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La rotundone est le principal contributeur à l’arôme poivré des vins rouges. Les travaux menés dans le cadre de cette thèse de doctorat ont permis de faire progresser les connaissances sur cette molécule au niveau sensoriel, sur son appréciation par le consommateur et sur les facteurs environnementaux, viticoles et oenologiques impactant ses niveaux de concentration dans les vins. Une corrélation significative, entre l’intensité des notes poivrées perçues à la dégustation et la concentration en rotundone des vins au sein d’un échantillon composé de 21 vins, a été établie. Le profil de consommation des vins riches en rotundone a également été identifié. Le consommateur préférant les vins poivrés s’apparente à un amateur éclairé possédant un budget par bouteille de vin supérieur aux autres consommateurs. Aucun seuil de rejet n’a pu être établi pour la rotundone et le caractère positif de la molécule a été démontré dans la plupart des cas. Les recherches menées sur l’écophysiologie de la rotundone suggèrent que la production de la molécule a lieu dans la baie et peut être influencée par des facteurs abiotiques (quantité d’eau, niveau éclairement) et biotiques (infection par Erysiphe necator et Botrytis cinerea). La date de récolte, le clone, et quelques pratiques viticoles ont été identifiés comme des leviers possibles pour favoriser l’accumulation de la rotundone dans les vins. Aucune des techniques de vinification et des variables fermentaires testées n’ont permis d’augmenter les niveaux en rotundone des vins en comparaison avec un témoin vinifié traditionnellement. Ceci signifie que les efforts pour maximiser la concentration en rotundone des vins doivent être entrepris dès le vignoble

In south-western France, the coastal fringe with maritime pine (Pinus pinaster) forest has a multifunctional role, with erosion protection, preservation of biodiversity, tourism, and wood production as main objectives. Natural regeneration is used to renew these stands after clear-cutting. However, in recent years, regeneration failures have increased in some areas,leading to significant economic losses.The objective of this work was to identify the ecological mechanisms involved in these recurrent failures, in order to propose adapted forestry management practices to ensure forest regeneration. To do this, we studied four stages of the regeneration process: seed dispersal, germination, survival, and growth. A monitoring network of five sites along the Aquitaine Coast was also used to quantify the regeneration and characterize local differences in terms of forest management practices (clear-cut vs seed-tree regeneration,and sowing vs no sowing). Two experimental sites were set up to study in detail some factors potentially important in our context (climate, plant-plant interactions, herbivory).Our results confirm that natural regeneration is a complex process, influenced by many –often interacting – environmental and management factors. The quantity of seeds reaching the forest soil does not seem to be limiting. Seed germination is strongly related to soil moisture, and is influenced by the heterogeneity of the micro topography. Summer drought, the main cause of seedling mortality, may be mitigated by remaining seed trees on the stand.Direct and indirect biotic interactions with understorey vegetation have a strong impact on seedling survival, but vary greatly both in direction and intensity, depending on the seasonand the year.Even though our results provide a better understanding of the mechanisms involved in there generation cycle of maritime pine, it is difficult to put forward a single factor explaining local regeneration failures. However, overall, maintaining seed trees for a few years allows obtaining a successful regeneration in the entire coastal forest, thanks to the multi-yearsupply of seeds but also through the modifications of the microclimate under their canopy. Controlling understorey vegetation to reduce competition with pine seedlings and increasing hunting plans to reduce herbivory pressure on seedlings should also be considered in areas where regeneration failures are common.; Les forêts dunaires d’Aquitaine de pin maritime (Pinus pinaster) représentent un intérêt économique et écologique important de par leur rôle multifonctionnel (production de bois,protection contre l’érosion, préservation de la biodiversité, tourisme). La régénération naturelle est pratiquée après coupe rase pour les renouveler. Mais, de nombreux échecs de régénération sont observés depuis 20 ans, entrainant des pertes économiques non négligeables.L’objectif de ce travail a été d’identifier les mécanismes écologiques impliqués dans ces échecs récurrents, afin de proposer des recommandations de gestion pour favoriser le renouvellement de ces pinèdes. Pour cela, nous avons étudié quatre étapes-clés du processus de régénération : dispersion des graines, germination, survie, et croissance. Un réseau de sites d’observation le long du cordon dunaire a été utilisé pour quantifier la régénération, en interactions avec des pratiques sylvicoles (coupe rase vs coupe progressive, semis de graines de pin maritime vs absence de semis). Deux sites semi-expérimentaux ont été installé afin d’étudier en détail certains facteurs explicatifs potentiellement importants dans notre contexte(climat, interactions plante-plante, herbivorie). Nos résultats confirment que la régénération naturelle est un processus complexe, influencé par de nombreux facteurs environnementaux et d’autres liés à la gestion, pouvant être eux mêmes en interaction. La quantité de graines atteignant le sol ne semble pas être limitante. La germination des graines est fortement liée à l’humidité du sol, et est influencée par l’hétérogénéité de la microtopographie. La sécheresse estivale, cause majeure de mortalité des plantules, peut-être modulée par le maintien d’arbres semenciers. Les interactions biotiques directes et indirectes avec la végétation de sous-bois impactent fortement la survie des plantules, mais varient grandement en direction et en intensité selon les saisons et les années.Bien que nos résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le cycle de régénération du pin maritime, il apparaît difficile de mettre en avant un seul facteur expliquant les échecs de régénération sur certains secteurs. Cependant, dans l’ensemble, le maintien d’arbres semenciers pendant quelques années permet d’obtenir une régénération réussie sur la globalité des forêts dunaires, grâce à l’apport pluriannuel de graines mais aussi à travers les modifications du microclimat sous leur canopée. Contrôler la végétation spontanée afin de réduire la compétition avec les plantules de pin, et augmenter les plans de chasse afin de réduire la pression des herbivores sur les plantules, doit aussi être envisagé dans les secteurs où les échecs de régénération sont fréquents.

