Studies accounting the ichthyofauna composition of the Santos-São Vincente estuary-bay and Bertioga channel complex (SSEBBC) are scarce, even with its high ecological and economical importance. In this sense, the present study performed a checklist of the ichthyofauna from the SSEBBC aiming to report the distribution, diet, habitat, economic importance, and conservation status of the collected fish species. Twenty-four (24) monthly collecting campaigns were conducted between March 2013 and February 2015. In each survey, four locations around Bagres Island were sampled with the aid of gill nets with standardized effort. Dead fish specimens were also collected during the accidental fire that occurs on the Terminal Químico de Aratú S.A. (TEQUIMAR) between April 2nd and 10th of 2015. A total of 172 fish specimens were collected, where 50.6% were carnivorous; 35.5% were marine-estuarine; 44.2% with high occidental Atlantic Ocean distribution; 44.8% were a high important food resource. Regarding the conservation status, these fish species were classified as “low-worries” in 76.2% for the global evaluation; 95.3% in national evaluation; and 55.2% in São Paulo State evaluation. Moreover, 53 new fish species were catalogued for the Santos-São Vincente estuary-bay, where 12 were collected during the field monitoring and 41 during the fire monitoring. Fifty-eight (58) fish species collected during the field campaigns were categorized like “insufficient data”; 3 as alien species (Oreochromis niloticus, Opsanus beta e Butis koilomatodon); and there was a rare record of Megalops atlanticus in São Paulo State. Besides of the high anthropization, the studied area presented high fish species richness and should be monitored to ensure the fish species conservation status. A pesar de la importancia ecológica y económica del complejo bahía-estuario Santos-São Vicente y del canal Bertioga, los estudios sobre la composición de la ictiofauna en la región alta del complejo son aún incipientes. Así, el presente estudio tuvo como objetivo enumerar las especies de peces en la región del estuario alto de Santos-São Vicente, informando la distribución, dieta, tipos de hábitats, importancia económica y estado de conservación. Para lograr este objetivo, se realizaron 24 campañas mensuales entre marzo de 2013 y febrero de 2015, en cuatro puntos diferentes, utilizando una red de espera con un esfuerzo de captura estandarizado. También se recolectaron peces muertos durante el incendio que afectó al Terminal Químico de Aratú S.A. (TEQUIMAR) entre el 2 y el 10 de abril de 2015. En total se registraron 172 especies, predominantemente carnívoras (50,6%), marino-estuarinas (35, 5%), con amplia distribución en el Atlántico Occidental (44,2%), con importancia económica para la alimentación (44,8%) y categorizada como “poca preocupación” en el global (76,2%), nacional (95,3%) y estatal (55,2%). El presente estudio registró 53 especies aún no catalogadas para el estuario alto de Santos-São Vicente, 12 por monitoreo y 41 por incendio. También se observaron 58 especies categorizadas como "datos deficientes" y tres especies exóticas (Oreochromis niloticus, Opsanus beta y Butis koilomatodon), además de un registro raro de Megalops atlanticus en el estado de São Paulo. A pesar de la alta antropización, el área de estudio tiene una gran riqueza de peces y debe ser monitoreada adecuadamente para asegurar la conservación de las especies. Apesar da importância ecológica e econômica do complexo baía-estuário de Santos-São Vicente e canal de Bertioga, ainda são incipientes os estudos sobre a composição da ictiofauna na região alta do complexo. Assim, o presente estudo teve como objetivo listar as espécies de peixes da região do alto estuário de Santos-São Vicente, relatando a distribuição, dieta, tipos de habitats, importância econômica e status de conservação. Para cumprir este objetivo foram realizadas 24 campanhas mensais entre março de 2013 e fevereiro de 2015, em quatro pontos distintos, utilizando rede de espera com esforço de captura padronizado. Também foram recolhidos peixes mortos durante o incêndio que acometeu o Terminal Químico de Aratú S.A. (TEQUIMAR) entre 2 e 10 de abril de 2015. No total, foram registradas 172 espécies, predominantemente carnívoras (50,6%), marinha-estuarinas (35,5%), com ampla distribuição no Oceano Atlântico Ocidental (44,2%), com importância econômica para alimentação (44,8%) e categorizadas como “pouco preocupante” na avaliação global (76,2%), nacional (95,3%) e estadual (55,2%). O presente estudo registrou 53 espécies ainda não catalogadas para o alto estuário de Santos-São Vicente, sendo 12 através do monitoramento e 41 do incêndio. Também foram observadas 58 espécies categorizadas como “dados deficientes” e três espécies exóticas (Oreochromis niloticus, Opsanus beta e Butis koilomatodon), além de um raro registro de Megalops atlanticus no estado de São Paulo. Apesar da elevada antropização, a área de estudo apresenta uma grande riqueza de peixes e deve ser monitorada adequadamente para garantir a conservação das espécies.