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1. Calcein+/PI- as an early apoptotic feature in Leishmania

Author: Louise Basmaciyan, Magali Casanova, Nadine Azas, Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Vin Aliment Microbiologie et Stress ( VAlMiS ), Procédés Alimentaires et Microbiologiques ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] ( PAM ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM )
Subjects: 0301 basic medicine, Cell Membranes, lcsh:Medicine, Apoptosis, DNA fragmentation, Pathology and Laboratory Medicine, Biochemistry, chemistry.chemical_compound, Fluorescence Microscopy, Annexin, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medicine and Health Sciences, lcsh:Science, Caspase, Protozoans, Leishmania, Staining, Microscopy, Multidisciplinary, medicine.diagnostic_test, biology, Cell Death, Donovani promastigotes, Eukaryota, Light Microscopy, Cell Staining, Flow Cytometry, Fluoresceins, 3. Good health, Cell biology, Nucleic acids, Annexin-v, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Cell Processes, Cellular Structures and Organelles, Research Article, Programmed cell death, Imaging Techniques, 030106 microbiology, Research and Analysis Methods, Flow cytometry, 03 medical and health sciences, Necrosis, Signs and Symptoms, Diagnostic Medicine, parasitic diseases, Fluorescence Imaging, medicine, Genetics, In Situ Nick-End Labeling, Animals, Propidium iodide, Fluorescent Dyes, Markers, lcsh:R, Organisms, Biology and Life Sciences, Cell Biology, DNA, biology.organism_classification, Parasitic Protozoans, AM, 030104 developmental biology, chemistry, Specimen Preparation and Treatment, biology.protein, lcsh:Q, Therapy, Cell-death
Abstract: International audience; Although leishmaniases are responsible for high morbidity and mortality all over the world, no really satisfying treatment exists. Furthermore, the corresponding parasite Leishmania undergoes a very characteristic form of programmed cell death. Indeed, different stimuli can induce morphological and biochemical apoptotic-like features. However, the key proteins involved in mammal apoptosis, such as caspases and death receptors, are not encoded in the genome of this parasite. Currently, little is known about Leishmania apoptosis, notably owing to the lack of specific tools for programmed cell death analysis in these parasites. Furthermore, there is a need for a better understanding of Leishmania programmed cell death in order (i) to better understand the role of apoptosis in unicellular organisms, (ii) to better understand apoptosis in general through the study of an ancestral eukaryote, and (iii) to identify new therapeutic targets against leishmaniases. To advance understanding of apoptosis in Leishmania, in this study we developed a new tool based on the quantification of calcein and propidium iodide by flow cytometry. This double labeling can be employed to distinguish early apoptosis, late apoptosis and necrosis in Leishmania live cells with a very simple and rapid assay. This paper should, therefore, be of interest for people working on Leishmania and related parasites.
Published: 2017

2. Identification of Leishmania by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) Mass Spectrometry Using a Free Web-Based Application and a Dedicated Mass-Spectral Library

Author: Montserrat Gállego, Martine Piarroux, Zoubir Harrat, Cécile Nabet, Jean Luc Donnadieu, Laurence Lachaud, Carmen Muñoz, Carole Cassagne, Patrick Lami, Christophe Ravel, Farid Djenad, Silvia Tebar, Teresa Llovet, Denis Blanchet, Renaud Piarroux, Patrick Bastien, Karim Aoun, Anne-Cécile Normand, Magalie Demar, Anna Fernández-Arévalo, Centre National de Référence des Leishmanioses [CHRU Montpellier] (CNR-L), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Université de Montpellier (UM), Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, Universitat de Barcelona (UB), Barcelona Centre for International Health Research, Hospital Clinic (CRESIB), Laboratoire de parasitologie-mycologie [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale (EPat), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Guyane (UG), Association Passerelles [Montpellier], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Institut Pasteur d'Algérie, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Laboratoire de Parasitologie Médicale, Biotechnologies et Biomolécules (LR11IPT06), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de Parasitologie [Hôpital de La Timone - APHM], Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Ben Hassine, AbdelHakim, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), MALDI-TOF, Databases, Factual, MESH: Leishmaniasis/diagnosis, 030106 microbiology, Leishmania donovani, Matrix assisted laser desorption ionization time of flight, Computational biology, Bioinformatics, Mass spectrometry, 03 medical and health sciences, identification online, parasitic diseases, MESH: Gene Library, Humans, Leishmania species identification, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Leishmaniasis, database, Gene Library, Leishmania, Internet, MESH: Humans, biology, MESH: Leishmania/genetics, Mass spectral library, MESH: Leishmaniasis/parasitology, biology.organism_classification, MALDI-TOF Mass Spectrometry, MESH: Databases, Factual, 3. Good health, MESH: Internet, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Parasitology, Identification (biology), MESH: Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization/methods, MESH: Leishmania/classification
Abstract: Human leishmaniases are widespread diseases with different clinical forms caused by about 20 species within the Leishmania genus. Leishmania species identification is relevant for therapeutic management and prognosis, especially for cutaneous and mucocutaneous forms. Several methods are available to identify Leishmania species from culture, but they have not been standardized for the majority of the currently described species, with the exception of multilocus enzyme electrophoresis. Moreover, these techniques are expensive, time-consuming, and not available in all laboratories. Within the last decade, mass spectrometry (MS) has been adapted for the identification of microorganisms, including Leishmania . However, no commercial reference mass-spectral database is available. In this study, a reference mass-spectral library (MSL) for Leishmania isolates, accessible through a free Web-based application (mass-spectral identification [MSI]), was constructed and tested. It includes mass-spectral data for 33 different Leishmania species, including species that infect humans, animals, and phlebotomine vectors. Four laboratories on two continents evaluated the performance of MSI using 268 samples, 231 of which were Leishmania strains. All Leishmania strains, but one, were correctly identified at least to the complex level. A risk of species misidentification within the Leishmania donovani , L. guyanensis , and L. braziliensis complexes was observed, as previously reported for other techniques. The tested application was reliable, with identification results being comparable to those obtained with reference methods but with a more favorable cost-efficiency ratio. This free online identification system relies on a scalable database and can be implemented directly in users' computers.
Published: 2017

3. Comparative Evaluation of Etest, EUCAST, and CLSI Methods for Amphotericin B, Voriconazole, and Posaconazole against Clinically Relevant Fusarium Species

Author: Jacques F. Meis, Abdullah M. S. Al-Hatmi, Joseph Meletiadis, G. Sybren de Hoog, Stéphane Ranque, Renaud Piarroux, Anne-Cécile Normand, University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National and Kapodistrian University of Athens (NKUA), Radboud University Medical Center [Nijmegen], University of Amsterdam [Amsterdam] ( UvA ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes ( URMITE ), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), National and Kapodistrian University of Athens, Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Medical Microbiology & Infectious Diseases
Subjects: 0301 basic medicine, Fusarium, Posaconazole, Antifungal Agents, Serial dilution, 030106 microbiology, Microbial Sensitivity Tests, Microbiology, Comparative evaluation, RPB2, Fungal Proteins, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Amphotericin B, medicine, polycyclic compounds, antifungal susceptibility, voriconazole, Pharmacology (medical), EUCAST, TEF1, Etest, [ SDV.MP.MYC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Pharmacology, Voriconazole, Fungal protein, biology, business.industry, Triazoles, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, equipment and supplies, bacterial infections and mycoses, amphotericin B, posaconazole, 3. Good health, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, lnfectious Diseases and Global Health Radboud Institute for Health Sciences [Radboudumc 4], Infectious Diseases, Susceptibility, comparison, bacteria, CLSI, business, medicine.drug
Abstract: We compared EUCAST and CLSI methods versus Etest for antifungal susceptibility testing of 20 clinically relevant Fusarium species against amphotericin B, posaconazole, and voriconazole. The median Etest amphotericin B and posaconazole MICs were 1 dilution higher than the median EUCAST and the CLSI MICs. The essential agreement (within ±1/±2 dilutions) was 60/90%, 80/95%, and 70/85% between the Etest and EUCAST methods and 80/95%, 75/95%, and 45/100% between the Etest and CLSI methods for amphotericin B, voriconazole, and posaconazole, respectively. The categorical agreement was >85%. Etest can be used for antifungal susceptibility testing of Fusarium species.
Published: 2017

4. Diversity of the Bacterial Microbiota of Anopheles Mosquitoes from Binh Phuoc Province, Vietnam

Author: Ngo, Chung T., Romano-Bertrand, Sara, Manguin, Sylvie, Jumas-Bilak, Estelle, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), National Institute of Veterinary Research [Hanoï], Hydrosciences Montpellier ( HSM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques ( UM2 ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), National Institute of Veterinary Research [Hanoï] (NIVR), Ministry of Agriculture and Rural Development [Hanoï] (MARD), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 16S rRNA PCR - TTGE, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, 16S rRNA PCR – TTGE, Binh Phuoc, Vietnam, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Anopheles mosquitoes, abdomen bacterial microbiota, malaria, Microbiology, Original Research
Abstract: International audience; The naturally acquired microbiota of Anopheles can influence vector's susceptibility to Plasmodium and its capacity to transmit them. Microbiota modification is a new challenge to limit disease transmission but it still needs advanced knowledges on bacterial community in Anopheles, especially in wild and infected specimens from diverse origin and species. Bacterial culture and 16S rRNA gene-PCR associated to Temporal Temperature Gradient Electrophoresis (TTGE) were applied to explore the bacterial diversity in the abdomen of 100 wild specimens (eight Anopheles species) collected in the Binh Phuoc Province, Vietnam. Culture and PCR-TTGE were complementary. The bacterial richness of the mosquito collection encompassed 105 genera belonging to seven phyla, mostly Proteobacteria, Firmicutes, and Actinobacteria. Staphylococcus, Clostridium, and Bacillus in Firmicutes were the most prevalent genera. However, Proteobacteria represented by 57 genera was the most diversified phylum in Anopheles microbiota. The high overall of Anopheles-associated bacteria is confirmed with, to our knowledge, 51 genera described for the first time in Anopheles microbiota. However, the diversity per specimen was low with average diversity index and the average Shannon-Wiener score (H) of 4.843 and 5.569, respectively. The most represented bacterial genera were present in
Published: 2016

5. Relationship between Distinct African Cholera Epidemics Revealed via MLVA Haplotyping of 337 Vibrio cholerae Isolates

Author: Lamine Koivogui, Eric Garnotel, Berthe Miwanda, Renaud Piarroux, Jean-Jacques Depina, Hélène Thefenne, Stanislas Rebaudet, Adodo Yao Sadji, Aaron Aruna Abedi, Sakoba Keita, Nicholas R. Thomson, Hilde De Boeck, Didier Bompangue, Bawimodom Bidjada, Raymond Ruimy, Jean-Jacques Muyembe, Fakhri Jeddi, Pierre-Denis Plisnier, Sandra Moore, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Departement de Parasitologie et Mycologie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Institut National de Recherche Biomédicale [Kinshasa] (INRB), Department of Bacteriology, National Institute of Hygiene, Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Service de Santé des Armées, Department of Clinical Sciences, Institute of Tropical Medicine [Antwerp] (ITM), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Microbiology, University of Kinshasa (UNIKIN), Ministry of Health, Ministry of Health [Mozambique], Institut National de Santé Publique, Institut national de la santé publique (INSP), Division Prévention et Lutte contre la Maladie, Ministère de la Santé et de l’Hygiène Publique, Royal Museum for Central Africa [Tervuren] (RMCA), Clinical Research Department, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ), Institut National de Recherche Biomédicale, Institut National de Recherche Biomédicale-Ministry of Public Health, Institute of Tropical Medicine, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), University Hospital of Kinshasa, Royal Museum for Central Africa, CHU Nice, London School of Hygiene & Tropical Medicine, Pathogen Genomics, Wellcome Trust Sanger Institute, HAL AMU, Administrateur, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, National Institute of Public Health - National Institute of Hygiene [Poland], Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)
Subjects: TRANSMISSION, RC955-962, Zoology, Minisatellite Repeats, Multiple Loci VNTR Analysis, Biology, medicine.disease_cause, Disease cluster, History, 21st Century, Polymerase Chain Reaction, Evolution, Molecular, Cholera, Gene Frequency, Arctic medicine. Tropical medicine, TANDEM-REPEAT ANALYSIS, parasitic diseases, medicine, Cluster Analysis, Humans, Typing, Epidemics, Vibrio cholerae, Africa South of the Sahara, Phylogeny, DNA Primers, ENVIRONMENTAL DETERMINANTS, Transmission (medicine), STRAINS, Public Health, Environmental and Occupational Health, Outbreak, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, History, 20th Century, medicine.disease, MULTILOCUS VARIABLE-NUMBER, 3. Good health, Variable number tandem repeat, Phylogeography, Infectious Diseases, Genetics, Population, Haplotypes, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Public aspects of medicine, RA1-1270, OUTBREAKS, Research Article
Abstract: Background Since cholera appeared in Africa during the 1970s, cases have been reported on the continent every year. In Sub-Saharan Africa, cholera outbreaks primarily cluster at certain hotspots including the African Great Lakes Region and West Africa. Methodology/Principal Findings In this study, we applied MLVA (Multi-Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis) typing of 337 Vibrio cholerae isolates from recent cholera epidemics in the Democratic Republic of the Congo (DRC), Zambia, Guinea and Togo. We aimed to assess the relationship between outbreaks. Applying this method, we identified 89 unique MLVA haplotypes across our isolate collection. MLVA typing revealed the short-term divergence and microevolution of these Vibrio cholerae populations to provide insight into the dynamics of cholera outbreaks in each country. Our analyses also revealed strong geographical clustering. Isolates from the African Great Lakes Region (DRC and Zambia) formed a closely related group, while West African isolates (Togo and Guinea) constituted a separate cluster. At a country-level scale our analyses revealed several distinct MLVA groups, most notably DRC 2011/2012, DRC 2009, Zambia 2012 and Guinea 2012. We also found that certain MLVA types collected in the DRC persisted in the country for several years, occasionally giving rise to expansive epidemics. Finally, we found that the six environmental isolates in our panel were unrelated to the epidemic isolates. Conclusions/Significance To effectively combat the disease, it is critical to understand the mechanisms of cholera emergence and diffusion in a region-specific manner. Overall, these findings demonstrate the relationship between distinct epidemics in West Africa and the African Great Lakes Region. This study also highlights the importance of monitoring and analyzing Vibrio cholerae isolates., Author Summary Cholera is caused by the toxigenic bacterium Vibrio cholerae. Since cholera was imported into the West African country of Guinea in 1970, cases have been reported on the continent every year. In Sub-Saharan Africa, cholera occurs in a heterogeneous manner; outbreaks primarily cluster at certain hotspots including the African Great Lakes Region and West Africa. To gain further insight into the mechanisms by which cholera outbreaks emerge and diffuse, we performed genetic analyses of 337 Vibrio cholera isolates from the Democratic Republic of the Congo (DRC), Zambia, Guinea and Togo. Isolates from both patients and environmental samples were examined. Our findings demonstrate the relationship between distinct epidemics in West Africa and the African Great Lakes Region. For example, certain strains in the DRC have circulated in the region over a period of several years, occasionally giving rise to expansive epidemics. We also found that the six environmental isolates in our panel were unrelated to the epidemic isolates. Such insight into the country- and region-specific dynamics of the disease is critical to implement optimized public health strategies to control and prevent cholera epidemics. This study also highlights the importance of analyzing Vibrio cholerae isolates to complement epidemiological studies.
Published: 2015

6. Antileishmanial pharmacomodulation in 8-nitroquinolin-2(1H)-one series

Author: Michèle Laget, Lucie Paloque, Charline Kieffer, Sébastien Hutter, Caroline Castera-Ducros, Alexis Valentin, Pierre Verhaeghe, Nadine Azas, Patrice Vanelle, Pascal Rathelot, Anita Cohen, Sylvain Rault, Institut de Chimie Radicalaire (ICR), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie (CERMN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT), Institut de Chimie Radicalaire ( ICR ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire de chimie de coordination ( LCC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Toulouse, UPS, Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie ( CERMN ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Normandie Université ( NU ), Pharmacochimie et Pharmacologie Pour le Développement ( PHARMA-DEV ), and Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Stereochemistry, Phosphorylcholine, Clinical Biochemistry, Leishmania donovani, Antiprotozoal Agents, Pharmaceutical Science, 01 natural sciences, Biochemistry, [ CHIM ] Chemical Sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Structure-Activity Relationship, Parasitic Sensitivity Tests, Drug Discovery, parasitic diseases, medicine, Moiety, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Leishmania infantum, Cytotoxicity, Amastigote, Molecular Biology, Pentamidine, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Miltefosine, Life Cycle Stages, biology, 010405 organic chemistry, Chemistry, Macrophages, Organic Chemistry, Quinoline, Nitroquinolines, Hep G2 Cells, biology.organism_classification, In vitro, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Drug Design, Molecular Medicine, medicine.drug
Abstract: International audience; An antileishmanial pharmacomodulation at position 4 of 8-nitroquinolin-2(1H)-one was conducted by using the Sonogashira and Suzuki-Miyaura coupling reactions. A series of 25 derivatives was tested in vitro on the promastigote stage of Leishmania donovani along with an in vitro cytotoxicity evaluation on the human HepG2 cell line. Only the derivatives bearing a phenyl moiety at position 4 of the quinoline ring displayed interesting biologic profile, when the phenyl moiety was substituted at the para position by a Br or Cl atom, or by a CF3 group. Among them, molecules 17 and 19 were the most selective and were then tested in vitro on the intracellular amastigote stage of both L. donovani and Leishmania infantum, in parallel with complementary in vitro cytotoxicity assays on the macrophage cell lines THP-1 and J774A.1. Molecule 19 showed no activity on the amastigote stages of the parasites and some cytotoxicity on the J774A.1 cell line while molecule 17, less cytotoxic than 19, showed anti-amastigote activity in L. infantum, being 3 times less active than miltefosine but more active and selective than pentamidine. Nevertheless, hit-molecule 17 did not appear as selective as the parent compound. (C) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Published: 2015

