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Disease emergence is accelerating in response to human activity-induced global changes. Understanding the mechanisms by which host populations can rapidly adapt to this threat will be crucial for developing future management practices. Pacific Oyster Mortality Syndrome (POMS) imposes a substantial and recurrent selective pressure on oyster populations (Crassostrea gigas). Rapid adaptation to this disease may arise through both genetic and epigenetic mechanisms. In this study, we used a combination of whole exome capture of bisulfite-converted DNA, next-generation sequencing, and (epi)genome-wide association mapping, to show that natural oyster populations differentially exposed to POMS displayed signatures of selection both in their genome (single nucleotide polymorphisms) and epigenome (CG-context DNA methylation). Consistent with higher resistance to POMS, the genes targeted by genetic and epigenetic variations were mainly related to host immunity. By combining correlation analyses, DNA methylation quantitative trait loci, and variance partitioning, we revealed that a third of the observed phenotypic variation was explained by interactions between the genetic sequence and epigenetic information, ∼14% by the genetic sequence, and up to 25% by the epigenome alone. Thus, as well as genetic adaptation, epigenetic mechanisms governing immune responses contribute significantly to the rapid adaptation of hosts to emerging infectious diseases.

Polymicrobial diseases significantly impact the health of humans and animals but remain understudied in natural systems. We recently described the Pacific Oyster Mortality Syndrome (POMS), a polymicrobial disease that impacts oyster production and is prevalent worldwide. Analysis of POMS-infected oysters on the French North Atlantic coast revealed that the disease involves co-infection with the endemic ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) and virulent bacterial species such asVibrio crassostreae. However, it is unknown whether consistentVibriopopulations are associated with POMS in different regions, howVibriocontribute to POMS, and how they interact with the OsHV-1 virus during pathogenesis. We resolved theVibriopopulation structure in oysters from a Mediterranean ecosystem and investigated their functions in POMS development. We find thatVibrio harveyiandVibrio rotiferianusare the predominant species found in OsHV-1-diseased oysters and show that OsHV-1 is necessary to reproduce the partition of theVibriocommunity observed in the field. By characterizing the interspecific interactions between OsHV-1,V. harveyiandV. rotiferianus, we find that onlyV. harveyisynergizes with OsHV-1. When co-infected, OsHV-1 andV. harveyibehave cooperatively by promoting mutual growth and accelerating oyster death.V. harveyishowed high virulence potential in oysters and dampened host cellular defenses, making oysters a more favorable niche for microbe colonization. We next investigated the interactions underlying the co-occurrence of diverseVibriospecies in diseased oysters. We found thatV. harveyiharbors genes responsible for the biosynthesis and uptake of a key siderophore called vibrioferrin. This important resource promotes the growth ofV. rotiferianus, a cheater that efficiently colonizes oysters during POMS without costly investment in host manipulation nor metabolite sharing. By connecting field-based approaches, laboratory infection assays and functional genomics, we have uncovered a

Disease emergence is accelerating with global changes. Understanding by which mechanisms host populations can rapidly adapt will be crucial for management practices. Pacific oyster mortality syndrome (POMS) imposes a substantial and recurrent selective pressure on oyster populations, and rapid adaptation may arise through genetics and epigenetics. In this study, we used (epi)genome-wide association mapping to show that oysters differentially exposed to POMS displayed genetic and epigenetic signatures of selection. Consistent with higher resistance to POMS, the genes targeted included many genes in several pathways related to immunity. By combining correlation, DNA methylation quantitative trait loci, and variance partitioning, we revealed that a third of phenotypic variation was explained by interactions between the genetic and epigenetic information, ~14% by the genome, and up to 25% by the epigenome alone. Similar to genetically based adaptation, epigenetic mechanisms notably governing immune responses can contribute substantially to the rapid adaptation of hosts to emerging infectious diseases.

