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El objetivo del presente estudio fue analizar los cambios producidos en el ensamble de macroinvertebrados bentónicos en respuesta a las alteraciones ambientales antropogénicas en un río de la Patagonia extrandina. Se realizaron cuatro campañas de muestreo entre marzo de 2017 y marzo de 2019, en épocas del año contrastantes, en el curso medio del río Chico (Santa Cruz). Se establecieron seis estaciones de muestreo: dos estaciones control aguas arriba de la localidad de Gobernador Gregores y cuatro aguas abajo, a distancias crecientes del centro urbano. En cada estación se midieron variables fisicoquímicas y se colectaron cuatro muestras del macrobentos utilizando una red manual tipo Surber con malla de 500 µm. Los datos de abundancia de taxones y de grupos funcionales alimentarios (GFA) se analizaron con métodos estadísticos univariados y multivariados. Se identificaron 26 taxones; los mejor representados fueron los oligoquetos, los hirudíneos, los gasterópodos y los insectos Chironomidae, Baetidae y Glossosomatidae. Las estaciones control y las más alejadas de la localidad mostraron los valores más altos de diversidad y de riqueza de taxones y GFA; los moluscos Chilinidae y Lymnaeidae junto con los insectos Baetidae, Glossosomatidae y Gripopterygidae presentaron mayor importancia. En las estaciones aguas abajo, más cercanas a la localidad, el ensamble de macroinvertebrados estuvo dominado por oligoquetos Naididae e insectos Chironomidae, presentando los valores más bajos de diversidad y riqueza de taxones y GFA. Los colectores-recolectores fueron el grupo alimentario dominante en estas estaciones, en las que el aporte de efluentes urbanos favoreció la vía detritívora y la estrategia alimentaria oportunista. Los cambios en la composición y en la estructura trófica del ensamble de macroinvertebrados constituyen información relevante para comprender las modificaciones ecológicas ante la alteración del ambiente, y son de fundamental importancia para interpretar los índices bióticos utilizados para evaluar la calidad de un cuerpo de agua.