41 results on '"Gao, Yiqin"'
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2. Recovering a Molecule's 3D Dynamics from Liquid-phase Electron Microscopy Movies
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Ye, Enze, Wang, Yuhang, Zhang, Hong, Gao, Yiqin, Wang, Huan, and Sun, He
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Quantitative Biology - Quantitative Methods ,Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition ,Electrical Engineering and Systems Science - Image and Video Processing - Abstract
The dynamics of biomolecules are crucial for our understanding of their functioning in living systems. However, current 3D imaging techniques, such as cryogenic electron microscopy (cryo-EM), require freezing the sample, which limits the observation of their conformational changes in real time. The innovative liquid-phase electron microscopy (liquid-phase EM) technique allows molecules to be placed in the native liquid environment, providing a unique opportunity to observe their dynamics. In this paper, we propose TEMPOR, a Temporal Electron MicroscoPy Object Reconstruction algorithm for liquid-phase EM that leverages an implicit neural representation (INR) and a dynamical variational auto-encoder (DVAE) to recover time series of molecular structures. We demonstrate its advantages in recovering different motion dynamics from two simulated datasets, 7bcq and Cas9. To our knowledge, our work is the first attempt to directly recover 3D structures of a temporally-varying particle from liquid-phase EM movies. It provides a promising new approach for studying molecules' 3D dynamics in structural biology.
- Published
- 2023
3. Non-collinear density functional theory
- Author
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Pu, Zhichen, Li, Hao, Sun, Qiming, Zhang, Ning, Zhang, Yong, Shao, Sihong, Jiang, Hong, Gao, Yiqin, and Xiao, Yunlong
- Subjects
Quantum Physics ,Physics - Chemical Physics ,Physics - Computational Physics - Abstract
An approach to generalize any kind of collinear functionals in density functional theory to non-collinear functionals is proposed. This approach, for the very first time, satisfies the correct collinear limit for any kind of functionals, guaranteeing that the exact collinear functional after generalized is still exact for collinear spins. Besides, it has well-defined and numerically stable functional derivatives, a desired feature for non-collinear and spin-flip time-dependent density functional theory. Furthermore, it provides local torque, hinting at its applications in spin dynamics., Comment: 17 pages, 10 figures
- Published
- 2021
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4. Resource-Constrained Scheduling Algorithms for Stochastic Independent Tasks With Unknown Probability Distribution
- Author
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Gao, Yiqin, Robert, Yves, and Vivien, Frédéric
- Published
- 2023
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5. Enhanced mechanical and humidity resistance properties of heat-treated wood by impregnation of low-molecular-weight lignin
- Author
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Gao, Yiqin, Li, Yuanyuan, Ren, Ruiqing, Li, Li, and Chen, Yao
- Published
- 2022
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6. Nonionic Water-Soluble Oligo(ethylene glycol)-Modified Polypeptides with a β‑Sheet Conformation.
- Author
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Jing, Xiaodong, Zhu, Zhen, Wang, Shuo, Xin, Jiaqi, Zhou, Haisen, Wang, Letian, Tong, Huimin, Cui, Chenhui, Zhang, Yanfeng, Sun, Fei, Yang, Lijiang, Gao, Yiqin, and Lu, Hua
- Published
- 2024
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7. Combine Umbrella Sampling with Integrated Tempering Method for Efficient and Accurate Calculation of Free Energy Changes of Complex Energy Surface
- Author
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Yang, Mingjun, Yang, Lijiang, Gao, Yiqin, and Hu, Hao
- Subjects
Statistics - Methodology ,Quantitative Biology - Biomolecules - Abstract
Umbrella sampling is an efficient method for the calculation of free energy changes of a system along well-defined reaction coordinates. However, when multiple parallel channels along the reaction coordinate or hidden barriers in directions perpendicular to the reaction coordinate exist, it is difficult for conventional umbrella sampling methods to generate sufficient sampling within limited simulation time. Here we propose an efficient approach to combine umbrella sampling with the integrated tempering sampling method. The umbrella sampling method is applied to conformational degrees of freedom which possess significant barriers and are chemically more relevant. The integrated tempering sampling method is employed to facilitate the sampling of other degrees of freedom in which statistically non-negligible barriers may exist. The combined method is applied to two model systems and show significantly improved sampling efficiencies as compared to standalone conventional umbrella sampling or integrated tempering sampling approaches. Therefore, the combined approach will become a very efficient method in the simulation of biomolecular processes which often involve sampling of complex rugged energy landscapes., Comment: 28 pages and 6 figures
