficulties/disabilities to perform exercise. Consequently, additional strategies require to be developed to limit sarcopenia in such specific populations, and this, independently of food intake.In a recent study, we observed that in small intestine-resected patients whose gut physiology and metabolism have adapted to improve efficiency of nutrient utilization, a specific microbiota has developed with a large increased in Lactobacilli. We hypothesized that selected bacterial strains issued from these patients could be of interest to improve energy efficient in malnourished frail elderly. We isolated strains from their faeces and one strain belonging to Lactocaseibacillus casei (LC- 5663) was tested in vivo in aged rats (18 months) under moderate caloric restriction (75% of ad libitum). Body composition, muscle mass and insulin sensitivity was assessed (OGTT, HOMA IR).We showed that caloric restriction induced a decrease of muscle but that a daily intake of LC-5663 for one month (~109) was able to significantly prevent 12% of the sarcopenia observed (ANOVA, p

Published
2021

32. Beneficial effect of linseed on the intestinal mucosa associated microbiota to prevent inflammatory and metabolic chronic diseases

Author

Plissonneau, Claire, Chassaing, Benoit, Capel, Frédéric, Mairesse, Guillaume, Chesneau, Guillaume, Boisseau, Nathalie, Barnich, Nicolas, Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire des Adaptations Métaboliques à l'Exercice en Conditions Physiologiques et Pathologiques (AME2P), Université Clermont Auvergne (UCA)-UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives - Clermont-Auvergne (UFR STAPS - UCA), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Université de Paris, Institut Cochin, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale INSERM U1016, Centre National de la Recherche Scientifique CNRS UMR8104, F-75014 Paris isabelle.dusanter@inserm.fr., Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Société Valorex, Combourtillé, Société Valorex, INRAE, Rowett Institute UK, and ROSSI, Sabine

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, food and beverages, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, digestive system
Abstract

Session 1: Impact of diet and additives on gut microbiota and health ; Communication PO24; International audience; Since several decades, lifestyle and nutrition changes (unbalance in lipid intake quality) in the developed countries has leaded to the increased prevalence of inflammatory and metabolic pathologies. These pathologies are associated with an increase in visceral adipose tissue, chronic low-grade inflammation and a gut microbiota dysbiosis. Long-term habits play a crucial role on the gut microbiota community and diversity of these bacterial communities. General population is in deficit in n-3 PUFAs. Nevertheless, these fatty acids can exert a beneficial impact on the gut microbiota composition in these metabolic pathologies, and increase anti-inflammatory compounds for the microbiota fermentation, as short chain fatty acids. Linseed is a plant rich in n-3 polyunsaturated fatty acids (n- 3 PUFAs) and also in lignans and other components. We aimed to study a rebalance in n-6/n-3 PUFAs ratio in two models of rodents (rats and mice) with high fat diet (HFD)-enriched in linseed oil (LS-O) or extruded linseed (LS-E), as a matrix. We analyzed the mucosa-associated gut microbiota on colon samples in both models and demonstrated an impact of LS-E. The β-diversity was significantly different in LS-E compared to LS-O and HFD. Moreover, the α-diversity illustrated by the Shannon index tended to increase with LS-E supplementation. The abundance of the specific features Prevotella, Paraprevotella, Ruminococcus and Clostridiales were increased in LS-E compared to HFD and LS-O. LS-O did not impact the gut mucosa-associated microbiota. Extruded linseed with n-3 PUFAs, lignans and others components may increase the richness of the microbiota and restore its composition compared to an exclusive intake in n-3 PUFAs. A long-term supplementation in extruded linseed, evaluated as a matrix could be an efficient strategy in the prevention of inflammatory and metabolic diseases from its impact on gut microbiota composition

Published
2021

33. Use of a fiber-based strategy to prevent enterotoxigenic Escherichia coli infections: in vitro investigation on their antagonistic effects

Author

Sauvaitre, Thomas, Roussel, Charlene, Sivignon, Adeline, Chalancon, Sandrine, Durif, claude, Ségolène, Huille, Chaucheyras Durand, Frédérique, Van De Wiele, Tom, Etienne Mesmin, Lucie, BLANQUET-DIOT, Stéphanie, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Center for Microbial Ecology and Technology (CMET), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), HARI&CO, Lallemand SAS, INRAE, Rowett Institute UK, and Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

