1. Site- and allele-specific polycomb dysregulation in T-cell leukaemia
- Author
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Marta Gut, Marie Loosveld, H. Bobby Gaspar, Vahid Asnafi, Estelle Duprez, Steven J. Howe, Romain Fenouil, Ivo Gut, Sébastien Jaeger, Salima Hacein-Bey-Abina, Claude Grégoire, Bernard Malissen, Adrian J. Thrasher, Dominique Payet-Bornet, Sandrine Le Noir, Bertrand Nadel, Ester Morgado, Muhammad Ahmad Maqbool, Hervé Dombret, Lydie Pradel, Emilie Mamessier, Elizabeth Macintyre, Jean-Christophe Andrau, Aurore Touzart, Myriam Koubi, Charles Pignon, Norbert Ifrah, Jean-Marc Navarro, Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy (CIML), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Developpement Normal et Pathologique du Système Immunitaire, Inserm U429 (CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP]), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), Centro Nacional de Análisi Genómico (CNAG), Centro Nacional de Análisis Genómico, Institut de Génomique d'Evry (IG), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), University College of London [London] (UCL), Molecular Immunology Unit, University College of London [London] (UCL)-Institute of Child Health, Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Fondation pour la Recherche Médicale (#INE2003114116), Le Conseil Général des Bouches du Rhône, le Canceropôle PACA, CALYM consortium, l’Institut National du Cancer (INCa PLBIO09), la Fondation de France (#2008001490) and institutional grants from INSERM, CNRS and AMU, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune (CHRI), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Lymphocyte et cancer, IFR105-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University College London-Institute of Child Health, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille ( CRCM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut Paoli-Calmettes-Aix Marseille Université ( AMU ), Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy ( CIML ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Necker Enfants-Malades ( INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Cytokines, hématopoïèse et réponse immune ( CHRI ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier ( IGMM ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centro Nacional de Análisi Genómico ( CNAG ), Institut de Génomique, Commissariat à l’Energie Atomique, Centre National de Genotypage, IFR105-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), University College-Institute of Child Health, Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers ( CRCNA ), CHU Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ) -Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Faculté de Médecine d'Angers, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institute of Child Health-University College London, and Spinelli, Lionel
- Subjects
Genome instability ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Polycomb-Group Proteins ,General Physics and Astronomy ,Precursor T-Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma ,Germline ,Epigenesis, Genetic ,[ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Histones ,Jurkat Cells ,0302 clinical medicine ,Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors ,Cancer epigenetics ,T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia Protein 1 ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Genetics ,0303 health sciences ,Multidisciplinary ,Gene Expression Regulation, Leukemic ,Nuclear Proteins ,Acetylation ,3. Good health ,DNA-Binding Proteins ,[SDV] Life Sciences [q-bio] ,Treatment Outcome ,030220 oncology & carcinogenesis ,T-cell lymphoma ,[SDV.IMM.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy ,Plasmids ,Adult ,Chromatin Immunoprecipitation ,Molecular Sequence Data ,[ SDV.IMM.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Biology ,Methylation ,Article ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,03 medical and health sciences ,Medical research ,[SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Proto-Oncogene Proteins ,Polycomb-group proteins ,Humans ,Epigenetics ,Allele ,Alleles ,030304 developmental biology ,Homeodomain Proteins ,Base Sequence ,Genetic heterogeneity ,General Chemistry ,[SDV.IMM.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Immunotherapy ,Survival Analysis ,Mutagenesis, Insertional ,Genetic Loci ,TAL1 - Abstract
T-cell acute lymphoblastic leukaemias (T-ALL) are aggressive malignant proliferations characterized by high relapse rates and great genetic heterogeneity. TAL1 is amongst the most frequently deregulated oncogenes. Yet, over half of the TAL1+ cases lack TAL1 lesions, suggesting unrecognized (epi)genetic deregulation mechanisms. Here we show that TAL1 is normally silenced in the T-cell lineage, and that the polycomb H3K27me3-repressive mark is focally diminished in TAL1+ T-ALLs. Sequencing reveals that >20% of monoallelic TAL1+ patients without previously known alterations display microinsertions or RAG1/2-mediated episomal reintegration in a single site 5′ to TAL1. Using ‘allelic-ChIP’ and CrispR assays, we demonstrate that such insertions induce a selective switch from H3K27me3 to H3K27ac at the inserted but not the germline allele. We also show that, despite a considerable mechanistic diversity, the mode of oncogenic TAL1 activation, rather than expression levels, impact on clinical outcome. Altogether, these studies establish site-specific epigenetic desilencing as a mechanism of oncogenic activation., TAL1 is frequently deregulated in T-cell acute lymphoblastic leukaemias, but the mechanism remains largely unclear. Here the authors show that microinsertions upstream of TAL1 cause its epigenetic reactivation, and that the mode of TAL1 activation correlates with prognosis.
- Published
- 2015
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