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The Parque Nacional da Tijuca in Rio de Janeiro, Brazil, is considered to be one of the world’s largest urban forests, however no systematic inventory of its herpetofauna is available. In the present study, we surveyed the amphibians and reptiles of this park to assess its species composition (including secondary data) and obtain estimates of species richness and abundance. We conducted active searches (460 hours) between January 2013 and December 2015. We identified the taxa endemic to either the Atlantic Forest or Rio de Janeiro state, and verified the conservation status of each species in the international, Brazilian, and state red lists. We also estimated the species richness and sampling sufficiency by rarefaction curves and Bootstrap richness estimator, and analyzed the distribution of the species abundance in Whittaker plots. We recorded 3,288 individuals over 36 months, representing 24 species of amphibians and 25 reptiles. The cumulative species curves, rarefaction, and the richness estimated indicated that sampling effort was adequate. Species abundance adjusted to the log-series model in both amphibians and reptiles. The four most abundant amphibians represented 70% of the individuals recorded in this group, while the two most abundant reptiles represented 60% of the total individuals. The inclusion of the secondary data raised the number of amphibian species to 38, and the number of reptiles to 36. Approximately 80% of the amphibian species and 28% of the reptile species recorded are endemic to the Atlantic Forest, and six of the amphibian species are endemic to Rio de Janeiro state. Six amphibian species and one reptile species are classified under some threat of extinction, and two reptile species were exotic. The considerable diversity of the herpetofauna of the Parque Nacional da Tijuca, which includes endemic and threatened species, reflects the effectiveness of the reforestation of this protected area and emphasizes the importance of its conservation. Resumo: O Parque Nacional da Tijuca, no Rio de Janeiro, Brasil, é considerado uma das maiores florestas urbanas do mundo, no entanto nenhum inventário sistemático de sua herpetofauna está disponível. No presente estudo, pesquisamos os anfíbios e répteis deste parque para acessar sua composição de espécies (incluindo dados secundários) e obter estimativas da riqueza e da abundância de espécies. Realizamos buscas ativas (460 horas) entre janeiro de 2013 e dezembro de 2015. Identificamos os taxa endêmicos da Mata Atlântica ou do estado do Rio de Janeiro, e verificamos o status de conservação de cada espécie nas listas vermelhas internacional, brasileira e estadual. Também estimamos a riqueza de espécies e a suficiência amostral através de curvas de rarefação e do estimador de riqueza Bootstrap, e analisamos a distribuição de abundância das espécies através de plots de Whittaker. Registramos 3.288 indivíduos ao longo dos 36 meses, representando 24 espécies de anfíbios e 25 de répteis. As curvas cumulativas de espécies, a rarefação, e a riqueza estimada indicaram que o esforço amostral foi adequado. A abundância das espécies se ajustou ao modelo de série logarítmica tanto para os anfíbios como para os répteis. As quatro espécies de anfíbios mais abundantes representaram 70% dos indivíduos registrados neste grupo, enquanto as duas espécies de répteis mais abundantes representaram 60% do total de indivíduos. A inclusão dos dados secundários elevou o número de espécies de anfíbios para 38 e o de répteis para 36. Aproximadamente 80% dos anfíbios e 28% dos répteis registrados são endêmicos da Mata Atlântica e seis espécies de anfíbios são endêmicos do estado do Rio de Janeiro. Seis espécies de anfíbios e uma de réptil estão classificadas sob alguma ameaça de extinção, e dois répteis constituem espécies exóticas. A considerável diversidade da herpetofauna do Parque Nacional da Tijuca, que inclui espécies endêmicas e ameaçadas, reflete a efetividade do reflorestamento dessa área protegida e enfatiza a importância de sua conservação.

Cruz, Carlos Alberto Gonçalves, Caramaschi, Ulisses, Fusinatto, Luciana Ardenghi, Brasileiro, Cinthia Aguirre (2019): Taxonomic review of Dendrophryniscus brevipollicatus Jiménez de la Espada, 1870, with revalidation of D. imitator (Miranda-Ribeiro, 1920) and D. lauroi Miranda-Ribeiro, 1926, and description of four new related species (Anura, Bufonidae). Zootaxa 4648 (1): 27-62, DOI: https://doi.org/10.11646/zootaxa.4648.1.2

Alignment of the mammalian CCL16 sequences used for primer design for the leporids' PCR amplification. (PDF 25 kb)

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2020-11-08T17:27:55Z No. of bitstreams: 1 LucianaFusinatto_PPGEE-TESE_final.pdf: 3895706 bytes, checksum: d13634e91cf7295895051a5cb4ef7cd5 (MD5) Made available in DSpace on 2020-11-08T17:27:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucianaFusinatto_PPGEE-TESE_final.pdf: 3895706 bytes, checksum: d13634e91cf7295895051a5cb4ef7cd5 (MD5) Previous issue date: 2013-02-20 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The Atlantic Forest (AF) is among the regions with the greatest and most threatened biodiversity in the planet. Efforts have been made in various areas of knowledge in order to get a more refined estimate of diversity and its organization throughout the biome. The growing number of studies that attempt to reconstruct the history of diversification of AF suggest a scenario spatially and temporally complex. Nevertheless, there is still a gap in the knowledge of processes on a small scale. Miniature vertebrates have been a good tool for studies of evolutionary processes on a small scale. Thus, the genus Euparkerella, endemic to a small region of the MA of the States of Rio de Janeiro (RJ) and Espírito Santo (ES), was chosen as the model for this study. In the first chapter we sought to describe the diversity within the genus through a molecular phylogeny. For this reason, we used Bayesian methods to generate genes and species genealogies trough one fragment of mitochondrial gene and four fragments of nuclear genes. The results pointed to a great cryptic diversity in the genus. We identified six evolutionary units significantly divergent for RJ: two in Euparkerella cochranae, three in Euparkerella brasiliensis, and Euparkerella sp.. The most basal species recovered was Euparkerella robusta, from ES. We estimated the early diversification of the genus to the end of the Miocene. The second chapter describes eleven microsatellite markers developed for Euparkerella brasiliensis through the method of next generation 454 pyrosequencing. In the third chapter we studied only one evolutionary unit, Euparkerella brasiliensis from Três Picos/ RJ. Trough markers of fast (microsatellites) and slow (DNA sequences) evolution we sought to understand the population s structure and dynamics of this evolutionary unit in a very small area (approx. 20 km) under the influence of an altitudinal environmental gradient (40 m - 1000 m). We identified through microsatellites two subpopulations genetically distinct on edges of the gradient. The gene flow occurred predominantly from the edges to the contact zone, where we observed the largest effective population size. These results indicate that small environmental changes can promote isolation in Euparkerella and corroborate the pattern of microendemic forms identified in the phylogeny. Future studies should be made to characterize morphologically the evolutionary units identified herein; fill gaps sampling, especially in ES, and describe the processes that operate on a small scale in the contact zones between the evolutionary units and factors that delimit their distribution. A Mata Atlântica (MA) está entre as regiões com maior biodiversidade e mais ameaçadas do planeta. Esforços em diversas áreas do conhecimento têm sido feitos para que se tenha uma estimativa mais refinada da diversidade existente e sua organização ao longo do bioma. O crescente número de estudos que buscam reconstituir a história da diversificação da MA apontam para um cenário espacial e temporal complexo, havendo ainda uma lacuna no conhecimento dos processos em pequena escala. Vertebrados em miniatura têm se mostrado uma boa ferramenta para estudos de processos evolutivos em pequena escala. Assim, o gênero Euparkerella, endêmico de uma pequena região da MA dos Estados do Rio de Janeiro (RJ) e Espírito Santo (ES), foi escolhido como modelo para este estudo. No primeiro capítulo buscou-se descrever a diversidade existente dentro do gênero a