Session 1: Impact of diet and additives on gut microbiota and health ; Communication PO 56; International audience; The main pathogenic agent of travelers’ diarrhea, Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC), is responsible for 45% of the 200 million worldwide cases of diarrhea. The main virulence traits of ETEC are the secretion of LT (eltB gene) and/or ST (estA gene) enterotoxins that disrupt fluid and electrolyte homeostasis leading to profuse watery diarrhea. ETEC also possess several adhesins, such as fimbrial or afimbrial surface structures that enable adherence to intestinal epithelium. Two ETEC mucinases involved in the degradation of intestinal mucus, facilitate close contact of bacteria with intestinal epithelial cells and toxins delivery. No specific therapy is available for such infections and treatments are mainly symptomatic with a frequent use of antibiotics. Given the burden of antimicrobial resistance, it is urgent to develop new alternative preventive strategies. Among promising solutions, dietary fibers, already known for their beneficial effects against enteric pathogens, have yet to be investigated in the context of ETEC infection. The aim of this work was to evaluate interactions between the reference strain ETEC H10407 and mucus, by using different soluble and insoluble fibers as nutritional strategy for prevention of ETEC infection. Using complementary in vitro approaches, a preliminary screening program was conducted on eight fiber-containing products to select the most promising candidates regarding their in vitro anti-infectious properties. Experiments with intestinal epithelial cells combining Caco-2 and HT-29MTX mucus-secreting cells have been performed to unravel the impact of selected fiber-related products on cellular-associated adhesion, induction of inflammation and modulation of virulence genes expression. Lentils and specific yeast cell walls were the two selected candidates following the screening program. We demonstrated that lentil fiber extract was able to decrease LT toxin production, while the specific yeast cell walls prevented ETEC adhesion to intestinal cells. Both extracts were able to decrease cellular inflammation and modulate a panel of genes related to ETEC virulence such as eltB and estP.This work sheds light on a new possible preventive strategy against ETEC enteric infections based on the use of fibers. Next, in vitro gut model inoculated with human feces will be used to further unravel the beneficial role of fiber-containing products in ETEC infection by integrating a major component of host homeostasis, namely gut microbiota.

Published
2021

34. Beneficial Effects of High Intensity Interval Training and/or Linseed Oil Supplementation to Limit Obesity-Induced Oxidative Stress in High Fat Diet-Fed Rats

Author

Laurie Josset, Claire Plissonneau, Carole Groussard, Vincent Pialoux, Nicolas Barnich, Mathilde Mura, Guillaume Mairesse, Nathalie Boisseau, Frédéric Capel, Guillaume Chesneau, Etienne Gouraud, Laboratoire Mouvement Sport Santé (M2S), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire des Adaptations Métaboliques à l'Exercice en Conditions Physiologiques et Pathologiques (AME2P), Université Clermont Auvergne (UCA)-UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives - Clermont-Auvergne (UFR STAPS - UCA), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Interuniversitaire de Biologie de la Motricité (LIBM ), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Valorex, This research was funded by grants from Valorex. The authors are also supported by the Ministère de la Recherche et de la Technologie (M2iSH and AME2P Unit), Inserm (UMR 1071), INRAE (USC-2018) and by the French government IDEX-ISITE initiative 16-IDEX-0001 (CAP 20-25), I-SITE project (CAP 2025) of the University of Clermont Auvergne., ANR-16-IDEX-0001,CAP 20-25,CAP 20-25(2016), Université de Rennes (UR)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Jonchère, Laurent, and CAP 20-25 - - CAP 20-252016 - ANR-16-IDEX-0001 - IDEX - VALID

Subjects
Male, obesity, Antioxidant, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Adipose tissue, High-Intensity Interval Training, medicine.disease_cause, Interval training, Antioxidants, 0302 clinical medicine, Subcutaneous Tissue, Linseed oil, oxidative stress, TX341-641, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Nutrition and Dietetics, biology, Chemistry, high fat diet, food and beverages, Catalase, Up-Regulation, [SDV] Life Sciences [q-bio], medicine.anatomical_structure, Liver, High-intensity interval training, Subcutaneous tissue, medicine.medical_specialty, food.ingredient, Linseed Oil, high intensity interval training, Article, 03 medical and health sciences, food, Internal medicine, medicine, Animals, Rats, Wistar, 030304 developmental biology, Nitrates, Nutrition. Foods and food supply, Superoxide Dismutase, Feeding Behavior, linseed oil supplementation, Endocrinology, Dietary Supplements, biology.protein, 030217 neurology & neurosurgery, Oxidative stress, Biomarkers, Food Science
Abstract

