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In dieser Arbeit wird die Entwicklung und Charakterisierung der Mediator-Sonden-Polymerase-Kettenreaktion (mediator probe polymerase chain reaction; MP PCR) vorgestellt. Dieses neuartige Verfahren verbindet die sequenz-spezifische Amplifizierung von Nukleinsäuren mit der Detektion durch standardisierte Reportermoleküle. Die wesentlichen Bestandteile bilden dabei die Mediator-Sonde (mediator probe; MP) und ein universeller, fluorogener Reporter (universal reporter; UR). Die MP besteht aus zwei funktionellen Regionen: Die 3’-Region (Sonde) ist komplementär zur Zielsequenz, wobei die 5’-Region (Mediator) eine nicht-komplementäre Sequenz aufweist. Im Verlauf der MP PCR wird die Mediator-Sonde gespalten und der Mediator freigesetzt. Der Mediator hybridisiert an den UR und induziert eine Reaktion, bei der ein Fluoreszenzsignal erzeugt wird. Der entscheidende Vorteil der MP PCR besteht darin, dass die Zielsequenz indirekt nachgewiesen wird und somit nur ein einziger fluorogener UR für die Detektion verschiedener Zielsequenzen benötigt wird. Die Spezifität wird dabei durch die MP erreicht, deren Sondensequenz an die jeweilige Zielsequenz angepasst wird. Im Gegensatz zur Hydrolyse-Sonden PCR ist die zielsequenzspezifische MP nicht fluoreszenzmarkiert und kann somit kostengünstig synthetisiert werden. Als Teil dieser Arbeit wurde eine Software (Mediator Design Software; M-Desire) entwickelt, mit welcher optimierte Mediatorsequenzen generiert werden können. Dabei werden zunächst zufällige Nukleotidsequenzen definierter Länge erstellt und anschließend hinsichtlich Schmelztemperatur (Tm), Nukleotidkomposition, Sekundärstrukturen und weiteren Eigenschaften untersucht und gefiltert. Mit Hilfe von M-Desire wurden mehrere optimierte Sequenzen generiert, die weder Hybridisierungsprodukte miteinander noch mit anderen Sequenzen des Zielgenoms bzw. mit weiteren Genomen bildeten. Die thermodynamische Betrachtung der MP PCR ergab eine optimale Tm des Mediators, die im Bereich der Primer-M, This thesis describes the development and characterization of the mediator probe polymerase chain reaction (MP PCR), an innovative strategy for the detection of nucleic acids. The novel assay format combines analyte-specific reagents for target amplification with a standardized fluorescence reporter molecule circumventing the need for target-specific fluorogenic probes (e.g. hydrolysis probe, HP). The proprietary key elements of this assay technology are the bi-functional mediator probe (MP), consisting of a target-specific 3’ region (probe) and a generic 5’ region (mediator), and the universal fluorogenic reporter (UR). Upon target amplification, the MP is cleaved by the polymerase. The released mediator is captured by the UR and instantly induces a fluorescence signal. The striking feature of the MP PCR is the indirect detection of the target. Different targets can be detected employing only one design of the UR as the probe region of the MP is adapted to the specific target. In contrast, HPs have to be synthesized for each target with additional expenses. Consequently, the MP PCR benefits from economic probe design. The Mediator Design Software (M-Desire) was exclusively developed within the scope of this work. M-Desire generated random sequences of defined length and accounts for analysis of melting temperature (Tm), nucleotide composition, secondary structure formation and other properties of the mediator sequence. The software pipeline delivered several sets of random sequences without cross-interference or interactions with the target. In considering thermodynamic design, an optimal melting temperature (Tm) of the mediator in the range of the used primers (typically 60.0–64.0 °C) was determined. The Tm of the probe region is recommended to be between 69.0–73.0 °C and can be designed according to common guidelines for HPs. The UR is a self-contained fluorogenic signaling oligonucleotide with hairpin-like conformation due to an internal hybridization of its 5’