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1. Risques infectieux liés aux antibactériens : Clostridium difficile et infections fongiques invasives. [Infectious Risks linked to antibacterials: Clostridium difficile and invasive fungal infections.]

Author

Dinh, Aurelien, Le Monnier, Alban, Meynard, Jean-Luc, Tattevin, Pierre, Services des maladies infectieuses, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Laboratoire de microbiologie clinique, Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph, Unité sous contrat écosystème microbien digestif et santé, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Fonction structure et inactivation d'ARN bactérien, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes]-CHU Pontchaillou [Rennes]-Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Groupe Hospitalier Paris Saint-Joseph (hpsj), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
SURVEILLANCE NETWORK TRANSNET, ANTIFUNGAL THERAPY, FLUCONAZOLE, DIARRHEA, DOUBLE-BLIND TRIAL, DISEASE, CELL TRANSPLANT RECIPIENTS, PROPHYLAXIS, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, EPIDEMIOLOGY, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, MARROW-TRANSPLANTATION, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2013

2. Rapid genetic and phenotypic changes in Pseudomonas aeruginosa clinical strains during ventilator-associated pneumonia

Author

Sandie Delanou, Martin Broly, Mohamed Sassi, Karim Asehnoune, Elise Persyn, Lise Crémet, Nathalie Caroff, Marc Aubry, Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génomique Environnementale et Humaine (GEH), french 'Ministere de l'Enseignement Superieur et de la Recherche', Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), and Jonchère, Laurent

Subjects
0301 basic medicine, Virulence Factors, medicine.drug_class, [SDV]Life Sciences [q-bio], Antibiotics, Virulence, lcsh:Medicine, Context (language use), Microbial Sensitivity Tests, Biology, medicine.disease_cause, Article, Microbiology, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Pyocyanin, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Humans, Pseudomonas Infections, lcsh:Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Multidisciplinary, Whole Genome Sequencing, Pseudomonas aeruginosa, lcsh:R, Biofilm, Ventilator-associated pneumonia, Pneumonia, Ventilator-Associated, Quorum Sensing, Gene Expression Regulation, Bacterial, medicine.disease, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Quorum sensing, 030104 developmental biology, chemistry, A549 Cells, Biofilms, lcsh:Q, Fimbriae Proteins, Bronchoalveolar Lavage Fluid, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

Treatment with antibiotics leads to the selection of isolates with increased resistance. We investigated if evolution towards resistance was associated with virulence changes, in the context of P. aeruginosa ventilator-associated pneumonia (VAP). Four patients were selected because they had multiple VAP episodes during short periods (12 days to 5 weeks), with emergence of resistance. We performed whole-genome sequencing of 12 P. aeruginosa from bronchoalveolar lavages or blood culture (3 isolates per patient). Production of quorum sensing-dependent virulence factors, serum resistance, cytotoxicity against A549 cells, biofilm production, and twitching motility were studied. Each patient was infected with a unique strain. For all patients, resistance development was explained by genetic events in ampD, mexR or oprD. Additional variations were detected in virulence- and/or fitness-associated genes (algB, gacA, groEL, lasR, mpl, pilE, pilM, rhlR) depending on the strain. We noticed a convergence towards quorum sensing deficiency, correlated with a decrease of pyocyanin and protease production, survival in serum, twitching motility and cytotoxicity. In one patient, changes in pilM and pilE were related to enhanced twitching. We show that the emergence of resistance in P. aeruginosa is associated with virulence modification, even in acute infections. The consequences of this short-term pathoadaptation need to be explored.

Published
2019

3. Les fièvres hémorragiques virales [Viral Haemorragic fever]

Author

Gisèle Lagathu, Matthieu Revest, Christian Michelet, Pierre Tattevin, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
fièvre de Marburg, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Marburg fever, fièvre de la Vallée du Rift, 030231 tropical medicine, Biochemistry (medical), Fièvre de Lassa, fièvre hémorragique Crimée-Congo, 3. Good health, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, Medical Laboratory Technology, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Ebola, Crimean-Congo haemorragic fever, 030212 general & internal medicine, Rift valley fever, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Lassa fever
Abstract

Les fievres hemorragiques virales regroupent plusieurs viroses, potentiellement graves, avec un tableau clinique relativement stereotype, d’evolution biphasique. Apres une incubation de 2 a 21 jours, apparition d’un syndrome pseudo-grippal qui evolue au bout de quelques jours, de maniere imprevisible, chez une proportion variable de patients, vers un syndrome hemorragique avec choc. La transmission interhumaine s’effectue le plus souvent par contacts avec des liquides biologiques, surtout en presence de sang. La biologie de ces virus, leur epidemiologie et leur letalite sont tres variables. Pour toutes ces fievres hemorragiques virales, l’importance d’un diagnostic rapide reside plus dans la necessite d’interrompre les chaines de transmission que dans les possibilites therapeutiques, limitees aux traitements symptomatiques, a l’exception notable de la fievre de Lassa (efficacite probable de la ribavirine).

Published
2016

4. Left ventricular assist device-related infections: a multicentric study

Author

M. Niculescu, Matthieu Revest, M. Michel, J.-C. Roussel, Pascal Leprince, Pierre Tattevin, S. Siméon, Erwan Flecher, CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de cardiologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], and Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes )

Subjects
Male, medicine.medical_treatment, Antibiotics, heart failure, 030204 cardiovascular system & hematology, 0302 clinical medicine, Interquartile range, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Surveys and Questionnaires, Prevalence, 030212 general & internal medicine, [ SDV.MHEP.CHI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Surgery, Coinfection, [ SDV.SPEE ] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Immunosuppression, Bacterial Infections, General Medicine, Middle Aged, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Treatment Outcome, Infectious Diseases, Foreign device, Female, France, Adult, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Staphylococcus aureus, Prosthesis-Related Infections, medicine.drug_class, [SDV.MHEP.CHI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Surgery, 03 medical and health sciences, Median follow-up, Diabetes mellitus, medicine, left ventricular assist device, Humans, heart transplant, Aged, Bacteria, business.industry, medicine.disease, equipment and supplies, Surgery, Debridement, Heart failure, Ventricular assist device, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Heart-Assist Devices, business, Destination therapy
Abstract

International audience; Objectives: The implantable left ventricular assist device (LVAD) is a major therapeutic development for end-stage heart failure in selected patients. As their use is expanding, infectious complications are emerging, with limited data available to guide their management. We aimed to better characterize LVAD-related infections.Methods: We enrolled all consecutive patients diagnosed with LVAD-related infections in three referral centres in France, using a standardized definition of infections in patients with LVAD. Data were collected from medical charts using a standardized questionnaire.Results: Between 2007 and 2012, 159 patients received LVAD for end-stage heart failure. Among them, 36 (22.6%; 5 women, 31 men) presented at least one infectious complication, after a median time of 2.9 months from LVAD implantation (interquartile range, 1.8-7.5), with a median follow up of 12 months (interquartile range 8-17). Main co-morbidities were alcoholism (33%), diabetes (11%) and immunosuppression (11%). Mean age at implantation was 51 (+/- 11) years. LVAD were implanted as bridge-to-transplantation (n=22), bridge-to-recovery (n=8), destination therapy (n=4), or unspecified (n=2). LVAD-related infections were restricted to the driveline exit site (n=17), had loco-regional extension (n=13), or reached the internal pump (n=3). The main bacteria isolated were Staphylococcus aureus (n=20), coagulase-negative staphylococci (n=7), Enterobacteriaceae (n=14), Pseudomonas aeruginosa (n=10) and Corynebacterium sp. (n=7), with polymicrobial infections in 19 cases. LVAD could be retained in all patients, with the use of prolonged antibacterial treatment in 34 (94%), and debridement in 17 (47%). One patient died due to LVAD-associated infection.Conclusions: LVAD-related infections are common after LVAD implantation, and may be controlled by prolonged antibiotic treatment. (C) 2017 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Published
2017

5. High intrapatient variability of tacrolimus exposure is associated with poorer outcomes after liver transplantation

Author

Tron, Camille, Rayar, M., Jezequel, C., Petitcollin, A., Houssel-Debry, P., Camus, C., Verdier, M., Sulpice, L., Bellissant, E., Boudjema, K., Lemaître, F., CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Tron, Camille, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV.SP.PHARMA] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

6. Place de la vaccination [Role of vaccination after COPD exacerbation]

Author

Pierre Tattevin, Matthieu Revest, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and L’actualisation des recommandations sur la BPCO est financée par la SPLF, promoteur de l’opération, sur ses fonds propres.

Subjects
Pulmonary and Respiratory Medicine, Gynecology, medicine.medical_specialty, vaccin, grippe, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], pneumocoque, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, BPCO, 030228 respiratory system, medicine, 030212 general & internal medicine, business
Abstract

National audience; Immunogénicité des vaccins antigrippaux chez les patients BPCODeux études se sont intéressées à la réponse humorale à la vaccination antigrippale chez les patients suivis pour une BPCO.

Published
2017

7. Purification, identification, and functional analysis of polysomes from the human pathogen Staphylococcus aureus

Author

Reynald Gillet, Marie-Laure Pinel-Marie, Régine Brielle, Brice Felden, Sophie Chat, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), We received financial support from the universities of Rennes, Bern, and Sherbrooke, as well as from the National Institute of health and medical research (Inserm), the National Center of Scientific Research (CNRS), the School of Pharmacy and Medical Sciences of Rennes University, and the French Medical Research Foundation (FRM)., Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
0301 basic medicine, Staphylococcus aureus, translation, Ribosome Subunits, Small, Bacterial, Ribosome Subunits, Large, Bacterial, Biology, Cell Fractionation, Ribosome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Translatome, 03 medical and health sciences, Polysome, Prokaryotic translation, Gene expression, Protein biosynthesis, Sucrose gradient purification, RNA, Messenger, Ribosome profiling, Molecular Biology, Electrophoresis, Agar Gel, Messenger RNA, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Translation (biology), Microscopy, Electron, 030104 developmental biology, Biochemistry, Polyribosomes, Protein Biosynthesis
Abstract

International audience; Polysomes are macromolecular complexes made up of multiple ribosomes simultaneously translating a single mRNA into polypeptide chains. Together, the cellular mRNAs translated in this way are referred to 'translatome.' Translation determines a cell's overall gene expression profile. Studying translatome leads to a better understanding of the translational machinery and of its complex regulatory pathways. Given its fundamental role in cell homeostasis and division, bacterial translation is an important target for antibiotics. However, there are no detailed protocols for polysome purification from Staphylococcus aureus, the human pathogen responsible for the majority of multi-drug resistance issues. We therefore developed methods for the isolation of active polysomes, ribosomes, and ribosomal subunits, examining the purity and quality of each fraction and monitoring polysomal activity during protein synthesis. These steps are mandatory for the use of purified S. aureus polysomes and ribosomes for structural studies or for genome-scale analysis of most translated mRNAs.

Published
2017

8. United we stand: Big roles for small RNA gene clusters

Author

Luc Paillard, Brice Felden, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Lefevre, Annick

Subjects
0301 basic medicine, Transposable element, Small RNA, Biology, RNA gene cluster, RNA evolution, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immunity, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, CRISPR, Bacteriophages, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, RNA, Small Interfering, Molecular Biology, Gene, Genetics, Effector, Eukaryota, RNA, 030104 developmental biology, Regulatory RNA, Prokaryotic Cells, Argonaute Proteins, Perspective, DNA Transposable Elements, Nucleic acid, CRISPR-Cas Systems, 030217 neurology & neurosurgery, Plasmids, RNA, Guide, Kinetoplastida
Abstract

International audience; Prokaryotes and eukaryotes evolved relatively similar RNA-based molecular mechanisms to fight potentially deleterious nucleic acids coming from phages, transposons, or viruses. Short RNAs guide effector complexes toward their targets to be silenced or eliminated. These short immunity RNAs are transcribed from clustered loci. Unexpectedly and strikingly, bacterial and eukaryotic immunity RNA clusters share substantial functional and mechanistic resemblances in fighting nucleic acid intruders.

Published
2017

9. Frozen elephant trunk procedure for extensive pneumococcal thoracic aortitis

Author

Matthieu Revest, Jean-François Heautot, Julien Guihaire, Jean-Philippe Verhoye, Hypertension arterielle pulmonaire physiopathologie et innovation thérapeutique, Centre chirurgical Marie Lannelongue-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de radiologie et imagerie médicale [Rennes] = Radiology [Rennes], Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes] = Thoracic and Cardiovascular Surgery [Rennes], Centre Chirurgical Marie Lannelongue (CCML)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
Pulmonary and Respiratory Medicine, Aortic arch, medicine.medical_specialty, Aortography, Elephant trunks, thoracic, Computed Tomography Angiography, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030204 cardiovascular system & hematology, 03 medical and health sciences, Aortic aneurysm, 0302 clinical medicine, Anti-bacterial agents, medicine.artery, medicine, Humans, Thoracic aorta, 030212 general & internal medicine, Aortitis, Infectious Arteritis, Aortic Aneurysm, Thoracic, medicine.diagnostic_test, business.industry, General Medicine, Middle Aged, medicine.disease, Blood vessel prosthesis implantation, 3. Good health, Surgery, Pneumococcal infections, Streptococcus pneumoniae, Treatment Outcome, Female, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business, Aneurysm, Infected, Delayed diagnosis
Abstract

International audience; Infectious arteritis is an insidious condition commonly associated with a long diagnostic delay. We report the management of extensive pneumococcal thoracic aortitis in a 64-year-old woman. The frozen elephant trunk procedure was performed to repair the aortic arch. Prolonged aortic wall cultures were positive for Streptococcus pneumoniae. Late follow-up imaging at 36 months demonstrated no sign of recurrence around the hybrid vascular graft in the thoracic aorta.

Published
2017

10. 'Mycobacterium massilipolynesiensis' sp nov., a rapidly-growing mycobacterium of medical interest related to Mycobacterium phlei

Author

Michel Drancourt, Didier Musso, Mohamed Sassi, Cédric Robert, Caroline Michelle, Michael Phelippeau, D. Aboubaker Osman, Shady Asmar, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and COMBE, Isabelle

Subjects
0301 basic medicine, Prophages, 030106 microbiology, Mycobacterium phlei, Genome, Article, Mycobacterium, 03 medical and health sciences, Nonribosomal peptide, Gene, Prophage, Phylogeny, chemistry.chemical_classification, Comparative genomics, Genetics, Multidisciplinary, biology, Chromosome Mapping, Molecular Sequence Annotation, Ribosomal RNA, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, 030104 developmental biology, chemistry, Genes, Bacterial, DNA, Circular, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Abstract

In French Polynesia, respiratory tract clinical isolate M26, displayed unusual phenotype and contradictory phylogenetic affiliations, suggesting a hitherto unidentified rapidly-growing Mycobacterium species. The phenotype of strain M26 was further characterized and its genome sequenced. Strain M26 genome consists in a 5,732,017-bp circular chromosome with a G + C% of 67.54%, comprising 5,500 protein-coding genes and 52 RNA genes (including two copies of the 16 S rRNA gene). One region coding for a putative prophage was also predicted. An intriguing characteristic of strain M26’s genome is the large number of genes encoding polyketide synthases and nonribosomal peptide synthases. Phylogenomic analysis showed that strain M26’s genome is closest to the Mycobacterium phlei genome with a 76.6% average nucleotide identity. Comparative genomics of 33 Mycobacterium genomes yielded 361 genes unique to M26 strain which functional annotation revealed 84.21% of unknown function and 3.88% encoding lipid transport and metabolism; while 48.87% of genes absent in M26 strain have unknown function, 9.5% are implicated in transcription and 19% are implicated in transport and metabolism. Strain M26’s unique phenotypic and genomic characteristics indicate it is representative of a new species named “Mycobacterium massilipolynesiensis”. Looking for mycobacteria in remote areas allows for the discovery of new Mycobacterium species.