International audience; High-intensity interval training (HIIT) and linseed oil (LO) supplementation are effective strategies to reduce obesity-induced oxidative stress. Our aim was to determine whether the HIIT + LO combination prevents obesity-induced oxidative stress in high fat diet (HFD)-fed rats. HFD-fed 8-week-old, male, Wistar rats were subdivided in four groups: HFD, LO (2% of sunflower oil replaced with 2% of LO in the HFD), HIIT (4 days/week for 12 weeks), and HIIT + LO. Wistar rats fed a low-fat diet (LFD) were used as controls. Epididymal and subcutaneous adipose tissue, gastrocnemius muscle, liver, and plasma samples were collected to measure oxidative stress markers (AOPP, oxLDL), antioxidant (SOD, CAT, and GPx activities) and pro-oxidant (NOx and XO) enzyme activities. Compared with the LFD, the HFD altered the pro/antioxidant status in different tissues (increase of AOPP, oxLDL, SOD and catalase activities in plasma, and SOD activity increase in liver and decrease in adipose tissues) but not in gastrocnemius. LO upregulated CAT activity and decreased NOx in liver. HIIT alleviated HFD negative effects in liver by reducing SOD and NOx activities. Moreover, the HIIT + LO combination potentiated SOD activity upregulation in subcutaneous tissue. HIIT and LO supplementation have independent beneficial effects on the pro/antioxidant balance. Their association promotes SOD activity in subcutaneous adipose tissue.

Published
2021

35. HIIT and flaxseed oil association promote n-3 PUFAs derivatives conversion and modulate gut microbiota composition

Author

Plissonneau, Claire, Capel, Frédéric, Chassaing, Benoit, Dupuit, Marine, Maillard, Florie, Wawrzyniak, Ivan, Combaret, Lydie, Dutheil, Frederic, Etienne, Monique, Mairesse, Guillaume, Chesneau, Guillaume, Barnich, Nicolas, Boisseau, Nathalie, Laboratoire des Adaptations Métaboliques à l'Exercice en Conditions Physiologiques et Pathologiques (AME2P), Université Clermont Auvergne (UCA)-UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives - Clermont-Auvergne (UFR STAPS - UCA), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire de Psychologie Sociale et Cognitive (LAPSCO), Société Valorex, Combourtillé, Société Valorex, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Plissonneau, Claire

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

36. In Vitro Evaluation of Dietary Fiber Anti-Infectious Properties against Food-Borne Enterotoxigenic Escherichia coli

Author

Sauvaitre, Thomas, Durif, Claude, Sivignon, Adeline, Chalancon, Sandrine, van de Wiele, Tom, Etienne-Mesmin, Lucie, Blanquet-Diot, Stéphanie, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Center for Microbial Ecology and Technology (CMET), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), European Funding for Regional Developments (FEDER) from the French Region Auvergne Rhone-Alpes (Pack Ambition Recherche Dysfibre)I-SITE Cap2025 WOW fellowship from Universite Clermont Auvergne for international mobility, Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), and Molé, Christine

Subjects
Agriculture and Food Sciences, enterotoxigenic Escherichia coli, NATURAL FEED INGREDIENTS, food-borne pathogen, intestinal cells, ADHESION, dietary fibers, Article, COLONIZATION, mucus, BINDING, Enterotoxigenic Escherichia coli, TX341-641, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, CHITOSAN, Nutrition. Foods and food supply, GUT MICROBIOTA, HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, DIARRHEA, ABILITY, virulence, adhesion, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, LT toxin, SUBUNIT
Abstract

International audience; Dietary fibers have well-known beneficial effects on human health, but their anti-infectious properties against human enteric pathogens have been poorly investigated. Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) is the main agent of travelers’ diarrhea, against which targeted preventive strategies are currently lacking. ETEC pathogenesis relies on multiple virulence factors allowing interactions with the intestinal mucosal layer and toxins triggering the onset of diarrheal symptoms. Here, we used complementary in vitro assays to study the antagonistic properties of eight fiber-containing products from cereals, legumes or microbes against the prototypical human ETEC strain H10407. Inhibitory effects of these products on the pathogen were tested through growth, toxin production and mucus/cell adhesion inhibition assays. None of the tested compounds inhibited ETEC strain H10407 growth, while lentil extract was able to decrease heat labile toxin (LT) concentration in culture media. Lentil extract and specific yeast cell walls also interfered with ETEC strain H10407 adhesion to mucin beads and human intestinal cells. These results constitute a first step in the use of dietary fibers as a nutritional strategy to prevent ETEC infection. Further work will be dedicated to the study of fiber/ETEC interactions within a complex gut microbial background.

