Search

In recent years, studies with biosensors have increased in order to better understand the mechanisms of anticancer drug action. Thus, studies to examine interactions with DNA using biosensors have gained momentum. In our study, it was investigated that Capecitabine (CPT), an anticancer drug, and glassy carbon electrode (GCE) interaction by using electrochemical methods. The interaction of CPT with calf thymus DNAs (dsDNA, ssDNA) immobilized on the electrode surface was analyzed by exploiting changes in the oxidation signals of the guanine base. The immobilization of DNA on the electrode surface has been optimized. Optimal DNA concentration and optimal interaction times were found. Electrochemical impedance spectroscopy technique was used for impedimetric measurements.The results obtained confirmed that the ct-DNAs were immobilized on the electrode surface. Detection limit (DL) was found as 17.54 μg / mL for interaction capecitabine with ds-DNA and was found 17.12 μg / mL for interaction capecitabine with ss-DNA.

Studies that deal withthe confirming the interaction of anticancer drugs with DNA have gained muchmore importance in recent years. In our study,the interaction of Epirubicin, ananticancer drug, with DNA was examined with electrochemical methods using pencilgraphite electrode. Differential pulse voltammetry technique (DPV) was employedin our study. The parameters such as the concentrations of ct-DNA immobilizedon electrodes Drug concentrations interacting with ct-DNA and its interactionperiods of time were optimized using pencil graphite electrode and the limit ofdetection was determined and the result were explicated. To estimate thedetection limit (DL) target sequences were found for ct-dsDNA and ct-ssDNA0.556 μg/mL and 0.059 μg/mL , respectively. The studyaims to contribute to the designing process of the drugs to be produced and tothe illumination of the interaction mechanisms between the newly- synthesiseddrugs and DNA., Anti kanser ilaçların DNA ile etkileşimlerinin biyosensörler ile tespitedilmesine yönelik çalışmalar son yıllarda önem kazanmıştır. Çalışmamızdaantikanser ilaç olan Epirubicin’in DNA ile etkileşmesi elektrokimyasal yöntemlerle;kalem grafit elektrot (PGE) kullanılarak incelendi. Epirubicin’in CalphThymus’dan (ct) izole edilmiş tek sarmal ct-DNA (ct-ssDNA) ve çift sarmalct-DNA (ct-dsDNA) ile elektrot yüzeyinde veya çözelti ortamında etkileşimlerict-DNA’larda bulunan guanin bazındaki yükseltgenme sinyalinde meydana gelendeğişimler izlenerek incelendi. Çalışmamızda difarensiyel puls voltametritekniği kullanıldı. Elektrotlara immobilize edilen ct-DNA’ların derişimleri,ct-DNA ile etkileşen ilaç derişimi ve etkileşim süresi gibi parametreler PGEile optimize edildi, tayin sınırları belirlendi ve sonuçlar yorumlandı. Tayinsınırı (DL) ct-dsDNA ve ct-ssDNA etkileşimi için sırasıyla 0.556 μg/mL ve 0.059μg/mL bulunmuştur. Çalışmamızda elde edilen sonuçların, üretimi yapılacak olanilaçların tasarımına fayda sağlayacağına ve yeni sentezlenen ilaçların DNA ileolan etkileşim mekanizmalarının aydınlatılmasına imkan sağlayacağınainanılmaktadır., AnaplasmaPhagocytophilum, Diferansiyel PulsVoltametrisi.