Les forêts dunaires d’Aquitaine de pin maritime (Pinus pinaster) représentent un intérêt économique et écologique important de par leur rôle multifonctionnel (production de bois,protection contre l’érosion, préservation de la biodiversité, tourisme). La régénération naturelle est pratiquée après coupe rase pour les renouveler. Mais, de nombreux échecs de régénération sont observés depuis 20 ans, entrainant des pertes économiques non négligeables.L’objectif de ce travail a été d’identifier les mécanismes écologiques impliqués dans ces échecs récurrents, afin de proposer des recommandations de gestion pour favoriser le renouvellement de ces pinèdes. Pour cela, nous avons étudié quatre étapes-clés du processus de régénération : dispersion des graines, germination, survie, et croissance. Un réseau de sites d’observation le long du cordon dunaire a été utilisé pour quantifier la régénération, en interactions avec des pratiques sylvicoles (coupe rase vs coupe progressive, semis de graines de pin maritime vs absence de semis). Deux sites semi-expérimentaux ont été installé afin d’étudier en détail certains facteurs explicatifs potentiellement importants dans notre contexte(climat, interactions plante-plante, herbivorie). Nos résultats confirment que la régénération naturelle est un processus complexe, influencé par de nombreux facteurs environnementaux et d’autres liés à la gestion, pouvant être eux mêmes en interaction. La quantité de graines atteignant le sol ne semble pas être limitante. La germination des graines est fortement liée à l’humidité du sol, et est influencée par l’hétérogénéité de la microtopographie. La sécheresse estivale, cause majeure de mortalité des plantules, peut-être modulée par le maintien d’arbres semenciers. Les interactions biotiques directes et indirectes avec la végétation de sous-bois impactent fortement la survie des plantules, mais varient grandement en direction et en intensité selon les saisons et les années.Bien que nos résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le cycle de régénération du pin maritime, il apparaît difficile de mettre en avant un seul facteur expliquant les échecs de régénération sur certains secteurs. Cependant, dans l’ensemble, le maintien d’arbres semenciers pendant quelques années permet d’obtenir une régénération réussie sur la globalité des forêts dunaires, grâce à l’apport pluriannuel de graines mais aussi à travers les modifications du microclimat sous leur canopée. Contrôler la végétation spontanée afin de réduire la compétition avec les plantules de pin, et augmenter les plans de chasse afin de réduire la pression des herbivores sur les plantules, doit aussi être envisagé dans les secteurs où les échecs de régénération sont fréquents., In south-western France, the coastal fringe with maritime pine (Pinus pinaster) forest has a multifunctional role, with erosion protection, preservation of biodiversity, tourism, and wood production as main objectives. Natural regeneration is used to renew these stands after clear-cutting. However, in recent years, regeneration failures have increased in some areas,leading to significant economic losses.The objective of this work was to identify the ecological mechanisms involved in these recurrent failures, in order to propose adapted forestry management practices to ensure forest regeneration. To do this, we studied four stages of the regeneration process: seed dispersal, germination, survival, and growth. A monitoring network of five sites along the Aquitaine Coast was also used to quantify the regeneration and characterize local differences in terms of forest management practices (clear-cut vs seed-tree regeneration,and sowing vs no sowing). Two experimental sites were set up to study in detail some factors potentially important in our context (climate, plant-plant interactions, herbivory).Our results confirm that natural regeneration is a complex process, influenced by many –often interacting – environmental and management factors. The quantity of seeds reaching the forest soil does not seem to be limiting. Seed germination is strongly related to soil moisture, and is influenced by the heterogeneity of the micro topography. Summer drought, the main cause of seedling mortality, may be mitigated by remaining seed trees on the stand.Direct and indirect biotic interactions with understorey vegetation have a strong impact on seedling survival, but vary greatly both in direction and intensity, depending on the seasonand the year.Even though our results provide a better understanding of the mechanisms involved in there generation cycle of maritime pine, it is difficult to put forward a single factor explaining local regeneration failures. However, overall, maintaining seed trees for a few years allows obtaining a successful regeneration in the entire coastal forest, thanks to the multi-yearsupply of seeds but also through the modifications of the microclimate under their canopy. Controlling understorey vegetation to reduce competition with pine seedlings and increasing hunting plans to reduce herbivory pressure on seedlings should also be considered in areas where regeneration failures are common.

