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A recent taxonomic revision of the Malagasy Scops-Owl (Otus rutilus) recognized two distinct endemic species on the island based on plumage, vocal, and morphological characters: O. rutilus (sensu stricto) from eastern humid forest formations and O. madagascariensis from western dry forest areas. An evaluation of these characters calls into question their validity for taxonomic studies, as they may be ecologically linked. To independently assess the two-species hypothesis, we used sequence data from 1449 base pairs (bp) of mitochondrial DNA (mtDNA) from 34 scops-owls obtained across the range of these two putative species. Nineteen haplotypes were detected, four of which were shared by more than one individual. Maximum sequence divergence was 0.6% (mean = 0.24%). While the most common haplotype was shared by 10 individuals originating from different eastern and western localities, 12 haplotypes were exclusive to O. rutilus and five to O. madagascariensis. An analvsis of molecular variance showed significant partitioning of the genetic variability between O. rutilus and O. madagascariensis. The estimate of the divergence time between populations associated with the names O. rutilus and O. madagascariensis was 8070 years BP. Based on haplotype frequencies and sequence divergence, we conclude that there are two populations of Otus on Madagascar that started to diverge in recent geological time following an ecological parapatric model, perhaps associated with Quaternary climatic shifts. Using these results, it is inappropriate to recognize two species of Otus on Madagascar. Key words: coalescent analyses, Madagascar, mitochondrial DNA, Otus, phylogeography, two-species hypothesis. Con base en caracteres del plumaje, vocales y morfologicos, una revision taxonomica reciente del buho Otus rutilus reconoce dos especies distintas endemicas de Madagascar: O. rutilus (sensu stricto), de las formaciones de bosque humedo del este, y O. madagascariensis, de las areas de bosque seco del oeste. Una evaluacion de estos caracteres conduce a cuestionar su validez para estudios taxonomicos debido a que estos pueden estar ecologicamente relacionados. Para comprobar de forma independiente la hipotesis de la existencia de dos especies, usamos datos de secuencias de 1449 pares de bases de ADN mitocondrial obtenidas para 34 individuos de Otus rutilus colectados a traves del rango de distribucion de las dos especies hipoteticas. Se detectaron 19 haplotipos, de los cuales cuatro fueron compartidos entre individuos. La divergencia maxima entre secuencias fue del 0.6% (promedio = 0.24%). El haplotipo mas comun fue compartido por diez individuos originarios de localidades del este y del oeste, mientras que doce haplotipos se observaron exclusivamente en O. rutilus y cinco en O. madagascariensis. Un analisis de varianza molecular mostro una particion significativa de la variabilidad genetica entre O. rutilus y O. madagascariensis. La estimacion del tiempo de divergencia entre las poblaciones asociadas con el nombre de O. rutilus y O. madagaseariensis fue de 8070 anos antes del presente. Con base en las frecuencias haplotipicas y la divergencia entre secuencias, concluimos que hay dos poblaciones de Otus en Madagascar que comenzaron a divergir en un tiempo geologico reciente siguiendo un modelo parapatrico, quizas asociado con los cambios climaticos del Cuaternario. Utilizando estos resultados, reconocer dos especies de Otus en Madagascar es inapropiado.