26 results on '"Gür, İbrahim"'
Search Results
2. Apple Varieties Classification Using Deep Features and Machine Learning
- Author
-
Taner, Alper, primary, Mengstu, Mahtem Teweldemedhin, additional, Selvi, Kemal Çağatay, additional, Duran, Hüseyin, additional, Gür, İbrahim, additional, and Ungureanu, Nicoleta, additional
- Published
- 2024
- Full Text
- View/download PDF
3. Yapraktan Uygulanan Glisin Betainin Kısıtlı Su Stresi Altındaki Avrupa Armutlarına (Pyrus communis L.) Etkisi
- Author
-
AYDINLI, Melih, primary, GÜR, İbrahim, additional, TÜRKELİ, Bahar, additional, ALTINDAL, Mesut, additional, and KÜÇÜKYUMUK, Cenk, additional
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
4. Crop Load Management with Blossom Thinners in ’Redchief’ Apple and Their Effects on Fruit Mineral Composition
- Author
-
Kaçal, Emel, Öztürk, Gökhan, Gür, İbrahim, Aydınlı, Melih, Koçal, Hakkı, Altındal, Mesut, and Yıldırım, Adnan N.
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
5. İskenderun Körfezi'ndeki (Kuzeydoğu Akdeniz) Kahverengi ve Kırmızı Makroalglerin Temel Besin Maddesi ve Biyoaktif Bileşiklerindeki Mevsimsel Değişimler
- Author
-
GÜR, İbrahim, primary and POLAT, Sevim, additional
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
6. Multiclass Apple Varieties Classification Using Machine Learning with Histogram of Oriented Gradient and Color Moments.
- Author
-
Taner, Alper, Mengstu, Mahtem Teweldemedhin, Selvi, Kemal Çağatay, Duran, Hüseyin, Kabaş, Önder, Gür, İbrahim, Karaköse, Tuğba, and Gheorghiță, Neluș-Evelin
- Subjects
MACHINE learning ,SUPPORT vector machines ,AGRICULTURE ,K-nearest neighbor classification ,HISTOGRAMS ,APPLES - Abstract
It is critically necessary to maximize the efficiency of agricultural methods while concurrently reducing the cost of production. Varieties, types, and fruit classification grades are crucial to fruit production. High expenditure, inconsistent subjectivity, and tedious labor characterize traditional and manual varieties classification. This study developed machine learning (ML) models to classify ten apple varieties, extracting the histogram of oriented gradient (HOG) and color moments from RGB apple images. Support vector machine (SVM), random forest classifier (RFC), multilayer perceptron (MLP), and K-nearest neighbor (KNN) classification models were trained with 10-fold stratified cross-validation (Skfold) by using the textural and color features, and a GridSearch was implemented to fine-tune the hyperparameters. The trained models, SVM, RFC, MLP, and KNN were tested with separate test data and performed well, having an accuracy of 98.17%, 96.67%, 98.62%, and 91.28%, respectively. Having the top results, the MLP and SVM models demonstrated the potential of applying HOG and color moments to train ML models for classifying apple varieties. This study suggests conducting further research to thoroughly examine additional image features and determine the impact of combining features and utilizing different classifiers. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
7. Paclobutrazol’un MM106 Anacı Üzerine Aşılı Fuji Elma Çeşidinde Verim ve Meyve Kalitesi Üzerine Etkisi
- Author
-
AYDINLI, Melih, primary, KAÇAL, Emel, additional, GÜR, İbrahim, additional, KOÇAL, Hakkı, additional, YALÇIN, Bilal, additional, and ÖZTÜRK, Gökhan, additional
- Published
- 2021
- Full Text
- View/download PDF
8. Farklı GA4+7 + BA Dozlarının Starkspur Golden Delicious Elma Çeşidinde Pas Oluşumu Üzerine Etkisi
- Author
-
KAÇAL, Emel, GÜR, İbrahim, AYDINLI, Melih, KOÇAL, Hakkı, ÖZTÜRK, Gökhan, YILDIZ, Halit, CANSU, Murat, AKOL, Süleyman, and KARAMÜRSEL, Ömer
- Subjects
Malus x domestica,physiological disorders,plant growth regulators,fruit quality ,Fen ,Science ,Malus x domestica,fizyolojik bozukluklar,bitki büyümesini düzenleyiciler,meyve kalitesi - Abstract
Russet is defined as a physical defect that begins in the epidermal and hypodermal cell layer during the initial stages of fruit development. Russeting fruits have no market value. This study was carried out to detect the effect of GA4+7 + BA on the formation of russeting on Starkspur Golden Delicious apple variety grafted on seedling rootstock. Three different GA4+7 + BA (21, 42 and 84 mg L-1) doses were used in the study. Applications were made three times for in 10-day intervals from the full bloom period. In both seasons, the relationship between application dose and russeting fruit ratio and application dose and russeting scale were found to be important. During the trial, the lowest fruit russeting rate was acquired from the application of 84 mg L-1, and the rusty fruit rate difference appeared between the years. As regards to the applications, the ratio of fruit russeting changed between 75.59% (control) - 26.90 (84 mg L-1) in 2015 and 78.84% (control) - 45.40 (84 mg L-1) in 2016., Pas, meyve gelişiminin erken döneminde epidermal ve hipodermal hücre tabakasında başlayan fiziksel bir kusur olarak tanımlanır. Paslı meyvelerin pazar değeri bulunmamaktadır. Bu çalışma, çöğür anaç üzerine aşılı Starkspur Golden Delicious elma çeşidinde GA4+7 + BA uygulamalarının pas oluşumu üzerine etkisinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada üç farklı GA4+7 + BA (21, 42 ve 84 mg L-1) dozu kullanılmıştır. Uygulamalar tam çiçeklenme döneminden itibaren 10’ar gün arayla üç kez yapılmıştır. Uygulamaların yapıldığı her iki yılda da uygulama dozu ve paslı meyve oranı ile uygulama dozu ve pas skala değeri arasındaki ilişki önemli bulunmuştur. Deneme süresince en düşük paslı meyve oranı 84 mg L-1 uygulamasından elde edilmiş, yıllar arasında paslı meyve oranında farklılıklar ortaya çıkmıştır. Uygulamalara göre paslı meyve oranı 2015 yılında %75.59 (kontrol) - %26.90 (84 mg L-1), 2016 yılında ise %78.85 (kontrol) - %45.39 (84 mg L-1) arasında değişim göstermiştir.
