Search

Zymoseptoria tritici causes the major fungal wheat disease septoria tritici blotch, and is increasingly being used as a model for transmission and population genetics, as well as host-pathogen interactions. Here, we study the biological function of ZtWor1, the orthologue of Wor1 in the fungal human pathogen Candida albicans, as a representative of a superfamily of regulatory proteins involved in dimorphic switching. In Z. tritici, this gene is pivotal for pathogenesis, as ZtWor1 mutants were nonpathogenic and complementation restored the wild-type phenotypes. In planta expression analyses showed that ZtWor1 is up-regulated during the initiation of colonization and fructification, and regulates candidate effector genes, including one that was discovered after comparative proteome analysis of the Z. tritici wild-type strain and the ZtWor1 mutant, which was particularly expressed in planta. Cell fusion and anastomosis occur frequently in ZtWor1 mutants, reminiscent of mutants of MgGpb1, the β-subunit of the heterotrimeric G protein. Comparative expression of ZtWor1 in knock-out strains of MgGpb1 and MgTpk2, the catalytic subunit of protein kinase A, suggests that ZtWor1 is downstream of the cyclic adenosine monophosphate (cAMP) pathway that is crucial for pathogenesis in many fungal plant pathogens.

Bu çalışmada, oligofaj herbivor bir böcek olan Agelastica alni L. larvalarının azot kullanımı, beslendiği bazı bitkilerin yaprak kimyasal içeriği (su, azot, ham lif ve fenolik madde miktarı) bakımından araştırılmıştır. A. alni larvaları 52 gün süren beslenme deneyiyle incelenmiştir. 2006 yılının 18 Haziran- 9 Ağustos tarihleri arasında her gün toplanan bitki örneklerinin su, azot, ham lif ve fenolik madde miktarı yapılan ölçümlerle belirlenmiştir. Larvanın aktif beslenme deneyleri Haziran-Ağustos aylarında gerçekleştirilmiştir. Kimyasal analiz sonuçlaına göre bitki yapraklarının azot, su, ham lif, proantosiyanidin, gallotanen ve toplam fenolik miktarında önemli varyasyonlar olduğu gözlenmiştir. Toplam fenolik miktarının larvanın beslenmediği Mayıs ayında en yüksek değerde olduğu, yine aktif beslenmenin olmadığı Eylül ayında ise en düşük değerde olduğu tespit edilmiştir. Azot miktarının ise; beslenme döneminde ortalama %3.63 olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, larvaların azot kullanımının yaprak sekonder madde içeriğinden etkilenmediği ancak azot ve ham lif miktarından olumsuz, su miktarından ise olumlu etkilendiği tespit edilmiştir. In this study, the nitrogen utilization of Agelastica alni larvae, an oligophagous insect herbivore, was investigated in respect to the leaf chemical contents of the some food plants such as water, nitrogen, crude fiber, phenolic compounds. The feeding experiment was carried out with A. alni larvae in a 52- day experiment. The water, nitrogen crude fiber and total phenolics contents of the plant samples were collected daily between June 18th and August 9th in 2006 were measured accordingly. The larvae feeding experiments were carried out in June - August. Chemical analyses indicated that there were significant variations in the nitrogen, water, crude fiber, proanthocyanidin, gallotannin and total phenolic contents of the plant samples collected. The highest total phenolics contents were obtained in the plant samples contents collected in May; but the lowest contents were obtained in the samples collected in July. However, no feeding experiments were carried out in both months. The nitrogen contents of the plant samples were avaraged around 3.63 % during the larval feeding experiments. Consequently, it was found that N utilization of the larvae was negatively affected from nitrogen and crude fiber and positively affected from water, but not affected from secondary metabolites content of the leaves