Over the last decade, innate immune priming has been evidenced in many invertebrate phyla. If mechanistic models have been proposed, molecular studies aiming to substantiate these models have remained scarce. We reveal here the transcriptional signature associated with immune priming in the oyster Crassostrea gigas. Oysters were fully protected against Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1), a major oyster pathogen, after priming with poly(I·C), which mimics viral double-stranded RNA. Global analysis through RNA sequencing of oyster and viral genes after immune priming and viral infection revealed that poly(I·C) induces a strong antiviral response that impairs OsHV-1 replication. Protection is based on a sustained upregulation of immune genes, notably genes involved in the interferon pathway and apoptosis, which control subsequent viral infection. This persistent antiviral alert state remains active over 4 months and supports antiviral protection in the long term. This acquired resistance mechanism reinforces the molecular foundations of the sustained response model of immune priming. It further opens the way to applications (pseudovaccination) to cope with a recurrent disease that causes dramatic economic losses in the shellfish farming industry worldwide.

A major debate in evolutionary biology is whether virulence is maintained as an adaptive trait and/or evolves to non‐virulence. In the environment, virulence traits of non‐obligatory parasites are subjected to diverse selective pressures and trade‐offs. Here we focus on a population of Vibrio splendidus that displays moderate virulence for oysters. A MARTX (Multifunctional‐autoprocessing repeats‐in‐toxin) and a type‐six secretion system (T6SS) were found to be necessary for virulence toward oysters, while a region (wbe) involved in O‐antigen synthesis is necessary for resistance to predation against amoebae. Gene inactivation within the wbe region had major consequences on the O‐antigen structure, conferring lower immunogenicity, competitive advantage and increased virulence in oyster experimental infections. Therefore, O‐antigen structures that favor resistance to environmental predators result in an increased activation of the oyster immune system and a reduced virulence in that host. These trade‐offs likely contribute to maintaining O‐antigen diversity in the marine environment by favoring genomic plasticity of the wbe region. The results of this study indicate an evolution of V. splendidus toward moderate virulence as a compromise between fitness in the oyster as a host, and resistance to its predators in the environment.

Vibrio species have been associated with recurrent mass mortalities of juvenile oysters Crassostrea gigas threatening oyster farming worldwide. However, knowledge of the ecology of pathogens in affected oyster farming areas remains scarce. Specifically, there are no data regarding (i) the environmental reservoirs of Vibrio populations pathogenic to oysters, (ii) the environmental factors favoring their transmission, and (iii) the influence of oyster farming on the persistence of those pathogens. This knowledge gap limits our capacity to predict and mitigate disease occurrence. To address these issues, we monitored Vibrio species potentially pathogenic to C. gigas in 2013 and 2014 in the Thau Lagoon, a major oyster farming region in the coastal French Mediterranean. Sampling stations were chosen inside and outside oyster farms. Abundance and composition of phyto-, microzoo-, and mesozooplankton communities were measured monthly. The spatial and temporal dynamics of plankton and Vibrio species were compared, and positive correlations between plankton species and vibrios were verified by qPCR on isolated specimens of plankton. Vibrio crassostreae was present in the water column over both years, whereas Vibrio tasmaniensis was mostly found in 2013 and Vibrio aestuarianus was never detected. Moreover, V. tasmaniensis and V. crassostreae were found both as free-living or plankton-attached vibrios 1 month after spring mortalities of the oyster juveniles. Overall, V. crassostreae was associated with temperature and plankton composition, whereas V. tasmaniensis correlated with plankton composition only. The abundance of Vibrio species in the water column was similar inside and outside oyster farms, suggesting important spatial dispersion of pathogens in surrounding areas. Remarkably, a major increase in V. tasmaniensis and V. crassostreae was measured in the sediment of oyster farms during cold months. Thus, a winter reservoir of pathogenic vibrios could contribute to their

Although vibrios are frequently associated with marine organisms mortality outbreaks, knowledge on their ecology and pathogenicity is sparse, thus limiting disease management and prophylactic strategies. Here, we investigated V. aestuarianus infection onset and progression in the wild, taking advantage of a “claire” pond: a semi‐closed system with limited seawater renewal, theoretically more adapted to disease transmission. We showed a positive association of the bacteria with oysters, which can constitute a reservoir for the bacteria in the winter. Moreover, passage through oysters was found to be necessary for experimental disease reproduction as vibrios shedding from diseased oysters has higher infectivity than from in vitro grown. We next developed an experimental “ecologically realistic” infection model in a mesocosm, allowing infection by natural route. By means of this non‐invasive protocol, we analysed the pathogenesis of the bacteria and demonstrated the importance of haemolymph for initial colonisation and the septicaemic nature of this disease.