- Published
- 2020
9. Selekte Edilen Bazı Erik Genotiplerinin Monroe Şeftali ve Aprikoz Kayısı Çeşidi ile Aşı Uyuşma Durumlarının Belirlenmesi
- Author
-
GÜR, İbrahim, KOÇAL, Hakkı, KAÇAL, Emel, AYDINLI, Melih, YALÇIN, Bilal, KARAMÜRSEL, Ömer, SARISU, Hasan Cumhur, and DEMİRTAŞ, İsmail
- Subjects
prunus cerasifera,genotype,rootstock,graft compatibility ,Fen ,Science ,P. Cerasifera,Genotip,Anaç,Aşı Uyuşması - Abstract
This study was carried out in Eğirdir Fruit Research Institute between 2018-2020. “Aprikoz” Apricot and “Monroe” peach varieties of 8 P. cerasifera Ehrh plum genotypes of their grafting compability were evaluated in tagem project named “Breeding New Clonal Plum Rootstocks by Selection” in this study. Grafting samples taken after 6 months and grafting compabilities were evaluated macroscopically and microscopically. In all grafting combinations with “Aprikoz” apricot variety, no signs of incompatibility were evaluated in both field and microscopic examinations. In grafting combinations with “Monroe” peach cultivars, only the “Şhp 4” genotype was found to be compatible. In other genotypes, mostly signs of incompatibility were determined in both field observations and microscopic examinations., Bu çalışma 2018-2020 yılları arasında Eğirdir Meyvecilik Araştırma Enstitüsünde yürütülmüştür. Bu çalışmada Eğirdir Meyvecilik Araştırma Enstitüsü’nde yürütülen “Seleksiyon Yolu ile Yeni Klonal Erik Anaçlarının Geliştirilmesi” isimli Tagem projesi kapsamında selekte edilen P. cerasifera Ehrh. türüne ait 8 erik genotipinin “Aprikoz” kayısı ve “Monroe” şeftali çeşitleri ile aşı uyuşma durumları incelenmiştir. Aşılamadan 6 ay sonra alınan aşı örnekleri makroskabik ve mikroskobik olarak değerlendirilmiştir. “Aprikoz” kayısı çeşidi ile olan tüm aşı kombinasyonlarında hem arazi hem de mikroskobik incelemelerde herhangi bir uyuşmazlık belirtisine rastlanmamıştır. “Monroe” şeftali çeşidi ile olan aşı kombinasyonlarında sadece “Şph 4” genotipinde uyuşma tespit edilmiştir. Diğer genotiplerde ise hem arazi gözlemlerinde hem de mikroskobik incelemelerde yoğun uyuşmazlık belirtileri gözlemlenmiştir.
- Published
- 2020
10. Biochemical Composition of Red Algae Corallina elongata from İskenderun Bay (Northeast Mediterranean)
- Author
-
Polat, Sevim, Gür, İbrahim, Terbıyık Kurt, Tuba, Polat, Abdurrahman, Çukurova Üniversitesi, Su Ürünleri Fakültesi, Su Ürünleri Temel Bilimleri Bölümü, Polat, Sevim, Terbıyık Kurt, Tuba, and Polat, Abdurrahman
- Subjects
Red algae ,Macroalgae ,Biochemical content ,Makroalg ,Corallina ,Biyokimyasal içerik ,Kırmızı alg - Abstract
Bu çalışmada, İskenderun Körfezinde dağılım gösteren kırmızı makroalg türlerinden Corallina elongata’nın pigment, antioksidan ve bazı besin bileşenlerinin ilkbahar ve sonbahar dönemlerindeki değişimi incelenmiştir. Örneklemeler İskenderun Körfezi kıyısalından yapılmıştır. Pigment içeriği olarak klorofil-a ve karotenoid, besinsel bileşenlerden ham kül, nem, lipit ve protein içeriği analiz edilmiştir. Ayrıca, antioksidan olarak toplam fenolik madde ve flavonoid analizleri yapılmıştır. C. elongata’nın en yüksek ham kül, protein, toplam flavonoid, klorofil-a ve karotenoid içerikleri sırasıyla %83.86, %3.38, 1.29 mg/g, 0.23 mg/g ve 0.079 mg/g olarak ilkbaharda bulunurken, en yüksek nem, lipit ve toplam fenolik madde içeriği ise sırasıyla %8.37, %0.23 ve 26.4 mg/g olarak sonbaharda belirlenmiştir. İncelenen biyokimyasal parametrelerin büyük bir bölümü ilkbahar ve sonbaharda benzer düzeylerde bulunmuştur. C. elongata’da lipit, pigment maddeleri ve antioksidan düzeyleri nispeten düşük düzeylerde iken, kül düzeyinin yüksek olması bu türde mineral içeriğinin yüksek olduğunun göstermektedir. Türün mineral yapısının ayrıntılı olarak ortaya konmasıyla, özellikle mineral kaynağı olarak değerlendirilebileceği söylenebilir. Ülkemiz kıyılarında dağılım gösteren ve henüz incelenmemiş diğer türlerin içeriklerinin de saptanması, makroalglerin farklı alanlarda kullanım potansiyellerinin tespiti ve sucul kaynakların etkin kullanımı yönünden önem taşımaktadır.
