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National audience

National audience

Ce 50ème volume de la Revue Innovations Agronomiques regroupe les résultats d'un ensemble de projets soutenus par le CTPS (Comité Technique Permanent de la Sélection).; National audience; Plasmodiophora brassicae causes the clubroot disease in Brassica crops. This soil-borne pathogen isresponsible for the development of galls on the root system of the host plant, disturbing water andmineral nutrition, which leads to significant yield losses. In order to develop a protocol to evaluate theresistance of winter oilseed rape (WOSR) varieties to P. brassicae, the distribution and thecharacterization of the P. brassicae pathotypes on the French cultivated territory were studied. Fieldsampling was performed in the main production areas of WOSR (Centre, Bourgogne, Lorraine andPoitou-Charentes) and of cruciferous vegetables (Bretagne). A total of 70 samples was analyzed.Pathotypes P1 to P6 were identified, with P1, P2 and P3 being the most frequent ones. More than halfof the isolates were identified as P1. Several isolates belonging to pathotypes P1, P2 and P3 were ableto overcome the resistance « Mendel » (resistant variety for control and reference). Isolates from themost frequent pathotypes observed in France (P1, P2 and P3) were chosen in order to test WOSRvarieties for resistance to P. brassicae. A complete protocol to evaluate resistance has been proposedto the French variety registration committee. This protocol is now currently used by GEVES to evaluateresistance of WOSR varieties for registration.; Plasmodiophora brassicae est l’agent causal de la hernie, une des principales maladies des Brassicacées. Ce parasite tellurique provoque la formation de galles sur le système racinaire de la plante hôte. Ces galles perturbent gravement l'alimentation hydrique et minérale de la plante entrainant des pertes de rendement. Afin de développer un test d’évaluation de la résistance des variétés de colza à P. brassicae, une étude visant à identifier et localiser les différents pathotypes présents en France a été initiée. L’échantillonnage a eu lieu dans les principales zones de production du colza (le Centre, la Bourgogne, la Lorraine et le Poitou-Charentes) et des crucifères légumières (Bretagne). Au total, 70 échantillons ont été caractérisés. Les pathotypes P1 à P6 ont été identifiés sur tout le territoire dans des proportions variables avec une forte présence des pathotypes P1, P2 et P3. Plus de la moitié des isolats ont été identifiés comme pathotype P1. De nombreux isolats caractérisés comme pathotype P1, P2 et P3 ont été capables de contourner la résistance de la variété « Mendel » (variété résistante de référence). Suite à ces résultats, un set d’isolats appartenant aux pathotypes majoritaires et représentatifs du territoire français P1, P2 et P3 a été sélectionné pour l’évaluation de la résistance des variétés de colza à la hernie. Un protocole complet d’évaluation de la résistance a été proposé au CTPS. Ce protocole est actuellement utilisé au GEVES dans le cadre de l’inscription des variétés au catalogue officiel.

National audience; La résistance variétale du colza est un des meilleurs outils de protection contre la hernie des crucifères. Mais les moyens manquaient pour caractériser cette résistance et la présence de la maladie. Cela a changé.

Alternaria dauci est un pathogène affectant fréquemment les semences de carotte avec des répercussions sur la faculté germinative. Les travaux menés ont permis la mise au point d’outils de détection basés sur des amorces PCR des régions ITS, presque exclusivement spécifiques de l’espèce Alternaria dauci. Des outils d’identification intraspécifiques à partir des régions IGS et de loci micro satellites ont également pu être mis au point, et mettre en évidence la grande variabilité génétique de l’espèce A. dauci. Au plan épidémiologique, une clé d’identification des brûlures foliaires a été établie. Il a pu être démontré que la plante est sensible au pathogène quel que soit son stade de développement, mais les conditions climatiques propices au développement du pathogène n’ont pu être clairement établies. L’étude de l’efficacité de produits fongicides a permis de mettre en avant 3 spécialités efficaces (SIGNUM, AMISTAR et dans une moindre mesure TWIST), et de démontrer l’existence de souches résistantes à l’iprodione. Enfin, le modèle Tomcast, adapté pour l’alternariose sur carotte par le CTIFL, a fait l’objet de premiers tests d’application sur porte-graine au cours de ce programme. Ce modèle est actuellement en cours de développement., Alternaria dauci is a fungal seed-borne pathogen responsible for the leaf blight disease on carrots that has a negative impact on seed germination efficiency. In this study, molecular diagnostic tools based on PCR amplification of the ITS region with species-specific primers were developed. Polymorphism analyses at several microsatellite loci and in the intergenic spacer (IGS) sequence revealed a high genetic diversity within the species A. dauci. From an epidemiological point of view, an identification key for leaf blight was established. It has been shown that the host plant is susceptible to fungal pathogen infection irrespective of its developmental stage but climatic conditions favouring disease development could not be clearly established. Screening different fungicide treatments revealed that three specialities were efficient to control the disease (SIGNUM, AMISTAR, and to a lesser extent TWIST) but iprodione-resistant strains were identified. Preliminary tests of the Tomcast model, adapted to carrot Alternaria leaf blight (CTIFL), were conducted in seed production during this project. Additional tests using this model are currently performed.