Programlanmış hücre ölümü böcek hücrelerinin viral enfeksiyonlara karşı geliştirdiği başlıca savunma mekanizmalarından biridir. Virüslerin konak hücrede etkin bir enfeksiyon oluşturabilmesi, konak hücrelerin viral enfeksiyona karşı yanıt oluşturduğu apoptosis mekanizmasının baskılanabilmesiyle doğrudan ilişkilidir. Chilo iridescent virüs (CIV) genomunun analizi sonrasında üç ORF`nin baculovirus Cydia pomonella granülovirüs genomunda bulunan apoptosis inhibitör genlerine (iap) yüksek oranda homoloji gösterdiği belirlenmiştir. Bu ORF`ler 157L, 193R ve 332L sırasıyla 152, 208 ve 234 amino asitlik proteinleri kodlamaktadır. Bu proteinler Cydia pomonella granülovirüs IAP-3 proteiniyle homolojiye sahiptir. ORF 193R tarafından kodlanan proteinin amino ucunda baküloviral inhibitör motifi (BIR) ve karboksi ucunda da RING finger motifi belirlenmiştir. CIV genomu içerisinde belirlenen baküloviral inhibitör tekrar İridoviridae familyası içinde şu ana kadar tüm genom analizi tamamlanan 12 üye içerisinde ilk ve tek baküloviral inhibitör motifidir (BIR). RT-PCR analiziyle genin transkriptomik analizi, transkripsiyon başlama noktası ve 5`UTR bölgesi tespit edilmiştir. İnhibitörler varlığında gerçekleştirilen enfeksiyonlarla da genin transkripsiyon sınıfı belirlenmiştir. SPC-BM-36 ve Sf21 hücrelerinde baküloviral en erken promotor ie1 kontrolünde genin geçici ifadesi sağlanarak aktinomisin D ile teşvik edilen apoptosisin baskılanması üzerinde genin etkinliği belirlenmiştir. CIV`nin genetik viral 193R mutantı RNAi tekniği kullanılarak oluşturulduktan sonra gen aktivitesinin doğal enfeksiyondaki durumu tespit edilmiştir. Sonuç olarak, biyoinformatik analizler sonucunda apoptosis inhibitör geni olduğu düşünülen ORF 193R`nın ?en erken? gen grubunda ifade edildiği, transkripsiyonun enfeksiyon sonrası 0-36. saatler arasında gerçekleştiği, transkripsiyon başlangıç noktasının -18. pozisyonundaki adenin (A) bazı olduğu ve genin fonksiyonel bir apoptosis inhibitör proteini kodladığı belirlenmiştir. Programmed cell death or apoptosis is a major defense mechanism used by insects in response to viral infections. Viruses can only successfully infect the host if they inhibit this apoptosis. The genome of Chilo iridescent virus (CIV) has three ORFs with homology to baculovirus inhibitor of apoptosis (iap) genes. The proteins encoded by the 157L, 193R, and 332L genes contain 152, 208 and 234 amino acids, respectively, and shares homology to the IAP-3 protein of Cydia pomonella granulovirus. The protein encoded by ORF 193R contains a BIR motif (baculoviral iap repeat) in the amino-terminal segment and a carboxy-terminal RING finger motif. The presence of a BIR domain in a CIV open reading frame is a unique feature among Iridoviridae. Transcriptomic analysis of the gene by RT-PCR allowed us to determine the transcription start point and 5` UTR region of the gene. Transcription classes were determined in infection of Bombyx mori cells in the presence of inhibitors of DNA or protein synthesis and showed that CIV iap is an immediate-early gene. Transcription of the CIV iap gene initiated 18 nt upstream of the translational start site. When this putative CIV iap was transiently expressed in SPC-BM-36 and Sf21 cells under control of an early baculovirus promoter (ie1) it blocked apoptosis induced by actinomycin-D. RNA interference was used to knockdown the expression of 193R during CIV infection in SPC-BM-36 cells. The conclusion from these results is that CIV ORF 193R encodes a functional IAP protein. 89