ÖZET Doktora Tezi TRİFENÎLFORMAZAN VE BAZI TÜREVLERİNİN ELEKTROKİMYASAL DAVRANIŞLARINA KOMPLEKS OLUŞUMUNUN ETKİSİNİN İNCELENMESİ Gültekin GÖKÇE Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Anabilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Hamza YILMAZ Yüksek saflıkta 1,3,5-trifenilfonnazan (TFF), 3-(m-nitro)-l,5 difenilformazan (MNF) ve 3-(p-nitro)-l,5 difenilformazan (PNF) bileşikleri sentezlenerek bu bileşiklerin elektrokimyasal davranışları 0,1 M tetrabutilamonyum tetrafloroboratın (TBATFB) dimetilsülfoksitteki çözeltisinde ve platin elektrotta çeşitli elektrokimyasal metotlar ile incelenmiştir. Bu ortamda incelenen bütün moleküllerin difüzyon katsayıları ve aktarılan elektron sayılan ultramikro platin elektrot kullanılarak hesaplanmıştır. CV tekniği yardımı ile TFF, MNF ve PNF moleküllerinin bu ortamda ve platin elektrot yüzeyinde birer elektronlu bir indirgenme pikine sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu pikler TFF, MNF ve PNF moleküllerinde, sırasıyla, -127S mV, -1150 mV ve -1130 mV'ta (Ag/Ag+'ya karşı) olup, indirgenmenin EC mekanizmasına göre gerçekleştiği; bunun sonucunda elektrot yüzeyinde formazan anyonu oluştuğu ve bu anyonun da -500 mV civarında iki elektronluk bir yükseltgenmeyle tetrazolyum katyonuna dönüştüğü tespit edilmiştir. Çözelti ortamındaki formazana, Ni(CH3COO)2, Zn(CKbCOO)2 ve Cd(CBbCOO)2 tuzlan ilâve edilerek, CV deneyleri ile, formazanlann elektrokimyasal davranışlanndaki değişmeler takip edilmiş ve oluşan komplekslerin dönüşümlü voltamogramlanmn, formazanlardan ne tür farklılıklar gösterdiği değerlendirilmiştir. 2004, 90 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Formazan, Formazan Kompleksleri, Ultramikro Elektrot, Platin Elektrot, Dönüşümlü Voltametri ABSTRACT PhD. Thesis INVESTIGATIONS ON THE EFFECT OF COMPLEX FORMATION ON THE ELECTROCHEMICAL BEHAVIOR OF TRIPHENYLFORMAZAN AND SOME OF ITS DERIVATIVES Gültekin GÖKÇE Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Chemistry Supervisor : Prof. Dr. Hamza YILMAZ The compounds, 1,3,5-triphenylformazan (TPF), 3-(m-nitro)-l,5-diphenylformazan and 3-(p-nitro)-l,5-diphenylformazan (PNF) were prepared in high purity and electrochemical behavior of them along with their complexes with Zn, Ni2+ and Cd2+ were investigated in dimethylsulphoxide medium using tetrabuthylammonium tetraflouroborate as supporting electrolyte and platinum electrode for cyclic voltammetric, choronoamperometric and choronoculometric studies. Diffusion coefficients and number of transferred-electrons were calculated with the aid of an ultramicro Pt electrode. Cyclic voltammograms of TPF, MNf and PNF reveal that in DMSO medium with Pt electrodes, they undergo a one-electron reduction at -1275 mV, -1150 mV and -1130 mV (against 0,1 M Ag+/Ag) respectively. This cathodic process was found to proceed through an EC mechanism. Also concluded was that the formazan anion was the final product and it underwent a two-electron oxidation at around -500 mV to transform into the so-called tetrazolium cation. Several CV runs were also carried out after adding known amounts of Zn2+, Ni2+ and Cd2+ cations onto the formazans and from this CV's, it was concluded that complexation renders the formazans to become more oxidation-resistant compared to the parent molecules. 2004, 90 pages KEY WORDS: Formazan, Formazan Complexes, Ultramicro Electrode, Platin Electrode, Cyclic Voltammetry. 98

Bu çalışmada amonyak ve alifatik alkil aminlerin protonasyon sabitleri (p) %10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80 (h/h) etanoi-su karışımında 25 °C'da ve 0,1 M NaCI04'lı ortamda potansiyometrik metotla tayin edilmiştir. Tayinlerde, hidrojen iyonu konsantrasyonunu ölçecek şekilde kalibre edilmiş kombine pH elektrod sistemi kullanılmış ve p değerleri PKAS bilgisayar programı kullanılarak hesaplanmıştır. Aminlerin logp değerlerinin etanol içeriğinin artmasıyla lineer olarak azaldığı ancak, %10, %70, ve %80 etanol ortamlarında tayin edilen sonuçların bu lineer gidişe uymadığı gözlenmiştir. Ayrıca aminlerin bazlığı üzerine alkil gruplarının etkisi incelenmiş ve baziktik sırasının genellikle, NH3