Published
2021
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37. Field study reveals morphological and neuroendocrine correlates of seasonal breeding in female water voles, Arvicola terrestris

Author

Fabrice Saez, Adrien Pinot, Matthieu Keller, Etienne Ramadier, Philippe Chemineau, Virginie Lattard, Joël R. Drevet, Chantal Moussu, Rami Abi Khalil, Areski Chorfa, Kevin Poissenot, Etienne Benoit, Hugues Dardente, Didier Chesneau, Yves Michelin, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), Génétique, Reproduction et Développement (GReD), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
0106 biological sciences, Scent gland, Kisspeptin, Photoperiod, [SDV]Life Sciences [q-bio], Ovary (botany), Hypothalamus, Zoology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Biology, Seasonal breeding, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Endocrinology, Arcuate nucleus, medicine, Animals, Water vole, Arvicola terrestris, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Water voles, photoperiodism, Hypothalamo-pituitary-gonadal axisKisspeptin, 0303 health sciences, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Arvicolinae, Fossorial, Field study, Hypothalamo-pituitary-gonadal axis, Seasonality, medicine.disease, biology.organism_classification, Neurosecretory Systems, Animal Science and Zoology, Female, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, Seasons, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract

International audience; Seasonally breeding mammals display timely physiological switches between reproductive activity and sexual rest, which ensure synchronisation of births at the most favourable time of the year. These switches correlate with seasonal changes along the hypothalamo-pituitary-gonadal axis, but they are primarily orchestrated at the hypothalamic level through environmental control of KISS1-dependent GnRH release. Our field study shows that births of fossorial water voles, Arvicola terrestris, are concentrated between March and October, which indicates the existence of an annual reproductive cycle in this species. Monthly field monitoring for over a year further reveals dramatic seasonal changes in the morphology of the ovary, uterus and lateral scent glands, which correlate with the reproductive status. Finally, we demonstrate seasonal variation in kisspeptin expression within the hypothalamic arcuate nucleus. Altogether, this study demonstrates a marked rhythm of seasonal breeding in the water vole and we speculate that this is governed by seasonal changes in photoperiod.

Published
2021

38. Contribution à l'évaluation des effets économiques de la fréquentation d'un grand site naturel protégé -Le cas de la Chaine des Puys -Faille de Limagne, site inscrit en 2018 sur la liste UNESCO du Patrimoine mondial

Author

Djongon, Kokou B., Marsat, Jean-Bernard, Polge, Etienne, Veslot, Jacques, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Association de Science Régionale De Langue Française, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Altazin, Claire

Subjects
[SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, tourisme et loisirs, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDV.SA.AEP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SDV.SA.STA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, méthodes d’observation, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, effets économiques, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.ENVIR] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, fréquentation touristique, Espace naturel protégé
Abstract

International audience; Les politiques qui visent à protéger les sites naturels remarquables et à en susciter une valorisation économique, connaissent une demande croissante d’observation. La communication rend compte d’un travail méthodologique visant à estimer les effets économiques de la fréquentation touristique et de loisirs d’un espace naturel protégé, pour permettre une observation de leur évolution dans la durée, en rapport avec les politiques menées. Une application en est faite au site de la Chaîne des Puys-Faille de Limagne, inscrit en 2018 sur la liste UNESCO du Patrimoine mondial. Sur la base d’une enquête auprès des visiteurs, une estimation de « l’impact économique local » est réalisée à partir de l’apport monétaire constitué par les dépenses des visiteurs. Les points de méthode d’intérêt particulier répondent : à la difficulté d’estimer une fréquentation globale sur un site ouvert et étendu, à la nécessité de quantifier « l’effet du site » sur les décisions de venue des visiteurs, à celle d’obtenir ou d’estimer les informations détaillées sur les dépenses et leur localisation, aux calculs de coefficients locaux de conversion des dépenses en valeur ajoutée et en emplois.

Published
2021

39. Towards Flash Floods Management Using Temporal Loops

Author

Stolf, Patricia, Berthet, Julian, Bosc, Christelle, Bremond, Pauline, Ceyte, Arnaud, Champonnois, Victor, Collard, Anne-Laure, Dubois, Florent, da Costa, Georges, Erdlenbruch, Katrin, Felts, Didier, Gasset, Rémy, Grelot, Frédéric, Héral, Christophe, Piccinini, Benjamin, Pierson, Jean-Marc, Sayah, Amal, Système d’exploitation, systèmes répartis, de l’intergiciel à l’architecture (IRIT-SEPIA), Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Enedis, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Gestion de l'Eau, Acteurs, Usages (UMR G-EAU), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-AgroParisTech-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement - Direction Sud-Ouest (Cerema Direction Sud-Ouest), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement (Cerema), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier - UMR 5211 (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Service Départemental d'Incendie et de Secours Haute-Garonne (SDIS 31), IRIT - Institut de Recherche en Informatique de Toulouse, ANR-17-CE39-0011,i-Nondations,i-Nondations : Gestion multi-vues des crues rapides(2017), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, STOLF, Patricia, i-Nondations : Gestion multi-vues des crues rapides - - i-Nondations2017 - ANR-17-CE39-0011 - AAPG2017 - VALID, and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
[INFO]Computer Science [cs], [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [INFO] Computer Science [cs], [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

