13 results on '"Gianaroli, Camille"'
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2. Evaluation of sequential filtration and centrifugation to capture environmental DNA and survey microbial eukaryotic communities in aquatic environments
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Atteia, Ariane, primary, Bec, Béatrice, additional, Gianaroli, Camille, additional, Serais, Ophélie, additional, Quétel, Isaure, additional, Lagarde, Franck, additional, and Gobet, Angélique, additional
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- 2023
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3. Evaluation of sequential filtration and centrifugation to capture environmental DNA and survey microbial eukaryotic communities in aquatic environments.
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Atteia, Ariane, Bec, Béatrice, Gianaroli, Camille, Serais, Ophélie, Quétel, Isaure, Lagarde, Franck, and Gobet, Angélique
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MEMBRANE filtration in water purification ,MICROBIAL communities ,CENTRIFUGATION ,MICROBIAL diversity ,ENVIRONMENTAL sampling - Abstract
Sequential membrane filtration of water samples is commonly used to monitor the diversity of aquatic microbial eukaryotes. This capture method is efficient to focus on specific taxonomic groups within a size fraction, but it is time‐consuming. Centrifugation, often used to collect microorganisms from pure culture, could be seen as an alternative to capture microbial eukaryotic communities from environmental samples. Here, we compared the two capture methods to assess diversity and ecological patterns of eukaryotic communities in the Thau lagoon, France. Water samples were taken twice a month over a full year and sequential filtration targeting the picoplankton (0.2–3 μm) and larger organisms (>3 μm) was used in parallel to centrifugation. The microbial eukaryotic community in the samples was described using an environmental DNA approach targeting the V4 region of the 18S rRNA gene. The most abundant divisions in the filtration fractions and the centrifugation pellet were Dinoflagellata, Metazoa, Ochrophyta, Cryptophyta. Chlorophyta were dominant in the centrifugation pellet and the picoplankton fraction but not in the larger fraction. Diversity indices and structuring patterns of the community in the two size fractions and the centrifugation pellet were comparable. Twenty amplicon sequence variants were significantly differentially abundant between the two size fractions and the centrifugation pellet, and their temporal patterns of abundance in the two fractions combined were similar to those obtained with centrifugation. Overall, centrifugation led to similar ecological conclusions as the two filtrated fractions combined, thus making it an attractive time‐efficient alternative to sequential filtration. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2024
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4. Procédure de déclenchement des alertes REMI préventives « Pluviométrie » en Occitanie. Réseau de surveillance microbiologique des zones de production de coquillages (REMI)
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Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Crottier, Anaïs, Rocq, Sophie, Reynaud, Yann, Gueguen, Yannick, Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Crottier, Anaïs, Rocq, Sophie, Reynaud, Yann, and Gueguen, Yannick
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La pluviométrie représente un risque indirect de contamination microbiologique des zones de production de coquillages. Sur la période 2018-2022, 126 alertes REMI preventives de niveau 0 « Pluviométrie » ont été déclenchées et suivies en Occitanie afin de suivre l’impact d’évènements pluvieux sur la qualité des zones de production. Parmi ces alertes, 33 ont été confirmées et ont donné lieu au déclenchement d’alertes de niveau 2, ce qui correspond à un taux de confirmation des alertes préventives météorologiques sur cette période en Occitanie de 25,4%. Ce document propose une procédure optimisée de déclenchement de ces alertes qui s’appuie sur les éléments d’aide à la décision édités par l’Ifremer à l’échelle nationale. Cette démarche repose sur les résultats d’une modélisation statistique rétrospective des données REMI et des données de pluviométrie de stations Météo-France. A partir de la mise en application de ce document, des alertes préventives de niveau 0 seront déclenchées dans 11 zones de productions en Occitanie. Les seuils de déclenchement de ces alertes sont, en fonction des zones, entre 25 mm et 105 mm de pluie sur des périodes d’un à quatre jours précédant le jour de déclenchement de l’alerte.
