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I virus rappresentano da sempre una delle principali minacce per la produzione dei cereali. Allo scopo di assicurare un'accurata diagnosi dei virus presenti nelle varietà locali di Triticum aestivum L., Hordeum vulgare L., T. durum Desf., Secale cereale L., Avena sativa L., reperite nell'ambito del progetto SaVeGralNPuglia, tali varietà sono state caratterizzate con marcatori molecolari associati a fitopatie ad eziologia virale. Per evitare i falsi negativi, sono stati considerati più marcatori per ciascun virus e regioni diverse del genoma virale. I saggi molecolari hanno previsto la retro­trascrizione dell'RNA estratto, seguita dall'amplificazione mediata dalla polimerasi (RT-PCR). L'incidenza di campioni positivi è risultata pari al 23 % per il virus del mosaico giallo dell'orzo (BaYMV), al 49 % per il virus del mosaico comune del frumento (SBCMV), al 95 % per l'agente del mosaico dell'avena (OMV) , al 55 % per il virus del mosaico striato del frumento (WSMV), e all'84 % per il virus della striatura fusiforme del frumento (WSSMV). I saggi per il virus del mosaico moderato dell'orzo (BaMMV) e quello del nanismo giallo dell'orzo (BYDV) hanno dato esito negativo. Nel caso dell'OMV si è fatto ricorso all'ibridazione molecolare a macchia o "dot-blot" di frammenti amplificati. I risultati ottenuti hanno inoltre consentito di accertare in alcuni campioni I presenza d'infezione multipla da fitovirus in quanto erano presenti contemporaneamente 2, 3 o 4 virus diversi, presenti rispettivamente con percentuali del 23, 8, e 5. Per una diagnosi approfondita di tutta la complessità del "viroma" del campione in esame sono state infine selezionate varietà locali di Triticum durum L., T. aestivum L., e H. vulgare L. più rappresentative, da sottoporre ad analisi di metagenomica con tecnologie NGS.

CNR-IBBR Attività di Coordinamento ed Organigramma del Capofila

Nell'ambito dei Programmi di Sviluppo Rurale, P.S.R. Puglia 2007/2013, destinati al miglioramento del Sistema Regionale della biodiversità (Reg. CE n. 1698/2005, PSR Puglia 2007/2013, Misura 214 - Azione 4 Sub-azione a; e successivo P.S.R. Puglia 2014-2020, Misura 10 pagamenti-agro-climatico- ambientali, Art. 28 Reg. UE n. 1305/2013 Sottomisura 10.2) è stato finanziato il progetto: "Recupero, caratterizzazione, salvaguardia e valorizzazione di leguminose e cereali da granella e foraggio in Puglia" (SaVeGraINPuglia). Questo volume include schede descrittive delle leguminose, cereali e foraggere reperite in Puglia acquisite in regione e caratterizzate con approccio multidisciplinare nell'ambito del proggetto SaVeGraINPuglia.