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2003 Libra Kayıt No: 20958 Bu çalışmada Nikotinin ve bilinen en etkili antioksidant olan melatoninin , antioksidant enzimlerden süperoksit dismutaz ve katalaz üzerine etkileri zamana bağlı olarak karaciğerde incelenmiştir.Bu amaçla 24 saat aç bırakılan Swiss albino tipi laboratuvar farelerine (Mus musculus) Nikotin ve Melatonin intraperitonal yolla enjekte edildikten sonra, fareler 2. , 4. , 8. , 12. ve 24. saatlerde servikal dislokasyonla öldürülerek karaciğerleri izole edilmiştir. Karaciğerlere sırasıyla homojenizasyon, sonikasyon ve santrifugasyon işlemleri uygulanarak enzim fraksiyonu elde edilmiştir.Enzim fraksiyonlarında protein miktarı belirlendikten sonra süperoksit dismutaz ve katalaz aktiviteleri ölçülmüştür. Çalışmamızın sonucunda SOD enzimi aktivitesinin deney grupları arasında istatistiksel olarak önemli bir farklılık gösterdiği (p[0,01), fakat enjeksiyon sonrası saatler arasında istatistiksel olarak önemli bir farklılık olmadığı belirlenmiştir. Melatonin süperoksit radikallerini uzaklaştırmada beklenen etkiyi göstermemiştir.Katalaz enzim aktivitesi için yapılan çalışma sonucunda deney grupları ve enjeksiyon sonrası geçen süreler arasında istatistiksel olarak önemli (p[0,01) farklılıklar gözlenmiştir. Katalaz aktivitesinde gözlenen maksimum inhibisyon 8. saatte gözlenmiştir. Bu inhibisyonun nedeninin melatoninin antioksidant etkisi sonucunda gözlendiği düşünülmektedir. Deney gruplarında 8. saatten sonra melatoninin antioksidant etkisini yitirmiştir.

NİKOTİN VE MELATONININ SWISS ALBINO TIPI LABORATUVAR FARELERİNDE KARACİĞER ANTİOKSİDANT ENZİM AKTİVİTELERİ ÜZERİNE ETKİLERİ ÖZET Bu çalışmada Nikotinin ve bilinen en etkili antioksidant olan melatoninin, antioksidant enzimlerden süperoksit dismutaz ve katalaz üzerine etkileri zamana bağlı olarak karaciğerde incelenmiştir. Bu amaçla 24 saat aç bırakılan Swiss albino tipi laboratuvar farelerine (Mus musculus) Nikotin ve Melatonin intraperitonal yolla enjekte edildikten sonra, fareler 2., 4., 8., 12. ve 24. saatlerde servikal dislokasyonla öldürülerek karaciğerleri izole edilmiştir. Karaciğerlere sırasıyla homojenizasyon, sonikasyon ve santrifugasyon işlemleri uygulanarak enzim fraksiyonu elde edilmiştir.Enzim fraksiyonlarında protein miktarı belirlendikten sonra süperoksit dismutaz ve katalaz aktiviteleri ölçülmüştür. Çalışmamızın sonucunda SOD enzimi aktivitesinin deney grupları arasında istatistiksel olarak önemli bir farklılık gösterdiği (p

Programlanmış hücre ölümü (apoptoz), virus enfeksiyonuna karşı hücrelerin savunma mekanizmasıdır. Invertebrate Iridescent Virus 6 (IIV-6), Iridoviridae familyasının bir üyesi olan Iridovirüs cinsinin türüdür ve virionları tek bir lineer dsDNA molekülü içerir. Chitnis ve arkdaşları tarafından 2011 yılında serin-treonin protein kinaz geni olan 389L'yi kodlayan proteinin böcek hücrelerinde apoptozu indüklediği rapor edilmiştir. Fakat 389L geninin apoptotik rolü genomik seviyede belirlenmemiştir. Bu tez çalışmasında 389L geninin apoptotik etkileşiminin genomik düzeyde değişimini belirlemek üzere iki tip rekombinant IIV-6 geliştirilmistir. Çalışmamızda 389L (iridoptin) ORF'si hem genomdan silindi ve hem de güçlü bir IIV-6 promotörü (IIV- 6'in major kapsid protein gen promotörü) kullanarak 389L genini aşırı ifade