7. Looking for new antileishmanial derivatives in 8-nitroquinolin-2(1H)-one series

Author: Patrice Vanelle, Sylvain Rault, Charline Kieffer, Pascal Rathelot, Anita Cohen, Caroline Castera-Ducros, Nadine Azas, Pierre Verhaeghe, Sébastien Hutter, Manel Kraiem M'Rabet, Michèle Laget, Vincent Remusat, Institut de Chimie Radicalaire (ICR), Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire de chimie de coordination (LCC), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie (CERMN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Institut de Chimie Radicalaire ( ICR ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire de chimie de coordination ( LCC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie ( CERMN ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Normandie Université ( NU ), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Stereochemistry, Substituent, Antiprotozoal Agents, Ring (chemistry), 01 natural sciences, [ CHIM ] Chemical Sciences, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Structure-Activity Relationship, Parasitic Sensitivity Tests, Drug Discovery, Molecule, [CHIM]Chemical Sciences, Solubility, Cytotoxicity, Pharmacology, 0303 health sciences, Trifluoromethyl, Dose-Response Relationship, Drug, Molecular Structure, 010405 organic chemistry, 030306 microbiology, Organic Chemistry, Nitroquinolines, General Medicine, 0104 chemical sciences, chemistry, Pharmacophore, Methyl group, Leishmania donovani
Abstract: International audience; From a recently identified antileishmanial pharmacophore, a structure activity relationship study was conducted by introducing various aminated, phenoxy or thiophenoxy moieties at position 4 of the 8-nitroquinolin-2(1H)-one scaffold, using SNAr reactions. Thus a series of 47 derivatives was synthesized and evaluated in vitro on the promastigote stage of Leishmania donovani. In parallel, the cytotoxicity of the active molecules was tested on the human HepG2 cell line. The results we obtained showed that the introduction of a substituent at position 4 of the antileishmanial pharmacophore can either lead to inactive or active derivatives, depending on the nature of the substituent. Aminated moieties appear as very unfavorable toward antileishmanial activity, while phenoxy or thiophenoxy moieties were shown to maintain the in vitro antileishmanial profile, especially when the phenyl ring of these moieties was substituted at the para or ortho position by a halogen atom (except fluorine), a trifluoromethyl group or a methyl group. Most of these derivatives showed a lack of solubility in the culture media which hindered the in vitro determination of both their cytotoxicity and activity against the intracellular amastigoste stage of L. donovani. (C) 2014 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
Published: 2015

8. Landscape and climatic characteristics associated with human alveolar echinococcosis in France, 1982 to 2007 , the FrancEchino network

Author: Piarroux, M, Gaudart, Jean, Bresson-Hadni, S, Bardonnet, K, Faucher, B, Grenouillet, F, Knapp, J, Dumortier, J, Watelet, J, Gerard, A, Beytout, J, Abergel, A, Wallon, M, Da, Vuitton, Piarroux, R, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Aix Marseille Université (AMU), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), service d'Hépato-gastro-entérologie, Hospices Civiles de Lyon-Hôpital Edouard Heriault, Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU Estaing [Clermont-Ferrand], Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Hôpital Jean Minjoz, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hopital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Aix Marseille Université ( AMU ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales ( GDEC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), and Gaudart, Jean
Subjects: [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [ MATH.MATH-DS ] Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [MATH.MATH-DS]Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [MATH.MATH-DS] Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [ SDV.MHEP.ME ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [ STAT.AP ] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [ STAT.ME ] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [ MATH.MATH-PR ] Mathematics [math]/Probability [math.PR], [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: International audience; , the FrancEchino network. Landscape and climatic characteristics associated with human alveolar echinococcosis in France, 1982 to 2007. Euro Surveill. 2015;20(18):pii=21118. Available online: Human alveolar echinococcosis (AE) is a severe hepatic disease caused by Echinococcus multilocula-ris. In France, the definitive and intermediate hosts of E. multilocularis (foxes and rodents, respectively) have a broader geographical distribution than that of human AE. In this two-part study, we describe the link between AE incidence in France between 1982 and 2007 and climatic and landscape characteristics. National-level analysis demonstrated a dramatic increase in AE risk in areas with very cold winters and high annual rainfall levels. Notably, 52% (207/401) of cases resided in French communes (smallest French administrative level) with a mountain climate. The mountain climate communes displayed a 133-fold (95% CI: 95–191) increase in AE risk compared with communes in which the majority of the population resides. A case–control study performed in the most affected areas confirmed the link between AE risk and climatic factors. This arm of the study also revealed that populations residing in forest or pasture areas were at high risk of developing AE. We therefore hypothesised that snow-covered ground may facilitate predators to track their prey, thus increasing E. multilocularis biomass in foxes. Such climatic and landscape conditions could lead to an increased risk of developing AE among humans residing in nearby areas.
Published: 2015

9. Genotype combinations of two IL4 polymorphisms influencing IL-4 plasma levels are associated with different risks of severe malaria in the Malian population

Author: Cabantous, Sandrine, Ranque, Stéphane, Poudiougou, Belco, Traore, Abdoulaye, Berbache, Sofiane, Vitte, Joana, Bongrand, Pierre, Doumbo, Ogobara, Dessein, Alain. J., Abel, Laurent, Marquet, S., Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Aix Marseille Université (AMU), Génétique et immunologie des maladies parasitaires (GIMP), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Epidemiology of Parasitic Diseases, Université de Bamako-Malaria Research and Training Centre, Adhésion et Inflammation (LAI), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Immunologie [Hôpital de la Conception - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Malaria Research and Training Center [Bamako, Mali], Université de Bamako, Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] ( IBCP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Aix Marseille Université ( AMU ), Génétique et immunologie des maladies parasitaires ( GIMP ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Adhésion et Inflammation ( LAI ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hôpital de la Conception [CHU - APHM] ( LA CONCEPTION ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Malaria ResearchandTrainingCenter, Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2015

10. PftetQ and pfmdt copy numbers as predictive molecular markers of decreased ex vivo doxycycline susceptibility in imported Plasmodium falciparum malaria

Author: Nathalie Wurtz, Véronique Hubert, Meïli Baragatti, Sébastien Briolant, Jacques Le Bras, Christelle Travaillé, Bruno Pradines, Morgane Lavina, Sandrine Houzé, Aurélie Pascual, Tiphaine Gaillard, Unité de Parasitologie, Institut de Recherche Biomédicale des Armées ( IRBA ), Fédération des Laboratoires, Hôpital d'instruction des armées Sainte-Anne, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Bichat-Claude Bernard, Centre National de Référence du Paludisme, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Mère et enfant face aux infections tropicales ( MERIT - UMR_D 216 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie ( MISTEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), This study was supported by the Institut de Veille Sanitaire (grant number CNR paludisme) and the Délégation Générale pour l'Armement (grant number 10CO405)., The French National Reference Centre for Imported Malaria Study Group, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bichat-Claude Bernard, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Mathématiques, Informatique et STatistique pour l'Environnement et l'Agronomie (MISTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), BMC, Ed., Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bichat-Claude Bernard, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), and Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Genes, Protozoan, Resistance, Drug Resistance, Gene Dosage, Molecular marker, law.invention, antibiotique, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Parasitic Sensitivity Tests, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, law, maladie infectieuse, Malaria, Falciparum, Polymerase chain reaction, Doxycycline, 0303 health sciences, santé humaine, 3. Good health, Santé publique et épidémiologie, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Infectious Diseases, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, medicine.drug, Genetic Markers, Paris, 030231 tropical medicine, Plasmodium falciparum, Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Antimalarials, Inhibitory Concentration 50, 03 medical and health sciences, In vitro, Malaria, Anti-malarial, medicine, Humans, Gene, 030306 microbiology, Research, sénégal, statistique, Odds ratio, medicine.disease, biology.organism_classification, Molecular biology, Parasitology, chemistry, Immunology
Abstract: Background The objective of this study was to evaluate the distribution of a series of independent doxycycline inhibitory concentration 50% (IC50) values to validate the trimodal distribution previously described and to validate the use of the pftetQ and pfmdt genes as molecular markers of decreased in vitro doxycycline susceptibility in Plasmodium falciparum malaria. Methods Doxycycline IC50 values, from 484 isolates obtained at the French National Reference Centre for Imported Malaria (Paris) between January 2006 and December 2010, were analysed for the first time by a Bayesian mixture modelling approach to distinguish the different in vitro phenotypic groups by their IC50 values. Quantitative real-time polymerase chain reaction was used to evaluate the pftetQ and pfmdt copy numbers of 89 African P. falciparum isolates that were randomly chosen from the phenotypic groups. Results The existence of at least three doxycycline phenotypes was demonstrated. The mean doxycycline IC50 was significantly higher in the group with a pftetQ copy number >1 compared to the group with a pftetQ copy number = 1 (33.17 μM versus 17.23 μM) and the group with a pfmdt copy number >1 (28.28 μM versus 16.11 μM). There was a significant difference between the combined low and medium doxycycline IC50 group and the high IC50 group in terms of the per cent of isolates with one or more copy numbers of the pftetQ gene (0% versus 20.69%) or pfmdt gene (8.33% versus 37.93%). In the logistic regression model, the pfmdt and pftetQ copy numbers >1 (odds ratio = 4.65 and 11.47) were independently associated with the high IC50 group. Conclusions Copy numbers of pftetQ and pfmdt are potential predictive molecular markers of decreased susceptibility to doxycycline.
Published: 2013

11. High-throughput analysis of antimalarial susceptibility data by the WorldWide Antimalarial Resistance Network (WWARN) in vitro analysis and reporting tool

Author: Jacob D. Johnson, Véronique Sinou, Sabina Dahlström, Claribel Murillo, Harald Noedl, Jacques Le Bras, François Nosten, Jennifer A. Flegg, Carol Hopkins Sibley, Bruno Pradines, Neils B. Quashie, Charles J. Woodrow, Pharath Lim, Lise Musset, Philippe J Guerin, Sam L. Nsobya, Kanlaya Sriprawat, Hervé Le Nagard, Richard Cooksey, Didier Menard, Rick M. Fairhurst, Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford], University of Oxford, Mahidol-Oxford Tropical Medicine Research Unit, Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University [Bangkok], WorldWide Antimalarial Resistance Network In Vitro Module (WWARN), Hôpital Bichat-Claude Bernard, Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques (U738 / UMR_S738), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), International Center for Medical Research and Training (CIDEIM), International Center for Medical Research and Training, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Shoklo Malaria Research Unit [Mae Sot, Thailand] (SMRU), Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit (MORU), University of Oxford-Mahidol University [Bangkok]-Wellcome Trust-University of Oxford-Mahidol University [Bangkok]-Wellcome Trust, Institut Pasteur de la Guyane, Laboratoire de Parasitologie [Cayenne, Guyane française], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Epidemiology Department, Noguchi Memorial Institute for Medical Research, University of Ghana, Laboratory of Malaria and Vector Research, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, National Center for Parasitology, Entomology and Malaria Control, National Center for Parasitology, Entomology and Malaria Control [Phnom Penh, Cambodia] (CNM), Department of Medicine, Makerere University [Kampala, Ouganda] (MAK), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institute of Specific Prophylaxis and Tropical Medicine, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence du Paludisme, U.S. Army Medical Research Unit, Kenya, Walter Reed Project, Department of Genome Sciences [Seattle] (GS), University of Washington [Seattle], Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), WWARN is supported by a Bill and Melinda Gates Foundation grant. This work was supported in part by the Intramural Research Program of NIAID, NIH, WorldWide Antimalarial Resistance Network, Nuffield Department of Clinical Medicine ( WWARN ), University of Oxford [Oxford]-Churchill Hospital Oxford Centre for Haematology, WorldWide Antimalarial Resistance Network In Vitro Module ( WWARN ), Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), International Center for Medical Research and Training ( CIDEIM ), Institut Pasteur du Cambodge-Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Shoklo Malaria Research Unit, Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Makerere University ( MAK ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Medical University of Vienna, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes ( URMITE ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Genome Sciences [Seattle] ( GS ), Mère et enfant face aux infections tropicales ( MERIT - UMR_D 216 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), University of Oxford [Oxford], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Wellcome Trust-Mahidol University [Bangkok]-University of Oxford [Oxford]-Wellcome Trust-Mahidol University [Bangkok]-University of Oxford [Oxford], Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Shoklo Malaria Research Unit [Mae Sot, Thailand] (Faculty of Tropical Medicine), Mahidol University [Bangkok]-Mahidol Oxford Tropical Medicine Research Unit (MORU), University of Oxford [Oxford]-Mahidol University [Bangkok]-Wellcome Trust-University of Oxford [Oxford]-Wellcome Trust, Makerere University (MAK), and Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216)
Subjects: Drug, Artemisinins, Combination therapy, media_common.quotation_subject, 030231 tropical medicine, Plasmodium falciparum, Drug Resistance, Amodiaquine, Drug resistance, Pharmacology, 03 medical and health sciences, Antimalarials, 0302 clinical medicine, Parasitic Sensitivity Tests, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, High-Throughput Screening Assays, medicine, Pharmacology (medical), Artemisinin, Malaria, Falciparum, media_common, Automation, Laboratory, 0303 health sciences, Analytical Procedures, Internet, biology, Quinine, 030306 microbiology, Chloroquine, biology.organism_classification, 3. Good health, Mefloquine, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Infectious Diseases, Drug Therapy, Combination, medicine.drug
Abstract: Assessment of in vitro susceptibility is a fundamental component of antimalarial surveillance studies, but wide variations in the measurement of parasite growth and the calculation of inhibitory constants make comparisons of data from different laboratories difficult. Here we describe a Web-based, high-throughput in vitro analysis and reporting tool (IVART) generating inhibitory constants for large data sets. Fourteen primary data sets examining laboratory-determined susceptibility to artemisinin derivatives and artemisinin combination therapy partner drugs were collated from 11 laboratories. Drug concentrations associated with half-maximal inhibition of growth (IC 50 s) were determined by a modified sigmoid E max model-fitting algorithm, allowing standardized analysis of 7,350 concentration-inhibition assays involving 1,592 isolates. Examination of concentration-inhibition data revealed evidence of apparent paradoxical growth at high concentrations of nonartemisinin drugs, supporting amendment of the method for calculating the maximal drug effect in each assay. Criteria for defining more-reliable IC 50 s based on estimated confidence intervals and growth ratios improved correlation coefficients for the drug pairs mefloquine-quinine and chloroquine-desethylamodiaquine in 9 of 11 and 8 of 8 data sets, respectively. Further analysis showed that maximal drug inhibition was higher for artemisinins than for other drugs, particularly in ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay)-based assays, a finding consistent with the earlier onset of action of these drugs in the parasite life cycle. This is the first high-throughput analytical approach to apply consistent constraints and reliability criteria to large, diverse antimalarial susceptibility data sets. The data also illustrate the distinct biological properties of artemisinins and underline the need to apply more sensitive approaches to assessing in vitro susceptibility to these drugs.
Published: 2013

12. Populations at risk for alveolar echinococcosis, France

Author: Piarroux, Martine, Piarroux, Renaud, Knapp, Jenny, Bardonnet, Karine, Dumortier, Jérôme, Watelet, Jérôme, Gerard, Alain, Beytout, Jean, Abergel, Armand, Bresson-Hadni, Solange, Gaudart, Jean, Surveillance Network, Francechino, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), service d'Hépato-gastro-entérologie, Hospices Civiles de Lyon-Hôpital Edouard Heriault, Service d'Hépato-gastro-entérologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux (I2M), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Service d'hépatologie, CHU Etaing, Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Hôpital Jean Minjoz, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, Hopital Gabriel Montpied, Clermont-Ferrand, France, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Institut de Mécanique et d'Ingénierie de Bordeaux ( I2M ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bordeaux ( UB ) -Institut Polytechnique de Bordeaux-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM), Aix Marseille Université (AMU) - ORS PACA - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Chrono-environnement (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université de Franche-Comté (UFC), Hospices Civiles de Lyon - Hôpital Edouard Heriault, Service d'Hépatogastroentérologie, CHU de Nancy-Brabois, Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 - Arts et Métiers ParisTech - Institut Polytechnique de Bordeaux - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hépato-Gastro-Entérologie, CHU de Clermont-Ferrand - Hôpital d'Estaing, and Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: Male, Rural Population, [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], Veterinary medicine, communicable disease prevention and control, MESH : Retrospective Studies, MESH : Anthelmintics, Alveolar echinococcosis, 0302 clinical medicine, [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], MESH: Rural Population, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Public Health and Epidemiology, Medicine, MESH: Animals, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Anthelmintics, 0303 health sciences, MESH: Middle Aged, MESH: Echinococcosis, Hepatic, 3. Good health, MESH: Anthelmintics, agricultural workers diseases, alveolar echinococcosis, MESH : Endemic Diseases, Microbiology (medical), MESH : Albendazole, medicine.medical_specialty, Echinococcus multilocularis. epidemiology, Echinococcus multilocularis, Albendazole, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Humans, MESH : Middle Aged, Risk factor, MESH : Mebendazole, Retrospective Studies, MESH : Foxes, MESH: Echinococcus multilocularis, MESH: Humans, 030306 microbiology, MESH : Humans, lcsh:R, MESH: Adult, MESH: Retrospective Studies, Odds ratio, zoonoses, Relative risk, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, MESH: Female, Demography, MESH: Liver, Endemic Diseases, MESH: Registries, Foxes, lcsh:Medicine, MESH : Echinococcus multilocularis, Risk Factors, MESH: Risk Factors, Epidemiology, MESH : Socioeconomic Factors, MESH : Female, Registries, rural health, [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], biology, Rural health, MESH : Adult, Middle Aged, MESH : Risk Factors, Mebendazole, Infectious Diseases, Liver, MESH: Endemic Diseases, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Female, epidemiology, France, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Adult, [ SDV.MP.PAR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Echinococcosis, Hepatic, MESH: Socioeconomic Factors, MESH : Male, 030231 tropical medicine, [MATH.MATH-DS] Mathematics [math]/Dynamical Systems [math.DS], parasites, MESH: Mebendazole, Echinococcosis, MESH: Albendazole, Animals, lcsh:RC109-216, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, MESH : France, MESH: Foxes, business.industry, Research, MESH : Liver, Retrospective cohort study, biology.organism_classification, MESH: Male, MESH : Rural Population, MESH: France, Socioeconomic Factors, MESH : Animals, business, MESH : Echinococcosis, Hepatic, MESH : Registries
Abstract: International audience; During 1982-2007, alveolar echinococcosis (AE) was diagnosed in 407 patients in France, a country previously known to register half of all European patients. To better define high-risk groups in France, we conducted a national registry-based study to identify areas where persons were at risk and spatial clusters of cases. We interviewed 180 AE patients about their way of life and compared responses to those of 517 controls. We found that almost all AE patients lived in 22 départements in eastern and central France (relative risk 78.63, 95% CI 52.84-117.02). Classification and regression tree analysis showed that the main risk factor was living in AE-endemic areas. There, most at-risk populations lived in rural settings (odds ratio [OR] 66.67, 95% CI 6.21-464.51 for farmers and OR 6.98, 95% CI 2.88-18.25 for other persons) or gardened in nonrural settings (OR 4.30, 95% CI 1.82-10.91). These findings can help sensitization campaigns focus on specific groups.
Published: 2013

13. Longitudinal study assessing the return of chloroquine susceptibility of Plasmodium falciparum in isolates from travellers returning from West and Central Africa, 2000-2011