Obiettivo del progetto "Recupero, caratterizzazione, Salvaguardia e Valorizzazione di leguminose e cereali da Granella e foraggio IN Puglia" - SaVeGraINPuglia (Misura 214 azione 4 sub.a, PSR 2007-2013) sezione cerealicola è la preservazione delle risorse genetiche cerealicole nei luoghi dove da almeno 80 anni sono state tradizionalmente coltivate e dove sono ancora oggi variamente distribuite negli 11 ambiti di paesaggio inclusi nel Piano Paesaggistico Territoriale Regionale (PPTR). A tal fine sono state sinergicamente avviate azioni volte al reperimento di informazioni storiche, raccolta di antiche risorse genetiche vegetali locali, allevamento delle stesse al fine di procedere alla loro caratterizzazione morfologica e genetica, risanamento, conservazione in situ nei luoghi dove sono state individuate. Le informazioni storiche sono state reperite in biblioteche inserite in ciascuno dei sei poli regionali afferenti al Sistema Bibliotecario Nazionale (SBN), in biblioteche regionali, collaborando con i Gruppi di Azione Locale, associazioni culturali, esperti di settore e raccogliendo testimonianze di anziani agricoltori che hanno memoria delle tecniche colturali, proverbi, ricette, usi rituali relativi alle risorse. Sono stati raccolti circa 78 campioni ed i siti di reperimento georeferenziati. I campioni sono stati catalogati e conservati ex situ a basse temperature o mediante propagazione. Nell'ambito territoriale del Gargano, Monti Dauni, Alta Murgia, Murgia dei Trulli ed Arco Jonico Tarantino sono stati reperiti grani duri (Triticum durum desf.) e grani teneri (Triticum aestivum L.) e tra quest'ultimi in prevalenza la Bianchetta. Nel Tavoliere salentino e Salento delle Serre, prevalentemente orzo (Hordeum vulgare L.) ed avena (Avena sativa L.). In tutta la regione e in particolare nel Salento, prevale come coltura cerealicola di antica tradizione il grano duro Senatore Cappelli. Una sezione dei campioni è stata sottoposta a risanamento fitosanitario e caratterizzazione morfologica, genetica, tecnologica, nutrizionale. La caratterizzazione morfologica e la propagazione a fini conservativi sono state eseguite in campi catalogo opportunamente predisposti al fine di procedere alle verifiche di alcuni caratteri. Per sei risorse cerealicole è stato inoltre possibile completare l'intero ciclo di azioni previste dal progetto, inclusa la conservazione in situ presso l'azienda detentrice della risorsa. Per tutte sono state predisposte schede di segnalazione, storiche e di caratterizzazione nonché schede digitali seguendo le indicazioni riportate nel Piano Nazionale sulla Biodiversità di interesse Agricolo (PNBA) e nei descrittori dell'International Board for Plant Genetic Resources (IBPGR). L'integrazione dei dati rilevati nell'ambito di ciascuna attività di reperimento, risanamento, caratterizzazione, conservazione in situ ed ex situ, ha messo in luce un possibile modello di conservazione dinamica dei cereali.

Legume, cereal and forage landraces, selected over the time by local farmers and well adapted to the climatic conditions of the Apulia region, are threatened by genetic erosion resulting from the gradual spread of more productive varieties. In order to collect, preserve and store these landraces in National or Regional gene banks (ex situ conservation) and/or directly in field under the strictly control of local farmers (on farm conservation, a type of in situ conservation) a regional safeguard project was established within the framework of the European Agricultural Programms for Rural Development. The primary objective of the project, named with the acronym SaVeGraINPuglia, is the collection, safeguard and preliminary evaluation and valorization of legume, cereal and forage landraces present in the Apulia region. About 150 landraces were collected in different habitat and areas outside and inside protected areas where traditional agricultural practices still survive. The collected germplasm was stored and safeguarded both ex situ and in situ through the application of appropriate, international protocols. A preliminar characterisation is in progress. The project activities, coordinated by the Institute of Biosciences and Bio-Resources of the National Research Council (IBBR-CNR) was carried out in collaboration with 20 partners operating in the regional territory and belonging to public research organizations, universities, parks, private companies and associations. The preliminary results of the project will be presented to enphasize the potential use of landraces for the promotion of local products and the development of sustainable agricultu

Lo studio delle varietà locali di "Fagioli di Sarconi" di interesse per il progetto VAL.BIO.LUC., finalizzato all'identificazione di genotipi superiori, necessita ad integrazione della loro valutazione agronomica, di dati sulle caratteristiche nutrizionali e tecnologiche della granella. Nell'ambito del progetto VAL.BIO.LUC., l'IBBR di Bari si è occupato di valutare sul materiale fornito dall'azienda Belisario di Sarconi (PZ) partner del progetto, i seguenti parametri: tra i macro-costituenti è stato determinato il contenuto in proteine grezze poiché per il fagiolo nell'ambito di questa tipologia, questo è il parametro con maggiore impatto sul valore nutrizionale del seme; tra i parametri legati alla fase di ammollo, preliminare al consumo, sono stati determinati l'indice di idratazione (HI), l'indice di rigonfiamento (SI), la percentuale in tegumento e il tempo di cottura; tra i fattori antinutrizionali è stato quantificato il contenuto in acido fitico. Inoltre, è stato condotto un saggio per verificare lo stato fitosanitario dei "Fagioli di Sarconi". Sono stati presi in considerazione due virus molto importanti spesso presenti in Phaseolus vulgaris L.: il virus del mosaico giallo del fagiolo (Bean yellow mosaic virus BYMV, Potyvirus) trasmissibile da afidi e il virus del mosaico comune del fagiolo (Bean common mosaic virus BCMV, Potyvirus), trasmesso per seme.

