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15 results on '"Helies, Virginie"'

3. Multigenerational Effects of a Complex Human-Relevant Exposure during Folliculogenesis and Preimplantation Embryo Development: The FEDEXPO Study

Author

El Fouikar, Sara, primary, Duranthon, Véronique, additional, Helies, Virginie, additional, Jammes, Hélène, additional, Couturier-Tarrade, Anne, additional, Gayrard, Véronique, additional, Van Acker, Nathalie, additional, Frenois, François-Xavier, additional, Archilla, Catherine, additional, Rousseau-Ralliard, Delphine, additional, Gatimel, Nicolas, additional, and Léandri, Roger, additional

Published
2023
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4. Breeding for general disease resistance: a selection experiment in rabbits

Author

Gunia, Mélanie, Ruesche, Julien, Aymard, Patrick, Gillet, Emilie, Herbert, Caroline, Helies, Virginie, Savietto, Davi, Robert, Raphaël, Warin, Laura, Gilbert, Hélène, Garreau, Hervé, and Gunia, Mélanie

Subjects
Heritability, Disease resistance, Genetics, Rabbit, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Selection
Abstract

We performed a selection experiment to investigate the possibility to improve resistance to non-specific diseases in rabbits. The selection criterion was a binary trait (healthy versus sick or dead) obtained from clinical signs of diseases occurring naturally on farm. A herd of 116 to 132 does and 30 bucks was bred based on this selection criterion. The heritability of the trait was 0.035 ± 0.009. After four generations of selection, the genetic progress was 1.5 genetic standard deviation, indicating that breeding for general disease resistance is feasible.

Published
2022

5. Pasteurella multocida experimental infection 1): resistance and hematological response

Author

Gunia, Mélanie, Lantier, Frédéric, Bed’Hom, Bertrand, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Herbert, Caroline, Maupin, Mickaël, Riou, Mickaël, Robert, Raphaël, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hycole Sarl, Hypharm, and Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
resistance, blood cell counts, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, hematology, rabbit, Pasteurellosis
Abstract

International audience; Pasteurellosis is the first cause of female mortality in rabbit farms. During the RELAPA project (Genomics for the Genetic Resistance of Rabbits to Pasteurellosis), 953 rabbits were inoculated at 6 weeks of age with a pyogenic strain of Pasteurella multocida (Pm) and were monitored during 14 days. Disease response was very variable among animals, with 7% of resistant animals and 11% of highly susceptible rabbits. Blood cell counts were performed at day 14 after inoculation on 574 inoculated and 28 control rabbits. Significant differences in white blood cell, red blood cell, and platelet counts were observed according to the disease resistance score. Susceptible rabbits have a lower red blood cell count, probably due to the hemolytic and hemorrhagic activity of Pm. They also have a higher percentage of monocytes, neutrophils and eosinophils (mainly involved in the innate immune system and inflammatory responses) and, conversely, a lower percentage of lymphocytes (mainly involved in the adaptive immune response) compared to highly resistant and control rabbits. They do not seem able to mount an effective immune response to control the infection.

Published
2021

6. MACHINE LEARNING ALGORITHMS FOR THE PREDICTION OF FEED EFFICIENCY BASED ON CAECAL MICROBIOTA

Author

Piles, Miriam, Tusell, Llibertat, Velasco-Galilea, Maria, Helies, Virginie, Drouilhet, Laurence, Zemb, Olivier, Sánchez Juan, Pablo, Garreau, Hervé, Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology (IRTA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), World Rabbit Science Association, and European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015)

Subjects
feed efficiency machine learning caecal microbiota prediction selection, machine learning, [SDV]Life Sciences [q-bio], feed efficiency, selection, prediction, caecal microbiota
Abstract

International audience; This study aimed at predicting feed conversion ratio (FCR) of young rabbits from abundances of amplicon sequence variants (ASVs) to improve this trait by selecting animals with the most favorable microbiota and identifying the most relevant microorganisms involved in feed efficiency. Data come from two rabbit populations coming from paternal INRA 1001 line (the G10, selected for 10 generations for decreased residual feed intake and the G0 control produced from frozen embryos of the common ancestor line). There were 296 and 292 FCR data from G10 and G0 individuals, respectively. Phenotypic data were pre-corrected for the systematic effects of group, batch, litter size and sex and the random litter effect. Sequence quality control and chimera removal were performed with the DADA2 pipeline. Samples with less than 5,000 final sequence counts and doubleton ASV were removed. The ASV counts of the final table (including 918 ASVs) were centered log-ratio transformed and corrected for batch effects with a surrogate variable analysis. Nested resampling for hyper-parameter tuning and prediction validation was implemented leading to 25 pairs of training/test sets. Bayesian regression models (Bayesian Lasso, Bayesian Ridge Regression and Reproducing Kernel Hilbert Spaces) and machine learning algorithms (Support vector machine and Elastic net) were fitted to all ASVs leading to an almost null prediction accuracy in all cases. Then, ASVs were ranked for their prediction importance using the permutation accuracy importance score in a Random Forest algorithm based on conditional inference and, different subsets of increasing size (50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, All) of the most important ASVs and surrogate variables were used as predictors in the machine learning algorithms. The best performance and the most stable results were obtained with machine learning using the 100 most important ASVs being most of them assigned to order Clostridiales. The medians of the Spearman correlation (interquartile range) were 0.33 (0.09) and 0.32 (0.06) for SVM and ENET, respectively.