Mass mortality outbreaks (90-100%) in both juvenile and adult blue mussels were reported in 2014 along the Pertuis Charentais area of the French Atlantic coast. A series of studies were carried out to learn more about the phenomenon through detecting pathogens, describing environmental conditions and establishing the physiological status of the animals. Bacteria identif ied as belonging to the V. splendidus species were detected in dying mussels and seem able to cause mortality in blue mussels in the laboratory. Unusual environmental conditions (large amounts of fresh water, re-suspension of sediments during a series of storms, and a high renewal rate of specific water masses in Brittany’s Pertuis area) may be partially responsible for sparking the phenomen, Des épisodes de mortalité massive (90-100 %) ont été observés au sein des élevages de moules touchant à la fois les animaux adultes et les juvéniles au printemps 2014, dans les Pertuis charentais. Un ensemble de travaux a été réalisé afin d’analyser et de mieux comprendre ce phénomène en recherchant la présence d’agents infectieux, en décrivant les fluctuations environnementales associées et en étudiant l’état physiologique des animaux. Des bactéries identifiées comme appartenant à l’espèce V. splendidus ont été détectées chez les animaux moribonds et apparaissent capables d’induire des mortalités en laboratoire chez les moules bleues. De plus, des conditions environnementales particulières (apports importants d’eau douce, remise en suspension de sédiments au travers de tempêtes successives et temps de renouvellement des masses d’eau spécifiques du Pertuis breton élevé) ont été associées au déclenchement du phénomène

The Vibrio splendidus clade has previously been associated with epidemic outbreaks of various aquatic animals, as in the case of the cupped oyster, Crassostrea gigas. To investigate whether involved strains could present a clonal origin and to identify possible alternative background carriage animals or zooplankton, a large epidemiological survey was conducted on isolates of the splendidus clade. For this purpose, Vibrio strains were isolated from various samples including oysters, mussels, sediments, zooplankton, and sea water on the basis of a North/South gradient of the European sea water zone (Ireland, The Netherlands, France, Italy, and Spain). A total of 435 isolates were successfully associated to the V. splendidus clade using real time polymerase chain reaction with 16S specific primers and probes. A multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis (VNTR) was conducted on all isolates based on a multiplex PCR-VNTR with a set of primer pairs designed from the V. tasmaniensis LGP32 genome. Preliminary validation of the primers on a set of collection strains from the V. splendidus clade confirmed that the former V. splendidus-related LGP32 and relative strains were related to V. tasmaniensis rather than to the type strain V. splendidus LMG 4042. The VNTR analysis was then successfully conducted on 335 isolates which led to the characterization of 87 different profiles. Our results showed that (1) the high diversity of VNTR did not enlighten significant correlation between a specific pattern and the origin of collected samples. However, populations isolated from animal samples tend to differ from those of the background environment; (2) oyster mortality events could not be linked to the clonal proliferation of a particular VNTR type. However, few different patterns seemed successively associated with samples collected during peaks of oyster's mortality. (3) Finally, no correlation could be seen between specific VNTR patterns and sequence phylogeny of the vi

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à août pour le naissain (< 1 an), d’avril à septembre pour les juvéniles (1-2 ans) et toute l’année surtout en juillet-août pour les huîtres creuses adultes. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 68 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 77 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 chez des huîtres creuses prélevées chez les producteurs. Les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 ont été réalisées par neuf laboratoires agréés et les analyses en histo-cytopathologie ont été réalisées par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGMM). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; praires sauvages (Venus verrucosa) au large de Granville [ZIR 018] ; flions tronqués sauvages (Donax trunculus) en baie de Douarnen