- Published
- 2013
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8. Temporal Enhancement Spatial-Temporal Graph Convolutional Networks
- Author
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Chen, Siyu, primary, Zhou, Yun, additional, Xu, Huahu, additional, Zheng, Rui, additional, Lin, XinHua, additional, and Gao, Yiqin, additional
- Published
- 2023
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9. Adding gaseous ammonia with heat treatment to improve the mechanical properties of spruce wood
- Author
-
Gao, Yiqin, primary, Li, Li, additional, and Chen, Yao, additional
- Published
- 2023
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10. Noncollinear density functional theory
- Author
-
Pu, Zhichen, primary, Li, Hao, additional, Zhang, Ning, additional, Jiang, Hong, additional, Gao, Yiqin, additional, Xiao, Yunlong, additional, Sun, Qiming, additional, Zhang, Yong, additional, and Shao, Sihong, additional
- Published
- 2023
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11. Dynamic Scheduling Strategies for Firm Semi-Periodic Real-Time Tasks
- Author
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Gao, Yiqin, primary, Pallez, Guillaume, additional, Robert, Yves, additional, and Vivien, Frederic, additional
- Published
- 2023
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12. Exploring the theoretical foundation of molecular assembly: current status and opportunities
- Author
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Qu, Hang, primary, Tong, Tianyi, additional, Lei, Zhi-Chao, additional, Shi, Peichen, additional, Yang, Liulin, additional, Cao, Xiaoyu, additional, Gao, Yiqin, additional, Hou, Zhonghuai, additional, Xu, Xin, additional, and Tian, Zhong-Qun, additional
- Published
- 2022
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13. Volume fractal and surface fractal analysis of the pore structure of natural and heat-treated spruce wood using the mercury intrusion porosimetry test
- Author
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Gao, Yiqin, primary, Wang, Mingjie, additional, Li, Yuanyuan, additional, Li, Li, additional, and Chen, Yao, additional
- Published
- 2022
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14. Surface fractal analysis of the pore structure in natural and heat-treated spruce wood cell walls using nitrogen adsorption/desorption test
- Author
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Gao, Yiqin, primary, Wang, Mingjie, additional, Li, Yuanyuan, additional, Li, Li, additional, and Chen, Yao, additional
- Published
- 2022
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15. Scheduling Strategies for Overloaded Real-Time Systems
- Author
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Gao, Yiqin, Pallez, Guillaume, Robert, Yves, Vivien, Frédéric, Roma, Equipe, Shanghai Jiao Tong University [Shanghai], Topology-Aware System-Scale Data Management for High-Performance Computing (TADAAM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Innovative Computing Laboratory [Knoxville] (ICL), The University of Tennessee [Knoxville], Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Inria - Research Centre Grenoble – Rhône-Alpes
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Stratégie d’ordonnancement ,Overloaded system ,Système en temps réel ,Système surchargé ,[INFO] Computer Science [cs] ,Scheduling strategy ,Markov model ,Firm jobs ,Real-time system ,Interruption ,[INFO]Computer Science [cs] ,Job interruption ,Politique d’admission ,Admission policy ,Modèle de Markov model - Abstract
This paper introduces and assesses novel strategies to schedule firm real-time jobs on an overloaded server. The jobs are released periodically and have the same relative deadline. Job execution times obey an arbitrary probability distribution and can take unbounded values (no WCET). We introduce three control parameters to decide when to start or interrupt a job. We couple this dynamic scheduling with several admission policies and investigate several optimization criteria, the most prominent being the Deadline Miss Ratio (DMR). Then we derive a Markov model and use its stationary distribution to determine the best value of each control parameter. Finally we conduct an extensive simulation campaign with 14 different probability distributions; the results nicely demonstrate how the new control parameters help improve system performance compared with traditional approaches. In particular, we show that (i) the best admission policy is to admit all jobs; (ii) the key control parameter is to upper bound the start time of each job; (iii) the best scheduling strategy decreases the DMR by up to 0.35 over traditional competitors., Ce travail présente et évalue de nouvelles stratégies d’ordonnancement pour exécuter des tâches périodiques en temps réel sur une plate-forme surchargée. Les tâches arrivent périodiquement et ont le même délai relatif pour leur exécution. Les temps d’exécution des tâches obéissent à une distribution de probabilité arbitraire et peuvent prendre des valeurs illimitées (pas de WCET). Certaines tâches peuvent être interrompues à leur admission dans le système ou bien en cours d’exécution. Nous introduisons trois paramètres de contrôle pour décider quand démarrer ou interrompre une tâche. Nous associons cet ordonnancement dynamique à plusieurs politiques d’admission et étudions plusieurs critères d’optimisation, le plus important étant le Deadline Miss Ratio (DMR). Ensuite, nous dérivons un modèle deMarkov et utilisons sa distribution stationnaire pour déterminer la meilleure valeur de chaque paramètre de contrôle. Enfin, nous conduisons de vastes simulations avec 14 distributions de probabilité différentes ; les résultats démontrentbien comment les nouveaux paramètres de contrôle contribuent à améliorer les performances du système par rapport aux approches traditionnelles. En particulier, nous montrons que (i) la meilleure politique d’admission est d’admettre toutes les tâches; (ii) le paramètre de contrôle clé est de limiter le temps de début de chaque tâche après son admission; (iii) la meilleure stratégie de planification diminue le DMR jusqu’à 0,35 par rapport aux concurrents traditionnels.
- Published
- 2022
16. Enhancing the mechanical properties and hydrophobicity of heat-treated wood by migrating and relocating sulfonated lignin
- Author
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Gao, Yiqin, primary, Li, Yuanyuan, additional, Ren, Ruiqing, additional, Li, Li, additional, Gao, Jianmin, additional, and Chen, Yao, additional
- Published
- 2022
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17. Work-in-Progress: Evaluating Task Dropping Strategies for Overloaded Real-Time Systems
- Author
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Gao, Yiqin, Pallez, Guillaume, Robert, Yves, Vivien, Frédéric, École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Topology-Aware System-Scale Data Management for High-Performance Computing (TADAAM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), The work of Yiqin Gao was supported by the LABEX MILYON (ANR-10-LABX-0070) of Université de Lyon, within the program 'Investissements d’Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) operated by the French National Research Agency (ANR)., École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest
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[INFO.INFO-PF]Computer Science [cs]/Performance [cs.PF] ,real-time system ,[INFO]Computer Science [cs] ,overloaded system ,task dropping - Abstract
International audience; This paper discusses evaluation criteria and scheduling strategies for the analysis of overloaded real-time systems. This work builds upon techniques from queueing theory and proposes a new approach for real-time systems.
- Published
- 2021
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18. On the molecular mechanism of ion specific Hofmeister series
- Author
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Xie, WenJun, Liu, ChengWen, Yang, LiJiang, and Gao, YiQin
- Published
- 2014
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19. Structural stability and pH-dependent conformational dynamics of noncanonical i-motif DNA
- Author
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Mondal, Manas and Gao, Yiqin
- Published
- 2024
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20. Scheduling independent tasks under budget and time constraints
- Author
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Gao, Yiqin, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, and Frédéric Vivien
- Subjects
Deadline ,Date limite ,Scheduling ,Plate-forme cloud ,Ordonnancement ,Tâches independantes ,Budget ,Cloud platform ,[INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC] ,Independent tasks - Abstract
In this thesis, we design scheduling heuristics for independent tasks under budget and time constraints, in order to satisfy the requirement on performance or on energy consumption. The first three chapters of this thesis have performance as objective, while the fourth chapter focuses on energy-efficiency. The first three chapters have a common framework: We have a bag of tasks whose execution times follow some probability distributions. We can decide at any instant to interrupt the execution of a long running task and to launch a new one instead. The main questions are how many (or which) processors to enroll, and whether and when to interrupt tasks if they have been executing for a long time. In previous work, the problem has been dealt with on a homogeneous platform and with the same release time and deadline for all tasks. Our work extends the state-of-the-art in three directions: In the first work, we consider an heterogeneous platform. In the second work, we assume that the distribution of task execution times is unknown. In the third work, tasks are released periodically and have their own deadline. The fourth work considers a real-time framework. We have periodic tasks and an heterogeneous platform. We consider transient fault. Tasks are replicated to guarantee a