Published
2021

7. Pasteurella multocida experimental infection (2): genetic parameters

Author

Gunia, Mélanie, Lantier, Frédéric, Bed’Hom, Bertrand, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Herbert, Caroline, Maupin, Mickaël, Riou, Mickaël, Robert, Raphaël, Shrestha, Merina, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hycole Sarl, Hypharm, and Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
resistance, blood cell counts, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, hematology, rabbit, Pasteurellosis
Abstract

International audience; In this study, we experimentally infected 953 crossbred rabbits from 6 sire lines with Pasteurella multocida, and diagnosed their response to Pasteurellosis. We recorded abscess and bacterial dissemination, growth before and after inoculation, and performed blood cell counts 14 days post inoculation. The heritabilities were low to moderate for all traits, except for the eosinophils percentage, which does not seem to be heritable. There were positive genetic correlations between the Resistance score and the red blood cell count, the hematocrit, hemoglobin and lymphocyte percentages. On the opposite, there were negative genetic correlations between the Resistance score and the platelets, the white blood cells, the neutrophil and monocytes percentages. Among the hematological traits, lymphocyte percentage could be a potential selection criterion to breed for Pasteurellosis resistance. Its heritability was relatively high (0.24 ± 0.09) compared to the other traits and its correlation with the Resistance score was also high (0.83). This is the first analyses of the genetic parameters of hematological traits in experimentally infected rabbits.

Published
2021

9. Reconstitution of intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium differentially regulates epithelial proliferation, differentiation and barrier function in rabbit caecum organoids

Author

Mussard, Eloïse, primary, Pouzet, Cécile, additional, Helies, Virginie, additional, Pascal, Géraldine, additional, Fourre, Sandra, additional, Cherbuy, Claire, additional, Rubio, Aude, additional, Vergnolle, Nathalie, additional, Combes, Sylvie, additional, and Beaumont, Martin, additional

Published
2020
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10. Génétique de la résistance à la pasteurellose chez le lapin

Author

Gunia, Mélanie, Shrestha, Merina, Bed'Hom, Bertrand, David, Ingrid, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Hervet, Caroline, Maupin, Mickaël, Lantier, Frédéric, Garreau, Hervé, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hycole Sarl, Hypharm, Institut Carnot, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
résistance aux maladies, pasteurellose, paramètres génétiques, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, lapin, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, génétique
Abstract

International audience

Published
2019

12. Relations entre la résistance à la pasteurellose après infection expérimentale et les caractères de croissance et de reproduction mesurés en élevage commercial

Author

Lantier, Frédéric, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Le Cren, Dominique, Lenoir, Guillaume, Maupin, Mickaël, Robert, Raphaël, Gunia, Mélanie, Garreau, Herve, and Gunia, Mélanie

Subjects
Animal biology, pasteurella multocida, variabilité génétique, cuniculture, élevage, croissance, reproduction, pasteurellose, Médecine vétérinaire et santé animal, caractère zootechnique, résistance, lapin, Biologie animale, Veterinary medicine and animal Health, performance zootechnique
Abstract

La pasteurellose une maladie bactérienne parmi les plus répandues en élevage cunicole. Le projet RELAPA a pour objectif d’étudier le déterminisme de la résistance à la pasteurellose. Un total de 955 lapins de 6 semaines, issus de 28 mâles appartenant à 6 lignées commerciales, ont été inoculés avec une pasteurelle pyogène et 2 semaines plus tard une note de résistance de 0 à 4 leur a été attribuée après sacrifice. Ces notes ont servi à classer les 28 mâles en 2 groupes,14 résistants et 14 sensibles, d'après la note moyenne de résistance de leur descendance. Par ailleurs ces 28 mâles, dans des élevages commerciaux, ont engendré 5164 lapereaux contrôlés pour leur croissance et 884 femelles reproductrices qui ont elles-mêmes fourni 3568 portées contrôlées. Le seul caractère qui présentait une différence significative entre les descendants de 14 mâles résistants et de14 mâles sensibles était la fertilité, avec une différence de 7 points en faveur du groupe des mâles résistants. Les corrélations résiduelles entre la note de résistance et les caractères de production étaient toutes faibles et non significativement différentes de zéro. Les corrélations génétiques entre la résistance et les caractères pondéraux étaient positives mais non significativement différentes de zéro (0,32 ± 0,51 pour le poids au sevrage et 0,27 ±0,49 pour le poids final). Les corrélations génétiques entre la note de résistance moyenne et les caractères de reproduction étaient défavorables mais non significativement différentes de zéro (-0,43 ± 0,45, -0,68 ± 0,40, 0,70 ± 0,65 respectivement pour le nombre de nés totaux par portée, le nombre de nés vivants par portée et la mortinatalité). Ces valeurs de corrélations génétiques sont données pour information mais elles doivent être interprétées avec beaucoup de prudence car leur précision est très faible.