Author: Gharbi, M, Flegg, JA, Hubert, V, Kendjo, E, Metcalf, JE, Bertaux, L, Guérin, PJ, Le Bras, J, Members of the French National Reference Centre for Imported Malaria Study, Aboubaca, A, Agnamey, P, Angoulvant, A, Barbut, P, Basset, D, Belkadi, G, Bellanger, AP, Bemba, D, Benoit-Vica, F, Berry, A, Bigel, ML, Bonhomme, J, Botterel, F, Bouchaud, O, Bougnoux, ME, Bourée, P, Bourgeois, N, Branger, C, Bret, L, Buret, B, Casalino, E, Chevrier, S, Conquere de Monbrison, F, Cuisenier, B, Danis, M, Darde, ML, De Gentile, L, Delarbre, JM, Delaunay, P, Delaval, A, Desoubeaux, G, Develoux, M, Dunand, J, Durand, R, Eloy, O, Fauchet, N, Faugere, B, Faye, A, Fenneteau, O, Flori, P, Fontrouge, M, Garabedian, C, Gayandrieu, F, Godineau, N, Houzé, P, Houzé, S, Hurst, JP, Ichou, H, Lachaud, L, Lebuisson, A, Lefevre, M, LeGuern, AS, Le Moal, G, Lusina, D, Machouart, MC, Malvy, D, Matheron, S, Maubon, D, Mechali, D, Megarbane, B, Menard, G, Millon, L, Aiach, MM, Minodier, P, Morelle, C, Nevez, G, Parola, P, Parzy, D, Patey, O, Patoz, P, Penn, P, Perignon, A, Picot, S, Pilo, JE, Poilane, I, Pons, D, Poupart, M, Pradines, B, Raffenot, D, Rapp, C, Receveur, MC, Sarfati, C, Senghor, Y, Simon, F, Siriez, JY, Taudon, N, Thellier, M, Thouvenin, M, Toubas, D, Faculté de Pharmacie, PRES Sorbonne Paris Cité, WorldWide Antimalarial Resistance Network, WWARN, École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ), Mère et enfant face aux infections tropicales ( MERIT - UMR_D 216 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Centre for Tropical Medicine, University of Oxford [Oxford], Service de Parasitologie Mycologie [Bichat- Claude Bernard], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Centre National de Référence du Paludisme, Consiglio Nazionale delle Ricerche ( CNR ), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Epidemiology and Infectious Diseases, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Epidémiologie des maladies infectieuses et modélisation ( ESIM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), This study was supported in part by a grant for doctoral studies to M Gharbi from the Doctoral Network of the École des Hautes Études en Santé Publique, Rennes, France and a grant for CNRpaludisme from Institut national de Veille Sanitaire, St Maurice, France., Members of the French National Reference Centre for Imported Malaria Study, École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), University of Oxford, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Epidémiologie des maladies infectieuses et modélisation (ESIM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), BMC, Ed., Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Male, Veterinary medicine, Resistance, Drug Resistance, Drug resistance, 0302 clinical medicine, Parasitic Sensitivity Tests, 1108 Medical Microbiology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Chloroquine, Longitudinal Studies, 030212 general & internal medicine, Malaria, Falciparum, Child, Aged, 80 and over, Travel, Central Africa, Mefloquine, pfcrt76, Middle Aged, 3. Good health, Africa, Western, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Infectious Diseases, Child, Preschool, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Female, In vitro, medicine.drug, Adult, Travellers, medicine.medical_specialty, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, Adolescent, Genotype, lcsh:RC955-962, 030231 tropical medicine, Plasmodium falciparum, Biology, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Antimalarials, Young Adult, 03 medical and health sciences, Tropical Medicine, parasitic diseases, West Africa, medicine, Humans, lcsh:RC109-216, Africa, Central, Aged, Molecular epidemiology, Research, Members of the French National Reference Centre for Imported Malaria Study, Infant, medicine.disease, biology.organism_classification, Virology, Malaria, Parasitology, Tropical medicine
Abstract: Background Chloroquine (CQ) was the main malaria therapy worldwide from the 1940s until the 1990s. Following the emergence of CQ-resistant Plasmodium falciparum, most African countries discontinued the use of CQ, and now promote artemisinin-based combination therapy as the first-line treatment. This change was generally initiated during the last decade in West and Central Africa. The aim of this study is to describe the changes in CQ susceptibility in this African region, using travellers returning from this region as a sentinel system. Methods The study was conducted by the Malaria National Reference Centre, France. The database collated the pfcrtK76T molecular marker for CQ susceptibility and the in vitro response to CQ of parasites from travellers’ isolates returning from Senegal, Mali, Ivory Coast or Cameroon. As a proxy of drug pressure, data regarding CQ intake in febrile children were collated for the study period. Logistic regression models were used to detect trends in the proportions of CQ resistant isolates. Results A total of 2874 parasite isolates were genotyped between 2000–2011. The prevalence of the pfcrt76T mutant genotype significantly decreased for Senegal (from 78% to 47%), Ivory Coast (from 63% to 37%), Cameroon (from 90% to 59%) and remained stable for Mali. The geometric mean of the 50% inhibitory concentration (IC50) of CQ in vitro susceptibility and the proportion of resistant isolates (defining resistance as an IC50 value > 100 nM) significantly decreased for Senegal (from 86 nM (59%) to 39 nM (25%)), Mali (from 84 nM (50%) to 51 nM (31%)), Ivory Coast (from 75 nM (59%) to 29 nM (16%)) and Cameroon (from 181 nM (75%) to 51 nM (37%)). Both analyses (molecular and in vitro susceptibility) were performed for the 2004–2011 period, after the four countries had officially discontinued CQ and showed an accelerated decline of the resistant isolates for the four countries. Meanwhile, CQ use among children significantly deceased in this region (fixed effects slope = −0.3, p -3). Conclusions An increase in CQ susceptibility following official withdrawal of the drug was observed in travellers returning from West and Central African countries. The same trends were observed for molecular and in vitro analysis between 2004-2011and they correlated to the decrease of the drug pressure.
Published: 2013

14. Le climat, un facteur de risque pour la santé en Afrique de l'Ouest

Author: Isabelle Jeanne, Nadine Dessay, Jean Gaudart, Benjamin Sultan, Ousmane B. Toure, Isabelle Chiapello, Issaka Sagara, Ogobara K. Doumbo, Stanislas Rebaudet, Pascal Yaka, Mahamadou S Sissoko, Hélène Broutin, Bernard Fontaine, Nadège Martiny, Renaud Piarroux, Biogéosciences [Dijon] ( BGS ), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Expertise et spatialisation des connaissances en environnement ( ESPACE ), Direction générale de la météorologie du Burkina Faso, Malaria Research and Training Center/DEAP, Université des Sciences, des techniques et technologies de Bamako, Processus de la variabilité climatique tropicale et impacts ( PARVATI ), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques ( LOCEAN ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Laboratoire d’Optique Atmosphérique - UMR 8518 ( LOA ), Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Malaria Research and Training Center ( MRTC ), Faculté de Médecine de Bamako, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Biogéosciences [UMR 6282] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Expertise et spatialisation des connaissances en environnement (ESPACE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB), Processus de la variabilité climatique tropicale et impacts (PARVATI), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d’Optique Atmosphérique - UMR 8518 (LOA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Malaria Research and Training Center (MRTC), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (BGS), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), and Laffont, Rémi
Subjects: moustique, pollution de l'eau, PROGRAMME DE RECHERCHE, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Afrique, [SDU.STU.CL] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, maladie infectieuse, 030212 general & internal medicine, SANTE PUBLIQUE, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, VARIABILITE, PREVISION CLIMATIQUE, Ouest, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDU.STU.CL]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, précipitations, [ SDU.STU.CL ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Climatology, EPIDEMIOLOGIE, mousson, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, saison des pluies, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 03 medical and health sciences, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, température, relation santé-climat, MENINGITE, santé, 0105 earth and related environmental sciences, couche limite de surface, CHOLERA, poussière de l'air, PALUDISME, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, assistance, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, CLIMAT, CHANGEMENT CLIMATIQUE, BACTERIOSE, variation du climat, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, variabilité temporelle, MOUSSON, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Cet article fait le point sur certaines connaissances acquises dans le cadre du programme AMMA (phase 1) au sujet des impacts de la variabilité climatique sur la santé en Afrique de l'Ouest. Les auteurs ont travaillé d'une part sur les maladies sévissant majoritairement en saison des pluies, à vecteur tel que le paludisme à Plasmodium falciparum, ou non comme le choléra, et d'autre part sur les maladies respiratoires et non vectorielles, telles que les méningites bactériennes à méningocoques à Neisseira Meningitidis, qui sévissent en plein coeur de la saison sèche. Le paludisme est connu pour sa relation à l'eau et à la température, indispensable pour le développement de son vecteur et son parasite. Le choléra, bien que lié à l'eau, peut aussi être observé en saison sèche : le lien entre choléra et environnement mérite donc un état des lieux éclairé par les nouveaux paramètres et outils disponibles aujourd'hui du côté du climat. L'intensité de la saison de la méningite est très liée aux conditions de vent et d'humidité prédominants en octobre-novembre de l'année précédente. Son démarrage est en phase avec le maximum de l'hiver et l'arrivée des grands événements de poussières dans les basses couches atmosphériques. Enfin, son arrêt est très lié à l'arrivée de la mousson. Ces résultats marquent une étape importante dans la mise en place de systèmes d'alerte précoce.
Published: 2012

15. Alternatively spliced NKp30 isoforms affect the prognosis of gastrointestinal stromal tumors

Author: Frédéric Commo, Sylvie Rusakiewicz, Jean Franãois Emile, Caroline Flament, Jean-Yves Blay, Nicolas Ibrahim, Véronique Minard-Colin, Saadia Kerdine-Römer, Philippe Terrier, Jacques A. Nunès, Cédric Ménard, Pascale Paul, Benedita Rocha, Laurence Zitvogel, Kariman Chaba, Alessandro Moretta, Dominique Valteau-Couanet, Cristina Bottino, Javier Celis Gutierrez, Luc Lyonnet, A. Lecesne, Nathalie Chaput, Stephan Roux, Hélène Authier, Jean Michel Coindre, Matthieu Sarabi, Pascal Rihet, Véronique Baud, Nicolas F. Delahaye, Laetitia Peaudecerf, Isabelle Martins, Sylvie Bonvalot, Jan Tavernier, Eric Vivier, Nicolas Isambert, Michaela Semeraro, Isabelle Cremer, Marc Pallardy, Paule Opolon, Vichnou Poirier-Colame, Guido Kroemer, Immunologie des tumeurs et immunothérapie (UMR 1015), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC - UMR-S U970), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique en Biotherapie des cancers (CIC 1428 , CBT 507 ), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Chirurgie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hospices Civiles de Marseille-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION ), Department of Immunology, Duke University Medical Center, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine (UPD5 Médecine), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), School of Medicine, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Recepteurs et Signalisation des Interleukines (U749), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S 872)), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de Pédiatrie, Institut Gustave Roussy (IGR), Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC), Service d'anatomie pathologique [CHU Tenon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Tenon [APHP], Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy], Vectorologie et transfert de gènes (VTG / UMR8121), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università di Genova, Dipartimento di Medicina Sperimentale, Universita degli studi di Genova, Biochemistry, Ghent University [Belgium] (UGENT), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Département de pathologie, Institut Bergonié - CRLCC Bordeaux, Département de Médecine Nucléaire, Centre Léon Bérard [Lyon], Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Apoptose, cancer et immunité (U848), Plateforme de métabolomique, Direction de la recherche [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Gustave Roussy (IGR), Pôle de biologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Immunologie des tumeurs et immunothérapie ( UMR 1015 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire ( PARCC - U970 ), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut Jacques Monod ( IJM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Investigation Clinique en Biotherapie des cancers ( CIC 1428 , CBT 507 ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Hospices Civiles de Marseille-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] ( LA CONCEPTION ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris Descartes - Faculté de Médecine ( UPD5 Médecine ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Recepteurs et Signalisation des Interleukines ( U749 ), Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC (UMR_S 872) ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Gustave Roussy ( IGR ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Tenon [APHP], Vectorologie et transfert de gènes ( VTG / UMR8121 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University of Genova, Ghent University [Belgium] ( UGENT ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Apoptose, cancer et immunité ( U848 ), Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hospices Civiles de Marseille-Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Università degli studi di Genova = University of Genoa (UniGe), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT)
Subjects: MESH: Interleukin-12, MESH : Alternative Splicing, MESH: Protein Isoforms, MESH: Lysosomal-Associated Membrane Protein 1, 0302 clinical medicine, Interferon, [ SDV.IMM ] Life Sciences [q-bio]/Immunology, Protein Isoforms, Receptor, MESH : Tumor Necrosis Factor-alpha, 0303 health sciences, MESH : Prognosis, MESH : Gastrointestinal Stromal Tumors, GiST, MESH : Lysosomal-Associated Membrane Protein 1, MESH: Alternative Splicing, MESH: Polymorphism, Single Nucleotide, MESH : Polymorphism, Single Nucleotide, General Medicine, Prognosis, Interleukin-12, MESH: Proto-Oncogene Proteins c-kit, Killer Cells, Natural, Proto-Oncogene Proteins c-kit, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Tumor necrosis factor alpha, MESH : Killer Cells, Natural, Sarcoma, MESH: Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3, Tyrosine kinase, MESH: Gastrointestinal Stromal Tumors, medicine.drug, MESH: Killer Cells, Natural, Gene isoform, MESH : Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3, MESH: Cell Line, Tumor, Stromal cell, MESH: Interferon-gamma, Gastrointestinal Stromal Tumors, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, MESH : Proto-Oncogene Proteins c-kit, MESH: Prognosis, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Interferon-gamma, Lysosomal-Associated Membrane Protein 1, Cell Line, Tumor, MESH : Interleukin-12, medicine, Humans, MESH : Interferon-gamma, 030304 developmental biology, MESH: Humans, Natural Cytotoxicity Triggering Receptor 3, MESH : Cell Line, Tumor, Tumor Necrosis Factor-alpha, MESH : Humans, MESH : Protein Isoforms, medicine.disease, Alternative Splicing, MESH: Tumor Necrosis Factor-alpha, Immunology, Cancer research, 030215 immunology
Abstract: International audience; The natural killer (NK) cell receptor NKp30 is involved in the recognition of tumor and dendritic cells (DCs). Here we describe the influence of three NKp30 splice variants on the prognosis of gastrointestinal sarcoma (GIST), a malignancy that expresses NKp30 ligands and that is treated with NK-stimulatory KIT tyrosine kinase inhibitors. Healthy individuals and those with GIST show distinct patterns of transcription of functionally different NKp30 isoforms. In a retrospective analysis of 80 individuals with GIST, predominant expression of the immunosuppressive NKp30c isoform (over the immunostimulatory NKp30a and NKp30b isoforms) was associated with reduced survival of subjects, decreased NKp30-dependent tumor necrosis factor-α (TNF-α) and CD107a release, and defective interferon-γ (IFN-γ) and interleukin-12 (IL-12) secretion in the NK-DC cross-talk that could be restored by blocking of IL-10. Preferential NKp30c expression resulted partly from a single-nucleotide polymorphism at position 3790 in the 3' untranslated region of the gene encoding NKp30. The genetically determined NKp30 status predicts the clinical outcomes of individuals with GIST independently from KIT mutation.
Published: 2010

16. The genomic Echinococcus microsatellite EmsB sequences: from a molecular marker to the epidemiological tool

Author: Bruno Gottstein, Jean-Mathieu Bart, Renaud Piarroux, S. Maillard, Jenny Knapp, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute of Parasitology, University of Bern, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), and Millon, Laurence
Subjects: 030231 tropical medicine, Genomics, MESH: Echinococcus, Echinococcus multilocularis, MESH : Echinococcosis, MESH : Microsatellite Repeats, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, MESH: Echinococcosis, 0302 clinical medicine, Echinococcosis, Molecular marker, Animals, Humans, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, MESH : Echinococcus, MESH: Animals, Genetic variability, 030304 developmental biology, Genetics, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, Genetic diversity, MESH: Humans, 630 Agriculture, biology, MESH : Gene Expression Regulation, MESH: Genomics, MESH : Genomics, MESH : Humans, biology.organism_classification, MESH: Gene Expression Regulation, Echinococcus, Infectious Diseases, chemistry, Gene Expression Regulation, Genetic marker, Microsatellite, Animal Science and Zoology, Parasitology, MESH: Microsatellite Repeats, MESH : Animals, Microsatellite Repeats
Abstract: SUMMARYIn the field of molecular and epidemiological parasitology, characterization of fast evolving genetic markers appears as an important challenge to consider the diversity and genetic structure of parasites. The study of respective populations can help us to understand their adaptive strategies to survive and perpetuate the species within different host populations, all trying to resist infection. In the past, the relative monomorphic features of Echinococcus multilocularis, the causative agent of alveolar echinococcosis and a severe human parasitic disease, did not stimulate studies dealing with the genetic variability of Echinococcus species or respective populations. A recently developed, characterized and validated original multilocus microsatellite, named EmsB, tandemly repeated in the genome, offered an additional opportunity for this line of investigation. We have compiled in this review new insights brought by this molecular tracker on the transmission activity of Echinococcus among different hosts and at different geographical scales.
Published: 2010

17. The EmsB tandemly repeated multilocus microsatellite: a new tool to investigate genetic diversity of Echinococcus granulosus sensu lato