eden IIV- 6, homolog rekombinasyon yöntemi ile üretildi. İnfeksiyoz ünitenin belirlenmesi ile Zeiss AX10 mikroskobu (Carl Zeiss, ABD) altında eGFP sinyalleri gözlemlenerek rekombinant virus, yabani tip (w/t) virüsten saflaştırıldı. Yedi plak testi saflaştırma deneyinden sonra, PZR yöntemi ile doğrulanan iki tip saf rekombinant virüs üretildi. Ayrıca, virüs büyüme eğrisinin oluşturulma çalışması, 389L nakavt IIV-6, yabani tip IIV6 ile karşılaştırıldığında, IIV6'i aşırı ifade eden ORF 389L'nin 48 saat sonra açıkça daha yüksek viral titreye sahip olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, bir model dsDNA (çift zincirli) virusü ile çalışmak, büyük DNA çiçek virusü gibi ciddi virusler için anti- viral bir ilaç olarak kullanılabilecek bu temel mekanizmaların anlaşılması için çok önemlidir. Programmed cell death (apoptosis) is a key host response to virus infection. Invertebrate Iridescent Virus 6 (IIV-6) is the type species of the genus Iridovirus, a member of the Iridoviridae family, and the virions contain a single linear dsDNA molecule. It was previously reported that IIV-6 gene ORF 389L encoding protein, which is serine-threonine protein kinase, can induce apoptosis in insect cells. They showed that protein of 389L gene induced apoptosis in the different insect cell line. However, the apoptotic role of 389L gene was not assigned in the genomic level. We have generated two types of recombinant IIV-6 to evaluate whether the apoptotic interaction of 389L gene has changed at the genomic level. In our study, ORF 389L (iridoptin) knocked-out and ORF 389L over-expressing IIV-6 using a strong IIV-6 promotor (major capsid protein gene promotor of IIV-6) were generated via the homologous recombination method. The plaque assay method was used to purify the recombinant virus from the wild-type (w/t) virus via visualizing eGFP signal under a Zeiss AX10 microscope (Carl Zeiss, USA). After the seven plaque assay purification experiments, two types of recombinant viruses were generated, which was confirmed through the PCR method with observing recombinant DNA regions with suitable primers. Furthermore, one-growth assay studies showed that, in comparison to ORF 389L knocked-out and wild type IIV-6, ORF 389L over-expressed IIV-6, has a noticeably higher viral titer after 48 hours. Therefore, it can be suggested that 389L gene both affects the replication of IIV-6 as well as triggers the release of higher viral progeny cell to cell. Consequently, working with a model dsDNA virus is crucial to the understanding of these fundamental mechanisms which can be used as an anti-viral drug for serious viruses such as the large DNA smallpox virus 68

DNA-çift sarmal kırıklarının (DSB) indüksiyonu, radyasyona bağlı sitotoksisitenin bir işaretidir. DSB'lerin indüklenmesi üzerine, hücresel DNA onarım mekanizması bu lezyonları tespit eder ve DSB'lerin onarımını indükleyen sinyal kaskadlarını aktive eder. DNA tamir mekanizmasında kilit rol oynayan histon proteini, H2AX, DNA çift sarmal kırık bölgelerinde karboksil terminalinden serin dört kalıntısı üzerine fosforile olarak γ-H2AX'e dönüşür. Hücrelerin iyonlaştırıcı radyasyona (IR) veya ağır iyon partiküllerine maruz bırakılmasından sonra, çok sayıda γH2AX molekülü radyasyona bağlı odakları (RIF) oluştur. Buna bağlı olarak DNA tamir proteinlerinin birikir ve DNA onarım mekanizması başlatılır. Bu nedenle immünohistokimya yöntemi kullanılarak RIF'in mikroskobik görüntülenmesi, radyasyon tedavisinin radyo biyolojik etkilerini (RBE) ölçmek için bir araç olarak