- Published
- 2018
11. Su stresi uygulamalarının bazı armut anaçlarında morfolojik ve biyokimyasal değişimlere etkileri
- Author
-
Gür, İbrahim, Şan, Bekir, and Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı
- Subjects
Ziraat ,Water stress ,Agriculture ,Antioxidant enzymes - Abstract
2015 ve 2016 yıllarında yürütülen bu çalışma ile armut yetiştiriciliğinde kullanılan, yabani armut çöğürü, BA 29, Farold 40, OHxF 333 ve Fox 11 anaçlarının, kuraklık stresi altında ortaya koydukları fizyolojik, morfolojik ve biyokimyasal reaksiyonlar tespit edilmiştir. Denemede ağırlıkları bilinen, 12 litre hacimli saksılar kullanılmış olup, bu saksılara 1 kısım kumlu toprak 2 kısım bahçe toprağı ve 1 kısım torf karışımından 10'ar kg konulmuştur. Denemede 3 farklı sulama düzeyi kullanılmıştır. 1. uygulamada her sulamada eksilen su tarla kapasitesine kadar tamamlanmıştır. 2. uygulamada 1. uygulamaya verilen suyun %50'si, 3. uygulamada ise %25'i uygulanmıştır. Stres uygulamaları süresince sulama aralığı 3 gün olarak belirlenmiştir. Çalışma sonunda su miktarının azalması ile birlikte bitkilerin stresten etkilendiği, en fazla etkinin kontrole verilen suyun % 25'inin uygulandığı uygulamada ortaya çıktığı saptanmıştır. Stres sonucunda ortaya çıkan etkiler bakımından anaçlar arasında farklılıklar oluşmuştur. Stresle birlikte bitkilerde zararlanma derecesinin arttığı, bitki boyu, yaprak alanı ve yaş kök ağırlığı gibi morfolojik parametrelerin ise azaldığı tespit edilmiştir. Yine stres koşullarının membran geçirgenliği ve lipid peroksidasyonunun artmasına buna karşın bağıl su içeriği ve klorofil yoğunluğunun ise azalmasına neden olduğu tespit edilmiştir. Lipid peroksidasyonu değerleri 2015 yılında 18.62-53.11 µmol g-1 arasında, 2016 yılında ise 24.30-43.13 µmol g-1 arasında değiştiği belirlenmiştir. Toplam fenolik madde, çözünebilir şeker ve prolin ve antioksidan enzimlerin aktiviteleri stresle birlikte artmıştır. Toplam fenolik madde miktarı değerleri 2015 yılında 15.33-154.11 mg g-1 arasında 2016 yılında ise 28.63-77.37 mg g-1 arasında değiştiği tespit edilirken, SOD enzim aktivitesinin 2015 yılında 1.83-2.91 U/mg arasında 2016 yılında ise 2.10-3.57 U/mg arasında değiştiği tespit edilmiştir. Araştırmada elde edilen mineral madde analiz sonuçlarını değerlendirdiğimizde stres uygulamaları ile birlikte N, Cu, B, Zn, P, Ca ve K miktarlarının azaldığı; Fe, Mg ve Mn değerlerinin ise arttığı görülmüştür. Araştırma sonucunda denemede yer alan anaçlar arasında kuraklık stresine en dayanıklı anaçların BA 29 ve OHxF 333 olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Armut, su stresi, anaç, antioksidan, antioksidatif enzimler. Physiological, morphological and biochemical reactions of wild pear seedling, BA 29, Farold 40, OHxF 333 and Fox 11 rootstocks under drought stress were evaluated for pear cultivation in this study which was conducted in 2015 and 2016 years. 12 liters volume pots with known weights were used, 1 part of sandy soil 2 parts of garden soil and 1 part mixture of peat 10 kg was put to the 12 liter pot in the trial. Pots were watered until the start of stress applications beginning from the first week of May. Three different irrigation levels were used in the study. In 1st treatment reduced water level was added to field capacity in each irrigation time. In 2nd treatment reduced water level was added to % 50 of 1st treatment in each irrigation time. In 3rd treatment reduced water level was added to % 25 of 2nd treatment in each irrigation time. Irrigation interval was determined 3 days during stress applications. It was determined that the plants were affected by the decrease of the amount of water, and the plants with the most effect were found to be in application where 25% of the water given to the applied to the control at the end of the study. Differences have been occurred between the rootstocks in terms of the effects of stress. It has been determined that the degree of damage increases in plants with stress, and morphological parameters such as plant height, leaf area and wet root weight has been decreased. It has also been determined that the stress conditions have lead to increase permeability of the membrane and lipid peroxidation, while it decreases relative water content and chlorophyll density. Lipid peroxidation values varied from 18.62 to 53.11 μmol g-1 in 2015 and from 24.30 to 43.13 μmol g-1 in 2016. The activities of total phenolic, soluble sugar, proline and antioxidant enzymes increased with stress. Total phenolic values varied from 15.33 to 154.11 mg g-1 in 2015 and from 28.63 to 77.37 mg g-1, SOD enzim activity from 1.83 to 2.91 U/mg in 2015 and from 2.10 to 3.57 U/mg in 2016.When it was evaluated that the mineral analysis results obtained in the study, the amounts of N, Cu, B, Zn, P, Ca and K were decreased with stress applications; Fe, Mg and Mn values were increased. As a result of the research, it was determined that BA 29 and OH x F 333 were the most resistant to drought stress among the rootstocks in the study.Keywords: Pear, water stress, rootstock, antioxidant, antioxidative enzymes. 149
- Published
- 2018
12. Introducing Different Cherry Cultivars to Inner and Crossover Areas
- Author
-
SARISU, Hasan Cumhur, primary, KARAMÜRSEL, Ömer Faruk, additional, ÖZTÜRK, Fatma Pınar, additional, DEMİRTAŞ, İsmail, additional, KOÇAL, Hakkı, additional, GÜR, İbrahim, additional, CENGİZ, Özlem, additional, and ÇEVİK, İsmail, additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
13. NTIOXIDANT SUBSTANCES, PIGMENTS AND PROXIMATE COMPOSITION OF SOME SEAWEEDS FROM THE NORTHEASTERN MEDITERRANEAN COAST OF TURKEY
- Author
-
Polat, Sevim, Terbıyık Kurt, Tuba, Gür, İbrahim, Çukurova Üniversitesi, Su Ürünleri Fakültesi, Su Ürünleri Temel Bilimleri Bölümü, Polat, Sevim, Terbıyık Kurt, Tuba, and Gür, İbrahim
- Subjects
Pigments ,Northeastern Mediterranean ,Seaweeds ,Proximate compositions ,Antioxidants - Abstract
Objective: Seaweeds are examined in three groups as red, green and brown algae according to their color. They are distributed until the depth where sunlight can reach in the marine environments. They contain many nutritional substances and they are used as food and dietary supplements. The aim of this study is to determine the antioxidant substances, pigments and proximate composition of two seaweed species (C. corniculata, S. acinarum). Methods: Seaweeds were collected from the northeastern Mediterranean coast of Turkey in spring and summer. Epiphytes and other substances were removed and the samples were successively washed with sea water and distilled water. The seaweed samples were analyzed for proximate composition; lipid content by the Bligh and Dyer method, total crude protein by the Kjeldahl method. The phenolic content of seaweeds was determined by Folin-Ciocalteu method. Total chlorophyll a and carotenoid content of seaweed species were analyzed spectrophotometrically. Result and Discussion: Seaweeds are commonly used as important part of the diet of coastal communities. In this study, nutritional substances, antioxidant and pigment contents were investigated in two seaweed species (C. corniculata, S. acinarum). Lipid (1.32% wet wt.) and protein (8.23% wet wt.) content of S. acinarum was found to be high compared to those of C.corniculata. In addition, phenolic matter (64.33±3.86 mg/g dry wt.), flavonoids (7.86±0.47 mg/g dry wt), chlorophyll a (0.90 mg/g) and carotenoids (0.57 mg/g) levels of S. acinarum were higher than that of C. corniculata. In both species, lipid levels were higher in summer while protein levels were higher in summer only in C. corniculata. Phenolic contents were higher in summer in two species. On the other hand, chlorophyll a and carotenoid content of two species were found higher in spring. The results indicate that seaweeds contain valuable materials for human nutrition and many industrial purposes. There is a significant potential for algal products industry and it is very likely that this sector will expand in the future.