Published
2017

11. Place de la vaccination [Role of vaccination after COPD exacerbation]

Author

Revest, Matthieu, Tattevin, Pierre, Jonchère, Laurent, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), L’actualisation des recommandations sur la BPCO est financée par la SPLF, promoteur de l’opération, sur ses fonds propres., Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], vaccin, BPCO, grippe, [SDV]Life Sciences [q-bio], pneumocoque
Abstract

National audience; Immunogénicité des vaccins antigrippaux chez les patients BPCODeux études se sont intéressées à la réponse humorale à la vaccination antigrippale chez les patients suivis pour une BPCO.

Published
2017

12. Dual Toxic-Peptide-Coding Staphylococcus aureus RNA under Antisense Regulation Targets Host Cells and Bacterial Rivals Unequally

Author

Marie-Laure Pinel-Marie, Régine Brielle, Brice Felden, Lefevre, Annick, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Inserm, Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Staphylococcus aureus, Erythrocytes, Bacterial Toxins, Molecular Sequence Data, Peptide, Biology, medicine.disease_cause, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Species Specificity, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, medicine, Humans, RNA, Antisense, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, RNA, Messenger, lcsh:QH301-705.5, Peptide sequence, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, Regulation of gene expression, 0303 health sciences, 030306 microbiology, RNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, Pathogenicity island, 3. Good health, Antisense RNA, lcsh:Biology (General), chemistry, Host-Pathogen Interactions, Pseudomonas aeruginosa, Bacteria, Bacterial Outer Membrane Proteins
Abstract

Summary: Produced from the pathogenicity islands of Staphylococcus aureus clinical isolates, stable SprG1 RNA encodes two peptides from a single internal reading frame. These two peptides accumulate at the membrane, and inducing their expression triggers S. aureus death. Replacement of the two initiation codons by termination signals reverses this toxicity. During growth, cis-antisense RNA SprF1 is expressed, preventing mortality by reducing SprG1 RNA and peptide levels. The peptides are secreted extracellularly, where they lyse human host erythrocytes, a process performed more efficiently by the longer peptide. The two peptides also inactivate Gram-negative and -positive bacteria, with the shorter peptide more effective against S. aureus rivals. Two peptides are secreted from an individual RNA containing two functional initiation codons. Thus, we present an unconventional type I toxin-antitoxin system expressed from a human pathogen producing two hemolytic and antibacterial peptides from a dual-coding RNA, negatively regulated by a dual-acting antisense RNA. : Pinel-Marie et al. present an unconventional type I toxin-antitoxin system expressed by Staphylococcus aureus. A dual-coding RNA produces two membrane and secreted toxic peptides by utilizing two initiation codons. Their expression is prevented by a dual-acting RNA antitoxin. The membrane peptides investigate programmed cell death inducing the release of virulence factors. The secreted peptides lyse host cells and competing bacteria to facilitate infections. Multiple initiation codons contribute to diversity through expression of peptide isoforms. In pathogens, programmed toxin expression could point to new antibacterials.

Published
2014
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13. Functional study of a type I toxin-antitoxin system expressed by Staphylococcus aureus and bacterial ribosome-associated regulatory RNA

Author

Brielle, Régine, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Rennes 1, Brice Felden, Marie-Laure Pinel-Marie, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes, and STAR, ABES

Subjects
Persistence, Staphylococcus aureus, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Regulatory RNA, Système toxine-Antitoxine, ARN régulateurs, Toxin-Antitoxin system, Persistance, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

Staphylococcus aureus is a major human pathogen responsible for nosocomial and community-acquired diseases. With the excessive use of antibiotics, incidence and emergence of multidrug-resistant strains of S. aureus have rapidly increased over the last decade and constitute a serious public health concern. The success of S. aureus as a pathogen is due to its ability to adapt quickly to new environment and to produce an arsenal of virulence factors whose expressions are regulated by proteins and regulatory RNA (regRNA). During my PhD thesis, we showed that RNAs sprG1 and SprF1 constitute a functional type I toxin-antitoxin system (TAS) where sprG1 encodes two toxic peptides. During normal growth conditions, toxin expression is regulated by the antitoxin SprF1 at transcriptional and/or post-transcriptional and translational level, allowing the pathogen to grow. Conversaly, when bacteria are confronted to global nutritive starvation, the antitoxin expression is repressed. This allows accumulation of the sprG1 toxin in cell and translation of both toxic peptides, PepG144 and PepG131, responsible for bacterial stasis. Interestingly, both secreted peptides are able to lyse competitor bacteria in the medium and human erythrocytes. We also showed that upon hyperosmotic stress, SprF1 directly binds ribosomes, probably though one or two ribosome-binding sites, to regulate overall protein synthesis and promote S. aureus persistence. These results suggest that SprF1 belongs to the new emerging class of regRNA regulating translation by direct ribosome-binding. The sprG1/SprF1 TAS is the first example of type I TAS where antitoxin is the leading player of the biological function., Staphylococcus aureus, est un pathogène humain majeur responsable d’infections nosocomiales et communautaires. Avec l’utilisation excessive des antibactériens, l’incidence et l’émergence de souches de S. aureus multi-résistantes aux antibiotiques ont augmenté rapidement depuis plusieurs années et constituent un véritable problème de santé publique. Le succès de S. aureus en tant que pathogène est lié à sa capacité à s’adapter rapidement à un nouvel environnement et à produire un arsenal de facteurs de virulence dont l’expression fait intervenir des protéines mais également des ARN régulateurs (ARNrég). Au cours de cette thèse, nous avons montré que les ARNrég sprG1 et SprF1 constitue un système toxine-antitoxine (STA) de type I fonctionnel où sprG1 code pour deux peptides toxiques. En condition normale de croissance, l’expression de la toxine est régulée par l’antitoxine SprF1 au niveau transcriptionnel et/ou post-transcriptionnel et traductionnel, permettant au pathogène S. aureus de croître normalement. En revanche, lorsque la bactérie est confrontée à une carence nutritive globale, l’expression de l’antitoxine est réprimée, laissant ainsi la toxine sprG1 s’accumuler dans la cellule et traduire les peptides toxiques PepG144 et PepG131, responsables de la stase bactérienne. Les deux peptides sécrétés sont capables de lyser les bactéries compétitrices présentes dans le milieu et les érythrocytes humains. Nous avons également montré, qu’en condition de stress hyperosmotique, SprF1 fixe directement les ribosomes, probablement par l’intermédiaire d’un ou de deux sites de fixation aux ribosomes, afin de réguler la synthèse protéique globale et de favoriser la persistance de S. aureus. Ces résultats montrent que SprF1 appartient à une nouvelle classe émergente d’ARNrég régulant la traduction par fixation directe sur le ribosome. Le STA sprG1/SprF1 est le premier exemple de STA de type I où l’antitoxine est le principal acteur de la fonction biologique.

Published
2016

14. Bon usage des antibiotiques : quoi de neuf ? [Antibiotic stewardship: What's new?]

Author

Castan , B., Lesprit , P., Alfandari , S., Bonnet , E., Diamantis , S., Gauzit , R., Kernéis , S., Leroy , J., Lescure , F. X., Mondain , V., Pavese , P., Rabaud , C., Stahl , J. P., Tattevin , P., Roblot , F., Pulcini , C., Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Médecine interne [ Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre hospitalier universitaire de Poitiers ( CHU Poitiers ), Pharmacologie des anti-infectieux, Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy )

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

National audience; À l’occasion de la journée européenne des antibiotiques [1] et de la semaine mondiale sur les antibiotiques [2], la SPILF a publié, en 2015 un point sur les nouveautés en matière de programmes de bon usage des antibiotiques [3]. Ce nouvel éditorial publié à l’occasion de la journée 2016 veut s’inscrire dans cette même tradition.

Published
2016

15. Bon usage des antibiotiques : quoi de neuf ?

Author

Castan, B., Lesprit, P., Alfandari, S., Bonnet, E., Diamantis, S., Gauzit, R., Kernéis, S., Leroy, J., Lescure, F. X., Mondain, V., Pavese, P., Rabaud, C., Stahl, J. P., Tattevin, P., Roblot, F., Pulcini, C., Centre hospitalier de Castelluccio (Ajaccio) (CHD Castelluccio), Hôpital Foch [Suresnes], Centre Hospitalier de Tourcoing, Hôpital Joseph Ducuing, Centre Hospitalier de Melun, Service de réanimation médicale polyvalente [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biostatistique, Biomathématique, Pharmacoépidémiologie et Maladies Infectieuses (B2PHI), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpitaux Universitaires de Besançon, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Unité des Maladies Infectieuses [CHU Grenoble-Alpes], Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Fédération française d'infectiologie, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Médecine interne [ Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)

Subjects
Antimicrobial Stewardship, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, International Cooperation, Practice Guidelines as Topic, France, Societies, Medical
Abstract

National audience; À l’occasion de la journée européenne des antibiotiques et de la semaine mondiale sur les antibiotiques, la SPILF a publié, en 2015 un point sur les nouveautés en matière de programmes de bon usage des antibiotiques. Ce nouvel éditorial publié à l’occasion de la journée 2016 veut s’inscrire dans cette même tradition.

Published
2016

16. Factors associated with 12 week case-fatality in Staphylococcus aureus bacteraemia: a prospective cohort study

Author

P. Braquet, F. Alla, C. Cornu, F. Goehringer, L. Piroth, C. Chirouze, M. Revest, C. Lechiche, X. Duval, V. Le Moing, Catherine Chirouze, Elodie Curlier, Cécile Descottes-Genon, Bruno Hoen, Isabelle Patry, Lucie Vettoretti, Pascal Chavanet, Jean-Christophe Eicher, Marie-Christine Greusard, Catherine Neuwirth, André Péchinot, Lionel Piroth, Marie Célard, Catherine Cornu, François Delahaye, Malika Hadid, Pascale Rausch, Audrey Coma, Florence Galtier, Philippe Géraud, Hélène Jean-Pierre, Vincent Le Moing, Catherine Sportouch, Jacques Reynes, Nejla Aissa, Thanh Doco-Lecompte, François Goehringer, Nathalie Keil, Lorraine Letranchant, Hepher Malela, Thierry May, Christine Selton-Suty, Nathalie Bedos, Jean-Philippe Lavigne, Catherine Lechiche, Albert Sotto, Xavier Duval, Emila Ilic Habensus, Bernard Iung, Catherine Leport, Pascale Longuet, Raymond Ruimy, Eric Bellissant, Pierre-Yves Donnio, Fabienne Le Gac, Christian Michelet, Matthieu Revest, Pierre Tattevin, Elise Thebault, François Alla, Pierre Braquet, Marie-Line Erpelding, Laetitia Minary, Michèle Bès, Jérôme Etienne, Anne Tristan, François Vandenesch, Alex Van Belkum, Willem Vanwamel, CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre d'Investigation Clinique - Innovation Technologique [Nancy] (CIC-IT), Centre d'investigation clinique [Nancy] (CIC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Evaluation et modélisation des effets thérapeutiques, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CIC CHU Lyon (inserm), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERA CIC, Hôpital Bichat - Claude Bernard, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses ( TransVIHMI ), Université de Montpellier ( UM ) -Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cheikh Anta Diop ( UCAD ) -Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre d'Investigation Clinique - Innovation Technologique ( CIC-IT ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nîmes ( CHRU Nîmes ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Centre d'Investigation Clinique - Innovation Technologique (CIC-IT), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nîmes (CHRU Nîmes), and Jonchère, Laurent

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), Male, medicine.medical_specialty, Staphylococcus aureus, medicine.drug_class, 030106 microbiology, Antibiotics, Bacteremia, Penicillins, Prognostic factors, Tertiary Care Centers, 03 medical and health sciences, Interquartile range, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Vancomycin, Internal medicine, Case fatality rate, medicine, Humans, Blood culture, Prospective Studies, Prospective cohort study, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Aged, Antistaphylococcal penicillins, Cross Infection, medicine.diagnostic_test, business.industry, Septic shock, General Medicine, Middle Aged, Staphylococcal Infections, medicine.disease, Prognosis, Survival Analysis, 3. Good health, Surgery, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Bacteraemia, Antistaphylococcal penicillin, Female, France, business, medicine.drug
Abstract

International audience; Staphylococcus aureus bacteraemia (SAB) is a frequent and deadly disease. Given the lack of a randomized trial, optimal first-line antibiotic treatment is still debated. Our aim was to identify prognostic factors in SAB patients and to analyse the impact of first-line antibiotics. The VIRSTA prospective cohort study was conducted in eight tertiary care centres in France. Consecutive incident adults in whom a blood culture drawn in participating centres grew S. aureus between April 2009 and October 2011 were prospectively followed for 12 weeks. Factors associated with 12-week case-fatality were identified by multivariate logistic regression. We enrolled 2091 patients and analysed survival in 1972 (median age 67.8 years, interquartile range 55.5–78.9; females 692/1972, 35.1%). SAB was nosocomial or healthcare-related in 1372/1972 (69.6%) of cases and the primary focus was unknown in 414/1972 (21.0%) of cases. Week 12 case-fatality rate was 671/1972 (34.0%). The main independent prognostic factors on multivariate analysis were age (adjusted OR by 10-year increment 1.56; 95% CI 1.44–1.69), septic shock (OR 5.11; 95% CI 3.84–6.80), metastatic cancer (OR 4.28; 95% CI 2.88–6.38), and unknown primary focus (OR 2.62; 95% CI 2.02–3.41). In the 1538 patients with methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) bacteraemia, first-line empiric antistaphylococcal penicillins (OR 0.40; 95% CI 0.17–0.95) and vancomycin (OR 0.37; 95% CI 0.17–0.83), alone or combined with an aminoglycoside, were associated with better outcome compared with other antibiotics. There are few modifiable prognostic factors for SAB. Initiating empiric antibiotics with antistaphylococcal penicillins or vancomycin may be associated with better outcome in MSSA bacteraemia. © 2016 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases

Published
2016

17. Position de la Société de pathologie infectieuse de langue française à propos de la maladie de Lyme [Lyme disease: The French Infectious Diseases Society's statement]

Author

Hansmann, Y., Chirouze, C., Tattevin, Pierre, Alfandari, S., Caumes, E., Christmann, D., Salomon, J., Michelet, C., Rabaud, C., Roblot, F., Service de maladies infectieuses et tropicales, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Médecine interne [ Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

National audience; La maladie de Lyme fait l’objet d’une médiatisation importante. De nombreux articles et émissions de radio et de télévision ont contribué à renforcer un sentiment d’état d’alerte concernant cette maladie. L’une des demandes principales des patients est de bénéficier d’une reconnaissance et d’une prise en charge adaptée de leur infection...