partir de uma filogenia molecular. Para isso, utilizaram-se métodos bayesianos para gerar genealogias de genes e de espécies a partir de um fragmento de gene mitocondrial e quatro fragmentos de genes nucleares. Os resultados obtidos apontaram para uma grande diversidade críptica no gênero. Foram identificadas seis unidades evolutivas significativamente divergentes para o RJ: duas em Euparkerella cochranae, três em Euparkerella brasiliensis, e Euparkerella sp.. A espécie mais basal recuperada foi Euparkerella robusta, do ES, e estimou-se o início da diversificação do gênero para o final do Mioceno. O segundo capítulo descreve onze marcadores de microssatélites desenvolvidos para Euparkerella brasiliensis através do método de pirosequenciamento de nova geração 454. No terceiro capítulo estudou-se apenas uma unidade evolutiva, Euparkerella brasiliensis da área dos Três Picos/ RJ. A partir de marcadores de evolução rápida (microssatélites) e lenta (sequências de DNA) buscou-se compreender a estrutura e a dinâmica populacional desta unidade evolutiva em uma área bastante pequena (aprox. 20 km) sob influência de um gradiente ambiental altitudinal (40 m 1000 m). Foram identificadas, a partir dos microssatélites, duas subpopulações geneticamente distintas nas bordas do gradiente. O fluxo gênico se deu predominantemente das bordas para a zona de contato, onde foi observado o maior efetivo populacional. Tais resultados indicam que pequenas variações ambientais podem atuar no isolamento populacional em Euparkerella e corroboram o padrão de formas microendêmicas identificadas na filogenia. Futuros estudos devem ser feitos no sentido de buscar caracterizar morfologicamente as unidades evolutivas aqui identificadas; preencher as lacunas amostrais, especialmente no ES; e descrever os processos que atuam em pequena escala nas zonas de contato entre as unidades evolutivas e fatores limitantes a distribuição das mesmas.

We studied the reproductive biology of a population of Pseudis minuta Günther, 1858 from Reserva Biológica do Lami (30º 15' S; 51º 05' W), Porto Alegre, southern Brazil. We assessed the spatial and temporal distribution of individuals (males, females, juveniles) and explored potential relationships with environmental variables. Field activities encompassed bimonthly surveys in three semi-permanent ponds, each one during approximately two days and two nights, from August 2004 to July 2005. We recorded differences in the sites used by males, females and juveniles, with males occupying deeper and more distant places from the border. The temporal distributions of individuals, calling sites and amplectant pairs indicated that the reproductive activity of P. minuta is related to some of the studied abiotic factors. Calling males presented statistical differences in relation to non-calling males for all daily abiotic variables analyzed (air temperature, water temperature, relative humidity and rainfall), as well as to monthly temperature and rainfall. The number of active males, females and juveniles was influenced by at least one of the daily or monthly environmental variables analyzed. We conclude that the reproduction in this species is seasonal and may be partially determined by abiotic factors. A distribuição espacial e temporal de Pseudis minuta Günther, 1858 e fatores ambientais relacionados à atividade reprodutiva da espécie foram estudados na Reserva Biológica do Lami (30º 15' S; 51º 05' W), Porto Alegre, Brasil. As atividades de campo compreenderam visitas bimensais a três banhados semi-permanentes, com duração aproximada de dois dias e duas noites cada, entre agosto de 2004 e julho de 2005. Observaram-se diferenças nos sítios utilizados por machos, fêmeas e juvenis, com machos ocupando locais mais profundos e mais distantes da margem. A distribuição temporal dos indivíduos, vocalizações e amplexos indicaram que a atividade reprodutiva de P. minuta está relacionada com alguns dos fatores abióticos estudados. Os machos em atividade de vocalização apresentaram diferença significativa em relação aos machos não vocalizantes para todos os fatores abióticos diários analisados (temperatura do ar, temperatura da água, umidade relativa do ar e pluviosidade), bem como na temperatura do ar e pluviosidade mensais. O número de machos, fêmeas e juvenis em atividade foi influenciada por pelo menos um dos fatores ambientais mensais ou diários analisados. Conclui-se que a reprodução desta espécie é sazonal e parcialmente determinada por fatores abióticos.