- Published
- 2016
14. THE EFFECTS OF PLANTING DISTANCE AND TRAINING SYSTEM ON YIELD AND FRUIT QUALITY OF PEACH.
- Author
-
ÇETINBAÇ, MELIKE, BUTAR, SINAN, AKYÜZ, FIGEN, SARISU, HASAN CUMHUR, and GÜR, IBRAHIM
- Published
- 2021
15. Su Stresinin Armut Yetiştiriciliğinde Kullanılan Anaçlarda Morfolojik Değişimler Üzerine Etkileri
- Author
-
GÜR, İbrahim and ŞAN, Bekir
- Subjects
Armut,kuraklık,stres,anaç,morfolojik özellik ,Fen ,Science - Abstract
Kuraklıkbirçok fizyolojik ve biyokimyasal olayı olumsuz etkileyerek verim ve kalitedeönemli kayıplara neden olur. Bitkiler bu olumsuz koşullara uyum sağlayabilmekiçin bazı tolerans mekanizmaları geliştirmektedirler. Dünya üzerinde gittikçeetkisini artıran kuraklık ile baş edebilmek için bitkilerdeki bu toleransmekanizmalarının incelenerek dayanıklı anaç ve çeşitlerin belirlenmesigerekmektedir. Bu çalışma 2015 ve 2016yıllarında yürütülmüştür. Çalışmada armut yetiştiriciliğinde kullanılan yabaniarmut çöğürü, Ba 29, Farold 40, OHxF 333 ve Fox 11 anaçlarına farklı düzeylerdesu kısıtı uygulanmış ve bunun sonucunda bitkilerde ortaya çıkan zararlanmaderecesi, bitki boyu, yaprak alanı ve yaş kök ağırlığı gibi morfolojikdeğişimler belirlenmiştir. Sera içerisinde 12 litrelik saksılara dikilen 1yaşlı bitkilere % 100 (kontrol), % 50 ve % 25 olmak üzere 3 farklı su kısıtıuygulanmıştır. Stres uygulamalarına Temmuz ayında başlanmış ve bitkilerdestresten kaynaklanan kurumaların görüldüğü dönemde son verilmiştir. Çalışmasonunda su kısıtı miktarının artmasıyla her iki yılda da zararlanma derecesininarttığı, bitki boyu, yaprak alanı ve yaş kök ağırlığı değerlerinin ise azaldığıtespit edilmiştir. Denemenin yürütüldüğü yıllara ait sonuçlar dikkatealındığında denemede yer alan anaçlar arasında kuraklık stresine en dayanıklıanaçların Ba 29 ve OHxF 333 olduğu belirlenmiştir.
- Published
- 2017
16. Altı Kiraz Çeşidinin Verim, Fenoloji ve Meyve Özellikleri
- Author
-
SARISU, Hasan Cumhur, primary, KARAMÜRSEL, Ömer Faruk, additional, ÖZTÜRK, Fatma Pınar, additional, DEMİRTAŞ, İsmail, additional, KOÇAL, Hakkı, additional, GüR, İbrahim, additional, YÜREKLİ, Özlem, additional, and ŞEVİK, İsmail, additional
- Published
- 2016
- Full Text
- View/download PDF
17. Determination of Cracking Resistance and Fruit Quality Parameters of Big Lory and Prime Giant Cherry Cultivars under the Ecological Conditions of Eğirdir (Isparta)
- Author
-
AKSU, Mehmet, SARISU, Hasan Cumhur, DEMİRTAŞ, İsmail, GÜR, İbrahim, KOÇAL, Hakkı, and GÜNEYLİ, Atakan
- Subjects
Prunus avium L.,fruit quality,cracking index - Abstract
Turkey is one of the largest cherry producer and exporter countries of the world. The fact that 0900 Ziraat is the main variety used in cultivation limits both export period and export quantity. It is required to use new early and late varieties that allow cultivation in different periods. The rain that falls during maturity period causes cracking in cherry fruits and impairs the quality of the leads. This study was conducted on the cherry varieties of Big Lory and Prime Giant in Fruit Growing Research Station. The harvested fruit samples were tested in terms of fruit weight, fruit width, fruit length, fruit flesh firmness, fruit stem weight, fruit stem length, total soluble solids (TSS), pH, titratable acidity (TA), TSS / TA ratio, fruit skin color, and artificial cracking. As a result, both of the cherry cultivars were found to be suitable to the needs of the market in terms of some fruit quality parameters. The results suggested that they had pretty good values of especially fruit weight (13.38 g for Big Lory; 14.32 g for Prime Giant) and fruit width (31,15 mm for Big Lory; 31,84 mm for Prime Giant). The cracking index was determined to be 53.73 in Big Lory and 38.30 in Prime Giant
- Published
- 2015
18. İskenderun körfezinde dağılım gösteren bazı makroalg türlerinin pigment, antioksidan ve besin bileşenlerinin mevsimsel olarak incelenmesi
- Author
-
Gür, İbrahim, Polat, Sevim, Su Ürünleri Temel Bilimleri Anabilim Dalı, and Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Su Ürünleri Anabilim Dalı
- Subjects
Pigments ,antioxidant ,Su Ürünleri ,pigments ,Seasonal variation ,Food analysis ,Makroalg ,antioksidan ,Antioxidants ,İskenderun Bay ,İskenderun Körfezi ,biyokimyasal içerik ,Macroalgae ,pigment ,Aquatic Products ,biochemical contents - Abstract
TEZ10577 Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2015. Kaynakça (s. 63-69) var. xi, 71 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm. Bu çalışmada, İskenderun Körfezinde dağılım gösteren farklı makroalg türlerinde pigment, antioksidan ve bazı besinsel bileşenlerin mevsimsel değişiminin incelenmesi amaçlanmıştır. İskenderun Körfezi kıyısalında yer alan üç lokaliteden mevsimsel makroalg örneklemesi yapılmış ve P. pavonica, J. rubens, S. schmiperii ve D. Dichotoma türleri analizler için seçilmiştir. Pigment içeriği olarak klorofil-a ve karotenoid analizleri, besinsel bileşenlerden ham kül, nem, lipit ve protein analizleri yapılmıştır. Makroalg türlerinde antioksidan olarak fenolik madde ve flavonoid analizleri yapılmıştır. Çalışma sonucunda pigment içeriği, besin bileşenleri ve antioksidanları türe ve mevsimlere göre belirgin değişiklikler gösterdiği saptanmıştır. Çalışmada en düşük protein içeriği S. schimperii’de, en yüksek D. dichotoma’da bulunmuştur. Lipit içeriği en düşük J. rubens, en yüksek S. schimperii’de bulunmuştur. Fenolik madde P. pavonica’da en düşük düzeyde bulunurken, en yüksek S. schimperii’de bulunmuş, flavonoid madde ise en düşük J. rubens’te, en yüksek ise S. schimperii’de bulunmuştur. Klorofil-a ve karotenoid J. rubens’te en düşük düzeylerde bulunurken, en yüksek içerik D. dichotoma’da ölçülmüştür. Makroalg türlerinde incelenen parametrelerdeki mevsimsel değişimlerin türler arasında genellikle paralellik göstermediği görülmüştür. Bu sonuçlar makroalglerin biyokimyasal içeriğinin çevresel koşullarla birlikte türe bağlı olarak da faklılıklar gösterebileceğini ortaya koymuştur. In the present study, the seasonal variations in pigments, antioxidants and some nutritional composition of different macroalgae species distributed in the İskenderun Bay were aimed to investigate. Seasonal sampling was done from three localities in the coastal area of İskenderun Bay and P. pavonica, J. rubens, S. schmiperii ve D. dichotoma were collected as macroalgae species for the analysis. Pigment analysis (as chlorophyll-a and carotenoids) and nutritional composition analysis (as crude ash, moisture, lipid and protein) were carried out. Phenolic substance and flavonoids as antioxidant analyses were also carried out. Contents of pigments, antioxidants and nutritional composition were changed according to the species and the sampling seasons. The highest and lowest protein contents were determined in D. dichotoma and S. schimperi respectively. S. schimperi had the highest lipid content whereas J. rubens had the lowest lipid content. The highest and lowest phenolic substance were determined in S. schimperi and P. pavonica respectively. S. schimperi was observed to have the highest flavonoids while J. rubens gave the lowest flavonoid content. The lowest chlorophyll-a and carotenoid content were determined in J. rubens, but the highest chlorophyll-a was determined in D. dichotoma. These results showed that changes in the biochemical contents of investigated macroalgae are affected by environmental factors and the types of species. Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: SÜF2013YL4.