Published
2016

18. Staphylococcus aureus Regulatory RNAs as Potential Biomarkers for Bloodstream Infections

Author

Pierre Tattevin, Pierre-Yves Donnio, Mohamed Sassi, Valérie Bordeau, Matthieu Revest, Brice Felden, Octavie Rostan, Anne Cady, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (grant to B.F.)Region Bretagne (grants SAD SARS #8254 and SAD SARS_2 #9181)., Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Lefevre, Annick

Subjects
0301 basic medicine, bloodstream infections, Epidemiology, RNAIII, lcsh:Medicine, Bacteremia, multilocus sequence typing, medicine.disease_cause, Staphylococcus aureus Regulatory RNAs as Potential Biomarkers for Bloodstream Infections, sepsis, immune evasion protein, bacteria, Pathogen, Phylogeny, small pathogenicity island RNAs, musculoskeletal, neural, and ocular physiology, spr RNAs, Staphylococcal Infections, 3. Good health, RNA, Bacterial, Infectious Diseases, Staphylococcus aureus, RNA, Viral, Microbiology (medical), nasal carrier, regulatory RNAs, Virulence Factors, 030106 microbiology, Virulence, macromolecular substances, Biology, Staphylococcal infections, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Microbiology, Sepsis, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, small RNAs, medicine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Humans, lcsh:RC109-216, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, transfer–messenger RNA, staphylococci, Research, lcsh:R, biomarkers, Gene Expression Regulation, Bacterial, medicine.disease, small pathogenicity island RNA, Pathogenicity island, Virology, spa typing, second immunoglobulin-binding protein, nasal colonization, nervous system, Asymptomatic Diseases, septic shock, S. aureus protein A typing
Abstract

These RNAs predict disease severity and provide targets for therapeutic approaches., Staphylococcus aureus is a commensal bacterium and pathogen. Identifying biomarkers for the transition from colonization to disease caused by this organism would be useful. Several S. aureus small RNAs (sRNAs) regulate virulence. We investigated presence and expression of 8 sRNAs in 83 S. aureus strains from 42 patients with sepsis or septic shock and 41 asymptomatic colonized carriers. Small pathogenicity island sRNAs sprB and sprC were clade specific. Six sRNAs had variable expression not correlated with clinical status. Expression of RNAIII was lower in strains from septic shock patients than in strains from colonized patients. When RNAIII was associated with expression of sprD, colonizing strains could be discriminated from strains in patients with bloodstream infections, including patients with sepsis and septic shock. Isolates associated with colonization might have sRNAs with target expression different from those of disease isolates. Monitoring expression of RNAIII and sprD could help determine severity of bloodstream infections.

Published
2016

19. Des lésions osseuses diffuses [Disseminated bone lesions]

Author

Allain, J.-S., Bernard, M., Icard, N., Gatey, C., Molina, J. -M., Tas, P., Leyer, C., Fillatre, P., Tattevin, P., Houot, R, CHU Pontchaillou [Rennes], CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Pharmacologie [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Chemotherapy-induced febrile neutropenia, Mycobacterium fortuitum, [SDV]Life Sciences [q-bio], Myelodysplastic
Abstract

National audience; Un homme, âgé de 55 ans, sans antécédent, consultait pour une bicytopénie découverte lors d’un bilan d’asthénie : thrombopénie à 90 000/mm3, neutropénie à 650/mm3. Les explorations permettaient le diagnostic d’une myélodysplasie de type anémie réfractaire avec excès de blastes (AREB-2) à caryotype normal. Après discussion collégiale, une chimiothérapie intensive d’induction était réalisée en secteur protégé puis suivie d’une chimiothérapie de rattrapage en raison d’un excès blastique sur le myélogramme de contrôle au 15e jour. L’aplasie durait 33 jours et était marquée par l’apparition d’une fièvre hectique prolongée...

Published
2016

20. Ten key points for the appropriate use of antibiotics in hospitalised patients: a consensus from the Antimicrobial Stewardship and Resistance Working Groups of the International Society of Chemotherapy

Author

Ian Gould, Heiman F. L. Wertheim, Pierre Tattevin, Serhat Ünal, Shaheen Mehtar, Carlos F. Amábile-Cuevas, Leonardo Pagani, Lilian M. Abbo, Gabriel Levy Hara, Souha S. Kanj, Fernando Lopes Cardoso, Andrea Endimiani, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Societies, Scientific, 0301 basic medicine, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Consensus, medicine.drug_class, 030106 microbiology, Antibiotics, Drug resistance, Antimicrobial stewardship, Antimicrobial resistance, 03 medical and health sciences, Pharmacotherapy, Antibiotic resistance, Drug Therapy, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Humans, Infection control, Medicine, Pharmacology (medical), Hospital pharmacy, Combination therapy, Intensive care medicine, Inpatients, business.industry, Bacterial Infections, General Medicine, Prudent use of antibiotics, Antimicrobial, Drug Utilization, Hospitals, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Infectious Diseases, lnfectious Diseases and Global Health Radboud Institute for Health Sciences [Radboudumc 4], business
Abstract

International audience; The Antibiotic Stewardship and Resistance Working Groups of the International Society for Chemotherapy propose ten key points for the appropriate use of antibiotics in hospital settings. (i) Get appropriate microbiological samples before antibiotic administration and carefully interpret the results: in the absence of clinical signs of infection, colonisation rarely requires antimicrobial treatment. (ii) Avoid the use of antibiotics to ‘treat’ fever: use them to treat infections, and investigate the root cause of fever prior to starting treatment. (iii) Start empirical antibiotic treatment after taking cultures, tailoring it to the site of infection, risk factors for multidrug-resistant bacteria, and the local microbiology and susceptibility patterns. (iv) Prescribe drugs at their optimal dosing and for an appropriate duration, adapted to each clinical situation and patient characteristics. (v) Use antibiotic combinations only where the current evidence suggests some benefit. (vi) When possible, avoid antibiotics with a higher likelihood of promoting drug resistance or hospital-acquired infections, or use them only as a last resort. (vii) Drain the infected foci quickly and remove all potentially or proven infected devices: control the infection source. (viii) Always try to de-escalate/streamline antibiotic treatment according to the clinical situation and the microbiological results. (ix) Stop unnecessarily prescribed antibiotics once the absence of infection is likely. And (x) Do not work alone: set up local teams with an infectious diseases specialist, clinical microbiologist, hospital pharmacist, infection control practitioner or hospital epidemiologist, and comply with hospital antibiotic policies and guidelines. © 2016

Published
2016

21. Traitement par ECMO d'une pneumopathie nécrosante à Staphylococcus aureus producteur de la leucocidine de Panton-Valentine [Extracorporeal circuit for Panton-Valentine leukocidin-producing Staphylococcus aureus necrotizing pneumonia]

Author

Lavoue, S., Le Gac, G., Gacouin, A., Revest, M., Sohier, L., Mouline, J., Jouneau, S., Flécher, E., Tattevin, P., Tadié, J.-M., Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de pneumologie [Lorient], Groupe Hospitalier Bretagne Sud (GHBS), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes] = Thoracic and Cardiovascular Surgery [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, surgical procedures, operative, Acute respiratory distress syndrome, Syndrome de détresse respiratoire aiguë, Staphylococcus aureus producteur de la leucocidine de Panton-Valentine, Panton-Valentine leukocidin-producing Staphylococcus aureus, Pneumopathie à Staphylococcus aureus, ECMO, Staphylococcal pneumonia
Abstract

International audience; Objective To describe two cases of Panton-Valentine leukocidin-producing Staphylococcus aureus (PVL-SA) necrotizing pneumonia treated with ECMO, and complete pulmonary evaluation at six months. Methods Retrospective analysis of two patients presenting with severe PVL-SA pneumonia who both underwent complete respiratory function testing and chest CT scan six months after hospital discharge. Results Indications for ECMO were refractory hypoxia and left ventricular dysfunction associated with right ventricular dilatation. Patients were weaned off ECMO after 52 and 5 days. No ECMO-related hemorrhagic complication was observed. Pulmonary function tests performed at six months were normal and the CT scan showed complete regression of pulmonary injuries. Conclusion PVL-SA pneumonia is characterized by extensive parenchymal injuries, including necrotic and hemorrhagic complications. ECMO may be used as a salvage treatment without any associated hemorrhagic complication, provided anticoagulant therapy is carefully monitored, and may lead to complete pulmonary recovery at six months. © 2016 Elsevier Masson SAS

Published
2016

22. Genomic insights into the emergence and spread of international clones of healthcare-, community- and livestock-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus: Blurring of the traditional definitions

Author

Graeme R. Nimmo, Geoffrey W. Coombs, Robert Skov, Matthew T. G. Holden, Jodi A. Lindsay, A.M. Bal, Pierre Tattevin, Department of Medical Microbiology, Crosshouse Hospital, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, 0301 basic medicine, Microbiology (medical), MRSA epidemiology, medicine.medical_specialty, Livestock, medicine.drug_class, 030106 microbiology, Immunology, Antibiotics, Genomics, medicine.disease_cause, Staphylococcal infections, Microbiology, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Epidemiology, medicine, Animals, Humans, Immunology and Allergy, Genetics, Whole genome sequencing, Whole-genome sequencing, business.industry, MRSA clones, Outbreak, Staphylococcal Infections, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, medicine.disease, bacterial infections and mycoses, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, 3. Good health, Community-Acquired Infections, Staphylococcus aureus, business
Abstract

International audience; The evolution of meticillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) from meticillin-susceptible S. aureus has been a result of the accumulation of genetic elements under selection pressure from antibiotics. The traditional classification of MRSA into healthcare-associated MRSA (HA-MRSA) and community-associated MRSA (CA-MRSA) is no longer relevant as there is significant overlap of identical clones between these groups, with an increasing recognition of human infection caused by livestock-associated MRSA (LA-MRSA). Genomic studies have enabled us to model the epidemiology of MRSA along these lines. In this review, we discuss the clinical relevance of genomic studies, particularly whole-genome sequencing, in the investigation of outbreaks. We also discuss the blurring of each of the three epidemiological groups (HA-MRSA, CA-MRSA and LA-MRSA), demonstrating the limited relevance of this classification. © 2016 International Society for Chemotherapy of Infection and Cancer. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

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2016

23. Characteristics and prognosis of pneumococcal endocarditis: a case-control study

Author

Matthieu Revest, Sylvain Lavoué, Magalie Daudin, Jean-Claude Daubert, Anthony Chapron, Pierre Tattevin, Bernard Lelong, Anne Ingels, Erwan Flecher, Caroline Piau, CIC-IT Rennes, Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes] = Thoracic and Cardiovascular Surgery [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Réanimation Médicale, Pontchaillou, CHU Rennes, France, Service de cardiologie et maladies vasculaires [Rennes] = Cardiac, Thoracic, and Vascular Surgery [Rennes], Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Jonchère, Laurent

Subjects
Microbiology (medical), Adult, Male, medicine.medical_specialty, Heart failure, 030204 cardiovascular system & hematology, medicine.disease_cause, Pneumococcal Infections, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Internal medicine, Streptococcus pneumoniae, medicine, Endocarditis, Humans, 030212 general & internal medicine, Cardiac Surgical Procedures, Aged, Aged, 80 and over, business.industry, Mortality rate, Case-control study, General Medicine, Middle Aged, Cardiac surgery, medicine.disease, Prognosis, Survival Analysis, Hospitals, 3. Good health, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Pneumococcal infections, Infectious Diseases, Treatment Outcome, Case-Control Studies, Cardiology, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Female, business, Rare disease
Abstract

International audience; Case series have suggested that pneumococcal endocarditis is a rare disease, mostly reported in patients with comorbidities but no underlying valve disease, with a rapid progression to heart failure, and high mortality. We performed a case-control study of 28 patients with pneumococal endocarditis (cases), and 56 patients with non-pneumococcal endocarditis (controls), not matched on sex and age, during years 1991-2013, in one referral center. Alcoholism (39.3% vs. 10.7%; P

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2016

24. How to Optimize the Use of Blood Cultures for the Diagnosis of Bloodstream Infections? A State-of-the Art

Author

Jean-Jacques Parienti, Pierre Tattevin, Sylvie Dargère, Maiken Cavling Arendrup, Brigitte Lamy, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Unité de Biostatistique et de Recherche Clinique (UBRC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, First line, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, lcsh:QR1-502, specificity, bloodstream infection, Review, blood culture, Microbiology, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, contamination, Bloodstream infection, Medicine, Blood culture, 030212 general & internal medicine, single sampling strategy, Intensive care medicine, Cause of death, medicine.diagnostic_test, business.industry, Blood collection, Gold standard (test), sensitivity, 3. Good health, multi-sampling strategy, Immunology, Public Health, business
Abstract

Bloodstream infection (BSI) is a major cause of death in developed countries and the detection of microorganisms is essential in managing patients. Despite major progress has been made to improve identification of microorganisms, blood culture remains the gold standard and the first line tool for detecting BSIs. Consensus guidelines are available to ensure optimal BSI procedures, but blood culture practices often deviate from the recommendations. This review provides an update on clinical and technical issues related to blood collection and to blood culture performance, with a special focus on the blood sample strategy to optimize the sensitivity and specificity of blood cultures.