Author: Bruno Gottstein, Renaud Piarroux, M. C. Benchikh-Elfegoun, I. Colovic, S. Ma, Karen Luisa Haag, Jenny Knapp, S. Maillard, Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute of Parasitology, University of Bern, Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation ( LEGS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), The Institute of Automation of the Chinese Academy of Sciences ( CASIA ), Chinese Academy of Sciences [Beijing] ( CAS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Millon, Laurence, Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation (LEGS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The Institute of Automation of the Chinese Academy of Sciences (CASIA), Chinese Academy of Sciences [Beijing] (CAS), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: MESH : Algeria, MESH : Genotype, MESH: DNA, Helminth, MESH : Romania, MESH : Microsatellite Repeats, MESH : Echinococcosis, MESH: Echinococcus granulosus, 030308 mycology & parasitology, MESH: Genotype, MESH: Dogs, MESH : Dogs, MESH : Mauritania, MESH : Cattle, MESH : DNA, Helminth, Genotype, Cluster Analysis, MESH: Animals, MESH: Genetic Variation, Echinococcus granulosus, Genetics, 0303 health sciences, biology, Mauritania, MESH: Camels, DNA, Helminth, Echinococcosis, MESH: China, 3. Good health, MESH: Cattle, Microsatellite, MESH : Sensitivity and Specificity, MESH: Algeria, Serbia, Brazil, MESH: Mauritania, Microbiology (medical), China, Camelus, MESH: Sheep, MESH : Sheep, Sensitivity and Specificity, MESH: Romania, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, MESH: Echinococcosis, Dogs, Sensu, MESH : Genetic Variation, Genetic variation, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, MESH : Brazil, MESH : China, MESH : Cluster Analysis, Genotyping, MESH : Serbia, 030304 developmental biology, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Genetic diversity, Sheep, MESH: Humans, MESH : Camels, Romania, MESH : Echinococcus granulosus, MESH : Humans, Genetic Variation, medicine.disease, biology.organism_classification, MESH: Cluster Analysis, MESH: Sensitivity and Specificity, MESH: Serbia, Evolutionary biology, Algeria, Cattle, Parasitology, MESH: Microsatellite Repeats, MESH : Animals, MESH: Brazil, Microsatellite Repeats
Abstract: Cystic echinococcosis (CE) is a widespread and severe zoonotic disease caused by infection with the larval stage of the eucestode Echinococcus granulosus sensu lato. The polymorphism exhibited by nuclear and mitochondrial markers conventionally used for the genotyping of different parasite species and strains does not reach the level necessary for the identification of genetic variants linked to restricted geographical areas. EmsB is a tandemly repeated multilocus microsatellite that proved its usefulness for the study of genetic polymorphisms within the species E. multilocularis , the causative agent of alveolar echinococcosis. In the present study, EmsB was used to characterize E. granulosus sensu lato samples collected from different host species (sheep, cattle, dromedaries, dogs, and human patients) originating from six different countries (Algeria, Mauritania, Romania, Serbia, Brazil, and the People's Republic of China). The conventional mitochondrial cox1 and nad1 markers identified genotypes G1, G3, G5, G6, and G7, which are clustered into three groups corresponding to the species E. granulosus sensu stricto, E. ortleppi , and E. canadensis . With the same samples, EmsB provided a higher degree of genetic discrimination and identified variations that correlated with the relatively small-scale geographic origins of the samples. In addition, one of the Brazilian single hydatid cysts presented a hybrid genotypic profile that suggested genetic exchanges between E. granulosus sensu stricto and E. ortleppi . In summary, the EmsB microsatellite exhibits an interesting potential for the elaboration of a detailed map of the distribution of genetic variants and therefore for the determination and tracking of the source of CE.
Published: 2009

18. Multi-locus microsatellite analysis supports the hypothesis of an autochthonous focus of Echinococcus multilocularis in northern Italy

Author: Maria Teresa Manfredi, Claudio Genchi, Jenny Knapp, Renaud Piarroux, Jean-Mathieu Bart, G Dusher, G. La Rosa, Edoardo Pozio, Bruno Gottstein, Adriano Casulli, A. R. Di Cerbo, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute of Parasitology, University of Bern, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: Vulpes, MESH : Polymorphism, Genetic, MESH : Prevalence, Foxes, Helminth genetics, MESH : Genotype, MESH : Echinococcus multilocularis, MESH: DNA, Helminth, MESH : Microsatellite Repeats, MESH : Echinococcosis, Polymerase Chain Reaction, MESH: Genotype, MESH : DNA, Helminth, Genotype, Prevalence, Cluster Analysis, MESH: Animals, MESH : Polymerase Chain Reaction, Molecular Epidemiology, Settore VET/06 - Parassitologia e Malattie Parassitarie degli Animali, biology, Echinococcus multilocularis, Molecular epidemiology, Genetic polymorphism, Tandem repeated multi-locus microsatellite, Italy, Alps, Ecology, DNA, Helminth, Europe, MESH : Tandem Repeat Sequences, MESH: Reproducibility of Results, Infectious Diseases, Tandem Repeat Sequences, Microsatellite, MESH : Molecular Epidemiology, MESH : Europe, Zoology, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, MESH: Echinococcosis, Echinococcosis, MESH: Polymorphism, Genetic, Helminths, Animals, Humans, MESH : Cluster Analysis, MESH: Molecular Epidemiology, Genetic variability, MESH: Prevalence, MESH : Foxes, MESH: Echinococcus multilocularis, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Polymorphism, Genetic, MESH: Foxes, MESH: Humans, MESH : Reproducibility of Results, MESH : Humans, Reproducibility of Results, MESH: Italy, MESH: Polymerase Chain Reaction, MESH : Italy, biology.organism_classification, MESH: Cluster Analysis, MESH: Tandem Repeat Sequences, Parasitology, MESH : Animals, MESH: Microsatellite Repeats, MESH: Europe, Microsatellite Repeats
Abstract: International audience; Echinococcus multilocularis is characterised by a wide geographical distribution, encompassing three continents (North America, Asia and Europe) yet very low genetic variability is documented. Recently, this parasite has been detected in red foxes (Vulpes vulpes) circulating in an Alpine region of Italy, close to Austria. This finding raised the question as to whether an autochthonous cycle exists in Italy or whether the infected foxes originated from the neighbouring regions of Austria. Studies have shown that multi-locus microsatellite analysis can identify genomic regions carrying mutations that result in a local adaptation. We used a tandem repeated multi-locus microsatellite (EmsB) to evaluate the genetic differences amongst adult worms of E. multilocularis collected in Italy, worms from neighbouring Austria and from other European and extra-European countries. Fluorescent PCR was performed on a panel of E. multilocularis samples to assess intra-specific polymorphism. The analysis revealed four closed genotypes for Italian samples of E. multilocularis which were unique compared with the other 25 genotypes from Europe and the five genotypes from Alaska. An analysis in the Alpine watershed, comparing Italian adult worms with those from neighbouring areas in Austria, showed a unique cluster for Italian samples. This result supports the hypothesis of the presence of an autochthonous cycle of E. multilocularis in Italy. EmsB can be useful for 'tracking' the source of infection of this zoonotic parasite and developing appropriate measures for preventing or reducing the risk of human alveolar echinococcosis.
Published: 2009

19. Genetic diversity of the cestode Echinococcus multilocularis in red foxes at a continental scale in Europe

Author: Thomas Romig, Patrick Giraudoux, Renaud Piarroux, Jenny Knapp, Francis Raoul, Marie-Hélène Guislain, Peter Deplazes, Bruno Gottstein, Karel Martinek, Jean-Mathieu Bart, Florence Cliquet, Marie-Louise Glowatzki, Isabelle Breyer, Georg Gerhard Duscher, Pavol Dubinsky, A. Malczewski, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Institute of Parasitology, University of Bern, University of Zürich [Zürich] ( UZH ), Institute of Parasitology [Vienna], University of Veterinary Medicine, Vienna, Department of Biology [Pilsen], University of West Bohemia [Plzeň ], Slovak Academy of Sciences, Slovak Academy of Science [Bratislava] ( SAS ), Laboratoire d'études et de recherches sur la rage et la pathologie des animaux sauvages, AFSSA, University of Hohenheim, Witold Stefanski Institute of Parasitology, Polska Akademia Nauk ( PAN ), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Vetsuisse Faculty, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Slovak Academy of Sciences (SAS), Centre de Recherche et de Formation en Eco-éthologie (2C2A-CERFE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences (PAN), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), University of Zurich, Knapp, J, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), University of Zürich [Zürich] (UZH), Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), Institut Universitaire de France ( IUF ), Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ), Centre Marc Bloch ( CMB ), Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères ( MEAE ) -Bundesministerium für Bildung und Forschung-Ministère de l'Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche ( M.E.N.E.S.R. ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Recherche et de Formation en Eco-éthologie ( 2C2A-CERFE ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ), Combi, Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique ( LINA ), Mines Nantes ( Mines Nantes ) -Université de Nantes ( UN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Mines Nantes ( Mines Nantes ) -Université de Nantes ( UN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Department of Parsitology [Stuttgart], Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), and Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM )
Subjects: 10078 Institute of Parasitology, MESH: Geography, Population genetics, Foxes, MESH : Echinococcus multilocularis, MESH : Microsatellite Repeats, MESH : Echinococcosis, 0302 clinical medicine, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, 600 Technology, MESH: DNA Fingerprinting, Cluster Analysis, MESH: Animals, MESH: Genetic Variation, 0303 health sciences, education.field_of_study, Molecular Epidemiology, 630 Agriculture, Geography, Ecology, lcsh:Public aspects of medicine, MESH : Geography, MESH : DNA Fingerprinting, 3. Good health, Europe, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Research Article, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, lcsh:RC955-962, 030231 tropical medicine, Population, MESH : Molecular Epidemiology, MESH : Europe, Zoology, 610 Medicine & health, Biology, Echinococcus multilocularis, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, MESH: Echinococcosis, MESH : Genetic Variation, Echinococcosis, Genetic variation, Ecology/Evolutionary Ecology, Genetics and Genomics/Population Genetics, MESH : Cluster Analysis, Animals, MESH: Molecular Epidemiology, education, 030304 developmental biology, MESH : Foxes, MESH: Echinococcus multilocularis, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Genetic diversity, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, MESH: Foxes, Public Health, Environmental and Occupational Health, Genetic Variation, lcsh:RA1-1270, 2739 Public Health, Environmental and Occupational Health, 2725 Infectious Diseases, biology.organism_classification, DNA Fingerprinting, MESH: Cluster Analysis, Phylogeography, Genetic epidemiology, 570 Life sciences, biology, MESH : Animals, MESH: Microsatellite Repeats, MESH: Europe, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Founder effect, Microsatellite Repeats
Abstract: Background Alveolar echinococcosis (AE) is a severe helminth disease affecting humans, which is caused by the fox tapeworm Echinococcus multilocularis. AE represents a serious public health issue in larger regions of China, Siberia, and other regions in Asia. In Europe, a significant increase in prevalence since the 1990s is not only affecting the historically documented endemic area north of the Alps but more recently also neighbouring regions previously not known to be endemic. The genetic diversity of the parasite population and respective distribution in Europe have now been investigated in view of generating a fine-tuned map of parasite variants occurring in Europe. This approach may serve as a model to study the parasite at a worldwide level. Methodology/Principal Findings The genetic diversity of E. multilocularis was assessed based upon the tandemly repeated microsatellite marker EmsB in association with matching fox host geographical positions. Our study demonstrated a higher genetic diversity in the endemic areas north of the Alps when compared to other areas. Conclusions/Significance The study of the spatial distribution of E. multilocularis in Europe, based on 32 genetic clusters, suggests that Europe can be considered as a unique global focus of E. multilocularis, which can be schematically drawn as a central core located in Switzerland and Jura Swabe flanked by neighbouring regions where the parasite exhibits a lower genetic diversity. The transmission of the parasite into peripheral regions is governed by a “mainland–island” system. Moreover, the presence of similar genetic profiles in both zones indicated a founder event., Author Summary Echinococcus multilocularis is a tapeworm of the red fox, which represents a considerable health threat to respectively infected humans. Main endemic areas are located in China, Siberia, and central Europe. Alarmed by an emerging or reemerging situation in Europe, the question of how the parasite gets spatially and temporally spread and transmitted becomes essential to prepare appropriate control programs. The question was tackled by using genetic data on a large sample size of E. multilocularis adult stage tapeworms, combined with geographical site location data input. The historically documented endemic area, represented by the northern Alpine arch, was shown to harbour the highest genetic richness and diversity, as compared to surrounding areas in northern and eastern Europe. The spatial and temporal spread of different E. multilocularis genotypes in Europe seems to be ruled by a founder event, linked to exportation of parasites from the central core to newly identified (western and eastern) areas or subregions, where these parasites could subsequently disseminate under geographical separation from the original foci.
Published: 2009

20. Improving the Detection of Epidemic Clones in Candida parapsilosis Outbreaks by Combining MALDI-TOF Mass Spectrometry and Deep Learning Approaches

Author: Noshine Mohammad, Anne-Cécile Normand, Cécile Nabet, Alexandre Godmer, Jean-Yves Brossas, Marion Blaize, Christine Bonnal, Arnaud Fekkar, Sébastien Imbert, Xavier Tannier, Renaud Piarroux, Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé (LIMICS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and CHU Bordeaux [Bordeaux]
Subjects: Microbiology (medical), Candida parapsilosis, MALDI TOF, outbreak, neural network, [SDV]Life Sciences [q-bio], Virology, epidemiology, artificial intelligence, deep learning, [INFO]Computer Science [cs], Microbiology
Abstract: International audience; Identifying fungal clones propagated during outbreaks in hospital settings is a problem that increasingly confronts biologists. Current tools based on DNA sequencing or microsatellite analysis require specific manipulations that are difficult to implement in the context of routine diagnosis. Using deep learning to classify the mass spectra obtained during the routine identification of fungi by MALDI-TOF mass spectrometry could be of interest to differentiate isolates belonging to epidemic clones from others. As part of the management of a nosocomial outbreak due to Candida parapsilosis in two Parisian hospitals, we studied the impact of the preparation of the spectra on the performance of a deep neural network. Our purpose was to differentiate 39 otherwise fluconazole-resistant isolates belonging to a clonal subset from 56 other isolates, most of which were fluconazole-susceptible, collected during the same period and not belonging to the clonal subset. Our study carried out on spectra obtained on four different machines from isolates cultured for 24 or 48 h on three different culture media showed that each of these parameters had a significant impact on the performance of the classifier. In particular, using different culture times between learning and testing steps could lead to a collapse in the accuracy of the predictions. On the other hand, including spectra obtained after 24 and 48 h of growth during the learning step restored the good results. Finally, we showed that the deleterious effect of the device variability used for learning and testing could be largely improved by including a spectra alignment step during preprocessing before submitting them to the neural network. Taken together, these experiments show the great potential of deep learning models to identify spectra of specific clones, providing that crucial parameters are controlled during both culture and preparation steps before submitting spectra to a classifier.
Published: 2023

21. Assessment of use of microsatellite polymorphism analysis for improving spatial distribution tracking of echinococcus multilocularis

Author: Jean-Mathieu Bart, Renaud Piarroux, Jenny Knapp, Bruno Gottstein, Sébastien Gérard, S. Maillard, Akira Ito, Marie-Louise Glowatzki, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institute of Parasitology, University of Bern, Asahikawa Medical University, Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies ( LIST ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), and Millon, Laurence
Subjects: MESH: Geography, MESH : Polymorphism, Genetic, MESH : Asia, MESH : Genotype, MESH : Animals, Domestic, MESH : Echinococcus multilocularis, MESH : Microsatellite Repeats, MESH : Echinococcosis, 030308 mycology & parasitology, MESH: Genotype, 0302 clinical medicine, Genotype, Cluster Analysis, MESH: Animals, MESH : Animals, Wild, Genetics, 0303 health sciences, Molecular Epidemiology, biology, Geography, MESH: Asia, MESH: Alaska, MESH : Geography, MESH: Echinococcosis, Hepatic, 3. Good health, Europe, MESH : Canada, Animals, Domestic, Microsatellite, Microbiology (medical), Canada, Echinococcosis, Hepatic, Asia, 030231 tropical medicine, MESH : Europe, MESH : Molecular Epidemiology, Locus (genetics), Animals, Wild, Echinococcus multilocularis, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, MESH: Echinococcosis, Echinococcosis, MESH: Canada, MESH: Polymorphism, Genetic, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Animals, Humans, MESH : Alaska, MESH : Cluster Analysis, MESH: Molecular Epidemiology, MESH: Animals, Domestic, MESH: Animals, Wild, Typing, Allele, Genotyping, MESH: Echinococcus multilocularis, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Genetic diversity, Polymorphism, Genetic, MESH: Humans, MESH : Humans, biology.organism_classification, MESH: Cluster Analysis, Parasitology, MESH : Animals, MESH: Europe, MESH: Microsatellite Repeats, MESH : Echinococcosis, Hepatic, Alaska, Microsatellite Repeats
Abstract: Alveolar echinococcosis (AE)—caused by the cestode Echinococcus multilocularis —is a severe zoonotic disease found in temperate and arctic regions of the northern hemisphere. Even though the transmission patterns observed in different geographical areas are heterogeneous, the nuclear and mitochondrial targets usually used for the genotyping of E. multilocularis have shown only a marked genetic homogeneity in this species. We used microsatellite sequences, because of their high typing resolution, to explore the genetic diversity of E. multilocularis . Four microsatellite targets (EmsJ, EmsK, and EmsB, which were designed in our laboratory, and NAK1, selected from the literature) were tested on a panel of 76 E. multilocularis samples (larval and adult stages) obtained from Alaska, Canada, Europe, and Asia. Genetic diversity for each target was assessed by size polymorphism analysis. With the EmsJ and EmsK targets, two alleles were found for each locus, yielding two and three genotypes, respectively, discriminating European isolates from the other groups. With NAK1, five alleles were found, yielding seven genotypes, including those specific to Tibetan and Alaskan isolates. The EmsB target, a tandem repeated multilocus microsatellite, found 17 alleles showing a complex pattern. Hierarchical clustering analyses were performed with the EmsB findings, and 29 genotypes were identified. Due to its higher genetic polymorphism, EmsB exhibited a higher discriminatory power than the other targets. The complex EmsB pattern was able to discriminate isolates on a regional and sectoral level, while avoiding overdistinction. EmsB will be used to assess the putative emergence of E. multilocularis in Europe.
Published: 2007

22. Taxonomic position and geographical distribution of the common sheep G1 and camel G6 strains of Echinococcus granulosus in three African countries

Author: Jean-Mathieu Bart, P. Koskei, Renaud Piarroux, S. Maillard, Jenny Knapp, M. C. Benchikh-Elfegoun, Bruno Gottstein, Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institute of Parasitology, University of Bern, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut de l'Ouest : Droit et Europe ( IODE ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Millon, Laurence, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: MESH : Algeria, MESH : Classification, MESH : Echinococcosis, MESH: Echinococcus granulosus, Animal Diseases, 030308 mycology & parasitology, 0302 clinical medicine, MESH: Demography, MESH : Mauritania, MESH: Animals, Echinococcus granulosus, MESH: Phylogeny, Phylogeny, 0303 health sciences, 630 Agriculture, Phylogenetic tree, biology, MESH : Animal Diseases, Mauritania, MESH: Camels, General Medicine, Classification, MESH: Classification, Infectious Diseases, Taxonomy (biology), MESH: Algeria, MESH : Ethiopia, MESH: Mauritania, MESH : Demography, Camelus, 030231 tropical medicine, Cestoda, Zoology, MESH: Sheep, MESH: Ethiopia, Bovidae, MESH : Sheep, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, MESH: Echinococcosis, Echinococcosis, Phylogenetics, parasitic diseases, Animals, Humans, Helminths, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Demography, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Sheep, MESH: Humans, General Veterinary, MESH : Camels, MESH : Echinococcus granulosus, MESH : Humans, MESH : Phylogeny, biology.organism_classification, MESH: Animal Diseases, Echinococcus, Algeria, Insect Science, Parasitology, Ethiopia, MESH : Animals
Abstract: International audience; The taxonomic and phylogenetic status of Echinococcus granulosus strains are still controversial and under discussion. In the present study, we investigated the genetic polymorphism of E. granulosus isolates originating from three countries of Africa, including a region of Algeria, where the common G1 sheep and the camel G6 strains coexist sympatrically. Seventy-one hydatid cysts were collected from sheep, cattle, camels, and humans. Two mitochondrial markers (cox1 and nad1) were used for strain identification. Two nuclear markers (actII and hbx2) were used to study the possible occurrence of cross-fertilization. Despite the heterogeneity observed among the G1 isolates, they were all localized within one robust cluster. A second strong cluster was also observed containing all of the G6 isolates. Both strains appeared as two distinct groups, and no cases of interbreeding were found. Thus, the attribution of a species rank can be suggested. We also found the Tasmanian sheep G2 strain for the first time in Africa. Because of the slight variations observed between the common sheep and the Tasmanian sheep strains, further studies should be carried out to elucidate the epidemiological relevance of this genetic discrimination.
Published: 2007

