Fillâtre, Pierre, Dufour, Marie-José, Behillil, Sylvie, Vatan, Remi, Reusse, Pascale, Gabellec, Alice, Velmans, Nicolas, Montagne, Catherine, Du Coudret, Sophie Geffroy, Droumaguet, Edith, Merour, Véronique, Enouf, Vincent, Buzele, Rodolphe, Valence, Marion, Guillotel, Elena, Gagniere, Bertrand, Baidaliuk, Artem, Zhukova, Anna, Tourdjman, Mathieu, Thibault, V., Grolhier, Claire, Pronier, Charlotte, Lescure, François-Xavier, Simon-Loriere, Etienne, Costagliola, Dominique, Van Der Werf, Sylvie, Tattevin, Pierre, Massart, Nicolas, CHU de Saint-Brieuc, Centre hospitalier Pierre Le Damany - Lannion, Centre hospitalier de Lannion, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Génomique évolutive des virus à ARN - Evolutionary genomics of RNA viruses, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, CHU Pontchaillou [Rennes], Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), None, We thank Olivia Da Conceicao and Cylia Imekhlaf for their help in collecting data from patients' charts. We would like to thank all the healthcare workers, public health employees, and scientists involved in the COVID-19 response to this outbreak. We acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the sequences from GISAID (Supplementary Material Table S2). We avoided any direct analysis of genomic data not submitted as part of this paper and used this genomic data only as background. This work used the computational and storage services (Maestro cluster) provided by the IT department at Institut Pasteur, Paris., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR), Jonchère, Laurent, Virus et Interférence ARN - Viruses and RNA Interference, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )