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39 results on '"Géraldine Lucchi"'

1. Effect of a minimal processing route for the production of infant formulas on their sensory properties

Author: Christophe Martin, Marine Crépin, Valérie Feyen, Emilie Szleper, Karine Gourrat, Nadine Leconte, Amélie Deglaire, Sophie Nicklaus, and Géraldine Lucchi
Subjects: infant formula, membrane filtration, sensory properties, volatile organic compounds, Dairy processing. Dairy products, SF250.5-275, Dairying, SF221-250
Abstract: ABSTRACT: Infant formulas (IF), the sole adequate substitute to human milk, undergo several thermal treatments during production that can damage milk proteins and promote the formation of Maillard reaction products, modifying nutritional and sensory properties. The aim of this study was to determine the effect of a minimal processing route based on membrane filtration associated with different levels of heat treatment, on the odor, taste, texture, and color attributes of IF, then to compare with those of commercial milks. Three experimental IF (produced with membrane filtration associated with low [T−], medium [T+], or high thermal treatments [T+++]) were evaluated. Triangular tests conducted with a panel of 50 adults highlighted clear disparities between all the IF. The same panel applied the check-all-that-apply (CATA) method to evaluate the IF: the range of variability between T− and T+++ was similar to that between the 2 commercial IF, and the sensory characteristics of the experimental IF were not far from the commercial brands for flavor and texture attributes. Analysis performed on the citation frequencies for each descriptor differentiated T−/T+ from T+++, but all the experimental IF were described with positive sensory characteristics, unlike one commercial IF. Volatile organic compounds (VOC) content of IF with low and high thermal treatments were analyzed. Forty VOC were identified by GC-MS. T− contained a higher quantity of VOC than T+++, except for benzaldehyde (Maillard reaction product), and aldehydes (oxidation-related products) were the most represented compounds. In conclusion, the processing was associated with sensory differences among IF, but no marked difference in flavors was found according to CATA and physicochemical analysis. Additionally, no unpleasant sensory descriptors were noted. This shows that the minimally processed route leads to IF that could fit well within the market from a sensory point of view.
Published: 2024
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2. Effects of psychological stress on the emission of volatile organic compounds from the skin

Author: Géraldine Lucchi, Marine Crépin, Stéphanie Chambaron, Caroline Peltier, Laura Gilbert, Christelle Guéré, and Katell Vié
Subjects: Medicine, Science
Abstract: Abstract Thirty-five women were included in a clinical study to characterize the volatile organic compounds (VOCs) emitted by the skin during exposure to psychological stress. An original silicon-based polymeric phase was used for VOC sampling on the forehead before and after stress induction. Cognitive stress was induced using specialized software that included a chronometer for semantic and arithmetic tasks. Assessment of stress was monitored using a State-trait anxiety inventory questionnaire, analysis of participants’ verbal expressions and clinical measurements. Identification and relative quantification of VOCs were performed by gas chromatography-mass spectrometry. Stress induction was validated by a significant increase in state-anxiety as indicated by the questionnaire, modifications in electrodermal activity measurements and the expression of stress verbatims. In parallel, a sebum production increase and a skin pH decrease were observed. A total of 198 VOCs with different potential sources were identified. They were categorized in 5 groups: probable cosmetic composition, VOCs produced by the body or its microbiota, environmental origin, and dietary intake. In our qualitative statistical approach, three VOCs were found to be correlated with stress induction and 14 compounds showed significance in the paired Wilcoxon test. Fatty-acyls derived from lipids were predominantly identified as well as ethylbenzenes.
Published: 2024
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3. Toward the Identification of Two Glycoproteins Involved in the Stomatal Deregulation of Downy Mildew–Infected Grapevine Leaves

Author: Christelle Guillier, Magdalena Gamm, Géraldine Lucchi, Caroline Truntzer, Delphine Pecqueur, Patrick Ducoroy, Marielle Adrian, and Marie-Claire Héloir
Subjects: Microbiology, QR1-502, Botany, QK1-989
Abstract: Stomata remain abnormally opened and unresponsive to abscisic acid in grapevine leaves infected by downy mildew. This deregulation occurs from 3 days postinoculation and increases concomitantly with leaf colonization by the pathogen. Using epidermal peels, we demonstrated that the active compound involved in this deregulation is located in the apoplast. Biochemical assays showed that the active compound present in the apoplastic fluids isolated from Plasmopara viticola–infected grapevine leaves (IAF) is a CysCys bridge-independent, thermostable and glycosylated protein. Fractionation guided assays based on chromatography coupled to stomatal response and proteomic analysis allowed the identification of both plant and pathogen proteins in the active fraction obtained from IAF. Further in silico analysis and discriminant filtrations based on the comparison between predictions and experimental indications lead to the identification of two Vitis vinifera proteins as candidates for the observed stomatal deregulation.
Published: 2015
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4. Immuno-MALDI-MS in Human Plasma and On-Chip Biomarker Characterizations at the Femtomole Level

Author: Wilfrid Boireau, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Alain Rouleau, and Marven El Osta
Subjects: Surface Plasmon Resonance, mass spectrometry, immuno MALDI-MS, biomarker, proteomics, Chemical technology, TP1-1185
Abstract: Immuno-SPR-MS is the combination of immuno-sensors in biochip format with mass spectrometry. This association of instrumentation allows the detection and the quantification of proteins of interest by SPR and their molecular characterization by additional MS analysis. However, two major bottlenecks must be overcome for a wide diffusion of the SPR-MS analytical platform: (i) To warrant all the potentialities of MS, an enzymatic digestion step must be developed taking into account the spot formats on the biochip and (ii) the biological relevancy of such an analytical solution requires that biosensing must be performed in complex media. In this study, we developed a procedure for the detection and the characterization at ~1 µg/mL of the LAG3 protein spiked in human plasma. The analytical performances of this new method was established, particularly its specificity (S/N > 9) and sensitivity (100% of LAG3 identification with high significant mascot score >68 at the femtomole level). The collective and automated on-chip MALDI-MS imaging and analysis based on peptidic fragments opens numerous applications in the fields of proteomics and diagnosis.
Published: 2012
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5. Figure S1, Figure S2, Figure S3, Figure S4, Figure S5, Figure S6, Figure S7, Figure S8, Table S1, Supplementary Materials and Methods from S-Nitrosylation of cIAP1 Switches Cancer Cell Fate from TNFα/TNFR1-Mediated Cell Survival to Cell Death

Author: Stéphanie Plenchette, Ali Bettaieb, Hernan Terenzi, Jean B. Bertoldo, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Sarra Bouaouiche, and Sabrina Romagny
Abstract: This file contains: Figure S1: Apoptosis determined by annexin V-FITC/7-AAD. Figure S2: NO prevents TNFa-induced classical NF-kB signaling pathway. Figure S3: Detection of S-nitrosylation of cIAP1 with the biotin-switch assay. Figure S4: Example of MALDI-TOF-MS spectra of S-nitrosylated cIAP1. Figure S5: SW480 stable cell line expressing 6myc-cIAP1-C571/574H. Figure S6: Characterization of apoptosis induced by GTN/TNFa. Figure S7: Functional analysis of the ubiquitin E3 ligase activity of cIAP1 mutants. Figure S8: NO prevents TNFa-mediated complex I to promote complex II. Table S1: TNFa concentration in media from human macrophages treated with 5-Fluorouracil/oxaliplatin. Supplementary Materials and Methods.
Published: 2023
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6. Data from S-Nitrosylation of cIAP1 Switches Cancer Cell Fate from TNFα/TNFR1-Mediated Cell Survival to Cell Death

Author: Stéphanie Plenchette, Ali Bettaieb, Hernan Terenzi, Jean B. Bertoldo, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Sarra Bouaouiche, and Sabrina Romagny
Abstract: TNFα is a prominent proinflammatory cytokine and a critical mediator for the development of many types of cancer such as breast, colon, prostate, cervical, skin, liver, and chronic lymphocytic leukemia. Binding of TNFα to TNFR1 can lead to divergent signaling pathways promoting predominantly NF-κB activation but also cell death. We report here that the nitric oxide (NO) donor glyceryl trinitrate (GTN) converts TNFα, generated from immune cells or cancer cells stimulated by chemotherapy, into a prodeath mediator in colon and mammary cancer cells. GTN-mediated S-nitrosylation of cIAP1 on cysteines 571 and 574 inhibited its E3 ubiquitin ligase activity, which in turn reduced Lys63-linked ubiquitination of RIP1 and initiated assembly of a death complex. These findings provide insights into how NO can harness advantageous aspects of inflammation in cancer and provide new therapeutic strategies.Significance: Combination of an NO donor with chemotherapeutic drug–induced TNFα represents a potentially valuable anticancer strategy. Cancer Res; 78(8); 1948–57. ©2018 AACR.
Published: 2023
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7. Dedicated odor-taste stimulation design for fMRI flavor studies

Author: Marianela Santoyo-Zedillo, Isabelle Andriot, Géraldine Lucchi, Gustavo Pacheco-Lopez, Héctor Escalona-Buendía, Thierry Thomas-Danguin, and Charlotte Sinding
Subjects: General Neuroscience
Published: 2023
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8. Peroxisomal ATP-binding cassette transporters form mainly tetramers

