A pesquisa analisa as práticas em operação em sistemas de controle interno de municípios, buscando fatores que explicariam sua institucionalização nos governos municipais de Belo Horizonte e Uberlândia. A pesquisa valeu-se de dados coletados por meio de documentos, observação direta e entrevistas em profundidade, os quais foram analisados utilizando-se a técnica de Análise de Conteúdo. Os resultados indicam que mecanismos isomórficos, coercitivos, miméticos e normativos são utilizados no processo de institucionalização de novas práticas de controle interno nos governos subnacionais analisados, sendo as práticas adotadas sobretudo em decorrência de pressões e monitoramento de órgãos externos de controle, como os Tribunais de Contas. Além disso, percebeu-se em Belo Horizonte a autonomia organizacional da entidade, que busca por legitimação perante outros órgãos, e em Uberlândia foram constatados fatores contingenciais que prejudicam a institucionalização de novas práticas de controle, conjugados à sobrecarga de serviços operacionais para o setor, o que limita a execução de trabalhos técnicos. Nem todas as práticas de controle estão efetivamente institucionalizadas o que permitiu inferir que essas são adotadas apenas de modo cerimonial, ou seja, há presença do decoupling em práticas de controle concomitante, sobretudo na controladoria de Uberlândia. Os resultados ainda indicam que há resistência dos servidores à adoção de novas práticas de controle interno, o que influencia no seu processo de institucionalização. Percebeu-se nesse trabalho que o bom desempenho das atividades do controle interno em governos locais tende a estar relacionado à sua estrutura organizacional, autonomia, independência e existência de atores capacitados, experientes e com poder, o que aumenta o capital institucional da organização e, por consequência, sua efetividade.