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International audience; Covering: up to June 2020Ribosomally-synthesized and post-translationally modified peptides (RiPPs) are a large group of natural products. A community-driven review in 2013 described the emerging commonalities in the biosynthesis of RiPPs and the opportunities they offered for bioengineering and genome mining. Since then, the field has seen tremendous advances in understanding of the mechanisms by which nature assembles these compounds, in engineering their biosynthetic machinery for a wide range of applications, and in the discovery of entirely new RiPP families using bioinformatic tools developed specifically for this compound class. The First International Conference on RiPPs was held in 2019, and the meeting participants assembled the current review describing new developments since 2013. The review discusses the new classes of RiPPs that have been discovered, the advances in our understanding of the installation of both primary and secondary post-translational modifications, and the mechanisms by which the enzymes recognize the leader peptides in their substrates. In addition, genome mining tools used for RiPP discovery are discussed as well as various strategies for RiPP engineering. An outlook section presents directions for future research.

Se eligieron tres alimentos vegetales para determinar la influencia de, por un lado, diferentes tratamientos de alta presión hidrostática (APH) en la diversidad bacteriana y resistencia a antimicrobianos en guacamole y aliño a diferentes tiempos de almacenamiento refrigerado y, por otro lado, la influencia del lavado con enterocina AS-48 en la carga y diversidad microbiana en arándanos. Se realizaron recuentos en diferentes medios de cultivo selectivos y generales, observando en todos los casos unos recuentos menores para muestras tratadas, ya sea con APH o bacteriocina, respecto a los controles. El estudio de biodiversidad se realizó mediante secuenciación masiva y en general se observó un claro predominio del filo Proteobacteria seguido, en menor grado, por Firmicutes. Se identificaron varias cepas de guacamole y aliño para el estudio de su perfil de resistencia a antimicrobianos (ensayo de resistencia a biocidas y antibióticos, y detección de determinantes genéticos de resistencia), encontrando cepas multirresistentes.Three plant foods were chosen to determine the influence of, on the one hand, different high hydrostatic pressure (HHP) treatments on bacterial diversity and antimicrobial resistance in guacamole and dressing at different refrigerated storage times and, on the other hand, the influence of washing with enterocin AS- 48 on microbial load and diversity in blueberries. Counts were carried out in different selective and general culture media, observing in all cases lower counts for samples treated with either HHP or bacteriocin, compared to the controls. The biodiversity study was carried out by mass sequencing and in general a clear predominance of the phylum Proteobacteria was observed, followed, to a lesser extent, by Firmicutes. Several guacamole and dressing strains were identified for the study of their antimicrobial resistance profile (biocide and antibiotic resistance assay and detection of genetic determinants of resistance), finding multi-resistant strains. Tesis Univ. Jaén. Departamento Ciencias de la Salud

Se tomaron 3 muestras semanales de leche materna de una sola donante durante 28 semanas. Las 84 muestras obtenidas, se sembraron en diferentes medios de cultivo. Se aislaron 578 cepas bacterianas. Se estudió la producción de sustancias antimicrobianas, mediante ensayos en gota y en pocillos. Las 101 cepas productoras de inhibidores de tipo bacteriocina fueron identificadas mediante ADNr 16S. Las cepas pertenecían solo a 3 filos y 11 géneros. Atendiendo a las propiedades funcionales (crecer en agar bilis/esculina, a alta concentración de sal y bajo pH) y seguridad (no ser hemolíticas, no hidrolizar ADN, y ausencia de genes de resistencia antimicrobianos) se seleccionaron 13 cepas para posteriores estudios. Se realizó un estudio de biodiversidad de la leche materna mediante secuenciación masiva, detectándose Streptococcus como grupo predominante en muchas de las muestras. Otros grupos relevantes fueron Staphylococcus, Rothia o Veillonella.Three weekly samples of breast milk were taken from a single donor during 28 weeks. The 84 samples obtained were plate count in different media. 578 bacterial strains were isolated. The production of antimicrobial substances was studied by spot-on-a-lawn and agar well assays. The 101 strains that produced bacteriocin-like substances were identified using 16S rDNA. The strains belonged to only 3 phyla and 11 genera. According to their functional characteristics (growth on bile /aesculin agar, at high salt concentration and low pH) and safety (lack of hemolytic and DNAase activities, and absence of antimicrobial resistance genes), 13 strains were selected for further studies. The bacterial diversity of milk samples was studied by high-throughput sequencing analysis. Streptococcus was the main bacterial group detected in many of the milk samples. Other relevant bacterial groups detected were Staphylococcus, Rothia or Veillonella. Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la Salud