pre-defined reliability threshold. We aim at find a heuristic which minimizes the expected energy consumption, while matching the deadline and reliability constraints of all tasks. This alls for a difficult trade-off between reliability and energy consumption.; De nos jours, l'informatique est un outil essentiel dans divers domaines de la recherche scientifique et dans notre vie quotidienne. Beaucoup des travaux informatiques, ou tâches, ont des échéances. D'autre part, le budget dont nous disposons est généralement limité. Afin de répondre aux exigences en termes de performances sous contraintes de budget et d'échéance, nous devons concevoir des heuristiques de planification pour améliorer les performances. En même temps, nous accordons de plus en plus d'attention à la protection de l'environnement. L'efficacité énergétique devient l'un des objectifs critiques dans une variété de problèmes. Ainsi, dans cette thèse, nous présentons des heuristiques d'ordonnancement pour des tâches indépendantes sous contraintes budgétaires et temporelles, qui cherchent à optimiser la performance ou la consommation d'énergie. Les trois premières parties de cette thèse ont la performance comme objectif, et nous traitons l'efficacité énergétique dans le quatrième. Les trois premiers travaux ont des conditions similaires : Nous avons un sac de tâches pour lesquelles les temps d'exécution suivent la même distribution. On peut décider à tout instant d'interrompre l'exécution d'une tâche et d'en lancer une nouvelle. Les principales questions sont de savoir combien (ou quels) processeurs utiliser, et si et quand interrompre les longues tâches. Dans un travail antérieur, les auteurs ont considéré une plateforme homogène et une échéance commune pour toutes les tâches. Nos travaux prolongent les travaux précédents dans trois directions : Premièrement, nous considérons une plateforme hétérogène. Deuxièmement, nous supposons que la distribution des temps d'exécution des tâches est inconnue. Troisièmement, les tâches arrivent périodiquement et ont leur propre échéance. Le quatrième travail se place dans un cadre temps-réel. Nous avons des tâches périodiques et une plateforme hétérogène. Nous considérons des pannes transitoires, et les tâches sont répliquées pour assurer un seuil de fiabilité prescrit. Nous n'avons plus de budget limité. En revanche, nous devons trouver une heuristique qui minimise la consommation d'énergie, tout en respectant les contraintes d'échéance et de fiabilité de toutes les tâches.
- Published
- 2021
21. Tribute to Xiaoliang Sunney Xie.
- Author
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Min, Wei, Mukamel, Shaul, and Gao, Yiqin
- Published
- 2023
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22. Minimiser la consommation d’énergie pour des tâches en temps réel sur des plateformes hétérogènes avec contraintes de délais et de fiabilité
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Gao, Yiqin, Han, Li, Liu, Jing, Robert, Yves, Vivien, Frédéric, Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), East China Normal University [Shangaï] (ECNU), Innovative Computing Laboratory [Knoxville] (ICL), The University of Tennessee [Knoxville], This paper is partially supported by the National Key Research and Development under Project 2019YFA0706404, NSFC 61972150, and a JORISS grant from ENS de Lyon and ECNU. The work of Yiqin Gao was supported by the LABEX MILYON (ANR-10-LABX-0070) of Université de Lyon, within the program 'Investissements d’Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) operated by the French National Research Agency (ANR). First two authors contributed equally to this work., Inria - Research Centre Grenoble – Rhône-Alpes, ANR-10-LABX-0070,MILYON,Community of mathematics and fundamental computer science in Lyon(2010), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
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Systèmes en temps réel ,reliability ,plates-formes hétérogènes ,systèmes sensibles à l’énergie ,[INFO]Computer Science [cs] ,scheduling ,fiabilité ,heterogeneous platforms ,energy-aware systems ,Real-time systems ,ordonnancement - Abstract
Low energy consumption and high reliability are widely identified as increasingly relevant issues in real-time systems on heterogeneous platforms. In this paper, we propose a multi-criteria optimization strategy to minimize the expected energy consumption while enforcing the reliability threshold and meeting all task deadlines. The tasks arrive periodically. Each instance of a task is replicated to ensure a prescribed reliability threshold. The platform is composed of processors with different (and possibly unrelated) characteristics, including speed profile, energy cost and failure rate. We provide several mapping and scheduling heuristics to solve this challenging optimization problem. Specifically, a novel approach is designed to control (i) how many replicas to use for each task, (ii) on which processor to map each replica and (iii) when to schedule each replica for eachtask instance on its assigned processor. Different mappings achieve different levels of reliability