L'istituto di Bioscienze e BioRisorse del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-IBBR) ha coordinato le attività dei venti partner del progetto provvedendo alle verifiche scientifiche ed amministrative suddivise secondo le differenti macro-tipologie di risorse raccolte ed oggetto del programma approvato: leguminose, cereali e foraggere. L'attività di coordinamento scientifico si è avvalsa dell'ausilio di tre aziende esterne che hanno agevolato, con i loro servizi, il raggiungimento degli obiettivi definiti nell'ambito delle attività di indagini storiche e bibliografiche, rilievi, raccolta e prima caratterizzazione, caratterizzazione morfologica, raccolta dati relativi agli agricoltori per la conservazione in situ, immissione dati nella banca dati di progetto, supporto agli utenti per la immissione dati. Per le attività di coordinamento relativa alla gestione amministrativa e alla verifica contabile amministrativa ci si è avvalsi di una società e, per la gestione dati AGEA, di un consulente esterno che si è occupato della immissione dati sul portale. E' stato infine affidato ad una azienda locale la gestione dei tre eventi programmati nell'ambito del progetto e che hanno visto convolti tutti i partner. L'organigramma interno è servito a definire, nell'ambito delle due macro-tipologie leguminose e cereali, le aree d'intervento del personale del CNR-IBBR di Bari. Sono stati pertanto creati gruppi ad hoc per indagini storiche, esplorazione del territorio, conservazione, caratterizzazione, risanamento, immissione dati, gestione informatica, segreteria e gestione amministrativa.

Nel passato la Puglia era particolarmente ricca di varietà locali di leguminose e cereali da granella, coltivate in alternanza seguendo le tradizionali tecniche di rotazione delle colture impiegate da secoli in agricoltura per preservare la fertilità del terreno. La diversità genetica esistente in queste antiche varietà, ben adattate alle condizioni pedoclimatiche del territorio regionale, è da tempo minacciata da fenomeni di erosione conseguenti alla progressiva diffusione di nuove varietà maggiormente produttive. Gli agricoltori, la comunità scientifica ed i politici pugliesi più attenti, hanno da qualche tempo sottolineato l"importanza e l"urgenza di recuperare, preservare e custodire in Banche del Germoplasma questo antico e prezioso patrimonio varietale regionale. Per le varietà locali pugliesi di leguminose e cereali da granella, vi è carenza di informazioni storiche, sulle origini, tradizioni, usi e saperi popolari, sulle motivazioni che hanno contribuito alla loro persistenza in alcuni areali e di dati precisi sulla loro attuale diffusione sul territorio, stato fitosanitario, struttura genetica, caratteristiche agronomiche, nutrizionali e di resistenza a stress biotici ed abiotici. Insufficienti sono inoltre le strutture volte alla promozione, divulgazione e valorizzazione di questo antico patrimonio colturale strettamente connesso alla dieta mediterranea recentemente riconosciuta come patrimonio immateriale dell"umanità. Obiettivo prioritario del progetto PSRMisura 214 SaVeGraINPuglia sarà pertanto il recupero, la caratterizzazione, la salvaguardia e la valorizzazione di leguminose e cereali da granella e foraggio in Puglia. Le varietà locali pugliesi saranno reperite nei diversi areali ed habitat regionali, caratterizzate, e salvaguardate sia mediante conservazione ex situ che in situ applicando protocolli di tutela Regionali ed Internazionali. Le attività progettuali coordinate dall"Istituto di Bioscienze e BioRisorse del Consiglio Nazionale delle Ricerche saranno svolte in collaborazione con Enti pubblici (Consiglio Nazionale delle Ricerche, Università di Bari e del Salento, Consiglio per la Ricerca e la sperimentazione in Agricoltura, Ente Parco Nazionale dell"Alta Murgia), Aziende ed Associazioni (Agrinpro, Azienda Agricola Iannone, Azienda Agricola Lamarcavotta, BioNat Italia, Centro Studi Lino Lana Lenticchia, Centri Regionali per le Tecnologie Agroalimentari, Consorzio Daunia & Bio, CSQA Certificazione, Eco-Spo, Ferventazione, Intini & C.) operanti sul territorio regionale.