ÖZET EOM çocukluk döneminde sık görülen, iletim tipi işitme kaybı ile seyreden orta kulakta sıvı birikmesidir. Etyopatogenezi halen tam anlaşılamayan bu tablonun son yıllarda östaki disfonksiyonu sonucu geliştiği fikri ağırlık kazanmaktadır. EOM nın etyopatogenezini araştırmak amacıyle, orta kulak ve östakide yaptığı değişiklikler bir çok araştırmada incelenmiştir, ancak bu hastalarda östakinin nazofaringeal orifısinde yapılan elektron mikroskopik düzeyde çalışmaya rastlanmamıştır. Bu amaçla 15 'i EOM lı ve 2 'si normal kulağa sahip toplam 17 kişi üzerinde bu çalışma yapılmıştır. Çalışmamız sonucunda EOM lı hastalardan alınan mukoza örneklerinde silyalı hücrelerin sayılarının fazla olmasına rağmen, silyalann normal görünümünü kaybederek bileşik silyumlar haline dönüştüğü, goblet hücrelerinin sayılarının oldukça az olduğu dikkati çektr. Aynca goblet hücreleri, silyalı hücreler ve ara hücrelerinde müköz salgıyı simgeleyen benzer yapılar görüldü. Bu durum goblet hücreleri gibi diğer hücrelerinde sekresyon yapma özelliği kazanabileceği şeklinde yorumlandı. Bileşik silyumlara sahip silyalı hücrelerin fonksiyonlarını iyi yapamamalarına bağlı olarak mukosilyar bozukluk meydana gelecek, oluşan mukoid sekresyon atılamayıp, orta kulak ve östakide birikerek enfeksiyona zemin hazırlayacaktır. Bu zeminde gelişen enfeksiyon mukozada daha ileri değişikliklere yol açacak, sonuçta EOM kronikleşecektir. 31 SUMMARY Otitis media with effusion (OME) is a collection of fluid in the middle ear seen frequently during childhood causing conductive hearing loss. Although, etiopathogenesis of this phenomenon has not been fully understood, the role of the eustachian dysfunction is mostly accepted. There are many studies in the literature which showed electron microscopic changes in the middle ear and eustachian tube. In this article electron microscopic changes in nasopharyngeal orifice in 15 patients with OME are studied. In the mucosal specimens of the patients with OME, ciliated cells were found to be abnormal in appearance. The ciliums were combined and the number of goblet cells were decreased. Also, there was mucoid secretion in goblet cells, ciliated cells and intermediated cells which proved that non-goblet cells have gained secretory function. Since those cells with combined cilia will not function well, it is postulated that mucociliary dysfunction can cause collection of fluid in the middle ear and eustachian tube, which will predispose to middle ear infection. Later on, the infection can aggravate the mucociliary dysfunction, and there will be a vicious cycle which will result with chronic OME. 32 59

Eritromisin, akciğer, boğaz ve kulaktaki bakterilerin neden olduğu enfeksiyonları tedavi etmek için kullanılan bir makrolid antibiyotiktir. Bu tez başlıca eritromisinin tek ve çift sarmal calf thymus DNA ile etkileşim özelliklerini içerir. Yöntem olarak dönüşümlü voltametri, kare dalga voltametrisi, diferansiyel puls voltametrisi ve elektrokimyasal empedans spektroskopisi kullanılmıştır. Çalışmada sırasıyla kalem grafit elektrotların aktive edilmesi, aktif elektrot yüzeyine DNA probunun tutturulması ve DNA'nın eritromisin ile etkileşiminin voltametrik ve impedimetrik olarak incelenmesi ve sonuçların istatistiksel verilerle açıklanması basamakları yer almaktadır. Tek sarmal ve çift sarmal DNA'nın katı elektrot yüzeyinde eritromisin ile etkileşim özellikleri voltametrik olarak guanin bazının yükseltgenme sinyallerinde ve impedimetrik olarak da yük aktarım dirençlerinde meydana gelen değişimlerden yararlanılarak değerlendirilmiştir. Çalışmada indikatör elektrot olarak kalem grafit elektrot (PGE); referans elektrot olarak Ag/AgCl ve karşı elektrot olarak platin tel kullanılmıştır. Erythromycin is a macrolide antibiotic used to treat infections caused by bacteria in the lung, throat and ear. This thesis mainly includes the interaction properties of erythromycin with single and double stranded calf thymus DNA. Cyclic voltammetry, square wave voltammetry, differential pulse voltammetry and electrochemical impedance spectroscopy were used as methods. In the study, the steps of activating the pencil graphite electrodes, attaching the DNA probe to the active electrode surface and examining the interaction of DNA with erythromycin voltametrically and impedimetrically and explaining the results with statistical data are included. The interaction properties of single-stranded and double-stranded DNA with erythromycin on the solid electrode surface were evaluated using the changes in the oxidation signals of the guanine base voltammetrically and the charge transfer resistances impedimetrically. In this study, pencil graphite electrode (PGE) as indicator electrode; Ag / AgCl as the reference electrode and platinum wired as the counter electrode were used. 88