Author: Quentin Raas, Alexandre M.M. Dias, Catherine Gondcaille, Géraldine Lucchi, Flore Geillon, Caroline Truntzer, Doriane Trompier, Stéphane Savary, Pierre Falson, Patrick Ducoroy, Delphine Pecqueur, Laboratoire Bio-PeroxIL. Biochimie du peroxysome, inflammation et métabolisme lipidique [Dijon] (BIO-PEROXIL), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie moléculaire et biochimie structurale / Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon
Subjects: 0301 basic medicine, Carcinoma, Hepatocellular, Green Fluorescent Proteins, protein assembly, ATP-binding cassette transporter, Calcium-Transporting ATPases, Plasma protein binding, fatty-acid transport, Biology, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily D, ATP Binding Cassette Transporter, Subfamily D, Member 1, Biochemistry, Mass Spectrometry, Cell Line, Protein–protein interaction, protein-protein interaction, Mice, 03 medical and health sciences, Adenosine Triphosphate, Tandem Mass Spectrometry, Chlorocebus aethiops, Protein Interaction Mapping, Peroxisomes, Animals, peroxisome, Calcium Signaling, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Protein Structure, Quaternary, Molecular Biology, Peroxisomal targeting signal, 030102 biochemistry & molecular biology, Liver Neoplasms, Cell Biology, Peroxisome, Rats, Transport protein, Protein Transport, 030104 developmental biology, COS Cells, Protein Structure and Folding, ATP-Binding Cassette Transporters, Protein quaternary structure, ABC transporter, Protein Binding
Abstract: International audience; ABCD1 and its homolog ABCD2 are peroxisomal ATP-binding cassette (ABC) half-transporters of fatty acyl-CoAs with both distinct and overlapping substrate specificities. Although it is established that ABC half-transporters have at least to dimerize to generate a functional unit, functional equivalents of tetramers (i.e. dimers of full-length transporters) have also been reported. However, oligomerization of peroxisomal ABCD transporters is incompletely understood but is of potential significance because more complex oligomerization might lead to differences in substrate specificity. In this work, we have characterized the quaternary structure of the ABCD1 and ABCD2 proteins in the peroxisomal membrane. Using various biochemical approaches, we clearly demonstrate that both transporters exist as both homo- and heterotetramers, with a predominance of homotetramers. In addition to tetramers, some larger molecular ABCD assemblies were also found but represented only a minor fraction. By using quantitative co-immunoprecipitation assays coupled with tandem mass spectrometry, we identified potential binding partners of ABCD2 involved in polyunsaturated fatty-acid metabolism. Interestingly, we identified calcium ATPases as ABCD2-binding partners, suggesting a role of ABCD2 in calcium signaling. In conclusion, we have shown here that ABCD1 and its homolog ABCD2 exist mainly as homotetramers in the peroxisomal membrane.
Published: 2017
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9. Protein expression in submandibular glands of young rats is modified by a high-fat/high-sugar maternal diet

Author: Sophie Nicklaus, Patricia Parnet, Géraldine Lucchi, Vincent Paillé, Hélène Brignot, Franck Ménétrier, Martine Morzel, Marie-Chantal Canivenc-Lavier, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Bourgogne (UB), Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and INRA metaprogramme DID’IT (Diet impacts and determinants: Interactions and Transitions), project SweetLipkid.
Subjects: Male, 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Saliva, Offspring, salivary glands, proteome, Submandibular Gland, annexin a5, Biology, Rats, Sprague-Dawley, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Pregnancy, Heat shock protein, Internal medicine, Lactation, medicine, Animals, Salivary Proteins and Peptides, General Dentistry, 2. Zero hunger, immunohistology, Cell Biology, General Medicine, Glutathione, Immunohistochemistry, Submandibular gland, western diet, Rats, Oxidative Stress, 030104 developmental biology, Endocrinology, medicine.anatomical_structure, Otorhinolaryngology, chemistry, Diet, Western, Prenatal Exposure Delayed Effects, Gestation, Female, Annexin A5, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; OBJECTIVE: Maternal diet has consequences on many organs of the offspring, but salivary glands have received little attention despite the importance of the saliva secretory function in oral health and control of food intake. The objective of this work was therefore to document in rats the impact of maternal high-fat/high-sugar diet (Western Diet) on submandibular glands of the progeny. DESIGN: Sprague-Dawley rat dams were fed either a Western diet or control diet during gestation and lactation and their pups were sacrificed 25 days after birth. The pups' submandibular gland protein content was characterized by means of 2D-electrophoresis followed by LC-MS/MS. Data were further analyzed by Gene Ontology enrichment analysis and protein-protein interactions mapping. The expression of two specific proteins was also evaluated using immunohistochemistry. RESULTS: Combining both male and female pups (n = 18), proteome analysis revealed that proteins involved in protein quality control (e.g. heat shock proteins, proteasome sub-units) and microtubule proteins were over-expressed in Western diet conditions, which may translate intense metabolic activity. A cluster of proteins controlling oxidative stress (e.g. Glutathione peroxidases, peroxiredoxin) and enhancement of the antioxidant activity molecular function were also characteristic of maternal Western diet as well as under-expression of annexin A5. The down-regulating effect of maternal Western diet on Annexin A5 expression was significant only for males (p < 0.05). CONCLUSIONS: A maternal Western diet modifies the protein composition of the offspring's salivary glands, which may have consequences on the salivary function.
Published: 2018
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10. Saracatinib impairs maintenance of human T-ALL by targeting the LCK tyrosine kinase in cells displaying high level of lipid rafts

Author: Géraldine Lucchi, Benjamin Uzan, Françoise Pflumio, Anne Buffière, Laurent Delva, Jean-Noël Bastie, Ronan Quéré, Paola Ballerini, Laetitia Saint-Paul, Théo Accogli, Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire d'Excellence : Lipoprotéines et Santé : prévention et Traitement des maladies Inflammatoires et du Cancer (LabEx LipSTIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS [Bourgogne-Franche-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Montpellier (UM), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire de Recherche sur les Cellules Souches Hématopoiétiques et Leucémiques (LSHL), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École pratique des hautes études (EPHE)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer - Centre Georges-François Leclerc (CRLCC - CGFL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-France-Comté] (EFS [Bourgogne-France-Comté])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université de Montpellier (UM), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP]-Sorbonne Université (SU), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon] (UNICANCER/CRLCC-CGFL), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - 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Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), UNICANCER-UNICANCER-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Fédération Francophone de la Cancérologie Digestive, FFCD-Université de Montpellier (UM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Etablissement français du sang [Bourgogne-Franche-Comté] (EFS BFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: 0301 basic medicine, Cancer Research, Reactive oxygen species metabolism, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Antineoplastic Agents, Precursor T-Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Preclinical research, Mice, Membrane Microdomains, Cell Line, Tumor, Animals, Humans, Acute lymphocytic leukaemia, Benzodioxoles, Lipid raft, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Membrane potential, Membrane Potential, Mitochondrial, Saracatinib, Chemistry, Hematology, Xenograft Model Antitumor Assays, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Oncology, Cell culture, Lymphocyte Specific Protein Tyrosine Kinase p56(lck), Cancer research, Neoplastic Stem Cells, Quinazolines, Reactive Oxygen Species, Tyrosine kinase
Abstract: International audience
Published: 2017
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11. S-Nitrosylation of cIAP1 Switches Cancer Cell Fate from TNFα/TNFR1-Mediated Cell Survival to Cell Death

Author: Sabrina, Romagny, Sarra, Bouaouiche, Géraldine, Lucchi, Patrick, Ducoroy, Jean B, Bertoldo, Hernan, Terenzi, Ali, Bettaieb, and Stéphanie, Plenchette
Subjects: Cell Death, Cell Survival, Tumor Necrosis Factor-alpha, Macrophages, Ubiquitin-Protein Ligases, Antineoplastic Agents, Irinotecan, Inhibitor of Apoptosis Proteins, Oxaliplatin, Mice, Nitroglycerin, HEK293 Cells, Receptors, Tumor Necrosis Factor, Type I, Cell Line, Tumor, Animals, Humans, Nitroso Compounds, Signal Transduction
Abstract: TNFα is a prominent proinflammatory cytokine and a critical mediator for the development of many types of cancer such as breast, colon, prostate, cervical, skin, liver, and chronic lymphocytic leukemia. Binding of TNFα to TNFR1 can lead to divergent signaling pathways promoting predominantly NF-κB activation but also cell death. We report here that the nitric oxide (NO) donor glyceryl trinitrate (GTN) converts TNFα, generated from immune cells or cancer cells stimulated by chemotherapy, into a prodeath mediator in colon and mammary cancer cells. GTN-mediated S-nitrosylation of cIAP1 on cysteines 571 and 574 inhibited its E3 ubiquitin ligase activity, which in turn reduced Lys63-linked ubiquitination of RIP1 and initiated assembly of a death complex. These findings provide insights into how NO can harness advantageous aspects of inflammation in cancer and provide new therapeutic strategies.
Published: 2017

12. Cholesterol metabolism and glaucoma: Modulation of Muller cell membrane organization by 24S-hydroxycholesterol

Author: Ségolène Gambert, Elodie Masson, Arthur Vannier, Géraldine Lucchi, Arthur Ferrerro, Delphine Pecqueur, Clément Gendrault, Laurent Leclere, Méline Lachot, Lucy Martine, Stéphane Grégoire, Caroline Truntzer, Alain M. Bron, Elise Léger-Charnay, Pierre-Henry Gabrielle, Catherine Creuzot-Garcher, Lionel Bretillon, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Ophtalmologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), OEil, nutrition et signalisation cellulaire [CSGA], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Cell, Ependymoglial Cells, Biochemistry, Retinal ganglion, Cell membrane, 24S-hydroxycholesterol, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Muller cells, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Animals, Rats, Long-Evans, Molecular Biology, Lipid raft, Cells, Cultured, Retina, Raft microdomain, Organic Chemistry, Cell Membrane, Retinal, Glaucoma, Cell Biology, Hydroxycholesterols, Cell biology, Rats, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Cholesterol, chemistry, Gliosis, lipids (amino acids, peptides, and proteins), sense organs, medicine.symptom, Sphingomyelin, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Glaucoma is a progressive and irreversible blinding neuropathy that is characterized by the loss of retinal ganglion cells (RGCs). Muller Glial Cell (MGC) activation is induced in retinal gliosis. MGCs are the most numerous glial cells in the retina and one of their roles is to sustain cholesterol homeostasis. 24S-hydroxycholesterol (24S-OHC) is one of the form of cholesterol elimination from the retina and is overexpressed during glaucoma. The objective of this study was to determine whether 24S-OHC triggers MGC membrane dynamics involving lipid rafts and contributes to gliosis at early and late time points. A proteomic analysis was carried out by nanoLC-MS/MS in raft and non-raft fractions from MGCs after treatment with 24S-OHC (10μM). The expression of structural and functional proteins was further analyzed by Western-blotting, as well as the levels of GM3 ganglioside by LC-MS. Cholesterol, sphingomyelin, saturated fatty acids and ganglioside GM3 are enriched in the rafts fractions in MGCs. Caveolin-1, flotillin-1, connexin-30 and -43 are localized in the MGCs rafts. Proteins implicated in adhesion or oxidative stress pathways in raft fractions were up and down-regulated by the treatment. Our data showed that 24S-OHC induced early changes in protein distribution in raft microdomains; however, further studies are needed to better characterize the surrounded mechanisms.
Published: 2017
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13. Symplekin, a polyadenylation factor, prevents MOZ and MLL activity on HOXA9 in hematopoietic cells

Author: Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Romain Aucagne, Anne Largeot, Laurent Delva, Jean-Noël Bastie, Jérôme Paggetti, Julien Broséus, Romain Z. Martin, Brice Lagrange, Ronan Quéré, Jean Berthelet, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Laboratory of Experimental Cancer Research [LIH], Luxembourg Institute of Health (LIH), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer(2011), UL, NGERE, Laboratoires d'excellence - Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du cancer - - Lipstic2011 - ANR-11-LABX-0021 - LABX - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), ANR-11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du(2011), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Luxembourg Institute of Health ( LIH ), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux ( NGERE ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lorraine ( UL ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), and ANR-11-LABX-0021/11-LABX-0021,Lipstic,Lipoprotéines et santé : prévention et traitement des maladies inflammatoires non vasculaires et du ( 2011 )
Subjects: MLL, Scaffold protein, Polyadenylation, Hematopoietic System, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cell Line, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, hemic and lymphatic diseases, Gene expression, Transcriptional regulation, Humans, RNA, Messenger, Promoter Regions, Genetic, Symplekin, HSF1, neoplasms, Molecular Biology, Histone Acetyltransferases, 030304 developmental biology, Homeodomain Proteins, mRNA Cleavage and Polyadenylation Factors, 0303 health sciences, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], biology, Nuclear Proteins, Histone-Lysine N-Methyltransferase, HOXA9, Transcription regulation, Cell Biology, Histone acetyltransferase, MOZ, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], Protein Transport, RUNX1, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Histone methyltransferase, Cancer research, biology.protein, Myeloid-Lymphoid Leukemia Protein, Protein Binding
Abstract: International audience; MOZ and MLL encoding a histone acetyltransferase and a histone methyltransferase, respectively, are targets for recurrent chromosomal translocations found in acute myeloblastic or lymphoblastic leukemia. We have previously shown that MOZ and MLL cooperate to activate HOXA9 gene expression in hematopoietic stem/progenitors cells. To dissect the mechanism of action of this complex, we decided to identify new proteins interacting with MOZ. We found that the scaffold protein Symplekin that supports the assembly of polyadenylation machinery was identified by mass spectrometry. Symplekin interacts and co-localizes with both MOZ and MLL in immature hematopoietic cells. Its inhibition leads to a decrease of the HOXA9 protein level but not of Hoxa9 mRNA and to an over-recruitment of MOZ and MLL onto the HOXA9 promoter. Altogether, our results highlight the role of Symplekin in transcription repression involving a regulatory network between MOZ, MLL and Symplekin.
Published: 2013
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14. Associations between food consumption patterns and saliva composition: Specificities of eating difficulties children

Author: Gilles Feron, Martine Morzel, Florian Nicod, Caroline Truntzer, Géraldine Lucchi, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Eric Neyraud, Cécile Canlet, Sophie Nicklaus, Ségolène Gaillard, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, CIC 1407, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Saliva, [SDV]Life Sciences [q-bio], carbonic anhydrase, Behavioral Neuroscience, Tandem Mass Spectrometry, alimentation de l'enfant, Surveys and Questionnaires, human feeding, Amylase, Food science, Child, protéome, Carbonic Anhydrases, 2. Zero hunger, biology, comportement alimentaire, Haptoglobin, Food selectivity, salivation, Child, Preschool, food consumption, Female, alimentation humaine, consommation alimentaire, Experimental and Cognitive Psychology, food habits, Feeding and Eating Disorders, 03 medical and health sciences, Food Preferences, salivary biomarkers, composition de la salive, Multiple factor analysis, Humans, anhydrase carbonique, métabolome, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], Nutritional epidemiology, Food Consumption Patterns, Feeding Behavior, dietary behavior, 030104 developmental biology, Saliva composition, proteome Metabolome Salivary biomarkers, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, biology.protein, Muramidase, Energy Intake, diet, sécrétion salivaire
Abstract: Identifying objective markers of dietwould be beneficial to research fields such as nutritional epidemiology. As a preliminary study on the validity of using saliva for this purpose, and in order to explore the relationship between saliva and diet, we focused on clearly contrasted groups of children: children with eating difficulties (ED) receiving at least 50% of their energy intake through artificial nutrition vs healthy controls (C). Saliva of ED and C children was analyzed by various methods (targeted biochemical analyses, 2-D electrophoresis coupled to MS, 1H NMR) and their diet was characterized using food frequency questionnaires, considering 148 food items grouped into 13 categories. Complete datasets were obtained for 16 ED and 16 C subjects (median age 4.7 y and 5.0 y, respectively) and the statistical link between salivary and dietary characteristics was studied by Multiple Factor Analysis (MFA). Overall, ED children showed as expected lower consumption frequency scores and higher food selectivity. The two groups of children differed in “diet/saliva” associations. Some distinctive salivary variables were common to both groups of children. For example, carbonic anhydrase 6 and the consumption frequency of biscuits & sweets and drinks were positively associated with the MFA axis 1 in C children, but oppositely associated in ED children. Specifically for ED children, abundant salivary proteins (cystatins, amylase, amylase fragments) and some metabolites (amino acids, galactose, lactate) correlated with axis 1, together with the consumption frequency of sauces & seasonings, bread & cereal products, ready-to-eat meals, fish, biscuits & sweets, drinks and potatoes. Specifically for C children, several proteins (serum albumin, haptoglobin, Igκ, apolipoprotein A-1, α-1 antitrypsin) correlated with axis 1, together with the consumption frequency of biscuits & sweets, milk & dairy products, drinks, fruit, meat and vegetables. This study demonstrates that the qualitative aspect of diet is linked to saliva composition, and that the associations between dietary consumption and salivary composition differ between groups of subjects with contrasted diets.
Published: 2017
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15. Children with eating disorders secondarily to artificial nutrition in the neonatal period have specific food preferences and saliva composition

Author: Martine Morzel, Eric Neyraud, Géraldine Lucchi, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Aline Jeannin, Caroline Truntzer, Cécile Canlet, Marie Tremblay-Franco, Christophe Hirtz, Ségolène Gaillard, Gilles Feron, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS)., European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN). USA., Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français ( CLIPP ), ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, saliva, children, oral disorder, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Objectives and studyIn the neonatal period, some severe digestive diseases require the cessation of oral feeding and the use of enteral or parenteral nutrition for prolonged periods. In some cases, this by-pass of the oral cavity during the early stages of feeding results in the development of so-called oral disorders (OD). Oral disorders may persist for years after healing of the causal disease, and are expressed for example by an exacerbated gag reflex, difficulties in chewing and swallowing and high food selectivity.The aim of this study were to describe the consequences on oral physiology of oral by-pass and enteral nutrition in a population of 21 children who suffered oral disorder (OD) compared to a healthy control population (NOD, n=23). - MethodsThe two populations were followed during one year with three saplings and compared regarding 1) their food sensitivity (consisting to measured feeding difficulties, food preferences and food habits with a questionnaire approach); and 2) their salivary composition .Proteome analyses were performed with different methods. First, spots of interest on 2D gel electrophoresis were manually excised and after tryptic digestion, MALDI-TOF/TOF acquisitions lead to identifications. SELDI-TOF MS profiling with ProteinChips arrays was also carried out.Peptidome profiling by label-free MALDI-TOF allows to detect potential markers, identification of discriminant peaks was attempted by MALDI-TOF-TOF and nanoLC-ESI MS-MS.Metabolome analyses were performed by 1H NMR. Following statistical analysis, discriminant buckets were assigned to metabolites using reference spectra from reference databases.- ResultsWe included 21 children who suffered oral disorder (OD) and 23 age- and sex-matched healthy controls 1) On feeding difficulty aspects, OD children were separated significantly on 6 dimensions reflecting eating difficulties (oral tactile sensitivity, appetite and interest for food, sensitivity to food texture, sensitivity to the tastes, sensitivity to temperature). Moreover, consumption frequency, number of consumed foods and liking were lower for the OD compared to the controls children for specific food groups.2) On salivary composition, despite heterogeneity within the groups (age, pathology, medication, etc.), the three spectral methods (MALDI-TOF, SELDI-TOF, 1H NMR) allowed discriminating OD and controls, confirming that oral stimulation by food intake plays a role in shaping the composition of saliva. Saliva of OD patients exhibited a lower antioxidant status and lower levels of the salivary protease inhibitors cystatins. Other discriminant features (IgA1, dimethylamine) may relate to modified oral and/or intestinal microbial ecology. Finally, salivary profiles of OD patients were partly comparable to those of subjects with exacerbated gustatory sensitivities, in particular with reduced abundance of cystatin SN and higher abundance of zinc-alpha-glycoprotein. - ConclusionDespite heterogeneity within the groups in terms of age/developmental stage and initial pathology in the patients group, feeding preferences such as salivary profiles specifically associated to oral disorders were identified. Whether this translates taste hypersensitivity and contributes to the eating difficulties deserves further attention.
Published: 2016

16. Intérêt de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l’identification des levures. Évaluation et utilisation en routine hospitalière à Dijon et à Lille

Author: Boualem Sendid, Daniel Poulain, Sebastien Spinali, Patrick Ducoroy, Nadine François, Frédéric Dalle, Géraldine Lucchi, Alain Bonnin, Sébastien Damiens, and O. Vagner
Subjects: General Medicine, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: L’identification conventionnelle (IC) des levures est fondee sur l’utilisation des tests morphologiques, immunologiques et biochimiques (galerie API® 32 C, bioMerieux). La spectrometrie de masse MALDI-TOF (SM) a ete proposee recemment comme nouvelle approche pour l’identification des microorganismes. L’objectif de notre etude etait de comparer prospectivement les performances analytiques de la SM et de l’IC pour l’identification des isolats cliniques de levures. En cas de discordance d’identification, le sequencage des regions ITS de l’ADN ribosomal etait utilise comme methode d’identification de reference. Un total de 1 207 souches a ete analyse. Une concordance entre SM et IC a ete observee pour 1 105 souches (91,5 %) alors que la proportion de souches differemment identifiees par IC et SM n’etait que de 6,1 % (74 souches). Parmi ces 74 identifications discordantes entre SM, l’identification par biologie moleculaire confirmait l’identification obtenue par SM pour 73 isolats (6 %) et celle obtenue par IC pour 1 isolat (0,1 %). Pour les principales especes d’interet medical, les concordances d’identification entre les deux techniques etaient excellentes (entre 98 et 100 %) y compris pour les especes phylogenetiquement proches (Candida albicans/Candida dubliniensis; Candida inconspicua/Candida norvegensis; Candida parapsilosis/Candida metapsilosis/Candida orthopsilosis). La SM n’a ete mise en defaut que pour 2,3 % des souches appar tenant aux especes Candida famata, Candida lambica, Candida magnoliae et aux genres Geotrichum sp. et Trichosporon sp. Nos investigations soulignent le potentiel de la SM pour l’identification des levures et comme alternative fiable, rapide et de moindre cout par rapport aux methodes conventionnelles.
Published: 2011
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17. Characterization and purification of a bacterial chlorogenic acid esterase detected during the extraction of chlorogenic acid from arbuscular mycorrhizal tomato roots

Author: Francine Javelle, Jonathan Negrel, Dominique Morandi, Géraldine Lucchi, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Regional Council of Burgundy (PARI AGREE)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Rhizophagus irregularis, Coumaric Acids, Physiology, Root-associated bacteria, [SDV]Life Sciences [q-bio], Arbuscular mycorrhizal fungi, Plant Science, Biology, Coumaric acid, Root exudates, 01 natural sciences, Esterase, Plant Roots, Protocatechuic acid, Substrate Specificity, Ferulic acid, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Hydrolysis, Chlorogenic acid, Bacterial Proteins, Solanum lycopersicum, Mycorrhizae, Genetics, Methyl caffeate, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Bacteria, Ethanol, Methanol, biology.organism_classification, 6. Clean water, Chlorogenase, 030104 developmental biology, chemistry, Biochemistry, [SDE]Environmental Sciences, Carboxylic Ester Hydrolases, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; A Gram-negative bacterium able to grow using chlorogenic acid (5-caffeoylquinic acid) as sole carbon source has been isolated from the roots of tomato plants inoculated with the arbuscular mycorrhizal fungus Rhizophagus irregularis. An intracellular esterase exhibiting very high affinity (K-m = 2 mu M) for chlorogenic acid has been extracted and purified by FPLC from the chlorogenate-grown cultures of this bacterium. The molecular mass of the purified esterase determined by SDS-PAGE was 61 kDa and its isoelectric point determined by chromatofocusing was 7.75. The esterase hydrolysed chlorogenic acid analogues (caffeoylshikimate, and the 4- and 3-caffeoylquinic acid isomers), feruloyl esterases substrates (methyl caffeate and methyl ferulate), and even caffeoyl-CoA in vitro but all of them were less active than chlorogenic acid, demonstrating that the esterase is a genuine chlorogenic acid esterase. It was also induced when the bacterial strain was cultured in the presence of hydroxycinnamic acids (caffeic, p-coumaric or ferulic acid) as sole carbon source, but not in the presence of simple phenolics such as catechol or protocatechuic acid, nor in the presence of organic acids such as succinic or quinic acids. The purified esterase was remarkably stable in the presence of methanol, rapid formation of methyl caffeate occurring when its activity was measured in aqueous solutions containing 10-60% methanol. Our results therefore show that this bacterial chlorogenase can catalyse the transesterification reaction previously detected during the methanolic extraction of chlorogenic acid from arbuscular mycorrhizal tomato roots. Data are presented suggesting that colonisation by Rhizophagus irregularis could increase chlorogenic acid exudation from tomato roots, especially in nutrient-deprived plants, and thus favour the growth of chlorogenate-metabolizing bacteria on the root surface or in the mycorhizosphere.
Published: 2016
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18. Vers une standardisation des outils pour les études de protéomique clinique

Author: Géraldine Lucchi, Jean-Baptiste Hendra, Delphine Pecqueur, and Patrick Ducoroy
Subjects: Political science, General Medicine, Humanities, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract: L’identification de marqueurs proteiques d’interet diagnostique ou pronostique a suscite de grands espoirs en oncologie. A l’heure actuelle, cependant, la proteomique clinique fondee sur l’analyse de profils proteiques dans les liquides biologiques se heurte a un defaut de sensibilite et de reproductibilite. Cela est du au manque de standardisation des etapes pre-analytiques et analytiques. La taille de la cohorte de patients analyses est un autre parametre essentiel pour donner de la puissance a l’analyse envisagee. Le recrutement d’une cohorte suffisante justifie les etudes multicentriques qui imposent l’analyse de la reproductibilite inter-plates-formes et la standardisation des etapes pre-analytiques et analytiques. Cette standardisation passe par la mise en place d’echantillons de reference.
Published: 2007
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19. Multi-omics profiling reveals that eating difficulties developed consecutively to artificial nutrition in the neonatal period are associated to specific saliva composition

Author: Aline Jeannin, Ségolène Gaillard, Cécile Canlet, Martine Morzel, Hélène Brignot, Marie Tremblay-Franco, Christophe Hirtz, Noël Peretti, Caroline Truntzer, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Cellules souches normales et cancéreuses, Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), CIC CHU Lyon (inserm), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), the French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institute of Research in Biotherapy, Laboratory of Biochemistry and Clinical Proteomics, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), CHU Saint-Eloi, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CIC 1407, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Projet ORALISENS, ToxAlim ( ToxAlim ), Institut National Polytechnique [Toulouse] ( INP ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier ( CHU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon (COMUE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Morzel, Martine
Subjects: Male, Proteomics, Saliva, Taste, Parenteral Nutrition, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biophysics, Ingénierie des aliments, Physiology, Stimulation, Biology, 01 natural sciences, Biochemistry, Enteral administration, Profiling, Children, Feeding difficulties, Tube feeding, 03 medical and health sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Food and Nutrition, Food engineering, Humans, Feeding and Eating Disorders of Childhood, Glycomics, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, 010401 analytical chemistry, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Infant, Newborn, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Omics, 0104 chemical sciences, 3. Good health, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Parenteral nutrition, Saliva composition, Immunology, Alimentation et Nutrition, Multi omics, Female, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Prolonged enteral or parenteral nutrition in neonatal periods sometimes results in eating difficulties persisting for years, with reduced food intake through the oral route and thereby reduced stimulation of the oral cavity. Aiming at describing the consequences on oral physiology, saliva of 21 children with eating difficulties (ED) was compared to that of 23 healthy controls, using various omics and targeted methods. Overall, despite heterogeneity within the groups (age, medication etc.), the three spectral methods (MALDI-TOF, SELDI-TOF, (1)H NMR) allowed discriminating ED and controls, confirming that oral stimulation by food intake plays a role in shaping the composition of saliva. Saliva of ED patients exhibited a lower antioxidant status and lower levels of the salivary protease inhibitors cystatins. Other discriminant features (IgA1, dimethylamine) may relate to modified oral and/or intestinal microbial ecology. Finally, salivary profiles of ED patients were partly comparable to those of subjects with exacerbated gustatory sensitivities, in particular with reduced abundance of cystatin SN and higher abundance of zinc-alpha-2-glycoprotein. Whether this translates taste hypersensitivity and contributes to the eating difficulties deserves further attention.
Published: 2015
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20. Glycated albumin with loss of fatty acid binding capacity contributes to enhanced arachidonate oxygenation and platelet hyperactivity: relevance in patients with type 2 diabetes

Author: Pauline Salloignon, Denis Blache, Bruno Vergès, Jean-Michel Petit, Patrick Ducoroy, Emmanuel Bourdon, Laurent Lagrost, and Géraldine Lucchi
Subjects: Adult, Blood Platelets, Glycation End Products, Advanced, Male, medicine.medical_specialty, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Serum albumin, Plasma protein binding, Fatty Acids, Nonesterified, NEFA, Fatty acid binding, Internal medicine, Internal Medicine, medicine, Humans, Platelet, Glycated Serum Albumin, Platelet activation, Hypoalbuminemia, Serum Albumin, Arachidonic Acid, biology, Chemistry, Albumin, Middle Aged, medicine.disease, Platelet Activation, Endocrinology, Diabetes Mellitus, Type 2, biology.protein, Female, Oxidation-Reduction, Protein Binding
Abstract: High plasma concentrations of nonesterified fatty acids (NEFAs), transported bound to serum albumin, are associated with type 2 diabetes (T2D). The effects of albumin on platelet function were investigated in vitro. Modifications of albumin, such as those due to glycoxidation, were found in patients with T2D, and the consequences of these modifications on biological mechanisms related to NEFA handling were investigated. Mass spectrometry profiles of albumin from patients with T2D differed from those from healthy control subjects. Diabetic albumin showed impaired NEFA binding capacity, and both structural and functional alterations could be reproduced in vitro by incubating native albumin with glucose and methylglyoxal. Platelets incubated with albumin isolated from patients with T2D aggregated approximately twice as much as platelets incubated with albumin isolated from healthy control subjects. Accordingly, platelets incubated with modified albumin produced significantly higher amounts of arachidonate metabolites than did platelets incubated with control albumin. We concluded that higher amounts of free arachidonate are made available for the generation of active metabolites in platelets when the NEFA binding capacity of albumin is blunted by glycoxidation. This newly described mechanism, in addition to hypoalbuminemia, may contribute to platelet hyperactivity and increased thrombosis, known to occur in patients with T2D.
Published: 2014

21. Understanding food behaviour in child through his salivary composition. A prospective study on children expressing oral disorders

Author: Gilles Feron, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Ségolène Gaillard, Aline Jeannin, Anna-Louise Le Déaut, Géraldine Lucchi, Martine Morzel, Eric Neyraud, Sophie Nicklaus, Florian Nicod, Pascal Schlich, Caroline Truntzer, Michel Visalli, Noël Peretti, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Femme Mère Enfant, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, French National Research Agency (grant ANR-10-ALIA-001 ORALISENS)., European Project: 245012,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2009-3,HABEAT(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Archive Ouverte, and Determining factors and critical periods in food habit formation and breaking in early childhood: a multidisciplinary approach - HABEAT - - EC:FP7:KBBE2010-01-01 - 2014-04-30 - 245012 - VALID
Subjects: [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Alimentation et Nutrition, digestive, oral, and skin physiology, Food and Nutrition, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: In Human, the oral sphere is the first and main place where sensory stimuli are released and perceived. The phenomena occurring during food breakdown and sensory perception are complex and in this system saliva plays a major role. Over the last ten years, the increasing research on human saliva revealed the extreme complexity of this biological fluid, in terms of protein and small molecules composition. As such, saliva may carry the biological signature of an individual. Related to food, a fundamental question is to understand whether this biological signature is established during early oral exposition to food and whether it reflects the future oral sensitivity of an individual to food. A mean to prove this concept is to follow children who had an oral by-pass during critical phases of early food behavior development that results in the development of so-called oral disorders. Oral disorders are expressed for example by an exacerbated gag reflex, difficulties in chewing and swallowing and high food selectivity and may persist for years after oral by-pass ending. In this context a population of 21 children who suffered from oral disorders (OD) was compared to a healthy control population (NOD, n=23). The two populations were followed during one year (three samplings over the year) and compared regarding their sensitivity to food (feeding difficulties, food preferences and food habits measured through questionnaires) on one side and their salivary composition (measured with targeted and non-targeted approaches) on the other side. On feeding difficulty aspects, OD children were separated significantly on 6 dimensions reflecting eating difficulties, oral tactile sensitivity, appetite and interest for food, sensitivity to food texture, sensitivity to tastes, sensitivity to temperature. Moreover, liking, consumption frequency and number of consumed foods were lower for the OD compared to the NOD children for some specific food groups. On saliva, some components identified by biochemical, proteomic, peptidomic and metabolomic analyses were associated specifically to oral disorder. Despite a large heterogeneity within the groups, this study permitted to discriminate clearly between the two populations on both their food sensitivity and their salivary composition. Further analyses of the data are ongoing in order to identify the relationships between salivary markers and food sensitivity.
Published: 2014

22. Nutri-metabolomics applied to taste perception phenotype: Human subjects with high and low sensitivity to taste of fat differ in salivary response to oleic acid

Author: Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Marie Tremblay-Franco, Gilles Feron, Martine Morzel, Cécile Canlet, Hélène Brignot, Patrick Ducoroy, Rana Mounayar, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB)
Subjects: Male, EXPRESSION, STIMULATION, Taste, Saliva, HUMAN WHOLE, PROTEIN PROFILES, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, FLOW, HEALTHY-SUBJECTS, Stimulation, Biology, Biochemistry, SERUM, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Eating, 0302 clinical medicine, Metabolomics, MARKERS, PAROTID-SALIVA, Genetics, Metabolome, Humans, Food science, Molecular Biology, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Mouth, Fatty acid, Taste Perception, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Phenotype, Dietary Fats, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Oleic acid, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, chemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Molecular Medicine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Biotechnology, Oleic Acid
Abstract: Saliva has different functions in the mouth and is involved, for example, in taste perception. Saliva composition can also be modified rapidly by taste stimulation. It remains unclear, however, whether the perceived intensity of a tastant may modulate this response. Based on increasing evidence that fat can be perceived by the taste system and that fat taste perception may be associated with fat intake, the aim of this work was to study if stimulation by a fatty acid (oleic acid) modifies saliva composition differently in subjects highly (sensitive+) or weakly (sensitive-) sensitive to that taste. For that purpose, saliva of two groups of subjects was collected after stimulation by either a control emulsion or an emulsion containing 5.61 mM oleic acid. Saliva was analyzed by 2D electrophoresis and (1)H NMR spectroscopy. The results show that sensitive+ and sensitive- subjects differ in their salivary response in terms of proteome and metabolome composition. Oppositely to sensitive- subjects, sensitive+ subjects responded to oleic acid by increased abundance of polymeric immunoglobulin receptor, rab GDP dissociation inhibitor beta, and organic acids, and decreased abundance of metabolites characteristic of mucins. The results highlight that modification of saliva composition by taste stimulation may be modulated by taste perception.
Published: 2014
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23. Salivary markers of taste sensitivity to oleic acid: a combined proteomics and metabolomics approach

Author: Hélène Brignot, Marie Tremblay-Franco, Rana Mounayar, Patrick Ducoroy, Martine Morzel, Cécile Canlet, Géraldine Lucchi, Eric Neyraud, Gilles Feron, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Burgundy Regional Council, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Taste, Saliva, Proteome, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Clinical Biochemistry, [ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Butyrate, Biology, Biochemistry, Oleic acid, Metabolomics, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Metabolome, Isoleucine, Leucine, Fat taste, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Saliva is a biological fluid playing numerous roles in the oral cavity and increasingly considered as a source of markers. The role of saliva in sensory perception has been known for years but it is only recently that its potential role in oral fatty acids (FA) perception has been suggested. The aim of the present work was to study the relationships between taste sensitivity to oleic acid and the salivary proteome (2D electrophoresis) and metabolome (H-1 NMR). This was achieved by comparing saliva from two groups of subjects, highly (sensitive+) and weakly sensitive (sensitive-) to the taste of oleic acid. Partial least squares-discriminant analyses (PLS-DA) were used to model the relationship between sensitivity to C18:1, and the proteome and metabolome data. The two groups could be discriminated by ten spots. In particular, cystatin SN, cystatin D, zinc-alpha-2-glycoprotein and carbonic anhydrase 6 were overexpressed in the sensitive+ group. The latter result was confirmed by ELISA. The overexpression of these proteins, which have been associated to taste perception, supports the argument that C18: 1 is perceived by the taste system. The two groups could also be discriminated on the basis of eight metabolites, with FA, FA/proline, lysine and FA/pyruvate overexpressed in the sensitive+ group and acetate, leucine/isoleucine and butyrate overexpressed in the sensitive-group. The overexpression of these metabolites suggests a higher bacterial load in this group which could be implicated in perception of FAs.
Published: 2014
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24. Salivary protein profiles are linked to bitter taste acceptance in infants

Author: Claire Chabanet, Martine Morzel, Camille Schwartz, Sophie Nicklaus, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), French National Research Agency [ANR-06-PNRA-028 OPALINE], Regional Council of Burgundy [OPALINE, GUSTOLF], Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, Saliva, Taste, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Blotting, Western, bitter taste, Physiology, Lactose, urea, Sodium Chloride, Citric Acid, stomatognathic system, Statistical significance, Sodium Glutamate, Humans, Medicine, Longitudinal Studies, Prospective Studies, Salivary Proteins and Peptides, cystatin, ingestive behaviour, saliva, business.industry, Protein composition, Bitter taste, infant, Biochemistry, Saliva composition, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Taste Threshold, Pediatrics, Perinatology and Child Health, Salivary Proteins, Electrophoresis, Polyacrylamide Gel, Female, Cystatin, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Based on recent studies in adult subjects, saliva composition is increasingly considered as a physiological factor contributing to taste sensitivity or acceptance. In order to evaluate a possible link between salivary protein composition and taste acceptance in infants, 73 infants participated longitudinally in taste acceptance tests and donated saliva at the age at 3 and 6 months. Intake ratios, reflecting acceptance of a taste solution relative to water were calculated for the five basic tastes. Salivary proteins were separated by one-dimensional electrophoresis and bands were semi-quantified by image analysis. Partial least square (PLS) regression analyses were performed for each taste at both ages to explain intake ratios by band intensities. Bitterness acceptance in the younger infants was unique in the sense that salivary protein profiles could partly predict bitter taste acceptance. At that age, infants were on average indifferent to the 0.18-M urea solution, but great variability in acceptance was observed. The six bands considered as the best predictors for bitterness acceptance were identified by MALDI-TOF mass spectrometry. Higher abundance of bands containing secretory component, zinc-α-2-glycoprotein and carbonic anhydrase 6 was associated to a lower bitterness acceptance, while higher abundance of bands containing lactoperoxidase, prolactin-inducible protein and S-type cystatins was associated to a higher bitterness acceptance. In a second stage, S-type cystatin abundance was measured by Western blotting in order to tentatively confirm this particular finding in an independent group of 22 infants. Although not reaching statistical significance, probably due to a relatively small sample size, it was again observed that cystatin abundance was higher in infants accepting more readily the bitter solution over water. Conclusion: saliva protein composition may contribute to bitter taste acceptance in the younger infants.
Published: 2013
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25. Evaluation of MALDI-TOF mass spectrometry for the identification of medically-important yeasts in the clinical laboratories of Dijon and Lille hospitals

Author: Sebastien Spinali, Géraldine Lucchi, Daniel Poulain, Boualem Sendid, Sébastien Damiens, Frédéric Dalle, O. Vagner, Patrick Ducoroy, Nadine François, Alain Bonnin, Centre Hospitalier Universitaire de Lille (CHU de Lille), Lille Inflammation Research International Center - U 995 (LIRIC), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and ProdInra, Migration
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, API (R) ID 32C, Time Factors, Concordance, [SDV]Life Sciences [q-bio], Geotrichum, yeast identification, Mass spectrometry, Microbiology, 03 medical and health sciences, Species Specificity, Yeasts, Trichosporon, DNA, Ribosomal Spacer, Humans, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Prospective Studies, Internal transcribed spacer, Candida albicans, Mycological Typing Techniques, Ribosomal DNA, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, MALDI-TOF mass spectrometry, uncommon yeast, Reproducibility of Results, General Medicine, biology.organism_classification, Laboratories, Hospital, Yeast, Molecular Typing, [SDV] Life Sciences [q-bio], Infectious Diseases, Mycoses, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, [SDE]Environmental Sciences, Costs and Cost Analysis, France
Abstract: EA MERS; International audience; Conventional identification (CI) of yeasts is based on morphological, biochemical and/or immunological methods. Matrix-assisted laser desorption/ionization - time of flight (MALDI-TOF or MT-MS) mass spectrometry has been proposed as a new method for the identification of microorganisms. This prospective study compared the performance of MT-MS and CI for the identification of yeasts isolated from clinical samples. Sequencing of the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA was used as the reference method in the analysis of a total of 1207 yeast isolates. Concordance between MT-MS and CI was observed for 1105 isolates (91.5%), while 74 isolates (6.1%) were misidentified. Molecular identification revealed that 73 of these 74 isolates were identified correctly by MT-MS and CI correctly identified the last one. Concordance between the two techniques was excellent for the medically-important species (98-100%), including the identification of closely-related species (Candida albicans/C. dubliniensis; C. inconspicua/C. norvegensis; C. parapsilosis/C. metapsilosis/C. orthopsilosis). Only 2.3% of isolates belonging to C. famata, C. lambica and C. magnoliae or to Geotrichum spp. and Trichosporon spp. were not identified by MT-MS. This investigation highlights the potential of MT-MS-based yeast identification as a reliable, time and cost-efficient alternative to CI.
Published: 2013
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26. Automated Cancer Marker Characterization in Human Plasma Using SUrface PLASMON Resonance in Array combined with Mass Spectrometry (SUPRA-MS)

Author: Marven El Osta, Thérèse Leblois, Géraldine Lucchi, Patrick Ducoroy, Sophie Bellon, Rabah Zeggari, Wilfrid Boireau, Fabien Remy-Martin, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), HORIBA Jobin Yvon SAS [Chili Mazarin], HORIBA Scientific [France], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Proteomics, Chemistry(all), Immuno-sensor, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Mass spectrometry, biosensor, 01 natural sciences, Mass Spectrometry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, 03 medical and health sciences, chip, SUPRA-MS, Surface plasmon resonance, [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, 030304 developmental biology, Cancer marker, 0303 health sciences, Chromatography, Chemistry, Immuno sensor, 010401 analytical chemistry, General Medicine, Biomarker, Surface Plasmon Resonance, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Biomarker (cell), Characterization (materials science), Human plasma, Chemical Engineering(all), "Surface Plasmon Resonance, [ SPI.NANO ] Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, Biosensor, chip"
Abstract: International audience; The combination of Surface Plasmon Resonance technology with Mass Spectrometry becomes a key method for the characterization of targeted proteins in the fields of diagnosis and functional proteomics. We demonstrated in this work the ability of our SPRi-chip to capture targeted protein in biological fluids and in situ analyze by MS and MS/MS modes through automated procedure to go beyond classical immunoassays. Here, we established a proof of concept of SUPRA-MS for the detection, the identification and the characterization of a potential breast cancer marker.
Published: 2012
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27. Surface plasmon resonance imaging in arrays coupled with mass spectrometry (SUPRA-MS): proof of concept of on-chip characterization of a potential breast cancer marker in human plasma

Author: Fabien Remy-Martin, S. Bellon, Patrick Ducoroy, Thérèse Leblois, M. El Osta, Géraldine Lucchi, Rabah Zeggari, Wilfrid Boireau, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HORIBA Jobin Yvon SAS [Chili Mazarin], HORIBA Scientific [France], Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Proteomics, "Surface plasmon resonance, Molecular Sequence Data, Breast Neoplasms, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Computational biology, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Biochemistry, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Analytical Chemistry, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, 03 medical and health sciences, Surface plasmon resonance, medicine, Biomarkers, Tumor, Humans, Amino Acid Sequence, Biomarker discovery, Proteomics", [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, 030304 developmental biology, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 0303 health sciences, Chromatography, medicine.diagnostic_test, Chemistry, Immuno sensor, 010401 analytical chemistry, Biomarker, 0104 chemical sciences, Biomarker (cell), Characterization (materials science), Proof of concept, Immunoassay, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, [ SPI.NANO ] Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, Female
Abstract: International audience; Protein biomarker discovery and validation are crucial for diagnosis, prognosis, and theranostics of human pathologies; "omics" approaches bring new insights in this field. In particular, the combination of immuno-sensors in array format with mass spectrometry efficiently extends the classical immunoassay format and includes molecular characterization. Here, we coupled surface plasmon resonance imaging (SPRi) with MALDI-TOF mass spectrometry in a hyphenated technique which enables multiplexed quantification of binding by SPRi and molecular characterization of interacting partners by subsequent MS analysis. This adds specificity, because MS enables differentiation of molecules that are difficult to distinguish by use of antibodies, for example truncation variants or protein isoforms. Proof of concept was established for detection, identification, and characterization of a potential breast cancer marker, the LAG3 protein, at ~1 μg mL(-1), added to human plasma. The analytical performance of this new method, dubbed "SUPRA-MS", was established, particularly its specificity (S/N &gt 10) and reliability (100 % LAG3 identification with high significant mascot score &gt87.9). The adjusted format for rapid, collective, and automated on-chip MALDI-MS analysis is robust at the femtomole level and has numerous potential applications in proteomics.
Published: 2012
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28. Optimization of the preanalytical steps of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry identification provides a flexible and efficient tool for identification of clinical yeast isolates in medical laboratories

Author: Alain Bonnin, Patrick Ducoroy, Marianne Goyer, O. Vagner, Géraldine Lucchi, Frédéric Dalle, Mycology-Parasitology Department, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement
Subjects: Microbiology (medical), Microbiological Techniques, Time Factors, medical laboratories, [SDV]Life Sciences [q-bio], clinical yeast isolates, Matrix assisted laser desorption ionization time of flight, Mycology, Mass spectrometry, Specimen Handling, flight mass spectrometry, 03 medical and health sciences, Yeasts, Humans, ionization-time, 030304 developmental biology, Molecular identification, 0303 health sciences, Chromatography, 030306 microbiology, Chemistry, Yeast, Culture Media, Identification (information), Mycoses, matrix-assisted laser, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, [SDE]Environmental Sciences, identification
Abstract: We report here that modifications of the preanalytical steps of matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) identification of yeasts, with regard to the original protocol provided by the manufacturers, appear to be efficient for the reliable routine identification of clinical yeast isolates in medical laboratories. Indeed, when one colony was sampled instead of five and the protein extraction protocol was modified, the performance of MALDI-TOF MS was superior to that of the API ID 32C method (discrepancies were confirmed by using molecular identification), allowing the correct identification of 94% of the 335 clinical isolates prospectively tested. We then demonstrated that the time for which the primary cultures were preincubated on CHROMagar did not impact the identification of yeasts by MALDI-TOF MS, since 95.1 and 96.2% of the 183 clinical yeast isolates prospectively tested were correctly identified after 48 and 72 h of preincubation, respectively.
Published: 2012
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29. Human infant saliva peptidome is modified with age and diet transition

Author: Delphine Pecqueur, Martine Morzel, Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Sophie Nicklaus, Aline Jeannin, Caroline Truntzer, Christophe Chambon, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Adult, Male, medicine.medical_specialty, Saliva, Aging, Proteome, Biophysics, Biology, 01 natural sciences, Biochemistry, Tooth Eruption, 03 medical and health sciences, stomatognathic system, Internal medicine, medicine, Humans, Statistical analysis, Whole saliva, Salivary Proteins and Peptides, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Chromatography, Transition (genetics), 010401 analytical chemistry, Infant, Feeding Behavior, 0104 chemical sciences, Endocrinology, Solid food, Histatin, Salivary Proteins, Female, Peptides, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: In order to describe developmental changes in human salivary peptidome, whole saliva was obtained from 98 infants followed longitudinally at 3 and 6 months of age. Data on teeth eruption and diet at the age of 6 months were also recorded. Salivary peptide extracts were characterised by label-free MALDI-MS. Peptides differentially expressed between the two ages, and those significantly affected by teeth eruption or introduction of solid foods were identified by MALDI TOF–TOF and LC ESI MS–MS. Out of 81 peaks retained for statistical analysis, 26 were overexpressed at the age of 6 months. Exposure to solid foods had a more pronounced effect on profiles (overexpression of nine peaks) than teeth eruption (overexpression of one peak). Differential peaks corresponded to fragments of acidic and basic PRPs, statherin and histatin. Comparison with existing knowledge on adult saliva peptidome revealed that proteolytic processing of salivary proteins is qualitatively quite comparable in infants and in adults. However, age and diet are modulators of salivary peptidome in human infants.
Published: 2012
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30. Salivary protein profiles and sensitivity to the bitter taste of caffeine

