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Bacterial antibiotic drug resistance is a worldwide health issue affecting human, animal, and agriculture. Extended-spectrum bêta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mutidrug-resistant bacteria, are a main health priority for the South-western Indian Ocean (SWIO) composed of islands (i.e. Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion). The main objective of this PhD thesis was estimating the ESBL-E prevalence in the three « One Heath approach » compartments (human, animal, environment) in order to identify the main ESBL-E reservoir in IO. This prevalence was independently estimated for each compartment by a sectorial approach and by a holistic approach connecting all compartments spatially and temporally.Both approaches suggest that livestock could be the main ESBL-E reservoir in IO and point out permeability between these three compartments in Madagascar. If the idea of a main reservoir of ESBL-E in livestock seems plausible, its contribution to human colonisation could differ between SWIO territories. Indeed, human direct and/or undirect exposure to this reservoir could be reduced in high-income countries (i.e. Seychelles, La Réunion) but significant for low-income countries (i.e. Madagascar, Union des Comores). In the absence, or reduced application, of food safety, sanitation, and drinking water access, the exposure to ESBL-E from livestock could be substantial in SWIO low-income countries. Consequently, the relative contribution of livestock in human ESBL-E subsequent colonisation could be significant in low-income countries but currently understudied. Research on that topic should strengthen antibiotic drug resistance control measures in low sanitation contexts., La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l’agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion. L’objectif général de cette thèse était d’identifier, parmi les trois compartiments de l’approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d’EBLSE dans le SOOI. La prévalence d’EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d’identifier les animaux d’élevage comme le probable réservoir principal d’EBLSE dans le SOOI. L’approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l’hypothèse d’un réservoir majeur d’EBLSE chez les animaux d’élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l’exposition de l’homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l’absence de sécurité des aliments, de système d’assainissement et d’accès à l’eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d’élevage dans la colonisation par les EBLSE de l’homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l’antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire.

La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l'agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l'Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l'Union des Comores et La Réunion. L'objectif général de cette thèse était d'identifier, parmi les trois compartiments de l'approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d'EBLSE dans le SOOI. La prévalence d'EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d'identifier les animaux d'élevage comme le probable réservoir principal d'EBLSE dans le SOOI. L'approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l'hypothèse d'un réservoir majeur d'EBLSE chez les animaux d'élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l'exposition de l'homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l'absence de sécurité des aliments, de système d'assainissement et d'accès à l'eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d'élevage dans la colonisation par les EBLSE de l'homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l'antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire.

Cette étude est structurée en trois parties: - Des entretiens réalisés au Laos, auprès d'habitants de Lap Sik (90 % de l'ethnie Khmou) ont abordés les représentations et liens entre humains et chiroptères. Dans ce village, les apports en protéines animales dépendent quasi-exclusivement des animaux sauvages et les chiroptères sont un met de choix toujours consommé cuit. Toutes les espèces de chiroptères sont consommées et les chasseurs perçoivent une baisse de leurs populations qu'ils attribuent à la chasse. Les hommes capturent les chauves-souris dans les grottes à l'aide de filets ou de lance-pierres et les femmes les cuisinent. Ces pratiques impliquent des contacts étroits entre l'humain et l'animal (morsures, aérosols). Aucune des personnes interrogées n'a évoqué une potentielle transmission de maladies infectieuses par ces animaux. L'aspect commercial concernant les chiroptères n'a été qu'effleuré dans cette étude et il serait pertinent de connaître sa place et son importance relative au sein du système de production et des filières commerciales. - Une base de données sur 292 espèces de chiroptères a été réalisée, rassemblant leurs traits de vie et les espèces de parasites isolées en Asie du Sud-est. Des régressions linéaires l'effort d'investigation (nombre de chiroptères échantillonnés) sur fa richesse en parasites ont permis d'obtenir des valeurs résiduelles qui ont été ordonnées. Les espèces aux valeurs résiduelles positives, comme Macroglossus minimus et Hipposidems armiger, nécessiteraient des investigations poussées pour leur qualité de réservoir de diversité parasitaire. Des déterminants de la richesse parasitaire ont été étudiés par la méthode des contrastes indépendants qui limite les biais liés aux caractères communs entre espèces phylogénétiquement proches. Le meilleur modèle explique 75 % de la variance en ectoparasites avec l'aire de distribution des espèces, le nombre de publications sur les ectoparasites (effort de recherche) et la fragmentation de l'aire de distribution comme facteurs explicatifs. Le meilleur modèle pour la richesse virale explique significativement 87 % de la variance en virus avec la taille des colonies, l'effort de recherche et la fragmentation de l'aire de distribution. Le modèle pour les endoparasites explique 41 % de la variance grâce à l'effort de recherche et l'aire de distribution des espèces. Selon nos analyses, une large aire de distribution des espèces, fortement fragmentée, explique la richesse parasitaire. - Des entretiens semi-dirigés d'experts et l'utilisation d'un " Scoring " ont permis d'élargir la réflexion à d'autres déterminants potentiels de la diversité parasitaire (consommation de chiroptères, proximité à l'humain et grégarité des espèces). Les experts ont effectivement considéré l'aire de distribution et sa fragmentation comme facteurs d'ordre prioritaire. La taille des colonies a été trouvée négativement corrélée à la richesse en parasites mais cette hypothèse n'était envisagée ni des experts ni selon nos hypothèses de départ. Ces entretiens posent le problème des connaissances objectivées des experts scientifiques, fruit d'une éducation scientifique non pluridisciplinaire. On peut s'interroger sur la valeur de certaines consultations d'experts et de méthodes de " Priorisation " utilisant souvent des questionnaires fermés. Ceci pourrait renforcer les réponses stéréotypées non fondées sur une connaissance objectivée. Les entretiens ouverts permettent de limiter les biais liés aux représentations et assurent à terme la construction de questionnaires plus cohérents pgr rapport à l'objet d'étude. Cette étude suggère que les approches qualitatives peuvent garantir la qualité d'études quantitatives à venir.