1. Transcriptomes de novo transcriptomes de 14 gammaridae pour analyse proteogenomique de 7 groupes taxonomiques
- Author
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Adeline François, Jean Armengaud, Christine Almunia, Alex T. Ford, Camille Eché, Olivier Pible, Olivier Bouchez, Arnaud Chaumot, Davide Degli-Esposti, Duarte Gouveia, Olivier Geffard, Yannick Cogne, Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Milieux aquatiques, écologie et pollutions (UR MALY), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Portsmouth, Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (France) Commissariat a l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (France), ANR-14-CE21-0006,ProteoGam,Protéomique pour de nouveaux biomarqueurs en écotoxicologie chez les gammares: challenge de la biodiversité et immunoanalyse multiplexée comme outil de diagnostic(2014), LABORATOIRE INNOVATIONS TECHNOLOGIQUES POUR LA DETECTION ET LE DIAGNOSTIC CEA INRA BAGNOLS SUR CEZE FRA, IRSTEA LYON UR RIVERLY FRA, GET PLAGE GENOTOUL INRA AUZEVILLE CASTANET TOLOSAN FRA, SCHOOL OF BIOLOGICAL SCIENCES INSTITUTE OF MARINE SCIENCES LABORATORIES PORTSMOUTH GBR, RiverLy (UR Riverly), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
- Subjects
Male ,Data Descriptor ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,DIVERSITY ,GAMMARUS ,Fresh Water ,010501 environmental sciences ,01 natural sciences ,Gammarus ,TOOL ,RNA-Seq ,Taxonomic rank ,Databases, Protein ,lcsh:Science ,Proteogenomics ,0303 health sciences ,[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,CAGED GAMMARUS ,Computer Science Applications ,data ,[SDE]Environmental Sciences ,PROTEOMICS ,Female ,France ,Molecular ecology ,Statistics, Probability and Uncertainty ,Information Systems ,Statistics and Probability ,Sentinel species ,BIOMARKERS ,Zoology ,Library and Information Sciences ,Biology ,Education ,FOSSARUM CRUSTACEA ,03 medical and health sciences ,[SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] ,Animals ,Ecotoxicology ,QUALITY ,[SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology ,14. Life underwater ,Transcriptomics ,pure lines ,030304 developmental biology ,0105 earth and related environmental sciences ,PULEX CRUSTACEA ,DONNEE ,GENETIQUE ,biology.organism_classification ,Gammarus pulex ,Taxon ,lcsh:Q ,Arthropod ,Transcriptome ,AMPHIPODA ,RESPONSES - Abstract
Gammarids are amphipods found worldwide distributed in fresh and marine waters. They play an important role in aquatic ecosystems and are well established sentinel species in ecotoxicology. In this study, we sequenced the transcriptomes of a male individual and a female individual for seven different taxonomic groups belonging to the two genera Gammarus and Echinogammarus: Gammarus fossarum A, G. fossarum B, G. fossarum C, Gammarus wautieri, Gammarus pulex, Echinogammarus berilloni, and Echinogammarus marinus. These taxa were chosen to explore the molecular diversity of transcribed genes of genotyped individuals from these groups. Transcriptomes were de novo assembled and annotated. High-quality assembly was confirmed by BUSCO comparison against the Arthropod dataset. The 14 RNA-Seq-derived protein sequence databases proposed here will be a significant resource for proteogenomics studies of these ecotoxicologically relevant non-model organisms. These transcriptomes represent reliable reference sequences for whole-transcriptome and proteome studies on other gammarids, for primer design to clone specific genes or monitor their specific expression, and for analyses of molecular differences between gammarid species., Measurement(s)transcription profiling assayTechnology Type(s)RNA sequencingFactor Type(s)sex • speciesSample Characteristic - OrganismGammarus • EchinogammarusSample Characteristic - Environmenthabitat Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.9777905
- Published
- 2019