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- 2023
5. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2022
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Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Munaron, Dominique, Gueguen, Yannick, Gautier, Emeric, Grouhel-Pellouin, Anne, and Rocq, Sophie
- Subjects
REMI ,estimation de la qualité ,Surveillance ,Hérault ,ROCCH sanitaire ,contaminants chimiques ,Gard ,lagunes ,Aude ,contamination bactériologique des coquillages ,classement sanitaire des zones de production ,E. Coli ,Occitanie ,évènement pluviométrique ,élevage et pêche de coquillages ,milieu marin - Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2021 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. En 2021, 23 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 10 dans l’Aude, 12 dans l’Hérault et 1 dans le Gard au travers de 29 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2021 est de 98.5%, et 30 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2022 à partir des résultats de la période 2019-2021 est : « A » pour 2 zones (8,7%), « B » pour 15 zones (65,2%), « C » pour 3 zones (13%) et « très mauvaise » pour 2 zones (8,7%). Le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité d’une zone de pêche de palourdes pour laquelle le suivi a été initié en 2020. Parmi ces zones, 17 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité, 4 ont un classement sanitaire plus favorable que l’estimation de leur qualité, et 1 a un classement plus défavorable. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.
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- 2022
6. Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2021. Région Occitanie - Départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard
- Author
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Serais, Ophelie, Munaron, Dominique, Caillard, Elise, Cimiterra, Nicolas, Gianaroli, Camille, Lagarde, Franck, Serais, Ophelie, Munaron, Dominique, Caillard, Elise, Cimiterra, Nicolas, Gianaroli, Camille, and Lagarde, Franck
- Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux : de contrôle microbiologique (REMI), d’observation et de surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales (REPHY), de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX), d’observation de la contamination chimique (ROCCH), d’observations conchylicoles (ECOSCOPA) des départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard du littoral de la région Occitanie en 2021. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
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- 2022
7. OBSLAG - Pesticides. Bilan 2020-2021 du suivi des lagunes méditerranéennes.
- Author
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Munaron, Dominique, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Derolez, Valerie, Ouisse, Vincent, Giraud, Anaïs, Munaron, Dominique, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Derolez, Valerie, Ouisse, Vincent, and Giraud, Anaïs
- Abstract
L'objectif du projet OBSLAG Pesticides est de dresser un état des lieux de la problématique des pesticides dans les lagunes Méditerranéennes au regard du risque chronique (individuel et/ou conjoint) qu'ils occasionnent vis-à-vis des organismes vivants de ces écosystèmes. Douze pointssuivis par échantillonnage intégratif au cours de 3 campagnes réalisées pendant l’année hydrologique 2020-21 caractérisent l’exposition de 10 lagunes aux pesticides. 75 matières actives et produits de dégradation ont été recherchés à l'aide d'échantillonneurs intégratifs passifs (POCIS) et d'échantillons d'eau ponctuels. En parallèle de cette acquisition de données, le travail de mise à jour bibliographique des données écotoxicologiques les plus récentes concernant les pesticides a été réalisé de manière à mettre en œuvre le Quotient de Risque (QR). Il s’agit d’un indicateur de risque chronique basé sur les effets cumulés des substances et dérivé du concept toxicologique de l'Addition des Concentrations (AC). 93% des échantillons réalisés présentent au moins un pesticide dépassant sa valeur seuil. Les dépassements individuels tendent toutefois à diminuer en 2020-21 par rapport aux suivis précédents. 13 substances sont en cause et aucune n’est une substance prioritaire DCE. Parmi ces « drivers du risque » 2020-21, le métolachlor-total- et son métabolite OA, l’atrazine-2-hydroxy et la carbendazim présentent un risque généralisé, pour l'ensemble des legs et sur plus de 50% des prélèvements réalisés. Le glyphosate, peu retrouvé dans les lagunes (freq de détection < 10%), dépasse sa valeur seuil dans l’étang de Canet. Parmi les autres drivers figurent aussi les herbicides hexazinone, flazasulfuron, nicosulfuron et chlortoluron, les insecticides imidacloprid et carbofuran, les fongicides propiconazole et azoxystrobin, et les produits de transformation, métolachlor ESA et atrazine-deséthyl (DEA). Outre les effets individuels, toutes les lagunes suivies présentent un risque chronique fort lié à
- Published
- 2022
8. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2021
- Author
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Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Fiandrino, Annie, Munaron, Dominique, Grouhel-pellouin, Anne, Piquet, Jean-come, Rocq, Sophie, Gautier, Emeric, Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Fiandrino, Annie, Munaron, Dominique, Grouhel-pellouin, Anne, Piquet, Jean-come, Rocq, Sophie, and Gautier, Emeric
- Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2020 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. En 2020, 24 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 10 dans l’Aude, 13 dans l’Hérault et 1 dans le Gard au travers de 30 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2020 est de 96,6%, et 46 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2021 à partir des résultats de la période 2018-2020 est : « A » pour 2 zones (8,3%), « B » pour 12 zones (50%), « C » pour 6 zones (25%) et « très mauvaise » pour 2 zones (8,3%), le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité de 2 zones de pêche de palourdes pour lesquelles le suivi a été initié en 2020. Parmi ces zones, 16 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 6 ont un classement sanitaire plus favorable que l’estimation de leur qualité. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.