Suite aux surmortalités observées au sein des élevages de moules touchant à la fois les animaux adultes et les juvéniles au mois de mars, dans les Pertuis Charentais, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAl) a adressé une saisine à Ifremer le 04 avril 2014. Celle-ci fait état d’une demande d’appui scientifique et technique d’Ifremer pour tenter d’apporter des éléments de réponse par rapport à cette mortalité subite et importante. L’Ifremer a proposé un projet d’action permettant l’expertise du phénomène de surmortalité de la moule bleue, selon 3 axes : l’impact environnemental, la pathologie et les caractéristiques physiologiques des moules. Il s’agit de mettre en évidence la présence ou non d’agents infectieux connus ou émergents, d’apporter des éléments de compréhension au regard des fluctuations environnementales, de la réponse physiologique et biochimique des moules dans la mer des Pertuis Charentais et des interactions entre ces trois volets.

Background: Massive mortality outbreaks affecting Pacific oyster (Crassostrea gigas) spat in various countries have been associated with the detection of a herpesvirus called ostreid herpesvirus type 1 (OsHV-1). However, few studies have been performed to understand and follow viral gene expression, as it has been done in vertebrate herpesviruses. In this work, experimental infection trials of C. gigas spat with OsHV-1 were conducted in order to test the susceptibility of several bi-parental oyster families to this virus and to analyze host-pathogen interactions using in vivo transcriptomic approaches. Results: The divergent response of these oyster families in terms of mortality confirmed that susceptibility to OsHV-1 infection has a significant genetic component. Two families with contrasted survival rates were selected. A total of 39 viral genes and five host genes were monitored by real-time PCR. Initial results provided information on (i) the virus cycle of OsHV-1 based on the kinetics of viral DNA replication and transcription and (ii) host defense mechanisms against the virus. Conclusions: In the two selected families, the detected amounts of viral DNA and RNA were significantly different. This result suggests that Pacific oysters are genetically diverse in terms of their susceptibility to OsHV-1 infection. This contrasted susceptibility was associated with dissimilar host gene expression profiles. Moreover, the present study showed a positive correlation between viral DNA amounts and the level of expression of selected oyster genes.

Nine dominant bacterial isolates were obtained from different batches of Crassostrea gigas spat experiencing high mortality rates in a French experimental hatchery/nursery in 2007. Using phenotypic analysis combined with multilocus sequence analysis, the isolates were shown to be genetically close to the Vibrio tubiashii type strain. Based on (1) analyses of the recA gene sequences; (2) the results of DNA–DNA hybridization assays between 07/118 T2 (LMG 27884 = CECT 8426), which is a representative strain, and the V. tubiashii type strain (69%); and (3) phenotypic traits, the bacteria were classified in a group close to American V. tubiashii strain. Its virulence (70% of mortalities) and the toxicity of the extracellular products of 07/118 T2 was demonstrated (41% of mortalities). Moreover, a QPCR diagnostic tool targeting the gyrB gene was developed to investigate the epidemiological significance of V. tubiashii in French oyster mortality outbreaks recorded by the national surveillance network. Of the 21 batches originating from hatcheries, only two were positive, whereas V. tubiashii DNA could not be detected in any of the batches of moribund animals collected in field/outdoor facilities. These results demonstrate the existence of a group of virulent V. tubiashii in France that episodically infect C. gigas.

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à réglementés et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font partie des missions institutionnelles de l’IFREMER. L’étude des hausses de mortalités (protocole II) a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la réalisation d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (47 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production principalement au printemps et en été pour le naissain, en été et en automne pour les huîtres creuses adultes. Le naissain d’huîtres creuses a été atteint comme les années précédentes et a fait l’objet de 26 interventions. Il est également à noter que l’année 2012 a été marquée par des demandes d’interventions sur des huîtres creuses adultes de taille marchande (16 interventions). Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 72 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 64 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2012 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs (42 échantillons) que sur les animaux du réseau d’Observations Conchylicoles (RESCO) (5 échantillons). Il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalit

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l’IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae chez l’huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l’huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d’agrément vis-à-vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l’autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d’accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L’étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie avec 81 lots prélevés et analysés et 42 constats rédigés pour les huîtres creuses. Comme en 2009, des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l’ensemble des bassins de production principalement en période estivale. Le naissain d’huîtres creuses a été principalement atteint (89 % des lots analysés), avec des taux de mortalité calculés particulièrement élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV-1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus, principalement) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2010 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs que sur les animaux de l’observatoi

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Banamia ostreae chez l'huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l'autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L'étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie avec 69 évènements recensés, 69 lots prélevés et analysés, 22 constats rédigés). Comme en 2008, des hausses de mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l'ensemble des bassins de production principalement en période estivale (60 évènements, 63 lots prélevés et analysés, 18 constats). Le naissain d'huîtres creuses (50/63 lots) a été principalement atteint avec des taux de mortalité calculés particulièrement élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n'a été détecté dans les lots d'huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV -1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus, principalement) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2009 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les pr

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae chez l'huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l'autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L'étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie; le nombre d'évènements en 2008 est supérieur à celui de 2007 (57 évènements, 75 lots analysés, 28 constats rédigés). Des hausses de mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l'ensemble des bassins de production, principalement en période estivale. Au sein de cette espèce, le naissain et les huîtres juvéniles ont été principalement atteints, avec des taux de mortalité calculés pour ces catégories d'animaux particulièrement élevés (80 % à 100 % pour de nombreux lots). Des agents viraux (Herpès virus OsHV-1) et bactériens (Vibrio splendidus, V. aestuarianus, bactéries du groupe de V. harveyi) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité en 2008. Des hausses de mortalités ont également affecté d'autres espèces de mollusques (hu

Because Vibrio aestuarianus is known to cause serious infections in Pacific oyster Crassostrea gigas, a real-time PCR assay was developed targeting the dnaJ gene of this bacterium. Only V. aestuarianus strains isolated from C. gigas mortality events in different geographic areas and the reference strain tested positive, whereas no amplification products was obtained with type strains belonging to 23 other species of Vibrio. Sensitivity and reproducibility of the method were assessed using either seawater or oyster homogenate samples spiked with one V aestuarianus strain. All these samples were stored at -20 degrees C in order to mimic retrospective or grouped natural sample analysis without quantification bias due to prolonged freezing. Analysis of standard curves revealed excellent correlation values between light microscopy cell enumerations and PCR Threshold Cycle (Ct) values, and acceptable PCR reaction efficiencies for all type of samples. Quantification curves of both sample types were equivalent, with a detection level as low as 1.6 V. aestuarianus cells in the PCR reaction tube, corresponding to 1.6.10(2) cells ml(-1) and 1.6.10(2) cells mg(-1) in seawater and entire oyster samples, respectively, taking into account the dilution factor used for appropriate template DNA preparation. Comparison of PCR assay reproducibility according to the complexity of samples revealed that seawater samples gave more reproducible quantification measures than samples from oyster homogenate, with precision of measured Ct values inferior to 0.4 and 0.6 respectively at 99% confidence. Use of the real-time PCR assay allowed us to monitor V. aestuarianus load in oysters naturally infected with this pathogen. Furthermore, we were able to detect V aestuarianus in samples of seawater in which oysters had been reared and in algal cultures used for feeding oysters. Because of the rapidity and reliability of the real-time PCR assay method used in this study, just a few hours are needed c

In French Polynesia, black pearl cultivation now takes place on about 30 of the 118 atolls or islands. This activity has largely replaced copra, coconut oil and fishing as a source of income. Around 1,000 pearl farms, generally small ones of less than 5 ha, are registered. The pearl farms are mainly owned by families. In 1998, about 7,000 persons were employed in theentire pearl industry, from production to retailing. In value, this activity represents the first exportation of French Polynesian products. From 1988 to date, exports increased exponentially before leveling. Starting with less than two kilograms in 1972, exports have now stabilized at Il tons of "black" pearls.