Search

Predicting the binding mode of flexible polypeptides to proteins is an important task that falls outside the domain of applicability of most small molecule and protein−protein docking tools. Here, we test the small molecule flexible ligand docking program Glide on a set of 19 non-α-helical peptides and systematically improve pose prediction accuracy by enhancing Glide sampling for flexible polypeptides. In addition, scoring of the poses was improved by post-processing with physics-based implicit solvent MM- GBSA calculations. Using the best RMSD among the top 10 scoring poses as a metric, the success rate (RMSD ≤ 2.0 Å for the interface backbone atoms) increased from 21% with default Glide SP settings to 58% with the enhanced peptide sampling and scoring protocol in the case of redocking to the native protein structure. This approaches the accuracy of the recently developed Rosetta FlexPepDock method (63% success for these 19 peptides) while being over 100 times faster. Cross-docking was performed for a subset of cases where an unbound receptor structure was available, and in that case, 40% of peptides were docked successfully. We analyze the results and find that the optimized polypeptide protocol is most accurate for extended peptides of limited size and number of formal charges, defining a domain of applicability for this approach.

Dieser Beitrag besch��ftigt sich mit der Frage, wie kulturelle Diversit��t in den performativen K��nsten kuratiert wird. Dieser Frage zugrunde liegt die Annahme, dass derzeit vor allem zwei gegens��tzliche "Str��mungen" existieren, wie kulturelle Diversit��t in k��nstlerischen Projekten kuratiert wird., Schriften zur Kultur- und Mediensemiotik | Online, Nr. 4 (2018)

Die Analyse der Wechselwirkungen von Kulturpolitik, Musikvermittlung und jugendlichen Identitätskonstruktionen im Spannungsfeld der durch Migration und andere Einflüsse wie die hohe Mobilität von Informationen globalisierten Komplexität heutiger Gesellschaften legt die Entstehung von Jugendkulturen am Beispiel Hamburg offen. «Imaginäre Identitätsmythen» als Repräsentationssystem der Interkultur werden analysiert und ihre Zuschreibungsmechanismen, ihr exotisierendes Othering offengelegt. Durch die Feldstudie werden die Perspektiven der Kultur- und Bildungspolitik und der freien Kulturträger mit den Perspektiven der Jugendlichen in Korrelation gebracht. Gefragt wird, ob der Blickwinkel der Kulturpolitik einschränkend oder fördernd auf Jugendliche wirkt, und ob er mit den kulturellen Bedürfnissen der Jugendlichen übereinstimmt.Die Aktualität der Analyse liegt nicht zuletzt in der Brisanz segregierender Tendenzen im öffentlichen Meinungsklima in Bezug auf «Jugendliche mit Migrationshintergrund». Die Ergebnisse der Forschung liefern Empfehlungen, deren Umsetzung eine wünschenswerte, wenn nicht gar notwendige Adaption der Kulturpolitik an die Realitäten des heutigen postmigrantischen Gesellschaftsprozesses darstellt. Anstatt der Verfestigung von segregierenden Zuschreibungen Vorschub zu leisten, bietet eine solche transkulturelle Perspektive die Möglichkeit, Verflechtungen, Interaktionen und (auch widersprüchliche) Gemeinsamkeiten im globalisierten Kontext als Vorteil zu begreifen und sich der Ermöglichung von postmigrantischer Normalität zu verschreiben.

Ethnologie und Soziologie ähneln sich mittlerweile in ihren Perspektiven, Methoden und Theorien so weit, dass es außer bei der Verteidigung von Lehrstühlen schwer fällt, wirkliche Unterschiede festzustellen. Je nach Standort werden beide Disziplinen ein Mal den Sozialwissenschaften, ein anderes Mal den Geistes‑ und/oder Kulturwissenschaften zugeordnet. Ebenfalls lassen sich in den Gegenständen der beiden Disziplinen viele Überschneidungen finden: Ethnologen forschen längst „vor der eigenen Haustür“, und die ehemals „fremden Völker und Kulturen“ als Hoheitsgebiete der Ethnologie gehören nicht zuletzt in Zeiten der Globalisierung und weltweiter Mobilität von Personen und Kulturformen zum Forschungsrepertoire der Soziologie. Nach wie vor geht es jedoch um „Fremdverstehen“, das nicht zuletzt methodologische Implikationen aufwirft, mit denen sich die Qualitative Sozialforschung und vor allem die Ethnografie auseinandersetzen. Die theoretisch-moralischen Kritikpunkte ähneln sich auch hier wieder und sind mit der folgenden Frage zusammenzufassen: Wie lassen sich Daten legitimieren, die ohnehin subjektiv sind, aber zuvorderst der Crux unterliegen, auf der Basis von Machtbeziehungen gewonnen worden zu sein?

The focus on concepts of power and domination in societal structures has characterized sociology since its beginnings. Max Weber’s definition of power as “imposing one’s will on others” is still relevant to explaining processes in the arts, whether their production, imagination, communication, distribution, critique or consumption. Domination in the arts is exercised by internal and external rulers through institutionalized social structures and through beliefs about their legitimacy, achieved by defining and shaping art tastes.The complexity of how the arts relate to power arises from the complexity of the policies of artistic production, distribution and consumption—policies which serve to facilitate or hinder an aesthetic object from reaching its intended public. Curators, critics and collectors employ a variety of forms of cultural and artistic communication to mirror and shape the dominant social, economic and political conditions.Arts and Power: Policies in and by the Arts brings together diverse voices who position the societal functions of art in fields of domination and power, of structure and agency—whether they are used to impose hegemonic, totalitarian or unjust goals or to pursue social purposes fostering equal rights and grassroots democracy. The contributions in this volume are exploratory steps towards what we believe can be a more systematic, empirically and theoretically founded sociological debate on the arts and power. And they are an invitation to take further steps.

This book critically examines multiple ways in which cultural diversity is represented and handled in a variety of contexts, from the artistic to the scientific, from the political to the theatrical, in media, fashion and everyday life, today as well as in the past. By drawing from the observation that specific socio-cultural features are made relevant to create asymmetries and hierarchies between individuals, groups and cultural resources, the volume questions, on the one hand, contingent processes of regulation, standardization, and homogenization of diversity. It points at contradictory processes of in- and exclusion related to the construction of differences between the Self and the Other in processes of doing culture. On the other hand, it recognizes and emphasizes the fluidity of cultural entanglements by adopting a transcultural perspective, which unifies the variety of the topics and of the contexts covered by the chapters, as well as their inter- and transdisciplinarity. While processes such as globalization, decolonization, migration, and mediatization have contributed to place diversity at the centre-stage of both scholarly and non-scholarly debates, this book invites to re-think norms, practices and negotiations of diversity and otherness through a variety of narrations, standardizations, imaginations, and negotiations. By emphasizing the contrast between emancipatory vs. standardizing approaches to diversity and otherness it also invites to “transculturalize” the study and the politics of culture.