Dendrophryniscus carvalhoi – Espírito Santo: MNRJ 1287 (2 specimens), MNRJ 38364-38365, Santa Teresa., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Cruz, Carlos Alberto Gonçalves, Fusinatto, Luciana Ardenghi (2008): A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil. South American Journal of Herpetology 3 (1): 22-26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2

Dendrophryniscus stawiarskyi – Paraná: MNRJ 2650 (holotype), Bituruna., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Dendrophryniscus berthalutzae – Paraná: MCP 7690, Guaratuba. Santa Catarina: MNRJ 31809, Itapoá, MZUSP 55851, Pirabeiraba; MNRJ 2131 (holotype), Joinville; MCP 8273, Santo Amaro da Imperatriz; MZUSP 35450-35458, Novo Horizonte., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Dendrophryniscus leucomystax – Rio de Janeiro: MNRJ 22063, EI 4047-4067, EI 4068-4069, EI 5425-5433, Tinguá, Nova Iguaçu., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Dendrophryniscus minutus – Amazonas: MNRJ 22076, Reserva Ducke, Manaus. Pará: MNRJ 47924, Porto Trombetas, Oriximiná., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Dendrophryniscus brevipollicatus – Rio de Janeiro: MNRJ 22065-22067, EI 1963-1967, EI 4016-4022, EI 4193-4194, EI 4203, EI 4948-4949, Parque Nacional da Floresta da Tijuca, Rio de Janeiro., Published as part of Cruz, Carlos Alberto Gonçalves & Fusinatto, Luciana Ardenghi, 2008, A new species of Dendrophryniscus, Jiménez de la Espada, 1871 (Amphibia, Anura, Bufonidae) from the atlantic rain forest of Rio Grande do Sul, Brazil, pp. 22-26 in South American Journal of Herpetology 3 (1) on page 26, DOI: 10.2994/1808-9798(2008)3[22:ANSODJ]2.0.CO;2, http://zenodo.org/record/7818035

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2020-11-08T17:28:21Z No. of bitstreams: 1 Tese - Thiago Maia Ney Carneiro.pdf: 4076604 bytes, checksum: a9983b23d0916843dac1c1daf112a164 (MD5) Made available in DSpace on 2020-11-08T17:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Thiago Maia Ney Carneiro.pdf: 4076604 bytes, checksum: a9983b23d0916843dac1c1daf112a164 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Investigations regarding temporal, trophic and spatial niche dimensions of Brazilian lizards conducted in the chapter 1 of this study revealed that phylogenetically closely related species tended to overlap more intensely in the association with trophic and spatial resources, indicating that historical factors prevail over variations of environmental conditions among geographic regions in the determination of the ecology of each species. Throughout this study, I also analysed temporal (Chapter 2), trophic (Chapter 3), and spatial (Chapters 2 and 4) niche dimensions, ecomorphological associations (Chapter 5), parasitism (Chapter 6) and defensive behaviours (Chapter 7) of Tropidurus hispidus and of T. semiataeniatus living in sympatry on rock outcrops in northeastern Brazil. Differences in temporal niche dimensions were not the most relevant for the sympatric coexistence of T. hispidus and of T. semitaeniatus; however, these species differed substantially with regard to the utilization of the structural and thermal space, selecting microhabitats suitable for their physiological, ecological and behavioural requirements. These lizards might actively regulate their body temperatures through behaviour using air and substrate temperatures and direct sunlight. Tropidurus hispidus and T. semitaeniatus consumed similar types of food, mainly ants, termites, adult beetles, and flowers, but differed in sizes of food acquired. Tropidurus semitaeniatus lizards maintained high body temperatures to match with thermal requirements related with acquisition and digestion of food and had ontogenetic variations in consumption of vegetal matter, with the acquisition of plants increasing progressively with aging. Both species possess morphological characteristics that empowers lizards for utilization of different trophic and spatial resources. New records of occurrence of helminth species are reported for both