1. Global gene expression profiling of oral cavity cancers suggests molecular heterogeneity within anatomic subsites
- Author
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Severino, Patricia, Alvares, Adriana M., Michaluart, Pedro, Okamoto, Oswaldo K., Nunes, Fabio D., Moreira-Filho, Carlos A., Tajara, Eloiza H., Cury, P. M., Frizzera, A. P.Z., de Carvalho, M. B., Silva, A. M.A., Amar, A., Barbieri, R. B., Bastos, A. U., Carvalho-Neto, P. B., Casemiro, A. F., Chedid, H., Chiappini, P. B.O., Correia, L. A., Costa, A. C.W., Curioni, O. A., Franzi, S. A., Gazito, D., Gutierres, A. P., Lehn, C. N., Martins, A. E., Mercante, A. M.C., Porsani, A. F., Rapoport, A., Rossi, L., Santos, M., Souza, T. B., Takamori, J. T., Dias-Neto, E., Ojopi, E. P.B., Dias, T. H.G., Figueiredo, D. L.A., Mamede, R. C.M., Fukuyama, E. E., Góis-Filho, J. F., Cerione, M., Cicco, R., Settani, F., Valentim, P. J., Yamagushi, F., Cominato, M. L., Mendes, G. S., Paiva, R., Silva, M. J., Leopoldino, A. M., Silva, F. A.M., Moyses, R. A., Arap, S. S., Araújo, N. S.S., Araújo-Filho, V., Brandão, L. G., Cernea, C. R., Durazzo, M., Ferraz, A. R., Gallo, J., Guimarães, P. E.M., Magalhães, R. P., Montenegro, F. L.M., Silva-Filho, G. B., Smith, R. B., Stabenow, E., Tavares, M. R., Turcano, R., Volpi, E. M., Ramos, O., Silva, C., Moreira-Filho, C. A., Nóbrega, F. G. [UNESP], Nóbrega, M. P. [UNESP], Canto, A. L. [UNESP], Macarenco, R. [UNESP], Meneses, C. [UNESP], Correa, P. M.S. [UNESP], Bogossian, A. P. [UNESP], Nunes, F. D., Souza, S. C.O.M., Rodini, C. O., Xavier, F. C.A., Okamoto, O. K., Serafini, L. N., Severino, P., Silva, W. A., Brandão, R. M., Kaneto, C. M., Pinheiro, D. G., Santos, A. R.D., Silva, I. T., Tarlá, M. V.C., Silveira, N. J.F., Tajara, E. H., Rodrigues-Lisoni, F. C., Rodrigues, R. V., Polachini, G. M., Vidotto, A., Cunha, B. R., Carmona-Raphe, J., Wünsch-Filho, V., Costa, A., Figueiredo, R. O., Fortes, C. S., Inamine, R., López, R. V.M., Rodrigues, A. N., Zago, M. A., Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, Hospital Heliópolis, Universidade de São Paulo (USP), Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, Faculdade de Medicina, Instituto do Câncer Arnaldo Vieira de Carvalho, Universidade Estadual Paulista (UNESP), Instituto de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, and UNIVAP
- Subjects
Medicine(all) ,Microarray ,Cytoskeleton organization ,business.industry ,Biochemistry, Genetics and Molecular Biology(all) ,lcsh:R ,Short Report ,lcsh:Medicine ,General Medicine ,Disease ,Cell cycle ,Bioinformatics ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,Gene expression profiling ,stomatognathic diseases ,lcsh:Biology (General) ,Gene expression ,Gene chip analysis ,Medicine ,lcsh:Science (General) ,business ,lcsh:QH301-705.5 ,Gene ,lcsh:Q1-390 - Abstract
Made available in DSpace on 2022-04-29T08:44:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-01 Background: Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is a frequent neoplasm, which is usually aggressive and has unpredictable biological behavior and unfavorable prognosis. The comprehension of the molecular basis of this variability should lead to the development of targeted therapies as well as to improvements in specificity and sensitivity of diagnosis. Results: Samples of primary OSCCs and their corresponding surgical margins were obtained from male patients during surgery and their gene expression profiles were screened using whole-genome microarray technology. Hierarchical clustering and Principal Components Analysis were used for data visualization and One-way Analysis of Variance was used to identify differentially expressed genes. Samples clustered mostly according to disease subsite, suggesting molecular heterogeneity within tumor stages. In order to corroborate our results, two publicly available datasets of microarray experiments were assessed. We found significant molecular differences between OSCC anatomic subsites concerning groups of genes presently or potentially important for drug development, including mRNA processing, cytoskeleton organization and biogenesis, metabolic process, cell cycle and apoptosis. Conclusion: Our results corroborate literature data on molecular heterogeneity of OSCCs. Differences between disease subsites and among samples belonging to the same TNM class highlight the importance of gene expression-based classification and challenge the development of targeted therapies. Centro de Pesquisa Experimental Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein Laboratório de Biologia Molecular Hospital Heliópolis Departamento de Cirurgia de Cabeça e Pescoço Hospital das Clínicas Faculdade de Medicina Universidade de São Paulo Departamento de Neurologia e Neurocirurgia Universidade Federal de São Paulo Departamento de Estomatologia Faculdade de Odontologia Universidade de São Paulo Departamento de Pediatria Faculdade de Medicina Universidade de São Paulo Departamento de Biologia Molecular Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto Departamento de Genética e Biologia Evolutiva Instituto de Biociências Universidade de São Paulo Departamento de Patologia Faculdade de Medicina Hospital Heliópolis Departamento e Instituto de Psiquiatria Faculdade de Medicina USP Serviço de Cirurgia de Cabeça e Pescoço Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Serviço de Cirurgia de Cabeça e Pescoço Instituto do Câncer Arnaldo Vieira de Carvalho Departamento de Análises Clínicas Toxicológicas e Bromatológicas Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto USP Departamento de Cirurgia de Cabeça e Pescoço Faculdade de Medicina USP Departamento de Pediatria Faculdade de Medicina USP Departamento de Biociências e Diagnóstico Bucal Faculdade de Odontologia UNESP Departamento de Estomatologia Faculdade de Odontologia USP Departamento de Neurologia e Neurocirurgia UNIFESP Departamento de Patologia Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Instituto de Ensino e Pesquisa Albert Einstein Departamento de Genética Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Ciências da Computação UNIVAP Departamento de Biologia Molecular Faculdade de Medicina Departamento de Epidemiologia Faculdade de Saúde Pública USP Departamento de Clínica Médica Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP Departamento de Biociências e Diagnóstico Bucal Faculdade de Odontologia UNESP
- Published
- 2008