Floods, particularly fast ones, are recurrent natural disasters with a large impact on people and infrastructures. To handle such disasters it is needed to combine important quantities of data from different fields. In this article, we attempt to show how data and data-management methods can be used to contribute to the goal of improved disaster and crisis management, especially in the phases of mitigation and crisis response. We propose a concrete methodology to exploit various types of data. We apply it to two floods that occurred in France in 2010 and 2013.

Published
2021

40. Les territoires gagnants du développement local

Author

Rieutort, Laurent, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
[SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

41. The new forest commons: Commons re-development and their transformative potential from a territorial perspective

Author

Lenglet, Jonathan, Serna Rodas, Juliana, Arnould, Maxence, Ricchetti, Michael, Lardon, Sylvie, SILVA (SILVA), AgroParisTech-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Equipe de Recherche sur les Processus Innovatifs (ERPI), Université de Lorraine (UL), AgroParisTech, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Lenglet, Jonathan

Subjects
[SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; Recently, the common “movement” gained traction on both political and academic fields. Commons tend tobecome a concept through which activists, thinkers, project initiators or opponents are defined or definethemselves as commoners. Although forest commons remained aside of the so-called “third wave” of thecommons studies, which tended to enlarge the scope of the analysis to knowledge and informationalresources, their role is getting central again in view of the recent developments. The rise of environmental,social and economic concerns over the past decades replaces forest at the heart of global, national and localdebates. This shift turned forests into multifaceted objects and opened new debates at the global scale yetalso – albeit less studied – at the territory scale. This leads to the question of how these new territorialcommons are technically, socially and politically constructed and what they envision. The ambition of thispaper is to contribute to the discussions on the renewed roles of the commons from a territorialdevelopment perspective, including methodological ones, based on our empirical results. To do so, wespotlight projects carried by collectives of citizens and public actors that try to revive forest commons in awider perspective, as catalysts for development and governance at different scales. We especially explorehow different actors get involved in the development of new forest-related commons, how resources areidentified and mobilized and how stakeholders organize themselves to support or reject these initiatives.Data were mainly collected through in-field interviews as well as participatory workshops on three wellafforested and contrasted French regions. We show that forest commons are often developed with theintent to contest or to contribute to territorial development trajectories and to propose alternativeresource management practices. We argue that neither a particular project nor a collection of property oruse rights alone constitute this new type of forest common. Instead, they result from a cumulative nestedweb of initiatives carried by local actors that translate commons into tangible experiences. What remainsuncertain and will be further discussed is the extent to which these experiences pave the way for a broaderterritorial transition.

Published
2021

42. Measuring the income of French farms: A 15-year comparative analysis of indicators from Rica and MSA

Author

Piet, Laurent, Chatellier, Vincent, Delame, Nathalie, Jeanneaux, Philippe, Laroche-Dupraz, Catherine, Ridier, Aude, Veysset, Patrick, Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Economie Publique (ECO-PUB), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Conception, modélisation et évaluation des systèmes d’élevage d’herbivores (COMETE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-10-EQPX-0017,CASD,Développement et construction d'un Centre d'Accès Sécurisé Distant aux données confidentielles (CASD) pour la recherche française en sciences sociales et en économie.(2010), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
JEL: H - Public Economics/H.H2 - Taxation, Subsidies, and Revenue/H.H2.H25 - Business Taxes and Subsidies, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q1 - Agriculture/Q.Q1.Q18 - Agricultural Policy • Food Policy, Rica, MSA, Farm income, JEL: Q - Agricultural and Natural Resource Economics • Environmental and Ecological Economics/Q.Q1 - Agriculture/Q.Q1.Q12 - Micro Analysis of Farm Firms, Farm Households, and Farm Input Markets, Revenu agricole, France, FADN, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, JEL: D - Microeconomics/D.D3 - Distribution/D.D3.D31 - Personal Income, Wealth, and Their Distributions
Abstract