and consume different amounts of energy. Scheduling matters because once a task replica is successful, the other replicas of that task instance are canceled, which calls for minimizing the amount of temporal overlap between any replica pair. The experiments are conducted for a comprehensive set of execution scenarios, with a wide range of processor speed profiles and failure rates. The comparison results reveal that our strategies perform better than the random baseline, with a gain in energy consumption of more than 40% for nearly all cases. The absolute performance of the heuristics is assessed by a comparison with a lower-bound; the best heuristics achieve an excellent performance. It saves only 2% less energy than the lower-bound.; La faible consommation d’énergie et la haute fiabilité sont identifiées comme des problèmes de plus en plus pertinents dans les systèmes en temps réel sur des plateformes hétérogènes. Dans ce rapport, nous proposons une stratégie d’optimisation multi-critère pour minimiser l’espérance de laconsommation d’énergie tout en respectant le seuil de fiabilité et toutes les échéances des tâches. Les tâches arrivent périodiquement. Chaque instance d’une tâche est répliquée pour garantir un seuil de fiabilité prescrit. La plateforme est composée de processeurs avec des caractéristiques différentes (et éventuellement sans corrélation), y compris la vitesse, le coût énergétique et le taux de panne. Nous fournissons plusieurs heuristiques de placement et d’ordonnancement pour ce problème d’optimisation difficile. Plus précisément, une nouvelle solution est conçue pour contrôler (i) le nombre de répliques à utiliser pour chaque tâche, (ii) sur quel processeur doit-on placer chaque réplique et (iii) comment ordonnancer chaque réplique de chaque instance de tâche sur le processeur qui lui est affecté. Différents placements atteignent différents niveaux de fiabilité et consomment différentes quantités d’énergie. L’ordonnancement est important car une fois qu’une réplique de tâche réussit, les autres répliques de cette instance sont annulées, ce qui demande de minimiser le recouvrement en temps entre toute paire de répliques. Les expériences sont exécutées pour un grand ensemble de scénarios, avec une large gamme de vitesses et de taux d’échec pour les processeurs. Les résultats montrent que nos stratégies fonctionnent mieux que la référence de base aléatoire, avec un gain de 40 % en consommation d’énergie, dans presque tous les cas. La performance absolue de l’heuristique est évaluée en la comparant avec une borne inférieure. La meilleure heuristique atteint une excellente performance, avec une valeur moyenne supérieure de seulement 2% à la borne inférieure.
- Published
- 2021
23. Temporal Dynamics of Greenhouse Gas Flux of Warm Temperate Deciduous Broad-Leaved Forest Ecosystem Soil in North China
- Author
-
Wan, Wuxing, primary, Zhang, Shuai, additional, Li, Jie, additional, Gao, Yiqin, additional, Feng, Meiqi, additional, and Wang, Xiaoke, additional
- Published
- 2021
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24. Resource-Constrained Scheduling of Stochastic Tasks With Unknown Probability Distribution
- Author
-
Gao, Yiqin, Robert, Yves, Vivien, Frédéric, Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Innovative Computing Laboratory [Knoxville] (ICL), The University of Tennessee [Knoxville], The work of Yiqin Gao was supported by the LABEX MILYON (ANR10-LABX-0070) of Université de Lyon, within the program 'Investissementsd’Avenir' (ANR-11-IDEX-0007) operated by the French National Research Agency (ANR)., Inria - Research Centre Grenoble – Rhône-Alpes, ANR-10-LABX-0070,MILYON,Community of mathematics and fundamental computer science in Lyon(2010), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
- Subjects
Temps d’exécution stochastiques ,Deadline ,Tâches indépendantes ,Date limite ,Scheduling ,Kaplan-Meier estimator ,Stochastic tasks ,Ordonnancement ,Budget ,[INFO]Computer Science [cs] ,Estimateur de Kaplan-Meier ,Independent tasks - Abstract
This work introduces scheduling strategies to maximize the expected numberof independent tasks that can be executed on a cloud platform within a given budgetand under a deadline constraint. Task execution times are not known before execution;instead, the only information available to the scheduler is that they obey some (unknown)probability distribution. The scheduler needs to acquire some information before decidingfor a cutting threshold: instead of allowing all tasks to run until completion, one maywant to interrupt long-running tasks at some point. In addition, the cutting thresholdmay be reevaluated as new information is acquired when the execution progresses further.This works presents several strategies to determine a good cutting threshold, and to decidewhen to re-evaluate it. In particular, we use the Kaplan-Meier estimator to account fortasks that are still running when making a decision. The efficiency of our strategies isassessed through an extensive set of simulations with various budget and deadline values,and ranging over 14 probability distributions.; Ce travail