Published
2019

13. Premiers résultats du projet RELAPA : génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose

Author

Lantier, Frédéric, Babilliot, Jean-Marc, Balmisse, Elodie, Bed'Hom, Bertrand, Belmonte, Elodie, Bertagnoli, Stéphane, Boucher, Samuel, Breton, Sylvain, Chambellon, Emilie, Chaumeil, Thierry, Coisne, Fabien, Delaunay, Rémi, Fadeau, Alain, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Hurtaud, Jacques, Jardet, Deborah, Kempf, Florent, Lantier, Isabelle, Lavillatte, Sébastien, Le Cren, Dominique, Lenoir, Guillaume, Le Normand, Bernadette, Marais, Coralie, Maupin, Mickaël, Morin, Hervé, Poncet, Charles, Pujol, Sébastien, Robert, Raphaël, Rossignol, Christelle, Ruesche, Julien, Sarce, Fanny, Thiebot, Colomba, Helloin, Emmanuelle, Garreau, Herve, and Gunia, Mélanie

Subjects
pasteurella multocida, lapin, résistance, pasteurellose, génétique, génomique, variabilité génétique, lapin, résistance génétique
Abstract

La pasteurellose est la première cause de mortalité des femelles en élevage cunicole. Le projet RELAPA (Génomique pour la REsistance génétique des LApins à la PAsteurellose) a pour objectif de mettre en évidence des régions du génome associées à la réponse à la pasteurellose. Pour ce faire, 955 lapins ont été inoculés à 6 semaines d’âge avec une souche de Pasteurella multocida pyogène et suivis pendant 14 jours. La réponse des animaux était très variable, avec 7% de lapins résistants (sans aucun symptôme de pasteurellose et sans Pasteurella multocida détectée dans les organes) et 11% d’animaux très sensibles (morts ou euthanasiés pendant l’essai avec des Pasteurella multocida détectées). L’effet du père sur les caractères mesurés est très significatif, ce qui laisse présager l’existence d’une variabilité génétique importante dans la résistance à la pasteurellose.

Published
2017

14. Divergent selection for longevity in breeding does: indirect response for energy balance and fat stores

Author

Garreau, Herve, Ducrocq, Vincent, Ruesche, Julien, Tudela, Francois, Saleil, Georges, Juin, Herve, Debrusse, Anne-Marie, Lamothe, Eddie, Helies, Virginie, Duzert, Roger, Lamothe, Laurence, Larzul, Catherine, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, UE 1322 UE PEA Cunicole Toulousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-UE PEA Cunicole Toulousain (PECTOUL), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), Tissus animaux, nutrition, digestion, écosystème et métabolisme (TANDEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-INP. Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]

Subjects
SELECTION, ComputingMilieux_THECOMPUTINGPROFESSION, MORTALITY, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputerSystemsOrganization_COMPUTER-COMMUNICATIONNETWORKS, GENETIC, IMMUNITY DEFENSE, InformationSystems_MODELSANDPRINCIPLES, RABBIT, LONGEVITY, FERTILITY, NUTRITION, ComputerSystemsOrganization_SPECIAL-PURPOSEANDAPPLICATION-BASEDSYSTEMS, InformationSystems_MISCELLANEOUS
Abstract

ID 446; absent

Published
2010

15. Sélection divergente pour la longétivité de la lapine en reproduction. Réponse indirecte sur le bilan énergétique et les réserves adipeuses

Author

Garreau, Herve, Ducrocq, Vincent, Lamothe, Laurence, Ruesche, Julien, Tudela, Francois, Saleil, Georges, Juin, Herve, Debrusse, Anne-Marie, Lamothe, Eddie, Helies, Virginie, Duzert, Roger, Larzul, Catherine, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Tissus animaux, nutrition, digestion, écosystème et métabolisme (TANDEM), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], 1322 UE PEA Cunicole Toulousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-UE PEA Cunicole Toulousain (PECTOUL), Elevage Alternatif et Santé des Monogastriques (UE EASM), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-INP. Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], GENETIQUE
Abstract

Le bilan énergétique et l'évolution des réserves adipeuses ont été analysés pour les 2 premiers cycles de reproduction de lapines issues d'une sélection divergente sur la longévité. Le bilan énergétique du 11ème au 21ème jour de lactation est calculé par la différence entre les apports énergétiques d'origine alimentaire et les besoins énergétiques de lactation et d'entretien évalués à partir de d'équations de prédiction. Pour étudier l'évolution des réserves adipeuses, une mesure de conductivité corporelle (TOBEC), permettant de déduire une teneur en énergie totale de l'animal, a été réalisée au moment des mises bas (1ère, 2ème et 3ème) des inséminations (2ème et 3ème) et du sevrage (1er et 2ème). Une teneur en énergie corporelle plus élevée chez les femelles à forte longévité au début de la carrière de reproduction semblait indiquer une meilleure aptitude à constituer des réserves corporelles. Toutefois, un bilan énergétique plus favorable n'a été montré que pour le premier cycle de reproduction de ces femelles et dans un seul des deux sites expérimentaux utilisés.

Published
2009

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