International audience

Colloque du 5 Novembre à Angers : variétés nouvelles et modes de culture adaptés, Colloque du 26 novembre 2009 à Lyon; National audience; Evaluation of resistance of varieties to pathogens and pests is part of the process of variety innovation and allows description of varieties for their registration (DUS and VCU) and protection (DUS). It is based on the use of protocols relevant to plant production conditions, reliable and reproducible compared to epidemiological situations that registered varieties will meet to during their market life. This can be obtained by setting up programs of protocol harmonization of DUS throughout Europe, use of validated and harmonized reference material and collaborations with public institutes for epidemiological studies on isolates.; L’évaluation de la résistance des variétés aux bioagresseurs constitue un des maillons de l’innovation variétale et permet de décrire les variétés en étude pour l’inscription au catalogue officiel français (CTPS) dans le cadre des études DHS et VAT et pour la protection des obtentions végétales (DHS). Elle repose sur l’utilisation de protocoles représentatifs des réalités du terrain, fiables et reproductibles par rapport aux situations épidémiologiques que rencontreront les variétés inscrites au niveau de leur commercialisation. Cela peut être obtenu par la mise en oeuvre de programmes d’harmonisation des protocoles au niveau européen pour la DHS, en ayant recours à du matériel de référence validé et harmonisé et au moyen de collaborations avec des instituts de recherche pour le suivi épidémiologique des souches.

L’évaluation de la résistance des variétés aux bioagresseurs constitue un des maillons de l’innovation variétale et permet de décrire les variétés en étude pour l’inscription au catalogue officiel français (CTPS) dans le cadre des études DHS et VAT et pour la protection des obtentions végétales (DHS). Elle repose sur l’utilisation de protocoles représentatifs des réalités du terrain, fiables et reproductibles par rapport aux situations épidémiologiques que rencontreront les variétés inscrites au niveau de leur commercialisation. Cela peut être obtenu par la mise en oeuvre de programmes d’harmonisation des protocoles au niveau européen pour la DHS, en ayant recours à du matériel de référence validé et harmonisé et au moyen de collaborations avec des instituts de recherche pour le suivi épidémiologique des souches., Evaluation of resistance of varieties to pathogens and pests is part of the process of variety innovation and allows description of varieties for their registration (DUS and VCU) and protection (DUS). It is based on the use of protocols relevant to plant production conditions, reliable and reproducible compared to epidemiological situations that registered varieties will meet to during their market life. This can be obtained by setting up programs of protocol harmonization of DUS throughout Europe, use of validated and harmonized reference material and collaborations with public institutes for epidemiological studies on isolates.

En Guadeloupe, la production de tomate est freinée par la présence, dans le sol, de la bactérie Pseudomonas solanacearum et de divers nématodes phytophages (flelicotylenchus, Mewidogyne, Pratylenclu, s, Rotylenchulus et Xiphinema). Un inventaire des mauvaises herbes de la culture de la tomate a été effectué a fin de déterminer celles qui hébergent la bactérie et des nématodes. Une analyse des systèmes racinaires des adventices prélevées en Grande-Terre et en Basse-Terre a été réalisée à cet effet au laboratoire. Les familles et les espèces les plus souvent rencontrées sur les parcelles étudiées (Portulaca oleracea, Ageratum conyzoides, Senna obtusifolia, Chamaesyce hirta), hébergent effectivement P. solanacearum en même temps que certains nématodes phytophages. Le caracfrre polyphage de ces nématodes a également été confirmé, ainsi que le faible nombre de mauvaises herbes hôtes la bactérie. Cette étude a mis en évidence un rôle négatif supplémentaire des mauvaises herbes clans l'écologie de la culture de tomate. Il apparaît, en zone tropicale où le désherbage est encore très souvent négligé, essentiel d'entretenir mieux les parcelles. ----- ln the French West Indies (Guadeloupe), tomato production is reduced by soil-borne bacteria (Pseudomonas solanacearum) and several phytophagous nematodes (llelicotylenchus, Meloidogyne, Pratylenchus, Rotylenclmlus and Xiplzinema). A survey of the weeds present in tomato plots bas been conducte.d in Grande-Terre and Basse-Terre of Guadeloupe in order to determine the hosts of the bacterium and nematodes by laboratory analysis of their root systems. The most fr~quent weed families and species (Portulaca oleracea, Ageratum c;Qnizoitles, Sen11a obtusifolia and Chamaesyce lzirta) are al 1 so hosts of Pseudomonas 'solanacearum and of some ph ytophagous nematotles. ·The large polyphagy of these nematodes has been underline. d. Tt appears that few weetls host the bacterium. This study stresses a supplementary negative role played by weeds in the ecology of tomato fields. Tt seems essential to keep up the plots, specially in tropical regions, where weeding remains too often neglected.

Bacterial wilt (BW} is due to Pseudomonas solanacearum (Smith) Smith, a soilborne and a xylem-invading bacteria. These properties and high variation in strains, aggressiveness, depending on environmental factors, make it difficult to bring this tropical world-wide disease under control. Fren research projects including co-workers from different institutes (CIRAD, INRA, ORSTOH) based in metropolitan France and in overseas departments are briefly reported. Recent results obtained by INRA-CRAAG's phytobacteriological laboratory include: The behavior of P. solanacearum in receptive and suppressive soils; Characteristics of local strains, especially host range and aggressiveness; The existence of healthy carriers among tomato plants, i.e., plants bearing latent infections in vascular tissues, Programs are being developed according to two complementary control strategies interdependent from results obtained by molecular biologists and breeders. They are: Biological control of BW using genetically constructed avirulent mutants; and BW resistance mechanisms, with particular attention to bacterial colonization (density, localization) and to incidence of environmental factors on resistance of cultivars.