International audience; This article presents an analysis of the indicators used to measure farm income in France. While the chart of accounts defines the precise method of calculation of various intermediate management balances (including the gross added value, the gross operating surplus and the farm income), the statistical sources used to discuss the question of the level of ‘income’ of French farmers are diverse and the indicators used are not always homogeneous. This sometimes results in a fragility in the public expression on “farmers’ income”. By matching two distinct sources of information over fifteen years (2003 to 2017), namely the Farm Accounting Data Network (Rica) produced by the Ministry of Agriculture and the database for self-employed contributors (COTNS) of the Caisse Centrale de la Mutualité Sociale Agricole (MSA), this article compares the level of several of these indicators. The matching was carried out using the SIRET number of the farms and methodological work was carried out so that the scope of the farms is common to both databases. It is thus highlighted that the ‘agricultural profit’ (from the MSA) is, on average, one third lower than the current result before tax (from the Rica), and that the amount of private withdrawals is weakly correlated to the accounting result or agricultural profit. Finally, a more specific analysis of ‘low incomes’ shows that, while the frequency of occurrence of such events obviously depends on the threshold chosen, the years 2009 and 2016 were particularly bad and cannot be considered representative of the average situation observed over the entire studied period.; Cet article présente une analyse des indicateurs utilisés pour mesurer le revenu des exploitations agricoles en France. Si le plan comptable définit le mode de calcul précis de différents soldes intermédiaires de gestion (dont la valeur ajoutée brute, l’excédent brut d’exploitation et le résultat courant avant impôt), les sources statistiques utilisées pour évoquer la question du niveau de « revenu » des agriculteurs français sont variées et les indicateurs pris en référence pas toujours homogènes. Il en résulte parfois une fragilité dans l’expression publique concernant le « revenu des agriculteurs ». En procédant à un appariement entre deux sources d’informations distinctes sur quinze années (de 2003 à 2017), à savoir le Réseau d’information comptable agricole (Rica) du ministère de l’Agriculture et la base des cotisants non-salariés (COTNS) de la Caisse centrale de la Mutualité sociale agricole (MSA), cet article procède à une comparaison du niveau de plusieurs de ces indicateurs. L’appariement a été réalisé à partir du numéro SIRET des entreprises et un travail méthodologique a été effectué afin que le champ des exploitations soit commun aux deux bases. Il est ainsi notamment mis en évidence que le « bénéfice agricole » (issu de la MSA) est en moyenne inférieur d’un tiers au résultat courant avant impôt (issu du Rica), et que le montant des prélèvements privés est peu corrélé au niveau du résultat comptable ou à celui du bénéfice agricole. Enfin, une analyse plus spécifique des « bas revenus » montre que, si la fréquence d’occurrence de tels événements dépend évidemment du seuil retenu, les années 2009 et 2016 ont été particulièrement mauvaises et ne peuvent être considérées comme représentatives de la situation moyenne observée sur l’ensemble de la période étudiée.

Published
2021

43. Les agriculteurs acteurs du paysage (325 p.)

Author

MOUSTIER, philippe, Rieutort, Laurent, Temps, espaces, langages Europe méridionale-Méditerranée (TELEMME), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and MOUSTIER, philippe

Subjects
[SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2021

44. Comment et pourquoi les patients mobilisent-ils une multiplicité de professionnels de santé ? Une approche par les systèmes de prescription en élevage

Author

Ramat, Eulalie, Gouttenoire, Lucie, Girard, Nathalie, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Kedge Business school, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Altazin, Claire

Subjects
[SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.ENVIR] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SDV.SA.AEP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SDV.SA.STA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