- Published
- 2021
9. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2020
- Author
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Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Munaron, Dominique, Fiandrino, Annie, Piquet, Jean-come, Rocq, Sophie, Grouhel-pellouin, Anne, Serais, Ophelie, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Munaron, Dominique, Fiandrino, Annie, Piquet, Jean-come, Rocq, Sophie, and Grouhel-pellouin, Anne
- Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2019 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. Jusqu’en mars 2019, 28 zones de production été suivies par le REMI en Occitanie dont 12 dans l’Aude, 14 dans l’Hérault et 1 dans le Gard1 et 1 interdépartementale Hérault-Gard. Suite à la révision de la stratégie REMI en mars 2019, le suivi a été arrêté sur 5 d’entre elles (2 dans l’Aude, 2 dans l’Hérault et la zone interdépartementale Hérault-Gard). Le suivi REMI est opéré sur ces 23 zones de production au travers de 34 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2019 est de 96,9%, et 45 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2020 à partir des résultats de la période 2017-2019 est : « A » pour 3 zones (10,7%), « B » pour 14 zones (50%), « C » pour 6 zones (21.4%), « très mauvaise » pour 4 zones (14.3%) et le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité d’une zone. Parmi ces zones, 19 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 8 ont un classement sanitaire qui ne concorde pas avec l’estimation de leur qualité. Pour 4 des zones présentant un classement et une qualité non concordants, seul un résultat ou un point fait basculer l’estimation de la qualité de la zone. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.
- Published
- 2020
10. Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2021. Région Occitanie - Départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard
- Author
-
Ophelie Serais, Dominique Munaron, Caillard, Elise, Cimiterra, Nicolas, Gianaroli, Camille, and Franck Lagarde
- Subjects
phycotoxines ,REMI ,contamination chimique ,phytoplancton ,Observation ,ECOSCOPA ,lagunes ,microbiologique ,coquillages ,littoral ,ROCCH ,Occitanie ,surveillance ,REPHY ,REPHYTOX - Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux : de contrôle microbiologique (REMI), d’observation et de surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales (REPHY), de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX), d’observation de la contamination chimique (ROCCH), d’observations conchylicoles (ECOSCOPA) des départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard du littoral de la région Occitanie en 2021. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
11. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2021
- Author
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Ophelie Serais, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Fiandrino, Annie, Dominique Munaron, Grouhel, Anne, Piquet, Jean-Côme, Rocq, Sophie, and Gautier, Emeric
- Subjects
REMI ,estimation de la qualité ,Hérault ,contaminants chimiques ,Gard ,Aude ,contamination bactériologique des coquillages ,ROCCH ,classement sanitaire des zones de production ,E. Coli ,Occitanie ,évènement pluviométrique ,élevage et pêche de coquillages ,milieu marin - Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2020 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. En 2020, 24 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 10 dans l’Aude, 13 dans l’Hérault et 1 dans le Gard au travers de 30 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2020 est de 96,6%, et 46 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2021 à partir des résultats de la période 2018-2020 est : « A » pour 2 zones (8,3%), « B » pour 12 zones (50%), « C » pour 6 zones (25%) et « très mauvaise » pour 2 zones (8,3%), le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité de 2 zones de pêche de palourdes pour lesquelles le suivi a été initié en 2020. Parmi ces zones, 16 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 6 ont un classement sanitaire plus favorable que l’estimation de leur qualité. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.