daha sonra doldurulacaktır daha sonra doldurulacaktır 0

Sefdinir, 3. kuşak sefalosporinlerden biri olup geniş spektrumda anti bakteriyel aktiviteye sahiptir. Sefdinir hem Gram (+) hem de Gram (-) bakterilere karşı aktiftir. Bu çalışmada sefdinirin tek sarmal ve çift sarmal DNA ile etkileşimi tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar kullanılarak voltametrik ve impedimetrik yöntemlerle ayrı ayrı incelenmiş ve yöntemler elde edilen sonuçlar bakımından karşılaştırılmıştır. Çalışma sırasıyla kalem grafit elektrotların aktive edilmesi, aktif elektrot yüzeyine DNA probunun tutturulması ve DNA'nın sefdinir ile etkileşiminin voltametrik ve impedimetrik olarak incelenmesi ve sonuçların istatistiksel verilerle açıklanması basamaklarını içermektedir. Çalışmanın her basamağında pH, sıcaklık, derişim ve zaman optimizasyonları yapılmıştır. Çalışmada sefdinir-DNA etkileşimi dönüşümlü voltametri (CV), diferansiyel puls voltametrisi (DPV) ve elektrokimyasal impedans spektroskopisi teknikleri ile araştırılmış ve sefdinir için tayin sınırları bulunmuştur. DPV yöntemiyle sefdinir için bulunan en düşük tayin sınırı ct ssDNA ile 3,63 ppm, ct dsDNA ile 0,84 ppm iken aynı değerler EIS yönteminde sırasıyla 0,76 ppm ve 0,064 ppm olarak tayin edilmiştir. Cefdinir is one of the 3rd generation cephalosporins and has a broad spectrum antibacterial activity. Cefdinir is active against both Gram (+) and Gram (-) bacteria. The interaction of cefdinir with single-stranded and double-stranded DNA was studied separately by disposable pencil graphite electrodes using voltammetric and impedimetric methods and the methods were compared to each other due to the results obtained from each method. The study consists of activating the pencil graphite electrodes, attaching the DNA probe to the surface of the active electrode surface and investigating of the interaction of DNA with cefdinir by voltammetric and impedimetric manner and explaining the results with statistical data. In each step of the study, pH, temperature, concentration and time optimizations were performed. In this study, cefdinir-DNA interaction was investigated by using cyclic voltammetry (CV), differential pulse voltammetry (DPV) and electrochemical impedance spectroscopy techniques and determination limits (DL) for cefdinir were determined. The DL values of ct ssDNA and ct dsDNA were found as 3,63 ppm and 0,84 ppm respectively for DPV and as 0,76 ppm and 0,064 ppm for EIS. 82