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2016
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25. Pneumocystose chez les patients immunodéprimés non infectés par le VIH [Pneumocystosis in non-HIV-infected immunocompromised patients]

Author

Fillatre, P., Revest, M., Belaz, S., Robert-Gangneux, F., Zahar, J. -R., Roblot, F., Tattevin, P., Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Pharmacologie [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Département de Pharmacologie-Toxicologie [CHU Angers], Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Médecine interne [ Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Jonchère, Laurent

Subjects
Transplantation d’organe solide, Vasculitis, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Trimethoprim-sulfamethoxazole, [SDV]Life Sciences [q-bio], HIV, VIH, Pneumocystis jiroveci, Inflammatory diseases, Vascularite, [SDV] Life Sciences [q-bio], Solid organ transplant, Hematological malignancy, Triméthoprime-sulfaméthoxazole, Maladies systémiques, Hémopathie maligne, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

National audience; Pneumocystis jiroveci (formerly P. carinii) is an opportunistic fungus responsible for pneumonia in immunocompromised patients. Pneumocystosis in non-HIV-infected patients differs from AIDS-associated pneumocystosis in mostly two aspects: diagnosis is more difficult, and prognosis is worse. Hence, efforts should be made to target immunocompromised patients at higher risk of pneumocystosis, so that they are prescribed long-term, low-dose, trimethoprime-sulfamethoxazole, highly effective for pneumocystosis prophylaxis. Patients at highest risk include those with medium and small vessels vasculitis, lymphoproliferative B disorders (chronic or acute lymphocytic leukaemia, non-Hodgkin lymphoma), and solid cancer on long-term corticosteroids. Conversely, widespread use of prophylaxis in all patients carrier of inflammatory diseases on long-term corticosteroids is not warranted. The management of pneumocystosis in non-AIDS immunocompromised patients follows the rules established for AIDS patients. The diagnosis relies on the detection of P. jiroveci cyst on respiratory samples, while PCR does not reliably discriminate infection from colonization, in 2015. High-doses trimethoprim-sulfamethoxazole is, by far, the treatment of choice. The benefit of adjuvant corticosteroid therapy for hypoxic patients, well documented in AIDS patients, has a much lower level of evidence in non-HIV-infected patients, most of them being already on corticosteroid by the time of pneumocystosis diagnosis anyway. However, based on its striking impact on morbi-mortality in AIDS patients, adjuvant corticosteroid is recommended in hypoxic, non-HIV-infected patients with pneumocystosis by many experts and scientific societies.

Published
2016

26. The VIRSTA score, a prediction score to estimate risk of infective endocarditis and determine priority for echocardiography in patients with Staphylococcus aureus bacteremia

Author

Pierre Tattevin, Vincent Le Moing, Jean-Philippe Lavigne, Xavier Duval, Bruno Hoen, François Alla, François Vandenesch, Marie-Line Erpelding, Bernard Iung, Lionel Piroth, Catherine Chirouze, François Delahaye, Christine Selton-Suty, Sarah Tubiana, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), CIC Hôpital Bichat, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Centre d'Investigation Clinique - Epidemiologie Clinique/essais Cliniques Nancy, Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hopital Cardio-Thoracique et Vasculaire Louis Pradel, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Département d'infectiologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Virulence bactérienne et maladies infectieuses (VBMI), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU de Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Programme hospitalier de Recherche clinique (PHRC, French ministry of Health) and Inserm., Cholley, Pascal, Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Virulence bactérienne et maladies infectieuses, Université de Montpellier ( UM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, medicine.medical_treatment, Bacteremia, Hospitals, University, 0302 clinical medicine, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Interquartile range, Vertebral osteomyelitis, 030212 general & internal medicine, Longitudinal Studies, Prospective Studies, Child, biology, Endocarditis, Heart, Middle Aged, Staphylococcal Infections, Implantable cardioverter-defibrillator, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Echocardiography, Infective endocarditis, Child, Preschool, Prognostic score, France, Meningitis, VIRSTA score, Microbiology (medical), Adult, medicine.medical_specialty, Staphylococcus aureus, Adolescent, 030106 microbiology, Risk Assessment, Decision Support Techniques, 03 medical and health sciences, Young Adult, Internal medicine, medicine, Humans, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Aged, business.industry, C-reactive protein, medicine.disease, Confidence interval, Surgery, biology.protein, Staphylococcus aureus bacteremia, business
Abstract

International audience; Objectives - To develop and validate a prediction score, to quantify, within 48 h of Staphylococcus aureus bacteremia (SAB) diagnosis, the risk of IE, and therefore determine priority for urgent echocardiography. Methods - Consecutive adult patients with SAB in 8 French university hospitals between 2009 and 2011 were prospectively enrolled and followed-up 3 months. A predictive model was developed and internally validated using bootstrap procedures. Results - Among the 2008 patients enrolled, 221 (11.0%) had definite IE of whom 39 (17.6%) underwent valve surgery, 25% of them within 6 days of SAB diagnosis. Ten predictors independently associated with IE were used to build up the prediction score: intracardiac device or previous IE, native valve disease, intravenous drug use, community or non-nosocomial-acquisition, cerebral or extracerebral emboli, vertebral osteomyelitis, severe sepsis, meningitis, C-reactive protein above 190 mg/L, and H48-persistent bacteremia. Patients with a score ≤2 (n = 792, 39.4%) were at low IE-risk (1.1%; negative predictive value: 98.8% (95% CI, 98.4-99.4)) compared to those ≥3 who were at higher risk (17.4%). Conclusions - Physicians must be strongly encouraged to urgently perform echocardiography in SAB patients with a score ≥3 to establish IE diagnosis, to orient antimicrobial therapy and to help determine the need for valvular surgery.

Published
2016

27. Inverse correlation between salt tolerance and host-adaptation in mycobacteria

Author

Michael Phelippeau, Michel Drancourt, Mohamed Sassi, Shady Asmar, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), None, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Culture, Salt, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Microbiology, Mycobacterium, 03 medical and health sciences, Bacterial Proteins, Species Specificity, parasitic diseases, Environmental Microbiology, Cluster Analysis, Humans, Inverse correlation, Medicine(all), Bacteriological Techniques, Mycobacterium Infections, biology, Obligate, Biochemistry, Genetics and Molecular Biology(all), Mycobacterium canettii, Salt Tolerance, Sequence Analysis, DNA, General Medicine, Mycobacterium tuberculosis, biology.organism_classification, Adaptation, Physiological, 3. Good health, 030104 developmental biology, Genes, Bacterial, Host-Pathogen Interactions, Host adaptation, Mycobacterium species, Genome, Bacterial, Research Article
Abstract

International audience; BACKGROUND: The genus Mycobacterium includes host-adapted organisms regarded as obligate and opportunistic pathogens and environmental organisms. Factors contributing to this wide range of adaptations are poorly known. RESULTS: We studied the salt tolerance of 46 Mycobacterium species of medical interest. Representative strains of the Mycobacterium tuberculosis complex, Mycobacterium avium complex, Mycobacterium chelonae-abscessus complex, Mycobacterium ulcerans, Mycobacterium marinum, Mycobacterium lentiflavum, Mycobacterium fortuitum and Mycobacterium conceptionense were inoculated on Middlebrook 7H10 medium supplemented with 0-10 % sodium chloride. Colonies were counted after 2-4 week incubation at the appropriate 30-37 °C temperature depending on the tested strain. Further comparative genomics was done on 15 Mycobacterium strains representing the spectrum of salt-tolerance of mycobacteria. Based on the results the different species were grouped according to their salt tolerance into a "salt-sensitive" group (growth up to ≤3 % salt) containing the M. tuberculosis complex, Mycobacterium chelonae, Mycobacterium lentiflavum, Mycobacterium ulcerans and Mycobacterium marinum; a "salt-intermediate" group (growth between 4 and 6 % salt) comprising Mycobacterium avium, Mycobacterium intracellulare, Mycobacterium chimaera and a "salt-resistant" group (growth up to \textgreater6 %) comprising Mycobacterium homonissuis, Mycobacterium bolettii, Mycobacterium fortuitum and Mycobacterium conceptionense. Genomic analysis revealed that 290 genes were unique to species belonging to the salt-sensitive group; and that 15 % were annotated as being functionally associated with the ESX secretion systems Pro-Glu and Pro-Pro-Glu family proteins. CONCLUSIONS: In this work we found an inverse correlation between salt tolerance and host adaptation. We thus propose that salinity is one of the multiple factors determining the ecological niches of mycobacteria

Published
2016

28. Les endocardites fongiques : mise au point [Fungal endocarditis: An update]

Author

Fillatre, P., Revest, M., Tattevin, P., Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Pharmacologie [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases
Abstract

National audience; While it used to affect mostly intravenous drug users and patients who underwent cardiac surgery, during the years 1965-1995’s, fungal endocarditis is currently mostly observed in severely immunocompromised patients, with chronic central venous access and/or broad-spectrum antibiotic use, or total parenteral nutrition. The requirement of specific blood culture bottles for fungus has virtually disappeared, thanks to the optimization of automated blood culture systems. Meanwhile, the advent of several blood tests for invasive mycosis–galactomannan for invasive aspergillosis, mannan/anti-mannan antibodies for candidemia and β-1,3-D glucans for any invasive mycosis–shall improve sensitivity, and reduce diagnosis delay, although limited data are available on their yield for the diagnosis of fungal endocarditis. New antifungal agents available since the early 2000s probably represent dramatic improvement for fungal endocarditis: 1) a new class, echinocandins, has the potential to improve the management of Candida sp. endocarditis, due to its fungicidal effect on yeasts, and the tolerability of increased doses; 2) voriconazole improved survival in patients with invasive aspergillosis, as compared to amphotericin B, and this achievement may apply to Aspergillus sp. endocarditis as well, although the prognosis of these latter remains dismal and largely dependent on cardiac surgery. © 2016, Société de réanimation de langue française (SRLF) and Springer-Verlag France.

Published
2016

29. Validated Risk Score for Predicting 6-Month Mortality in Infective Endocarditis

Author

Lawrence P. Park, Vivian H. Chu, Gail Peterson, Athanasios Skoutelis, Tatjana Lejko‐Zupa, Emilio Bouza, Pierre Tattevin, Gilbert Habib, Ren Tan, Javier Gonzalez, Javier Altclas, Jameela Edathodu, Claudio Querido Fortes, Rinaldo Focaccia Siciliano, Orathai Pachirat, Souha Kanj, Andrew Wang, Liliana Clara, Marisa Sanchez, José Casabé, Claudia Cortes, Francisco Nacinovich, Pablo Fernandez Oses, Ricardo Ronderos, Adriana Sucari, Jorge Thierer, Silvia Kogan, Denis Spelman, Eugene Athan, Owen Harris, Karina Kennedy, David Gordon, Lito Papanicolas, Tony Korman, Despina Kotsanas, Robyn Dever, Phillip Jones, Pam Konecny, Richard Lawrence, David Rees, Suzanne Ryan, Michael P. Feneley, John Harkness, Jeffrey Post, Porl Reinbott, Rainer Gattringer, Franz Wiesbauer, Adriana Ribas Andrade, Ana Cláudia Passos de Brito, Armenio Costa Guimarães, Max Grinberg, Alfredo José Mansur, Tania Mara Varejao Strabelli, Marcelo Luiz Campos Vieira, Regina Aparecida de Medeiros Tranchesi, Marcelo Goulart Paiva, Auristela de Oliveira Ramos, Clara Weksler, Giovanna Ferraiuoli, Wilma Golebiovski, Cristiane Lamas, James A. Karlowsky, Yoav Keynan, Andrew M. Morris, Ethan Rubinstein, Sandra Braun Jones, Patricia Garcia, Alberto Fica, Rodrigo Montagna Mella, Ricardo Fernandez, Liliana Franco, Astrid Natalia Jaramillo, Bruno Barsic, Suzana Bukovski, Vladimir Krajinovic, Ana Pangercic, Igor Rudez, Josip Vincelj, Tomas Freiberger, Jiri Pol, Barbora Zaloudikova, Zainab Ashour, Amani El Kholy, Marwa Mishaal, Dina Osama, Hussien Rizk, Neijla Aissa, Corentine Alauzet, Francois Alla, Catherine Campagnac, Thanh Doco‐Lecompte, Christine Selton‐Suty, Jean‐Paul Casalta, Pierre‐Edouard Fournier, Didier Raoult, Franck Thuny, Francois Delahaye, Armelle Delahaye, Francois Vandenesch, Erwan Donal, Pierre Yves Donnio, Erwan Flecher, Christian Michelet, Matthieu Revest, Florent Chevalier, Antoine Jeu, Jean Paul Rémadi, Dan Rusinaru, Christophe Tribouilloy, Yvette Bernard, Catherine Chirouze, Bruno Hoen, Joel Leroy, Patrick Plesiat, Christoph Naber, Carl Neuerburg, Bahram Mazaheri, Sophia Athanasia, Ioannis Deliolanis, Helen Giamarellou, Tsaganos Thomas, Efthymia Giannitsioti, Elena Mylona, Olga Paniara, Konstantinos Papanicolaou, John Pyros, Konstantinos Papanikolaou, Gautam Sharma, Johnson Francis, Lathi Nair, Vinod Thomas, Krishnan Venugopal, Margaret M. Hannan, John P. Hurley, Amos Cahan, Dan Gilon, Sarah Israel, Maya Korem, Jacob Strahilevitz, Emanuele Durante‐Mangoni, Irene Mattucci, Daniela Pinto, Federica Agrusta, Alessandra Senese, Enrico Ragone, Riccardo Utili, Enrico Cecchi, Francesco De Rosa, Davide Forno, Massimo Imazio, Rita Trinchero, Paolo Grossi, Mariangela Lattanzio, Antonio Toniolo, Antonio Goglio, Annibale Raglio, Veronica Ravasio, Marco Rizzi, Fredy Suter, Giampiero Carosi, Silvia Magri, Liana Signorini, Zeina Kanafani, Souha S. Kanj, Ahmad Sharif‐Yakan, Imran Abidin, Syahidah Syed Tamin, Eduardo Rivera Martínez, Gabriel Israel Soto Nieto, Jan T.M. van der Meer, Stephen Chambers, David Holland, Arthur Morris, Nigel Raymond, Kerry Read, David R. Murdoch, Stefan Dragulescu, Adina Ionac, Cristian Mornos, O.M. Butkevich, Natalia Chipigina, Ozerecky Kirill, Kulichenko Vadim, Tatiana Vinogradova, Magid Halim, Yee‐Yun Liew, Ru‐San Tan, Mateja Logar, Manica Mueller‐Premru, Patrick Commerford, Anita Commerford, Eduan Deetlefs, Cass Hansa, Mpiko Ntsekhe, Manuel Almela, Yolanda Armero, Manuel Azqueta, Ximena Castañeda, Carlos Cervera, Carlos Falces, Cristina Garcia‐de‐la‐Maria, Guillermina Fita, Jose M. Gatell, Magda Heras, Jaime Llopis, Francesc Marco, Carlos A. Mestres, José M. Miró, Asuncion Moreno, Salvador Ninot, Carlos Paré, Juan M. Pericas, Jose Ramirez, Irene Rovira, Marta Sitges, Ignasi Anguera, Bernat Font, Joan Raimon Guma, Javier Bermejo, Miguel Angel Garcia Fernández, Victor Gonzalez‐Ramallo, Mercedes Marín, Patricia Muñoz, Miguel Pedromingo, Jorge Roda, Marta Rodríguez‐Créixems, Jorge Solis, Benito Almirante, Nuria Fernandez‐Hidalgo, Pilar Tornos, Arístides de Alarcón, Ricardo Parra, Eric Alestig, Magnus Johansson, Lars Olaison, Ulrika Snygg‐Martin, Pimchitra Pachirat, Burabha Pussadhamma, Vichai Senthong, Anna Casey, Tom Elliott, Peter Lambert, Richard Watkin, Christina Eyton, John L. Klein, Suzanne Bradley, Carol Kauffman, Roger Bedimo, G. Ralph Corey, Anna Lisa Crowley, Pamela Douglas, Laura Drew, Vance G. Fowler, Thomas Holland, Tahaniyat Lalani, Daniel Mudrick, Zaniab Samad, Daniel Sexton, Martin Stryjewski, Christopher W. Woods, Stamatios Lerakis, Robert Cantey, Lisa Steed, Dannah Wray, Stuart A. Dickerman, Hector Bonilla, Joseph DiPersio, Sara‐Jane Salstrom, John Baddley, Mukesh Patel, Amy Stancoven, Donald Levine, Jonathan Riddle, Michael Rybak, Christopher H. Cabell, Khaula Baloch, Christy C. Dixon, Tina Harding, Marian Jones‐Richmond, Bob Sanderford, Judy Stafford, Kevin Anstrom, Arnold S. Bayer, A. W. Karchmer, Daniel J. Sexton, Vivian Chu, David T. Durack, Susannah Eykyn, Phillipe Moreillon, Duke University Medical Center, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de cardiologie, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Jonchère, Laurent, Universitat de Barcelona, Mazaheri, Bahram (Beitragende*r), Naber, Christoph (Beitragende*r), and Neuerburg, Carl (Beitragende*r)