lizard species: Piratuba digiticauda in T. hispidus and Oochoristica bresslaui in T. semitaeniatus. The parasitism by helminths may have caused physiological and behavioural reactions that promoted limitations in performances of lizards, resulting in decreasing of minimum flight initiation distances of T. hispidus and of body temperatures of T. semitaeniatus according with the increasing of abundance of parasites. Body dimensions of T. hispidus and of T. semitaeniatus influenced the occurrence of interspecific differences in defensive responses (immobility and minimum flight initiation distance) by these lizards and the body temperatures negatively affected the minimum flight initiation distances of T. hispidus causing constraints on locomotor performances. Morphology, ecology and behaviour of T. hispidus and of T. semitaeniatus acted in synergy enabling individuals for resource partition, helping to reduce overlaps in niche dimensions and favouring their coexistences in sympatry Investigações sobre as dimensões temporais, tróficas e espaciais de nicho de lagartos brasileiros conduzidas no capítulo 1 deste estudo revelaram que espécies filogeneticamente próximas tenderam a se sobrepor mais intensamente na associação a recursos tróficos e espaciais, indicando que fatores históricos prevalecem sobre variações em condições ambientais entre regiões geográficas na determinação da ecologia de cada espécie. Ao longo deste estudo, eu também analisei os nichos temporais (Capítulo 2), tróficos (Capítulo 3) e espaciais (Capítulos 2 e 4), associações ecomorfológicas (Capítulo 5), parasitismo (Capítulo 6) e comportamentos defensivos (Capítulo 7) de Tropidurus hispidus e de T. semiataeniatus vivendo em simpatria em afloramentos rochosos no nordeste do Brasil. As diferenças nas dimensões temporais de nicho não foram as mais relevantes para a coexistência simpátrica de T. hispidus e de T. semitaeniatus, entretanto, estas espécies diferiram substancialmente quanto à utilização do espaço estrutural e térmico, selecionando microambientes adequados aos seus requerimentos fisiológicos, ecológicos e comportamentais. Estes lagartos podem regular ativamente as suas temperaturas corpóreas através do comportamento utilizando as temperaturas do ar e do substrato e a luz solar direta. Tropidurus hispidus e T. semitaeniatus consumiram tipos de alimento similares, principalmente formigas, cupins, besouros adultos e flores, mas diferiram nos tamanhos de alimentos adquiridos. Lagartos T. semitaeniatus mantiveram elevadas temperaturas corpóreas para cumprir requerimentos térmicos relacionados a aquisição e a digestão de alimentos e apresentaram variação ontogenética no consumo de matéria vegetal, com a aquisição de plantas aumentando progressivamente com a idade. Ambas as espécies possuem características morfológicas que capacitam os lagartos para a utilização diferencial de recursos tróficos e espaciais. Novos registros de ocorrência de espécies de helmintos foram realizados para ambas as espécies de lagarto: Piratuba digiticauda em T. hispidus e Oochoristica bresslaui em T. semitaeniatus. O parasitismo por helmintos pode ter causado reações fisiológicas e comportamentais que promoveram limitações nos desempenhos dos lagartos, resultando em diminuições da distância mínima de iniciação de fuga de T. hispidus e da temperatura corpórea de T. semitaeniatus de acordo com o aumento da abundância de parasitas. As dimensões corpóreas de T. hispidus e de T. semitaeniatus influenciaram a ocorrência de diferenças interespecíficas em respostas defensivas (imobilidade e distância mínima de iniciação de fuga) por estes lagartos e as temperaturas do corpo afetaram negativamente as distâncias mínimas de iniciação de fuga de T. hispidus causando restrições quanto a desempenhos locomotores. A morfologia, a ecologia e o comportamento de T. hispidus e de T. semitaeniatus atuaram em sinergia habilitando os indivíduos para a partição de recursos, auxiliando a redução de sobreposições de dimensões de nicho e favorecendo as suas coexistências em simpatria