International audience; Dans le contexte actuel, la gestion de la santé appelle à des innovations technologiques, mais aussi organisationnelles, dont il faut explorer les conditions et les modalités d’émergence et de diffusion pour transformer durablement le champ de la santé. La prise en compte de l’expérience et du savoir des patients est une condition essentielle à l’évolution et à l’adaptation des systèmes de santé. Nous proposons ici de renverser la perspective en étudiant la gestion de la santé du point de vue du patient. Nous étudions cette question en partant d’un domaine parallèle à celui de la santé humaine, celui de la santé animale en élevage. Dans ce domaine, le patient choisit de manière autonome les professionnels avec qui il travaille, au fil de ses expériences personnelles et de ses expériences face aux maladies qu’il rencontre dans son troupeau. Quelles peuvent être alors les formes organisationnelles du « système de professionnels » que construit chaque patient ? Partant d’un cadre conceptuel basé sur la notion de prescription et de relation de prescription, nous choisissons de représenter cet ensemble de professionnels comme un “système de prescription”, construit par l’éleveur grâce à ses expériences avec ces prescripteurs. L’objectif de cette communication est d’explorer la diversité des systèmes de prescription construits par des éleveurs. Pour se faire, nous avons mené des entretiens auprès de 26 éleveurs de bovins laitiers du Massif Central, mettant en place des pratiques de gestion agroécologique de la santé. Une analyse qualitative des discours ainsi recueillis, puis une classification en utilisant l’outil grille répertoire nous a permis d’identifier et caractériser 5 types de systèmes de prescriptions différents i) le type “structuré pour accompagner un pilotage fin et technique du troupeau”, (ii) le type “étendu autour d’un opérateur autonome”, (iii) le type “centré autour d’un prescripteur de confiance”, (iv) le type “tourné vers l’échange avec les pairs et les formations et la recherche de solutions concrètes” et (v) le type “tourné vers des prescripteurs capables d’accompagner la reconception du système d’élevage”. Chacun de ces types relève d’une structuration particulière, par les éleveurs-patients, de leur système de prescription, en matière de gestion de la santé. Il sera intéressant d'enrichir ces représentations, qui font l’impasse sur la nature des savoirs échangés, en les complétant par une analyse de l’approche de la santé des éleveurs-patients. C’est un champ d’investigation qui s’ouvre pour à la fois mieux penser l’organisation des professionnels de la santé et leur apprenance et revoir la place du patient dans cette organisation.

Published
2021

45. Farmers and agro-ecological transition: the game, a very serious tool

Author

Dernat, Sylvain, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and DERNAT, Sylvain

Subjects
[SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.EDU]Humanities and Social Sciences/Education, [SHS.EDU] Humanities and Social Sciences/Education, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract

National audience; À première vue, le changement climatique n’a pas grand-chose à voir avec la frivolité du jeu, et apporte plutôt son lot de catastrophes et de prédictions inquiétantes. Pourtant le jeu, qui consiste à se mettre à la place de, concevoir dans un monde rêvé, essayer « pour de faux », tenter, être stratégique… peut se révéler un outil précieux dans l’accompagnement de la transition agroécologique pour des acteurs faisant face à des incertitudes constantes.Bien sûr, il s’agit de « jeu sérieux ». Comme le soulignait Clark C. Abt dès 1970, ce dernier n’est pas principalement destiné au divertissement, bien qu’il puisse être amusant : il est conçu dans un objectif d’utilité, et les mécanismes mêmes du jeu y sont exploités pour l’atteindre.Par jeu, on n’entend pas forcément de jeux vidéo : jeux de plateaux, de rôles, de cartes… sont en effet centraux par leur capacité à réunir et à échanger. Notamment en contextes agricoles, ils permettent d’imaginer des solutions pour le futur, difficilement audibles ou trop complexes à visualiser par la seule discussion.

Published
2021

46. Les Établissements et Services d’Aide par le Travail (ESAT) français face à la pandémie de COVID 19 : le rôle du territoire et de la proximité dans l’adaptation à la crise

Author

Escuriet, Meddy, Fournier, Mauricette, Sanson, Théo, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
medico-social policy, Handicap, politique médico-sociale, accompagnement médico-social, handicap, [SHS]Humanities and Social Sciences, Territory, HB71-74, economic effects of confinement, territoire, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, social support economic effects of confinement, Economic history and conditions, territory, COVID-19, proximity, HC10-1085, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, social support, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Economics as a science, disability, ESAT (French support and work assistance establishment), Etablissements et Services d’Aide par le Travail (ESAT), impact économique du confinement, proximité, [SHS.GESTION]Humanities and Social Sciences/Business administration, France
Abstract