düşünülmektedir. Mikroskobik görüntülemenin yanısıra, hücrelerin IR'ye maruz bırakılmasından sonra DNA hasarı ile orantılı olan sıralı RIF ölçümü, DNA onarım kinetiğini belirlemek için kullanılır. Foton, proton ve karbon ışınları arasındaki IR kaynaklı DSB'nin indüksiyonunu ölçmek ve karşılaştırmak için sıcaklığa duyarlı p53 B-hücreli lenfoma insan ve fare hücre modeli kullanıldı. Bu yaklaşımın özgünlüğü, p53 mutantın (p53-Val135) ve p53 yabani tipinin, myc kaynaklı lenfomalar üzerindeki etkilerinin eş genetik arka plan kullanılarak ölçülebilmesine dayandırılmaktadır. Bu tez çalışmasında kullanılan, hücrelere parçacık radyasyonun uygulanması Heidelberg-iyon ışını terapi merkezinde (HIT) gerçekleştirilmiştir. HIT, foton, proton ve özellikle karbon ışınlarının radyobiyolojik etkilerinin aynı anda ölçülebildiği, dünyada bulunan az sayıdaki bölgeden biridir. Özet olarak, RIF ölçümü, DNA onarım kinetiğinin bir fonksiyonu olarak foton, proton ve karbon ışınlarının RBE'lerini ölçmek için moleküler aracı olarak kullanılmıştır. Ek olarak, B-hücreli lenfomalar için radyoterapi ve partikül terapisi p53'ün işlevselliğini ölçmek için kullanılmıştır. Son olarak, bu çalışma p53'ün ve radyasyonun B-hücreli lenfoma üzerindeki etkisini göstererek, gelecekte lenfoma hastaları için yeni bir tedavi yöntemi geliştirilebilmesini amaçlamıştır. The induction of DNA-double-strand-breaks (DSB) is a hallmark of radiation-induced cytotoxicity. Upon induction of DSBs, the cellular DNA repair machinery detects these lesions and activates signaling cascades which induce the repair of DSBs. A key component in DNA repair is the histone protein H2AX, which is rapidly phosphorylated on a serine four residue from the carboxyl terminus, forming γH2AX at nascent DSB sites. After cells are exposed to ionizing radiation (IR) or heavy ion particles, a large number of γH2AX molecules form so called radiation-induced foci (RIF), where DNA repair proteins accumulate to promote the repair of DSBs. The microscopic visualization of RIF using immunohistochemistry is therefore considered a surrogate for measuring the radiobiological effects (RBE) of radiation therapy. Sequential quantification of RIFs after exposure to IR can also serve as a surrogate for measuring DNA repair kinetics, as it is proportional to the complexity of DNA damage, and the intrinsic ability of the cell to efficiently repair RIF. hIn this study, Human and mouse temperature-sensitive p53 B-cell lymphoma cell models were used to measure and compare the presence of DSBs after IR with photon, proton and carbon beams. The uniqueness of this approach relies on the fact that the effects of p53 mutant (p53-Val135) and p53 wild type in myc-driven lymphomas can be measured in parallel and with the same genetic background. The application of particle radiation to the cells used in this thesis was carried out at the Heidelberg-ion beam therapy center (HIT). HIT is one of the few locations in the world where the radiobiological effects of photons, protons and especially carbon beams can be measured simultaneously.In summary, the quantification of RIF has been used as a molecular surrogate to measure the RBEs of photon, proton and carbon beams as a function of DNA repair kinetics and functionality of p53, providing molecular and radiobiological insights into radio- and particle-therapy for B-cell lymphomas. Finally, this study aims to show the role of p53 and the effect of radiation on B-cell lymphoma, which in the future could provide a new treatment method for patients with lymphoma. 105