23. Red blood cell polymorphisms in relation to Plasmodium falciparum asymptornatic parasite densities and morbidity in Senegal

Author: Laurence Watier, Ournar Gaye, Juliette Guitard, Carla De Araujo, Stéphane Pelleau, Florence Migot-Nabias, Cécile Toly, Christophe Chevillard, André Garcia, Mamadou I. Ngom, Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Epidémiologie et Biostatistique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Santé de la mère et de l'enfant en milieu tropical : épidémiologie génétique et périnatale, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Maladies à prions et système immunitaire, IFR65-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Signalisation et physiopathologie cardiaque, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-IFR141-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique et immunologie des maladies parasitaires (GIMP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU), Institut de recherche pour le développement (IRD [Sénégal]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), CHU Tenon [APHP], Mère et enfant face aux infections tropicales ( MERIT - UMR_D 216 ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Institut Pasteur de Dakar-Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Service d'hématologie et d'immunologie, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Tenon [APHP], IFR65-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -IFR141-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Génétique et immunologie des maladies parasitaires ( GIMP ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de recherche pour le développement ( IRD [Sénégal] ), Mucoviscidose: physiopathologie et phénogénomique [CRSA], Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Sols, Roches et Ouvrages Géotechniques (IFSTTAR/GERS/SRO), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-Communauté Université Paris-Est, Laboratoire d'Ingéniérie des Systèmes Automatisés (LISA), and Université d'Angers (UA)
Subjects: Male, Risk, Erythrocytes, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Immunology, Plasmodium falciparum, malaria, morbidity, Biology, Microbiology, Asymptomatic, Blood cell, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, genetic polymorphisms, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, Genetic Predisposition to Disease, Malaria, Falciparum, Child, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Polymorphism, Genetic, Transmission (medicine), Genetic heterogeneity, medicine.disease, biology.organism_classification, Senegal, 3. Good health, Red blood cell, Infectious Diseases, medicine.anatomical_structure, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Child, Preschool, Female, Hemoglobin, medicine.symptom, Morbidity, Malaria, parasite density
Abstract: Numerous studies have shown that several red blood cell polymorphisms protect against severe malaria. Such a relation is much less clear for mild malaria attacks and for the asymptomatic carriage of Plasmodium falciparum. The impact of red blood cell polymorphisms on the level of parasite density was assessed in a group of 464 Senegalese children from the Sereer ethnic group, studied for 18 months. These genetic factors were also related to the malarial morbidity, investigated during 2 successive transmission seasons among 169 of these children. The frequencies of the host genetic factors in the whole group were 0.52 for blood group O, 0.13 for hemoglobin S, 0.16 for the G6PD A-deficient variant and 0.24 for alpha(+)-thalassemia (-alpha(3.7) deletion). Hemoglobin S was associated with protection against mild malaria attacks. None of the genetic factors was implicated in a better control of parasite densities. These associations may be particular to this ethnic group due to the specificities of malaria endemicity in this area. The pressure exerted in the area by other non-malarial infectious diseases as well as the genetic heterogeneity of circulating parasites may also contribute to these observations. (c) 2006 Elsevier SAS. All rights reserved.
Published: 2006

24. Genetic typing of Echinococcus granulosus in Romania

Author: Renaud Piarroux, Jean-Mathieu Bart, Jenny Knapp, A. Anghel, I. Cosoroabă, M. Pitulescu, Sorin Morariu, Marius Stelian Ilie, Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Infection bactérienne, inflammation, et carcinogenèse digestive, Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -IFR50-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Côte d'Azur ( UCA ), Laboratoire des images et des signaux ( LIS ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National Polytechnique de Grenoble ( INPG ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques ( IP-TPT ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Service de Santé des Armées-Université de Montpellier ( UM ), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-IFR50-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Laboratoire des images et des signaux (LIS), Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: medicine.medical_specialty, Veterinary medicine, Echinococcosis, Hepatic, Echinococcosis, Pulmonary, Genotype, 030231 tropical medicine, Cestoda, Molecular Sequence Data, Cattle Diseases, Sheep Diseases, DNA, Mitochondrial, Polymerase Chain Reaction, DNA sequencing, 030308 mycology & parasitology, [ SDV.EE.SANT ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Medical microbiology, medicine, Parasite hosting, Animals, Humans, Typing, Echinococcus granulosus, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Swine Diseases, 0303 health sciences, Sheep, General Veterinary, biology, Base Sequence, Romania, Strain (biology), NADH Dehydrogenase, General Medicine, Helminth Proteins, DNA, Helminth, DNA, Protozoan, biology.organism_classification, 3. Good health, Infectious Diseases, Insect Science, Parasitology, Cattle
Abstract: International audience; In Romania, cystic echinococcosis is endemic and affects, besides humans, various animal species including sheep, cattle, and swine. As yet, no molecular-genetic typing has been carried out to clearly identify the putative strains being transmitted there. Parasite samples (protoscoleces or germinal layers) were collected from infected intermediate hosts and subsequently analyzed by comparing the PCR-amplified DNA sequences of three targets: one nuclear (BG1/3) and two mitochondrial (cox1 and nadI). Three strains were identified with the mitochondrial sequences: (i) the common sheep strain (G1) which circulates between sheep and cattle and is infective for humans, (ii) the Tasmanian sheep strain (G2) infecting sheep and cattle, and (iii) the pig strain (G7) predominantly found in swine. To our knowledge, this is the first report which demonstrates the occurrence of the Tasmanian sheep strain in cattle and the sympatric occurrence of these three strains (G1, G2, and G7) in Europe.
Published: 2005

25. Late clinical failure associated with cytochrome b codon 268 mutation during treatment of falciparum malaria with atovaquone–proguanil in traveller returning from Congo

Author: Christelle Pomares, Bruno Pradines, Pierre-Yves Jeandel, Isabelle Fonta, Pierre Marty, Alicia Chevalier, Pascal Delaunay, Nicolas Benoit, Joel Mosnier, Laurencie Massamba, V. Mondain, Marylin Madamet, Rémy Amalvict, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Nice, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Hôpital l'Archet, and Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: 0301 basic medicine, myalgia, Resistance, Drug Resistance, Case Report, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Malaria, Falciparum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Travel, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, biology, Cytochromes b, Middle Aged, Artemisinins, 3. Good health, Drug Combinations, Infectious Diseases, Congo, Proguanil, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Quinolines, Female, France, medicine.symptom, Atovaquone, Anti-malarial drug, medicine.drug, Cycloguanil, medicine.medical_specialty, lcsh:Arctic medicine. Tropical medicine, lcsh:RC955-962, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Plasmodium falciparum, Cytochrome b, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, Antimalarials, In vitro, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Internal medicine, parasitic diseases, medicine, Humans, lcsh:RC109-216, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Codon, business.industry, Phenanthrenes, biology.organism_classification, medicine.disease, Atovaquone/proguanil, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Malaria, Tetrahydrofolate Dehydrogenase, Parasitology, Mutation, business
Abstract: Background The drug combination atovaquone–proguanil, is recommended for treatment of uncomplicated falciparum malaria in France. Despite high efficacy, atovaquone–proguanil treatment failures have been reported. Resistance to cycloguanil, the active metabolite of proguanil, is conferred by multiple mutations in the Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase (pfdhfr) and resistance to atovaquone by single mutation on codon 268 of the cytochrome b gene (pfcytb). Case presentation A 47-year-old female, native from Congo and resident in France, was admitted in hospital for uncomplicated falciparum malaria with parasitaemia of 0.5%, after travelling in Congo (Brazzaville and Pointe Noire). She was treated with atovaquone–proguanil (250 mg/100 mg) 4 tablets daily for 3 consecutive days. On day 5 after admission she was released home. However, many weeks after this episode, without having left France, she again experienced fever and intense weakness. On day 39 after the beginning of treatment, she consulted for fever, arthralgia, myalgia, photophobia, and blurred vision. She was hospitalized for uncomplicated falciparum malaria with a parasitaemia of 0.375% and treated effectively by piperaquine–artenimol (320 mg/40 mg) 3 tablets daily for 3 consecutive days. Resistance to atovaquone–proguanil was suspected. The Y268C mutation was detected in all of the isolates tested (D39, D42, D47). The genotyping of the pfdhfr gene showed a triple mutation (N51I, C59R, S108N) involved in cycloguanil resistance. Conclusion This is the first observation of a late clinical failure of atovaquone–proguanil treatment of P. falciparum uncomplicated malaria associated with pfcytb 268 mutation in a traveller returning from Congo. These data confirm that the Y268C mutation is associated with delayed recrudescence 4 weeks or more after initial treatment. Although atovaquone–proguanil treatment failures remain rare, an increased surveillance is required. It is essential to declare and publish all well-documented cases of treatment failures because it is the only way to evaluate the level of resistance to atovaquone.
Published: 2020

26. Dynamics of Toxoplasma gondii Oocyst Phagocytosis by Macrophages

Author: Omar Ndao, Pierre-Henri Puech, Camille Bérard, Laurent Limozin, Sameh Rabhi, Nadine Azas, Jitender P. Dubey, Aurélien Dumètre, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Adhésion et Inflammation (LAI), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Tunis, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Animal Parasitic Diseases Laboratory [Beltsville, USA], United States Department of Agriculture (USDA)-USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], USDA-ARS : Agricultural Research Service-USDA-ARS : Agricultural Research Service, USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], USDA-ARS : Agricultural Research Service, ANR-10-IAHU-0003,Méditerranée Infection,I.H.U. Méditerranée Infection(2010), ANR-17-CE21-0005,STRIP,Les réponses aux stress chez les parasites protozoaires d'origine alimentaire Toxoplasma gondii et Cryptosporidium spp(2017), ANR-11-IDEX-0001,Amidex,INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE(2011), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, DUMETRE, Aurelien, Instituts Hospitalo-Universitaires - I.H.U. Méditerranée Infection - - Méditerranée Infection2010 - ANR-10-IAHU-0003 - IAHU - VALID, Les réponses aux stress chez les parasites protozoaires d'origine alimentaire Toxoplasma gondii et Cryptosporidium spp - - STRIP2017 - ANR-17-CE21-0005 - AAPG2017 - VALID, INITIATIVE D'EXCELLENCE AIX MARSEILLE UNIVERSITE - - Amidex2011 - ANR-11-IDEX-0001 - IDEX - VALID, and Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), micropipette aspiration techniques, sporozoites, Phagocytosis, media_common.quotation_subject, animal diseases, 030106 microbiology, Immunology, Population, lcsh:QR1-502, oocysts, Toxoplasma gondii, Microbiology, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Cellular and Infection Microbiology, parasitic diseases, medicine, Parasite hosting, Animals, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, education, Internalization, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, media_common, education.field_of_study, biology, optical tweezers, fungi, phagocytosis, Brief Research Report, biology.organism_classification, Actin cytoskeleton, excystation, Small intestine, In vitro, macrophages, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, medicine.anatomical_structure, Toxoplasma, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology
Abstract: International audience; Oocysts are the environmentally resistant stage of the protozoan parasite Toxoplasma gondii. They are responsible for foodborne infections in humans and animals worldwide. Infectious oocysts contain sporozoites that have to exit the sporocyst and oocyst walls to initiate replication of the parasite within the host tissues. Given their robustness and resistance to chemical degradation, it is still unclear how the oocyst and sporocyst walls release the sporozoites. This process called excystation is thought to occur in the small intestine as a result of the combined action of digestive agents, yet to be identified. By using an oocyst-macrophage co-culture platform, we previously demonstrated in vitro that the excystation of sporozoites and their differentiation into replicative tachyzoites could occur in absence of digestive factors, following phagocytosis by macrophages. Here, we further characterize the dynamics of the oocyst phagocytosis at the single-cell level by using optical tweezers and micropipette aspiration techniques. Our results show that the oocyst internalization kinetics can vary among a given population of macrophages, but similar processes and dynamics could be observed. Most of the cells manipulate oocysts for ~15 min before internalizing them in typically 30 min. This process mainly involves the actin cytoskeleton of the macrophages. Liberated sporozoites within macrophages then differentiate into tachyzoites within 4–6 h following oocyst-macrophage contact. Tachyzoites appear to develop better in macrophages challenged with free sporocysts or sporozoites than with whole oocysts, suggesting that opening of the oocyst wall is one of the most limiting steps for sporozoite excystation completion.
Published: 2020

27. Baseline and multinormal distribution of ex vivo susceptibilities of Plasmodium falciparum to methylene blue in Africa, 2013–18

Author: Gendrot, Mathieu, Pradines, Bruno, Brouqui, P, Drancourt, Michel, Madamet, Marylin, Mosnier, Joel, Fonta, Isabelle, Amalvict, Rémy, Benoit, Nicolas, Briolant, Sébastien, Augis, V, Bastien, P, Berry, A, Chauvin, P, Cividin, M, Courtier, F, Delaunay, P, Delhaes, L, Dubosc, N, Gaillard, T, Genin, A, Garnotel, E, Javelle, E, L’ollivier, C, Lagier, J, Ledault, E, Leveque, M, Malvy, D, Marty, P, Ménard, G, Menu, E, Millet, P, Minodier, P, Picot, S, Pomares-Estran, C, Ranque, S, Receveur, M-C, Robin, A, Sappa, E, Savini, H, Sevestre, J, Simon, F, Sterkers, Yvon, Surcouf, C, Varlet, E, Wolff, A, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, L'Oréal Recherche France (L'Oréal Recherche), L'OREAL, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Santé des Armées, Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Veterinary medicine, Plasmodium falciparum, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Drug Resistance, Context (language use), Antimalarials, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Humans, Distribution (pharmacology), Pharmacology (medical), [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Malaria, Falciparum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, EC50, Pharmacology, biology, Bayes Theorem, biology.organism_classification, 3. Good health, Methylene Blue, Infectious Diseases, Reduced susceptibility, chemistry, Africa, France, Geometric mean, Methylene blue, Ex vivo
Abstract: Background Plasmodium falciparum resistance to most antimalarial compounds has emerged in Southeast Asia and spread to Africa. In this context, the development of new antimalarial drugs is urgent. Objectives To determine the baseline in vitro activity of methylene blue (Proveblue®) on African isolates and to determine whether parasites have different phenotypes of susceptibility to methylene blue. Methods Ex vivo susceptibility to methylene blue was measured for 609 P. falciparum isolates of patients hospitalized in France for malaria imported from Africa. A Bayesian statistical analysis was designed to describe the distribution of median effective concentration (EC50) estimates. Results The EC50 ranged from 0.16 to 87.2 nM with a geometric mean of 7.17 nM (95% CI = 6.21–8.13). The 609 EC50 values were categorized into four components: A (mean = 2.5 nM; 95% CI = 2.28–2.72), B (mean = 7.44 nM; 95% CI = 7.07–7.81), C (mean = 16.29 nM; 95% CI = 15.40–17.18) and D (mean = 38.49 nM; 95% CI = 34.14–42.84). The threshold value for in vitro reduced susceptibility to methylene blue was estimated at 35 nM using the geometric mean of EC50 plus 2 SDs of the 609 isolates. This cut-off also corresponds to the lower limit of the 95% CI of the methylene blue EC50 of component D. Thirty-five isolates (5.7%) displayed EC50 values above this threshold. Conclusions Methylene blue exerts a promising efficacy against P. falciparum and is a potential partner for triple combinations.
Published: 2020

28. Divergent Roles for Macrophage C-type Lectin Receptors, Dectin-1 and Mannose Receptors, in the Intestinal Inflammatory Response

Author: Rahabi, Mouna, Jacquemin, Godefroy, Prat, Mélissa, Meunier, Etienne, Alaeddine, Mohamad, Bertrand, Bénédicte, Lefèvre, Lise, Benmoussa, Khaddouj, Batigne, Philippe, Aubouy, Agnès, Auwerx, Johan, Kirzin, Sylvain, Bonnet, Delphine, Danjoux, Marie, Pipy, Bernard, Alric, Laurent, Authier, Hélène, Coste, Agnès, Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Delegation Regionale a la Recherche Clinique des Hopitaux de Toulouse, France : NCT01990716, Fondation pour la Recherche Medicale, France (FRM) : ECO20170637477, University Hospital of Toulouse, ANR-10-AIRT-0003,BIOASTER,BIOASTER(2010), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Suisse de Recherches Expérimentales sur le Cancer Lausanne (EPFL) (ISREC - EPFL), and CHU Toulouse [Toulouse]
Subjects: Adult, Male, Colon, Inflammasomes, Receptors, CCR2, C-type lectin receptor, colitis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Interleukin-1beta, IBD, Down-Regulation, Receptors, Cell Surface, macrophage, Leukotriene B4, Young Adult, inflammatory bowel disease, mucosal immmunity, Animals, Antigens, Ly, Humans, Lectins, C-Type, Chemokine CCL2, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, mannose receptor, Aged, 80 and over, Inflammation, Arachidonate 5-Lipoxygenase, Macrophages, Middle Aged, Inflammatory Bowel Diseases, Intestines, Mice, Inbred C57BL, Mannose-Binding Lectins, innate immune response, Female, Dectin-1, Signal Transduction
Abstract: International audience; Colonic macrophages are considered to be major effectors of inflammatory bowel diseases (IBDs) and the control of gut inflammation through C-type lectin receptors is an emerging concept. We show that during colitis, the loss of dectin-1 on myeloid cells prevents intestinal inflammation, while the lack of mannose receptor (MR) exacerbates it. A marked increase in dectin-1 expression in dextran sulfate sodium (DSS)-exposed MR-deficient mice supports the critical contribution of dectin-1 to colitis outcome. Dectin-1 is crucial for Ly6C(high)CCR2(high) monocyte population enrichment in the blood and their recruitment to inflamed colon as precursors of inflammatory macrophages. Dectin-1 also promotes inflammasome-dependent interleukin-1 beta (IL-1 beta) secretion through leukotriene B4 production. Interestingly, colonic inflammation is associated with a concomitant overexpression of dectin-1/CCL2/LTA4H and downregulation of MR on macrophages from IBD patients. Thus, MR and dectin-1 on macrophages are important mucosal inflammatory regulators that contribute to the intestinal inflammation.
Published: 2020

29. Evaluation of Cellular Responses for the Diagnosis of Allergic Bronchopulmonary Mycosis: A Preliminary Study in Cystic Fibrosis Patients