- Published
- 2015
19. Eğirdir ekolojik şartlarında yetiştirilen bazı şeftali çeşitlerinin fenolojik ve pomolojik özelliklerinin tespiti
- Author
-
GÜR, İbrahim and PIRLAK, Lütfi
- Subjects
Eğirdir ,Peach varieties ,Phenological characters ,Pomological characters ,Şeftali çeşitleri ,Fenolojik özellikler ,Pomolojik özellikler - Abstract
In this study conducted in Eğirdir Horticultural Research Institute in 2006-2007 years, phenological and pomological characters of 16 peach varieties were determined. According to results, the earliest and latest bud swelling was observed in Lovell and Early White Giant varieties, respectively. Morettini 5/14 and Golden Jubilee varieties had the earliest and latest bud burst dates. While Redhaven was the first blooming variety, Shasta and Golden Jubilee were the latest blooming varieties. South Haven was the latest full blooming variety. It was determined that the earliest ripening variety was Morettini 5/14, the latest one was Muir. According to pomological analysis results it was the biggest fruit was South Haven (258 g), the smallest fruit was Morettini 5/14 (133.4 g). The highest level of malic acid was obtained from Fair Haven (% 0.74) and the lowest one from Andross (% 0.46). Early White Giant (2.9 kg cm-2) variety had the highest fruit firmness. Morettini 5/14 (0.96 kg cm-2) variety had the lowest fruit firmness. The variety having the highest TSS (total soluble solids) values was Halford (% 16.6), and the lowest one was Morettini 5/14 (% 10.7). When the dates of phenologic observation of varieties in this study and climate range of Eğirdir region were compared, it could be said that winter cool in Eğirdir was not dangerous for peach. However spring late frost which may happen in some years can be dangerous, especially in the bud burst and beginning bloom. Because of this reason it will be helpfull to take cautions to diminish the frost injury., Eğirdir Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü’nde 2006–2007 yıllarında yürütülen bu çalışmada, 16 şeftali çeşidine ait fenolojik ve pomolojik özellikler incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre en erken ve en geç tomurcuk kabarması sırasıyla Lovell ve Early White Giant çeşitlerinde gözlenmiştir. Morettini 5/14 ve Golden Jubilee çeşitleri en erken ve en geç tomurcuk patlaması meydana gelen çeşitlerdir. İlk çiçek açan çeşit Redhaven olurken, en geç çiçeklenen çeşitler Shasta ve Golden Jubilee’dir. Tam çiçeklenme devresine en geç gelen çeşit South Haven’dır. En erken olgunlaşan çeşidin Morettini 5/14, en geç olgunlaşan çeşidin ise Muir olduğu tespit edilmiştir. Pomolojik analiz sonuçlarına göre en iri meyveli çeşit South Haven (258.0 g), en küçük meyveli çeşit ise Morettini 5/14 (133.4 g) olarak tespit edilmiştir. Titre edilebilir asitlik değeri malik asit cinsinden en yüksek olan çeşit Fair Haven (% 0.74), en düşük çeşit ise Andross’dur (% 0.46). Early White Giant en yüksek (2.9 kg cm-2) Morettini 5/14 (0.96 kg cm-2) en düşük meyve eti sertliğine sahip çeşitlerdir. Suda çözünebilir kuru madde miktarı en yüksek çeşit Halford (% 16.6), en düşük çeşit ise Morettini 5/14’tür (% 10.7). Çalışmada yer alan çeşitlerin fenolojik gözlem tarihleri ile Eğirdir ilçesi uzun yıllar iklim ortalamaları kıyaslandığında, Eğirdir ilçesinde kış soğuklarının incelenen çeşitler için tehlike oluşturmadığı söylenebilir. Fakat bazı yıllarda meydana gelebilecek ilkbahar geç donlarının özellikle tomurcuk patlaması ve çiçeklenme başlangıcında tehlikeli olabileceği, bu nedenle don zararını en aza indirecek tedbirlerin alınması yararlı olacaktır.
- Published
- 2014
20. Molecular Characterization of Some Wild Sour Cherry (Prunus cerasus L.) Types by Using RAPD Technique
- Author
-
AKSU, Mehmet, SARISU, Hasan Cumhur, KAYMAK, Suat, ÖZTÜRK, Yusuf, GÜR, İbrahim, and KOÇAL, Hakkı
- Subjects
Prunus cerasus L.,Anaç,RAPD,genetik benzerlik ,Prunus cerasus L.,rootstock,RAPD,genetic similarity - Abstract
Bu çalışmada kiraz ve vişne türlerinde anaç olarak kullanılmak üzere selekte edilen yabani vişneler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) moleküler yöntemi ile tanımlanmıştır. Farklı bölgelerden selekte edilen 38 yabani vişne tipi 16 RAPD primeri kullanılarak araştırılmıştır. Kullanılan primerler 4 ile 16 arasında değişen bantlar vermiştir. Elde edilen veriler ile genetik benzerlikler hesaplanmış ve genetik benzerliklere dayalı dendrogram elde edilmiştir. Çalışmada kullanılan tipler arasında iki sinonim grup olduğu belirlenmiştir. En düşük genetik benzerlik Simav-1 ile diğer 37 tip (%89) arasında bulunmuştur. En yüksek genetik benzerlik %99 ile Yenişarbademli-6 ve Yenişarbademli-7, Sultandağı-7, Sultandağı-1 tiplerinden oluşan sinonim grup arasında tespit edilmiştir., In this research, it was identified with Wild Sour Cherry types which are used as rootstocks for sour cherry and sweet cherries by RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) molecular technique. Selected in different areas of the 38 wild cherry types were examined by using 16 primers of RAPD. The used primers ranged from four to seventeen bands. The data were analyzed to calculate genetic similarity values and was performed to generate a dendrogram. The types which were used in the study, two groups were determined to be synonyms. The lowest genetic similarity was evaluated between Simav-1 and 37 other types (%89). The highest genetic similarity was identified between Yenişarbademli-6 and Yenişarbademli-7, Sultandağı-7, Sultandağı-1 types (%99) of synonyms the group composed
- Published
- 2012
21. Determination of phenological and pomological characters of some peach cultivars grown in Egirdir ecological conditions
- Author
-
Gür, İbrahim, Pırlak, Lütfi, and Selçuk Üniversitesi
- Subjects
Ziraat Mühendisliği - Abstract
Eğirdir Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü’nde 2006–2007 yıllarında yürütülen bu çalışmada, 16 şeftali çeşidine ait fenolojik ve pomolojik özellikler incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre en erken ve en geç tomurcuk kabarması sırasıyla Lovell ve Early White Giant çeşitlerinde gözlenmiştir. Morettini 5/14 ve Golden Jubilee çeşitleri en erken ve en geç tomurcuk patlaması meydana gelen çeşitlerdir. İlk çiçek açan çeşit Redhaven olurken, en geç çiçeklenen çeşitler Shasta ve Golden Jubilee’dir. Tam çiçeklenme devresine en geç gelen çeşit South Haven’dır. En erken olgunlaşan çeşidin Morettini 5/14, en geç olgunlaşan çeşidin ise Muir olduğu tespit edilmiştir. Pomolojik analiz sonuçlarına göre en iri meyveli çeşit South Haven (258.0 g), en küçük meyveli çeşit ise Morettini 5/14 (133.4 g) olarak tespit edilmiştir.Titre edilebilir asitlik değeri malik asit cinsinden en yüksek olan çeşit Fair Haven (% 0.74), en düşük çeşit ise Andross’dur (% 0.46). Early White Giant en yüksek (2.9 kg cm-2) Morettini 5/14 (0.96 kg cm-2) en düşük meyve eti sertliğine sahip çeşitlerdir. Suda çözünebilir kuru madde miktarı en yüksek çeşit Halford (% 16.6), en düşük çeşit ise Morettini 5/14’tür (% 10.7). Çalışmada yer alan çeşitlerin fenolojik gözlem tarihleri ile Eğirdir ilçesi uzun yıllar iklim ortalamaları kıyaslandığında, Eğirdir ilçesinde kış soğuklarının incelenen çeşitler için tehlike oluşturmadığı söylenebilir. Fakat bazı yıllarda meydana gelebilecek ilkbahar geç donlarının özellikle tomurcuk patlaması ve çiçeklenme başlangıcında tehlikeli olabileceği, bu nedenle don zararını en aza indirecek tedbirlerin alınması yararlı olacaktır., In this study conducted in Eğirdir Horticultural Research Institute in 2006- 2007 years, phenological and pomological characters of 16 peach varieties were determined. According to results, the earliest and latest bud swelling was observed in Lovell and Early White Giant varieties, respectively. Morettini 5/14 and Golden Jubilee varieties had the earliest and latest bud burst dates. While Redhaven was the first blooming variety, Shasta and Golden Jubilee were the latest blooming varieties.South Haven was the latest full blooming variety. It was determined that the earliest ripening variety was Morettini 5/14, the latest one was Muir. According to pomological analysis results it was the biggest fruit was South Haven (258 g), the smallest fruit was Morettini 5/14 (133.4 g). The highest level of malic acid was obtained from Fair Haven (% 0.74) and the lowest one from Andross (% 0.46). Early White Giant (2.9 kg cm-2) variety had the highest fruit firmness. Morettini 5/14 (0.96 kg cm-2) variety had the lowest fruit firmness. The variety having the highest TSS (total soluble solids) values was Halford (% 16.6), and the lowest one was Morettini 5/14 (% 10.7). When the dates of phenologic observation of varieties in this study and climate range of Eğirdir region were compared, it could be said that winter cool in Eğirdir was not dangerous for peach. However spring late frost which may happen in some years can be dangerous, especially in the bud burst and beginning bloom.Because of this reason it will be helpfull to take cautions to diminish the frost injury.
- Published
- 2011
22. Structural and biochemical analysis of interaction of mCRY2 with mBMAL1
- Author
-
Gür, İbrahim, Kavaklı, İbrahim Halil, and Kimya Mühendisliği Anabilim Dalı
- Subjects
Biyokimya ,Biochemistry ,Biology ,Biyoloji - Abstract