Subjects
Male, Infeccions quirúrgiques, Surgical wound infection, Medizin, Kaplan-Meier Estimate, 030204 cardiovascular system & hematology, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Clinical Studies, Registries, 030212 general & internal medicine, Original Research, Framingham Risk Score, Endocarditis, Hazard ratio, Middle Aged, Prognosis, infection, mortality, prognosis, surgery, valves, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, 3. Good health, Infective endocarditis, Cohort, Female, Mortality/Survival, Cardiology and Cardiovascular Medicine, Risk assessment, Infection, Cohort study, Adult, medicine.medical_specialty, Lower risk, Risk Assessment, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Internal medicine, Mortalitat, medicine, Humans, Infectious Endocarditis, Mortality, Propensity Score, Aged, Models, Statistical, Cirurgia, business.industry, Proportional hazards model, Reproducibility of Results, medicine.disease, Surgery, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Valvular Heart Disease, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract

Background Host factors and complications have been associated with higher mortality in infective endocarditis ( IE ). We sought to develop and validate a model of clinical characteristics to predict 6‐month mortality in IE . Methods and Results Using a large multinational prospective registry of definite IE (International Collaboration on Endocarditis [ ICE ]–Prospective Cohort Study [ PCS ], 2000–2006, n=4049), a model to predict 6‐month survival was developed by Cox proportional hazards modeling with inverse probability weighting for surgery treatment and was internally validated by the bootstrapping method. This model was externally validated in an independent prospective registry ( ICE ‐ PLUS , 2008–2012, n=1197). The 6‐month mortality was 971 of 4049 (24.0%) in the ICE ‐ PCS cohort and 342 of 1197 (28.6%) in the ICE ‐ PLUS cohort. Surgery during the index hospitalization was performed in 48.1% and 54.0% of the cohorts, respectively. In the derivation model, variables related to host factors (age, dialysis), IE characteristics (prosthetic or nosocomial IE , causative organism, left‐sided valve vegetation), and IE complications (severe heart failure, stroke, paravalvular complication, and persistent bacteremia) were independently associated with 6‐month mortality, and surgery was associated with a lower risk of mortality (Harrell's C statistic 0.715). In the validation model, these variables had similar hazard ratios (Harrell's C statistic 0.682), with a similar, independent benefit of surgery (hazard ratio 0.74, 95% CI 0.62–0.89). A simplified risk model was developed by weight adjustment of these variables. Conclusions Six‐month mortality after IE is ≈25% and is predicted by host factors, IE characteristics, and IE complications. Surgery during the index hospitalization is associated with lower mortality but is performed less frequently in the highest risk patients. A simplified risk model may be used to identify specific risk subgroups in IE .

Published
2016

30. Linking bacterial type I toxins with their actions

Author

Marie-Laure Pinel-Marie, Régine Brielle, Brice Felden, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Universities of Rennes 1 (France), Bern (Switzerland), and Sherbrooke (Canada, grant 'Fonds de recherche Nature et Technologie de Québec'), the 'Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale' (INSERM) the School of Pharmacy and Medical Sciences of Rennes1 University , and the French Medical Research Foundation (FRM)., Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Cadieu, Muriel

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), Regulation of gene expression, biology, Bacteria, 030106 microbiology, Bacterial Toxins, Microbial metabolism, RNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, biology.organism_classification, Microbiology, Transmembrane protein, Cell biology, 03 medical and health sciences, Cytosol, Infectious Diseases, Bacterial Proteins, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Nucleoid, Nucleic acid cleavage, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Antitoxins
Abstract

International audience; Bacterial type I toxin–antitoxin systems consist of stable toxin-encoding mRNAs whose expression is counteracted by unstable RNA antitoxins. Accumulating evidence suggests that these players belong to broad regulatory networks influencing overall bacterial physiology. The majority of known transmembrane type I toxic peptides have conserved structural characteristics. However, recent studies demonstrated that their mechanisms of toxicity are diverse and complex. To better assess the current state of the art, type I toxins can be grouped into two classes according to their location and mechanisms of action: membrane-associated toxins acting by pore formation and/or by nucleoid condensation; and cytosolic toxins inducing nucleic acid cleavage. This classification will evolve as a result of future investigations.

Published
2016

31. Therapeutic drug monitoring of ganciclovir in CMV infections: Should we reassess the therapeutic range?

Author

Tron, C., Arnoult, C., Leven, C., Fillatre, P., Pronier, C., Revest, M., Verdier, M. C., Bellissant, E., Lemaitre, F, CHU Pontchaillou [Rennes], Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Pharmacologie [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

International audience; Meeting Abstract: PM2-036, 20e congrès de la Société Française de Pharmacologie et de Thérapeutique, Nancy, 19-21 avril 2016

Published
2016

32. Editorial overview: Cell regulation: Amazingly sophisticated regulatory processes in bacteria!

Author

Brice Felden, Ute Römling, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Department of Microbiology, Tumors and Cell Biology, Karolinska Institutet [Stockholm], Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Tramonti, Pierre, Université de Rennes 1 ( UR1 ), and Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Microbiology (medical), 0303 health sciences, Bacteria, 030306 microbiology, Cell regulation, Gene Expression Regulation, Bacterial, Computational biology, Biology, Bacterial Physiological Phenomena, biology.organism_classification, Microbiology, RNA, Bacterial, 03 medical and health sciences, Infectious Diseases, Bacterial Proteins, Biofilms, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract

International audience; no abstract

Published
2016

33. HACEK endocarditis: state-of-the-art

Author

Pierre Tattevin, Gérald Egmann, Matthieu Revest, Vincent Cattoir, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Jonchère, Laurent, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), Fastidious organism, Kingella spp, Aggregatibacter, 030106 microbiology, Eikenella corrodens, Microbiology, Cardiobacterium, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Haemophilus parainfluenzae, Risk Factors, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Virology, Haemophilus, Gram-Negative Bacteria, medicine, Endocarditis, Humans, biology, Aggregatibacter spp, business.industry, Endocarditis, Bacterial, biology.organism_classification, medicine.disease, 3. Good health, Cephalosporins, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, HACEK group, Infectious Diseases, Infective endocarditis, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Cardiobacterium spp, business
Abstract

International audience; The HACEK group of bacteria - Haemophilus parainfluenzae, Aggregatibacter spp. (A. actinomycetemcomitans, A. aphrophilus, A. paraphrophilus, and A. segnis), Cardiobacterium spp. (C. hominis, C. valvarum), Eikenella corrodens, and Kingella spp. (K. kingae, K. denitrificans) - are fastidious gram-negative bacteria, part of the normal microbiota of oral and upper respiratory tract in humans. Although their pathogenicity is limited, they are responsible for 1-3% of all infective endocarditis. HACEK endocarditis mostly affect patients with underlying heart disease or prosthetic valves, and are characterized by an insidious course, with a mean diagnosis delay of 1 month (Haemophilus spp.) to 3 months (Aggregatibacter and Cardiobacterium spp.). The advent of continuously monitored blood culture systems with enriched media has erased the need for extended incubation for the diagnosis of HACEK endocarditis. Medical treatment relies on third-generation cephalosporin, with a favorable outcome in 80-90% of cases, with or without cardiac surgery

Published
2016

34. Les fièvres hémorragiques virales

Author

Tattevin, Pierre, Lagathu, Gisèle, Revest, Matthieu, Michelet, Christian, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Jonchère, Laurent

Subjects
fièvre de Marburg, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Marburg fever, fièvre de la Vallée du Rift, Fièvre de Lassa, fièvre hémorragique Crimée-Congo, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Ebola, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Crimean-Congo haemorragic fever, Rift valley fever, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Lassa fever
Abstract

National audience

Published
2016

35. Preliminary Favorable Outcome for Medically and Surgically Managed Extensively Drug-Resistant Tuberculosis, France, 2009-2014

Author

Pierre Tattevin, Guillaume Mellon, Guillaume Bellaud, Stéphane Jauréguiberry, Nicolas Veziris, Christian Michelet, Damien Le Dû, Nathalie Dournon, Françcois Bricaire, Loïc Epelboin, Matthieu Revest, Sébastien Morel, Christine Bernard, Pierre Mordant, Eric Caumes, Benoît Henry, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Pontchaillou [Rennes], Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), CHU Bligny, Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance aux Antituberculeux [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre National de Référence de Mycobactéries et de la Résistance des Mycobactéries aux Antituberculeux, Institut de recherche, santé, environnement et travail ( Irset ), Université d'Angers ( UA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université des Antilles ( UA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance aux Antituberculeux [CHU Pitié-Salpêtrière] (CNR-MyRMA), and HAL UPMC, Gestionnaire

Subjects
Male, Epidemiology, Antitubercular Agents, lcsh:Medicine, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, XDR TB, 030212 general & internal medicine, bedaquiline, bacteria, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, Dispatch, Preliminary Favorable Outcome for Medically and Surgically Managed Extensively Drug-Resistant Tuberculosis, France, 2009–2014, multidrug-resistant tuberculosis, Combined Modality Therapy, thoracic surgery, 3. Good health, Infectious Diseases, Treatment Outcome, TB, tuberculosis, Cardiothoracic surgery, outcome, Female, France, Microbiology (medical), Adult, medicine.medical_specialty, Tuberculosis, History, 21st Century, lcsh:Infectious and parasitic diseases, Mycobacterium tuberculosis, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Humans, extensively drug-resistant tuberculosis, lcsh:RC109-216, antimicrobial resistance, business.industry, General surgery, lcsh:R, Extensively drug-resistant tuberculosis, medicine.disease, biology.organism_classification, Surgery, tuberculosis and other mycobacteria, 030228 respiratory system, chemistry, Linezolid, Bedaquiline, business, MDR TB, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Follow-Up Studies
Abstract

International audience; We report 20 cases of extensively drug-resistant tuberculosis managed in France. Treatment was individualized and included bedaquiline and linezolid for most patients and surgery in 8 patients. At last follow-up (22 months), 19 patients had achieved conversion from positive to negative on culture testing. These promising results of comprehensive management obtained in a small series deserve confirmation.

Published
2016

36. Infections de prothèse ostéo-articulaire traitées par débridement : facteurs prédictifs d’échec [Predictors of failure for prosthetic joint infections treated with debridement]

Author

Letouvet, B., Arvieux, C., Leroy, H., Polard, J.-L., Chapplain, J.-M., Common, H., Ecoffey, C., Huten, D., Jolivet-Gougeon, A., Tattevin, P., CHU Pontchaillou [Rennes], Microbiologie : Risques Infectieux, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Faculté de Chirurgie Dentaire de Rennes-Faculté d'Odontologie-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Pôle microorganismes, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes - UFR d'Odontologie (UR Odontologie), Université de Rennes (UR)-Université de Rennes (UR), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Jonchère, Laurent, and Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Faculté de Chirurgie Dentaire de Rennes-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], Prosthetic joint infection, Staphylococcus aureus, Debridement, [SDV]Life Sciences [q-bio], Infection de prothèse ostéo-articulaire
Abstract

International audience; OBJECTIVE: Prosthetic joint infections (PJI) may be cured in selected patients with debridement and prosthesis retention. We aimed to identify predictors of failure to better target patients most likely to benefit from this conservative strategy. METHODS: Observational study of patients presenting with PJI initially treated at our hospital with debridement between 2008 and 2011, with\textgreater6 months of post-treatment follow-up. RESULTS: Sixty consecutive patients presenting with PJI (hip, n=34; knee, n=26) fulfilled the inclusion criteria. Failures (n=20, 33%), predefined as persistence of PJI signs or relapses, were managed with additional surgery (n=17) and/or lifelong suppressive antibiotic treatment (n=6). Variables independently associated with failure: previous surgery on the prosthetic joint (OR: 6.3 [1.8-22.3]), Staphylococcus aureus PJI (OR: 9.4 [1.6-53.9]), post-debridement antibiotic treatment for \textless3 months (OR: 20.0 [2.2-200]). CONCLUSION: Previous surgery, S. aureus PJI, and short duration antibiotic treatment are associated with an increased risk of failure after debridement

Published
2016

37. Cardiac surgery during the acute phase of infective endocarditis: discrepancies between European Society of Cardiology guidelines and practices

Author

Thanh Doco-Lecompte, Sidney Chocron, Claire Poyart, Emmanuelle Cambau, Catherine Chirouze, Jean-François Obadia, Vincent Le Moing, Pierre Tattevin, Bruno Hoen, Christophe Strady, F. Delahaye, Xavier Duval, François Alla, Bernard Iung, Service de cardiologie [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( EA 3920) (PCVP / CARDIO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Médecine Interne, Infectiologie et Pathologie des voyages, Polyclinique Saint André, Hopital Cardio-Thoracique et Vasculaire Louis Pradel, Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre national de Référence des Streptocoques (CNR), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Barrières et Pathogènes (équipe FRM (Fondation pour la Recherche Médicale)), [Institut Cochin] Departement Infection, immunité, inflammation, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation (APEMAC), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université de Lorraine (UL), Centre d'Investigation Clinique - Epidemiologie Clinique/essais Cliniques Nancy, Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Epidémiologie et Evaluations Cliniques [CHRU Nancy] (Pôle S2R), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Hôpital Lariboisière, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Service de chirurgie cardiaque, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), CIC Hôpital Bichat, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), French Ministry of Health, Société Française de Cardiologie, the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Novartis Laboratories, Service de cardiologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( EA 3920) ( PCVP / CARDIO ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), VIH/SIDA et maladies associées, Université Montpellier 1 ( UM1 ), Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Barrières et Pathogènes ( équipe FRM (Fondation pour la Recherche Médicale) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation ( APEMAC ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université de Lorraine ( UL ), Cancéropôle du Grand Est-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service d'Epidémiologie et Evaluations Cliniques [CHRU Nancy] ( Pôle S2R ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Lariboisière-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane ( CIC - Antilles Guyane ), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ), Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( UR 3920) (PCVP / CARDIO), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires - UFC ( PCVP / CARDIO ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Maladies chroniques, santé perçue, et processus d'adaptation. Approches épidémiologiques et psychologiques. ( APEMAC - EA 4360 ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université des Antilles et de la Guyane ( UAG ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Lariboisière-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, and AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine

Subjects
medicine.medical_specialty, [SDV]Life Sciences [q-bio], Embolism, Population, 030204 cardiovascular system & hematology, Guidelines, 03 medical and health sciences, Cardiologists, 0302 clinical medicine, Pregnancy, Internal medicine, Humans, Medicine, Endocarditis, In patient, Acute infective endocarditis, Prospective Studies, 030212 general & internal medicine, Cardiac Surgical Procedures, Practice Patterns, Physicians', education, Contraindication, Societies, Medical, Heart Failure, education.field_of_study, Valvular surgery, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Patient Selection, Endocarditis, Bacterial, Middle Aged, medicine.disease, 3. Good health, Cardiac surgery, Europe, Cardiac Surgery procedures, Infective endocarditis, Acute Disease, Practice Guidelines as Topic, Cardiology, Female, Guideline Adherence, Cardiology and Cardiovascular Medicine, business
Abstract

International audience; AIMS: Indications for surgery in acute infective endocarditis (IE) are detailed in guidelines, but their application is not well known. We analysed the agreement between the patient's attending physicians and European Society of Cardiology guidelines regarding indications for surgery. We also assessed whether surgery was performed in patients who had an indication. METHODS AND RESULTS: From the 2008 prospective population-based French survey on IE, 303 patients with definite left-sided native IE were identified. For each case, we prospectively recorded (i) indication for surgery according to the attending physicians and (ii) indication for surgery according to guidelines. Surgery was indicated in 194 (65%) patients according to attending physicians and in 221 (73%) according to guidelines, while 139 (46%) underwent surgery. Agreement was moderate between attending physicians and guidelines (kappa 0.41-0.59) and between indication according to guidelines and the performance of surgery (kappa 0.38). Of the 90 (30%) patients not operated despite indication, contraindication to surgery was reported by the attending physicians in 42 (47%), and indication was not identified in 48 (53%). One-year survival was 76% in patients with indication and surgery performed (n = 131), 69% in patients without indication and no surgery (n = 74), 56% in patients with identified indication and contraindication to surgery (n = 42), and 60% in patients with no identified indication (n = 48; P = 0.059). CONCLUSION: Cardiac surgery during acute IE was recommended in almost three out of four patients, although fewer than half were actually operated. Indication was not acknowledged by the attending physicians in one out of six patients

Published
2016

38. Managing atypical and typical herpetic central nervous system infections: results of a multinational study

Author

Signe Maj Sørensen, Jean-Paul Stahl, Seher Ayten Coskuner, Pierre Tattevin, Mauro Maresca, Sibel Bolukcu, Oğuz Reşat Sipahi, Rosa Fontana, Lykke Larsen, Xavier Argemi, Lenka Baštáková, Guillaume Béraud, Mario Poljak, Gamze Kilicoglu, Matjaž Jereb, Bruno Baršić, Akram Al-Mahdawi, Nevin Ince, Isik Somuncu Johansen, Filiz Pehlivanoglu, Sylviane Defres, Hasan Karsen, Yasemin Akkoyunlu, Asuman Inan, Souha S. Kanj, Hava Yilmaz, Nazif Elaldi, Elif Sahin-Horasan, Jesper Damsgaard Gunst, Emine Parlak, Hulya Tireli, Hakan Erdem, Anne Lisbeth Bohr, Fatime Korkmaz, Oguz Karabay, Haluk Vahaboglu, Gulden Yilmaz, Ghaydaa A. Shehata, Süheyla Kömür, Stephen L. Leib, Mahtab Chehri, Salih Atakan Nemli, Abdullah Umut Pekok, Sukran Kose, Derya Ozturk-Engin, Seniha Senbayrak, Mehmet Ulug, Gulistan Halac, Mustafa Sunbul, Gonul Sengoz, Selçuk Kaya, Ahmad Sharif-Yakan, Yasemin Cag, Institute of Microbiology and Immunology, Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 (METRICS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Cumhuriyet Universitesi, AKKOYUNLU, YASEMİN, Institute of Microbiology and Immunology - Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo [Ljubljana, Slovenia], Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Ege Üniversitesi, [Cag, Y.] Dr Lutfi Kirdar Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Istanbul, Turkey -- [Erdem, H.] Gulhane Mil Med Acad, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Ankara, Turkey -- [Leib, S.] Univ Bern, Inst Infect Dis, CH-3012 Bern, Switzerland -- [Defres, S.] Univ Liverpool, Inst Infect & Global Hlth, Liverpool L69 3BX, Merseyside, England -- [Defres, S.] Royal Liverpool & Broadgreen Univ Hosp NHS Trust, Trop Infect Dis Unit, Liverpool, Merseyside, England -- [Kaya, S.] Karadeniz Tech Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Trabzon, Turkey -- [Larsen, L. -- Johansen, I. S.] Odense Univ Hosp, Dept Infect Dis Q, Odense, Denmark -- [Poljak, M.] Univ Ljubljana, Inst Microbiol & Immunol, Fac Med, Ljubljana, Slovenia -- [Ozturk-Engin, D. -- Bolukcu, S. -- Inan, A. -- Senbayrak, S.] Haydarpasa Numune Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Istanbul, Turkey -- [Barsic, B.] Univ Zagreb, Dr Fran Mihaljev Univ Hosp Infect Dis, Dept Infect Dis, Sch Med, Zagreb, Croatia -- [Argemi, X.] Nouvel Hop Civil, Dept Infect Dis, Strasbourg, France -- [Sorensen, S. M.] Aalborg Univ Hosp, Dept Infect Dis, Aalborg, Denmark -- [Bohr, A. L.] Rigshosp, Copenhagen Univ Hosp, Inst Inflammat Res, Dept Infect Dis & Rheumatol, Copenhagen, Denmark -- [Tattevin, P.] Univ Hosp Pontchaillou, Dept Infect & Trop Dis, Rennes, France -- [Gunst, J. D.] Aarhus Univ Hosp, Dept Infect Dis, Aarhus, Denmark -- [Bastakova, L.] Masaryk Univ, Fac Hosp Brno, Dept Infect Dis, Fac Med, Brno, Czech Republic -- [Jereb, M.] Univ Med Ctr, Dept Infect Dis, Ljubljana, Slovenia -- [Karabay, O.] Sakarya Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Sakarya, Turkey -- [Pekok, A. U.] Private Erzurum Sifa Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Erzurum, Turkey -- [Sipahi, O. R.] Ege Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Izmir, Turkey -- [Chehri, M.] Hvidovre Univ Hosp, Dept Infect Dis, Copenhagen, Denmark -- [Beraud, G.] Univ Poitiers Hosp, Dept Infect Dis, Poitiers, France -- [Shehata, G.] Assiut Univ Hosp, Dept Neurol & Psychiat, Assiut, Egypt -- [Fontana, R. -- Maresca, M.] Univ Catania, Infect Dis Sect, Dept Clin & Mol Biomed, Catania, Italy -- [Karsen, H.] Harran Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sanliurfa, Turkey -- [Sengoz, G. -- Pehlivanoglu, F.] Haseki Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Istanbul, Turkey -- [Sunbul, M. -- Yilmaz, H.] Ondokuz Mayis Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Samsun, Turkey -- [Yilmaz, G.] Ankara Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Ankara, Turkey -- [Sharif-Yakan, A. -- Kanj, S.] Amer Univ Beirut, Med Ctr, Beirut, Lebanon -- [Parlak, E.] Ataturk Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Erzurum, Turkey -- [Korkmaz, F.] Konya Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Konya, Turkey -- [Komur, S.] Cukurova Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Adana, Turkey -- [Kose, S.] Tepecik Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Izmir, Turkey -- [Ulug, M.] Private Umit Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Eskisehir, Turkey -- [Coskuner, S. A.] Izmir Bozyaka Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Izmir, Turkey -- [Stahl, J. P.] Univ Grenoble 1, Grenoble, France -- [Stahl, J. P.] Univ Hosp Grenoble, Dept Infect Dis, Grenoble, France -- [Ince, N.] Duzce Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Duzce, Turkey -- [Akkoyunlu, Y.] Bezmi Alem Vakif Univ, Sch Med, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Istanbul, Turkey -- [Halac, G.] Bezmi Alem Vakif Univ, Sch Med, Dept Neurol, Istanbul, Turkey -- [Sahin-Horasan, E.] Mersin Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Mersin, Turkey -- [Tireli, H.] Haydarpasa Numune Training & Res Hosp, Dept Neurol, Istanbul, Turkey -- [Kilicoglu, G.] Haydarpasa Numune Training & Res Hosp, Dept Radiol, Istanbul, Turkey -- [Al-Mahdawi, A.] Baghdad Teaching Hosp, Dept Neurol, Baghdad, Iraq -- [Nemli, S. A.] Katip Celebi Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Izmir, Turkey -- [Vahaboglu, H.] Medeniyet Univ, Goztepe Training & Res Hosp, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Istanbul, Turkey -- [Elaldi, N.] Cumhuriyet Univ, Dept Infect Dis & Clin Microbiol, Sch Med, Sivas, Turkey, Ghaydaa, Shehata -- 0000-0002-3631-893X, VAHABOGLU, Haluk -- 0000-0001-8217-1767, Kanj, Souha -- 0000-0001-6413-3396, Beraud, Guillaume -- 0000-0002-4705-0916, Gunst, Jesper -- 0000-0002-3787-0259, Stahl, Jean Paul -- 0000-0002-0086-3557, johansen, isik somuncu -- 0000-0002-2189-9823, Larsen, Lykke -- 0000-0002-4113-4182, Karabay, Oguz -- 0000-0003-0502-432X, OMÜ, Cag, Y, Erdem, H, Leib, S, Defres, S, Kaya, S, Larsen, L, Poljak, M, Ozturk-Engin, D, Barsic, B, Argemi, X, Sorensen, SM, Bohr, AL, Tattevin, P, Gunst, JD, Bastakova, L, Jereb, M, Johansen, IS, Karabay, O, Pekok, AU, Sipahi, OR, Chehri, M, Beraud, G, Shehata, G, Fontana, R, Maresca, M, Karsen, H, Sengoz, G, Sunbul, M, Yilmaz, G, Yilmaz, H, Sharif-Yakan, A, Kanj, S, Parlak, E, Pehlivanoglu, F, Korkmaz, F, Komur, S, Kose, S, Ulug, M, Bolukcu, S, Coskuner, SA, Stahl, JP, Ince, N, Akkoyunlu, Y, Halac, G, Sahin-Horasan, E, Tireli, H, Kilicoglu, G, Al-Mahdawi, A, Nemli, SA, Inan, A, Senbayrak, S, Vahaboglu, H, Elaldi, N, Sakarya Üniversitesi/İlahiyat Fakültesi/Temel İslam Bilimleri Bölümü, Kaya, Süleyman, Karabay, Oğuz, and Çukurova Üniversitesi

Subjects
Male, Pathology, [SDV]Life Sciences [q-bio], encephalitis, Electroencephalography, medicine.disease_cause, Polymerase Chain Reaction, 0302 clinical medicine, Cerebrospinal fluid, 030212 general & internal medicine, Cerebrospinal Fluid, Aged, 80 and over, medicine.diagnostic_test, Atypical presentation, Brain, meningitis, General Medicine, Middle Aged, Magnetic Resonance Imaging, 3. Good health, Infectious Diseases, medicine.anatomical_structure, results of a multinational study-, Clinical Microbiology And Infection, cilt.22, ss.568-569, 2016 [Akkoyunlu Y., Çağ Y., -Managing atypical and typical herpetic central nervous system infections], Female, Presentation (obstetrics), Encephalitis, Adult, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Adolescent, Central nervous system, Microbiology, Young Adult, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Journal Article, Humans, Aged, Retrospective Studies, managing, Diagnostic Tests, Routine, business.industry, Magnetic resonance imaging, medicine.disease, herpes simplex virus, Herpes simplex virus, Concomitant, DNA, Viral, Encephalitis, Herpes Simplex, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

WOS: 000379252100027, PubMed ID: 27085724, There have been many studies pertaining to the management of herpetic meningoencephalitis (HME), but the majority of them have focussed on virologically unconfirmed cases or included only small sample sizes. We have conducted a multicentre study aimed at providing management strategies for HME. Overall, 501 adult patients with PCR-proven HME were included retrospectively from 35 referral centres in 10 countries; 496 patients were found to be eligible for the analysis. Cerebrospinal fluid (CSF) analysis using a PCR assay yielded herpes simplex virus (HSV)-1 DNA in 351 patients (70.8%), HSV-2 DNA in 83 patients (16.7%) and undefined HSV DNA type in 62 patients (12.5%). A total of 379 patients (76.4%) had at least one of the specified characteristics of encephalitis, and we placed these patients into the encephalitis presentation group. The remaining 117 patients (23.6%) had none of these findings, and these patients were placed in the nonencephalitis presentation group. Abnormalities suggestive of encephalitis were detected in magnetic resonance imaging (MRI) in 83.9% of the patients and in electroencephalography (EEG) in 91.0% of patients in the encephalitis presentation group. In the nonencephalitis presentation group, MRI and EEG data were suggestive of encephalitis in 33.3 and 61.9% of patients, respectively. However, the concomitant use of MRI and EEG indicated encephalitis in 96.3 and 87.5% of the cases with and without encephalitic clinical presentation, respectively. Considering the subtle nature of HME, CSF HSV PCR, EEG and MRI data should be collected for all patients with a central nervous system infection. (C) 2016 European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

Published
2016

39. Factors associated with poor outcomes among adults hospitalised for influenza in France: A three-year prospective multicenter study

Author

Z. Lesieur, Pierre Tattevin, Corinne Régis, Nezha Samih-Lenzi, Florence Galtier, Martine Valette, Philippe Vanhems, D. Postil, Xavier Duval, Stéphane Jouneau, Yolande Costa, Fabrice Carrat, Bruno Lina, Corinne Merle, Odile Launay, Paul Loubet, Pierre Loulergue, Sylvie Rogez, Service des Maladies Infectieuses, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CIC Cochin Pasteur (CIC 1417), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe hospitalier Broca-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Hôtel-Dieu-Hôpital Cochin [AP-HP], F-CRIN, Innovative clinical research network in vaccinology (I-REIVAC), CIC Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-CHU Saint-Eloi-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Eloi, Service d'Hygiène, Epidémiologie et Prévention [Hôpital Edouard Herriot - HCL], Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Laboratoire des pathogènes émergents -- Emerging Pathogens Laboratory (LPE-Fondation Mérieux), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CIC Hôpital Bichat, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service de pneumologie [Rennes] = Pneumology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges], CHU Limoges, Centre National de Référence Virus Influenza (Région Sud), Hospices Civils de Lyon (HCL), Virpath-Grippe, de l'émergence au contrôle -- Virpath-Influenza, from emergence to control (Virpath), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), The study sites received funding from Sanofi Pasteur and Sanofi Pasteur MSD for the FLUVAC study. Vaccine producers had no role in the study design, data analysis, decision to publish or preparation of the manuscript., CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Eloi, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Service de Pneumologie, Rennes, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, CHU Saint-Antoine [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Saint Eloi (CHRU Montpellier), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Jonchère, Laurent, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CIC Cochin Pasteur ( CIC 1417 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Cochin [AP-HP]-Hôtel-Dieu-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Groupe hospitalier Broca-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Saint-Eloi, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Centre International de Recherche en Infectiologie ( CIRI ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Institut de recherche, santé, environnement et travail ( Irset ), Université d'Angers ( UA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] ( EHESP ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université des Antilles ( UA ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), French National Enterovirus/Parechovirus Reference centre, Département de santé publique, Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité ( CRESS (U1153 / UMR_A 1125) ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )

Subjects
0301 basic medicine, Male, Pediatrics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Comorbidity, law.invention, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, law, Risk Factors, Hospitalisation, 030212 general & internal medicine, Prospective Studies, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Aged, 80 and over, Mortality rate, Vaccination, Age Factors, Middle Aged, Intensive care unit, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Hospitalization, Infectious Diseases, Treatment Outcome, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Population study, Female, France, Adult, Oseltamivir, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030106 microbiology, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 03 medical and health sciences, Young Adult, Virology, Influenza, Human, medicine, Humans, Adults, Risk factor, Antiviral, Aged, Severe, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, medicine.disease, Survival Analysis, Influenza, Pneumonia, Epidemiologic Studies, Respiratory failure, chemistry, business
Abstract

International audience; Background: Influenza is an important cause of serious illness and death, particularly in elderly and high-risk groups. Objectives Aim of this study was to identify factors associated with poor outcomes among adults hospitalized in France for laboratory-confirmed seasonal influenza. Study design Patients hospitalized for influenza were identified in a prospective, multicenter study carried out in French hospitals during three consecutive influenza seasons (2012–2015). Influenza virus infection was confirmed by reverse transcription polymerase chain reaction. Sociodemographic and clinical variables were compared according to the virus type and subtype. Risk factors for complications, intensive care unit (ICU) admission and death were analyzed by backward stepwise logistic regression. Results The study population consisted of 566 patients, of whom 56% were older than 65 years and 82% had underlying chronic illnesses. Type A influenza viruses infected 422 patients (75%), including subtype H3N2 in 239 patients (57%). The prior vaccine coverage rate was 38%. Complications occurred in 255 patients (45%), consisting mainly of pneumonia (n = 143, 30%) and respiratory failure (n = 116, 20%). Eighty-three patients (15%) were admitted to an ICU, and the in-hospital mortality rate was 4% (n = 21). Sixty-six patients (12%) received oseltamivir. Age over 65 years was the only identified risk factor for complications. Risk factors for ICU admission were an absence of vaccination, no oseltamivir administration before admission, pre-existing chronic respiratory disease, and current smoking. Age over 65 years and ICU admission were risk factors for death. Conclusions Older individuals and patients with underlying conditions are most at risk of influenza complications. Vaccination and early oseltamivir administration, both of which are recommended for these patients, appear to reduce ICU admissions

Published
2016

40. Etude fonctionnelle d’un système toxine-antitoxine de type I exprimé par Staphylococcus aureus et d’ARN régulateurs associés aux ribosomes bactériens

Author

Brielle, Régine, STAR, ABES, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Rennes 1, Brice Felden, and Marie-Laure Pinel-Marie

Subjects
Persistence, Staphylococcus aureus, Regulatory RNA, Système toxine-Antitoxine, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, ARN régulateurs, Toxin-Antitoxin system, Persistance, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract

Staphylococcus aureus is a major human pathogen responsible for nosocomial and community-acquired diseases. With the excessive use of antibiotics, incidence and emergence of multidrug-resistant strains of S. aureus have rapidly increased over the last decade and constitute a serious public health concern. The success of S. aureus as a pathogen is due to its ability to adapt quickly to new environment and to produce an arsenal of virulence factors whose expressions are regulated by proteins and regulatory RNA (regRNA). During my PhD thesis, we showed that RNAs sprG1 and SprF1 constitute a functional type I toxin-antitoxin system (TAS) where sprG1 encodes two toxic peptides. During normal growth conditions, toxin expression is regulated by the antitoxin SprF1 at transcriptional and/or post-transcriptional and translational level, allowing the pathogen to grow. Conversaly, when bacteria are confronted to global nutritive starvation, the antitoxin expression is repressed. This allows accumulation of the sprG1 toxin in cell and translation of both toxic peptides, PepG144 and PepG131, responsible for bacterial stasis. Interestingly, both secreted peptides are able to lyse competitor bacteria in the medium and human erythrocytes. We also showed that upon hyperosmotic stress, SprF1 directly binds ribosomes, probably though one or two ribosome-binding sites, to regulate overall protein synthesis and promote S. aureus persistence. These results suggest that SprF1 belongs to the new emerging class of regRNA regulating translation by direct ribosome-binding. The sprG1/SprF1 TAS is the first example of type I TAS where antitoxin is the leading player of the biological function., Staphylococcus aureus, est un pathogène humain majeur responsable d’infections nosocomiales et communautaires. Avec l’utilisation excessive des antibactériens, l’incidence et l’émergence de souches de S. aureus multi-résistantes aux antibiotiques ont augmenté rapidement depuis plusieurs années et constituent un véritable problème de santé publique. Le succès de S. aureus en tant que pathogène est lié à sa capacité à s’adapter rapidement à un nouvel environnement et à produire un arsenal de facteurs de virulence dont l’expression fait intervenir des protéines mais également des ARN régulateurs (ARNrég). Au cours de cette thèse, nous avons montré que les ARNrég sprG1 et SprF1 constitue un système toxine-antitoxine (STA) de type I fonctionnel où sprG1 code pour deux peptides toxiques. En condition normale de croissance, l’expression de la toxine est régulée par l’antitoxine SprF1 au niveau transcriptionnel et/ou post-transcriptionnel et traductionnel, permettant au pathogène S. aureus de croître normalement. En revanche, lorsque la bactérie est confrontée à une carence nutritive globale, l’expression de l’antitoxine est réprimée, laissant ainsi la toxine sprG1 s’accumuler dans la cellule et traduire les peptides toxiques PepG144 et PepG131, responsables de la stase bactérienne. Les deux peptides sécrétés sont capables de lyser les bactéries compétitrices présentes dans le milieu et les érythrocytes humains. Nous avons également montré, qu’en condition de stress hyperosmotique, SprF1 fixe directement les ribosomes, probablement par l’intermédiaire d’un ou de deux sites de fixation aux ribosomes, afin de réguler la synthèse protéique globale et de favoriser la persistance de S. aureus. Ces résultats montrent que SprF1 appartient à une nouvelle classe émergente d’ARNrég régulant la traduction par fixation directe sur le ribosome. Le STA sprG1/SprF1 est le premier exemple de STA de type I où l’antitoxine est le principal acteur de la fonction biologique.

Published
2016

41. Efflux pump induction by quaternary ammonium compounds and fluoroquinolone resistance in bacteria

Author

Anne Jolivet-Gougeon, Sylvie Buffet-Bataillon, Pierre Tattevin, Martine Bonnaure-Mallet, Jean-Yves Maillard, CHU Pontchaillou [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Cardiff University, Microbiologie : Risques Infectieux, Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes - UFR d'Odontologie (UR Odontologie), Université de Rennes (UR)-Université de Rennes (UR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Faculté de Chirurgie Dentaire de Rennes-Faculté d'Odontologie-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
0301 basic medicine, Microbiology (medical), Transcriptional Activation, Biocide, RM, antibiotic resistance, integron, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Biological Transport, Active, Integron, fluoroquinolone, Microbiology, 03 medical and health sciences, Antibiotic resistance, Stress, Physiological, multidrug resistance, Drug Resistance, Bacterial, quaternary ammonium compounds, Cross-resistance, biology, Bacteria, Biofilm, Membrane Transport Proteins, biology.organism_classification, QAC, Multiple drug resistance, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Biofilms, biology.protein, efflux pump, Efflux, Disinfectants, Fluoroquinolones
Abstract

International audience; Biocides, primarily those containing quaternary ammonium compounds (QAC), are heavily used in hospital environments and various industries (e.g., food, water, cosmetic). To date, little attention has been paid to potential implications of QAC use in the emergence of antibiotic resistance, especially fluoroquinolone-resistant bacteria in patients and in the environment. QAC-induced overexpression of efflux pumps can lead to: cross resistance with fluoroquinolones mediated by multidrug efflux pumps; stress response facilitating mutation in the Quinolone Resistance Determining Region; and biofilm formation increasing the risk of transfer of mobile genetic elements carrying fluoroquinolone or QAC resistance determinants. By following the European Biocidal Product Regulation, manufacturers of QAC are required to ensure that their QAC-based biocidal products are safe and will not contribute to emerging bacterial resistance.

Published
2016

42. Progressive multifocal leukoencephalopathy in a patient with silicosis

Author

Gilles Edan, Anne Kerbrat, Stéphane Jouneau, Pierre Tattevin, Jacques Gasnault, Alexandre Bonnet, Anne Salmon, Jonchère, Laurent, Service de Neurologie [Rennes] = Neurology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Vision, Action et Gestion d'informations en Santé (VisAGeS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Empenn, SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec

Subjects
0301 basic medicine, MESH: Fatal Outcome, medicine.medical_specialty, Pathology, Neurology, Fatal outcome, Leukoencephalopathy, MESH: Brain, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, MESH: Diagnosis, Differential, Silicosis, medicine, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Neuroradiology, MESH: Aged, 030203 arthritis & rheumatology, MESH: Humans, business.industry, MESH: Silicosis, Progressive multifocal leukoencephalopathy, MESH: Leukoencephalopathy, Progressive Multifocal, medicine.disease, MESH: Male, 3. Good health, 030104 developmental biology, ComputingMethodologies_DOCUMENTANDTEXTPROCESSING, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Neurology (clinical), Differential diagnosis, business
Abstract

International audience; Letter to the Editors

Published
2016

43. Likely effect of the 2014 Ebola epidemic on HIV care in Liberia

Author

Pierre Mendiharat, Yazdan Yazdanpanah, Nathalie Cartier, Hawa Jusu, Masietta E. Taylor, Jean-Marc Chapplain, Pierre Tattevin, Cecilia Nuta, Maima Baysah, Harry Weeks, Gilles Raguin, Anne Ingels, Paul Loubet, Guillaume Mabileau, Marion Perennec-Olivier, Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes], Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux ( Inserm U745 ), Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement ( IFR71 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL ( ENSCP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service des maladies infectieuses et tropicales, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de chirurgie thoracique cardiaque et vasculaire [Rennes] = Thoracic and Cardiovascular Surgery [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux (Inserm U745), Institut des sciences du Médicament -Toxicologie - Chimie - Environnement (IFR71), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris- Chimie ParisTech-PSL (ENSCP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris - Chimie ParisTech-PSL (ENSCP), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Subjects
Adult, Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Program activities, Human immunodeficiency virus (HIV), HIV Infections, hiv, medicine.disease_cause, epidemic, medicine, Humans, Immunology and Allergy, Epidemics, Health Services Administration, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], business.industry, Potential effect, Outbreak, Hemorrhagic Fever, Ebola, Liberia, 3. Good health, Infectious Diseases, Ebola, Female, Electronic database, business, Demography
Abstract

WOS:000368457600001; International audience; Objective: Liberia's health system has been severely struck by the 2014 Ebola epidemic. We aimed to assess the potential effect of this epidemic on the care of HIV patient in two clinics [John F. Kennedy (JFK) and Redemption Hospitals] in Monrovia, which stayed open throughout the epidemic.Design and methods: A preexisting electronic database of HIV patient's follow-up visits was used to estimate three weekly parameters from January 2012 to October 2014: number of visits, number of new patient, and proportion of patients with follow-up delay. We used segmented negative binomial regressions to assess trends before and after the week of the Ebola outbreak defined in June 2014 by WHO.Results: The cumulative number of patients in care comprised 5948 patients with a total of 56287 visits between January 2012 and October 2014. From June 2014, the number of visit per week, stable since 2012, abruptly decreased (59%) in Redemption (P\textless0.001) and progressively decreased by 3% per week in JFK (P\textless0.001). In both the clinics, the weekly proportion of patient with follow-up delay sharply increased after the point break from June 2014 (P value \textless 0.001). From June 2014, a significant decrease in new patients per week occurred in both the clinics: by 57% (P value \textless 0.001) in Redemption and by 4.6% per week (P value \textless 0.001) in JFK.Conclusion: The Ebola epidemic had a significant effect on HIV care in Monrovia. Given the particular impact on the rate of patients with follow-up delay, a long-term impact is feared

Published
2015

44. a cis antisense RNA operates in trans in S. aureus

Author

Ambre Jousselin, Brice Felden, Nour Sayed, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )

Subjects
Erythrocytes, MESH: Sequence Homology, Amino Acid, MESH: Amino Acid Sequence, MESH: Base Sequence, Structural Biology, MESH: Staphylococcus aureus, Protein biosynthesis, MESH: RNA, Antisense, MESH: Bacterial Proteins, Peptide sequence, Genetics, MESH: Gene Expression Regulation, Bacterial, 0303 health sciences, MESH: Peptides, MESH: Erythrocytes, MESH: Hemolysis, Antisense RNA, RNA, Bacterial, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, MESH: Protein Biosynthesis, Transfer RNA, MESH: RNA, Bacterial, Staphylococcus aureus, Blotting, Western, Molecular Sequence Data, Biology, Hemolysis, MESH: Sequence Homology, Nucleic Acid, 03 medical and health sciences, Eukaryotic translation, Bacterial Proteins, Sequence Homology, Nucleic Acid, Humans, MESH: Blotting, Northern, MESH: Blotting, Western, RNA, Antisense, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, Molecular Biology, Gene, 030304 developmental biology, MESH: Humans, MESH: Molecular Sequence Data, Base Sequence, Sequence Homology, Amino Acid, 030306 microbiology, RNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, Blotting, Northern, Open reading frame, Protein Biosynthesis, Peptides
Abstract

International audience; Antisense RNAs (asRNAs) pair to RNAs expressed from the complementary strand, and their functions are thought to depend on nucleotide overlap with genes on the opposite strand. There is little information on the roles and mechanisms of asRNAs. We show that a cis asRNA acts in trans, using a domain outside its target complementary sequence. SprA1 small regulatory RNA (sRNA) and SprA1(AS) asRNA are concomitantly expressed in S. aureus. SprA1(AS) forms a complex with SprA1, preventing translation of the SprA1-encoded open reading frame by occluding translation initiation signals through pairing interactions. The SprA1 peptide sequence is within two RNA pseudoknots. SprA1(AS) represses production of the SprA1-encoded cytolytic peptide in trans, as its overlapping region is dispensable for regulation. These findings demonstrate that sometimes asRNA functional domains are not their gene-target complementary sequences, suggesting there is a need for mechanistic re-evaluation of asRNAs expressed in prokaryotes and eukaryotes.