Author: Michel, Moïse, Gomez, Carine, Sereme, Youssouf, Gouitaa, Marion, Chartier, Céline, Blanchard, Patricia, Pinchemel, Simon, Cassagne, Carole, Ranque, Stephane, Mege, Jean-Louis, Reynaud-Gaubert, Martine, Vitte, Joana, Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Hôpital Nord [CHU - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Laboratoire de Parasitologie [Hôpital de La Timone - APHM], Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), ANR-10-IAHU-0003,Méditerranée Infection,I.H.U. Méditerranée Infection(2010), European Project, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de parasitologie-mycologie [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)
Subjects: cystic fibrosis, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, allergic mycosis, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, basophil activation test, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, lymphocyte stimulation test, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, cellular tests
Abstract: International audience; Background: Allergic bronchopulmonary mycosis (ABPM) is an underestimated allergic disease due to fungi. Most reported cases are caused by Aspergillus fumigatus (Af) and are referred to as allergic bronchopulmonary aspergillosis (ABPA). The main risk factor of ABPA is a history of lung disease, such as cystic fibrosis, asthma, or chronic obstructive pulmonary disease. The main diagnostic criteria for ABPA rely on the evaluation of humoral IgE and IgG responses to Af extracts, although these cannot discriminate Af sensitization and ABPA. Moreover, fungi other than Af have been incriminated. Flow cytometric evaluation of functional responses of basophils and lymphocytes in the context of allergic diseases is gaining momentum. Objectives: We hypothesized that the detection of functional responses through basophil and lymphocyte activation tests might be useful for ABPM diagnosis. We present here the results of a pilot study comparing the performance of these cellular assays vs. usual diagnostic criteria in a cystic fibrosis (CF) cohort. Methods: Ex vivo basophil activation test (BAT) is a diagnostic tool highlighting an immediate hypersensitivity mechanism against an allergen, e.g., through CD63 upregulation as an indirect measure of degranulation. Lymphocyte stimulation test (LST) relies on the upregulation of activation markers, such as CD69, after incubation with allergen(s), to explain delayed hypersensitivity. These assays were performed with Af, Penicillium, and Alternaria extracts in 29 adult CF patients. Results: BAT responses of ABPA patients were higher than those of sensitized or control CF patients. The highest LST result was for a woman who developed ABPA 3 months after the tests, despite the absence of specific IgG and IgE to Af at the time of the initial investigation. Michel et al. Cellular Responses of ABPM Conclusion: We conclude that basophil and lymphocyte activation tests could enhance the diagnosis of allergic mycosis, compared to usual humoral markers. Further studies with larger cohorts and addressing both mold extracts and mold relevant molecules are needed in order to confirm and extend the application of this personalized medicine approach.
Published: 2020

30. Serological diagnosis of Toxoplasma gondii

Author: Pierre Marty, Isabelle Villena, Judith Fillaux, Aurélie Guigon, Loïc Simon, Christelle Pomares, Rose-Anne Lavergne, Odile Villard, Inserm U1065, Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire, Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Département de Radiologie [HCL, Lyon], Hospices civils de Lyon (HCL), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale (IPPTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM), IFR 53, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-CHU Maison Blanche-UPRES EA 2070, Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Toxoplasma p35 Study Group, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Université Côte d'Azur (UCA), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université de Nantes (UN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], ved/biology.organism_classification_rank.species, Antibodies, Protozoan, Serology, Hammondia hammondi, 0302 clinical medicine, Child, Aged, 80 and over, 0303 health sciences, biology, Middle Aged, Neospora caninum, 3. Good health, Infectious Diseases, Child, Preschool, Female, Toxoplasma, Toxoplasmosis, Research Article, Adult, Adolescent, IgG, Veterinary (miscellaneous), 030231 tropical medicine, Toxoplasma gondii, Cross Reactions, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, Young Adult, False-positive, Antigen, parasitic diseases, medicine, Humans, lcsh:RC109-216, False Positive Reactions, Serologic Tests, Aged, Pregnancy, Fetus, 030306 microbiology, ved/biology, Infant, medicine.disease, biology.organism_classification, Architect, Insect Science, Immunoglobulin G, Immunology, Animal Science and Zoology, Parasitology, Reagent Kits, Diagnostic
Abstract: Background: Primary infection byToxoplasma gondiiin pregnant women can result in serious outcomes for the foetus. A false-positive IgG result during pregnancy can lead to a misdiagnosis of past infection and to stopping preventive measures. We collected 189 sera with positive Architect®Toxo IgG assay (Abbott Laboratories) and negative IgG results with at least two other serological tests, in order to find an explanation for the suspected false-positive IgG results. We used therecomLine Toxoplasma IgG®immunoblot (Mikrogen Diagnostik) to search for specific antigenic reactivities of the sera, and the LDBio Toxo II IgG®immunoblot (LDBio Diagnostics) as a confirmatory test.Results: The bands GRA8 and/or GRA7 were positive for 148 samples (78.3%). GRA8 was the most frequent band, appearing in 133 patterns (70.4%), whereas GRA7 was present for 49 samples (25.9%). Of the 81 samples tested with LDBio®, 23 (28.4%) turned out to be positive. Of the 58 negative LDBio®tests (71.6%) (real false-positive Architect®IgG), 23 samples (39.6%) did not show either a GRA8 or p30 band byrecomLine®. Their false positivity with Architect®remains unexplained since Abbott uses these two recombinant antigens for their assay.Conclusions: The Architect®IgG false positivity forT. gondiiseems to be due to reactivity against GRA8 for the majority of the sera and GRA7 to a lesser extent. The hypothesis of past contact with parasites genetically close toT. gondiisuch asHammondia hammondiorNeospora caninumseems promising and should be assessed further.
Published: 2019

31. Genetic Characterization of Toxoplasma gondii DNA Samples Isolated From Humans Living in North America: An Unexpected High Prevalence of Atypical Genotypes

Author: Cynthia Press, Chunlei Su, Tyson H. Holmes, Raymund Ramirez, Christelle Pomares, Jeanne Talucod, Sébastien Devillard, Jose G. Montoya, Remy Estran, Tudor Olariu, Jitender P. Dubey, Daniel Ajzenberg, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Ecologie et évolution des populations, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal Parasitic Diseases Laboratory [Beltsville, USA], United States Department of Agriculture (USDA)-USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], USDA-ARS : Agricultural Research Service-USDA-ARS : Agricultural Research Service, Université de Limoges (UNILIM), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Service de Parasitologie Mycologie [CHU Limoges], CHU Limoges, Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: Adult, 0301 basic medicine, Genotyping, Systemic disease, Lineage (genetic), Adolescent, Genotype, Genotyping Techniques, 030231 tropical medicine, Toxoplasma gondii, Cohort Studies, Toxoplasma gondii DNA, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, parasitic diseases, Prevalence, medicine, Cluster Analysis, Humans, Immunology and Allergy, Child, Aged, Aged, 80 and over, High prevalence, biology, DNA, Protozoan, Middle Aged, biology.organism_classification, medicine.disease, Virology, United States, Toxoplasmosis, 3. Good health, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Amerique du Nord, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Toxoplasma, Atypical genotype
Abstract: International audience; Background:Whereas in Europe most of Toxoplasma gondii genotypes belong to the type II lineage, in Latin America, type II is rare and atypical strains predominate. In North America, data on T. gondii genotypes in humans are scarce.Methods:In this study, T. gondii DNA samples from 67 patients with diagnosed toxoplasmosis in the United States were available for genotyping. Discriminant analysis of principal components was used to infer each atypical genotype to a geographic area where patients were probably infected. Associations between genotype, disease severity, immune status, and geographic region were also estimated.Results:Of 67 DNA samples, 41 were successfully genotyped: 18 (43.9%) and 5 (12.2%) were characterized as types II and III, respectively. The remaining 18 genotypes (43.9%) were atypical and were assigned to a geographic area. Ten genotypes originated from Latin America, 7 from North America, and 1 from Asia (China). In North America, unlike in Europe, T. gondii atypical genotypes are common in humans and, unlike in Latin America, type II strains are still present with significant frequency.Conclusions:Clinicians should be aware that atypical genotypes are common in North America and have been associated with severe ocular and systemic disease and unusual presentations of toxoplasmosis in immunocompetent patients.
Published: 2018

32. Influence of Substituents on the Antiplasmodial and Cytotoxic Activities of 5-chloro-3,4-dihydro-1H-pyrano[3,4-b]-1,10-phenanthrolinone as Antimalarial Agent

Author: Alexis Valentin, Yves Blache, Samba Fama Ndoye, Cheikh Sall, Matar Seck, Laboratory of Chemistry, Training and Research Unit of Health, Thiès University, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Laboratory of Organic and Therapeutic Chemistry, Faculty of Medicine, Pharmacy and Odontology, Cheikh Anta Diop University, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Matériaux Polymères Interfaces Environnement Marin - EA 4323 (MAPIEM), and Université de Toulon (UTLN)
Subjects: [CHIM.POLY]Chemical Sciences/Polymers, Stereochemistry, Chemistry, Cytotoxic T cell, [CHIM.MATE]Chemical Sciences/Material chemistry, General Medicine, Antimalarial Agent, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 3. Good health
Abstract: International audience
Published: 2017

33. Different apoptosis pathways in Leishmania parasites

Author: Nadine Azas, Louise Basmaciyan, Magali Casanova, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, biology, lcsh:Cytology, 030106 microbiology, Immunology, Apoptosis pathways, Comment, Cell Biology, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Leishmania, biology.organism_classification, lcsh:Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and carcinogens, lcsh:RC254-282, Microbiology, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 030104 developmental biology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, lcsh:QH573-671, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

34. Antimalarial Activity of Human Group IIA Secreted Phospholipase A2 in Relation to Enzymatic Hydrolysis of Oxidized Lipoproteins

Author: Véronique Sinou, Christiane Deregnaucourt, Gérard Lambeau, Louise Jeammet, Christine Payré, Mélanie Dacheux, Daniel Parzy, Philippe Grellier, Columbia University College of Physicians and Surgeons, Membranes et cibles thérapeutiques (MCT), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Molécules de Communication et Adaptation des Micro-organismes (MCAM), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-17-CE17-0012,MNaims,Dissection moléculaire de la glomérulonéphrite extramembraneuse liée à PLA2R1: vers l'identification de nouveaux biomarqueurs cliniques(2017), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: 0301 basic medicine, Immunology, Parasitemia, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Phospholipase A2, parasitic diseases, Blood plasma, medicine, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, chemistry.chemical_classification, biology, Plasmodium falciparum, medicine.disease, biology.organism_classification, Blood proteins, 3. Good health, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Enzyme, chemistry, Blood chemistry, Biochemistry, biology.protein, Parasitology, 030217 neurology & neurosurgery, Lipoprotein
Abstract: The level of human group IIA secreted phospholipase A2 (hGIIA sPLA2) is increased in the plasma of malaria patients, but its role is unknown. In parasite culture with normal plasma, hGIIA is inactive against Plasmodium falciparum, contrasting with hGIIF, hGV, and hGX sPLA2s, which readily hydrolyze plasma lipoproteins, release nonesterified fatty acids (NEFAs), and inhibit parasite growth. Here, we revisited the anti-Plasmodium activity of hGIIA under conditions closer to those of malaria physiopathology where lipoproteins are oxidized. In parasite culture containing oxidized lipoproteins, hGIIA sPLA2 was inhibitory, with a 50% inhibitory concentration value of 150.0 ± 40.8 nM, in accordance with its capacity to release NEFAs from oxidized particles. With oxidized lipoproteins, hGIIF, hGV, and hGX sPLA2s were also more potent, by 4.6-, 2.1-, and 1.9-fold, respectively. Using specific immunoassays, we found that hGIIA sPLA2 is increased in plasma from 41 patients with malaria over levels for healthy donors (median [interquartile range], 1.6 [0.7 to 3.4] nM versus 0.0 [0.0 to 0.1] nM, respectively; P < 0.0001). Other sPLA2s were not detected. Malaria plasma, but not normal plasma, contains oxidized lipoproteins and was inhibitory to P. falciparum when spiked with hGIIA sPLA2 Injection of recombinant hGIIA into mice infected with P. chabaudi reduced the peak of parasitemia, and this was effective only when the level of plasma peroxidation was increased during infection. In conclusion, we propose that malaria-induced oxidation of lipoproteins converts these into a preferential substrate for hGIIA sPLA2, promoting its parasite-killing effect. This mechanism may contribute to host defense against P. falciparum in malaria where high levels of hGIIA are observed.
Published: 2019

35. Pneumocystis Infection Outbreaks in Organ Transplantation Units in France: A Nation-Wide Survey

Author: M. Leterrier, Anne Totet, Céline Damiani, Danièle Maubon, Solène Le Gal, Isabelle Accoceberry, Julie Bonhomme, Pierre Marty, E. Bailly, Ermanno Candolfi, Anne Debourgogne, Laurence Millon, Frédéric Dalle, Anne-Pauline Bellanger, Patrice Le Pape, Denis Pons, Christelle Pomares, Yann Le Meur, Marie Machouard, Marie-Laure Dardé, Laurence Delhaes, Ahmed Abou Bacar, Dominique Toubas, Frédéric Gabriel, Estelle Cateau, Gilles Nevez, Loïc Favennec, Marie-Hélène Rodier, Xavier Iriart, Eric Dannaoui, Laurence Lachaud, Guillaume Desoubeaux, Pierre Flori, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie (Parasito - Myco - BREST), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie et de mycologie médicales, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale de Strasbourg, Faculté de Médecine de Strasbourg, Université de Strasbourg, CHRU Brest - Service de Nephrologie (CHU - BREST - Nephrologie), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Service de parasitologie et mycologie [CHU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Microbiologie de l'Eau (MDE), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale, UMR-I 01 - AMIENS, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université de Limoges (UNILIM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Université de Bordeaux (UB), Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Anofel Cryptosporidium National Network, Institut d'Histoire de la Pensée Classique (IHPC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Bordeaux [Bordeaux], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Microbiologie (CHD de la Roche-Sur-Yon), CHD Vendee (La Roche Sur Yon), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Gabriel Montpied (CHU), CHU Clermont-Ferrand, Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Cavale Blanche - CHRU Brest (CHU - BREST ), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Departments of Medical Parasitology and Mycology, Service de néphrologie, Sagem - SAFRAN Gr., Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre National de Référence (CNR) Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center (BRC) (CNR Toxoplasmose-Toxoplasma BRC), CHU Limoges, Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Service de parasitologie et de mycologie, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie-Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Mycologie moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d’Histoire des Représentations et des Idées dans les Modernités (IHRIM), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Genotype, Pneumocystis carinii, Organ transplantation, Disease Outbreaks, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, genotypes, Surveys and Questionnaires, Internal medicine, Humans, Medicine, Pneumocystis jirovecii, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 030212 general & internal medicine, Genotyping, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Retrospective Studies, Transplant recipients, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, business.industry, Pneumocystis, Pneumonia, Pneumocystis, Outbreak, Organ Transplantation, biology.organism_classification, 3. Good health, Transplantation, Infectious Diseases, Renal transplant, France, business, Pneumocystis Infections
Abstract: The burden of nosocomial Pneumocystis infections in transplantation units in France was evaluated through a retrospective survey. Over 12 years, 16 outbreaks occurred, including 13 among renal transplant recipients (RTRs). We performed Pneumocystis jirovecii genotyping in 5 outbreaks, which suggested that specific strains may have been selected by RTRs.
Published: 2019

36. Optimization of MALDI-ToF mass spectrometry for yeast identification: a multicenter study

Author: Frédéric Gabriel, Elisa Rubio, Marijke Hendrickx, Michiel L. Bexkens, Nathalie Bourgeois, Antoine Huguenin, Deborah De Geyter, Stephane Ranque, Carole Cassagne, Renaud Piarroux, Arnaud Riat, Anne-Cécile Normand, Pamela Chauvin, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut d’Histoire des Représentations et des Idées dans les Modernités (IHRIM), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU AMU), Protozooses Transmises par l'Alimentation (Cryptosporidiose, Giardose et Toxoplasmose) : Mode de Contamination et Pathogénie (PROTAL) - EA 3800 (PROTAL), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, CHU Bordeaux [Bordeaux], Geneva University Hospital (HUG), CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Universitair Ziekenhus Brussel (UZ Brussel), Erasmus University Rotterdam, Barcelona Centre for International Health Research, Hospital Clinic (CRESIB), Universitat de Barcelona (UB), Sciensano [Bruxelles], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Medical Microbiology & Infectious Diseases, Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Basic (bio-) Medical Sciences, Supporting clinical sciences, Experimental Pharmacology, Microbiology and Infection Control, Clinical Biology, and Biology
Subjects: Formic acid, Mycology, Mass spectrometry, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Yeasts, MESH: Yeasts / classification, Humans, MESH: Mycology / methods, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, human, Prospective Studies, hospital, MESH: Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization / methods, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Chromatography, MESH: Humans, 030306 microbiology, Chemistry, Extraction (chemistry), MALDI-TOF mass spectrometry, General Medicine, MALDI-TOF Mass Spectrometry, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Yeast, MESH: Prospective Studies, MESH: Sensitivity and Specificity, Identification (information), Yeast identification, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Multicenter study, Microflex, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, MESH: Yeasts / isolation & purification, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Extraction methods
Abstract: Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-ToF MS) is routinely used in mycology laboratories to rapidly identify pathogenic yeasts. Various methods have been proposed to perform routine MS-based identification of clinically relevant species. In this study, we focused on Bruker technology and assessed the identification performance of three protocols: two pretreatment methods (rapid formic acid extraction directly performed on targets and full extraction using formic acid/acetonitrile in tubes) and a direct deposit protocol that omits the extraction step. We also examined identification performance using three target types (ground-steel, polished-steel, and biotargets) and two databases (Bruker and online MSI [biological-mass-spectrometry-identification application]) in a multicenter manner. Ten European centers participated in the study, in which a total of 1511 yeast isolates were analyzed. The 10 centers prospectively performed the three protocols on approximately 150 yeast isolates each, and the corresponding spectra were then assessed against two reference spectra databases (MSI and Bruker), with appropriate thresholds. Three centers evaluated the impact of the targets. Scores were compared between the various combinations, and identification accuracy was assessed. The protocol omitting the extraction step was inappropriate for yeast identification, while the full extraction method yielded far better results. Rapid formic acid extraction yielded variable results depending on the target, database and threshold. Selecting the optimal extraction method in combination with the appropriate target, database and threshold may enable simple and accurate identification of clinically relevant yeast samples. Concerning the widely used polished-steel targets, the full extraction method still ensured better scores and better identification rates.
Published: 2019