Aims : Determining which abiotic and biotic factors influence soil aggregate stability (MWD) in tropical climates is often confounded by soil type. We aimed to better understand the influence of soil physical and chemical components, vegetation and fungal abundance on MWD of a Ferralsol along a successional gradient of vegetation in New Caledonia. Methods: Five plant communities (sedge dominated, open sclerophyllous shrubland, Arillastrum forest, Nothofagus forest and mixed rainforest) were studied. For each community, MWD, soil texture, soil organic carbon (SOC), iron (Fe) and aluminium (Al) sesquioxides, root length density (RLD), specific root length (SRL), root mass density (RMD) and fungal abundance were measured. Generalized linear models were used to predict MWD from soil and plant trait data. Results: The best prediction of MWD combined abiotic and biotic factors. Along the gradient, Fe increased MWD, while root traits, fungal abundance and SOC modified MWD. From the sedge-dominated community to Arillastrum forest, RMD and SOC increased MWD, while between Nothofagus and mixed rainforest, it was likely that floristic composition and fungal communities influenced MWD. Conclusions: Plant community, the intrinsic nature of Ferralsol and fungal abundance all modified MWD. However, the specific effect of microbial communities should be addressed through a metagenomics approach to elucidate microbial interactions with plant communities.

Teleost fish accumulate metals through different pathways and It is now well established that food plays a major role in this accumulation. Nevertheless, there is still lack of knowledge on the variability of metal trophic transfer in fish in connection with their life context. The present doctoral research aims at characterizing the influence of biological and environmental factors on the assimilation efficiency (AE) of essential and non-essential metals in fish. AE determination during a series of experiment under controlled condition reveals that biological factors, in particular the type of food ingested, play a predominant role in metal AE in fish while environmental factors (pH, temperature, salinity ...) seem to have a limited influence. All the work carried out during this thesis allows a better understanding of the trophic transfer of metals in fish and, thus bring new knowledge in the field of fish nutrition and ecotoxicology.; Les poissons téléostéens accumulent les métaux au travers de différentes voies et il est actuellement bien établi que la nourriture joue un rôle majeur sur cette accumulation. Néanmoins de nombreuses lacunes persistent sur la variabilité du transfert trophique des métaux chez les poissons en fonction de leur contexte de vie. La présente recherche doctorale vise à caractériser l’influence de facteurs biologiques et environnementaux sur l’efficacité d’assimilation (AE) de métaux essentiels et non-essentiels chez les poissons. La détermination des AEs lors d’une série d’expériences en milieu contrôlé révèle que les facteurs biologiques, et notamment le type de nourriture ingéré, jouent un rôle prépondérant sur l’AE des métaux chez les poissons alors que les facteurs environnementaux (pH, température, salinité…) semblent n’avoir qu’une influence plus limitée. L’ensemble des travaux réalisés lors de cette thèse permet une meilleure compréhension du transfert trophique des métaux chez les poissons, et apporte ainsi de nouvelles connaissances dans les domaines de la nutrition et de l’écotoxicologie.

Les associations végétales, par la complexité du couvert végétal qu’elles créent, sont le siège d’interactions biotiques particulières avec les ravageurs, les prédateurs, les champignons pathogènes, les adventices ou encore les organismes non pathogènes du sol. Cet article traite de la diversité des mécanismes en jeu (modification de paramètres tels que la disponibilité, la compétition et la complémentarité temporelle et spatiale pour les ressources, le microclimat, les stimuli variés, l’allélopathie) permettant de mieux comprendre leurs effets potentiels sur ces interactions pour diverses combinaisons d’espèces. De nombreux exemples mettent en avant l’intérêt des associations végétales pour lutter contre les bioagresseurs. Par ailleurs de nouveaux mécanismes sont aujourd’hui explorés notamment au niveau de la biologie des sols, qui semblent avoir un effet important sur le fonctionnement des associations végétales. Cependant, même si les travaux de recherche se développent sur l’analyse des facteurs biotiques pour une diversité de combinaisons d’espèces, ils restent encore rares en France et doivent se poursuivre tout en s’appuyant sur les observations (réussites et échecs) des agriculteurs et sur plusieurs essais en conditions agricoles avant leur déploiement pour un objectif donné bien identifié., Several particular biotic interactions including pests, predators, pathogens, weeds and non-pathogenic soil organisms occur in intercropping systems due to the diversity of the canopy. This paper deals with the range of mechanisms (modification of different parameters such as availability of resources, competition and temporal and spatial complementarity for resources, microclimate, various stimuli, allelopathy) involved in order to better understand the potential effects in various intercropping systems. Several examples illustrate the positive effects of intercropping on pests, diseases and weeds. Moreover new mechanisms including soil organisms have also been recently investigated and may have major effects on the functioning of intercrops. There is an increase in published papers recently concerning biotic factors for a wide range of intercropping systems. However studies remain scarce in France and should be further developed while involving farmers (observations of success and failures) and testing new practices in agricultural conditions before their implementation for a well-defined objective.

National audience