Author: Olivier Palicki, Marie-Christine Chagnon, Géraldine Lucchi, Martine Morzel, Micheline Dsamou, Patrick Ducoroy, Chantal Septier, Claire Chabanet, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Burgundy Regional Council, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] ( CSGA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon )
Subjects: Immunoglobulin A, Male, Saliva, Physiology, medicine.medical_treatment, [ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, perception, bitterness, in-vivo, Behavioral Neuroscience, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Taste receptor, phenolic astringent stimuli, Amylase, 0303 health sciences, whole saliva, biology, periodontitis patients, Middle Aged, Sensory Systems, mucosal pellicle, Taste, Taste Threshold, Cystatin, Caffeine, immunoglobulin-a, cystatins, Adult, medicine.medical_specialty, proteolysis, proteome, Serum albumin, 03 medical and health sciences, stomatognathic system, Physiology (medical), Internal medicine, medicine, Humans, Salivary Proteins and Peptides, cystatin, 030304 developmental biology, saliva, Protease, alpha-amylase, 030206 dentistry, Endocrinology, chemistry, two-dimensional, electrophoresis, biology.protein, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, healthy-subjects
Abstract: WOS: 000298381900008; International audience; The interindividual variation in the sensitivity to bitterness is attributed in part to genetic polymorphism at the taste receptor level, but other factors, such as saliva composition, might be involved. In order to investigate this, 2 groups of subjects (hyposensitive, hypersensitive) were selected from 29 healthy male volunteers based on their detection thresholds for caffeine, and their salivary proteome composition was compared. Abundance of 26 of the 255 spots detected on saliva electrophoretic patterns was significantly different between hypo- and hypersensitive subjects. Saliva of hypersensitive subjects contained higher levels of amylase fragments, immunoglobulins, and serum albumin and/or serum albumin fragments. It also contained lower levels of cystatin SN, an inhibitor of protease. The results suggest that proteolysis occurring within the oral cavity is an important perireceptor factor associated to the sensitivity to the bitter taste of caffeine.
Published: 2012
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31. Reconstitution of a protein monolayer on thiolates functionalized gaas surface

Author: Géraldine Lucchi, Céline Elie-Caille, Patrick Ducoroy, Thérèse Leblois, Alex Bienaime, Wilfrid Boireau, Virginie Blondeau-Patissier, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), and Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Materials science, Bioengineering, Nanotechnology, 02 engineering and technology, Substrate (electronics), 010402 general chemistry, 01 natural sciences, [SPI.AUTO]Engineering Sciences [physics]/Automatic, Gallium arsenide, chemistry.chemical_compound, [ SPI.AUTO ] Engineering Sciences [physics]/Automatic, Monolayer, General Materials Science, Electrical and Electronic Engineering, Self-assembled monolayer, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, 0104 chemical sciences, Computer Science Applications, chemistry, Surface modification, 0210 nano-technology, Biosensor, Layer (electronics), Biotechnology, Microfabrication
Abstract: International audience; In the aim to realize an efficient resonant biosensor, gallium arsenide (GaAs) presents many advantages. In addition to its properties of transduction, GaAs is a crystal for which microfabrication processes were developed, conferring the possibility to miniaturize the device and integrate electronic circuit. Moreover, the biofunctionalization could be realized on the crystalline surface without layer deposition, constituting a real advantage to perform reusable sensor. The functionalization of GaAs surface was engaged in order to immobilize a protein monolayer on this substrate. Functionalization was done using a mixed self assembled monolayer of thiolate molecules. Characterizations at micro and nanoscale were performed to control the surface state, the establishment of thiolates self-assembled monolayer, the surface atomic composition and the topography of the GaAs substrate at the different steps of the process. Protein immobilization on thiolates modified GaAs was revealed through a detailed AFM study and in situ MALDI-TOF MS and MS/MS modified surface interrogations.
Published: 2012

32. Proteomic mapping of bezafibrate-treated human hepatocytes in primary culture using two-dimensional liquid chromatography

Author: M. Alvergnas, Patrick Ducoroy, Hélène Martin, Géraldine Lucchi, Lysiane Richert, Bruno Heyd, A. Rouleau, Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Proteomics, medicine.drug_class, Peroxisome Proliferation, Fibrate, Biology, Toxicology, [SPI.MAT]Engineering Sciences [physics]/Materials, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Humans, [SPI.NANO]Engineering Sciences [physics]/Micro and nanotechnologies/Microelectronics, Cells, Cultured, Carcinogen, 030304 developmental biology, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], 0303 health sciences, Chromatography, Bezafibrate, General Medicine, Molecular biology, Acetylcysteine, Metabolic pathway, medicine.anatomical_structure, Biochemistry, 030220 oncology & carcinogenesis, Hepatocyte, Proteome, Hepatocytes, Oxidation-Reduction, Homeostasis, Chromatography, Liquid, medicine.drug
Abstract: International audience; Peroxisome proliferators have been extensively studied in rodents and are known to induce liver tumors, whereas the effects of these compounds are not very clearly identified in humans when they are widely exposed to herbicides, plasticizers, solvents or drugs such as the lipid-lowering fibrate bezafibrate (BEZA). We assessed the effect of BEZA on human hepatocyte proteome. Hepatocyte proteins, including those membrane-associated, were successfully extracted and separated using 2D-liquid chromatography (PF2D, Beckman coulter). Proteins that were regulated by ≥ 1.5 fold compared to controls were identified by mass spectrometry (MALDI-TOF, Bruker Daltonics) and SwissProt bank search. BEZA modified the expression of proteins involved in various metabolic pathways as well as in cell homeostasis. No marker of peroxisome proliferation was obtained but surprisingly the expression of proteins involved in liver carcinogenicity was modulated. The co-treatment of cultures with N-acetylcysteine modified the set of proteins regulated by BEZA, either by a potentiation or an inhibition of the effects. Our study points out that the hepatocellular redox environment has to be taken into account when using fibrates in therapeutics.
Published: 2011

33. Saliva electrophoretic protein profiles in infants: changes with age and impact of teeth eruption and diet transition

Author: Olivier Palicki, Christophe Chambon, Claire Chabanet, Géraldine Lucchi, Martine Morzel, Sophie Nicklaus, Patrick Ducoroy, Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-Forme Protéomique CLIPP, Partenaires INRAE, Qualité des Produits Animaux (QuaPA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Male, Saliva, Tooth eruption, Physiology, Tooth Eruption, 0302 clinical medicine, Tandem Mass Spectrometry, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, Amylase, Longitudinal Studies, Prospective Studies, 0303 health sciences, education.field_of_study, biology, Chemistry, infants, General Medicine, Infant Formula, Biochemistry, Amylases, Salivary Cystatins, Electrophoresis, Polyacrylamide Gel, Female, Infant Food, Introduction of solid food, amylase, Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization, proteome, Population, sliva, Weaning, 03 medical and health sciences, Humans, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Cystatin A, Protease Inhibitors, Cystatin B, Salivary Proteins and Peptides, education, General Dentistry, cystatin, Serum Albumin, 030304 developmental biology, Milk, Human, Beta-2 microglobulin, Albumin, Infant, 030206 dentistry, Cell Biology, Diet, Secretory Component, Otorhinolaryngology, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, biology.protein, protein, beta 2-Microglobulin, teeth eruption, Chromatography, Liquid, Follow-Up Studies
Abstract: International audience; Objective : The objective of this study was to describe the changes in salivary protein profiles in infants between the ages of 3 and 6 months, and to evaluate the impact of teeth eruption and introduction of solid foods on such profiles. Design : 73 infants were followed longitudinally at 3 and 6 months of age. Their whole saliva proteins were separated by SDS–PAGE electrophoresis and semi-quantified by image analysis. Amylase activity was also measured on a sub-sample of the population (n=42 infants). Bands which abundance was significantly different between the two ages according to paired comparisons were identified by mass spectrometry techniques. Results : Out of 21 bands, 13 were significantly different between 3 and 6 months of age. Two short variants of amylase increased in abundance with age, as did amylase activity. Other changes possibly translated developmental physiological events, for example maturation of the adaptive immune system. The balance between S-type cystatins and cystatins A and B was modified, in favour of S-type cystatins at 6 months of age. Teeth eruption resulted in an increase in albumin abundance, whilst introduction of solid foods was associated with higher levels of beta-2 microglobulin and S-type cystatins. Conclusions : Salivary profiles were modified substantially between the ages of 3 and 6 months. Both teeth eruption and diet had an impact on abundance changes for some proteins, revealing dynamic interactions between saliva proteome, oral physiology and diet.
Published: 2010
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34. Inter-individual variability of protein patterns in saliva of healthy adults