Published
2011

45. Antiviral effect of ribonuclease conjugated oligodeoxynucleotides targeting the IRES RNA of the hepatitis C virus

Author

Reynald Gillet, Valérie Abreu-Guerniou, Bertrand Carboni, Nicolas Gernigon, Maud Trotard, Carly Gamble, Fabienne Berrée, Brice Felden, Jacques Le Seyec, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Signalisation et Réponses aux Agents Infectieux et Chimiques (SeRAIC), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Régulations des équilibres fonctionnels du foie normal et pathologique, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Interactions cellulaires et moléculaires (ICM), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Région Bretagne (PRIR Grant No. 691), Ligue Nationale contre le Cancer (Coordination grand-ouest), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Clinical Biochemistry, Pharmaceutical Science, Hepacivirus, MESH: Base Sequence, medicine.disease_cause, 01 natural sciences, Biochemistry, Ribosome, Oligodeoxyribonucleotides, Antisense, MESH: Cell-Free System, Drug Discovery, MESH: Hepacivirus, Single-Stranded RNA, 0303 health sciences, biology, Chemistry, Imidazoles, 3. Good health, Oligodeoxyribonucleotides, MESH: RNA, Viral, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, MESH: 5' Untranslated Regions, RNA, Viral, Molecular Medicine, MESH: Imidazoles, MESH: Antiviral Agents, Hepatitis C virus, Antiviral Agents, Virus, MESH: Oligodeoxyribonucleotides, Antisense, Cell Line, 03 medical and health sciences, Eukaryotic translation, medicine, Humans, Ribonuclease, Molecular Biology, 030304 developmental biology, MESH: Humans, Base Sequence, Cell-Free System, 010405 organic chemistry, Organic Chemistry, RNA, Virology, Molecular biology, MESH: Cell Line, 0104 chemical sciences, Internal ribosome entry site, MESH: Oligodeoxyribonucleotides, biology.protein, 5' Untranslated Regions
Abstract

International audience; Hepatitis C virus (HCV) translation initiation is mediated by a highly structured and conserved RNA, termed the Internal Ribosome Entry Site (IRES), located at the 5'-end of its single stranded RNA genome. It is a key target for the development of new antiviral compounds. Here we made use of the recently developed HCV cell culture system to test the antiviral activity of artificial ribonucleases consisting of imidazole(s) linked to antisense oligodeoxynucleotides targeting the HCV IRES. Results from the cell culture model indicate that the naked antisense oligodeoxynucleotide displayed an efficient antiviral activity. Despite the increased activity observed with the addition of imidazole moieties when tested with the cell-free system, it appears that these improvements were not reproduced in the cellular model.

Published
2009

46. Targeted inhibition of the hepatitis C internal ribosomal entry site genomic RNA with oligonucleotide conjugates

Author

Reynald Gillet, Bertrand Carboni, Brice Felden, Valérie Guerniou, Fabienne Berrée, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Region Bretagne (PRIR Grant n8691 and CRB 2004-1483), ACI BCMS 136, V.G. is supported by a post-doctoral fellowship from the ANRS, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Lefevre, Annick

Subjects
Hepacivirus, Biology, MESH: Base Sequence, RNA hydrolysis, 01 natural sciences, Ribosome, 03 medical and health sciences, Eukaryotic translation, MESH: Oligonucleotides, Antisense, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Genetics, Initiation factor, MESH: Hepacivirus, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Base Sequence, 010405 organic chemistry, Oligonucleotide, RNA, Ribosomal RNA, Oligonucleotides, Antisense, Molecular biology, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Internal ribosome entry site, MESH: Nucleic Acid Conformation, MESH: Protein Biosynthesis, MESH: RNA, Viral, Protein Biosynthesis, Nucleic Acid Conformation, RNA, Viral, MESH: Ribosomes, Ribosomes
Abstract

International audience; Hepatitis C is a major public health concern, with an estimated 170 million people infected worldwide and an urgent need for new drug development. An attractive therapeutic approach is to prevent the 'cap-independent' translation initiation of the viral proteins by interfering with both the structure and function of the hepatitis C viral internal ribosomal entry site (HCV IRES). Towards this goal, we report the design, synthesis and purification of novel bi-functional molecules containing DNA or RNA antisenses attached to functional groups performing RNA hydrolysis. These 5' or 3'-coupled conjugates bind the HCV IRES with affinity and specificity and elicit targeted hydrolysis of the viral genomic RNA after short (1 h) incubation at low (500 nM) concentration at 37 degrees C in vitro. Additional secondary cleavage sites are induced and their mapping within the RNA structure indicates that functional domains IIIb-e are excised from the IRES that, based on cryo-EM studies, becomes incapable of binding the small ribosomal subunit and initiation factor 3 (eIF3). All these molecules inhibit, in a dose-dependent manner, the 'IRES-dependent' translation in vitro. The 5'-coupled imidazole conjugate reduces viral protein synthesis by half at a 300 nM concentration (IC50), corresponding to a 4-fold increase of activity when compared to the naked oligonucleotide. These new conjugates are now being tested for activity on infected hepatic cell lines.

Published
2007

47. Proteins that interact with bacterial small RNA regulators

Author

Christophe Pichon, Brice Felden, Institut d'Astrophysique de Paris (IAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), and Lefevre, Annick

Subjects
Riboswitch, regulatory RNAs, Small RNA, RNA, Untranslated, RNA-binding protein, Biology, Microbiology, MESH: RNA, Untranslated, 03 medical and health sciences, Bacterial small RNA, Bacterial Proteins, small RNAs, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, RNA, Messenger, noncoding RNAs, MESH: Bacterial Proteins, MESH: RNA, Messenger, 030304 developmental biology, Genetics, MESH: Gene Expression Regulation, Bacterial, 0303 health sciences, Bacteria, 030306 microbiology, RNA chaperone, RNA-Binding Proteins, RNA, sequestering RNAs, Gene Expression Regulation, Bacterial, Non-coding RNA, Cell biology, RNA, Bacterial, MESH: Bacteria, RNA silencing, MESH: RNA-Binding Proteins, Infectious Diseases, Transfer RNA, MESH: RNA, Bacterial
Abstract

International audience; Small regulatory RNAs have been identified in a wide range of organisms, where they modify mRNA stability, translation or protein function. Small RNA regulators (sRNAs) either pair with mRNA targets or modify protein activities. Here we discuss current knowledge of the various proteins that interact with RNA regulators and review the physiologic implications of sRNA-protein complexes in DNA, RNA and protein metabolism, as well as in RNA and protein quality control in prokaryotes. Proteins that interact with the sRNAs can possess catalytic activity, induce conformational changes of the sRNA, or be sequestered by the sRNA to prevent the action of the protein.

Published
2007

48. Mise au point sur le bon usage des fluoroquinolones administrées par voie systémique chez l’adulte (ciprofloxacine, lévofloxacine, moxifloxacine, norfloxacine, ofloxacine, péfloxacine) [Update on a proper use of systemic fluoroquinolones in adult patients (ciprofloxacin, levofloxacin, moxifloxacin, norfloxacin, ofloxacin, pefloxacin)]

Author

Chidiac , C., Cavallo , J. D., Cohen , R., Dupon , M., Galperine , T., Garraffo , R., Garo , B., Gauzit , R., Gavazzi , G., Kouzan , S., Varon , E., LeCompte , T., Leroy , O., Senneville , E., Tattevin , P., Thiebault-Bertrand , A., Voiriot , P, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Association Clinique et Thérapeutique du Val-de-Marne (ACTIV), ACTIV, Service de microbiologie, CHI Créteil, Service des maladies infectieuses, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, CHU Grenoble, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble, Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Service des maladies infectieuses [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive ( LBBE ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble, Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] ( CIC ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy )

Subjects
[ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; no abstract

Published
2015

49. A bacterial regulatory RNA attenuates virulence, spread and human host cell phagocytosis

Author

Noëlla Germain-Amiot, Valérie Bordeau, Hélène Le Pabic, Brice Felden, Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), ANR-09-MIEN-0030,RNAureus,ARN régulateurs bactériens et virulence : Mécanismes, structures et influences du RNome sur la pathogénicité du staphylocoque doré(2009), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Lefevre, Annick, and MIE : Maladies infectieuses, immunité et environnement - ARN régulateurs bactériens et virulence : Mécanismes, structures et influences du RNome sur la pathogénicité du staphylocoque doré - - RNAureus2009 - ANR-09-MIEN-0030 - MIE - VALID

Subjects
Staphylococcus aureus, media_common.quotation_subject, Phagocytosis, Virulence, Biology, medicine.disease_cause, Microbiology, Cell Line, 03 medical and health sciences, Mice, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Genetics, medicine, Macrophage, Animals, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, RNA, Messenger, Internalization, 030304 developmental biology, media_common, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Phagocytes, 030306 microbiology, Autolysin, Gene regulation, Chromatin and Epigenetics, RNA, Gene Expression Regulation, Bacterial, N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase, Staphylococcal Infections, biology.organism_classification, Oxidative Stress, RNA, Bacterial, RNA, Small Untranslated, Female, Ribosomes, Bacteria
Abstract

International audience; Staphylococcus aureus pathogenesis is directed by regulatory proteins and RNAs. We report the case of an RNA attenuating virulence and host uptake, possibly to sustain commensalism. A S. aureus sRNA, SprC (srn 3610), reduced virulence and bacterial loads in a mouse infection model. S. aureus deleted for sprC became more virulent and increased bacterial dissemination in colonized animals. Conversely, inducing SprC expression lowered virulence and the bacterial load. Without sprC, S. aureus phagocy-tosis by monocytes and macrophages was higher, whereas bacteria were internalized at lower yields when SprC expression was stimulated. Without sprC, higher internalization led to a greater number of extracellular bacteria, facilitating colonization. SprC expression decreased after phagocytosis, concurring with the facilitated growth of bacteria lacking the sRNA in the presence of an oxidant. The major staphylococcal autolysin facilitates S. aureus uptake by human phagocytes. ATL proved to be negatively regulated by SprC. The SprC domains involved in pairing with atl mRNA were analyzed. The addition of ATL reduced phagocytosis of bacteria lacking sprC with no effects on wild-type bacterial uptake, implying that SprC influences phagocytosis, at least in part, by controlling ATL. Since the control of SprC on ATL was modest, other factors must contribute to atl regulation.

Published
2015

50. Latent Tuberculosis Infection Screening and 2-Year Outcome in Antiretroviral-Naive HIV-Infected Patients in a Low-Prevalence Country

Author

Bourgarit, Anne, Baron, Gabriel, Breton, Guillaume, Tattevin, Pierre, Katlama, Christine, Allavena, Clotilde, Campa, Pauline, Ravaud, Philippe, Lortholary, Olivier, Carcelain, Guislaine, Group, IGRAVIH Study, Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre d'Epidémiologie Clinique (CEC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Faculté de Médecine-Hôpital Hôtel Dieu, Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques (U738 / UMR_S738), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service des maladies infectieuses, CHU Pontchaillou [Rennes], Fonction, structure et inactivation d'ARN bactériens, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de maladies infectieuses et tropicales [Nantes], Université de Nantes (UN)-Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Services des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Equipe 5 : METHODS - Méthodes de l’évaluation thérapeutique des maladies chroniques (CRESS - U1153), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Faculté de Médecine-Hôpital Hôtel Dieu, Modèles et méthodes de l'évaluation thérapeutique des maladies chroniques, Service de Médecine Interne, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de maladies infectieuses, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses ( CIMI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre d'Epidémiologie Clinique ( CEC ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Faculté de Médecine-Hôpital Hôtel Dieu, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique ( iPLESP ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Nantes ( UN ) -Hôtel-Dieu-Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Equipe 5 : METHODS - Méthodes de l’évaluation thérapeutique des maladies chroniques ( CRESS - U1153 ), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité ( CRESS (U1153 / UMR_A 1125) ), Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), and Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Male, latent tuberculosis infection, [SDV]Life Sciences [q-bio], HIV Infections, Tertiary Care Centers, 0302 clinical medicine, Interquartile range, Risk Factors, Mass Screening, Prospective Studies, 0303 health sciences, education.field_of_study, Latent tuberculosis, Incidence (epidemiology), Middle Aged, 3. Good health, tuberculosis, Practice Guidelines as Topic, Female, France, medicine.symptom, Viral load, Pulmonary and Respiratory Medicine, Adult, medicine.medical_specialty, Tuberculosis, Population, Tuberculin, tuberculin skin test, Asymptomatic, 03 medical and health sciences, Latent Tuberculosis, Internal medicine, medicine, IFN-γ release assay, Humans, education, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], 030306 microbiology, business.industry, Tuberculin Test, HIV, medicine.disease, CD4 Lymphocyte Count, 030228 respiratory system, Immunology, Multivariate Analysis, business, Interferon-gamma Release Tests, Follow-Up Studies
Abstract

International audience; Background - Diagnosis and treatment of latent tuberculous infection decrease the incidence of tuberculosis (TB) in HIV-infected patients. Objectives - To evaluate the diagnostic yield of two IFN-γ release assays and tuberculin skin testing for the screening of latent infection in HIV-infected patients. Methods - We performed a prospective study in 29 referral centers for HIV care in France. Asymptomatic, antiretroviral-naive patients infected with HIV-1 who consented to participate underwent two commercial tests (T-SPOT.TB and QuantiFERON-TB Gold In-Tube ELISA test [QFT]) and skin test at enrollment and were followed up for clinical events during 24 months. Results - Between March 2009 and 2011, 506 patients were included, of whom 415 performed the three tests. Median age was 38 years (interquartile range, 31-45 yr), with median CD4 cell count of 466/μL (337-615 μL), and HIV viral load of 4.5 log10 copies/ml (3.6-4.9 log10 copies/ml). At least one IFN-γ release assay was positive for 55 (13.5%) patients: QFT (n = 43), T-SPOT.TB (n = 34), both (n = 22). Skin test was positive (>5 mm) in 66 (15.9%) patients, with intertest agreement at 81 to 86%. On multivariate analysis, positive IFN-γ release assay was only correlated with country of birth (8.4% for France vs. 17.9% for high-prevalence countries, P = 0.004). Of the 55 patients with positive IFN-γ release assay, 8 (14.5%) developed active TB, all within 120 days. No other case of active TB was diagnosed. Once active TB was excluded, IFN-γ release assay-based latent infection prevalence was 11.8%. Conclusions - Systematic screening for latent TB infection by IFN-γ release assay identifies a population at high risk of active TB over the next months. An extensive diagnostic work-up for active TB must follow positive IFN-γ release assay, before considering treatment of latent infection. Clinical trial registered with www.clinicaltrials.gov (NCT00805272).

Published
2015

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