37. Tumor cells educate mesenchymal stromal cells to release chemoprotective and immunomodulatory factors

Author: Alejandra Martinez, Renaud Mével, Jean-Pierre Delord, Lise Lefèvre, Muriel Golzio, Eliane Mery, Marie-Véronique Joubert, Kimberley Coulson, Agnès Coste, Gwenael Ferron, Mélissa Prat, Hélène Leray, Benoît Thibault, Léa Lemaitre, Bettina Couderc, Augustin Le Naour, Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut Claudius Regaud. Department of pathology, Group of Intelligent and Cooperative Systems / Education,Media, Informatics and Culture (GSIC/EMIC), Universidad de Valladolid [Valladolid] (UVa), Institut Claudius Regaud, CRLCC Institut Claudius Regaud, Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté des Sciences Pharmaceutiques, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: ovarian adenocarcinoma, Chemokine, Biopsy, chemokines, Cell Communication, Mice, Ovarian tumor, 0302 clinical medicine, Neoplasms, Tumor Microenvironment, CXC chemokine receptors, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ovarian Neoplasms, 0303 health sciences, biology, Chemistry, chemoresistance, Cell Differentiation, General Medicine, 3. Good health, CXCL2, 030220 oncology & carcinogenesis, Cytokines, Female, mesenchymal stromal cells, Antineoplastic Agents, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Models, Biological, Article, Immunomodulation, 03 medical and health sciences, Cell Line, Tumor, Genetics, Animals, Humans, Immunologic Factors, Interleukin 8, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Receptors, CXCR, Gene Expression Profiling, Macrophages, Mesenchymal stem cell, Computational Biology, Mesenchymal Stem Cells, Cell Biology, Editor's Choice, Disease Models, Animal, Drug Resistance, Neoplasm, Tumor progression, Cancer cell, biology.protein, Cancer research, Biomarkers
Abstract: Factors released by surrounding cells such as cancer-associated mesenchymal stromal cells (CA-MSCs) are involved in tumor progression and chemoresistance. In this study, we characterize the mechanisms by which naïve mesenchymal stromal cells (MSCs) can acquire a CA-MSCs phenotype. Ovarian tumor cells trigger the transformation of MSCs to CA-MSCs by expressing pro-tumoral genes implicated in the chemoresistance of cancer cells, resulting in the secretion of high levels of CXC chemokine receptors 1 and 2 (CXCR1/2) ligands such as chemokine (C-X-C motif) ligand 1 (CXCL1), CXCL2, and interleukin 8 (IL-8). CXCR1/2 ligands can also inhibit the immune response against ovarian tumor cells. Indeed, through their released factors, CA-MSCs promote the differentiation of monocytes towards M2 macrophages, which favors tumor progression. When CXCR1/2 receptors are inhibited, these CA-MSC-activated macrophages lose their M2 properties and acquire an anti-tumoral phenotype. Both ex vivo and in vivo, we used a CXCR1/2 inhibitor to sensitize ovarian tumor cells to carboplatin and circumvent the pro-tumoral effects of CA-MSCs. Since high concentrations of CXCR1/2 ligands in patients’ blood are associated with chemoresistance, CXCR1/2 inhibition could be a potential therapeutic strategy to revert carboplatin resistance.
Published: 2019

38. Assessment of the first commercial multiplex PCR kit (ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR) for the detection of Cryptosporidium spp., Enterocytozoon bieneusi, and Encephalitozoon intestinalis from fecal samples

Author: M. Leterrier, Yohann Le Govic, Adrien Laude, Philippe Poirier, Marie Machouart, Patrice Le Pape, Nicolas Argy, Guillaume Desoubeaux, Frédéric Dalle, Jessica Beser, Nathalie Bourgeois, Rose-Anne Lavergne, Florent Morio, Estelle Cateau, Céline Nourrisson, Françoise Botterel, Stéphane Valot, Christelle Pomares, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre de Bio-Archéologie et d'Ecologie (CBAE), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (Institut de biologie, CHU de Nantes), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne (LMGE), Université Clermont Auvergne (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Poitiers), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Public Health Agency of Sweden, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité (IICiMed), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Clermont-Ferrand), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Service de parasitologie, mycologie, médecine tropicale CHRU Bretonneau, Laboratoire de Parasitologie Mycologie (AP-HP, Hôpital Bichat), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Vin Aliment Microbiologie et Stress (VAlMiS), Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (AP-HP Hôpital Henri Mondor), Hôpital Henri Mondor, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Montpellier), Pôle Biologie-Pathologie [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de Microbiologie (CHD de la Roche-Sur-Yon), CHD Vendee (La Roche Sur Yon), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Enterocytozoon bieneusi, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Cryptosporidium, Microsporidiosis, Cryptosporidium spp, Sensitivity and Specificity, Microbiology, law.invention, Encephalitozoon intestinalis, 03 medical and health sciences, Feces, 0302 clinical medicine, fluids and secretions, law, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Multiplex polymerase chain reaction, parasitic diseases, medicine, CE-IVD, Humans, 030212 general & internal medicine, DNA, Fungal, Polymerase chain reaction, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Bacteriological Techniques, biology, Encephalitozoon, General Medicine, Multiplex PCR, DNA, Protozoan, Enterocytozoon, biology.organism_classification, medicine.disease, 3. Good health, Infectious Diseases, Real-time polymerase chain reaction, Stool, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Reagent Kits, Diagnostic, Multiplex Polymerase Chain Reaction
Abstract: International audience; Cryptosporidium spp. Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon intestinalis are opportunistic pathogens responsible for gastrointestinal diseases. We evaluated the ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR kit (Ademtech, France), the first CE-IVD compliant PCR assay available for these pathogens. This study was conducted blindly against a reference panel of 115 stool specimens including positive samples for Cryptosporidium spp. (n = 48) and E. bieneusi (n = 38) as well as negative or positive samples for other parasites to test for cross-reactivity. An additional set of samples corresponding to 8 rare Cryptosporidium species was also included. Discrepancies were evaluated with external in-house PCR tests. The ParaGENIE Crypto-Micro PCR assay displayed a sensitivity/specificity of 91.7%/100% and 97.3%/98.7% for Cryptosporidium spp. and E. bieneusi, respectively, and was able to detect all 12 Cryptosporidium species of the reference panel, including rare species. This new CE-IVD assay will facilitate the diagnosis of intestinal cryptosporidiosis and microsporidiosis, a major concern in immunocompromised patients and travelers.
Published: 2019

39. Design and synthesis of simplified speciophylline analogues and β-carbolines as active molecules against Plasmodium falciparum

Author: Evelyne Ollivier, Véronique Sinou, Nicolas Taudon, Damien Bonne, Sok-Siya Bun, Jean Rodriguez, Daniel Parzy, David Pierrot, Institut des Sciences Moléculaires de Marseille (ISM2), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Membranes et cibles thérapeutiques (MCT), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), Chouraqui, Gaelle, Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: Stereochemistry, Chemical structure, spirooxindoles, Plasmodium falciparum, Speciophylline, β-carbolines, antimalarial activity, Antimalarials, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Drug Discovery, parasitic diseases, Ic50 values, Humans, Molecule, Cells, Cultured, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Strain (chemistry), biology, Chemistry, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, biology.organism_classification, [CHIM.ORGA] Chemical Sciences/Organic chemistry, speciophylline, In vitro, Guiera senegalensis, Oxindoles, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Drug Design, 030220 oncology & carcinogenesis, 030217 neurology & neurosurgery, Carbolines
Abstract: A structure-activity relationship study of active molecules against chloroquine-resistant Plasmodium falciparum K1 strain is reported. Structurally simplified analogues of antiplasmodial active alkaloids presented similar levels of activity as their corresponding natural products extracted from Guiera senegalensis and Mitragyna inermis with IC50 values on chloroquine-resistant P. falciparum K1 strain of up to 10.6 μM for spirooxindoles and 13.8 μM for β-carbolines. The identification of such simpler and cheaper structural analogues is crucial to efficiently study these natural products' action mode as well as developing new cures against malaria.
Published: 2019

40. IL13-Mediated Dectin-1 and Mannose Receptor Overexpression Promotes Macrophage Antitumor Activities through Recognition of Sialylated Tumor Cells

Author: François Couderc, Camille Alric, Christophe Dardenne, Bettina Couderc, Bruno Ségui, José Bernad, Lise Lefèvre, Mélissa Prat, Bernard Pipy, Etienne Meunier, Agnès Coste, Patricia Balard, Laurent Alric, Hélène Authier, Véréna Poinsot, Mohamad Alaeddine, Valérie Gouazé-Andersson, Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Interactions moléculaires et réactivité chimique et photochimique (IMRCP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Nutergia, This research was supported by a grant from CIFRE-Association Nationale de la Recherche et de la Technologie (ANRT) awarded to M. Alaeddine (2012/1416) and from the Nutergia Laboratory (to A. Coste and B. Pipy), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Université de Toulouse (UT)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Fluides, Energie, Réacteurs, Matériaux et Transferts (FERMAT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BIBAC - Chimie analytique et interactions biomolécules - matière molle biomimétique (BIBAC), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Polarisation des Macrophages et Récepteurs Nucléaires dans les Pathologies Inflammatoires et Infectieuses, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-IFR50, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de médecine moléculaire de Rangueil (I2MR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-IFR150-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (LAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES), Institut Claudius Regaud, CRLCC Institut Claudius Regaud, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Cancer Research, Necrosis / immunology, Mice Knockout, T-Lymphocytes, Receptor expression, Gene Expression, Macrophages / immunology, Mice, 0302 clinical medicine, Interleukin-13 / genetics, N-Acetylneuraminic Acid / metabolism, Neoplasms, Arginase / metabolism, Lectins, Mannose-Binding Lectins / genetics, Receptors, Macrophage, Cytotoxic T cell, Neoplasms / etiology, Receptor, Cytotoxicity, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Neoplasms / metabolism, Mice, Knockout, Interleukin-13, Tumor, Chemistry, Prognosis, 3. Good health, 030220 oncology & carcinogenesis, Signal transduction, Mannose Receptor, Mannose receptor, C-Type / metabolism, Signal Transduction, Immunology, Interleukin-13 / metabolism, Receptors, Cell Surface, Cell Line, Necrosis, 03 medical and health sciences, Cell Surface / genetics, C-Type / genetics, Cell Line, Tumor, Macrophages / metabolism, Animals, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Lectins, C-Type, Mannose-Binding Lectins / metabolism, Cell Surface / metabolism, Neoplasms / pathology, Arginase, Macrophages, T-Lymphocytes / immunology, Reactive Oxygen Species / metabolism, N-Acetylneuraminic Acid, Neoplasms / mortality, Mannose-Binding Lectins, Cell culture, Cancer research, Necrosis / genetics, Reactive Oxygen Species, T-Lymphocytes / metabolism, 030215 immunology
Abstract: Macrophage-mediated cytotoxicity is controlled by surface receptor expression and activation. Despite the numerous studies documenting the role of macrophage C-type lectin receptors (CLR) in pathogen elimination, little is known about their contribution to antitumor responses. Here, we report that IL13 inhibits T-cell lymphoma and ovarian adenocarcinoma development in tumor-bearing mice through the conversion of tumor-supporting macrophages to cytotoxic effectors, characterized by a CLR signature composed of dectin-1 and mannose receptor (MR). We show that dectin-1 and MR are critical for the recognition of tumor cells through sialic acid–specific glycan structure on their surface and for the subsequent activation of macrophage tumoricidal response. Finally, we validated that IL13 antitumor effect mediated by dectin-1 and MR overexpression on macrophages can extend to various types of human tumors. Therefore, these results identify these CLRs as potential targets to promote macrophage antitumor response and represent an attractive approach to elicit tumor-associated macrophage tumoricidal properties.
Published: 2019

41. New tools for preoperative diagnosis of allergic fungal sinusitis? A prospective study about 71 patients

Author: Stéphane Ranque, Loraine Vatin, Carole Cassagne, Jean Del Grande, Arthur Varoquaux, Justin Michel, Jean-Baptiste Morvan, Patrick Dessi, Jean Gaudart, Thomas Radulesco, Joanna Vitte, Aix-Marseille Université - Faculté de médecine (AMU MED), Aix Marseille Université (AMU), Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Institut universitaire des systèmes thermiques industriels (IUSTI), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Anatomopathologie [Aix-Marseille], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Service d'Imagerie Médicale [Hôpital de la Conception - APHM], Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé (ADES), Aix Marseille Université (AMU)-EFS ALPES MEDITERRANEE-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: 0301 basic medicine, Adult, Male, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030106 microbiology, Contrast Media, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Allergic fungal sinusitis, Medicine, Humans, Prospective Studies, Sinusitis, 030223 otorhinolaryngology, Prospective cohort study, Aged, Aged, 80 and over, business.industry, Immunoglobulin E, Middle Aged, Dermatology, Magnetic Resonance Imaging, 3. Good health, Otorhinolaryngology, Mycoses, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business, Tomography, X-Ray Computed, Biomarkers
Abstract: International audience; Allergic fungal sinusitis (AFS) is a subgroup within noninvasive fungal chronic rhinosinusites. Its paraclinical diagnosis is based on a « gold standard »: rhinosinusitis evolving for at least 12 weeks or persisting on CT scan, allergic mucin seen during surgery, identification of Charcot‐Leyden crystals or eosinophils aggregates in pathology, fungal hyphae on direct examination or culture.Our objective was to search for clinical, radiological, biological, immunological and mycological criteria permitting AFS preoperative diagnosis, within a population operated on for CRS.
Published: 2019

42. Diastereoselective Synthesis of Potent Antimalarial Cis-β-lactam Agents

Author: Jarrahpour, Aliasghar, Rostami, Maryam, Sinou, Véronique, Latour, Christine, Djouhri-Bouktab, Lamia, Brunel, Jean, Shiraz University (Shiraz University ), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, and Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: 2-Azetidinones, Staudinger, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, N-(2-aminoethyl) β-lactams;tert-butyl, [CHIM.ORGA]Chemical Sciences/Organic chemistry, P.falciparum, [SDV]Life Sciences [q-bio], carbamate, [CHIM]Chemical Sciences, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Antimalarial activity
Abstract: International audience; Fifteen novel β-lactams bearing N-ethyl tert-butyl carbamate group 5a-o and fifteen N-(2-aminoethyl) β-lactams 6a-o were synthesized by [2+2] ketene-imine cycloaddition reaction (Staudinger). The cycloaddition reaction was found to be totally diastereoselective leading exclusively to theformation of cis-β-lactam derivatives. These newly synthesized β-lactams were evaluated for their antimalarial activity against p. falciparum K14 resistant strain and showed good to excellent EC 50 values. Of the thirty β-lactams tested, 5 h, 6a and 6c showed IC 50 < 20 µM while 5b, 5c, 5e, 5f, 5g, 5i, 5j, 6d, 6g and 6h exhibited IC 50
Published: 2019

43. Malaria elimination in China, evolution and challenges with respect to cross border transmission

Author: Zhang, Shaosen, STAR, ABES, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Université Montpellier, Sylvie Manguin, Roger Frutos, and Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
Subjects: Transmission du paludisme, China, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Evolution, Malaria elimination, Élimination du paludisme, Évolution, Malaria transmission, La Chine, Cross border, Transfrontalière, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Malaria has occurred in 80% of the counties in China in the past. After several decades of effort, malaria prevalence decreased drastically and China is currently approaching elimination throughout the country. Information on malaria vectors is still found not well documented, which could hinder the development of appropriate surveillance strategies and WHO certification. The major risk to malaria elimination is the re-introduction of the disease from imported malaria cases. There are an increasing number of imported malaria cases caused by Chinese citizens returning from malaria-affected countries recently. The information about their characters, drivers and route of introduction in different areas will provide evidence-based data to policy makers where and when to carry out the interventions. This will in turn allow them to develop efficient guidelines for risk-assessment of malaria re-introduction and for allocating appropriate resources. As a country with over 1.3 billion population and a territory covering different climatic zones, lessons learnt from malaria elimination in China that could serve as references to other countries. According to the Belt and Road initiatives, China will participate more globally to governance related activities. Partners and stakeholders within Global malaria elimination campaign are interested to the future opportunity and potential fields that would involve Chinese expertise. 1.A summary analysis was conducted on the nationwide distribution of malaria vectors, their bionomic characteristics, control measures and related studies. The distribution in China of the principal malaria vectors was found reduced, in particular for Anopheles lesteri and Anopheles dirus s.l., including the two main malaria vector species, An. dirus and An. baimaii, which nearly disappeared after several years of malaria control effort. Anopheles sinensis, which was previously reported to be less efficient in malaria transmission, is becoming the predominant species in Southwestern China. The field sampling results indicated the existence of high efficient malaria vectors, e.g. An. minimus and An. harrisoni at the China-Myanmar border. In addition, elevated human-biting rates, high adult and larval densities, and parous rates were found in both An. sinensis and An. harrisoni, which reveal a very high receptivity and risk of malaria re-introduction along the China–Myanmar border. 2.The comparative analysis of imported malaria cases reported from former non-endemic areas and former endemic areas in China showed that all former non-endemic areas are now reporting imported malaria cases. 3. A summary analysis on malaria elimination progress since 2010, was carried out with specific focus on mapping the residual malaria foci and the distribution of malaria cases in China. The incidence of locally acquired malaria has declined sharply along with the concomitant decrease of malaria-endemic areas from 762 counties reporting malaria in 2010 to just two counties adjacent to border areas (Yunnan Province: China-Myanmar and Tibet, China-India) in 2016. In 2017, China achieved zero indigenous malaria case report for the first time. In conclusion, China is on the track to achieve malaria elimination by 2020. The risk of re-introduction caused by the emergence of imported malaria cases and the occurrence of highly efficient malaria vectors present in the country is still the target of malaria surveillance. To maintain malaria elimination, intensified international collaboration with specific focus on cross-border areas and mobile/migrant population is called to take actions. The pilot studies on how to introduce the lessons learned from malaria elimination in China and the Chinese expertise are on the list to take action in future, which would harmonize the China aid to malaria elimination in the target countries., Le paludisme a déjà sévi dans 80% des pays chinois. Après plusieurs décennies d’efforts, la prévalence du paludisme a considérablement diminué et la Chine est sur le point de l’éliminer dans tout le pays. Les informations sur les vecteurs du paludisme ne sont toujours pas bien documentées, ce qui pourrait entraver l'élaboration de stratégies de surveillance appropriées et la certification par l'OMS. Le principal risque pour l'élimination du paludisme est la réintroduction de la maladie à partir de cas de paludisme importés. De plus en plus de cas de paludisme importés sont causés par des citoyens chinois revenant récemment de pays touchés par le paludisme. Les informations sur leurs personnages, leurs conducteurs et leur voie d’introduction dans différentes zones fourniront aux décideurs politiques des données factuelles où et quand effectuer les interventions. Avec plus de 1,3 milliard d’habitants et un territoire couvrant différentes zones climatiques, les enseignements tirés de l’élimination du paludisme en Chine pourraient servir de référence à d’autres pays. Selon les initiatives Belt and Road, la Chine participera plus globalement aux activités liées à la gouvernance. Les partenaires et les parties prenantes de la campagne mondiale pour l’élimination du paludisme s'intéressent aux opportunités futures et aux domaines potentiels qui impliqueraient une expertise chinoise. 1.Une analyse récapitulative a été réalisée sur la distribution à l'échelle nationale des vecteurs du paludisme, leurs caractéristiques bionomiques, leurs mesures de contrôle et les études connexes. La distribution en Chine des principaux vecteurs du paludisme a été réduite. Anopheles sinensis, qui avait déjà été signalé comme étant moins efficace dans la transmission du paludisme, est en train de devenir l’espèce prédominante dans le sud-ouest de la Chine. Les résultats de l'échantillonnage sur le terrain ont indiqué l'existence de vecteurs du paludisme hautement efficaces, par ex. An. minimus et An. harrisoni à la frontière Sino-Birmane. De plus, des taux élevés de piqûres humaines, des densités élevées d'adultes et de larves et des taux de parous ont été observés chez An. sinensis et An. harrisoni, qui révèlent une très grande réceptivité et un risque élevé de réintroduction du paludisme le long de la frontière Sino-Birmane. 2. L'analyse comparative des cas importés de paludisme signalés dans d'anciennes zones non endémiques et d'anciennes zones endémiques en Chine a montré que toutes les anciennes zones non endémiques signalaient désormais des cas importés de paludisme. 3. Une analyse résumée des progrès accomplis en matière d'élimination du paludisme depuis 2010 a été réalisée, avec un accent particulier sur la cartographie des foyers de paludisme résiduels et la répartition des cas de paludisme en Chine. L'incidence du paludisme contracté localement a fortement diminué, parallèlement à la diminution concomitante des zones d'endémie palustre de 762 comtés signalant le paludisme en 2010 à seulement deux comtés adjacents aux zones frontalières (Province du Yunnan: Chine-Myanmar et Tibet, Chine-Inde). En 2017, la Chine a atteint pour la première fois zéro cas de paludisme autochtone. En conclusion, la Chine est sur la voie de l’élimination du paludisme d’ici 2020. Le risque de réintroduction lié à l’émergence de cas importés de paludisme et à la présence de vecteurs du paludisme hautement efficaces présents dans le pays reste la cible de la surveillance du paludisme. Afin de maintenir l'élimination du paludisme, une collaboration internationale intensifiée, axée sur les zones transfrontalières et la population mobile / migrante, est appelée à prendre des mesures. Les études pilotes sur la manière de présenter les leçons tirées de l'élimination du paludisme en Chine et l'expertise Chinoise sont sur la liste des mesures à prendre, qui harmoniseraient l'aide de la Chine à l'élimination du paludisme dans les pays cibles.
Published: 2019