La posibilidad de que la contaminación con metales pesados pueda actuar como una presión selectiva que favorezca la diseminación de resistencia a antimicrobianos en ambientes naturales es motivo de preocupación. Los objetivos de este trabajo fueron aislar e identificar bacterias tolerantes a metales pesados a partir de suelos de olivar tratados con cobre, y detectar asociaciones entre la presencia de genes de tolerancia a metales pesados y genes de resistencia a antibióticos. Las bacterias aisladas muestran tolerancia a metales pesados, principalmente cobre, zinc y plomo, y en porcentajes menores a cadmio y níquel, e igualmente presentan resistencias a antibióticos que podrían ocasionar problemas en el ámbito clínico. La presencia simultánea de genes de tolerancia a metales y genes de resistencia a antibióticos y las asociaciones positivas significativas encontradas, podrían proporcionar claves adicionales para entender el papel de la presencia de genes de tolerancia a metales pesados en la co-selección de resistencias a antibióticos. There is growing concern about heavy metal pollution as a persistent selective pressure that favours the spread of antimicrobial resistance in natural environments. The aim of this study was to isolate and identify metal tolerant bacteria from soils in olive tree fields treated with copper compounds, to evaluate the tolerance of bacterial strains to other metals and their resistance to clinically relevant antibiotics. We have also evaluated possible significant associations between metal tolerance and antibiotic resistance. In conclusion, bacteria from olive soils are tolerant to metals, mainly copper, also Zn and Pb, and in lower percentages to Cd and Ni, as well as resistant to clinically important antibiotics, which could be a problem in clinical settings. Co-occurrence of metal tolerance and antibiotic resistance genes together with the significant associations found between both types of genes may provide additional clues for understanding possible roles of metal-tolerance genes in co-selection of antibiotic resistances. Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la Salud. Leída el 13 de diciembre de 2019.

El envasado con plásticos activados con antimicrobianos o la aplicación de alta presión hidrostática (APH), son nuevas técnicas de conservación de alimentos que evitan su deterioro. El primer objetivo de este trabajo fue determinar la eficacia de sustancias antimicrobianas presentes en aceites esenciales (carvacrol, timol, eugenol, cinamaldehido y tirosol) y la enterocina AS-48, solos o combinados, en la inhibición de la formación de biopelículas bacterianas empleando polietileno de baja densidad y polietileno-poliamida. Comprobada su efectividad frente a diferentes microorganismos, se estudió la eficacia de envases plásticos activados con AS-48 más timol por separado, o combinados con APH sobre la inactivación de Listeria innocua. Posteriormente se determinó el impacto de las películas de plástico activadas con timol y AS-48 junto con APH, sobre la carga y diversidad bacteriana en sistemas alimentarios modelo demostrándose que la dinámica de las poblaciones bacterianas se ve afectada por estos tratamientos. Packaging with plastics activated with antimicrobials or the application of high hydrostatic pressure (APH), are new food preservation techniques, to prevent food spoilage. The first objective of this work was to determine the efficacy of antimicrobial substances present in essential oils (carvacrol, thymol, eugenol, cinnamaldehyde and tyrosol) and enterocin AS-48, alone or in combination, in the inhibition of the formation of bacterial biofilms using low density polyethylene and polyethylene-polyamide. Once tested its effectiveness against different microorganisms, the effectiveness of plastic containers activated with AS-48 and thymol separately, or combined with APH on the inactivation of Listeria innocua was studied. Subsequently, the impact of plastic films activated with thymol and AS-48 together with APH on the load and bacterial diversity in model food systems was determined, demonstrating that the dynamics of bacterial populations is affected by these treatments. Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la Salud. Leída el 14 de septiembre de 2018.