présente des stratégies d’ordonnancement permettant de maximiser le nombre attendu de tâches indépendantes pouvant être exécutées sur une plateforme de type cloud avec un budget donné et une contrainte de date limite. Le temps d’exécution des tâches est inconnu, on sait seulement qu’ils obéissent à une distribution de probabilité (inconnue). L’ordonnanceur peut décider à tout moment d’interrompre l’exécution d’une tâche (longue) en cours d’exécution et d’en lancer une nouvelle, mais le budget déjà utilisé pour la tâche interrompue est perdu. Le seuil d’interruption d’une tâche peut être recalculé au fur et à mesure que l’exécution progresse globalement. Ce travail présente plusieurs stratégies pour déterminer un bon seuil d’interruption, et pour décider quand le ré-évaluer. Nous utilisons l’estimateur de Kaplan-Meier pour prendre en compte les tâches en cours d’exécution au moment où la décision est prise. L’efficacité de nos stratégies est évaluée via un vaste ensemble de simulations, avec diverses valeurs de budget et de date limite, et portant sur 14 distributions de probabilité
- Published
- 2020
25. Energy-aware strategies for reliability-oriented real-time task allocation on heterogeneous platforms
- Author
-
Han, Li, Gao, Yiqin, Liu, Jing, Robert, Yves, Vivien, Frédéric, Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), East China Normal University [Shangaï] (ECNU), The University of Tennessee [Knoxville], and Univ Lyon, EnsL, UCBL, CNRS, Inria, LIP
- Subjects
[INFO]Computer Science [cs] ,[INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC] - Abstract
Low energy consumption and high reliability are widely identified as increasingly relevant issues in real-time systems on heterogeneous platforms. In this paper, we propose a multi-criteria optimization strategy to minimize the expected energy consumption while enforcing the reliability threshold and meeting all task deadlines. The tasksare replicated to ensure a prescribed reliability threshold. The platforms are composed of processors with different (and possibly unrelated) characteristics, including speed profile, energy cost and failure rate. We provide several mapping and scheduling heuristics towards this challenging optimization problem. Specifically, a novel approach is designed to control (i) how many replicas to use for each task, (ii) on which processor to map each replica and(iii) when to schedule each replica on its assigned processor. Different mappings achieve different levels of reliability and consume different amounts of energy. Scheduling matters because once a task replica is successful, the other replicas of that task are cancelled, which calls for minimizing the amount of temporal overlap between any replica pair. The experiments are conducted for a comprehensive set of execution scenarios, with a wide range ofprocessor speed profiles and failure rates. The comparison results reveal that our strategies perform better than the random baseline, with a gain of 40% in energy consumption, for nearly all cases. The absolute performance of the heuristics is assessed by a comparison with a lower bound; the best heuristics achieve an excellent performance, with an average value only 4% higher than the lower bound.; La faible consommation d’énergie et la haute fiabilité sont identifiées comme des problèmes de plus en plus pertinents dans les systèmes en temps réel sur des plateformes hétérogènes. Dans cet article, nous proposons une stratégie d’optimisation multicritères pour minimiser la consommation d’énergie attendue tout en respectant le seuil de fiabilité et en respectant toutes les échéances des tâches. Les tâches sont répliquées pour garantir un seuil de fiabilité prescrit. Les plateformes sont composées de processeurs avec des caractéristiques différentes (et éventuellement sans corrélation), y compris la vitesse, le coût énergétique et le taux d’échec. Nous fournissons plusieurs heuristiques de mapping et de planification pour ce problème d’optimisation difficile. Plus précisément, une nouvelle architecture est conçue pour contrôler (i) le nombre de répliques à utiliser pour chaque tâche, (ii) sur quel processeur doit-on mapper chaque réplique et (iii) comment planifier chaque réplique sur le processeur qui lui est affecté. Différents mappings atteignent différents niveaux de fiabilité et consomment différentes quantités d’énergie. La planification est importante car une fois qu’une réplique de tâche réussit, les autres répliques de cette tâche sont annulées, ce qui nécessite de minimiser le chevauchement en temps entre toute paire de répliques. Les expériences sont exécutées pour un grand ensemble de scénarios, avec une large gamme de vitesse et de taux d’échec pour les processeurs. Les résultats révèlent que nos stratégies fonctionnent mieux que la référence aléatoire, avec un gain de 40 % en consommation d’énergie, dans presque tous les cas. La performance absolue de l’heuristique est évaluée en comparant avec une borne inférieure. La meilleure heuristique atteint une excellenteperformance, avec une valeur moyenne de seulement 4 % supérieure à la borne inférieure.