44. Prévalence de Toxoplasma gondii chez les animaux péri-domestiques et sauvages en région Provence-Alpes-Côte d'Azur

Author: Gouasmia, Sohib, Dumètre, Aurélien, Davoust, Bernard, L'Ollivier, Coralie, Hamidović, Azra, Galal, Lokman, Sientzoff, Pacôme, Dardé, Marie-Laure, Mercier, Aurélien, Grelier, Elisabeth, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Parasitologie Mycologie [CHU Limoges], CHU Limoges, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), and Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)
Subjects: [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

45. Diversity and biting patterns of Anopheles species in a malaria endemic area, Umphang Valley, Tak Province, western Thailand

Author: Chatchai Tananchai, Jirod Nararak, Sylvie Manguin, Manatsawee Pattanakul, Véronique Sinou, Theeraphap Chareonviriyaphap, rosa, emmanuelle, Kasetsart University (KU), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Membranes et cibles thérapeutiques (MCT), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Kasetsart University - KU (THAILAND), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Aix Marseille Université (AMU), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: 0301 basic medicine, Veterinary medicine, Endemic Diseases, Veterinary (miscellaneous), [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Anopheles maculatus, Anopheles aconitus, Mosquito Vectors, Biology, law.invention, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, Anopheles dirus, Anopheles, [CHIM] Chemical Sciences, medicine, Animals, Humans, [CHIM]Chemical Sciences, Trophic behavior, Umphang District, Anopheles minimus, Species diversity, Feeding Behavior, 030108 mycology & parasitology, biology.organism_classification, medicine.disease, Thailand, 3. Good health, Malaria, [SDV] Life Sciences [q-bio], Anopheles peditaeniatus, Infectious Diseases, Transmission (mechanics), Insect Science, Vector (epidemiology), Anopheles maculates, Parasitology, Cattle, Female, Multiplex Polymerase Chain Reaction
Abstract: International audience; Malaria is highly endemic in Umphang Valley, a district in the western edge of Tak Province, along the boundary with Kayin State of Myanmar. Although there are high indigenous malaria cases in this area every year, nothing about malaria vectors and their transmission role have been investigated before this study. The objective of this work is to characterize the Anopheles species diversity and trophic behavior of malaria vectors in the transmission area of Umphang Valley. Females of Anopheles mosquitoes were collected every two months during a two-year period. Mosquito collections were using standard collection technique, indoor and outdoor human landing collections and outdoor cattle bait collection. Anopheles mosquitoes were identified using morphological characters and multiplex AS-PCR assay for the identification of sibling species within groups and complexes present. From a total of 16,468 Anopheles females, 2723 specimens (16.54%) were collected from humans and 13,745 specimens (83.46%) were captured from cattle. From human landing collections, 2447 specimens (89.86%) of Anopheles minimus were obtained, followed by 119 Anopheles peditaeniatus (4.37%), 62 Anopheles maculatus (2.28%), 17 Anopheles dirus (0.6%), 15 Anopheles aconitus (0.5%) and 6 Anopheles sawadwongporni (0.2%) respectively. Seven putative malaria vectors, including An. minimus, An. dirus, An. baimaii, An. sawadwongporni, An. maculatus, An. pseudowillmori and An. aconitus were documented from this study and trophic behavior of each respective species were observed. Such information is definitely crucial for defining the vector capacity of each single species and for designing appropriate vector prevention and control strategies against target vector species.
Published: 2019

46. Interrupted CAG expansions in ATXN2 gene expand the genetic spectrum of frontotemporal dementias

Author: Clémence Fournier, Vincent Anquetil, Agnès Camuzat, Sandrine Stirati-Buron, Véronique Sazdovitch, Laura Molina-Porcel, Sabrina Turbant, Daisy Rinaldi, Raquel Sánchez-Valle, Mathieu Barbier, Morwena Latouche, Neuro-CEB Neuropathology Network, Giovanni Stevanin, Danielle Seilhean, Alexis Brice, Charles Duyckaerts, Isabelle Le Ber, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Neurologie et thérapeutique expérimentale, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR70-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle [CHU Pitié-Salpétriêre], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR70-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Male, TDP-43, Ataxin 2, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Frontotemporal lobar degeneration, lcsh:RC346-429, Cohort Studies, SCA2, C9orf72, Humans, Letter to the Editor, lcsh:Neurology. Diseases of the nervous system, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Ataxin-2, Aged, 80 and over, Tomography, Emission-Computed, Single-Photon, Corticobasal degeneration, Brain, Middle Aged, Amyotrophic lateral sclerosis, Corticobasal syndrome, Magnetic Resonance Imaging, DNA-Binding Proteins, ComputingMethodologies_DOCUMENTANDTEXTPROCESSING, Female, Trinucleotide Repeat Expansion, Frontotemporal dementia, GRN
Abstract: Letter to the Editor - no abstract available
Published: 2018

47. Performance of MALDI-TOF MS platforms for fungal identification

Author: Renaud Piarroux, Anne-Cécile Normand, Stéphane Ranque, Carole Cassagne, Coralie L'Ollivier, Aix Marseille Université (AMU), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, and Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Computer science, Arthrodermataceae, 030106 microbiology, Fungi, Dermatology, General Medicine, Computational biology, MALDI-TOF Mass Spectrometry, Bioinformatics, 03 medical and health sciences, Clinical microbiology, Matrix-assisted laser desorption/ionization, Infectious Diseases, Mycoses, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Yeasts, Humans, Identification (biology)
Abstract: International audience; Matrix-assisted laser desorption/ionisation mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is increasingly used by clinical microbiology laboratories to cope with the need for rapid, cost-effective and accurate identification of microorganisms. Several research teams have recently succeed in identifying moulds using MALDI-TOF MS, which was first adapted to bacteria, then to yeast identification. Since 2004, different commercial firms have released several ready-to-use MALDI-TOF MS platforms. This review describes the similarities and differences between the commercially available systems. In two parts, we first describe and compare the preprocessing and identification steps between the platforms and then compare the identification efficacy of yeast, moulds and dermatophytes species.
Published: 2016

48. Absence of association between polymorphisms in the K13 gene and the presence of Plasmodium falciparum parasites at day 3 after treatment with artemisinin derivatives in Senegal

Author: Gora Lo, Aminata Nakoulima, Bakary Diatta, Silman Diawara, Bécaye Fall, Mamadou Wague Gueye, Marylin Madamet, Nicolas Benoit, Bruno Pradines, Mame Bou Kounta, Khadidiatou Ba Fall, Mansour Fall, Khalifa Ababacar Wade, Raymond Bercion, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Assane SECK de Ziguinchor (UASZ), Service de Réanimation Médicale, Hôpital Principal de Dakar, Institut Pasteur de Bangui, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de Dakar, Service de pédiatrie, Service de Pathologie Infectieuse, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de Référence du Paludisme, Laboratoire d'étude de la chimiosensibilité du paludisme, Hôpital Principal de Dakar-Fédération des laboratoires, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Time Factors, Combination therapy, Plasmodium falciparum, 030106 microbiology, Mutation, Missense, Protozoan Proteins, Biology, Lumefantrine, Antimalarials, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, parasitic diseases, medicine, Animals, Humans, Point Mutation, Pharmacology (medical), Artemether, Malaria, Falciparum, Artemisinin, Quinine, Polymorphism, Genetic, Sequence Analysis, DNA, General Medicine, medicine.disease, biology.organism_classification, Virology, Artemisinins, Senegal, 3. Good health, Treatment Outcome, Infectious Diseases, chemistry, Artesunate, Malaria, medicine.drug
Abstract: International audience; In 2006, the Senegalese National Malaria Control Programme recommended artemisinin-based combination therapy as first-line treatment for uncomplicated malaria. In addition, intravenous (i.v.) injection of artesunate and artemether has gradually replaced quinine for the treatment of severe malaria. Mutations in the propeller domain of the Kelch 13 gene (K13-propeller, PF3D71343700), such as Y493H, R539T, I543T and C580Y, were recently associated with in vivo and in vitro resistance to artemisinin in Southeast Asia. However, these mutations were not identified in Africa. In total, 181 isolates of Plasmodium falciparum from 161 patients from Dakar, Senegal, were collected between August 2015 and January 2016. The K13-propeller gene of the isolates was sequenced. A search for non-synonymous mutations in the propeller region of K13 was performed in the 181 isolates collected from Dakar from 2015 to 2016. Three synonymous mutations were detected (D464D, C469C and R471R). Of 119 patients treated with i.v. artesunate or intramuscular artemether followed by artemether/lumefantrine, 9 patients were still parasitaemic on Day 3. Parasites from these nine patients were wild-type for K13-propeller. None of the polymorphisms known to be involved in artemisinin resistance in Asia were detected. These results suggest that K13 is not the best predictive marker for artemisinin resistance in Africa. More isolates from clinical failure cases or patients with delayed parasite clearance after treatment with artemisinin derivatives are necessary to identify new molecular markers. (C) 2017 Elsevier B.V. and International Society of Chemotherapy. All rights reserved.
Published: 2017

49. Trojan horse strategy: synthesis of piperazine-based siderophores

Author: Alexandra Dassonville-Klimpt, Pauline Loupias, Elodie Lohou, Pascal Sonnet, Nicolas Taudon, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées
Subjects: Siderophore, biology, Pseudomonas aeruginosa, Chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], medicine.disease_cause, biology.organism_classification, Combinatorial chemistry, Piperazine, chemistry.chemical_compound, Rhodotorulic acid, Burkholderia, medicine, Ferric, Chelation, Bacteria, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, medicine.drug
Abstract: Resistance to antibiotics is an emerging phenomenon and a major medical problem. The resistance of Gram-negative bacteria such as Pseudomonas aeruginosa and the Burkholderia group to conventional antibiotics leads to therapeutic failure and requires new antibiotic therapies. The use of iron transport systems is a promising strategy to overcome this phenomenon. These TonB-dependent receptors, essential for the survival of microorganisms, allow specific recognition of ferric siderophore complexes in order to transport iron within bacteria1. Bacteria, according to their kind, express different types of receptors that allow them to recognize their endogenous siderophores but also xenosiderophores. Pseudomonas aeruginosa and Burkholderia pseudomallei in particular possess FptA receptors allowing the recognition of pyochelin.2 These specific systems may allow the introduction of antibacterial agents by forming antibiotic-siderophore conjugates or toxic complexes such as gallium complexes, in the bacteria to kill it. Siderophores have three types of chelating function: catechols, hydroxamates and hydroxy-carboxylates. Previous work in the laboratory has shown that piperazine 1,4-dicatechol structures (MPPS0225) could be recognized by Pseudomonas aeruginosa strains. In order to further investigate this piperazine platform, we have synthesized iron chelators bearing 3-hydroxypyridin-4-ones and 1,3-dihydroxypyridin-4-one ligands. At the same time, we were interested in the synthesis of a more complex 2,5-dioxopiperazine platform, part of the rhodotorulic acid (RA), a natural siderophore produced by Rhodotorula pilimanae showing an interesting iron affinity (pFe = 21,8). Two RA synthesis strategies will be developed as well as the corresponding 3,6-disubstituted analogs. Through the synthesis of these chelators, we would like to study the influence, on the iron complexation, of: i) the nitrogen platform (piperazine or dioxopiperazine), ii) the presence of stereogenic centers (3,6-disubstituted dioxopiperazine vs 1,4 -disubstituted piperazines) and iii) the nature of the iron ligands (hydroxypyridinone vs catechol). An evaluation of the siderophore-like potential and a measurement of the complexing force will be carried out. We would like to thank the DGA and the Haut de France region for their financial support. References Miethke M.; Marahiel MA. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2007, 71, 413-451. Butt AT.; Thomas MS. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2017, 7.
Published: 2018

50. Human cryptosporidiosis in immunodeficient patients in France (2015–2017)

Author: Damien Costa, Romy Razakandrainibe, Marc Sautour, Stéphane Valot, Louise Basmaciyan, Gilles Gargala, Denis Lemeteil, Loïc Favennec, Frédéric Dalle, Anne Debourgogne, Adela Angoulvant, Patrice Agnamey, Julie bonhomme, Brigitte Degeilh, Cathy Chemla, Cécile Garnaud, Coralie Lollivier, Cécile angebault, Pascal Delaunay, Guillaume Desoubeaux, Emilie Fréalle, Frédéric Grenouillet, Florent Morio, Françoise Botterel, Ghania Belkadi, Hélène Yera, Gilles Nevez, Xavier Iriart, Isabelle Accoceberry, Julie Brunet, Marc Thellier, Meja Rabodonirina, Milene Sasso, Charline Miossec, Murielle Nicolas, Nicole Desbois, Philippe Poirier, Christelle Pomares, Sandrine Houze, Yohann Le govic, Anne Pauline Bellanger, Franck Labbe, Marie Laure Darde, Olivier Duquesnoy, Pierre Flori, Patrick Bastien, Thomas Gueudet, Isabelle Villena, Dominique Aubert, Estelle Cateau, Marie-Elisabeth Bougnoux, Nathalie Kapel, Eric Dannaoui, Alexis Valentin, Anne Totet, Jean Menotti, Denis Blanchet, Magalie Demar, Emmanuel Dutoit, Renaud Piarroux, Emilie Sitterle, Denis Magne, Samsa Hamane, Antoine Berry, Cecile Ramade, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Anofel Cryptosporidium National Network, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie (UGA UFRP), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Hôpital l'Archet, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut Pasteur de Dakar, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), CHU Bordeaux [Bordeaux], Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique des interactions Hôte pathogène, Université de Strasbourg (UNISTRA), Immunité et Infection, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie, Hospices Civils de Lyon (HCL), Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie-Sérologies Bactériennes et Parasitaires [CHU de la Martinique], Centre Hospitalier Universitaire de la Martinique - CHU Martinique, Parasitologie-Mycologie Fort de France, CHU Fort de France, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Bichat - Claude Bernard, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM), IFR 53, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-CHU Maison Blanche-UPRES EA 2070, Centre de formation et de recherche sur l'environnement marin (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Departments of Medical Parasitology and Mycology, Service de réanimation médicale, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie, Université des Antilles (UA)-Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Laboratoire de parasitologie mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe hospitalier Albert Chenevier – Henri Mondor, Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Région Haute Normandie, Projet COS Sesa, 2015-2018, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-Université des Antilles (UA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Université de Rennes (UR), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Université de Toulouse (UT), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], and Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Pediatrics, Epidemiology, Cryptosporidiosis, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Child, Immunodeficiency, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, biology, Mortality rate, Cryptosporidium, General Medicine, Middle Aged, 3. Good health, Diarrhea, Infectious Diseases, Cryptosporidium parvum, Child, Preschool, Protozoan, Cyclosporine, Female, Immunotherapy, France, medicine.symptom, Cryptosporidium hominis, Immunosuppressive Agents, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Immunology, Context (language use), Tacrolimus, 03 medical and health sciences, Immunocompromised Host, Young Adult, medicine, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Immunocompromised, Aged, Immunosuppression Therapy, Infant, Newborn, Infant, Mycophenolic Acid, medicine.disease, biology.organism_classification, Parasitology
Abstract: International audience; Cryptosporidiosis is a common disease in children and immunodeficient individuals. In 2006, a national network was set up on the surveillance of human cryptosporidiosis in France. Since January 2015, the 41 tertiary care hospitals and the 3 private laboratories of the French National Network on the surveillance of human cryptosporidiosis have been able to declare confirmed cases of cryptosporidiosis online. Between 2015 and 2017, 210 cases of cryptosporidiosis were declared in immunodeficient patients in France; Cryptosporidium parvum and Cryptosporidium hominis represented 66% and 22% of cases, respectively. A peak was observed in autumn. Cryptosporidiosis occurred mainly in a context of solid organ transplantation (SOT) (49%) and of HIV infection (30%). In SOT recipients, cryptosporidiosis appeared more frequently in the first 6 months post transplantation. Regarding cases declared in SOT recipients, mycophenolate mofetil was used in 68%. A mortality rate of 6% was observed. Present results underline the importance of screening for cryptosporidiosis in immunocompromised patients suffering from diarrhea, especially in the course of major cell mediated immunodeficiency or even systematic screening before SOT. Exclusive Cryptosporidium free water feeding could be suggested during major cell mediated immunodeficiency.
Published: 2018

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