Author: Patrick Ducoroy, Géraldine Lucchi, Christian Salles, Christophe Chambon, Mercedes Quintana, Olivier Palicki, Martine Morzel, Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Centre des Sciences du Goût (CSG), Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Qualité des produits animaux-Plateforme Proteomique, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Quintana, Mercedes, Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques - Clermont Auvergne (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Université de Franche-Comté (UFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, Male, Proteomics, Saliva, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, Proteome, Biophysics, Biochemistry, Mass Spectrometry, SALIVA, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immune system, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Humans, Electrophoresis, Gel, Two-Dimensional, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amylase, Salivary Proteins and Peptides, protéome, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, Gel electrophoresis, Analysis of Variance, 0303 health sciences, biology, Gene Expression Profiling, Biodiversity, 030206 dentistry, Middle Aged, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, Molecular biology, [SDV.SP] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, Enzyme, chemistry, SALIVARY PATTERNS, Transferrin, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Multivariate Analysis, biology.protein, Female, Analysis of variance, INTER-INDIVIDUAL VARIABILITY
Abstract: International audience; In order to document inter-individual variability in salivary protein patterns, unstimulated whole saliva was obtained from 12 subjects at 10 am and 3 pm of the same day. Saliva proteins were separated using two-dimensional gel electrophoresis, and semi-quantified using image analysis. One-way ANOVA was used to test the effects “time of sampling” and “subject”. Data were further explored by multivariate analyses (PCA, hierarchical clustering). Spots of interest were identified by mass spectrometry (MALDI-TOF MS/MS and nanoLC ESI-IT MS/MS). A dataset of 509 spots matched in all gels was obtained. There was no diurnal statistical effect on salivary patterns while inter-individual variability was high with 47 spots differentially expressed between subjects (p < 1%). Clustering of these spots revealed that subjects could be discriminated first based on several proteins participating to the non-specific immune response (cystatins, lipocalin 1, parotid-secretory protein and prolactin-induced protein). Independently, subjects were also differentiated by their level of proteins originating from serum and involved in the immune system (complement C3, transferrin, IgG2), as well as the relative abundance of enzymes involved in carbohydrates metabolism (amylase and glycolytic enzymes). Inter-individual variability should be accounted for when searching for salivary biomarkers or when studying in-mouth biochemical mechanisms.
Published: 2009
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35. Mass-spectrometry based characterisation of infant whole saliva peptidome

Author: Delphine Pecqueur, Martine Morzel, Camille Schwartz, Géraldine Lucchi, Patrick Ducoroy, Caroline Truntzer, Sophie Nicklaus, Christophe Chambon, Université de Bourgogne (UB), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur (FLAVIC), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Université de Bourgogne (UB)
Subjects: MASS SPECTROMETRY, MALDI-TOF, SAMPLE PRETREATMENT, Saliva, Proteolysis, Sample processing, INFANTS, Bioengineering, Peptide, SALIVA PEPTIDOME, Mass spectrometry, Biochemistry, Analytical Chemistry, Salivary Peptides, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Drug Discovery, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, medicine, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, Whole saliva, Anatomic Location, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Chromatography, medicine.diagnostic_test, Chemistry, 030206 dentistry, Molecular Medicine, PRPS
Abstract: International audience; The objective of the study was to determine optimal conditions for sampling, sample processing and mass-spectrometry based analysis of infants’ salivary peptidome. Saliva was sampled in 3- and 6-month-old infants and peptide extracts were prepared. Various sample pretreatments before profiling by MALDI-ToF were evaluated and peptide identification was undertaken by MALDI-ToF/ToF or nanoLC-ESI-IT tandem MS. A fast and simple protocol (cut-off filtration at 5 kDa) was satisfactory to produce extracts where no proteolysis was detected even when no protease inhibitor was added. Optimal MALDI spectra were generated after purification on C18 tips. Variability of spectra between two samples exceeded that of the technical replicates, validating that the method is suitable to conduct differential studies. Salivary peptides, identified by means of the two complementary mass spectrometry techniques, were fragments of proline-rich proteins and histatins. The fragments originated mainly from the C-terminal protein extremities. Indications on the proteolytic systems involved and the anatomic location where they intervene are proposed.
Published: 2009
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36. Short-term modification of human salivary proteome induced by two bitter tastants, urea and quinine

Author: Olivier Palicki, Mercedes Quintana, Christophe Chambon, Martine Morzel, Géraldine Lucchi, Christian Salles, Patrick Ducoroy, FLAveur, VIsion et Comportement du consommateur (FLAVIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Etablissement National d'Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon (ENESAD)-Université de Bourgogne (UB), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Taste, Stimulation, QUININE, SALIVA PROTEOME, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Carbonic anhydrase, BITTERNESS, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, protéome, TASTE, UREA, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, biology, 030206 dentistry, Sensory Systems, 3. Good health, Secretory protein, Enzyme, chemistry, Biochemistry, biology.protein, Urea, Cystatin, Thioredoxin
Abstract: International audience; Salivary proteome patterns of healthy volunteers (n = 12) were compared before and after they tasted bitter solutions made of either urea (0.36M) or quinine-hydrochloride (40 µM). Relative abundance of 22 and 18 spots was modified 15 min after stimulation by urea and quinine, respectively. Only two spots were common to both tastants, indicating a molecule-specific response. Proteins, relative quantity of which was altered, were agents of the oral cavity defense (e.g., thioredoxin, cystatin, parotid secretory proteins, etc.) and markers of inflammation (transthyretin and transferrin) or enzymes. In particular, the relative abundance of carbonic anhydrase VI, a protein previously described as crucial to taste function, declined after tasting the urea solution.
Published: 2009
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37. Revisited BIA-MS combination: Entire 'on-a-chip' processing leading to the proteins identification at low femtomole to sub-femtomole levels

Author: Géraldine Lucchi, Patrick Ducoroy, Alain Rouleau, Wilfrid Boireau, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BIA-MS project, Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), and Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: In situ, MALDI-TOF, Analyte, [ SDV.BBM.BP ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Biomedical Engineering, Biophysics, Analytical chemistry, SPR, Biosensing Techniques, Mass spectrometry, 01 natural sciences, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, Protein Interaction Mapping, Electrochemistry, Nanotechnology, BIA-MS, Biochip, Chromatography, High Pressure Liquid, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Chromatography, protein complexes, Elution, Chemistry, Microchemistry, 010401 analytical chemistry, Ms analysis, Reproducibility of Results, General Medicine, Equipment Design, Microfluidic Analytical Techniques, 0104 chemical sciences, Equipment Failure Analysis, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, Matrix-assisted laser desorption/ionization, SAM, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Biotechnology
Abstract: International audience; We present the results of a study in which biomolecular interaction analysis (BIA, Biacore 2000) was combined with mass spectrometry (MS) using entire "on-a-chip" procedure. Most BIA-MS studies included an elution step of the analyte prior MS analysis. Here, we report a low-cost approach combining Biacore analysis with homemade chips and MS in situ identification onto the chips without elution step. First experiments have been made with rat serum albumin to determine the sensitivity and validation of the concept has been obtained with an antibody/antigen couple. Our "on-a-chip" procedure allowed complete analysis by MS-MS of the biochip leading to protein identifications at low femtomole to sub-femtomole levels. Using this technique, identification of protein complexes were routinely obtained giving the opportunity to the "on-a-chip" processing to complete the BIA-MS approach in the discovery and analysis of protein complexes
Published: 2008
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38. [Towards a standardization of the tools for the studies of clinical proteomics]

Author: Géraldine, Lucchi, Jean-Baptiste, Hendra, Delphine, Pecqueur, and Patrick, Ducoroy
Subjects: Proteomics, Reproducibility of Results, Reference Standards, Body Fluids, Neoplasm Proteins, Specimen Handling, Neoplasms, Sample Size, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Calibration, Biomarkers, Tumor, Humans, Multicenter Studies as Topic, Blood Chemical Analysis
Abstract: Proteins identified in biological fluids of cancer patients could be helpful for both diagnosis and prognosis. However, clinical proteomics based on analysis of protein profiles in biological fluids has demonstrated various flaws, most of them related to the difficulties met in reproducibility. These difficulties could be partly overcome by accurate standardisation of pre-analytical and analytical steps of these studies. The size of the patient cohort is one of the parameters that determine the powerfulness of the study. Recruitment of a cohort with a sufficient size often implies multicentric studies in which analysis of the reproducibility between centres and standardisation of pre-analytical and analytical steps are essential. Such a standardisation requires the use of calibrated samples as common references.
Published: 2007

39. Genetic variability of a scattered temperate forest tree : Sorbus torminalis L. (Crantz)

Author: Géraldine Lucchi, Brigitte Demesure, Rémy-Jacques Petit, D. Prat, Bénédicte Le Guerroué, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherches forestières (BORDX PIERR UR ), ProdInra, Migration, Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Fluviaux (EHF), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Martin Sempore, Brigitte
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Ecology, biology, Temperate forest, Forestry, genetic diversity, 15. Life on land, biology.organism_classification, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Sorbus torminalis, 03 medical and health sciences, structure spatiale, DIFFERENTIATION, [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, métapopulation, Western europe, diversité génétique, Rosaceae spatial structure---Rosaceae, [SDV.SA.SF] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; Genetic variation has been assessed in 73 (mostly French) populations of the wild service tree (Sorbus torminalis) using 15 isozymes loci. In spite of a relatively high coefficient of genetic differentiation among populations (FST = 15% ), only a weak geographical structure was detected. This may be explained by the small size and young age of the populations due to the importance of founder effects, combined with the high levels of seed flow among populations. These features are typical of species characterised by metapopulation dynamics.; Variabilité génétique d'une espèce forestière disséminée : Sorbus torminalis L. (Crantz). De nombreuses études se sont intéressées à la diversité génétique des plantes rares, menacées de disparition, ou à celles largement répandues qui présentent un grand intérêt économique. Par contre, le cas des espèces ayant une aire de répartition importante mais présentant des densités faibles reste peu abordé, en particulier chez les arbres forestiers. Dans les forêts tempérées, les arbres forestiers disséminés occupent une place secondaire. L'alisier torminal (Sorbus torminalis) est une espèce fruitière disséminée au comportement post-pionnier nomade. Ses graines sont dispersées par les oiseaux. 67 populations françaises et 6 populations d'Europe centrale ont été étudiées à l'aide des isozymes. Une forte différentiation entre populations a été trouvée (FST = 15 % ), combinée à une faible structuration géographique. Ceci peut s'expliquer par les effets de fondation importants liés au comportement écologique de l'espèce, et aux flux de graines entre populations éloignées, liés à la dissémination par des oiseaux. Le modèle en métapopulation, avec des populations subissant des phénomènes de colonisation et d'extinction, mais restant interconnectées par des flux de gènes, semble particulièrement bien s'appliquer à cette espèce. Au vu de ces résultats, une gestion permettant l'implantation de l'alisier dans de nouveaux sites pouvant recevoir des flux de gènes des populations préexistantes doit être encouragée.
Published: 2000
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