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Les trois objectifs majeurs de la core collection sont de disposer d'une représentation aussi large que possible de la diversité génétique, de pouvoir réaliser des études approfondies sur un ensemble réduit de génotypes, d'espérer extrapoler les résultats ainsi obtenus pour faciliter la recherche de génotypes appropriés dans les collections de base. Actuellement, pour constituer une core collection, la plupart des chercheurs s'accordent sur la nécessité d'une stratification préalable à l'échantillonnage. En d'autres termes, il s'agit de prendre en compte l'organisation de la variabilité en groupes et sous-groupes. En revanche, plusieurs démarches sont proposées pour l'échantillonnage au sein des groupes et sous-groupes. Une nouvelle méthode d'échantillonnage est proposée dans ce chapitre, la PCS (principal component scoring), dont le but est de maximiser la diversité échantillonnée. Cette diversité est mesurée en utilisant des variables quantitatives ou qualitatives, dont le choix est discuté. On examine également les effets de la PCS sur la stratification de l'échantillonnage et sur la taille de l'échantillon. On présente, enfin, quelques exemples de core collections réellement valorisées

Coffea canephora# possede l'une des aires de repartition les plus larges du sous-genre #Coffea# : elle s'etend d'ouest en est, de la Guinee au Soudan et, du nord au sud, du Cameroun a l'Angola. La conservation a long terme de cette espece s'effectue en champs a cause du comportement peu orthodoxe de ses graines lors de leur stockage. La premiere analyse de la diversite genetique de cette espece a ete realisee a partir du polymorphisme enzymatique. L'utilisation des marqueurs moleculaires est recente et les resultats presentes dans ce chapitre constituent les premieres donnees sur la variabilite moleculaire de #C. canephora#. L'analyse de la diversite agromorphologique ne permet pas de reveler une forte structuration de l'espece. A l'aide des locus isoenzymatiques discriminant les groupes guineen et congolais, un schema de selection recurrente reciproque de #C. canephora# fonde sur l'utilisation de ces deux groupes a ete propose et son efficacite a ete validee par la suite, ce qui confirme qu'il est important de connaitre la structure de la diversite pour exploiter au mieux les ressources genetiques. Les resultats de l'etude sur les marqueurs moleculaires devraient permettre d'ameliorer ce schema de selection. Un certain nombre de recommandations pour assurer une meilleure gestion #ex situ# des ressources genetiques est avance

L'espèce cultivée asiatique, #Oryza sativa#, a une structure génétique tout à fait particulière, objet des travaux décrits dans ce chapitre. Sa domestication, à partir de l'espèce #O. rufipogon#, est très ancienne. Deux sous-espèces ont été identifiées, #indica# et #japonica# à partir des caractères morphologiques et physiologiques et du comportement en croisement. Les marqueurs moléculaires apportent beaucoup à la compréhension de la diversité génétique du riz. Les isoenzymes, malgré le nombre limité de locus et d'allèles accessibles, ont fourni les premiers éléments de quantification de la différenciation intravariétale. La classification établie sur la base des isoenzymes concorde globalement avec des classifications locales, empiriques, ainsi qu'avec les classifications synthètiques, établies sur des critères multiples associant composantes morphologiques et physiologiques. Des études fondées sur plusieurs types de marqueurs moléculaires, ont permis de construire différentes classifications infraspécifiques. Dans ce chapitre, on compare plusieurs schémas de classification reposant sur différents types de caractères, en concentrant les analyses sur des échantillons largement partagés. Ensuite sont examinées quelques situations particulières permettant d'aborder certains aspects de la dynamique qui conditionne la diversité génétique des riz cultivés.