12. OBSLAG - Pesticides. Bilan 2020-2021 du suivi des lagunes méditerranéennes
- Author
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Munaron, Dominique, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Derolez, Valerie, Ouisse, Vincent, and Giraud, Anaïs
- Subjects
Pesticide ,Méditerranée ,Biocide ,Lagunes ,Phytosanitaire ,Evaluation du Risque ,Echantillonneurs passifs ,POCIS - Abstract
L'objectif du projet OBSLAG Pesticides est de dresser un état des lieux de la problématique des pesticides dans les lagunes Méditerranéennes au regard du risque chronique (individuel et/ou conjoint) qu'ils occasionnent vis-à-vis des organismes vivants de ces écosystèmes. Douze pointssuivis par échantillonnage intégratif au cours de 3 campagnes réalisées pendant l’année hydrologique 2020-21 caractérisent l’exposition de 10 lagunes aux pesticides. 75 matières actives et produits de dégradation ont été recherchés à l'aide d'échantillonneurs intégratifs passifs (POCIS) et d'échantillons d'eau ponctuels. En parallèle de cette acquisition de données, le travail de mise à jour bibliographique des données écotoxicologiques les plus récentes concernant les pesticides a été réalisé de manière à mettre en œuvre le Quotient de Risque (QR). Il s’agit d’un indicateur de risque chronique basé sur les effets cumulés des substances et dérivé du concept toxicologique de l'Addition des Concentrations (AC). 93% des échantillons réalisés présentent au moins un pesticide dépassant sa valeur seuil. Les dépassements individuels tendent toutefois à diminuer en 2020-21 par rapport aux suivis précédents. 13 substances sont en cause et aucune n’est une substance prioritaire DCE. Parmi ces « drivers du risque » 2020-21, le métolachlor-total- et son métabolite OA, l’atrazine-2-hydroxy et la carbendazim présentent un risque généralisé, pour l'ensemble des legs et sur plus de 50% des prélèvements réalisés. Le glyphosate, peu retrouvé dans les lagunes (freq de détection < 10%), dépasse sa valeur seuil dans l’étang de Canet. Parmi les autres drivers figurent aussi les herbicides hexazinone, flazasulfuron, nicosulfuron et chlortoluron, les insecticides imidacloprid et carbofuran, les fongicides propiconazole et azoxystrobin, et les produits de transformation, métolachlor ESA et atrazine-deséthyl (DEA). Outre les effets individuels, toutes les lagunes suivies présentent un risque chronique fort lié à la présence de mélanges de pesticide dans leurs eaux. En 2020-21, les étangs de Thau, Vic et Biguglia sont les lagunes qui présentent les risques médians les plus faibles alors que les étangs de Canet, Bages, Ayrolle et Or présentent les risques les plus forts. Cet état des lieux permet d'apporter une vision plus réaliste de la problématique des pesticides polaires dans les lagunes, complémentaire à celle réglementaire de la DCE
13. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2020
- Author
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Ophelie Serais, Gianaroli, Camille, Cimiterra, Nicolas, Dominique Munaron, Fiandrino, Annie, Piquet, Jean-Côme, Rocq, Sophie, and Grouhel, Anne
- Subjects
REMI ,estimation de la qualité ,Hérault ,contaminants chimiques ,Gard ,Aude ,contamination bactériologique des coquillages ,ROCCH ,classement sanitaire des zones de production ,E. Coli ,Occitanie ,évènement pluviométrique ,élevage et pêche de coquillages ,milieu marin - Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2019 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. Jusqu’en mars 2019, 28 zones de production été suivies par le REMI en Occitanie dont 12 dans l’Aude, 14 dans l’Hérault et 1 dans le Gard1 et 1 interdépartementale Hérault-Gard. Suite à la révision de la stratégie REMI en mars 2019, le suivi a été arrêté sur 5 d’entre elles (2 dans l’Aude, 2 dans l’Hérault et la zone interdépartementale Hérault-Gard). Le suivi REMI est opéré sur ces 23 zones de production au travers de 34 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2019 est de 96,9%, et 45 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2020 à partir des résultats de la période 2017-2019 est : « A » pour 3 zones (10,7%), « B » pour 14 zones (50%), « C » pour 6 zones (21.4%), « très mauvaise » pour 4 zones (14.3%) et le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité d’une zone. Parmi ces zones, 19 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 8 ont un classement sanitaire qui ne concorde pas avec l’estimation de leur qualité. Pour 4 des zones présentant un classement et une qualité non concordants, seul un résultat ou un point fait basculer l’estimation de la qualité de la zone. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.
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