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Introducción: La pandemia de la COVID-19 ha generado problemas de salud física y mental en los universitarios. Objetivos: Determinar la relación entre nivel de actividad física y estado de ánimo en estudiantes universitarios durante el confinamiento por la COVID-19. Métodos: Participaron 215 estudiantes universitarios, edad 22,09 ± 2,61 (108 mujeres y 107 hombres) durante el confinamiento por la COVID-19. Fueron aplicados instrumentos en formato digital durante el mes de junio del año 2020. El nivel de actividad física se evaluó utilizando el Cuestionario Internacional de Actividad Física (IPAQ), forma corta, y el estado de ánimo se evaluó con la Escala de Valoración del Estado de Ánimo (EVEA). Resultados: Estado de ánimo alegría presentó una correlación positiva significativa con todas las variables de actividad física, excepto con tiempo sentado. Estado de ánimo tristeza-depresión presentó una correlación negativa con equivalente metabólico de actividad física vigorosa (r -0,201; p= 0,003) y equivalente metabólico total (r -0,172; p= 0,011). Estado de ánimo ansiedad se correlacionó negativamente con equivalente metabólico de actividad física vigorosa (r -0,163; p= 0,017) y equivalente metabólico total (r -0,162; p= 0,018). Conclusiones: El nivel de actividad física se relaciona positivamente con el estado de ánimo, principalmente con el nivel de alegría, sin embargo, estas correlaciones presentan un tamaño del efecto pequeño.