Sirkadiyen ritimler bakterilerden memelilere kadar geniş bir kapsamdaki canlıların biyokimyasal, fizyolojik ve davranışsal düzenlemesini yaklaşık 24 saatlik periyotta düzenleyen döngülerdir. Kriptokromlar moleküler düzeyde sirkadiyen ritmi oluşturan transkripsiyon geri bildirim döngüsünde büyük öneme sahiptir. Kriptokrom alelleri hasara uğratılmış farelerin sirkadiyen ritimlerinin tamamen yok olması, kriptokromların sirkadiyen ritmlerin oluşması ve korunması için temel unsurlardan biri olduğunu ortaya koymuştur. Şu ana kadar ileri ve geri genetik teknikler kullanılarak sirkadiyen ritim'i değişik seviyelerde düzenleyen proteinler kısmi oranda tespit edilmiştir. Ancak transkripsiyonel mekanizmanın nasıl çalıştığı, BMAL1:CLOCK protein kompleksinin transkripsiyonel aktivitesinin nasıl durdurulduğu, Kriptokrom'un bu aktiviteyi nasıl durdurduğu gibi konular hala belirsizliğini korumaktadır.Bu çalışmada CRY2 proteininin PER2 ile etkileştiği bölgeler geri genetik yöntemler vasıtasıyla evrimsel olarak korunmuş R501 ve K503 bölgeleri olarak tespit edilmiştir. Bu bölgelerin mutasyona uğratılması PER2 ile etkileşimi ortadan kaldırıp CRY2'nin transkripsiyonel baskılama özelliğinin de yüksek oranda kaybolmasına yol açmıştır. Ayrıca bu bölgelerin mutasyona uğratılması, CRY2'nin BMAL1'e bağlanmasını engellememekte ve hücrenin çekirdeğine lokalize olmasını da etkilememektedir. Ayrıca CRY2'nin BMAL1'e bağlandığı bölge de yine geri genetik yöntemler vasıtasıyla tespit edilmiş olup proteinin N-ucundaki F171 bölgesine ve diğer bazı bölgelere atfedilmiştir. Circadian rhythms are intrinsic periodic oscillations of physiological, biochemical and behavioral processes within approximately 24h periodicity in diverse species ranging from bacteria to mammals. CRYPTOCHROME proteins are one of the essential components of the mammalian circadian clock and null mutations of Cry leads to severe disruption of normal circadian clock function. Although forward and reverse genetic approaches have successfully unveiled the core and auxiliary circadian clock components in detail, the molecular mechanisms of the transcriptional repression in the circadian clock feedback loop remains elusive.In this thesis work, evidence will be provided through a reverse genetics approach that interaction of mCRY2 with mPER2 is mediated through evolutionary conserved amino acids on the C-terminus of mCRY2 (R501 and K503) and that interaction is essential for transcriptional repression of both endogenous and exogenous BMAL1:CLOCK heterodimer transcriptional activity. Moreover, it will be shown that mPER2 interaction is not a prerequisite for mCRY2 to bind to other circadian clock components, as ectopically expressed loss-of-function mutant immunoprecipitates with ectopically expressed mBMAL1. Furthermore, the functionality of the loss-of-function protein will be explored in terms of interaction with other core circadian clock proteins and nuclear localization pattern. It will be shown that loss-of-function is solely based on elimination of the interaction and not due to aberrant translocation of the mutant protein, as ectopically expressed tagged proteins can be detected immunocytochemically and also GFP-fusion constructs directly translocate into nucleus. In addition, the mBMAL1 interaction hot spots on mCRY2 are mapped to F171 on the N-terminus and other unresolved residues through another reverse genetics approach. 65
- Published
- 2010
23. Eğirdir ekolojik şartlarında yetiştirilen bazı şeftali çeşitlerinin fenolojik ve pomolojik özelliklerinin tespiti
- Author
-
Gür, İbrahim, Pırlak, Lütfi, Enstitüler, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı, and Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı
- Subjects
Pomolojik özellikler ,Pomological characters ,Ziraat ,Tarım ,Şeftali çeşitleri ,Fenolojik özellikler ,Peach varieties ,Agriculture ,Eğirdir ,Phenological characters - Abstract
Eğirdir Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsünde 2006-2007 yıllarında yürütülen bu çalışmada, Morettini 5/14, Early White Giant, Merill 49, Redhaven, Golden Jubilee, Vesuvio, Shasta, Fair Haven, Red Tab, Lovell, Andross, Richaven, Carolyn, Halford ve Muir şeftali çeşitlerinin fenolojik ve pomolojik özellikleri incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre en erken ve en geç tomurcuk kabarması sırasıyla Lovell ve Early White Giant çeşidinde gözlenmiştir. Morettini 5/14 ve Golden Jubilee çeşitleri en erken ve en geç tomurcuk patlaması meydana gelen çeşitlerdir. İlk çiçek açan çeşit Redhaven olurken, en geç çiçeklenen çeşitler Shasta ve Golden Jubilee'dir. Tam çiçeklenme devresine en geç gelen çeşit South Haven'dır. En erken olgunlaşan çeşidin Morettini 5/14, en geç hasada gelen çeşidin ise Muir olduğu tespit edilmiştir. Pomolojik analiz sonuçlarına göre en iri meyveli çeşit South Haven (258 g), en küçük meyveli çeşit ise Morettini 5/14 (133.4 g) olarak tespit edilmiştir. Malik asit değeri en yüksek olan çeşit Fair Haven (% 0.74), en düşük çeşit ise Andross'dur (% 0.46). Early White Giant çeşidi en yüksek (2.9 kg/cm2) meyve eti sertliğine sahiptir. Morettini 5/14 (0.96 kg/cm2) en düşük meyve eti sertliğine sahip çeşittir. Suda çözünebilir kuru madde miktarı en yüksek çeşit Halford (% 16.6), en düşük çeşit ise Morettini 5/14'tür (% 10.7). Çalışmada yer alan çeşitlerin fenolojik gözlem tarihleri ile Eğirdir ilçesi uzun yıllar iklim ortalamaları kıyaslandığında, Eğirdir ilçesinde kış soğuklarının incelenen çeşitler için tehlike oluşturmadığı söylenebilir. Fakat bazı yıllarda meydana gelebilecek ilkbahar geç donlarının özellikle tomurcuk patlaması ve çiçeklenme başlangıcında tehlikeli olabileceği, bu nedenle don zararını en aza indirecek tedbirlerin alınması yararlı olacaktır., In this study conducted in Eğirdir Horticultural Research Institute in 2006-2007 years growing season, phenological and pomologıcal characters of Morettini 5/14, Early White Giant, Merill 49, Redhaven, Golden Jubilee, Vesuvio, Shasta, Fair Haven, Red Tab, Lovell, Andross, Richaven, Carolyn, Haldford ve Muir varieties were determined. According to results, the earliest and latest bud swelling were observed in Lovell and Early White Giant varieties, respectively. Morettini 5/14 and Golden Jubilee varieties had the earliest and latest bud burst dates. While Redhaven was the first blooming variety, Shasta and Golden Jubilee were the latest blooming varieties. South Haven was the latest full blooming variety. We could determined that the earliest ripening variety was Morettini 5/14, the latest one was Muir. According to of pomological analysis results the variety having the biggest fruit was South Haven the having the smallest fruit was Morettini 5/14. The variety having the highest level of malic acid was Fair Haven and the lowest one was Redhaven. Early White Giant variety had the highest fruit firmness. Morettini 5/14 variety had the lowest fruit firmness. The variety having the highest TSS (total soluble solids) values was Halford and the lowest one was Morettini 5/14. When the dates of phenologic observation of varieties in this study and climate range of Eğirdir region were compared, it could be said that winter cool in Eğirdir was not dangerous for peach. However spring late frost Which may happen in same years can be dangerous, especially in the bud burst and beginning bloom. Because of this reason it will be helpfull to take cautions to diminish the frost injury.