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- 2020
26. Energy-aware strategies for reliability-oriented real-time task allocation on heterogeneous platforms
- Author
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Han, Li, primary, Gao, Yiqin, additional, Liu, Jing, additional, Robert, Yves, additional, and Vivien, Frédéric, additional
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- 2020
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27. Synthesis of Trifluoromethyl- and Ester Group-Substituted α-Carbolines via Iron-Catalyzed Tandem Cyclization Reaction
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Xu, Yumin, primary, Chen, Xiaoqian, additional, Gao, Yiqin, additional, Yan, Zicong, additional, Wan, Changfeng, additional, Liu, Jin-Biao, additional, and Wang, Zhiyong, additional
- Published
- 2020
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28. Scheduling stochastic tasks on heterogeneous cloud platforms under budget and deadline constraints
- Author
-
Gao, Yiqin, Canon, Louis-Claude, Vivien, Frédéric, Robert, Yves, Optimisation des ressources : modèles, algorithmes et ordonnancement (ROMA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), The University of Tennessee [Knoxville], Inria - Research Centre Grenoble – Rhône-Alpes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
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Deadline ,Stochastic execution times ,Budget ,[INFO]Computer Science [cs] ,Heterogeneity ,Cloud platform ,[INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC] ,Independent tasks - Abstract
This work introduces scheduling strategies to maximize the expected number of independent tasks that can be executed on a cloud platform within a given budget and under a deadline constraint. The cloud platform is composed of several types of virtual machines (VMs), where each type has a unit execution cost that depends upon its characteristics. The amount of budget spent during the execution of a task on a given VM is the product of its execution length by the unit execution cost of that VM. The execution length of tasks follow an exponential, uniform or lognormal probability distribution whose mean and standard deviation both depend upon the VM type. Finally, there is a global available budget and a deadline constraint, and the goal is to successfully execute as many tasks as possible before the deadline is reached or the budget is exhausted (whichever comes first). On each VM, the scheduler can decide at any instant to interrupt the execution of a (long) running task and to launch a new one, but the budget already spent for the interrupted task is lost. The main questions are which VMs to enroll, and whether and when to interrupt tasks that have been executing for some time. We assess the complexityof the problem by showing its NP-completeness and providing a 2-approximation for the asymptotic case where budget and deadline both tends to infinity. We introduce several heuristics and compare their performance by running an extensive set of simulations.
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- 2019
29. Editorial: Developments of Theoretical and Computational Chemistry Methods in Asia
- Author
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Cui, Qiang, Gao, YiQin, Kurashige, Yuki, and Tiwary, Pratyush
- Published
- 2024
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30. Scheduling independent stochastic tasks on heterogeneous cloud platforms
- Author
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Gao, Yiqin, primary, Canon, Louis-Claude, additional, Robert, Yves, additional, and Vivien, Frederic, additional
- Published
- 2019
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31. Organic Semiconducting Alloys with Tunable Energy Levels
- Author
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Dou, Jin-Hu, primary, Yu, Zhi-Ao, additional, Zhang, Jun, additional, Zheng, Yu-Qing, additional, Yao, Ze-Fan, additional, Tu, Zeyi, additional, Wang, Xinchang, additional, Huang, Shiliang, additional, Liu, Chengwen, additional, Sun, Junliang, additional, Yi, Yuanping, additional, Cao, Xiaoyu, additional, Gao, Yiqin, additional, Wang, Jie-Yu, additional, and Pei, Jian, additional
- Published
- 2019
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32. Microscopic Insight into the Protein Denaturation Action of Urea and Its Methyl Derivatives
- Author
-
Ding, Bei, primary, Yang, Lijiang, additional, Mukherjee, Debopreeti, additional, Chen, Jianxin, additional, Gao, Yiqin, additional, and Gai, Feng, additional
- Published