Anti kanser ilaçların DNA ile etkileşimlerinin biyosensörler ile tespitedilmesine yönelik çalışmalar son yıllarda önem kazanmıştır. Çalışmamızdaantikanser ilaç olan Epirubicin'in DNA ile etkileşmesi elektrokimyasalyöntemlerle; kalem grafit elektrot kullanılarak incelendi. Epirubicin'in CalpThymus'dan (ct) izole edilmiş tek sarmal ct-DNA (ct-ssDNA) ve çift sarmal ctDNA (ct-ds-DNA) ile elektrot yüzeyinde veya çözeltide etkileşimleri ctDNA'larda bulunan guanin bazındaki yükseltgenme sinyalinde meydana gelendeğişimler incelendi. Çalışmamızda difarensiyel puls voltametri tekniğikullanıldı. Elektrotlara immobilize edilen ct-DNA'ların derişimleri, ct-DNA ileetkileşen ilaç derişimi ve etkileşim süresi gibi parametreler kalem grafitelektrot (PGE) ile optimize edildi, tayin sınırları belirlendi ve sonuçlaryorumlandı.Çalışmamızda sonuç olarak, üretimi yapılacak olan ilaçların tasarımına faydasağlayacağına ve yeni sentezlenen ilaçların DNA ile olan etkileşimmekanizmalarının aydınlatılmasına imkan sağlayacağına inanılmaktadır.Anahtar kelimeler: Elektrokimyasal DNA Biyosensörleri, Kalem GrafitElektrot (PGE), Diferansiyel Puls Voltametrisi (DPV) The studies that dealine with the confirmation of the interaction of anticancerdrugs with DNA have gained much more importance in recent years. In ourstudy,the interaction of Epirubicin, an anticancer drug, with DNA wasexamined with electrochemical methods using pencil graphite electrode.Differential pulse voltammetry technique (DPV) was employed in our study.The parameters such as the concentrations of ct-DNA immobilized onelectrodes, Drug concentrations interacting with ct-DNA and its interactionperiods of time were optimized using pencil graphite electrode.The limit ofquantification was determined and the result were explicated. The study aimsto contribute to the designing process of the drugs to be produced and to theelucidation of the interaction mechanisms between the newly- synthesiseddrugs and DNA.KeyWords: Electrochemical DNA Biosensor, Pencil Graphite Electrode(PGE), Differential Puls Voltammetry (DPV) 102

Bu araştırmanın amacı; lisans düzeyindeki uygulama derslerine alternatif olarak gerçekleştirilen `gönüllü öğretmenlik` sosyal sorumluluk projesi uygulaması sonrasında, uygulama esaslı Fen eğitiminin, Fen bilgisi eğitimi öğretmen adaylarının, fen öğretiminde öz-yeterlik inançları üzerine etkisinin incelenmesidir.Araştırma sonucunda cinsiyet değişkenine göre fen öğretiminde öz-yeterlik inanç seviyelerinin anlamlı olarak farklılaştığı görülmektedir. Erkek öğretmen adaylarının kız öğretmen adaylarına göre daha yüksek öz-yeterlik inancı seviyesinde oldukları belirlenmiştir. Fen öğretiminde öz-yeterlik inanç seviyelerinin sınıf seviyelerine göre farklılaşmasına bakıldığında, Fen Bilgisi öğretmenliği 1. , 2.ve 3. sınıf öğretmen adaylarının fen öğretiminde öz-yeterlik inançları arasında anlamlı bir farklılığa rastlanmamıştır. Mezun olunan lise türüne göre yapılan değerlendirmede ise, Anadolu lisesini bitiren öğretmen adaylarının düz liseyi bitiren öğretmen adaylarına göre ortalamalarının daha yüksek olduğu görülmektedir. Bu durumda Anadolu lisesini bitiren öğretmen adayları, düz liseyi bitiren öğretmen adaylarına göre kendilerini Fen eğitim ve öğretimi konusunda daha yeterli görmektedirler. The purpose of this research was to investigate the effect of applied science education on the self-efficacy beliefs of science education students after a study of `voluntary teaching` (social responsibility project), which was developed as an alternative to undergraduate practice courses. As a result of the research, it was seen that the teacher candidates' self-efficacy belief levels for science teaching differ significantly by gender. It was determined that male teacher candidates had higher self-efficacy level than female teacher candidates. When the difference of self-efficacy beliefs about science teaching according to class levels was examined, there was no significant difference between the 1st , 2nd and 3rd grade science teacher candidates' self-efficacy beliefs. According to the evaluation of the graduated high school, it was seen that the teacher candidates graduated from the Anatolian High School had a higher average about self efficacy than the teacher candidates who graduated from the ordinary high school. So, the candidate teachers who graduated from the Anatolian High School considered themselves more qualified than the candidate teachers who are graduated from the ordinary high school. 56