- Published
- 2008
24. Identification of two amino acids in the c-terminal domain of mouse CRY2 essential for PER2 interaction
- Author
-
Özber, Natali; Barış, ibrahim (ORCID 0000-0003-2185-3259 & YÖK ID 111629); Tatlıcı, Gülnaz; Gür, İbrahim; Kılınç, Seda; Ünal, Evrim Besray; Kavaklı, İbrahim H. (ORCID 0000-0001-6624-3505 & YÖK ID 40319), The Center for Computational Biology and Bioinformatics (CCBB), College of Engineering, Department of Chemical and Biological Engineering, Özber, Natali; Barış, ibrahim (ORCID 0000-0003-2185-3259 & YÖK ID 111629); Tatlıcı, Gülnaz; Gür, İbrahim; Kılınç, Seda; Ünal, Evrim Besray; Kavaklı, İbrahim H. (ORCID 0000-0001-6624-3505 & YÖK ID 40319), The Center for Computational Biology and Bioinformatics (CCBB), College of Engineering, and Department of Chemical and Biological Engineering
- Abstract
Background: Cryptochromes (CRYs) are a class of flavoprotein blue-light signaling receptors found in plants and animals, and they control plant development and the entrainment of circadian rhythms. They also act as integral parts of the central circadian oscillator in humans and other animals. In mammals, the CLOCK-BMAL1 heterodimer activates transcription of the Per and Cry genes as well as clock-regulated genes. The PER2 proteins interact with CRY and CKI epsilon, and the resulting ternary complexes translocate into the nucleus, where they negatively regulate the transcription of Per and Cry core clock genes and other clock-regulated output genes. Recent studies have indicated that the extended C-termini of the mammalian CRYs, as compared to photolyase proteins, interact with PER proteins. Results: We identified a region on mCRY2 (between residues 493 and 512) responsible for direct physical interaction with mPER2 by mammalian two-hybrid and co immunoprecipitation assays. Moreover, using oligonucleotide-based degenerate PCR, we discovered that mutation of Arg-501 and Lys-503 of mCRY2 within this C-terminal region totally abolishes interaction with PER2. Conclusions: Our results identify mCRY2 amino acid residues that interact with the mPER2 binding region and suggest the potential for rational drug design to inhibit CRYs for specific therapeutic approaches., Marie Curie Mobility-12-IRG; TÜBİTAK-TBAG; Turkish Academy of Sciences (TÜBA)-GEBIP
- Published
- 2010
25. Identification of two Amino Acids in the C-terminal Domain of Mouse CRY2 Essential for PER2 Interaction
- Author
-
Evrim B Unal, Gulnaz Tatlici, Ibrahim Baris, Seda Kilinc, Ibrahim Gur, Natali Ozber, Ibrahim Halil Kavakli, Özber, Natali, Barış, ibrahim (ORCID 0000-0003-2185-3259 & YÖK ID 111629), Tatlıcı, Gülnaz, Gür, İbrahim, Kılınç, Seda, Ünal, Evrim Besray, Kavaklı, İbrahim H. (ORCID 0000-0001-6624-3505 & YÖK ID 40319), The Center for Computational Biology and Bioinformatics (CCBB), College of Engineering, and Department of Chemical and Biological Engineering
- Subjects
endocrine system ,lcsh:QH426-470 ,Biological engineering ,Molecular Sequence Data ,Circadian clock ,CLOCK Proteins ,Biology ,Cell Line ,Mice ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,Cryptochrome ,Transcription (biology) ,Two-Hybrid System Techniques ,Animals ,Humans ,Amino Acid Sequence ,lcsh:QH573-671 ,Molecular Biology ,030304 developmental biology ,0303 health sciences ,ARNTL Transcription Factors ,lcsh:Cytology ,Blue-light photoreceptors ,Mammalian circadian clock ,Arabidopsis cryptochromes ,Photolyase ,Protein ,Period Circadian Proteins ,Circadian Rhythm ,Cryptochromes ,CLOCK ,PER2 ,lcsh:Genetics ,Biochemistry ,Mutagenesis ,Sequence Alignment ,030217 neurology & neurosurgery ,Research Article - Abstract
Background: Cryptochromes (CRYs) are a class of flavoprotein blue-light signaling receptors found in plants and animals, and they control plant development and the entrainment of circadian rhythms. They also act as integral parts of the central circadian oscillator in humans and other animals. In mammals, the CLOCK-BMAL1 heterodimer activates transcription of the Per and Cry genes as well as clock-regulated genes. The PER2 proteins interact with CRY and CKI epsilon, and the resulting ternary complexes translocate into the nucleus, where they negatively regulate the transcription of Per and Cry core clock genes and other clock-regulated output genes. Recent studies have indicated that the extended C-termini of the mammalian CRYs, as compared to photolyase proteins, interact with PER proteins. Results: We identified a region on mCRY2 (between residues 493 and 512) responsible for direct physical interaction with mPER2 by mammalian two-hybrid and co immunoprecipitation assays. Moreover, using oligonucleotide-based degenerate PCR, we discovered that mutation of Arg-501 and Lys-503 of mCRY2 within this C-terminal region totally abolishes interaction with PER2. Conclusions: Our results identify mCRY2 amino acid residues that interact with the mPER2 binding region and suggest the potential for rational drug design to inhibit CRYs for specific therapeutic approaches., Marie Curie Mobility-12-IRG; TÜBİTAK-TBAG; Turkish Academy of Sciences (TÜBA)-GEBIP
- Published
- 2010
26. Unique fatty acid desaturase capacities uncovered in Hediste diversicolor illustrate the roles of aquatic invertebrates in trophic upgrading.
- Author
-
Kabeya N, Gür İ, Oboh A, Evjemo JO, Malzahn AM, Hontoria F, Navarro JC, and Monroig Ó
- Subjects
- Animals, Fatty Acid Desaturases metabolism, Fatty Acids, Omega-3 metabolism, Fatty Acids, Omega-6 metabolism, Food Chain, Polychaeta metabolism
- Abstract
Omega-3 ( ω 3 or n -3) long-chain polyunsaturated fatty acids (PUFA), including eicosapentaenoic acid and docosahexaenoic acid (DHA), play physiologically important roles in vertebrates. These compounds have long been believed to have originated almost exclusively from aquatic (mostly marine) single-cell organisms. Yet, a recent study has discovered that many invertebrates possess a type of enzymes called methyl-end desaturases ( ω x ) that enables them to endogenously produce n -3 long-chain PUFA and could make a significant contribution to production of these compounds in the marine environment. Polychaetes are major components of benthic fauna and thus important to maintain a robust food web as a recycler of organic matter and a prey item for higher trophic level species like fish. In the present study, we investigated the ω x enzymes from the common ragworm, Hediste diversicolor , a common inhabitant in sedimentary littoral ecosystems of the North Atlantic. Functional assays of the H. diversicolor ω x demonstrated unique desaturation capacities. An ω 3 desaturase mediated the conversion of n -6 fatty acid substrates into their corresponding n -3 products including DHA. A further enzyme possessed unique regioselectivities combining both ω 6 and ω 3 desaturase activities. These results illustrate that the long-chain PUFA biosynthetic enzymatic machinery of aquatic invertebrates such as polychaetes is highly diverse and clarify that invertebrates can be major contributors to fatty acid trophic upgrading in aquatic food webs. This article is part of the theme issue 'The next horizons for lipids as 'trophic biomarkers': evidence and significance of consumer modification of dietary fatty acids'.
- Published
- 2020
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.