El objetivo del presente estudio fue determinar la incidencia de tolerancia a biocidas y resistencias a antibióticos y metales pesados en cepas bacterianas aisladas de diferentes pescados. Se aisló una colección de 87 cepas bacterianas de diferentes muestras de pescado de distinta procedencia. En el estudio morfológico predominaron los bacilos Gram-negativos. Se ensayó la sensibilidad a biocidas, antibióticos y metales pesados de los aislados. Las cepas seleccionadas fueron identificadas mediante técnicas moleculares, y se determinó la presencia de genes de resistencia a biocidas, antibióticos y metales pesados. Se encontraron diferentes cepas resistentes tanto a biocidas, como a antibióticos y metales pesados y portadoras de genes de resistencia. Los resultados obtenidos indican que la exposición a biocidas facilitan la coselección de resistencias a antibióticos y metales. También se analizó las comunidades bacterianas de superficies sólidas en contacto con el aire en una granja de tilapia al objeto de evaluar su seguridad. The aim of this study was to determine the incidence of biocide tolerance and resistance to antibiotics and heavy metals in bacteria isolated from seafoods. A collection of 87 strains were selected from different seafood samples. Most of the strains were Gram-negative bacilli. A subset of strains were selected for further study according to their antibiotic resistance and biocide tolerance profiles. These strains were identified by 16S rDNA sequencing and tested for the presence of genetic determinants related to biocide tolerance, antibiotic resistance and metal tolerance. The results suggest that the use of biocides may facilitate coselection of antibiotic and metal resistances. The bacterial diversity of solid surfaces in contact with air in a tilapia farm was also studied in order to assess the safety of fish production process. Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la Salud. Leída el 13 de diciembre de 2017.

El objetivo del presente estudio fue determinar la incidencia de tolerancia a biocidas y resistencias a antibióticos en cepas bacterianas aisladas a partir de ambientes lácteos y huevo. Se aisló una colección de 120 cepas bacterianas de pequeñas y medianas empresas dedicadas a la producción de leche de vaca y a la fabricación de queso de cabra. También se aislaron cepas de presuntas Salmonella y E. coli de la superficie de huevo. Se ensayó la sensibilidad a biocidas y antibióticos de los aislados. Las cepas seleccionadas fueron identificadas mediante técnicas moleculares, y se determinó la presencia de genes de resistencia a biocidas y antibióticos. Se encontraron diferentes cepas resistentes a biocidas y antibióticos, y portadoras de genes de resistencia. También se encontraron cepas de E. coli presuntamente productoras de toxinas. Los resultados obtenidos indican que la exposición a biocidas facilita la coselección de resistencias a antibióticos. The aim of the present study was to determine the incidence of biocide tolerance and antibiotic resistance in bacterial isolates from dairy environments and eggshells. A collection of 120 bacterial isolates was obtained from small-medium enterprises involved in milk and goat cheese production. Presumptive Salmonella and E. coli isolates from eggs were also isolated. All isolates were tested for biocide tolerance and antibiotic resistance. Selected isolates were identified at molecular level, and investigated for the presence of biocide and antibiotic resistance genes. Several strains were biocide tolerant and antibiotic resistance, and carried resistance genes. Some E. coli strains were presumptive toxin producers. The results indicate that exposure to biocides facilitates co-selection of antibiotic resistance. Tesis Univ. Jaén. Departamento de Ciencias de la SAlud