- 2018
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33. On the molecular mechanism of ion specific Hofmeister series
- Author
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Liu ChengWen, Xie WenJun, Gao Yiqin, and Yang Lijiang
- Subjects
chemistry.chemical_classification ,Aqueous solution ,Hofmeister series ,chemistry ,Chemical physics ,Inorganic chemistry ,Solvation ,Salt (chemistry) ,Denaturation (biochemistry) ,Cooperativity ,General Chemistry ,Acceptor ,Protein secondary structure - Abstract
Hofmeister series ranks the ability of salt ions in influencing a variety of properties and processes in aqueous solutions. In this review, we reexamine how these ions and some other small molecules affect water structure and thermodynamic properties, such as surface tension and protein backbone solvation. We illustrate the difficulties in interpreting the thermodynamic information based on structural and dynamic arguments. As an alternative, we show that the solvation properties of ions and proteins/small molecules can be used to explain the salt effects on the thermodynamic properties of the solutions. Our analysis shows that the often neglected cation-anion cooperativity plays a very important role in these effects. We also argue that the change of hydrogen donor/acceptor equilibrium by added cosolutes/cosolvents can be used to explain their effects on protein secondary structure denaturation/protection: those increase hydrogen donor concentrations such as urea and salts with strongly solvated cations/weakly hydrated anions tend to dissolve protein backbone acting as secondary structure denaturants, whereas those lack of hydrogen donors but rich in acceptors have the opposite effect.
- Published
- 2013
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34. Antitumor/antiviral drugs target on STING
- Author
-
Du, Xiaoxia, primary, Zhang, Heng, additional, Han, Minjie, additional, Tao, Jianli, additional, Che, Xing, additional, Ye, Zhaoyang, additional, Jiang, Zhengfan, additional, Gao, Yiqin, additional, and Su, Xiaodong, additional
- Published
- 2017
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35. The opposite effects of sodium and potassium cations on water dynamics
- Author
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Zhang, Qiang, primary, Chen, Hailong, additional, Wu, Tianmin, additional, Jin, Tan, additional, Pan, Zhijun, additional, Zheng, Junrong, additional, Gao, Yiqin, additional, and Zhuang, Wei, additional
- Published
- 2017
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36. Probing protein - DNA interaction by single molecule and structural analysis
- Author
-
Jin, Jianshi, primary, Lian, Tengfei, additional, Gu, Chan, additional, Gao, Yiqin, additional, Sun, Yujie, additional, Xie, X. Sunney, additional, and Su, Xiao-Dong, additional
- Published
- 2014
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37. Combine umbrella sampling with integrated tempering method for efficient and accurate calculation of free energy changes of complex energy surface
- Author
-
Yang, Mingjun, primary, Yang, Lijiang, additional, Gao, Yiqin, additional, and Hu, Hao, additional
- Published
- 2014
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38. On the molecular mechanism of ion specific Hofmeister series
- Author
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Xie, WenJun, primary, Liu, ChengWen, additional, Yang, LiJiang, additional, and Gao, YiQin, additional
- Published
- 2013
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39. Fabrication of 1×4 MMI Coupler with DMD System Based on Holography
- Author
-
He, Xingdao, primary, Wu, Sumei, additional, Shi, Jiulin, additional, Leng, Wenli, additional, Chen, Xuegang, additional, Gao, Yiqin, additional, Liu, Juan, additional, and Li, Shujing, additional
- Published
- 2012
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40. HeI photoelectron spectroscopic (PES) studies of the electronic structure of Al(CH3)3, In(C2H5)3 and Cd(CH3)2 compounds
- Author
-
Wang, Dianxun, primary, Li, Sheng, additional, Li, Ying, additional, Zheng, Shijun, additional, Chen, Benming, additional, Ding, Chuanfan, additional, and Gao, Yiqin, additional
- Published
- 1996
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41. HeI photoelectron spectroscopic (PES) studies of the electronic structure of Al(CH 3) 3, In(C 2H 5) 3 and Cd(CH 3) 2 compounds
- Author
-
Wang, Dianxun, Li, Sheng, Li, Ying, Zheng, Shijun, Chen, Benming, Ding, Chuanfan, and Gao, Yiqin
- Published
- 1996
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