The complete sequence of the Pelargonium zonate spot virus (PZSV) genome was determined. It comprises 8477 nt, distributed in three positive-strand RNA species encoding four proteins. RNA-1 is 3383 nt long, with an ORF that encodes a polypeptide with a molecular mass of 108 419 Da (denoted protein 1a). This protein contains the conserved sequence motifs I–III of type I methyltransferases and the seven consensus motifs of the helicases of superfamily 1. RNA-2 is 2435 nt long and encodes a major polypeptide with a molecular mass of 78 944 Da (denoted protein 2a), which shows identity to the RNA-dependent RNA polymerases of positive-strand RNA viruses. RNA-3 is 2659 nt long and contains two major ORFs. The first ORF is located in the 59 portion of the genome and sequence comparison of the putative translation product revealed similarities with the 30K superfamily of virus movement proteins. The second ORF is located in the 39 half and encodes the viral coat protein, which is expressed via a subgenomic RNA, RNA-4. The transcription initiation site of RNA-4 maps to the intergenic region of RNA-3. The organization of the PZSV genome, including the primary structure of terminal non-coding regions, strongly suggests that this virus belongs to the family Bromoviridae. The overall biological and genomic characteristics of PZSV indicate affinities in diverging directions with one or other of the virus species in this family, thus enabling it to be considered as a possible representative of a new genus within the family Bromoviridae.

A PCR based method was applied to the detection of grapevine fanleaf virus (GFLV). The virus was amplified from specimens of its vector Xiphinema index, collected in a grapevine orchard at Palagiano, Italy. The detection was carried out with a real-time fluorescent RT-PCR assay. A set of primers was designed for the GFLV RNA-2 amplification. A 2500 bp fragment was amplified by RT-PCR, from X. index adults and juveniles, cloned and sequenced. We compared the obtained GFLV sequences with those available in GenBank and two regions were selected for virus detection and/or strain identification. A fluorescent Scorpion probe was designed to amplify a 100 bp fragment within the conserved region of the cp gene. A 21 bp conserved motif at position 2855 was used as probe target. An additional region with strain-specific nucleotide variations at position 2502 was used to discriminate between the Palagiano and other GFLV strains. Specific oligos, constructed on the basis of GenBank sequences AF304015 and X16907, were used as controls. Furthermore, a set of three strain-specific molecular beacons was designed on this region and used with the amplified DNA or oligos. The successful detection of the probe targets was shown by fluorescent signals emitted during amplification or under UV excitation. The Scorpion probe proved to be useful in virus detection. Due to their single-base mismatch sensitivity, the molecular beacons appeared suitable for specific strain recognition. The potential of these technologies in the study of transmission and vector epidemiology are briefly discussed.

Two extraction and detection procedures were compared for isolation of the nematode parasitic fungus, Pochonia chlamydosporia , from soil. The extraction methods compared were a traditional, chloroform-based DNA extraction protocol, and the use of nucleic acids captured by magnetic beads. Sensitivity and specificity tests were developed using DNA extracted from a sandy soil treated with a P. chlamydosporia isolate VC21, or from cultures of the same isolate used as a control. The fungus DNA was detected through molecular hybridization (dot-blot) or Real-time PCR. Two probes, of 160 and 197 nucleotides respectively, were synthesized for dot-blot. They recognized an internal region of a serine protease (VCP1) gene, or a fragment of the mitochondrial rRNA gene (NMS). For Real-time PCR a molecular beacon specific to a 23 bp fragment within the VCP1 gene was used. The conventional extraction did not yield DNA pure enough to allow PCR, but permitted its identification through the dot-blot analysis. This protocol allowed the contemporary test of several samples with a detection limit of 500 ng of total DNA from soil. The use of magnetic beads in the DNA extraction from soil simplified the procedure allowing the collection of amounts of high quality DNA, ready for use in Real Time PCR in minutes.