International audience; This contribution focuses on the impact of the COVID-19 pandemic on French support and work assistance establishment (ESAT) based on interviews conducted with managers of institutions located in rural and urban areas of the Auvergne-Rhône-Alpes region (France). In order to situate the ESAT in their national context, a first section is devoted to recalling the genesis and functioning of this system, which was set up to promote the social and occupational integration of workers with disabilities, whose originality lies in the articulation of a medico-social logic with an economical logic. We then try to show how the ESAT have organized themselves to provide medico-social support for workers with disabilities despite the obligation of distancing. Then, analyzed through the prism of territorial anchoring and the concept of proximity associated with it, we will focus on the impact of confinement on the economic balance of these establishments to show that the health crisis has less affected the establishments in predominantly agricultural vocation established in rural areas than those, more oriented towards industrial subcontracting, located in urban areas.; Cette contribution s’intéresse à l’impact de la pandémie de COVID-19 sur les Établissements et Services d’Aide par le Travail (ESAT) français à partir d’entretiens conduits auprès de directeurs d’établissements situés dans le milieu rural et urbain de la Région Auvergne-Rhône-Alpes (France). Afin de situer les ESAT dans leur contexte national, un premier temps est consacré à rappeler la genèse et le fonctionnement de ce dispositif, mis en place pour favoriser l’insertion sociale et professionnelle des travailleurs en situation de handicap, dont l’originalité réside dans l’articulation d’une logique médico-sociale à une logique économique. Nous cherchons ensuite à montrer comment les ESAT se sont organisés pour assurer l’accompagnement médico-social de leurs travailleurs malgré l’obligation de distanciation. Puis, analysé au prisme de l’ancrage territorial et de la notion de proximité qui lui est associée, nous nous intéressons à l’impact du confinement sur l’équilibre économique de ces établissements pour montrer que la crise sanitaire a moins affecté les établissements à vocation majoritairement agricole implantés en milieu rural que ceux, plus orientés vers la sous-traitance industrielle, localisés en milieu urbain.

Published
2021

47. Agriculture : la diversité des acteurs, un atout pour construire un nouveau modèle en France

Author

Vollet, Dominique, Wallet, Frederic, Candau, Jacqueline, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Altazin, Claire

Subjects
[SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.ENVIR] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SDV.SA.AEP] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SDV.SA.STA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture, [SDV.SA.AEP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

48. Infant gut microbiota associate rat model for studying young infant gut Microbiome

Author

Rocha Martin, Vanesa Natalin, Del'Homme, Christophe, Chassard, Christophe, Catherine, Schwab, Braegger, Christian, Bernalier-Donadille, Annick, Lacroix, Christophe, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

49. Different acylcarnitines tissue profiles as metabolomics signatures of human hepatocellular carcinoma in non-alcoholic fatty liver disease according to fibrosis level

Author

Buchard, Benjamin, Samarakoon, Natali Abeywickrama, Pujos-Guillot, Estelle, Durand, Stéphanie, Petera, Mélanie, Centeno, Delphine, Joubert, Juliette, Demidem, Aicha, Abergel, Armand, CHU Clermont-Ferrand, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Unité de Nutrition Humaine (UNH), and Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA)

Subjects
Hepatology, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer
Abstract

International audience

Published
2022

50. La valeur ajoutée des « Organismes nationaux à vocation agricole et rurale » (Onvar) au développement territorial

Author

Vollet, Dominique, Bossuat, Hervé, Gasselin, Pierre, Labarthe, Pierre, Wallet, Frederic, Barbarot, Anne-Sophie, Rousselière, Damien, Filippi, Maryline, Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Fédération Nationale des Coopératives d'Utilisation de Matériel Agricole (FNCUMA), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), DRAAF AUVERGNE RHONE-ALPES, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Groupe de Recherche en Economie Théorique et Appliquée (GREThA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Open Edition Journals, AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)

Subjects
Institutionalization, Organismes nationaux à vocation agricole et rurale, Structures collectives, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, Développement agricole, Valeur ajoutée, Integrated rural development, [SHS]Humanities and Social Sciences, Développement rural intégré, Value added, Coordination, National organizations for agricultural and rural development, Institutionnalisation, Collective structures, Agricultural development
Abstract

International audience; The Onvar (National Organizations for Agricultural and Rural Development) represent very original collective structures. Their aim is to improve integrated sustainable development of territories. A grid from institutional economics is applied to an original empirical material (evaluation report and surveys) for assessing territorial added value. It is shown that Onvar’s local projects bring added value in terms of intersectoral coordination and partnerships between Onvar (with a still strong path of dependence for this last dimension). Conversely, coordination with other major stakeholders in agricultural and rural development (consular chambers, technical institutes) remains weak. The consideration of agroecology is also modest.; Les Organismes nationaux à vocation agricole et rurale (Onvar) représentent des structures collectives très originales au service du développement durable intégré des territoires. Une grille issue de l’économie institutionnelle d’appréciation de la valeur ajoutée territoriale est appliquée à un matériau empirique original (rapport d’évaluation d’activités et enquêtes). Il est montré que les projets territorialisés des Onvar apportent une valeur ajoutée en termes de coordination intersectorielle et de partenariats entre Onvar (avec un sentier de dépendance encore fort pour cette dernière dimension). A contrario, les coordinations avec les autres partenaires majoritaires du développement agricole et rural (chambres consulaires, instituts techniques) restent en retrait. La prise en compte de l’agroécologie demeure également modeste.

Published
2021

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